cobas® TaqScreen DPX Test for use on the cobas s 201 system PRO ÚČELY DIAGNOSTIKY IN VITRO.
cobas® TaqScreen DPX Test cobas® TaqScreen DPX Control Kit cobas® TaqScreen Wash Reagent
DPX
96 Tests
P/N: 05509203 190
DPX CTL
12 Sets
P/N: 05509181 190
5.1 L
P/N: 04404220 190
TS WR
ÚČEL POUŽITÍ Test cobas® TaqScreen DPX pro použití se systémem cobas s 201 je test založený na amplifikaci nukleové kyseliny in vitro určený pro přímou kvantifikaci DNA genotypů 1, 2 a 3 parvoviru B19 (B19V) a přímou kvalitativní detekci RNA genotypů I, II a III viru hepatitidy A (HAV) v lidské plazmě. Test cobas® TaqScreen DPX je určen jako mezioperační test pouze ke kvantifikaci DNA parvoviru B19 nebo ke kvantifikaci DNA parvoviru B19 a současně k detekci RNA viru hepatitidy A v plazmě určené pro další zpracování. Je možné použít plazmu z plné krve (získanou plazmu) nebo plazmu odebranou aferézou (dárcovskou plazmu). Plazmu od všech dárců nebo ze směsí je možné testovat jako jednotlivé vzorky nebo ve směsích skládajících se z alikvotních podílů jednotlivých vzorků. Tento test není určen pro použití u vzorků pupečníkové krve. Tento test není určen pro použití jako pomůcka pro stanovení diagnózy. SOUHRN A VÝKLAD TESTU Test cobas® TaqScreen DPX zahrnuje použití více barviv, což umožňuje současnou detekci jednotlivých cílů bez nutnosti použít rozlišovací testy. V závislosti na instalovaném definičním souboru testu (TDF) poskytne test cobas® TaqScreen DPX kvantitativní výsledek B19V a kvalitativní výsledek HAV, nebo pouze kvantitativní výsledek B19V. Lidský parvovirus B19 (B19V) je malý neobalený virus s jednovláknovou DNA, který patří do rodu Erythrovirus skupiny Parvoviridae1. Lidské erytroviry jsou uskupeny do tří oddělených genotypů: genotyp 1 (vlákna B19V), genotyp 2 (vlákna A6) a genotyp 3 (vlákna V9/D91.1)1. B19V je rozšířen celosvětově a sérologické studie ukázaly, že alespoň 50 % dospělých má protilátky IgG proti B19V, což ukazuje na prodělanou infekci2, 3. Virus je spojen s klinickým onemocněním, jehož projevy a závažnost závisejí na imunologickém a hematologickém stavu jednotlivce4. U imunokompetentních jedinců je infekce obvykle bez symptomů nebo může mít mírné projevy včetně erythema infectiosium (pátá nemoc) u dětí nebo artropatie u dospělých. Nicméně B19V může způsobit závažné onemocnění, jako je tranzitorní aplastická anémie u jedinců s hematologickými poruchami a vodnatelností a vrozenou anémii nebo smrt plodu u těhotných žen4. Prevalence B19V v krvi a plazmě dárců se může pohybovat v rozmezí 0,003–0,6 % v závislosti na tom, zda byl odběr proveden v epidemickém nebo neepidemickém období5, 6. Přestože se B19V normálně přenáší respirační cestou, může dojít k přenosu plazmovými produkty kvůli velikosti směsí plazmy, výskytu akutních, inaparentních infekcí B19V, vysoké hladině virů u viremických dárců (až 1012 IU/ml) a rezistence B19V vůči většině běžně užívaným krokům inaktivace/odstranění, jako je zpracování s rozpouštědlem/detergentem (S/D) nebo pasterizací7. Byla hlášena přítomnost DNA B19V ve směsích plazmy a v plazmových produktech8-10 a v literatuře se uvádí mnoho případů přenosu B19V při podání plazmových produktů, zvláště koagulačními faktory7, 11-13.
Oddíl s informacemi o revizi dokumentu se nachází na konci tohoto dokumentu. 05509220001-03CS 1
Doc Rev. 4.0
Virus hepatitidy A (HAV) je malý neobalený virus RNA, který patří k hepatovirům ze skupiny 14 Picornaviridae . HAV, který je rozšířen celosvětově, se přenáší orálně-fekální cestou, primárně blízkým osobním kontaktem. Epidemie jsou běžné v rozvojových zemích, kdy dojde k infekci v rané fázi života, díky čemuž má velká část populace protilátky proti HAV15, zatímco ve vyspělých průmyslových zemích 16 pokles výskytu viru vedl k posunu infekce do dospělosti . Infekce HAV u lidí jsou v rozsahu od asymptomatických infekcí, většinou u malých dětí, až po plně rozvinutou hepatitidu, která v některých případech může vést až ke smrti. V severní Evropě, Japonsku, Kanadě a USA je prevalence v obecné populaci velmi nízká (asi 0,01 %) a vypuknutí jsou spojena většinou s vysoce rizikovými skupinami, jako jsou cestovatelé do endemických regionů17. HAV je možné rozdělit podle různých genotypů (I – VI); genotypy I, II a III se vyskytují u lidí18, 19. I když infekční HAV je možné nalézt v krvi během časového 20 období tvorby protilátek , riziko přenosu při transfuzi HAV je velmi nízké. Nicméně stejně jako u B19V, ani HAV nelze jednoduše deaktivovat zpracováním S/D (rozpouštědlem/detergentem) nebo pasterizací a byly zveřejněny zprávy o přenosu HAV plazmovými produkty, zvláště koagulačními faktory21-23. Kontaminaci směsí plazmy B19V a HAV je možné stanovit testováním NAT a těsně po roce 2000 někteří výrobci plazmy začali používat testování NAT plazmy určené pro další zpracování na DNA B19V a RNA HAV. Testování bylo zaměřeno na snížení zátěže B19V ve směsích plazmy a odstranění jednotek kontaminovaných HAV. Takovému testování se říká „mezioperační“ testování. Přítomnost protilátek IgG proti B19V ve směsích plazmy a zprávy o přenosu B19V v produktech obsahujících > 104 IU/ml B19V 7 4 DNA vedly FDA k navržení limitu < 10 IU/ml B19V DNA ve směsích plazmy určených pro další zpracování a vytvoření evropské směrnice pro plazmu určenou pro výrobu anti-D imunoglobulinu a plazmy ošetřené za účelem virové inaktivace24, 25, 26. V současnosti neexistují regulační požadavky pro testování HAV ve směsích plazmy. Nicméně evropské směrnice vyžadují, aby při testování NAT směsí plazmy na HAV prováděné jako „mezioperační“ testování dokázal test detekovat kontrolu obsahující 100 IU/ml RNA HAV26. Test cobas® TaqScreen DPX je duplexní test určený pro simultánní detekci B19V a HAV v jednotlivých vzorcích nebo směsích plazmy humánního původu. Použití technologie s více barvivy umožňuje identifikaci každého virového cíle bez nutnosti dalšího rozlišovacího testování. Navíc díky použití kvantifikačního standardu (QS) přímo zjistitelného dle mezinárodního standardu B19V WHO27 nabízí test kvantifikační hodnotu (v IU/ml) cíle B19V. S každým vzorkem je extrahován a amplifikován QS spolu ® s vnitřní kontrolou (IC) (pro cíl HAV). Test cobas TaqScreen DPX používá obecnou techniku přípravy nukleové kyseliny na zařízení COBAS® AmpliPrep. DNA B19V, RNA HAV, QS a IC jsou amplifikovány a detekovány pomocí automatizované, v reálném čase probíhající polymerázové řetězové reakce (PCR) ® ® na analyzátoru COBAS TaqMan . Rozlišení virového cíle, QS a IC se dosahuje použitím fluorescenčně značených sond, které jsou detekovány v oddělených kanálech analyzátoru COBAS® TaqMan®. Pro snížení potenciální kontaminace již amplifikovaným materiálem (amplikon) zahrnuje test enzym AmpErase (enzym uracil-N-glykosylázy). PRINCIPY POSTUPU Test cobas® TaqScreen DPX, použitý na systému cobas s 201, je založen na 4 hlavních procesech: 1. Automatická tvorba směsí a pipetování kontrol pomocí pipetoru Hamilton MICROLAB® STAR/STARlet IVD (volitelně) 2. Automatická příprava vzorků pomocí zařízení COBAS® AmpliPrep 3. Automatická amplifikace nukleové kyseliny a automatická detekce PCR produktů v reálném čase pomocí analyzátoru COBAS® TaqMan® 4. Automatické řízení dat pomocí softwaru pro tvorbu směsí a řízení dat (PDM) Automatická tvorba směsí vzorků a pipetování pomocí pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD automatizuje pipetování jednotlivých vzorků dárců, tvorbu směsí vzorků od více dárců a pipetování kontrol testů. Systém cobas s 201 dokáže rozlišit reaktivní směsi na jednotlivé složky vzorků. Systém cobas s 201 je navržen pro dávkové zpracování vzorků. Dávka je definována jako soubor vzorků a kontrol, které jsou společně pipetovány, extrahovány, amplifikovány a detekovány. Jakmile pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD ® dokončí pipetování dávky, celý stojan se vzorky je přenesen do zařízení COBAS AmpliPrep k dalšímu kroku zpracování.
05509220001-03CS
2
Doc Rev. 4.0
Automatická příprava vzorků pomocí zařízení COBAS® AmpliPrep Simultánně se zpracovávají nukleové kyseliny ze vzorků a přidané molekuly IC Armored HAV RNA a molekuly B19V QS DNA zapouzdřené v obalu lambda (které slouží jako kontroly pro přípravu ® a amplifikaci/detekci/kvantifikaci vzorků). Test cobas TaqScreen DPX obsahuje činidla, která provádí pět sekvenčních kroků na zařízení COBAS® AmpliPrep. Roztok proteinázy rozpouští proteiny k podpoře štěpení, deaktivuje nukleázy a usnadňuje uvolnění RNA a DNA z virových částic. Přidání činidla pro lýzu ke vzorku má za důsledek štěpení virů a aktivaci nukleázy díky denaturaci proteinů. Dochází k uvolňování RNA a DNA a zároveň ochraně před nukleázami. Uvolněné nukleové kyseliny se váží na rosolový povrch přidaných magnetických skleněných částic. To se děje hlavně díky čistému kladnému náboji na povrchu skleněných částic a čistému zápornému náboji nukleových kyselin za koncentrace chaotropní soli a iontové síly štěpicí reakce. Promývací činidlo odstraňuje nenavázané látky a nečistoty, jako jsou denaturované bílkoviny, buněčný odpad a potenciální PCR inhibitory (například hemoglobin, atd.) a snižuje koncentraci soli. Vyčištěné nukleové kyseliny se uvolní z magnetických skleněných částic při zvýšené teplotě elučním pufrem. Automatická amplifikace a detekce nukleové kyseliny pomocí analyzátoru COBAS® TaqMan® Po izolaci vyčištěných nukleových kyselin z lidské plazmy během automatické přípravy vzorku se používá cobas® TaqScreen DPX Master Mix (MMX) pro amplifikaci a detekci RNA HAV a RNA IC ® a amplifikaci a kvantifikaci DNA B19V a DNA QS. Po aktivaci umožňuje cobas TaqScreen DPX Master Mix reverzní transkripci (pro cílové RNA) přídavkem octanu manganatého, po které následuje PCR amplifikace vysoce chráněných oblastí RNA HAV, RNA IC, DNA B19V a DNA QS pomocí specifických primerů. Amplikony se detekují hybridizací specifických oligonukleotidových sond. Amplifikace, hybridizace a detekce probíhají současně. Reverzní transkripce a PCR amplifikace Reverzní transkripce a amplifikace se provádí pomocí termostabilního rekombinantního enzymu, Z05 DNA Polymerázy. Za přítomnosti manganu (Mn2+), vykazuje Z05 DNA Polymeráza reverzní transkriptázu a polymerázové aktivity DNA. Díky tomu může reverzní transkripce a PCR amplifikace probíhat v téže reakční směsi. Během PCR amplifikace dochází při cyklování ve střídavě vysoké teplotě k denaturaci cílového a IC/QS amplikonu a vzniká jednořetězcová DNA. Z05 DNA Polymeráza prodlužuje napojené primery podél cílových templátů a vytváří dvouřetězcovou DNA (amplikon). Tento proces se několikrát opakuje a v každém cyklu se zdvojnásobuje množství amplikonu. Amplifikace probíhá pouze v oblasti cílových genomů mezi primery; všechny genomy amplifikovány nejsou. Prevence kontaminace při přenosu Kontaminaci amplikony při přenosu je zabráněno použitím enzymu AmpErase (uracil-N-glykosylázy) a deoxyuridin-trifosfátu (dUTP). Deoxyuridin se v přírodní DNA nevyskytuje, ale v amplikonu je vždy přítomen vzhledem k tomu, že se v Master Mixu používá jako jeden dNTP směs deoxiuridintrifosfátu s thymidintrifosfátem. Proto pouze amplikon obsahuje deoxyuridin. Enzym AmpErase rozpoznává a katalyzuje destrukci vláken DNA obsahujících deoxyuridin28 rozevřením deoxyribozového řetězce v poloze C1, čímž se DNA stává neamplifikovatelnou. DNA obsahující deoxythymidin nebo RNA 29,30 není ovlivněná. Během počátečního kroku reverzní transkripce enzym obsahující ribouridin AmpErase katalyzuje rozštěpení přenosového amplikonu v místě deoxyuridinového zbytku. Enzym AmpErase je neaktivní po delší dobu, jakmile je vystaven teplotám nad 55 °C, a proto nerozkládá nově vzniklý cílový amplikon. Detekce produktů PCR31, 32 Test cobas® TaqScreen DPX MMX obsahuje detekční sondy specifické pro nukleovou kyselinu HAV, IC, B19V nebo QS. Každá detekční sonda je označena 1) jedním ze čtyř oznamovacích fluorescenčních barviv a 2) dalším barvivem, které je tlumicí. Každé specifické oznamovací barvivo je asociováno s odpovídajícím cílem a měřeno při definované vlnové délce. Ve všech sondách se používá jeden typ tlumicího barviva. Tento systém umožňuje detekci všech amplifikovaných cílů při různých vlnových délkách. Před začátkem PCR amplifikace jsou sondy intaktní a oznamovací fluorescenční barvivo je potlačeno tlumicím barvivem kvůli vlivu Försterova přenosu energie. Během PCR amplifikace sonda hybridizuje na specifické jednovláknové řetězce DNA a ve stejnou chvíli, kdy nastává amplifikace, jsou rozštěpeny 5' až 3' nukleázovou aktivitou Z05 DNA polymerázy. Jakmile jsou oznamovací a tlumicí barviva tímto štěpením oddělena, dojde k odmaskování fluorescenční aktivity oznamovacího barviva. U každého PCR cyklu jsou generována zvýšená množství rozštěpených sond a kumulativní signál oznamovacího barviva se postupně zvyšuje. 05509220001-03CS
3
Doc Rev. 4.0
Detekce PCR produktů v reálném čase je prováděna nezávislým měřením fluorescence uvolněných oznamovacích barviv, které představují virové cíle a dále IC a QS. Řízení dat pomocí softwaru PDM Software Roche PDM umožňuje uživateli prohlížet a vytvářet hlášení výsledků. Software Roche PDM označuje výsledky testu cobas® TaqScreen DPX jako nereaktivní, reaktivní nebo neplatné na cíl HAV a < mez, mez nebo neplatné na cíl B19V. Kromě vybírání a prohlížení výsledků PCR umožňuje software Roche PDM obsluze tisknout zprávy, hledat výsledky, přijímat výsledky dárců a jako volitelně i odesílat výsledky do LIS. MATERIÁLY POSKYTOVANÉ SPOLEČNOSTÍ ROCHE Pro detekci RNA HAV a kvantifikaci DNA B19V ve vzorcích plazmy jsou nutné a dodávají se tři sady: 1) test cobas® TaqScreen DPX, 2) kontrolní sada cobas® TaqScreen DPX a 3) promývací činidlo cobas® TaqScreen. Bezpečnostní listy pro materiály (MSDS) zašle na vyžádání Vaše místní pobočka společnosti Roche. cobas® TaqScreen DPX Test (P/N: 05509203 190)
DPX
96 testů
DPX CS1 (DPX kazeta s činidly pro magnetické skleněné částice) DPX CS2 (DPX kazeta s lytickým činidlem) DPX CS3 (DPX multičinidlová kazeta) DPX CS4 (Kazeta s činidly specifickými pro test DPX) ® cobas TaqScreen DPX Control Kit Kontrolní sada pro cobas® TaqScreen DPX (P/N: 05509181 190)
DPX CTL
12 sad
DPX D(+)C (HAV pozitivní a B19V nízce pozitivní duální kontrola) DPX H(+)C (B19V vysoce pozitivní kontrola) DPX (–) C (cobas® TaqScreen DPX negativní kontrola) cobas® TaqScreen Wash Reagent Promývací činidlo cobas® TaqScreen (P/N: 04404220 190)
TS WR
5,1 l
TS WR (Promývací činidlo cobas® TaqScreen)
05509220001-03CS
4
Doc Rev. 4.0
DALŠÍ POTŘEBNÝ MATERIÁL, KTERÝ JE VŠAK PRODÁVÁN SAMOSTATNĚ (MŮŽE BÝT ZAKOUPEN OD SPOLEČNOSTI ROCHE) Tento test musí být prováděn na systému cobas s 201. Systém cobas s 201 musí být instalován a používán jako úplná konfigurace systému. Jednotlivé součásti systému cobas s 201 nemohou být používány jako samostatné přístroje ani nesmí být nahrazeny jinými komponenty. Systém cobas s 201 využívá níže uvedené součásti: Vybavení a software systému cobas s 201
Pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD (volitelně), pracovní stanice a software Pooling Manager
Zařízení COBAS® AmpliPrep
Analyzátor COBAS® TaqMan®
Datová stanice a software AMPLILINK
Roche PDM Data Manager Server, pracovní stanice a software Data Manager
Definiční soubor testu DPX pro test cobas® TaqScreen DPX
Definiční soubor testu parvovirus B19 (B19V) pro test cobas® TaqScreen DPX
Systém cobas s 201 – příručka obsluhy pro konfiguraci D
Stojany a spotřební materiál
Stojany na vzorky COBAS® AmpliPrep (SK24) (P/N: 28122172001)
SPU stojany COBAS® AmpliPrep (P/N: 05471664001)
Stojany na činidla COBAS® AmpliPrep (P/N: 28122199001)
Jednotky pro zpracování vzorku (SPU): (P/N: 03755525001)
Vstupní zkumavky pro vzorky (S-zkumavky) s klipy s čárovým kódem (P/N: 03137040001)
Stojany s K-špičkami (P/N: 03287343001)
Box s K-zkumavkami v počtu 12 x 96 (P/N: 03137082001)
K-nosič analyzátoru COBAS® TaqMan® (P/N: 28150397001)
Vysokoobjemové špičky CO-RE (1000 µl), filtr (P/N: 04639642001)
Destičky s hlubokými jamkami se štítky s čárovým kódem (P/N: 04639634001)
Lepicí fólie pro destičky s hlubokými jamkami (P/N: 04789288001)
Nosič vzorků pro 24 testovacích zkumavek (P/N: 04639502001)
Nosič vzorků pro 32 testovacích zkumavek (P/N: 04639529001)
Nosič špiček (P/N: 04639545001)
Nosič destiček pro destičky s hlubokými jamkami (P/N: 04639553001)
Nosič stojanů SK24 (P/N: 04639600001)
Souprava dezinfekčního spreje Hamilton (P/N: 06254250001)
Souprava detergentu Hamilton MICROLAB (P/N: 06254268001)
Rukavice na jedno použití bez pudru
05509220001-03CS
5
Doc Rev. 4.0
ČINIDLA ®
cobas TaqScreen DPX Test (P/N: 05509203 190)
DPX
DPX CS1 MGP (Magnetické skleněné částice) Magnetické skleněné částice 93 % Isopropanol Xi
96 testů 2 x 48 testů 2 x 7,0 ml
93 % (hm.) Isopropanol
Dráždivý F
93 % (hm.) Isopropanol
Vysoce hořlavý DPX CS2 LYS (Lyzační činidlo) Dihydrát citrátu sodného 42,5 % Guanidinthiokyanát < 14 % Polydokanol 0,9 % Dithiothreitol Xn 42,5 % (hm.) guanidinthiokyanát
2 x 48 testů 2 x 78 ml
Zdraví škodlivý DPX CS3 Pase (Roztok proteinázy) TRIS pufr < 0,05 % EDTA Chlorid vápenatý Octan vápenatý ≤ 7,8 % proteináza Glycerol Xn ≤ 7,8 % (hm.) Proteináza
2 x 48 testů 2 x 3,8 ml
Zdraví škodlivý EB (Eluční pufr) TRIS pufr 0,2 % Methylparaben jako konzervant
05509220001-03CS
2 x 7,0 ml
6
Doc Rev. 4.0
DPX CS4 DPX MMX-R1 (Činidlo DPX Master Mix 1) Octan draselný Octan manganatý Glycerol 14,4 % dimetylsulfoxid 0,08 % azid sodný Kyselina octová
2 x 48 testů 2 x 3,0 ml
DPX MMX-R2 (Činidlo DPX Master Mix 2) Tricinový pufr Octan draselný Hydroxid draselný 4,1 % dimetylsulfoxid Glycerol Tween 20 < 0,09 % dATP, dGTP, dCTP, dUTP, dTTP < 0,01 % Upstream a downstream primery B19V a HAV < 0,01 % Fluorescenčně značené sondy specifické pro B19V a HAV < 0,01 % Fluorescenčně značené sondy specifické pro QS B19V a IC HAV < 0,01 % Oligonukleotidový aptamer < 0,01 % Z05 DNA polymeráza (mikrobiální) < 0,01 % enzym AmpErase® (uracil-N-glykosyláza) (mikrobiální) 0,08 % azid sodný
2 x 2,5 ml
DPX IC/QS (Vnitřní kontrola a kvantifikační standard DPX) TRIS pufr ≤ 0,002 % Poly rA RNA (syntetická) EDTA 0,05 % azid sodný < 0,001 % neinfekční, syntetická RNA IC zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem MS2 < 0,001 % neinfekční, syntetická DNA QS B19V zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem Lambda
2 x 13 ml
cobas® TaqScreen DPX Control Kit Kontrolní sada pro cobas® TaqScreen DPX (P/N: 05509181 190)
DPX CTL
DPX D(+)C (Duální pozitivní kontrola DPX) < 0,001 % neinfekční syntetická RNA HAV zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem MS2 < 0,001 % neinfekční syntetická DNA B19V zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem Lambda Negativní lidská plazma, nereaktivní podle testů licencovaných US FDA na IgG proti B19V a protilátky IgM, HBsAg, protilátky proti HBV core, protilátky proti HCV, protilátky proti HIV-1/2 a RNA HIV-1. Nereaktivní podle NAT na RNA HAV a DNA B19V ≤ 5 IU/ml dle PCR metod. 0,1 % konzervantu ProClin® 300 Xi
12 sad
12 x 1,6 ml
(3:1) Směs 5-chloro-2-metyl-2H-izotiazolin-3-on a 2-metyl-2H-izotiazolin-3-on
Dráždivý R43: Může vyvolat senzibilizaci při styku s kůží.
05509220001-03CS
7
Doc Rev. 4.0
DPX H(+)C (Vysoce pozitivní kontrola DPX) < 0,001 % neinfekční syntetická DNA B19V zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem Lambda Negativní lidská plazma, nereaktivní podle testů licencovaných US FDA na IgG proti B19V a protilátky IgM, HBsAg, protilátky proti HBV core, protilátky proti HCV, protilátky proti HIV-1/2 a RNA HIV-1. Nereaktivní podle NAT na RNA HAV a DNA B19V ≤ 5 IU/ml dle PCR metod. 0,1 % konzervantu ProClin 300 Xi
12 x 1,6 ml
(3:1) Směs 5-chloro-2-metyl-2H-izotiazolin-3-on a 2-metyl-2H-izotiazolin-3-on
Dráždivý R43: Může vyvolat senzibilizaci při styku s kůží. DPX (–) C ® (negativní kontrola cobas TaqScreen DPX) Pufr s fosforečnanem sodným EDTA 0,002 % Poly rA RNA (syntetická) Amarantové barvivo 0,1 % konzervantu ProClin 300 Xi
12 x 1,6 ml
Směs (3:1) 5-chloro-2-methyl-2H-isothiazol-3-onu a 2-methyl-2H-isothiazol-3-onu
Dráždivý R43: Může vyvolat senzibilizaci při styku s kůží. cobas® TaqScreen Wash Reagent Promývací činidlo cobas® TaqScreen (P/N: 04404220 190)
TS WR
5,1 l
TS WR (Promývací činidlo cobas® TaqScreen) Dihydrát citrátu sodného 0,1 % Methylparaben jako konzervant POŽADAVKY NA SKLADOVÁNÍ A MANIPULACI A. Pokojová teplota je definována jako 15 až 30 °C. B. Činidla ani kontroly nezmrazujte. C. DPX CS1, DPX CS2, DPX CS3 a DPX CS4 uchovávejte při teplotě 2 až 8 °C. Pokud jsou nepoužitá, jsou tato činidla stabilní až do vyznačeného data expirace. D. Po prvním použití jsou při teplotě 2 až 8 °C stabilní ještě 30 dní nebo do data expirace, je-li tato doba kratší. E. Činidla mohou být použita až pro 6 cyklů na přístroji, do maximálního počtu 48 hodin použití na přístroji COBAS® AmpliPrep. Činidla musí být mezi jednotlivými použitími uchována při teplotě 2 až 8 °C. Software AMPLILINK monitoruje celkovou dobu vložení kazet s činidly v zařízení COBAS® AmpliPrep a po celkově 48 hodinách použití kazety zablokuje. F. Software AMPLILINK nekontroluje počet cyklů zařízení, pro které byly kazety použity. Je odpovědností uživatele zlikvidovat kazety s činidly po 6 cyklech na zařízení. G. DPX D(+)C, DPX H(+)C a DPX (–) C uschovávejte při teplotě 2 až 8 °C. Kontroly jsou stabilní až do vyznačeného data expirace. Po otevření je nutné nespotřebovanou část zlikvidovat.
05509220001-03CS
8
Doc Rev. 4.0
H. TS WR skladujte při teplotě 15 až 30 °C. Neotevřený je TS WR stabilní do uvedeného data expirace. Po otevření je toto činidlo stálé po dobu 30 dní při teplotě 15 až 30 °C nebo do data expirace, je-li tato doba kratší. BEZPEČNOSTNÍ OPATŘENÍ PRO ÚČELY DIAGNOSTIKY IN VITRO. 33,34
Tuto A. Vzorky mohou být infekční. Při provádění analýzy dodržujte obecná bezpečnostní opatření. proceduru smí provádět pouze personál vyškolený pro použití testu cobas® TaqScreen DPX a pro zacházení s infekčním materiálem. Všechny pracovní plochy důkladně očistěte a vydezinfikujte čerstvě připraveným 0,5 % roztokem chlornanu sodného v destilované nebo deionizované vodě (zředěný bělící prostředek). Dále povrch otřete 70% etanolem. B. POZOR: DPX D(+)C a DPX H(+)C obsahují lidskou plazmu pocházející z lidské krve. Použitá plazma byla testována a bylo zjištěno, že není reaktivní na protilátky IgG a IgM proti B19V, HBsAg, HBV core Ab, HCV Ab, HIV-1/2 Ab; nereaktivní na HIV-1 RNA metodou NAT. Použitá plazma byla také testována pomocí testu cobas® TaqScreen DPX, a zjistilo se, že není reaktivní na HAV RNA, a že obsahuje ≤ 5 IU/ml B19V DNA. Nicméně žádná známá testovací metoda nepředstavuje dokonalou záruku, že se s deriváty z lidské krve nepřenesou nějaká infekční agens. Veškeré materiály pocházející z krve by měly být považovány za potenciálně infekční a musí se s nimi zacházet dle všeobecných bezpečnostních opatření. Pokud dojde k rozlití vzorku, ihned místo dezinfikujte čerstvě připraveným roztokem 0,5 % chlornanu sodného (zředěné bělidlo) nebo postupujte dle vlastních vhodných procedur laboratoře. C. Používejte běžná laboratorní bezpečnostní opatření. Nepipetujte ústy. V pracovních laboratorních prostorách nejezte, nepijte a nekuřte. Při práci se vzorky a sadami činidel používejte rukavice na jedno použití, pracovní oděv a ochranné brýle. Po práci se vzorky a činidly si důkladně umyjte ruce. D. DPX MMX-R1, DPX MMX-R2 a DPX IC/QS obsahují azid sodný jako konzervant. Pokud mají být roztoky obsahující azid vylity do odpadního systému, musí být zředěny a spláchnuty větším množstvím tekoucí vody. Tato bezpečnostní opatření jsou doporučena, aby nedocházelo k nashromáždění usazenin v kovovém potrubí, kde by se mohly vyvinout výbušné podmínky. E. Prokázalo se, že Heparin inhibuje PCR. U této procedury nepoužívejte heparinizovanou plazmu. F. Doporučuje se používat sterilní pipety na jedno použití a špičky na pipety bez nukleázy. Pokud se během zacházení se vzorkem a zpracování nezabrání křížové kontaminaci vzorků, mohou vzniknout falešně pozitivní výsledky. G. Pro zajištění optimální účinnosti testu používejte pouze spotřební materiál, který je součástí dodávky, nebo dále specifikovaný požadovaný materiál. H. S veškerým materiálem obsahujícím vzorky nebo kontroly zacházejte dle zásad správné laboratorní praxe, aby se zabránilo křížové kontaminaci vzorků nebo kontrol. I.
Před použitím vizuálně zkontrolujte každou kazetu s činidly, kontrolní zkumavku a promývací činidlo, zda nejeví žádné známky netěsnosti. Pokud známky netěsnosti vykazuje, nepoužívejte tento materiál k testování.
J.
Všechen materiál, který se dostal do kontaktu se vzorky a činidly, zlikvidujte dle celostátních, respektive místních předpisů.
K. Nepoužívejte test cobas® TaqScreen DPX, kontrolní soupravu cobas® TaqScreen DPX nebo promývací činidlo cobas® TaqScreen po datu expirace. Nezaměňujte, nemíchejte ani nekombinujte činidla z různých souprav nebo šarží. Neplňte různé šarže činidel do zařízení COBAS® AmpliPrep. L. Bezpečnostní listy pro materiály (MSDS) zašle na vyžádání Vaše místní pobočka společnosti Roche. M. Vyhněte se kontaktu činidel s pokožkou, očima nebo sliznicemi. Pokud dojde ke kontaktu, okamžitě postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody, jinak může dojít k popáleninám. Pokud se činidlo rozlije, zřeďte ho před vytřením dosucha vodou. N. Nenechte činidlo LYS obsahující guanidinthiokyanát přijít do styku s roztokem chlornanu sodného (bělicím prostředkem). Ze směsi by se mohl uvolňovat vysoce toxický plyn. O. Pečlivě dodržujte uvedené postupy a předpisy, aby se zajistilo správné provedení testů. Jakákoliv odchylka od postupů a předpisů může negativně ovlivnit optimální účinnost testu. P. Vyhněte se použití nadměrně hemolyzovaných vzorků. 05509220001-03CS
9
Doc Rev. 4.0
Q. Kontaminace vzorků plazmy červenými krvinkami (> 5 %) může inhibovat test cobas® TaqScreen DPX. R. Nepoužívejte žádnou součást s poškozenými štítky s čárovými kódy v žádné fázi testování. PŘÍPRAVA KONTROL A ČINIDEL A. Vyjměte činidla kontrolní soupravy cobas® TaqScreen DPX a testu cobas® TaqScreen DPX z chladničky 30 minut před použitím, aby se minimalizovala kondenzace na čárovém kódu. ODBĚR, SKLADOVÁNÍ A VYTVÁŘENÍ SMĚSÍ VZORKŮ Pozn.:
Se všemi vzorky je třeba zacházet jako s infekčními.
Vzorky A. Vzorky odebrané do EDTA, CPD, CPDA-1, CP2D, ACD-A, 4% citrátu a zkumavek pro přípravu ® plazmy BD Vacutainer (PPT) je možné použít v testu cobas TaqScreen DPX. Postupujte dle pokynů výrobce vzorkové zkumavky. B. Krev odebraná s použitím EDTA, CPD, CPDA-1, CP2D, ACD-A, 4% citrátu a PPT je možno před oddělením plazmy skladovat až 72 hodin při teplotě 2–30 °C a poté až 48 hodin při 2–8 °C. Při skladování delším než 5 dní je nutné plazmu oddělit od červených krvinek a je možné ji skladovat při teplotě 2–8 °C až 9 dní. Obrázek 1
Stabilita plné krve
30
Teplota (°C)
Plná krev (2 °C–30 °C) 20
10 Plná krev (2 °C–8 °C)
Plazma (2 °C–8 °C)
0 0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
Dny C. Plazma z aferézy v EDTA, CPD, CPDA-1, CP2D, ACD-A nebo s použitím 4% citrátu sodného může být uchována až 10 dní při teplotě 2–30 °C. a až 46 dní při teplotě 2–8 °C. D. Následující směrnice pro objem plazmy jsou založeny na pipetování ze skleněných nebo plastových dárcovských zkumavek 13 x 100 mm na pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Uvedené objemy jsou určeny pro plazmu na povrchu zhuštěných červených krvinek a pro použití při testu cobas® TaqScreen DPX. Tabulka 1 Pokyny pro určení objemu pro pipetor Hamilton MICROLAB® STAR/STARlet IVD Typ směsi Minimální objem plazmy Primární směs* 3 ml Opakovaná směs 1,5 ml Rozlišovací směs 2 ml *Zahrnuje vytvoření destičky s hlubokými jamkami (archivní destičky)
05509220001-03CS
10
Doc Rev. 4.0
E. Plnou krev nezmrazujte. F. Zakryté destičky s hlubokými jamkami mohou být uskladněny při teplotě 2–30 °C po dobu až 3 dní, při teplotě ≤ -18 °C až po dobu 150 dní a 2–8 °C až po dobu 30 dní. Po třech cyklech zmrazení a rozmrazení vzorků plazmy nebyly pozorovány žádné nepříznivé účinky na výsledek testu. G. Plazma v EDTA, CPD, CPD-A, CP2D, ACD-A a s použitím 4% citrátu sodného může být uchována až 12 měsíců při teplotě ≤ -18 °C a až 15 dní při teplotě 2–8 °C.Po třech cyklech zmrazení a rozmrazení vzorků plazmy nebyly pozorovány žádné nepříznivé účinky na výsledek testu. H. Vyjměte vzorky z chladničky 30 minut před použitím, aby se minimalizovala kondenzace na čárovém kódu. I.
Uživatel musí ověřit další podmínky odběru a skladování. Pokud mají být vzorky přepravovány, musí být zabaleny a označeny dle platných státních a mezinárodních předpisů o přepravě vzorků a etiologických agens.35
VYTVÁŘENÍ SMĚSÍ A PIPETOVÁNÍ VZORKŮ A. Systém cobas s 201 využívá pro veškeré pipetování a míchání vzorků pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD provádí skenování čárových kódů a vytváření směsi ze vzorků a vytváří směsi. B. Systém cobas s 201 může být instalován bez pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD, což by vyžadovalo manuální zadávání ID čárových kódů. Návod k použití naleznete v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. ® C. Pokud jsou pomocí testu cobas TaqScreen DPX detekovány směsi reaktivní na HAV nebo s hraniční hodnotou B19V, může se použít pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD k odpipetování jednotlivých vzorků z destiček s hlubokými jamkami nebo zkumavek s původními vzorky pro potřebu sekundárního testování.
POZNÁMKY K POSTUPU A. Vybavení 1. Připravte systém cobas s 201 k použití podle pokynů v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. 2. Proveďte doporučenou údržbu přístroje k zajištění správné funkce. B. Činidla 1.
Vyjměte činidla kontrolní soupravy cobas® TaqScreen DPX a testu cobas® TaqScreen DPX z chladničky 30 minut před použitím, aby se minimalizovala kondenzace na čárovém kódu. Promývací činidlo cobas® TaqScreen musí mít před použitím pokojovou teplotu. Skladovací podmínky činidel viz kapitola „Požadavky na skladování a manipulaci“.
2.
Každá souprava testu cobas® TaqScreen DPX obsahuje dostatečné množství pro zpracování 96 testů, které se doporučuje provést v dávkách složených až z 24 testů na stojanu SK24. Jedna negativní kontrola a jedna z každé pozitivní kontroly musí být zpracovány u každé dávky vzorků nebo stojanu SK24. V testu cobas® TaqScreen DPX se kontroly zpracovávají stejně jako vzorky.
3.
Všechny kontroly jsou pouze na jedno použití.
4. Systém zabrání použití činidel z různých šarží, činidel, které přesáhly povolený počet hodin v přístroji, činidel, jejichž datum expirace vypršelo nebo smíšených kazet ze sady čtyř kazet na systému již dříve použitých. Neplňte různé šarže činidel do zařízení COBAS® AmpliPrep. C. Zpracování vzorků 1.
Zabraňte kontaminaci rukavic při manipulaci se vzorky a kontrolami.
2. Zvláště dbejte, aby nedošlo ke kontaminaci vzorků a negativních kontrol s pozitivními kontrolami. 05509220001-03CS
11
Doc Rev. 4.0
NÁVOD K POUŽITÍ Systém cobas s 201 zahrnuje čtyři hlavní procesy: pipetování vzorků a kontrol na doplňkovém pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD, příprava vzorků na zařízení COBAS® AmpliPrep s použitím testu ® ® ® cobas TaqScreen DPX, amplifikace/detekce na analyzátoru COBAS TaqMan a řízení dat. Každá souprava testu cobas® TaqScreen DPX obsahuje osm kazet: dvě kazety DPX CS1 s magnetickými skleněnými částicemi, dvě kazety DPX CS2 s lytickým činidlem, dvě kazety DPX CS3 s roztokem proteinázy a elučním pufrem a dvě kazety DPX CS4 s vnitřní kontrolou, činidlem Master Mix 1 a Master Mix 2. Tato souprava testu je určena k použití s kontrolní soupravou cobas® TaqScreen ® DPX a promývacím činidlem cobas TaqScreen. Pozn.:
Neotevírejte kazety.
Pozn.:
Nesměšujte dohromady činidla z různých šarží, ani z různých lahviček téže šarže.
Pozn.:
Nepoužívejte dohromady kazety z různých šarží v zařízení COBAS® AmpliPrep.
Pozn.:
Neoddělujte kontrolní zkumavky od nástavců (plastový držák kontrolní zkumavky).
Pozn.:
PDM Software sleduje a vyžaduje, aby byla dávka testována na jednom zařízení COBAS® AmpliPrep a analyzátoru COBAS® TaqMan® propojeném na stejné datové stanici AMPLILINK.
Pozn.:
Nerozdělujte dávky na více než jedno zařízení COBAS® AmpliPrep nebo analyzátor COBAS® TaqMan®.
Proveďte veškerou požadovanou údržbu dle popisu v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. Podrobný popis použití naleznete v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. A. Pipetování kontrol a vzorků pomocí pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD Pozn.:
Při manipulaci se vzorky a kontrolami zabraňte kontaminaci rukavic.
Pozn.:
Promíchejte kontroly tak, že je alespoň 3krát převrátíte. Dbejte však, aby nedošlo k vytvoření bublin, jak je uvedeno níže. Každé převrácení je definováno jako obrácení kontroly dnem vzhůru a nazpět. Při každém převrácení podržte kontrolu alespoň 2 sekundy v každém natočení (tj. otočte kontrolu dnem vzhůru a podržte alespoň 2 sekundy. Poté otočte kontrolu nazpět a podržte alespoň 2 sekundy.)
Pozn.:
Virové cíle v kontrolách, směsích vzorků a jednotlivých vzorcích jsou stabilní na systému (až do teploty 30 °C) nejméně po dobu 18 hodin před extrakcí na zařízení COBAS® AmpliPrep.
1. Proveďte spouštěcí procedury pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD, poté spusťte průvodce tvorby směsi (poolingu) Roche PDM Pooling Wizard a postupujte dle pokynů na obrazovce. 2. Buďte opatrní, abyste nepoškodili identifikační čárový kód na zkumavkách se vzorky a nástavcích zkumavek s kontrolami. V případě poškození nebude systém schopen rozeznat vzorky nebo kontroly. 3. Otevřete zkumavky s kontrolami a zaveďte vzorky, spotřební materiál a kontroly do pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Po zavedení vzorků, spotřebního materiálu a kontrol přístroj přenese kontroly a vzorky do S-zkumavek. 4. Po dokončení pipetování zkontrolujte výstrahy a vytiskněte zprávu(y) tvorby směsi. Zkontrolujte směsi a jamky destičky s hlubokými jamkami. Vyřaďte směsi, případně jamky, pokud je zjištěna kontaminace červenými krvinkami nebo pokud nejsou shodné objemy. ®
5. Opět uzavřete S-zkumavky a přeneste stojan(y) SK24 na zařízení COBAS k extrakci nukleové kyseliny.
AmpliPrep
6. Uzavřete a uskladněte destičky s hlubokými jamkami (pokud byly destičky během pipetování vytvořeny). 05509220001-03CS
12
Doc Rev. 4.0
7. Vyjměte a uskladněte dárcovské zkumavky. Podmínky skladování naleznete v kapitole Odběr, skladování a vytváření směsi vzorků. 8. Vyjměte a uskladněte kontrolní zkumavky. (Kontrolní zkumavky jsou pouze na jedno použití.) 9. Objednávky testů se automaticky vytvářejí a přenášejí do všech datových stanic AMPLILINK v síti. B. Příprava a zavádění činidel testu cobas® TaqScreen DPX Pozn.:
Buďte opatrní, abyste nepoškodili štítky kazet. Čtečka čárových kódů zařízení COBAS® AmpliPrep automaticky přečte štítek s čárovými kódy každé kazety při zavedení stojanů s činidly do přístroje.
1. Před spuštěním zařízení musí být do přístroje zaveden dostatečný počet všech kazet ke zpracování celého počtu vzorků, které budou na zařízení COBAS® AmpliPrep zpracovány bez přestávky. Každá kazeta obsahuje dostatečné množství činidel pro provedení 48 testů. Informace o zavádění činidel pro nepřetržitý chod naleznete v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. 2. Umístěte kazetu DPX CS1 do stojanu na činidla a ujistěte se, že je čárový kód kazety vyrovnán s čárovým kódem umístěným na pravé straně stojanu. Kazety DPX CS1 musí být společně naplněny na samostatném stojanu na činidla odděleně od ostatních kazet. 3. Zaveďte stojan na činidla obsahující DPX CS1 do polohy pro stojany A, a posuňte jej až ® k zarážce zařízení COBAS AmpliPrep, poté před zasunutím stojanu do konečné polohy na zadní strany přístroje vyčkejte, než se rozsvítí zelená LED kontrolka stojanů. Nezavádějte do přístroje různé šarže činidel. 4. Umístěte jednu sadu kazet DPX CS2, DPX CS3 a DPX CS4 pro každou kazetu DPX CS1 do stojanu(ů) na činidla a ujistěte se, že jsou čárové kódy vyrovnány s čárovým kódem stojanu umístěným na jeho pravé straně. 5. Zaveďte stojan(y) na činidla do polohy pro stojany B, C, D nebo E, a posuňte jej až k zarážce zařízení COBAS® AmpliPrep, poté před zasunutím stojanu do konečné polohy na zadní straně přístroje vyčkejte, než se rozsvítí zelená LED kontrolka stojanů. 6. LED kontrolky na stavové liště zařízení COBAS® AmpliPrep se rozsvítí zeleně po zavedení a rozpoznání všech požadovaných součástí sady. C. Extrakce nukleových kyselin z pipetovaných vzorků a kontrol Pozn.:
Proveďte následující kroky na čisté pracovní ploše.
1. Odstraňte obal ze svazku jednotky na zpracování vzorků (SPU). Nedotýkejte se pásky a plastového krytu. 2. Jednotky na zpracování vzorků (SPU) otočte tak, abyste viděli velký štítek, a svazek SPU zarovnejte do krajní pravé polohy na stojanu SPU. 3. Odstraňte pásku a plastový kryt z SPU umístěné ve stojanu. Ujistěte se, že jsou všechny SPU ve stojanu zatlačeny dolů, vyrovnány a dobře usazeny. Vyčnívající SPU mohou způsobit poruchu přístroje. Netlačte na S-špičku v SPU. 4. Posuňte naplněné stojany SPU do umístění pro stojany zařízení COBAS® AmpliPrep J, K nebo L, dokud nebude stojan úplně zasunut a rozpoznán přístrojem. Do zařízení lze najednou umístit až 72 SPU. Umístěte potřebný počet SPU pro provedení cyklu testu nebo více, dle potřeby. 5. Odstraňte celofánový obal z výrobcem plněných stojanů na K-zkumavky a K-špičky. Buďte opatrní, abyste stojany nepřeklopili. Ujistěte se, že jsou všechny dobře usazeny. 6. Zasuňte alespoň požadovaný počet stojanů na K-zkumavky a K-špičky do zařízení COBAS® AmpliPrep na pozice M, N, O nebo P. 7. Vložte stojany SK24 se vzorky napipetovanými pipetorem Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD a kontroly do zařízení COBAS® AmpliPrep na pozice F, G nebo H. Zasuňte je, až se stojan uzamkne. Zkontrolujte stavové okno systému Sample, abyste se přesvědčili, že byly rozpoznány všechny vzorky na každém stojanu. 05509220001-03CS
13
Doc Rev. 4.0
8. Zkontrolujte software AMPLILINK a přesvědčte se, že bylo pro přípravu vzorků zavedeno dostatečné množství činidel a spotřebního materiálu. 9. Pro spuštění přípravy vzorků na zařízení COBAS® AmpliPrep stiskněte klávesu Start na pracovní stanici softwaru AMPLILINK. 10. Případné nepoužité K-špičky a K-zkumavky zůstanou sledovány v zařízení COBAS® AmpliPrep pro použití v dalším cyklu, pokud nejsou vyjmuty. D.
Amplifikace a detekce 1. Pro instalace bez dokovací stanice přeneste stojan SK24 obsahující zpracované vzorky ® ® a Master Mix do analyzátoru COBAS TaqMan k automatickému spuštění amplifikace a detekce. Software AMPLILINK sleduje každý zpracovaný vzorek od chvíle, kdy byl přidán Master Mix a zneplatní vzorek, pokud amplifikace nebyla zahájena v termínu definovaném v Definičním souboru testu (120 minut). Pro zjednodušení procesu přeneste stojan SK24 do analyzátoru COBAS® TaqMan® v průběhu 1 hodiny po dokončení přípravy vzorků na tomto stojanu. 2. Jakmile analyzátor COBAS® TaqMan® dokončí amplifikaci a detekci, budou analyzované vzorky automaticky odstraněny do odpadní nádoby. 3. Výsledky jsou automaticky přijaty a přeneseny do softwaru PDM.
E. Prohlížení a vydávání výsledků 1. Spusťte pracovní stanici Roche PDM. 2. Vyhledejte nevyhodnocené dávky pomocí záložky „Review Batches“ v Data Manageru pracovní stanice. 3. Prohlédněte výstrahy označením dávky a poté kliknutím myší na tlačítko „Next“. 4. Prohlédněte kontrolní výsledky na záložce „Controls Review“. Kritéria platnosti kontrol viz kapitola Kontrola kvality. 5. Prohlédněte výsledky směsi na záložce „Alarms Review“ pro zvolenou dávku. V případě potřeby může uživatel směsi s výsledky nereaktivní na HAV a < mez u B19V ručně zneplatnit. U vzorků od dárců v neplatné směsi musí být proveden opakovaný test. 6. Prohlédněte a vydejte výsledky dárců na záložce „Donor Review“ pro zvolenou dávku. 7. Vytiskněte zprávy a zašlete je do Laboratorního informačního systému (LIS) (dle potřeby). KONTROLA KVALITY 1. S každou dávkou se musí zpracovat jedna negativní kontrola (DPX (–) C) a jedna z každých dvou pozitivních kontrol (DPX D(+)C a DPX H(+)C). 2. Stav dávky: Pokud jsou kontroly dávky platné, je stavu dávky přiděleno označení „Complete, Valid“. Pokud je jakákoli kontrola v rámci dávky neplatná, je celá dávka neplatná. Neplatnost výsledků na základě neúspěšné kontroly automaticky provádí software PDM. a. Negativní kontrola Validita negativní kontroly je ověřena podle provedeného testu. Test DPX (HAV a B19V): Aby byla negativní kontrola (DPX (–) C) platná, musí být interpretovaný výsledek pro HAV i B19V nereaktivní a asociovaná vnitřní kontrola (IC) a QS musí být platné. Pokud jsou interpretované výsledky negativní kontroly neplatné, je neplatná celá dávka a test musí být zopakován. Pouze test B19V: Aby byla negativní kontrola (DPX (–) C) platná, musí být interpretovaný výsledek pro B19V nereaktivní a asociovaný QS musí být platný. Pokud jsou interpretované výsledky negativní kontroly neplatné, je neplatná celá dávka a test musí být zopakován.
05509220001-03CS
14
Doc Rev. 4.0
b. Duální pozitivní kontrola DPX Platnost duální pozitivní kontroly DPX je ověřena podle provedeného testu. Test DPX (HAV a B19V): Aby byla duální pozitivní kontrola (DPX D(+)C) platná, musí být 2 interpretovaný výsledek pro HAV reaktivní a koncentrace B19V musí být mezi 1,20 x 10 a 1,20 x 103 IU/ml, a asociovaná vnitřní kontrola (IC) a QS musí být platné. Pokud je interpretovaný výsledek pro HAV neplatný nebo je koncentrace B19V mimo akceptovatelný rozsah, je neplatná celá dávka a test se musí opakovat. Pouze test B19V: Aby byla duální pozitivní kontrola (DPX D(+)C) platná, musí být interpretovaný výsledek koncentrace B19V mezi 1,20 x 102 a 1,20 x 103 IU/ml, a asociovaný QS musí být platný. Pokud je interpretovaný výsledek koncentrace B19V mimo akceptovatelný rozsah, je neplatná celá dávka a test se musí opakovat. c.
Vysoce pozitivní kontrola DPX
Aby byla vysoce pozitivní kontrola DPX (DPX H(+)C) platná, musí být koncentrace B19V mezi 2,40 x 105 a 2,40 x 106 IU/ml, a asociovaný QS musí být platný. Pokud je interpretovaný výsledek koncentrace B19V mimo akceptovatelný rozsah, je neplatná celá dávka a test se musí opakovat. 3. Vnitřní kontroly (IC) pro vzorky dárců a. Aby měly vzorků dárců platný nereaktivní (–) výsledek testu na HAV, musí být platná asociovaná vnitřní kontrola; v opačném případě je nereaktivní výsledek neplatný a vzorek dárce musí být znovu testován. b. Platný HAV reaktivní výsledek testu vzorku dárce může mít tedy platný nebo neplatný asociovaný výsledek IC. 4. Kvantifikační standard (QS) pro vzorky dárců a. Aby měly vzorků dárců platný výsledek testu B19V, musí být platný asociovaný kvantifikační standard; v opačném případě je výsledek neplatný a vzorek dárce musí být znovu testován. VÝSLEDKY 1. Výsledky vzorků jsou platné pouze pokud je platná celá dávka, která je obsahuje. Akceptační kritéria viz kapitola Kontrola kvality. U každého vzorku jsou měřeny čtyři parametry, jeden pro cílový virus HAV, jeden pro cílový virus B19V, jeden pro IC a jeden pro QS. Pouze u testu B19V: U každého vzorku jsou měřeny jen dva parametry, jeden pro cílový virus B19V a druhý pro QS. 2. Konečné výsledky testů jsou nereaktivní, reaktivní nebo neplatné pro cíl HAV a < mezní hodnota, mezní hodnota, nebo neplatné pro cíl B19V. 3. Konečný stav dárce je v testu cobas® TaqScreen DPX vykázán v softwaru PDM takto: Tabulka 2 Konečný popis stavu dárce Konečný stav dárce Completed Accepted Completed Unresolved Accepted Unresolved
05509220001-03CS
Popis Pro každý cíl byl stanoven konečný výsledek. Dokončený dárce byl přijat. Doba životnosti vzorku dárce vypršela před přijetím dárce. Dokončený nevyřešený dárce byl přijat.
15
Doc Rev. 4.0
Opakovaný test pro jednotlivý vzorek Zkumavky se vzorky dárců s konečným výsledkem „invalid“ pro jeden cíl vyžadují opakované testování bez ohledu na konečný výsledek druhého cíle. Uživatel má však možnost výběru tlačítka „Force Unresolve“, aby mohl dokončit pracovní postup pro daného dárce. Funkce „Force Unresolve“ přiřadí dárci stav „Accepted Unresolved“ u vzorků dárců, které nemají konečný výsledek reaktivní na HAV nebo mez pro B19V, nebo přiřadí stav „Accepted“ vzorkům dárců s reaktivním výsledkem na HAV nebo mez pro B19V. Test sekundární směsi Zkumavky dárců ve směsi s více vzorky s konečným výsledkem neplatným pro jeden cíl vyžadují opakované testování, jestliže konečný výsledek pro druhý cíl je nereaktivní nebo neplatný pro HAV, nebo < mezní hodnota nebo neplatný pro B19V. Jestliže je směs s více vzorky označena za reaktivní na HAV, nebo mezní hodnota pro B19V, systém cobas s 201 přiřadí ke všem dárcům v této směsi požadavek na tvorbu směsi za účelem testování sekundární směsi. Tyto vzorky dárců se napipetují pomocí pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD (buď z destiček s hlubokými jamkami nebo z původních zkumavek se vzorky dárců) v rozdělených směsích se vzorky od méně dárců nebo jednoho dárce a dále se testují pomocí testu cobas® TaqScreen DPX jako součást rozlišovacího procesu, který má určit reaktivní HAV nebo B19V mezní hodnota jednotlivých vzorků dárců. Informace o rozlišovacích testech naleznete v příručce obsluhy pro systém cobas s 201. Směs s více vzorky je po tomto dílčím rozdělení vykázána jako nereaktivní na HAV a < mezní hodnota pro B19V, jednotlivé vzorky jsou označeny jako „Completed“ s konečným výsledkem HAV „Non-Reactive“ a B19V < mezní hodnota. Pozn.:
Jako součást programu zabezpečení kvality může uživatel chtít provést dodatečné testování pro stanovení příčiny prvotní reaktivity vzorku.
PROCEDURÁLNÍ OMEZENÍ 1. Tento test byl vyhodnocen pouze pro použití v kombinaci se sadou testu cobas® TaqScreen DPX, kontrolní sadou cobas® TaqScreen DPX, promývacím činidlem cobas® TaqScreen a systémem cobas s 201. 2. Prokázalo se, že Heparin inhibuje PCR. U této procedury nepoužívejte heparinizovanou plazmu. 3. Důvěryhodnost výsledků závisí na správném odběru vzorků a správném způsoby přepravy vzorků. 4. Pro automatizovanou přípravu směsí plazmy pro test cobas® TaqScreen DPX byl schválen pouze pipetor Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. Řiďte se pokyny pro technické vybavení a dodržujte bezpečnostní opatření v příručce obsluhy pro systém cobas s 201 a uživatelské příručce k pipetoru Hamilton MICROLAB STAR/STARlet IVD. 5. Detekce RNA HAV a kvantifikace DNA B19V závisí na tom, kolik virových částic je ve vzorku přítomno, na což mají vliv metody odběru vzorku, stav pacienta (např. věk, symptomy) a/nebo stádium infekce a velikost směsi. 6. Ve vzácných případech u mutací ve vysoce chráněných oblastech genomu viru pokrytých ® primery a/nebo sondami testu cobas TaqScreen DPX nemusí dojít k detekci viru HAV nebo správné kvantifikaci B19V. 7. Vzhledem k rozdílům mezi technologiemi se doporučuje, aby uživatelé před přechodem od jedné technologie k druhé provedli ve své laboratoři studie pro stanovení rozdílů mezi těmito technologiemi. Uživatelé by měli dodržovat své vlastní zásady/postupy.
05509220001-03CS
16
Doc Rev. 4.0
FUNKČNÍ CHARAKTERISTIKY Klinická studie reprodukovatelnosti Reprodukovatelnost testu cobas® TaqScreen DPX pro použití se systémem cobas s 201 byl vyhodnocen pro B19V DNA a HAV RNA na 3 externích pracovištích. Kromě různých pracovišť byly do hodnocení zahrnuty následující variační faktory: šarže činidla, den, cyklus a výsledky v rámci cyklu. K vyhodnocení rozsahu testu byl použit panel s obsahem různých koncentrací 2 cílových virů. Faktory mající vliv na přesnost pro B19V jsou uvedeny v tabulce 3. V tabulce 4 jsou uvedeny výsledky pro HAV pozitivní členy panelu podle šarže, pracoviště, dne a cyklu. Tabulka 3 Faktory ovlivňující přesnost kvantifikace B19V DNA (log10 IU/ml) Očekávaná konc. B19V (log10 IU/ml)
Průměrná konc. B19V (log10 IU/ml)
Směrod. odch. Počet testů*
Šarže Pracoviště
Den
Celková směrodatná odchylka V rámci konc. B19V Cyklus jednoho v Log10. cyklu
2,60
2,48
179
0,009
0,081
0,065
0,035
0,168
0,201
3,00
3,05
175
0,042
0,054
0,043
0,000
0,138
0,160
4,00
3,87
178
0,023
0,156
0,030
0,022
0,083
0,182
5,00
4,74
180
0,026
0,057
0,034
0,039
0,059
0,101
6,00
5,75
177
0,072
0,085
0,000
0,051
0,097
0,156
7,00
6,84
179
0,057
0,258
0,042
0,076
0,075
0,288
*Počet platných testů. Bylo plánováno alespoň 180 testů/člena panelu. Neplatné testy nebyly opakovány. Tabulka 4 Výsledky pro HAV pozitivní členy panelu podle šarže, pracoviště, dne a cyklu Počet pozitivních testů / celkový počet platných výsledků Koncen- Prů- Ct Ct trace měr- SD CV% HAV ná Ct*
Šarže
Pracoviště
ID
Reaktivní/ Platný
0,5xLOD 37,9 1,35 3,6
1 2 3
49/60 40/56 40/60
81,7 1 71,4 2 66,7 3
40/59 46/60 43/57
1,0xLOD 37,4 1,26 3,4
1 2 3
59/60 56/59 58/60
98,3 1 94,9 2 96,7 3
56/60 60/60 57/59
3,0xLOD 35,9 0,87 2,4
1 2 3
60/60 100,0 1 58/58 100,0 2 60/60 100,0 3
60/60 60/60 58/58
%
ID
Reaktivní/ Platný
Den
%
ID
67,8 1 76,7 2 75,4 3 4 5 93,3 1 100,0 2 96,6 3 4 5 100,0 1 100,0 2 100,0 3 4 5
Cyklus
Reaktivní/ Platný
%
ID
Reaktivní/ Platný
%
25/35 27/35 23/36 25/34 29/36 35/36 34/36 34/36 35/35 35/36 36/36 35/35 36/36 35/35 36/36
71,4 77,1 63,9 73,5 80,6 97,2 94,4 94,4 100,0 97,2 100,0 100,0 100,0 100,0 100,0
1 2
62/87 67/89
71,3 75,3
1 2
84/89 89/90
94,4 98,9
1 2
88/88 100,0 90/90 100,0
*Prahová hodnota cyklu 05509220001-03CS
17
Doc Rev. 4.0
Studie vykázala jeden falešně reaktivní výsledek u 177 platných DPX testů provedených u negativních členů panelu. Falešná reaktivita byla důsledkem nižší koncentrace reaktivní B19V než dolní limit kvantifikace. V tabulce 5 je uvedena odhadovaná analytická specificita pomocí negativních členů panelu. Tabulka 5 Analytická specificita odhadovaná podle negativních členů panelu Počet testů
Reaktivní výsledek Negativní výsledky
177 Poznámka:
1
176
Specificita (%)
95% CI* (%)
99,4
96,9 – 100,0
Výsledky pro B19V musí být „Target not Detected“ a výsledek pro HAV musí být „Non-reactive“, aby byl získán celkový negativní výsledek.
*95% přesný interval spolehlivosti Klinická studie rozlišení směsi Rozlišení směsi pro identifikaci B19V DNA i HAV RNA bylo vyhodnoceno samostatně pro 5 směsí z 96 a 5 směsí ze 480 pomocí předem definovaných kombinací vzorků pozitivních a negativních na HAV a B19V. Všechny známé pozitivní a negativní vzorky byly identifikovány správně pro obě studie, což vykázalo 100% citlivost a 100% specificitu. Výsledky pro shodu výsledků a známé vzorky pro směsi 96 a 480 vzorků jsou uvedeny v tabulce 6 a 7. Tabulka 6 Shoda výsledků rozlišení směsi pro směsí skládající se z 96 vzorků
Výsledek rozlišení směsi
Pozitivní
Negativní
Reaktivních
27
0
Celkem 27
Nereaktivních
0
453
453
Celkem
27
453
480
Tabulka 7 Shoda výsledků rozlišení směsi pro směsí skládající se z 480 vzorků
Výsledek rozlišení směsi
Pozitivní
Negativní
Reaktivních
27
0
Celkem 27
Nereaktivních
0
2370
2370
Celkem
27
2370
2397*
* 3 z 2400 výsledků nebylo možné úplně rozlišit v důsledku nedostatečného objemu. Reprodukovatelnost Reprodukovatelnost testu cobas® TaqScreen DPX byla pro HAV stanovena testováním panelu složeného z 8 vzorků skládajících se z negativního vzorku plazmy a 7 HAV pozitivních vzorků plazmy v koncentracích 0,35, 0,5, 0,71, 1, 1,41, 2,5 a 3,75 IU/ml. Testování bylo provedeno pomocí 3 šarží testu cobas® TaqScreen DPX během dvou dnů se 6 sadami zařízení a 9 pracovníky obsluhy. Veškeré platné údaje byly vyhodnoceny výpočtem procentního podílu výsledku reaktivních testů u každé položky panelu. Údaje byly analyzovány dle data cyklu a šarže sady. Tato studie prokázala stálou účinnost testu cobas® TaqScreen DPX ve všech šaržích sad (tabulka 8) a v různých dnech (tabulka 9).
05509220001-03CS
18
Doc Rev. 4.0
Tabulka 8 Reprodukovatelnost mezi šaržemi Reaktivní výsledky podle šarže činidel
Koncentrace HAV (IU/ml)
Šarže 1
Šarže 2
Šarže 3
3,75
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
2,50
100,0% (63/63)
100,0% (63/63)
100,0% (62/62)
1,41
100,0% (62/62)
100,0% (63/63)
96,8% (61/63)
1,00
93,7% (59/63)
90,5% (57/63)
95,2% (60/63)
0,71
85,7% (54/63)
90,5% (57/63)
81,0% (51/63)
0,50
74,6% (47/63)
74,6% (47/63)
76,2% (48/63)
0,35
63,5% (40/63)
69,8% (44/63)
69,8% (44/63)
0,00
0,0% (0/63)
0,0% (0/63)
0,0% (0/63)
Tabulka 9 Reprodukovatelnost mezi jednotlivými dny Koncentrace HAV (IU/ml)
Reaktivní výsledky podle dne Den 1
Den 2
3,75
100,0% (63/63)
100,0% (126/126)
2,50
100,0% (63/63)
100,0% (125/125)
1,41
100,0% (62/62)
98,4% (124/126)
1,00
93,7% (59/63)
92,9% (117/126)
0,71
85,7% (54/63)
85,7% (108/126)
0,50
74,6% (47/63)
75,4% (95/126)
0,35
63,5% (40/63)
69,8% (88/126)
0,00
0,0% (0/63)
0,0% (0/126)
Přesnost kvantifikace B19V ® Přesnost testu cobas TaqScreen DPX byla stanovena pro B19V testováním 4členného panelu složeného z pozitivních vzorků plazmy s koncentracemi B19V 103, 104, 105 a 106 IU/ml.
Veškeré platné údaje byly vyhodnoceny výpočtem směrodatné odchylky titrů B19V (log10 IU/ml) pro každý člen panelu. Údaje ze dvou šarží sad byly analyzovány zvlášť i společně. Tato studie prokázala stálou účinnost testu cobas® TaqScreen DPX ve všech šaržích sad (tabulka 10). Tabulka 10 Směrodatná odchylka titrů B19V, log10 IU/ml (n = 20), s různými šaržemi sad Členové panelu B19V (IU/ml) 106 105 104 103 U všech (103 - 106)
05509220001-03CS
Šarže činidla 1
Šarže činidla 2
Společně šarže 1 a 2
0,073 0,051 0,071 0,218 0,123
0,103 0,083 0,071 0,112 0,094
0,088 0,070 0,070 0,176 0,110
19
Doc Rev. 4.0
Analytická citlivost – mezinárodní standard WHO ® 95% detekční hranice (LOD) testu cobas TaqScreen DPX pro RNA HAV i DNA B19V byly stanoveny pomocí mezinárodního standardu WHO pro HAV (kód NIBSC 00/560)36 a pro B19V (kód NIBSC 27 99/800) .
Byly připraveny tři nezávislé řady ředění každého virového standardu s normální virově negativní lidskou plazmou. Každá řada ředění byla testována pomocí tří různých šarží sady testu cobas® TaqScreen DPX s 21 replikáty na šarži, celkem 189 replikátů na jednu koncentraci. V tabulkách 11 a 12 jsou uvedeny analýzy reaktivních hladin pro HAV a B19V. Tabulka 11 Shrnutí reaktivních hladin HAV mezinárodního standardu dle WHO (00/560) Koncentrace RNA HAV (IU/ml) 3,75
189
Počet samostatných testů 189
100,0%
Dolní mez spolehlivosti 95% (jednostranná) 98,1%
2,50
188
188
100,0%
98,1%
1,41
186
188
98,9%
96,2%
1,00
176
189
93,1%
88,5%
0,71
162
189
85,7%
79,9%
0,50
142
189
75,1%
68,3%
0,35
128
189
67,7%
60,6%
0,00
0
189
0,0%
0,0%
Počet reaktivních
% reaktivních
Tabulka 12 Shrnutí reaktivních hladin B19V mezinárodního standardu dle WHO (99/800) Koncentrace DNA B19V (IU/ml)
Počet reaktivních
Počet samostatných testů
% reaktivních
Dolní mez spolehlivosti 95% (jednostranná)
75,00
189
189
100,0%
98,1%
50,00
188
188
100,0%
98,1%
28,28
189
189
100,0%
98,1%
20,00
187
189
98,9%
96,2%
14,14
189
189
100,0%
98,1%
10,00
170
189
89,9%
84,7%
7,07
142
189
75,1%
68,3%
0,00
0
189
0,0%
0,0%
Pro stanovení 95% detekční hranice (LOD) a dvoustranných 95% základních intervalů spolehlivosti (Tabulka 13) byla použita analýza PROBIT u kombinovaných dat ze všech testovaných replikátů každého viru. Tabulka 13 95 % LOD podle analýzy PROBIT
05509220001-03CS
Virus
LOD (IU/ml)
HAV B19V
1,06 11,48
20
95% mez spolehlivosti (IU/ml) 0,94 – 1,24 10,56 – 12,91 Doc Rev. 4.0
Linearita kvantifikace B19V ® Linearita kvantifikace B19V testu cobas TaqScreen DPX byla stanovena testováním sériového ředění vzorku genotypu 1 B19V, který byl kalibrován podle WHO Standardu (99/800). Studie byla provedena se 2 šaržemi činidel. Lineární rozsah byl stanoven mezi 75 a 3,0 x 108 IU/ml na základě pokynů CLSI EP6-A (obrázek 2).
Obrázek 2 ® Linearita testu cobas TaqScreen DPX pro B19V
Výsledky testu (Log10 IU/ml)
8 7 6 5
y = 1,060x - 0,442 R2 = 0,996
4 3 2 1 1
2
3
4
5
6
7
8
Nominální koncentrace parvoviru B19 (Log10 IU/ml)
Linearita kvantifikace B19V podle genotypu Linearita testu cobas® TaqScreen DPX byla testována pro každý genotyp B19V pomocí 5 až 6 ředění klinického vzorku každého genotypu B19V. S jednou šarží činidla bylo zpracováno 4 a 6 replikátů pro každý vzorek a diluční bod (tabulka 14). Tabulka 14 Kvantifikace genotypu B19V
Genotyp
1
2
3a
Průměrná získaná koncentrace B19V log10 IU/ml 2,49 3,94 4,77 5,73 6,84 3,00 4,14 4,96 5,32 5,72 6,44 3,04 4,24 5,03 5,44 5,83 6,53
Vstupní koncentrace B19V IU/ml 5 x 102 1 x 104 1 x 105 1 x 106 1 x 107 5 x 102 1 x 104 1 x 105 3 x 105 1 x 106 1 x 107 5 x 102 1 x 104 1 x 105 3 x 105 1 x 106 1 x 107
05509220001-03CS
log10 IU/ml 2,70 4,00 5,00 6,00 7,00 2,70 4,00 5,00 5,48 6,00 7,00 2,70 4,00 5,00 5,48 6,00 7,00
21
Průměrný rozdíl: log10 získaná B19V log10 vstupní B19V -0,21 -0,08 -0,23 -0,27 -0,16 0,30 0,14 -0,04 -0,16 -0,28 -0,56 0,34 0,24 0,03 -0,04 -0,17 -0,47 Doc Rev. 4.0
Genotypová inkluzivita ® Účinnost testu cobas TaqScreen DPX byla stanovena pro různé genotypy HAV a B19V.
HAV Byly testovány klinické vzorky a RNA transkripty různých genotypů HAV naředěné přibližně na 0,3X, 1X a 3X hranici detekce (LOD) testu cobas® TaqScreen DPX. Analýza PROBIT výsledků ukázala, že LOD pro každý vzorek genotypu byl ekvivalentní LOD WHO Standardu (00/560) (tabulka 15). Tabulka 15 Inkluzivita genotypu HAV Reaktivní hladina při 0,3 x LOD
Reaktivní hladina při 1 x LOD
Reaktivní hladina při 3 x LOD
LOD (95% int. spol.) IU/ml
65,8% (158/240) 41,7% (30/72) 79,2% (19/24) 79,2% (19/24) 73,6% (53/72) 43,8% (21/48)
96,3% (231/240) 86,1% (62/72) 91,7% (22/24) 100,0% (24/24) 97,2% (70/72) 91,7% (44/48)
100,0% (240/240) 100,0% (72/72) 100,0% (24/24) 100,0% (24/24) 100,0% (72/72) 100,0% (48/48)
0,92 (0,77 – 1,18) 1,58 (1,18 – 2,51) 1,18 (0,61 – 257) 0,37 (není k dispozici*) 0,80 (0,59 – 1,56) 1,25 (0,91 – 2,27)
Genotyp IA IB IIA IIB IIIA IIIB
Bylo použito jedenáct klinických vzorků (10 genotypu IA, 1 genotypu IB) a 9 transkriptů (2 genotypu IB, 1 genotypu IIA, 1 genotypu IIB, 3 genotypu IIIA a 2 genotypu IIIB). * Intervaly spolehlivosti analýzy PROBIT nebylo možné generovat. B19V Byly testovány klinické vzorky a plazmidy různých genotypů B19V naředěné přibližně na 0,3X, 1X ® a 3X hranici detekce (LOD) testu cobas TaqScreen DPX. Analýza PROBIT výsledků ukázala, že LOD pro každý vzorek genotypu byl ekvivalentní nebo lepší než LOD pro WHO Standard (99/800) (tabulka 16). Tabulka 16 Inkluzivita genotypu B19V Genotyp 1 2 3A 3B
Reaktivní hladina při 0,3 x LOD 15,6% (15/96) 88,5% (85/96) 83,3% (40/48) 91,7% (44/48)
Reaktivní hladina při 1 x LOD 90,6% (87/96) 100,0% (96/96) 100,0% (48/48) 97,9% (47/48)
Reaktivní hladina při 3 x LOD 100,0% (97/97) 99,0% (95/96) 100,0% (48/48) 100,0% (48/48)
LOD (95% int. spol.) IU/ml 13,57 (11,39 – 17,27) 6,07 (není k dispozici*) 3,94 (není k dispozici*) 5,31 (není k dispozici*)
Byly použity tři klinické vzorky (genotypy 1A, 3A a 3B) a 2 plazmidy (genotyp 2). * Intervaly spolehlivosti analýzy PROBIT nebylo možné generovat. Potenciálně křížově reaktivní a interferující mikroorganizmy Potenciální křížová reaktivita a interference jiných mikroorganizmů s testem cobas® TaqScreen DPX byla vyhodnocena pomocí panelového testování 19 mikroorganizmů, včetně 13 virových izolátů, 5 bakteriálních kmenů a 1 kvasinkového izolátu (tabulka 17). Mikroorganizmy byly přidány do normální lidské plazmy a testovány s a bez HAV v koncentraci 3X detekční hranice testu a s B19V v koncentraci 5X spodní meze kvantifikace testu cobas® TaqScreen DPX. Nereaktivní výsledky byly získány pomocí testu cobas® TaqScreen DPX u všech vzorků mikroorganizmů bez HAV a B19V. Testované mikroorganizmy s testem cobas® TaqScreen DPX nevytvářely křížovou reakci. Reaktivní výsledky byly získány u všech vzorků mikroorganizmů s HAV a B19V. Testované mikroorganizmy neovlivňovaly test cobas® TaqScreen DPX.
05509220001-03CS
22
Doc Rev. 4.0
Tabulka 17 Testované mikroorganizmy Analytická specificita – Testované mikroorganizmy Adenovirus 5
WNV
Cytomegalovirus (CMV)
HIV-1 (skupina M)
Staphylococcus aureus (BMTU 2947) Staphylococcus epidermidis negativní na koagulázu
Virus Epstein-Barrové (EBV)
HIV-2
Propionibacterium acnes
Varicella Zoster (VZV)
HBV
Streptococcus viridans
Lidský T-buněčný lymfotropní virus typ I (HTLV I)
Herpes simplex virus typ 1 (HSV-1)
Escherichia coli
Virus chřipky A
Herpes simplex virus typ 2 (HSV-2)
HCV
Candida albicans (BMTU 2949)
Potenciální zkřížená reaktivita a ostatní interferující klinické vzorky onemocnění Potenciální zkřížená reaktivita a interference ostatními klinickými vzorky s testem cobas® TaqScreen DPX byla vyhodnocena testováním klinických vzorků cytomegaloviru, viru hepatitidy B, viru hepatitidy C a viru lidského imunodeficitu typu 1 skupiny M. Vzorky onemocnění byly testovány s a bez přítomnosti HAV při 3X detekční hranici testu a B19V při 5X dolní meze kvantifikace testu cobas® TaqScreen DPX. Nereaktivní výsledky byly získány testem cobas® TaqScreen DPX u všech z vzorků ostatních onemocnění testovaných bez přítomnosti HAV a B19V. Testované klinické vzorky ostatních onemocnění nevykázaly zkříženou reaktivitu s testem cobas® TaqScreen DPX. Reaktivní výsledky byly získány pro všechny klinické vzorky ostatních onemocnění s přidaným HAV a B19V. Testované klinické vzorky ® ostatních onemocnění neinterferovaly s testem cobas TaqScreen DPX. Potenciálně interferující látky Endogenní interferující látky Vzorky plazmy s abnormálně vysokými úrovněmi triglyceridů (33 g/l), hemoglobinu (2 g/l), nekonjugovaného bilirubinu (200 mg/dl), albuminu (60 g/l), lidské DNA (4 mg/l) nebo červených krvinek (5 % obj.) byly testovány s přidáním a bez přidání HAV v koncentraci 3X detekční hranice testu a B19V v koncentraci 5X spodní kvantifikační meze testu cobas® TaqScreen DPX. Tyto endogenní látky a červené krvinky (5 % obj.) nenarušovaly senzitivitu nebo specificitu testu cobas® TaqScreen DPX. Exogenní interferující látky Vzorky normální lidské plazmy obsahující abnormálně vysokou koncentraci acetaminofenu (paracetamolu) (1 324 µmol/l), acetylsalicylové kyseliny (3,62 mmol/l), kyseliny askorbové (342 µmol/l), atorvastatinu (600 Eq/l), fluoxetinu (11,2 µmol/l), ibuprofenu (2 425 µmol/l), loratadinu (0,78 µmol/L), nadololu (3,88 µmol/l), naproxenu (2 170 µmol/l), paroxetinu (3,04 µmol/l), penyleprinu HCl (491 µmol/l) a sertralinu (1,96 µmol/l) byly testovány s a bez HAV v koncentraci 3x detekční hranice testu a B19V v koncentraci 5X spodní meze kvantifikace testu cobas® TaqScreen DPX. Tyto exogenní látky nenarušovaly senzitivitu nebo specificitu testu cobas® TaqScreen DPX. Specificita 538 jednotlivých vzorků seronegativní plazmy na B19V bylo testováno jednou ze dvou šarží testu cobas® TaqScreen DPX. Pozorovaná specificita B19V byla 96,3 % a HAV 99,8 %. Spodní specificitu B19V lze očekávat kvůli endemicitě B19V v běžné populaci2, 3 a senzitivitě testu cobas® TaqScreen DPX.
05509220001-03CS
23
Doc Rev. 4.0
LITERATURA 1. Servant A, Laperche S, Lallemand F, Marinho V, De Saint Maur G, Meritet JF, Garbarg-Chenon A. Genetic diversity within human Erythroviruses: identification of three genotypes. J Virol 2002; 76:9124–34. 2. Anderson MJ, Tsou C, Parker RA, Chorba TL, Wolfe H, Tattersal P, Mortimer PP. Detection of antibodies and antigen of human parvovirus B18 by enzyme-linked immunosorbent assay. Journal of Clinical Microbiology 1986;24:522 526. 3. Cohen BJ, Buckley MM. The prevalence of antibody to human parvovirus B19V in England and Wales. Journal of Medical Microbiology 1988;25:151-153. 4. Young NS, Brown KE. Mechanisms of disease: parvovirus B19V. New England Journal of medicine 2004;350:586-597. 5. Yoto Y, Kudoh T, Haseyama K, Suzuki N, Oda T, Katoh T, Takahashi T, Sekiguchi S, Chiba S. Incidence of human parvovirus B19V DNA detection in blood donors. British Journal of Haematology 1995;91:1017-1018. 6. McOmish F, Yap PL, Jordan A, Hart H, Cohen BJ, Simmonds P. Detection of parvovirus B19V in donated blood: a model system for screening by polymerase chain reaction. Journal of Clinical Microbiology 1993;31:323-328. 7. Wu CG, Mason B, Jong J, Erdman D, McKernan L, Oakley M, Soucie M, Evatt B, Yu MY. Parvovirus B19V transmission by a high-purity factor VIII concentrate. Transfusion 2005;45:1003-1010. 8. Saldanha J, Minor P. Detection of human parvovirus B19V in plasma pools and blood products derived from these pools: implications for efficiency and consistency of removal of B19V DNA during manufacture> British Journal of Haematology 1996;93:714-719. 9. Eis-Hubinger AM, Sasowski U, Brackmann HH. Parvovirus B19V DANN contamination in coagulation factor VIII products. Thrombosis and Haemostasis 1999;81:476-477. 10. Schmidt I, Blumel J, Seitz H, Wilkommen H, Lower J. Parvovirus B19V DNA in plasma pools and plasma derivatives. Vox Sanguinis 2001;81:228-235. 11. Azzi A, Moefini M, Mannucci PM. The transfusion-associated transmission of parvovirus B19V. Transfusion Medicine Reviews 1999;13:194-204. 12. Yee TT, Cohen BJ, Pasi KL, Lee CA. Transmission of symptomatic parvovirus B19V infection by clotting factor concentrate. British Journal of Haematology 1996;93:457-459. 13. Blümel J., Schmid, I., Effenberger W., Seitz H., Willkommen H., Brackmann H. H., Löwer J. EisHübinger AM. Parvovirus B19V transmission by heat treated clotting factor concentrates. Transfusion 2002;42:1473-1481. 14. Francki RIB, Fauquet CM, Knudson DL, Brown F. Classification and nomenclature of viruses. Archives of Virology 1991;Suppl. 2:320-326. 15. Gust ID. Epidemiology patterns of hepatitis A in different parts of the world. Vaccine 1992;10:856-862. 16. Shapiro CN, Margolis HS. Worldwide epidemiology of hepatitis A virus infection. Journal of Hepatology 1993;18:11-14. 17. Hadler SC. Global impact of hepatitis A virus infection changing patterns. In: Hollinger FB, Lemon SM, and Margolis HS, eds. Viral Hepatitis and Liver Disease. Baltimore, Williams & Wilkins, 1991: 14-20. 18. Robertson BH, Jansen RE, Khanna B, Totsuka A, Nainan OV, Siegl G, Widell A, Margolis H, Isomura S, Ito K, Ishizu T, Moritsugu Y, Lemon, SM. Genetic relatedness of hepatitis A virus strains recovered from different geographical regions. Journal of General Virology 1992;73:1365-1377. 19. Costa-Mattioli M, Cristina J, Romero H, Perez-Bercof R, Casane D, Colina R, Garcia L, Vega I, Glikman G, Romanowsky V, Castello A, Nicand E, Gassin M, Billaudel S, Ferre V. Molecular evolution of hepatitis A virus: a new classification based on the complete VP1 protein. Journal of Virology 2002;76:9516-9525. 20. Bower WA, Nainan OV, Han X, Margolis HS. Duration of viremia in hepatitis A virus infection. Journal of Infectious Diseases 2000;182:12-17. 21. Gowland P, Fontana S, Niederhauser C, Manouri Taleghani B. Molecular and serologic tracing of a transfusion-transmitted hepatitis A virus. Transfusion 2004;44:1555-1561. 05509220001-03CS
24
Doc Rev. 4.0
22. Soucie JM, Robertson BH, Bell BP, McCaustland KA, Evatt BL. Hepatitis A virus infections associated with clotting factor concentrate in the United States. Transfusion 1998;38:573-579. 23. Chudy M, Budek I, Keller-Stanislawski B, McCaustland KA, Neidhold S, Robertson BH, Nübling CM, Seitz R, Löwer J. A new cluster of hepatitis A infection in haemophiliacs traced to a contaminated plasma pool. Journal of Medical Virology 1999;57:91-99. 24. US Food and Drug Administration. Nucleic acid testing (NAT) to reduce the possible risk of parvovirus B19V transmission by plasma-derived products, Rockville, MD:FDA Center for Biologics Evaluation and Research 2008. FDA draft guidance for industry. 25. “OMCL Guideline for Validation for Nucleic Acid Amplification Techniques (NAT) for Quantitation of B19V Virus DNA in Plasma Pools” Strasbourg, France: European Directorate for the Quality of Medicines and HealthCare 2008. 26. Human plasma (pooled and treated for virus inactivation). Strasbourg, France: European Directorate for the Quality of Medicines and HealthCare 2009. Ph Eur monograph 1646. 27. Saldanha J, Lelie N, Yu M-Y, Heath A and the B19V Collaborative Study group. Establishment of the first World Health Organisation international standard for human parvovirus B19V DNA nucleic acid amplification techniques. Vox Sanguinis 2002;82:24-31. 28. Longo MC, Berninger MS, Hartley JL. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene. 1990; 93:125-128. 29. Savva R, McAuley-Hecht K, Brown T, Pearl L. The structural basis of specific base-excision repair by uracil-DNA glycosylase. Nature. 1995; 373:487-493. 30. Mol CD, Arvai AS, Slupphaug G, Kavli B, Krokan HE, Mosbaugh DW, Tainer JA. Crystal structure and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase: structural basis for specificity and catalysis. Cell. 1995; 80:869-878. 31. Higuchi R, Dollinger G, Walsh PS, Griffith, R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology (NY). 1992; 10:413-417. 32. Heid CA, Stevens J, Livak JK, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res. 1996; 6:986994. 33. Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. (eds.). 1999. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories HHS Publication Number (CDC) 93-8395. 34. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3 Wayne, PA:CLSI, 2005. 35. International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations. 41st ed. Quebec, Canada. 2000. 36. Saldanha J, Heath A, Lelie N, Pisani G, Yu M-Y, and the Collaborative Study Group. A World Health organisation international standard for hepatitis A virus RNA nucleic acid amplification technology assays. Vox Sanguinis 2005;89:52-58.
05509220001-03CS
25
Doc Rev. 4.0
Informace k revizi dokumentu Doc Rev. 4.0 09/2013
Části KONTROLA KVALITY „2.b. Duální pozitivní kontrola DPX“ a „2.c. Vysoce pozitivní kontrola DPX“ byly změněny a hodnota rozsahu pozitivní kontroly B19 je nyní uváděna na 2 desetinná místa. Odstraněno „Všechna práva vyhrazena“ z prohlášení o autorských právech. Aktualizovány popisy stránky s harmonizovanými symboly na konci příbalového letáku. V případě jakýchkoliv dotazů prosím kontaktujte místního zástupce společnosti Roche.
05509220001-03CS
26
Doc Rev. 4.0
Roche Molecular Systems, Inc. 1080 US Highway 202 South Branchburg, NJ 08876 USA
Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors 38240 Meylan, France
Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Straße 116 68305 Mannheim, Germany
Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi 110 20052 Monza, Milano, Italy
Distributed by
Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, 171-173 E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain
Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal
Roche Diagnostics 201, boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877 273-3433)
Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil
COBAS, COBAS S, TAQMAN, TAQSCREEN, AMPLILINK, AMPERASE a AMPLIPREP jsou obchodní známky společnosti Roche. ROCHE RESPONSE CENTER je servisní známka společnosti Roche. Všechny ostatní názvy výrobků a ochranné známky jsou majetkem jejich příslušných vlastníků. Armored RNA je patentovaná technologie vyvinutá ve spolupráci Ambion, Inc. a Cenetron Diagnostics, LLC. U.S. patenty č. 5,677,124, č. 5,919,625 a č. 5,939,262 a ostatní patenty v jednání. ARMORED RNA je obchodní známka společností Ambion a Cenetron. Kyaninová barviva v tomto produktu podléhají patentovým právům GE Healthcare Bio-Sciences Corp. a Carnegie Mellon University a jsou licencovány společnosti Roche pouze za účelem výzkumu a jako součást diagnostických sad in vitro. Jakékoliv použití takových sad pro jiné účely než pro výzkum nebo in vitro diagnostiku vyžaduje poskytnutí sublicence od společnosti GE Healthcare Bio-Sciences Corp., Piscataway, New Jersey, U.S.A. a Carnegie Mellon University, Pittsburgh, Pennsylvania, U.S.A. ©2013 Roche Molecular Systems, Inc. 09/2013 Doc Rev. 4.0
05509220001-03CS
05509220001-03 (05509220001-04ENGL)
27
Doc Rev. 4.0
V označování diagnostických produktů společnosti Roche PCR se nyní požívají následující symboly. Pomocný software
Diagnostický zdravotnický prostředek in vitro
Zplnomocněný zástupce pro evropské společenství
Dolní mez přiřazeného rozmezí
Datový list s čárovými kódy
Výrobce
Číslo šarže
Uchovávejte v temnu
Biologická rizika
Obsah vystačí pro
testů
Katalogové číslo
Omezení teploty
SW
Čtěte návod k použití
Definiční soubor testu TDF
Obsah soupravy
Horní mez přiřazeného rozmezí
Distribuce
Použitelné do
Pouze pro vyhodnocení účinnosti IVD
Tento výrobek odpovídá požadavkům Evropské směrnice 98/79/ES o diagnostických zdravotnických prostředcích in vitro.
Technická podpora pro zákazníky v USA 1-800-526-1247 05509220001-03CS
28
Doc Rev. 4.0
