COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, version 2.0 IN VITRO DIAGNOSZTIKAI CÉLRA. ®
®
® COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test, v2.0
HI2CAP
COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® Wash Reagent
PG WR
48 Tests
P/N: 05212294 190
5.1 Liters
P/N: 03587797 190
FELHASZNÁLÁS MÓDJA A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® 2.0 verziójú (v2.0) HIV-1 teszt egy in vitro nukleinsavamplifikációs vizsgálat a humán immundeficiencia vírus 1 (HIV-1) RNS mennyiségi meghatározására humán plazmában, a COBAS® AmpliPrep készülék automatizált mintaelőkészítő és a COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor automatizált amplifikáló és mérőberendezések segítségével. A vizsgálat a HIV-1 RNS mennyiségét méri a 20–10 000 000 kópia/ml tartományban (33–1,67 x 107 nemzetközi egység [IU]/ml). A HIV-1 RNS nukleinsav-amplifikációs technikákra (NAT) vonatkozó 1. WHO nemzetközi standard (NIBSC 97/656) alapján egy kópia HIV-1 RNS 1,67 IU egyenértékű36. A vizsgálat a klinikai megjelenéssel és a betegség progressziójának egyéb laboratóriumi markereivel együtt a HIV-1 M csoportú, valamint HIV-1 O csoportú fertőzést hordozó betegek klinikai gondozásában nyújthat segítséget. A vizsgálat az alap HIV-1 RNS-szint mérése révén használható a beteg prognózisának megállapítására, illetve az antiretrovirális kezelés során az EDTA-s plazma HIV-1 RNS-szint változásainak mérése révén az antiretrovirális kezelés hatásának monitorozására. ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt nem való vér vagy vérkészítmények HIV-1 fertőzöttségének szűrésére, vagy diagnosztikus vizsgálatként HIV-1 fertőzés jelenlétének megerősítésére.
A VIZSGÁLAT ÖSSZEGZÉSE ÉS MAGYARÁZATA A humán immundeficiencia vírus (HIV) a szerzett immunhiányos tünetegyüttes [Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS)] kóroki ágense1-3. A HIV-fertőzés átvihető szexuális kontaktussal, fertőzött vérrel vagy vérkészítményekkel, illetve fertőzött anyáról a magzatra4. A HIV átvitelétől számított három-hat héten belül a fertőzött egyénekben rendszerint egy rövid, náthaszerű tünetekkel jellemezhető akut tünetegyüttes alakul ki, amely a perifériás vérben levő nagyfokú viraemiával kapcsolatos5-8. A legtöbb fertőzött egyénben ezt egy HIV-specifikus immunválasz és a plazma viraemia csökkenése követi, rendszerint a tünetek felléptétől számított négy-hat héten belül9,10. A szerokonverziót követően a fertőzött egyének típusosan egy klinikailag stabil, tünetmentes fázisba kerülnek, amely évekig tarthat11-13. A tünetmentes periódust állandó, alacsony 14 + szintű viraemia és egy fokozatosan kialakuló CD4 T limfocita hiány jellemzi, amely súlyos immunhiányhoz, halmozott opportunista fertőzések, malignomák kialakulásához, végül halálhoz vezet15. Bár a fertőzés tünetmentes fázisában a vírusszintek a perifériás vérben viszonylag alacsonyak, úgy tűnik, hogy a vírus szaporodása és kiürülése egy dinamikus folyamat, amelynek során a nagyfokú vírustermelés és CD4+ sejtfertőzés egyensúlyban van a nagyfokú víruskiürüléssel, a fertőzött sejtek pusztulásával és a CD4+ sejtek utánképződésével, ezáltal mind a plazma viraemia, + 16-18 . mind a CD4 sejtek viszonylag stabil szintjeit eredményezve A perifériás vérben lévő HIV viraemia mennyiségi mérései megmutatták, hogy a magasabb vírusszintek a HIV-betegség klinikai progressziójának emelkedett kockázatával korrelálhatnak, és hogy a plazma vírusszintek csökkenése a klinikai progresszió csökkent kockázatával járhat együtt19-21. A vírusszintek mennyiségi meghatározása perifériás vérben történhet a HIV p24 antigén mérésével szérumban, a HIV kvantitatív tenyésztésével plazmából, vagy a vírus RNS direkt 22-26 . mérésével nukleinsav-amplifikációs vagy szignálamplifikációs technológiákat alkalmazva A Dokumentum verzióinformációi rész a dokumentum végén található. 05447950001-12HU 1
Doc Rev. 13.0
A p24 antigén a HIV legjelentősebb magfehérjéje, és vagy szabadon, vagy anti-p24 antitesthez kötve található meg a szérumban. A szabad p24 antigén kereskedelemben kapható enzim immunoassayvel (EIA) mérhető, bár a p24 antigén haszna, mint vírusmennyiség marker, korlátozott, miután az antigén a tünetmentes betegek csupán 20%-ában, a tünetes betegek 40-50%-ában mutatható ki. Az antigén-antitest komplexeket disszociáló eljárások ugyan javítják a p24 vizsgálatok 22 érzékenységét, mégis a vírusfehérje a legtöbb tünetmentes betegben kimutathatatlan marad . A plazmában lévő fertőző HIV normál donorokból származó aktivált perifériás vér mononukleáris sejtekbe történő inokulációval tenyészthető. A plazmaminták hígítási sorával történő perifériás vér mononukleáris sejtinokuláció révén mennyiségi meghatározás végezhető. A vírusszintek monitorozásában a kvantitatív tenyésztés korlátozott haszonnal bír, miután a víruspartikulumoknak csak kis hányada fertőző in vitro. Tünetmentes egyénekben fertőző vírus gyakran nem mutatható ki22. A HIV RNS mennyiségi meghatározása a plazmában olyan nukleinsav-amplifikációs technológiákkal 27-29 . A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 történhet, mint a polimeráz-láncreakció (PCR) HIV-1 teszt PCR-technológiát alkalmaz, ezáltal maximális érzékenységet és dinamikus tartományt valósít meg a HIV-1 RNS EDTA-val antikoagulált plazmában való mennyiségi meghatározásához. AZ ELJÁRÁS ALAPELVEI A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt egy nukleinsav-amplifikációs vizsgálat a humán immundeficiencia vírus 1 (HIV-1) RNS mennyiségi meghatározására humán plazmában. ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt három fő folyamaton alapul: (1) mintaelőkészítés a HIV-1 RNS izolálására és (2) a target RNS reverz transzkripciója, azaz komplementer DNS (cDNS) szintézise, valamint (3) szimultán target cDNS PCR-amplifikálás és a hasított targetspecifikus kettős-jelölt oligonukleotid próba kimutatás. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt lehetővé teszi az automatikus mintaelőkészítést, amelyet a HIV-1 target RNS és a HIV-1 mennyiségi standard (QS) Armored RNA automatikus reverz transzkripciója, PCR-amplifikációja és detektálása követ. A master mix reagens a HIV-1 RNS-re és a HIV-1 QS RNS-re egyaránt specifikus primereket és próbákat tartalmaz. A master mix reagenst a HIV-1 M csoport és HIV-1 O csoport szubtípusainak ekvivalens mennyiségi meghatározásának biztosítására fejlesztették ki. Az amplifikált DNS kimutatása targetspecifikus és QS-specifikus kettős-jelölt oligonukleotid próbák segítségével történik, amely lehetővé teszi a HIV-1 amplikon és a HIV-1 QS amplikon független azonosítását. A HIV-1 virális RNS mennyiségi meghatározása során HIV-1 QS használatos. Ez kompenzálja a gátló hatásokat, és az előkészítési és amplifikációs folyamatok szabályozásával lehetővé teszi a HIV-1 RNS pontosabb mennyiségi meghatározását valamennyi mintában. A HIV-1 QS egy nem fertőző Armored RNA-konstrukció, amely a HIV-1 target RNS-hez és egy, a HIV-1 QS amplikon és a HIV-1 target amplikon megkülönböztetését lehetővé tevő egyedi próbakötő régióval identikus primerkötő helyekkel bíró HIV-szekvenciákat tartalmaz. A HIV-1 QS minden egyes mintához ismert kópiaszámban hozzáadásra kerül, és megy tovább a minta-előkészítés, a reverz transzkripció, a szimultán PCR-amplifikáció és a hasított kettős-jelölt oligonukleotid próbák kimutatásának lépésein keresztül. A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor a vizsgálati mintákban levő HIV-1 RNS-koncentrációt a HIV-1szignálnak a HIV-1 QS-szignállal való összehasonlításával számolja ki minden egyes minta és kontroll esetén. A targetszekvencia kiválasztása A HIV-1 target RNS-szekvencia kiválasztása a különböző HIV-1 M csoportú szubtípusok és HIV-1 O csoportú minták között a HIV-1 genomban maximálisan konzervált régiók azonosításán múlik. A vírus nagyfokú genetikai változékonysága miatt a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt a HIV genom két régióját amplifikálja és detektálja párhuzamosan. Targetspecifikus és QS-specifikus kettős-jelölt oligonukleotid próbák teszik lehetővé a HIV-1-amplikon és a HIV-1 QS-amplikon független azonosítását. Következésképpen a primerek és a kettős-jelölt oligonukleotid próbák megfelelő kiválasztása kritikus a vizsgálat HIV-1 M csoportú szubtípusának és HIV-1 O csoportjának amplifikáló és detektáló képessége szempontjából. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt olyan reverz transzkripciós és PCR amplifikációs primereket használ, melyek a nagyfokban konzervált HIV-1 gag gén32 és HIV-1 LTR régió génszakaszaiban lévő szekvenciáknak felelnek meg. 05447950001-12HU
2
Doc Rev. 13.0
Minta előkészítése ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Teszt, v2.0 automata minta-előkészítést alkalmaz a COBAS® AmpliPrep készülék segítségével egy generikus szilikon-alapú capture technika révén. Az eljárás 850 µl plazmát dolgoz fel. A HIV-1 víruspartikulumokat magas hőmérsékleten való inkubálás során roncsolják egy proteáz és egy olyan kaotróp lízis/kötőpuffer segítségével, amely szabaddá teszi a nukleinsavakat, és megvédi a szabaddá tett HIV-1 RNS-t a plazmában lévő RNázoktól. Proteáz és ismert számú HIV-1 QS Armored RNA-molekula kerül bejuttatásra minden egyes mintába a roncsoló reagenssel és mágneses üvegpartikulumokkal együtt. Ezt követően az elegy inkubálódik, és a HIV-1 RNS és HIV-1 QS RNS a mágneses üvegpartikulumok felületéhez kötődik. A nem kötődött anyagok, mint sók, fehérjék és egyéb sejtszennyeződések a mágneses üvegpartikulumok mosásával kerülnek eltávolításra. A mágneses üvegpartikulumok szeparálását és a mosási lépések befejezését követően az adszorbeált nukleinsavakat magas hőmérsékleten vizes oldattal eluálják. A mágneses üvegpartikulumokat, valamint a szabaddá tett HIV-1 RNS-t és HIV-1 QS RNS-t tartalmazó feldolgozott minták az amplifikációs elegyhez kell adni, és a COBAS® TaqMan® analizátorba, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátorba helyezni. Ezután a két targetspecifikus és egy QS-specifikus kettős-jelölt oligonukleotid próba hasítása révén végbemegy a HIV-1 target RNS és a HIV-1 QS RNS reverz transzkripciója, amplifikációja és párhuzamosan detektálásra kerül.
Reverz transzkripció és PCR-amplifikálás A reverz transzkripciót és PCR-amplifikálási reakciót a hőstabil rekombináns enzim, Thermus specie 2+ Z05 DNS-polimeráz (Z05) segítségével végzik. Mangán (Mn ) jelenlétében, valamint megfelelő pufferviszonyok között a Z05 mind reverz transzkriptáz, mind DNS-polimeráz aktivitást mutat30,31. Ez lehetővé teszi, hogy mind a reverz transzkripció, mind a PCR-amplifikáció az amplikon valós idejű detektálásával együtt történjen. A feldolgozott mintákat amplifikációs csövekben (K-csövek) lévő amplifikáló keverékhez adják, ahol mind a reverz transzkripció, mind a PCR-amplifikálás megtörténik. A reakcióelegyet fel kell hevíteni, hogy lehetővé váljon a downstream primereknek a HIV-1 target RNS-hez és a HIV-1 QS RNS-hez való specifikus kapcsolódása. Mn2+ és dezoxinukleozid-trifoszfátok (dNTPs), azaz dezoxiadenozin-, dezoxiguanozin-, dezoxicitidin-, dezoxiuridin- és dezoxitimidin-trifoszfátok feleslegének jelenlétében a Z05 polimeráz a kapcsolódott primerhez a target RNS-sel komplementer cDNS-szálat szintetizál. Target-amplifikáció A mintákat az amplifikációs csövekben (K-csövekben) lévő amplifikáló elegyhez adják, itt megy végbe a PCR-amplifikáció. A HIV-1 target RNS és a HIV-1 QS RNS reverz transzkripcióját követően a reakcióelegyet az RNS:cDNS hibrid denaturálása és a specifikus primer targetszekvenciák szabaddá tétele végett a COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor PCR-készüléke felhevíti. Az elegy kihűlésével a primerek a target DNS-hez kapcsolódnak. A Z05 2+ polimeráz Mn és dezoxinukleozid-trifoszfátok (dNTP-k), azaz dezoxiadenozin-, dezoxiguanozin-, dezoxicitidin-, dezoxiuridin- és dezoxitimidin-trifoszfátok feleslegének jelenlétében a target templát mentén meghosszabbítja a kapcsolódott primereket kétszálú DNS-molekulákat létrehozva, ezek neve amplikon. A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor adott számú cikluson keresztül automatikusan ismétli ezt a folyamatot, hogy az amplikon DNSmennyiségét ciklusonként megduplázza. A szükséges számú ciklus a COBAS® TaqMan® analizátorba, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátorba előre be van programozva. Amplifikálás a HIV-1-genomnak csak a két primer közötti régiójában zajlik; a teljes HIV-1-genom nem amplifikálódik.
05447950001-12HU
3
Doc Rev. 13.0
Szelektív amplifikálás A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt a target-nukleinsav szelektív amplifikálását a mintából az AmpErase (uracil-N-glikoziláz) enzim és dezoxiuridin-trifoszfát (dUTP) használatával éri el. Az AmpErase enzim felismeri és katalizálja az olyan DNS-szálak megsemmisítését, amelyek dezoxiuridint tartalmaznak33, a dezoxitimidint tartalmazókét viszont nem. A dezoxiuridin a természetes DNS-ben nincs jelen, ugyanakkor az amplikonban mindig megtalálható, miután a master mix reagens a dNTP-k egyikeként dezoxiuridin-trifoszfátot használ; tehát csak az amplikon tartalmaz dezoxiuridint. A dezoxiuridinnak köszönhetően a szennyező amplikont az AmpErase enzim még a target DNS amplifikálását megelőzően lebontja. Az AmpErase enzim lebont továbbá minden olyan nem specifikus terméket, amely a master mix kezdeti, mangán okozta aktiválódása után képződik. A master mix reagensben lévő AmpErase enzim katalizálja a dezoxiuridint tartalmazó DNS hasítását a dezoxiuridin-csoportoknál úgy, hogy a dezoxiribózlánc felnyílását okozza a C1 helyen. Az első hevítési lépésben az amplikon DNS-lánc a dezoxiuridin helyén eltörik, tehát a DNS nem lesz amplifikálható. Az AmpErase enzim hosszabb ideig inaktív marad, ha egyszer 55 °C feletti hőmérsékletnek lett kitéve, azaz a hevítési lépések ideje alatt, ezért nem bontja le az amplifikáció során keletkezett targetamplikont. A PCR-termékek kimutatása COBAS® TaqMan® teszt során A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt valós idejű34,35 PCR-technológiát alkalmaz. A kettős-jelölt fluoreszcens próbák használata lehetővé teszi a PCR-termék felszaporodásának valós idejű detektálását az amplifikálási folyamat során felszabaduló fluoreszcens jelzőfestékek emissziós intenzitásának monitorozása révén. A HIV-1 tartalmú és HIV-1 QS-specifikus oligonukleotid próbák egy jelző (reporter) és egy blokkoló (quencher) festékkel jelöltek. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt során a HIV-1 és HIV-1 QS próbák különböző fluoreszcens jelzőfestékkel vannak jelölve. Amikor ezek a próbák érintetlenek, a jelzőfesték fluoreszcenciája Förster-típusú energiatranszfer-effektus révén gátolt a blokkoló festék közelsége miatt. PCR során a próba hibridizál egy targetszekvenciával, és az 5' → 3' nukleáz aktivitású hőstabil Z05 DNS-polimeráz hasítja. Ha egyszer a jelző és blokkoló festékek felszabadulnak és különválnak, megszűnik a blokkolás, és a jelzőfesték fluoreszcens aktivitása megnő. A HIV-1 RNS és a HIV-1 QS RNS amplifikációja egymástól függetlenül, különböző hullámhosszokon van mérve. Ez a folyamat adott számú cikluson keresztül ismétlődik, minden egyes ciklus jelentősen megnöveli az adott jelzőfestékek emissziós intenzitását, ezáltal lehetővé téve a HIV-1 RNS és HIV-1 QS RNS független azonosítását. A PCR-ciklus, amelynek során a növekedési görbe még exponenciális jelleget mutat, a PCR kezdetekor jelenlévő kiindulási anyag mennyiségével mutat összefüggést. A COBAS® TaqMan® teszt mennyiségi meghatározás alapjai ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt jellemzően kvantitatív egy nagyon széles dinamikus tartományon, miután az amplikon monitorozása az amplifikáció exponenciális fázisa során történik. Minél magasabb a minta HIV-1 titere, annál korábban emelkedik a HIV-1 próbák jelző festékének fluoreszcenciája az alap fluoreszcencia szint fölé (lásd 1. ábra). Mivel a HIV-1 QS RNS mennyisége állandó valamennyi mintában, a HIV-1 QS próba jelzőfestékének fluoreszcenciája valamennyi minta esetén ugyanazon ciklus során kell megjelenjen (lásd 2. ábra). Azokban a mintákban, ahol a QS fluoreszcenciája befolyásolva van, a koncentráció ennek megfelelően módosul. A specifikus fluoreszcenciaszignálok megjelenését kritikus küszöbértéknek (Ct) nevezik. A kritikus küszöbérték definíció szerint az a tört alakú ciklus szám, amelynél a jelzőfesték fluoreszcenciája meghalad egy előre meghatározott küszöbértéket (a kijelölt fluoreszcenciaszintet), és megkezdődik ezen szignál exponenciális növekedési fázisa (lásd 3. ábra). Egy magasabb kritikus küszöbérték a kiindulási HIV-1 target anyag egy alacsonyabb titerét jelzi. Egy 2-szeres titeremelkedés a target HIV-1 RNS kritikus küszöbértékének 1-gyel való csökkenésével korrelál, míg egy 10-szeres titeremelkedés a kritikus küszöbérték 3,3-del való csökkenésével korrelál.
05447950001-12HU
4
Doc Rev. 13.0
Az 1. ábra egy hígítási sor target növekedési görbéit mutatja az 5-log10 tartományon. Ahogy a víruskoncentráció nő, a növekedési görbék korábbi ciklusokra tolódnak. Emiatt a legbaloldalibb növekedési görbe a legmagasabb vírustiterszinthez tartozik, a legjobboldalibb növekedési görbe pedig a legalacsonyabb vírustiterszinthez tartozik.
Normalizált fluoreszcencia
1. ábra Hígítási sor target növekedési görbéi az 5-log10 tartományon
10
Legmagasabb titer
5
Legalacsonyabb titer
0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Ciklusszám
A 2. ábra egy vírushígítási sorból származó minták mennyiségi standard növekedési görbéit mutatja az 5-log10 tartományon. A mintákhoz adott mennyiségi standard mennyisége állandó minden egyes reakcióban. A mennyiségi standard kritikus küszöbértéke a vírustitertől függetlenül hasonló. 2. ábra Hígítási sor mennyiségi standard növekedési görbéi az 5-log10 tartományon 50
Normalizált fluoreszcencia
40 Legalacsonyabb titer
30
20
10 Legmagasabb titer 0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Ciklusszám
05447950001-12HU
5
Doc Rev. 13.0
A 3. ábra egy példát mutat be arra, hogyan történik az egyes növekedési görbék összes ciklusban mért fluoreszcenciaértékeinek normalizálása. A tört alakú ciklusszámot (kritikus küszöb) úgy határozzák meg, hogy hol keresztezi a fluoreszcenciaszignál a kijelölt fluoreszcenciaszintet. 3. ábra Egyes növekedési görbék összes ciklusban mért fluoreszcenciaértékeinek normalizálása 1,0
Normalizált fluoreszcencia
0,8
0,6 Rögzített fluoreszcenciaszint
0,4
Ct-érték = 28,2
0,2
0,0 20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
-0,2 Ciklusszám
A HIV-1 RNS mennyiségi meghatározása ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt a HIV-1 vírus RNS-t mennyiségileg határozza meg egy második targetszekvencia (HIV-1 mennyiségi standard) felhasználásával, amely minden egyes mintához ismert koncentrációban van hozzáadva. A HIV-1 QS egy olyan nem fertőző Armored RNA-konstrukció, amely a HIV-1 gag targetszekvencia kötő régióival identikus primerkötő régiójú HIV-1 szekvenciarészleteket tartalmaz. A HIV-1 QS HIV-1 primerkötő régiókat tartalmaz, és egy ugyanolyan hosszúságú és bázisösszetételű amplifikációs terméket szintetizál, mint a HIV-1 gag target RNS. A HIV-1 QS próbakötő régióját úgy módosították, hogy a HIV-1 QS amplikon különbözzön a HIV-1 gag target amplikontól.
A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor a PCR anellációs fázisa során a mintákat szűrt fénnyel világítja meg és gerjeszti, és minden egyes minta szűrt emissziójú fluoreszcencia adatait gyűjti. Ezután a műszer ingadozásai miatt minden egyes minta leolvasási értékét korrigálja. Ezeket a fluoreszcencia leolvasási adatokat a készülék az AMPLILINK szoftverre küldi, és eltárolja egy adatbázisban. Előellenőrzéseket végez annak meghatározására, hogy a HIV-1 RNS és a HIV-1 QS RNS adatok érvényes sorokat mutatnak-e, és az előre beállított határokon kívül eső adatokat jelzőkkel látja el. Miután minden előellenőrzés befejeződött és megfelelt, a készülék feldolgozza a fluoreszcencia leolvasásokat, és létrehozza a HIV-1 RNS és a HIV-1 QS RNS kritikus küszöbértékeit. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt mellé biztosított tételspecifikus kalibrációs állandók szolgálnak a minták és kontrollok titerértékeinek kiszámítására a HIV-1 RNS és HIV-1 QS RNS kritikus küszöbértékeken alapján. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt, v2.0 standardizálása az Egészségügyi Világszervezet (WHO) HIV-1 RNS nemzetközi standardja szerint történt. A titereredmények kópia/ml (cp/mL) vagy nemzetközi egység/ml (International Units, IU/mL) mértékegységben vannak megadva. A HIV-1 RNS cp/ml (kópia/ml) és a HIV-1 IU/ml közti váltószám a Roche Molecular Systems, Inc. meghatározása szerint 0,6 cp/IU (1,67 IU/cp).
05447950001-12HU
6
Doc Rev. 13.0
REAGENSEK ® ® ® COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test, v2.0 (P/N: 05212294 190)
HI2CAP
48 teszt
HIV-1 v2.0 CS1 (HIV-1 mágneses üvegpartikulum reagenskazetta) Mágneses üvegpartikulum 93% izopropanol
1 x 48 teszt
HIV-1 v2.0 CS2 (HIV-1 roncsoló reagenskazetta) nátrium-citrát-dihidrát 42,5% guanidin-tiocianát < 14% polidokanol 0,9% ditiotreitol
1 x 48 teszt
HIV-1 v2.0 CS3 HIV-1 multi-reagens kazetta tartalmaz:
1 x 48 teszt
Pase (proteináz oldat) trisz puffer < 0,05% EDTA kalcium-klorid kalcium-acetát ≤ 7,8% proteináz glicerin
1 x 3,8 ml
EB (eluáló puffer) trisz-bázis puffer 0,2% metilparaben
1 x 7,0 ml
HIV-1 v2.0 CS4 HIV-1 tesztspecifikus reagenskazetta tartalmaz:
1 x 48 teszt
HIV-1 QS (HIV-1 mennyiségi standard) trisz-HCl puffer EDTA < 0,005% Poli rA RNS (szintetikus) < 0,001% Armored HIV-1 RNS konstrukció, amely HIV-1 primerkötő szekvenciákat és egy egyedi próbához kötődő régiót tartalmaz (nem fertőző RNS MS2 bakteriofágban) 0,05% nátrium-azid
05447950001-12HU
7
1 x 3,6 ml
Doc Rev. 13.0
HIV-1 MMX (HIV-1 master mix) tricin puffer kálium-acetát kálium-hidroxid 20% dimetilszulfoxid glicerin < 0,04% dATP, dCTP, dGTP, dUTP, dTTP < 0,003% upstream és downstream primerek a HIV-1 gag és LTR régióihoz < 0,003% oligonukleotid aptamer < 0,003% fluoreszcens-jelzett oligonukleotid próbák, specifikusak HIV-1-re és a HIV-1 QS-re < 0,05% Z05 DNS-polimeráz (mikrobiális) < 0,1% AmpErase (uracil-N-glikoziláz) enzim (mikrobiális) 0,09% nátrium-azid 2+
1 x 2,5 ml
1 x 19,8 ml
CAP/CTM Mn (CAP/CTM mangánoldat) < 0,5% mangán-acetát jégecet 0,09% nátrium-azid HIV-1 H(+)C, v2.0 (HIV-1 magas pozitív kontroll, v2.0) < 0,001% HIV-1 szekvenciákat tartalmazó Armored HIV-1 RNS konstrukció (nem fertőző RNS MS2 bakteriofágban) Negatív humán plazma, tesztekkel nem reaktív HCV antitestre, HIV-1/2 antitestre, HIV p24 antigénre és HBsAg-re; HIV-1 RNS, HCV RNS és HBV DNS PCR-technikával nem kimutatható 0,1% ProClin® 300 tartósítószer
4 x 1,0 ml
HIV-1 L(+)C, v2.0 (HIV-1 alacsony pozitív kontroll, v2.0) < 0,001% HIV-1 szekvenciákat tartalmazó Armored HIV-1 RNS konstrukció (nem fertőző RNS MS2 bakteriofágban) Negatív humán plazma, tesztekkel nem reaktív HCV antitestre, HIV-1/2 antitestre, HIV p24 antigénre és HBsAg-re; HIV-1 RNS, HCV RNS és HBV DNS PCR-technikával nem kimutatható 0,1% ProClin® 300 tartósítószer
4 x 1,0 ml
CTM (–) C [COBAS® TaqMan® negatív kontroll (humán plazma)] Negatív humán plazma, tesztekkel nem reaktív HCV antitestre, HIV-1/2 antitestre, HIV p24 antigénre és HBsAg-re; HIV-1 RNS, HCV RNS és HBV DNS PCR-technikával nem kimutatható 0,1% ProClin® 300 tartósítószer
4 x 1,0 ml
HIV-1 H(+)C, v2.0 Clip (HIV-1 magas pozitív kontroll, v2.0 vonalkódklipsz)
1 x 4 klipsz
HIV-1 L(+)C, v2.0 Clip (HIV-1 alacsony pozitív kontroll, v2.0 vonalkódklipsz)
1 x 4 klipsz
HIV-1 (–) C Clip (HIV-1 negatív kontroll, v2.0 vonalkódklipsz)
1 x 4 klipsz
05447950001-12HU
8
Doc Rev. 13.0
COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® Wash Reagent COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® mosóreagens (P/N: 03587797 190)
PG WR
1 x 5,1 l
PG WR (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® mosóreagens) nátrium-citrát-dihidrát < 0,1% N-metilizotiazolon-HCl FIGYELMEZTETÉSEK ÉS ÓVINTÉZKEDÉSEK A.
IN VITRO DIAGNOSZTIKAI CÉLRA.
B.
A vizsgálat csak EDTA véralvadásgátlóval gyűjtött humán plazmamintákkal végezhető.
C.
Ne pipettázzon szájjal.
D.
Ne egyen, igyon vagy dohányozzon a laboratórium területén. Viseljen egyszer használatos védőkesztyűt, védőruhát és szemvédőt a minták és a készlet reagensei kezelése közben. A minták és a tesztreagensek kezelését követően gondosan mosson kezet.
E.
A kontrollfiolákból való anyagkivétel során kerülje el a reagensek mikrobiális és ribonukleáz-szennyezését.
F.
Steril, egyszer használatos pipetták és RNázmentes pipettahegyek használata javasolt.
G.
Ne öntsön össze különböző tételekből, vagy azonos tételből, de különböző flakonokból származó kontrollokat.
H.
Ne keverje a különböző készletekből származó kazettákat, illetve kontrollokat.
I.
Ne nyissa ki a COBAS® AmpliPrep kazettákat, ne cseréljen ki, ne keverjen össze, ne vegyen ki vagy tegyen be flakonokat.
J.
A fel nem használt reagensek, hulladék és minták kezelésének összhangban kell lennie a megfelelő országos, szövetségi, állami és helyi szabályozásokkal.
K.
A készletet ne használja a szavatossági idő után.
L.
A biztonsági adatlapok (SDS) igény esetén hozzáférhetőek a helyi Roche irodában.
M.
A mintákat és kontrollokat fertőzőként kell kezelni a Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories37 és a CLSI Document M29-A338 előírásoknak megfelelő biztonságos laboratóriumi eljárásokat alkalmazva. Gondosan tisztítson meg, és ioncserélt vagy desztillált vízzel frissen készített 0,5% nátrium-hipoklorit oldattal fertőtlenítsen minden munkaterületet. Megjegyzés:
N.
A kereskedelemben kapható háztartási fehérítő rendszerint 5,25%-ban tartalmaz nátrium-hipokloritot. Az 1:10 arányban hígított háztartási fehérítő megfelel 0,5% nátrium-hipoklorit oldatnak.
FIGYELMEZTETÉS: CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0 emberi vérből származó humán plazmát tartalmaz. A forrás anyag tesztekkel vizsgálva nem bizonyult reaktívnak Hepatitis B felületi antigénre (HBsAg), HIV-1/2 és HCV antitestekre, valamint HIV p24 antigénre. A negatív humán plazma PCR-technikával történő vizsgálata során HIV-1 RNS, HCV RNS vagy HBV DNS nem volt kimutatható. Egyetlen vizsgálati módszer sem nyújthat teljes garanciát arra, hogy a humán vérkészítményekben nincs jelen fertőző anyag. Emiatt minden humán eredetű anyagot potenciálisan fertőzőnek kell tekinteni. A CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0 fertőzőként kezelendő a Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories37 és a CLSI Document M29-A338 előírásoknak megfelelő biztonságos laboratóriumi eljárásokat alkalmazva. Gondosan tisztítson meg, és ioncserélt vagy desztillált vízzel frissen készített 0,5% nátrium-hipoklorit oldattal fertőtlenítsen minden munkaterületet.
05447950001-12HU
9
Doc Rev. 13.0
O.
2+ A HIV-1 QS, CAP/CTM Mn és HIV-1 MMX nátrium-azidot tartalmaz. A nátrium-azid ólom- és rézcsövekkel erősen robbanékony fém-azidokat képezve reakcióba léphet. Amikor nátriumazid tartalmú oldatokat önt ki a laboratóriumi mosogatóba, az azidlerakódás megakadályozására nagy mennyiségű vízzel öblítse ki a lefolyót.
P.
Viseljen szemvédőt, köpenyt és egyszer használatos gumikesztyűt minden reagens kezelése közben. Ezen anyagok bőrrel, szemmel és nyálkahártyákkal való érintkezése kerülendő. Ha mégis előfordul érintkezés, azonnal mossa le nagy mennyiségű vízzel. Ellenkező esetben égő érzés előfordulhat. Ezen reagenseket kiömlés esetén a szárazra törlés előtt vízzel hígítsuk.
Q.
® Ügyeljen rá, hogy a HIV-1 v2.0 CS2 és a COBAS AmpliPrep készülékből származó folyékony hulladék, amely guanidin-tiocianátot tartalmaz, ne érintkezzen nátrium-hipoklorit (fehérítő) oldattal. Az ilyen keverékekből erősen mérgező gáz fejlődhet.
R.
Amikor használt COBAS® AmpliPrep mintafeldolgozó egységet [Sample Processing Unit (SPU)] dob ki, amely guanidin-tiocianátot tartalmaz, ügyeljen rá, hogy az ne kerüljön kapcsolatba nátrium-hipoklorit (fehérítő) oldattal. Az ilyen keverékekből erősen mérgező gáz fejlődhet.
TÁROLÁSI ÉS KEZELÉSI KÖVETELMÉNYEK A.
A reagenseket és kontrollokat tilos lefagyasztani.
B.
A HIV-1 v2.0 CS1, HIV-1 v2.0 CS2, HIV-1 v2.0 CS3 és HIV-1 v2.0 CS4 reagenseket 2–8 °C között tárolja. Használaton kívül ezek a reagensek a feltüntetett lejárati időn belül stabilak. Felbontást követően ezek a reagensek 2–8 °C-on 28 napig stabilak (vagy a lejárati időig, amelyik előbb következik). A HIV-1 v2.0 CS1, HIV-1 v2.0 CS2, HIV-1 v2.0 CS3 és HIV-1 v2.0 CS4 maximum 4 gépi cikluson át használható, legfeljebb összesen 64 órát eltöltve a COBAS® AmpliPrep készülékben. A gépi ciklusok között a reagenseket 2–8 °C között tárolja.
C.
A HIV-1 H(+)C, v2.0, HIV-1 L(+)C, v2.0 és CTM (–) C reagenseket 2–8 °C között tárolja. A kontrollok a feltüntetett lejárati időn belül stabilak. Felbontást követően a fel nem használt részt ki kell dobni.
D.
A vonalkódklipszeket [HIV-1 H(+)C, v2.0 Clip, HIV-1 L(+)C, v2.0 Clip és HIV-1 (–) C Clip] 2–30 °C között tárolja.
E.
A PG WR reagenst 2–30 °C között tárolja. A PG WR a feltüntetett lejárati időn belül stabil. Felbontást követően ez a reagens 2–30 °C között 28 napig stabil (vagy a lejárati időig, amelyik előbb következik).
05447950001-12HU
10
Doc Rev. 13.0
A KÉSZLET TARTALMA A.
® ® ® COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1 Test, v2.0 (P/N: 05212294 190)
HI2CAP
HIV-1 v2.0 CS1 (HIV-1 mágneses üvegpartikulum reagenskazetta) HIV-1 v2.0 CS2 (HIV-1 roncsoló reagenskazetta) HIV-1 v2.0 CS3 (HIV-1 multi-reagens kazetta) HIV-1 v2.0 CS4 (HIV-1 teszt-specifikus reagenskazetta) HIV-1 H(+)C, v2.0 (HIV-1 magas pozitív kontroll, v2.0) HIV-1 L(+)C, v2.0 (HIV-1 alacsony pozitív kontroll, v2.0) CTM (–) C [COBAS® TaqMan® negatív kontroll (humán plazma)] HIV-1 H(+)C, v2.0 Clip (HIV-1 magas pozitív kontroll, v2.0 vonalkódklipsz) HIV-1 L(+)C, v2.0 Clip (HIV-1 alacsony pozitív kontroll, v2.0 vonalkódklipsz) HIV-1 (–) C Clip (HIV-1 negatív kontroll vonalkódklipsz) B.
COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® Wash Reagent COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® mosóreagens (P/N: 03587797 190)
PG WR
PG WR (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® mosóreagens)
05447950001-12HU
11
Doc Rev. 13.0
SZÜKSÉGES, DE NEM BIZTOSÍTOTT ANYAGOK Műszerezettség és szoftver
•
COBAS® AmpliPrep készülék
•
COBAS® TaqMan® analizátor, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátor
•
Opcionális: cobas p 630 készülék
•
Opcionális: Docking Station
•
AMPLILINK szoftver, 3.3-as vagy 3.4-es verzió
•
AMPLILINK szoftver Vezérlőegysége, nyomtatóval
•
Készülék és szoftver kézikönyvek: – – – –
COBAS® AmpliPrep készülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3-as és 3.4-es verziójával való használatra COBAS® TaqMan® analizátorkészülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3-as és 3.4-es verziójával való használatra COBAS® TaqMan® 48 analizátorkészülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3as és 3.4-es verziójával való használatra AMPLILINK 3.3-as verziójú szoftver alkalmazási kézikönyve a COBAS® AmpliPrep készülékkel, COBAS® TaqMan® analizátorral, COBAS® TaqMan® 48 analizátorral, COBAS® AMPLICOR® analizátorral és cobas p 630 készülékkel való használatra vagy
– AMPLILINK szoftver, 3.4-es verzió alkalmazási kézikönyve - Opcionális: cobas p 630 készülék felhasználói kézikönyve, 2.2-es szoftververzió
•
Vizsgálatdefiníciós fájl (Test Definition File, TDF). A TDF neve és aktuális verziója a készlethez mellékelt termékinformációs kártyán található.
Egyszer használatos anyagok
•
Mintafeldolgozó egységek: SPU-k
•
Mintabeviteli csövek (S-csövek) vonalkódklipsszel
•
K-hegy állványok
•
12 x 96-os K-cső doboz
05447950001-12HU
12
Doc Rev. 13.0
EGYÉB SZÜKSÉGES, DE NEM BIZTOSÍTOTT ANYAGOK
•
Mintaállvány (SK 24 állvány)
•
Reagensállvány
•
SPU-állványok
•
K-cső kupakrögzítő, motorizált
•
K-cső kupakrögzítő
•
K-hordozó
•
K-hordozó transzporter
•
K-hordozó állvány
•
Pipettahegyek aeroszolbarrierrel (szűrő) vagy pozitív kiszorításos RNázmentes hegyek (1000 µl)*
•
Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes
•
Vortex keverő
* A pipetták pontossága a névleges térfogat 3%-án belül legyen. Aeroszolbarrieres vagy pozitív kiszorításos RNázmentes pipettahegyeket kell használni ott, ahol alapvető megelőzni a minta és az amplikon keresztszennyeződését. A MINTA LEVÉTELE, TRANSZPORTJA ÉS TÁROLÁSA Megjegyzés:
Valamennyi mintát és kontrollt fertőzések átvitelére alkalmasként kell kezelni.
Megjegyzés:
A vizsgálatot csak EDTA véralvadásgátlóval gyűjtött humán plazma használatára validálták. Más típusú minták vizsgálata pontatlan eredménnyel járhat.
A.
A minta levétele
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt plazmamintákkal való használatra alkalmas. A vért EDTA (lila kupak) alvadásgátlót tartalmazó steril csövekbe kell levenni és a gyártó utasításainak megfelelően összekeverni. A vért ne hagyja 2–25 °C-on 24 óránál hosszabb ideig. A plazmát a levételtől számított 24 órán belül szeparálja el a teljes vérből centrifugálással (800-1600 x g, 20 perc, szobahőmérséklet). Vigye át a plazmát egy steril polipropilén csőbe. A 4. ábra a mintastabilitási vizsgálatokból származó mintastabilitási adatokat tünteti fel, melyeket a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt használatával végeztek (P/N: 03543005 190).
05447950001-12HU
13
Doc Rev. 13.0
4. ábra HIV-1 stabilitása teljes vérben (EDTA-s plazmacsövekbe levéve) Átlag (n=4) HIV-1 RNS eredmény log10 HIV-1 RNS cp/ml
5.0 5,0
4.0 4,0
< 1 óra (T0) 24 óra, 25–30 °C 24 óra, 2–8 °C
3.0 3,0 2.0 2,0
1.0 1,0
0.0 0,0 Donor P1
Donor P2
Donor P3
Mintaazonosító
B.
A minta transzportja
A teljes vér vagy plazma transzportja meg kell, hogy feleljen a kóroki ágensek transzportjára 39 vonatkozó országos, szövetségi, állami és helyi szabályozásoknak . A teljes vért 2–25 °C között kell szállítani, és a levételtől számított 24 órán belül lecentrifugázni. A plazmát 2–8 °C között, illetve -20 °C és -80 °C között fagyasztva kell szállítani. C.
A minta tárolása
A plazmamintákat szobahőmérsékleten (25–30 °C) 1 napig vagy 2–8 °C között 6 napig lehet tárolni. A plazmaminták -20 °C és -80 °C között fagyasztva hat hétig maradnak stabilak. A minták tárolása 1100–1200 µl részletekben steril, 2,0 ml-es polipropilén csavarókupakos csövekben (pl. Sarstedt 72.694.006) javasolt. Az 5. ábra a mintatárolási vizsgálatokból származó mintastabilitási adatokat tünteti fel, melyeket a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt használatával végeztek (P/N: 03543005 190). 5. ábra HIV-1 stabilitása EDTA-s plazmában
log10 HIV-1 RNS cp/ml
Átlag (n=4) HIV-1 RNS eredmény
5.0 5,0
4.0 4,0
T=0 24 óra, 28 °C 6 nap, 2–8 °C 6 hét, -20 °C 6 hét, -80 °C
3.0 3,0
2.0 2,0
1.0 1,0
0.0 0,0 Donor P4
Donor P5
Donor P6
Mintaazonosító
A plazmaminták legfeljebb öt alkalommal olvaszthatók és fagyaszthatók szignifikáns HIV-1 RNSveszteség nélkül. A 6. ábra egy fagyasztás-olvasztási vizsgálatból származó adatokat tünteti fel, melyet a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt használatával végeztek (P/N: 03543005 190). 05447950001-12HU
14
Doc Rev. 13.0
6. ábra HIV-1 eredmények öt fagyasztás-olvasztási (F-O) ciklus után (EDTA-s plazma)
Átlag (n=4) HIV-1 RNS eredmény log10 HIV-1 RNS cp/ml
5.0 5,0
4.0 4,0
Kontroll 3 F-O 5 F-O
3.0 3,0
2.0 2,0
1.0 1,0
0.0 0,0 Donor P10
Donor P11
Donor P12
Mintaazonosító
HASZNÁLATI UTASÍTÁS Megjegyzés:
A részletes üzemeltetési utasításokat, lehetséges konfigurációk részletes leírását, az eredmények nyomtatását, valamint a jelzők, megjegyzések és ® hibaüzenetek értelmezését a következő kézikönyvekben találja: (1) a COBAS AmpliPrep készülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3-as és 3.4-es ® ® verziójával való használatra; (2) a COBAS TaqMan analizátorkészülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3-as és 3.4-es verziójával való ® ® használatra; (3) a COBAS TaqMan 48 analizátorkészülék kézikönyve az AMPLILINK szoftver 3.3-as és 3.4-es verziójával való használatra; (4) az AMPLILINK 3.3-as verziójú szoftver alkalmazási kézikönyve a COBAS® AmpliPrep készülékkel, COBAS® TaqMan® analizátorral, COBAS® TaqMan® 48 analizátorral, COBAS® AMPLICOR® analizátorral és cobas p 630 készülékkel vagy az AMPLILINK szoftver 3.4-es verziójú alkalmazási kézikönyvével való használatra; (5) Opcionális: cobas p 630 készülék felhasználói kézikönyve, 2.2-es szoftververzió.
Mintacsoport mennyisége Valamennyi készlet 48 vizsgálatra elegendő reagenst tartalmaz, amely 12 vagy 24 mintás csoportokban végezhető. Valamennyi csoportnak legalább egy CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0 kontrollt kell tartalmaznia (lásd „Minőség-ellenőrzés” rész). Munkafolyamat ® ® ® ® A COBAS TaqMan analizátoron, illetve COBAS TaqMan 48 analizátoron történő futtatást a minta- és kontroll-előkészítés befejezését követő 120 percen belül meg kell kezdeni.
Megjegyzés:
A feldolgozott mintákat és kontrollokat tilos lefagyasztani vagy 2–8 °C-on tárolni.
Minta és kontroll előkészítése Megjegyzés:
Fagyasztott minták használatakor tegye a mintákat szobahőmérsékletre, amíg azok teljesen fel nem olvadnak, majd felhasználás előtt vortexelje 3–5 másodpercig azokat. A 2–8 °C-on tárolt kontrollokat vegye ki, és hagyja, hogy felhasználás előtt felvegyék a szobahőmérsékletet.
05447950001-12HU
15
Doc Rev. 13.0
® A COBAS AmpliPrep készülék beállítása
A.
Karbantartás és üzembehelyezés
A1.
A COBAS® AmpliPrep készülék készenléti (stand-by) módban működésre kész.
A2.
Kapcsolja be az AMPLILINK szoftver Vezérlőegységét (ON). Készítse elő a Vezérlőegységet az alábbiak szerint: 1.
Jelentkezzen be a Microsoft Windows operációs rendszerbe.
2.
Kattintson duplán az AMPLILINK szoftver ikonjára.
3.
A megfelelő felhasználói azonosítóval és jelszóval jelentkezzen be az AMPLILINK szoftverbe.
A3.
A Status képernyő segítségével ellenőrizze a PG WR-ellátást, és ha szükséges, pótolja.
A4.
Végezze el a Due lapon felsorolt karbantartási műveleteket. A COBAS® AmpliPrep készülék automatikusan üzembe helyezi a rendszert.
B.
Reagenskazetták betöltése
Megjegyzés:
A 2–8 °C-on tárolt valamennyi reagenskazettát vegye ki, helyezze be azonnal ® a COBAS AmpliPrep készülékbe, és hagyja legalább 30 percig, hogy felvegye a készülékben a szobahőmérsékletet az első minta feldolgozása előtt. Ne hagyja a reagenskazettákat a készüléken kívül szobahőmérsékletre melegedni, mert a vonalkódcímkéken páralecsapódás jöhet létre. Ne törölje le, ha a vonalkódcímkéken páralecsapódás történik.
B1.
Helyezze a HIV-1 v2.0 CS1 kazettát a reagensállványba. Helyezze a HIV-1 v2.0 CS2, HIV-1 v2.0 CS3 és HIV-1 v2.0 CS4 kazettákat egy külön reagensállványba.
B2.
Helyezze a HIV-1 v2.0 CS1 kazettát tartalmazó reagensállványt a COBAS® AmpliPrep készülék A állványpozíciójába.
B3.
Helyezze a HIV-1 v2.0 CS2, HIV-1 v2.0 CS3 és HIV-1 v2.0 CS4 kazettákat tartalmazó reagensállványt a COBAS® AmpliPrep készülék B, C, D vagy E állványpozíciójába. (További információért lásd 1. táblázat.)
05447950001-12HU
16
Doc Rev. 13.0
C.
Egyszer használatos anyagok betöltése
Megjegyzés:
® AmpliPrep reagenskazetták, Határozza meg a szükséges COBAS mintafeldolgozó egységek (SPU-k), mintabeviteli csövek (S-csövek), K-hegyek és K-csövek számát. Minden egyes mintához, illetve kontrollhoz egy SPU, egy beviteli S-cső, egy K-hegy és egy K-cső szükséges.
® ® ® ® ® A COBAS AmpliPrep készülék COBAS TaqMan analizátorral, illetve COBAS TaqMan 48 analizátorral való együttes használata többféle munkafolyamatban lehetséges. Tanulmányozza alább a 1. táblázatot. Az alkalmazott munkafolyamattól függően helyezze a megfelelő számú reagenskazetta-állványt, mintaállványt a beviteli S-csövekkel, SPU állványt, K-hegy állványt, K-cső állványt és K-hordozó állványt a K-hordozókkal a COBAS® AmpliPrep készülék megfelelő pozícióiba (további információért lásd az 1. táblázatot).
C1.
Helyezze az SPU-kat az SPU állvány(ok)ra, és tegye az állvány(oka)t a COBAS® AmpliPrep Instrument J, K vagy L állványpozíciójába.
C2.
Az alkalmazott munkafolyamattól függően, helyezze a teli K-cső állvány(oka)t a COBAS AmpliPrep készülék M, N, O vagy P állványpozíciójába.
C3.
Helyezze a teli K-hegy állvány(oka)t a COBAS® AmpliPrep készülék M, N, O vagy P állványpozíciójába.
C4.
A COBAS® TaqMan® 48 analizátor 3. munkafolyamatának alkalmazása folyamán helyezze a K-hordozókat a K-hordozó állvány(ok)ra, a COBAS® AmpliPrep készülék M & N vagy O & P állvány-pozíciójába.
05447950001-12HU
17
®
Doc Rev. 13.0
1. táblázat ® ® ® Lehetséges munkafolyamatok a COBAS AmpliPrep készülék COBAS TaqMan ® analizátorral, illetve COBAS TaqMan® 48 analizátorral való együttes használata esetén
Munkafolyamat
Átviteli mód a COBAS® TaqMan® analizátorra, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátorra
®
1
COBAS AmpliPrep készülék plusz Docking Station plusz COBAS® TaqMan® analizátor
®
2
3
COBAS AmpliPrep készülék plusz COBAS® TaqMan® analizátor
COBAS® AmpliPrep készülék plusz COBAS® TaqMan® 48 analizátor(ok)
05447950001-12HU
K-hordozó automatizált átvitele
K-csövek manuális átvitele a mintaállvány(ok)on a COBAS® TaqMan® analizátorba
K-hordozó(k) manuális átvitele a K-hordozó állvány(ok)on a COBAS® TaqMan® 48 analizátorba
18
Állványok, hordozók és egyszer használatos anyagok K-csövek teli K-cső állványokon K-hegyek teli K-hegy állványokon Mintákat és kontrollokat tartalmazó beviteli S-csövek, mintaállványokon SPU-k SPU-állványokon CS1 a kazettaállványon CS2, CS3, CS4 a kazettaállványon K-csövek teli K-cső állványokon K-hegyek teli K-hegy állványokon Mintákat és kontrollokat tartalmazó beviteli S-csövek, mintaállványokon SPU-k SPU-állványokon CS1 a kazettaállványon CS2, CS3, CS4 a kazettaállványon A mintafeldolgozás befejezése után: K-csövek a mintaállványokon (manuális átvitelre kész) K-csövek a mintaállványokon K-hegyek teli K-hegy állványokon Mintákat és kontrollokat tartalmazó beviteli S-csövek, mintaállványokon SPU-k SPU-állványokon CS1 a kazettaállványon CS2, CS3, CS4 a kazettaállványon Üres vonalkódú K-hordozó a K-hordozó állványon A mintafeldolgozás befejezése után: K-csövek K-hordozóban a K-hordozó állványon
Pozíció a COBAS® AmpliPrep készülékben M–P M–P F–H J–L A B–E M–P M–P F–H J–L A B–E Ugyanaz, mint fent (F – H) F-H M-P F-H J-L A B-E M-P Ugyanaz, mint fent (M – P)
Doc Rev. 13.0
D.
A minták azonosítása és betöltése
D1.
Készítse el a mintaállványokat a következők szerint: Tegyen egy vonalkódcímke-klipszet minden egyes mintaállvány-pozícióba, ahova minta (S-cső) fog kerülni. Tegyen egy-egy kontrollspecifikus [CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0] vonalkódcímkeklipszet minden egyes mintaállvány-pozícióba, ahova kontroll (S-cső) fog kerülni. A kontroll vonalkódcímke-klipszeken ugyanannak a kontroll tételszámnak kell lennie, mint a készletben lévő kontroll fiolákon. Ügyeljen arra, hogy az adott kontrollt a megfelelő kontroll vonalkódklipsszel jelölt pozícióba tegye. Helyezzen egy-egy beviteli S-csövet minden egyes vonalkód-címke klipszet tartalmazó pozícióba.
D2.
Az AMPLILINK szoftver segítségével hozzon létre mintaazonosítót minden egyes minta és kontroll számára az Orders ablakban a Sample mappában. Válassza ki a megfelelő tesztfájlt, és végezze el a mentést.
D3.
Rendelje a minta- és kontrollazonosítókat mintaállvány-pozíciókhoz az Orders ablakban a Sample Rack mappában. A mintaállványszám a D1. lépésben előkészített állványé kell legyen.
D4.
Nyomtassa ki a Sample Rack Order lapot, mint munkalapot.
D5.
Készítsen elő minta- és kontrollállványokat a minta- és kontrollhozzáadásra kijelölt területre az alábbiak szerint: Vortexeljen minden egyes mintát és kontrollt [CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0] 3-5 másodpercig. A mintákkal és kontrollokkal való munka során ügyeljen a kesztyűk szennyezésének elkerülésére.
D6.
Mérjen aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos RNáz-mentes heggyel ellátott mikropipettával minden egyes mintából és kontrollból [CTM (–) C, HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0] 1000-1050 µl-t a megfelelően vonalkóddal címkézett beviteli S-csőbe. Ügyeljen arra, hogy ne vigyen át szemcséket és/vagy fibrinrögöket az eredeti mintából a beviteli S-csőbe. A mintákat és kontrollokat át kell vinni a D4. lépésben kijelölt és a munkalapon rögzített csőpozíciókba. A kontroll vonalkódcímke-klipszeken ugyanannak a kontroll tételszámnak kell szerepelnie, mint a készletben lévő kontroll fiolákon. Az adott kontrollt a megfelelő kontroll vonalkódklipsszel jelölt pozícióba tegye. Ügyeljen arra, hogy ne szennyezze be mintával vagy kontrollal az S-csövek felső részét. A cobas p 630 készülék használata esetén a minta-előkészítéssel kapcsolatban olvassa el a cobas p 630 készülék felhasználói kézikönyvét.
D7.
Az 1. és 2. munkafolyamatok esetén helyezze a beviteli S-csövekkel töltött mintaállvány(oka)t a COBAS® AmpliPrep készülék F, G vagy H állványpozícióiba.
D8.
A COBAS® TaqMan® 48 analizátor 3. munkafolyamatának alkalmazása során helyezze a mintaállvány(oka)t a beviteli S-csövekkel és K-csövekkel (beviteli S-csövenként egy, a helyes pozícióban elhelyezve a beviteli S-csövek mellé) a COBAS® AmpliPrep készülék F, G vagy H állványpozícióiba.
E.
A COBAS® AmpliPrep készülék futtatásának indítása
E1.
Indítsa el a COBAS® AmpliPrep készüléket az AMPLILINK szoftver segítségével.
05447950001-12HU
19
Doc Rev. 13.0
F.
® ® ® A COBAS AmpliPrep készülék futtatásának befejezése és átvitel a COBAS TaqMan analizátorra, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátorra (csak a 2. és 3. munkafolyamat esetén)
F1.
Ellenőrizze a jelzőket, illetve hibaüzeneteket.
F2.
Remove processed specimens and controls from the COBAS® AmpliPrep készülékből vagy minta állványokon (Docking Station nélküli COBAS® TaqMan® analizátor esetén) vagy K-hordozó állványokon (COBAS® TaqMan® 48 analizátor esetén), a munkafolyamattól függően (további részleteket illetően lásd a G. pontot).
F3.
® Távolítsa el a hulladékot a COBAS AmpliPrep készülékből.
Megjegyzés:
A minta- és kontroll-előkészítés befejezése után a feldolgozott mintákat és kontrollokat nem szabad fénynek kitenni.
Amplifikáció és kimutatás A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátor beállítása A COBAS® TaqMan® analizátoron, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátoron történő futtatást a minta- és kontroll-előkészítés befejezését követő 120 percen belül meg kell kezdeni. Megjegyzés:
A feldolgozott mintákat és kontrollokat tilos lefagyasztani vagy 2–8 °C-on tárolni.
G.
A feldolgozott minták betöltése
G1.
A munkafolyamattól függően a megfelelő lépéseket elvégezve vigye át a K-csöveket a COBAS® TaqMan® analizátorba, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátorba: 1. munkafolyamat:
A K-hordozó automatizált átvitele a docking stationon keresztül ® ® COBAS TaqMan analizátorba. Manuális beavatkozás nem szükséges.
2. munkafolyamat:
A mintaállvány(ok)on levő K-csövek manuális átvitele a COBAS® TaqMan® analizátorba.
3. munkafolyamat:
A K-hordozó állvány(ok)on lévő K-hordozó(k) manuális átvitele a COBAS® TaqMan® 48 analizátorba. A K-hordozók manuális átvitele a COBAS® TaqMan® 48 analizátorba a K-hordozó transzporter segítségével.
H.
A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátor futtatásának indítása
H1.
A munkafolyamattól függően az alábbi lehetőségek egyike útján indítsa be a COBAS® TaqMan® analizátort, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátort: 1. munkafolyamat:
Beavatkozás nem szükséges.
2. munkafolyamat:
A mintaállvány(ok) behelyezését követően a COBAS® TaqMan® analizátor automatikusan indul.
3. munkafolyamat:
Töltse fel a K-hordozót üres K-csövekkel, ha 6-nál kevesebb K-cső van a K-hordozón. A feltöltést az AMPLILINK szoftver irányítja. Nyissa fel a PCR-készülék tetejét, helyezze be a K-hordozót a készülékbe, és zárja le a fedelet. Indítsa el a COBAS® TaqMan® 48 analizátor futtatását.
05447950001-12HU
20
Doc Rev. 13.0
I.
® ® ® ® A COBAS TaqMan analizátor, illetve COBAS TaqMan 48 analizátor futtatásának befejezése
I1.
A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor futtatásának befejeztével nyomtasson ki eredménylapot. Ellenőrizze az eredménylapon a jelzőket, illetve hibaüzeneteket. A jelzőkkel és megjegyzésekkel ellátott minták értékelése az „Eredmények” részben leírtaknak megfelelően történik. Elfogadásukat követően tárolja az adatokat az archívumban.
I2.
Vegye ki a használt K-csöveket a COBAS® TaqMan® analizátorból, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátorból.
EREDMÉNYEK A COBAS® TaqMan® analizátor, illetve a COBAS® TaqMan® 48 analizátor automatikusan meghatározza a minták és kontrollok HIV-1 RNS-koncentrációját. A HIV-1 RNS-koncentrációját cp/ml vagy IU/ml mértékegységben fejezik ki a használt vizsgálatdefiníciós fájltól (TDF) függően. A nukleinsav-amplifikációs technikákra (NAT) vonatkozó HIV-1 RNS 1. WHO nemzetközi standardot (NIBSC 97/656) alkalmazva a HIV-1 RNS cp/ml és a HIV-1 IU/ml közti váltószám 0,6 cp/IU36. Ezt a váltószámot a COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt, a COBAS® AmpliPrep/COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt és a COBAS® TaqMan® HIV-1 Test For Use With The High Pure System használatával határozták meg. AMPLILINK szoftver: •
Meghatározza a HIV-1 RNS és a HIV-1 QS RNS ciklus küszöbértékét (Ct).
•
Meghatározza a HIV-1 RNS-koncentrációt a HIV-1 RNS és a HIV-1 QS RNS küszöbértékek, valamint a kazettavonalkódokban megadott tételspecifikus kalibrációs együtthatók alapján.
•
Meghatározza, hogy a HIV-1 L(+)C, v2.0-ra és HIV-1 H(+)C, v2.0-ra számított cp/ml a kijelölt tartományokba esik-e.
Mintacsoport validálása – AMPLILINK 3.3-as és 3.4-es verzió Ellenőrizze az AMPLILINK szoftver eredmény ablakban vagy a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön a mintacsoport érvényességéről. A készülék ellenőrzi a kontrollokat, hogy azok cp/ml vagy IU/ml értéke a kijelölt tartományon belül esik-e. Ha a kontroll cp/ml vagy IU/ml értéke a tartományon kívül esik, akkor JELZŐT kap, amely mutatja, hogy a kontroll nem felelt meg. A mintacsoport akkor érvényes, ha a kontrollok [HIV-1 L(+)C, v2.0; HIV-1 H(+)C, v2.0 és CTM (–) C] egyike sem kap jelzőt. A mintacsoport nem érvényes, ha a HIV-1 kontrollok az alábbi jelzők bármelyikét kapják:
05447950001-12HU
21
Doc Rev. 13.0
Negatív kontroll Jelző
Eredmény
NC_INVALID
Invalid
Értékelés Érvénytelen eredmény vagy „érvényes” eredmény, amely nem volt negatív a HIV-1 targetre
HIV-1 alacsony pozitív kontroll, v2.0 Jelző
Eredmény
LPCINVALID
Invalid
Értékelés Érvénytelen eredmény vagy egy kontroll tartományon kívül esik
HIV-1 magas pozitív kontroll, v2.0 Jelző
Eredmény
HPCINVALID
Invalid
Értékelés Érvénytelen eredmény vagy egy kontroll tartományon kívül esik
Ha a mintacsoport érvénytelen (invalid), ismételje meg a teljes mintacsoport vizsgálatát (minta- és kontroll-előkészítés, amplifikálás és kimutatás). Eredmények értelmezése Érvényes mintacsoport esetén ellenőrizzen minden egyes mintát, hogy kapott-e jelzőt vagy megjegyzést az eredménylapon. Értékelje az eredményeket az alábbiak szerint: •
Egy érvényes futtatás mind érvényes, mind érvénytelen mintaeredményeket is tartalmazhat, attól függően, hogy a jelzők és/vagy megjegyzések az egyes mintákra vonatkoznak-e.
05447950001-12HU
22
Doc Rev. 13.0
Nemzetközi egység (IU)/ml
Kópia/ml
A mintaeredmények az alábbiak szerint értelmezendőek: Titereredmény
Magyarázat
Target Not Detected
A HIV-1 kritikus küszöbérték meghaladja a vizsgálat korlátait, vagy nincs HIV-1 küszöbérték. Adja ki az eredményt, mint „Nincs kimutatható HIV-1 RNS”.
< 2.00E+01 cp/mL
A számított cp/ml a vizsgálat kimutatási határa alatt van. Adja ki az eredményeket, mint „HIV-1 RNS kimutatható, kevesebb, mint 20 HIV-1 RNS cp/ml”.
≥ 2.00E+01 cp/mL és ≤ 1.00E+07 cp/mL
A 20 cp/ml-nél nagyobb vagy egyenlő és 1,00E+07 cp/ml-nél kisebb vagy egyenlő számított eredmények belül esnek a vizsgálat lineáris tartományán.
> 1.00E+07 cp/mL
A számított cp/ml a vizsgálati tartomány felett van. Adja ki az eredményeket, mint „nagyobb, mint 1,00E+07 HIV-1 RNS cp/ml”. Amennyiben ilyen minták mennyiségi eredményére van szükség, az eredeti mintát HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmával való 1:100 hígítását követően újra kell tesztelni. Szorozza meg a mért eredményt a hígítási faktorral.
< 3.34E+01 IU/mL
A számított IU/ml a vizsgálat kimutatási határa alatt van. Adja ki az eredményeket, mint „HIV-1 RNS kimutatható, kevesebb, mint 33,4 HIV-1 RNS IU/ml”.
≥ 3.34E+01 IU/mL és ≤ 1.67E+07 IU/mL
A 33,4 IU/ml-nél nagyobb vagy egyenlő és 1,67E+07 IU/mlnél kisebb vagy egyenlő számított eredmények belül esnek a vizsgálat lineáris tartományán.
> 1.67E+07 IU/mL
A számított IU/ml a vizsgálat mérési tartománya felett van. Az eredményt úgy jelentse, hogy „nagyobb, mint 1,67E+07 HIV-1 RNS IU/ml”. Amennyiben ilyen minták mennyiségi eredményére van szükség, az eredeti mintát HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmával való 1:100 hígítását követően újra kell tesztelni. Szorozza meg a mért eredményt a hígítási faktorral.
Megjegyzés:
A vizsgálati tartomány feletti minták, amelyek "QS_INVALID" jelzővel ellátott érvénytelen (Invalid) eredményt adnak, nem adhatók ki, mint > 1,00E+07 cp/ml vagy 1,67E +07 IU/ml. Az eredeti mintát HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmával való 1:100 hígítást követően újra kell tesztelni. Szorozza meg a mért eredményt a hígítási faktorral.
Megjegyzés:
A titer eredmény "Failed". Értékelés: A minta feldolgozása nem volt megfelelő a COBAS® AmpliPrep készüléken való minta-előkészítés során.
Megjegyzés:
A titer eredmény "Invalid". Értékelés: Érvénytelen eredmény.
05447950001-12HU
23
Doc Rev. 13.0
MINŐSÉG-ELLENŐRZÉS Minden mintacsoportnak egy CTM (–) C, egy HIV-1 L(+)C, v2.0 és egy HIV-1 H(+)C, v2.0 kontrollt kell tartalmaznia. A mintacsoport akkor érvényes, ha a kontrollok [HIV-1 L(+)C, v2.0, HIV-1 H(+)C v2.0 és CTM (–) C] egyike sem kap jelzőt. Ellenőrizze a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön arról, hogy a mintacsoport érvényes. Negatív kontroll A CTM (–) C kontrollnak „Target Not Detected” eredményt kell adnia. Ha a CTM (–) C kontroll érvénytelen jelzést kap, akkor az egész mintacsoport érvénytelen. A teljes eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha a CTM (–) C kontroll következetesen érvénytelen több mintacsoportban is, vegye fel a kapcsolatot a helyi Roche-irodával. Pozitív kontrollok A HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0 kontrollok meghatározott titertartománya minden egyes ® ® ® reagenstételre specifikus, és a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt reagenskazetta vonalkódjában van megadva. A HIV-1 L(+)C, v2.0 és HIV-1 H(+)C, v2.0 kontrollok HIV-1 RNS cp/ml értékeinek a meghatározott titertartományokon belül kell esniük. Ha egyik vagy mindkét pozitív kontroll érvénytelen jelzést kap, akkor az egész mintacsoport érvénytelen. A teljes eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha egyik vagy mindkettő pozitív kontroll HIV-1 RNS titere rendszeresen kívül esik a meghatározott tartományon több mintacsoportban is, kérjen technikai segítséget a helyi Roche-irodától. ELJÁRÁSSAL KAPCSOLATOS ÓVINTÉZKEDÉSEK Mint minden vizsgálati eljárásnál, a helyes laboratóriumi technika alapvető a vizsgálat megfelelő kivitelezéséhez.
05447950001-12HU
24
Doc Rev. 13.0
ELJÁRÁSSAL KAPCSOLATOS KORLÁTOZÁSOK 1.
A vizsgálatot csak EDTA véralvadásgátlóval gyűjtött humán plazma használatára validálták. Más típusú minták vizsgálata pontatlan eredménnyel járhat.
2.
® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt sem N csoportú HIV-1, sem HIV-2 tartalmú mintákkal nem lett értékelve.
3.
A megbízható eredmény -feldolgozáson múlik.
4.
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt master mixben jelen lévő AmpErase enzim csökkenti az amplikonszennyezés kockázatát. Ugyanakkor a HIV-1 pozitív kontrollokból vagy klinikai mintákból származó szennyeződés csak helyes laboratóriumi gyakorlattal és ezen felhasználási útmutatóban meghatározott eljárások gondos betartásával kerülhető el.
5.
A terméket csak a PCR-technikák terén képzett személy használhatja.
6.
Ez a termék kizárólag a COBAS® AmpliPrep készülékkel és a COBAS® TaqMan® analizátorral, illetve COBAS® TaqMan® 48 analizátorral használható együtt.
7.
® ® ® Ritkán bár, de előfordulhat, hogy a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt primerei és/vagy próbái által lefedett virális genom nagyfokban konzervált régióiban lévő mutációk következtében a vírusmennyiség kevesebbnek adódik, vagy a vírus kimutatása sikertelen lesz.
8.
A HIV-1 RNS kimutatása a mintában jelen lévő víruspartikulumok jelenlététől függ, ezért befolyásolhatják a mintalevételi módszerek és betegfaktorok (azaz kor, tünetek megléte és/vagy a fertőzés stádiuma). Bár a teszt klinikai specificitása 99,3% (95% CI = 98,2–99,8%), néhány alsó mennyiségi meghatározási határ alatti hamis pozitív eredményt észleltek HIVnegatív személyek esetében.
9.
A technológiák különbözősége miatt javasolt, hogy az egyik technológiáról a másikra való áttéréskor a felhasználók végezzenek korrelációs laboratóriumi vizsgálatokat, hogy a technológiák közötti különbség számszerűsíthető legyen.
05447950001-12HU
a
megfelelő
25
mintalevételen,
-transzporton,
-tároláson
és
Doc Rev. 13.0
ZAVARÁST OKOZÓ ANYAGOK Megemelkedett trigliceridszint (3500 mg/dl alatt), bilirubin (28 mg/dl alatt), albumin (8900 mg/dl alatt), hemoglobin (900 mg/dl alatt) és humán DNS (0,4 mg/dl alatt) jelenléte a mintákban, továbbá autoimmun megbetegedések, illetve laboratóriumi markereik, pl. systemás lupus erythematosus (SLE), rheumatoid arthritis (RA) és antinukleáris antitest (ANA) igazoltan nem zavarták a HIV-1 RNS mennyiségi meghatározását, illetve nem befolyásolták a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt specificitását. A kiértékelést a CLSI EP7-A2 irányelv szerint végezték, azonos sorozatszámú COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztreagenseket használva. Az alábbi gyógyszerösszetevőket 3 alkalommal vizsgálták a plazma-csúcskoncentrációjukon (Cmax) és nem észleltek zavaró hatást a HIV-1 RNS mennyiségi meghatározása során, illetve nem befolyásolták a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt specificitását: HIV gyógyszerek: Proteáz inhibitorok Atazanavir Darunavir Fosamprenavir Lopinavir/Ritonavir Nelfinavir-mezilát Ritonavir Saquinavir Tipranavir
A reverz transzkriptáz nukleozid-analóg inhibitorai Abacavir-szulfát Didanosin, ddl Emtricitabin Lamivudin, 3TC Stavudin, 4dT Tenofovir DF Zidovudin
Integráz inhibitor Raltegravir
A reverz transzkriptáz nem nukleozidanalóg inhibitorai Efavirenz Nevirapin
Entry inhibitor Maraviroc
Fúzió inhibitor Enfuvirtid
HBV és /vagy HCV gyógyszerek: Nukleotid-analóg Adefovir dipivoxil
Nukleozid-analóg Entecavir Telbivudin
Immunmodulátorok Peginterferon alfa-2a Peginterferon alfa-2b Ribavirin Herpes vírusok kezelésére szolgáló vegyületek: Nukleotid-analóg Acyclovir
05447950001-12HU
Nukleotidszármazék Ganciclovir Valganciclovir HCl
26
Doc Rev. 13.0
NEM KLINIKAI ÉRTÉKELÉS A.
Kimutatási határ
® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt kimutatási határát az 2. nemzetközi HIV-1 RNS WHO standard, NIBSC Code 97/65041 alapján HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmában hígított HIV-1 B szubtípus vizsgálatával határozták meg. A kimutatási határt három eltérő sorozatszámú reagenssel határozták meg. Minden sorozatszám esetén három hígítási sort vizsgáltak. Koncentrációnként hozzávetőleg összesen 126 párhuzamos mintát vizsgáltak. A kiértékelést a CLSI EP17-A irányelv szerint végezték.
PROBIT analízissel végzett meghatározás szerint a 95%-nál nagyobb pozitivitási aránnyal kimutatható HIV-1 RNS-koncentráció 20 cp/ml vagy 33 IU/ml. Az egyes sorozatszámokra kapott eredmények 17,7 cp/ml (95% konfidencia intervallum: 13,7 – 26,9 cp/ml) az 1. sorozatszám esetén, 17,0 cp/ml (95% konfidencia intervallum: 14,0 – 22,6 cp/ml) a 2. sorozatszám esetén és 14,2 cp/ml (95% konfidencia intervallum: 11,2 – 22,1 cp/ml) a 3. sorozatszám esetén. A három sorozatszámú reagens összesített eredményeit a 2. táblázat mutatja. Az IU/ml és cp/ml közötti váltószámot a COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt, a COBAS® AmpliPrep/COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt és a COBAS® TaqMan® HIV-1 Test For Use With The High Pure System használatával határozták meg. 2. táblázat A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt kimutatási határa a WHO nemzetközi standard és PROBIT analízis alapján meghatározva Névleges bevitel (HIV-1 RNS IU/ml) 100 67 50 33 25 17 8 0
Névleges bevitel (HIV-1 RNS cp/ml) 60 40 30 20 15 10 5 0
Párhuzamos mérések száma
Pozitívok száma
Pozitivitási arány
126 126 100% 186 185 99% 126 125 99% 126 124 98% 59 53 90% 126 108 86% 125 66 53% 126 0 0% 27,5 IU/ml (95% konfidencia intervallum: 23,8 – 33,0 IU/ml) 16,5 cp/ml (95% konfidencia intervallum: 14,3 – 19,8 cp/ml)
PROBIT 95% találati arány
Ezen felül, HIV-1 M csoport A-H szubtípust tartalmazó sejttenyészetek felülúszóinak hígításait HIV-1negatív humán EDTA-s plazmában is vizsgálták két sorozatszámú reagenssel. Minden HIV-1 szubtípus izolátumra különböző koncentrációk mellett (10 és 75 cp/ml közötti névleges titerekben) sorozatszámonként 24 párhuzamos mérést végeztek. A sejt törzstenyészetek névleges koncentrációinak meghatározását a COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt, a VERSANT® HIV-1 RNA 3.0 Assay (bDNA) titer és az Abbott RealTime HIV-1 assay titereinek átlagolásával végezték. A találati arány analízis az összes szubtípus esetében 95%-nál nagyobb pozitivitási arány mutat 20 cp/ml vagy annál kisebb koncentráció mellett. A két sorozatszámú reagens összesített eredményeit a 3. táblázat mutatja
05447950001-12HU
27
Doc Rev. 13.0
3. táblázat ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt kimutatási határának hitelesítése a HIV-1 M csoportú A-H szubtípusok és ≥ 95% találati arány analízis segítségével
B.
Szubtípus
Izolátum megnevezése
Legalacsonyabb koncentráció ≥ 95% találati arány (cp/ml)
A
92UG029
10
A
4237A/98
20
B
92TH026
20
B
8E5/LAV
20
C
92BR025
20
C
3777A/97
11
D
92UG021
20
D
92UG035
11
CRF01_AE
92TH022
12
CRF01_AE
92TH009
14
F
93BR020
20
G
ARP173/RU570
13
H
HIV V1557
16
Pontosság
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt pontosságát a HIV-1 sejttenyészet felülúszó minta (HIV-1 B szubtípus) HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmában végzett hígítási sorainak vizsgálatával határozták meg. A sejtkultúra felülúszó (törzskoncentráció) titermeghatározását olyan módszerrel végezték, amely biztosítja az 1. nemzetközi HIV-1 RNS WHO standard, NIBSC Code 97/65636 nyomon követhetőségét. Három sorozatszámú reagenst vizsgáltak és reagensenként 15 futtatást végeztek, mindegyik 6 hígítás 3 párhuzamos mérését tartalmazta. Minden egyes minta keresztülment a teljes COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszteljáráson (minta-előkészítés, amplifikálás és detektálás). Ezért az itt közölt pontosság a vizsgálati eljárás valamennyi aspektusát reprezentálja. Az egyes sorozatszámú reagensek, valamint a három sorozatszámú reagens összesített eredményeit a 4. táblázat mutatja. 4. táblázat ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt pontossága
Titer (cp/ml)
1. tétel
2. tétel
3. tétel
Teljes log SD
Teljes log SD
Teljes log SD
0,19 0,07 0,07 0,04 0,10 0,11
0,16 0,09 0,07 0,05 0,09 0,12
0,17 0,07 0,06 0,07 0,10 0,14
1,0E+02 1,0E+03 1,0E+04 1,0E+05 1,0E+06 1,0E+07 05447950001-12HU
28
A három tétel összesített eredményei Teljes Teljes log lognormál SD CV (%) 0,17 41 0,08 20 0,07 16 0,06 15 0,10 25 0,13 33 Doc Rev. 13.0
C.
Lineáris tartomány
® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt vizsgálat eredményét lineárisnak találták a 20 (log10 = 1,30) HIV-1 RNS cp/ml és 1,0E+07 (log10 = 7,00) HIV-1 RNS cp/ml közötti tartományon. A kiértékelést a CLSI EP6-A irányelv szerint végezték, két, azonos sorozatszámú COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztreagenst és egy magasabb titerű HIV-1 RNS (+) sejtkultúra felülúszó minta hígítási sorait használva. Két sorozatszámú reagenst vizsgáltak és reagensenként 15 futtatást végeztek, mindegyik 12 hígítás 3 párhuzamos mérését tartalmazta. Egy sorozatszámú reagens eredményeit a 7. ábra mutatja.
7. ábra ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt linearitása COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, v2.0 eredmények Log10 HIV-1 RNS [cp/ml]
8 7 6
y = 1,003x - 0,043 R 2 = 0,989
5 4 3 2 1 0 1
2
3
4
5
6
7
8
Névleges koncentráció Log10 HIV-1 RNS [cp/ml]
D.
Inkluzivitás a HIV-1 M csoportra
Nukleotid divergencia alapján a HIV-1 M csoport nyolc szubtípus-kategóriáját különböztetik meg. Ezek a szubtípusok az ábécé nagybetűivel A-tól H-ig vannak jelölve40. ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt teljesítményét a HIV-1 szubtípusok tekintetében HIV-1 M csoport A-H szubtípusok sejt törzstenyészetek felülúszóinak vizsgálatával értékelték. A sejt törzstenyészetek névleges koncentrációinak meghatározását a COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt, a VERSANT® HIV-1 RNA 3.0 Assay (bDNA) titer és az Abbott RealTime HIV-1 assay titereinek átlagolásával végezték. Minden egyes sejt törzstenyészet EDTA-s plazmában hozzávetőleg 2,00E+02, 2,00E+04 és 2,00E+06 cp/ml névleges koncentrációkra lett hígítva. A koncentrációkból 10 párhuzamos mérést végeztek a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal, egy sorozatszámú reagenst használva. A középértékét log10 titereket minden koncentráció és szubtípus esetében összevetették a várható log10 névleges titerekkel.
A 8 HIV-1 szubtípus izolátum kiértékelése a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal azonos eredményt mutat a HIV-1 M csoport minden vizsgált szubtípusának esetén (lásd 8. ábra). A középérték log10 koncentráció eredmények minden szubtípusnál megfeleltek ± 0,3 log10 tartományon belül a megadott beviteli koncentrációnak.
05447950001-12HU
29
Doc Rev. 13.0
8. ábra ® ® ® COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt inkluzivitásának vizsgálata – sejttenyészet felülúszók
COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, v2.0
Középérték log10 koncentráció
névleges koncentráció
CRF01_AE HIV-1 M csoport szubtípus
E.
HIV-1 O csoport kimutatása
HIV-1 O csoportú sejttenyészet (MVP5180 izolátum) felülúszójának hígításait HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmában is vizsgálták két sorozatszámú reagenssel. Több koncentráció mellett (10 és 75 cp/ml közötti névleges titerekben) sorozatszámonként 24 párhuzamos mérést végeztek. A sejt törzstenyészet névleges koncentrációinak meghatározását az Abbott RealTime HIV-1 assay segítségével végezték. A találati arány analízis 95%-nál nagyobbnak mutatja a pozitivitási arányt 20 cp/ml koncentrációnál. A HIV-1 O csoportsejt törzstenyészet EDTA-s plazmában hozzávetőleg 2,00E+02, 2,00E+03 és 2,00E+05 cp/ml névleges koncentrációkra lett hígítva. A koncentrációkból 10 párhuzamos mérést végeztek a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal, egy sorozatszámú reagenst használva. A középérték log10 titerek minden koncentrációnál linearitást mutattak ± 0,3 log10 tartományon belül a várható log10 névleges titerrel (lásd. 9. ábra).
05447950001-12HU
30
Doc Rev. 13.0
9. ábra ® ® ® COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt inkluzivitásának vizsgálata – HIV-1 O csoport
O szubtípus linearitás (MVP5180)
Mért középérték log10 titer
7,0 6,0
y = 1,0098x - 0,3307 R 2 = 0,9999
5,0 4,0 3,0 2,0 1,0 0,0 0,0
1,0
2,0
3,0
4,0
5,0
6,0
7,0
log10 névleges titer
Ezen felül, 10 sejttenyészetet és egy, HIV-1 O csoportú hígított betegmintát (11613) vizsgáltak párhuzamosan a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és az Abbott RealTime HIV-1 assay segítségével. Mind a 11 minta pozitív eredményt mutatott a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal (lásd 5. táblázat). Mindkét vizsgálat mind a 11 minta esetében kiadta a középérték log10 titert 0,1 log10 tartományon belül.
05447950001-12HU
31
Doc Rev. 13.0
5. táblázat A HIV-1 O csoportú izolátumok felismerése ® ® a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal ®
Izolátum megnevezése
log10 titer COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt
log10 titer Abbott RealTime HIV-1 assay
BBI PRD 301, BV-5050
3,09
2,42
BBI PRD 301, BV-5051
2,86
3,35
BBI PRD 301, BV-5003
3,00
2,71
BBI PRD 301, BV-5024
2,87
2,69
MVP5180
2,78
3,25
HIV-1 CA-9
3,31
3,08
BCF01
5,71
5,61
BCF02
5,16
5,39
BCF07
4,27
4,81
BCF011
5,57
5,26
11613
2,97
2,05
Középérték log10 titer
3,78
3,69
F.
Specificitás
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt specificitását véradókból származó HIV-1-negatív EDTA-s plazmák vizsgálatával, két sorozatszámú reagenst használva határozták meg. Összesen 660 különböző EDTA-s plazmaminta adott érvényes eredményt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálattal mind negatívnak bizonyult HIV-1 RNS-re. Ezen eredmények alapján a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt specificitása 100% (egyoldali alsó 95% konfidencia limit: ≥ 99,6%). G.
Analitikai specificitás
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt analitikai specificitását tenyésztett organizmusok (vírusok, baktériumok, sarjadzógomba), illetve DNS (HTLV-2) HIV-1-negatív humán EDTA-s plazmához és 1,5E+02 cp/ml HIV-1 tartalmú HIV-1-pozitív EDTA-s plazmához 5E+04 partikulum/ml beviteli koncentrációban való hozzáadásával tesztelték (6. táblázat). A vizsgált organizmusok egyike sem mutatott keresztreakciót a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszttel. A HIV-1- pozitív minták ± 0,5 log10 tartományon belül kiadták a HIV-1pozitív kontroll titer eredményeit.
05447950001-12HU
32
Doc Rev. 13.0
6. táblázat Analitikai specificitás minták Vírus Adenovírus 5-es típus Cytomegalovírus Epstein-Barr vírus Human Herpes vírus 6 Herpes simplex vírus 1 Herpes simplex vírus 2 Humán T-sejtes lymphotrop vírus 1 Humán T-sejtes lymphotrop vírus 2 Influenza A Hepatitis A vírus Hepatitis B vírus Hepatitis C vírus
H.
Baktérium Staphylococcus aureus Propionibacterium acnes
Sarjadzógomba Candida albicans
Módszerkorreláció
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt vizsgálatot összehasonlították a COBAS® AmpliPrep/COBAS® AMPLICOR® HIV-1 MONITOR Teszt, v1.5, a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt és az Abbott RealTime HIV-1 assay vizsgálatokkal, 92 tervezetten levett, hígítatlan HIV-1-pozitív klinikai minta, és 34 hígított sejttenyészet felülúszó analízise segítségével. A minták vegyesen tartalmaztak M csoportba tartozó HIV-1 szubtípusokat A-tól H-ig, valamint a vírus cirkuláló rekombináns formáit, és két vizsgálati helyen kerültek analízisre. Összesen 126 mintát teszteltek a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt dinamikus tartományán a négy vizsgálattal. Csak két vizsgálat összehasonlításában, mindkét lineáris tartományon érvényes titerpárokat vettek be a Deming-regresszióanalízisbe (lásd 10-12. ábrák). 10. ábra Korreláció a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® AMPLICOR® HIV-1 MONITOR v1.5 teszt között log10 (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, v2.0 konc.)
7
y = 0,874x + 0,609 R 2 = 0,875
6
5
4
3
2
1
0 0
1
2
3
4
5
6
7
log10 (COBAS® AmpliPrep/COBAS® AMPLICOR® HIV-1 MONITOR Test, v1.5 konc.)
05447950001-12HU
33
Doc Rev. 13.0
log10 (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, v2.0 konc.)
11. ábra ® ® ® Korreláció a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt és ® a COBAS AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt között 7
y = 1,008x + 0,213 R2 = 0,936
6 5 4 3 2 1 0 0
1
2
3
4
5
6
7
log10 (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test konc.)
log10 (COBAS ® AmpliPrep/COBAS ® TaqMan ® HIV-1 Test, v2.0 konc.)
12. ábra Korreláció a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és az Abbott RealTime HIV-1 assay között 7
y = 0,976x + 0,209
6
R2 = 0,930
5 4 3 2 1 0
0
1
2
3
4
5
6
7
log10 (Abbott RealTime HIV-1 assay konc.)
05447950001-12HU
34
Doc Rev. 13.0
KLINIKAI ALKALMAZÁS ÉRTÉKELÉSE Reprodukálhatóság ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt reprodukálhatóságának értékelését EDTA-plazmában végezték 2 különféle munkafolyamat alapján (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® analizátorrendszer és COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® 48 analizátorrendszer). A vizsgálatot határozottan jellemző HIV-1 M csoportú, B altípusú vírustörzskultúrából, valamint HIV-1 RNS és HIV-1/2 antitestekre negatív EDTA-plazmából összeállított panelekkel végezték. A panel lefedte a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt dinamikus tartományát, valamint az USA egészségügyi minisztériuma és humán szolgálata által kibocsátott, az antiretrovirális szerek HIV-1-fertőzött felnőttek és serdülők esetében történő alkalmazásáról szóló13, a rendeltetéshez szükséges fontosabb orvosi döntési pontokat szabályozó 2008. évi irányelvének. A vizsgálat a teljes pontossági varianciához hozzájáruló kulcstényezők – tételszám, helyszín/készülék, kezelő, nap/futtatás és egy futtatáson belüli értékek – megállapítását célozta. A két munkafolyamat teljesítményjellemzőinek és pontosságbeli szórásának összevetésére további elemzéseket végeztek. Három színhelyen 2–2 kezelő 5 napos tesztelést végzett a 3 reagenskészlet mindegyikével mindkét munkafolyamat szerint. Minden futtatás egy kontrollkészletet (1 magas pozitív, 1 alacsony pozitív és 1 negatív), valamint egy 7 tagú panelt tesztelt háromszorosan (21 mintaeredmény) COBAS® AmpliPrep készülékkel. Az előkészített mintákat és kontrollokat amplifikálták és kiértékelték ® ® ® ® a COBAS TaqMan , illetve a COBAS TaqMan 48 analizátorral. A reprodukálhatóságot PROC MIXED és log10-transzformált eredmények alapján egy véletlenhatás-modellel vizsgálták a következő tényezőkkel: (a) tételszám; (b) helyszín/készülék; (c) a helyszínhez/készülékhez tartozó kezelő; (d) a tételszámhoz, helyszínhez/készülékhez, illetve kezelőhöz tartozó nap/futtatás; valamint (e) az egy futtatáson belüli részeredmények. Kiszámították az egyes tényezők okozta szóródási százalékot és a log10-transzformált HIV-1 RNS-koncentráció variációs koefficiensét. Csak a méréstartományba eső (2,00E+1–1,00E+7 cp/ml) adatokat vették figyelembe. A 7. táblázatban a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® analizátorrendszer adatainak varianciaanalíziséből kapott összesített pontossági variancia és összesített pontossági szórás látható. Általánosságban elmondható, hogy az egy futtatáson belüli tényező más tényezőknél nagyobb mértékben hatott a szórásra. 7. táblázat Az összes variancia, összes pontossági szórás és a HIV-1 RNS-koncentráció lognormális CV (log10 cp/ml) százalékos aránya a méréstartományba eső tesztek alapján HIV-1 RNS-koncentráció (log10 cp/ml) Várt
Az összes variancia százalékos aránya (%)
Érvényes Észlelt Hely/ tesztek Tétel (átlagos) készülék száma¹
Vizsgáló
Összes pontosság
Egy Szórás Nap/ futtatáson (lognormális futtatás belüli %CV)
1,699
1,832
270
5%
2%
0%
8%
85%
2,602
2,676
275
6%
1%
0%
17%
77%
0,20 (48%) 0,11 (25%)
3,000
3,067
274
16%
0%
4%
12%
69%
0,10 (24%)
3,699
3,822
273
20%
6%
0%
17%
57%
0,10 (23%)
4,699
4,746
273
27%
0%
0%
14%
59%
0,07 (17%)
5,699
5,644
274
33%
10%
0%
19%
38%
0,10 (23%)
6,699
6,751
259
27%
14%
0%
20%
39%
0,12 (27%)
Megjegyzés: A 20 cp/ml–1,00E+7 cp/ml (1,30 log10 cp/ml–7,00 log10 cp/ml) eredmények esnek a méréstartomány zárt intervallumába. ¹ Méréstartományon belüli tesztek száma A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® 48 rendszer munkafolyamatából származó eredményeket a 8. táblázat foglalja össze. Általánosságban elmondható, hogy az egy futtatáson belüli tényező a legmagasabb titereredményű paneltag kivételével más tényezőknél nagyobb mértékben hatott a szórásra. 05447950001-12HU
35
Doc Rev. 13.0
8. táblázat Az összes variancia, összes pontossági szórás és a HIV-1 RNS-koncentráció lognormális CV (log10 cp/ml) százalékos aránya a méréstartományba eső tesztek alapján HIV-1 RNS-koncentráció (log10 cp/ml)
Az összes variancia százalékos aránya (%)
Összes pontosság
Érvényes Egy Szórás Hely/ Nap/ tesztek Tétel futtatáson (lognormális Vizsgáló készülék futtatás száma¹ belüli %CV)
Várt
Észlelt (átlagos)
1,699
1,804
266
7%
2%
0%
2%
89%
0,21 (52%)
2,602
2,672
273
26%
0%
2%
5%
68%
0,10 (24%)
3,000
3,048
272
17%
0%
0%
6%
77%
0,09 (21%)
3,699
3,814
271
39%
0%
2%
13%
46%
0,08 (19%)
4,699
4,756
272
30%
0%
0%
10%
61%
0,07 (16%)
5,699
5,647
272
35%
0%
6%
16%
43%
0,11 (25%)
6,699
6,727
269
45%
0%
4%
13%
38%
0,11 (26%)
Megjegyzés: A 20 cp/ml–1,00E+7 cp/ml (1,30 log10 cp/ml–7,00 log10 cp/ml) eredmények esnek a méréstartomány zárt intervallumába. ¹ Méréstartományon belüli tesztek száma A 13. ábrán látható eredmények az összes pontossági szórás grafikonját alkotják a megfelelő mintegy 95%-os konfidenciaintervallumnál az átlagos log10 HIV-1 RNS-koncentráció függvényében. Az eredmények szerint a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® (CAP/CTM) és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® 48 (CAP/CTM48) rendszerkonfigurációk hasonló pontosságúak. 13. ábra Összes pontossági szórás (mintegy 95% CI mellett) az átlagos HIV-1 RNS-koncentráció függvényében
Összes pontossági szórás
0,3
Platform:
0,2
0,1
0,0 0.0 1
2
3
4
5
6
7
Átlagos HIV-1 RNS-koncentráció (log10 cp/ml) Megjegyzés:
05447950001-12HU
Az összes pontossági szórás mintegy 95%-os CI értékét az összes pontossági variancia 95%-os CI-határainak négyzetgyökéből számítottuk ki.
36
Doc Rev. 13.0
Klinikai érzékenység, specificitás és a módszerek összehasonlítása Vizsgálati módszer ® ® ® A vizsgálat elsődleges célja a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt klinikai specificitásának és érzékenységének meghatározása volt HIV-negatív és HIV-1-pozitív alanyok mintái alapján. Mindkét vizsgálatban egyaránt teszteltek friss (sosem fagyasztott) és fagyasztott EDTA-s plazmamintákat. A másodlagos cél a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt, valamint az FDA által jóváhagyott COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt és COBAS® AMPLICOR v1.5 HIV-1 MONITOR teszt eredményeinek összehasonlítása, valamint a pozitív megfelelési arány és negatív megfelelési arány értékelése volt.
A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai specificitását HIV-1/2 antitestekre negatív donoroktól gyűjtött 148 friss (sosem fagyasztott) és 418 fagyasztott vérminta alapján vizsgálták. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai érzékenységét HIV-1 fertőzött alanyoktól vett 117 friss és 301 fagyasztott EDTA-plazmás minta alapján vizsgálták (a fagyasztott mintákat véletlenszerűen osztották szét a vizsgálati helyszínek között CD4sejtszámkategóriánként). A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt eredményeit összehasonlították a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt és a COBAS® AMPLICOR v1.5 HIV-1 MONITOR teszt eredményeivel. A 3 helyszín mindegyikén 1 COBAS® AmpliPrep/ COBAS® TaqMan® rendszerrel végezték a vizsgálatot. Három COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt reagenstételt használtak. Statisztikai módszerek HIV-negatív és HIV-1-pozitív alanyok friss és fagyasztott mintáit vizsgálták COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztekkel, COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 tesztekkel és COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR tesztekkel. A HIV-negatív alanyokat abban az esetben értékelték statisztikai analízissel a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 ® ® ® HIV-1 teszt specificitási vizsgálatában, ha érvényes COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt teszteredményt produkáltak. A HIV-1-pozitív alanyokat abban az esetben értékelték ® ® ® statisztikai analízissel a COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt érzékenységi vizsgálatában, ha érvényes COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt teszteredményt produkáltak, valamint ha a teszt lineáris tartományába eső, érvényes COBAS® AmpliPrep/COBAS® ® TaqMan HIV-1 teszteredményt produkáltak. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai specificitását a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztben „Target Not Detected” eredményt produkáló, értékelhető HIV-negatív alanyok százalékaként számították ki. A kapcsolódó pontosan 95%-os konfidenciaintervallumot (CI) is biztosították. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai érzékenységét a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztben észlelhető HIV-1 vírusszintet produkáló, értékelhető HIV-1-pozitív alanyok százalékaként számították ki. A kapcsolódó pontosan 95%-os konfidenciaintervallumot (CI) is biztosították. A módszerek összehasonlításánál a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt eredményeit elkülönítve értékelték mindkét összehasonlítandó platformtól (COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt és COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt). A pozitív és negatív megfelelési arányt a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és az egyes összehasonlítandó platformok eredményeiből számították. A mind a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt, mind a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt lineáris tartományába eső eredményt produkáló HIV-1-pozitív alanyok párba állított mintáit szóródási képpel hasonlították össze és Deming-regresszióval elemezték. Eredmények A klinikai specificitási és érzékenységi analízisben összesen 566 értékelhető HIV-negatív és 418 HIV-1-pozitív alany mintája vett részt. A minták közül mintegy 75% volt fagyasztott és 25% friss. Az egyes típusok konkrét megoszlását a 9. táblázat foglalja össze.
05447950001-12HU
37
Doc Rev. 13.0
9. táblázat Értékelhető HIV-1-negatív és -pozitív alanyok mintatípus szerinti megoszlása Mintatípus
HIV-negatív minták
HIV-1-pozitív minták
Friss
148 (26,1%)
117 (28,0%)
Fagyasztott
418 (73,9%)
301 (72,0%)
566
418
Összes
A 418 értékelhető HIV-1-pozitív minta demográfiai megoszlását a 10. táblázat foglalja össze. Az alanyok CD4-sejtszámértéke közel egyenlően oszlott meg a CD4-sejtszámkategóriák között (< 200, 200–500, > 500 sejt/µl). A legtöbb alany férfi volt (74,2%) és 30–49 éves (72,5%). Az etnikai megoszlás hasonló volt, mint a USA HIV-1-pozitív populációjának megoszlása32. 10. táblázat Az értékelhető HIV-1-pozitív alanyok demográfiai tulajdonságai Demográfiai tulajdonságok Összesen
CD4-sejtszám (sejt/µl)
Mintatípus
Kategória
418
< 200
130 (31,1%)
200–500
152 (36,4%)
> 500
136 (32,5%)
Friss
117 (28,0%)
Fagyasztott
301 (72,0%)
Nem
Életkor
Etnikum
Férfi
310 (74,2%)
Nő
108 (25,8%)
18–29
23 (5,5%)
30–39
100 (23,9%)
40–49
203 (48,6%)
50–59
74 (17,7%)
≥ 60
18 (4,3%)
Fehér bőrű
129 (30,9%)
Latin-amerikai
46 (11,0%)
Fekete
223 (53,3%)
Ázsiai / óceániai
3 (0,7%)
Egyéb
17 (4,1%)
Antiretrovirális gyógyszert szed
05447950001-12HU
HIV-1-pozitív alanyok
Összes
38
Igen
240 (57,4%)
Nem
178 (42,6%)
Doc Rev. 13.0
® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt specificitása (11. táblázat) 99,3% volt (562/566; 95% CI = 98,2% és 99,8% között), 4 db hamis pozitív besorolású mintával. Három minta esetén jelentették, hogy nem érte el a 20 cp/ml értéket, a vizsgálat alsó mennyiségi meghatározási határát. A vizsgált 566 mintából a maradék egy minta a lineáris tartományon belülre esett, de nagyon alacsony titerértékű volt (28,8 cp/ml). A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai specificitása hasonló volt a friss mintáknál (99,3% [147/148; 95% CI = 96,3% és 100% között]) és a fagyasztott mintáknál (99,3% [415/418; 95% CI = 97,9% és 99,9% között]).
11. táblázat A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai specificitása CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt Alanycsoport HIV-negatív ®
Pozitív 4 (0,7%) ®
Negatív
Összes N
Klinikai specificitás (95% pontos CI)
562 (99,3%)
566
99,3% (98,2%, 99,8%)
®
A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt klinikai érzékenységét a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 tesztben pozitív eredményt produkáló, értékelhető HIV-1pozitív alanyok százalékaként határoztuk meg a 12. táblázatban látható módon. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai érzékenysége 100% volt (418/418; 95% CI = 99,1% és 100% között). A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt eredménye egyetlen alany esetében sem lett hamis negatív. A klinikai érzékenységet olyan alanyokon vizsgálták, akik nemük, életkoruk, etnikumuk és antiretrovirális kezelésük szerint29 a HIV-betegek USA-beli megoszlását tükrözték. A teszt a fenti demográfiai tényezőktől, a CD4-sejtszámtól és a minta típusától (friss vagy fagyasztott) függetlenül 100% klinikai érzékenységet produkált. 12. táblázat A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt klinikai érzékenysége CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt Alanycsoport HIV-1-pozitív
Pozitív
Negatív
Összes N
Klinikai érzékenység (95% pontos CI)
418 (100,0%)
0 (0,0%)
418
100,0% (99,1%, 100,0%)
Klinikai módszerek összehasonlítása A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt összehasonlítása A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt eredményeinek összehasonlítása 950 analízisre alkalmas alany esetében a 13. táblázatban látható. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt pozitív megfelelési aránya a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt eredményeivel 99,5% volt (427/429; 95% CI = 98,3% és 99,9% között). A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt negatív megfelelési aránya a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt eredményeivel 98,1% volt (511/521; 95% CI = 96,5% és 99,1% között). 10 minta esetén fordult elő, hogy a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt pozitív, míg a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt negatív eredményt adott. Három minta titerértéke maradt a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt alsó mennyiségi meghatározási határa alatt, aminek legvalószínűbb oka a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt nagyobb érzékenysége. A klinikai specificitási analízis szerint három HIV-negatív alanytól származó minta produkált hamis pozitív eredményt a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt szerint, amelyek ebben az esetben is az alsó mennyiségi meghatározási határ alatt voltak. Négy minta produkált 24,9 és 158 cp/ml közötti titerértéket, aminek oka minden bizonnyal az az ismert variancia, amely az alacsonyabb titermennyiségek meghatározásánál tapasztalható. 05447950001-12HU
39
Doc Rev. 13.0
13. táblázat A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt ® és a COBAS AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt összehasonlítása
CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt
CAP/CTM HIV-1 teszt Pozitív
Negatív
Összes
Pozitív
427
10
437
Negatív
2
511
513
Összes
429
521
950
Pozitív megfelelési arány (95% pontos CI)
99,5% (98,3%, 99,9%)
Negatív megfelelési arány (95% pontos CI)
98,1% (96,5%, 99,1%)
CI = konfidenciaintervallum; CAP/CTM HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan HIV-1 teszt; CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan v2.0 HIV-1 teszt. Megjegyzés: Ebben az összefoglaló táblázatban a CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt és a CAP/CTM HIV-1 teszt szerint egyaránt érvényes eredményt produkáló HIV-negatív és HIV-1-pozitív alanyok szerepelnek. Összesen 417 párosított HIV-1-pozitív minta adott mindkét vizsgálatban a lineáris tartományba eső eredményt, és volt értékelhető a módszer-összehasonlító analízisben. A COBAS® AmpliPrep/ COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt közötti különbséghez tartozó átlagos párosított különbség és 95% CI érték a 14. táblázatban látható. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt magasabb titerértékeket eredményezett, mint a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt, kivéve a magas tartományt (> 5 log10 cp/ml) és az alacsony tartományt (< 2 log10 cp/ml), ahol alacsonyabb titerértékeket eredményezett (14. ábra). Az összesített rendszerszintű eltérés közelítő értéke 0,2591 log10 cp/ml. 14. táblázat A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt ® és a COBAS AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt közötti eltérésre vonatkozó átlagos párosított különbség és 95% CI A mindkét vizsgálatban lineáris tartományba eső, párosított HIV-1-pozitív minták száma = 417 Átlagos különbség (log10 cp/ml)
Standard hiba
95% CI
0,2591
0,0122
(0,235; 0,283)
CI = konfidenciaintervallum; CAP/CTM HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan HIV-1 teszt; CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan v2.0 HIV-1 teszt. Megjegyzés: Ebben az összefoglaló táblázatban a CAP/CTM HIV-1 teszt és a CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt szerint egyaránt érvényes és a lineáris tartományba eső eredményt adó HIV-1-pozitív alanyok szerepelnek. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt közötti Deming regressziós analízisnek a mindkét vizsgálatnál lineáris tartományba eső, párosított HIV-1-pozitív mintákra vonatkozó eredményeit a 15. táblázat tartalmazza táblázatos és a 14. ábra grafikus formában (az ábrán a szaggatott vonalak a két tesztmódszer közti tökéletes megfelelést jelzik, tehát ahol y = x).
05447950001-12HU
40
Doc Rev. 13.0
15. táblázat A CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt és a CAP/CTM HIV-1 teszt közötti Deming regressziós analízis közelítő paraméterei A mindkét vizsgálatban lineáris tartományba eső, párosított HIV-1-pozitív minták száma = 417 Paraméter
Közelítő paraméter log10 cp/ml
Standard hiba
95% CI
r²
Ordinátametszet
0,3871
0,0488
(0,291; 0,483)
0,9375
Meredekség
0,9669
0,0122
(0,943; 0,991)
CI = konfidenciaintervallum; CAP/CTM HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan HIV-1 teszt; CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan v2.0 HIV-1 teszt. Megjegyzés: Ebben az összefoglaló táblázatban a CAP/CTM HIV-1 teszt és a CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt szerint egyaránt érvényes és a lineáris tartományba eső eredményt adó HIV-1-pozitív alanyok szerepelnek.
CAP/CTM HIV-1 v2.0 teszteredmény (log10 cp/ml)
14. ábra A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt közötti Deming regressziós analízis
A Deming-regresszió sorának képlete: Y = 0,9669X + 0,3871 A mindkét vizsgálatban lineáris tartományba eső, párosított HIV-1-pozitív minták száma = 417
CAP/CTM HIV-1 teszteredmény (log10 cp/ml)
05447950001-12HU
41
Doc Rev. 13.0
® ® ® ® ® A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS AMPLICOR v1.5 HIV-1 MONITOR teszt összehasonlítása
A 16. táblázat a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a CA v1.5 HIV-1 MONITOR teszt eredményeit hasonlítja össze 991 analízisre alkalmas alany esetén. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt COBAS® AMPLICOR (CA) v1.5 HIV-1 MONITOR teszt szerinti pozitív megfelelési aránya 100% volt (419/419; 95% CI = 99,1% és 100% között). A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt szerinti negatív megfelelési aránya 97,4% volt (557/572; 95% CI = 95,7% és 98,5% ® ® ® ® között). A COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan v2.0 HIV-1 teszt szerint pozitív, de a COBAS AMPLICOR v1.5 HIV-1 MONITOR teszt szerint negatív 15 minta közül 4 produkált hamis pozitív COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszteredményt a klinikai specificitási analízis által meghatározott HIV-negatív alanyok esetén, amelyek ebben az esetben is az alsó mennyiségi meghatározási határ alatt voltak. A többi 11 minta olyan HIV-1-pozitív alanyoktól származott, akiknél a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt eredményei az alsó mennyiségi meghatározási határ alatti értéktől 223 cp/ml értékig terjedtek, és ezért produkáltak negatív COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszteredményt. 16. táblázat A CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt és COBAS AMPLICOR v1.5 HIV-1 MONITOR teszt összehasonlítása
CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt
CA v1.5 HIV-1 MONITOR teszt Pozitív
Negatív
Összes
Pozitív
419
15
434
Negatív
0
557
557
Összes
419
572
991
Pozitív megfelelési arány (95% pontos CI)
100,0% (99,1%, 100,0%)
Negatív megfelelési arány (95% pontos CI)
97,4% (95,7%, 98,5%)
CI = konfidenciaintervallum; CAP/CTM HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan HIV-1 teszt; CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt = COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan v2.0 HIV-1 teszt. Megjegyzés: Ebben az összefoglaló táblázatban a CAP/CTM v2.0 HIV-1 teszt és a CA v1.5 HIV-1 MONITOR teszt szerint egyaránt érvényes eredményt produkáló HIV-negatív és HIV-1-pozitív alanyok szerepelnek. Következtetés A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt és a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt a mennyiségi analízis (r2 = 0,9375) és a konkordanciaanalízis (pozitív megfelelési arány = 99,5%; negatív megfelelési arány = 98,1%) szerint egyaránt magas szintű megfelelést mutat. Összességében a klinikai mintákat mennyiségileg 0,2591 log10 cp/ml értékkel jobban meghatározza, mint a COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 teszt, ugyanakkor a magas tartományban (> 5 log10 cp/ml) és az alacsony tartományban (< 2 log10 cp/ml) gyengébb a mennyiségmeghatározó képessége. A COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® v2.0 HIV-1 teszt a konkordanciaanalízis szerint szintén nagy mértékben megfelel a COBAS® AMPLICOR® v1.5 HIV-1 MONITOR teszt eredményeinek (pozitív megfelelési arány = 100,0%; negatív megfelelési arány = 97,4%). Ezek a vizsgálati eredmények alátámasztják a teszt rendeltetési céljára való alkalmasságát, azaz hogy a HIV-1-fertőzött páciensek esetében jelezze a betegség előrehaladását, illetve lehetővé tegye az antiretrovirális kezelés felügyeletét. 05447950001-12HU
42
Doc Rev. 13.0
HIVATKOZÁSOK 1.
Barre-Sinoussi, F., Chermann, J.C., Rey, F., Nugeyre, M.T., Chamaret, S., Gruest, J., Dauguet, C., Axler-Blin, C., Vezinet-Brun, F., Rouzioux, C., Rozenbaum, W., Montagnier, L. 1983. Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS). Science 220:868-871.
2.
Popovic, M., Sarngadharan, M.G., Read, E., Gallo, R.C. 1984. Detection, isolation, and continuous production of cytopathic retroviruses (HTLV-III) from patients with AIDS and preAIDS. Science 224:497-500.
3.
Gallo, R.C., Salahuddin, S.Z., Popovic, M., Shearer, G.M., Kaplan, M., Haynes, B.F., Palker, T.J., Redfield, R., Oleske, J., Safai, B., White, G., Foster, P., Markham, P.D. 1984. Frequent detection and isolation of cytopathic retroviruses (HTLV-III) from patients with AIDS and at risk for AIDS. Science 224:500-503.
4.
Curran, J.W., Jaffe, H.W., Hardy, A.M., Morgan, W.M., Selik, R.M., Dondero, T.J. 1988. Epidemiology of HIV Infection and AIDS in the United States. Science 239:610-616.
5.
Gaines, H., von Sydow, M.A., von Stedingk, L.V. 1990. Immunological changes in primary HIV-1 infection. AIDS 4:995-999.
6.
Tindall, B., and Cooper, D.A. 1991. Primary HIV-1 infection: host responses and intervention strategies. AIDS 5:1-14.
7.
Daar, E.S., Moudgil, T, Meyer. R.D., Ho, D.D. 1991. Transient high levels of viremia in patients with primary human immunodeficiency virus type 1 infection. New England Journal of Medicine 324:961-964.
8.
Clark, S.J., Saag, M.S., Decker, W.D. 1991. High titers of cytopathic virus in plasma of patients with symptomatic primary HIV-1 infection. New England Journal of Medicine 324:954-960.
9.
Albert J., Abrahamsson B., Nagy K., Aurelius E., Gaines H., Nystrom G., Fenyo E.M. 1990. Rapid development of isolate-specific neutralizing antibodies after primary HIV-1 infection and consequent emergence of virus variants which resist neutralization by autologous sera. AIDS 4:107-112.
10.
Horsburgh, C.R. Jr., Ou, C.Y., Jason, J., Holmberg, S.D., Longini, I.M. Jr., Schable, C., Mayer, K.H., Lifson, A.R., Schochetman, G., Ward, J.W, et al. 1989. Duration of human immunodeficiency virus infection before detection of antibody. Lancet 16:637-640.
11.
Schnittman, S.M., Psallidopoulos, M.C., Lane, H.C., Thompson, L., Baseler, M., Massari, F., Fox, C.H., Salzman, N.P., Fauci, A.S. 1989. The reservoir for HIV-1 in human peripheral blood is a T cell that maintains expression of CD4. Science 245:305-308. Erratum in: Science 1989 245, preceding 694.
12.
Schnittman, S.M., Greenhouse, J.J., Psallidopoulos, M.C., Baseler, M., Salzman, N.P., Fauci, A.S., Lane, H.C. 1990. Increasing viral burden in CD4+ T cells from patients with human immunodeficiency virus (HIV) infection reflects rapidly progressive immunosuppression and clinical disease. Annals of Internal Medicine 113:438-443.
13.
Pantaleo, G., Graziosi, C., Fauci, A.S. 1993. New concepts in the immunopathogenesis of human immunodeficiency virus (HIV) infection. New England Journal of Medicine 328:327-335.
14.
Piatak, M. Jr., Saag, M.S., Yang, L.C., Clark, S.J., Kappes, J.C., Luk, K.C., Hahn, B.H., Shaw, G.M., Lifson, J.D. 1993. High levels of HIV-1 in plasma during all stages of infection determined by competitive PCR. Science 259:1749-1754.
15.
Fauci, A.S., Schnittman, S.M., Poli, G., Koenig, S., Pantaleo, G. 1991. NIH conference: immunopathogenic mechanisms in human immunodeficiency virus (HIV) infection. Annals of Internal Medicine 114:678-693.
16.
Coffin, J.M. 1995. HIV-1 population dynamics in vivo: Implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy. Science 267:483-489.
05447950001-12HU
43
Doc Rev. 13.0
17.
Ho, D.D., Neumann, A.U., Perelson, A.S., Chen, W., Leonard, J.M., Markowitz, M. 1995. Rapid turnover of plasma virions and CD4 lymphocytes in HIV-1 infection. Nature 373:123-126.
18.
Wei, X., Ghosh, S.K., Taylor, M.E., Johnson, V.A., Emini, E.A., Deutsch, P., Lifson, J.D., Bonhoeffer, S., Nowak, M.A., Hahn, B.H., et al. 1995. Viral dynamics in human immunodeficiency virus type 1 infection. Nature 373:117-122.
19.
O'Brien, W.A., Hartigan, P.M., Martin, D., Esinhart, J., Hill, A., Benoit, S., Rubin, M., Simberkoff, M.S., Hamilton, J.D. 1996. Changes in plasma HIV-1 RNA and CD4 lymphocyte counts and the risk of progression to AIDS. Veterans Affairs Cooperative Study Group on AIDS. New England Journal of Medicine 334:426-431.
20.
Welles, S.L., Jackson, J.B., Yen-Lieberman, B., Demeter, L., Japour, A.J., Smeaton, L.M., Johnson, V.A., Kuritzkes, D.R., D'Aquila, R.T., Reichelderfer, P.A., Richman, D.D., Reichman, R., Fischl, M., Dolin, R., Coombs, R.W., Kahn, J.O., McLaren, C., Todd, J., Kwok, S., Crumpacker, C.S. 1996. Prognostic value of plasma Human Immunodeficiency Virus Type I (HIV-1) RNA levels in patients with advanced HIV-1 disease and with little or no zidovudine therapy. AIDS Clinical Trials Group Protocol 116A/116B/117 Team. Journal of Infectious Diseases 174:696-703.
21.
Coombs, R.W., Welles, S.L., Hooper, C., Reichelderfer, P.S., D'Aquila, R.T., Japour, A.J., Johnson, V.A., Kuritzkes, D.R., Richman, D.D., Kwok, S., Todd, J., Jackson, J.B., DeGruttola, V., Crumpacker, C.S., Kahn, J. 1996. Association of plasma Human Immunodeficiency Virus Type I RNA level with risk of clinical progression in patients with advanced infection. AIDS Clinical Trials Group (ACTG) 116B/117 Study Team. ACTG Virology Committee Resistance and HIV-1 RNA Working Groups. Journal of Infectious Diseases 174:704-712.
22.
Hammer, S., Crumpacker, C., D'Aquila, R., Jackson, B., Lathey, J., Livnat, D., Reichelderfer, P. 1993. Use of virologic assays for detection of human immunodeficiency virus in clinical trials: Recommendations of the AIDS Clinical Trials Group Virology Committee. Journal of Clinical Microbiology 31:2557-2564.
23.
Schochetman, G., George, J.R., ed. AIDS testing: a comprehensive guide to technical, medical, social, legal and management issues. 2nd ed. New York: Springer-Verlag, 1994.
24.
Mulder, J., McKinney, N., Christopherson, C., Sninsky, J., Greenfield, L., Kwok, S. 1994. Rapid and simple PCR assay for quantitation of human immunodeficiency virus type 1 RNA in plasma: Application to acute retroviral infection. Journal of Clinical Microbiology 32:292-300.
25.
Dewar, R.L., Highbarger, H.C., Sarmiento, M.D., Todd, J.A., Vasudevachari, M.B., Davey, R.T. Jr., Kovacs, J.A., Salzman, N.P., Lane, H.C., Urdea, M.S. 1994. Application of branched DNA signal amplification to monitor human immunodeficiency virus type 1 burden in human plasma. Journal of Infectious Diseases 170:1172-1179.
26.
van Gemen, B., Kievits, T., Schukkink, R., van Strijp, D., Malek, L.T., Sooknanan, R., Huisman, H.G., Lens, P. 1993. Quantification of HIV-1 RNA in plasma using NASBA during HIV-1 primary infection. Journal of Virological Methods 43:177-187.
27.
Saiki, R.K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K.B., Horn, G.T., Erlich, H.A., Arnheim, N. 1985. Enzymatic amplification of b-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of Sickle Cell Anemia. Science 230:1350-1354.
28.
Saiki, R.K., Gelfand, D.H., Stoffel, S., Scharf, S.J., Higuchi, R., Horn, G.T., Mullis, K.B., Erlich, H.A. 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. Science 239:487-491.
29.
Mullis, K.B., Faloona, F.A. 1987. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology 155:335-350.
30.
Q. Meng, C. Wong, A. Rangachari, S. Tamatsukuri, M. Sasaki, E. Fiss, L. Cheng, T. Ramankutty, D. Clarke, H. Yawata, Y. Sakakura, T. Hirose, and C. Impraim. 2001. Automated Multiplex Assay System for Simultaneous Detection of Hepatitis B Virus DNA, Hepatitis C Virus RNA, and Human Immunodeficiency Virus Type 1 RNA. Journal of Clinical Microbiology 39 (8):2937-2945.
05447950001-12HU
44
Doc Rev. 13.0
31.
Smith, E.S., Li, A.K., Wang, A.M., Gelfand, D.H., Myers, T.M. 2003. Amplification of RNA: High-Temperature Reverse Transcription and DNA Amplification with a Magnesium-Activated Thermostable DNA Polymerase. In PCR Primer: A Laboratory Manual, 2nd Edition, Dieffenbach C.W. and Dveksler G.S., Eds. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, pp. 211-219.
32.
Kwok, S., Sninsky, J.J. 1993. PCR detection of human immunodeficiency virus type 1 proviral DNA sequences. In: Diagnostic Molecular Biology: Principles and Applications. eds. Persing, D.H., Smith, T.F., Smith, F.C., et al. ASM, Washington, D.C.
33.
Longo, M.C., Berninger, M.S., Hartley, J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene 93:125-128.
34.
Higuchi, R., Dollinger, G., Walsh, P.S., Griffith, R. 1992. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology (N Y). 10:413-417.
35.
Heid, C.A., Stevens, J., Livak, J.K., Williams, P.M. 1996. Real time quantitative PCR. Genome Research 6:986-994.
36.
Holmes, H., Davis, C., Heath, A., Hewlett, I. and Lelie, N. 2001. An international collaborative study to establish the 1st international standard for HIV-1 RNA for use in nucleic acid-based techniques. Journal of Virological Methods 92:141-150.
37.
Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. eds. 1999. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. HHS Publication Number (CDC) 93-8395.
38.
Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections. Approved Guideline-Third Edition. CLSI Document M29-A3 Wayne, PA:CLSI, 2005.
39.
International Air Transport Association. Dangerous Goods Regulations, 41st Edition. 2000. 704 pp.
40.
Robertson DL, Anderson JP, Bradac JA, Carr JK, Foley B, Funkhouser RK, Gao F, Hahn BH, Kalish ML, Kuiken C, Learn GH, Leitner T, McCutchan F, Osmanov S, Peeters M, Pieniazek D, Salminen M, Sharp PM, Wolinsky S, and Korber B: HIV-1 Nomenclature proposal: A reference guide to HIV-1 classification. In: Human Retroviruses and AIDS 1999: A Compilation and Analysis of Nucleic Acid and Amino Acid Sequences (Kuiken C, Foley B, Hahn B, Korber B, McCutchan F, Marx PA, Mellors JW, Mullins JI, Sodroski J, and Wolinsky S, eds.). Theoretical Biology and Biophysics Group, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico, 1999, pp. 492-505.
41.
Davis, C., Berry, N., Heath, A. and Holmes, H. 2008. An international collaborative study to establish a replacement World Health Organization International Standard for human immunodeficiency virus 1 RNA nucleic acid assays. Vox Sanguinis 95: 218-225.
05447950001-12HU
45
Doc Rev. 13.0
Dokumentum verzióinformációi Doc Rev. 11.0 06/2014
„Veszélyes a környezetre” jelzés eltávolítva. A „Minden jog fenntartva” felirat eltávolítva a szerzői jogi nyilatkozatból. A használati utasítás végén frissítve lettek a harmonizált szimbólumoldal leírásai. Esetleges kérdésével forduljon a Roche helyi képviselőjéhez.
Doc Rev. 12.0 03/2015
Eltávolítottuk a veszély szimbólumokat, kulcsszavakat és kódokat a REAGENSEK részből. GTIN szimbólum és leírás hozzáadása a harmonizált szimbólumoldalon. A védjegyeket és szabadalmakat tartalmazó részt frissítettük, most már csak internetes hivatkozást tartalmaz. Esetleges kérdésével forduljon a Roche helyi képviselőjéhez.
Doc Rev. 13.0 06/2015
Frissített AMPLILINK verziók, kézikönyvek, terminológia és operációs rendszer. Esetleges kérdésével forduljon a Roche helyi képviselőjéhez.
05447950001-12HU
46
Doc Rev. 13.0
Roche Molecular Systems, Inc. 1080 US Highway 202 South Branchburg, NJ 08876 USA
Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 6343 Rotkreuz, Switzerland
Roche Diagnostics 201, boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call:
Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany
Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877-273-3433)
Distributed by
Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, 171-173 E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil
Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors 38240 Meylan, France Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi 110 20052 Monza, Milano, Italy Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal
Védjegyek és szabadalmak Lásd: http://www.roche-diagnostics.us/patents ©2015 Roche Molecular Systems, Inc. 06/2015 Doc Rev. 13.0
05447950001-12HU
(05328268001-13ENGL) 05447950001-12
47
Doc Rev. 13.0
A következő szimbólumok használatosak a Roche PCR diagnosztikai termékek jelölésére. Segédszoftver
In vitro diagnosztikai felhasználásra
Meghatalmazott képviselő az Európai Közösségben
Megadott tartomány alsó határa
Vonalkód adatlap
Gyártó
Lotszám
Sötétben tárolandó
Biológiai veszély
Tartalma
vizsgálathoz elegendő
Katalógusszám
Tárolási hőmérséklet
SW
Olvassa el a használati útmutatót
Vizsgálatdefiníciós fájl TDF
Készlet összetevői
Megadott tartomány felső határa
Forgalmazó
Lejárati dátum
Csak IVD teljesítmény értékelésre
Globális kereskedelmi cikkszám
Ez a termék teljesíti az in vitro orvosi diagnosztikai eszközökről szóló 98/79/EK irányelv előírásait. Felhasználói technikai segítségnyújtás az Egyesült Államokban 1-800-526-1247 05447950001-12HU
48
Doc Rev. 13.0
