Segment CMR. Software platform v2.0 R4703

Segment CMR Uˇzivatelk´y manu´al ˇcesk´a verze

30. ˇr´ıjna 2015 Software platform v2.0 R4703

MEDVISO AB http://www.medviso.com Griffelv¨agen 3 SE-224 67 Lund Sweden Tel: +46-76-183 6442

ii

Obsah 1 Podm´ınky 1.1 Dodrˇzov´an´ı regulaˇcn´ıch pˇredpis˚ u . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2 Podm´ınky pouˇz´ıv´an´ı . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3 K ˇcemu software slouˇz´ı . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1 1 1 1

2 Konvence a zkratky 2.1 Typografick´e konvence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.2 Ochrann´e zn´amky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.3 Zkratky . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

3 3 3 3

3 Zaˇ c´ın´ ame 3.1 Poˇzadavky na syst´em . . . . . . . . . . . . . . 3.2 Instalace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.1 Instalace kompil´atoru Matlab Compiler 3.2.2 Instalace Segment CMR . . . . . . . . 3.3 Spouˇstˇen´ı Segment CMR . . . . . . . . . . . . 3.4 Odinstalovat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.5 Pˇrehled softwaru . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.6 Spouˇst´ıte poprv´e Segment CMR . . . . . . . . 3.6.1 Nastaven´ı . . . . . . . . . . . . . . . . 3.6.2 Nastaven´ı um´ıstˇen´ı oken . . . . . . . . 3.6.3 Datab´aze pacient˚ u . . . . . . . . . . . 3.6.4 Pˇripojen´ı k PACS . . . . . . . . . . . .

5 5 5 5 5 7 7 7 9 9 9 9 9

. . . . . . . . . . Runtime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

4 Nahr´ av´ an´ı a ukl´ ad´ an´ı dat - krok za krokem 11 4.1 Nahr´av´an´ı dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.1.1 Nahr´av´an´ı dat z datab´aze . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.1.2 Nahr´av´an´ı dat z PACS . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 iii

OBSAH

4.2

4.1.3 Nahr´av´an´ı dat ze s´ı´tov´eho disku . . . . . . . . . . . . 13 Ukl´ad´an´ı dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

5 N´ astroje pro prohl´ıˇ zen´ı obraz˚ u 5.1 Moˇznosti zobrazen´ı . . . . . 5.2 Oˇr´ıznut´ı s´erie obraz˚ u. . . . . 5.3 Upravit zvˇetˇsen´ı . . . . . . . 5.4 Upravit kontrast . . . . . . . 5.5 Mˇeˇren´ı vzd´alenosti . . . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

. . . . .

15 15 15 15 15 15

6 Nastaven´ı obrazu 17 6.1 Manu´alnˇe nastavte popis obraz˚ u . . . . . . . . . . . . . . . . 17 6.2 Popis obrazu po naˇcten´ı . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 6.3 Pacient podrobnosti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 7 Segmentace LK - krok za krokem 7.1 Automatick´a segmentace LK [1] 7.2 Manu´aln´ı segmentace LK . . . . 7.3 Vymaz´an´ı segmentace LK . . . . 7.4 Kop´ırov´an´ı segmentace LK . . . 7.5 Ovˇeˇren´ı segmentace LK . . . . . 8 Segmentace PK - krok za krokem 8.1 Automatick´a segmentace PK [1] 8.2 Manu´aln´ı segmentace PK . . . . 8.3 Vymaz´an´ı segmentace PK . . . . 8.4 Ovˇeˇren´ı segmentace PK . . . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

. . . .

. . . . .

19 19 20 20 21 21

. . . .

23 23 23 23 23

9 Anal´ yza ROI - krok za krokem 25 9.1 Manu´aln´ı anal´ yza ROI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 9.2 Vymaz´an´ı segmentace ROI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 10 Anal´ yza toku - krok za krokem 10.1 Automatick´a anal´ yza toku [1] 10.2 Anal´ yza Qp/Qs [2] . . . . . . 10.3 Analyze zkrat´ u a chlopn´ı [3] . 10.4 Vymaz´an´ı segmentace toku . 10.5 Eddy current kompenzace . . 10.6 F´azov´ y rozbalen´ı . . . . . . . iv

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

. . . . . .

27 27 28 28 29 29 30

OBSAH 10.7 Anal´ yza rychlost tepov´e vlny [4] . . . . . . . . . . . . . . . . 31 10.8 Ovˇeˇren´ı anal´ yza toku . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 11 Grafick´ a anal´ yza Bullseye - krok za krokem

33

12 Generov´ an´ı report˚ u - krok za krokem 35 12.1 Referenˇcn´ı hodnoty pouˇzit´e v report˚ u . . . . . . . . . . . . . 36 13 Anal´ yza T2* - krok za krokem 37 13.1 Automatick´a anal´ yza T2* [1] . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 13.2 Ovˇeˇren´ı anal´ yza T2* . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 14 Anal´ yza deformace - krok za krokem 14.1 Anal´ yza deformace v obr´azc´ıch s k´odov´anim rychlosti 14.1.1 Automatick´a anal´ yza deformace [1] . . . . . . 14.1.2 Vymazat data o deformaci . . . . . . . . . . . 14.1.3 Ovˇeˇren´ı anal´ yza deformace . . . . . . . . . . . 14.2 Anal´ yza deformace v tagovan´ıch obr´azc´ıch . . . . . . . 14.2.1 Automatick´a anal´ yza deformace [1-3] . . . . . 14.2.2 Vymazat data o deformaci . . . . . . . . . . . 14.2.3 Ovˇeˇren´ı anal´ yza deformace . . . . . . . . . . . 15 Anal´ yza pozdn´ı opacifikace - krok za krokem 15.1 Automatick´a anal´ yza viability [1] . . . . . . . 15.2 Anal´ yza ˇsed´ ych z´on . . . . . . . . . . . . . . 15.3 Vymaz´an´ı segmentace neviabiln´ıch z´on . . . . 15.4 Ovˇeˇren´ı anal´ yza pozdn´ı opacifikace . . . . . . 16 Anal´ yza rizikov´ eho myokardu (MaR) - krok 16.1 Automatick´a anal´ yza MaR [1] . . . . . . . 16.2 Vymaz´an´ı segmentace MaR . . . . . . . . . 16.3 Ovˇeˇren´ı anal´ yza MaR . . . . . . . . . . . .

. . . .

za . . . . . .

. . . . . . . .

39 39 39 40 40 41 41 43 43

. . . .

45 45 46 46 46

krokem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

47 47 48 48

. . . .

. . . .

. . . .

. . . .

. . . . . . . .

. . . .

. . . . . . . .

. . . .

. . . . . . . .

. . . .

17 Anal´ yza perfuze - krok za krokem 49 17.1 Automatick´a anal´ yza perfuze [1] . . . . . . . . . . . . . . . . 49 17.2 Ovˇeˇren´ı anal´ yza perfuze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 18 Anal´ yza ECV - krok za krokem 53 18.1 Automatick´a anal´ yza ECV . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 v

1 Podm´ınky Tento manu´al obsahuje instrukce pro pouˇz´ıv´an´ı, kter´e vysvˇetluj´ı, jak Segment CMR bezpeˇcnˇe pouˇz´ıvat.

1.1

Dodrˇ zov´ an´ı regulaˇ cn´ıch pˇ redpis˚ u

Segment CMR nese znaˇcku prohl´aˇsen´ı o shodˇe CE a je certifikov´an dle standardu ISO 13485. Segment CMR je t´emˇeˇr zcela zaloˇzen na softwaru Segment kter´ y m´a schv´alen´ı FDA 510(k) ˇc´ıslo K090833. Upozorˇ nujeme, ˇze schv´alen´ı FDA se nevztahuje na vˇsechny funkce t´eto aplikace. U tˇechto funkc´ı je v Uˇzivatelsk´em manu´alu a Referenˇcn´ım manu´alu uvedeno, ˇze jsou urˇceny v´ yhradnˇe pro vˇedeck´e u ´ˇcely. Schv´alen´ı FDA pro Segment CMR je v souˇcasn´e dobˇe v procesn´ım ˇr´ızen´ı. Uˇzivatel´e jsou pˇred pouˇzit´ım Segment CMR v´az´ani povinnost´ı sezn´amit se s regulacemi platn´ ymi v jejich zemi ˇci oblasti. Je na odpovˇednosti uˇzivatele tyto regulace a pravidla respektovat.

1.2

Podm´ınky pouˇ z´ıv´ an´ı

• Tento software sm´ı pouˇz´ıvat pouze odborn´ıci kvalifikovan´ı ve vyˇsetˇren´ı srdce magnetickou rezonanc´ı. • Tento software je n´astroj, kter´ y poskytuje d˚ uleˇzit´a klinick´a data. V´ yhradnˇe klinick´ y odborn´ık je zodpovˇedn´ y za interpretaci klinick´ ych dat a rozhodov´an´ı o tom, jak v´est sv´e pacienty. • Tento software by mˇel b´ yt pouˇz´ıv´an pro ˇcten´ı obraz˚ u z MRI skener˚ u firem Philips, Siemens a General Electric. Obrazy mohou b´ yt dod´any na CD nebo pˇr´ımo ze skeneru ˇci syst´em˚ u PACS ve form´atu DICOM.

1.3

Kˇ cemu software slouˇ z´ı

Segment CMR is a software that display and analyzes DICOM-compliant cardiovascular images acquired from magnetic resonance (MR) scanners. Segment CMR is designed for review, quantification and reporting of cardiovascular structures using multi-slice, multi-frame and velocity encoded MR 1

KAPITOLA 1. PODM´INKY images. Segment CMR provides validated and reproducible data for supporting the evaluation of cardiac function. The ventricular analysis is provided for usage in both pediatric (from newborn) and adult population. Images and associated data analysis can be stored, communicated, rendered, and displayed within the system and across PACS system. The data produced by Segment CMR is intended to be used to support qualified cardiologist, radiologist or other licensed professional healthcare practitioners for clinical decision making. It is a support tool that provides relevant clinical data as a resource to the clinician and is not intended to be a source of medical advice or to determine or recommend a course of action or treatment for a patient.

2

2 Konvence a zkratky Tato kapitola popisuje typografick´e konvence v tomto manu´alu a v programu.

2.1

Typografick´ e konvence

A Ctrl-A *.mat C:/Program File File→Save As Close } Endocardium  Single frame

2.2

Kl´avesa A na kl´avesnici. ˇr´ıdic´ı kl´avesa. Stisknˇete souˇcasnˇe kl´avesy Ctrl a A. Ikona na n´astrojov´e liˇstˇe. Pˇr´ıpona n´azvu souboru. Sloˇzka. Menu, napˇr. menu File. Podmenu, napˇr. v menu File se nach´az´ı Save As poloˇzka. Tlaˇc´ıtko/pˇrep´ınaˇc v grafick´em uˇzivatelsk´em rozhran´ı. Pˇrep´ınaˇc v grafick´em uˇzivatelsk´em rozhran´ı. Zatrh´avac´ı pol´ıˇcko v grafick´em uˇzivatelsk´em rozhran´ı.

Ochrann´ e zn´ amky

N´ıˇze jsou nˇekter´e z obchodn´ıch znaˇcek pouˇz´ıvan´ ych v tomto manu´alu. • Segment CMR je ochrannou zn´amkou Medviso AB. • Segment DICOM Server je ochrannou zn´amkou Medviso AB. • Sectra PACS je ochrannou zn´amkou Sectra Imtec AB, (http://www.sectra.se). • Matlab je ochrannou zn´amkou Mathworks Inc, (http://www.mathworks.com).

2.3

Zkratky

CMR Magnetick´a rezonance srdce LK Lev´a komora MaR Rizikov´ y myokard PWV Rychlost tepov´e vlny PK Prav´a komora

3

3 Zaˇ c´ın´ ame 3.1

Poˇ zadavky na syst´ em

• Operaˇcn´ı syst´em: Windows 2000, Windows XP (32bitov´ y a 64bitov´ y), Windows Vista (32bitov´ y), Windows 7 (32bitov´ y a 64bitov´ y), Windows 8. • Poˇc´ıtaˇc se 4 GB pamˇeti ˇci v´ıce. • Pevn´ y disk s minim´alnˇe 500 MB voln´eho m´ısta. • Grafick´a karta podporuj´ıc´ı jak DirectX, tak OpenGL.

3.2

Instalace

Pokud prov´ad´ıte prvn´ı instalaci, zaˇcnˇete instalac´ı Matlab Compiler Runtime (odstavec 3.2.1) a pot´e nainstalujte Segment CMR (odstavec 3.2.2). Pro aktualizaci nainstalujte pouze Segment CMR (odstavec 3.2.2). Abyste mohli instalaci prov´est, mus´ıte m´ıt k poˇc´ıtaˇci administr´atorsk´a pr´ava. 3.2.1

Instalace kompil´ atoru Matlab Compiler Runtime

1. St´ahnˇete si soubor MCR soubor a poklepejte nˇe nˇej. Soubor je moˇzn´e st´ahnout z domovsk´e str´anky Medviso AB. (http://medviso.com/download2/). 2. N´asledujte instrukce na obr´azc´ıch 1-4. 3. Restartujte poˇc´ıtaˇc. 3.2.2

Instalace Segment CMR

1. Nejnovˇejˇs´ı verzi Segment CMR si m˚ uˇzete st´ahnout z domovsk´e str´anky Medviso AB (http://medviso.com/download2/). St´ahnˇete soubor (nazvan´ y podobnˇe jako install Segment CMR 2px Ryyyy.exe), poklepejte na nˇej a n´asledujte instrukce. Abyste si mohli software st´ahnout, potˇrebujete heslo. Mˇeli byste jej obdrˇzet po zakoupen´ı programu, pokud jste heslo ztratili, kontaktujte pros´ım [email protected]. 5

ˇ ´INAME ´ KAPITOLA 3. ZAC

Obr´azek 1: Kliknˇete na Run.

Obr´azek 2: Kliknˇete na OK.

Obr´azek 3: Kliknˇete na Install.

6

ˇ EN ˇ ´I SEGMENT CMR 3.3. SPOUST

Obr´azek 4: Kliknˇete na Next.

2. Zkop´ırujte sv˚ uj soubor s licenc´ı do stejn´e sloˇzky, kde je nainstalov´an Segment CMR. Soubor s licenc´ı se naz´ yv´a yourname.key nebo license.key. Pokud nem´ate soubor s licenc´ı, pros´ım kontaktujte [email protected].

3.3

Spouˇ stˇ en´ı Segment CMR

Pro spuˇstˇen´ı programu kliknˇete na soubor C:/Program Files/Segment CMR/Segment CMR.exe, nebo na z´astupce. Kdyˇz spouˇst´ıte software, mˇel by se zobrazit obr´azek na obr. 5. Pokud se nezobraz´ı, pak nen´ı software spr´avnˇe nainstalov´an.

3.4

Odinstalovat

Pro odinstalov´an´ı Segment CMR odstraˇ nte vˇsechny soubory ve sloˇzce C:/Program/Segment CMR, pˇr´ıpadnˇe C:/Program Files/Segment CMR. Uˇzivatelsk´a nastaven´ı jsou uloˇzena ve sloˇzce Application Data a podsloˇzce Segment CMR pod kaˇzd´ ym uˇzivatelsk´ ym u ´ˇctem. Pro odinstalov´an´ı Matlab Compiler Runtime pouˇzijte funkci Windows - Install or Remove Programs - v kontroln´ım panelu.

3.5

Pˇ rehled softwaru

Pˇrehled Segment CMR poskytuje obr. 6. P´ısmena (a-o) na obr´azc´ıch budou pouˇzita jako odkazy v cel´em manu´alu. 7

ˇ ´INAME ´ KAPITOLA 3. ZAC

Obr´azek 5: Spouˇstˇec´ı okno pro Segment CMR.

Obr´azek 6: Hlavn´ı grafick´e uˇzivatelsk´e rozhran´ı. P´ısmena (a-o) na obr´azc´ıch budou pouˇz´ıv´ana jako odkazy v cel´em dokumentu.

8

ˇ ´ITE POPRVE ´ SEGMENT CMR 3.6. SPOUST Chcete-li se dozvˇedˇet o kaˇzd´em n´astroji v´ıce, podrˇzte myˇs nad ikonou a zobraz´ı se n´apovˇeda.

3.6

Spouˇ st´ıte poprv´ e Segment CMR

Kdyˇz se spust´ı Segment CMR poprv´e, zah´aj´ı se proces nastavov´an´ı, coˇz m˚ uˇze chv´ıli trvat, proto mˇejte trpˇelivost. Pro dokonˇcen´ı nastaven´ı programu jdˇete do preferenc´ı a nastaven´ı pozice oken, jak je pops´ano v odstavci 3.6.1 a 3.6.2. 3.6.1 Nastaven´ı Doporuˇcuje se zadat v nastaven´ı sloˇzky, kter´e se budou pouˇz´ıvat, abyste nemuseli pˇri kaˇzd´em nahr´av´an´ı ˇci ukl´ad´an´ı souboru sloˇzku znovu vyb´ırat. Dialog vyvol´ate pouˇzit´ım menu Preferences (a). Nastavte sloˇzky proData, Export a CD. 3.6.2 Nastaven´ı um´ıstˇ en´ı oken Pozice hlavn´ıho okna pro Segment CMR m˚ uˇze b´ yt nastavena taˇzen´ım okna do voliteln´e pozice a velikosti. Velikost a pozice budou uloˇzeny, takˇze pˇri pˇr´ıˇst´ım spuˇstˇen´ı Segment CMR bude pouˇzita stejn´a pozice. V pˇr´ıpadˇe, ˇze se pˇrepnete na jin´ y monitor, Segment CMR se m˚ uˇze pˇresunout mimo obrazovku. V takov´em pˇr´ıpadˇe stisknˇete Shift-Ctrl-R pro resetov´an´ı pozice GUI. Tak´e je moˇzn´e tak uˇcinit pˇres menu File (a). 3.6.3 Datab´ aze pacient˚ u Doporuˇcujeme zaˇc´ıt naˇs´ı vzorovou datab´az´ı pacient˚ u. St´ahnˇete soubor Patientdatabase.zip ze str´anek Medviso AB (http://medviso.com/download2/). Soubor je relativnˇe velk´ y (1,4 GB). Rozbalte soubor do sloˇzky - nejl´epe podsloˇzky ve sloˇzce, ve kter´e je nainstalovan´ y Segment CMR. V Segment CMR je tˇreba zadat um´ıstˇen´ı datab´aze pacient˚ u. Kliknˇete na Preferences a d´ale na Advanced System and DICOM Settings. Objev´ı se nov´a obrazovka, na kter´e kliknete na Database Folder a vyberete sloˇzku s patientdatabase.mat. 3.6.4 Pˇ ripojen´ı k PACS Konfigurace pˇripojen´ı PACS a Segment Serveru obvykle vyˇzaduje pomoc vaˇs´ı m´ıstn´ı podpory PACS a doporuˇcujeme, abyste n´as kontaktovali a iniciovali telefonn´ı / webovou video konferenci pro co nejhladˇs´ı pr˚ ubˇeh tohoto procesu. 9

ˇ ´INAME ´ KAPITOLA 3. ZAC Datab´aze a manu´al pro pˇripojen´ı PACS a manu´al pro plugin Sectra PACS najdete na domovsk´e str´ance Medviso AB (http://medviso.com/products/cmr/resources/). Plugin Sectra PACS m˚ uˇze vyˇzadovat dodateˇcn´e komponenty Microsoft Visual C++, kter´e si m˚ uˇzete st´ahnout na domovsk´e str´ance Medviso AB (http://medviso.com/download2/).

10

4 Nahr´ av´ an´ı a ukl´ ad´ an´ı dat krok za krokem 4.1

Nahr´ av´ an´ı dat

Pro nahr´an´ı dat o pacientovi z datab´aze, pˇrejdˇete na odstavec 4.1.1. Pro nahr´an´ı dat o pacientovi z PACS, pˇrejdˇete na odstavec 4.1.2. Pro nahr´an´ı dat o pacientovi ze s´ı´tov´eho disku, pˇrejdˇete na odstavec 4.1.3. 4.1.1 Nahr´ av´ an´ı dat z datab´ aze (a), zobraz´ı se obr´azek 7 . 1. Kliknˇete na ikonu

Obr´azek 7: V´ ybˇer pacient˚ u.

2. Vyberte pacienta. 3. Pacienti mohou b´ yt uloˇzeni ve dvou form´atech: DICOM nebo ve form´atu Segment CMR. Pro data ve form´atu DICOM kliknˇete na Select & Load , viz obr´azek 8. Pro data ve form´atu Segment CMR kliknˇete na Load all . 11

´ AN ´ ´I A UKLAD ´ AN ´ ´I DAT - KROK ZA KAPITOLA 4. NAHRAV KROKEM

Obr´azek 8: V´ ybˇer s´erie obraz˚ u.

4. Vyberte s´erii obraz˚ u pro nahr´an´ı podle obr´azku 8. 5. Kliknˇete na Load . 4.1.2 Nahr´ av´ an´ı dat z PACS 1. Vyberte Import from PACS v menu File, zobraz´ı se obr´azek 9 .

Obr´azek 9: Rozhran´ı pro import s´erie obraz˚ u z PACS.

12

´ AN ´ ´I DAT 4.2. UKLAD 2. Vloˇzte pacienta nebo ve studiu informac ´ı a prov a´dˇen ´ı hled a´n ´ı. 3. Vyberte studie a s´erie naˇc´ıst. 4. Vloˇzte studii Segment CMR vybran´ ymi Open files . 4.1.3 Nahr´ av´ an´ı dat ze s´ı´ tov´ eho disku 1. Vyberte Open from Disc v menu File, v´ ybˇer ukazuje obr´azek 10.

Obr´azek 10: V´ ybˇer s´erie obraz˚ u pro nahr´an´ı.

2. Vyberte s´erii obraz˚ u pro nahr´an´ı. 3. Pro DICOM soubor˚ u, vyberte velikost plodin pro image z a´sobn ´ıku a oˇr ´ıznut ´ı obr ´azku. 4. Kliknˇete na Load Selected File(s) or Folder(s) .

4.2

Ukl´ ad´ an´ı dat

1. Pro uloˇzen´ı obraz˚ u vˇcetnˇe z´aznamu do datab´aze pacient˚ u, kliknˇete na ikonu (b). 2. Pro uloˇzen´ı obraz˚ u vˇcetnˇe z´aznamu do s´ı´tov´eho disku, vyberte Save As ... v menu File (a). 13

´ AN ´ ´I A UKLAD ´ AN ´ ´I DAT - KROK ZA KAPITOLA 4. NAHRAV KROKEM 3. Pro uloˇzen´ı obraz˚ u vˇcetnˇe z´aznamu do PACS, kliknˇete na ikonu (b).

14

5 N´ astroje pro prohl´ıˇ zen´ı obraz˚ u 5.1

Moˇ znosti zobrazen´ı

• Zvolte moˇznost konfigurace obrazovky pomoc´ı (c).

,

• Pro pˇrehr´an´ı animace s´erie obraz˚ u, pouˇzijte ikony

5.2

, ,

,

,

,

,

(d).

Oˇ r´ıznut´ı s´ erie obraz˚ u

1. Kliknˇete na Misc m´od (h). 2. Vyberte n´astroj

(i).

3. S´erii obraz˚ u oˇr´ıznete tak, ˇze oblast na nich oznaˇc´ıte.

5.3

Upravit zvˇ etˇ sen´ı

1. Vyberte s´erii obraz˚ u. 2. Pouˇzijte n´astroje

5.4

a

(e) ke zvˇetˇsen´ı nebo zmenˇsen´ı obraz˚ u.

Upravit kontrast

1. Vyberte s´erii obraz˚ u. 2. Vyberte n´astroj

(e).

3. Upravte kontrast a intenzitu zmˇenou polohy myˇsi (vpravo-vlevo pro zmˇenu kontrastu a nahoru-dolu pro zmˇenu intenzity)

5.5

Mˇ eˇ ren´ı vzd´ alenosti

1. Kliknˇete na Misc m´od (h). 2. Vyberte n´astroj

(i). 15

´ ˇ ´I OBRAZU ˚ KAPITOLA 5. NASTROJE PRO PROHL´IZEN 3. Vzd´alenost zmˇeˇr´ıte taˇzen´ım myˇsi od poˇca´teˇcn´ıho bodu ke koncov´emu bodu v obrazu.

16

6 Nastaven´ı obrazu 6.1

Manu´ alnˇ e nastavte popis obraz˚ u

1. Kliknˇete prav´ ym tlaˇc´ıtkem myˇsi na n´ahled pro obraz z´asobn´ıku. 2. Vyberte Select Image Description v kontextov´e nab´ıdce.

6.2

Popis obrazu po naˇ cten´ı

Popis obrazu se automaticky nastav´ı v procesu naˇc´ıt´an´ı porovn´an´ım informace z DICOM tagy s informacemi v textov´em souboru imagedescription.txt. 1. Textov´ y soubor se nach´az´ı ve sloˇzce, kde je nainstalov´an Segment CMR. 2. Manu´alnˇe aktualizovat textov´eho souboru podle struktury, jak je definov´an v prvn´ı ˇradˇe v textov´em souboru.

6.3

Pacient podrobnosti

Upravit u ´daje o pacientovi spoleˇcnosti select View and Adjust Patient Details v nab´ıdce Report.

17

7 Segmentace LK - krok za krokem 7.1

Automatick´ a segmentace LK [1]

1. Zaˇcni anal´ yza LK vybran´ ymi LV m´od (h) a vyberte rozhran´ı je otevˇrena, jak je vidˇet na obr 11.

(i). Nov´e

Obr´azek 11: Grafick´e rozhran´ı anal´ yzy LK.

2. Vyberte vrstvy, kter´e pokr´ yvaj´ı lev´a komoru lev´ ym tlaˇc´ıtkem a vyberte nejv´ıce baz´aln´ıho vrstvy a kliknˇete prav´ ym tlaˇc´ıtkem myˇsi a vyberte nejv´ıce epikardi´aln´ı vrcholov´ y vrstvy. 3. Zkontrolujte u ´spˇeˇsnost v´ ybˇer ˇrez˚ u v pohledech dlouh´e osy. 4. Ujistˇete se, ˇze stˇredov´ y kˇr´ıˇz je ve stˇredu LK. 5. Zaˇcni utomatick´a segmentace LK. 19

KAPITOLA 7. SEGMENTACE LK - KROK ZA KROKEM 6. V´ ysledkem segmentace je uveden v hlavn´ım oknˇe, kde je moˇzno objemy kˇrivka pˇrezkoumat (k) a namˇeˇren´e objemy LV jsou prezentov´any, jak je sn´azorneno na obr´azku 12 (j).

Obr´azek 12: V´ ysledek anal´ yzy LK.

7. Vloˇzte pacienta nebo ve studiu informac ´ı a prov a´dˇen ´ı hled a´n ´ı. , , , , , , , a (i).

7.2

,

Manu´ aln´ı segmentace LK

Pro manu´aln´ı vymezen´ı LK, mohou b´ yt pouˇzity tyto n´astroje: , , , (i). Pokud je pol´ıˇcko Single Frame Mode (m) zaˇskrtnuto, pak jsou funkce aplikov´any na aktu´aln´ı ˇcasovou f´azi.

7.3

Vymaz´ an´ı segmentace LK

Pro smaz´an´ı segmentace LK, vyberte Clear All LV Segmentation v LV menu (a). 20

´ ´I SEGMENTACE LK 7.4. KOP´IROVAN

7.4

Kop´ırov´ an´ı segmentace LK

Pro zkop´ırov´an´ı segmentace LK do jin´e s´erie obraz˚ u, vyberte Import Segmentation From Another Image Stack v LV menu (a).

7.5

Ovˇ eˇ ren´ı segmentace LK

1. J. Tufvession, E. Hedstrom, K. Steding-Ehrenborg, M. Carlsson, H. Arheden, E. Heiberg, Validation and development of a new automatic algorithm for time resolved segmentation of the left ventricle in magnetic resonance imaging. Biomed Res Int, 2015:970357.

21

8 Segmentace PK - krok za krokem 8.1

Automatick´ a segmentace PK [1]

1. Pokud je pol´ıˇcko Single Frame Mode (m) zaˇskrtnuto, pak jsou segmentace aplikov´any na aktu´aln´ı ˇcasovou f´azi. 2. Vloˇzte indik´ator stˇredu PK (b´ıl´ y kˇr´ıˇzek) do stˇredu dutiny PK. 3. Vyberte vrstvy, kter´e pokr´ yvaj´ı pravou komoru. Vybran´e vrstvy jsou oznaˇceny ˇzlutˇe, tak jako na obr´azku 12. 4. Kliknˇete na RV m´od (h). 5. Kliknˇete na

(i).

6. Vyberte Clear All RV Segmentation Except Enddiastole/Endsystole v RV menu (a). 7. Mˇeˇren´e objemy PK jsou uk´az´any v (j).

8.2

Manu´ aln´ı segmentace PK

Pro manu´aln´ı pˇrekreslen´ı nebo korekci automatick´e segmentace m˚ uˇzete pouˇz´ıt n´asleduj´ıc´ı n´astroje: , , , (i).

8.3

Vymaz´ an´ı segmentace PK

Pro smaz´an´ı segmentace PK, vyberte Clear All RV Segmentation v RV menu (a).

8.4

Ovˇ eˇ ren´ı segmentace PK

1. M. A. Aneq, E. Nylander, T. Ebbers, and J. Engvall, Determination of right ventricular volume and function using multiple axially rotated MRI slices, Clin Physiol Funct Imaging 31(3) pp. 233-9, 2011.

23

9 Anal´ yza ROI - krok za krokem 9.1

Manu´ aln´ı anal´ yza ROI

1. Kliknˇete na ROI/Flow m´od (h). 2. Pokud je pol´ıˇcko Single Frame Mode (m) zaˇskrtnuto, pak jsou segmentace aplikov´any na aktu´aln´ı ˇcasovou f´azi. 3. Pro zvolen´ı ROI, pouˇzite jednu z pom´ ucek 4. Pro zvˇetˇsov´an´ı ROI pouˇzijte n´astroj 5. Posuˇ nte ROI pomoc´ı n´astroje

(i) nebo

.

(i).

(i).

6. Zmˇen ˇ ROI segmentacii pouˇzit´ım opravovac´ı pom´ ucky

(i).

7. Vyberte ROI se stisknutou kl´avesou Shift-klepnˇete n´astrojem 8. Nastavte oznaˇcen´ı vybran´ ych ROI s n´aˇrad´ım 9. Nastavte barvu vybran´ ych ROI n´astrojem

(i).

(i). (i).

10. Vyberte ROI Analysis v ROI menu na vytvoˇzen´ı analyzi ROI jak je zn´azorˇ neno na obr´azku 13 (a).

9.2

Vymaz´ an´ı segmentace ROI

Smazat vybran ´e ROI v y ´bˇerem Delete Selected ROI, vˇsechny pak ROI zvolen´ım Clear All ROIs v menu ROI (a).

25

Obr´azek 13: Grafick´e rozhran´ı anal´ yzy ROI.

10 Anal´ yza toku - krok za krokem 10.1

Automatick´ a anal´ yza toku [1]

1. Zobrazte si dvojici magnitudov´ y a f´azov´ y obraz, jak je vidˇet na obr 14.

Obr´azek 14: Dvojice obraz˚ u (magnituda a f´aze) pro mˇeˇren´ı toku.

2. Kliknˇete na ROI/Flow m´od (h). 3. Pouˇzijte n´astroj

(i), pro um´ıstˇen´ı ROI doprostˇred c´evy.

4. Pro zvˇetˇsov´an´ı ROI pouˇzijte n´astroj 5. Posuˇ nte ROI pomoc´ı n´astroje 6. Nastavte oznaˇcen´ı ROI s n´aˇrad´ım 7. Nastaven´ı barvy ROI n´astrojem

(i).

(i). (i). (i).

8. Pro pˇrenesen´ı na dalˇs´ı ˇcasov´e f´aze a segmentaci c´evy, kliknˇete na (i). 27

´ KAPITOLA 10. ANALYZA TOKU - KROK ZA KROKEM 9. Zkontrolujte u ´spˇeˇsnost segmentace. V pˇr´ıpadˇe potˇreby pouˇzijte n´astroj (i). pro korekci 10. Kliknˇete na

(g), pro zobrazen´ı kˇrivky toku, viz obr´azek 15.

Obr´azek 15: Grafick´e rozhran´ı pro zobrazen´ı pr˚ utoku.

10.2

Anal´ yza Qp/Qs [2]

1. Zaˇcnˇete segmentac´ı plicnice a aorty, jak je pops´ano v pˇrechoz´ım odstavci. Zkontrolujte spr´avnost oznaˇcen´ı (Pulmonary artery a Aortic ascending flow). Zmˇenu oznaˇcen´ı ROI m˚ uˇzete prov´est pomoc´ı n´astroje (i). 2. Vyberte Qp/Qs Analysis v Flow menu (a). 3. Pod´ıl Qp/Qs je pˇredloˇzen v nov´ ym teytov´ ym boxu.

10.3

Analyze zkrat´ u a chlopn´ı [3]

1. Zaˇcnˇete segmentac´ı plicnice a aorty, jak je pops´ano v na odstavec 10.1. Zkontrolujte spr´avnost oznaˇcen´ı (Pulmonary artery a Aortic ascending flow). Zmˇenu oznaˇcen´ı ROI m˚ uˇzete prov´est pomoc´ı n´astroje (i). 2. Vyberte Shunt and Valve Analysis v Flow menu (a). 28

´ ´I SEGMENTACE TOKU 10.4. VYMAZAN 3. Regurgitaˇcn´ı frakce je prezentov´ana v nov´em textov´ ym boxu.

10.4

Vymaz´ an´ı segmentace toku

Aktu´aln´ı ROI smaˇzete tak, ˇze zvol´ıte Delete ROI, vˇsechny pak ROI zvolen´ım Clear All ROIs v menu ROI (a).

10.5

Eddy current kompenzace

Eddy current compensation algorytmus je metoda na redukcii f´azovych chyb v pozad´ı v MR f´azov´ ych kontrastn´ıch obr´azc´ıch. Je d´ uleˇzit´e si uv´edomit, ˇze pˇri kompenzaci eddy current effekt´ u, obr´azky nem´ uˇzou b´ yt kropov´an´ı protoˇze algorytm mus´ı m´ıt informace z cel´eho zvazku obr´azk´ u. 1. Vyberte Eddy Current Compensation v Flow menu (a), na otevˇzen´ı rozhran´ı na kompenzaci pro eddy current effects, jak je sn´azorneno na obr´azku 16.

Obr´azek 16: Eddy current kompenzace GUI.

2. V pˇz´ıpade potˇzeby, uprav parametry na vybran´ı jedinˇe statick´ ych regi´onu tkan´ıv. 3. Vybˇer kompenzaˇcn´ı metodu. 29

´ KAPITOLA 10. ANALYZA TOKU - KROK ZA KROKEM 4. Kliknˇete na Calculate . u 5. Kliknˇete na Apply na aplikaci kompenzace na svazek obr´azk´ 6. Kliknˇete na Done za zavˇr´ıt rozhran´ı

10.6

F´ azov´ y rozbalen´ı

Unwrap algoritm je metoda kter´a koriguje hodnoty zatvoˇren´e f´azy v MR obr´azc´ıch f´azov´eho kontrastu. 1. Vyberte Unwrap v Flow menu (a). 2. Vloˇz origin´alni VENC do datasetu. 3. Rozhran´ı pro f´azov´e rozbalen´ı je uk´azano, ako na obr´azku 17.

Obr´azek 17: Phase unwrap GUI.

4. Vybˇer pixel (reprezentovan´ı ˇcervenou bodkou v obr´azce). 5. Kliknˇete na Auto-Unwrap All , na aplikaci automatick´e f´azy rozbalovac´ıho algorytmu pro cel´ y svazek obr´azk´ u 30

´ ´ VLNY [4] 10.7. ANALYZA RYCHLOST TEPOVE 6. V pˇr´ıpade potˇreby pouˇzi manu´aln´ı pom´ ucky na otevˇzen´ı jednotliv´ ych pixl´ u. 7. Kliknˇete na Apply and Exit , na uloˇzen´ı rozbalov´an´ı v datasetu a na spuˇsten´ı hlavn´ıho GUI.

10.7

Anal´ yza rychlost tepov´ e vlny [4]

Funkce popsan´e v tomto odstavci nejsou schv´aleny pro klinick´e indikace (off label use) a lze je pouˇz´ıt pouze pro v´ yzkumn´e u ´ˇcely. 1. Zaˇcnˇete mˇeˇren´ım, kter´e je nadeps´ano Aortic Length a dvˇema ROI, kter´a jsou nadeps´ana Aortic ascending flow a Abdominal aorta. Toho dos´ahnete pouˇzit´ım mˇeˇric´ıch n´astroj˚ u, jak popisuje odstavec 5.5 a n´astroj˚ u pro ROI pr˚ utoku, jak je pops´ano v kapitole 10. 2. Vyberte Pulse Wave Velocity Analysis v Analysis (a), ke spuˇstˇen´ı anal´ yzy rychlosti pulzn´ı vlny.

Obr´azek 18: GUI pro rychlost tepov´e vlny

3. Na lev´e stranˇe je mˇeˇren´ı zobrazeno ˇzlutˇe a pr˚ useˇc´ıky s obr´azky, kter´e obsahuj´ı pr˚ utok, jsou zobrazeny jako b´ıl´e linky. Na prav´e stranˇe je mapa pr˚ utokov´ ych kˇrivek spolu s jejich pˇr´ısluˇsn´ ymi vypoˇc´ıtan´ ymi teˇcnami.Parametr sigma lze ve v´ ypoˇctu upravit pomoc´ı posuvn´ıku. 31

´ KAPITOLA 10. ANALYZA TOKU - KROK ZA KROKEM

10.8

Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza toku

1. S. Bidhult, M. Carlsson, K. Steding-Ehrenborg, H. Arheden, and E. Heiberg, A new method for vessel segmentation based on a priori input from medical expertise in cine phase-contrast Magnetic Resonance Imaging. In Proceedings of Seventeenth Annual SCMR Scientific Sessions, New Orleans, USA, 2014. 2. P. Munkhammar, M. Carlsson, H. Arheden, and E. Pesonen, Restrictive right ventricular physiology after Tetralogy of Fallot repair is associated with fibrosis of the right ventricular outflow tract visualized on cardiac magnetic resonance imaging, Eur Heart J Cardiovasc Imaging 14(10) pp. 978-85, 2013. 3. G. Barone-Rochette, S. Pierard, S. Seldrum, C. de Meester de Ravenstein, J. Melchior, F. Maes, A. C. Pouleur, D. Vancraeynest, A. Pasquet, J. L. Vanoverschelde, and B. L. Gerber, Aortic Valve Area, Stroke Volume, Left Ventricular Hypertrophy, Remodeling and Fibrosis in Aortic Stenosis Assessed by Cardiac MRI: Comparison Between High and Low Gradient, and Normal and Low Flow Aortic Stenosis, Circ Cardiovasc Imaging, 2013. 4. K. Dorniak, M. Hellmann, D. Rawicz-Zegrzda, M. Wesierska, A. Sabisz, E. Szurowska, M. Didziak and E. Heiberg, A novel tool for phase contrast MR-derived pulse wave velocity measurement - validation against applanation tonometry and phantom studies. Abstract at Cardiovascular Magnetic Resonace Scientific Session, Nice, France, 2015.

32

11 Grafick´ a anal´ yza Bullseye krok za krokem 1. Zaˇcnˇete manu´aln´ı nebo automatickou segmentac´ı LK, jak je pops´ano v kapitole 7. 2. Vyberte sadu obraz˚ u pro proveden´ı grafick´e Bullseye anal´ yzy. 3. Kliknˇete na ikonu ukazuje obr. 19.

(g) pro otevˇren´ı t´eto grafick´e anal´ yzy, jak to

Obr´azek 19: Grafick´a Bullseye anal´ yza GUI.

4. Nastavte rotaci vrstvy taˇzen´ım slideru aˇz bude ˇzlut´a ˇc´ara ve stˇredu kavity LK. Kliknˇete na Update . Tento krok je d˚ uleˇzit´ y pro z´ısk´an´ı spr´avn´eho zobrazen´ı grafick´e reprezentace Bullseye. 5. Vyberte parametry grafu. 6. Nastavte parametry zobrazen´ı. 33

´ ANALYZA ´ KAPITOLA 11. GRAFICKA BULLSEYE - KROK ZA KROKEM 7. Kliknˇete na Export , pro export dat do tabulkov´eho programu.

34

12 Generov´ an´ı report˚ u - krok za krokem 1. Pot´e, co provedete mˇeˇren´ı, kliknˇete na report˚ u.

(g) a zobraz´ı se v´am gener´ator

Obr´azek 20: Gener´ator report˚ u

2. Vyberte poloˇzky, kter´e si pˇrejete zahrnout do report˚ u. Poloˇzky, kter´e ´ jsou svˇetle ˇsed´e, nejsou k dispozici, nebot data mˇeˇren´ı ˇci obrazy chyb´ı. 3. Vyberte obrazy, kter´e budou pˇripojeny ke zpr´avˇe. 4. Ujistˇete se, ˇze jsou zvoleny vhodn´e referenˇcn´ı hodnoty. 5. Napiˇste, popis vyˇsetˇren´ı pacienta. 6. Kliknˇete na Generate HTML report , k vygenerov´an´ı HTML v´ ystupu. 7. Kliknˇete na Send to PACS , k odesl´an´ı v´ ysledk˚ u do PACS. 35

´ ´I REPORTU ˚ - KROK ZA KROKEM KAPITOLA 12. GENEROVAN

12.1

Referenˇ cn´ı hodnoty pouˇ zit´ e v report˚ u

1. A. M. Maceira, S. K. Prasad, M. Khan, and D. J. Pennell, Normalized Left Ventricular Systolic and Diastolic Function by Steady State Free Precession Cardiovascular Magnetic Resonance. J Cardiovasc Magn Reson. 2006;8(3).

36

13 Anal´ yza T2* - krok za krokem 13.1

Automatick´ a anal´ yza T2* [1]

1. Zaˇcnˇete manu´aln´ı nebo automatickou segmentac´ı LK ve vˇsech ˇcasov´ ych f´az´ıch, jak je pops´ano v kapitole 7. 2. Um ´ıstvˇete ROI v obrazov ´e stohu definovat oblast, pro pouˇzit ´ı T2* v y ´poˇctu, jak je pops a´no v kapitole 9. 3. Spus´tte modul T2* vybr´an´ım T2* module v T2* menu (a).

Obr´azek 21: Grafick´e rozhran´ı T2* anal´ yzy.

4. Region´aln´ı pr˚ umˇern´a T2* hodnota je uvedena nad grafem. Region´aln´ı pr˚ umˇern´e T2* hodnoty bylo prok´az´ano, ˇze u ´zce koreluje k obsahu ˇzeleza [2, 3]. 37

´ KAPITOLA 13. ANALYZA T2* - KROK ZA KROKEM 5. Hodnota Pixelwise T2* je v dispozici v´ ybˇerom T2* pixel-fit , a vloˇzen´ım ˇcerven´ y kˇr´ıˇze do obr´azku na lev´e stranˇe, nebo v T2* mapa. 6. Parametry zobrazuji obr´azek jsou definov´any pomoc´ı posuvn´ık´ru a zaˇskrt´avac´ıch pol´ıˇcek v lev´e doln´ı y ¨´asti panelu. ysledk˚ u do tabulkov´eho programu. 7. Kliknˇete na Export pro export v´ 8. Klikni na Generate Image Stacks na pˇridat T2* obr´azku v hlavn´ı GUI Segment CMR.

13.2

Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza T2*

1. S. Bidhult, C. G. Xanthis, L. L. Liljekvist, G. Greil, E. Nagel, A. H. Aletras, E. Heiberg, E. Hedstrom, Validation of a New T2* Algorithm and Its Uncertainty Value for Cardiac and Liver Iron Load Determination from MRI Magnitude Images. Magn Reson Med, May 22, 2015. 2. L. J. Andersson, S. Holden, B. Davis, E. Prescott, C. C. Charrier, N. H. Bunce, D. N. Firmin, B. Wonke, J. Porter, J. M. Walker and D. J. Pennell, Cardiovascular T2-star (T2*) magnetic resonance for the early diagnosis of myocardial iron overload. European Heart Journal 22(23) pp. 2171-2179, 2001 3. J. P. Carpenter, T. He, P. Kirk, M. Roughton, L. J. Anderson, S. V. de Noronha, M. N. Sheppard, J. B. Porter, J. M. Walker, J. C. Wood, R. Galanello, G. Forni, G. Catani, G. Matta, S. Fucharoen, A. Fleming, M. J. House, G. Black, D. N. Firmin,T. G. St Pierre, D. J. Pennell, On T2* Magnetic Resonance and Cardiac Iron. Circulation, 123(14), pp. 1519-28, 2011

38

14 Anal´ yza deformace - krok za krokem 14.1

Anal´ yza deformace v obr´ azc´ıch s k´ odov´ anim rychlosti

14.1.1 Automatick´ a anal´ yza deformace [1] 1. Ujistˇete se, ˇze prvek Number of points along contour v Preferences (P) v menu Preferences je nastaven na 300 (a). 2. Zaˇcnˇete manu´aln´ı segmentac´ı LK na konci diastoly v magnitudov´em uˇze b´ yt tak´e obraze dlouh´e osy pomoc´ı n´astroje . Segmentace LK m˚ provedena v kinetick´e s´erii obraz˚ u a pot´e importov´ana do s´erie magnitudov´ ych obraz˚ u Import From Cine Stack v Strain From Velocity Encoded Imaging v menu Strain (a). 3. Spus´tte modul anal´ yzy deformace vybr´an´ım Strain Tool v menu Strain From Velocity Encoded Imaging v menu Strain (a). Obr´azek ukazuje modul anal´ yzy deformace (Obr´azek 22).

Obr´azek 22: Grafick´e rozhran´ı anal´ yzy deformace.

39

´ KAPITOLA 14. ANALYZA DEFORMACE - KROK ZA KROKEM 4. Vyberte Parameter to plot . 5. Ovˇeˇrte validitu trasov´an´ı deformace pomoc´ı animaˇcn´ıch n´astroj˚ u. 6. V pˇr´ıpadˇe potˇreby m˚ uˇzete prov´est manu´aln´ı korekci, a to dvˇema zp˚ usoby: (a) Kliknˇete lev´ ym tlaˇc´ıtkem myˇsi pro posunut´ı bodu obrysu a pouˇzijte prav´e tlaˇc´ıtko myˇsi ke smaz´an´ı ruˇcnˇe vytvoˇren´eho bodu. (b) Obrysy pˇrenesete manu´alnˇe pomoc´ı ˇsipek v grafick´em rozhran´ı. u deformace po manu´aln´ı ko7. Pouˇzijte Retrack ke kalkulaci parametr˚ rekci. Pouˇzijte Clear ke smaz´an´ı vˇsech manu´aln´ıch korekc´ı. 8. Tento n´astroj umoˇzn ˇuje vizualizaci maxim´aln´ıch deformac´ı, minim´aln´ıch deformac´ı, a deformace v ˇcase a export do schr´anky. 9. Kliknˇete na

grafick´ y v´ ystup deformac´ı pomoc´ı Bullseye.

14.1.2 Vymazat data o deformaci Pro smaz´an´ı dat o deformaci, vyberte Clear Strain Data v Strain From Velocity Encoded Imaging v Strain menu (a). 14.1.3 Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza deformace 1. E. Heiberg, U. Pahlm-Webb, S. Agarwal, E. Bergvall, H. Fransson, K. Steding-Ehrenborg, M. Carlsson and H. Arheden, Longitudinal strain from velocity encoded cardiovascular magnetic resonance: a validation study. J Cardiovasc Magn Reson, 15:15, 2013.

40

´ ´ ´ICH 14.2. ANALYZA DEFORMACE V TAGOVAN´ICH OBRAZC

14.2

Anal´ yza deformace v tagovan´ıch obr´ azc´ıch

14.2.1 Automatick´ a anal´ yza deformace [1-3] 1. Automatickou anal´ yzu deformace meren naˇc´ıt´an´ı tagovanou obrazu z´asobn´ıku. Segment CMR identifikuje tagovanou obrazu z´asobn´ıku podle DICOM tag Popis konstrukˇcn´ı ˇrady. Pˇridruˇzen´e ˇrady Popis jm´ena mohou b´ yt pˇrizp˚ usoben uˇzivatelem podle odstavec 6. 2. Anal´ yza deformace zaˇc´ın´a oˇr´ıznut´ı a pˇrevzorkov´an´ı obrazov´eho z´asobn´ıku, v pˇr´ıpadˇe potˇreby, jak je zn´azornˇeno na obr´azku 23.

Obr´azek 23: Rozhran´ı pro oˇr´ıznut´ı s´erie obraz˚ u

3. Automatick´e zaznamen´av´an´ı deformace se pak prov´ad´ı na pozad´ı. Postup je uveden v baru ve spodn´ı ˇca´sti hlavn´ıho rozhran´ı Segment CMR pokroku. Bˇehem procesu registrace m˚ uˇze z´ajemc˚ um prov´adˇen´ı LK segmentaci a otevˇrete anal´ yzy deformace rozhran´ı. Segmentace LK by mˇela b´ yt provedena v jednom z prvn´ıch sedmi ˇcasov´ ych r´amc˚ u v tagovan´em obrazu z´asobn´ıku, nebo potenci´aln´ıho cine obrazu z´asobn´ıku, podle kapitoly 7. Tento ˇcasov´ y r´amec bude poˇca´teˇcn´ı ˇcasov´ y r´amec pro deformaˇcn´ı trasov´an´ı. 4. Spus´tte modul anal´ yzy deformace vybr´an´ım Strain Analysis v menu 41

´ KAPITOLA 14. ANALYZA DEFORMACE - KROK ZA KROKEM Strain From Tagging v menu Strain (a). Obr´azek ukazuje modul anal´ yzy deformace (Obr´azek 22).

Obr´azek 24: Grafick´e rozhran´ı anal´ yzy deformace.

5. Definovat LK rotaci nastaven´ım b´ılou ˇca´ru uprostˇred RV lumen, pomoc´ı posuvn´ıku a stisknˇete tlaˇc´ıtko Analyse spustit myokardu deformace kvantifikaci. 6. Ovˇeˇrte validitu trasov´an´ı deformace pomoc´ı animaˇcn´ıch n´astroj˚ u. 7. Deformace v pr˚ ubˇehu ˇcasu a maxim´aln´ı deformace je zn´azornˇen na obr´azc´ıch vpravo podle zvolen´ ych parametr˚ u. 8. V pˇr´ıpadˇe potˇreby, manu´aln´ı korekce m˚ uˇze b´ yt provedena s pouˇzit´ım Move Contour ˇsipky nebo pohybov´an´ım interpolaˇcn´ı body LK segmentace, v poˇca´teˇcn´ım ˇcasov´em r´amci v znaˇckov´an´ı obrazu z´asobn´ıku. Pot´e spus¨ yte deformaˇcn´ı kvantifikaci znovu vyberte Analyse . 9. Manu´aln´ı zmˇenit kr´atk´ y osy ˇrezy pro Bullseye divize vybran´ ymi Set short-axis slices . 10. Kliknˇete na export tla¨ y´ıtko pro export v´ ysledk˚ u do tabulkov´eho programu. 42

´ ´ ´ICH 14.2. ANALYZA DEFORMACE V TAGOVAN´ICH OBRAZC 14.2.2 Vymazat data o deformaci Pro smaz´an´ı dat o deformaci, vyberte Clear Strain Data v Strain From Tagging v Strain menu (a). 14.2.3 Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza deformace 1. Medviso White Paper, Strain tagging Validation, 2015. [Available through http://medviso.com/documents/straintagging.pdf] 2. Heyde B, Jasaityte R, Barbosa D, Robesyn V, Bouchez S, Wouters P, Maes F, Claus P, D’hooge J. Elastic image registration versus speckle tracking for 2-D myocardial motion estimation: a direct comparison in vivo. IEEE Trans Med Imaging. 2013 Feb;32(2):449-459 3. P. Morais, B. Heyde, D. Barbosa, S. Queiros, P. Claus, and J. D’hooge. Cardiac motion and deformation estimation from tagged MRI sequences using a temporal coherent image registration framework. Proceedings of the meeting on Functional Imaging and Modelling of the Heart (FIMH), Lecture Notes in Computer Science, vol. 7945, pages 316-324, London, 2013.

43

15 Anal´ yza pozdn´ı opacifikace krok za krokem Funkce popsan´e v t´eto kapitole nejsou v USA schv´aleny pro klinick´e indikace (off label use) a mohou tam b´ yt pouˇzity pouze pro v´ yzkumn´e u ´ˇcely.

15.1

Automatick´ a anal´ yza viability [1]

1. Zaˇcnˇete manu´aln´ı nebo automatickou segmentac´ı LK, jak je pops´ano v kapitole 7. 2. Kliknˇete na Scar m´od (h). 3. Kliknˇete na

(i).

Obr´azek 25: Segmentace neviabiln´ıch z´on.

4. V pˇr´ıpadˇe potˇreby pouˇzijte n´astroje (i), k odstranˇen´ı oblasti jizvy.

(i), k pˇrid´an´ı oblasti jizvy a

ˇ a linka ohraniˇcuje oblast jizvy a r˚ 5. Zlut´ uˇzov´a linka ohraniˇcuje vizu´aln´ı reprezentaci rozsahu infarktu. Toto bude odpov´ıdaj´ıc´ı oblast, kter´a by 45

´ KAPITOLA 15. ANALYZA POZDN´I OPACIFIKACE - KROK ZA KROKEM mˇela b´ yt zahrnuta, pokud by byla anal´ yza provedena ˇcistˇe na u ´rovni intenzity ve voxelu, m´ısto toho, aby se pouˇzil algoritmus s automatickou v´ahovou funkc´ı. 6. Mˇeˇren´e objemy neviabiln´ıch z´on jsou uk´az´any v (j).

15.2

Anal´ yza ˇ sed´ ych z´ on

1. Zaˇcnˇete manu´aln´ı nebo automatickou segmentac´ı viability, jak je pops´ano v odstavci v´ yˇse. 2. Vyberte Gray Zone Analysis v Scar menu (a).

15.3

Vymaz´ an´ı segmentace neviabiln´ıch z´ on

Pro smaz´an´ı segmentace neviabiln´ıch z´on, vyberte Remove All Scar Data v Scar menu (a).

15.4

Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza pozdn´ı opacifikace

1. E. Heiberg, M. Ugander, H. Engblom, M. Gotberg, G. K. Olivecrona, D. Erlinge, and H. Arheden, Automated quantification of myocardial infarction from MR images by accounting for partial volume effects: animal, phantom, and human study, Radiology 246(2) pp. 581-8, 2008.

46

16 Anal´ yza rizikov´ eho myokardu (MaR) - krok za krokem Funkce popsan´e v t´eto kapitole nejsou v USA schv´aleny pro klinick´e indikace (off label use) a mohou tam b´ yt pouˇzity pouze pro v´ yzkumn´e u ´ˇcely.

16.1

Automatick´ a anal´ yza MaR [1]

1. Zaˇcnˇete manu´aln´ı nebo automatickou segmentac´ı LK, jak je pops´ano v kapitole 7. 2. Kliknˇete na MaR m´od (h). 3. Kliknˇete na

(i).

Obr´azek 26: MaR segmentace.

4. Pouˇzijte n´astroje (i), k pˇrid´an´ı oblasti MaR a oblasti MaR, pokud je to nutn´e.

(i), k odstranˇen´ı

47

´ ´ KAPITOLA 16. ANALYZA RIZIKOVEHO MYOKARDU (MAR) KROK ZA KROKEM 5. B´ıl´a linka ohraniˇcuje oblast MaR. 6. Mˇeˇren´e objemy MaR jsou uk´az´any v (j).

16.2

Vymaz´ an´ı segmentace MaR

Pro smaz´an´ı segmentace MaR, vyberte Clear All MaR data v MaR menu (a).

16.3

Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza MaR

1. J. Sjogren, J. F. Ubachs, H. Engblom, M. Carlsson, H. Arheden, and E. Heiberg, Semi-automatic segmentation of myocardium at risk in T2weighted cardiovascular magnetic resonance, J Cardiovasc Magn Reson 14(1) p 10, 2012.

48

17 Anal´ yza perfuze - krok za krokem Funkce popsan´e v t´eto kapitole nejsou v USA schv´aleny pro klinick´e indikace (off label use) a mohou tam b´ yt pouˇzity pouze pro v´ yzkumn´e u ´ˇcely.

17.1

Automatick´ a anal´ yza perfuze [1]

1. Zaˇcnˇete se s´eriemi klidov´ ych obraz˚ u a z´atˇeˇzov´ ych obraz˚ u. Obˇe s´erie obraz˚ u vyˇzaduj´ı segmentaci LK ve vˇsech ˇrezech v jedn´e ˇcasov´e f´azi, jak je pops´ano v kapitole 7. Ujistˇete se, ˇze Image Type je spr´avnˇe nastaven (Perfusion Rest a Perfusion Stress). Jinak nastavte ji podle odstavec 6. 2. Spus´tte modul perfuze vybr´an´ım Perfusion module v Perfusion menu (a).

Obr´azek 27: Grafick´e rozhran´ı perfuze.

3. Vyberte poˇca´teˇcn´ı a koneˇcnou vrstvu pro korekci pohybu. 49

´ KAPITOLA 17. ANALYZA PERFUZE - KROK ZA KROKEM 4. Kliknˇete na Motion correction , na zaˇcat´ı anal´ yzi. Toto generuje pohyb korigoavnych obr´azk´ u s LV segmentaci vo vˇsechn´ ych selektovan´ ych obr´azc´ıch.

Obr´azek 28: V´ ysledek anal´ yzy perfuze.

5. Vyberte oblast LK pro v´ ypoˇcet parametrick´e mapy a zvolte u ´roveˇ n vyhlazen´ı pomoc´ı Gaussova filtru v procesu v´ ypoˇctu perf´ uzn´ıch parametr˚ u. 6. Pokud intenzita vnˇe LK negativnˇe ovlivˇ nuje segmentaci LK, obrysy LK lze zmenˇsit pro kaˇzdou s´erii obraz˚ u setting vnitˇzn´ıch a vonkajˇsich hodnot [0 100] a kliknut´ım na Stress nebo Rest . 7. Grafick´ y v´ ystup Bullseye zobrazuje hodnoty rychlosti n´abˇehu opacifikace pˇri porovn´an´ı mezi klidov´ ym a z´atˇeˇzov´ ym vyˇsetˇren´ım pro jednotliv´e segmenty, normalizovan´e s ohledem na pˇr´ısluˇsn´e maxim´aln´ı hodnoty. Kliknˇete na Export pro export v´ ysledk˚ u do tabulkov´eho programu. 50

ˇ REN ˇ ´I ANALYZA ´ 17.2. OVE PERFUZE

17.2

Ovˇ eˇ ren´ı anal´ yza perfuze

1. M. Saeed, S. W. Hetts, L. Do, and M. W. Wilson, MRI study on volume effects of coronary emboli on myocardial function, perfusion and viability, Int J Cardiol, 2011.

51

18 Anal´ yza ECV - krok za krokem Funkce popsan´e v t´eto kapitole nejsou v USA schv´aleny pro klinick´e indikace (off label use) a mohou tam b´ yt pouˇzity pouze pro v´ yzkumn´e u ´ˇcely.

18.1

Automatick´ a anal´ yza ECV

1. Zaˇcnˇete s pre T1 obrazu z´asobn´ıku a post T1 obrazu z´asobn´ıku.Anal´ yza ECV m˚ uˇze b´ yt proveden pro v´ıce p´ar˚ u obr´azek stohu nebo v´ıce ˇrez˚ u ve stejn´e anal´ yze. Ujistˇete se, ˇze Image Type je spr´avnˇe definov´ana (T1 map Pre a T1 map Post). Jinak nastavte ji podle odstavec 6. 2. Proved’te segmentaci LK v jednom ˇcasovˇem obdob´ı v obou pˇred a po obrazu kom´ıny, jak je pops´ano v kapitole 7. 3. Um´ıstˇete ROI definov´an´ı krevn´ıho ˇreˇciˇstˇe v obou pˇred a po obrazu kom´ıny a oznaˇcte ji Blood jak je pops ´ano v kapitole 9. 4. Definovat region˚ u pro ECV kvantifikaci um´ıstˇen´ım ROI v pre T1 obr´azku. 5. Vyberte ECV From Registration v ECV v menu Analysis. Post T1 obraz˚ u se potom v souladu s na pre T1 obraz˚ u. 6. V´ ysledek je uveden v nov´em rozhran´ı, jak je zn´azorˇ neno na obr´azku 29. ysledk˚ u do tabulkov´eho programu. 7. Kliknˇete na Export pro export v´ 8. Klikni na Generate Image Stacks na pˇridat ECV obr´azku v hlavn´ı GUI Segment CMR.

53

´ KAPITOLA 18. ANALYZA ECV - KROK ZA KROKEM

Obr´azek 29: V´ ysledek anal´ yzy ECV.

54