2011. január 10. – 2011. április 10. IPK Gatersleben (Németország)
2011. május 17. Kruppa Klaudia
2011. május 17. Kruppa Klaudia
Gatersleben (G-life) Administration Country
Germany
State
Saxony-Anhalt
District
Salzlandkreis
Town
Seeland Basic statistics 2
Area
16.00 km (6.1 8 sq mi)
Elevation
110 m (361 ft)
Population
2,272 (31 December 2009)
2011. május 17. Kruppa Klaudia
Az Intézet: Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)
Létszám
~500, 180 kutató
Alapterület
90 ha
Labor terület 6325 m2 Üvegház
3054 m2
A munkám helyszíne: Genomzentrum Osztály: Cytogenetics and Genome Analysis Csoport: Gene and Genome Mapping Csoportvezető: Marion Röder
2011. május 17. Kruppa Klaudia
ALFexpress® II DNA Analyser electrophoresis + laser fluorescent detection system PCR fluoreszcensen jelölt Left-primerrel acrylamid/bisacrylamid monomer tartalmú gél- UV polimerizáció 1 gél (kb 20ml) 4-5x használható, egy futtatás alkalmával 40 minta, egy gélen így összesen 160-200 minta elemezhető Futtatás időtartama: 50-80 perc fragmenthossz meghatározás a külső és a mintákhoz adott belső ismert hosszúságú fluoreszcens fragmentekez viszonyítás után.
2011. május 17. Kruppa Klaudia
Célkitűzés: Azonosított transzlokációs vonalakon fizikai térképezés SSR markerekkel eddig nem azonosított vonal meghatározása Búza SSR markerek tesztelése Agropyron fajokon, és búzával keresztezett utódaikon 83 Xgwm (Gatersleben wheat microsatellites) 31 GBMS (Gatersleben barley microsatellites)
2011. május 17. Kruppa Klaudia
2011. május 17. Kruppa Klaudia
• ‘Mv9kr1’ x ‘Igri’ búza × árpa transzlokációs vonal,
5H árpa kromoszóma rövig karjának teminális része
? Nem teljes 7D rövidkar
• Azonosítva FISH-sel és SSR markerekkel
Teljes 7D hosszúkar
• A tr. töréspont közelebb lehet a telomerhez mint az eddig ismert deléciós vonalak töréspontjai
7D.5HS transzlokációs vonal GISH mintázata
cél: transzlokációs töréspont meghatározás
• fizikai térképezésének eddigi eredményei: (Nagy et al. 2002 Genome; Molnar-Láng et al. 2005 Plant Breed.; Sepsi et al. 2009 Cereal Res.Commun.)
2011. május 17. Kruppa Klaudia
23 pár 7D specifikus SSR marker
7DS hiányzó része
7 hiányzó marker
• Az összes 7DL specifikus marker bizonyította a teljes hosszú kar jelenlétét • 7 marker jelezte a 7D rövid kar terminális részének hiányát
7DS részlet
• A 7 marker közül 6 nem volt még fizikailag térképezve
Xgwm1000a,Xgwm295, Xgwm1002, Xgwm0044, Xgwm974, Xgwm780, Xgwm1007, Xgwm1154, Xgwm1242, Xgwm1168, Xgwm0121a, Xgwm1276, Xgwm1102
• A jelen lévő mikroszatellitek közül kettő a terminális bin-re volt térképezve (Xgwm295 and Xgwm44) Teljes 7DL
A 6 ezidáig nem térképezett marker fizikai helye a terminalis binen van de távolabb az Xgwm44 és Xgwm295-nél
2011. május 17. Kruppa Klaudia
4D.5HS transzl. vonal GISH mintázata
• 4D.5HS transzlokációs vonal ‘Chinese Spring’ X ‘Betzes’ keresztezésből származik • az 5H kromoszómát SSR markerekkel azonosították
4D centromerikus fragment
• 4D centromerikus fragmentet FISH-sel azonosították
5HS részlet
• Tíz 4D-specifikus SSR markert alkalmaztunk (3 – ugyanaz a méret búzában és árpában)
4D 4D hiányzó rész Xgwm1163 Xgwm819 Xgwm165(4DL) Xgwm624(4DL) Xgwm609(4DL) 4D hiányzó rész
• 2 marker helyzete eddig ismeretlen volt, a centromer közeli régión vannak jelen • Xgwm165 korábban a 4HL centromerikus régióra volt térképezve (0.00-0.31)→ disztálisabb részen található
2011. május 17. Kruppa Klaudia
♀
4H(4D)szubsztitúciós vonal × 4HL jelenlétét azonsítottuk
♂
‘Chinese Spring’ ph mutáns korábban
SSR
markerekkel
A búza kromoszóma kar 5DL-ként azonsítottuk FISH-sel, de SSR markerekkel ezelőtt még nem erősítettük meg
5DS-specifikus markerek: Xgwm205, Xgwm190, Xgwm358, Xgwm16;
5DL-specifikus markerek: Xgwm583, Xgwm292, Xgwm639, Xgwm654, Xgwm269, Xgwm272, Xgwm565, Xgwm271, Xgwm805, Xgwm212 and Xgwm700.
Xgwm182,
Xgwm174,
Az 5DL jelenléte bizonyított a tesztelt markerekkel, azonban a rövidkar hiányát csupán 1 marker jelezte (Xgwm190) 2011. május 17. Kruppa Klaudia
Agropyron glael: Agropyron glaucum × Agropyron elongatum manapság: Thinopyrum intermedium × Thinopyrum ponticum Genom:
JJsS
2n=6x=42
Genom: JJJJsJs
2n = 10x = 70
Agropyron glael 2001: F1 hibrid: ♀Mv9kr1 ×♂Agropyron glael 2004: BC1 2005: BC2 2006-:tenyészkert
2011. május 17. Kruppa Klaudia
23 különböző vonal, szülőpartnerekkel 32 búza SSR marker – főleg B- genom specifikusak 22 marker használatával kaptunk ponticum-on és Th. intermedium-on
terméket
Thinopyrum
9 primer pár használható Thinopyrum specifikus markerként Minden vonalban mikorszatellitek
jelen
vannak
a
vizsgált
búza
Minden vonal hordoz valamennyi rész Agropyron kromoszómát A molekuláris citogenetikai vizsgálatok befejezése után az SSR analízis precízebb és jelentősebb lesz.
2011. május 17. Kruppa Klaudia
Köszönöm a figyelmet!
2011. május 17. Kruppa Klaudia
