KERAGAMAN GENETIK CYTOCHROME B PADA BURUNG MAMBRUK (Goura sp.)

KERAGAMAN GENETIK CYTOCHROME B PADA BURUNG MAMBRUK (Goura sp.)

Oleh: Lasriama Siahaan G04400032

DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2006

ABSTRAK LASRIAMA SIAHAAN. Keragaman Genetik Cytochrome b pada Burung Mambruk (Goura sp.). Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan DJOKO WALUYO. Burung Mambruk (Goura sp.) merupakan satwa endemik Indonesia dengan status “Vulnerable” yang tersebar di daerah Pulau Irian Jaya dan beberapa daerah Papua New Guinea. Usaha konservasi terhadap spesies ini akan berhasil jika karakteristik morfologi, keragaman molekuler dan genetik dapat diketahui dengan pasti. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis keragaman genetik cytochrome b parsial dengan metode Polimerase Chain Reaction. Hasil perunutan dari amplifikasi pasangan primer M101 dan M102 pada cytochrome b parsial sepanjang 382 nukleotida (menyandikan 127 asam amino) disejajarkan (multiple aligment) dengan bantuan perangkat lunak Genetyx-Win versi 3.0 dan Clustal-X, selanjutnya dianalisis dengan program MEGA versi 3.0. Hasil analisis dari 382 nukleotida yang dibandingkan terdapat 42 situs nukleotida yang beragam dengan rata-rata kejadian substitusi transisi 0.05 dan rata-rata substitusi transversi 0.01. Perubahan bersifat non-sinonimus 7.08% (10 situs asam amino) dan perubahan bersifat sebesar 23.62% (30 situs asam amino). Jarak genetik nukleotida cytochrome b (metode p-distance) didapat bahwa nilai paling kecil adalah 0.26% dan nilai yang paling besar 7.07% dengan rata-rata sebesar 5.26%. Hasil rekonstruksi filogenetik dengan metode Neighbor Joining menunjukkan bahwa G.cristata lebih berkerabat dekat dengan G.scheepmakeri daripada G.victoria. Kata kunci: Goura sp., Cytochrome b, substitusi, perubahan

ABSTRACT LASRIAMA SIAHAAN. Genetic Diversity of Cytochrome b of Crowned-pigeons (Goura sp.), Supervised by DEDY DURYADI SOLIHIN and DJOKO WALUYO. Crowned-pigeon (Goura sp.) was one of endemic animal in Indonesia with “vulnerable" status which spread at Papua New Guinea and Irian Jaya Island. Conservation effort to this species will succeed if morphology characteristic and genetic diversity be known. The main purpose of this research is to analyze nucleotide variability of cytochrome b partial using Polymerase Chain Reaction method. The PCR product amplified by primer M101 and M102, then multiple aligment using Genetyx-Win 3.0™ and Clustal-X™, furthermore analyzed with MEGA 3.0™. The result of analyse from 382 nucleotide of cytochrome b partial encoding 127 amino acid. Findings 42 sites of nucleotide variable with average of transitional substitutions 0.05 and average transversions substitutions is 0.01. Value non-synonymous mutations is 7.08% (10 amino acid sites) whereas synonymus mutations is 23.62% (30 amino acid sites). Value of genetic distance of nucleotide cytochrome b (method p-distance) range from 0.26% - 7.07% with average 5.26%. Filogenetic reconstruction using Neighbor Joining method indicate that G.cristata were closer to G.scheepmakeri compare with G.victoria. Keyword: Goura sp., Cytochrome b, substitutions, mutations

7

mitokondria tidak hanya ditemukan pada kelompok burung, hal sama yang terjadi pada kelompok Rodensia dan Ikan (Kocher et al. 1989). Komposisi nukleotida-2 dari triplet kodon paling tidak beragam karena komposisi A (17.3%) sama, demikian pula dengan G (14.2%) untuk Goura sp. dalam penelitian ini. Basa dari triplet kodon yang paling banyak mengalami perubahan substitusi adalah basa ke3 sebesar 22.04% (28 situs), hal ini sesuai dengan pendapat Sorenson (2003) dimana kejadian substitusi pada basa ke-3 dari triplet kodon lebih banyak terjadi. Perubahan penerjemahan asam amino terjadi karena adanya substitusi nukleotida transisi (perubahan antar basa purin atau antar basa pirimidin) dan substitusi transversi (perubahan dari basa purin menjadi basa pirimidin atau sebaliknya). Transisi pada basa ke-3 tidak menyebabkan perubahan asam amino dan transversi basa ke-3 tidak selalu menyebabkan perubahan asam amino. Perubahan basa triplet kodon yang menyebabkan terjadinya perubahan asam amino non-sinonim adalah perubahan basa ke-1 sebesar 3.15% (4 situs asam amino), basa ke-2 sebesar 1.57% (2 situs asam amino), basa ke-3 sebesar 1.57% (2 situs asam amino), basa ke-1 dan 3 sebesar 1.57% (2 situs asam amino). Sedangkan perubahan asam amino sinonim terdapat pada perubahan basa ke-3 sebesar 20.47% (26 situs asam amino), basa ke-1 sebesar 3.15% (4 situs asam amino). Perubahan basa ke-1 umumnya menyebabkan perubahan asam amino. Kecuali pada asam amino Leu (leusin), walaupun transisi dan transversi terjadi pada basa ke-1 dan ke-3 tidak akan menyebabkan perubahan translasi asam aminonya. Dari 127 asam amino yang diamati terdapat 68.50% (87 situs) merupakan asam amino kekal (nukleotidanya tidak mengalami substitusi), 7.87% (10 situs) perubahan bersifat non-sinonim (nukleotida mengalami substitusi dan asam amino berubah) dan 23.62% (30 situs) perubahan bersifat sinonim (nukleotida mengalami substitusi dan asam amino tetap). Walaupun telah terjadi perubahan pada 42 situs nukleotida namun hanya 10 situs nukleotida beragam yang dapat mengubah asam amino (10 asam amino). Sepuluh situs asam amino yang berubah terjadi secara transisi dan transversi basa ke-1 (4 situs asam amino yaitu L (leusina) menjadi F (fenilalanina), M (metionina) menjadi L (leusina), T (treonina)

menjadi A (alanina) dan F (fenilalanina) menjadi L (leusina); transisi basa ke-2 (2 situs asam amino yaitu F (fenilalanina) menjadi S (serina) dan M (metionina) menjadi T (treonina); transversi basa ke-3 (2 situs asam amino yaitu C (sisteina) menjadi W (triptofan); serta perpaduan transisi basa ke-1 dan transversi basa ke-3 (2 situs asam amino yaitu S (serina) menjadi P (prolina) dan L (leusina) menjadi F (fenilalanina). Sedangkan situs nukleotida yang mengalami substitusi lebih banyak (30 situs asam amino) terjadi secara sinonim bukan nonsinonim sehingga tidak mengubah asam aminonya. Kelompok burung (spesies, genera dan famili) memiliki rata-rata jarak genetik yang lebih kecil daripada jarak takson yang sama antara mamalia, amphibi dan reptil. Secara umum kelompok burung memiliki jarak genetik intraspesies yang sangat kecil (Stanley & Harrison 1999). Jarak genetik (p-distance) berdasarkan jumlah nukleotida yang berbeda, memperlihatkan jarak genetik intraspesies Goura sp. yang paling rendah adalah 0.26% (G. scheepmakeri dengan G. cristata) dan paling tinggi sebesar 7.07% (G. victoria GenBank dengan G. victoria hasil penelitian) dengan ratarata sebesar 5.26%. Rata-rata jarak genetik antar spesies yang dibandingkan adalah 11.54% dan jarak genetik rata-rata famili Columbidae (data dari GenBank) sebesar 9.79%. Jarak genetik ini mendukung hasil penelitian Johnson & Clayton (2000) yaitu didapatkan bahwa perbedaan nukleotida Cyt b antar spesies Columbiformes sekitar 0.97-17.07%. Hasil ini juga mengasumsikan kekerabatan yang dekat di antara Goura sp. bahkan antar spesies Columbidae. Kekerabatan genetik antara G. cristata dengan G. scheepmakeri (dengan nilai bootstrap 80%) lebih dekat dengan morfologi yang lebih mirip jika dibandingkan dengan G. victoria. Burung Mambruk dari jenis G. scheepmakeri berada di antara G. cristata dan G. victoria. Dalam penelitian Stanley dan Harrison (1999), pada kelompok burung terjadi perbedaan mencolok dalam penggunaan kodon C-U terutama pada kodon ketiga. Hal ini menjelaskan terjadinya penurunan perbandingan pertukaran substitusi diam (silent substitution) yang berhubungan erat dengan kodon bias yang terjadi pada saat penerjemahan kodon.

KATA PENGANTAR Persembahan syukur kepada Allah Bapa atas anugerahNya, sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah ini. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan September 2004 ini adalah ”Keragaman Genetik Cytochrome b pada Burung Mambruk (Goura sp.). Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA dan Bapak drh. Djoko Waluyo, M.S selaku pembimbing dan penyandang dana dalam penelitian ini. Disamping itu, penghargaan penulis sampaikan kepada Taman Burung Taman Mini Indonesia Indah (TMII) yang telah membantu dalam hal penyediaan contoh darah burung Mambruk. Tak lupa penulis sampaikan kepada Bapak Heri yang telah membantu dalam masalah tehnik laboratorium serta rekan-rekan kerja di Laboratorium Biologi Molekuler Pusat Studi Ilmu Hayati IPB, Ibu Rini, K’ Chule, K’Evi, Virgo atas saran, dukungan dan kerjasama yang terjalin selama bekerja di Laboratorium. Terimakasih juga penulis ucapkan kepada saudara terkasih Ike, T’ Lucien, K’ Regina, K’ Anna, B’ Andrew, Pemuda GKI Pengadilan Bogor atas segala bentuk dorongan dan perhatiannya, Lies dan Biologi angkatan 37’ atas kebersamaannya. Segala cinta dan terima kasih penulis ungkapkan kepada Bapak, Oma, Nardus, Herman, Okki, Mindo atas doa, dukungan moral, material, kesabaran dan kasih sayangnya. Berharap karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Maret 2006

Lasriama Siahaan

KERAGAMAN GENETIK CYTOCHROME B PADA BURUNG MAMBRUK (Goura sp.)

LASRIAMA SIAHAAN

Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2006

Judul : Keragaman Genetik Cytochrome b pada Burung Mambruk (Goura sp.) Nama : Lasriama Siahaan NRP : G04400032

Menyetujui,

Pembimbing I,

Pembimbing II,

Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA NIP. 131415134

drh. Djoko Waluyo, M.S NIP. 130350056

Mengetahui, Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor

Dr. Ir. Yonny Koesmaryono, M.S NIP. 131473999

Tanggal lulus:

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Pangururan, Sumatera Utara pada tanggal 02 Mei 1983 dari ayah Tigor Siahaan dan Ibu Tiarasi Simbolon. Penulis merupakan anak pertama dari lima bersaudara. Pada tahun 2000 penulis lulus dari SMUN 1 Pangururan dan pada tahun yang sama lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB. Penulis memilih Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetetahuan Alam. Selama mengikuti perkuliahan, penulis adalah anggota di Himpunan Mahasiswa Biologi 2000/2001. Penulis melaksanakan praktik lapang selama dua bulan di PT. Alpharma, Jakarta. Penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Ekologi Dasar pada tahun ajaran 2003/2004.

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL………………………..…….……………………..................................

Halaman vi

DAFTAR GAMBAR……………………..…….……………………................................

vi

DAFTAR LAMPIRAN……………………………………………………………………….

vi

PENDAHULUAN…………………………………….………………………………………

1

BAHAN DAN METODE…………………………………………………………………….

2

Bahan………………………………………………….…………………………………

2

Metode……………………………………………….…………………………………..

2

Pengambilan sampel………………………….…………………………………….

2

Isolasi dan Purifikasi DNA…………………...……………………………………..

2

Uji kualitas DNA…………………………………….……………………………….

2

Amplifikasi Daerah Sitokrom b (Cyt b)……………….……................................

2

Perunutan Nukleotida dan Analisis Data…………….……................................

3

HASIL ……………………….…………………………………...………………………….

3

Amplifikasi Daerah Cytochrome b (Cyt b)…………..………..............................

3

Analisis Perunutan Nukleotida Gen Sitokrom b Parsial…................................

3

PEMBAHASAN …………………………………………………………………………….

6

SIMPULAN DAN SARAN………………………………………………………………….

8

DAFTAR PUSTAKA………………………………………………………………………..

8

LAMPIRAN…………………………………………………………………………………..

11

vi

DAFTAR TABEL

Halaman 1 Rataan Komposisi Nukleotida Cyt b Parsial………………………………......

4

2 Situs Kodon Penyandi Beserta Asam Amino………………………………….

4

3 Jumlah dan Posisi Basa dari Triplet Kodon Beragam………………………..

5

4 Rataan Tansisi Basa ke-1,2,3 dan Rataan Transversi……………………….

5

5 Jarak Genetik Nukleotida Cyt b Parsial………………………………………..

6

DAFTAR GAMBAR

Halaman 1 DNA Mitokondria Avian (Gallus gallus)………………………………………...

2

2 Profil Fragmen Produk PCR Cyt b Burung Mambruk………………………...

3

3 Situs Pengenalan Primer dan Hasil Penjajaran Nukleotida……………........

3

4 Rekonstruksi Filogenetik Nukleotida Cyt b Parsial……………………………

6

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman 1 Peta Penyebaran Goura sp……………………………………………………...

11

2 Hasil Perunutan Nukleotida Cyt b (382 Nukleotida) Goura sp………………

13

3 Matriks Perbedaan Nukleotida dan Jarak Genetik Goura sp………….........

15

4 Penjajaran Berganda Nukleotida Cyt b Parsial Goura sp……………………

16

5 Penjajaran Berganda Asam Amino Cyt b Parsial Goura sp…………………

18

6 Jumlah Penggunaan Kodon pada Cyt b Parsial Goura sp………………….

19

7 Gambar Gallus gallus dan Spesies Famili Columbidae……………………..

20

PENDAHULUAN Sekitar 17% populasi burung di dunia ada di Indonesia, termasuk burung yang jenisnya endemik. Salah satu burung endemik Indonesia adalah burung Mambruk atau Dara mahkota (Goura sp.). Sibley dan Ahlquist (1991) mengelompokkan Goura sp. dalam superordo: Passerimorphae; ordo: Columbiformes; famili : Columbidae (Pigeons dan Doves); sub-famili: Gourinae; genus: Goura. Genus ini memiliki tiga spesies antara lain: Goura victoria (Mambruk raja/ Mambruk kembang) yang terbesar dalam kelompok pigeon (Perrins & Middleton 1985), G. cristata (Mambruk polos/Mambruk kelabu) dan G. scheepmakeri (Mambruk besar/Mambruk ungu). Secara umum G. cristata (Western crowned-pigeon) hanya tersebar di daerah Kepala Burung Irian Jaya (Lampiran 1a), G. scheepmakeri (Southern crowned-pigeon) tersebar di daerah selatan Irian Jaya dan Papua New Guinea (Lampiran 1b). sedangkan G. victoria (Victoria crowned-pigeon) tersebar di bagian utara Irian Jaya dan Papua New Guinea (Lampiran 1c). Burung Mambruk merupakan satwa yang dilindungi oleh pemerintah Indonesia yang tercantum dalam undang-undang Peraturan Perlindungan Binatang Liar 1931 (tertulis semua jenis dari genus Goura) dan Peraturan pemerintah No. 7 Tahun 1999 untuk semua jenis dari genus Goura (Noerdjito & Maryamto 2001). Burung Mambruk termasuk dalam status rawan (“vulnerable”) artinya spesies ini akan menjadi genting (“endangered”) dimasa mendatang populasinya yang terus menurun sebagai akibat dari daerah habitatnya yang semakin sempit, diburu untuk dijadikan sebagai satwa peliharaan karena nilai jualnya cukup tinggi dan untuk dikonsumsi sebagai sumber protein bagi penduduk setempat. Berat rata-rata burung Mambruk dapat mencapai 1800-2400 gram dengan tinggi 66-79 cm, sehingga memungkinkan untuk dijadikan sebagai sumber protein hewani (Kilmaskossu 2001). Upaya mempertahankan dan melestarikan suatu organisme memerlukan data informasi lengkap seperti morfologi, sifat biologi, ekologi persarangan, dan musim perkembangbiakan (Kilmaskossu 2001), keragaman genetik dan determinasi jenis kelamin (Duryadi 2002). Usaha-usaha penangkaran pada kondisi alami, semi alami atau budidaya (pemeliharaan intensif)

perlu untuk menunjang konservasi burung ini agar dapat mencegah kepunahan lebih lanjut. Informasi genetik yang telah didapat mengenai genom kelompok burung (avian) telah berkembang dengan pesat. Berdasarkan kandungan protein putih telur, Sibley dan Ahlquist (1991) menyimpulkan bahwa genom kelompok burung umumnya terdiri atas 6070% kopi linier, 13-20% ruas pengulangan intermedian dan 16-20% ruas berulang yang tinggi. Data ini telah digunakan untuk keperluan eksplorasi keragaman genetik dan sejarah evolusi asal usul kelompok burung. Penelitian Johnson dan Clayton (2000), menguji keabsahan perbandingan filogenetik famili Columbiformes dengan membandingkan DNA inti, yaitu β-fibrinogen intron-7 (FIB7) dan mitokondria (cytochrome b/ Cyt b), hasilnya menunjukkan perbedaan nukleotida antar spesies Columbiformes sekitar 0.97-17.07% untuk Cyt b dan 0.277.03% untuk FIB7. Ini mengindikasikan bahwa Cyt b berkembang 5.6 kali lebih cepat dari FIB7. Uji pada daerah non-coding DNA mitokondria yaitu D-loop didapatkan bahwa substitusi transversi lebih sedikit, walaupun demikian data ini masih dapat membantu untuk determinasi kejadian mutasi untuk mtDNA. Daerah gen penyandi Cyt b pada kelompok burung (Gallus gallus) berukuran 1143 nukleotida (nt) terletak diantara ND5 dan tRNAThr (Desjardins & Morais 1990) (Gambar 1). Cytochrome b setiap tingkat spesies memiliki variasi yang cukup tinggi, ini menjadi alasan mengapa Cyt b sering dipakai sebagai pembanding analisis filogenetik untuk tingkat spesies, genus atau famili yang sama (Randi 1996).

2

tRNA Thr

16.7 kb

Gambar 1 DNA mitokondria avian (Gallus gallus). Kurangnya informasi mengenai burung Mambruk ini baik secara bioekologi, morfologi, molekuler atau genetik, untuk keperluan data di lapangan menjadi salah satu kesulitan bagi usahausaha konservasi dan peningkatan populasinya. Data hasil penelitian ini diharapkan dapat dijadikan acuan dalam penelusuran asal usul dan perbedaan dari ketiga spesies burung Mambruk yang ada. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik cytochrome b burung Mambruk dengan merunut sebagian situs gen penyandi Cyt b. Penelitan ini dimulai pada bulan September 2004 hingga November 2005 di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Studi Ilmu Hayati (PSIH), IPB, Bogor.

BAHAN DAN METODE Bahan Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah contoh darah burung Mambruk sebanyak 8 ekor yakni 7 ekor koleksi Taman Burung Taman Mini Indonesia Indah (TMII) dan 1 ekor koleksi Laboratorium Biologi Molekuler PSIH, IPB, Bogor. Metode Pengambilan Sampel. Sampel darah diambil dari sayap tepatnya di bagian vena vulgaris menggunakan syringe 1cc/ml yang sebelumnya telah diisi dengan ¾ volume 10% etylene tetra

acetic acid (EDTA) sebagai anti koagulan, kemudian disimpan pada suhu -20oC. Isolasi dan purifikasi DNA. DNA total hasil isolasi dipurifikasi dengan metode purifikasi fenol yang telah dimodifikasi. Dalam tabung eppendorf 1.5 ml dimasukkan sampel darah sebanyak 250-500 µl dan ditambahkan dengan lysis buffer 1x volume dikocok sampai homogen. Campuran disentrifugasi pada 6500 rpm selama 1 menit. Pada endapan ditambahkan 200 µl rinse buffer, dan divortex. Setelah itu 500 µl digestion buffer ditambahkan pada tabung, dikocok sampai homogen lalu diinkubasi pada suhu 55oC sampai semalam (± 16 jam). Setelah inkubasi, 500 µl larutan fenol ditambahkan pada supernatan, dikocok selama 20 menit, lalu disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 3 menit. Supernatan dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambah dengan Chloroform isoamil alcohol (CIAA) sebanyak 500 µl dikocok hingga homogen serta disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 3 menit. Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke dalam tabung baru dan ditambahkan etanol absolut sebanyak 2x volume, disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 3 menit hingga terdapat endapan putih. Endapan tersebut dicuci dengan menambahkan alkohol 70% 1x volume dengan sentrifugasi 13.000 rpm selama 3 menit. Endapan kemudian dikeringkan pada suhu ruang. Selanjutnya pada endapan ditambahkan Tris EDTA (TE), disentrifugasi pelan dan diinkubasi pada suhu 37oC selama 15 menit lalu disimpan dalam freezer. Uji kualitas DNA. DNA total yang telah dipurifikasi kemudian dielektroforesis pada gel agarose 1.2% menggunakan larutan buffer 1xTBE (89 mM Tris, 89 mM Asam Borat dan 2 mM EDTA, pH 8.0) dalam piranti submarine electrophoresis (Hoefer). DNA divisualisasikan menggunakan UV Transluminator ( λ=260 nm). Amplifikasi daerah Cytochrome b. Hasil ekstraksi berupa DNA total digunakan sebagai cetakan untuk mengamplifikasi daerah Cyt b. Sepasang primer digunakan untuk mengamplifikasi daerah Cyt b yaitu M101 5’CAA ATC CTC ACA GGC CTA TTC CTA GC -3’ (forwad), dan M102 5’-TAG GCG AAT AGG AAA TAT CAT TCG GGT TGA T-3’ (reverse). Pasangan primer ini mengamplifikasi dengan kondisi predenaturasi pada suhu 94oC selama 3 menit,

3

denaturasi pada suhu 94oC selama 30 detik, anealing pada suhu 54oC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72oC selama 2 menit. Siklus ini diulang sebanyak 35 kali, selanjutnya postelongasi pada suhu 72oC selama 5 menit. PCR dilakukan dengan menggunakan mesin GeneAmp® PCR System 2400 (Perkin-Elmer). Komposisi untuk tiap reaksi PCR terdiri dari DNA total 2-5 µl (10-100 ng), 10x buffer PCR mix 5 µl, 25 mM MgCl2 2 µl, 10 mM dNTP mix 1 µl, 25 pM primer M101 dan M102 masingmasing 2 µl, dan 5 unit/µl Tag DNA polymerase 0.2 µl dan air steril hingga volume total 50 µl. Perunutan nukleotida dan analisis data. DNA Cyt b produk PCR dirunut dengan menggunakan mesin pengurut DNA otomatis ABI Prism versi 3.4.1 (USA). Data perunutan yang diperoleh disejajarkan (alignment) dengan menggunakan perangkat lunak Genetix-Win versi 3.0 dan Clustal-W (Thompson et al. 1994). Kemudian basa-basa asam amino gen penyandi Cyt b diterjemahkan dengan menggunakan Vertebrate mitochondrial translation code yang terdapat dalam MEGA versi 3.0. Sebagai pembanding dalam penelitian ini digunakan nukleotida lengkap Gallus gallus (Chicken) dari famili Phasianidae (nomor akses NC007237, Desjardins & Morais 1990 ) dan spesies famili Columbidae (Lampiran 6) yaitu: Alectroenas madagascarensis dari famili Columbidae (Madagascar blue-pigeon) (AF483344, Shapiro et al. 2002), Didunculus strigirostris dari famili Columbidae (tooth-billed pigeon) (AF483343, Shapiro et al. 2002), Leptotila verreauxi fulviventri dari famili Columbidae (white-tipped doves) (AF279704, Clayton et al. 2003), Ptilinopus superbus dari famili Columbidae (fruit-doves) (AF483329, Shapiro et al. 2002), Columba livia dari famili Columbidae (Rock Pigeon/common pigeon) (AF182694, Johnson & Clayton 2000), Leptotila megalura dari famili Columbidae (white-faced dove) (AF182697, Johnson & Clayton 2000). Analisis rekonstruksi filogenetik menggunakan perangkat lunak MEGA versi 3.0 (Kumar et al. 2004) dengan menggunakan bootstrapped Neighbor-Joining dengan 1000 kali pengulangan.

cristata (m2, m3); 4 ekor G. scheepmakeri (m4, m5, m6, m7) dan 1 ekor G. victoria (a1) koleksi Laboratorium Biologi Molekuler. Amplifikasi daerah Cyt b Hasil amplifikasi Cyt b menggunakan pasangan primer M101 dan M102 adalah sepanjang 704 bp (Gambar 2) dari 1045 nukleotida (nt) Cyt b utuh G. cristata (nomor akses AF182709) terletak pada situs ke-35 sampai dengan situs yang ke-738 (Johnson & Clayton 2000).

* Marker 50 bp; cetak tebal produk PCR yang dirunutkan yaitu m3 (G. cristata); m7 (G. scheepmakeri); a1 (G. victoria).

Gambar 2 Hasil elektroforesis pada gel agarose fragmen produk PCR (704 bp) dari Cyt b burung Mambruk. Analisis perunutan nukleotida Cyt b parsial Delapan contoh darah yang diamplifikasi, empat di antaranya dirunut DNAnya (sequencing) dan satu tidak digunakan sebagai data karena banyak terdapat N. Fragmen produk PCR sepanjang 704 bp yang dirunut dengan mesin perunut otomatis ABI Prism versi 3.4.1 didapat 382 nukleotida (nt) yang jelas, tidak ambigius dan baik urutannya (Lampiran 2). Setelah disejajarkan (alignment) dengan nukleotida Cyt b Gallus gallus dari GenBank dan spesies lain dari famili Columbidae sebagai pembanding, didapat hasil bahwa fragmen sepanjang 382 nt (Lampiran 4) ini terletak pada situs ke-242 sampai dengan situs ke-623 Cyt b utuh G. cristata GenBank (Gambar 3). tRNA-Thr

ND5 Sit b (1045 nt) 382 nt *

704 bp

HASIL Hasil identifikasi pengamatan morfologi setiap sampel dari Taman Burung/TMII (n=7) didapatkan 1 ekor G. victoria (m1); 2 ekor G.

Primer M101 26 bp

Primer M102 31 bp

........ produk PCR situs ke 35-738 _ _ _ hasil perunutan situs ke 242-623

Gambar 3 Situs penempelan primer dan hasil penjajaran nukleotida.

4

Cyt b utuh G. Cristata GenBank). Komposisi basa ke-1 pada triplet kodon (nukleotida-1) paling banyak ditemukan adalah nukleotida A (28.1%) diikuti oleh nukleotida C (27.3%), T (25.0%) dan G (22.7%). Komposisi basa ke-2 dari triplet kodon (nukleotida-2) paling banyak (Tabel 1) adalah nukleotida T (42.5%) diikuti oleh nukleotida C (26.0%), A (17.3%), G (14.2%). Sedangkan untuk komposisi basa ke3 dari triplet kodon (nukleotida-3) yang paling banyak (Tabel 1) adalah nukleotida C (53.7%) diikuti dengan nukleotida A (32.8%), T (11.0%), dan G (2.5%) (Tabel 1).

Hasil penjajaran sepanjang 382 nukleotida paling banyak ditemukan fragmen tersebut adalah nukleotida C (35.4%), diikuti dengan A (26.0%), T (25.7%) dan yang paling sedikit adalah G (12.9%). Komposisi pasangan nukleotida A+T lebih tinggi pada G. cristata (52.8%), dan paling rendah pada G. victoria 49.7% dengan rataan 51.7%, sedangkan untuk komposisi pasangan nukleotida C+G lebih tinggi pada G. victoria (50.3%) dan paling rendah pada G. cristata (47.2%) dengan rataan 48.3% (Tabel 1). Fragmen sepanjang 382 nukleotida ini menyandikan 127 asam amino yaitu mulai dari asam amino ke 81 sampai dengan asam amino ke 207 (situs acuan adalah asam amino hasil translasi

Tabel 1 Rataan komposisi nukleotida Cyt b parsial Goura sp. hasil penelitian, G. cristata GenBank, dan G. victoria GenBank

1 2 3 4 5 R

T(U) C

A G

A+T

C+G

T-1 C-1 A-1 G-1 **

T-2 C-2 A-2 G-2 ***

T-3 C-3 A-3 G-3 ****

26.4 26.4 26.4 24.6 24.3 25.7

26.2 26.4 25.7 26.2 25.4 26.0

52.6 52.8 52.1 50.8 49.7 51.7

47.4 47.2 47.9 49.3 50.3 48.3

23.4 26.6 28.1 21.9 23.4 26.6 28.1 21.9 25.0 25.0 28.1 21.9 24.2 25.8 28.1 21.9 23.4 27.3 26.6 22.7 23.9 26.3 27.8 22.0

42.5 26.0 17.3 14.2 42.5 26.0 17.3 14.2 42.5 26.0 17.3 14.2 40.9 27.6 17.3 14.2 41.7 26.8 17.3 14.2 42.0 26.5 17.3 14.2

13.4 52.0 13.4 51.2 11.8 53.5 8.7 54.3 7.9 57.5 11.0 53.7

34.8 34.6 34.8 35.9 37.2 35.4

12.6 12.6 13.1 13.4 13.1 12.9

33.1 33.9 31.5 33.1 32.3 32.8

1.6 1.6 3.1 3.9 2.4 2.5

1. G. cristata*; 2. G. cristata._m3; 3. G. scheepmakeri._m7; 4. G. victoria_a1; 5. G. victoria*; R.Avg; * GenBank; ** basa ke-1 dari triplet kodon; ** basa ke-2 dari triplet kodon *; **** basa ke-3 dari triplet kodon.

Hasil penjajaran (382 nt) nukleotida G. victoria GenBank, G. cristata GenBank, Goura sp. hasil penelitian terdapat 42 situs nukleotida beragam yang terdapat dalam 40 situs asam amino (Tabel 2). Situs nukleotida

yang beragam merupakan hasil kejadian substitusi basa ke-3 (paling banyak) diikuti dengan substitusi basa ke-1, basa ke-2 dan basa ke-1 dan 3 (Tabel 3).

Tabel 2 Situs kodon penyandi beserta asam amino yang mengalami perubahan pada Cyt b parsial dari G. cristata GenBank, G. victoria GenBank, Goura sp. hasil penelitian 82

99

104

107

108

110

112

119

120

128

131

132

G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB

AAC ... ... ..T ...

TAT ... ..C ..C ...

GGA ... ... ..G ...

TCA ... ..C ... ...

TTT ... ... ... ..C

GGT ... ..A ..A ..C

ACA ... ..G ... ...

TCC ... ... C.A ...

GCC ... ..T ..T ..T

ATT ... ... ... ..C

TGA ... ... ... ..G

GCC ... ..T ... ...

Situs as.amino

82

99

104

107

108

110

112

119

120

128

131

132

134 139

G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Situs ke (kodon) G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB

N . . . .

Y . . . .

G . . . .

S . . . .

F . . . .

G . . . .

T . . . .

S . . P .

A . . . .

I . . . .

W . . . .

A . . . .

G . . . .

Situs ke (kodon)

140 147

AAT ... ... ..C ..C

TTC ... ... .C. ...

149

150

156

157

158

161

168

169

171

175

CTC ... ... T.. ...

CAC ... ... ..T ...

ATA ... ... ... C..

ATT ... ... ..C ...

GCT ... ..C ... ..C

ACC ... ... ... G..

TTA ... ... C.. C..

CAT ... ..C ..C ..C

TCC ... ..T ... ...

AAT ... ..C ..C ..C

134 139

GGT ... ... ..C ...

GAT ... ... ..C ..C D . . . .

177 178

CTA ... ... T.. T..

GGC ... ... ... ..T

5

Situs as.amino

140 147


N . . . .

F . . S .

149

150

156

157

158

161

168

169

171

175

177 178

L . . F .

H . . . .

M . . . L

I . . . .

A . . . .

T . . . A

L . . . .

H . . . .

S . . . .

N . . . .

L . . . .

180

183

184


TCT ... ... ..C ...

TGC ... ... ..G ...

GAC ..A ..T ..T ..T

TTT ... ... ... ..C

CTA ... ... T.. ...

ATT ... ..C ..C ..C

Situs as.amino

180

183

184

192

194

197 198


S . . . .

C . . W .

D E . . .

F . . . .

L . . . .

Situs ke (kodon)

192

194 197

I . . . .

198

200

201

202

205

207

CTT ... T.. ... T.C

TTC ... ... ... C..

ATA ... ... .C. .C.

CTA ... ..G ..G ...

CTC ... ... ... ..T

CTA ... T.. ... ...

200

201

202

205

207

F . . . L

M . . T T

L . . . .

L . . . .

L . . . .

L . F . F

G . . . .

Angka cetak tebal : situs as.amino yang berbeda pada Goura sp. Huruf tebal, garis bawah : perubahn non-sinonimus (nukleotida berubah dan as.amino berubah). Kodon ke-82 sama dengan asam amino ke-2 hasil penjajaran Kodon ke-207 sama dengan asam amino ke-127 hasil penjajaran

Tabel 3 Jumlah dan posisi basa dari triplet kodon Cyt b parsial (42 situs) G. cristata GenBank, G. victoria GenBank dan Goura sp. hasil penelitian Basa beragam

Ke-1 Ke-2 Ke-3 Ke-1 dan 3 Total

Jumlah situs nukleotida

Jumlah Situs asam amino

8 2 28 4

8 (6.29%) 2 (1.57%) 28 (22.04%) 2 (1.57%)

42 situs

40 situs

Kejadian substitusi transisi dan transversi memberi kontribusi pada keragaman nukleotida (Tabel 4). Kejadian substitusi transisi lebih besar pada tingkat spesies daripada nilai transversi. Sedangkan untuk tingkat genus umumnya nilai transversi lebih besar (Kocher et al. 1989). Nilai transisi terbesar 0.06 (G. victoria GenBank dan G. victoria hasil penelitian tehadap G. cristata GenBank; G. victoria GenBank terhadap G. victoria hasil penelitian) dan nilai terkecil 0.00 antara G. cristata GenBank terhadap G. cristata hasil penelitian dimana rata-rata kejadian substitusi transisi sebesar 0.05. Sedangkan nilai transversi terbesar 0.01 dan terkecil adalah 0.00 dengan rata-rata 0.01.

Tabel 4 Rataan transisi basa ke-1,2,3 (di bawah diagonal) dan rataan transversi basa ke- 1, 2, 3 (diatas diagonal) pada Goura sp. hasil penelitian, G. cristata GenBank dan G. victoria GenBank 1

1]G.crist_GenB 2]G.crist_m3 3]G.scheep_m 4]G.vict_a1 5]G.vict_GenB

0.00 0.03 0.06 0.06

2

3

0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05

4

5

0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06

Berdasarkan jumlah perbedaan nukleotida didapatkan jarak genetik intraspesies Goura sp. terhadap Gallus gallus paling kecil 0.26% dan paling tinggi 21.99% dengan rata-rata perbedaan nukleotida 10.73% (41 nt) (Tabel 5). Sedangkan untuk intraspesies Goura sp. jarak genetik paling tinggi 7.07% dan paling rendah 0.26% dengan rata-rata perbedaan nukleotida sebesar 5.23% (20 nt).

6

Tabel 5 Jarak genetik nukleotida Cyt b parsial (382 nt) G. cristata GenBank , G. victoria GenBank, Goura sp. hasil penelitian dan Gallus gallus sebagai pembanding 1 1]Gal.gallus* 2]G.crist* 3]G.crist-m3 4]G.sche-m7 5]G.vict-a1 6]G.vict*

0.2120 0.2147 0.2199 0.2068 0.2147

2

3

4

5

6

81

82 1

84 15 15

79 25 25 24

82 23 23 23 27

0.0026 0.0393 0.0393 0.0654 0.0654 0.0628 0.0602 0.0602 0.0602 0.0707

* data GenBank Jarak genetik (dibawah diagonal) dengan metode P-distance dan matriks perbedaan jumlah nukleotida (diatas diagonal).

Filogram hasil rekonstruksi filogenetik nukleotida Cyt b parsial (Gambar 4) menunjukkan bahwa G. cristata GenBank, G. victoria GenBank; Goura sp. hasil penelitian mengelompok dalam satu percabangan yang didukung dengan nilai bootstrap 99%. G. cristata GenBank dan G. cristata hasil penelitian berada dalam percabangan yang sama yang didukung dengan nilai bootstrap 100%. Selanjutnya G. cristata berada dalam cabang yang bersebelahan dengan G. scheepmakeri didukung dengan nilai bootstrap 80%.

100 80 53 99

G.c rist Ge nB G.c rist m3 G.sc he e p m7 G.vic t Ge nB G.vic t a 1

23 39

Did.strig

15 39

A le c.mdgac B ne t Pti.supbs B ne t

95

Col livia Le p.mga l B net Le p.ve rful B ne t Ga l.gallus ne t

0 .0 2 Angka diatas percabangan menunjukkan nilai bootstrap

Gambar 4 Rekonstruksi filogenetik dalam filogram menggunakan metode Neighbor-Joining dari nukleotida Cyt b parsial (382 nt) Goura sp. hasil penelitian, spesies Columbidae dan Gallus gallus sebagai pembanding.

PEMBAHASAN Lokus cytochrome b menyimpan nilai yang berharga untuk analisis filogenetik pada tingkat spesies, dan famili pada kelompok burung (Bretagnolle et al. 1998; Randi 1996), karena ukuran nukleotida Cyt b setiap spesies memiliki variasi yang cukup tinggi. Menurut Johnson & Clayton (2000), penjajaran nukleotida Cyt b parsial tidak terdapat insersi atau delesi (indel), sehingga dianggap stabil dalam hal ukurannya (jumlah nukleotida). Pada G. cristata ukuran

gen penyandi Cyt b adalah sebesar 1045 nt dan menyandikan 346 asam amino (Johnson & Clayton 2000). Pada Goura sp. nukleotida yang paling banyak ditemukan adalah C (35.4%), diikuti dengan A (26.0%), T (25.7%), dan yang paling sedikit adalah G (12.9%). Proporsi jumlah ini sesuai dengan pendapat Kocher et al. (1989) bahwa untuk kelompok Burung dan Ikan, nukleotida yang paling banyak adalah C diikuti dengan A, T dan G. Untuk setiap komposisi basa triplet kodon (nukleotida-1; nukleotida-2; nukleotida-3) menunjukkan bahwa nukleotida G selalu memiliki nilai paling rendah. Rendahnya nilai komposisi nukleotida G pada DNA

8

Perbedaan kodon bias tersebut didasarkan pada perhitungan jumlah efektif kodon (Nc) dengan rentang indeks 60-20. Jika nilainya 60 maka semua kodon (di luar stop kodon) digunakan dengan frekuensi yang sama, sedangkan jika nilainya 20 yaitu hanya satu kodon digunakan untuk setiap asam amino. Dimana nilai efektif nukleotida terbesar adalah 60 dan terkecil adalah 20. Komposisi kodon (Lampiran 6) diterjemahkan berdasarkan Vertebrate mitochondrial translation code yang terdapat dalam MEGA versi 3.0 (Kumar et al. 2004). SIMPULAN DAN SARAN Telah terjadi perubahan situs nukleotida pada Goura sp. sebesar 0.26%-7.07% dari 382 nukleotida namun yang berubah hanya 10 situs asam amino saja. Dari perubahan nukleotida yang ada didapat G. cristata lebih dekat kekerabatannya dengan G. scheepmakeri daripada G. victoria. Untuk penelitian selanjutnya perlu dilakukan perunutan produk PCR dengan situs yang berbeda untuk mendapatkan data yang lebih akurat, informatif, variatif dari daerah geografis yang diperkirakan sebagai daerah pertemuan Goura sp.

DAFTAR PUSTAKA Benstead P, Dutson G. 2005. Western Crowned-pigeon BirdLife Species Factsheet.http://www.birdlife.org/datazone/ search/species_search.html?action=SpcHTM Details.asp&sid=2754&m=0.[29/11/2005]. Benstead P, Dutson G. 2005. Victoria Crowned- pigeon - BirdLife Species Factsheet.http://www.birdlife.org/datazone/ search/species_search.html?action=SpcHT MDetails.asp&sid=2755&m=0.[29/11/2005] Benstead P, Dutson G. 2005. Southern Crowned- pigeon - BirdLife Species Factsheet.http://www.birdlife.org/datazone/ search/species_search.html?action=SpcHT MDetails.asp&sid=2756&m=0.[29/11/2005] Bretagnolle V, Attie C, Pasquet E. 1998. Cytochrome b-evidence for validity and phylogenetic relationship of pseudobulweria and Bulweria. The Auk 115(1); 188-195

Clayton DH, Bush SE, Goates BM, Johnson KP. 2003. Host defense reinforces host- parasite cospeciation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (26):15694-15699. Desjardins, P and R. Morais. 1990. Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates. J.Mol. Biol. 212(4): 599-634. Duryadi D, 2002. Penentuan Sex Burungburung Monomorf dengan Penanda Molekuler. Laporan Project Que Grant Tahun Ke-III. Jurusan Biologi. Bogor. Institut Pertanian Bogor. Johnson KP, Clayton DH. 2000. Nuclear and Mitochondrial Genes Contain Similar Phylogenetic Signal for Pigeons and Doves (Aves: Columbiformes). Mol. Phylogenet. Evol 14: 141-151. Kilmaskossu A. 2001. Ekologi Persarangan, Musim Perkembangan dan Kajian Awall Keragamanan Morfogenetik Mambruk Polos (G.cristata). [tesis]. Bogor: Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Kocher TD et al. 1989. Dynamics of mitochondrial DNA evolution in animals: Amplifications and sequencing with conserved primers. J. Proc. NAtl. Acad. Sci. USA. 86:6196-6200 Kumar S, Tamura K, and Nei M. 2004. MEGA 3.0: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment. Bioinformatics 5:150-163. Noerdjito M, Maryamto I. 2001. Jenis-jenis Hayati yang Dilindungi Perundangundangan Indonesia. Cibinong. Balitbang Zoologi Puslitbang Biologi-Lipi dan The Nature Conservacy. Perrins CM, Middleton ALA. 1985. The Encyclopedia of Birds. New York. Fact on File Inc. Randi E. 1996. A Mitochondrial cytochrome b phylogeny of the Alectrois partridges [abstrak]. Di dalam. J.Mol. Phyl. Evol. 6 Shapiro B et al. 2002. Flight of the dodo. Science 295 (5560): 1683. Sibley CG, Ahlquist JE. 1991. Phylogeny and Classification of Bird: a study in molekular evolution. New York: Yale University.

9

Stanley SE and Harrison RG. 1999. Cytochrome b evolution in birds and mamals: An Evaluation of the avian constraint Hypotesis. Mol. Biol. Evol. 16(11): 15751585. Sorenson MD. 2003. Avian mtDNA Primers. Boston University. Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. 1994. CLUSTAL W: Improving the sensitivity Of progressive multiple sequence aligment through sequence weighting. Positionspecific gap penalties and weight matrix choice. Nucleid Acid Res 22:4673-4680.

Lampiran 1 Peta Penyebaran Goura sp. (http://www.birdlife.org)

1a. Daerah penyebaran Goura cristata (Western crowned-pigeon).

1c. Daerah penyebaran Goura victoria (Victoria crowned-pigeon)

Lampiran 2 Hasil perunutan nukleotida Sit b. Goura sp. hasil penelitian, G.victoria (Genbank ), G.cristata (Genbank) dan Gallus gallus sepanjang 382 nt Gal_gallus TGAAACACAG GGGCTATGTT TCACAAACCT TGAGCCTGAG CGCTTTACAC ACCTCACCTT TCCGACTCTG TCTGGGCTTA

GAGTAATCCT CTCCCATGGG ATTCTCAGCA GGGGATTTTC TTCCTCCTCC CCTACACGAA ACAAAATTCC ACTCTCATAC

CCTCCTCACA GCCAAATATC ATTCCCTACA AGTCGACAAC CCTTTGCAAT TCAGGCTCAA ATTTCACCCA TCACCCCATT

CTCATAGCCA ATTCTGAGGG TTGGACACAC CCAACCCTTA CGCAGGTATT ACAACCCCCT TACTACTCCT CC

CCGCCTTTGT GCCACCGTTA CCTAGTAGAG CCCGATTCTT ACTATCATCC AGGCATCTCA TCAAAGACAT

G.crist_GenB TGAAACACAG GAGTCATCCT AGGGTATGTC CTACCCTGAG TTACCAACCT ATTCTCCGCC TGAGCCTGAG GTGGCTTCTC CACCCTCCAC TTCCTCCTCC ACCTCACATT CTTACATGAA TCCAACTGCG ACAAAATCCC TCTTGGCTTC ATACTAATAC

CCTACTAACC GACAGATATC ATCCCCTACA AGTAGATAAT CCTTCATAAT TCCGGCTCAA ATTCCACCCC TCCTCCCCCT

CTAATAGCAA ATTTTGAGGT TCGGCCAAAC CCCACACTAA TGCTGGCCTC ACAATCCACT TACTTTTCCC AA

CCGCCTTCGT GCCACAGTTA CATTGTCGAA CACGATTCTT ACCATCATCC AGGCATCTCT TAAAAGACAT

G.crist_m3 TGAAACACAG AGGGTATGTC TTACCAACCT TGAGCCTGAG CACCCTCCAC ACCTCACATT TCCAACTGCG TCTTGGCTTC

GAGTCATCCT CTACCCTGAG ATTCTCCGCC GTGGCTTCTC TTCCTCCTCC CTTACATGAA AAAAAATCCC ATACTAATAC

CCTACTAACC GACAGATATC ATCCCCTACA AGTAGATAAT CCTTCATAAT TCCGGCTCAA ATTCCACCCC TCCTCCCCCT

CTAATAGCAA ATTTTGAGGT TCGGCCAAAC CCCACACTAA TGCTGGCCTC ACAATCCACT TACTTTTCCC AA

CCGCCTTCGT GCCACAGTTA CATTGTCGAA CACGATTCTT ACCATCATCC AGGCATCTCT TAAAAGACAT

G.vict_a1 TGAAATACAG AGGGTACGTC TTACCAACCT TGAGCCTGAG CACCTTCCAT ACCTCACATT TCCAACTGGG CCTTGGCTTC

GAGTCATCCT CTACCCTGAG ATTCCCAGCT GCGGCTTCTC TTCCTCCTCC CCTACACGAA ATAAAACCCC ACACTGATAC

CCTACTAACC GGCAGATATC ATCCCCTACA AGTAGACAAC CCTTCATAAT TCCGGCTCAA ATTCCACCCC TCCTCCCCCT

CTAATAGCAA ATTTTGAGGA TCGGCCAAAC CCCACACTAA CGCTGGCCTC ACAACCCATT TACTTTTCCT AA

CCGCCTTCGT GCCACAGTTA CATTGTCGAA CACGATTCTC ACCATCATCC AGGCATCTCC CAAAAGACAT

G.vict_GenB TGAAACACAG GAGTCATCCT AGGGTATGTC CTACCCTGAG TTACCAACCT ATTCTCCGCT TGGGCCTGAG GTGGCTTCTC CACCCTCCAC TTCCTCCTCC ACCTCACATT CCTACACGAA TCCAACTGCG ATAAAATCCC CTTCGGCCTC ACACTAATAC

CCTACTAACC GACAGATATC ATCCCCTACA AGTAGACAAC CCTTCCTAAT TCCGGCTCAA ATTCCACCCC TCCTTCCCCT

CTAATAGCAA ATTCTGAGGC TCGGCCAAAC CCCACACTAA TGCCGGCCTC ACAACCCATT TACTTCTCCC AA

CCGCCTTCGT GCCACAGTTA CATCGTCGAA CACGATTCTT GCCATCATCC AGGTATCTCT TAAAAGACAT

Lampiran 2 Lanjutan G.scheep_m7 TGAAACACAG GAGTCATCCT AGGGTACGTC CTACCCTGAG TTACCAACCT ATTCTCCGCT TGAGCTTGAG GTGGCTTCTC CACCCTCCAC TTCCTCCTCC ACCTCACATT CTTACACGAA TCCAACTGCG ATAAAATCCC CTTTGGCTTC ATACTGATAC

CCTACTAACC GACAGATATC ATCCCCTACA AGTAGATAAT CCTTCATAAT TCTGGCTCAA ATTCCACCCC TCCTCCCCTT

CTAATAGCAA CTTTTGAGGA TCGGCCAAAC CCCACACTAA TGCCGGCCTC ACAACCCACT TACTTTTCCC AA

CCGCCTTCGT GCCACGGTTA CATTGTCGAA CACGATTCTT ACCATCATCC AGGCATCTCT TAAAAGACAT

Lampiran 1 Peta Penyebaran Goura sp. (www.birdlife.org)

G.victoria

1a Daerah penyebaran Goura victoria (Victoria crowned-pigeon)

G. cristata

1b Daerah penyebaran Goura cristata (Western crowned-pigeon).

Lampiran 1 Lanjutan

G. G.scheepmakeri scheepmakeri

1c Daerah Penyebaran Goura scheepmakeri (Southern crowned-pigeon)

Lampiran 3 Matriks perbedaan nukleotida (diatas diagonal) dan jarak genetik (dibawah diagonal) dari Goura sp. hasil penelitian, G.victoria GenBank dan G.cristata(GenBank, spesies famili Columbidae dan Gallus gallus sebagai pembanding 1 1]Gal.gallus_net

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

81

82

84

79

82

78

73

75

77

71

71

1

15

25

23

42

40

37

44

36

36

15

25

23

42

41

38

44

37

37

24

23

42

40

38

45

41

40

27

45

45

41

45

38

41

45

42

44

43

42

40

40

44

44

47

47

36

39

45

43

50

44

42

38

42

2]G.crist_GenB

0.2120

3]G.crist_m3

0.2147 0.0026

4]G.scheep_m7

0.2199 0.0393 0.0393

5]G.vict_a1

0.2068 0.0654 0.0654 0.0628

6]G.vict_GenB

0.2147 0.0602 0.0602 0.0602 0.0707

7]Did.strig

0.2042 0.1099 0.1099 0.1099 0.1178 0.1178

8]Alec.mdgac_Bnet

0.1911 0.1047 0.1073 0.1047 0.1178 0.1099 0.1047

9]Pti.supbs_Bnet

0.1963 0.0969 0.0995 0.0995 0.1073 0.1152 0.1152 0.0942

10]Col_livia

0.2016 0.1152 0.1152 0.1178 0.1178 0.1126 0.1152 0.1021 0.1309

11]Lep.mgal_Bnet

0.1859 0.0942 0.0969 0.1073 0.0995 0.1099 0.1230 0.1178 0.1152 0.0995

12]Lep.verful_Bnet

0.1859 0.0942 0.0969 0.1047 0.1073 0.1047 0.1230 0.1126 0.1099 0.1099 0.0602

23

Lampiran 4 Penjajaran berganda nukleotida Cyt b parsial (382 nukleotida) G.cristata GenBank, G.victoria GenBank, Goura sp. hasil penelitian, spesies famili Columbidae dan Gallus gallus sebagai pembanding. Gal.gallus_net G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Did.strig Alec.mdgac_Bnet Pti.supbs_Bnet Col_livia Lep.mgal_Bnet Lep.verful_Bnet

TGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

AAC ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ...

ACA ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ...

GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

GTA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C A.C ..C ..C ..C

ATC ... ... ... ... ... ... ... ..T G.. ... ...

CTC ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ...

CTC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ..A ..A ..A

CTC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..G ..A ..A ..A

ACA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

CTC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..T ..A ..A

ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

GCC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ... ..A ..A

ACC ... ... ... ... ... ..T ..T ... ..T ... ...

GCC ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ...

TTT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

GTG ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..A ..A ...

GGC ..G ..G ..G ..G ..G ..A ..A ..A ..A ..A ..G

TAT ... ... ..C ..C ... ... ..C ..C ... ..C ..C

GTT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

CTC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..G ..A

CCA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ..C

TGG ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A

[ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [

69] 69] 69] 69] 69] 69] 69] 69] 69] 69] 69] 69]

Gal.gallus_net G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Did.strig Alec.mdgac_Bnet Pti.supbs_Bnet Col_livia Lep.mgal_Bnet Lep.verful_Bnet

GGC ..A ..A ..A ..G ..A ..G ..A ..G ..A ..A ..A

CAA ..G ..G ..G ..G ..G ... ... ... ... ... ...

ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

TCA ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ...

TTC ..T ..T ..T ..T ... ... ... ... ... ... ...

TGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

GGG ..T ..T ..A ..A ..C ..A ... ..A ..A ..T ..C

GCC ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ...

ACC ..A ..A ..G ..A ..A ..T ..A ..A ..A ..A ..A

GTT ... ... ... ... ... ..C ..A ..A ..C ..C ..C

ATC ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ... ..T ... ...

ACA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..G ..T ..C ..C ..C

AAC ... ... ... ... ... ... ..T ... ..T ... ...

CTA ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..C ..C

TTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T

TCA ..C ..C ..C C.. ..C ..C ..T ..C ... ... ..C

GCA ..C ..C ..T ..T ..T ..C ..T ..C ..T ..C ..T

ATT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C G.A G.C ..C ...

CCC ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..T ..T

TAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ...

ATT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ..C ... ... ..C

GGA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..T ..C ..C ..C ...

CAC ..A ..A ..A ..A ..A ..G ..A ..A ..A ..A ..A

[138] [138] [138] [138] [138] [138] [138] [138] [138] [138] [138] [138]

Lanjutan Lampiran 4


ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CTA A.T A.T A.T A.T A.C A.C A.T ..T ..C ... ...

GTA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..T ..T ..C

GAG ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A

TGA ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ...

GCC ... ... ..T ... ... ..T ..T ..T ... ... ...

TGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

GGG ..T ..T ..T ..C ..T ..A ... ... ..C ..C ..T

GGA ..C ..C ..C ..C ..C ... ..G ..C ... ... ...

TTT ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ..C ...

TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C

GTC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A

GAC ..T ..T ..T ... ... ... ... ... ..T ..T ..T

AAC ..T ..T ..T ... ... ... ... ... ... ... ...

CCA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..T ..C ..C

ACC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A

CTT ..A ..A ..A ..A ..A ..C T.A ..A T.A ..A ..A

ACC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A

CGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

TTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T

TTC ... ... ... .C. ... ... ... ... ... ... ...

GCT A.C A.C A.C A.C A.C A.C A.C A.. A.C A.C A.C

TTA C.C C.C C.C ..C C.C C.T C.T C.C C.T ..G ...

[207] [207] [207] [207] [207] [207] [207] [207] [207] [207] [207] [207]


CAC ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ...

TTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CTC ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ...

CCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..A

TTT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ..C ... ..C ...

GCA AT. AT. AT. AT. CT. AT. AT. AT. AT. .T. AT.

ATC ..T ..T ..T ... ..T ... ... ... ... ... ...

GCA ..T ..T ..C ..T ..C ... ... ..G ... ... ...

GGT ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ..C ..C ..C ..C

ATT C.C C.C C.C C.C C.C C.. C.C C.C C.C C.C C.C

ACT ..C ..C ..C ..C G.C ... ..C ... ..C ..C ..C

ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ...

ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CAC ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ...

CTC ... ... ... ... ... ..A ..A ... ... ... ...

ACC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ...

TTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CTA T.. T.. T.. ... ... ... T.. ... ..G T.. T..

CAC ..T ..T ... ... ... ..T ... ... ... ... ..T

GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

TCA ..C ..C ..T ..C ..C ... ... ... ... ..C ..C

GGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[276] [276] [276] [276] [276] [276] [276] [276] [276] [276] [276] [276]

Lanjutan Lampiran 4 Gal.gallus_net G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Did.strig Alec.mdgac_Bnet Pti.supbs_Bnet Col_livia Lep.mgal_Bnet Lep.verful_Bnet

TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

AAC ..T ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CCC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ..A ..A ..A

CTA ... ... ... T.. T.. ... ... ... ... ... ...

GGC ... ... ... ... ..T A.. ... ... ... ... ...

ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

TCA ..T ..T ..T ..C ..T ..C ..T ..T A.C ..C ..C

TCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

GAC A.. A.. A.. A.. A.. A.. A.. A.. A.. A.. A..

TCT .GC .GC .GC .GG .GC .G. .G. .GC .GC .GC .GC

GAC ... ..A ..T ..T ..T ..T ... ... ..T ... ...

AAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...


GAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

ATT ... ... ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

CTG ..T ..T T.T ..T T.C ..T ..C ..T ..C ..T ..A

GGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

TTA ..C ..C ..C ..C C.C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

ACT .TA .TA .TA ..A ..A .TA .TA .TA .TG ..A ..A

CTC ..A ..A ..G ..G ..A T.A ..A ..A A.A ... ...

ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CTC ... ... ... ... ... T.. T.. T.. ... T.. T..

ACC CT. CT. CT. CT. CTT CT. CTA CT. CT. CT. CT.

CCA ..C ..C ..C ..C ..C ..T ..C ..C ..C ..C ..C

TTC C.A C.A ..A C.A C.A ..A C.G C.A C.A C.A C.A

C A A A A A A A A A A A

ATT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

[382] [382] [382] [382] [382] [382] [382] [382] [382] [382] [382] [382]

CCA ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ...

TTT ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C

CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

CCA ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..T ..C ..C ..C

TAC ... ... ... ... ... .G. ... ... ... ... ...

TAC .TT .TT .TT .TT .T. .T. .T. .TT .T. .T. .T.

TCC ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ..T

TTC C.A C.A C.A ..A C.A C.A C.A C.A C.A C.A C.A

AAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

[345] [345] [345] [345] [345] [345] [345] [345] [345] [345] [345] [345]

Lampiran 5 Penjajaran berganda asam amino dari Cyt b parsial (127 aa) G.cristata GenBank, G.victoria GenBank, Goura sp. hasil penelitian, spesies famili Columbidae dan Gallus gallus sebagai pembanding.


WNTGVILLLT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....I..... .....V.... .......... ..........

LMATAFVGYV .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

LPWGQMSFWG .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

ATVITNLFSA .......... .......... .......... ........P. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

IPYIGHTLVE .....Q.I.. .....Q.I.. .....Q.I.. .....Q.I.. .....Q.I.. .....Q.I.. .....Q.I.. V....Q.... V....Q.... .....Q.... .....Q....

WAWGGFSVDN .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

PTLTR ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... .....


FFALHFLLPF ..T....... ..T....... ..T....... .STF...... ..T....... ..T....... ..T....... ..T....... ..T....... ..T....... ..T.......

AIAGITIIHL M...L..... M...L..... M...L..... M...L..... L...LA.... M...L..... M...L..... M...L..... M...L..... V...L..... M...L.....

TFLHESGSNN .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

PLGISSDSDK ......NC.. ......NCE. ......NC.. ......NW.. ......NC.. ..S...NC.. ......NC.. ......NC.. ....T.NC.. ......NC.. ......NC..

IPFHPYYSFK ......F.L. ......F.L. ......F.L. ......F.L. ......F.L. .S...CF.L. ......F.L. ......F.L. ......F.L. ......F.L. ......F.L.

DILGLTLMLT ....FM...L ....FM...L ..F.FM...L ....F....L ..F......L ....FM..FL ....FM..FL ....FM..FL ....FMM..L ....F...FL ....F...FL

PF .L .L .L .L .L .L .L .L .L .L .L

[ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [

65] 65] 65] 65] 65] 65] 65] 65] 65] 65] 65] 65]

[127] [127] [127] [127] [127] [127] [127] [127] [127] [127] [127] [127]

Lampiran 6 Jumlah penggunaan kodon (huruf cetak tebal) nilai indeks penggunaan kodon (angka dalam kurung) pada Cyt b parsial genus Goura Phe UUU 1.8(0.30) UUC10.4(1.70) Leu UUA 1.4(0.42) UUG 0.0(0.00) Leu CUU 0.8(0.24) CUC 7.8(2.36) CUA 9.4(2.85) CUG 0.4(0.12) Ile AUU 3.0(0.55) AUC 8.0(1.45) Met AUA 4.4(2.00) AUG 0.0(0.00) Val GUU 1.0(0.67) GUC 3.0(2.00) GUA 2.0(1.33) GUG 0.0(0.00)

Ser UCU UCC UCA UCG Pro CCU CCC CCA CCG Thr ACU ACC ACA ACG Ala GCU GCC GCA GCG

1.0(0.75) 4.2(3.15) 2.8(2.10) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 6.0(2.93) 2.2(1.07) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 5.8(2.07) 5.2(1.86) 0.2(0.07) 1.4(0.90) 3.8(2.45) 1.0(0.65) 0.0(0.00)

Tyr UAU UAC * UAA UAG His CAU CAC Gln CAA CAG Asn AAU AAC Lys AAA AAG Ala GAU GAC Glu GAA GAG

0.6(0.40) 2.4(1.60) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 0.6(0.30) 3.4(1.70) 1.0(1.00) 1.0(1.00) 1.2(0.40) 4.8(1.60) 2.0(2.00) 0.0(0.00) 1.2(0.86) 1.6(1.14) 2.2(2.00) 0.0(0.00)

Cys UGU UGC Trp UGA UGG Arg CGU CGC CGA CGG Ser AGU AGC * AGA AGG Gly GGU GGC GGA GGG

0.0(0.00) 0.8(2.00) 4.8(1.85) 0.4(0.15) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 1.0(4.00) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 0.0(0.00) 1.4(0.51) 6.2(2.25) 2.2(0.80) 1.2(0.44)

* Rata-rata kodon 127 angka cetak tebal: besar penggunaan kodon pada Goura sp. (angka): Indeks pengunaan adalah perbandingan jumlah kodon yang digunakan terhadap rata-rata kodon sinonim.

Tabel 3 Kodon penyandi dan asam amino yang disandikan yang mengalami mutasi pada Cyt b parsial dari G.cristata GenBank, G.victoria GenBank, dan Goura sp. hasil penelitian.

Situs ke (kodon) G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Situs as.amino G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Situs ke (kodon) G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Situs as.amino G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB

2

19

24

AAC ... ... ..T ...

TAT ... ..C ..C ...

GGA ... ... ..G ...

2

19

24

27

N . . . .

Y . . . .

G . . . .

S . . . .

60

67

69

AAT ... ... ..C ..C

TTC ... ... .C. ...

CTC ... ... T.. ...

27

TCA ... ..C ... ...

70

CAC ... ... ..T ...

28

30

32

39

40

48

TTT ... ... ... ..C

GGT ... ..A ..A ..C

ACA ... ..G ... ...

TCC ... ... C.A ...

GCC ... ..T ..T ..T

ATT ... ... ... ..C

28

30

32

39

40

48

51

G . . . .

T . . . .

S . . P .

A . . . .

I . . . .

W . . . .

F . . . . 76

77

78

81

88

ATA ... ... ... C..

ATT ... ... ..C ...

GCT ... ..C ... ..C

ACC ... ... ... G..

TTA ... ... C.. C..

89

CAT ... ..C ..C ..C

51

TGA ... ... ... ..G

91

TCC ... ..T ... ...

52

54

59

GCC ... ..T ... ...

GGT ... ... ..C ...

GAT ... ... ..C ..C

52

54

59

G . . . .

D . . . .

A . . . . 95

97

98

AAT ... ..C ..C ..C

CTA ... ... T.. T..

GGC ... ... ... ..T

60

67

69

70

76

77

78

81

88

89

91

95

97

98

N . . . .

F . . S .

L . . F .

H . . . .

M . . . L

I . . . .

A . . . .

T . . . A

L . . . .

H . . . .

S . . . .

N . . . .

L . . . .

G . . . .

Situs ke (kodon)

100

103

120

121 122

G.crist_GenB G.crist_m3 G.scheep_m7 G.vict_a1 G.vict_GenB Situs as.amino

TCT ... ... ..C ...

TGC ... ... ..G ...

100

103

S . . . .

C . . W .


104 112

GAC ..A ..T ..T ..T

114 117

TTT ... ... ... ..C

CTA ... ... T.. ...

104 112

114

D E . . .

L . . . .

F . . . .

ATT ... ..C ..C ..C

118

TTC ... ... ... C..

ATA ... ... .C. .C.

117 118 120

121

I . . . .

CTT ... T.. ... T.C L . F . F

F . . . L

M . . T T

CTA ... ..G ..G ...

125

127

CTC ... ... ... ..T

CTA ... T.. ... ...

122 125

127

L . . . .

L . . . .

L . . . .

Lampiran 7 Gambar Gallus gallus dan spesies famili Columbidae

Ordo : Columbiformes Famili : Phasianidae Spesies : Gallus gallus Nama Umum: Chicken

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Alectroenas madagascarensis Nama umum: Madagascar blue-pigeon

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Didunculus strigirostris Nama umum: Tooth-billed pigeon

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Columba livia Nama umum: Rock Pigeon/ Common pigeon

Lanjutan Lampiran 7

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Leptotila verreauxi fulviventri Nama umum: White-tipped doves

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Ptilinopus superbus Nama umum: Fruit-doves

Ordo : Columbiformes Famili : Columbidae Spesies : Leptotila megalura Nama umum: White-faced dove

KERAGAMAN GENETIK CYTOCHROME B PADA BURUNG MAMBRUK (Goura sp.)

Recommend Documents