2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME

ABSTRAK

Ikan Gurame (Osphronemus goramy) merupakan ikan air tawar yang banyak ditemukan di kawasan Indonesia yang memiliki kelimpahan yang cukup banyak serta memiliki banyak manfaat pada bidang pangan dan ekonomi. Potensi yang dimiliki dari O. goramy cukup tinggi, namun penelitian ikan gurame masih sangat minim. Penelitian mengenai database sequence, gen melanosit Melanocortin – 1 – Receptor (MC1R) pada O. goramy belum pernah diteliti. Gen MC1R adalah gen pengkode yang menerima respon berupa sinyal untuk memproduksi melanin dan proses pembentukan pigmen. Isolasi gen MC1R pada penelitian ini menggunakan metode PCR dengan dua pasang primer yang didesain berdasarkan sequence gen MC1R dari ikan Infraclassis Teleostei. Primer yang didesain yaitu primer degenerate non nested dan primer degenerate nested menggunakan aplikasi Primaclade. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen MC1R berhasil disolasi menggunakan kedua pasangan primer yang telah didesain dengan analisis secara bioinformatik menggunakan aplikasi Premier Biosoft. Analisis bioinformatik menunjukan tidak terdapat struktur sekunder dari primer. Hasil BLAST primer menempel pada gen MC1R DNA genome dan CDS. Desain primer. Sequence gen sebagai peran utama untuk pembuatan primer spesifik dan dianalisis dengan validasi cDNA O. goramy yang telah terinfeksi oleh bakteri Aeromonas hydrophilla. Primer spesifik berhasil mengamplifikasi gen MC1R. Hasil sequence yang telah didapatkan, dikarakteriksasi serta dianalisis menggunakan pohon filogenetika dan aplikasi SMART untuk mengetahui kebenaran gen MC1R pada sequence DNA O. goramy. Ternyata O. goramy memiliki kekerabatan paling baik dengan Onigocia bimaculata dan memiliki kekerabatan dekat dengan ordo Tetraodontiformes, Kata kunci: Primer degenarate, Primer Non Nested, Primer Nested, Gen MC1R,

i

Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME (Osphronemus gouramy) Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

ABSTRACT

Gurame fish (Osphronemus goramy) is a freshwater fish that commonly found in the area of Indonesia, it has quite a lot abundance and has a lot of benefits in food and economic sector. Benefits of O. goramy felt by the public but research of the genes in Osphronemus goramy is still very low. Research on database sequences, melanocytes gene Melanocortin - 1 - Receptor (MC1R) on O. goramy has not been studied. MC1R gene is an encoding gene that receives signal’s response and process for producing melanin pigment formation. Isolation of MC1R gene in this study is using PCR with pair of primers designed based on the MC1R gene sequences Infraclassis Teleostei fish. Primers designed in this research is nonnested degenerate primers and nested degenerate primers using Primaclade. The results showed that the gene MC1R managed electrically insulated using both primers have the bioinformatics analysis using the Premier Biosoft application. Bioinformatics analysis showed there was no secondary structure of primer. BLAST results primer attached to the DNA genome and CDS MC1R gene. Sequence of genes as the main role for the manufacture of specific primers and analyzed by cDNA validation O. goramy who have been infected by Aeromonas hydrophilla bacteria. Specific primer managed to amplify the target. Results of sequence characterization that has been obtained by analysis using phylogenetic trees and applications SMART to determine the truth of the MC1R gene in the DNA sequence O. goramy. O. goramy have found that most good kinship with Onigocia bimaculata and has a close kinship with the order Tetraodontiformes. Keywords: Primer degenarate, Primer non nested, Primer Nested, MC1R Gene

ii


KATA PENGANTAR

Puji serta syukur terpanjatkan ke Hadirat Illahi Rabbi, Allah SWT yang telah memberikan kesempatan dan nikmat-Nya, ridha dan izin-Nya serta kasih sayang Nya yang selalu tercurah limpahkan kepada penulis untuk dapat menyelesaikan skripi yang berjudul “Karakterisasi Gen Parsial Melanocortin-1Receptor (MC1R). Pada Ikan Gurame (Osphronemus goramy)” ini dengan baik dan benar. Salawat serta salam selalu tercurah limpahkan kepada Nabi besar, Rasulullah SAW, beserta keluarganya, sahabatnya dan kita semua sebagai umatnya. Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kata kesempurnaan, banyak sekali kekurangan sehingga perlu perbaikan. Semua kekurangan ini diakui sebagai kekhilafan dari penulis sebagai tempat kekurangan dan kesalahan. Oleh karena itu penulis sangat mengharapkan adanya saran dan kritik untuk perbaikan untuk menjadi lebih baik lagi di masa yang akan datang. Penulis berharap skripsi ini akan bermanfaat sedikitnya dan sebagai sumbangan untuk dunia ilmu pengetahuan. Penulis tidak dapat menyelesaikan skripsi ini banyak bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu penulis berkenan untuk menghaturkan ucapan terima kasih dari yang terdalam kepada: 1. Ibu Diah Kusumawaty, M.Si. selaku dosen pembimbing I atas segala bimbingan, arahan, bantuan dana, dan motivasi selama penyusunan skripsi. 2. Ibu Any Aryani, M.Si. selaku dosen pembimbing II atas segala masukan, bimbingan dan arahan serta motivasi selama penyusunan skripsi. 3. Bapak Dr.Bambang Supriatno, M.Si. selaku ketua Departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI atas segala kemudahan yang diberikan selama penyusunan skripsi. 4. Bapak Dr. Didik Priyandoko, M.Si. selaku ketua prodi Biologi Departemen Pendidikan Biologi atas segala bantuan dan kemudahan yang diberikan selama penyusunan skripsi iii


5. Bapak Dr. Yayan Sanjaya, M.Si. selaku dosen pembimbing akademik atas segala masukan, bimbingan, arahan serta motivasi yang diberikan dari awal penulis masuk hingga penyusunan skripsi. 6. Seluruh staf dosen departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI atas segala ilmu dan waktu yang telah diberikan selama ini. 7. Seluruh staf laboran, Pak Deden, Pak Sarna, Bu Iin, Teh Enci, dan Pak Kus atas segala bantuan yang telah diberikan demi kelancaran penelitian skripsi. 8. Orang tua tercinta, Mamah Netty Kurniati dan Abah Ir, Denny Indrawan, Kakak-kakak tersayang Teh Sari Dewi Kurniasih, M.Si dan Aa Radian Febi Indrawan, S.T., Andung Enok Sumarni, Angku Juliar Thaib, Bibi- bibi: Bi Suzie, Bi Susan, Bi Andam, Om Daus, Ua-ua: Ua Tata, Ua Tini, Ua Nina, dan Ua Tati yang selalu memberikan dukungan, bimbingan, perhatian, motivasi serta doa. 9. Sahabat terbaik dan tersayang serta seperjuangan, satu kosan, satu lab, satu kelompok kegiatan, satu kelas Pina Rosica, dan Rizka Khairunisa. Radita Maulasari, Septi Sri Rahmawati, Deasi Resnasari, Tia Nur Jannah, Arini Fadillah yang selalu mendukung, mendoakan serta ikatan ukhuwahnya. 10. Teman-teman satu tim lab Angga Kly Sandy selaku rekan kerja terbaik, dan ‘Genk Lab Mikro’ Sandy Ahmad Herdiansyah, Dina Karina Islami, Putri Yunitha Wardini, Puji Nurhayat, Amelia Qadaryanti, dan Hestiarahma Purnamasari yang selalu memberikan semangat dan keceriaan saat penelitian. 11. Sahabat serta saudara seperjuangan ‘GREATEST TEAM 2011’ Nur Rokhmani Tri Siswi, Erna Nur Hasanah, Dani Nur Arifin, M. Hilman Anwaruddin, Dimas Mutiar, Ahmad Fauzi Mulyana, dan Helmi Nasrulhaq yang memberukan semangat, doa dalam ikatan ukhuwahnya. 12. Adik-adik kelas tersayang angkatan 2012 Fippy, Filda, Siti Sarah, Dzihni, Novi Dewi, Dede, Listia, Sky, dan Akbar, angkatan 2013 Fanny, Audya, Lulut, Zahra, Siti Nuroniah, Siti Komariah, dan Tuqo, angkatan 2014 Nadong, Uswah, Fatimah, Dei, Puti, Nida dan Anggi semoga menjadi lebih baik kelak. iv


13. Keluarga Biologi C 2011 ‘Tocsic’ yang menjadi teman-teman seperjuangan selama empat di kampus UPI tercinta. 14. Keluarga Besar DPM REMA UPI 2015 yang telah memberikan warna dalam amanah dan perjuangan di dalam organisasi kampus Raditya Muttaqin S., Ina, Jihad, Dea, Azizah, Eha, Ririn Amna, Yayu, Epul, Ayu Aditya, Arni, Devi, Yeni, Alfi, Ihsan dan Farhan 15. Semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah membantu serta mendoakan hingga selesai katya tulis ini. Penulis menyadari banyak sekali kekurangan dalam penulisan skripsi ini tanpa dukungan dan bimbingan pihak yang terkait penulis tidak mungkin dapat menyelesaikan skripsi ini. Dengan segala kerendahan hati, penulis menerima kritik dan saran untuk dapat memperbaiki segala kekurangan. Semoga Allah membalas semua kebaikan dan pengorbanan yang telah diberikan. Bandung, November 2015

Penulis

v


2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME

Recommend Documents