4. Előadás Nukleozidok, nukleotidok, nukleinsavak
Történeti háttér Savas karakterű anyagok a sejtmagból
1869-71 DNS a sejtmag fő komponense F. Miescher (Svájc) 1882 Flemming: „Chromatin” elnevezés Waldeyer: CHROMO (szín) SZOMA (festék láthatóvá tétel) 1930 DNS molekulatömege kb. 500 000 Hammersten, Caspersson - tisztított növényi vírusban is van Stanley (USA) 1940 első elektronmikroszkópos kép DNS pozitívan töltött fehérjék 1947-50 nukleotid összetétel E. Chargaff (USA) 1953 kettős hélix J. Watson, F. Crick (UK) (N.d. 1962) 1958 DNS polimeráz I enzim (első DNS „készítő” enzim) 1960 RNS polimeráz; mRNS felfedezése tRNS 1964 Ala szekvenálása R. Holley (USA) 1966 genetikai kód megfejtése 1968 védett nukleotidok összekapcsolása (A. Todd, Khorana)
1970 1973
DNS hasító enzim (restrikciós) felfedezése DNS fragmensek beépítése plazmidba E. coli „Androméda-törzs” 1975 RNS kromoszóma szekvenálása; MS2 fág (3 fehérje) 1977 GENENTECH 1978 somatostatin: az első emberi hormon, rekombináns technológiával Nobel-díj: restrikciós enzimek 1979 malignus sejtből származó DNS-sel „fertőzni” lehet egészséges sejtvonalat 1980 Nobel-díj: DNS szekvenálás; rekombináns DNS szintézis F. Sanger; W. Gilbert 1982 - humán inzulin (DNS technológia) a piacon (humulin) - első onkogének izolálása, expresszálása, szekvenálása (egy aminosav különbség) 1983 DNS a l baktérium fágból (48 502 bázispár) 1984 HUMAN GENOM projekt elfogadása (USA Kongresszus) kb. 3 x 109 bázispár 3 milliárd USD 1 USD/ bázispár 2009 Nobel-díj ….
Felosztás
Nukleotid koenzim ADP, ATP NAD FAD Co-A UDP-cukrok
RNS Mt: 104-106 plazma vírusok lánchossz:> 3x103
DNS Mt: 108-1012 sejtmag vírusok lánchossz: > 107
E. coli 0,4 % db/sejt 1,2x107
6% rRNS: 6x104 tRNS: 4x105 mRNS: 103
1% 4
A nukleinsavak primer szerkezete Alapkomponensek
- szénhidrát-foszfát – heterociklusos bázis
1.
n
Szénhidrát: monoszacharid, aldopentóz β-D-2-dezoxiribóz (DNS) 1
CHO
H
H
H
OH
H
OH
HO
OH
O H
H
1
H
H OH
CH2OH
H
β-D-2-dezoxiribóz
D-2-dezoxiribóz β-D-ribóz (RNS) CHO
HO
HC OH HC OH
OH
O H
H
H
H OH
OH
HC OH CH2OH
β-D-ribóz
2. Foszforsav(ak) O
foszforsav (ortofoszforsav)
RO
O HO
P
P
OH
OH monoészter
OH
OH 160 oC
O HO
P
>300
P
R1O
O
O O
O
oC
OH
OH foszfodiészter - lineáris - ciklusos
metafoszforsav
difoszforsav
O HO
P
O O
OH O RO
P OH
P
O O
P
OH
OH
OH
trifoszforsav
O O
P
OH
OR 2
P
OH O
OH
P
O OH
OH
difoszforsav-észter
RO
O
P
O
OH
P OH
O O
P OH
trifoszforsav-észter
OH
3. Heterociklusos bázis
NH2 N
O 1
1
H3C
NH
3
NH
O
citozin (C)
NH timin R = - CH3 R=-H
O (T) (U) (C)
pirimidin
O
NH2 1
N
N
7 a N
e5
b
NH
N
adenin (A)
NHc 9
1
NH 3
N
guanin (G)
purin (pirimidin(d)imidazol)
NH2
Keto-enol tautoméria H O
O H
N
N
N
N
H N
N
H
guanin
H N
N
N
N
H
H
H
H H3C
H3C
H
N N H
O
O
O
O
N
H3C
vagy
N O
N
H
NH
H
timin
Amino-imino tautoméria H
H
H
N
N
H N
citozin
NH
N O
NH
H
H
H
N
N N
adenin NH
O
N N
H
N NH
N N
O
Nukleozidok szénhidrát és heterobázis (N – glikozid kötés)
NH2
O H3C
N
NH
HO
HO
N
O H
O
O H
H
H OH
OH dezoxicitidin
dezoxitimidin NH2
N HO O
N
O N
N HO
N H
H
N
O
H H
O
H
H
H
N
H
OH
NH N
H H
OH
dezoxiadenozin
dezoxiguanozin
β-N-glikozid
NH2
Nukleotidok szénhidrát és foszforsav (3’,5’- diészter kötés)
5’-vég
HO O
HO O
P
O
O
5’
bázis1
CH2 O H 3’ H H H 3’-hidroxi OH HO O
P
O
-
P
O
-
észter (primer OH)
O
5’
CH2
bázis1
O
H 3’ H H
H O
- H2O
O
O
P
-
szekunder (OH)
O
5’
O
5’ 5’-foszfát
bázis2
CH2 O H 3’ H H H OH
CH2
bázis2
O
H 3’ H H
H OH 3’-vég
Ribonukleotidok ionizációs állandói (pK)
Bázis
Szekunder foszfát
Primer foszfát
Adenozin - 5’-foszfát (5’-AMP) *
3,8
6,1
0,9
Uridin - 5’- foszfát (5’-UMP)
9,5
6,4
1,0
Citidin - 5’- foszfát (5’-CMP)
4,5
6,3
0,8
Guanin - 5’- foszfát (5’-GMP)
2,4, 9,4
6,1
0,7
• 5’-AMP (vagy 5’-rAMP) jelentése : ribonukleotid. • 5’-dAMP jelentése : deoxiribonukleotid (deoxinukleotid).
A polinukleotid lánc primer szerkezete O
5’-vég HO H3C O
O
P
timin
-
NH
O
N
O
CH2 O H H H H O O
O
P
adenin NH2
pK = 3,8
N
N
O N CH2 O H H H H O O
P
O
N
pK = 4,5
NH2
-
citozin
N
O N CH2 O H H H H O O
P
O
O
guanin O
N
NH
O N CH2 O H H H H 3’-vég OH
N
NH2
pK= 2,4 9,4
A kettős polinukleotid lánc primer szerkezete
Nukleinsav „térszerkezetek”
A’
Z’
csó (RNA)
csó
A
72% EtOH alacsony só koncentráció
Minimális só (nem Li2+)
50% EtOH
Alacsony nedvességű szálakban.
0.7 M MgCl2 vagy 2.5 M NaCl
B Higher retained salt C
Z
3’M salt Magas sókoncentráció
Francis Crick, 1916-2004
Watson, 1928
James D. Watson, 1928-
Crick, 1916
A nukleinsavak térszerkezete A 2-dezoxi-D-ribóz téralkata (a gyűrű síkja fölötti C atom szerint)
0,5 Å
c2’-endo
c3’-endo
A β-glikozidkötéshez kapcsolódó konformerek
A, B és Z típusú DNS jellemzői A
B
Z
Hélix irány
Jobbmenetű
Jobbmenetű
Balmenetű
Bázispár per kanyar
11
10,4
12 (6 dimers)
Bázispárok távolsága
2.3 Å
3.4 Å
3.8 Å
Menetemelkedés
25,3 Å
35,4 Å
45,6 Å
Bázispár dőlésszög
19 °
1°
9°
Dezoxicitidin
Anti
Anti
Anti
Dezoxiguanozin
Anti
Anti
Syn
Glikozid konformáció
Szénhidrát konformáció Dezoxicitidin
C-3’-endo
C-2’-endo
C-2’-endo
Dezoxiguanozin
C-3’-endo
C-2’-endo
C-3’-endo
Értelmezés
A-DNS
B-DNS
A-DNS
B-DNS
Z-DNS
B-DNS
DNS hő-denaturáció
A DNS-től a kromoszómáig
Egy kromoszóma és...
Összevetés: DNS és RNS
Az RNS
mRNS másodlagos szerkezete
tRNS másodlagos szerkezete (75-95 nukleotid) tRNSAla (Holley , N.d. 1968)
tRNS térszerkezete
Aminosav kapcsolódása
A. Rich, A. Klug (1974)
tRNS bioszintézise
intron
10 % módosított bázis
tRNS – aminosav szintézise (P. Zamencik, M. Hoogland, 1957)
1. Aminoacil-adenilát (AMP) keletkezése
P. Zamencik, M. Hoogland (1957)
2. Aminoacil-tRNS keletkezése
tRNS – aminosav
Nukleozid hatóanyagok O N HO
NH
N
O H
N
NH2
H
H
H OH
„Acyclovir” (acikloguanozin)
dezoxiguanozin
HSV, VZV
NH2 N HO O
N
N N
H H
H OH
dezoxiadenozin gancyclovir HCMV O H3C
NH
HO O
N
H H
H OH
zidovudine
dezoxitimidin
O
