Zpravodaj. âeskoslovenské biologické spoleãnosti ABSTRAKTA. XIX. BIOLOGICKÉ DNY Bilogick v zkum pro lidské zdraví. Hradec Králové

Zpravodaj âeskoslovenské biologické spoleãnosti Mezinárodní sympozium The Functional Organization of the Cell Nucleus

ABSTRAKTA

XIX. BIOLOGICKÉ DNY Bilogick˘ v˘zkum pro lidské zdraví

Hradec Králové 29.– 31. fiíjna 2008

ãíslo 2 BRNO 2008

SYSTÉM PRO FLUORESCENČNÍ MIKROSKOPII DYNAMICKÝCH PROCESŮ V ŽIVÝCH BUŇKÁCH

Hlavní přednost systému Cell-R spočívá v kombinaci unikátního fluorescenčního zdroje a vyspělé řídící jednotky. Výsledkem je vysoce stabilní excitace s velmi rychlým a přesným řízením umožňujícím optimální časování a synchronizaci. Systém je tak velmi vhodný pro široké spektrum aplikací včetně velmi náročných metod jako jsou dekonvoluce, Foerster Resonance Energy Transfer (FRET), multiple GFP a podobně. Více informací naleznete na www.olympus.cz. Olympus C&S, spol. s r.o., člen koncernu Evropská 176, 160 41 Praha 6, tel.: +420 221 985 227, fax: +420 221 985 579 e-mail: [email protected], www.olympus.cz

Advantage! MISSION™ TRC shRNA

MISSION™ TRC shRNA:

lentivirové částice k okamžitému použití Účinné umlčování genů – vhodné i pro primární buněčné linie Sigma je členem RNAi konsorcia (TRC), což jí dává unikátní přístup k patentovaným technologiím ostatních členů konsorcia a práva na distribuci klonů knihovny MISSION TRC shRNA. Knihovna obsahuje 160 000 klonů pokrývajících 16 000 lidských a 15 950 myších genů. Vyhledejte si svůj oblíbený gen na sigma.com/rnai a klikněte na logo YFG. Obr. 1 Validace účinnosti Gene Silencing Using MISSION TRC shRNA shRNA lentivirových částic ™

% Gene Expression

100.00

80.00

60.00

40.00

20.00

ur -p .1 KO PL

Individual Lentiviral Particle Constructs

o

co

nt

ro

l

0.00

INNOVATION @ WORK

Umlčování genů bylo měřeno na úrovni mRNA v 60 genech. Výsledky byly porovnány s negativní kontrolou pLKO.1-puro. U všech genů byla exprese mRNA snížena minimálně o 70%.

Další informace získáte na sigma.com/rnai. Sigma-Aldrich spol. s r.o., Sokolovská 100/94, 186 00 Praha 8 [email protected], tel.: +420 246 003 231

I snížení exprese mRNA >70% I Účinné na většinu buněčných linií včetně primárních I Vysoký titr (≥106 TU/ml) I Lentivirové částice k okamžitému použití I Jednoduchá transdukce, stabilní exprese I Bezpečné lentivirové částice bez možnosti reprodukce

Hlavní v˘bor âs. biologické spoleãnosti

Prof. RNDr. Vojtûch Mornstein, CSc., pfiedseda HV, Biofyzikální ústav LF MU, Kamenice 3, 625 00 Brno Prof. MUDr. Fedor âiampor, DrSc., I. místopfiedseda HV, Virologick˘ ústav SAV, Dúbravská cesta 9, 842 46 Bratislava Prof. MUDr. Augustin Svoboda, CSc., II. místopfiedseda HV, Biologick˘ ústav LF MU, Kamenice 5, 625 00 Brno Prof. MUDr. Roman Janisch, DrSc., vûdeck˘ tajemník HV, Biologick˘ ústav LF MU, Kamenice 3, 625 00 Brno Doc. RNDr. Jifií Kunert, DrSc., hospodáfi HV, Biologick˘ ústav LF UP, Hnûvotínská 3, 775 00 Olomouc Prof. MUDr. RNDr. Svatopluk âech, DrSc., ãlen HV a pfiedseda Brnûnské poboãky, Ústav histologie a embryologie LF MU, Kamenice 3, 625 00 Brno Prof. Ing. Kyra Michalová, DrSc., ãlenka HV a pfiedsedkynû Cytogenetické sekce, III. interní klinika, I. LF UK, U nemocnice 1, 120 00 Praha Prof. RNDr. Ivan Ra‰ka, DrSc., ãlen HV a pfiedseda Spoleãnosti bunûãné biologie, Ústav bunûãné biologie patologie, 1. LF UK, Albertov 4, 128 01 Praha 2 Ing. Jifií Ha‰ek, CSc., revizor HV, Laboratofi reprodukce buÀky, MBÚ AVâR, VídeÀská 1083, 142 20 Praha 4 - Krã Prof. RNDr. Juraj Krajãoviã, CSc., revizor HV, Ústav bunkovej biológie, PF UK, 842 15 Bratislava 4

*** Prof. RNDr. Peter Brezáni, CSc., pfiedseda Ko‰ické poboãky, Ústav lekárskej biologie, LF UJP·, SNP 1, 040 66 Ko‰ice MUDr. Hana Lehocká, CSc., pfiedsedkynû Ostravské poboãky, Zdravotnû sociální fakulta Ostravské univerzity, Syllabova 19, 700 30 Ostrava Ing. Josef Fulka, CSc., pfiedseda Sekce reprodukãní biologie, VÚÎV, 251 61 Praha RNDr. Antonín Konûtopsk˘, CSc. pfiedseda Pedagogické sekce, 1. nûmecké zemské gymnázium, Tábor 48 b, 602 00 Brno MUDr. Eva Kotulánová, pfiedsedkynû âeské spoleãnosti pro ultrazvuk, Klinika zobrazovacích metod FN u sv. Anny, Pekafiská 53, 656 91 Brno Prof. MUDr. Vladimír PÛÏa, DrSc., pfiedseda Poboãky v Hradci Králové, Biologick˘ ústav LF UK, ·imkova 870, 500 00 Hradec Králové Ing. Vladimír Skládal, CSc., pfiedseda Sekce pro biologii nízk˘ch teplot, VÚRV, Drnovská 507, 161 06 Praha Prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc., pfiedseda praÏské poboãky, Anatomick˘ ústav 1. LF UK, U nemocnice 3, 128 00 Praha Ing. Jan Topinka, Dsc., pfiedseda âeská a Slovenská spoleãnosti pro mutagenezi zevním prostfiedím, odd. genetické ekotoxikologie, Ústav experimentální medicíny AV âR, VídeÀská 1083, 142 20 Praha 4 Prof. MUDr. Jaroslav Vesel˘, CSc., pfiedseda Olomoucké poboãky, Ústav patologické fyziologie LF UP, Hnûvotínská 3, 775 00 Olomouc Doc. RNDr. Oldfiich Vrána, CSc., pfiedseda Biofyzikální sekce, BFÚ AV âR, Královopolská 135, 612 65 Brno

VODAJ

ZPRA

âeskoslovenské biologické spoleãnosti

2 /2008 BRNO

Obsah:

ÚVODNÍ SLOVO âísla, ãísla, ãísla – V. Mornstein ........................................................................................................ 1 ABSTRAKTA Z KONFERENCE The Functional Organization of the Cell Nucleus – I. Ra‰ka, A. Svoboda ........................ 3 PERSONALIA – NEKROLOGY Pfiekvapivé Ïivotní jubileum RNDr. Alexandry Oltové – K. Michalová ................................. 11 Zemfiel ãestn˘ pfiedseda âs. biologické spoleãnosti prof. MUDr. Oldfiich Neãas, DrSc.– R. Janisch ..................................................................... 12 Vzpomínka na doc. MUDr. Miroslava Gabriela, CSc. – A. Svobpda .................................... 14 Doc. RNDr. Josef Reischig, CSc. jak nám zÛstane – M. Korabeãná ................................... 15 Rozlouãení s prof. MUDr. Richardem Jelínkem, DrSc. ............................................................. 15 VARIA Bioliga za rok 2007? – J. Berger ..................................................................................................... 16

ÚVODNÍ SLOVO

âísla, ãísla, ãísla Kam zmizely ty úÏasné doby, kdy badatel nepotfieboval dokazovat svou úroveÀ regionální ãi mezinárodní poãty publikací, impaktními faktory a jin˘mi ãísly, které spadají do kategorie ãísel sice nepfiesn˘ch a mnohdy o niãem valnû nevypovídajících, nicménû zhusta povaÏovan˘ch za nezbytná. Pravda, v tûch dobách bylo badatelÛ jen maliãko, na prstech by je ãlovûk spoãítal ve svém oboru a v takové malé zemi, jako je ta na‰e. Znali se navzájem a poznali, kdo ‰idí nebo si vym˘‰lí nesmysly. Jakmile jich pfiibylo, pfiestali se navzájem v‰ichni znát a museli si vytvofiit nûjaké nástroje, jak se vzájemnû pomûfiovat, aby vûdûli, kdo je nejlep‰í. Takové nástroje se ale také ohromnû hodí úfiedníkÛm pfii rozdûlování penûz na vûci, kter˘m nerozumí. Podívejme se na vûc tfieba takto. Badatel ãíslo jedna publikoval ãlánky v ãasopisech se souhrnn˘m impaktním faktorem 50, pfiiãemÏ byla citovány dvacetkrát. Badatel ãíslo dvû publikoval své ãlánky se souhrnn˘m impaktním faktorem 20, av‰ak byl citován padesátkrát. V souãinu by to vy‰lo stejnû – pokud se toto ãíslo jiÏ nûjak nejmenuje, mÛÏeme mu fiíkat tfieba MornsteinÛv superimpaktní faktor, symbol . Kter˘ badatel má vût‰í nárok na pytel penûz v rámci nûjakého rozdûlování? V prvním pfiiblíÏení ten, kdo má vût‰í souhrnn˘ impakt, ve druhém, pfiem˘‰livûj‰ím pfiiblíÏení, ten, kdo byl vícekrát citován. Obecnû to asi bude správnû, nicménû moÏná vÛbec nejcitovanûj‰í práce v mém oboru byla napfiíklad taková, v níÏ se tvrdily vûci, které nebyly podle v‰eho pravdou a které bylo nutno mnohonásobnû vyvracet, aby nenastala panika mezi uÏivateli ultrazvukov˘ch diagnostick˘ch systémÛ. TakÏe, jin˘mi slovy, nemuselo by b˘t ‰patné obãas se podívat, o ãem dan˘ badatel vlastnû bádá. Jestli to má nûjak˘ smysl, jestli náhodou nevytváfií pfieãetné permutace na dané téma, které by bylo moÏno shrnout do asi tak zhruba tfií solidních a zajímav˘ch ãlánkÛ. Kdybychom umûli je‰tû lépe permutovat, hned by se na‰e republika v tabulkách kolegy Bergera vpfied o nûjaké to místeãko posunula. (Poslední vûtu jsem zajisté nemyslel úplnû váÏnû.) Tím se dostáváme k neduhu, kter˘ je následkem ãíslicového ‰ílení, totiÏ spoluautorské inflaci. Poãty autorÛ vûdeck˘ch ãlánkÛ se zvût‰ují. Tfiebas takto: V rámci chvályhodné snahy o zkvalitnûní vûdeckého tréninku má doktorand/ka vyprodukovat jeden nebo dva ãlánky s impaktním faktorem. To se mu/jí reálnû mÛÏe podafiit (s vydatn˘m pfiispûním ‰kolitele, pfiinejmen‰ím) v dobû, kdy obhajuje, nebo krátce poté. NemÛÏe se mu/jí to podafiit v prvním nebo druhém roce doktorského studia, pokud jde o biologické experimenty. Nûkdo ho/ji tedy de facto pfiipsal k jinému dílu. U multicentrické –1–

ÚVODNÍ SLOVO

klinické studie je poãetn˘ zástup autorÛ je‰tû pochopiteln˘, u standardní laboratorní práce realizované obvykle v t˘mu doktorand/ka + jeho/její vedoucí + jeden aÏ dva konzultanti je zástup dal‰ích autorÛ podezfiel˘. Znám pracovi‰tû, kde snad na kaÏdém ãlánku jsou uvedeni jako autofii v‰ichni aktivní doktorandi. KaÏd˘ zfiejmû umí pracovat jen s jedin˘m pfiístrojem. Nûkdo umí váÏit, nûkdo pou‰tût centrifugu, nûkdo obsluhovat „reader“, nûkdo elektroforézu? Pfiipisují se statistikové, tvrdû zaplacení za naprosto rutinní v˘kony. Pfiipisují se spfiátelení kolegové z jin˘ch pracovi‰È, ktefií jsou autory jedné dvou vût a které by staãilo ocitovat. Pfiipisují se vedoucí pracovi‰È (aby mohli Ïádat o dal‰í peníze na v˘zkum, neboÈ od toho tu zfiejmû jsou, není-liÏ pravda). V‰ichni potfiebují publikace, proto existuje mnoho zpÛsobÛ jak je pomnoÏit. Jistû víte o dal‰ích. MoÏná jsem nûkoho podráÏdil a pfiinutil ozvat se v pfií‰tím zpravodaji. ToÏ pojìme o tom diskutovat. Vojtûch Mornstein

–2–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE International Sympozium

The Functional Organization of Cell Nucleus XIX. Biologické dny: Biologick˘ v˘zkum pro zdraví Hradec Králové 29.– 31. fiíjna 2008 Spoleãnost bunûãné biologie âSBS a Centrum pro v˘zkum chromozomÛ M·MT uspofiádaly ve spolupráci s Ústavem bunûãné biologie a patologie 1. LF UK v Praze a Oddûlením bunûãné biologie FgÚ AV âR, v.v.i. symposium „The Functional Organization of the Cell Nucleus“. Symposium, konané dne 30. fiíjna 2008 na pÛdû Lékafiské fakulty UK v Hradci Králové, se uskuteãnilo v rámci XIX. biologick˘ch dnÛ âSBS organizovan˘ch prof. Miroslavem âervinkou. Deset pfiedná‰ek sympozia (viz pfiiloÏená abstrakta jednotliv˘ch pfiedná‰ek) se zab˘valo fie‰ením celé ‰kály problémÛ souvisejících se strukturou a funkcí bunûãného jádra, pfiiãemÏ nûkteré pfiedná‰ky mûly pfiím˘ v˘znam pro medicínu. K úspûchu symposia zásadnû pfiispûla úãast ‰esti zahraniãních vûdcÛ, ktefií jsou ve svém oboru mezinárodnû uznávan˘mi odborníky. Mimo nû v symposiu vystoupili také ãtyfii fieãníci zastupující jednotlivé fie‰itelské kolektivy Centra pro v˘zkum chromozomÛ M·MT. Organizace a úspû‰nost symposia byla umoÏnûna díky podpofie poskytnuté âeskoslovenskou biologickou spoleãností, Centrem pro v˘zkum chromozomÛ M·MT LC535 a Zámûrem MSM0021620806. Organizátofii symposia rovnûÏ dûkují za laskavou sponsorskou podporu poskytnutou firmami Edlin s. r. o., Lineq s. r. o., Mikro, spol. s r. o., Olympus C&S s. r. o., P-lab a. s., Pragolab s. r. o., Sigma-Aldrich spol. s r. o., Scintila s. r. o., Schoeller Instruments s. r. o., SpinChem a Vakuum servis s. r. o. Ivan Ra‰ka, Augustin Svoboda

Abstrakta DNA damage response: Mechanisms, live-cell imaging and relevance to cancer J. Bartek, C. Lukas, N. Mailand, S. Becker-Jensen, J. Bartkova and J. Lukas Danish Cancer Society, Copenhagen, Denmark To protect the genome against genotoxic insults, eukaryotic cells evolved surveillance pathways called checkpoints to coordinate cell cycle progression with repair of the DNA lesions, resetting the epigenetic marks on the neighboring chromatin, or induction of cell death. The lecture will first provide some introductory background information on the significance and mutual coordination of the mechanisms contributing to genome integrity maintenance. Next, I will provide examples of our recent work on key checkpointassociated molecular pathways operating in their physiological environment – in the nucleus of a living cell, using real-time imaging and laser technology. These examples will focus on our most recent discovery of a DNA damage signalling pathway through multiple protein ubiquitylation steps, a new concept we refer to as ‘The ubiquitylation chain reaction’. The data will be discussed in a broader, interdisciplinary context, including

–3–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE a brief update on the current status of our concept of the DNA damage response machinery as an inducible biological barrier against progression of early stages of human tumours in vivo, and in response to oncogenes in cell culture models. The lecture will be concluded by a general outline of the intimate involvement of the DNA damage machinery in human physiology and the impact of such emerging knowledge for individualized management of human diseases, particularly cancer.

Chromatin structure of human embryonic stem cells E. Bártová, G. Galiová, J. Krejãí, A. Harniãarová, L. Stra‰ák and S. Kozubek Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno, Czech Republic. Human embryonic stem cells are characterized by their capacity for sustained self renewal and their ability to differentiate into the specific cell types of all three germ layers. These qualities make hESCs promising therapeutic tools in regenerative medicine. Here, we have studied chromatin structure, nuclear radial arrangement of selected genetic elements and histone epigenetic patterns in human embryonic stem cells (hESCs) before and after retinoic acid-induced differentiation. The genome and epigenome of hESCs underwent differentiation-specific structural changes, characterized by the redistribution of centromeric heterochromatin, as evidenced by a perinucleolar accumulation of the centromeric markers CENP-A and H3K9 tri-methylation. In majority of cases, the nuclear patterns of heterochromatic structures and markers, such as centromeres, inactive chromosome X, H3K9me3, and HP1 protein, were distinct in pluripotent hESCs, when compared to differentiated cells. Studying the Oct3/4 gene, responsible for hESC pluripotency, we observed that one or both alleles of Oct3/4 gene can be located on greatly extended chromatin loops, outside their respective chromo-some territories. However, global gene-density-related radial compartmentalization of chromosome territories was already largely established in undifferentiated hES cells. This also holds for nuclear radial distribution of Oct3/4 gene in pluripotent and differentiated hESCs. However, in differentiated cells Oct3/4 was positioned on the periphery of related chromosome territory. The results of our experiments showed distinctions between chromatin arrangement in pluripotent and differentiated hESCs and point out an important nuclear structures and chromatin marks which are potentially responsible for hESC pluripotency. We thank the laboratory of Prof. Douglas Melton (HHMI/Harvard University) for providing us with hES cell lines. This work was supported by the following grants: AVOZ50040507, IQS500040508, LC535 and 204/06/0978.

Nucleosomes with histone variants and the linker histone incorporation J. Bednar, S.H. Syed1, D. Anguelov1 and S. Dimitrov1, 2 Institute of Cellular Biology and Pathology, First Faculty of Medicine, Charles University, and Institute of Physiology, Academy of Sciences of the Czech Republic, Prague, Czech Republic, 1 Laboratoire Joliot-Curie E.N.S Lyon, Lyon, France, 2 Institut Albert Bonniot, INSERM U309, La Tronche, France,

–4–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE The linker histone is the keystone of the structure of the nucleosomal particle and of the higher order chromatin organization. It is also the most problematic element in the procedure of chromatin reconstitution in vitro. Due to its highly positively charged C-terminal domain it exhibits strong, nonspecific affinity towards the DNA which makes its correct, in vivo-like association to the nucleosomal core particle (NCP) difficult. Very recent identification of the NAP-1 protein as a native chaperon of the H1 linker histone eased substantially this procedure. Using cryo-electron microscopy and DNase I and hydroxyradical footprinting we have studied the involvement of individual domains of H1 in formation of the characteristic structure at the nucleosomal DNA entry/exit site – so called stem structure – and a capacity of the NAP-1 to associate them with the NCP. Three consecutive NCPs (referred as tri-NCP henceforth), were first reconstituted on the DNA construct containing three tandem repeats of 601 nucleosomal positioning sequence separated by 50 bp long spacer. Than either complete histone H1 (226 aa) or its truncated mutants were associated to the tri-NCPs using the Nap-1 system. Association of the complete histone H1 led to closing of originally opened structure of tri-NCPs and to formation of the stem structure indistinguishable from the one observed in native nucleosomes. Association of the H1 globular domain only (residues 35-120) did not influence the original opened tri-NCP structure, however, the footprinting experiments proved well its presence at the dyad of the NCPs. This showed that Nap-1 was able to associate the isolated globular domain to NCP, however, the globular domain alone was not able to associate the linker DNA and to close the nculeosomal structure. The situation changed when the mutant H1D100 (residues 1-127)) was associated. Additional 7 residues at the C-terminal were enough to accomplish the association of the linker DNA and to close the structure, on the other hand, the formation of the stem structure was not observed. This was confirmed by the footprinting where none or weak protection of linker DNA was observed. The association of the mutant H1D50 (residues 1-177) nearly completely recovered the characteristic nucleosomal configuration, including the stem formation. Although the Nap-1 is very efficient in H1 association to conventional NCPs the experiments with tri-NCPs containing the histone H2A variants H2AL2 and H2A.Bbd showed, that their original relaxed structure remained unchanged after reaction with Nap-1/H1 complex suggesting that either Nap1 is not capable to associate H1 to such NCPs or that, although correctly associated, H1 is not capable to close the structure of variant histone containing nucleosomes. This work was supported by the Grant Agency of the Czech Republic (Grant #304/05/2168), the Ministry of Education, Youth and Sports (MSM0021620806 and LC535) and the Academy of Sciences of the Czech Republic (Grant #AV0Z50110509).

Condensin regulates the stiffness of vertebrate centromeres S. Ribeiro, J. C. Gatlin1, Y. Dong2, A. Joglekar1, L. Cameron1, D. F. Hudson1, 3, B. F. McEwen2, E. D. Salmon1, P. Vagnarelli and W. C. Earnshaw Wellcome Trust Centre for Cell Biology, University of Edinburgh, U.K. 1 Department of Biology, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599, USA 2 Wadsworth Center, New York State Department of Health, Albany, New York 12201, USA 3 Murdoch Children’s Research Institute, Royal Children’s Hospital, Melbourne 3052, AUS

–5–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE When chromosomes are aligned and bi-oriented at metaphase, the elastic stretch of centromeric chromatin opposes pulling forces exerted on sister kinetochores by the mitotic spindle. This produces tension at kinetochores that is important for maintaining chromosome alignment, stabilizing kinetochore microtubule (kMT) attachments and controlling the spindle checkpoint. Here we show that condensin is an important regulator of centromere stiffness and function. Condensin depletion accomplished by shutoff of a regulated SMC2 cDNA in DT40 conditional knockout cells decreases the stiffness of centromeric chromatin by 50% when pulling forces are applied to kinetochores. Complementation experiments reveal that centromeric stiffness requires the ATPase activity of SMC2. However, condensin is dispensable for the normal level of compaction (rest length) of centromeres. Compaction of centromeric heterochromatin probably depends on other factors that control higher-order chromatin folding. Kinetochores also do not require condensin for their protein composition, structure or motility. Loss of stiffness caused by condensin-depletion produces abnormal uncoordinated sister kinetochore movements, leads to an increase in Mad2(+) kinetochores near the metaphase plate and delays anaphase onset. These results are consistent with models where condensin coordinates the mechanical properties of pairs of chromatin fibers. This work was supported by the Wellcome Trust, the Caledonian Research Foundation, the Darwin Trust of Edinburgh and the NIH of the USA.

Novel function for a nuclear pore protein in cell cycle control B. Fahrenkrog, D. K. Shumaker1, Y. L., T. Shimi1, R. D. Goldman1 M.E. Müller Institute for Structural Biology, Biozentrum, University of Basel, Switzerland 1 Feinberg School of Medicine, Department of Cell and Molecular Biology, Northwestern University, Chicago, IL Nuclear pore complexes (NPCs) present the exclusive sites for macromolecular trafficking between the cytoplasm and nucleus of eukaryotic cells. NPCs are composed of about 30 different nucleoporins, one of which is Nup153. Based on its amino acid sequence, Nup153 consists of an N-terminal domain required for its targeting to the NE and NPC; a central zinc-finger domain critical for NE breakdown at the onset of mitosis; and a C-terminal domain housing multiple phenylalanine-glycine repeat motifs that provide interaction sites for a number of nuclear transport receptors due to which Nup153 functions in nuclear import and export. Here we show that the interaction of Nup153 with the spindle assembly checkpoint (SAC) protein Mad1 is important for the correct timing of cytokinesis. Over-expression of human Nup153 in HeLa cells leads to the appearance of multinucleated cells and the formation of multipolar spindles that coincide with supernumerary centrosomes and unresolved cytokinesis. Knocking down Nup153 by using RNA interference demonstrates a delay in cytokinesis along with an increased number of midbodies. Moreover, the depletion of Nup153 coincided with a loss of Mad1 from the NPC and during metaphase Nup153 and Mad1 appear associated at centromeres. Immunoprecipitation and solution binding assays revealed that Mad1 binds directly to Nup153. Our data suggests that Nup153 affects timing of cytokinesis by regulating the localization of Mad1, most likely during the metaphase/ anaphase transition.

–6–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE How do mutations in lamins cause disease? R. Foisner, N. Naetar, I. Gotic, U. Pilat, J. Braun Max F. Perutz Laboratories, Medical University Vienna, A-1090 Vienna Lamins are nuclear intermediate filament proteins in multicellular eukaryotes that form a scaffolding network at the nuclear envelope. While B-type lamins are ubiquitously expressed, A-type lamins are expressed at later stages of development and in differentiated cells. Intriguingly, mutations in the LMNA gene, encoding A-type lamins A and C, have been linked to human diseases, whose pathologies range from striated muscle defects to premature ageing syndromes. The molecular pathomechanisms, how mutations in lamins affect their functions and how these can give rise to the diverse pathologies are poorly understood. One disease hypothesis proposes that mutations impair lamin structure, assembly and stability, while another hypothesis postulates lamin-linked defects in chromatin organization and gene expression control in diseased cells. We recently discovered a novel role of lamins in cell cycle control of adult stem cells and early progenitors, which may significantly contribute to the disease phenotypes. We have studied a lamin A-binding protein, termed lamina-associated polypeptide 2 alpha (LAP2), which binds chromatin and translocates a subfraction of lamin A/C from the nuclear periphery to the nuclear interior. We have shown that the nucleoplasmic LAP2-lamin A/C complex binds to and regulates the retinoblastoma protein (Rb), a major cell cycle regulator protein. Knockdown of LAP2 in mice revealed a mild postnatal phenotype in many regenerating tissues. Proliferating early progenitor cells in skin and intestine as well as proliferating immature erythroblasts in the hematopoietic system accumulated in the tissues of LAP2-deficient mice due to inefficient cell cycle exit, yielding tissue hyperplasia. At the molecular level, loss of LAP2 in proliferating cells caused reduction of the nucleoplasmic pool of lamin A/C and an impairment of the Rb pathway, as shown by hyperphosphorylation of Rb and an upregulation of E2F/Rb target genes. We propose that nucleoplasmic lamin A/C-LAP2 complexes are required for the tight control of proliferation and differentiation of progenitor cells in an Rb-dependent manner. Disease causing mutations in lamins may disturb the balance between proliferation and differentiation, and impair tissue homeostasis in patients. This study was supported by the Austrian Science Research Fund (FWF P17871) and the EURO-Laminopathies research project of the European Commission (Contract LSHM-CT-2005-018690).

Chromosomal deletions and amplifications in malignant cells. K. Michalová Center of Oncocytogenetics, General Faculty Hospital and 1st Medical Faculty of Charles University Prague 2, Czech Republic Acquired genetic lesions in the cells of malignant tumors are being increasingly recognized as relevant markers whose identification improves diagnostic refinement, classification and prognostic assessment of cancer. They are hallmarks of gene deregulation and genome instability. Specific reciprocal translocations are the most frequent structural changes and their mechanism of origin and products of gene fusions or

–7–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE oncogene enhancement are known well specially in hematologic malignant diseases. Second in incidence rate are chromosomal deletions which can be found as a single primary aberration or they can be adjacent to translocation breakpoints. It was proved in hematologic malignant tumors that there are mainly tumor suppressor genes which are deleted and it is probably primary event in tumorigenesis. On contrary, amplifications are mostly present in solid tumors, they are reccurrent chromosomal changes, may-be secondary ones and very often consist of oncogenes. They are connected with poor prognosis and low response to the treatment. Both- deletions and amplifications can be detected on chromosomal level by classical technique with light microscope or they are cryptic and then molecular methods are necessary for their identification. Examples of both types of aberrations will be presented and their significance delineated. However, despite the ability to map the extent of chromosomal imbalances with unparalleled precision, there is still more to learn about why chromosomal aberrations do or do not have consequences. Their role for the origin and progression of the tumor is still in the most cases the matter of speculations and working hypotheses. Supported by grants, MSM LC535, MZO 00064165 and NR9481-3/2007.

Establishment of cell type specific nuclear architecture: two cell types in native tissues I. Solovei, A. Mardaryev1, M. Fessing1, Y. Feodorova, S. Kosem, A. Scharov2, V. Botchkarev1, 2, T. Cremer, B. Joffe Dept of Biology II, University of Munich, Germany, 1 Dept of Dermatology, University of Bradford, UK, 2 Dept of Dermatology, Boston University, USA Recent studies emphasized the importance of the gene positions for transcriptional regulation. A number of mechanisms were described in cultured cells, e.g., segregation of transcriptionally active and inactive nuclear regions or association of loci with one another or with other nuclear structures. Chromatin repositioning may result from explicit movements of loci or depend on mitosis. It is important to learn which combinations of mechanisms function in various native tissues. In rod photoreceptor cells all genes localize in a thin outer shell enriched in B1 repeats that also contains transcription and splicing machinery. An inner shell of non-transcribed chromatin enriched in L1 repeats surrounds the single central chromocenter (subcentromeric satellite DNA). A hallmark of this inverted architecture are higher order chromatin loops of L1-rich chromatin (e.g., 3-6 Mb long) stretched in the radial direction, while contigs of B1-enriched chromatin have predominantly tangential orientation. Chromatin remodelling, accompanied by chromocenter fusion, occurs in postmitotic cells. In differentiating mouse keratinocytes transcription of many loci including Epidermal Differentiation Complex (EDC) increases greatly. A change in chromatin folding downstream Rsp27 gene (1.9 Mb from EDC) moves EDC from the outer to the inner side of the chromosome territory and therefore into a zone enriched in actively transcribed tissuespecific and housekeeping genes and nuclear speckles. This position of EDC is also observed in the basal and in more differentiated postmitotic suprabasal keratinocytes in older animals. Remarkably, our data suggest that at the onset of the epidermal stratification the EDC locus obtains some specific epigenetic marking allowing an early estab-

–8–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE lishment of the cell-type specific chromatin architecture and then propagating it through mitosis. The features of nuclear architecture shared by these two cell types are: (1) segregation of transcriptionally active zones, (2) polarized positioning of active and inactive chromatin in chromosome territories and (3) specific large-scale chromatin folding inflicted during differentiation.

New approaches to automated cell image acquisition and analysis using fluorescence microscopy M. Varecha, P. Matula, M. Kozubek Centre for Biomedical Image Analysis, Masaryk University, Faculty of Informatics, Brno, Czech Republic Fluorescence microscopy has become the leading technology to study structure as well as dynamics of cellular components. The studies can be performed in three-dimensional (3D) spatial coordinate system as well as in time and spectral dimensions. For example, in cell nucleus studies, fluorescence microscopy enables to observe not only 3D chromatin structure (especially spatial organization of selected genes or chromosomes) but also its dynamics in space (time-lapse imaging of fluorescence-labeled histones within cell nucleus). At the Centre for Biomedical Image Analysis of Masaryk University in Brno, we have been developing special systems for automated cell image acquisition and analysis using fluorescence microscopy. We have called them high-resolution image cytometers (HRCMs) in literature. The presentation will focus on the latest developments in HRCM technology. Besides microscopy hardware and software, also examples of possible applications will be presented. This work was supported by the Ministry of Education of the Czech Republic (Projects LC535, 2B06052 and MSM0021622419).

Laminopathic mutations interfere with the assembly, localization and dynamics of nuclear lamins in C. elegans Naama Wiesel, Anna Mattout, Kfir Ben-Harush1, Harald Herrmann2, Ueli Aebi3, Ohad Medalia1 and Yosef Gruenbaum Department of Genetics, The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, Givat Ram, 91904 Jerusalem, Israel, 1 Department of Life Sciences and The NIBN, The Ben-Gurion University, 84120 Beer-Sheva, Israel, 2 Division of Cell Biology, DKFZ, 69120, Heidelberg, Germany, 3 M. E. Mueller Institute, Biozentrum, University of Basel, Klingelbergstrasse 70, CH-4056 Basel, Switzerland Lamins are nuclear-specific intermediate filament proteins (IFs) that, together with a complex set of inner nuclear membrane proteins, form a filamentous meshwork between the inner nuclear membrane and the peripheral chromatin. Lamins are involved in most nuclear activities; and mutations in human lamins or their associated proteins cause laminopathic diseases ranging from muscular dystrophies to accelerated ageing. Previous studies showed that lamin dimers form filamentous structures through ‘head-

–9–

ABSTRAKTA Z KONFERENCE to-tail’ interactions, which then form paracrystalline structures in vitro. C. elegans has a single evolutionarily conserved lamin protein, termed Ce-lamin. This lamin is unique in its ability to form under specific conditions 10-nm filaments, similar to other IFs. We have used both negative staining and cryo-electron tomography to determine the structure of 10-nm filaments and paracrystalline fibers and to find how mutations in residues, which are conserved in human lamin A and lead to laminopathic diseases, affect lamin filaments assembly. We have further analyzed the effects of these mutations on lamin organization and dynamics in vivo, by creating mutated gfp::lmn-1 transgenic strains and by performing FRAP experiments and analyzing phenotypes. Our results the structure of the lamin filament as well as how mutations affect the filament assembly both in vitro and in vivo.

– 10 –

PERSONALIA

Pfiekvapivé Ïivotní jubileum RNDr Alexandry Oltové RNDr. Alexandra Oltová, vedoucí Cytogenetick˘ch laboratofií Oddûlení lékafiské genetiky FN v Brnû oslavila kulaté Ïivotní jubileum. Známe se spolu uÏ hodnû dlouho a dobfie si vzpomínám, jak jsem Sa‰e rozmlouvala odchod z Biofyzikálního ústavu Akademie vûd, kde se vûnovala v˘zkumu do diagnostick˘ch laboratofií OLG FN Brno. Stra‰ila jsem ji velkou zodpovûdností a nárÛstem práce, kterou sebou diagnostická rutina pfiiná‰í. Na‰tûstí na má slova Sa‰a nedala. Rozhodla se pevnû, Ïe chce pracovat v klinické genetice a stála pfii budování základÛ laboratofie prenatální diagnostiky, podílela se na zfiízení integrované laboratofie molekulární cytogenetiky, která je spoleãná pro FN a Pfiírodovûdeckou fakultu MU Brno a zaloÏila a stála pfii rozvoji onkocytogenetické laboratofie OLG FN. Zodpovídá za v˘sledky cytogenetick˘ch anal˘z provádûn˘ch ve v‰ech tûchto laboratofiích. Sama pilnû odeãítá karyotypy amniocentéz pro prenatální diagnostiku a k tomu je‰tû pfiedná‰í cytogenetiku v oborech studia Genetika ãlovûka na PfiF MU Brno a Klinická genetika na LF MU Brno. Obãas si zapfiedná‰í i na Jihoãeské univerzitû v âesk˘ch Budûjovicích. Vede diplomové práce studentÛ PfiF MU, je spoluautorkou skript Úvod do klinické genetiky, publikuje se sv˘mi spolupracovníky v domácím i zahraniãním odborném tisku. A taky samozfiejmû pravidelnû pfiedná‰í na V˘roãních konferencích Cytogenetické sekce âs. Biologické spoleãnosti a na pracovních schÛzích této sekce. Je ãlenkou v˘boru Cytogenetické sekce a naprosto neúnavnou organizátorkou spoleãn˘ch akcí jako jsou v˘roãní konference a pracovní dny. A aby se nevûnovala jen cytogenetice, ale klinické genetice jako celému oboru, je jiÏ tfietí funkãní období ãlenkou v˘boru Spoleãnosti lékafiské genetiky J.E.P., ve kterém zastává funkci vûdeckého tajemníka. Vûdecká setkání genetikÛ a cytogenetikÛ pofiádá nûkolik let v Domû ombudsmana a jsou proslavená svou vysokou vûdeckou úrovní i spoleãensk˘m programem. Sa‰a Oltová je skvûlá kamarádka. Je na ní absolutní spolehnutí, je ãestná a pfiímá. A pamûÈ ji skvûle slouÏí, proto pilnû pí‰e zápisy ze schÛzí, hlídá v‰echny termíny vypsané pro rÛzná hlá‰ení, pfiihlá‰ky o ceny a programy akcí na pfií‰tí léta. ·koda, Ïe nepí‰e pamûti o cytogeneticích a klinick˘ch geneticích. Urãitû bychom se o sobû dozvûdûli jen samá pozitivní fakta. Pfiejeme ti Sa‰o, my v‰ichni ãlenové i neãlenové ãesk˘ch genetick˘ch spoleãností hodnû zdraví, elánu a trpûlivosti s námi v‰emi pfii pfiípravách genetick˘ch akcí. Pfiejeme ti pfiehr‰li radostí s tv˘mi domácími mazlíãky a hlavnû pfiísun energie do práce, která tû ãeká ve v‰ech laboratofiích, za které zodpovídበa které jistû dlouho povede‰. Kyra Michalová

– 11 –

PERSONALIA

Zemfiel ãestn˘ pfiedseda âs. biologické spoleãnosti prof. MUDr. Oldfiich Neãas, DrCs. V leto‰ní prázdniny ztratila na‰e vûda v˘znamného badatele v bunûãné biologii, vynikajícího vysoko‰kolského uãitele, biologa s nev‰ednû ‰irok˘m rozhledem a v‰estrann˘mi schopnostmi. Emeritní profesor Lékafiské fakulty Masarykovy univerzity MUDr. Oldfiich Neãas, DrSc., ãlen Uãené spoleãnosti âeské republiky, ãestn˘ pfiedseda âs. biologické spoleãnosti zemfiel 8. srpna 2008. AÏ do posledních chvil byl jeho Ïivot svázán s Biologick˘m ústavem LF MU, kde zaãal pracovat jako student medicíny u prof. Herãíka. Od r. 1963 zde pÛsobil jako profesor a po odchodu prof. Herãíka do vedení Biofyzikálního ústavu Akademie vûd i jako pfiednosta ústavu. Byl profesorem tûlem i du‰í, v˘born˘ fieãník a diskutér s enycklopedick˘mi vûdomostmi a schopností ‰irok˘ch filozofick˘ch úvah a zobecnûní. Ve v‰ech sv˘ch pfiedná‰kách, diskuzích a psan˘ch textech dÛslednû vyuÏíval systémov˘ pfiístup jako aplikaci obecné teorie systémÛ. Vytvofiil moderní koncepci obecné biologie se zdÛraznûním bunûãné a molekulární biologie, kterou v plném rozsahu sám pfiedná‰el a která byla také náplní jeho uãebnice Obecné biologie. V ‰esti postupnû aktualizovan˘ch vydáních byla pouÏívaná jako základní uãebnice vysoko‰kolské obecné biologie na vût‰inû fakult medicínského a pfiírodovûdného smûru v âesku a Slovensku. Za jeho vedení ústavu pracovali v laboratofiích ústavu desítky studentÛ, které dokázal zaujmout a nadchnout pro experimentální práci. Na ãetn˘ch celofakultních setkání se studenty volontéry pfiipomínal, Ïe s kategorií pravdy mÛÏeme zacházet rÛznû – pravdu mÛÏeme ignorovat coÏ je hloupé, mÛÏeme ji uznávat coÏ je moudré, ale mÛÏeme ji také objevovat a to je krásné. Jeho postoj k experimentální vûdû charakterizovala ãasto pouÏívaná vûta „Den kdy nemohu udûlat alespoÀ jeden experiment povaÏuji za ztracen˘“. Pfii vzpomínkách na zaãátky vûdecké experimentální práce prof. Neãase je tfieba pfiipomenout, Ïe to bylo období padesát˘ch let, kdy na‰e biologie byla pod vlivem sovûtské pseudovûdecké biologie, kdy genetika byla oznaãována za burÏoazní pavûdu, byla fale‰n˘mi dÛkazy popisována dûdiãnost získan˘ch vlastností, náhlé zmûny druhÛ a rychlá regenerace bunûk z nebunûãné Ïivé hmoty. Neãasovy první vûdecké publikace v letech 1950 a 1953 byly kritick˘ pohledem na publikace Joná‰e o „Ïiv˘ch krystalech“ ve star˘ch kulturách kvasinkov˘ch bunûk. Tato problematika ho pfiivedla k modelu kvasinek a hlavní v˘zkumné tématice regeneraãních schopností a reparaãní morfogeneze buÀky. Byl vynikajícím taktikem a stratégem v rozvíjení nov˘ch smûru vûdeckého bádání a po pÛvodním zamûfiení v˘zkumu na úlohu bunûãn˘ch membrán a povrchÛ pro reparaci buÀky pfie‰el na v˘zkum cytoskeletu. S doc. Viklick˘m byl u zrodu Cytoskeletálního klubu pfii âs. biologické spoleãnosti, kter˘ mûl letos jiÏ 16. setkání. Ve svém vûdeckém t˘m vÏdy zdÛrazÀoval zásadu „publish or perish“. V˘sledky jeho bádání jsou zdokumentovány ve více neÏ 130 experimentálních ãasopiseck˘ch publikacích, 8 monografiích, 11 kapitolách monografií a byly prezentovány ve stovkách pfiedná‰ek. V˘znam publikací podtrhuje pfies 900 citaãních

– 12 –

PERSONALIA dat. Pfiesto, Ïe jeho zaãátky vûdecké kariéry spadají do doby, která nebyla vysoko‰kolské vûdû nejen ekonomicky pfiíli‰ pfiíznivá, je jeho pfiíspûvek do svûtové vûdy velmi v˘znamn˘. V rámci tehdej‰ího Státního plánu v˘zkumu se mu podafiilo zajistit prostfiedky a zkoordinovat v˘zkum laboratofií bunûãné biologie z ãesk˘ch a slovensk˘ch pracovi‰È. Prof. Neãas má také mnoho zásluh v oblasti organizace vûdy a popularizace jejích v˘sledkÛ, byl platn˘m ãlenem Kolegia obecné biologie Akademie vûd, zakládajícím ãlenem Uãené spoleãnosti âeské republiky, úãastnil se nesãetn˘ch jednání komisí pro obhajoby a hodnocení vûdeck˘ch institucí. Mûl v˘znamn˘ podíl na pfiestavbû âs. biologické spoleãnosti, která se pod jeho vedením pfiemûnila na dynamickou vûdeckou spoleãnost, reflektující aktuální oblasti soudobé experimentální biologie. Byl duchovním otcem Biologick˘ch dnÛ, které mají ve svém poslání nejen poskytovat platformu pro prezentaci nov˘ch experimentálních v˘sledkÛ biologického v˘zkumu, ale mají i zamûfiení vzdûlávací pro ‰ir‰í okruh zájemcÛ. Jako jeho Ïáci jsme mûli moÏnost poznat také jeho osobní vlastnosti z nichÏ je tfieba vyzvednout píli, neúnavnost a schopnost fie‰it souãasnû nûkolik sloÏit˘ch problémÛ. Jeho v‰estrannost se projevovala i v oblasti zájmÛ a dovedností, opravdov˘m a primárním koníãkem pro nûj byla vûda, ale pro vlastní potû‰ení maloval obrázky, díky dokonalé manuální zruãnosti dovedl v‰e opravit, pfii náv‰tûvû jeho sadu na Vysoãinû jsem se pfiesvûdãil, Ïe byl i vzdûlan˘m a úspû‰n˘m ovocnáfiem a vãelafiem. Poslední léta své pedagogické a vûdecké kariéry proÏíval prof. Neãas jako emeritní profesor lékafiské fakulty, stále jako ãinn˘ uãitel vedl voliteln˘ pfiedmût „Úvod do teoretické biologie“, mûl pfiedná‰ky v kurzech pro studenty PGS, oponoval ãetné disertaãní práce a vûdecké zámûry. Také v Hlavním v˘boru âs. biologické spoleãnosti v posledním období jako ãestn˘ pfiedseda pfiicházel stále s nov˘mi podnûty na témata odborn˘ch semináfiÛ Hlavního v˘boru, které pfied ãasem zaãal organizovat. Jsem si jist˘, Ïe mohu nejen za sebe, ale za v‰echny co jsme mûli pfiíleÏitost prof. Neãase blíÏe poznat vyjádfiit lítost, Ïe se ãas jeho Ïivota naplnil a souãasnû i konstatovat, Ïe pro nás zÛstává vzorem, ke kterém se budeme ve vzpomínkách ãasto obracet. Roman Janisch

– 13 –

PERSONALIA

Vzpomínka na doc. MUDr. Miroslava Gabriela, CSc. Dne 7. ãervna 2008 se skonãilo pozemské putování doc. MUDr. Miroslava Gabriela, CSc., docenta biologického ústavu lékafiské fakulty MU, bunûãného biologa, badatele a uãitele, dlouholetého ãlena a funkcionáfie âs. biologické spoleãnosti. Narodil se pfied 70lety v Brnû - Îebûtínû, v uãitelské rodinû. Lásku k pfiírodû mu v‰tûpovali rodiãe, ale touhu k bádání si pfiinesl od gymnaziálních profesorÛ. UÏ jako student 1. roãníku lékafiské fakulty nastoupil do laboratofie O. Neãase a hned dostal i v˘zkumn˘ úkol – pfiípravu protoplastÛ kvasinek. Podobn˘ch adeptÛ vûdy bylo v tûch letech na biologii nûkolik desítek, sítem seriózní soustfiedûné práce jich pro‰lo do dal‰ích roãníkÛ jen nûkolik, vãetnû Mirka Gabriela a dal‰ích, ktefií se stali demonstrátory a vûdeck˘mi silami a pozdûji z nich byli univerzitní uãitelé nebo akademiãtí badatelé. Jak to bylo na biologickém ústavû zvykem, kaÏd˘, kdo tam chtûl pracovat, se musel vûnovat jak vûdecké, tak uãitelské kariéfie. Dodnes si vzpomínám, jak se na schÛzky uãitelÛ zafiazovaly kromû vûdeck˘ch aktualit také lekce z didaktiky a psychologie. Mé první setkání s Mirkem bylo v biologickém praktiku nûkdy v r. 1957. Uãil nás mikroskopovat a v pamûti mi zÛstalo, Ïe si z trémy neustále upravoval rukou dlouhou k‰tici na hlavû. Mikroskopovat nás ale nauãil, protoÏe to umûl sám mimofiádnû dobfie. V prÛbûhu své v˘zkumné kariéry vyprodukoval mnoho v˘teãn˘ch mikrofotografií bunûk, které dokonce zdobily obálky ‰piãkov˘ch zahraniãních ÏurnálÛ. Samozfiejmû to byla dokumentace k experimentálním v˘sledkÛm, nikoliv jen dekorace. Mezi mikrobiology a bunûãn˘mi biology byl doc. Gabriel znám jako odborník pfies protoplasty plísní a kvasinek a také pfies bunûãnou stûnu a cytoskelet. Byl jedním z prvních badatelÛ, ktefií izolovali protoplasty plísní, fias a sinic a prokázali jejich regeneraãní schopnost. Nejvût‰í pozornost v‰ak vzbudily jeho práce o cytoskeletu kvasinek, o rozpojení sledu karyokineze a cytokineze a úloze bunûãné stûny v morfogenezi. V posledních letech své vûdecké kariéry se vûnoval studiu cytoskeletu patogenních hub, které bylo dotováno pomûrnû bohat˘mi granty a bylo také publikaãnû úspû‰né. Poslední projekt v‰ak uÏ doc. Gabriel nedokonãil, nemûl uÏ sil aby pfiekonal závaÏnou chorobu. S odbornou prací na biologickém ústavû byla spojena jaksi automaticky i aktivita v âs. biologické spoleãnosti. První pfiedná‰ku na její schÛzi mûl doc. Gabriel pfied 50 lety – o barvení mitochondrií Janusovou zelení. Pak nejen pfiedná‰el, ale byl funkcionáfiem Hlavního v˘boru âSBS a její brnûnské poboãky, organizátorem Biologick˘ch dnÛ a dal‰ích konferencí. Nyní, v krátkém ãasovém odstupu od jeho odchodu, se mi uÏ nezdá dÛleÏité, Ïe jeho jméno je ve 38 ãasopiseck˘ch publikací, 2 monografiích a v 19 skriptech a Ïe má v SCI více jak 200 citací. Jsou tu jiní badatelé, ktefií budou v jeho v˘zkumu tfieba pokraãovat ãi jeho v˘sledky py‰nû ignorovat. Po Miroslavovi v‰ak zÛstává prázdné místo v okruhu m˘ch kamarádÛ, nesvítí jiÏ do tmy okna jeho pracovny a není sly‰et jeho jemn˘ humor, není tu ãlovûk, se kter˘m jsem se po padesát let témûfi dennû potkával a potkával se rád. A. Svoboda

– 14 –

PERSONALIA

Doc. RNDr. Josef Reischig, CSc., jak nám zÛstane Dne 10. srpna 2008 nás zarmoutila zpráva, Ïe nás navÏdy opustil doc. RNDr. Josef Reischig, CSc., dlouholet˘ vedoucí Biologického ústavu LF UK v Plzni, ãlen a hospodáfi Hlavního v˘boru âs. biologické soleãnosti. Ztratili jsme v nûm nad‰eného obdivovatele pfiírody vÏdy ochotného se prostfiednictvím sv˘ch fotografií a filmÛ podûlit o ãerstvé záÏitky z mikro- i makrosvûta. Aãkoliv se v mládí chtûl stát hokejov˘m trenérem – dokonce vystudoval Fakultu tûlesné v˘chovy a sportu UK a mûl úspûchy v lehké atletice – vyvíjela se jeho kariéra jin˘m smûrem. Rozhodujícím faktorem bylo studium biologie na Pfiírodovûdecké fakultû UK a odtud se niÈ jeho Ïivota proplétala aÏ k neskuteãnû krásn˘m obrazÛm rostlinn˘ch tkání, které v devadesát˘ch letech pofiizoval jiÏ s pomocí fluorescenãního a pozdûji také konfokálního mikroskopu. JiÏ jako student pfiipravil makrozábûry hmyzu, které byly vydány ve formû sady diapozitivÛ jako uãební pomÛcka pro základní ‰koly. Zde mÛÏeme vystopovat poãátky Pepíkova celoÏivotního úsilí o popularizaci pfiírodních vûd pomocí fotografie a filmu. Masivní nástup videotechniky mu pfiinesl mocn˘ pfiíval inspirace, kter˘ vyvrcholil v jeho CD Videoatlasu bezobratl˘ch ÏivoãichÛ. Vût‰ina spolupracovníkÛ na fakultû má v Ïivé pamûti drobné mikrofotografie, kter˘mi nás pfied vánocemi obdarovával a které zde dodnes zdobí fiadu pracoven. Od poãátku devadesát˘ch let minulého století uspofiádal Pepík desítky v˘stav sv˘ch mikrofotografií prakticky po celé republice. Jednou z nejvût‰ích byla v˘stava Skrytá krása stvofiení pofiádaná v rámci oslav 650 let trvání Univerzity Karlovy v kfiíÏové chodbû Karolina. Pepíkovy mikrofotografie zcela jistû vrchovatû naplnily autorÛv zámûr – pfiiblíÏit krásu pfiírody lidem, ktefií se o ni bûÏnû nezajímají, a pfiivést je k zájmu o pfiírodní vûdy. Pepík dostal do vínku dar vidûní a schopnosti pfiedávání vidûného a tohoto daru se v ãase jemu vymûfieném snaÏil vyuÏít ze v‰ech sv˘ch sil. V posledním období svého Ïivota byl nucen bojovat s tûÏkou nemocí a bojoval tvrdû – tak, jak ho sport nauãil. Aãkoliv pfiíbûh tohoto Ïivota má na konci nevyhnutelnou teãku jako ostatnû kaÏd˘ pfiíbûh z pfiírody, kterou Pepík tak miloval, byl to pfiíbûh vrcholnû naplnûn˘ dobrodruÏstvím poznávání i obyãejn˘m lidsk˘m bytím. Marie Korabeãná

Rozlouãení s prof. MUDr. Richardem Jelínkem, DrSc. Dne 27. fiíjna 2008 zemfiel ve vûku 74 let prof. MUDr. Richard Jelínek, DrSc., v˘znamná a charizmatická osobnost akademické obce 3. lékafiské fakulty a Univerzity Karlovy, ãlen praÏské poboãky a sekce ultrazvuku âs. biologické spoleãnosti. V profesoru Jelínkovi ztrácíme nejen v˘znamného odborníka a pedagoga, ale zároveÀ i dobrého, laskavého, skromného, vzácného a v˘jimeãného ãlovûka.

– 15 –

VARIA

Bioliga za rok 2007? Pfiedpony „bio“ jsou dnes populární. Napfiíklad biopotraviny, neznamenají, Ïe su‰enka oÏije, kdyÏ se ji chystáme sníst, ale Ïe byla vyrobena technologiemi z dob, kdy se v zemûdûlství je‰tû nepouÏívala prÛmyslová hnojiva. Zkusme pouÏít pojem „bioliga“ pro tfiídûní v˘sledkÛ z vûd o Ïivotû. Je to slovo jazykovû stejnû nelogické, jako je pojem biopotraviny, ale je struãné. UÏ nûkolik let funguje rozsáhlá bibliografická databáze vûdeck˘ch publikací Scopus. Na rozdíl od star‰í a dobfie zavedené Web of Knowledge nezdÛrazÀuje tak v˘raznû americké ãasopisy, obsahuje více ãasopisÛ, které zajímají evropské badatele. Na publikacích indexovan˘ch ve Scopusu zaãalo b˘t od roku 2007 zaloÏené i celosvûtové hodnocení kvality univerzit zvefiejÀované kaÏdoroãnû v lond˘nském The Times Higher Education Supplement. âast˘m pouÏíváním Scopusu jsem zjistil, Ïe spolehlivost vyhledávání je v nûm témûfi stoprocentní, ale zdÛraznil bych ono témûfi. Odpovûì na zadání dotazu b˘vá rychlá. Pro hodnocení ãasopisÛ je pouÏíván HirschÛv index. V fiíjnu 2008 jsem zadal dotaz na poãty publikací v nûkolika zemích, a to v oblasti „Biochemie, genetika a molekulární biologie“, kde je obvykle také zahrnuta bunûãná biologie. Získané údaje za rok 2007 jsou v následující tabulce. USA Japonsko V. Británie Nûmecko Francie Itálie Kanada ·panûlsko Indie Austrálie ·védsko ·v˘carsko Rusko Polsko Dánsko Turecko Rakousko Finsko ¤ecko âR Norsko Portugalsko

Singapur Irsko Maìarsko Slovensko Egypt Bulharsko Slovinsko Rumunsko Estonsko Srbsko a âH Loty‰sko

69909 18843 17500 17390 11906 10871 10162 7688 6665 5983 4253 4076 3571 3397 2613 2343 2329 1976 1779 1627 1484 1473

– 16 –

1398 1252 1142 598 532 452 414 341 161 153 63

VARIA Uvedené údaje lze jistû vztáhnout na poãet obyvatel nebo jin˘ ukazatel, ale to si mÛÏeme, kdybychom se chystali hodnotit, kdykoli kaÏd˘ vydûlit sám. Pro âeskou republiku v˘‰e uveden˘ údaj pfiedstavuje nárÛst o 50 % za posledních pût let, pro srovnání poãet publikací z Nûmecka za stejné období vzrostl o 25 %. Na ãesk˘ch záznamech se podílely pfiedev‰ím následující instituce:

AV âR Univerzita Karlova Masarykova univerzita Univerzita Palackého Jihoãeská univerzita V·CHT Praha Univerzita Pardubice IKEM Praha Univerzita obrany ÚHKT Praha VFU Brno Motolská nemocnice

MZLU Brno VFN Praha FN H. Králové FN Brno âes. zem. univerzita V˘zk. ústav vet. lék.Brno VUT Brno âVUT MasarykÛv onkol. ústav FN PlzeÀ UTB Zlín Stfiedoãesk˘ vysok. inst.

572 498 140 94 69 55 50 37 34 33 31 31

30 30 22 20 20 17 16 14 14 13 12 11

PfiestoÏe v záznamech jednotliv˘ch publikací je uvádûn obvykle anglick˘ název instituce, hledání podle adres zobrazuje ãást v˘sledkÛ pfieloÏen˘ch do ãe‰tiny. Vzhledem k tomu, Ïe na na‰ich univerzitách autofii velmi ãasto neuvádûjí správnou anglickou verzi názvu svého zamûstnavatele, mÛÏe tento vnitfiní algoritmus vést k vy‰‰í spolehlivosti vyhledání Ïádan˘ch poloÏek. Z logiky algoritmÛ bychom v‰ak v˘‰e uvedená ãísla mûli zaokrouhlovat alespoÀ na desítky. UÏivatele Scopusu bych upozornil, aby si kontrolovali správnost e-mailu autora ãlánku, jestliÏe mu pí‰í o elektronick˘ separát (pdf). Programátofii Scopusu, aby odstranili moÏné pfieklepy v publikacích, zfiejmû na nûkteré údaje pustili roboty. V˘sledkem je, Ïe tfieba autorovi tohoto sdûlení je ve Scopusu vÏdy pfiipisována e-mailová adresa, kterou sice kdysi úfiednû vyfasoval, ale nikdy ji do sv˘ch publikací neuvedl a kterou ani nepouÏívá. Prostû filozofie Scopusu je trochu jiná, neÏ na jakou jsme léta zvyklí u Web of Knowledge (dfiíve u Current Contents): v nûãem nám bude vyhovovat více, v nûãem asi ménû. Databáze je to ale velká a pomûrnû kvalitní, urãitû stojí za v˘znamnou pozornost biologÛ. Josef Berger

– 17 –

Sekretariát Hlavního v˘boru âs. biologické spoleãnosti Tome‰ova 12, 602 00 Brno

Helena Hromadová, sekretáfika a úãetní Hlavního v˘boru tel.: 549 491 329 e-mail: [email protected] fax: 542 492 394 e-mail: [email protected] http://www.med.muni.cz/biolspol/

Redakãní rada Zpravodaje Pfiedseda: Technick˘ redaktor: âlenové:

Prof. MUDr. Roman Janisch, DrSc. (e-mail: [email protected]) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (e-mail: [email protected]) Doc. RNDr. Josef Berger, CSc. Prof. MUDr. et RNDr. Miroslav âervinka, CSc. Prof. RNDr. Milan Hejtmánek, DrSc. Doc. RNDr. Josef Reischig, CSc. MUDr. Iva Slaninová, Ph.D.

Pfiíspûvky zasílejte na adresu technického redaktora (Biofyzikální ústav LF MU, Kamenice 3, 625 00 Brno) nebo na sekretariát spoleãnosti.

Zpravodaj âs. biologické spoleãnosti v Brnû Vydal: Redaktor: Technick˘ redaktor:

Hlavní v˘bor âs. biologické spoleãnosti Tome‰ova 12, 602 00 Brno Prof. MUDr. Roman Janisch, DrSc. Mgr. Daniel Vlk, CSc. Brno 2008

– 18 –

2008 ã. 2

prodej a servis lékařské ultrazvukové techniky

GE ultrazvukové systémy – více než ultrazvuk

Přenosné černobílé a barevné ultrazvuky

Stacionární černobílé ultrazvuky

Barevné ultrazvuky střední třídy

• digitální technologie • kvalitní 2D obraz • možnost barevného a PW, CW dopplera • harmonické zobrazení • jednoduchá obsluha • velmi kontrastní LCD displej • bateriový provoz • odolný proti prachu a vlhku • celotělový systém včetně kardio a TCD

• digitální technologie • velmi dobrý 2D obraz • snadná obsluha – Switch & Scan technologie • měření a kalkulace • uživatelská přednastavení • široká škála multifrekvenčních ultrazvukových sond

• digitální technologie TRUESCAN • kvalitní 2D obraz • možnost barevného a PW, CW dopplera • harmonické zobrazení • jednoduchá obsluha • velmi kontrastní CRT-LCD displej • celotělový systém včetně kardio a TCD • RAW data

www.ultrazvuky.cz Electric Medical Service, s.r.o. Výstavní 17/19, 603 00 Brno tel.: 543 184 179, fax: 543 184 180, [email protected]

MERCK BIOSCIENCES Kde najdu spolehlivého dodavatele s širokou nabídkou kvalitních protilátek?

Katalog Calbiochem obsahuje více než 2 000 protilátek. Kromě toho u nás naleznete pro oblast Life Science dalších 15 000 produktů, které vám poskytnou pomoc při vaší vědecké práci. That’s what’s in it for you. Merck Chemicals Merck Calbiochem® . Inhibitory . Protilátky . Buněčná signalizace . Kinázy . Proteomika . Apoptóza / Rakovina . Kaspázy . Detergenty . Proteiny / Enzymy . Assay soupravy . další biochemikálie Merck Novagen® . PCR . Klonovací soupravy . Exprese proteinů . Extrakce proteinů . Purifikace proteinů . Kompetentní buňky . Transfekce . Microarray soupravy . další biochemikálie Merck Novabiochem® . Syntéza peptidů . Nosiče pro syntézu v pevné fázi

Objednejte si nový katalog Calbiochem 2008 / 2009 na www.merck.cz