Chemtox manuál
1.
MTT test ……………………………………………………………………………………………………………………………… 2 a. Vyhodnocení MTT testu pro ALL (Leukémii) ……………………………………………………………. 2 b. Vyhodnocení MTT testu pro NEW (nový derivát) ……………………………………………………. 9
2.
Přidávání / odebírání …………………………………………………………………………………………………………. 12 a. Line ………………………………………………………………………………………………………………………. 12 b. Panelů …………………………………………………………………………………………………………………… 12 c. Cytostatik / Chemických látek ……………………………………………………………………………….. 13 d. Diagnóz …………………………………………………………………………………………………………………. 13
3.
Maska ………………………………………………………………………………………………………………………………… 14 a. Vytvoření nové masky …………………………………………………………………………………………… 14 b. Vytvoření nové masky úpravou jiné masky …………………………………………………………… 17
4.
Report ……………………………………………………………………………………………………………………………..... 20 a. Úpravy reportu ……………………………………………………………………………………………………… 20
5.
Užitečné informace ……………………………………………………………………………………………………………. 23 a. Filtrování dat ………………………………………………………………………………………………………… 23 b. Řazení dat …………………………………………………………………………………………………………….. 24 c. Mazaní dat ……………………………………………………………………………………………………………. 24 d. Panel …………………………………………………………………………………………………………………….. 26 e. Graf ………………………………………………………………………………………………………………………. 29 f. Hlavní tabulka ………………………………………………………………………………………………………. 31 g. Starý / Nový Algoritmus ………………………………………………………………………………………… 32
1
1. MTT test a. Vyhodnocení MTT testu pro ALL (Leukémii) Klikneme na tlačítko New Line
Vybereme o jaký MTT test se jedná (ALL, ST, NEW ~ ND, EXP ~ Experimenty)
2
Vyplníme požadované údaje (pro ALL v našem případě) Datum (přijato / vyhodnoceno) – výběrem data a stisknutí tlač. „Cal“, příp. zapsáním data Rodné číslo – existuje-li pacient v DB stiskněte tlačítko „find“ Jméno a Příjmení – není - li pacient ještě v DB Notes – zde se zatím udávají materiály jak ve starém Chemtoxu (napojení na systém pana Lokoče – úprava po domluvě v nové verzi) Diagnózu – zde se nedopisuje (nemusí) celý název, ale platí ten který je označený modře (v tomto případě Leukémie lymfoidní)
Dále můžeme začít přidávat panely, přes tlačítko „New panel“
3
Vybereme masku, zadáme název panelu a nahrajeme absorbance, přes tlačítko „Load absorbance“ (v našem případě maska – nova1, Panel name – panel1_z_ALL710)
Nahrajeme data (změřená z Genesis)
4
Nyní si můžeme prohlédnout data panelu Graf zobrazuje vybrané cytostatikum, v tomto případě Vepesid a jeho hodnotu EC50. Dole pod grafem je možné zjistit jinou EC/koncentraci po zadání koncentrace/EC.
Po zadání všech panelu klikneme na tlačítko „Edit report“
5
Vyplníme hlavičku reportu („Datum odběru“, „Datum zahájení testování“, „Materiál“, „MKN“, „Pojišťovnu“, „Pracoviště“, „Lékař“, „Odbornost lék./Číslo vzorku“, „IČO lék./Číslo grantu“, „ Zapracoval – laborant“, „Zpracoval – vyhodnotil“, „Vidoval“). Okno reportu může zůstat otevřené, data měření se dají upravit v hlavním okně a tlačítkem „Obnovit“ znovu načíst.
Stiskem tlačítka „->Výsledky“ přeneseme data, která chceme odeslat vytištěná v reportu.
Doplníme komentář a klikneme na tlačítko „Tisk“.
6
Vljsledmj report Strana 111
Laborator experimentalni medic ny oetska klinika LF UP a FN v Olomouci,Puskinova 6,Olomouc77520 tel: +420-585 854 421, fax: +420-585 852 527 Vyseti'enichemorezistence nadorovych bunek in vitro MTitestem Jmeno :Rolf Cabelka Rodne cs i lo :800409/1040 Protokolc islo : ALL731 Pojist'ovna : 201 Diagnoza :Leukemie lymfoidni C iselny kod (MKN) : C91.0 Jmeno lekare :Dr.J.Hak Odbornos t lekare : 2F2 Odes laj ci pracoviste :FN Hradec Kralove
Material:PK Datum odberu :25.01.2011 Oat.vysetreni : 25.01.2011 ICO leka 64004384
re:
Vysledek vysetrenichemorezistence MTitestem vysledl
Testovane leCivo
6-thi oguanin Cytosin arabinosid Daunorubi cin Dexillllethazon L-asparaginaza Prednisol on Vepes id Vinkristin
76.144 <0.02 0.984 <1.83E-04 <0.003 >242. 4 6. 021 <0.049
% prezivajicich b.
100/56.543% 20/26.268% 2/17.108% 6/19.218% 10/21.342% 242.4/88.313% 50/-3.59EO!% 50/2.771%
Komentar vysledku Komentai' k vysledku RolfC
Katei'ina Mikova
MUDr.Michaela Spenerova
Doc.MUDr.Marian Hajduch, Ph.D
Vy5etreniprovedl
Vyseti'enivyhodnotil
Vidoval
Zkusebni protokol nesmi byt bez pisemneho souhlasu laboratoi'e reprodukov{m jinak nez cely
7
Ukázkové výsledky korespondují s ALL 710 ze starého SW Chemtoxu (pro náš případ byla použita pouze „Raw data“ prvního panelu). Pozn.: Jestliže se výsledek u daného cytostatika liší jen nepatrně, jedná se o jiné zaokrouhlení (nový Chemtox zaokrouhluje až výsledek, oproti starému Chemtoxu, který zaokrouhluje i mezivýsledky). Je-li výsledek o trochu jiný, mohlo dojít k úpravě dat (uživatel starého Chemtoxu může provést úpravu jak absorbance, tak i vypočtené EC hodnoty). Stará „Raw Data“ existují (od ALL 609, ST 3213, ND 804).
8
b. Vyhodnocení MTT testu pro NEW (nový derivát) Přes tlačítko „New Line“ se dostaneme do okna New Line, kde zvolíme NEW (nový derivát) a vyplníme povinná pole. (V našem případě použiji data od panu Šarkovi testovány látky na linii CEM 3. Nasazení)
Vložíme naměřené panely přes tlačítko „New Panel“ (panely 900-905) a stiskneme tlačítko „Edit Report“
9
Vyplníme požadované údaje, klikneme na tlačítko „->Výsledky“ a nakonec na tlačítko „Tisk“.
Porovnání výsledků se starým SW Chemtoxem. Výsledky v nového Chemtoxu tento příklad./Výsledky starého Chemtoxu (ND 900-905)
Nakonec dostaneme výsledný report 10
.{i7 Nahled
m l t}l ldl l
·J
Zobrazenijedne stnni ky
>
PfizpUsobit burice
T ..._;
l Strana 112
Laborator experimentalnimediciny oetska klinika LF UP a FN v Ol omouci,Puskinova 6,Olomouc77520 tel: +420-585 854 421,fax: +420-585 852 527
-
Vysettenichemorezi stence nadorovych bunek in vitro MTTtestem Jmeno : Protokolcislo : NEW2138 Di agn6za : Jmeno I@kate :
Rodne cislo : PojiSfovna : Ci selny k6d (MKN) : Odbornost l ekare :
Material: Datum odberu : 27.012011 Oat. vysetreni: 27.01.2011 ICO l ekate :
Odesilajicipracoviste: NO 900-905 7/2010 Sarek Vysledek vysetreni chemorezistence MTT testem VYsledky testovanichemosenz.itviity na cytostatika in v ro jsou vyj;3cfena v ECSO, tj.v koncentraci, pfi ktere pfei.iva 50% n<3dorovYch bunek(v ug/ml nebo U/ml v pfipade L-asparagin<3zy). Standardniodchylka rrBenije 15%,nejstota mfrenije 10% hodnoty ECSO. Paral etne ud:3vame i maxim31ntiestovanou koncentraci teCiva(Cmax) a procento bunek pfe vajicich Cmax
Testovane leCivo
·-
JS3.1036 JS3.1036 JS3.1039 JS3.1039 JS3.1041 JS3.1041 JS3.1072 JS3.1072 JS3.1073 JS3.1073 JS3.107S JS3.1078 JS3.147S -
-
--LI:.-"<...L:&.............-
CMax
EC50
0. 929 1' 551 L224 0, 94 2. 541 3. 078 0. 441 0. 691 <0' 244 <0' 244 10.883 8. 435 49.513
- · - S2-22..2.___
I
% preZivajicich b.
250/-4.16EOO% 250/-5.98EOO% 250/-3.71EOO% 250/-3.26EOO% 250/-2.8EOO% 250/-5.53EOO% 250/-9.84£-01% 250/4.012% 250/1.741% 250/3.558% 250/-3.85EOO% 250/-1.54EOO% 250/10.47% ......2f fii..!L JIE&'L
-
St1ilnkg t
z2
-
-
-
--- ·
J
11
2. Přidání / Odebrání a. Line – Přidat Line v Chemtoxu můžeme ze třech míst z menu „Line/New Line“ nebo z hlavního okna a z formuláře Select line přes tlačítko „New Line“. Po vyplnění požadovaných dat můžeme danou Line najít pomocí „Search“ a odebrat pomocí tlačítka „Delete/Undelete“.
b. Panelů – Line (ALL, ST, NEW, EXP) plníme panely přes tlačítko „New panel“ nebo „Panel/New Panel“ v Menu. (Označený panel odeberme tlačítkem „Delete/Undelete“ v hlavním okně.)
Vyplníme jméno panelu a po vybrání odpovídající masky nahrajeme absorbance pomocí tlačítka „Load absorbance“. 12
c. Cytostatik / Chemických látek – Přidat cytostatikum nebo chemický derivát lze přes „Cytostatics/Cytostatics - List of Value“ v menu, kde v okně Cytostatics vyplníme jméno popř. jednotky a stiskneme tlačítko „New“.
Odebrat ho můžeme přes tlačítko „Delete/Undelete“.
d. Diagnóz – Diagnózu přidáme přes „Diagnoses/Diagnoses – List of Value“ v menu, kde v okně Diagnoses vyplníme jméno (popis) a zkratku (kód, MKN) a stiskneme tlačítko „New“.
Vybranou Diagnózu odebereme přes tlačítko „Delete/Undelete“. 13
3. Maska a. Vytvoření nové masky – Jako nejrychlejší postup doporučujeme vybrat ze stávajících masek nejpodobnější masku. Té změníme jméno, upravíme a uložíme viz. popis b níže. Chceme-li vytvořit novou masku od začátku vybereme „Mask/Mask – List of Value“ z menu a v okně Masks stiskneme tlačítko „New mask“.
Označíme tlačítkem „>” sloupec a klikneme na tlačítko „Blank Area“. (Odebraní Blanku – vybereme skupiny blank, který chceme smazat ta se nám automaticky označí a stiskneme tlačítko „Delete“).
14
Obdobne pridame sloupec kontroly. Nynf zacneme pridavat Datove skupiny (cytostat.;latky). Oznacfme sloupec ,>", vybereme cvr..11arKu pro sloupec,napfseme maximalnf koncentraci, redenf v pomeru,skupinu blanku se Iatka vztahuje,skupinu kontroly a popf. skupinu
nitial cone.:
----,
.......···•ltt
250
Continue
Diu l ting factor: -4:--1-
••····• 0 New'·•"··.....
Blank:
II
ontrol:
INone
2
..6::._
- - 7-
lEI lEI --
5
IEI lEI --
lEI lEI --
lEI lEI --
lEI lEI --
lEI lEI -lEI lEI --
Delete
-
--4'-
I)
Data Area
Color:
-
.......
lEI lEI -lEI
IEI lEI lEI lEI lEI lEI -
lEI lEI lEI lEI lEI lEI lEI lEI
lEI lEI -
Data Search in 1ostatics :
v @ Continue () New
4
lEI lEI lEI lEI lEI lEI lEI
6
1 2 0
0
---
lEI lEI
---
7
lEI lEI lEI lEI lEI lEI lEI
lEI lEI lEI lEI lEI lEI lEI
15
lEI
lEI
lEI
lEI
lEI
16
Takto postupně přidáme potřebný počet cytostatik/látek (v podstatě ve většině případech měníme jen cyt./látky a její počáteční koncentraci s poměrem ředění). Nakonec masku pojmenujeme a doplníme o poznámky a zmáčkneme tlačítko „Save as new“.
Vytvořenou masku si můžeme hned překontrolovat napravo v okně Mask, kde je vždy znázorněna vybraná maska z tabulky nalevo. Význam jednotlivých dat pro cyt./látek (šedivá pole) ve sloupci od shora Název cyt./látky, skupina v grafu, koncentrace. Barevné značení je převzato ze starého SW tedy blank – modrá, kontrola – zelená, color blank – červená.
17
b. Vytvoření nové masky úpravou z jiné masky – V hlavním okně v menu zvolíme „Mask/Mask – List of values“. V okně Masek vybere (můžeme s pomocí náhledu) masku, která je nejvíce podobná naší budoucí masce a stiskneme tlačítko „Edit mask“.
Provedeme požadované změny. Nejrychleji odebráním skupin/sloupců (cyt./látek) a jejich záměnou za jiné cytostatikum nebo jinou koncentraci. Zde pro ukázku zaměním Vinkristin 1 za Vinkristin a zároveň změním počáteční koncentraci na 100 (viz.obrázky níže). Vybereme skupinu cyt./látek
18
Odebereme skupinu cyt./látek
To samá z opakujem i pro sloupec naprava (,kde je duplet cyt. Vinkristin 1).
19
Nyní si označíme volný sloupec tlačítkem „>” vybereme cyt./látku (v našem případě Vinkristin), zvolíme počáteční koncentraci (v našem případě 100) a doplníme poměr a návaznost na blank skupinu a skupinu kontroly. Nakonec stiskneme tlačítko „Data Area“.
Poté označíme „>“ sloupec napravo a stiskneme tlačítko „Data Area“.
20
Změníme název masky na nový ještě nepoužívaný a stiskneme tlačítko „Save as new“.
Po uložení masky si můžeme prohlédnout provedené změny. (Změnu z Vepesid1 na Vepesid)
21
4. Reporty a. Úprava reportu – zde uvedeme report ST 3757. Napíšeme daný vzorek do pole a stiskneme ENTER nebo tlačítko „Search“.
V hlavním okně vidíme, že se jedná o pacienta se 4 panely, stiskneme tlačítko „Edit Report“.
Data nalevo jsou spočítána data, a napravo se nachází odeslaný výsledek (světle modře) a tlačítkem „Malé množství buněk“ lze vložit větu o nenasazeném MTT testu do komentáře.
22
Vysledek odeslany na tiskarnu.
'Iii N.ihled
I
[Il
I
!)
l lldJ I
Zobrazenijedne stranky
. . I PfizpUsobit burke .... I
St:rana 111
L.aborator experimentalnimediciny oetska klinika LF UP a FN v Olomouci,Puskinova 6, Olomouc- 77520 tel: +420-585 854 421, fax: +420-585 852 527 Vysetrenichemorez:istence nadorovjch bunek in vitro MTTtestem Jmeno : Georgios Stefanidis Rodne cislo :390328/957 Protokolcislo : ST3757 Pojisfovna : 205 Di agn6z:a : C iselny k6d {MKN) : Jmeno lekare :MUDr.O.Kalita,PhD. Odbornost lekafe : 5F6 Odes l aj cipracoviste :FN OL,Neurochirurgicka klinika
Materi al:tumor Datum odberu :12.10.2009 Oat. vysetreni : 12.10.2009 ICO l ekare : 757
Vysl edek vysetrenichemorez:istence MTT testem VYsledky testovanf chemosenzitivity na cytostatika in vitro jsou vyjac:fena v EC50, tj.v koncentraci, pfi ktere pfei. va 50% nadorovYch bunE!k(v ug/ml nebo U/nl v pf pade L-asparaginc3zy). Standardniodchylka rrefenije 15%, nejstota rref eni je 10% hodnoty EC50.Paral elnE! udavame i maxim<31nitestovanou koncentraci leCiva(Cmax) a procento bunE!k pfe .ivaj cich Cmax. Testovane leCivo
Gemcitabin Karboplatina Taxol Vepesid BCNU Vinkristin Cisplatina
CMax / % p:ieZiva jicich b.
> 300
300/ 98,2% 1 00/ 56,8% 50/1 6, 005% 50/ 90, 1% 1 00/ 96,2% 50/66, 4% 1 00/ 20,79%
> 100 8,7746 > 50 > 100 > 50 67, 0885
Strank.Q
-=·
,,
23
5. Užitečné informace a. Filtrování dat – lze v první řadě přes výběr časti DB (ALL, ST, NEW, EXP).
Další filtr se aktivuje přímo při psaní do vyhledávacích polí. Zde vidíme jaký je rozdíl, když napíšeme ‘Leu‘ pak vybíráme všechny položky začínající ‘Leu‘. Uvedeme-li před výraz hvězdičku ‘*Lem’ pak vybíráme všechny položky obsahující ‘Lem’ na velikosti písmen nezáleží aplikace tedy vybere i Ca pleury.
Také je dobré vědět, že výběr se nemusí vztahovat jen k jednomu sloupci. Např. fitr ‘*c‘ vybral položku “235 Monopauzální a jiné poruchy N95.9“. Jinde je c hned vidět ve zkratce diagnózy.
24
b. Řazení dat – data lze řadit podle sloupce vzestupně nebo sestupně, stačí kliknout na název daného sloupce viz. ukázky (např. diagnózy seřazeny podle Názvu vzestupně/sestupně, podle Zkratky/MKN vzestupně/ sestupně).
c. Mazání dat – žádná data se z DB nemažou. Jen se označí tlačítkem „Delete/Undelete“. Podle pohledu „OK/Delete“, vidíme buď nesmazaná data (normální stav), nebo smazaná data (viz. příklad obrázky – smazání a spětné navrácení cytostatika Vinkristin1).
25
Po stisku tlačítka „Delete/Undelete“ bylo odstraněno cytostatikum Vinkristin1
Najdemeho pak ve smazaných položkách.
Po stisku tlačítka „Delete/Undelete“ se Vinkristin1 znovu objeví mezi platnými cytostatiky.
26
Chceme-li ho vidět, musíme se opět přepnout do pohledu na normalní (nesmazané) položky.
d. Panel – Panely jsou provázány s maskou. Proto před nahráním absorbancí panelu je potřebe vybrat masku (viz. příklady v první kapitole). Dále je možne měnit panelu vypočtené hodnoty průměrného blanku, kontroly a color blanku nebo je vracet na vypočtené Např. změna průměru blanku na 1.5 U Line ALL 731, panel 19131 s maskou nova1.
27
Přes tlačítko „Edit Panel“ nastavíme 1.5 hodnotu průměrného blanku.
Po stisku tlačítka „OK“ se korespondující data přepočtou (EC hodnoty) a překreslí (graf). Jak je patrné z grafu hodnoty EC nepoklesly s touto změnou pod hodnotu 1 pro cytostatikum Vepesid.
28
Chceme-li se vratit k původním hodnotám, pak v okně edit panel stiskneme tlačítko „Compute“ a vypočtená hodnota přepíše zadaný blank z 1.5 na původní.
Po stisku tlačítka „OK“ se korespondující hodnoty přepočtou zpět.
Cytostatikum Vepesid je spět v rozsahu EC hodnot od 0 do 1 a EC50 = 17,227.
29
e. Graf – v grafu lze znázorňovat jednotlivě (výběr SPLIT) po jednotlivém měření cytostatika (sloupci) nebo jednotlivá cytostatika spojeně (výběr JOIN) nebo.
Zjistit hodnoty (EC/koncentrace) pro např. EC10 musíme zadat EC=0,1 a korespondující koncentrace je c = 43,382 a u Conc=10 je EC=0,587 tedy EC58,7 (viz.obrazek).
Změna hodnot jednotlivých bodů grafu se provádí stiskem levého tlačítka myši v grafu co nejblíže bodu (vybraný bod se určuje podle místa kde jsme stiskli tlačítko myši a nejbližší bod je vybran jako bod který chceme měnit). V Okně „Edit Well“ změníme jamku vzorku na potřebné hodnoty. Pokud se později rozhodneme vrátit k naměřené (původní) absorbanci nebo EC hodnotě, stačí ji opsat z okna ( Measured absorbance: 0,56 nebo EC 0,919 )
30
Zvětšování / zmenšování v grafu lze přes kolečko myši nebo vybereme danou oblast kterou chceme vidět (výřez) pro návrat na původní velikost pravé tlačítko myši a volba Un-Zoom. Graf je možno kopírovat přes pravé tláčítko myši a výběr Copy (viz.obrázky níže).
Výběr oblasti zvětšení myší.
Navrat pomocí menu
a Copy kopie obrázky grafu
31
f. Hlavní tabulka – „Main table“, zde vídíme všechna data panelu pohromadě. Barevné oddělení je blank – modře, kontrola – zeleně, color blank – červeně, cyt./látka – šedě a prázdná jamka (i v masce) – bíle. První číslo v každém sloupci je vypočtená hodnota EC z absorbance jamky dále u cyt./látek jejich název pak číslo korespondující křivku v grafu (cyt./látky jednotlivě – SPLIT). Jako poslední je koncentrace dané jamky. Data můžeme prohlížet odděleně (jen absorbance, jen EC hodnoty, jen Cytostatika s koncent. anebo jen strukturu masky).
Cytostatikum v tomto případě Vepesid(1), který je znázorněn na grafu a jeho data jsou lehce zvýrazněna v „Main table“ světle modrou barvou a je možné po kliknutí na dané pole (bod v grafu, jamka panelu) měnit naměřenou absorbanci nebo EC hodnotu. Stejným způsobem jak bylo popsáno u grafu. Např. pole D3.
32
h. Starý / Nový Algoritmus – Tento přepínač slouží k přepočtu EC hodnot podle (Starého / Nového Algoritmu). Starý algoritmus obsahoval nepřesnost u látek počítaných s color blankem tento color blank se odečetl i s blankem (průměry) od absorbance, v novém je vyměněn color blank za normalní blank a odečeten jen jeden blank (blank nebo color blank viz. níže).
Starý algoritmus: Pro jamku s color blankem i blankem EC
absorbance blank color blank kontrola blank
Pozn. U jamky s jen blankem je color blank = 0.
Nový algoritmus: Pro jamku s blankem
EC
Pro jamku s color blankem EC
absorbance blank kontrola blank absorbance color blank kontrola color blank
Tedy např. pro náš Vepesid1 v jamce C3 o absorbanci = 0.426, a průměry (viz. panel) blank = 0.178, color blank (2) = 0.149, kontrola = 0.594. Po dosazení… Nový: EC
0,426 0,15 0,623 0,549 0,15
Nový algoritmus
Starý alg. EC
0,426 0,178 0,15 0,236 0,549 0,178
Starý algoritmus
Pozn. Hodnoty, které vidíme jsou zaokrouhleny na 3.desetiném řádu, ale nový Chemtox nepočíta s těmito zaokrouhlenými daty (nezaokrouhluje mezivýsledky). 33
