http://biomikro.vscht.cz/
Biologie I
Diverzita organismů Říše:
► Monera
►„Protista“
► Plantae
► Fungi
► Animalia současný stav ve světle evoluce
Campbell, Reece: Biology 6th edition © Pearson Education, Inc, publishing as Benjamin Cummings
MONERA – Bacteria a Archaea Základní charakteristiky ►jednobuněčná
volná ►morfologicky jednoduchá ►různorodý metabolismus (od auto-, heterotrofy /auxotrofy/) ►samostatně žijící nebo ►symbionti (od mutualismu po parasitismus) ►rozmožování: všichni dělením (max. parasexuální cyklus)
McKane & Kandel, Microbiology, 2nd ed, McGraw-Hill, 1996
Prvotní klasifikace podle fenotypových znaků PRO: schéma umožňující mikroorganismus klasifikovat (je třeba jej nějak pojmenovat)
ALE: i) je tak možno charakterizovat pouze čisté kultury ii) toto schéma není založené na evoluční příbuznosti Bergey
1923 - klasifikovat lze pouze bakterie, které lze získat v čisté kultuře
MONERA
Nekultivovatelné mikroorganismy pro které neznáme kultivační podmínky, nebo nás ani „nenapadlo“ je kultivovat Ostře sledovány od 2. poloviny 80tých let 20. století ►rozdíly
mezi mikroskopickým počítáním a stanovení c.f.u. ve vzorcích mikroflóry půdy a vody
►netušená ►případ
diverzita mikrobiálních komunit
H. pylori
Odhaduje se, že podíl kultivovatelných mikroorganismů představuje ►v půdě 1% ►ve vodách méně než 0,1 ‰ (až 10-6) Limitované poznatky o mikrobiální diverzitě (genetické i fyziologické)
MONERA
Z ekologického hlediska je planetou mikroorganismů (zásadní význam mikroorganismů v geochemických cyklech)
Pg dusíku: 85-130 Pg fosforu: 9-14
povrchem >10 × více než buněk a biomasy než na povrchu ► uhlík v prokaryotech představuje 60 – 100 % uhlíku v rostlinách ► prokaryota obsahují 10 × více N a P než rostliny ► pod
► gastrointestinální
trakt člověka: 1014 mikroorganismů, 500 – 1000 druhů. Data: Whittman a kol. PNAS 95:6478-6583, 1998
MONERA
►Analýza
sekvencí 16S rRNA (dnes >500 000 sekvencí v databázích; Ribosomal Dtb Project: www.cme.msu.edu/RDP)
Bacteria 2004
Data: Norman Pace
Podle Handelsman, Microbiol Mol Biol Rev 68:669-685, 2004
Metagenomika = genomika populací bez nutnosti kultivace
MONERA
Technologie: ►molekulové klonování ►vysokokapacitní sekvenace DNA Norman Pace Univ. Colorado
●Složení konzorcií metagenom / metabolický potenciál/ ekologie
●metabolické dráhy (nové biomolekuly)
●Pochopení symbios / komunikace / kompetice ●Zajímavá překvapení Adaptováno z Handelsman, Microbiol Mol Biol Rev 68:669-685, 2004
4 říše domény Eukarya Říše Organizace
Výživa
Reprezentativní zástupci
trepka
mechy
chondrata 12. přednáška
korály
kvasinky
kapradiny
žížala
hlenky
řasy
‘houby’
choroše
borovice
byliny
ptáci
hlodavci
chondrata 12. přednáška
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
plísně
krásnoočko
PROTISTA Základní charakteristiky ►Jednobuněčná
volná
►Tvořící
kolonie (např. Volvox) ►Mnohojaderná [„megabuňka“] (např. Caulerpa) ►Mnohohobuněčná (např. Ulva) ►Autotrofní,
heterotrofní nebo kombinace (mixotrofní) ►Samostatně žijící nebo ►Symbionti (od mutualismu po parasitismus) ►Rozmožování:
všichni dělením, většina i pohlavním způsobem
►Podobná
rostlinám -fotosyntetizující autotrofové -nemají skutečné kořeny, stonky a listy
►Podobná
houbám -heterotrofové / saprofyti -nemají buněčnou stěnu
PROTISTA
Základní charakteristiky
►Podobná
živočichům (protozoa) -většina jednobuněční heterotrofové (někdy i fotosyntetizující) -schopní pohybu a „lovu“ potravy -řasinky (cilie) -bičíky (flagely) -pseudopodia / undulující membrána -bez motility … a zmatek
Pseudopodia (panožky): např. měňavci (Rhizopoda) – rod Amoeba
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
►Protista
nejsou úplně oprávněnou Říší (Protista je „příliš“ parafyletická)
►souhrnný ►velmi
název pro soubor velmi pestrých eukaryotických říší (až 20ti)
malá skutečná fylogenetická příbuznost
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
Diplomonadida + Parabasalea ►anaerobní
heterotrofové, bez mitochondrií ►pohyb bičíky
Diplomonády Giardia lamblia -střevní parazit
Bičenkovci (Parabasalea) Trichomonas vaginalis -symbiont -undulující membrána (usnadňuje pohyb mukózním prostředím)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Euglenozoa ►fotosyntetizující
i heterotrofní ►aerobní (alespoň 1 mitochondrie) ►pohyb bičíky
PROTISTA
Bičivky (Kinetoplastida) rod Trypanozoma -heterotrofní -parazit
Euglenoida -auto, hetero, mixotrofní Euglena gracilis- fotosyntetizující striktní autotrof
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
Alveolata ►aerobní,
fotosyntetizující i heterotrofní
Obrněnky (Dinoflagelata)
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
-většina autotrofní (fytoplankton) -i heterotrofní (Pfiestria piscicida) -jen někteří tvoří kolonie -některé druhy vnitřní celulosové destičky -barevné plastidy (xanthofyly) -pohyb bičíky
Výtrusovci (Apikomplexa) -bez orgánu pohybu -paraziti -střídání pohlavního a nepohlavního cyklu Plasmodium: komár: 2 gamety → zygota → sporozoidy → člověk → merozoity (pomnožení) → gametocyty → gamety → komár
Alveolata
PROTISTA
Nálevníci (Ciliophora) -aerobní -pohyb řasinkami (‘obrvení’) s různým umístněním -makronukleus (50 a více kopií celého genomu - geny pro provozní funkce) – při vegetativním rozmnožování se dělí amitoticky
-mikronukleus – ne všichni (diploidní, až 80 kopií) – -pohlavní rozmnožování spájením (netvoří se gamety, ale jen haploidní mikronuklei)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Alveolata
(i)
PROTISTA
Životní cyklus Paramecium caudatum (trepka velká)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
Stramenopila aerobní skupina ►heterotrofní skupiny ►fotosyntetizující řasy ►opatřeny bičíky
Vodní plísně (Oomycota) -heterotrofní (sapro- občas paraziti) -celulosová stěna -jednobuněčné / vícejaderné hyfy
Různobrvky -fotosyntetizující
Diatoma
Rozsivky (Diatoma) -silikonová buněčná stěna
http://www.viewsf romscience.com
►různorodá
-i mixotrofní skupiny -karoteny + xantofyly
Hnědé řasy a chaluhy (Phaeophyta) -mnohobuněčné fotosyntetizující -thalus: rhizoid, kauloid, fyloidy (evoluční analogie kořene, stonku a listu) -stěna celulóza nebo agarosa -pozn. u některých rodozměna (ale sama řasa je jen sporofyt)
Navicula
Fucus
http://www.botany.hawaii.edu
Zlativky (Chrysophyta)
PROTISTA
Obal plastidů řas je tvořen třemi a více membránami… … sekundární / terciární endosymbióza
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
Rhodophyta (ruduchy) ►fotosyntetizující
řasy ►většina mnohobuněčná, ale menší než Phaeophyta ►bez orgánů pohybu ►hnědé zabarvení pigmentem fykoerytinem (příbuzný pigmentu sinic) ►chloroplast primární endosymbiózou
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PROTISTA
Chlorophyta blízcí příbuzní rostlin ►jednobuněčné bičíkaté, koloniální, mnohobuněčné bez bičíků
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
►fotosyntetizující
rhizoid kauloid fyloidy
PROTISTA
Mycetazoa ►saprofyti
(trofický ‘návyk’ je jen evoluční analogií hub)
Vlastní hlenky -mnohojaderné (2n) vegetativní plazmodium (mitozy bez cytokineze)
(i) Životní cyklus
-příjem potravy fagocytózou pseudopodii -hladovění – vstup do pohlavní fáze – gamety ve sporangiu (plodnice)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Mycetazoa
Diktiostelidy (Dictiostelida) -jednojaderné (1n) vegetativní buňky -v době hojnosti shlukování buněk v „mnohobuněčný organismus“… -a pohlavní rozmn.
-plodnice s odolnými sporami
PROTISTA Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PLANTAE Základní charakteristiky autotrofové ►diverzifikace v důsledku terestiální adaptace Život na souši ■ spousta světla pro fotosyntézu ■ vyšší konc. CO2 ve vzduchu než ve vodě ■ lepší difúze CO2 ze vzduchu než z vody ■ Nebezpečí vysychání ■ Potřeba uvážlivého vodního režimu (transport vody do nadzemní části, zabránění extenzivním ztrátám vody
vyšší vodní rostliny – návrat ze suchozemského prostředí
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
►mnohobuněční
PLANTAE
Významné události ve vývoji rostlin Parožnatky (Charophytaceae, nižší rostliny, vodní prostředí) vyšší rostliny: • Mechorosty (první suchozemské rostliny) • Kapraďorosty (první cévnaté rostliny) • Nahosemenné (Gymnospermae - první tvořící semena) • Krytosemenné (Angiospermae - kvetoucí)
Kapraďorosty
Mikrofyly (malé listy)
Rodozměna a ochrana embrya
Mechorosty
Plavuně Mechy Hlevíky zelená řasa/
Játrovky
společný předek Parožnatky 550
500
450
400 350 Miliony let
300
250
současnost
Cévnaté
Apikální meristémy (růst do délky po celý život)
Nahosem.
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
Mechanismy pro vodní transport (cévnaté rostliny)
Kvetoucí
Magefyly (velké listy)
Výtrusnaté
semena
Smenné
Květy, endosperm, plody
Sppolečný předek
PLANTAE
Parožnatky
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Jsou „více“ rostliny než řasy: ►molekulární znaky (rRNA) ►příbuznost chloroplastů (chDNA) ►homologie buněčné stěny ………………………………..……. její výstavby ►homologie cytokineze (fragmoplast) ►homologie spermatických buněk rozety multijednotkových celulosa synthas - fibrily
jsou haploidní = 1n
jen zygota je 2n, ale okamžitá meioza →1n Chara Coleochaete
vyšší rostliny:
PLANTAE
Hypotéza vzniku rodozměny
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Rodozměna střídání 2n (sporofyt) a 1n (gametofyt) ■ buňky 2n produkují spory 1n ■ buňky 1n produkují gamety ■
více v 11. přednášce
→více spor → více gamet – větší šance na rozmnožení v suchozemském prostředí
spory
G a m e t o f y t
semeno
semeno
výtrusy
kořeny kořeny rhizoidy
(n)
kořeny
rhizoidy
Mechorost
Kapraďorost
Nahosemenné
Krytosemenné
S p o r o f y t (2n)
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
S vývojem roste poměr hmoty sporofyt / gametofyt
PLANTAE
Mechorosty postrádají vodivá pletiva ►nemají pravé kořeny, stonky a listy ►převažující gametofyt - 1 nebo málo vrstev buněk – snadný přístup k vodě a minerálům („plazí se po zemi“) ►[většina]
Oddělení
játrovky (Hepatophyta) hlevíky (Anthocerophyla) mechy (Bryophyta)
Struktura funkce a rozmnožování rostlin: přednášky 10 a 11 Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
PLANTAE
Kapraďorosty
- cévnaté rostliny, … neplazí se po zemi
►pravé
kořeny jako extenze bazální části a lignifikované cévními svazky ►pravé listy (většina) Oddělení
Lycophyta - plavuně ……………….… mikrofyly – jednožilné (vznik z výrůstků stonku)
Pterophyta - kapradiny …………....
}
- přesličky …………….. megafyly – bohatě větvený cévní - prutovky …nepravé listy, systém (zesílená asimilační ale původně asi
kapacita)
vodivá pletiva
mikrofyly
megafyly
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Hypotéza evoluce listů:
Kapraďorosty
PLANTAE
plavuně
přesličky
prutovky
Lycophyta
Pterophyta
Pterophyta
strobilus výtrusné klasy (strobili) listy (mikrofyly)
sporangium sporofyl
průduch
větve sporangium
větve uzlina cévní svazek
šupinaté listy (nepravé) stonek
listy (makrofyly) lodyha kořeny
stonek oddenek
oddenek
kořeny
nejčastěji v tropech jako epifyti Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
nejčastěji v bažinách
Austrálie Polynésie „molekulárně“ příbuzné kapradinám
Kapraďorosty
PLANTAE
kapradiny sori
Pterophyta
Životní cyklus
(i)
spory na plodném listu
7. Sporofyt vyvíjí oddenek s kořínky. Z oddenku vyrůstají nadzemní listy.
1. Sporofyt je dominantní forma Sporofyt
Dryopterus
stipe
Osmunda cinnamomea
líst sporangium Oddenek Kořeny
Ostěra (sorus) 2. Sporangia: lokalizována na spodní straně listu v sori
Sporangium
vějiřovitý list dělený
vějiřovitý list nedělený
osa lístek
Campyloneurum scolopendrium
6. Zygota se začíná vyvíjet v archegoniu a první list se tvoří nad a koMladý sporofyt Stočený řínky se vyvíjí na gametofytu list pod prokelem, Mitoza začíná být viditelný sporofyt
Adiantum pedatum
vějiřovitý list dělený
zygota Oplodnění
diploid (2n) MEIOSIS
Meioza
haploid (n)
5. Oplodnění nastává ve vlhvajíčko kém prostředí Prokel (prothallus) umožňujícím spermie Archegonium spermiím s biMitoza číkem pohyb z antheridia k vajíčku. Antheridium Gametofyt
Spory
3. Spory: produkovány meiozou, zralé spory uvolněny
Klíčící spora
rhizoidy
4. Gametofyt: spory klíčí a tvoří prokel s rhizoidy. Archegonia a antheridia lokalizují na opačných koncích.
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
Nahosemenné rostliny ►semena
se vyvíjí volně na povrchu specializovaných listů (sporofylů)
Oddělení jinany (Ginkgophyta) cykasy (Cycadophyta) lianovce (Gnetophyta) jehličnany (Coniferophyta)
cykasy – podobné palmám sporofyly v šiškách
PLANTAE
jinan - jediný druh - Gingko biloba semeno vajíčko
samčí a samičí rostliny Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Nahosemenné rostliny
PLANTAE
plantsystematic.org © 1969 by Dennis Stevenson
liánovce – morfologicky poměrně různorodé rody i) Wewitschia – pouště JZ Afriky ii) Gnetum – tropické stromy a liány iii) Ephedra (chvojník) – suché oblasti strobili
Welwitschia
(samčí)
listy
listy
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
Ephedra
mikrosporangia (samčí)
PLANTAE PLANTAE
jehličnany
Životní cyklus (k doplnění po 11. přednášce)
borovice jedle smrk modřín tis jalovec cedr cypřiš sekvoj
(i) Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
PLANTAE
viz 11. přednáška
Krytosemenné rostliny ►dotažení
rodozměny ►samčí a samičí gametofyty uzavřeny…………Možný vznik pestíků ze sporofylu (prašník/pylové zrno a pestík/zárodečný vak) ►Charakteristické
znaky – květ – plod (endosperm) pestík
tyčinky prašník (anthera) Nitka (filamentum)
Blizna
(stigma)
Čnělka
(stylus)
Semeník
(ovarium)
vajíčko korunní lístek (petalum)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Květní lůžko (torus)
Kališní lístek (sepalum) Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
PLANTAE
2 třídy Monocotyledones
„Jiné“ krytosemenné
(jednoděložné)
(2 cotyledony, ale starší)
Eudicotyledones
(v 10. a 11. přednášce)
Vodní lilie (Amborella)
Nyphaea
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
(pravé dvojděložné)
PLANTAE
(i) Životní cyklus krytosemenné rostliny
(k doplnění po 11. přednášce)
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
FUNGI Základní charakteristiky ►absorbující
heterotrofové ►uvolňují hydrolytické enzymy (exoenzymy, extracelulární enzymy)
hyfa
Souvisí se životním stylem ►saprofyti ►paraziti ►symbioti ►jen
kvasinky jsou jednojaderné organismy ►ostatní mnohojaderné buňky, mnohobuněční ►rozmnožování
sporami -Nepohlavní (nejčastější) -Pohlavní (většinou za nevýhodných podmínek/nedostatek živin)
Raven et. al. Biology. 6th-9th Ed. 1998-2010, © McGraw-Hill Comp. Inc.
adsorpce
FUNGI
Vegetativní struktury
-Hyfy jsou základ -Tvoří mycelium
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
FUNGI
Mykorhiza = mutualistické soužití mezi Houbou (příjem vody a anorganických nutrientů i pro rostlinu, ochrana rostliny proti toxicitě prostředí a patogenům)
Rostlinou (zdroj živin – cukrů, organického N pro houbu)
Arbuskulární mykorhiza (hyfy penetrují do kortikálních buněk / kolonizace- arbuskuly/) Ektomykorhiza (hyfy penetrují do mezibuněčných prostorů) Erikoidní mykorhiza (hyfy penetrují a kolonizují rhizodermální buňky vlasových kořínků)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Russula ochroleuca na kořenech buku (ektomykorhiza, foto Jan Borovička)
FUNGI
Lišejníky = mutualistické soužití mezi Houbou (strukturní složka kotvící řasy nebo sinice) Řasami nebo sinicemi (zdroj živin pro houbu) Houby – pohlavní rozmnožování Řasy, sinice – nepohlavní „Rozmnožování“ lišejníku – vegetativní fragmentací (soredia) řasy/sinice
soredia
Hyfy/mycelium
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
sporokarp houby
FUNGI
Evoluční historie hub
neopouští stanoviště… ►…ale nejsou rostliny… ►…jsou blízké živočichům:
Známo 100 tis. druhů Odhad 1,5 mil. druhů
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
►Houby
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
FUNGI
Fylogeneze hub – diverzita hub
Fungi imperfecti - Deuteromycetes
FUNGI
Chytridiomycety (Chytridiomycota) ►„nejprimitivnější“
houby ►coenocytické hyfy ►vodní prostředí ►saprofyti a paraziti ►spory opatřeny bičíkem - zoospory (dříve řazeny k prvokům)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
FUNGI
Zygomycety (Zygomycota) ►coenocytické
hyfy ►většinou suchozemské ►saprofyti ►mykorhizní mutualisti (arbuskulární) ►vegetativní endospory ve sporangiu ►pohlavní spory v zygosporangiu
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
např. Rhizopus sporangium Sporangiofor
rhizoid
Zygomycety (Zygomycota)
Životní cyklus zygomycety na případu Rhizopus
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
(i)
FUNGI
FUNGI
Vřeckovýtrusné houby (Ascomycota) ►jednobuněčné
(kvasinky) ►mnohobuněčné - septované hyfy i plodnice (sporokarp) ►vodní i suchozemské druhy ►saprofyti a paraziti (patogeny rostlin) ►mykorhizní mutualisti, symbioti řas = lišejníky ►vegetativní exospory (konidie) ►pohlavní spory ve vřecku (asku, plodnice = askokarp)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
(i)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Vřeckovýtrusné houby (Ascomycota) FUNGI
Životní cyklus askomycet
Stopkovýtrusné houby (Basidiomycota) ►septované
hyfy, plodnice (sporokarp) ►suchozemské ►saprofyti (lignolytické) ►mykorhizní mutualisti (ektomykorhiza) ►vegetativní exospory (konidie) ►pohlavní spory „volné“ (plodnice = bazidiokarp)
…hřiby, holubinky, mochomůrky, chroše, hadovky, píchavky, sněť a rez houbová…
FUNGI
(i)
Campbell a kol. Biologie. 2007. © Computer Press, © Pearson Education, Inc
Stopkovýtrusné houby (Basidiomycota) FUNGI
Životní cyklus bazidiomycet
ANIMALIA ...v přednášce 12: Animalia a tkáně