RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006)

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006)

RIJKSWATERSTAAT RIKZ


Inhoud Inhoud ............................................................................................................................................. 2 1. Inleiding ....................................................................................................................................... 3 2. Informatie voor gebruikers .......................................................................................................... 3 2.1 Niet-hydrostatisch rekenen in TRIWAQ................................................................................ 3 2.2 Horizontaal k-epsilon turbulentiemodel in TRIWAQ ............................................................. 4 2.3 Uniformering van WAQUA en TRIWAQ ............................................................................... 4 2.4 Verbetering SIMONA testbank - fase 1 ................................................................................ 4 2.5 Omzetten technische documentatie naar Latex ................................................................... 5 2.6 Opname van Calibriv in SIMONA ......................................................................................... 5 2.7 Meerdere kleine wijzigingen ................................................................................................. 5 3. Informatie voor programmeurs.................................................................................................... 6 3.1 Uniformering WAQUA/TRIWAQ ........................................................................................... 6 3.2 directory-structuur ................................................................................................................. 6 4. Compatibiliteit.............................................................................................................................. 7 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur ..................................................... 7 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit..................................................................... 9 5. Bekende problemen / restricties................................................................................................ 10 5.1 Algemene restricties ........................................................................................................... 10 5.2 Restricties voor het Linux-platform ..................................................................................... 10 5.3 Restricties voor het Windows XP-platform ......................................................................... 10 5.4 Restricties voor het HP-platform......................................................................................... 11 6. Configuratie ............................................................................................................................... 11 6.1 Platforms............................................................................................................................. 11 6.2 Producten............................................................................................................................ 11 6.3 Bestanden........................................................................................................................... 11 7. Versienummers ......................................................................................................................... 12


1. Inleiding Deze Release notes horen bij de SIMONA update release Simona0612 van december 2006. In dit document worden in het kort de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige update release (Simona0609) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen: • Toevoeging van de mogelijkheid om niet-hydrostatische effecten mee te nemen in TRIWAQ-berekeningen; • Toevoeging van het dieptegemiddelde, horizontale k-epsilon turbulentiemodel in TRIWAQ; • Toevoeging van WAQUA-mogelijkheden in TRIWAQ en vice versa; • Uitbreiding van de batch-functionaliteit van Waqview voor de testbank; • Opname van het programma Calibriv in SIMONA voor calibratie van riviermodellen; • Verschillende bug-fixes en verbeteringen naar aanleiding van service calls. Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen doorgevoerd.

2. Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's, sommige verbeteringen in de documentatie, enz. worden niet apart vermeld.

2.1 Niet-hydrostatisch rekenen in TRIWAQ In het kader van de uniformering van WAQUA/TRIWAQ is de test-versie vanTRIWAQ met niethydrostatische rekenen opgenomen in de moederversie van de programmatuur. Hierdoor is het mogelijk om verticale versnellingscomponenten te laten meenemen in de simulatie ten gevolge van bijvoorbeeld dichtheidseffecten of relatief steile bodemvariaties. Deze functionaliteit kan nog niet in combinatie met domein decompositie en Kalman filtering worden gebruikt. Daarnaast zijn er extra features toegevoegd die ook in gewone (hydrostatische) runs kunnen worden gebruikt: • een alternatieve, impulsbehoudende discretisatie voor de advectieve termen; • een alternatief bodemwrijvingsmodel dat is bedoeld voor niet-hydrostatische berekeningen; • de mogelijkheid om effecten van viscositeit te laten berekenen op basis van de volledige Full Reynolds stress tensor. Dit is vooral van belang op plaatsen waar er lokaal veel turbulentie is, zoals nabij barriers. • een nieuw model voor de bepaling van de verticale viscositeit (breaking waves); • een nieuwe methode voor het geleidelijk aanzetten van de randvoorwaarden (smoothing). Let op: de laatste wijziging heeft effect voor bestaande modellen waarin smoothing wordt gebruikt. Als per se het oude gedrag met betrekking tot smoothing moet worden gereproduceerd dan moet een kleine aanpassing aan de invoer worden gemaakt (switch OLD_SMOOTHING). Tenslotte is een aanpassing gemaakt aan het (verticale) k-epsilon turbulentiemodel. In gewone berekeningen is het niet meer mogelijk om de "RNG" en "extended" varianten hiervan te gebruiken. Deze hebben weinig effect in grootschalige berekeningen, en zijn alleen nog beschikbaar wanneer de niet-hydrostatische optie wordt gebruikt. De nieuwe functionaliteit voor niet-hydrostatisch rekenen is nog enigszins experimenteel en nog niet met alle opties getest. Bijvoorbeeld zijn er verschillende opties voor de gewenste discretisatie beschikbaar waarmee nog niet veel ervaring is opgedaan voor realistische testcases. Daarom wordt aan gebruikers die met niet-hydrostatische berekeningen aan de slag willen gaan gevraagd om problemen/vragen bij het gebruik van niet-hydrostatisch rekenen zo

3

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) spoedig mogelijk te melden bij de servicedesk. Hiermee kan de verdere ontwikkeling van de functionaliteit beter worden gestuurd en kan er extra ondersteun-ing worden geleverd bij het gebruik.

2.2 Horizontaal k-epsilon turbulentiemodel in TRIWAQ Het diepte-gemiddelde (horizontaal) turbulentiemodel dat enkele jaren geleden door WL en RIKZ is ontwikkeld is opgenomen in de moederversie van TRIWAQ. Hiermee kan de ruimtelijke variatie van de horizontale turbulente viscositeit worden gemodelleerd. Dit kan bijvoorbeeld van belang zijn bij de uitwisseling van havens met de hoofdstroom. De nieuwe functionaliteit is vooralsnog alleen beschikbaar in TRIWAQ en kan nog niet in combinatie met domein decompositie en Kalman filtering worden gebruikt. In het kader van deze wijziging zijn er ook enkele kleinere veranderingen doorgevoerd aan het verticale k-epsilon turbulentiemodel. De belangrijkste hiervan is dat de default-waarde van het Prandtl-getal is veranderd van 1.0 in 0.5, waardoor de verticale vermenging wordt verminderd en daardoor betere resultaten (t.o.v. de werkelijkheid) worden verkregen.

2.3 Uniformering van WAQUA en TRIWAQ In de uniformering van WAQUA en TRIWAQ wordt gewerkt aan het samenvoegen van de rekenkernen. Hiervoor zijn al verschillende stappen uitgevoerd, waaronder het uniformeren van de data-structuren van WAQUA en TRIWAQ. In de huidige release zijn verdere wijzigingen aan de data-structuren van WAQUA en TRIWAQ opgenomen. De 2D en 3D arrays van WAQUA en TRIWAQ met betrekking tot bijvoorbeeld verticaal gemiddelde snelheden en snelheden per laag zijn op elkaar afgestemd. In 2D berekeningen (WAQUA of TRIWAQ met 1laag) wordt er via "aliassen" voor gezorgd dat er voor de arrays voor de totale waterkolom en voor iedere laag afzonderlijk dezelfde geheugenruimte wordt gebruikt. Dit zou ervoor moeten zorgen dat performance van WAQUA behouden blijft wanneer de rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ daadwerkelijk worden samengevoegd. In het verlengde van de aanpassingen aan de data-structuren zijn verschillende functies van WAQUA in TRIWAQ beschikbaar gemaakt en andersom, en zijn de routines voor het printen van de report-file samengevoegd. Het is nu mogelijk om: • in TRIWAQ harmonische analyse toe te passen op de (verticaal gemiddelde) snelheid; • in TRIWAQ QH-openingen te gebruiken, ook wanneer kmax>1; • in WAQUA Lagrangiaanse tijdsintegralen te laten berekenen; • in TRIWAQ maximale en minimale waardes gedurende de simulatie te laten bepalen voor de stroomsnelheid, ook wanneer kmax>1.

2.4 Verbetering SIMONA testbank - fase 1 Binnen het beheer en onderhoud wordt gewerkt aan een nieuwe versie van de testbank voor SIMONA. Dit is een relatief groot project dat in meerdere fases is verdeeld. In eerste instantie worden de bestaande testen enigszins aangepast en verbeterd. De belangrijkste onderdelen van fase 1 zijn: • geschikt maken van de scripts voor zowel het MS Windows als het Linux platform; • vastleggen van het test-protocol: welke testen er wanneer en hoe dienen te worden uitgevoerd; • ontwikkelen van extra testen voor de interactieve applicaties zoals Waqview, KalGUI e.d.

4

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) Het rapport over de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud is uitgebreid (zie documentatie voor programmeurs). In dit rapport is een hoofdstuk met betrekking tot het test-protocol toegevoegd. Bij het verbeteren van de testbank zijn er diverse aanpassingen aan Waqview gemaakt die in de huidige release zijn opgenomen. Dit betreft met name de uitbreiding op de batch-functionaliteit. Deze uitbreiding kan gebruikt worden om interactieve handelingen automatisch te reproduceren. In de testbank wordt deze feature gebruikt om automatisch plaatjes te genereren voor verschillende Waqview-testen.

2.5 Omzetten technische documentatie naar Latex De technische documentatie van TRIWAQ is omgezet van een MS Word bestand naar Latex formaat. Omdat het een groot document is en veel formules bevat maakt dit het document veel beter onderhoudbaar. Bovendien is een Latex-document een ASCII-bestand, wat voordelig is voor het versiebeheer (integreren/traceren van verschillende wijzigingen). De huidige versie van de technische documentatie loopt wat achter bij de rekenmethoden in de programmatuur. Ook kunnen er bij de conversie naar Latex onvolkomenheden zijn geïntroduceerd. Gebruikers wordt gevraagd om opvallende punten te melden bij de servicedesk, zodat de documentatie kan worden bijgewerkt

2.6 Opname van Calibriv in SIMONA Het programma calibriv is opgenomen in Simona. Dit is een eenvoudige procedure waarmee de ruwheid in riviermodellen kan worden afgeregeld met betrekking tot een opgegeven set van metingen. Het programma calibriv veronderstelt dat de ruwheid van een traject (rivierkilometer) alleen effect heeft direct bovenstrooms van het traject, en dat de afregeling van verschillende trajecten hierdoor min of meer onafhankelijk van elkaar kan worden gedaan. Het is gebaseerd op een tabel waarin per traject en meetstation diverse gegevens worden bepaald/bijgehouden. Het programma automatiseert handelingen die voorheen handmatig moesten worden gedaan.

2.7 Meerdere kleine wijzigingen • •

• • • • •

In Waqpre is controle op de invoer voor domein decompositie met verticale verfijning (optie -kmax) en afhandeling van fouten hierin verbeterd. In Waqpro zijn een paar kleine aanpassingen m.b.t. het gebruik van MPI voor parallel rekenen gemaakt. Onder andere kan nu het ssh-protocol in plaats van rsh worden gebruikt en wordt er beter omgegaan met de situatie dat MPI al draaide bij aanvang van de run. De user-transport routine is verder aangepast ten behoeve van parallel rekenen. Dit is ook in de documentatie van Waqpro verwerkt. In Coppre en Coppos zijn enkele aanpassingen gemaakt ten behoeve van parallelle berekeningen met Kalman filtering. In die berekeningen bleken bepaalde arrays op meer tijdstippen te worden weggeschreven dan tot nog toe als maximum werd gehanteerd. In de run-procedure van Waqpro is een correctie gemaakt in het verwerken van gegevens voor het maken van animaties (optie Class_limits). Waqview is geschikt gemaakt voor het visualiseren van simulaties waarin proceskoppeling is gebruikt: domein decompositie runs waarin in sommige domeinen wel en in andere domeinen geen zout is gesimuleerd. In Waqview is een correctie gemaakt voor het weergeven van overlaten waarvan de kruinhoogte niet verschilt ten opzichte van het maaiveld.

5

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) •

In Sds2mat zijn twee bugs gerepareerd met betrekking tot het inlezen van resultaten van harmonische analyse en van Kalman gain matrices. • Met betrekking tot Tidegui zijn enkele aanpassingen gemaakt. De goede versie van de documentatie is achterhaald, en het lezen van het siminp-formaat en tijdreeksen is gecorrigeerd. • Er is een verbetering gemaakt in de berekening van de potentiaalfunctie in getdata, waardoor bepaalde foutsituaties beter worden herkend en afgehandeld (waarschuwing in plaats van stop). • Het gegevenswoordenboek voor getdata en Sidonia is uitgebreid met diverse variabelen: arrays m.b.t. overlaten, coördinaten, e.d. • GETDATA is beschikbaar op het HP-platform • Er zijn centrale voorzieningen gemaakt voor rapporten die met Latex worden opgemaakt, en de technische documentatie van TRIWAQ is naar Latex geconverteerd. Verder is de lijst van oudere en nieuwere SIMONA rapporten geactualiseerd en bij de documentatie beschikbaar gemaakt. • In Waqpro is een kleine bug gerepareerd in de afhandeling van barriers in het rekenhart van WAQUA. Tenslotte zijn er nog diverse kleinere bug-fixes en aanpassingen gemaakt.

3. Informatie voor programmeurs In dit hoofdstuk worden de voor de programmeur belangrijkste wijzigingen opgesomd.

3.1 Uniformering WAQUA/TRIWAQ In het kader van het project "Uniformering WAQUA en TRIWAQ" wordt gewerkt aan een grootschalige herstructurering van het rekenprogramma WAQPRO. Dit werk gebeurt in meerdere fases: 1. uitwerken van het plan van aanpak, globaal functioneel en technisch ontwerp; 2. integratie en opname van niet-hydrostatisch rekenen; 3. integratie en opname van horizontaal k-epsilon turbulentiemodel; 4. uniformeren van data-structuren van WAQUA en TRIWAQ; 5. migreren van eenvoudige functionaliteit tussen WAQUA en TRIWAQ; 6. samenvoegen van de daadwerkelijke rekenroutines. Begin december 2006 waren fases 1 tot en met 5 praktisch afgerond en is er een start gemaakt met fase 6. Programmeurs worden erop gewezen dat er binnen het programma Waqpro verschillende arrays voor stroomsnelheden, debieten, de waterstand, bodem, laagposities en laagdiktes zijn toegevoegd en/of aangepast. In principe zijn voor al deze grootheden semi-permanente arrays aangemaakt. Daarnaast zijn er in intgda aparte posities gereserveerd voor de arrays voor de totale waterkolom versus de arrays met 3D informatie per laag. Waar mogelijk worden er hierbij aliassen gebruikt. Zo wordt de waterstand in Waqpro niet langer apart opgeslagen, maar worden alleen de arrays met laagposities daadwerkelijk aangemaakt. In intgda is isep een pointer die wijst naar het array zksp. Evenzo wordt in 2D berekeningen iumean gelijk gesteld aan ofwel iup of iuh. In de rekenroutines moet er daarom op worden gelet dat verschillende arrays eigenlijk over dezelfde geheugenruimte kunnen gaan.

3.2 directory-structuur

6

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) In de eerste helft van 2006 zijn er omvangrijke wijzigingen doorgevoerd aan de manier waarop de SIMONA programmatuur in directories wordt georganiseerd. Deze zijn met name ingegeven door de samenvoeging met KALMINA, waardoor een nieuwe directoryindeling nodig was. Na de update release van september zijn er een paar kleinere wijzigingen in de organisatie doorgevoerd: • de documentatie van de beheeromgeving en werkprocedures is verder aangevuld en uitgebreid. • er is een deelsysteem tools/latex geïntroduceerd waarin generieke informatie voor documenten in Latex is gezet: style-files, bibliografie database. Het gebruik hiervan wordt in het rapport over de beheeromgeving uit de doeken gedaan.

4. Compatibiliteit 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. •

Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Het is niet meer mogelijk om de varianten (RNG, extended) van het (verticale) k-epsilon turbulentiemodel te gebruiken in combinatie met gewone, hydrostatische berekeningen.

•

Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? In simulaties waarin de standaard versie van het (verticale) k-epsilon turbulentiemodel expliciet werd gespecificeerd moet dit worden aangepast. Het keyword TURBULENCE_MODEL - VARIANT is ten behoeve van het horizontaal turbulentiemodel hernoemd naar VERT_VARIANT.

•

Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? In de meeste gevallen moeten er nieuwe keywords worden toegevoegd aan de invoer om de nieuwe functionaliteit te gaan gebruiken. Voor Calibriv is een aparte runprocedure en invoerfile gemaakt.

•

Moet je nieuwe filters aanmaken om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) ? Nee

•

Moet je nieuwe filters aanmaken om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) ? Nee

7

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) •

Is de nieuwe functionaliteit voor alle onderdelen beschikbaar? Het niet-hydrostatische model en het horizontaal k-epsilon model kunnen beiden nog niet in combinatie met domein decompositie of in combinatie met Kalman-filtering worden gebruikt. Calibriv is alleen geschikt voor het afregelen van riviermodellen waarin de k-Nikuradse of roughcombination ruwheidsmethoden worden gebruikt.

•

Zijn er nieuwe Keywords? Bij de introductie van de niet-hydrostatische optie in TRIWAQ zijn de volgende keywords toegevoegd: FLOW - PROBLEM - METHODVARIABLES - CONSERVATIVE_ADVECTION SMOOTHING - OLD_SMOOTHING VISCOSITY - FULL_REYNOLDS SDSOUTPUT - MAPS - HYDRO TURBULENCE_MODEL - EMPIRICAL_CONSTANTS - BREAKING_WAVES FV HYDRODYNAMIC - THETA MAXITER RELACCURINIT RELACCURRHS RELAXATION PREC_FREQUENCY BOX_SCHEME IGNORECREEP TSTART Voor het horizontale turbulentiemodel zijn volgende keywords toegevoegd: onder TRANSPORT - TURBULENCE_TRANS: HOR_ENERGY en HOR_DISSIP onder TRANSPORT - FORCINGS: HOR_ENERGY en HOR_DISSIP onder TURBULENCE_MODEL: - VERT_VARIANT in plaats van VARIANT - HOR_VARIANT voor het horizontaal turbulentiemodel onder TURBULENCE_MODEL - EMPIRICAL_CONSTANTS: parameters voor horizontaal turbulentiemodel

•

Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? Het keyword SMOOTHING verwijst naar de nieuwe smoothing-optie. Als men per se de oude smoothing-optie wil gebruiken kan het keyword OLD_SMOOTHING worden toegevoegd. Het keyword TURBULENCE_MODEL - VARIANT is hernoemd naar VERT_VARIANT. De default-waarde voor het PRANDTL-getal is gewijzigd van 1.0 in 0.5. Verschillende keywords zijn nu zowel in WAQUA als in TRIWAQ toegestaan.

•

Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's? De specifieke grootheden van niet-hydrostatische berekeningen en van het horizontaal k-epsilon model kunnen nog niet met bijv. Waqview worden geïnspecteerd. Ook is IPW nog niet aangepast.

•

Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem?

8


Er zijn diverse waarschuwingen en foutmeldingen toegevoegd. Ook geven de nieuwe berekeningen in TRIWAQ extra uitvoer naar de message-file. Er zijn kleine wijzigingen doorgevoerd aan de layout en inhoud van de report-file waqpror.. In WAQUA-berekeningen worden extra grootheden afgedrukt die eerder alleen in TRIWAQ werden afgedrukt. En in TRIWAQ is de vermelding van het laagnummer verwijderd in het geval dat er slechts 1 laag wordt gebruikt. •

Zijn de resultaten veranderd? Wanneer de invoer niet wordt gewijzigd dan wordt de nieuwe (verbeterde) smoothingoptie gebruikt. Voor het reproduceren van oude resultaten moet het keyword OLD_SMOOTHING worden toegevoegd. Er worden verschillen geïntroduceerd door aanpassing van de default-waarde voor het PRANDTL-getal en door kleinere wijzigingen in het verticaal k-epsilon turbulentiemodel. De randvoorwaarde voor gesloten randen is veranderd. Voorheen werd op het randpunt de waterstand 0 ingevuld. Nu wordt de waarde uit het binnengebied gekopieerd. Dit geeft verschillen in plaatjes wanneer de gesloten randen niet goed gefilterd worden door de gebruikte post-processing programmatuur. Verschillende aanpassingen aan de rekenroutines kunnen leiden tot verschillen in afrondfouten. De time-histories van transportgrootheden zijn iets gewijzigd omdat laagdiktes van een ander tijdstip worden gebruikt. De maximale en minimale snelheden zijn iets gewijzigd in TRIWAQ modellen met 1 laag omdat deze nu deels halverwege in plaats van aan het einde van een tijdstap worden bepaald. In het format van de report-file zijn enkele wijzigingen aangebracht om verschillen tussen WAQUA en TRIWAQ op te heffen.

•

Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? Nee

4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete SIMONA-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: •

De viscositeits-kruistermen. Bij het onderzoeken van de betrouwbaarheid van de parallelle versie van WAQUA in 2001 is geconstateerd dat de viscositeits-kruistermen in WAQUA en TRIWAQ onjuist zijn geïmplementeerd. Deze termen zouden slechts een zeer klein effect op de waterbeweging moeten hebben en dan alleen bij relatief sterk gekromde roosterlijnen. Maar met testmodellen is gedemonstreerd dat er nabij schotjes ook in niet-gekromde roosters een grote extra weerstand voor de stroming wordt geïntroduceerd. In het verlengde hiervan zijn deze termen via de optie VISCOSITY - CROSS_DERIV instelbaar gemaakt. De optie CROSS_DERIV zal met ingang van de major release 2007-01 uit de programmatuur worden verwijderd. Vanaf dat moment zullen de kruistermen volledig uit de programmatuur verwijderd zijn.

•

Blocked time-histories

9

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) Ten behoeve van de performance van Simview is vroeger het converteren van de arrays van time-histories naar zogenoemde "blocked" varianten geïntroduceerd. Hiervoor is het programma Waqbhd geïntroduceerd. Het programma Waqbhd en de extra arrays zijn lastig voor het beheer en onderhoud. Bovendien nemen ze extra ruimte in op de SDS-file. Onduidelijk is in hoeverre de blocked varianten van de time-histories nog worden gebruikt en in hoeverre dat noodzakelijk is. Er wordt overwogen om de blocked time-histories te verwijderen van de SDS-file. Dit zou in de loop van 2007 kunnen worden geïmplementeerd.

5. Bekende problemen / restricties In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de restricties die voor alle platformen gelden, daarna de restricties per platform.

5.1 Algemene restricties - Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR configuratiefile op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable.

5.2 Restricties voor het Linux-platform - IPW wordt niet ondersteund op LINUX.

5.3 Restricties voor het Windows XP-platform - Interactieve programma's zoals rsds.pl, waqpan.pl en sidsview.pl sluiten niet helemaal netjes af. Er moet nog een extra keer op <enter> worden gedrukt nadat het programma eigenlijk beeindigd had moeten worden. - Het redirecten van invoer naar sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed. - Uitvoer 'sluizen' onder WINDOWS Op het WINDOWS-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken. Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van perl voor WINDOWS. - Optie –back werkt niet Op het Windows XP platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via 'start waqpro.pl -runid ....'. Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Unix/Linux - Het gebruik van slashes in GETDATA Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes gebruikt worden zoals dit onder UNIX gebeurt. - Parallel rekenen in WAQAD De optie -nproc van parallel WAQAD (tegelijkertijd op aparte computers berekenen van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt genegeerd.

10

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) - Installatie onder Program Files In het verleden zijn er problemen geweest bij installaties in directories met een spatie. In de huidige versie zijn een aantal verbeteringen doorgevoerd, onder andere door het gebruik van perl-scripts, maar mogelijk is dat sommige programma’s nog steeds niet tegen spaties kunnen.

5.4 Restricties voor het HP-platform - Voor de update (december) worden de HP-binaire bestanden alleen op verzoek geleverd. - IPW wordt niet ondersteund op HP. - In WAQVIEW en WAQRIV kan geen gebruik worden gemaakt van de devices jpg, wmf, bmp en png. - Parallel rekenen en domein decompositie worden niet ondersteund op HP.

6. Configuratie 6.1 Platforms Door SIMONA B&O worden drie platforms ondersteund: • • •

HP9000/700

onder HP-UX 11.xx

LINUX

PC onder WINDOWS 2000 en WINDOWS XP

Precieze vereisten aan de configuratie worden beschreven in de "Installatie-gids SIMONA".

6.2 Producten De standaard SIMONA levering bestaat uit de volgende onderdelen: • SIMONA productieversie (binaire uitlevering voor Linux, Windows en HP), inclusief release-notes en documentatie in pdf; • SIDONIA productieversie (installer voor Linux en Windows), • IPW productieversie (installer voor Windows), • geschikte versies van bepaalde externe systemen; • Release notes

6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de SIMONAomgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie-directory van SIMONA op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - $SIMONADIR/INSTALL.simona - $SIMONADIR/INSTALL.par-xp

- bestand met informatie over de release - bestand met informatie over de installatie van de release - Aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het WINDOWS XP platform

11


- $SIMONADIR/etc - $SIMONADIR/etc/linux/Settings.inc - $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - $SIMONADIR/bin - $SIMONADIR/doc/index.html

- configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - instellingenbestand voor het LINUX -platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 worden ingesteld - instellingenbestand voor het WINDOWS -platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 worden ingesteld - directory met executeerbare programma's, met name perl run-procedures - Html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdfformaat).

7. Versienummers Na de SIMONA major release 2006-01 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message-files, die bij de verschillende programma's behoren): ADCSDS ADCUM ADGLGR ADO2MD ADOBS ADPRKA ADPRO ADRPAR ADRSAV AGETWL ALGTST CALIBRIV CLRSDS CMPBND CMPSER CNVOBS COPPRE COEXEC COPPOS DIFTOSDS DIRTST GETSER HDFSDS IPW KALMAN MODNST OBS2SDS PREP RSDS SDS2MAT SDSDIF SDSEXP SDSHDF SDSTOINC SICORRUPT SIDSVIEW SIERWR SIMPAR SIRECOVR SIREFT

1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 2.02.00 1.12.00 2.02.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.00.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.19.00 1.16.00 1.11.00 1.08.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 3.10.00 2.02.00 1.12.00 2.02.00 1.12.00 2.02.00 2.02.00 1.12.00 1.12.00 1.12.00 1.07.00 1.12.00 3.10.00 3.05.00 1.13.00 3.06.00 3.07.00

12

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006) SLIB3D WAQBHD WAQCLV WAQPAN WAQPRE WAQPRO WAQRIV WAQVIEW WAQWND

1.11.00 1.13.00 1.03.00 8.39.00 9.27.00 9.31.00 8.34.00 3.07.00 9.05.00

13

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0612 (december 2006)

Recommend Documents