TESIS
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI POSITIVITY RATELEBIH TINGGI DARIPADAKULTUR URINE DALAM MENDIAGNOSIS ETIOLOGIBAKTERIALPROSTATITIS DI RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY
PROGRAMPASCA SARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2015
TESIS
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI POSITIVITY RATELEBIH TINGGI DARIPADA KULTUR URINE DALAM MENDIAGNOSIS ETIOLOGI BAKTERIAL PROSTATITIS DI RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
DISUSUN OLEH : BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY NIM 0914028205
PROGRAM MAGISTER ILMU BIOMEDIK PENDIDIKAN PROFESI DOKTER SPESIALIS – I PROGRAM STUDI ILMU BEDAH PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2015
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI POSITIVITY RATELEBIH TINGGI DARIPADA KULTUR URINE DALAM MENDIAGNOSIS ETIOLOGI BAKTERIAL PROSTATITIS DI RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
Tesis untuk Memperoleh Gelar Magister Pada Program Magister, Program Studi Ilmu Biomedik, Program Pascasarjana Universitas Udayana
BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY NIM 0914028205
PROGRAM MAGISTER PROGRAM STUDI ILMU BIOMEDIK PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2015 Lembar Pengesahan
TESIS INI TELAH DISETUJUI
TANGGAL 12 Juni 2015
Pembimbing I,
Pembimbing II,
dr.Gede Wirya Kusuma Duarsa, M.Kes.,Sp.U Dr.dr. TjokordaG.B.Mahadewa,M.Kes.,Sp.BS(K)Spinal NIP 196809252005011001 NIP 197409061002121001
Mengetahui Ketua Program Studi Ilmu Biomedik Program Pascasarjan Universitas Udayana,
Direktur Program Pascasarjana Universitas Udayana,
Dr.dr.Gde Ngurah Indraguna Pinatih,M.Sc.Sp.GK Prof.Dr.dr.A.A. Raka Sudewi, SpS(K) NIP 195805211985031002 NIP 195902151985102001
Tesis Ini Telah Diuji pada Tanggal 12 Juni2015
Panitia Penguji Tesis Berdasarkan SK Rektor Universitas Udayana No:1585/UN14.4/HK/2015, Tanggal: 4 Juni 2015
Penguji Ujian Tesis adalah : 1. dr. Gede Wirya Kusuma Duarsa, M.Kes., SpU 2. Dr. dr. Tjokorda Gede Bagus Mahadewa, M.Kes., SpBS(K)Spinal 3. Dr. dr. Anak Agung Gede Oka, SpU 4. Dr. dr. Nyoman Golden, SpBS(K)Neuroonkologi 5. dr. I Ketut Wiargitha, SpB(K)Trauma
UCAPAN TERIMA KASIH
Saya panjatkanpujisyukurkepada TuhanYang Maha Esa atas berkatdan rahmat – Nya, sehingga saya dapat menyelesaikankarya tulis dengan judul “PolymeraseChain Reaction MemilikiPositivityRate Lebih Tinggi daripada KulturUrinedalamMendiagnosisEtiologiBakterialProstatitisdi RumahSakit Sanglah Denpasar 2015 ”. Karya tulis ini adalah salah satu persyaratandalam menempuhProgram PendidikanDokter Spesialis (PPDS) Bedah Umum di Departemen/SMF Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar. Terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi – tingginya saya haturkan kepada : dr. Gede Wirya Kusuma Duarsa, Mkes, SpU selaku pembimbingutama penelitian yang dengan penuh perhatian dan kesabaran telah memberikan inspirasi, bimbingan, dan nasehat sehingga mempermudah saya dalam menyelesaikan karya tulis ini. Dr. dr. Tjokorda Gede Bagus Mahadewa, Mkes, SpBS(K)Spinal selaku pembimbingmetodologidan statistik dalampenelitianiniyang telah memberikan bimbingan dan masukan untuk memperlancar penyelesaian karya tulis ini. Prof. Dr. dr. Sri Maliawan,SpBS(K) selaku Kepala Departemen/SMFBedah Fakultas KedokteranUniversitasUdayana/RSUP Sanglah Denpasar,yang telah memberikankesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan
Dokter Spesialis di program studi Bedah Umum. dr. Ketut Wiargitha,SpB(K) Trauma selaku Ketua Program Studi Ilmu Bedah FakultasKedokteranUniversitasUdayana/RSUPSanglah Denpasardan dr. Putu Anda Tusta Adiputra,SpB(K)Onk. sebagai Sekretaris Program Studi Ilmu Bedah Fakultas KedokteranUniversitasUdayana/RSUP Sanglah Denpasar yang memberikan dukungan dan semangat dalam menyelesaikan pendidikan. dr. Ida Bagus Darma Putra, SpB – KBD dan Seluruh Staf Pengajar Departemen / SMF Bedah Fakultas KedokteranUniversitas Udayana / RSUP Sanglah Denpasar sebagai guru dan teladan saya yang dengan penuh dedikasi dan kesabarantelah banyakmemberikanbimbingandan dukungankepada saya selama mengikutipendidikanBedah Umumdan dalam menyelesaikankaryatulis ini. Dr. dr. Gde NgurahIndragunaPinatih,M.Sc, Sp.GK, selaku Ketua Program Studi Ilmu Biomedik yang telah memberikankesempatan mengikuti program Combined Degree. dr. Anak Ayu Sri Saraswati, MKes selaku DirekturUtama RSUP Sanglah Denpasar yang telah memberikankesempatan kepada saya untuk belajar di lingkungan rumah sakit yang beliau pimpin. Prof. Dr. dr. Ketut Suastika, SpPD–KEMD, selaku rektor Universitas Udayanayang telah memberikankesempatan belajardi universitasyang beliau pimpin. Prof. Dr. dr. A.A. Raka Sudewi, SpS (K) selaku DirekturProgram Pasca
Sarjana Universitas Udayana yang telah memberikansaya kesempatan untuk mengikuti pendidikan combined degreedi programyang beliau pimpin. Prof. Dr. dr. Putu Astawa, SpOT(K) selaku Dekan Fakultas Kedokteran UniversitasUdayanayang telah memberikansaya kesempatan untukmengikuti pendidikan spesialis Bedah Umum di fakultas yang beliau pimpin. Orang tua saya, Sutopo Sambudi, Roos Samsiyati, Ketut Suryanaya,dan Putu Sundari, istri saya dr. Putu Ratih Dian Pardani, SpU dan putra saya AtyanandaRaihaanBratandaraRosadi atas cinta kasih, motivasi,dan dukungan yang tiada henti selama saya menjalani pendidikan spesialis ini dr. Melati WibawaPutri,SpB, dr. Rika Lesmana, dan dr. Ida Ayu Putranti, serta seluruh rekan PPDS I Bedah Umum atas kerjasama, dukungan dan bantuannya dalam proses penelitian serta selama proses pendidikan Seluruhstaf dan paramedisdi InstalasiBedah SentralRSUP Sanglah,seluruhstaf sekretariatBedah,serta paramedisdi InstalasiRawat InapBedah,InstalasiRawat Jalan Bedah, dan staf bagian Mikrobiologi RSUP Sanglah Denpasar. Akhirkata, semoga karya tulis ini dapat bermanfaat,danmohon maaf atas segala kekurangan. Denpasar, Mei 2015
Bramastha Aires Rosadi Oggy
ABSTRAK Polymerase Chain Reaction Memiliki Positivity Rate Lebih Tinggi Daripada Kultur Urine Dalam Mendiagnosis Etiologi Bakterial Prostatitis Di Rumah Sakit Sanglah Denpasar 2015
Penelitian terbaru menghubungkanantara Benign Prostatic Hyperplasia (BPH) denganprostatitiskronis.Nyeripanggulyang bersifatkronisadalahgejala utama dari BPH yang diikuti oleh prostatitis. Standar baku emas diagnosis etiologi dari prostatitis adalah kultururine,tetapi angka negatifitas masih tinggi. Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat mengenali bakteri pada level DNA. Penelitianini bertujuanuntukmembandingkanpemeriksaanPCR dengan kultur urine sebagai alat diagnosis teiologi prostatitis. 12 sampel penelitiandikumpulkanbersamaandengan prosedurTURP di Rumah Sakit Sanglah Denpasar Bali mulai bulan Februari– Mei 2015. Semua sampel telah didiagnosis prostatitis secara klinis dan telah menjalani pemeriksaankultururine.Spesimen prostat yang diambilmelaluiTURP dikirimke bagian patologi anatomi untuk mendiagnosa secara histopatologis dan PCR untuk mendiagnosis secara etiologi. Pemeriksaan histopatologi telah mendiagnosa 12 sampel sebagai prostatitis,ke 12 sampel ini telah menjalanipermeriksaanPCR dan memberikan hasil 10 sampel positif (6 sampel E. coli, 2 adalah C. trachomatis, dan 2 terakhir adalah N. gonorrheae serta P. aeruginosa). 9 sampel dinyatakanpositif oleh pemeriksaankultururineyaitu 6 adalah E. coli, sementara yang lain adalah P. aeruginosa, M. morganii dan A. haemolyticus. Diagnosis etiologi memegang peranan penting pada kasus prostatitis. Pemeriksaan PCR dapat mendiagnosa pada level DNA dan dapat mengidentifikasi pada kultur urine yang negatif. Kombinasi dari kedua pemeriksaanini memberikansarana diagnosis etiologi yang lebih baik sehingga terapi prostatitis akan lebih tepat. Kata Kunci Prostatitis, : Kultur Urine, Polymerase Chain Reaction
ABSTRACT Polymerase Chain Reaction Has Higher Positivity Rate Compared to Urine Culture in Detecting Etiological Causes of Bacterial Prostatitis on Sanglah General Hospital Denpasar 2015 Benign Prostatic Hyperplasia (BPH) has been correlated with chronic prostatitis according recent study. Chronic pelvic pain is the chief complain of BPH followed by prostatitis. The gold standard of the etiological diagnosis is urineculture,but the negativityrate is still high. Polymerasechainreaction(PCR) as a diagnostic tool in search of etiologicalcauses could identifymicroorganism on DNA level. This research aims to find out the role of multiplexpolymerase chain reaction as diagnostic tools on prostatitis patients. A total of 12 samples collected duringthe TURP procedurein Sanglah General Hospital Denpasar – Bali from Februaryuntil May 2015. All of the samples has been diagnosed prostatitisclinicallyand performurineculturetest. The prostate specimen taken was sent to the Pathological anatomy for histopathology diagnostic and underwent PCR for etiologic diagnostic. 12 samples has been declared as prostatitis based on histopathology examination,and then were analyzed using PCR. 10 samples were positive (6 were E. coli, 2 were C. trachomatis, the rest were N. gonorrheae and P. aeruginosa). The urineculturerevealed9 positive,withinthe result 6 wereE. coli, and the others were P. aeruginosa, M. morganii and A. haemolyticus. In prostatitis patient, the etiological diagnostic was important.PCR as diagnostic tools could detect the microorganismon a negativeurineculture.The combinationof the urineculturetest and PCR revealeda betterresulton etiologic diagnosis which leads to a better management of the disease. Keywords Prostatitis, : Urine Culture, Polymerase Chain Reaction
DAFTAR ISI JUDUL ………………………………………………………………………………....
i
LEMBAR PENGESAHAN ……………………………………………………………
ii
LEMBAR BUKTI UJI TESIS …………...…………………………………………….
iii
LEMBAR PERSYARATAN GELAR ...………………………………………………
iv
LEMBAR BEBAS PLAGIAT …………………………………………………………
v
UCAPAN TERIMA KASIH …………………………………………………………..
vi
ABSTRAK ………………..……………………………………………………………
ix
DAFTAR ISI ………………………………………………………………………….
xi
DAFTAR GAMBAR ……………………………………………………………….….
xiv
DAFTAR TABEL ……..…………………………………………………………..…..
xv
DAFTAR SINGKATAN ………..……………………………………………………..
xvi
DAFTAR LAMPIRAN ………………………………………………………………..
xviii
BAB I PENDAHULUAN ……………………………………………………………..
1
1.1 Latar Belakang Masalah ……………………………………………………..
1
1.2 Rumusan Masalah …………………………………………………………...
4
1.3 Tujuan Penelitian …………………………………………………………….
4
1.3.1 Tujuan Umum …………………………………………………………..
4
1.3.2 Tujuan Khusus ……………………………………………………….....
4
1.4 Manfaat Penelitian …………………………………………………………...
4
1.4.1 Manfaat Akademis ……………………………………………………...
4
1.4.2 Manfaat Praktis …………………………………………………………
5
BAB II KAJIAN PUSTAKA ………………………………………………………….
6
2.1 Benign Prostate Hyperplasia ……………………………………………………… 6 2.1.1 Insiden & Epidemiologi ……………………………………………..
6
2.1.2 Anatomi ……………………………………………………………...
7
2.1.3 Etiologi ………………………………………………………..……..
8
2.1.4 Patologi …………………………………………………..………….
13
2.1.5 Patofisiologi …………………………………………………………
14
2.1.6 Gejala Klinis …………………………………………………………
15
2.1.7 IPSS ………………………………………………...………………..
15
2.1.8 Pemeriksaan Klinis ………………………………………………….
17
2.1.9 Pemeriksaan Laboratorium ………………………………………….
18
2.1.10 Pencitraan …………………………………………………………..
18
2.1.11 Diagnosa Banding ………………………………………………….
19
2.1.12 Penatalaksanaan ……………………………………………………
20
2.2 Prostatitis …………………………………………………………………….
26
2.2.1 Klasifikasi …………………………………………………...……….
27
2.2.1.1 Prostatitis Bakterial Akut ……………………………………
28
2.2.1.2 Prostatitis Bakterial Kronis …………………………………. 29 2.2.1.3 Prostatitis Non Bakterial ……………………………………. 2.3 Kultur Urin .……..…………………………………………………………..
30 31
2.4 Polymerase Chain Reaction ………………………………………………………. 35 2.4.1 Sejarah ……………………………………………………….………
35
2.4.2 Prinsip ………………………………………………….……………
36
2.4.3 Prosedur …………………………………………......………………
37
2.4.4 OptimasiPolymerase Chain Reaction ……………………………….....39 2.4.5 Polymerase Chain Reactionsebagai Sarana Diagnosa
43
....................... BAB III KERANGKA KONSEP …………….……………………………………….
45
3.1 Kerangka Berpikir dan Konsep Penelitian …………………………………..44 3.2 Hipotesa Penelitian ………......……………………………………………… BAB IV METODE PENELITIAN …………………….………………………………
45 46
4.1 Rancangan Penelitian …………………………………..……………………
46
4.2 Tempat dan Waktu Penelitian ……………………………………………….
47
4.3 Populasi dan Sampel Penelitian ……………………………………………..
47
4.3.1 Kriteria Inklusi ………………………………………………………
47
4.3.2 Kriteria Eksklusi …………………………………………………….
48
4.4 Perkiraan Besar Sampel ……………………………………………………..
48
4.5 Variabel Penelitian …………………………………………………………..
48
4.6 Definisi Operasional …………………………………………………………
49
4.7 Prosedur Penelitian …………………………………………………………..
50
4.8 Alur Penelitian ……………………………………………………………….
51
4.9 Analisa Statistik ……………………………………………………………...
51
BAB V HASIL PENELITIAN …………………….…………………………………..
53
BAB VI PEMBAHASAN ……….…………………….………………………………
56
6.1 Karakteristik Penderita BPH dengan Prostatitis ………..…………………… 56 6.2 Kultur Urine sebagai Sarana Diagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis 56 …….. 6.3 PCR sebagai Sarana Diagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis
57
……………... 6.4 PerbandinganHasil KulturUrinedan PCR Sebagai SaranaDiagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis ….……………………………………………...
58
BAB VII SIMPULAN DAN SARAN ...……………….………………………………
61
DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………………….............
63
LAMPIRAN …………………………………………………………………………...
69
DAFTAR GAMBAR Gambar 2.1
Penampang Anatomis Prostat ……………………………………………..
1 3
Gambar 2.2
Kuesioner IPSS menurut American Urology Association ……………….. 1 7
Gambar 2.3
Rekomendasi Medikamentosa pada Kasus BPH ……………………….....2 1
Gambar 2.4
TehnikOperasi pada TURP Tahap Pertama Dimulaidari Bladder Neck di Arah Jam 12 ………………………………………………….....................2 2
Gambar 2.5
Tehnik Operasi pada TURP Tahap Kedua pada Porsi Tengah Dimulai
dari
Arah
Jam
12
Menuju
Arah
Jam
9
…………………………………..... Gambar 2.6
2 3
TehnikOperasipada TURP TahapKetiga pada Sisi KiriDimulaidari Arah Jam 12 Menuju Arah Jam 3 ………………………………………....
2 3
Gambar 2.7
Tehnik Operasi pada TURP Tahap Keempat pada Porsi Tengah Dimulai
Gambar 2.8
dari
Arah
Jam
9
Menuju
Arah
Jam
6
2
………………………………….......
4
Klassifikasi Prostatitis Menurut NIH ……………………………………...
2 8
Gambar 2.9
Mikroorganisme pada Saluran Kemih ……………………………………. 3 3
Gambar 2.10 Siklus Polymerase Chain Reaction ……………………………………………. 3 5 Gambar 2.11 Tahap Gambar 3.1
–
Tahap
Prosedur Polymerase
Chain
Reaction
3
………………….......
8
Konsep Penelitian .………………………………………………………...
4 5
Gambar 4.1
Rancangan Penelitian ……………………………………………………..
4
Gambar 4.1
Rancangan Penelitian …………………………………………………….. 6
Gambar 4.2 Gambar 4.3
Alur
Penelitian
5
............................................................................................
1
Tabel 2 x 2 ………………………………………………………………...
5 2
DAFTAR TABEL Tabel 5.1
Gambaran Karakteristik Subyek Penelitian …...…………………………..5 3
Tabel 5.2
Perbandingan Positivity Rate Hasil Pemeriksaan Kultur Urine dengan PCR pada Subyek Penelitian……………………………………………… 5 4
Tabel 5.3
Tabel 5.4
Tabulasi
Silang
Ketidaksesuaian (Disconcordance) Hasil
Pemeriksaan Kultur Urine dengan PCR pada Subyek Penelitian
5
…………………….....
4
Gambaran Pola Kuman Berdasarkan Hasil Pemeriksaan Kultur Urine
dengan
PCR
..……………………….....................
pada
Subyek
Penelitian
5 5
DAFTAR SINGKATAN AUA
: American Urologic Association
BPH
: Benign Prostatic Hyperlasia
DHT
: Dihidrotestosteron
DM
: Diabetes Melitus
DNA
: Deoxyribose Nucleic Acid
dNTP
: Deoxynucleoside triphosphates
EAU
: European Association of Urology
FGF
: Fibroblast Growth Factor
fPSA
: Free Prostate Spesific Antigen
HPV
: Human Papilloma Virus
IFN
: Interferon
IL
: Interleukin
IPSS
: International Prostate Symptom Score
ISK
: Infeksi Saluran Kemih
LUTS
: Lower Urinary Tract Syndrome
NADPH
: Nicotinamide Adenine Dinucleotide
NIH
: National Institute of Health
PCR
: Polymerase Chain Reaction
PSA
: Prostate Spesific Antigen
PSAD
: Prostate Spesific Antigen Density
RA
: Reseptor Androgen
RSUP
: Rumah Sakit Umum Pusat
RT
: Rectal Toucher
tPSA
: TotalProstate Spesific Antigen
TULIP
: Transurethral Ultrasound-guided Laser-Induced Prostatectomy
TURP
: Transurethral Resection of the Prostate
USG
: Ultrasonogra fi
WHO
: World Health Organization
DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1
Form Kelaikan Etik ………………………………………………………..
6 8
Lampiran 2
Surat Ijin Penelitian ……………………………………………………….
6 9
Lampiran 3
Form Inform Consent ……………………………………………………..
7 0
Lampiran 4
Data Subyek Penelitian ……………………………………………………
7 1
Lampiran 5
Hasil Pemeriksaan PCR …………………………………………………...
7 2
Lampiran 6
Analisis Statistik …………………………………………………………..
7 3
