RIZOBAKTERIA Bacillus sp. DAN Pseudomonas sp. PEMACU TUMBUH TOLERAN KEKERINGAN DAN APLIKASINYA PADA TANAMAN JAGUNG
RAHAYU FITRIANI WANGSA PUTRIE
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2013
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Rizobakteria Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Pemacu Tumbuh Toleran Kekeringan dan Aplikasinya pada Tanaman Jagung adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Desember 2013 Rahayu Fitriani Wangsa Putrie NIM G351110171
*Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian kerja sama dengan pihak luar IPB harus didasarkan pada perjanjian kerja sama yang terkait
RINGKASAN RAHAYU FITRIANI WANGSA PUTRIE. Rizobakteria Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Pemacu Tumbuh Toleran Kekeringan dan Aplikasinya pada Tanaman Jagung. Dibimbing oleh ARIS TRI WAHYUDI dan ABDJAD ASIH NAWANGSIH Lahan pertanian di Indonesia sebagian besar didominasi oleh lahan kering yang belum dimanfaatkan. Jagung (Zea mays L.) merupakan salah satu tanaman pangan pokok yang dapat dibudidayakan di lahan kering. Strategi pembangunan pertanian masa yang akan datang berorientasi pada pemanfaatan pupuk hayati dan mengoptimalkan fungsi ekologis setiap komponen ekosistem. Rizosfer diketahui mengandung mikroorganisme yang memiliki kemampuan sebagai pemacu tumbuh tanaman, baik secara langsung dan tidak langsung. Rizobakteria ini dikenal sebagai rizobakteria pemacu pertumbuhan tanaman (PGPR), diantaranya genus Bacillus dan Pseudomonas. Rizobakteria yang ada pada kondisi kekeringan harus beradaptasi, salah satu caranya dengan memproduksi eksopolisakarida (EPS). Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi rizobakteria Bacillus dan Pseudomonas toleran kekeringan sebagai pemacu pertumbuhan tanaman jagung. Penggunaan rizobakteria merupakan cara alternatif yang efektif dan ramah lingkungan. Penapisan rizobakteria pemacu tumbuh dari 47 isolat Bacillus CR dan 34 Pseudomonas CRB mendapatkan 24 dan 9 isolat yang secara signifikan memacu pertumbuhan kecambah jagung secara in vitro. Isolat ini selanjutnya diseleksi toleran kekeringan dengan PEG 6000 untuk mendapatkan 7 isolat Bacillus dan 6 isolat Pseudomonas. Masing-masing isolat mampu tumbuh pada medium dengan tekanan osmotik -1 MPa dan -2 MPa. Isolat pemacu tumbuh toleran kekeringan diuji sifat antagonisnya agar diketahui kemampuannya hidup bersama pada satu medium formulasi. Isolat yang tidak saling antagonis dievaluasi potensinya dalam menghasilkan EPS dengan metode Dubois. CRB 19 dan CR 90 menghasilkan EPS tertinggi, masing-masing 0.346 mg mL-1 pada tekanan osmotik -2 MPa dan 0.107 mg mL-1 pada tekanan osmotik -0.73 MPa. Berdasarkan identifikasi gen 16S rRNA kedua isolat ini berkerabat dekat dengan spesies Pseudomonas aeruginosa strain B2 dan Brevibacillus brevis B33. Empat isolat terbaik dari setiap genus dibuat formulasi dengan bahan pembawa gambut (F1, F2, F3 dan F4). Selain itu, dibuat juga formula tunggal CRB 19 dan CR 90 sebagai isolat terpilih dari setiap genusnya. Formulasi ini dipilih berdasarkan nilai optical density (OD) dan EPS tertinggi. Selanjutnya dilakukan uji in planta di rumah kaca menggunakan rancangan acak lengkap dengan dua faktor (kadar air dan formula). Kadar air terdiri atas dua level (kapasitas lapang dan di bawah kapasitas lapang), dan formula terdiri atas tujuh level (enam formula dan satu kontrol). Uji in planta menunjukkan bahwa formula CRB 19 dan F3 adalah formula terbaik yang dapat meningkatkan beberapa parameter pertumbuhan dibandingkan dengan formula yang lain. Selanjutnya rizobakteria toleran kekeringan ini dapat dikembangkan sebagai inokulan tanaman jagung yang ditanam di lahan kering. Kata kunci: pemacu tumbuh, rizobakteria, tanaman jagung, toleran kekeringan
SUMMARY RAHAYU FITRIANI WANGSA PUTRIE. Rhizobacteria of Bacillus sp. and Pseudomonas sp. Growth Promoter Drought Tolerant and Their Application on Maize. Supervised by ARIS TRI WAHYUDI and ABDJAD ASIH NAWANGSIH. Agricultural land in Indonesia was largely dominated by untapped dry land. Maize (Zea mays L.) is one of the staple crops that are known could be cultivated on dry land. The future of agricultural development strategy oriented to the application of biological fertilizers and optimize ecological function of each ecosystem component. Rhizosphere has been known to contain microorganisms that can improve the plant growth, both directly and indirectly. Those rhizobacteria was known as plant growth promoting rhizobacteria (PGPR), include genus of Bacillus and Pseudomonas. Rhizobacteria had adapted to drought conditions, one way by producing exopolysaccharide (EPS). Therefore, this research was aimed to screening of rhizobacteria of Bacillus and Pseudomonas drought tolerant as growth promoter of maize growth. Utilized of rhizobacteria could be alternative way that are effective and environmental friendly. Screening in vitro of rhizobacteria as growth promoter of 47 Bacillus CR and 34 Pseudomonas CRB resulted 24 and 9 isolates were able to stimulate the growth of maize sprouts, significantly. Further screening of those growth promoter of the rhizobacterial isolates to drought tolerance with PEG 6000 resulted 7 isolates of Bacillus CR and 6 isolates of Pseudomonas CRB that were able to grow on medium with osmotic pressure -1 MPa and -2 MPa, respectively. Rhizobacterial isolates of growth promoter and drought tolerance were tested for antagonist mechanisms which aims to determine ability to live together in one medium if to be made formulation. Both non antagonist rhizobacterial isolates were evaluated for their potential in producing EPS by Dubois method. CRB 19 and CR 90 exhibited the highest activity of EPS production up to 0.346 mg mL-1 on medium with -2.0 MPa and 0.107 mg mL-1 on medium with -0.73 MPa, respectively. Based on 16S rRNA sequence analysis revealed that CRB 19 and CR 90 belonged to Pseudomonas aeruginosa strain B2 and Brevibacillus brevis B33, respectively. Four of potential isolates of each genus to be made formulation using peat soil as carrier material (F1, F2, F3 and F4). In addition, CRB 19 and CR 90 as selected isolates of each genus also to be formulated. Formulation were selected based on the highest of OD and EPS value. Rhizobacterial formula were further applied in planta in greenhouse using a completely randomized design with two factors (water content and formula). Water content consists of two levels (field capacity and under of field capacity), and the formula consists of seven levels (six formulas+control). In planta test showed that formula CRB 19 and F3 (CR 83+CRB 10) were the best formula that could enhance plant growth parameters compared to other formula. Furthermore, those drought tolerant rhizobacteria had potency to be developed as inoculants of maize planted in dry land agriculture. Keywords: growth promoter,rhizobacteria, maize, drought tolerant
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2013 Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB kkkkkkkkkkkkkkkkkkkkkkkk
RIZOBAKTERIA Bacillus sp. DAN Pseudomonas sp. PEMACU TUMBUH TOLERAN KEKERINGAN DAN APLIKASINYA PADA TANAMAN JAGUNG
RAHAYU FITRIANI WANGSA PUTRIE
Tesis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Program Studi Mikrobiologi
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2013
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr Rahayu Widyastuti, MSc.
Judul Tesis : Rizobakteria Bacillus sp. dan Pseudomonas sp Pemacu Tumbuh Toleran Kekeringan dan Aplikasinya pada Tanaman Jagung Nama : Rahayu Fitriani Wangsa Putrie NIM : G351110171
Disetujui oleh Komisi Pembimbing
Prof Dr Aris Tri Wahyudi, MSi Ketua
Dr Ir Abdjad Asih Nawangsih, MSi Anggota
Diketahui oleh
Ketua Program Studi Mikrobiologi
Dekan Sekolah Pascasarjana
Prof Dr Anja Meryandini, MS
Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr
Tanggal Ujian: 28 Oktober 2013
Tanggal Lulus:
PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala rahmat dan karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih penulis dalam penelitian ini adalah Rizobakteria Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Pemacu Tumbuh Toleran Kekeringan dan Aplikasinya pada Tanaman Jagung. Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Prof Dr Aris Tri Wahyudi, MSi sebagai Ketua Komisi Pembimbing dan Ibu Dr Ir Abdjad Asih Nawangsih, MSi sebagai Anggota Komisi Pembimbing yang telah memberikan arahan dan bimbingan kepada penulis sampai penyelesaian penulisan karya ilmiah ini. Terima kasih juga disampaikan kepada Ibu Dr Rahayu Widyastuti, MSc sebagai penguji luar komisi dan Ibu Prof Dr Anja Meryandini, MS sebagai penjamin mutu dari program studi Mikrobiologi sehingga karya ilmiah ini menjadi lebih baik. Selain itu, penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Bapak Dr Edi Husen, MSc dari BBSDLP Kementerian Pertanian beserta staf yang telah membantu selama uji in planta. Penelitian ini didanai oleh proyek kerjasama penelitian Kementerian Pertanian KKP3N kepada Prof Dr Aris Tri Wahyudi, MSi. Oleh karena itu, penulis mengucapkan terima kasih kepada pihak-pihak terkait. Ucapan terima kasih juga ditunjukkan untuk laboran, kakak dan adik tingkat di Laboratorium Mikrobiologi, para sahabat, teman-teman Mikrotropisian serta teman-teman keluarga UNSOED-IPB atas perhatian, kerjasama dan bantuannya selama penelitian. Secara khusus, penulis mengucapkan terima kasih untuk Bapak, Ibu, adik, dan teman terdekat yang selalu memberikan semangat serta seluruh keluarga atas segala doa dan kasih sayangnya selama ini. Sebagian hasil penelitian dalam tesis ini sudah dipublikasikan dalam Jurnal MICROBIOLOGY INDONESIA Edisi September 2013 Vol. 7 No. 3 : 94-104 dengan judul “Srcreening of Rhizobacteria for Plant Growth Promotion and Their Tolerarance to Drought Stress”. Sebagian hasil penelitian ini juga pernah disampaikan dalam Forum International Symposium on Indonesian Biodiversity pada 30 Agustus sampai 1 September 2013 di UNSOED. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat tidak hanya bagi penulis, tetapi juga para pembaca dan civitas akademik lainnya.
Bogor, Desember 2013 Rahayu Fitriani Wangsa Putrie
DAFTAR ISI DAFTAR TABEL DAFTAR GAMBAR DAFTAR LAMPIRAN 1 PENDAHULUAN Latar Belakang Tujuan Penelitian Manfaat Penelitian 2 METODE Waktu dan Tempat Penelitian Bahan dan Alat Peremajaan Isolat Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Uji Pemacu Pertumbuhan secara In Vitro Uji Toleran Kekeringan Uji Antagonis Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Uji Eksopolisakarida (EPS) Identifikasi Molekuler Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA Uji Formulasi In Planta pada Tanaman Jagung 3 HASIL DAN PEMBAHASAN Uji Pemacu Pertumbuhan secara In Vitro Uji Toleran Kekeringan Uji Antagonis Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Uji Eksopolisakarida (EPS) Identifikasi Molekuler Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA Uji Formulasi In Planta pada Tanaman Jagung Pembahasan 4 SIMPULAN DAN SARAN
vi vi vi 1 1 2 2 2 2 2 3 3 3 4 4 5 5 7 7 9 10 12 14 17 21 27
Simpulan Saran
27 27
DAFTAR PUSTAKA
28
LAMPIRAN RIWAYAT HIDUP
31 66
DAFTAR TABEL 1 Pengaruh Isolat Bacillus terhadap Kecambah Jagung 2 Nilai Optical Density isolat Pseudomonas CRB 3 Nilai Optical Density isolat Bacillus CR 4 Pembentukan Zona Hambatan oleh CR sebagai Bakteri Target 5 Pembentukan Zona Hambatan oleh CRB sebagai Bakteri Target 6 Jumlah Eksopolisakarida Beberapa Sampel Bacillus 7 Jumlah Eksopolisakarida Beberapa Sampel Pseudomonas 8 Identifikasi Homologi Sekuen Gen 16S rRNA Bacillus 9 Identifikasi Homologi Sekuen Gen 16S rRNA Pseudomonas 10 Formula Uji In Planta pada Tanaman Jagung 11 Pengaruh Formula terhadap Tinggi Tanaman Jagung 12 Pengaruh Formula terhadap Berat Basah Tajuk Tanaman Jagung 13 Pengaruh Formula terhadap Berat Kering Tajuk Tanaman Jagung 14 Pengaruh Formula terhadap Berat Basah Akar Tanaman Jagung 15 Pengaruh Formula terhadap Berat Kering Akar Tanaman Jagung
8 9 10 11 11 12 13 15 16 17 19 20 20 20 21
DAFTAR GAMBAR 1 Pengaruh Isolat Bacillus terhadap Kecambah Jagung 2 Hasil Uji Antagonis antara Isolat Bacillus dan Pseudomonas 3 Konsentrasi Eksopolisakarida yang Diproduksi Bacillus 4 Konsentrasi Eksopolisakarida yang Diproduksi Pseudomonas 5 Hasil Elektoforesis Gel Agarosa dari Amplifikasi Gen 16S rRNA 6 Pohon Filogenetik Isolat Bacillus 7 Pohon Filogenetik Isolat Pseudomonas 8 Kemasan Formula Inokulan Uji In Planta 9 Respon Pertumbuhan Tanaman Kondisi Kapasitas Lapang 10 Respon Pertumbuhan Tanaman Kondisi Dibawah Kapasitas Lapang
7 11 12 14 15 16 17 18 18 19
DAFTAR LAMPIRAN 1 Karakteristik Benih Jagung Hibrida Pertiwi-3 2 Pengukuran Kurva Standar Glukosa dan Sampel EPS 3 Pelarutan fosfat Bacillus dan Pseudomonas pada Media Pikovskaya 4 Urutan Nukleotida Sekuen Gen 16S rRNA dengan Hasil BlastN 5 Formula Campuran CR dan CRB Hasil Uji Antagonis 6 Karakteristik Benih Jagung Manis Laksmi SDS IPB 7 Analisis Tekstur dan Sifat Kimia Tanah 8 Perhitungan Kadar Air 9 Rancangan Percobaan Uji In Planta 10 Publikasi Penelitian
31 33 34 35 49 50 51 52 54 55
1
1 PENDAHULUAN Latar Belakang Indonesia memiliki daratan seluas 188.20 juta ha, yang terdiri atas 144 juta ha lahan kering dan 44.20 juta ha lahan basah. Lahan yang sesuai untuk pertanian seluas 94.07 juta ha dari total luas daratan, yang berada pada kawasan rawa seluas 7.88 juta ha dan kawasan non-rawa seluas 86.19 juta ha. Kawasan non rawa sebagian besar didominasi oleh lahan kering yang belum dimanfaatkan potensinya. Jagung merupakan salah satu tanaman komoditas pangan pokok beberapa wilayah di Indonesia yang diketahui dapat dibudidayakan pada lahan kering (Mulyani et al. 2011). Tanaman yang tumbuh di lahan kering akan mengalami cekaman kekeringan yang dapat mempengaruhi pertumbuhannya. Air menjadi faktor pembatas untuk keberlangsungan hidup tanaman. Toleransi tanaman terhadap cekaman kekeringan dapat melalui beberapa mekanisme seperti mempertahankan potensial air yang tinggi dalam jaringan dan mempertahankan turgor tanaman. Strategi pembangunan pertanian pada masa yang akan datang lebih berorientasi pada pemanfaatan lahan yang tersedia sesuai daya dukungnya dengan memanfaatkan pupuk hayati dan mengoptimalkan fungsi-fungsi ekologis dari setiap komponen ekosistem lahan (BBPPSLP 2008). Lahan kering potensial yang belum dimanfaatkan ini dapat digunakan untuk area lahan pertanian jagung. Upaya alternatif perbaikan lahan yang dapat dilakukan pada lahan kering adalah dengan memperbaiki keanekaragaman mikroorganisme di dalam tanah. Tanah sekitar perakaran yang disebut dengan rizosfer mengandung mikroorganisme yang telah diketahui dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman. Bakteri ini dikenal sebagai Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) karena memiliki pengaruh yang signifikan terhadap pertumbuhan tanaman, baik secara langsung maupun tidak langsung. Bakteri ini memiliki kemampuan menghasilkan hormon IAA (Indole Acetic Acid) yang berperan sebagai pemacu pertumbuhan tanaman, menghasilkan eksopolisakarida sebagai bentuk adaptasi dari cekaman kekeringan, melarutkan fosfat tanah, menghasilkan ACC-deaminase dan berperan sebagai agen biokontrol fungi patogen (Dey et al. 2004; Kaci et al. 2005; Husen et al. 2011). Inokulan yang akan diaplikasikan pada lahan kering harus memiliki toleransi terhadap kadar air yang rendah agar dapat bertahan ketika diaplikasikan. Salah satu cara adaptasi mikroorganisme rizosfer mengatasi cekaman tersebut dengan mensekresikan eksopolisakarida (EPS) dalam jumlah yang lebih tinggi untuk mengurangi kehilangan air dan menciptakan kondisi lembab di sekitar perakaran. Bakteri yang termasuk PGPR diantaranya Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Sebelumnya, telah berhasil diisolasi Bacillus CR dan Pseudomonas CRB dari tanah rizosfer tanaman kedelai di Cirebon, Jawa Barat (Wahyudi et al. 2011ab). Penggunaan PGPR yang toleran kekeringan untuk meningkatkan produktivitas dan pemacu pertumbuhan tanaman pada lahan kering merupakan langkah yang efektif dan ramah lingkungan.
2
Tujuan Penelitian Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan penapisan dan formulasi rizobakteria toleran kekeringan sebagai pemacu pertumbuhan tanaman jagung di rumah kaca dalam kondisi cekaman kekeringan.
Manfaat Penelitian Manfaat yang diperoleh dari penelitian ini adalah ditemukannya inokulan Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. potensial pemacu pertumbuhan tanaman jagung dan toleran pada kondisi kekeringan.
2 METODE
Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan Juli 2012 sampai bulan Agustus 2013 di Laboratorium Mikrobiologi FMIPA IPB, rumah kaca Cikabayan Faperta IPB dan BBSDLP Kementerian Pertanian Bogor.
Bahan dan Alat Bahan yang digunakan meliputi 47 isolat Bacillus sp. (CR), 34 isolat Pseudomonas sp. (CRB), benih jagung Hibrida Pertiwi 3, benih jagung manis Laksmi SDS IPB, media Nutrient Agar (NA) (ekstrak khamir 2 g L-1, pepton 5 g L-1, NaCl 5 g L-1, agar 15 g L-1), media King’s B agar (pepton 20 g L-1, K2HPO4 1.5 g L-1, MgSO4 1.5 g L-1, gliserol 15 ml L-1), media NB cair, media King’s B cair, media water agar 1%, media Luria Agar (LA) (tripton 10 g L-1, NaCl 10 g L-1,ekstrak khamir 5 g L-1, agar 15 gL-1) media Luria Broth (LB), media Pikovskaya agar (NaCl 0.2 g L-1, KCl 0.2 g L-1, MgSO4.7H2O 0.1 g L-1, MnSO4,2H2O 2.5 mg L-1, FeSO4.7H2O 2.5 mg L-1, ekstrak khamir 0.5 g L-1, (NH4)2SO4 1 g L-1, Ca3(PO4)2 5 g L-1, agar 15 g L-1), media susu skim dengan molase (susu skim 20 g L-1, MgSO4.2H2O 1.5 g L-1, K2HPO4 1.5 g L-1, molase 15 g L-1), etanol 95%, H2O2 5%, polietilena glikol (PEG) 6000, H2SO4, fenol 5%, larutan stok D-glukosa, buffer TE, SDS 10%, proteinase K, lisozim, NaCl 5M, CTAB 10%, larutan PCI (25:24:1), larutan CI (24:1), isopropanol, etanol 70%, ddH2O, primer, LA Taq Polimerase, DMSO, loading dye, EtBr, agarosa, buffer TAE 1x, gambut, spirtus, alkohol, akuades, tanah, dan pupuk NPK. Alat-alat yang digunakan adalah mikropipet (Eppendorf), mesin PCR (Esco), sentrifuse (Eppendorf), elektroforesis, spektrofotometer (Genesys 20), neraca analitik (Oxone), haemocytometer serta alat-alat gelas.
3
Peremajaan isolat Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. Kultur isolat sebanyak 47 Bacillus CR dan 34 Pseudomonas CRB yang digunakan adalah koleksi IPBCC hasil isolasi dari tanah rizosfer tanaman kedelai di Cirebon, Jawa Barat (Wahyudi et al. 2011ab). Masing-masing isolat direkultur agar terjaga kemurniannya. Bacillus CR diinokulasikan kembali pada media NA dan Pseudomonas CRB pada media King’s B agar. Selanjutnya dilakukan inkubasi untuk mengoptimalkan pertumbuhan kultur. Kondisi inkubasi dilakukan pada suhu ruang selama 24 jam.
Uji Pemacu Pertumbuhan secara In Vitro Uji pemacuan pertumbuhan isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB dilakukan untuk mengetahui isolat yang dapat memacu pertumbuhan kecambah jagung Hibrida Pertiwi 3 (Lampiran 1). Tahap awal yang dilakukan adalah sterilisasi permukaan biji jagung dengan cara merendam biji jagung dalam etanol 95% selama 10 detik, kemudian direndam dalam H2O2 5% selama 5 menit dan dibilas tujuh kali dengan akuades untuk menghilangkan residu bahan kimia yang digunakan (Somasegaran & Hoben 1985). Biji yang telah disterilisasi lalu direndam di akuades selama 24 jam untuk mempercepat proses perkecambahan. Setelah 24 jam, biji jagung diletakkan pada cawan Petri yang diberi alas kertas saring (sebelumnya telah dibasahi dengan akuades) selama 24 jam. Inokulan disiapkan, Bacillus CR dikultur pada medium NB dan Pseudomonas CRB dikultur pada media King’s B cair selama 24 jam pada suhu ruang. Kepadatan sel dihitung menggunakan haemocytometer sampai mencapai 109 sel mL-1. Biji jagung yang telah berkecambah dengan panjang akar primer 2-3 mm lalu dipindahkan pada cawan Petri berisi media water agar 1% dan masing masing diberi 100 µL kultur Bacillus CR dan Pseudomonas CRB dengan kepadatan sel 109 sel mL-1. Biji jagung yang tidak diberi inokulum digunakan sebagai kontrol. Masing-masing perlakuan lalu diinkubasi selama 7 hari pada suhu ruang dan kondisi gelap. Parameter pertumbuhan yang diamati adalah panjang batang, panjang akar, dan jumlah akar lateral (Dey et al. 2004). Data yang diperoleh dianalisis secara statistik dengan one-way analysis of variance (ANOVA) menggunakan software SAS 9.1 dan dilanjutkan dengan uji Duncan (DMRT) pada taraf 5%.
Uji Toleran Kekeringan Uji toleran kekeringan dilakukan untuk mengetahui isolat rizobakteria yang toleran terhadap kekeringan dengan cara menginokulasikan 200 µL kultur Bacillus CR dan Pseudomonas CRB di 20 mL media yang mengandung PEG 6000 dengan konsentrasi 0 MPa, -0.73 MPa, -1 MPa, -1.5 MPa, -2 MPa, dan -2.5 MPa. Pengaturan kosentrasi media dibuat berdasarkan persamaan Michel dan Kauffman (1973). Bacillus CR dan Pseudomonas CRB ditumbuhkan pada media NB. Inkubasi dilakukan pada suhu ruang selama 24 jam dengan kecepatan shaker 120 rpm. Pertumbuhan isolat dapat diketahui dari optical density dengan
4
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 570 nm. Medium tanpa isolat digunakan sebagai kontrol. Isolat yang mampu tumbuh pada -0.73 MPa adalah isolat yang toleran kering (Sandhya et al. 2009).
Uji Antagonis Bacillus dan Pseudomonas pemacu tumbuh toleran kekeringan selanjutnya diuji sifat antagonisnya. Mikroba dengan sifat antagonis atau tidak sangat penting diketahui untuk menentukan kemampuanya untuk hidup bersama pada satu medium jika dibuat formulasi. Medium uji yang digunakan adalah LA. Bacillus CR dan Pseudomonas CRB masing-masing ditumbuhkan dalam media LB pada shaker dengan kecepatan 120 rpm selama 24 jam hingga mencapai kosentrasi 108 sel mL-1. Uji antagonis ini dilakukan dengan cara berikut : medium LA sebanyak 10 mL diinokulasikan dengan 100 µL kultur bakteri target kemudian dituang ke cawan Petri steril. Sebanyak 1 mL kultur bakteri uji pada media LB dengan kepadatan sel 108 sel mL-1 disentrifugasi 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm untuk mendapatkan supernatan yang selanjutnya digunakan untuk uji antagonis. Kertas cakram steril diberi masing-masing supernatan bakteri uji kemudian diletakkan pada cawan berisi medium LA yang telah diinokulasikan dengan bakteri target untuk selanjutnya diinkubasi. Masing-masing isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB digunakan sebagai bakteri uji dan bakteri target. Antagonis ditunjukkan oleh adanya zona bening disekitar kertas cakram. Jika antara kedua isolat uji dan target tidak bersifat antagonis maka tida ada zona bening yang dihasilkan.
Uji Eksopolisakarida (EPS) Isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB terpilih selanjutnya dianalisis kandungan EPS untuk mengetahui jumlah EPS yang diproduksi oleh sel. Isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB ditumbukan pada medium cair yang ditambahkan PEG 6000 untuk induksi stress. Inkubasi dilakukan di shaker inkubator pada suhu ruang selama 72 jam. Kultur yang telah diinkubasi lalu disentrifugasi untuk memisahkan antara supernatan dan pellet. Supernatan hasil sentrifugasi lalu dicampurkan dengan 3 ml alkohol absolut dingin untuk selanjutnya dipresipitasi semalam pada suhu 4°C. Endapan EPS diperoleh dengan sentrifugasi selama 15 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Kuantitas kandungan karbohidrat total yang mengendap pada EPS diukur dengan menggunakan metode Dubois et al. (1956). Pengukuran serapan dilakukan dengan menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 490 nm.
5
Identifikasi Molekuler Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA Identifikasi dilakukan pada isolat bakteri terpilih yang akan digunakan untuk uji formulasi in planta. Tahapan pertama yang dilakukan adalah isolasi genom bakteri dengan metode CTAB (Cetyl Trimetyl Ammonium Bromide). Genom yang berhasil diisolasi kemudian diamplifikasi menggunakan mesin PCR dengan primer 63f (5’-CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3’) dan 1387r (5’-GGG CGG WTG GTA CAA GGC-3’) (Marchesi et al. 1998) dengan volume total reaksi 50 µL. Amplikon yang akan dihasilkan oleh primer tersebut berukuran sekitar ~1300 pb. Satu volume PCR terdiri dari DNA template 0.6 µL; masing-masing primer forward dan reverse 0.8 µL, LA Taq polimerase 12.5 µL (Thermo Scientific Phusion High Fidelity), DMSO 1 µL, dan ddH2O sampai volume 25 µL. Amplifikasi dilakukan untuk 30 siklus yang meliputi tahapan denaturasi awal pada suhu 94°C selama 2 menit, denaturasi pada suhu 92°C selama 30 detik, annealing pada suhu 55°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu 75°C selama 1 menit dan ekstensi akhir pada suhu 72°C selama 5 menit. DNA hasil PCR kemudian dipurifikasi dan disekuensing untuk mengetahui urutan basa dengan menggunakan jasa 1st BASE DNA Sequencing Malaysia. Sekuen tersebut kemudian dibandingkan dengan database yang ada pada GenBank menggunakan program BlastN untuk mengetahui homologi sekuen dari isolat yang diidentifikasi dengan isolat yang telah terdata sebelumnya. Selanjutnya dianalisis hubungan kekerabatan isolat tersebut dengan isolat PGPR lainnya melalui pembuatan pohon filogenetik dengan menggunakan software Mega 5 dan Clustal W.
Uji Formulasi In Planta pada Tanaman Jagung Isolat yang terseleksi sebagai pemacu tumbuh toleran kekeringan dan tidak saling bersifat antagonis diuji kembali secara in planta pada tanaman jagung. Pengukuran Dami Jagung Pengukuran dami jagung pada tahap pendahuluan uji in planta bertujuan sebagai acuan berat tanaman untuk menjaga kekonsistenan penambahan kadar air pada uji sebenarnya dengan kondisi cekaman kekeringan kekeringan. Benih jagung yang akan digunakan sebelumnya dikecambahkan di cawan Petri steril beralaskan kapas lembab untuk menguji daya kecambah benih. Selanjutnya benih ditanam di polybag. Dami yang tumbuh diukur tinggi dan ditimbang bobot basahnya setiap dua hari sekali selama fase vegetatif. Penyiapan Gambut sebagai Bahan Pembawa Gambut yang digunakan berasal dari Rawa Pening, Jawa Tengah. Gambut dikering udarakan, dihaluskan dan diayak menggunakan saringan 42 mesh selanjutnya dikeringkan lagi hingga mencapai kelembaban ± 30% (Somasegaran & Hoben 1985). Bahan pembawa terdiri dari campuran gambut sebanyak 85%, fosfat alam 10% dan kapur pertanian (kaptan) 5% yang dicampur hingga rata. Sebanyak 50 gram campuran gambut dikemas ke dalam plastik tahan panas untuk disterilisasi pada suhu 121°C selama 1 jam dengan tekanan 1 atm.
6
Formulasi Inokulan Isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB terpilih masing-masing diinokulasikan ke dalam medium cair NB dan King’s B kemudian diinkubasi pada shaker inkubator selama 24 jam di pada suhu ruang. Kultur selanjutnya ditumbuhkan kembali ke dalam 100 mL medium produksi alternatif susu skim dengan molase pada shaker inkubator selama 24 jam. Sebanyak 15 mL suspensi inokulan Bacillus CR dan Pseudomonas CRB dari medium susu skim dengan molase diinokulasikan menggunakan syringe steril ke dalam 50 gram gambut dengan kepadatan sel 109 sel mL-1 suspensi. Tiap kemasan 50 gram gambut diinokulasi dengan campuran kedua bakteri tersebut, dari kombinasi bakteri yang digunakan akan diperoleh beberapa set paket inokulan yang selanjutnya akan digunakan untuk uji pemacuan tumbuh pada jagung di rumah kaca. Pengujian Efektivitas Inokulan Benih jagung yang digunakan untuk uji in planta adalah benih jagung manis Laksmi SDS IPB (Lampiran 6). Benih ini lebih umum ditanam oleh petani dan lebih mudah didapatkan dibandingkan dengan benih jagung yang digunakan pada saat uji in vitro. Biji jagung yang akan digunakan sebelumnya disterilkan permukaannya kemudian diinokulasi dengan mencampurkan biji jagung lembab dengan inokulan hingga merata untuk selanjutnya ditanam pada polybag. Setiap polybag ditanam satu biji jagung. Penanaman dilakukan di rumah kaca dengan menggunakan 3 kg tanah yang ditempatkan dalam polybag. Tanah yang digunakan berasal dari lahan kering di Desa Pulutan Wetan Kecamatan Wuryantoro Wonogiri, Jawa Tengah (Lampiran 7). Sebelum digunakan, tanah diproses lebih lanjut di Balit Tanah BBSDLP Bogor. Selanjutnya tanah diberi pupuk NPK sebanyak 3.15 gram. Kadar air tanah diatur secara konstan menjadi kadar air pada kapasitas lapang (basah) dan di bawah kapasitas lapang (Lampiran 8). Kekonstanan kadar air diamati setiap hari dengan menyiram tanah sambil ditimbang sehingga mencapai berat tertentu, dalam hal ini penambahan berat tanaman diperhitungkan. Percobaan ini menggunakan kontrol tanaman tanpa inokulan. Uji pemacuan pertumbuhan oleh bakteri inokulan dilakukan selama fase vegetatif. Setelah itu, tanaman jagung dipanen dan diukur pertumbuhan vegetatifnya. Rancangan percobaan yang digunakan adalah rancangan acak lengkap (RAL) dengan dua faktor (kadar air dan formula). Kadar air terdiri atas dua level (kapasitas lapang dan di bawah kapasitas lapang), dan formula terdiri atas tujuh level (enam formula dengan satu kontrol). Masing-masing kombinasi perlakuan diulang sebanyak lima kali (Lampiran 9). Parameter yang diamati adalah tinggi tanaman, berat basah tajuk, berat kering tajuk, berat basah akar dan berat kering akar. Data yang diperoleh dianalisis secara statistik dengan one-way analysis of variance (ANOVA) menggunakan software SAS 9.1 dan dilanjutkan dengan uji Duncan (DMRT) pada taraf 5%.
7
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Uji Pemacu Pertumbuhan secara In Vitro Sebanyak 47 isolat Bacillus CR yang diuji kemampuannya sebagai pemacu pertumbuhan pada kecambah jagung Hibrida Pertiwi 3 mendapatkan 24 isolat yang secara signifikan mampu memacu pertumbuhan kecambah jagung. Satu isolat yang secara signifikan mampu meningkatkan ketiga parameter pertumbuhan, yakni CR 36. Beberapa isolat yang lain mampu meningkatkan kedua parameter pertumbuhan, seperti panjang batang dan panjang akar adalah isolat CR 69 dan CR 3, panjang batang dan jumlah akar lateral adalah isolat CR 6 dan CR 39, panjang akar dan jumlah akar lateral adalah isolat CR 79 dan CR 46. Sebanyak 17 isolat pemacu tumbuh yang lain, CR 32, CR 61, CR 42, CR 12, CR 59, CR 51, CR 8, CR 2, CR 27, CR 83, CR 33, CR 90,CR 34, CR 86, CR 21, CR 67 dan CR 31 hanya mampu meningkatkan salah satu parameter pertumbuhan tanaman, seperti yang diperlihatkan pada Tabel 1. Pengaruh isolat Bacillus terhadap terhadap pertumbuhan kecambah jagung diperlihatkan pada Gambar 1. Sebanyak 34 isolat Pseudomonas CRB hasil penelitian sebelumnya (Radita 2012) yang diuji kemampuannya sebagai pemacu pertumbuhan tanaman jagung didapatkan 9 isolat yang secara signifikan mampu memacu pertumbuhan kecambah jagung. Dua isolat secara signifikan mampu meningkatkan kedua parameter pertumbuhan, yakni panjang batang dan panjang akar adalah isolat CRB 24 dan CRB 47. Beberapa isolat yang lain mampu meningkatkan satu parameter pertumbuhan, seperti panjang batang adalah CRB 10, CRB 19, CRB 23, CRB 34 dan CRB 98 dan panjang akar adalah isolat CRB 4 dan CRB 71. A
B
K P
P
C
P K
K
Gambar 1 Pengaruh isolat Bacillus CR 36 terhadap (a) panjang batang (b) panjang akar (c) jumlah akar lateral kecambah jagung Hibrida Pertiwi 3 dibandingkan dengan kontrol. P : perlakuan, K : kontrol.
8 Tabel 1 Pengaruh berbagai isolat Bacillus terhadap beberapa parameter pertumbuhan kecambah jagung Hibrida Pertiwi 3 secara in vitro Perlakuan CR 61 CR 39 CR 6 CR 59 CR 32 CR 69 CR 42 CR 12 CR 36 CR 3 CR 51 CR 81 CR 79 CR 30 CR 83 CR 22 CR 86 CR 31 CR 74 CR 54 CR 2 CR 56 CR 66 CR 25 CR 90 CR 21 CR 88 CR 34 CR 15 CR 29 CR 26 CR 17 CR 64 CR 50 CR 27 CR 13 CR 91 CR 23 CR 75 CR 55 CR 8 CR 67 K CR 38 CR 24 CR 46 CR 33 CR 47
Panjang batang (cm) 15.5 a 15.0 ab 14.6 abc 14.5 abcd 14.3 abcd 14.2 abcd 13.9 abcde 13.7 abcdef 13.5 abcdefg 13.3 abcdefgh 13.1 abcdefgh 12.9 bcdefghij 12.8 bcdefghij 12.5 bcdefghijk 12.4 bcdefghijk 12.4 bcdefghijk 12.3 bcdefghijk 12.2 cdefghijk 12.2 cdefghijk 12.1 cdefghijk 12.1 cdefghijk 12.1 cdefghijk 12.0 cdefghijk 12.0 cdefghijk 11.9 cdefghijk 11.9 cdefghijk 11.8 defghijk 11.8 defghijk 11.7 defghijk 11.4 efghijk 11.4 efghijk 11.2 efghijk 11.1 fghijk 11.0 fghijk 10.9 ghijk 10.7 ghijk 10.7 ghijk 10.7 ghijk 10.7 ghijk 10.6 hijk 10.6 hijk 10.4 ijk 10.3 ijk 10.2 jk 10.2 jk 10.1 jk 10.0 k 9.70 k
Panjang akar (cm) 13.8 n 15.0 lnm 16.8 ijkl 19.7 defgh 17.4 hijk 25.2 b 15.1 lnm 22.5 c 25.5 b 25.7 b 21.1 cdef 20.8 cdef 29.6 a 17.7 hijk 28.8 a 22.3 c 14.4 mn 25.2 b 22.5 c 18.4 ghij 25.1 b 18.8 fghi 21.7 cd 21.9 cd 25.5 b 21.8 cd 16.2 jklm 17.0 ijkl 19.1 efghi 20.8 cdef 22.2 cd 20.7 cdefg 21.5 cd 15.7 klmn 25. 1 b 14.2 nm 22.7 c 17.0 ijkl 21.4 cde 22.2 c 25.2 b 22.1 cd 20.2 cdefg 18.8 fghi 22.2 cd 25.0 b 27.9 a 21.7 cd
Jumlah akar lateral 14.0 lmnopqr 24.4 c 24.8 c 12.6 pqr 14.8 klmnopq 20.2 de 11.0 r 19.6 defg 28.0 ab 12.2 pqr 19.4 defgh 13.6 mnopqr 26.0 bc 13.4 nopqr 17.8 efghijk 13.8 mnopqr 29.8 a 21.4 d 16.4 ghijklmn 16.2 hijklmn 19.4 defgh 13.2 nopqr 16.2 hijklmn 15.2 jklmnop 17.6 efghijk 24.4 c 17.2 efghijkl 26.6 bc 11.8 qr 19.0 defghi 15.0 jklmnopq 12.6 pqr 18.2 efghij 12.8 opqr 11.2 r 20.0 def 14.0 lmnopqr 18.0 efghij 18.6 defghi 16.0 ijklmno 12.6 pqr 24.6 c 17.4 efghijk 19.0 defghi 14.0 lmnopqr 24.6 c 13.6 mnopqr 16.8 fghijklm
Keterangan : Angka-angka yang diikuti oleh huruf yang sama pada lajur yang sama tidak berbeda nyata pada taraf 5% uji Duncan (α = 0.05). Nilai parameter yang dicetak tebal mengindikasikan nilai parameter yang berbeda nyata dengan kontrol.nnnnnnnnnnnnnnnn
9
Uji Toleran Kekeringan Sembilan isolat Pseudomonas CRB pemacu pertumbuhan kecambah jagung yang telah diseleksi toleran kekeringan mendapatkan enam isolat terbaik, yakni CRB 10, CRB 23 dan CRB 47 yang diketahui mampu tumbuh pada tekanan osmotik -2 MPa dan CRB 4, CRB 19, CRB 98 yang mampu tumbuh pada tekanan osmotik -2.5 MPa seperti yang ditunjukkan pada Tabel 2 (Radita 2012). Sebanyak 24 isolat Bacillus CR pemacu tumbuh selanjutnya juga diuji toleran kekeringan. Nilai Optical Density (OD) dari hasil pengukuran uji toleran kekeringan dikategorikan menjadi empat kelompok. Isolat yang mampu mencapai OD ≥ 0.4 dikategorikan sebagai isolat toleran kekeringan (Alikhani & Mohamadi 2010). Penapisan toleran kekeringan isolat Bacillus CR ditunjukkan pada Tabel 3. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa 12 dari 24 isolat CR mampu bertahan pada tekanan osmotik -0.73 MPa dengan OD ≥ 0.4 dan tujuh isolat mampu bertahan sampai tekanan osmotik -1 MPa. Nilai OD dari masing-masing isolat mengalami penurunan. Isolat lain, yaitu 12 isolat CR dan 3 isolat CRB pemacu tumbuh tidak dikategorikan toleran kering karena OD yang diperoleh ≤ 0.4.
Tabel 2 Nilai OD isolat Pseudomonas pada tekanan osmotik dari 0 MPa sampai -2.5 MPa pada λ 570 nm. Kode Tekanan Osmotik Isolat 0 MPa -0.73 MPa -1 MPa -1.5 MPa -2 MPa CRB 4 1.742 1.362 1.254 0.966 0.792 CRB 10 1.084 0.773 0.727 0.843 0.725 CRB 19 1.789 1.058 1.017 1.086 0.872 CRB 23 1.719 1.654 1.331 0.506 0.431 CRB 47 1.709 1.249 1.151 0.771 0.630 CRB 98 1.713 1.092 1.042 1.015 0.831 Keterangan : MPa : Mega Pascal
-2.5 MPa 0.490 0.173 0.563 0.000 0.000 0.664
10
Tabel 3 Nilai OD isolat Bacillus pada tekanan osmotik 0 MPa, -0.73 MPa dan -1 MPa pada λ 570 nm. Kode Tekanan Osmotik isolat 0 MPa -0.73 MPa -1 MPa -1.5 MPa CR 86 0.826 0.120 0.000 0.000 CR 12 0.807 0.294 0.000 0.000 CR 8 0.914 0.025 0.000 0.000 CR 42 1.320 0.156 0.000 0.000 CR 79 1.126 0.224 0.000 0.000 CR 59 1.367 0.093 0.000 0.000 0.071 CR 33 1.514 0.504 0.400 CR 61 1.273 0.400 0.290 0.000 CR 69 1.011 0.681 0.271 0.000 0.064 CR 36 1.425 0.471 0.412 CR 27 0.741 0.168 0.000 0.000 CR 34 1.081 0.090 0.000 0.000 0.017 CR 83 1.073 0.758 0.464 0.056 CR 39 1.118 0.763 0.483 CR 51 1.317 0.496 0.138 0.000 0.022 CR 46 1.056 0.547 0.476 0.033 CR 67 0.950 0.503 0.432 CR 31 1.069 0.698 0.329 0.000 0.028 CR 90 1.063 0.682 0.559 CR 32 1.110 0.763 0.326 0.000 CR 21 0.910 0.129 0.000 0.000 CR 3 0.921 0.300 0.000 0.000 CR 6 0.585 0.034 0.000 0.000 CR 2 1.381 0.061 0.000 0.000 Keterangan : Huruf dan angka yang dicetak tebal menunjukkan isolat dengan OD yang dikategorikan toleran kering terbaik. MPa : Mega Pascal
Uji Antagonis Hasil uji antagonis antara isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB pemacu tumbuh dan toleran kekeringan ditunjukkan pada Tabel 4 dan Tabel 5. Isolat uji CR 67 dan CR 46 tidak bersifat antagonis terhadap semua isolat target sedangkan isolat uji yang lain bersifat antagonis terhadap satu atau lebih isolat target. Isolat CR 33, CR 39, dan CR 90 bersifat antagonis terhadap isolat target CRB 98, isolat CR 39 dan CR 90 bersifat antagonis terhadap CRB 23, isolat uji CR 83 bersifat antagonis terhadap CRB 19 dan hanya isolat target CRB 23 yang tidak bersifat antagonis terhadap isolat uji CR 36 seperti yang ditunjukkan pada Tabel 4. Pembentukan zona bening diperlihatkan pada Gambar 2.
11
Tabel 4. Pembentukan zona hambatan oleh Bacillus (CR) sebagai bakteri target terhadap Pseudomonas (CRB) sebagai bakteri uji. Isolat Isolat Uji Target CR 33 CR 39 CR 83 CR 67 CR 90 CR 36 CR 46 CRB 98 + + + + CRB 23 + + CRB 10 + CRB 47 + CRB 4 + CRB 19 + + Keterangan : (+) : ada zona bening (-) : tidak ada zona bening
Tabel 5 Pembentukan zona hambatan oleh Pseudomonas (CRB) sebagai bakteri target terhadap Bacillus (CR) sebagai bakteri uji. Isolat Isolat Uji Target CRB 98 CRB 23 CRB 10 CRB 47 CRB 4 CRB 19 CR 33 CR 39 + + CR 83 + CR 67 CR 90 + + CR 36 + + + + + CR 46 Keterangan : (-) : tidak ada zona bening (+) : ada zona bening
CRB 19
CR 83 Zona bening
CRB 98
CRB 4
CR 90
K
(a) (b) Gambar 2 Hasil uji antagonis (a) isolat uji CRB 19, CRB 98 dan CRB 4 tidak menghasilkan zona bening terhadap isolat CR 67 (b) isolat target CRB 98 menghasilkan zona bening terhadap isolat uji CR 90; tidak menghasilkan zona bening terhadap isolat uji CR 83; K : kontrol cakram dengan media steril
12
Uji antagonis dilakukan secara dua arah dengan isolat CR yang sebelumnya digunakan sebagai isolat uji selanjutnya digunakan sebagai isolat target. Hasil yang didapatkan dari uji antagonis balik ini sama dengan hasil uji antagonis sebelumnya ketika isolat CR digunakan sebagai isolat uji. Isolat dengan hasil yang berbeda terdapat pada isolat CR 33 yang tidak bersifat antagonis terhadap CRB 98 ketika CR 33 digunakan sebagai isolat target dan isolat CR 83 yang tidak bersifat antagonis terhadap CRB 19 ketika CR 83 sebagai target seperti yang ditunjukkan pada Tabel 5.
Uji Eksopolisakarida (EPS) Hasil penapisan Bacillus CR dan Pseudomonas CRB toleran kekeringan selanjutnya diuji kuantitas EPS yang dihasilkannya. Kuantitas kandungan EPS dibandingkan dengan kurva standar glukosa yang telah dibuat sebelumnya (Lampiran 2). Kuantitas EPS yang diproduksi oleh Bacillus CR ditunjukkan pada Tabel 6 dan fluktuasi produksinya secara lebih jelas diperlihatkan pada Gambar 3.
Tabel 6 Jumlah EPS yang dihasilkan oleh beberapa isolat Bacillus pada tekanan osmotik -0.73 MPa dan -1 MPa Kode Isolat CR 33 CR 39 CR 83 CR 67 CR 90 CR 36 CR 46 Jumlah Rata-rata
Jumlah EPS (mg mL-1) 0 MPa -0.73 MPa -1 MPa 0.008 0.054 0.081 0.006 0.052 0.081 0.026 0.098 0.092 0.056 0.102 0.095 0.104 0.107 0.096 0.058 0.050 0.072 0.081 0.055 0.092 0.339 0.518 0.609 0.048 0.074 0.087
Gambar 3 Konsentrasi EPS (mg mL-1) yang diproduksi Bacillus pada tekanan osmotik yang berbeda (MPa)
13
Gambar 3 menunjukkan bahwa kuantitas eksopolisakarida yang dihasilkan oleh isolat Bacillus CR dapat berbeda antara setiap isolat pada tekanan osmotik yang berbeda. Isolat dengan kode CR 33 dan CR 39 mengalami peningkatan jumlah produksi EPS oleh sel pada tekanan osmotik yang semakin menurun. Isolat CR 36 dan CR 46 mengalami penurunan jumlah EPS dari tekanan osmotik 0 MPa ke -0.73 MPa masing-masing sebesar 0.008 mg mL-1 dan 0.026 mg mL-1 kemudian mengalami peningkatan jumlah EPS kembali pada tekanan osmotik -1 MPa masing- masing sebesar 0.022 mg mL-1 dan 0.037 mg mL-1. Beberapa isolat lain, seperti CR 83, CR 67, dan CR 90 menunjukkan respon sebaliknya, kuantitas EPS yang diproduksi oleh sel mengalami peningkatan dari tekanan osmotik 0 MPa ke -0.73 MPa kemudian mengalami penurunan dengan semakin menurunnya tekanan osmotik pada media. Namun, secara umum produksi EPS oleh sel semakin meningkat dengan semakin menurunnya tekanan osmotik. Produksi EPS oleh isolat Pseudomonas sp. diperlihatkan pada Tabel 7 dan fluktuasi produksinya secara lebih jelas ditunjukkan pada Gambar 4. Rata-rata EPS yang dihasilkan oleh isolat Pseudomonas CRB mengalami fluktuasi dengan perubahan tekanan osmotik yang ada pada media. Peningkatan jumlah EPS dari tekanan osmotik -0.73 MPa ke -2 MPa hanya terjadi pada isolat CRB 98 namun sebelumnya isolat ini mengalami penurunan jumlah EPS sebesar 0.068 mg mL-1 dari tekanan osmotik 0 MPa ke -0.73 MPa. Isolat CRB 19 mengalami peningkatan jumlah EPS dari tekanan osmotik 0 MPa ke -1 MPa kemudian mengalami penurunan jumlah EPS pada tekanan osmotik -1.5 MPa. Keempat isolat, yaitu CRB 4, CRB 10, CRB 23 dan CRB 47 mengalami peningkatan jumlah EPS dari tekanan osmotik 0 MPa ke -0.73 MPa. Jumah EPS keempat isolat ini mengalami penurunan dari tekanan -0.73 ke -1 MPa selanjutnya mengalami peningkatan kembali pada tekanan osmotik -1.5 MPa. Pada tekanan osmotik -2 MPa, keenam isolat menghasilkan EPS tertinggi dan pada tekanan osmotik -2.5 MPa jumlah EPS ini kembali menurun hingga titik minimum.
Tabel 7 Jumlah EPS yang dihasilkan oleh beberapa isolat Pseudomonas sp. pada tekanan osmotik -0.73 MPa, -1 MPa, -1.5 MPa, -2 MPa dan -2.5 MPa Kode Isolat CRB 98 CRB 23 CRB 10 CRB 47 CRB 4 CRB 19 Jumlah Rata-rata
0 MPa 0.130 0.055 0.079 0.061 0.103 0.090 0.518 0.086
Jumlah EPS (mg mL-1) -0.73 MPa -1 MPa -1.5 MPa -2 MPa 0.062 0.080 0.106 0.304 0.166 0.072 0.103 0.223 0.100 0.091 0.112 0.312 0.193 0.067 0.102 0.185 0.112 0.055 0.101 0.133 0.196 0.197 0.149 0.346 0.829 0.562 0.673 1.503 0.138 0.094 0.112 0.251
-2.5 MPa 0.046 0.043 0.046 0.035 0.050 0.051 0.271 0.045
14
Gambar 4 Konsentrasi EPS (mg mL-1) yang diproduksi Pseudomonas pada tekanan osmotik yang berbeda (MPa)
Berdasarkan hasil yang diperoleh dari pengukuran, rata-rata EPS yang diproduksi oleh Pseudomonas lebih tinggi dibandingkan dengan Bacillus. Pseudomonas dapat menghasilkan EPS antara 0.062-0.196 mg mL-1 pada media dengan tekanan osmotik -0.73 MPa dan 0.055-0.197 mg mL-1 pada tekanan osmotik -1 MPa. Bacillus hanya dapat menghasilkan EPS dengan kisaran 0.050-0.107 mg mL-1 pada medium dengan tekanan osmotik -0.73 MPa dan 0.072-0.096 mg mL-1 pada media dengan tekanan osmotik -1 MPa. Setelah perlakuan cekaman kekeringan, isolat CRB 19 menghasilkan EPS tertinggi sebesar 0.346 mg mL-1 pada media dengan tekanan osmotik -2 MPa dan isolat CR 36 menghasilkan eksopolisakarida terendah sebesar 0.072 mg mL-1 pada tekanan osmotik -0.73 MPa.
Identifikasi Molekuler Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA Identifikasi secara molekuler dilakukan pada delapan isolat rizobakteria pemacu tumbuh toleran kekeringan terpilih yang akan dibuat formulasi untuk uji in vivo pada tanaman jagung. Rizobakteria ini terdiri dari empat isolat Bacillus CR 46, CR 67, CR 83, CR 90 dan empat isolat Pseudomonas CRB 10, CRB 19, CRB 23, CRB 98. Hasil amplifikasi yang divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa 1% menghasilkan amplikon berukuran ~1300 pb seperti yang diperlihatkan pada Gambar 5. Hasil amplikon yang sudah dipurifikasi kemudian disekuensing untuk gen 16S rRNA (Lampiran 4). Homologi sekuen gen 16S rRNA dari masing-masing isolat CR dan CRB dianalisis dan dibandingkan dengan sekuen gen 16S rRNA yang ada di Genbank menggunakan program BlastN (Tabel 8 dan Tabel 9) selanjutnya melalui pohon filogenetiknya diketahui hubungan kekerabatannya dengan isolat PGPR lain yang sudah diketahui urutan basanya (Gambar 6 dan Gambar 7).
15
pb
M
1 2
3
4 5
6 7 8
10000 8000 6000 5000 4000 3000 2500 2000 1500
1300 pb 1000 750 500 250
Gambar 5 Hasil elektroforesis gel agarosa 1% dari amplifikasi gen 16S rRNA memperlihatkan pita berukuran 1300 pb. M : marker 1 kb DNA ladder; sumur 1: CR 67, sumur 2: CR 83, sumur 3: CR 90, sumur 4: CR 46, sumur 5: CRB 19, sumur 6: CRB 98, sumur 7: CRB 10, sumur 8: CRB 23.
Tabel 8 Identifikasi homologi sekuen gen 16S rRNA isolat Bacillus CR dengan sekuen yang ada di Genbank menggunakan program BlastN Isolat CR 46
CR 67
CR 83
CR 90
Bacillus % Basa/Basa Homolog Identitas Bacillus 83% 846/1018 isabeliae strain CVS-8 Brevibacillus 100% 659/659 brevis strain NBRC 15304 Bacillus cereus 100% 566/566 ATCC 14579 strain ATCC 14579 Brevibacillus 97% 1200/1243 brevis strain bB33
Query Cover 82%
EValue 0.00
No. Akses
100%
0.00
NR 041524.1
100%
0.00
NR 074540.1
92%
0.00
JF772474.1
NR 042619.1
16
Tabel 9
Identifikasi homologi sekuen gen 16S rRNA isolat Pseudomonas CRB dengan sekuen yang ada di Genbank menggunakan program BlastN
Isolat CRB 10
CRB 19
CRB 23
CRB 98
Pseudomonas Homolog Pseudomonas aeruginosa strain L1 Pseudomonas aeruginosa strain B2 Pseudomonas fragi strain ATCC 4973 Pseudomonas sp. CL 3.1
% Basa Identitas /Basa 99% 434/440
Query Cover 94%
EValue 0.00
No. Akses JX292018.1
91%
966/1062
98%
0.00
JQ900536.1
84%
657/780
83%
0.00
NR 024946.1
97%
1297/1334
99%
0.00
FM173664.1
94 NR 027552.1| Bacillus subtilis subsp. subtilis strain DSM 10 94 NR 074977.1| Bacillus pumilus SAFR-032 strain SAFR-032 43 NR 074923.1| Bacillus licheniformis DSM 13 ATCC 14580 strain ATCC 14580 DSM 13 99 NR 042619.1 Bacillus isabeliae strain : CVS-8
CR 83 88
100 NR 074540.1| Bacillus cereus ATCC 14579 strain ATCC 14579
CR 67 NR 041524.1 Brevibacillus brevis strain NBRC 15304 93
98 NR 040979.1| Brevibacillus formosus strain DSM 9885
JF772474.1| Brevibacillus brevis strain bB33 NR 074891.1| Escherichia coli O157:H7 str. Sakai strain Sakai 99
NR 102800.1| Legionella longbeachae NSW150 strain NSW150
CR 46 CR 90
0.1
Gambar 6 Pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dari isolat Bacillus CR potensial yang dibandingkan dengan beberapa spesies PGPR yang lain. Skala menunjukkan jarak evolusi pada panjang cabang, sedangkan angka pada cabang menunjukkan nilai bootstrap
17
96 CRB 98 94 FM173664.1| Pseudomonas sp. CL3.1 isolate CL3.13
FM173667.1| Pseudomonas sp. CL3.5 isolate CL3.59
80
JX292018.1| Pseudomonas aeruginosa strain L1 32 89 EU833948.1| Pseudomonas putida strain FWC30
CRB 19 100
NR 041715.1| Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 LMG 11199 strain ATCC 17588
49 99
NR 024946.1| Pseudomonas fragi strain ATCC 4973
86 NR 044974.1| Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis strain DSM 50083T
NR 075049.1| Lactobacillus acidophilus 30SC strain 30SC CRB 10 CRB 23
0.2
Gambar 7 Pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dari isolat Pseudomonas CRB potensial yang dibandingkan dengan beberapa spesies PGPR yang lain. Skala menunjukkan jarak evolusi pada panjang cabang, sedangkan angka pada cabang menunjukkan nilai bootstrap
Uji Formulasi In Planta pada Tanaman Jagung Isolat pemacu tumbuh toleran kekeringan terpilih selanjutnya dibuat formulasi dengan menggunakan gambut sebagai bahan pembawa, masing-masing empat formulasi dari setiap isolat Bacillus CR dan Pseudomonas CRB terbaik. Isolat tersebut adalah CR 90, CR 83, CR 67 dan CR 46 untuk Bacillus dan CRB 19, CRB 98, CRB 23 dan CRB 10 untuk Pseudomonas. Selain formulasi tersebut, didapatkan juga formulasi campuran yang dapat dibuat dari hasil uji antagonisme sebanyak 30 formulasi (Lampiran 5). Formula yang akan diaplikasikan di rumah kaca ditunjukkan pada Tabel 10 dan kemasan inokulan rizobakteria ditunjukkan pada Gambar 8. Tabel 10 Formula yang digunakan pada uji in planta Formula F1 F2 F3 F4 CR 90 CRB 19
Isolat CR 90 + CRB19 CR 67 + CRB 98 CR 83 + CRB 10 CR 46 + CRB 23 CR 90 CRB 19
18
Gambar 8 Kemasan formula inokulan uji in planta
Respon tanaman jagung yang diinokulasikan dengan formula rizobakteria dalam kondisi kadar air yang berbeda memberikan hasil yang tidak sama (Gambar 9 dan Gambar 10). Pada percobaan ini tidak ada interaksi antara kadar air dengan formula yang digunakan. Formula yang digunakan diketahui dapat meningkatkan parameter tinggi tanaman jagung (Tabel 11), berat basah tajuk (Tabel 12), berat kering tajuk (Tabel 13) berat basah akar (Tabel 14) dan berat kering akar (Tabel 15).
K-K0
B-K0
F1
F2
F3
F4
CRB 19
CR 90
Gambar 9 Respon pertumbuhan tanaman jagung yang diberi perlakuan formula dengan kondisi kadar air kapasitas lapang. K-K0 : Kontrol kering, B-K0 : Kontrol basah, F1-F4 : Formula F1 sampai F4, CRB 19 dan CR 90 : Formula tunggal Pseudomonas dan Bacillus terbaik
19
B-K0
K-K0
F1
F2
F3
F4
CRB 19
CR 90
Gambar 10 Respon pertumbuhan tanaman jagung yang diberi perlakuan formula dengan kondisi kadar air dibawah kapasitas lapang. K-K0 : Kontrol kering, B-K0 : Kontrol basah, F1-F4 : Formula F1 sampai F4, CRB 19 dan CR 90 : Formula tunggal Pseudomonas dan Bacillus terbaik
Semua formula menunjukkan pertumbuhan yang lebih baik jika dibandingkan dengan kontrol. CRB 19 adalah formula terbaik yang dapat meningkatkan parameter tinggi tanaman dan berat basah akar. Formula F3 dapat meningkatkan parameter berat basah tajuk dan berat kering tajuk tanaman yang terbaik jika dibandingkan dengan formula yang lain. Namun, pada parameter berat kering akar semua formula tidak menunjukkan pengaruh yang signifikan, akan tetapi pemberian formula diketahui dapat meningkatkan berat kering akar yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol, kecuali formula F2.
Tabel 11 Pengaruh perlakuan formula terhadap tinggi tanaman jagung yang ditanam dengan kadar air pada kapasitas lapang (KL) dan dibawah kapasitas lapang (BKL) Hasil rataan (cm)p
Kadar air
K
F1
F2
F3
F4
CRB19
RataCR 90 rataq
KL
77.2
110.0
108.6
116.3
111.1
110.2
101.6
105.0 y
BKL
72.2
83.8
83.6
80.2
78.4
84.8
77.6
80.1 x
Rataanq 74.7 b 96.9 a 96.1 a 98.3 a 94.8 a 97.5 a 89.6 a p Keterangan : Rataan dari 5 ulangan q Rataan yang diikuti huruf yang sama dalam satu baris atau lajur tidakberbeda nyata pada taraf 5%. K0 : Kontrol; F1-F4, CRB 19 dan CR 90 merupakan formula yang digunakan
20
Tabel 12 Pengaruh perlakuan formula terhadap berat basah tajuk tanaman jagung yang ditanam dengan kadar air pada kapasitas lapang (KL) dan dibawah kapasitas lapang (BKL) Hasil rataan (cm)p Kadar Rataair K F1 F2 F3 F4 CRB19 CR 90 rataq KL 19.8 47.0 44.0 47.8 44.8 44.4 32.4 40.0 y BKL 13.2 18.6 18.2 18.8 16.8 19.8 16.0 17.3 x q Rataan 16.5 c 32.8 a 31.1 a 33.3 a 30.8 a 32.1 a 24.2 b p Keterangan : Rataan dari 5 ulangan q Rataan yang diikuti huruf yang sama dalam satu baris atau lajur tidak berbeda nyata pada taraf 5%. K0 : Kontrol; F1-F4,CRB 19 dan CR 90 merupakan formula yang digunakan
Tabel 13 Pengaruh perlakuan formula terhadap berat kering tajuk tanaman jagung yang ditanam dengan kadar air pada kapasitas lapang (KL) dan dibawah kapasitas lapang (BKL) Hasil rataan (cm)p Kadar Rataair K F1 F2 F3 F4 CRB19 CR 90 rataq KL 2.45 4.22 3.99 4.60 4.27 4.08 3.23 3.83 x BKL 1.67 2.31 2.36 2.33 2.16 2.09 2.54 2.21 y Rataanq 2.06 b 3.27 a 3.18 a 3.47 a 3.22 a 3.09 a 2.89 a Keterangan : pRataan dari 5 ulangan q Rataan yang diikuti huruf yang sama dalam satu baris atau lajur tidak berbeda nyata pada taraf 5%. K0 : Kontrol; F1-F4,CRB 19 dan CR 90 merupakan formula yang digunakan
Tabel 14 Pengaruh perlakuan formula terhadap berat basah akar tanaman jagung yang ditanam dengan kadar air pada kapasitas lapang (KL) dan dibawah kapasitas lapang (BKL) Hasil rataan (cm)p Kadar Rataair K F1 F2 F3 F4 CRB19 CR 90 rataq KL 3.0 7.6 5.2 6.6 7.2 7.6 6.4 6.2 x BKL 2.8 4.0 3.4 3.0 3.6 2.8 3.4 3.3 y Rataanq 2.9 c 5.8 a 4.3 b 4.8 ab 5.4 ab 5.2 ab 4.9 ab Keterangan : pRataan dari 5 ulangan q Rataan yang diikuti huruf yang sama dalam satu baris atau lajur tidak berbeda nyata pada taraf 5%. K0 : Kontrol; F1-F4,CRB 19 dan CR 90 merupakan formula yang digunakan
21
Tabel 15 Pengaruh perlakuan formula terhadap berat kering akar tanaman jagung yang ditanam dengan kadar air pada kapasitas lapang (KL) dan dibawah kapasitas lapang (BKL) Hasil rataan (cm)p Kadar Rataair K F1 F2 F3 F4 CRB19 CR 90 rataq KL 0.47 0.63 0.43 0.71 0.63 0.69 0.62 0.60 x BKL 0.32 0.38 0.34 0.30 0.34 0.26 0.32 0.32 y q Rataan 0.40 a 0.51 a 0.39 a 0.51 a 0.49 a 0.48 a 0.47 a p Keterangan : Rataan dari 5 ulangan q Rataan yang diikuti huruf yang sama dalam satu baris atau lajur tidak berbeda nyata pada taraf 5%. K0 : Kontrol; F1-F4,CRB 19 dan CR 90 merupakan formula yang digunakan
Pembahasan Beberapa studi menyatakan bahwa Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. memiliki kemampuan sebagai pemacu pertumbuhan dengan memproduksi hormon IAA (Patten & Glick, 2002, Leveau & Lindow, 2005, Wahyudi et al 2011a.b). Sebanyak 24 isolat Bacillus CR dan 9 isolat Pseudomonas CRB yang berperan sebagai pemacu pertumbuhan secara in vitro pada penelitian ini sebelumnya telah diuji dapat menghasilkan hormon IAA dengan konsentrasi antara 2.82-22.79 ppm (Wahyudi et al. 2011ab). Isolat lainnya, 23 isolat Bacillus CR dan 30 isolat Pseudomonas CRB tidak dapat memacu pertumbuhan kecambah jagung. Hal ini dapat disebabkan karena konsentrasi IAA yang diproduksi terlalu tinggi, sebagai contoh CR 55 dapat memproduksi IAA hingga konsentrasi 44.66 ppm (Wahyudi et al. 2011a). Konsentrasi IAA tertinggi yang diketahui dapat menstimulasi pertumbuhan tanaman jagung menggunakan pupuk biologis berkisar antara 54.55 ppm pada daun dan 22.68 ada akar. Jaringan daun mengandung konsentrasi IAA lebih tinggi dibandingkan dengan jaringan akar (Wibowo 2008). Hormon IAA yang tinggi akan memacu pembentukan hormon etilen dan menghentikan pertumbuhan. Bakteri PGPR memiliki kemampuan untuk memproduksi IAA dan memasukkan hormon ini ke dalam pool auksin tanaman. Akar merupakan organ tanaman yang paling sensitif terhadap fluktuasi kadar IAA dan responnya pada peningkatan IAA eksogenous meluas dari pemanjangan akar primer, pembentukan akar lateral dan akar adventif sampai penghentian pertumbuhan pada tanaman (Leveau & Lindow 2005). Penapisan toleran kekeringan dari isolat rizobakteria yang memiliki kemampuan sebagai pemacu pertumbuhan tanaman jagung bertujuan supaya isolat dapat bertahan ketika diaplikasikan di lapang pada kondisi kering. Penambahan PEG 6000 yang dapat mengikat air pada medium disimulasikan sebagai cekaman kekeringan yang dapat menurunkan nilai potensial air (Sandhya et al. 2009). Hal ini disebabkan molekul air yang terdapat pada medium menurun dengan penambahan PEG 6000 pada kosentrasi tertentu karena diikat oleh ikatan hidrogen. Oleh karena itu, PEG 6000 yang bersifat
dan
22
larut dalam air dapat digunakan untuk menurunkan nilai potensial air. Isolat Pseudomonas CRB telah diketahui mampu bertahan sampai pada tekanan osmotik -2.5 MPa. Pseudomonas CRB yang diuji memiliki sifat toleransi yang lebih tinggi terhadap kekeringan dibandingkan dengan isolat Pseudomonas putida GAP-P45 yang hanya mampu bertahan sampai pada tekanan osmotik tertinggi -0.73 MPa (Sandhya et al. 2009). Toleransi terhadap cekaman kekeringan salah satunya dicirikan oleh produksi eksopolisakarida (EPS). Eksopolisakarida yang dihasilkan oleh sel dapat berbeda pada medium dengan tekanan osmotik yang berbeda. Beberapa isolat Bacillus CR yang diujikan pada tekanan osmotik dari 0 MPa ke -1 MPa menunjukkan respon yang berbeda pula dalam menghasilkan jumlah EPS, terjadi penurunan dan peningkatan jumlah EPS. Peristiwa ini dapat terjadi sebagai adaptasi sel pada lingkungan yang berbeda. Santi (2011) menyatakan bahwa jumlah dan komposisi EPS sangat bervariasi tergantung pada genus dan spesies bakteri, dalam beberapa kasus tergantung pula pada kondisi lingkungan pertumbuhan bakteri yang bersangkutan. Secara umum, produksi EPS oleh Bacillus semakin meningkat dengan semakin menurunnya tekanan osmotik. Hal ini mengindikasikan bahwa produksi EPS akan meningkat seiring dengan cekaman yang dialami oleh sel sebagai bentuk adaptasi fisiologis agar sel tetap dapat bertahan. EPS ini mempunyai variasi fungsi untuk mikroorganisme penghasilnya, diantaranya untuk proteksi perlawanan cekaman biotik, seperti kompetisi dan cekaman abiotik seperti temperatur, intensitas cahaya atau pH. Ozturk dan Aslim (2010) juga menyatakan bahwa EPS diproduksi untuk melindungi sel bakteri dari kekeringan, logam berat atau tekanan lingkungan lainnya, termasuk respon terhadap host immune dan untuk menghasilkan biofilm sehingga dapat meningkatkan ketahanan sel pada relung ekologi khusus. Fluktuasi produksi EPS ditemukan pada isolat Pseudomonas dengan perubahan tekanan osmotik pada medium. Peningkatan jumlah EPS dari tekanan osmotik -0.73 MPa ke -2 MPa pada isolat CRB 98 sesuai dengan pernyataan Ozturk dan Aslim (2010) sebelumnya bahwa EPS diproduksi untuk meningkatkan ketahanan sel pada relung ekologi khusus. Fluktuasi peningkatan dan penurunan yang terjadi pada isolat CRB lainnya dapat disebabkan karena adaptasi sel yang menguat dan terkadang melemah terhadap lingkungannya. Adaptasi sel dapat terjadi dengan mensekresikan substansi yang dapat menjaga agar sel tetap dapat survive di lingkungan. EPS diproduksi sebagai respons terhadap faktor stres biotik dan abiotik untuk beradaptasi dengan lingkungan yang ekstrim. Fungsi utama EPS adalah untuk membantu dalam perlindungan terhadap tekanan lingkungan (Donot et al. 2011). Pada tekanan osmotik -2 MPa, keenam isolat CRB menghasilkan EPS tertinggi dan pada tekanan osmotik -2.5 MPa jumlah EPS ini kembali menurun hingga titik minimum yang mungkin sudah tidak dapat ditolerir oleh sel untuk dapat bertahan hidup. Berdasarkan data uji toleran kekeringan sebelumnya, dapat diketahui bahwa isolat Pseudomonas CRB maksimum dapat bertahan hingga tekanan osmotik -2.5 MPa (Radita 2012). Secara umum, EPS yang diproduksi oleh isolat CRB mengalami peningkatan dari tekanan 0 MPa ke -0.73 MPa sebesar 0.052 mg mL-1. Penurunan jumlah EPS mulai terjadi dari tekanan osmotik -0.73 MPa sampai -1 MPa sebesar 0.044 mg mL-1 dan mengalami sedikit peningkatan jumlah EPS kembali, yaitu
23
pada tekanan osmotik -1.5 MPa sebesar 0.018 mg mL-1. Produksi optimum EPS terjadi ketika isolat ditumbuhkan pada tekanan osmotik -2 MPa. Hal ini dapat terjadi karena sel mempunyai titik dimana daya adaptasinya melemah terhadap cekaman lingkungan dan ketika sel sudah dapat beradaptasi secara fisiologis maka sel tersebut akan dapat mempertahankan daya adaptasinya lebih tinggi dari sebelumnya. Pada tekanan osmotik -2.5 MPa, rata-rata produksi EPS kembali mengalami penurunan dengan kuantitas EPS yang dihasilkan lebih rendah dibandingkan dengan jumlah EPS pada tekanan osmotik -0.73 MPa. Hal ini terjadi karena kemampuan sel untuk bertahan sudah mencapai batas maksimum yang sudah tidak dapat ditolerir lagi. Setiap sel mempunyai daya adaptasi yang berbeda sesuai dengan spesis dan genusnya. Sebelumnya, Santi (2011) telah menyatakan bahwa jumlah dan komposisi EPS ini sangat bervariasi tergantung pada genus dan spesies bakteri, dalam beberapa kasus tergantung pula pada kondisi lingkungan pertumbuhan bakteri yang bersangkutan. Kuantitas produksi EPS ini sesuai dengan hasil uji toleran kekeringan yang telah disebutkan sebelumnya bahwa CRB 19 dengan kemampuan produksi EPS tertinggi mampu bertahan pada media dengan tekanan osmotik -2.5 MPa. Produksi EPS semakin meningkat seiring dengan peningkatan cekaman kekeringan. Roberson dan Firestone (1992) menyatakan bahwa bakteri Pseudomonas sp. dapat meningkatkan produksi EPS pada habitat tanah tekstur berpasir selama musim kering untuk melindungi sel. Produksi EPS berfungsi untuk meningkatkan retensi air sehingga dapat mengatur difusi sumber karbon seperti glukosa ke dalam sel bakteri. Selain itu, peran EPS akan terlihat dalam pembentukan agregasi. Rata-rata EPS yang diproduksi oleh Pseudomonas CRB lebih tinggi dibandingkan dengan Bacillus CR. Hal ini dikarenakan Pseudomonas memiliki daya adaptasi atau pertahanan sel yang lebih tinggi dbandingkan dengan Bacillus. Pernyataan ini didukung oleh Saile et al. (1997), bahwa beberapa bakteri penghasil EPS yang banyak dilaporkan antara lain Pseudomonas aeruginosa, Erwinia, Ralstonia, dan Azotobacter vinelandii. Ivanov dan Chu (2008) juga menyatakan bahwa jumlah bakteri Gram negatif penghasil EPS lebih banyak dijumpai jika dibandingkan dengan Gram positif. Kelompok Gram negatif ini meliputi genus Caulobacter, Acinetobacter, Agrobacterium, Alcaligenes, Arcobacter, Cytophaga,Flavobacterium, Pseudomonas, Rhizobium. Pseudomonas aeruginosa dapat menghasilkan eksopolisakarida jenis alginat sebanyak 0.4 g L-1 dengan menggunakan substrat xylosa dan 1.1-7.5 g L-1 dengan menggunakan substrat glukosa (Donot et al. 2011). EPS yang dihasilkan oleh CRB 19 ini dapat ditingkatkan produksinya dengan penambahan sumber karbon ke dalam media sesuai pernyataan hasil penelitian El Tayeb & Khodair (2007) bahwa isolat Pseudomonas sp. UBF 2 memiliki kemampuan memproduksi EPS mencapai 8.6 mg mL-1 di dalam media dengan kandungan glukosa 2%. Santi (2011) menambahkan bahwa struktur dan komposisi EPS yang dihasilkan oleh bakteri tergantung pada beberapa faktor lingkungan seperti medium, sumber karbon dan nitrogen, sistem fisiologi bakteri (aerobik atau anaerobik), dan kondisi fermentasi (pH, temperatur, konsentrasi oksigen). Bakteri penghasil EPS Burkholderia cenocepacia strain KTG diketahui dapat tumbuh dan beradaptasi dengan baik pada lingkungan dengan kondisi
24
pH 3-5. Pada umumnya EPS dapat diperoleh secara optimum pada pH 7, temperatur 30-37°C. Selain itu, waktu inkubasi, genus, dan strain juga mempengaruhi produksi EPS. Pseudomonas diminuta diketahui dapat menghasilkan EPS tertinggi pada medium yang mengandung sukrosa. Pada umumnya bakteri penghasil EPS akan tumbuh baik di dalam medium dengan sumber karbon yang mudah dioksidasi. Dengan menggunakan sukrosa dan 4-hydroxy-phenyl acetic acid, B. cenocepacia strain KTG menghasilkan bobot kering eksopolisakarida yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan penggunaan glukosa, laktosa, manitol, dan glutamat di dalam medium ATCC no. 14 Bakteri sangat membutuhkan energi untuk menghasilkan EPS. Oleh karena itu, adanya sumber karbon di dalam media tumbuh selain dapat berfungsi sebagai komponen pembentukan sel dapat pula berfungsi sebagai sumber energi yang diperlukan untuk sintesis dan ekskresi EPS (Santi 2011). Delapan isolat rizobakteria pemacu tumbuh toleran kekeringan potensial terpilih yang terdiri dari empat isolat Bacillus CR dan empat isolat Pseudomonas CRB diidentifikasi secara molekuler berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dan diketahui hubungan kekerabatannya melalui pohon filogenetik. Isolat Bacillus dengan kode CR 83 dan CR 67 menunjukkan kesesuaian hasil antara BlastN dengan pohon filogenetik. Nilai bootstrap sebesar 100% dan 98% untuk masing-masing isolat tersebut pada pohon filogenetik secara langsung membenarkan hasil BlastN. Hasil yang kurang sesuai antara analisis BlastN dengan pohon filogenetik ditemukan pada isolat CR 46 dan CR 90 yang mungkin disebabkan karena persentase identitas maksimum pada hasil BlastN hanya sekitar 83% dan 97% dengan nilai query cover 82% dan 92% sehingga terdapat kemungkinan kedua isolat tersebut lebih berkerabat dekat ketika dianalisis dengan pohon filogenetik. Hasil analisis BlastN isolat Pseudomonas dengan kode CRB 19 dan CRB 98 juga menunjukkan hasil yang sesuai dengan pohon filogenetik. Hal ini didukung dengan nilai bootstrap sebesar 89% dan 96%. Hasil yang kurang sesuai antara hasil BlastN dengan pohon filogenetik juga ditemukan pada isolat Pseudomonas CRB 10 dan CRB 23 karena persentase identitas maksimum pada hasil BlastN hanya sekitar 99% dan 97% dengan nilai query cover 94% dan 83% sehingga terdapat kemungkinan kedua isolat tersebut lebih berkerabat dekat ketika dianalisis dengan pohon filogenetik, seperti yang terjadi pada isolat Bacillus CR 46 dan CR 90. Isolat CRB 19 yang merupakan isolat terbaik penghasil EPS berkerabat dekat dengan spesies Pseudomonas aeruginosa strain B2. Genus Pseudomonas telah diketahui berperan sebagai pemacu tumbuh tanaman. P. aeruginosa FP6 yang diisolasi dari tanah kering rizosfer memiliki kemampuan untuk melarutkan fosfat, memproduksi hormon IAA, ammonia, siderofor dan enzim pendegradasi dinding sel seperti selulase, kitinase dan protease. Inokulasi bibit tanaman cowpea (Vigna unguiculata) dengan bakteri ini secara signifikan (P<0.05) mampu meningkatkan germinasi benih (92%), vigor index bibit, tinggi tanaman, berat basah dan berat kering jika dibandingkan dengan kontrol (Bhakthavatchalu et al. 2013). Bacillus potensial dalam penelitian ini, yaitu CR 90 berkerabat dekat Brevibacillus brevis strain bB33. Genus Bacillus juga merupakan salah satu kelompok PGPR yang sudah banyak diketahui. Bibit tomat yang diinokulasi
25
dengan beberapa genus PGPR, diantaranya Brevibacillus brevis strain IPC11 dilaporkan dapat meningkatkan daya perkecambahan.dan menghasilkan enzim phenylalanine ammonia lyase serta dapat mereduksi kejadian penyakit kanker pada tomat (Girish & Umesha 2005). Hasil uji antagonis untuk isolat pemacu tumbuh toleran kering dilakukan secara dua arah seperti yang diperlihatkan sebelumnya pada Tabel 4 dan 5. Secara keseluruhan uji ini mendapatkan hasil yang sama antara ketika isolat CR atau CRB digunakan sebagai isolat target maupun isolat uji, walaupun ada hasil yang berbeda. Pembentukan zona bening disekitar kertas cakram dapat terjadi oleh produksi senyawa tertentu oleh bakteri uji yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri target atau sebaliknya. Rizobakteria terpilih selanjutnya diuji secara in planta pada skala rumah kaca. Formulasi dilakukan untuk mempermudah aplikasi inokulan, penyimpanan dan pendistribusian di lapangan. Selain itu, bahan pembawa juga berperan untuk mempertahankan viabilitas inokulan. Aplikasi inokulan Bacillus dan Pseudomonas sebagai pupuk hayati menggunakan gambut sebagai bahan pembawa karena gambut mudah didegradasi dalam tanah, dapat dikontrol kualitasnya dan mudah diaplikasikan. Struktur material gambut juga tidak menggumpal dan memiliki perlekatan yang baik terhadap biji (Somasegaran & Hoben 1994). Lahan kering adalah luasan lahan dimana kandungan air yang tersedia hanya bersumber dari curah hujan. Ketersediaan air menjadi faktor pembatas untuk pengembangan tanaman pertanian di lahan kering (Sabarrudin et al. 2011). Tanah lahan kering yang digunakan untuk uji in planta adalah vertisol. Jenis tanah ini mempunyai prospek yang cukup besar untuk dikembangkan sebagai sentra produksi tanaman pangan jika diimbangi dengan pengelolaan tanah dan tanaman yang tepat, salah satunya tanaman jagung (Nursyamsi & Suprihati 2005). Kadar air kapasitas lapang yang digunakan pada uji ini adalah kondisi dimana air yang tersedia 100% sedangkan kadar air di bawah kapasitas lapang adalah kondisi dimana 63.2% ruang pori terisi air yang dapat mengakibatkan tanaman mengalami cekaman kekeringan. Cekaman kekeringan adalah kondisi dimana kadar air tanah berada pada kondisi minimum untuk pertumbuhan dan produksi tanaman (Purwanto & Agustono 2010). Uji in planta pada tanaman jagung di rumah kaca menunjukkan bahwa keenam formula yang mengandung genus Bacillus dan Pseudomonas ini secara signifikan mampu meningkatkan empat parameter pertumbuhan tanaman jika dibandingkan dengan kontrol, yakni tinggi tanaman, berat basah tajuk, berat kering tajuk dan berat basah akar. Formulasi ini dipilih berasarkan seleksi nilai OD di tekanan osmotik tertinggi pada uji toleran kekeringan dan jumlah EPS yang dihasilkan. Hal ini diduga dapat membuat lingkungan di daerah rizosfer menjadi lebih baik dan dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman jagung secara in planta. Formula tunggal CRB 19 dan F3 adalah formula terbaik yang dapat meningkatkan beberapa parameter pertumbuhan dibandingkan dengan formula rizobakteria yang lain dengan beberapa mekanisme dari aktivitas bakteri yang dimiliki yang telah diuji sebelumnya, diantaranya kemampuan menghasilkan IAA (Wahyudi et al. 2011a.b), melarutkan fosfat (Lampiran 3), dan toleran terhadap cekaman kekeringan. Beberapa kombinasi formula tidak memberikan hasil yang lebih baik dibandingkan dengan formula tunggalnya yang diduga
26
karena aktivitas isolat menjadi lebih optimal dalam memacu pertumbuhan jika bekerja secara individu, tidak secara campuran. Kosentrasi IAA yang dihasilkan oleh isolat secara tunggal mungkin cenderung akan lebih efektif dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman. Formula F1 yang seharusnya menjadi formula unggulan berdasarkan hasil uji in vitro dalam kemampuannya sebagai PGPR memberikan hasil yang tidak lebih baik dari formula F3 dan CRB 19 pada saat aplikasinya di uji in planta. Hal ini mungkin dapat terjadi karena adanya kompetisi antara mikroorganisme indegenous dengan PGPR yang digunakan yang juga sangat berpengaruh terhadap respon pertumbuhan tanaman jagung. Kemampuan kompetisi formula F1 dengan mikroorganisme indegenous tidak lebih baik dari formula F3 dan CRB 19 secara in planta. Peningkatan berat basah seperti yang terjadi dalam penelitian ini dapat terjadi akibat serapan air dalam jumlah yang besar oleh sel tanaman sehingga laju fotosintesis meningkat. Peningkatan laju fotosintesis akan meningkatkan laju pembentukan karbohidrat yang akan meningkatkan pertambahan organ tanaman seperti tunas, akar dan daun sehingga akan meningkatkan berat basah tanaman. Selain itu, ketersediaan unsur hara juga mempengaruhi penambahan berat basah dari tanaman. Parameter lain yang diamati adalah berat kering tajuk dan berat kering akar. Berat kering tanaman menunjukkan laju fotosintesis dan unsur hara yang diserap oleh tanaman. Unsur hara berperan dalam proses metabolisme, dalam hal ini laju fotosintesis (Dwijoseputro 1992). Aplikasi pupuk biologi juga pernah dilakukan oleh Wibowo (2008) pada tanaman jagung. Pengaruh aplikasi tersebut menunjukkan bahwa penggunaan pupuk biologi mampu meningkatkan respon pertumbuhan vegetatif pada parameter tinggi tanaman, bobot kering akar, bobot kering tajuk dan menekan persentase tingkat gugur daun (senescen) hingga 10%. Peningkatan pertumbuhan di fase vegetatif akan membantu meningkatkan pertumbuhan fase generatif yang ditunjukkan dengan peningkatan bobot kering biji jagung saat panen. Peningkatan beberapa parameter pertumbuhan oleh formula rizobakteria terjadi pada kondisi perlakuan kadar air kapasitas lapang dan dibawah kapasitas lapang. Perlakuan cekaman kekeringan pada kondisi dibawah kapasitas lapang dengan hasil yang lebih baik dibandingkan dengan kontrolnya mengindikasikan bahwa inokulan yang diaplikasikan mampu membantu mengatasi cekaman kekeringan yang dialami oleh tanaman jagung. P. putida dan Pseudomonas sp. yang diisolasi dari tanah juga diketahui dapat memacu pertumbuhan tanaman dalam kondisi kering. Bakteri ini memiliki mekanisme untuk mengatasi cekaman kekeringan. Peningkatan produksi IAA untuk memacu pertumbuhan tanaman oleh P. putida di bawah kondisi stres merupakan indikasi resistensi bakteri dan cara mentoleransi kadar air pada kondisi kekeringan (Marulanda et al. 2009). Tanah vertisol yang digunakan pada uji in planta memiliki pH basa. Reaksi tanah juga sangat menentukan tinggi rendahnya produksi fitohormon untuk pemacu pertumbuhan tanaman. Penghasilan IAA di tanah masam lebih rendah daripada di tanah yang pH nya lebih tinggi. Agustian et al. (2010) menyatakan bahwa tingginya pH rizosfer tanaman berpengaruh terhadap lebih tingginya populasi mikroorganisme penghasil fitohormon. Hal ini juga berpengaruh terhadap lebih tingginya kadar fitohormon IAA pada rizosfer yang memiliki pH basa dibandingkan dengan yang masam.
27
Selain itu, EPS yang disekresikan juga berperan untuk mengatasi cekaman kekeringan. Mekanisme kerja EPS dalam membantu tanaman mengatasi kekeringan dapat terjadi awalnya dengan pembentukan mikroagregat tanah. EPS yang dihasilkan bakteri akan membantu merekatkan partiket tanah sehingga membentuk agregat yang akan membantu meningkatkan retensi air. Santi (2011) menambahkan dalam hal agregasi tanah, khususnya untuk tanah tekstur berpasir, gugus fungsional yang bersifat polar (hidrofilik) berperan penting untuk proses pembentukan mikroagregat. Pembentukan mikroagregat dapat mengoptimalkan jumlah air yang tersedia bagi tanaman. Sebelumnya Sandhya et al. (2009) juga melaporkan bahwa P. putida strain GAP-P45 dengan EPS yang dihasilkannya dapat membantu mengatasi cekaman kekeringan yang dialami tanaman bunga matahari. Oleh karena itu, penggunaan PGPR toleran kekeringan hasil penelitian ini sebagai pemacu pertumbuhan diharapkan mampu untuk meningkatkan pertumbuhan dan produktivitas tanaman pada kondisi cekaman kekeringan.
4 SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Penapisan rizobakteria pemacu tumbuh dan toleran kekeringan dari 47 isolat Bacillus dan 34 Pseudomonas mendapatkan masing-masing tujuh dan enam isolat potensial. Isolat terbaik dibuat formulasi dengan bahan pembawa gambut menghasilkan formula dengan kode F1, F2, F3, F4, CR 90 dan CRB 19. Uji in planta pada tanaman jagung di rumah kaca menunjukkan bahwa formula CRB 19 dan F3 adalah formula terbaik yang cenderung dapat meningkatkan beberapa parameter pertumbuhan tanaman dibandingkan dengan formula rizobakteria yang lain.
Saran Berdasarkan hasi penelitian, didapatkan dua formula rizobakteria potensial yang dapat memacu pertumbuhan fase vegetatif tanaman jagung dengan kondisi cekaman kekeringan pada skala rumah kaca Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian lanjutan aplikasi rizobakteria potensial dalam penelitian ini pada skala lapang sampai pada fase generatif agar dapat diketahui efektifitas inokulan rizobakteria dalam meningkatkan produktivitas tanaman jagung di lahan kering.
28
DAFTAR PUSTAKA Agustian, Nuriyani, Maira L, Emalinda O. 2010. Rhizobakteria penghasil fitohormon IAA pada rhizosfir tumbuhan semak karamunting, titonia dan tanaman pangan. J Solum 7:49-60. Alikhani HA, Mohamadi L. 2010. Assesing tolerance of rhizobial lentil symbiosis isolates to salinity and drought in dry land farming condition.19th World Congress of Soil Science, Soil Solutions for Changing World. Australia, 1-6 August 2010. [BBPPSLP] Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Sumberdaya Lahan Pertanian. 2008. Pemanfaatan biota tanah untuk keberlanjutan produktivitas pertanian lahan kering masam. P Inov Pertanian 1:157-163. Bhakthavatchalu S, Shivakumar S, Sullia SB. 2013. Characterization of multiple plant growth promotion traits of Pseudomonas aeruginosa FP6, a potential stress tolerant biocontrol agent. Annals Biol Res 4:214-223. Dey, Pal KK, Bhatt DM, Chauhan SM. 2004. Growth promotion and yield enhancement of peanut (Arachis hypogaea L.) by application of plant growth promoting rhizobacteria. Microbiol Res 159:371-394. Donot, Fontana, Baccoua, Schorr-Galindo. 2011. Microbial exopolysaccharides : main examples of synthesis, excretion, genetics and extraction Rev Carbohydrate Polym 87:951–962. Dubois M, Gilles KA, Hamilton JK, Rebers PA, Smith F. 1956. Colorimetric methods for determination of sugars of related substances. Anal Chem 28:350–356. Dwijoseputro D. 1992. Pengantar fisiologi tumbuhan. Jakarta : Gramedia Pustaka Utama. El-Tayeb TS, Khodair TA. 2007. Production and purification of a bioemulsifier and flocculating agent produced by Pseudomonas sp. UBF 2. Appl Sci Res. 3:1564-1570. Girish N, Umesha S. 2005. Effect of plant growth promoting rhizobacteria on bacterial canker of tomato. Arch Phytopatology Plant Protect 38:235-243. Husen E, Wahyudi AT, Suwanto A, Giyanto. 2011. Growth enhancement and disease reduction of soybean by 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase-producing Pseudomonas. Am J Appl Sci 8:1073-1080. Ivanov V, Chu J. 2008. Applications of microorganism to geotechnical engineering for bioclogging and biocementation of soil in situ. Rev Environ Sci Biotechnol 1-15. Kaci Y, Heyraud A, Barakat M, Heulin T. 2005. Isolation and identification of an EPS-producing Rhizobium strain from arid soil (Algeria) : characterization of its EPS and the effect of inoculation on wheat rhizosphere soil structure. Res Microbiol 156:522-531. Leveau JHJ, Lindow SE. 2005. Utilization of the plant hormone indole-3-acetic acid for growth by Pseudomonas putida strain 1290. Appl Environ Microbiol 71:2365-2371. Marchesi JR, Sato T, Weightman AJ, Martin TA, Fry JC, et al. 1998. Design and evaluation of useful bacterium specific PCR primers that amplify genes coding for bacterial 16S-rRNA. Appl Environ Microbiol 64:795-799.
29
Marulanda A, Barea JM, Azcon R. 2009. Stimulating of plant growth and drought tolerance by native microorganism (AM Fungi and Bacteria) from dry environment : mechanism related to bacterial effectiveness. J Plant Regul 28:115-124. Michel BE, Kauffman MR. 1973. The osmotic potential of polyethylene glycol 6000. Plant Physiol 51:914-916. Mulyani A, Ritung S, Las I. 2011. Potensi dan ketersediaan sumber daya lahan untuk mendukung ketahanan pangan. J Litbang Pertanian 30:73-80. Nursyamsi, D., Suprihati. 2005. Sifat-Sifat Kimia dan Mineralogi Tanah serta Kaitannya dengan Kebutuhan Pupuk untuk Padi (Oryza sativa), Jagung (Zea mays), dan Kedelai (Glycine max). Bul. Agron 33:40-47. Ozturk S, Aslim B. 2010. Modification of exopolysaccharide composition and production by three cyanobacterial isolates under salt stress. Environ Sci Pollut Res 17:595-602. Patten CL, Glick BR. 2002. Role of Pseudomonas putida indoleacetic acid in development of the host plant root system. Appl Environ Microbiol 68:3795-3801. Purwanto, Agustono T. 2010. Kajian fisiologi tanaman kedelai pada kondisi cekaman kekeringan dan berbagai kepadatan gulma teki. Agrosains 12:24-28. Radita R. 2012. Rhizobakteria Pseudomonas sp. pemacu tumbuh toleran kekeringan pada tanaman jagung [skripsi]. Bogor : Institut Pertanian Bogor. Roberson EB, Firestone M. 1992. Relationship between desiccation and exopolysaccharide production in a soil Pseudomonas sp. Appl Environ Microbiol 58:1284-1291 Sabarrudin, L., R. Hasid, Muhidin, A. A. Anas. 2011. Pertumbuhan, Produksi dan Efisiensi Pemanfaatan Lahan dalam Sistem Tumpangsari Jagung dan Kacang Hijau dengan Interval Penyiraman Berbeda. J. Agron. Indones 39:153-159. Saile E, McGarvey JA, Schell MA, Denny TP. 1997. Role of extracellular polysaccharide and endoglucanase in root invasion and colonization of tomato plants by Rastonia solanaceanum. Phytopathology 87:1264-1271. Sandhya, Ali SKZ, Minakshi G, Gopal R, Venkateswarlu. 2009. Alleviation of drought stress effects in sunflower seedlings by the exopolysaccharides producing Pseudomonas putida strain GAP-P45. Biol Fertil Soils 46:17–26. Santi LP. 2011. Peran bakteri penghasil eksopolisakarida dalam agregasi tanah tekstur berpasir [disertasi]. Bogor : Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Somasegaran P, Hoben HJ. 1985. Methods in Legume-Rhizobium Technology. Hawaii : Department of Agronomy and Soil Science, University of Hawaii. Somasegaran P, Hoben HJ. 1994. Hand Book for Rhizobia. New York : Spinger Verlag.
30
Wahyudi AT, Astuti RP, Widyawati A, Meryandini A, Nawangsih AA. 2011a. Characterization of Bacillus sp. strains isolated from rhizosphere of soybean plants for their use as potential plant growth for promoting rhizobacteria. J Microbiol Antimicrob 3:34-40. Wahyudi AT, Astuti RI, Giyanto. 2011b. Screening of Pseudomonas sp. isolated from rhizosphere of soybean plant as plant growth promoter and biocontrol agent. Am J Appl Sci 6:134-141. Wibowo ST. 2008. Kandungan hormon IAA, serapan hara, dan pertumbuhan beberapa tanaman budidaya sebagai respon terhadap aplikasi pupuk biologi [tesis]. Bogor : Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
31
Lampiran 1 Karakteristik Benih Jagung Hibrida Pertiwi 3
Nama Produk Izin Produsen Alamat
: : : :
Benih Jagung Hibrida Pertiwi 3 SK Mentan No. 610/kpts/SR. 120/2/2009 PT. Agri Makmur Pertiwi Jalan Raya Pare-Kediri Desa Sambirejo Pare Kediri Jawa Timur Telp. (031) 7322099 Fax (031) 7320369 Po.Box 1686 Surabaya 60016 www.agripertiwi.co.id Jagung Hibrida Pertiwi-3 1 kg JHP 3.0211.01.08.2010. 094 12.0 % 98.0% 2.0% 90.0% 1 tahun
Email : Jenis Tanaman : Varietas : Berat Bersih : No. Sertifikat : No. Kelompok : Kadar Air (max) : Benih Murni (min) : Kotoran Benih : Daya Tumbuh (min) : Masa Simpan Benih : Tata Cara Penanaman : 1. Olah tanah yang akan ditanami dengan sebaik mungkin. 2. Jarak tanam dianjurkan 75 cm x 20 cm dengan 1 tanaman per polybag atau 75 x 40 cm dengan 2 tanaman per lubang. 3. Tanam benih jagung ke dalam lubang tunggal dan tutup dengan tanah yang gembur. 4. Berilah pupuk majemuk dengan dosis 300 kg/ ha atau dengan campuran urea 150 kg, SP-36 125 kg, dan KCl 75 kg setiap hektarnya. 5. Letakkan puuk kira-kira ± 5 cm di samping lubang tugal. 6. Berikan pengairan secukupnya.
32
Tanaman umur 25-30 hari 1. Lakukan pemupukan susulan pertama dengan urea dosis 150 kg ha-1. 2. Letakkan kira-kira ± 10 cm di samping tanaman dan tutup dengan tanah. 3. Lakukan penyiangan dan pembumbunan. Berikan pengairan secukupnya. 4. Bila timbul gejala serangan hama atau penyakit semprotlah dengan menggunakan pestisida menurut anjuran PPL. Tanaman umur 40-45 hari 1. Lakukan pemupukan susulan kedua dengan urea dosis 150 kg ha-1. 2. Letakkan kira-kira ± 15 cm di samping tanaman dan tutup dengan tanah. 3. Lakukan penyiangan dan pembumbunan hingga akar semu tertutup oleh tanah. 4. Berikan pengairan lebih banyak pada saat proses pembungaan dan pengisian biji. Pemanenan 1. Benih Jagung Hibrida Pertiwi 3 dapat dipanen ± 95 hari setelah tanam atau setelah tongkol masak. 2. Ciri-ciri kelobot masak adalah kelobot kering dan berwarna kuning, biji mengkilap, kering keras dan tidak membekas jika ditekan dengan kuku.
33
Lampiran 2 Pengukuran Kurva Standar Glukosa dan Sampel EPS
Gambar 2.1 Grafik kurva standar glukosa (λ 490 nm)
Tabel 2.1 Pengukuran absorban EPS isolat Bacillus pada tekanan osmotik 0 MPa, -0.73 MPa dan -1 MPa Kode Isolat CR 33 CR 39 CR 83 CR 67 CR 90 CR 36 CR 46
0 MPa 0.105 0.090 0.264 0.520 0.928 0.533 0.736
Absorban -0.73 MPa -1 MPa 0.503 0.738 0.487 0.732 0.881 0.833 0.918 0.858 0.955 0.867 0.471 0.654 0.508 0.827
Tabel 2.2 Pengukuran absorban EPS isolat Pseudomonas pada tekanan osmotik 0 MPa, -0.73 MPa, -1 MPa,-1.5 MPa, -2 MPa dan -2.5 MPa Kode Isolat CRB 98 CRB 23 CRB 10 CRB 47 CRB 4 CRB 19
0 MPa 1.152 0.511 0.717 0.561 0.925 0.809
-0.73 MPa 0.573 1.467 0.900 1.696 1.001 1.725
Absorban -1 -1.5 MPa MPa 0.729 0.949 0.656 0.920 0.822 1.005 0.614 0.919 0.513 0.910 1.729 1.321
-2 MPa 2.654 1.959 2.725 1.626 1.185 3.011
-2.5 MPa 0.431 0.405 0.435 0.338 0.467 0.476
34
Lampiran 3 Pelarutan fosfat Bacillus dan Pseudomonas pada media Pikovskaya Kode Isolat Pelarutan Fosfat Indeks Pelarutan Fosfat 0.29 CR 33 + 0.39 CR 36 + 0.43 CR 39 + 0.28 CR 46 + 0.00 CR 67 0.18 CR 83 + 0.00 CR 90 0.00 CRB 4 0.67 CRB 10 + 0.29 CRB 19 + 0.46 CRB 23 + 0.39 CRB 47 + 0.40 CRB 98 + Keterangan : (+) pelarut fosfat (-) tidak dapat melarutkan fosfat
35
Lampiran 4 Urutan Nukleotida Sekuen Gen 16S rRNA Isolat Bacillus dan Pseudomonas beserta Hasil BlastN dengan Data GenBank 1.
CR 46 A. Urutan nukleotida gen 16S rRNA
10 ACTTCGGAGT 70 TAACTCAGGG 130 TTAGAGCGGC 190 CAGTAGCTGG 250 ACGGGAGGCA 310 GTGAATGATG 370 CCGGAGAAGA 430 CGTTGCTCGG 490 ATCCCGGGGC 550 GTGTGGAACT 610 AGGCGACACA 670 TAGATACCCT 730 TCGGTGACGC 790 CTCAAAGGAA 850 CGCGCAGAAC 910 TCGGGGACTA 970 TTAAGTCCCG 1030 AATGGGACTG 1090 CTTACAGGGT 1150 TCGTCTCA-G
20 TAGTGG-GGA 80 AAACTTGTGC 140 CCGCGTCTGA 200 TCTGAGAGGA 260 GCAGTGGGGA 320 AAGGTCTTAG 380 AGCCCCGGCT 440 AATTACTGGG 500 TCAACCTCGG 560 CCGAGTGTAG 620 CTGGCTCATT 680 GGTAGTCCAC 740 AGCTAACGCA 800 TTGACGGGGG 860 CTTACCACCT 920 GGACACAGGT 980 CAACGAGCGC 1040 CCGGTGCTAA 1100 GGGCTACACA 1160 TTCGGATTGT
30 CGGGTGAGTA 90 TAATACCGAA 150 TTAGCTAGTT 210 TGATCAGCCA 270 ATCTTGCGCA 330 GATTGTAAAA 390 AACTTCGTGC 450 CGTAAAGGGA 510 AATTGCCTTT 570 AGGTGAAATT 630 ACTGACGCTG 690 GCCGTAAACG 750 TTAAGCAATC 810 CCCGCACAAG 870 TTTGACATGC 930 GCTGCATGGC 990 AACCCTCGCC 1050 GCCGGAGGAA 1110 CGTGCTTCAA 1170 CCTCT--ACA
40 ACACGTGGGA 100 TGTGCCCTTC 160 GGTGAGGTAA 220 CATTGGGACT 280 ATGGGCGAAA 340 TTCTTTCACC 400 CAGCAGCCGC 460 GCGTAGGCGG 520 GATACTGGGT 580 CGTAGATATT 640 AGGCTCGAAA 700 ATGATTGCTA 760 CGCCTGGGGA 820 CGGTGGAGCA 880 CTGGACCGCC 940 TGTCGTCAGC 1000 ATTAGTTGCC 1060 -GGTGGGGAT 1120 TGGCGACTAC 1180 CCCAGGGGGC
50 ACGTGCCTTT 110 GGGGGAAAGA 170 AGGCTCACCA 230 GAGACACGGC 290 GCCTGACGCA 350 GGGGACGATA 410 GGTAATACGA 470 ACATTTAAGT 530 GTCTTGAGTA 590 CGGAAGAACA 650 GCGTGGGGAG 710 GTTGTCGGGA 770 GTACGGTCGC 830 TGTGGTTTAA 890 ACGGAGACGT 950 TCGTGTCGTG 1010 ATCATTTAGT 1070 GACGTCAAGT 1130 AGAGGGTTAA 1190 TTAAATTTGG
60 AGGTTCGGAA 120 TTTATCGCCT 180 AGGCGACGAT 240 CCAAACTCCT 300 GCCATGCCGC 360 ATGACGGTAC 420 AGGGGGCTAG 480 CAGGGGTGAA 540 TGAGAGAGGT 600 CCAGTGGCGA 660 CAAACAGGAT 720 TGCATGCATT 780 AAGATTAAAA 840 TTCGAAGCAA 900 GGCTTTCCCT 960 AGATGTTGGG 1020 TGGGAACTCT 1080 CCTCATGGCC 1140 TCCTTAAAAG 1200 AA
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Bacillus isabeliae strain : CVS-8 16S ribosomal RNA, complete sequence Sequence ID: ref|NR_042619.1| Length: 1523 Number of Matches: 1
Range 1: 215 to 1225 Score
Expect
Identities
Gaps
889 bits(481)
0.0
846/1018(83%)
42/1018(4%)
Strand
Plus/Plus
Query 129 CCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTG 188 |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 215 CCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCG 274
36
Query 189 GTCTGAGAGGATGATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGC 248 |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 275 ACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC 334 Query 249 AGCAGTGGGGAATCTTGCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGCAGCCATGCCGCGTGAATGAT 308 |||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||| | ||||||||| |||| Sbjct 335 AGCAGTAGGGAATCTTCTGCAATGGACGAAAGTCTGACAGAGCAACGCCGCGTGAGTGAT 394 Query 309 GAAGGTCTTAGGATTGTAAAATTCT-TTCACCGGG--G-AC--G-A----T--AAT--GA 353 |||||| || |||| |||||| ||| || ||| | || | | | ||| | Sbjct 395 GAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGG 454 Query 354 CGGTACC----CGG-A---GA--AG-AAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGT 402 ||||||| ||| | | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 455 CGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGT 514 Query 403 AATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGACA 462 |||||| ||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| |||||| | Sbjct 515 AATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCT 574 Query 463 TTTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCCTTTGATACTGGGTGTC 522 |||||||| | |||||| ||| ||||||||| ||| | || || |||||| | | Sbjct 575 TTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGAC 634 Query 523 TTGAGTATGAG-AGAGGTGTGTGGAACTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCG 581 ||||||| || ||||| | |||||| ||| |||||| |||||||| |||||| || | Sbjct 635 TTGAGTA-CAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTG 693 Query 582 GAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACACACTGGCTCATT-ACTGACGCTGAGGCTCGAAAG 640 || |||||||||||||||||||||| | |||| || | |||||||||||||| |||||| Sbjct 694 GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGG-TCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAG 752 Query 641 CGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTGCT-A 699 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 753 CGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAA 812 Query 700 --GTTGTCGGGATGCATGCATTTCGGTGACGCAGCTAACGCATTAAGCAATCCGCCTGGG 757 |||| ||| | | || ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 813 GTGTTGGAGGGTTTC-CGCCCTTCAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGG 871 Query 758 GAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAG 817 |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 872 GAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAG 931 Query 818 CATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCACCTTTTGACATGC-CTGGACC 876 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| | ||| || Sbjct 932 CATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTG-ACA 990 Query 877 GC-CACG-GAGACGTGGCTTTCCCTTCGGGGACTAG-GACACAGGTGCTGCATGGCTGTC 933 | | | || | | | | |||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||| Sbjct 991 ACTCTAGAGATA-GAG-CGTTCCCTTCGGGGAC-AGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTC 1047 Query
934 GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCATTA 993 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| Sbjct 1048 GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTA 1107
Query 994
GTTGCCATCATTTAGTTGGGAACTCTAATGGGACTGCCGGTGCTAAGCCGGAGGAAGGTG 1053 ||||||| |||| ||||||| ||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 1108 GTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTG 1167
Query 1054
GGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACAGGGTGGGCTACACACGTGCTTCAATGG ||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1168 GGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
1111 1225
37
2. CR 67 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 AATGGACGAA 70 GTTCTGTTGT 130 ACGAGAAAGC 190 TGTCCGGATT 250 CCGGGGCTCA 310 GGTATTCCAC 370 GGCTTTCTGG 430 TACCCTGGTA 490 AGTGCCGCAG 550 CAAAGGAATT 610 CGAAGAACCT
20 AGTCTGATGG 80 TAGGGACGAA 140 CACGGCTAAC 200 TATTGGGCGT 260 ACCCCGGTTC 320 GTGTAGCGGT 380 TCTGTAACTG 440 GTCCACGCCG 500 CTAACGCAAT 560 GACGGGGGCC 620 TACCAGGTCT
30 AGCAACGCCG 90 TAAGTACCGT 150 TACGTGCCAG 210 AAAGCGCGCG 270 GCATCGGAAA 330 GAAATGCGTA 390 ACGCTGAGGC 450 TAAACGATGA 510 AAGCACTCCG 570 CGCACAAGCG 630 TGACATCCCG
40 CGTGAACGAT 100 TCGAATAGGG 160 CAGCCGCGGT 220 CAGGCGGCTA 280 CTGTGTAGCT 340 GAGATGTGGA 400 GCGAAAGCGT 460 GTGCTAGGTG 520 CCTGGGGAGT 580 GTGGAGCATG 640 CTGACCGCTC
50 GAAGGTCTTC 110 CGGTACCTTG 170 AATACGTAGG 230 TGTAAGTCTG 290 TGAGTGCAGA 350 GGAACACCAG 410 GGGGAGCAAA 470 TTGGGGGTTT 530 ACGCTCGCAA 590 TGGTTTAATT 650 TGGAGACAGA
60 GGATTGTAAA 120 ACGGTACCTG 180 TGGCAAGCGT 240 GTGTTAAAGC 300 AGAGGAAAGC 360 TGGCGAAGGC 420 CAGGATTAGA 480 CAATACCCTC 540 GAGTGAAACT 600 CGAAGCAACG 660 GCTTCCCTT
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Brevibacillus brevis strain NBRC 15304 16S ribosomal RNA, partial sequence Sequence ID: ref|NR_041524.1| Length: 1461 Number of Matches: 1 Related Information
Range 1: 340 to 998 Score Expect
Identities
Gaps
Strand
1218 bits(659)
659/659(100%)
0/659(0%)
Plus/Plus
0.0
Query 1
AATGGACGAAAGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 340 AATGGACGAAAGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAA
60
Query 61
GTTCTGTTGTTAGGGACGAATAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 400 GTTCTGTTGTTAGGGACGAATAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTG
120
Query 121 ACGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 460 ACGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGT
180
Query 181 TGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGCTATGTAAGTCTGGTGTTAAAGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 520 TGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGCTATGTAAGTCTGGTGTTAAAGC
240
Query 241 CCGGGGCTCAACCCCGGTTCGCATCGGAAACTGTGTAGCTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 580 CCGGGGCTCAACCCCGGTTCGCATCGGAAACTGTGTAGCTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGC
399
459
519
579 300 639
Query 301 GGTATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 640 GGTATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGC
360
Query 361 GGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 700 GGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGA
420
699
759
38
Query 421 TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGTTTCAATACCCTC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 760 TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGTTTCAATACCCTC 819 Query 481 AGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 820 AGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACT 879 Query 541 CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 880 CAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG 939 Query 601 CGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGCTGACCGCTCTGGAGACAGAGCTTCCCTT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 940 CGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGCTGACCGCTCTGGAGACAGAGCTTCCCTT
659 998
3. CR 83 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA parsial 10 ACGGTACCTA 70 TGGCAAGCGT 130 ATGTGAAAGC 190 AAGAGGAAAG 250 GTGGCGAAGG 310 ACAGGATTAG 370 TTCCGCCCTT 430 AGGCTGAAAC 490 TCGAAGCAAC 550 GCTTCTCCTT
20 ACCAGAAAGC 80 TATCCGGAAT 140 CCACGGCTCA 200 TGGAATTCCA 260 CGACTTTCTG 320 ATACCCTGGT 380 TAGTGCTGAA 440 TCAAAGGAAT 500 GCGAAGAACC 560 CGGGAGCAGA
30 CACGGCTAAC 90 TATTGGGCGT 150 ACCGTGGAGG 210 TGTGTAGCGG 270 GTCTGTAACT 330 AGTCCACGCC 390 GTTAACGCAT 450 TGACGGGGGC 510 TTACCAGGTC 570 GTGACA
40 TACGTGCCAG 100 AAAGCGCGCG 160 GTCATTGGAA 220 TGAAATGCGT 280 GACACTGAGG 340 GTAAACGATG 400 TAAGCACTCC 460 CCGCACAAGC 520 TTGACATCCT 580
50 CAGCCGCGGT 110 CAGGTGGTTT 170 ACTGGGAGAC 230 AGAGATATGG 290 CGCGAAAGCG 350 AGTGCTAAGT 410 GCCTGGGGAG 470 GGTGGAGCAT 530 CTGAAAACCC 590
60 AATACGTAGG 120 CTTAAGTCTG 180 TTGAGTGCAG 240 AGGAACACCA 300 TGGGGAGCAA 360 GTTAGAGGGT 420 TACGGCCGCA 480 GTGGTTTAAT 540 TAGAGATAGG 600
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Bacillus cereus ATCC 14579 strain ATCC 14579 16S ribosomal RNA complete sequence Sequence ID: ref|NR_074540.1| Length: 1512 Number of Matches: 1
Related Information Range 1: 491 to 1056
Query
Score
Expect
1046 bits(566)
0.0
1
Sbjct 491 Query
61
Sbjct
551
Query
121
Sbjct
611
Query
181
Sbjct
671
Identities
Gaps
566/566(100%)
0/566(0%)
Strand
Plus/Plus
ACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
60 550
TGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTG 610 ATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAG 670 AAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCA
240 730
39
Query
241
Sbjct
731
Query
301
Sbjct
791
Query
361
Sbjct
851
Query
421
Sbjct
911
Query
481
Sbjct
971
Query
541
Sbjct
GTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAA
300
ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGT
360
TTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA
420
AGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
480
850
910
970
TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGAAAACCCTAGAGATAGG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGAAAACCCTAGAGATAGG 1030
GCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACA |||||||||||||||||||||||||| 1031 GCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACA
566 1056
4. CR 90 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 GGGGAAACGG 70 GCTCGTTTCT 130 TAGCATCCCG 190 ATGATTTGAC 250 CAACTGAATG 310 CTCACGACAC 370 TCTGTCTCCA 430 AATTAAACCA 490 TTGCGAGCGT 550 AAACCCCCAA 610 TTTGCTCCCC 670 CTGGTGTTCC 730 TCTGCACTCA 790 CAGACTTACA 850 CCTACGTATT 910 CAAGGTACCG 970 GAAGACCTTC
790
20 GAAAAACTAG 80 TGCCGGGATC 140 -TTGTACCAA 200 GTCATCCCCG 260 CTGGCAACTA 320 GAGCTGACGA 380 GAGCGGTCAG 440 CATGCTCCAC 500 ACTCCCCAGG 560 CACCTAGCAC 620 ACGCTTTCGC 680 TCCACATCTC 740 AGCTACACAG 800 TAGCCGCCTG 860 ACCGCGGCTG 920 CCCTATTCGA 980 ATCGTTCACG
30 ATCTCTTCCA 90 TGA------150 CCATTGTAGC 210 CCTTCCTCCG 270 AAGATAAGGG 330 CAACCATGCA 390 CGGGATGTCA 450 CGCTTGTGCG 510 CGGAGTGCTT 570 TCATCGTTTA 630 GCCTCAGCGT 690 TACGCATTTC 750 TTTCCGATGC 810 CGCGCGCTTT 870 CTGGCACGTA 930 ACGGTACTTA 990 CGGCGTTGCT
40 CCGATGTCGG 100 TGCAGGAGAT 160 ACGTGTGTAG 220 TCTTGTCGAC 280 TTGCGCTCGT 340 CCACCTGTCA 400 AGACCTGGTA 460 GGCCCCCGTC 520 ATTGCGTTAG 580 CGGCGTGGAC 640 CAGTTACAGA 700 ACCGCTACAC 760 GAACCGGGGT 820 ACGCCCAATA 880 GTTAGCCGTG 940 TTCGTCCCTA 1000 CCATCAGACT
50 CTACAGGGCG 110 TGGCGTCATC 170 CCCAGGTCAT 230 GGCAGTCTCT 290 TGCGGGACTT 350 CCGCTGCCCC 410 AGGTTCTTCG 470 AATTCCTTTG 530 CTGCGGCACT 590 TACCAGGGTA 650 CCAGAAAGCC 710 GTGGAATACC 770 TGAGCCCCGG 830 AATCCGGACA 890 GCTTTCTCGT 950 ACAACAGAAC 1010 TTCGTCCATT
60 CTCAGAGGTT 120 CC--GCGAGG 180 AAGGGGCATG 240 CTAGAGTGCC 300 AACCCAACAT 360 GAAGGGAAGC 420 CGTTGCTTCG 480 AGTTTCACTC 540 GAGGGTATTG 600 TCTAATCCTG 660 GCCTTCGCCA 720 GCTTTCCTCT 780 GCTTTAACAC 840 ACGCTTGCCA 900 CAGGTACCGT 960 TTTACAATCC 1020 GTGGAAAATT
40
1030 CCCTACTGCT 1090 ACCCTCTTCA 1150 CCTAGCTAAA 1210 TTTTTTCGGA 1270 TCCCTATGTT 1330 CGTCCGCCGC
1040 GCCTCCCGTA 1100 GGTCGGGCTA 1160 TGCGCCGCAA 1220 TCCATGCGAG 1280 ATCCTCCCAG 1340 AGCTCCGAAA
1050 GGAGTCTGGG 1110 CGCATCCGTC 1170 GGCCCATCTC 1230 ATCCAAAAAC 1290 TCTGAGAGAG 1350 AACCCCC
1060 CCCGTGTCTC 1120 GCCCTTGGTA 1180 CCCAAGTGAA 1240 CCCTATCCGG 1300 GCAGAGGTTG 1360
1070 AGTCCCAGTG 1130 AGGGCCGTTA 1190 TAGCCGAAAG 1250 GGGTATTAGC 1310 CCTAACACGT 1370
1080 TGGGCCGGTC 1140 CCCCCACCAA 1200 CCATCTTTTC 1260 ATAAGTTTTT 1320 GTTACTCACC 1380
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Brevibacillus brevis strain bB33 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
Sequence ID: gb|JF772474.1| Length: 1475 Number of Matches: 1 Range 1: 57 to 1260 Score
Expect
Identities
Gaps
Strand
2019 bits(1093) 0.0 1200/1243(97%) 41/1243(3%) Plus/Minus Query 89 GAGATTGGCGTCATCCCGCGAGGTAGCATCCCGTTGTACCAACCATTGTAGCACGTGTGT 148 ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 GAGATTGGCGTCCTCTCGCGAGGTAGCATCCCGTTGTACCAACCATTGTAGCACGTGTGT 1201 Query 149
AGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGTCTTGTCG 208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 AGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGTCTTGTCG 1141
Query
209 ACGGCAGTCTCTCTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAACTAAAGATAAGGGTTGCGCTC 268 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 ACGGCAGTCTCTCTAGAGTGCCCAACTGAATGCTGGCAACTAAAGATAAGGGTTGCGCTC 1081
Query 269
GTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGT 328 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 GTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGT 1021 CACCGCTGCCCCGAAGGGAAGCTCTGTCTCCAGAGCGGTCAGCGGGATGTCAAGACCTGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CACCGCTGCCCCGAAGGGAAGCTCTGTCTCCAGAGCGGTCAGCGGGATGTCAAGACCTGG
388
Query 389
TAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCG
448
TCAATTCCTTTGAGTTTCACTCTTGCGAGCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTATTGCGTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCAATTCCTTTGAGTTTCACTCTTGCGAGCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTATTGCGTT
508
AGCTGCGGCACTGAGGGTATTGAAACCCCCAACACCTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGCTGCGGCACTGAGGGTATTGAAACCCCCAACACCTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGG
568
ACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTACA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTACA
628
GACCAGAAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GACCAGAAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTAC
688
ACGTGGAATACCGCTTTCCTCTTCTGCACTCAAGCTACACAGTTTCCGATGCGAACCGGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACGTGGAATACCGCTTTCCTCTTCTGCACTCAAGCTACACAGTTTCCGATGCGAACCGGG
748
Query 329
Sbjct 960 Query 449 Sbjct 900 Query 509 Sbjct 840 Query 569 Sbjct 780 Query 629 Sbjct 720 Query 689 Sbjct 660
961
901
841
781
721
661
601
41
Query 749 Sbjct 600 Query 809 Sbjct 540 Query 869 Sbjct 480 Query 929 Sbjct 420 Query 989 Sbjct 360
GTTGAGCCCCGGGCTTTAACACCAGACTTACATAGCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTTGAGCCCCGGGCTTTAACACCAGACTTACATAGCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAA TAAATCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAATCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCG
808 541 868 481
TGGCTTTCTCGTCAGGTACCGTCAAGGTACCGCCCTATTCGAACGGTACTTATTCGTCCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGGCTTTCTCGTCAGGTACCGTCAAGGTACCGCCCTATTCGAACGGTACTTATTCGTCCC
928
TAACAACAGAACTTTACAATCCGAAGACCTTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCATCAGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAACAACAGAACTTTACAATCCGAAGACCTTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCATCAGA
988
421
361
CTTTCGTCCATTGTGGAAAATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCCGTGTC 1048 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| CTTTCGTCCATTGTGGAAAATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCC-GTGTC 302
Query 1049 TCAGTCCCAGTGTGGGCCGGTCACCCTCTTCAGGTCGGGCTACGCATCCGTCGCCCTTGG 1108 ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||| Sbjct 301 TCAGTCCCAGTGTGG-CCGGTCACCCTCT-CAGGTCGG-CTACGCATC-GTCGCC-TTGG 247 Query 1109 TAAGGGCCGTTACCCCCACCAACCTAGCTAAATGCGCCGCAAGGCCCATCTCCCCAAGTG 1168 || || |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||| Sbjct 246 TA-GG-CCGTTACCCC-ACCAAC-TAGCTAA-TGCGCCGCA-GGCCCATCTCCC-A-GTG 195 Query 1169 AATAGCCGAAAGCCATCTTTTCTTTTTTCGGATCCATGCGAGATCCAAAAACCCCTATCC 1228 | |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||| Sbjct 194 A-TAGCCGAA-GCCATCTTTTCTTTT--CGGATC-ATGCGA--TCCAAAAACC--TATCC 144 Query 1229 GGGGGTATTAGCATAAGTTTTTTCCCTATGTTATCCTCCCAGTCTGAGAGAGGCAGAGGT 1288 || ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| | ||| | | Sbjct 143 GG---TATTAGCATAAGTTT---CCCTATGTTATCC-C--AGTCTGAGAG-G-CAG-G-T 97 Query 1289 TGCCTAACACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGC-AGC-TCCGAA |||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 96 TGCCTA-C--GTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAGCCTCCGAA
1329 57
5. CRB 10 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 CAAGGGAGTC 70 GTGGGATTTA 130 TAGTTCCTTG 190 ACTTACAGAT 250 GTGGCTTTC310 CCCTAACA-370 GTCAGACTTT 430 GTGTCTCAGT 490 TGAGCCGTTA 550 AACCGTCTTT
20 GCCTTTGCTC 80 ACCTGCCTGT 140 AACGCTCGCA 200 GGAACGCACC 260 TGGTTAGGTA 320 -ACAGAGCTT 380 CGTCCATTGC 440 CCCAGTGTGG 500 CCTCACCAAC 560 CATCCTTGAA
30 CGGATGTTCC 90 AAGACTGGGA 150 TATGGTTCAA 210 CGCGGCGCAT 270 CCGTCAAGGT 330 TACGATCCGA 390 GGAAGATTCC 450 CCGATCACCC 510 TAGCTAATGC 570 CCATGCGGTT
40 TCCACAGCGG 100 TAACTCCGGG 160 GGAAAACCGT 220 TAGCTAGTTG 280 GCAAGCAGTT 340 AAACCTTCAT 400 CTACTGCTGC 460 TCTCAGGTCG 520 GCCGCGGGTC 580 CAAGGAACTA
50 CGGACGGGTG 110 AAACCGGAGC 170 GAAAGACGGT 230 GTGAGGTAAC 290 ACTCTTGCAC 350 CACTCACGCG 410 CTCCCGTAGG 470 GCTACGCATC 530 CATCTGTAAG 590 TCCGGTATTA
60 ACCGTAACAC 120 TAATACCGGA 180 TTCGGCTGTC 240 GGCTCTAGCC 300 TTGTTCTT-360 GCGTTGCTCC 420 AGTCTGGGCC 480 GTCGCCTTGG 540 TGACAGCCGA 600 GCTCCGGTTT
42
610 620 630 640 650 660 CCCGGAGTTA TCCCAGTCTT A--CAGGCAG GTTACCCACG TGTTACTCAC CCGTCCGCCG 670 680 690 700 710 720 CTAACATCCG GAGCAAGCTC CCCGGTG
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Pseudomonas aeruginosa strain L1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|JX292018.1| Length: 1443 Range 1: 24 to 463 Score
Expect
Number of Matches: 2
Identities
Gaps
Strand
784 bits(424) 0.0 435/440(99%) 1/440(0%) Plus/Minus Query 236 TAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCAAGCAGTTACTCTTGCACTTGTTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 463 TAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCGAGCAGTTACTCTCGCACTTGTTC
295
Query
355
Sbjct
TTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 403 TTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCG
Query
356
415
Sbjct
TCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 343 TCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCG
Query
416
475
296
404
344
284
Sbjct
TGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 283 TGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGT
224
Query
476
535
Sbjct
GAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGACAGCCGAA ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 223 GAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGACAGCCGAA
164
Query
536
595
Sbjct
ACCGTCTTTCATCCTTGAACCATGCGGTTCAAGGAACTATCCGGTATTAGCTCCGGTTTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 163 ACCGTCTTTCATCCTTGAACCATGCGGTTCAAGGAACTATCCGGTATTAGCTCCGGTTTC
Query
596
655
Sbjct
CCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 103 CCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTA
Query
656
Sbjct
43
ACATCCGG-AGCAAGCTCCC |||||||| ||||||||||| ACATCCGGGAGCAAGCTCCC
674 24
6. CRB 19 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 TTTAGGTTCG 70 AGATTTATCG 130 CCAAGGCGAC 190 GGCCCAAACT 250 GCAGCCATGC 310 ATAATGACGG 370 CGAAGGGGGC 430 AGTCAGGGGT 490 GTATGAGAGA
20 GAATAACTCA 80 CCTTTAGAGC 140 GATCAGTAGC 200 CCTACGGGAG 260 CGCGTGAATG 320 TACCCGGAGA 380 TAGCGTTGCT 440 GAAATCCCGG 500 GGTGTGTGGA
30 GGGAAACTTG 90 GGCCCGCGTC 150 TGGTCTGAGA 210 GCAGCAGTGG 270 ATGAAGGTCT 330 AGAAGCCCCG 390 CGGAATTACT 450 GGCTCAACCT 510 ACTCCGAGTG
40 TGCTAATACC 100 TGATTAGCTA 160 GGATGATCAG 220 GGAATCTTGC 280 TAGGATTGTA 340 GCTAACTTCG 400 GGGCGTAAAG 460 CGGAATTGCC 520 TAGAGGTGAA
50 GAATGTGCCC 110 GTTGGTGAGG 170 CCACATTGGG 230 GCAATGGGCG 290 AAATTCTTTC 350 TGCCAGCAGC 410 GGAGCGTAGG 470 TTTGATACTG 530 ATTCGTAGAT
60 TTCGGGGGAA 120 TAAAGGCTCA 180 ACTGAGACAC 240 AAAGCCTGAC 300 ACCGGGGACG 360 CGCGGTAATA 420 CGGACATTTA 480 GGTGTCTTGA 540 ATTCGGAAGA
104
44
43
550 ACACCAGTGG 610 GAGCAAACAG 670 GGATGCATGC 730 CGCAAGATTA 790 TAATTCGAAG 850 CGTGGCTTTC 910 GTGAGATGTT 970 A-GTTGGGAA 1030 ACGTC-AAGT 1090 -CGA
560 CGAAGGCGAC 620 GATTAGATAC 680 ATTTCGGTGA 740 AAACTCAAAG 800 CAACGCGCAG 860 CCTTCGGGGA 920 GGGTTAAGTC 980 CTCTAATGGG 1040 CCCC-ATGG1100
570 ACACTGGCTC 630 CCTGGTAGTC 690 CGCAGCTAAC 750 GAATTGACGG 810 AACCTTACCA 870 CTAGGACACA 930 CCGCACCGAG 990 -ACTGCC-GG 1050 -CCTTTACAG 1110
580 ATTACTGACG 640 CACGCCGTAA 700 GCATTAAGCA 760 GGGCCCGCAC 820 CCTTTTGACA 880 GGTGCTGCAT 940 CGCAACCCTC 1000 TGCTAA-GCC 1060 GGG--GGGCT 1120
590 CTGAGGCTCG 650 ACGATGATTG 710 ATCCGCCTGG 770 AAGCGGTGGA 830 TGCCTGGACC 890 GGCTGTCGTC 950 GCCATTAGTT 1010 GGAAGAA-GG 1070 ACACAC-GTG 1130
600 AAAGCGTGGG 660 CTAGTTGTCG 720 GGAGTACGGT 780 GCATGTGGTT 840 GCCACGGAGA 900 AGCTCGTGTC 960 GCCATCATTT 1020 TGGGGA--TG 1080 -CTACAATGG 1140
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Pseudomonas aeruginosa strain B2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|JQ900536.1| Length: 1391 Number of Matches: 1 Range 1: 88 to 1147 Score
1423 bits(770) Query
9
Sbjct
88
Query
69
Sbjct
148
Query
129
Sbjct
208
Query
189
Sbjct
268
Query
249
Sbjct
328
Query
309
Sbjct
388
Query
369
Sbjct
448
Query
429
Sbjct
508
Query
489
Sbjct
568
Expect
0.0
Identities
966/1062(91%)
Gaps
Strand
7/1062(0%)
Plus/Plus
CGGAATAACTCAGGGAAACTTGTGCTAATACCGAATGTGCCCTTCGGGGGAAAGATTTAT 68 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| CGGAATAACTCAGGGAAACTTGTGCTAATACCGTATGTGCCCTTCGGGGGAAAGATTTAT 147 CGCCTTTAGAGCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCG 128 || | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CGGCAAAGGATCGGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCG 207 ACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAA 188 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGA 267 CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTGCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGCAGCCAT 248 ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||| CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCAT 327 GCCGCGTGAATGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAATTCTTTCACCGGGGACGATAATGAC 308 ||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| GCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCACCGGTGAAGATAATGAC 387 GGTACCCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGG 368 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGTAACCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGG 447 GCTAGCGTTGCTCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGACATTTAAGTCAGGG 428 |||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| GCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGACTTTTAAGTCAGGG 507 GTGAAATCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTGCCTTTGATACTGGGTGTCTTGAGTATGAGA 488 ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | GTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTGATACTGGAAGTCTTGAGTATGGTA 567 GAGGTGTGTGGAACTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAAGAACACCAGT 548 |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| GAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGT 627
44
Query
549
Sbjct
628
Query
609
Sbjct
688
Query
669
Sbjct
748
Query
729
Sbjct
808
Query
789
Sbjct
868
Query
847
Sbjct
927
Query
905
Sbjct
986
Query
965
Sbjct
1046
Query
1024
Sbjct
1106
GGCGAAGGCGACACACTGGCTCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC 608 |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| GGCGAAGGCGGCTCACTGGACCATTACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC 687 AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTGCTAGTTGTCGGGATGCAT 668 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| | | AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTTGGGGAGTTT 747 GCATTTCGGTGACGCAGCTAACGCATTAAGCAATCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGAT 728 | ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ACTCTTCGGTGGCGCAGCTAACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGAT 807 TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA 788 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA 867 AGCAACGCGCAGAACCTTACCACCTTTTGACATGCCTGGAC-CGC-CACGGAGACGTGGC 846 |||||||||||||||||||||| | ||||||| || || | || ||| |||| ||| | AGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATACC-GGTCGCGGACACAGAGATGTGTC 926 TTTCCCTTCGG--GGACTAGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA 904 |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTTCAGTTCGGCTGGACC-GGATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA 985 GATGTTGGGTTAAGTCCCGCACCGAGCGCAACCCTCGCCATTAGTTGCCATCATTTAGTT 964 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCAGCATTTAGTT 1045 GGGAACTCTAATGGGACTGCCGGTGCTAAGCCG-GAAGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC 1023 ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| GGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC 1105 CCCATGGCCTTTACAgggggggCTACACACGTGCTACAATGG | ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| CTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG
1065 1147
7. CRB 23 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 TCCGAACT-G 70 --TTCTGTCC 130 CGTCATCCCC 190 TGCTGGCAAC 250 ACGAGCTGAC 310 CTAGGGTTGT 370 CACATGCTCC 430 GTACTCCCCA 490 AACACTTAGC 550 CCACGCTTTC 610 CCTCCACATC 670 CAAGTTTCCC 730 AAGAAACCGC
20 AGAACAGATT 80 ATTGTAGCAC 140 A-CCTTCCTC 200 TAAGATCAAG 260 GACAACCATG 320 CAGAGGATGT 380 ACCGCTTGTG 440 GGCGGAGTGC 500 ACTCATCGTT 560 GCTCCTCAGC 620 TCTACGCATT 680 AGTTTCCAAT 740 CTGCGAGCCC
30 TGTGGGATTG 90 --GTGTGTAG 150 CGGTTTGTCA 210 GGTTGCGCTC 270 CACCACCTGT 330 CAAGACCTGG 390 CGGGCCCCCG 450 TTAATGCGTT 510 TACGGCGTGG 570 GTCAGTTACA 630 TCACCGCTAC 690 GACCCTCCCC 750 TTTACGCCCA
40 GCTAAACC-T 100 CCCAGGGCAT 160 CCGGCAGTCA 220 GTTGCGGGAC 280 CACTCTGTCC 340 TAAGGTTCTT 400 TCAATTCCTT 460 AGCTGCAGCA 520 ACTACCAGGG 580 GACCAGAGAG 640 ACGTGGAATT 700 GGTTGAGCCG 760 ATAATTCCCG
50 TGCGGTCTCG 110 AAGGGGC-AT 170 CCTTAGAGTG 230 TTAACCCAAC 290 CCGAAGGGAA 350 CGCGTTGCTT 410 TGAGTTTCAG 470 CTAAGGGGCG 530 TATCTAATCC 590 TCGCCTTCGC 650 CCACTCTCCT 710 GGGGCTTTCA 770 GACAACGCTT
60 CAGCCCTTTG 120 GATGATTTGA 180 CCCAACTGAA 240 ATCTCACGAC 300 AGCCCTATCT 360 CGAATTAAAC 420 TCTTGCGACC 480 GAAACCCCCT 540 TGTTCGCTCC 600 CACTGGTGTT 660 CTTCTGCACT 720 CATCAGACTT 780 GCCACCTACG
45
790 800 810 820 830 840 TATTACCGCC GGCTGCTGGC ACGTAANTTA GCCGTGGCTT TCTTGGGTTA GGTACCGTCC 850 860 870 880 890 900 AAAGGTGCAA GCAAGTTACT CTTTGCACTT GTTCCTCCCC TTAACAACAG AGGCCTTTAC 910 920 930 940 950 960 GAATCCGAAA ACCTTCATCA CTCACGCGGC GTTGC
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Pseudomonas fragi strain ATCC 4973 16S ribosomal RNA, partial sequence Sequence ID: ref|NR_024946.1|Length: 1458Number of Matches: 1
Range 1: 490 to 1265 Score
Expect
Identities
Gaps
Strand
752 bits(407) 0.0 657/780(84%) 7/780(0%) Plus/Minus Query 18 TTTGTGGGATTGGCTAAACCTTGCGGTCTCGCAGCCCTTTGTTCTGTCCATTGTAGCACG 77 ||| ||||||| ||| |||| |||| | ||| |||||||| | | ||||||||||||| Sbjct 1265 TTTATGGGATTAGCTCCACCTCGCGGCTTGGCAACCCTTTGTACCGACCATTGTAGCACG 1206 Query
78
137
Sbjct
TGTGTAGCCCAGGGCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTT ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 1205 TGTGTAGCCCAGGCCGTAAGGGCCATGATGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTT
Query
138
195
1146
Sbjct
TGTCACCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCAAC-TGA-ATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGT |||||||||||||| |||||||||||||| | | | |||||| ||||||| ||||||| 1145 TGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATTACGTGCTGGTAACTAAGGACAAGGGT
1086
Query
196
255
Sbjct
TGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCAC |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 1085 TGCGCTCGTTACGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
1026
Query
256
315
Sbjct
CACCTGTCACTCTGTCCCCGAAGGGAAAGCCCTATCTCTAGGGTTGTCAGAGGATGTCAA |||||||| | ||| |||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| 1025 CACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCTATCTCTAGAAAGTTCATTGGATGTCAA
966
Query
316
375
Sbjct
965
GACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGCCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGG
Query
376
435
Sbjct
905
GCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTA |||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||| GCCCCCGTCAATTCATTTGAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCAACTTA
Query
436
495
Sbjct
845
ATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTAC ||||||||||||| ||||||| | | || ||| ||| ||| |||||||||| ATGCGTTAGCTGCGCCACTAAGAGTTCAAGACTCCC-AACGGCTAGTTGACATCGTTTAC
Query
496
555
Sbjct
786
GGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTC ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| GGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGTGTC
Query
556
615
Sbjct
726
AGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCA ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| AGTATCAGTCCAGGTAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTTCCTATATCTACGCATTTCA
Query
616
675
Sbjct
666
CCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTTCCCAGTTTCCAATGAC ||||||||| | ||||||||| ||||| | |||| || || ||||||| ||| CCGCTACACAGGAAATTCCACTACCCTCTACCATACTCTAGCTTGCCAGTTTTGGATGCA
Query
676
734
Sbjct
606
CCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACAT-CAGACTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTT |||| ||||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||| ||| || || ||| GTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATTCA-ACTTAACAAACCACCTACGCGCGCTT
Query
735
Sbjct
547
TACGCCCAATAATTCCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCCGGCTGCTGGCAC |||||||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| TACGCCCAGTAATTCC-GATTAACGCTTGCACCCTCTGTATTACCGC-GGCTGCTGGCAC
906
846
787
727
667
607
548 794 490
46
8. CRB 98 A. Urutan nukleotida gen 16S-rRNA 10 GGGGGGGATA 70 CACGTGGGGT 130 TTAACCGGAT 190 TGTCACTTTA 250 AAGGCAACGA 310 CCCAGACTCC 370 AGCAACGCCG 430 CAAGTGCTAG 490 TACGTGCCAG 550 AAAGCGCGCG 610 GTCATTGGAA 670 TGAAATGCGT 730 GACACTGAGG 790 GTAAACGATG 850 TAAGCACTCC 910 CCGCACAAGC 970 TTGACATCCT 1030 GTGCATGG-T 1090 AACCCTT-GA 1150 TGACAAACC1210 ACCTGGG-CT 1270 GAGG-TGGAG 1330 CAACTCGCCT
20 GGAGCTTGCT 80 TAACCTGCCC 140 AACATTTTTG 200 TGGATGGACC 260 TGCGTAGCCG 320 TACGGGAGGC 380 CGTGAGTGAT 440 TTGAATAAGC 500 CAGCCGCGGT 560 CAGGTGGTTT 620 ACTGGGAGAC 680 AGAGATATGG 740 CGCGAAAGCG 800 AGTGCTAAGT 860 GCCTGGGGAG 920 GGTGGAGCAT 980 CTGACAACCC 1040 TGTCGTCAGC 1100 TCTT-AGTTG 1160 --GGAGGAAG 1220 ACAC-ACGTG 1280 CTAA--TCTC 1340 ACATGAAGCT
30 CTTATTCAGA 90 CATAAGACTC 150 GAACCGCATG 210 CGCGTTCGCA 270 ACCTGAGAGG 330 AGCAGTAGGG 390 GAAGGCTTTC 450 TGGCACCTTG 510 AATACGTAGG 570 CTTAAGTCTG 630 TTGAGTGCAG 690 AGGAACACCA 750 TGGGGAGCAA 810 GTTAGAGGGT 870 TACGGCCGCA 930 GTGGTTTAAT 990 TAGAGATAGG 1050 TCGTGTCGTG 1110 CCATCATT-A 1170 GTGGGGA-TG 1230 -CTACAATGG 1290 ATAAAA--CC 1350 GGAATCGCTA
40 GTTAGCGGCG 100 GGGGATAACT 160 GTTCCGAAAT 220 TTAGCTAGTT 280 GTGATCGGCC 340 AATCTTCCGC 400 GGGTCGTAAA 460 ACGGTACCTA 520 TGGCAAGCGT 580 ATGTGAAAGC 640 AAGAGGAAAG 700 GTGGCGAAGG 760 ACAGGATTAG 820 TTCCGCCCTT 880 AGGCTGAAAC 940 TCGAAGCAAC 1000 GCTTCTCCTT 1060 AGATGTTGGG 1120 AGTTGGGCAC 1180 AC-GTCAAA1240 -ACGGTACAA 1300 GTTCTC--AG 1360 GTAATCGCGG
50 GACGGACCCG 110 CCGGGAAAAC 170 TTAAAAGGGC 230 GGTGAGGTAA 290 ACACTGGGAC 350 AATGGACGAA 410 ACTCTGTTGT 470 ACCAGAAAGC 530 TATCCGGAAT 590 CCACGGCTCA 650 TGGAATTCCA 710 CGACTTTCTG 770 ATACCCTGGT 830 TAGTGCTGAA 890 TCAAAGGAAT 950 GCGAAGAACC 1010 CGGGAGCAGA 1070 TTAAGTCCCG 1130 TCT--AAGGT 1190 TCATCAT--G 1250 AGAG---CTG 1310 TTCGGA---T 1370 ATCAGCATGC
60 GTGAGGTTAA 120 CCGGGGCTAA 180 GGCTTCGGGC 240 CGGCTCACCA 300 TGAGACACGG 360 AGTCTGACGG 420 TAGGGAAGAA 480 CACGGCTAAC 540 TATTGGGCGT 600 ACCGTGGAGG 660 TGTGTAGCGG 720 GTCTGTAACT 780 AGTCCACGCC 840 GTTAACGCAT 900 TGACGGGGGC 960 TTACCAGGTC 1020 GTGACAGGTG 1080 CAACGAGCGC 1140 GACTG-CCGG 1200 CCCCTTAT-G 1260 CAAGACC-GC 1320 TGTAGGCTG1380 CGCCGGGGGC
B. Hasil BlastN sekuen gen 16S rRNA dengan data GenBank Pseudomonas sp. CL3.1 partial 16S rRNA gene, isolate CL3.13 Sequence ID: emb|FM173664.1| Length: 1551 Number of Matches: 1 Range 1: 68 to 1374 Score
Expect
Identities
Gaps
Strand
2233 bits(1209) 0.0 1297/1334(97%) 28/1334(2%) Plus/Plus Query 6 ggA-TAGGAGCTTGCTCTTATTCAGAGTTAGCGGCGGACGGACCCGGTGAGGTTAACACG 64 ||| || ||||||||||||| | | |||||||||||||| | ||||| | ||||||| Sbjct 68 GGATTAAGAGCTTGCTCTTA-TGA-AGTTAGCGGCGGAC-G----GGTGA-G-TAACACG 118
47
Query
65
TGGGGTTAACCTGCCCCATAAGACTCGGGGATAACTCCGGGAAAACCCGGGGCTAATTAA | ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| | | Sbjct 119 T-GGG-TAACCTG-CCCATAAGACT--GGGATAACTCCGGG-AAA-CCGGGGCTAA-T-A
124
Query 125
CCGGATAACATTTTTGGAACCGCATGGTTCCGAAATTTAAAAGGGCGGCTTCGGGCTGTC |||||||| | |||| |||| |||| ||| ||||| || ||| ||||||||| ||||||| Sbjct 170 CCGGATAATA-TTTT-GAACTGCATAGTT-CGAAA-TTGAAA-GGCGGCTTC-GGCTGTC
184
Query 185
ACTTTATGGATGGACCCGCGTTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAAGG || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 224 AC-TTATGGATGGACCCGCG-TCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACC-AAGG
244
Query 245
304
169
223
280
CAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 281 CAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA
340
Query 305
GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCA
364
ACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAG
424
TGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 461 TGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACG
484
Query 485
TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAG
544
CGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 581 CGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCA
604
Query 605
664
Sbjct 341 Query 365 Sbjct 401 Query 425
Sbjct 521 Query 545
400
460
520
580
640
TTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 641 TTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAA
700
Query 665
724
ATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 701 ATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACA
760
Query 725
CTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 761 CTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAA
784
Query 785
ACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 821 ACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAG
844
Query 845
904
Sbjct 881 Query 905 Sbjct 941 Query 965
CACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC
820
880
940
ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA 964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA 1000
CATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGC 1024 |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1001 CATCCTCTGAAAACTCTAGAGATAGAGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGC 1060
48
Query 1025 ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC 1084 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1061 ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC 1120 Query 1085 TTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGG 1144 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1121 TTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGG 1180 Query 1145 AGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCT 1204 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1181 AGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCT 1240 Query 1205 ACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTT 1264 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1241 ACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTT 1300 Query 1265 CTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCG 1324 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1301 CTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCG 1360 Query 1325 GATCAGCATGCCGC 1338 |||||||||||||| Sbjct 1361 GATCAGCATGCCGC 137
49
Lampiran 5 Formulasi Campuran CR dan CRB Hasil Uji Antagonisme Formulasi campuran yang dapat dibuat dari hasil uji antagonisme sebanyak 30 formulasi, yaitu : 1 CR 33 + CRB 23 2 CR 33 + CRB 10 3 CR 33 + CRB 47 4 CR 33 + CRB 4 5 CR 33 + CRB 19 6 CR 39 + CRB 10 7 CR 39 + CRB 47 8 CR 39 + CRB 4 9 CR 39 + CRB 19 10 CR 83 + CRB 98 11 CR 83 + CRB 23 12 CR 83 + CRB 10 13 CR 83 + CRB 4 14 CR 67 + CRB 98 15 CR 67 + CRB 23 16 CR 67 + CRB 10 17 CR 67 + CRB 47
18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
CR 67 + CRB 4 CR 67 + CRB 19 CR 90 + CRB 10 CR 90 + CRB 47 CR 90 + CRB 4 CR 90 + CRB 19 CR 36 + CRB 23 CR 46 + CRB 98 CR 46 + CRB 23 CR 46 + CRB 10 CR 46 + CRB 47 CR 46 + CRB 4 CR 46 + CRB 19
50
Lampiran 6. Karakteristik Benih Jagung Manis Laksmi SDS IPB
Nama Produk Produsen Alamat Website Daya Tumbuh Kemurnian Fisik
: Benih Jagung Manis Laksmi SDS IPB : Departemen Agronomi & Holtikultura IPB : i Jalan Meranti Kampus IPB Dramaga Bogor 16680 : http://agrohort.ipb.ac.id : 85% : 95%
51
Lampiran 7. Analisis Tekstur dan Sifat Kimia Tanah Jenis Analisis Tekstur : Liat (%) Debu (%) Pasir (%) pH : H2O KCl Bahan Organik : C (%) N (%) C/N P2O5 (HCl 25%) mg 100 g-1 K2O (HCl 25%) mg 100 g-1 P-Bray-1 (mg kg-1 P) P-Olsen (mg kg-1 P) Kation dapat ditukar-NH4OAc 1 N pH 7: (cmol (+)kg-1 Ca Mg K Na KTK (cmol (+)kg-1 KB (%) Al-dd (cmol (+)kg-1 H-dd (cmol (+)kg-1
Nilai Liat berdebu 42 35 23 7.13 6.16 0.85 0.10 8 154 101 15.98 2.22 20.19 4.56 0.24 0.66 38.12 67.00 0.00 000
52
Lmpiran 8. Perhitungan Kadar Air Tanah Data Fisika BD PD (ditetapkan) RP (ruang pori) Data KA Titik Layu Permanen (KABK-TLP) KABK-TLP (ditetapkan 12%) RPTA-TLP (KA-BK*BD)/RP DATA KA-Kapasitas lapang (KABK-KL) KA-BK-KL RPTA-KL (Ditetapkan 100%)
Contoh 1,2 2.65 0.54717 0.120 0.263
0.456 1.000
DATA Bawah KA-Kapasitas lapang (KABK-1/2KL) KABK-Bawah KL RPTA-Bawah KL (Nilai tengah dari TLP dan KL)
0.288 0.632
Hasil perhitungan KA (lihat Hasil KA) %BA tanah jenuh KL %Berat tanah kering
32.05 67.95
Berat tanah jenuh masing-masing pot (KL) Berat tanah kering (BTK) Berat air (BA) KABK = (BA/BTK) KABK RPTA 63,2% untuk KODE pot KF BA RPTA 63,2% (=KABK*BTK) Berat tanah kering + air akhir (BTK + BA) Berat tanaman (dari Regresi) hari ke..... (diisi) Berat pot final %BA tanah jenuh KL %Berat tanah kering Misal Bila berat tanah jenuh Berat tanah kering Berat air KABK = (BA/BTK) KABK 1/2 KL (Lihat Diketahui RPTA) BA 1/2 KL (=KABK*BTK) Jadi Berat tanah + air akhir
32.05 67.95 4000 g 2718 1282 0.47167 0.288 782.7498 3500.75
4000 2718 1282 0.47167 0.288 782.7498 3500.75 5.00 3505.75
Unit g cm-3 g cm-3
53
Regresi dami jagung : y = 0.0016x2 + 0.0708x – 1.7154 R2 = 0.9741 Keterangan : BD : Berat jenis tanah bulk (g cm-3) PD : Berat jenis partikel tanah (g cm-3) RP : Ruang pori BTK : Berat tanah kering oven (g) BA : Berat air (g) KABK : Kadar air tanah berat kering (%) BDA : Berat jenis air (g cm-3) RPTA : Ruang pori terisi air KA : Kadar air TLP : Titik layu permanen BK : Berat kering KL : Kapasitas lapang
54
ULANGAN MASING-MASING 5 KALI
Lampiran 9. Rancangan Percobaan pada Uji Aplikasi Inokulan di Rumah Kaca
Gambar 8.1 Skema perlakuan untuk uji efektivitas inokulan terhadap pertumbuhan tanaman jagung di rumah kaca Ket : KL DKL
: kapasitas lapang (perlakuan basah) : dibawah kapasitas lapang (perlakuan kering)
Lampiran 10. Hasil Publikasi Penelitian
66
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 7 Mei 1989 sebagai anak pertama dari dua bersaudara. Penulis menyelesaikan pendidikan di SDN Pondok Kopi 04 Pagi Jakarta Timur pada tahun 2001, SMPN Unggulan 252 Pondok Kelapa Jakarta Timur pada 2004, SMAN 11 Jakarta Timur pada 2007 dan Strata satu di Universitas Jenderal Soedirman (UNSOED) pada 2011. Penulis memperoleh gelar Sarjana Sains di Fakultas Biologi Program Studi Biologi, bidang keahlian Mikrobiologi dengan judul skripsi “Potensi Lactobacillus spp. (SB4l dan SS1n) pada Jus Jambu Biji (Psidium guajava) sebagai Functional Food terhadap Populasi Eschericia coli Tikus Putih”. Pada tahun yang sama penulis diterima di Sekolah Pascasarjana IPB melalui program I-MHERE IPB pada program studi Mikrobiologi. Penulis berkesempatan mempresentasikan sebagian hasil penelitian ini pada International Symposium on Indonesian Biodiversity yang diselenggarakan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia (PBI) dengan UNSOED di Purwokerto Jawa Tengah pada 31 Agustus-1 September 2013 dan mempublikasikannya di Journal Microbiology Indonesia Edisi September Vol. 7 No. 3 : 94-104 dengan judul artikel “Screening of Rhizobacteria for Plant Growth Promotion and Their Tolerance to Drought Stress”.
