IDENTIFIKASI MOLEKULER, STRUKTUR DAN KERAGAMAN GENETIK KARANG LUNAK Clavularia inflata ANTAR TIGA POPULASI DI PERAIRAN BANTEN, JAKARTA DAN NATUNA
LUZMI MALIA IZZA
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2017
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Molekuler, Struktur dan Keragaman Genetik Karang Lunak Clavularia inflata Antar Tiga Populasi di Perairan Banten, Jakarta dan Natuna adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Maret 2017 Luzmi Malia Izza NIM C54120065
ABSTRAK LUZMI MALIA IZZA. Identifikasi Molekuler, Struktur dan Keragaman Genetik Karang Lunak Clavularia inflata Antar Tiga Populasi di Perairan Banten, Jakarta dan Natuna. Dibimbing oleh DIETRIECH G BENGEN dan HAWIS H MADDUPPA. Clavularia inflata adalah spesies karang lunak yang dapat ditemukan di perairan Indonesia. Distribusi dan habitat Clavularia inflata di Indonesia masih belum banyak diketahui, karena penelitian mengenai karang lunak tersebut masih tidak banyak dilakukan. Metode taksonomi molekuler merupakan suatu metode untuk mengidentifikasi spesies dan mengetahui struktur populasi dan keragaman genetik. Untuk itulah penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengidentifikasi molekuler dan mengetahui struktur serta keragaman genetik populasi karang lunak Clavularia inflata diperairan Tanjung Lesung-Banten, Pulau Panjang-Kepulauan Seribu dan Natuna-Kepulauan Riau. Sebanyak 22 sampel jaringan dari ketiga lokasi penelitian teranalisis dan teridentifikasi sebagai Clavularia inflata dengan nilai BLAST berkisar 98-100 %. Proses untuk menganalisis pada penelitian ini terdapat ekstraksi, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan sekuensing DNA. Hasil struktur genetik menunjukkan bahwa ketiga populasi secara signifikan memiliki variasi antar individu yang tinggi dengan nilai Fst = 0,737 dan P<0,05. Nilai keragaman genetik yang didapatkan secara keseluruhan memiliki nilai Hd dengan nilai sekitar 0.95-1 dari populasi perairan Pulau Panjang dan Tanjung Lesung. Jarak genetik dengan jarak geografis di antara populasi dapat mengindikasikan bahwa isolasi geografis memiliki peranan penting dalam penentuan perbedaan genetik antar populasi. Kata kunci: Clavularia inflata, DNA, identifikasi molekuler, struktur genetik, keragaman genetik
ABSTRACT LUZMI MALIA IZZA. Molecular Identification, Structure and Genetic Diversity of Soft Coral Clavularia inflata Between Three Populations in Banten, Jakarta, and Natuna Waters. Supervised by DIETRIECH G BENGEN dan HAWIS H MADDUPPA. Clavularia inflata is a one of the soft coral species that can be found in Indonesian Waters. However information on distribution and reproduction structure of Clavularia inflata is limited, therefore the research on soft coral is not widely performed. Molecular techniques can help to species identificationand reveal population structure and genetic structure. Therefore this research aimed to identify the molecular and to comprehend the structure and genetic diversity of Clavularia inflata population in the waters of Tanjung Lesung-Banten, Panjang Island-Thousand Islands and Natuna-Riau Islands. A total of 22 tissue sample from the sampling locations were analysed. The process including extraction, DNA amplification, electrophoresis, and DNA sequencing. All samples were confirmed as Clavularia inflata (98-100 % similarity). A significant genetic structure was revealed in this study (Fst = 0,737 ; P<0,05). High genetic diversity was observed at all study sites (Hd = 0,95-1) from the population Panjang Island and Tanjung Lesung waters. Genetic distance and geographical distance among populations indicates geographical isolation has important rules to determine genetic differences among populations. Keywords: Clavularia inflata, DNA, molecular identification, genetic structure, genetic diversity.
IDENTIFIKASI MOLEKULER, STRUKTUR DAN KERAGAMAN GENETIK KARANG LUNAK Clavularia inflata ANTAR TIGA POPULASI PERAIRAN DI BANTEN, JAKARTA DAN NATUNA
LUZMI MALIA IZZA
Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2017
PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas segala karunia-Nya sehingga penulis berhasil menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Molekuler, Struktur dan Keragaman Genetik Karang Lunak Clavularia inflata Antar Tiga Populasi di Perairan Banten, Jakarta dan Natuna”. Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk mendapatkan gelar Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan. Pada kesempatan kali ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu dalam penyusunan dan penulisan skripsi ini terutama kepada 1. Allah SWT yang telah memberikan nikmat hingga saya dapat menyelesaikan tugas akhir ini. 2. Bapak Prof Dr Ir Dietriech G Bengen, DEA selaku pembimbing I dan Bapak Dr Hawis H Madduppa, SPi, MSi selaku pembimbing II yang telah banyak memberikan nasihat, saran. 3. Bapak Beginer Subhan SPi, MSi yang telah banyak membantu kelancaran penelitian ini. 4. Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan atas penyediaan fasilitas selama proses penelitian berlangsung. 5. Bapak Syaifulloh, Ibu Murniyatsih, Adik Iftor Fabrian dan seluruh anggota keluarga yang selalu memberikan doa, dukungan, dan motivasi yang diberikan. 6. Mba Nurlita, Mba Mutiara, Bang Samsul, Bang Dika, Bang Toufan, dan seluruh anggota lab MBB “Genetic Team” yang setia menemani dan membantu selama proses penelitian berlangsung. 7. Afini, Haryo, Wira, dan Syara yang merupakan sahabat yang selalu membantu dan mendukung kelancaran seminar hingga siding penelitian ini. 8. Keluarga besar “Black Lizard Fish” ITK 49, serta teman dan kerabat yang tidak dapat disebutkan satu persatu. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, 2017 Luzmi Malia Izza
DAFTAR ISI DAFTAR TABEL
ix
DAFTAR GAMBAR
ix
DAFTAR LAMPIRAN
ix
PENDAHULUAN
1
Latar Belakang
1
Tujuan Penelitian
2
METODE
3
Pengambilan dan Penanganan Sampel
3
Spesies Target
3
Ekstraksi
5
Amplifikasi DNA
7
Elektroforesis
7
Sekuensing DNA
7
Prosedur Analisis Data
8
HASIL
10
Identifikasi Molekuler
10
Struktur Populasi
11
Keragaman Genetik
11
PEMBAHASAN
12
Identifikasi Molekuler
12
Struktur Populasi
13
Keragaman Genetik
13
SIMPULAN DAN SARAN
15
Simpulan
15
Saran
15
DAFTAR PUSTAKA
15
LAMPIRAN
18
RIWAYAT HIDUP
28
DAFTAR TABEL 1 Analisis AMOVA Clavularia inflata 2 Jarak genetik antar pulau pada 24 sampel Clavularia inflata 3 Keragaman Genetik dan keragaman nukleotida
11 11 11
DAFTAR GAMBAR 1 Peta Lokasi Pengambilan Sampel Karang Lunak Tiga Populasi di Indonesia 2 Clavularia inflata 3 Koloni Clavularia inflata 4 Diagram alir metode ekstraksi 5 Pohon filogenetik karang lunak Clavularia inflata menggunakan metode Neighbour-Joining (NJ) dengan model Kimura 2-parameter, nilai bootstrap 1000x
3 4 4 6
10
DAFTAR LAMPIRAN 1 Panjang basa dari 22 sampel karang lunak Clavularia inflata 2 Tabel komposisi basa nukleotida Clavularia inflata dari tiga lokasi 3 Tabel hasil identifikasi karang lunak Clavularia inflata dengan menggunakan BLAST
17 26 26
1
PENDAHULUAN Latar Belakang Terumbu karang merupakan salah satu ekosistem pesisir yang banyak bersasosiasi dengan berbagai biota lain di sekitarnya. Terdapat dua jenis karang penyusun ekosistem terumbu karang yaitu karang keras dan karang lunak. Karang lunak merupakan komponen kedua terbesar penyusun ekosistem terumbu karang di perairan Indonesia, bahkan di perairan yang rusak terumbu karangnya (Manuputty 1996). Karang lunak terlihat seperti tanaman di dalam laut dan memiliki zooxanthellae. Karang lunak dapat ditemukan pada perairan tropis dimana cahaya matahari mempengaruhi kecerahan perairan sepanjang tahun. Spesies Clavularia inflata merupakan salah satu spesies karang lunak yang termasuk kedalam suku Clavulariidae. Clavulariidae dapat ditemukan sampai kedalaman 10 meter, terutama di lokasi yang pertumbuhan karang kerasnya kurang baik (Manuputty 1996). Clavulariidae memiliki ciri-ciri khusus yaitu tipis, lembut, agak kecoklatan, dan transparan yang membungkus stolon yang disebut perisarc, dengan bentuk polip silindris, atau mengerucut yang bergabung dengan stolons dan menjadi membran tipis (Fabricius & Alderslade 2001). Informasi terkait identifikasi molekuler karang lunak yang ada di Indonesia masih sangat sedikit, sedangkan perkembangan ilmu dan pengetahuan telah mengalami kemajuan yang sangat pesat. Salah satu perkembangan ilmu pengetahuan yakni penggunaan teknik identifikasi molekuler dengan tujuan dapat mengidentifikasi suatu organisme dengan akurat (Suryanto 2003). DNA barcoding merupakan suatu metode dalam taksonomi molekuler yang menggunakan urutan DNA pendek yang sudah distandarisasi dan disepakati posisinya dalam genom untuk mengidentifikasi spesies (Madduppa 2014). Pohon filogenetik adalah pendekatan logis untuk menunjukkan hubungan evolusi antara organisme dan memperlihatkan kedekatan secara genetik akibat adanya aliran gen antar populasi (Saleky et. al. 2016). Filogenetika dapat menganalisis perubahan yang terjadi dalam evolusi organisme yang berbeda. Salah satu komponen penting dalam suatu populasi yaitu keragaman genetik, yang menjadi informasi penting dalam pemantauan perubahan keanekaragaman hayati yang terjadi di alam (Frankham 1996; Schwartz et. al. 2006). Namun demikian, belum ada publikasi lebih lanjut mengenai karakteristik genetik karang lunak Clavularia inflata yang berada di Indonesia. Identifikasi molekuler untuk mengidentifikasi suatu sampel menggunakan teknik DNA barcoding sudah banyak dilakukan pada beberapa penelitian di laut, seperti identifikasi genetik ikan tuna sirip kuning (Akbar et al. 2014), ikan kerapu (Jefri et al. 2015), hiu (Prehadi et al. 2015), spons Terpios hoshinota (Hadi 2016), dan mikroalga (Akhir 2016) Keragaman genetik merupakan variasi gen dalam satu spesies dalam satu populasi. DNA (Deoxyribonucleoid Acid) merupakan substansi penurunan sifat, suatu polimer heliks ganda yang terdiri dari nukleotida. Keanekaragaman genetik terjadi karena adanya perubahan penyusun DNA. Perubahan genetik antar individu dapat menghasilkan kombinasi gen baru atau dapat terjadi mutasi DNA (Saefudin 2007). Perairan Pulau Panjang, Tanjung Lesung dan Natuna merupakan
2 bagian dari perairan kepulauan Indonesia. Pulau Panjang berada di perairan Kepulauan Seribu, Jakarta, Tanjung Lesung merupakan bagian dari wilayah perairan Banten dan Natuna berada di wilayah perairan Kepulauan Riau. Perairan Pulau Panjang dan Tanjung Lesung memiliki kondisi perairan yang tidak jauh berbeda, sedangkan Natuna secara geografis terletak jauh dari Pulau Panjang dan Tanjung Lesung. Dengan kondisi perairan pada ketiga lokasi tersebut, dapat dibandingkan dan dilihat keragaman genetik spesies Clavularia inflata secara geografis. Jarak genetik dengan jarak geografis di antara populasi dapat mengindikasikan bahwa isolasi geografis memiliki peranan penting dalam penentuan perbedaan genetik antar populasi. Keragaman genetik yang tinggi dalam suatu populasi mencerminkan besarnya ukuran populasi, sedangkan penurunan ukuran populasi akan mengurangi keragaman genetik (Nuryanto & Kochzius 2009). Perbedaan genetik yang terjadi antar spesies karena adanya proses mutasi, transversi, delesi atau inversi dalam pengkodean genetik pada sel, yang menyebabkan proses tersebut terjadi karena terdapat adaptasi terhadap perubahan iklim dunia yang terjadi atau bahkan faktor dari perbedaan populasi (Prehadi et al. 2014).
Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi molekuler dan mengetahui struktur dan keragaman genetik populasi karang lunak Calvularia inflata di perairan Tanjung Lesung- Banten, Pulau Panjang- Kepulauan Seribu dan Pulau Natuna-Kepulauan Riau.
3
METODE Pengambilan dan Penanganan Sampel Lokasi penelitian berada di perairan Tanjung Lesung-Banten, Pulau Panjang-Kepulauan Seribu, dan Natuna-Kepulauan Riau (Gambar 1). Penelitian ini dilaksanakan sejak bulan Januari 2016 hingga Juli 2016 di Laboratorium Marine Biosystematic and Biodiversity Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan FPIK, IPB. Pengambilan sampel dilakukan pada bulan Januari 2016 di Tanjung Lesung dan Natuna, dan bulan April 2016 di Pulau Panjang, Kep. Seribu, Jakarta (Gambar 1).
Gambar 1. Lokasi Pengambilan Sampel Karang Lunak dari Tiga Populasi di perairan Tanjung Lesung (Banten), Pulau Panjang (Kepulauan Seribu, Jakarta), dan Pulau Natuna (Kepulauan Riau)
Spesies Target Karang lunak Clavularia dapat ditemukan di beberapa kawasan di dunia yaitu di Laut Merah, Afrika Selatan, Korea, Palau, Guam, New Guinea, Great Barrier Reef Australia, dan beberapa wilayah di Indo-Pasifik (Fabricius & Alderslade 2001). Clavularia inflata sebagai spesies target dalam penelitian ini memiliki identifikasi taksonomi sebagai berikut (Gambar 2 dan 3):
4
Gambar 2. Clavularia inflata
Kingdom Filum Kelas Ordo Family Genus Spesies
Gambar 3. Koloni Clavularia inflata : Animalia : Cnidaria : Octocorallia : Stolonifera : Clavulariidae : Clavularia : Clavularia inflata ( Fabricius & Alderslade 2001)
Sampel Clavularia inflata sebanyak 22 sampel diambil jaringan dari semua bagian tubuh, terutama pada bagian tentakelnya. Jaringan yang diambil kemudian dimasukkan ke dalam botol sampel yang telah berisi alkohol 96% dan diberi label.
5 Prosedur Kerja Ekstraksi Ekstraksi DNA adalah prosedur umum memisahkan dan mengumpulkan DNA untuk analisis rekayasa genetika, forensik, bioinformatika, analisis asal usul dan antropologi. Ekstraksi DNA bertujuan untuk melisis jaringan, dan mendapatkan DNA sampel. Kegiatan ekstraksi pada penelitian ini menggunakan kit gSync DNA Extraction Kit Geneaid. Diagram alir untuk melaksanakan prosedur ekstraksi disajikan pada Gambar 4.
6 Masukkan ke dalam tube 1.5 ml
Tambahkan 200 μl GST Buffer
Vortex selama 15 detik
Panaskan di heating block pada suhu 60 o C hingga lisis
Tambahkan Proteinase K sebanyak 20 μl
Sentrifuge 2 menit (14.000 – 16.000 x g)
Pindahkan supernatan ke tube 1.5 ml baru
Tambahkan 200 μl GSB Buffer
Tambahkan 200 μl ethanol 96%
Vortex selama 10 detik
Pindahkan cairan ke tube 2 ml yg sudah ada GD Column
Sentrifuge 14.00016000 x g selama 1 menit
Angkat dan buang cairan yang ada di dalam tube collection. Tempatkan GDcolumn ke dalam 2 ml tube kembali.
Angkat dan buang cairan yang ada di dalam tube collection. Tempatkan GDcolumn ke dalam 2 ml tube kembali.
Sentrifuge 14.00016000 x g selama 30 detik
Cacah sampel karang lunak
Vortex selama 10 detik
Tambahkan 600 μl Wash Buffer
Sentrifuge 14.00016000 x g selama 30 detik
Tambahkan 100 μl Elution Buffer
Pindahkan GD Column ke mikrotube 1.5 ml
Diamkan pada suhu normal selama 3 menit
Tambahkan 400 μl W1 Buffer
Angkat dan buang cairan yang ada di dalam tube collection. Tempatkan GDcolumn ke dalam 2 ml tube kembali.
Sentrifuge selama 3 menit pada 14.00016.000 x g
Sentrifuge 14.00016000 x g selama 30 detik
Gambar 4. Diagram alir prosedur ekstraksi
7 Amplifikasi DNA Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction / PCR) adalah teknik buatan di luar sel organisme yang dapat mengamplifikasi DNA dari suatu lokus yang telah diketahui. Amplifikasi DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR dapat bekerja melalui proses enzimatik dan perubahan suhu proses denaturasi, annealing, dan ekstensi. Denaturasi merupakan proses terpisahnya rantai double DNA menjadi single DNA. Annealing merupakan proses penempelan primer pada rantai single DNA akibat turunnya suhu. Ektensi adalah tahapan pemanjangan DNA dengan bantuan taq polymearase. Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipat gandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. PCR dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo cycler) dan diatur siklus suhunya yang sesuai untuk karang lunak. Komponen utama dalam PCR adalah DNA template, Kapa Master Mix, primerND 42625 (Forward): TACGTGGYACAATTGCTG dan Mut 3458 (Reverse): TSGAGCAAAAGCCACTCC (McFadden et al., 2006).
Elektroforesis Penentuan DNA Elektroforesis merupakan teknik untuk memisahkan molekul bertujuan yang bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya hasil amplifikasi DNA dari produk PCR. Tahap awal elektroforesis adalah pembuatan gel agarosa 1% dengan pewarna DNA Etidium Bromida (4µl) yang digunakan sebagai media elektroforesis. Hasil PCR yang telah dicampur dengan loading dye (1µl), disisipkan dalam sumur agarosa. Proses elektroforesis menggunakan mesin elektroforesis dengan tegangan 100 V-135V dan arus 400 mA dengan waktu 35 menit. Hasil elektroforesis dapat dilihat pada mesin gel doc Alphamager Mini dan fotonya dapat disimpan berupa foto digital.
Sekuensing DNA Sekuensing DNA merupakan sebuah metode biokimia dalam menentukan urutan basa suatu rantai DNA. Urutan DNA memberikan informasi genetik turunan baik berasal dari nucleus (inti sel), plasma, mitokondria, maupun kloroplas suatu makhluk hidup. Data genetika biasa disebut sekuens DNA. Metode PCR dijadikan sebagai pijakan untuk proses sekuensing DNA. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT nya dijadikan sebagai cetakan untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan rekasi PCR, namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu. Produk PCR berupa DNA positif dikirim ke PT. Genetica Science Indonesia untuk pengurutan nukleotida.
8
Analisis Data Identifikasi Molekuler Proses pengolahan data genetika merupakan proses yang paling penting dari semua proses yang telah dilakukan untuk mendapatkan informasi genetika makhluk hidup. Data sekuens pada umumnya dapat diolah di berbagai perangkat lunak genetika.Pada penelitian ini perangkat lunak yang digunakan untuk mengolah data sekuens DNA yaitu software MEGA 6.06 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) yang memiliki fungsi untuk mengeksplorasi, menemukan, dan menganalisis urutan DNA dan protein (Hariyadi 2011). Prinsip dasar MEGA merupakan perhitungan statistika dari data sekuens. Penjajaran sekuens (aligment) suatu proses untuk mencocokkan karakter-karakter yang homolog yang berasal dari nenek moyang yang sama (Kemena dan Notredame 2009). Proses tersebut dapat dilakukan dalam software Mega menggunakan ClustalW yang telah tersedia dalam software tersebut. Pembuatan pohon filogeni menggunakan metode pengkelasan Neighbour-Joining (NJ) dengan 1000 bootstrap dan menggunakan model Kimura2-parameter model. Menurut Saitou and Mei (1987) metode pengkelasan Neighbour-Joining (NJ) merupakan metode yang paling cocok untuk memprediksi pohon dengan benar. GenBank merupakan database komprehensif yang berisi urutan nukleotida yang dapat diakses publik dan tersedia sekitar 260.000 organisme yang telah teridentifikasi atau ternamai (Hariyadi 2011). Data hasil dari penjajaran sekuens (alignment) dicocokkan di sistem pencarian NCBI (National Centre for Biotechnology Information) menggunakan menu BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang terdapat di software Mega, dengan situs web http://blast.ncbi.nlm.nih.gov. Hasil data yang data telah cocok dengan data di GenBank dianalisis lebih lanjut dengan membuat pohon filogeni, jika beberapa spesies memiliki kekerabatan yang dekat maka diuji untuk mengetahui kekerabatannya antar spesies.
Struktur Genetik Data yang telah disejajarkan menggunakan ClustalW kemudian dihitung jarak genetik dari setiap sampel dan dibuat pohon filogeni. Uji struktur genetik antar populasi menggunakan analisis statistika, yaitu AMOVA (Analysis Molecular Variance). Hasil data AMOVA yang dianalisis berupa nilai Fst yang menganalisis hubungan antara jarak genetik dengan jarak antar populasi (Fu 1997). Perangkat lunak yang digunakan dalam pengolahan struktur genetik ini yaitu DnaSP 5.1, Notepad++ dan Arlequin 3.5. Hasil dengan format file .fasta dibuka menggunakan software DnaSP kemudian Notepad++ digunakan sebagai perantara untuk mengubah data agar dapat diolah di software Arlequin 3.5., dan dari Arlequin 3.5. didapatkan hasil data AMOVA.
9 Keragaman Genetik Keragaman haplotipe (Hd) dan nukleotida (π) digunakan untuk menyatakan keragaman genetik pada tiga populasi. Hasil analisis yang didapatkan dapat disesuaikan sesuai dengan beberapa kategori, yang berupa keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida yang diperoleh dari perangkat lunak Alequin versi 3.5.
10
HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Identifikasi Molekuler Dari gambar 5 terlihat hanya dua clade besar, dimana clade 1 yang ditandai dengan cabang berwarna hijau berasal dari perairan Pulau Panjang, Kepulauan Seribu, dan Tanjung Lesung-Banten. Clade 2 ditandai dengan cabang yang berwarna biru berasal dari perairan Tanjung Lesung dan Natuna, serta sampel dari perairan Pulau Panjang yaitu ITK_PJG_SC_10. Clade 3 dan 4 hanya ada satu sampel yang berasal dari perairan Pulau Panjang dengan kode ITK_PJG_SC_18 dan perairan Tanjung Lesung dengan kode ITK_TL_SC_08.
Gambar 5. Pohon filogenetik karang lunak Clavularia inflata menggunakan metode Neighbour-Joining (NJ) dengan model Kimura 2-parameter, nilai bootstrap 1000x
11
Struktur Populasi Berdasarkan hasil analisis AMOVA (Analysis Molecular Variance) didapatkan nilai Fixation Index (Fst) dengan significant level 0,05, yang dapat dilihat pada Tabel 1 bahwa nilai persentase dan Fst antar populasi bernilai 73.67% dan 0,73674 yang menunjukkan adanya perbedaan yang siginifikan keragaman genetik antar populasi (P<0,05). Namun nilai persentasi variasi dalam populasi lebih rendah dibandingkan dengan nilai antar populasi yaitu sebesar 26.33%. Tabel 1. Analisis AMOVA Clavularia inflata Sumber Variasi d.f. Presentasi variasi (%) Antar Populasi
3
73,67
Dalam Populasi
24
26,33
Total
27
Fstap
P-Value
0,737
0,05
Jarak genetik terendah yang didapatkan antar populasi yaitu 0.076 pada Pulau Panjang dengan Tanjung Lesung. Jarak genetik tertinggi antar populasi yaitu 1.200 pada Natuna dengan Pulau Panjang, diikuti dengan nilai jarak genetik antar populasi antara Natuna dengan Tanjung Lesung sebesar 1.187. Tabel 2. Jarak genetik antar pulau pada 24 sampel Clavularia inflata TanjungLesung
Pulau_Panjang
Natuna
TanjungLesung Pulau_Panjang
0,076
Natuna
1,187
1,200
Keragaman genetik Nilai keragaman haplotipe yang terendah berada di Natuna sebesar 0, sedangkan nilai tertinggi berada di Pulau Panjang sebesar 1. Tanjung Lesung memiliki nilai keragaman haplotipe sebesar 0.95. Tabel 3. Keragaman Genetik (Hd) dan keragaman nukleotida (π) N Hd Lokasi 9 1 Pulau Panjang 13 0,95 Tanjung Lesung 2 0 Natuna
π 0,043 0,042 0
12 Pembahasan Identifikasi Molekuler Sekuensing DNA membantu memperlihatkan variasi DNA suatu populasi (Liu et al. 2000). Salah satu tujuan penyusunan rekonstruksi filogenetika untuk mengkontruksi dengan tepat hubungan antara organisme dan mengestimasi perbedaan yang terjadi dari satu nenek moyang kepada keturunannya. Jumlah 22 sampel karang lunak yang telah tersekuens DNA kemudian dilakukan tahapan lanjut yaitu menganalisis urutan basa dengan program BLAST (Basic Local Alignment and Search Tool) diperoleh nilai berkisar 98-100 % (Lampiran 3) dengan target sampel sebagai Clavularia inflata, nilai tersebut menunjukkan memiliki tingkat homologi yang tinggi yang menandakan bahwa didapatkan kesesuaian yang tinggi antara hasil yang didapatkan dari identifikasi forensik DNA dengan suatu urutan lain yang ada dalam bank data gen (Kurniasih 2013). Hasil dari analisis pohon filogenetik dari karang lunak Clavularia inflata (Gambar 5) didapatkan 4 clade atau kelompok keturunan dari satu nenek moyang yang sama, dengan 1 clade tambahan dari outgrup yang diambil dari spesies Terpios granulosa. Penambahan outgroup pada pohon filogenetika dapat mempermudah untuk memprediksi jarak genetika antar populasi (Dharmayanti 2011). Dengan adanya 2 clade besar dan 2 clade kecil atau kelompok menunjukkan adanya perbedaan komposisi basa yang berbeda nukleotida dan jarak genetika antar populasi. Pada clade 1 sampel dari lokasi perairan Pulau Panjang dan Tanjung Lesung berada dalam satu clade yang sama, karena kedua lokasi memiliki jarak yang berdekatan. Hal ini terjadi karena perairan Pulau Panjang dan Tanjung Lesung memiliki pergerakan arus perairan yang searah yakni ke arah utara. Menurut penelitian Christon et. al., (2012), arus pada Pulau Panjang bergerak dari arah barat menuju timur. Secara geografis perairan Tanjung Lesung berada di Selat Sunda, jadi arah arus utama di Selat Sunda mengarah ke Selatan (Anugrahadi et. al., 2011). Untuk arah arus di Natuna pada musim barat mengarah ke selatan dan pada musim timur berasal dari Laut Jawa ke Laut Cina Selatan (Pigawati 2005). Dengan diketahui arah arus pada ketiga lokasi tersebut memungkinkan terjadinya mixing (percampuran) perairan, dapat diduga distribusi larva karang lunak spesies Clavularia inflata berasal dari satu tempat yang sama sehingga pada pohon filogenetik lokasi Pulau Panjang, Tanjung Lesung dan Natuna berada dalam satu clade, seperti dapat dilihat pada clade 2 (Gambar 5). Penyebaran larva karang lunak khususnya genus Clavularia dapat mencapai hingga puluhan sampai ratusan kilometer (Fabricius & Alderslade 2001). Masa hidup larva dari karang lunak Octocoral setelah spawning dapat berenang aktif di perairan selama 14 hari kemudian menempel pada substrat yang keras lalu bermetamorfosa menjadi polip (Benahayu & Loya 1986). Dengan adanya penyebaran larva yang terbawa oleh arus dapat mempengaruhi yaitu adanya perkawinan silang antar individu dalam populasi yang menyebabkan sampel dari lokasi Pulau Panjang, Tanjung Lesung dan Natuna berada dalam satu clade. Menurut France and Hoover (2002) filum Cnidaria khususnya untuk subclass Octocoral memiliki tingkat homologi, dan variasi genetik yang rendah dibandingkan dengan invertebata yang lain, jika dilihat menggunakan metode COI
13 (Cytochrome oxidase subunit I). Dalam penelitian ini karang lunak Clavularia inflata termasuk dalam subclass Octocoral. Hasil pohon filogenetik yang didapatkan menggunakan metode Neighbor Joining (NJ), metode ini sangat cocok untuk memprediksi pohon filogenetik dengan benar (Saitou & Mei 1987). Pada percabangan pohon filogenetik tertera sejumlah nilai yang disebut bootstrap. Nilai bootstrap tersebut menunjukkan keakuratan percabangan pohon filogenetik (Hooriike et al 2009), nilai bootstrap lebih dari sama dengan 95% menunjukkan bahwa percabangan terebut sangat akurat, konsisten, atau tidak akan berubah walaupun menggunakan metode penyusunan pohon filogenetik lain. Nilai bootstrap lebih dari 70% menunjukkan bahwa percabangan bersifat signifikan dan tetap (Coonye & Vandamme 2003). Dapat dilihat (Gambar 5) bahwa clade 2 memiliki rata-rata nilai bootstrap yang tinggi dibandingkan dengan clade 1, hal ini menunjukkan bahwa sampel yang berada di clade 2 memiliki kesamaan yang tinggi antar spesiesnya. Struktur Populasi Nilai Fst atau disebut juga dengan aliran gen yang didapat dari analisis AMOVA sebesar 0,737, membuktikan bahwa ketiga populasi secara signifikan memiliki variasi antar individu yang tinggi sehingga kemungkinan terjadi inbreeding dalam populasi rendah. Nilai Fst menunjukkan bahwa ketiga populasi memiliki kedekatan genetik yang jauh. Aliran gen berhubungan dengan isolasi geografis yang dipengaruhi oleh jarak geografis dan kompleksitas keragaman lingkungan (Arnaud et. al. 1999). Dengan demikian dapat diduga bahwa pada populasi Natuna, Pulau Panjang, dan Tanjung Lesung terjadi perkawinan silang yang terjadi karena adanya arus dari kedua populasi tersebut yang membawa larva dari karang lunak, seperti terlihat pada gambar 5 (pohon filogenetik pada clade 2). Nilai pada jarak genetik terendah sebesar 0,076 bermakna bahwa pada 1000 pasang basa nukleotida terdapat 76 pasang basa nukleotida yang berbeda. Nilai jarak genetik tertinggi sebesar 1,200 memiliki arti bahwa pada 1000 pasang basa nukleotida terdapat 1200 pasang basa yang berbeda. Demikian pula dengan nilai antar populasi Natuna dan Tanjung Lesung sebesar 1,187 berarti bahwa pada 1000 pasang basa nukleotida terdapat 1187 pasang basa yang berbeda. Lokasi Pulau Panjang yang lebih dekat dengan Tanjung Lesung dibandingkan dengan lokasi antara Natuna dan Pulau Panjang, dapat mempengaruhi nilai jarak genetik antar populasi (Twindiko et. al. 2013). Semakin rendah nilai jarak genetik menunjukkan hubungan genetik yang semakin dekat demikian pula sebaliknya (Kusuma et. al. 2016). Semakin besar jarak genetik suatu populasi, maka populasi tersebut memiliki keragaman spesies yang tinggi (Pandin 2000). Keragaman Genetik Keragaman genetik pada tiap individu (sampel) Clavularia inflata diperoleh dari pembandingan nilai keragaman genetik (Hd), keragaman nukleotida (π), dan melihat komposisi nukleotida setiap individu (Tabel 3 dan Tabel 4). Populasi Natuna memiliki keragaman genetik yang sangat rendah, hal ini terjadi karena sampel yang digunakan pada penelitian ini hanya menggunakan 2 sampel
14 karang lunak. Jumlah sampel yang dianalisis dapat mempengaruhi nilai dari keragaman genetik populasi tersebut. Rendahnya keragaman dari suatu populasi dapat mengakibatkan rendahnya kemampuan suatu populasi untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan bahkan dapat berdampak terhahap kepunahan dari populasi tersebut (Freeland et. al. 2011). Dari Tabel 3 terlihat bahwa nilai keragaman genetik pada populasi Pulau Panjang dan Tanjung Lesung bernilai 1 dan 0.95. Menurut Kusuma et. al. (2016) keragaman genetik dengan nilai tersebut merupakan keragaman genetik yang tinggi, karena besarnya ukuran populasi dapat mempengaruhi nilai keragaman genetik. Parameter yang akurat untuk melihat keragaman genetik yaitu menggunakan keragaman nukleotida. Keragaman genetik dan keragaman nukleotida terendah dari Natuna, karena sampel yang digunakan hanya menggunakan 2 (dua) individu. Banyaknya sampel yang dipakai kurang jika ingin melihat suatu keragaman genetik dan keragaman nukleotida dari suatu populasi. Hal ini terjadi karena ketersediaan individu Clavularia inflata di lapang yang terbatas. Semakin tinggi keragaman genetik, semakin tinggi kemampuan beradaptasi terhadap lingkungan (Perwati 2009). Keragaman genetik yang tinggi dari suatu populasi dan indivu menghasilkan keturunan yang memiliki karateristik yang bervariasi dari keturunan individu tersebut (Hutabarat 2016). Keragaman genetik suatu populasi dapat dilihat dari komposisi basa nukleotida populasi tersebut. Komponen nukleotida terdiri dari satu basa nitrogen, satu gula pentosa (deokribosa), dan satu gugus fosfat. Penyusun dari basa nitrogen itu sendiri yaitu Adenin (A) dan Guanin (G) yang disebut dengan purin, Sitosin (C) dan Timin (T) yang disebut dengan pirimidin. Satu molekul DNA memiliki dua untai basa nitrogen atau double heliks, dengan A berpasangan dengan T dan G berpasangan dengan C yang diikat oleh ikatan hidrogen. Pasangan basa A-T memiliki dua ikatan hidrogen, dan pasangan basa C-G memiliki tiga ikatan hidrogen. Menurut aturan Chargaff komposisi basa nukleotida antar individu berbeda-beda satu dengan yang lainnya, dengan komposisi basa A kurang lebih sama dengan T, dan komposisi basa G kurang lebih sama dengan C. Keragaman genetik dengan melihat komposisi basa nukleotidanya juga dilakukan pada sampel nudibranchia (siput laut) yang menunjukkan bahwa komposisi A dan T pada spesies nudibranch lebih banyak dibandingkan C dan G (Verawati 2015). Pada lampiran 2, menunjukkan bahwa karang lunak Clavularia inflata memiliki keragaman genetik yang berbeda pada populasinya tetapi memiliki jumlah tiap komposisi basa tiap populasi tidak berbeda jauh. Populasi Natuna memiliki komposisi yang agak berbeda dibandingkan dengan dua populasi lainnya. Komposisi basa nukleotida dapat dilihat pada Tabel 4 bahwa komposisi basa A dan T lebih banyak dibandingkan dengan komposisi basa C dan G. Hal ini karena A-T memiliki dua ikatan hidrogen yang mudah terlepas dan tereplikasi dibandingkan tiga ikatan hydrogen yang dimiliki oleh C-G, yang menyebabkan komposisi basa A-T lebih banyak disbanding C-G (Jusuf 2001).
15
SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Seluruh 22 sampel karang lunak yang diambil dari perairan Tanjung Lesung, Pulau Panjang dan Natuna, teridentifikasi secara molekuler menggunakan analisis BLAST sebagai spesies Clavularia inflata dengan persentase berkisar 98100% . Struktur genetik dari ketiga populasi berbeda signifikan (P<0.05) dengan nilai Fst sebesar 0,737, membuktikan bahwa ketiga populasi secara signifikan memiliki variasi antar individu yang tinggi. Populasi perairan Pulau Panjang memiliki nilai keragaman genetik tertinggi, dan nilai genetik terendah terdapat pada populasi dari perairan Natuna. Keragaman genetik populasi dari perairan Tanjung Lesung tidak berbeda signifikan dengan populasi dari perairan Pulau Panjang diduga karena letak geografisnya yang berdekatan. Saran Perlunya penelitian lebih lanjut mengenai konektivitas genetik karang lunak Clavularia inflata untuk memperkaya data tentang spesies ini, yang sangat jarang ditemukan penelitian di Indonesia mengenai spesies ini. Perlu juga dilakukan metode yang berbeda untuk melihat keragaman genetik dari spesies Clavularia inflata.
DAFTAR PUSTAKA Akbar N, Zamani NP, Madduppa H. 2014. Keragaman genetik ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacores) dari dua populasi di Laut Maluku, Indonesia. Depik. 3(1): 65-73. Akhir K. 2016. Identifikasi molekuler dan keragaman genetik mikroalga dari genus Chlorella di Indonesia [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Anugrahadi A, Sukojo BM, Djajadiharja YS, Purwadhi FS. 2011. Citra formosat2 untuk memantau penyebaran suspended sedimen di pesisir kabupaten Pandeglang, Provinsi Banten. Jurnal Ilmiah Geomatika. 17(1):9-16. Arnaud JF, Madec L, Bellido A, Guller A. 1999. Microspatial genetic structure in the land snail Helix aspersa (Gastropoda: Helicidae). Heredity. 80:110-119. Benahayu Y, Loya Y.1986. Sexual reproduction of a soft coral: synchronous and brief annual spawning of Sarcophyton glaucum (Quoy and Gaimord, 1833). Biol. Bull. 170:32-42. Christon, Djunaedi OS, Purba NP. 2012, Pengaruh tinggi pasang surut terhadap pertumbuhan dan biomassa daun lamun Enhalus acoroides di Pulau Pari Kepulauan Seribu Jakarta. Jurnal Perikanan dan Kelautan. 3(3):287-294. Coenye T, Vandamme P. 2003. Extracting phylogenetic information from wholegenome sequencing projects: the lactic acid bacteria as a test case. Microbiology.149:3507-3517.
16 Dharmayanti NLPI. 2011. Filogenetika molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa. 21(1):1-10. Fabricius K, Alderslade P. 2001. Soft Corals and Sea Fans: A Comprehensive Guide To The Tropical Shallow Water Genera of The Central-West Pcific, The Indian Ocean and The Red Sea. Queensland : Australian Institute of Marine Science. France SC, Hoover LL. 2002. DNA sequences of the mitochondrial COI gene have low levels of divergence among deep-sea octocorals (Cnidaria: Anthozoa). Hydrobiologia. 471: 149-155. Frankham R. 1996. Relationship of genetic variation to population size in wildlife. Con Biol. 6: 1500-1508. Freeland JR, Kirk H, Petersen SD. 2011. Molecular Ecology 2nd ed. West Sussex (GB): Wiley-Blackwell. Fu YX. 1997. Statitical tests of neutrality against population growth, hitch hiking and background selection. Genetics. 147: 915-925. Hadi S. 2016. Identifikasi molekuler ddan keragaman genetik spons invasive Terpios hoshinota di Pulau Dapur, Kepulauan Seribu [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Hariyadi B, Harlita, Muswita, Aina M, Sadikin A. 2011. Pelatihan penggunaan NCBI (National Center for Biotechnology Information) dan program MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) untuk penelitian dan peningkatan pembelajaran biologi di sekolah dan perguruan tinggi. Jurnal Pengabdian pada Masyarakat. 52: 55-60. Horiike T, Miyata D, Hamada K, Saruhashi S, Shinozawa T, Kumar S, Chakraborty R, Komiyama T, Tateno Y. 2009. Phylogenetic construction of 17 bacterial phyla by new method and carefully selected orthologs. Genetic. 429: 59-64. Hutabarat MKM. 2016. Pendugaan keragaman genetik ikan baronang (Siganus canaliculatus) dilihat dari perbedaan lingkungan dari Teluk Jakarta ke Kepulauan Seribu [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Verawati I. 2015. Identifikasi molekuler, keragaman genetik dan karakteristik habitat siput laut (nudibranchia) dari beberapa populasi di Indonesia [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Jefri E, Zamani NP, Subhan B, Madduppa H. 2015. Molecular phylogenetic inferred from mitochondrial DNA of the grouper Ephinephelus spp. in Indonesia collected from local fish market. Biodiversitas. 16(2): 254-263. doi: 10.13057/biodiv/d160203. Jusuf M. 2001. Genetika I: Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta (ID): CV. Sagung Seto. Kemena C, Notredame C. 2009. Upcoming challengesfor multiple sequence alignment methods in the highthroughputera. Bioinformatics. 25: 2455 – 2465. Kurniasih EM. 2013. DNA barcoding dan analisis filogenetik ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Kusuma AD, Bengen DG, Madduppa H, Subhan B, Arafat D. 2016. Keanekaragaman genetik karang lunak Sarcophyton trocheliophorum pada populasi Laut Jawa, Nusa Tenggara dan Sulawesi. Jurnal Enggano. 1(1): 89-96.
17 Liu, WA. Lathrop, J. Fu, D. Yang, Murphy RW. 2000. Phylogeny of East Asian Bufonids Inferred from Mitochondrial DNA Sequences (Anura: Amphibia). Molecular Phylogenetics and Evolution,14(3): 423-435. Madduppa H. 2014. Bioekologi dan Biosistematika Ikan Terumbu. Bogor (ID): IPB Press. Manuputty AEW. 1996. Karang lunak salah satu penyusun terumbu karang. Oceana. 11(4): 131-141. Mc Fadden CS, France SC, Sánchez JA, Alderslade P. 2006. A molecular phylogenetic analysis of the Octocorallia (Cnidaria: Anthozoa) based on mitochondrial protein-coding sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution. 41: 513-527. Nuryanto A, Kochzius M. 2009. Highly restricted gene flow and deep evolutionary lineages in the giant clam Tridacna maxima. Coral Reefs. 28: 607-619. Pandin DS. 2000. Kemiripan genetik populasi kelapa dalam mapanget Tenga, Bali, Palu, dan Sawarna berdasarkan penanda RAPD [Tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Perwati, LK. 2009. Analisis derajat ploidi dan pengaruhnya terhadap variasi ukuran stomata dan spora pada Adiantum raddianum.Bioma. 11(2): 39-44. Pigawati B. 2005. Identifikasi potensi dan pemetaan sumberdaya pesisir pulaupulau kecil dan laut Kabupaten Natuna-Provinsi Kepulauan Riau. Ilmu Kelautan. 10(4): 229-236. Prehadi, Sembiring A, Kurniasih EM, Rahmad, Arafat D, Subhan B, Madduppa H. 2015. DNA barcoding and phylogenetic reconstruction of shark specieslanded in Muncar fisheries landing site in comparison with Southern Java fishing port. Biodiversitas. 16(1): 55-61. Doi: 10.13057/biodiv/d160107. Saefudin. 2007. Genetika. Bandung (ID): Universitas Pendidikan Indonesia. Saitou N, Mei M. 1987. The neighbor-joining method:A new method for constructing phylogenetic trees.Mol. Biol. Evol. 4: 406 – 425. Saleky D, Setyobudiandi I, Toha HA, Takdir M, Madduppa HH. 2016. Lengthweight relationship and population genetic or two marine gastropods species (Turbinidae: Turbo sparverius and Turbo bruneus) in the Bird Seascape Papua, Indonesia. Biodiversitas. 17(1): 208-217. Schwartz MK, Luikart G, Waples RS. 2006. Genetic monitoring as a promising tools for conservation and management. Tren Eco Evo. 22:1. Suryanto, Dwi. 2003. Melihat keanekaragaman organism melalui beberapa teknik genetika molekuler [skripsi]. Sumatra Utara (ID): Universitas Sumatera Utara. Twindiko AFS, Wijayanti DP, Ambariyanto. 2013. Studi filogenetik ikan karang genus pseudochromis dan pictichromis di perairan Indo-Pasifik. Buletin Oseanografi Marina. 2:28-36.
18 LAMPIRAN Lampiran 1. Panjang basa dari 22 sampel karang lunak Clavularia inflata #ITK_TL_SC_08 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGCAAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTGCGTGGTCCAAGAGCTGAGAGCAAATTAAAATTCGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGTTTTCCCATTGCATCCCTACG------------------------------------------
#ITK_TL_SC_23 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGTACAAGAGATGAGAGCAAAATAAAATACGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGAATTCCCATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_09 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA--
19 TAGTAATTTGGGCGAACTCTGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA TTTATTAATCCGCGGGAATTTATTCCCCTTGGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_TL_SC_02 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTGGGGTTGACTCAGAGATTTTAACAAATAAGAAATATGA TTTAAAAATGCGAGGGAATTTATTCCCATTGGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_TL_SC_19 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAAGAGATGAGAGCAAAATAAAATACGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGAATATCCATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_09 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAG-
20 CAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAATTGATGAGAGCAAAATAAAATACGT GAGAGAAAGGGCAAGAAATTGATTATCGATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_05 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAAGTGATGAGAGCAAATTAAAATACGG GAGAGAAAGTGCAAGAAAATGAATACCCATTGCATCCAAAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_20 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAATTGATGAGAGCAAATTAAAATTCGTG AGAGAAAGGGCAAGAAAATGATTATCCATTGCATCAATAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_25 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT--
21 TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTGGGTTGAACAAGAGATGAGAGCAAATAAAAAATCGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGAATTCCCATTGCATCCCAAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_18 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTGGGTTGAACAAGAGATTTTAGCAAATAAAAAATAGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATTTATTCCCATTGCATCCAAACA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_21 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTGGGTGGAACAAGAGATGAGAGCAAATTAAAAATCGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGAATTCCCATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_10 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC--
22 ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCAGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA TTTATTAATCGGCTGGAATTTATTCCCCTCTGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_14 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAAGAGATGAGAACAAATTAAAAATCGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGAATTCCCATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_26 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTGGGTGGAACAAGAGATGAGAGCAAATTAAAAATAGG GAGAGAAAATGCAAGAAAATGAATTCCCATTGCATCCCAACA------------------------------------------
23
#ITK_TL_SC_05 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAATAGATGAGAGCAAATTAAAAATCGG GAGAGAAAGTGCAAGAGAATGTATTTCCATTGCATCCCAAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_20 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAATAGCTGAGAGCAAAATAAAATACGT GAGAGAAAGGGCAAGAATTTGATTATCGATTGCATCAATAGA------------------------------------------
#ITK_TL_SC_11 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA
24 TTTATTAATCGGCTGGAATTTATTCCCCTTTGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_16 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAAGAGATGAGAGCAAAATAAAATACGT GAGAGAAAGTGCAAGAAAATGAATATCGATTGCATCAATAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_10 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCAGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA TTTATTAATCGGCTGGAATTTATTCCCCTCTGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_TL_SC_18 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA--
25 TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGAACAAGAGATGAGAGCAAAATAAAATACGG GAGAGAAAGTGCAAGAAAATGAATACCCATTGCATCCATAGA------------------------------------------
#ITK_PJG_SC_11 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCTTACGTGGCACAATTGCTGAGAGCAAAATAAAATACGT GAGAGAAAGGGCAAGAATTTGATTATCGAGTGCATCAATAGA------------------------------------------
#ITK_SC_NAT_17 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCAGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA TTTATTAATCGGCTGGAATTTATTCCCCTCTGAGCCCAACG------------------------------------------
#ITK_SC_NAT_13 ----------------------------------------------------------------------------------------GGGGCAACACCCCCTATTGAACAAATTGCCTCATTACTTGACATGAGAATCATATCG--CCAAGTAAAAG-ATCTCTACTTCAGATGGG--GTTTCCAATTTATTCCCTTACAACTC-ATCTAAGTACCTTATTGGAGAAAGGTTGGACTG-TTATAGTTATTGATGAATTAGTCACTGGTAAATCAGGGCCTAAACAACGTGCAGTTTCTCAAGT-TTATTCCCCTAGTTGTAATTTAGAAGATTGTTCGGAATTGTCTTATGTAATATCAATTT ATTTTTCTCAAGATAACTTATTAGGTG---------TTACTTTATTCTCAGCAATGAATGGGCATAGTATAATGTTTCCTGTTAATTGGGCAGACAGAGATAAAGTAG
26 CTCGGTTATTAATTAGTTATCGT-ATTAAAGAGA-TAGTAATTTGGGCGAACTCAGGGGTTGACTCAGAGATTTTAATAAATAAGATATATGA TTTATTAATCGGCTGGAATTTATTCCCCTCTGAGCCCAACG------------------------------------------
#Terpios granulosa ACACGGACCAAGGAGTGCAACATGCGTGCGAGTCTTTGGGTGGCAAACCCAGCGGCG CAATGAAAGTGAAGGCAGGCGTTCGCCTGCTGAGGCGAGAGTCTTCTCGGAGACGCA TCGTCGACCGATCCCAGGTCACGCTGTGGCGGGATTTGAGTGAGAGCGTGCCTGTTGC GACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTG GAAGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGA AAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTTAGGATAGCTG GAACTCGGTGCAGTTTTATCAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTCTTGGGGTTGAAACAACCTCAACCTAT TCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCTCGGCTTGC--TTAATTGA-AGTCGGGCATTGAATGCCGGAGCTCCTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCG ATGTGGGATGAACCAAATGCTGGGTTAAGG--TGCCCGAATCGACGCTCATCAGATACCATGAAAGGTGTTGGTTGATCTAGACAGCAG GACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACT
Lampiran 2. Tabel komposisi basa nukleotida Clavularia inflata dari tiga lokasi Komposisi Basa Nukleotida (%) Lokasi Tanjung Lesung Pulau Panjang Natuna
T(U) 32,79 32,39 34,27
C 15,91 15,63 16,23
A 31,69 32,44 30,46
G 19,61 19,54 19,04
Jumlah Nukleotida 499,0 499,0 499,0
Lampiran 3. Tabel hasil identifikasi karang lunak Clavularia inflata dengan menggunakan BLAST No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Sampel Code
BLAST Analysis
Similarity (%)
GeneBank Accession
ITK_TL_SC_23 ITK_TL_SC_09 ITK_TL_SC_02 ITK_TL_SC_19 ITK_PJG_SC_09 ITK_PJG_SC_05 ITK_TL_SC_20 ITK_TL_SC_25 ITK_PJG_SC_18 ITK_TL_SC_21
Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata
100 99 98 100 100 100 100 99 98 100
KF915593.1 DQ302799.1 DQ302799.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1
27 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
ITK_TL_SC_10 ITK_PJG_SC_14 ITK_TL_SC_26 ITK_TL_SC_05 ITK_PJG_SC_20 ITK_TL_SC_11 ITK_PJG_SC_16 ITK_PJG_SC_10 ITK_TL_SC_18 ITK_PJG_SC_11 ITK_NAT_SC_17 ITK_NAT_SC_13
Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata Clavularia inflata
100 100 100 100 100 99 100 100 100 100 100 100
DQ302799.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 KF915593.1 DQ302799.1 KF915593.1 DQ302799.1 KF915593.1 KF915593.1 DQ302799.1 DQ302799.1
28
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 9 Maret 1994 sebagai anak pertama dari dua bersaudara dari orang tua bernama Syaifulloh dan Murniyatsih. Penulis lulus dari Sekolah Dasar Negeri 16 Duren Sawit pada tahun 2006, Sekolah Menengah Pertama Negeri 252 Jakarta pada tahun 2009, dan Sekolah Menengah Atas Negeri 12 Jakarta pada tahun 2012. Pada tahun yang sama penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur SNMPTN serta diterima di Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Kelautan. Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif dalam kepanitiaan I-SHARE 2013 sebagai Sekretaris divisi Sponsorship tahun 2012/2013. Penulis pernah menjadi asisten praktikum selam ilmiah tahun 2014 dan 2015, asisten Penginderaan Jarak Jauh Kelautan tahun 2015, asisten Keanekaragaman Hayati Laut tahun 2016. Penulis juga menjadi asisten pelatihan Molecular Genetic Technique tahun 2016 di Laboratorium Biosistematik dan Biodiversitas Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Penulis ikut dalam organisasi kemahasiswaan sebagai Dewan Formatur Himpunan Mahasiswa Ilmu dan Teknologi Kelautan (Himiteka) tahun 2014/2015. Pada tahun 2014, penulis bergabung menjadi anggota Marine Science and Technology Diving School (MSTDS) dan mendapat sertifikat Open Water Diving pada tahun 2014. Penulis juga bergabung dalam tim PKM dengan judul “Teknologi Double Panel untuk Destilasi Air Laut dalam Mengatasi Kekurangan Air Bersih di Daerah Pesisir” yang mmenjuarai pemenang pertama Tanoto Student Researh Award untuk mitra Institut Pertanian Bogor. Penulis aktif dalam kegiatan perkusi departemen ITK “Explorasi” yang menjuarai IAC “IPB Art Contest” tahun 2015 sebagai juara 1 perkusi. Dalam rangka penyelesaian studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, penulis melaksanakan penelitian dengan judul “Identifikasi Molekuler, Struktur dan Keragaman Genetik Karang Lunak Clavularia inflata Antar Tiga Populasi di Perairan Banten, Jakarta dan Natuna”.
