MARKAH MOLEKULER DALAM IDENTIFIKASI DAN ANALISIS KEKERABATAN TUMBUHAN SERTA IMPLIKASINYA BAGI MATA KULIAH GENETIKA

JURNAL ßIOêduKASI Vol 1 No (1) September 2012

ISSN : 2301-4678 FKIP Universitas Khairun

MARKAH MOLEKULER DALAM IDENTIFIKASI DAN ANALISIS KEKERABATAN TUMBUHAN SERTA IMPLIKASINYA BAGI MATA KULIAH GENETIKA (Telaah keilmuan genetika molekuler tumbuhan) SUPARMAN 1 1

Dosen Pada Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Khairun Email : [email protected]

ABSTRAK Sifat morfologi tanaman meliputi batang, variasi bunga dan bagian-bagian bunga serta variasi bentuk daun telah lama menjadi acuan identifikasi, pemetaan kekerabatan dan taksonomi tanaman, namun sifat morfologi dinilai terbatas karena langsung dipengaruhi lingkungan. Penanda lain yang lebih stabil berupa penanda biokimia seperti isozyma. Penanda ini lebih baik, kurang dipengaruhi kondisi pertumbuhan karakter kuantitatif dan lebih cocok untuk identifikasi varietas, namun terkadang penanda ini juga tidak menunjukan perbedaan yang nyata antar genotip yang diuji. Keterbatasan tersebut, memunculkan markah molekuler, yakni penanda yang ditentukan langsung oleh materi genetik berupa DNA. Sekuen DNA memberikan banyak character state karena perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda dan lebih akurat serta menghasilkan kekerabatan yang lebih alami. Karakter markah molekuler berupa sekuen DNA pada tumbuhan dapat diambil dari genom nDNA, cpDNA, dan mtDNA. Sekuen DNA yang banyak digunakan pada tumbuhan ialah : mikrosatelit, ITS, gen rbcL, gapC, ndhF, matK, dan psaA. Gen rbcL secara khusus telah direkomendasikan sebagai DNA pada tumbuhan. Perkembangan markah molekuler memberikan implikasi berupa penambahan materi pada kuliah genetika yakni materi dasar bioinformatika dan filogenetik molekuler sebagai tool dalam analisis data molekuler. Lebih jauh lagi, bioinformatika dan filogenetika molekuler ini dapat direkomendasikan menjadi matakuliah pilihan. Kata kunci : markah molekuler, sekuen DNA, kekerabatan tumbuhan, DNA barkode Karakter morfologi yang berupa bentuk

pengelompokan tumbuhan adalah Cronquist

bunga, daun, batang, biji dan karakter fisiologi

(1981)

yang berupa kandungan fitokimia merupakan

mengklasifikasikan ribuan tumbuhan dalam

landasan utama identifikasi dan klasifikasi

sistem

tumbuhan.

ada

morfologi. Backer dan Van Den Brink (1965)

sekarang ini berdasarkan kemiripan morfologi

juga membukukan ratusan tamanan yang ada di

dan fisiologi tersebut. Salah satu panduan

Pulau Jawa berdasarkan karakter morfologi.

Sistem

taksonomi

yang

dalam

Suparman

terintegrasi

(2011)

berdasarkan

yang

karakter

59


Pengelompokan pada

tumbuhan


berdasarkan

masih

morfologi

memiliki

anatomi, fisiologi dan paleontologi tetapi

banyak

sekarang berkembang teknik molekuler dalam

keterbatasan, contoh nyata pada klasifikasi

rekonstruksi filogenetik. Hal ini juga untuk

Genus Mangifera terbaru yang dipublikasi oleh

menjembatani adanya organisme kompleks

Kostermans

mengindikasikan

yang sulit dibedakan hanya dengan data

keraguan pengelompokan (Yonemori, dkk.

morfologi. Data molekuler tersebut seperti peta

2002). Hal ini dapat dianalisis pada kelompok

restriksi, hibridisasi DNA, sekuen protein dan

uncertain position untuk 11 spesies dari

sekuen DNA. Peneliti cenderung menggunakan

Mangifera

diidentifikasi.

sekuen DNA karena dianggap lebih mudah

Keterbatasan markah morfologi juga dapat

dibanding dengan informasi molekuler yang

terlihat

lain (Li dan Graur, 1991).

Bompard

yang

pada

telah

pengelompokan

tanaman

Philantus niruri (Hidayat, dkk. 2008) yang karakter

warna

tumbuhannya

sangat

dipengaruhi oleh lingkungan sekitar.

penting

dalam

untuk

memaparkan

penggunaan

markah

molekuler berupa sekuen DNA yang spesifik

Perkembangan biologi molekuler mulai berperan

Latar belakang tersebut memicu penulis

perkembangan

dalam

menganalisis

identifikasi

tumbuhan

kekerabatan sebagai

dan

karakter

berbagai cabang Biologi, begitu juga peranan

alternatif yang menyediakan data lebih akurat

biologi molekuler dalam identifikasi dan

serta

pengelompokan kekerabatan tumbuhan. Semua

genetika molekuler ini terhadap matakuliah

proses

genetika.

kehidupan

seperti

perkembangan,

implikasi

dari

perkembangan

ilmu

fisiologi, dan reproduksi semua organisme dapat dilihat dengan pendekatan molekuler. Studi

evolusi

perkembangan

saat

ini

dipengaruhi

oleh

Biologi

molekuler,

dan

sebaliknya pendekatan evolusi juga digunakan untuk memahami dan mengembangkan Biologi molekuler (Nei dan Kumar, 2000). Perkembangan berpengaruh

pada

kedua

ilmu

pendekatan

tersebut

filogenetik,

sehingga kekerabatan antar organisme yang awalnya hanya berdasarkan data morfologi,

MARKAH MOLEKULER SUATU PENANDA

SEBAGAI

Markah molekuler merupakan penanda yang berbasiskan asam amino, protein atau sekuen DNA sebagai bahan utama. Penggunaan sekuen DNA sebagai penanda baik dalam identifikasi maupun taksonomi telah lama digunakan karena lebih menunjukan sifat yang alami. Pada dasarnya prinsip penggunaan markah molekuler ini sama dengan sifat

60


morfologi,

yakni

suatu

sama, berasal dari tempat yang berkondisi sama

individu atau spesies. Pada suatu individu yang

dan usia yang relatif sama. Objek penelitian

lengkap, penggunaan ciri dan tanda morfologi

dari

dapat langsung membantu ahli taksonomi.

kesimpulan berbeda jika berasal dari usia yang

Keterbatasan sifat morfologi mulai terlihat pada

berbeda, atau berasal dari tempat dengan

saat keterbatasan sampel morfologi, misalnya

kondisi

tidak ditemukan secara lengkap karakter-

pengambilan sampel beda usia. Analisis dari

karakter morfologi yang merupakan kunci

awetan

identifikasi

identifikasi,

bagi

untuk


mengenali

suatu

jenis.

Karakter

spesies

yang

lingkungan

kering

sama

yang

juga

karena

menghasilkan

berbeda,

sangat tidak

atau

sulit

untuk

cukup

hanya

morfologi yang ditemukan secara lengkap

membandingkan satu bagian saja, misalnya

namun beda usia juga akan mengalami masalah

daun atau batang saja, tetapi dibutuhkan semua

dalam identifikasi, hal ini disebabkan ada

bagian

beberapa tanaman yang menghasilkan senyawa

molekuler

tertentu misalnya minyak atsiri pada saat

pengambilan

dewasa sehingga pada saat masih muda tidak

menggunakan sampel dari semua bagian tubuh

ditemukan.

tumbuhan dengan jumlah kuantitaif yang tidak

Karakter morfologi berupa warna cendrung

tumbuhan. ternyata

Penggunaan memudahkan

sampel,

karena

tumbuhan

berbeda

manapun dengan pola yang sama.

Phyllanthus

pada

kasus

niruri/meniran

tanaman

dapat

terdapat

pada

semua

bagian

dkk,

Pengaruh lingkungan terhadap perubahan

2008). Pada sistem klasifikasi sebelumnya,

morfologi dan fisiologi yang tidak permanen

meniran digolongkan menjadi tiga kelompok

memperlihatkan bahwa karakter luar yang

berdasarkan karakter morfologi warna batang

dihasilkan

dan cabang, yaitu meniran merah, meniran

lingkungan tidak stabil. Hal ini mengecohkan

kuning, dan meniran hijau, tetapi karakter

identifkasi dan analisis kekerabatan tumbuhan

warna batang ini cenderung mengecoh karena

bahkan pada makhkuk hidup secara umum.

sangat dipengaruhi oleh lingkungan.

Markah molekuler dinilai lebih stabil sebagai

Penggunaan

sifat

(Hidayat

dalam

banyak, hal ini karena DNA pada tubuh

berbeda pada perlakuan lingkungan yang seperti

markah

morfologi

dalam

oleh

tumbuhan

karena

respon

penanda dan identifikasi serta dalam analisis

filogenetik dan taksonomi sering mengecoh

taksonomi,

Li

dan

Graur

(1991),

karena bersifat tentatif. Objek-objek yang

mengungkapkan bahwa DNA menyediakan

sedang dianalisis harus berada dalam kondisi

karakter yang lebih berlimpah dibandingkan

61



morfologi dan fisiologi, serta lebih cepat,

tumbuhan dapat diambil dari Inti, kloroplas,

praktis, dan efisien dalam pengerjaan.

dan mitokondria.

Sekuen character

DNA state

memberikan

karena

banyak

perbedaan

laju

perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus yang

berbeda

dan

lebih

akurat

serta

JENIS-JENIS MARKAH MOLEKULR Banyaknya gen pada genom makhluk hidup

menyebabkan

kesulitan

jika

harus

menghasilkan kekerabatan yang lebih alami.

dianalisis secara keseluruhan untuk identifikasi

Sistematika molekuler dengan menggunakan

dan analisis kekerabatan dari satu atau lebih

markah

telah

tingkat takson makhkuk hidup. Langkah yang

digunakan secara luas sebagaimana pada

sedang dilakukan oleh para ahli molekuler ialah

organisme lain dalam determinasi hubungan

mencari suatu gen yang dapat mencirikan suatu

filogenetik

Pada

jenis sekaligus membedakan antara satu jenis

pendekatan

dengan jenis lainnya. Gen tersebut akan

filogenetik dengan karakter molekuler telah

berfungsi sebagai suatu barkode sehingga lebih

digunakan dan efektif dalam mengelompokan

praktis dan efisien dalam identifikasi jenis

takson

tumbuhan dan analisis kekerabatan dari suatu

molekuler

(Asahina,

sistematika

yang

pada

dkk.

tanaman

2010).

Angiospermae

belum

terselesaikan

dengan

pendekatan fenetik (Reddy, 2009).

genus.

Penggunaan sekuen DNA juga dapat

Gen yang dijadikan markah molekuler

mengatasi kelemahan dari data morfologi yang

pada makhkuk hidup harus gen yang lestari

diketahui memiliki keterbatasan karakter dan

moderat “moderate conserved” dan memiliki

cenderung dipengaruhi lingkungan. Kelebihan

variasi yang cukup pada tiap spesies, hal ini

penggunaan markah molekuler, pertama sekuen

akan sangat bermanfaat dalam rekonstruksi

DNA memberikan data yang lebih akurat

filogenetik dan analisis pada level populasi.

terhadap karakter-karakter yang ada (Hidayat

Perbedaan laju mutasi pada kingdom hewan,

2008), kedua sekuen DNA menyediakan

tumbuhan, protista dan jamur menyebabkan

banyak character state karena perbedaan laju

seleksi

perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus

berbeda. Masing-masing gen penanda yang

yang berbeda adalah besar, ketiga sekuen DNA

dapat diajadikan rujukan dalam identifikasi dan

telah terbukti menghasilkan sebuah hubungan

taksonomi pada tiap kingdom ditunjukan pada

kekerabatan yang lebih alami. Karakter dari

Tabel.1 berikut :

pengambilan

gen

penanda

yang

markah molekuler berupa sekuen DNA pada

62



Tabel 1. Markah molekuler pada level spesies pada masing-masing kingdom (Hajibabaei, 2007) Gen/sekuen

Lokasi genomik

CO1-barkod 16s-RNA Cytb ITS1-rDNA ITS2-rDNA 18S-Rdna RbcL

Mitokondria Mitokondria Mitokondria Inti sel Inti sel Inti sel Kloroplas

Hewan 19577 41381 88324 12175 13923 21063 -

Secara umum untuk kelompok hewan telah

Jumlah sekuen genomik Tumbuhan Protista 520 1931 221 2059 165 1920 57693 68839 58065 67332 17121 32290 30663 37328

inti.

Pada

kelompok

direkomendasikan COI, 16s-RNA, dan Cytb

memperlihatkan

dalam identifikasi dan penggunaan dalam

dibandingkan

markah

dierekomendasikan

molekuler.

Semua

gen

tersebut

Jamur 410 285 1084 56675 56349 33327 -

hasil dengan

yang

jamur,

ITS

lebih

efektif

sekuen

sebagai

lain

DNA

dan

barkode

merupakan bagian dari genom mitokondria.

universal dalam semua kingdom fungi pada

COI, merupakan gen cytochrome c oxidase

consortium barcode of life (CBOL). Sementara

yang terdapat pada genom mitokondria, gen ini

kelompok protista dapat juga menggunakan

merupakan bagian dari subunit kompleks

sekuen ITS.

sitokrom oksidase yang merupakan bagian dari

Pada kelompok tumbuhan, beberapa gen

rantai transpor elektron. Beberapa penelitian

telah

menunjukan bahwa sekuen dari COI telah

filogenetik

efektif dalam identifikasi, secara khusus dalam

diantaranya mikrosatelit, ITS, gen rbcL, gapC,

kelompok hewan lebih dari 95% berhasil

ndhF, matK, dan psaA (Suparman, 2011).

dipisahkan dalam level sepesies pada hewan

Mikrosatelit adalah sekuen DNA sederhana

dengan

terdiri dari dua sampai enam pasang basa

menggunakan

sekuen

COI

(Ratnasingham dan Hebert, 2007). Sekuen nonkoding yang banyak digunakan

banyak

digunakan

dan

untuk

identifikasi

analisis tumbuhan

berulang yang disebut pula dengan Simple Sequence

Repeat

(SSRs).

Penggunaan

sebagai markah molekuler ialah ITS, “Internal

mikrosatelit banyak pada penelitian eukariotik

Transcribed Spacer” merupakan suatu daerah

karena

non fungsional RNA yang ada antara struktur

eukariotik. Markah ini bersifat kodominan dan

rRNA pada prekursor transcript umum. ITS

dapat mendeteksi keragaman alel pada level

berukuran kecil kurang lebih 700 pasang basa

tinggi.

terdistribusi

merata

pada

genom

dan memiliki salinan yang banyak pada genom

63


Gambar 1.


Ilustrasi posisi, arah dan panjang basa gen rbcL pada genom kloroplas, berdasarkan Judd, dkk. (2002) ; Yoshinaga, dkk. (1996).

Salah satu markah molekuler yang banyak

filogenetik tumbuhan (Chase, dkk. 1993; Judd,

digunakan dalam filogenetik tumbuhan yakni

dkk. 2002). Penggunaan gen rbcL dalam

rbcL. Gen rbcL tanaman merupakan pengkode

filogenetik tumbuhan karena gen ini dimiliki

sub unit besar enzim riboluse-1,5-bisphosphate

oleh

carboxylse (RubisCo) yang berada di genom

tumbuhan parasit, bahkan ditemukan pula pada

kloroplas (Judd dkk, 2001) dan merupakan gen

sejenis flagelata (La Du, dkk,.2002), jika dilihat

yang universal pada hampir semua tanaman,

dari protein yang dihasilkan maka gen rbcL

sehingga penggunaanya akan efektif mengenali

mudah dideteksi. Hal ini karena RuBisCo yang

keragaman dalam semua tanaman. Penggunaan

dihasilkan oleh gen rbcL sangat melimpah

markah gen rbcL pada analisis filogenetik

dalam sel tumbuhan yakni sampai 15% dari

diantara spesies dalam satu genus telah

total protein tumbuhan (Lane, 1984), dan

dilakukan, seperti pada genus Zygophyllum dari

melebihi 50% dari total protein dalam kloroplas

famili Zygophyllaceae (Bellstedt dkk, 2008)

(Alberts, dkk. 2002). Gen yang terdapat pada

dan genus Caragana dari famili Leguminoseae.

genom

Gen rbcL merupakan gen pengkode salah satu enzim fotosintesis yakni large subunit Ribulosa-1,5-bisphosphate

carboxylase

semua

spesies

kloroplas

tumbuhan

tumbuhan

ini

kecuali

memiliki

panjang basa nukleotida sekitar 1428 base pair (2006; Judd, dkk. 2002). Efektivitas penggunaan gen rcbL dalam

(RuBisCo) atau RUBP karboksilase (Judd, dkk.

filogenetik

2002; Lane, 1984) yang berperan pada tahap

memperlihatkan hubungan kekerabatan evolusi

awal siklus Calvin dari fotosintesis, selain

diantara kelompok organisme (taxon) yang

fungsi

diteliti, selain itu gen rbcL juga merupakan gen

utamanya

dalam

menghasilkan

pada

RuBisCo, rbcL telah umum digunakan untuk

yang sangat

menyediakan sekuen

Angiospermae

data dalam analisis

tumbuhan

bunga

telah

lestari pada hampir semua (Stefanovic

dan

Olmstead,

64



2005). Consortium Barcode Of Life (CBOL)

Lambatnya laju mutasi pada gen rbcL ini

pada kelompok kerja bidang tanaman juga

kemungkinan berkaitan dengan fungsinya yang

merekomendasikan penggunaan rbcL sebagai

sangat

barcode salah satu penanda pada identifikasi

pengkode

tumbuhan secara umum yang dikombinasikan

spesies tumbuhan, perkiraan lokasi gen rbcl

bersama dengan gen matK (CBOL, 2009), hal

dalam genom dapat diketahui degnan melihat

ini berdasarkan eksistensi, efektifitas dan

peta genom kloroplas yang telah ada, misalnya

kelestarian laju mutasi kedua gen tersebut pada

pada tanaman Jagung, Kentang dan Tomat,

hampir semua spesies tumbuhan. DNA barcode

serta

ini, pada bidang sistematika dapat digunakan

diidentifikasi (Ravi, dkk. 2008), berdasarkan

dalam mengidentifikasi spesies tumbuhan, juga

peta kloroplas tersebut dapat digambarkan

berguna dalam analisis filogentik dan analisis

posisi gen rbcL dari gen-gen lainnya pada

populasi (Hajibabaei dkk, 2007), rekomendasi

kloroplas.

esensial

87

bagi

enzim

tumbuhan

rubisko.

spesies

Pada

lainnya

sebagai beberapa

yang

telah

ini memperkuat alasan penggunaan rbcL dalam analisis filogenetik dan kekerabatan tanaman dalam satu genus.

Penggunaan

Penggunaan gen rbcL pada penelitian filogenetik menunjukan pola filogenetik yang tidak

bertentangan

tumbuhan

dengan

berdasarkan

karakter

sistematika morfologi

dalam sistem Cronquist, misalnya analisis pada Caryophyllidae menghasilkan pohon yang yang bersifat monofiletik, begitu juga Apocynaceae, Apiaceae, dan Brassicaseae (Judd, 2002). Kelajuan mutasi rbcL yang lebih lambat dari gen-gen kloroplas lainnya, memungkinkan rbcL masih membawa informasi gen nenek moyang

lebih.

Barraclough

(1996)

mengemukakan terdapat korelasi positif antara kelajuan evolusi sequen gen rbcL dengan diversifikasi

spesies

BIOINFORMATIKA DAN FILOGENETIK MOLEKULER

pada

markah

molekuler

dalam

identifikasi, analisis kekerabatan dan taksonom tumbuhan tidak lepas dari ilmu bioinformatika yang merupakan perangkat pembantu dari tahap awal sampai akhir dari pengolahan pengolahan data molekuler. Bioinformatika merupakan

ilmu

interdisiplin

yang

menghubungkan ilmu komputer dan biologi, atau gabungan dari biologi dan informatik yang mengembangkan

teknologi

komputer

menyimpan,

untuk

menggunakan mengambil,

memanipulasi dan mendistribusikan data yang berhubungan dengan makromolekuler biologi seperti

DNA,

RNA,

dan

protein.

Bioinformatika terbatas pada sekuen, struktur

Angiospermae.

65



Gambar 2. Proses amplifikasi DNA/gen target (a) DNA awal yang mengalami denaturasi, yakni pemisahan DNA dengan pasangannya. (b) Anealling proses menempelnya primer dengan gen target. (c) ekstensi, proses pemanjangan gen target yang telah ditempeli primer dan tahap akhir dari siklus pertama PCR. (Newton & graham, 1995). dan analisis fungsi gen dan genom, serta produknya (Xiong, 2006).

Hasil PCR gen dilakukan elektroforesis dan dilihat dibawah sinar ultraviolet, untuk

Penggunaan markah molekuler setelah

lebih akurat dapat dilakukan proses sekuensing

diketahui gen target yang akan digunakan

yakni

untuk identifikasi maka hal yang pertama

menggunakan dDNTp sehingga didapatkan

dilakukan ialah desain primer dengan perangkat

huruf-huruf yang mencerminkan basa-basa

bioinformatika.

biasanya

nitrogen yang ada pada sekuen DNA tersebut.

dilakukan setelah mengetahui sekuen DNA

Hasil sekuensing dapat dianalisis dengan fungsi

yang

mensejajarkan

BLAST pada genebank, yakni membandingkan

beberapa sekuen gen yang sama dari jenis yang

sekuen gen dengan gen yang telah ada di

berbeda.

genebank.

lestari

Desain

dengan

Primer

ini

primer

cara

berfungsi

sebagai

pembacaan

sekuen

Langkah

DNA

selanjutnya

dengan

dapat

penginisiasi dalam mengisolasi gen target

dilakukan analisis bioinformatika tingkat lanjut

dalam proses PCR. DNA genom yang telah

baik

diisiolasi

identifikasi open reading frame (orf).

selanjtunya

di

PCR

untuk

filogenentik

molekuler

maupun

mengamplifikasi gen target. Proses PCR ini

Proses isolasi DNA, yang diawali dengan

menggunakan prinsip denaturasi, anealling dan

desain primer gen untuk isolasi serta analisis

elongasi DNA target.

filogenetik molekuler dan beberapa analisis bioinformatika merupakan materi genetika

66



molekuler yang belum diaajarkan di prodi Pendidikan Biologi Universitas Khairun, materi

only) Vol. II, Angiospermae, Families 111-160. N.V.P Nordhoff, Groningen, Netherland.

ini sudah mulai dikenalkan pada matakuliah genetika

lanjut.

Lebih

khusus

akan

di

rekomendasikan pada matakuliah tersendiri pada

pilihan

bioinformatika,

filogenetik

molekuler, dan rekayasa genetik. Kesimpulan Penggunaan

markah

molekuler

telah

memberikan paradigma baru yang berguna dalam

identifikasi

tumbuhan,

analisis

filogenetik, dan analisis taksonomi tumbuhan karena

tidak

lingkungan.

dipengaruhi Sekuen

gen

langsung

oleh

rbcL

telah

direkomendasikan oleh barcode of life sebagai DNA barkode pada tumbuhan. Secara khusus perkembangan markah molekuler berimplikasi pada penambahan materi perkuliahan genetika lanjut di prodi Pendidikan Biologi Unkhair serta rekomendasi penambahan matakuliah pilihan bioinformatika, filogenetik molekuler, dan rekayasa genetik. REFERENSI Asahina, H., Shinozaki, J., Masuda, K., Morimitsu, Y., dan Satake, M. (2010) : Identification of medicinal Dendrobium species by phylogenetic analyses using matK and rbcL sequences. The Japanese Society of Pharmacognosy and Springer. J Nat Med 64:133–138. Backer, C.A. dan Van Den Brink, R.C.B. (1965) : Flora of Java (Spermatophytes

Bellstedt, D.U., van Zyl, L., Marais, E.M., Bytebier, B., de Villiers, C.A., Makwarela, A.M., dan Dreyer, L.L. (2008) : Phylogenetic relationships, character evolution and biogeography of Southern African members of Zygophyllum (Zygophyllaceae) based on three plastid regions. Molecular Phylogenetics and Evolution 47 : 932– 949. Elsevier Inc Ga Hun Boo, Kyung Min Lee, et al., 2009, Classification of the Genus Ishige (Ishigeales, Phaeophyceae) in the North Pacific Ocean with Recognition of Ishige Foliacea Based on Plastid rbcL and Mitochondrial Cox3 Gene Sequences1, J. Phycol 45: 906–913, Phycological Society of America Hajibabaei, M, Singer, G.A.C, Hebert, P.D.N, and Hickey, D.A. (2007). DNA barcoding: how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population genetics. TRENDS in Genetics Vol.xxx No.x: 1-6 Hidayat, et al., 2008, Analisis Filogenetik Molekuler pada Phylantus niruri L (Euphorbiaceae), Jurnal Matematika dan Sains Vol. 13 No 1. Judd, W.S., Campbel, C.S., Kellog, E. A., Stevens, P. F., dan Donoghue, M. J. (2002) : Plant Systematics : Phylogenetic Approach, 2nd edition. Sinauer Associates, Inc. Publisher, Sunderland, Massachusets-USA. Lane, A. (1984) : The Penguin Dictionary of Botany. Penguin Book, Market House Books Ltd.

67


Li, W., dan Graur, D. (1991) : Fundamental of Molecular Evolution. Sinauer Associates, Inc. Li,

Xiaoxian and Zhou, Zhekun, 2008, Phylogenetic studies of the core Alismatales inferred from morphology and rbcL sequences, Progress in natural Science 19: 931-945, Elsevier limited and Science in China Press.

Maistro, Silvia, et al., 2007, Moleclular Phylogeny and Evolution Of The Order Tribonematales (Heterokonta, Xanthophyceae) Based On Analysis Of Plastidial Genes rbcL and psaA, Molecular Phylogeny and Evolultion 43: 407-417, Elsevier Inc. Nei, M., dan Kumar, S. (2000) : Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. Newton, C.R, Graham, A., (1995) : PCR, Intoduction to Biotechniques. Bios Scientific Publisher ltd. Ratnasingham, S., Hebert, P.D., 2007. The Barcode of Life Data System. Molecular ecology Notes. Reddy, B.U. (2009) : Molecular phylogeny of Angiospermic plant families using rbcL gene Sequences. International Journal of Bioinformatics Research, 1(2) : pp-27-36. Roche, 2009. PCR Applications Manual 3rd . www.rochwe-applied-science.com. Dikses 2009


Barcode Loci May Not Work in Complex Groups: A Case Study with Indian Berberis Species. PLoS ONE 5(10): e13674. doi:10.1371/journal.pone.0013674 Suparman. 2011. Analisis filogenetik Genus Mangifera Menggunakan Gen rbcL DNA Kloroplas. (Tesis S2 tidak diterbitkan). SITH-ITB. Bandung Xiong, J. 2006. Essential Bioinformatics. Cambridge University Press: New York. Yonemori, K., Honso, C., Kanzaki, S., Wiadthong, W., dan Sugiura, A. (2002) : Phylogentic relathionship of mangifera species revealed by ITS sequences of nuclear ribosomal DNA and a possibility of their hybrid origin. Plant Syst. Evol. 231: 59-75. Yoshinaga, K., Iinuma,H., Masuzawa, T., dan Uedal, K. (1996) : Extensive RNA editing of U to C in addition to C to U substitution in the rbcL transcripts of hornwort chloroplasts and the origin of RNA editing in green plants. Nucleic Acids Research, 24, No. 6. Oxford University Press Zhang, M., Fritsch, P.W., dan Cruz, B.C. (2009) : Phylogeny of Caragana (Fabaceae) based on DNA sequence data from rbcL, trnS–trnG, and ITS. Journal Molecular Phylogenetics and Evolution 50: 547–559.

Roderic, D.M. (2001) : Tree View Win 32. http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/ rod/rodhtml diakses tgl : 20 Februari 2009. Roy S, Tyagi A, Shukla V, Kumar A, Singh UM, dkk. (2009) : Universal Plant DNA 68

MARKAH MOLEKULER DALAM IDENTIFIKASI DAN ANALISIS KEKERABATAN TUMBUHAN SERTA IMPLIKASINYA BAGI MATA KULIAH GENETIKA

Recommend Documents