Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian. Vol. 6, No. 3, Desember 2010 ISSN

fWarta

BIOGEN

Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Vol. 6, No. 3, Desember 2010

BERITA UTAMA

T

anggal 3 Desember 2010 merupakan hari bersejarah bagi tim situs BB-Biogen. Di sela-sela acara Rapat Kerja Badan Litbang Pertanian di Jakarta, situs Biogen terpilih sebagai juara 2 dalam lomba Situs Website lingkup Badan Litbang Pertanian. Tim situs BB-Biogen (Biogen online) terpilih sebagai juara di antara 13 situs Balai Besar/Puslit seLitbang Pertanian. Merupakan sebuah kebanggaan tersendiri semenjak situs Biogen online ini dilaunching untuk pertama kalinya pada tahun 2004.

Warta

Biogen

Penanggung Jawab

ISSN 0216-9045

http://biogen.litbang.deptan.go.id: Juara Dua Situs Terbaik Tingkat Litbang Pertanian Sejarah Situs Biogen Online Awal pembuatan situs web di BB-Biogen merupakan tindak lanjut dari kebijakan pemerintah melalui Inpres No. 3 Tahun 2003, 9/6/2003 mengenai Kebijakan dan Strategi Nasional Pengembangan E-government merupakan penyelenggaraan pemerintahan yang berbasis (menggunakan) elektronik untuk meningkatkan kualitas layanan publik secara efektif dan efisien. Jaringan informasi Badan Litbang Pertanian memiliki tujuan: menyebarluaskan informasi litbang, meningkatkan efisiensi dalam komunikasi, meningkatkan kinerja manajemen dan meningkatkan kompetensi SDM. Penyampaian informasi melalui media internet diawali dengan pembuatan situs web BB-Biogen

pada tahun 2004 dengan menggunakan sistem PHP (Hypertext Preprocessor) dan seiring dengan kemajuan teknologi informasi yang sangat pesat, sistem tersebut diubah menjadi sistem CMS. Situs web BB-Biogen mulai mentargetkan untuk memperbaharui websitenya ke sistem berbasis CMS (Content Management System) pada tahun 2007, sebagai tindak lanjut dari pertemuan “Workshop Pengembangan Website Berbasis CMS dalam Rangka Penyebaran Teknologi Informasi Pertanian” yang diselenggarakan oleh Badan Litbang Pertanian pada tanggal 5-9 Desember 2006 di Cibogo-Bogor. Migrasi dilakukan langkah demi langkah dari tahun tersebut dan peluncuran perdana menggunakan sistem ini dilaksana-

Kepala BB-Biogen Karden Mulya Redaksi Widiati H. Adil Joko Prasetiyono Tri Puji Priyatno Ida N. Orbani Alamat Redaksi Seksi Pendayagunaan Hasil Penelitian BB-Biogen Jl. Tentara Pelajar 3A Bogor 16111 Tel. (0251) 8337975, 8339793 Faks. (0251) 8338820 E-mail: [email protected]

Warta Biogen Vol. 6, No. 3, Desember 2010

1

kan pada kegiatan seminar rutin BB-Biogen pada Rabu, 15 Juni 2009. Pembukaan dan peresmiannya dilakukan oleh Kepala Balai saat itu, Dr. Sutrisno dan penyampaian serta penjelasan tentang situs web BBBiogen yang diberi nama “Biogen Online” oleh Dani Satyawan, MSc. CMS adalah sistem manajemen konten, merupakan sebuah aplikasi berbasis web yang memiliki sistem sedemikian rupa sehingga memberikan kemudahan kepada para pengguna sekaligus juga pengelolanya. CMS telah disepakati bersama sebagai basis sistem website UK/ UPT lingkup Badan Litbang Pertanian yang telah dirumuskan bersama dalam bentuk Pedoman dan Standarisasi Website UK/UPT Lingkup Badan Litbang Pertanian. Ketentuan-ketentuan yang lainnya terkait dengan pedoman dan standarisasi website tersebut di antaranya adalah: tata cara pencantuman logo Deptan (sekarang Kementan), format standar banner, style, konten minimum yang harus ada, dan sebagainya. Meskipun hingga kini pedoman tersebut belum dikukuhkan secara formal dalam bentuk Surat Keputusan, namun BB-Biogen telah memulai mengambil langkah untuk melakukan pembaharuan dan disain ulang website yang mengarah pada ketentuan standar website Badan Litbang Pertanian. Website Biogen Online hasil pembaharuan dan disain ulang ini nantinya diharapkan telah sebagian besar memenuhi standar website UK/UPT lingkup Badan Litbang Pertanian. CMS yang dipilih sebagai basis website Biogen Online adalah program Joomla v1.1.0. Joomla adalah sebuah sebuah sistem manajemen konten open source yang handal dan telah banyak digunakan di dunia, sangat mudah diinstall, gampang dalam pengelolaannya serta memiliki kapabilitas yang tinggi untuk keperluan website dari yang paling sederhana hingga aplikasi website yang kompleks. Beberapa kelebihan penggunaan CMS sebagai basis website di antaranya:

2

1. Fasilitas modul dan komponen yang disediakan sangat banyak dan beragam. Modul-modul tersebut tinggal diaktifkan (diinstall) jika memang diperlukan sebagai salah satu komponen website. Hal ini tentu saja sangat menghemat waktu dan tenaga, dibandingkan dengan apabila kita harus membuat sendiri modul atau komponen tersebut.

tuk waktu beberapa bulan mendatang website Biogen Online memiliki dua alamat situs, yaitu www. indobiogen.or.id (alamat situs yang lama) dan www.biogen.litbang. deptan.go.id (alamat situs yang menginduk ke domain Badan Litbang Pertanian). Secara bertahap, nantinya alamat situs Biogen Online akan beralih sepenuhnya ke www.biogen.litbang.deptan.go.id.

2. Pengelola website dapat lebih berkonsentrasi dalam pengelolaan konten, porsi pekerjaan dalam pemrograman akan berkurang sangat jauh. Aplikasi CMS telah menyediakan antarmuka (front end) yang sangat komunikatif, baik dalam pengelolaan konten maupun dalam modifikasi template dan style website.

Isi Biogen Online

3. Banyak pihak dapat dilibatkan dalam kontribusi konten yang akan ditampilkan melalui pengelolaan profil user yang beragam, handal dan aman. 4. CMS Joomla bersifat open source (public domain), pengguna tidak akan terbebani dengan biaya sebagaimana aplikasi lainnya yang bersifat licensed. 5. Pengembangan ke depan terhadap aplikasi CMS bersifat dinamis. Telah tersedia forum pengguna Joomla di Indonesia sebagai ajang komunikasi dan diskusi terkait dengan penggunaan dan pengembangan Joomla. Sebagai salah satu tindak lanjut dari upaya standardisasi situs web yang dikoordinasi oleh Badan Litbang Pertanian, maka mulai bulan Juni 2007 situs Biogen Online telah menginduk pada domain Badan Litbang Pertanian, dengan demikian alamat Biogen Online yang baru adalah www.biogen. litbang.deptan.go.id. Alamat situs web yang baru ini telah diaktifkan sejak 24 Mei 2007 dan masih akan disosialisasikan mengingat masih banyak pengunjung website Biogen Online yang belum mengetahui perubahan ini. Oleh karena itu, un-

Kalau anda membuka halaman depan situs Biogen Online maka anda akan disuguhkan dengan nuansa warna hijau. Warna hijau ini merupakan warna khas dari fiturfitur Badan Litbang Pertanian. Tampilan Biogen Online sekarang juga sebagian juga sudah dalam Bahasa Inggris sehingga semakin mudah diakses oleh orang luar. Tampilan situs Biogen Online ini telah mengikuti standar/peraturan yang ditetapkan dari Badan Litbang Pertanian seperti kenyamanan pengunjung situs, besarnya beban pemakaian bandwidth server, perlunya gaya (style) yang senada untuk web lingkup Badan Litbang Pertanian untuk membentuk citra institusi dan promosi keberadaan Badan Litbang Pertanian ‘brand’. Informasi yang ditampilkan pada situs Biogen Online terdiri dari fitur-fitur seperti Beranda, “mesin pencari/search engine”, Profil BBBiogen, Berita, Hasil Penelitian, Publikasi, Peneliti dan Jenjang Fungsional, Hubungi Kami, Peta Situs, dan Link. Pada menu utama terdapat pilihan yang terdiri dari Profil BB-Biogen (meliputi sejarah, misi dan visi, struktur organisasi, lokasi, fasilitas, dan sumber daya manusia). Pilihan “Penelitian” dibagibagi lagi menjadi Program Penelitian (yang terdiri dari 4 kelompok penelitian), Hasil yang dicapai, Produk dan Teknologi Unggulan. Layanan pada situs Biogen Online terdiri dari Perpustakaan, Kerja Sama, Bank Gen Plasma Nutfah, Laboratorium Uji. Daftar peneliti dikelompokkan menjadi Peneliti Fungsional (yang


dibagi menjadi Peneliti Utama, Peneliti Madya, Peneliti Muda, dan Peneliti Pertama) serta Peneliti Nonkelas. Sedangkan web terkait (link) memberikan informasi tentang alamat-alamat situs pada lingkup Kementerian Pertanian, di luar lingkup Kementerian Pertanian dan institusi/lembaga di luar negeri yang masih berhubungan dengan kegiatan bioteknologi tanaman. Biogen Online juga menampilkan kalender kegiatan BB-Biogen, seminar rutin, berita seputar bioteknologi, artikel bioteknologi, event internasional, dan informasi web mengenai ketersediaan beasiswa untuk studi dan training. Publikasi yang merupakan bagian dari pengembangan perpustakaan elektronik UK/UPT Kementerian Pertanian adalah fitur wajib untuk website Badan Litbang Pertanian. Fitur ini diletakkan pada bagian “Informasi” berisi hasil-hasil penelitian BB-Biogen yang disampaikan dalam jurnal maupun seminar. Publikasi juga berisi artikelartikel dari jurnal dan warta milik BB-Biogen. Keanggotaan tim situs BBBiogen terdiri dari pembina, ketua, sekretaris, dan anggota. Tim situs BB-Biogen tidak menggunakan tenaga dari luar (outsourcing) untuk membangun situs webnya, tetapi memanfaatkan pegawai BB-Biogen sendiri. Pada periode kali ini, anggota tim terdiri dari Dr. Karden Mulya (Pembina); Ir. Widiati H. Adil MSc (Ketua); Dr. Saptowo J. Pardal, Hakim Kurniawan, SP., MP; Surya Diantina, SP (Sekretaris), Habib Rijzaani, MSc; Dani Satyawan, MSc; Dr. Toto Hadiarto; Ir. Faizal Abidin; Dra. Evy Juliantini; dan Ir. Ida N. Orbani. Format keanggotaan yang cukup ‘ramping’ ini menyebabkan seluruh anggota tim harus bekerja secara efektif. Rapat diadakan secara rutin paling tidak satu kali dalam satu bulan dengan agenda utama perbaikan situs BB-Biogen.


Kegiatan perbaikan situs BBBiogen terus dilakukan untuk meningkatkan mutu pelayanan serta penyediaan informasi bagi pengguna. Kegiatan rutin yang dilakukan oleh tim situs yang paling menonjol adalah selalu meng’update’ isi dari berita dan artikel setiap bulannya. Tim situs juga berusaha terus menerus untuk memperbaiki tampilan. Salah satu cara yang dilakukan adalah dengan survei terhadap pengguna internal (pegawai BBBiogen) untuk memberikan saran terhadap tampilan yang paling menarik dari pilihan tampilan yang disodorkan kepada pengguna. Keterlibatan pengguna situs BB-Biogen juga diharapkan melalui masukanmasukan lewat e-mail yang disampaikan melalui administrator situs (tertera pada halaman situs). Pengguna dapat turut menyebarkan informasi baik berupa berita maupun artikel ilmiah bioteknologi melalui situs ini dengan ikut menjadi ‘member’ dari situs BB-Biogen. Perbaikan situs BB-Biogen juga dilakukan dengan memberikan informasiinformasi baru seperti ketersediaan beasiswa dan seminar. Salah satu cara untuk memperbaiki kualitas situs BB-Biogen adalah dengan membekali anggota tim dengan keterampilan mengolah situs, teruma penggunaan sistem CMS yang merupakan hal yang baru. Untuk anggota tim situs BBBiogen, pembekalan ini dilakukan dengan mengikuti kursus pengelolaan situs internet mulai dari mempelajari Joomla dari cara instalasi perangkat lunak sampai dengan cara mengoperasikan sistem ini. Secara periodik, telah dilakukan pembekalan dan pendalaman materi mengenai Joomla kepada tim website BB-Biogen dengan mengundang nara sumber. Seiring dengan hal tersebut, dilakukan upaya transformasi website BB-Biogen ke sistem berbasis CMS. Keterampilan mengolah situs ini diperlukan agar situs BB-Biogen lebih ‘user

friendly’ dengan tampilan yang menarik dan informatif. Selain itu, anggota tim situs juga diajak untuk mengikuti seminar-seminar yang terkait dengan pengelolaan situs dan perbaikan sistem dan teknologi informasi. Peremajaan (update) situs diharapkan bisa dilakukan minimal setiap bulan. Target ini dapat dicapai karena situs Biogen Online selalu dievaluasi dari waktu ke waktu. Untuk meningkatkan kualitas situs web BB-Biogen, target ke depan adalah meremajakan fiturfitur situs web paling tidak setiap minggu sekali. Untuk hal ini, tim situs memerlukan dukungan dari pengguna, terutama pegawai BBBiogen untuk turut serta mengirimkan berita maupun artikel seputar bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian. Bagaimana Cara Mengirim Artikel? Semenjak situs web BB-Biogen dibuat pada tahun 2004 tercatat sudah dikunjungi sebanyak 77.000 kali. Kalau dirata-rata tiap tahun situs Biogen Online telah dikunjungi sebanyak 11.000 kali, atau rata-rata per harinya sebanyak 30 kali kunjungan. Jumlah ini cukup lumayan. Situs Biogen juga terbuka untuk umum di dalam penyebarluasan informasi bioteknologi. Kalau anda, teman anda, atau kenalan anda yang tertarik ingin mengirimkan artikel tentang bioteknologi/sumber daya genetik dapat dilakukan dengan menghubungi administrator lewat website itu juga. Administrator website akan melakukan verifikasi melalui email, kemudian calon pengirim artikel akan diberi User ID, dan password. Setelah itu artikel tinggal dikirim ke administrator dan setelah dilakukan beberapa kali editing artikel sudah bisa dilihat di dalam website Biogen Online. Toto Hadiarto/Tim Situs BB-Biogen

3

2

National Focal Point Meeting of NISM-GPA, International Treaty on PGRFA Workshop diselenggarakan di Chiang Mai pada 6 September 2010. Delegasi Indonesia terdiri atas (1) Kepala BB-Biogen selaku National Focal Point NISM dan wakil Indonesia pada CGRFA, (2) pelaksana/database manager NISM, (3) wakil tetap Indonesia pada FAO di Roma, dan (4) Kepala Bagian Kerja Sama dan Humas/ Sekretariat Panitia Pelaksana ITPGRFA-Governing Body Meeting ke-4. Jumlah peserta yang hadir adalah 39 peserta yang terdiri dari 29 orang delegasi dari 18 negara Asia-Pasific (Bangladesh, Bhutan, Kamboja, Cina, India, Indonesia, Jepang, Laos, Malaysia, Mongolia, Myanmar, Nepal, Pakistan, Filipina, Korea Selatan, Srilanka, Thailand, Vietnam) dan 10 orang dari CGIAR, Global Crop Diversity Trust, Kedubes Jepang, FAO HQ, dan FAO-RAP. nd

Hasil Pertemuan Pertemuan dibuka oleh Dr. Duncan Vaughan (Chief Technical Adviser GCP/RAS/240/JPN) yang atas nama DG FAO menyampaikan ucapan selamat datang dan menjelaskan agenda pertemuan serta mengarisbawahi perlunya pertukaran pengalaman dalam membangun NISM-GPA, seperti pertukaran pengalaman dengan Pakistan dalam membangun kapasitas petani dalam restorasi sumber daya genetik pascabencana. Dalam pertemuan tersebut: 1. Mr Masaaki Hirosawa (Sekretaris I Kedutaan Besar Jepang di Thailand) menegaskan kembali bencana alam di samping perubahan iklim merupakan masalah penting yang perlu ditangani dalam kaitannya dengan ketahanan pangan oleh sebab itu dalam memutakhirkan rencana tindak global hendaknya masalah tersebut dipertimbangkan. 2. Dr. Leocadio Sebastian (Regional Director, Bioversity International) dalam makalah kunci-

4

2nd National Focal Point Meeting of NISM-GPA, International Treaty on PGRFA Workshop nya, A Perspective on the Future Global and Asian PGRFA Activities, menyampaikan bahwa pusat penelitian pertanian internasional dan nasional memiliki visi yang sama dalam menempatkan sumber daya genetik untuk kesejahteraan manusia. Asia, merupakan regional yang mencakup negara-negara sebagai pusat keanekaragaman tanaman dan ternak penting di dunia, harus memanfaatkan posisi tersebut dalam skenario untuk memegang peran penting dalam pembangunan pertanian baik dikaitkan dengan ketahanan pangan maupun antisipasi perubahan iklim. 3. Bioversity International (BI) menyampaikan kerangka kerjanya yang menggabungkan konservasi ex situ dan in situ dengan ekosistem produktif sebagai pondasi pertanian di masa yang akan datang. Topik kegiatan BI saat ini mencakup tiga hal, yaitu (1) strategi dan teknologi untuk memperkuat konservasi dan pemanfaatan sumber daya genetik, (2) sistem informasi global dan perangkat untuk pertukaran data, dan (3) kebijakan dan regulasi yang mendukung dan secara global mengkoordinasi strategi dalam konservasi dan pemanfaatan sumber daya genetik. 4. Dari laporan status pelaksanaan proyek NISM di masing-masing negara tercatat bahwa: a. Peserta proyek GCP/RAS/240/ JPN terbagi atas dua kelompok, yaitu: i. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu India, Pakistan, Malaysia, Thailand, Filipina; ii. Negara yang telah ikut serta sejak fase I (2006), yaitu

India, Pakistan, Malaysia, Thailand, Filipina; iii. Negara yang langsung ikut pada fase II (2009), yaitu Laos, Indonesia. b. Status masing-masing negara bervariasi. 5. Dr. Chikelu Mba dalam presentasinya The PGRFA continu: Towards strategies and plans for national plant breeding capacity building dan GIPB: An introduction, memperkenalkan Global Partnership Initiative for Plant Breeding Capacity Building (GIPB) yang merupakan suatu upaya untuk membangun kapasitas program pre-breeding dalam bentuk kerja sama lintas sektoral. Lima poin yang menjadi dasar gerak GIPB adalah kebijakan, pendidikan dan pelatihan, akses terhadap teknologi, pertukaran SDGTPP, dan berbagi informasi. Untuk mewujudkan hal tersebut, strategi yang diadopsi GIPB adalah menentukan baseline melalui kapasitas survei nasional, menentukan pendekatan yang sesuai, menyusun rencana aksi nasional untuk pemanfaatan terbaik bagi SDGTPPnya, dan pembangunan kapasitas untuk meningkatkan efektivitas. Business plan dari GIPB ini telah didistribusikan ke lebih dari 90 negara. GIPB juga telah membentuk Knowlegde Research Centre (KRC) yang dapat diakses online sehingga dapat memfasilitasi training prebreeding, selain itu juga ada beberapa dana kompetitif untuk kegiatan pre-breeding, sehingga pengelolaan sumber daya genetik lebih difokuskan kepada komoditas tertentu dan dikaitkan dengan program pemuliaan, oleh karena itu program ini mengharapkan sumber-sumber


dana yang ada mendukung jalannya program tersebut. 4. Pada Minutes of the Steering Committee Meeting didiskusikan beberapa hal, yaitu: a. Keberlanjutan NISM setelah proyek berakhir (September 2011) Negara-negara yang telah terlibat dalam fase pertama proyek menyampaikan bahwa informasi cara sukses mengimplementasikan NISM dapat diakses dari web NISM masing-masing negara, misalkan: 1. Malaysia memasukkan NISM ke dalam salah satu program nasional SDGTPP sehingga memiliki dukungan kuat baik secara institusional maupun pendanaannya atau; 2. Thailand mengubah pola perekrutan stakeholder, dari perekrutan masal melalui seminar/workshop menjadi perekrutan orang per orang. 3. Bioversity International menawarkan untuk memfasilitasi pemberitaan dari masing-masing negara untuk berbagi informasi mengenai implementasi

I

nternational Symposium on Sustainable Agricultural Development and Use of Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region diselenggarakan pada tanggal 13-15 Oktober 2010, diikuti oleh 86 peserta yang berasal dari seluruh region Asia Pasifik dan Oceania terdiri dari perwakilan: Asia-Pacific Association of Agricultural Research Institutions (APAARI) dan anggota APAARI, Bioversity International, FAO dan sekretariat Treaty, lembaga penelitian internasional (IRRI, ICRISAT, ICARDA, CIMMIT, CIAT, ICRAF, ILRI), perwakilan dari jejaring kerja PGR se-Asia Pasifik, NGOs, dan


NISM di negara masingmasing dalam APO newsletter atau SAARC newsletter, dan APAARI newsletter. b. Laporan kemajuan proyek Hambatan keterbatasan SDM harus dapat diatasi dengan perekrutan tenaga honorer khusus yang menangani data tersebut, karena memang membutuhkan waktu yang cukup lama dan ketelatenan untuk meningkatkan kualitas data. b. Evaluasi proyek Disarankan untuk ada evaluasi terhadap proyek, namun yang dapat diakukan bukan evaluasi formal dalam bentuk meeting, tapi evaluasi secara online. Pembelajaran yang Diperoleh 1. Perlu upaya mengarusutamakan nilai-nilai SDGTPP dalam mencapai tujuan milenium 21, ketahanan pangan, pengentasan kemiskinan, dan menghadapi dampak perubahan iklim global. 2. Beranjak dari pengalaman negara yang telah ikut dalam fase I dan berhasil terus mengelola SDGTPP pada tahap nasional, Indonesia perlu segera memper-

kuat komitmen di tingkat nasional atas upaya pengelolaan sumber daya genetik lintas sektoral dan kementerian. 3. Perlu adanya kajian strategis atas posisi Indonesia dalam memanfaatkan anggaran nasional dan internasional untuk kepentingan pengelolaan sumber daya genetik secara lebih efektif. 4. Berangkat dari poin utama pembelajaran di atas, kiranya Indonesia perlu: a. Menyusun rencana aksi nasional sumber daya gentik untuk pangan dan pertanian dan memperkuat komitmen antarsektor dalam pengelolaan sumber daya genetik. Untuk itu, Komisi Nasional Sumber Daya Genetik perlu segera membuat persiapan penyusunan tersebut. b. Dalam menjaga kelestarian NISM pascaproyek, perlu kiranya disiapkan upaya untuk mengkonsolidasikan sistem yang sudah dibentuk kepada program nasional pengelolaan sumber daya genetik yang sudah ada. Andari Risliawati dan Karden Mulya

International Symposium on Sustainable Agricultural Development and Use of Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region Lembaga donor/yayasan. Kegiatan ini disponsori oleh APAARI, Bioversity International dan Rural Development Administration (RDA), dan co-sponsor dari lembagalembaga internasional dan Global Forum on Agricultural Research (GFAR). Sebelum simposium diadakan, para anggota Asia-Pacific Association of Agricultural Research

Institutions (APAARI) (19 anggota), 7 anggota asosiasi, 6 anggota afiliasi, dan 8 anggota resiprokal, yang merupakan asosiasi regional mengadakan rapat yang bertujuan untuk memajukan pengembangan NARS dalam region Asia-Pacific melalui kerja sama inter-regional dan interinstitutional. APAARI bekerjasama dengan stakeholders terutama pusat CGIAR, ARIs, GFAR, dan NARS mereview peranan dan arah pene-

5

litian dan pengembangan pertanian. Indonesia belum termasuk anggota asosiasi ini, sehingga dalam diskusi diharapkan agar lembaga penelitian lainnya termasuk dalam hal ini Pemerintah Indonesia dihimbau agar ikut andil dalam asosiasi ini. Setelah rapat APAARI, Simposium Pengembangan Pertanian Berkelanjutan dan Pemanfaatan Agrobiodiversity di seluruh Regional Asia Pasifik dibuka oleh Administrator Rural Development Administration (RDA) Dr. Seung-Kyu Min. Pada kesempatan ini dinyatakan bahwa simposium ini juga sebagai ajang perayaan “Tahun Biodiversity” di mana expert di dunia berbagi ilmu dan pengalaman untuk mendapatkan cara yang lebih baik dalam pemanfaatan biodiversity untuk pengembangan pertanian. Juga disampaikan bahwa RDA yang telah membangun Bank Gen mampu menampung dan melestarikan 500.000 aksesi untuk jangka panjang 100 tahun dan telah menandatangani MoU dengan GCDT dan Bioversity International sebagai “World Seed Vault” dan “Center of Excellence” untuk kerja sama internasional dan training sumber daya genetik. Dr. Raj Paroda sebagai sekretaris eksekutif APAARI menyampaikan bahwa regional Asia Pasifik yang terbentang dari subregion Asia Selatan, Asia Tenggara, Asia Timur, dan Asia Pasifik merupakan supplier terbesar untuk hasil pertanian dan pangan, dan mencapai hampir 58% dari populasi dunia, namun hanya mempunyai 38% dari daerah pertanian dunia. Namun, Asia Pasifik masih mempunyai keuntungan karena merupakan pusat keanekaragaman dari banyak spesies tanaman, ternak, dan pohon hutan. Keragaman genetik ini merupakan bahan penting dalam perbaikan tanaman dan ternak baik dengan pemuliaan konvensional maupun bioteknologi. Ditandaskan bahwa simposium internasional akan memberikan kesempatan bagi stakeholders dalam region Asia Pasifik untuk mereview, identifikasi,

6

dan menyusun kembali peranan dan arah penelitian dan pengembangan terutama dalam konteks konservasi melalui pemanfaatan agrobiodiversity yang sangat bermanfaat bagi pengembangan pertanian berkelanjutan. Dalam pencapaian Millennium Development Goals (MDGs), terutama dalam pengentasan kemiskinan, penjaminan keberlanjutan ketahanan pangan dan lingkungan, mencegah berkurangnya atau terjadinya erosi sumber daya alam bersamaan dengan adanya skenario perubahan iklim, merupakan tantangan besar bagi para perencana dan ahli pertanian. Director General, Bioversity International, Dr. Emile Frison menandaskan pentingnya peranan agrobiodiversity dalam pencapaian pengembangan berkelanjutan pada region Asia Pasifik. Dalam simposium diusulkan beberapa penelitian agrobiodiversity, kerangka kerja pengembangan dan pengelolaan pada region Asia Pasifik bertujuan memberikan tuntunan untuk negara yang berbeda dalam hal kemungkinan pendekatan strategis, area penelitian, pengembangan dan pengelolaan, dan kerja sama regional sehingga agrobiodiversity akan dapat mendukung pengembangan pertanian berkelanjutan bagi region. Kontribusi dari agrobiodiversity dalam menjamin pertanian yang produktif dan berkelanjutan tetap merupakan hal vital bagi ketahanan pangan. Tersedianya sumber daya genetik merupakan hal paling penting dalam peningkatan produktivitas. Sebagaimana pentingnya biodiversity untuk meningkatkan hasil dalam mengamankan ketahanan pangan, demikian juga sama pentingnya untuk meningkatkan kualitas ketersediaan dalam hal produksi yang berkelanjutan, nutrisi, kualitas hasil, diversifikasi produk, dan keamanan pangan. Dalam menghadapi tantangan perubahan iklim akan memerlukan akses yang lebih besar dari varietas

yang beragam sehingga dapat membantu para petani dalam memilih varietas berkenaan dengan kekeringan dan banjir pada iklim yang tidak bersahabat. Untuk mendapatkan sumber gen yang beragam, memerlukan peralatan dengan inovasi baru seperti Geographic Information System (GIS), teknologi dan pendekatanpendekatan untuk konservasi dan pemanfaatannya. Berdasarkan pengalaman yang lalu, kerja sama yang diinginkan antara lembaga CGIAR, NARS, regional fora dan seluruh stakeholders adalah sebagai berikut: 1. Pendekatan yang terintegrasi seperti farming system akan secara nyata lebih berhasil dalam jangka panjang karena menyertakan tanaman pertanian, mikroba, ternak, ikan, dan kehutanan, dan menggabungkan penelitian pada genetik, agronomi, biologi, sosio-kultural, dan aspek ekonomi. 2. Pendekatan yang terintegrasi akan mendukung pengembangan rencana-rencana nasional dan jejaring regional yang tidak hanya pada komoditas utama yang berperan pada ketahanan pangan, tetapi juga pada tanaman-tanaman lain, ternak, dan sumber-sumber kelautan yang sama pentingnya untuk meningkatkan pangan, keamanan nutrisi, perbaikan kualitas, dan adaptasi terhadap perubahan iklim. 3. Pendekatan yang membawa lembaga/organisasi yang berbeda dan penduduk lokal bekerjasama secara bermitra untuk kegiatan bersama membangun sistem kepercayaan dan spesialisasi daerah masing-masing. Keadaan seperti ini akan membawa respon yang cepat dan perkembangan yang tidak terduga dalam pemahaman yang beragam dan peningkatan pemanfaatan melalui penelitian terapan; strategi dan teknologi konservasi; informasi dan dokumen-


tasi; peningkatan kapabilitas, kepedulian masyarakat; analisis

ekonomi; pengetahuan tradisional (traditional knowledge) dan

kebijakan yang didasarkan pada ilmu pengetahuan. Tiur S. Silitonga

K

entang merupakan tanaman sayuran penting di India, Banglades, dan Indonesia. Penyakit busuk atau hawar daun (late blight) yang disebabkan oleh cendawan Phytophthora infestans merupakan salah satu penyakit utama yang menyerang pertanaman kentang di seluruh dunia termasuk Amerika Serikat, Banglades, India, dan Indonesia. Di samping itu, keragaman genetik yang tinggi dari P. infestans menyebabkan ketahanan varietas menjadi cepat terpatahkan. Kerugian yang ditimbulkan akibat penyakit ini dapat mencapai 100% gagal panen pada tanaman kentang yang peka, terutama pada musim penghujan dengan kelembaban yang tinggi. Gen ketahanan cendawan patogen terhadap penyakit hawar daun (P. infestans), berhasil diisolasi dari Solanum bulbocastanum oleh tim peneliti dari University of Wisconsin, Amerika Serikat. Perakitan kentang produk rekayasa genetik (PRG) tahan P. infestans menggunakan gen RB berhasil dilakukan melalui teknik rekayasa genetik dengan Agrobacterium tumefaciens, juga oleh tim peneliti dari University of Wisconsin. Varietas kentang yang digunakan adalah Katahdin, yang telah diuji ketahanannya di laboratorium dan menunjukkan tahan terhadap P. infestans. Di samping itu, diuji ketahanannya di lapangan terbatas selama dua tahun di Minnesota, Wisconsin, dan di International Potato Late Blight Testing Program Toluca, Mexico, (PICTIPAPA). Pada tahun 2004 kentang PRG tersebut juga diuji di negara bagian Washington. Hasil pengujian di berbagai daerah dari berbagai negara bagian tersebut menunjukkan bahwa gen RB yang berada di dalam kentang PRG varietas Katahdin dapat mengendalikan


The ABSPII–LBR Potato Partners Meeting penyakit hawar daun (P. infestans) pada awal musim (early-season), tetapi tidak mengendalikan P. infestans pada akhir musim (lateseason). Di Indonesia, perakitan kentang transgenik dilakukan di Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumber Genetik Pertanian (BB-Biogen) dan Balai Penelitian Tanaman Sayuran (Balitsa). BB-Biogen melakukan transformasi gen RB melalui A. tumefaciens pada kentang varietas Granola. Sedangkan persilangan kentang Katahdin transgenik SP951 dan SP904 dengan kentang varietas Granola dan Atlantic dilakukan oleh BB-Biogen dan Balitsa. Klon hasil persilangan dan transformasi telah diuji secara molekuler dengan PCR untuk menunjukkan keberadaan gen RB. Klon-klon yang positif PCR diuji ketahanannya terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di lapangan uji terbatas (LUT) pada tahun 2008 di Pasirsaronge dan 2009 di Balitsa, Lembang. Hasil pengujian menunjukkan ada beberapa klon hasil persilangan dan transformasi yang tahan terhadap P. infestans. Dalam rangka menindaklanjuti perkembangan dan status penelitian perakitan kentang transgenik tahan penyakit hawar daun (P. infestans) di tiga negara, ABSPII India meyelenggarakan the ABSPII– LBR Potato Partners Meeting pada tanggal 2-4 November 2010 di Hotel Radison, Dhaka, Banglades. Pertemuan dihadiri oleh perwakilan dari lima negara, yaitu Amerika Serikat yang diwakili oleh Cornell University dan University of Minnesota, Banglades dari Bangladesh Agricultural Research Institute (BARI), Filipina diwakili oleh University of

Philiippiines at Los Banos (UPLB), India diwakili oleh Center of Potato Research Institute (CPRI) dan Sath Guru, dan Indonesia diwakili oleh BB-Biogen. Tujuan pertemuan adalah untuk membahas perkembangan penelitian perakitan kentang transgenik tahan penyakit hawar daun (P. infestans) di Banglades, India, dan Indonesia. Topik yang dipresentasikan dan dibahas dalam pertemuan adalah LBR potato project progress report by CPRI, India; LBR potato project progress report by ICABIOGRAD, Indonesia; LBR potato development progress at University of Minnesota; LBR potato project progress report in BARI, Bangladesh; integrated disease management (IDM) with focus on LBR potato; strategic discussions on Integrated disease management (IDM), durable resistance management and gene stacking for second generation product; discussion on trait performance monitoring and biosafety dossier development and compilation; recommendations dan penutupan pertemuan. Pertemuan menghasilkan rekomendasi bagi Banglades, India, dan Indonesia. Rekemondasi tersebut tercantum dalam uraian di bawah ini. Recommendations for ABSPII Late Blight Resistant Potato Project A. Product Definition 1. The chosen event across the ABSPII region is SP951. 2. The transgenic product should possess at least 10% late season disease susceptibility that will require at least 1 fungicide application under natural late blight infestation.

7

3. The transgenic product under late blight pressure should provide at least 40% reducetion in fungicide application. 4. The transgenic product should provide a substantial yield increase under natural late blight pressure. 5. The RB gene should be used in combination with native R genes to sustain durability of RB gene? B. Regulatory Requirements 1. Molecular Characterization ● Southern Blot ● Northen Blot ● Flanking DNA and insert DNA sequence from SP951 ● Gene expression data ● Quantification of RB protein in tissues of potato derived from transformation event SP951 ● Chromosomal location of the transgenic locus in Event 3272 maize 2. Environmental Safety Assessment ● Unintended effects (nontarget) ● Baseline population studies of the pathogen ● Aggressiveness and weediness studies ● Pollen flow (gene flow)

ARTIKEL

K

edelai (Glycine max) merupakan tanaman berprotein tinggi yang memerlukan nitrogen lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman lainnya. Diperkirakan setiap ton benih kedelai memerlukan sekitar 100 kg N (nitrogen) untuk memproduksinya. Tanaman kedelai umumnya memperoleh nitrogen dari tanah, pupuk, dan atmosfir melalui fiksasi nitrogen dalam asosiasi sim-

8

● Stability of RB gene expression over multiple generation in potato derived from event SP951 3. Food and Feed Safety Assessment ● Substansially equivalent/ Compositional analysis of transgenic potato event SP951 ◊ Proximate ◊ Mineral ◊ Amino acids ◊ Fatty acids ◊ Vitamins ● Toxicity assssment: ◊ Assessment of amino acid sequence homology with known toxins ◊ Acute oral toxicity study in mice ● Allergenicity assessment ◊ Assessment of amino acid sequence homology with known allergens ◊ Evaluation of transgenic potato event sp951 in broiler chickens ◊ Effect of temperature on the stability of RB protein C. RB Pure Protein Studies 1. Identify the sequence of the transcribed message

● Clone the cDNA and sequence ● Overlapping RT-PCR of the coding region 2. Synthesizing the DNA expression vector 3. Protein expression and purification (yeast or baculovirus) D. Agronomical Performance Studies and Variety Approval 1. Efficacy of disease resistance 2. Horticultural performance ● Tuber characterization ● Yield ● Quality E. Integrated ment:

Disease

Manage-

1. Pathogen population characterization ● Genotypic ● Phenotypic 2. Disease forecasting ● Timing of fungicide application ● Quantity of fungicide use ● Complementing host resistance 3. Sanitation Disease indexing for virus free material. A. Dinar Ambarwati dan M. Herman

Kedelai Penghasil Hipernodul dan Supernodul: Kedelai Ramah Lingkungan biosis dengan rhizobium. Oleh karena itu mineral nitrogen, strain rhizobium, dan tanaman kedelai merupakan faktor utama yang mempengaruhi fiksasi N dalam simbiosis rhizobium-kedelai. Pemberian pupuk N baik dari segi cara dan dosisnya dalam upaya meningkatkan produksi biji kedelai telah lama dipelajari. Pemberian

pupuk N pada konsentrasi tinggi cenderung tidak efisien lagi dalam usaha meningkatkan produktivitas kedelai. Demikian juga pemberian pupuk N dalam dosis rendah, tidak mendorong pembentukan nodul dan bahkan menurunkan fiksasi N pada tanaman kedelai. Bertitik tolak dari kesulitan tersebut, maka pemanfaatan simbiosis mutualisme antara kedelai-rhizobium dalam pe-


ningkatan fiksasi N menjadi incaran yang lebih menjanjikan. Diketahui bahwa inokulasi rhizobium tanpa pemberian pupuk N dapat memberikan hasil biji kedelai lebih tinggi dibandingkan dengan aplikasi pupuk N sebanyak 75 kg/ha. Ada pendapat lain mengatakan bahwa fiksasi N pada fase pengisian polong kedelai, lebih memacu peningkatan hasil biji daripada asimilasi N itu sendiri. Beberapa peneliti sepakat bahwa pemberian pupuk N tidak penting lagi dalam usaha peningkatan produksi kedelai dan efisiensinya. Pemanfaatan BNF (biological fixation) dipandang lebih ramah lingkungan dan menjanjikan dalam upaya meningkatan produktivitas kedelai. Dengan adanya simbiosis kedelai-rhizobium, menjadikan nodul sangat penting dalam proses fiksasi N. Salah satu rhizobium yang bersimbiosis dengan tanaman kedelai adalah Bradyrhizobium japonicum. B. japonicum menunjukkan variasi yang tinggi dalam segi keefektifan mengikat N dalam asosiasinya dengan kedelai. Fiksasi N ini sering juga dikaitkan dengan kondisi “akar dan nodul kedelai yang rusak”. Keuntungan yang dapat diambil dari nodul kedelai “rusak” tersebut adalah jenis kedelai yang spesifik tersebut dapat diperoleh dengan sengaja melalui pembentukan varietas unggul baru, yaitu kedelai penghasil hipernodul dan supernodul. Kedelai mutan penghasil nodul “abnormal” tersebut dapat diisolasi dari populasi kedelai normal melalui mutagenesis baik fisik ataupun kimia. Kalau kedelai penghasil hipernodul mampu menghasilkan jumlah nodul 2-4 kali lipat dari padi kedelai normal, namun kedelai supernodul dapat menghasilkan nodul lebih dari 10 kali dari kedelai normal. Kedelai supernodul ini menghasilkan jumlah nodul lebih banyak dan terus berkembang meskipun ada pasokan N yang tinggi di lingkungan tumbuhnya. Beberapa tanaman penghasil supernodul dan hipernodul juga telah berhasil diisolasi dari tanaman


kacang-kacangan, seperti kacang polong (Pisum sativum), kacang tanah (Phaseolus vulgaris), dan alfalfa (Medicago). Kelompok ilmuwan sebelumnya telah berhasil menghasilkan kedelai mutan supernodul/hipernodul dari kultivar ‘Bragg’ (Australia), kultivar ‘Williams’ (Australia), dan kultivar ‘Enrey’ (Jepang). Nodul yang dihasilkan oleh kedelai mutan supernodul dan hipernodul tumbuh di wilayah yang luas di bagian akar. Beberapa mutan kedelai supernodul yang dihasilkan dari kultivar Bragg mampu menghasilkan nodul dalam nitrat (NO3), yang digambarkan sebagai supernodulator atau mutan toleran nitrat. Mutan ini bisa menghasilkan sampai 10 kali jumlah nodul jenis liarnya dan meningkat fiksasi N. Jenis lain kedelai supernodul menunjukkan 20 kali berat nodul dibandingkan dengan kultivar komersial, termasuk jumlah dan berat keringnya. Namun sebagian penelitian dari kedelai hipernodul dan supernodul memberikan hasil biji yang lebih rendah daripada kedelai normal. Di Korea Selatan, kedelai penghasil supernodul (SS2-2) berhasil diisolasi dari kedelai liarnya, Sinpaldalkong 2 yang dimutasi dengan menggunakan EMS (ethyl methane sulfonate). Kedelai supernodul SS22 menghasilkan jumlah nodul sekitar 20 kali lebih banyak dari kedelai normalnya, dan tanamannya lebih pendek dengan total berat kering yang tidak berbeda nyata dari kedelai liarnya. Meskipun demikian, hasil biji kedelai supernodul SS2-2 lebih rendah daripada kedelai liarnya jika diinokulasi dengan B. japonicum. Ada indikasi bahwa

SS2-2

aktivitas asetilen reduksi (acetylene reduction activity) lebih tinggi dari Sinpaldalkong 2, yang berarti fiksasi N pada kedelai supernodul SS2-2 lebih tinggi daripada kedelai normal. Yang lebih menarik lagi, nodul ontogeni kedelai supernodul SS2-2 lebih cepat daripada kedelai normal yang berimplikasi pada pertumbuhan jumlah nodul yang melebihi normal. Kelebihan kedelai supernodul SS2-2 adalah jumlah massa nodul yang lebih tinggi daripada kedelai liarnya, walaupun tanpa suplemen N. Berdasarkan uji heterozigot dengan X2 pada progeni F2 hasil persilangan antara SS2-2 dengan kedelai liarnya, perbandingan antara galur normal dan supernodul adalah 3 dibanding 1 yang menunjukkan bahwa gen yang mengontrol supernodulasi adalah gen tunggal resesif. Evaluasi mutan kedelai hipernodul/supernodul lain di lapang juga telah dilaporkan pada studi sebelumnya, dengan melibatkan mutan dari kultivar kedelai Bragg dan Williams, yang menunjukkan bahwa supernodulators dapat tumbuh baik dan vigornya sangat bagus sebagimana kultivar liarnya, seperti supernodulators ekstrim (nts382, nts1007, mutan Bragg). Mutan kedelai supernodul juga menunjukkan aktivitas yang lebih tinggi dalam fiksasi N dibandingkan dengan kultivar komersial (Bragg, Centaur, Manark). Dalam percobaan dengan teknik grafting, mutan hipernodul/ supernodul dicirikan oleh jumlah nodul yang lebih besar, berat kering nodul akar, dan fiksasi nitrogen lebih tinggi dari jenis liar. Dari persilangan kedelai supernodul, nts382 dan non nodulasi, yang menghasilkan mutan nod49 dapat diketahui

Sinpaldalkong 2

Gambar 1. Tipe nodul pada kedelai supernodul (SS2-2) dan kedelai normal (Sinpaldalkong 2).

9

A A

B B

C C

Gambar 2. Tahap perkembangan supernodul di kedelai mutan SS2-2 pada pengamatan penampang nodul yang dipotong secara melintang. Panah menunjukkan pekembangan meristem primer berkembang pada gambar A, meristem sekunder pada gambar B (panah), dan hubungan daerah meristematik primer dan sekunder (panah) dan awal dimulainya diferensiasi nodul akar (kepala panah) di gambar C.

bahwa kedua mutan diputuskan ikatannya dan bersegregasi secara independen, yang memberi petunjuk bahwa kedelai berperilaku sebagai organisme diploid sebenarnya. Semua kedelai mutan tersebut dapat bermanfaat untuk menganalisis mekanisme pembentukan nodul, dan dianggap memiliki potensi agronomi tinggi dalam kondisi pertumbuhan tertentu. Kedelai hiper-

K

edelai merupakan sumber protein nabati utama. Kebutuhan Indonesia akan kedelai sangat tinggi mencapai 2,2 juta ton per tahun, dan 75% di antaranya masih bergantung pada impor, terutama dari Amerika Serikat dan negara-negara Amerika Latin. Ketergantungan akan kedelai impor sangat terkait dengan rendahnya produksi kedelai Indonesia dan preferensi masyarakat terhadap kedelai impor. Keengganan masyarakat untuk menanam dan menggunakan kedelai lokal, serta kecederungannya memilih kedelai impor mengancam kelestarian kedelai lokal. Padahal plasma nutfah lokal biasanya memiliki keunggulan tersendiri, misalnya sebagai sumber gen terhadap suatu karakter tertentu seperti ketahanan terhadap hama dan penyakit. Selain itu kedelai lokal sudah teradaptasi terhadap lingkungan agroekosistem di Indonesia sehingga sangat potensial untuk dikembangkan.

10

nodul/supernodul ini mungkin tidak hanya sebagai materi biologi yang unik untuk mempelajari kontribusi faktor tanaman inang dalam proses pembentukan nodul akar, tetapi juga dapat menjadi plasma nutfah dalam program pemuliaan untuk perbaikan nodul akar dan fiksasi nitrogen yang lebih ramah lingkungan. Diharapkan kedelai hipernodul/ superodul dapat sebagai sumber elemen nitrogen untuk keberhasil-

an penanaman. Di beberapa negara maju, program pemuliaan kedelai dititkberatkan pada penghasilan kedelai unggul baru yang mempunyai kemampuan nodulasi fiksasi N lebih tinggi. Meskipun hasil kedelai supernodul rendah dan tidak menarik secara komersial, namun mereka berguna sebagai penyedia N dalam sistem pola tanam. Hal tersebut disebabkan oleh kemampuan kedelai hipernodul/supernodul yang lebih tinggi dalam fiksasi N memungkinkan kedelai hipernodul/ supernodul mampu menyediakan N tanah untuk pola tanam tumpangsari atau tanaman subsekuen dengan tanaman serealia. Dengan pertimbangan ukuran dan tanaman supernodul yang pendek dibandingkan dengan tanaman kedelai normal, melalui pola penanaman dengan kerapatan tinggi, maka hasil biji kedelainya akan melebihi hasil panen kedelai normal. Puji Lestari

Melihat Keragaman Kedelai Berdasarkan Profil DNA-nya Terkait dengan hal tersebut maka plasma nutfah kedelai harus dilestarikan sebagai upaya untuk menjaga keberadaan sumber gen berbagai karakter penting yang mungkin akan sangat diperlukan untuk pengembangannya dalam lingkungan dan iklim yang terus berubah. Saat BB-Biogen memiliki koleksi sebanyak aksesi kedelai yang terdiri atas kedelai lokal, varietas unggul, varietas introduksi, dan galur-galur harapan potensial. Koleksi tersebut dikonservasi secara ex situ dan terhadap koleksi tersebut dilakukan serangkaian proses kegiatan rejuvenasi, karakterisasi, evaluasi, dan penyimpanan dan pemeliharaan benih dalam bank gen. Karakterisasi dan analisis keragaman genetik merupakan ke-

giatan utama untuk mencapai efektifitas dalam pengelolaan sumber daya genetik. Karakterisasi yang meliputi kegiatan pencatatan terhadap karakter yang diwariskan memberikan deskripsi dari setiap aksesi plasma nutfah yang dikoleksi. Karakterisasi yang memadai bermanfaat dalam diskriminasi antar aksesi, deteksi duplikasi dan pemantauan integritas genetik. Sedangkan analisis keragaman genetik memberikan informasi mengenai kisaran jarak genetik dan hubungan kekerabatan yang ada di dalam koleksi. Pendugaan keragaman genetik berguna dalam monitoring erosi genetik, pembentukan subset untuk menyusun koleksi inti (core collection), seleksi calon tetua dan untuk pengembangan strategi konservasi in situ dan konservasi lekat lahan (on farm).


Kegiatan karakterisasi terhadap plasma nutfah kedelai koleksi BBBiogen telah secara rutin dilakukan terutama terhadap karakter morfologi dan agronominya. Karakterisasi sifat fenotipik merupakan karakterisasi yang sederhana dan tidak tergantikan, akan tetapi karakter ini sangat rawan oleh terjadinya bias oleh faktor lingkungan. Karakter molekuler lebih stabil dan tidak terpengaruh lingkungan sehingga karakterisasi molekuler dipandang lebih objektif dan akurat. Pemanfaatan marka molekuler sebagai pelengkap karakterisasi fenotipik berguna dalam mendukung efisiensi dalam pelestarian, pengelolaan, dan perlindungan plasma nutfah serta upaya pemanfaatannya dalam pengembangan varietas. Di BB-Biogen analisis sidik jari DNA sebagai bentuk dari karakterisasi molekuler pada tanaman kedelai telah dimulai pada tahun 2004. Pada tahun tersebut sebanyak 96 aksesi kedelai dianalisis dengan 10 marka SSR, kemudian diteruskan pada tahun 2007 sebanyak 50 aksesi. Dari kedua penelitian tersebut diketahui adanya keragaman genetik yang tinggi pada plasma nutfah kedelai yang dapat dijadikan dasar perbaikan varietas. Pada tahun 2008 kegiatan analisis sidik jari DNA kedelai dilakukan terhadap 96 aksesi plasma nutfah kedelai dengan menggunakan 10 marka SSR. Ke-96 akesi tersebut terdiri atas varietas unggul nasional, varietas lokal, varietas introduksi dan galur harapan (Gambar 1). Kegiatan analisis sidik jari DNA yang dilakukan meliputi serangkaian kegiatan yang diawali dengan ekstraksi DNA dari sampel daun dan dilanjutkan dengan proses penggandaan sekuen fragmen DNA dengan program PCR dan deteksi fragmen hasil PCR dilakukan secara multiplek pada mesin Genetic Analyzer CEQ 8000. Skoring dan koleksi data dilakukan dengan menggunakan program yang terdapat pada mesin tersebut, sedangkan analisis statistik dilakukan dengan menggunakan piranti lunak Power


Galur

Introduksi

Varietas lokal

VUN

Tidak

Gambar 1. Komposisi aksesi kedelai yang digunakan dalam analisis sidik jari DNA tahun 2008. 2.B01_01010200D4 40000 35000 114 Satt177

30000 25000

289 Satt294

20000 15000

110 Satt177

10000

108 Satt177

5000

112 Satt177

176 Satt009 174 Satt009 170 Satt009 168 Satt009 164 Satt009 162 Satt009 178 160 Satt009 Satt009

287 Satt294

291 Satt294 285 Satt294 283 Satt294

0 0

50

100

150

200 Size (nt)

250

300

350

Gambar 2. Hasil deteksi mesin terhadap DNA salah satu aksesi kedelai yang dianalisis dengan 4 primer SSR.

II III

I

= kedelai IV

Gambar 3. Hasil pengelompokan 96 Aksesi kedelai yang dianalisis dengan menggunakan 10 primer SSR.

Marker untuk mengetahui besarnya keragaman genetik dan hubungan antar aksesi. Hasil penggandaan fragmen DNA oleh primer terdeteksi oleh mesin pembaca CEQ Genetic

Analyzer tampak sebagai grafik sinyal fluorescent dengan ukuran tertentu seperti pada (Gambar 2). Pada gambar tersebut terlihat sebuah layar dengan empat puncak. Puncak-puncak tersebut adalah

11

merupakan representasi dari fragmen DNA hasil PCR. Setiap puncak dengan warna tertentu menggambarkan alel yang dihasilkan oleh satu primer tertentu. Penggandaan dengan primer SSR menghasilkan tipe lokus tunggal dengan variasi alel. Suatu primer dapat menghasilkan alel dengan ukuran yang bervariasi dan setiap ukuran alel tersebut dianggap sebagai sebuah marka atau karakter molekuler dari aksesi yang dianalisis. Dengan demikian pada suatu aksesi yang dianalisis akan diperoleh sejumlah data karakter molekuler sesuai dengan jumlah primer yang digunakan. Sebagaimana karakter morfologi, karakter molekuler juga bervariasi dalam hal kisaran keragaman dan kemampuannya dalam membedakan antar aksesi. Ada primer yang mampu menghasilkan karakter yang bisa memberikan penciri dan pembeda antar aksesi yang disebut sebagai primer yang polimorfis, dan adapula primer yang tidak bisa menghasilkan karakter pembeda antar aksesi dalam populasi yang diteliti, yang dinamakan sebagai primer yang monomorfis. Berdasarkan dari kemampuannya membedakan antar aksesi, suatu primer dapat dikategorikan sebagai primer yang memiliki polimorfisme yang tinggi atau rendah. Pada penelitian ini kesepuluh primer yang digunakan mampu

12

menghasilkan sebanyak 153 alel. Masing-masing primer menghasilkan alel sebanyak 5-31 alel dengan rata-rata 15,3 alel. Jumlah alel terbanyak terdeteksi oleh primer SATT 009, yaitu sebanyak 31 alel. Sedangkan jumlah alel paling sedikit terdeteksi oleh primer SATT 177 dan SATT 147, yaitu sebanyak 5 alel. PIC (polymorphism information content) yang merupakan refleksi dari nilai frekuensi dan keragaman alel memiliki rerata sebesar 0,4594. Keragaman alel merupakan gambaran dari keragaman genetik dari sekelompok aksesi yang dianalisis. Dengan demikian dari hasil analisis sidik jari kedelai ini telihat bahwa aksesi kedelai yang dianalisis cukup beragam. Di antara alel-alel tersebut terdapat 35 alel jarang, yaitu alel yang kemunculannya pada aksesiaksesi kurang dari 5%. Keberadaan alel jarang ini patut diperhatikan karena bisa dijadikan sebagai penciri spesifik dari aksesi yang memilikinya dan bisa ditelusur mengenai kemungkinan keterkaitannya dengan suatu sifat tertentu. Analisis gerombol (cluster analisys) yang dilakukan dengan program Power Maker mengelompokkan aksesi-aksesi kedelai dalam empat kelompok besar. Tiga kelompok di antaranya merupakan kelompok yang masing-masing didominasi oleh kedelai introduksi, varietas lokal, dan galur harapan. Cluster I ditandai oleh aksesi kede-

lai introduksi, cluster II didominasi oleh galur harapan, cluster III berisi varietas lokal dan galur harapan, sedangkan cluster IV berisi berbagai macam aksesi dari galur harapan, varietas introduksi, maupun varietas lokal. Tidak ada kecenderungan pengelompokan berdasarkan wilayah asal atau kelompok tanamannya. Kedekatan hubungan antar kelompok aksesi ini menunjukkan kedekatan hubungan genetiknya. Kedelai diketahui sebagai tanaman yang bukan asli Indonesia, sehingga kedekatan hubungan genetik antara varietas introduksi, varietas lokal, dan galur harapan adalah wajar. Secara keseluruhan dari kegiatan analisis DNA kedelai ini dapat dilihat bahwa dengan 10 marka SSR ke-96 aksesi kedelai menunjukkan profil genetik yang unik. Masingmasing primer SSR menghasilkan suatu karakter molekuler pada aksesi yang dianalisisnya. Setiap aksesi memiliki kombinasi alel yang unik. Kombinasi alel ini menjadi penciri atau sidik jari dari aksesi tersebut. Data sidik jari ini dapat digunakan untuk melengkapi data fenotipik yang sudah ada sehingga akan terbentuk sebuah pangkalan data yang lebih komprehensif. Nurul Hidayatun, Ida H. Somantri, Dwinita W. Utami, Andari Risliawati, dan Eny I. Riyanti


Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian. Vol. 6, No. 3, Desember 2010 ISSN

Recommend Documents