Problematika molekulárněmikrobiologické diagnostiky

Pracovní skupina molekulární mikrobiologie - TIDE

Problematika molekulárněmikrobiologické diagnostiky Jaroslav Hrabák

[email protected]

3. Výroční zasedání SLM


Téma jednání 1. Nepodkročitelná minima vybavení molekulárněmikrobiologické laboratoře • Schválení dokumentu

1. Vzdělávání v molekulární mikrobiologii 1. Nové technologie v mikrobiologické laboratoři • MALDI-TOF a jeho perspektivy

3.

Indikační podklady mikrobiologická vyšetření

pro

molekulárně-

• Vypracování dokumentu – doporučení SLM ČLS JEP • Rozdělení jednotlivých oblastí

[email protected]



Co se podařilo od minulého zasedání?

[email protected]



Nepodkročitelná minima pro vybavení molekulárně-mikrobiologické laboratoře • Podklady pro laboratoří (ČIA)

posuzování

mikrobiologických

• Prosinec 2010 – první podoba dokumentu • Rozesláno členům PSMM – TIDE • Únor 2011 – finální verze dokumentu • Personální zabezpečení laboratoře? • Nepodkročitelné meze odbornosti 802 – Lékařská mikrobiologie (804, 805, 822) – „Minimální požadavky na personál laboratoře“ [email protected]



Nepodkročitelná minima pro vybavení molekulárně-mikrobiologické laboratoře Laboratoře dále analyzující PCR produkty (např. elektroforetické vyhodnocení, hybridizační techniky, sekvenace, atp.): Oddělené prostory s možností dekontaminace UV světlem pro: •izolaci nukleových kyselin •přípravu reakcí •práci s amplifikačními produkty Sady pipet pro: •izolaci nukleových kyselin pokud laboratoř nedisponuje automatem •přípravu reakcí •práci s amplifikačními produkty

[email protected]



Nepodkročitelná minima pro vybavení molekulárně-mikrobiologické laboratoře Laboratoře dále analyzující PCR produkty (např. elektroforetické vyhodnocení, hybridizační techniky, sekvenace, atp.): •Termocykler •Centrifuga •Vortex •Termoblok pokud je izolace nukleových kyselin prováděna manuálně •Box s laminárním prouděním •Box pro přípravu reakcí •Lednice + mrazák s monitorovanou teplotou (oddělené prostory pro uskladnění vzorků, reagencií, PCR produktů) •Vybavení pro elektroforézu •Zařízení pro fotodokumentaci gelů (je-li prováděno elektroforetické vyhodnocení PCR reakce)

[email protected]



Nepodkročitelná minima pro vybavení molekulárně-mikrobiologické laboratoře Laboratoře využívající pouze metody PCR v reálném čase (real-time PCR): Oddělené prostory s možností dekontaminace UV světlem pro: • izolaci nukleových kyselin • přípravu reakcí Sady pipet pro: • izolaci nukleových kyselin pokud laboratoř nedisponuje automatem • přípravu reakcí

[email protected]



Nepodkročitelná minima pro vybavení molekulárně-mikrobiologické laboratoře Laboratoře využívající pouze metody PCR v reálném čase (real-time PCR): •Termocykler pro PCR v reálném čase •Centrifuga •Vortex •Termoblok pokud je izolace nukleových kyselin prováděna manuálně •Box s laminárním prouděním •Box pro přípravu reakcí •Lednice + mrazák s monitorovanou teplotou (oddělené prostory pro uskladnění vzorků, reagencie)

[email protected]



Vzdělávání v molekulární mikrobiologii • Nutnost kurzů IPVZ • VŠ odborné pracovníky v mikrobiologii • Střední zdravotnický personál • Vzdělávání v rámci pravidelných seminářů • Praktické kurzy

[email protected]



Nové technologie v mikrobiologické laboratoři MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight)

[email protected]



MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight)

[email protected]



MALDI-TOF Využití a výhody v klinické mikrobiologii • Velmi rychlá identifikace bakterií a hub (10-30 minut) • Možnost rychlé identifikace hemokultivačních lahviček

z

pozitivních

• Možnost korelace s předchozími mikrobiologickými výsledky • Správná a včasná indikace vyšetření citlivosti • Nízká cena a dostupnost jednotlivých vyšetření [email protected]



MALDI-TOF K čemu mů že svádě t? Chybné identifikace •Neznáme korektní definici bakteriálního druhu ! •Pokud je vzorek smě sný nedosáhneme identifikace

správné

Uvádě ní “telefonního seznamu” bakteriálních druhů na laboratorní výsledek

[email protected]



MALDI-TOF Výhled do budoucna… Detekce rů zných molekul (není omezeno na aplikaci v taxonomii) •Detekce toxinů ??? •Detekce mechanizmů rezistence ??? •Molekulárně -epidemiologické analýzy ???

[email protected]



Indikač ní podklady pro molekulárně mikrobiologická vyšetření • Indikace založená na dů kazech • Vhodný výbě r materiálu • Korelace s klinickým stavem pacienta • Interpretovatelnost výsledků

Podpořeno klinickými studiemi • Diagnostika pro výzkumné úč ely • Lze účtovat pojišťovně ? • Jak interpretovat a sdě lovat výsledky? [email protected]



Indikač ní podklady pro molekulárně mikrobiologická vyšetření - příklad PCR vyšetření Toxoplasma gondii

PCR diagnostika T. gondii: • KONGENITÁLNÍ INFEKCE • Encefalitida u pacientů s AIDS • Infekce očí

Murray P. et al., Manual of Clinical Microbiology, 9th edition, 2007 [email protected]



Indikač ní podklady pro molekulárně mikrobiologická vyšetření - příklad PCR vyšetření Toxoplasma gondii KONGENITÁLNÍ INFEKCE

Diagnostika kongenitálních infekcí T. gondii: • Plodová voda • Cca 5% pozitivita u seropozitivních případů • Koreluje s klinickými projevy Můžeme vyšetřovat krev těhotné se stejným výsledkem ??? [email protected]



Indikač ní podklady pro molekulárně mikrobiologická vyšetření Vyšetření ve “výzkumném režimu” • Jak interpretovat výsledky nepodložených studiemi ?

u

vyšetření

• Kdo nese forenzní odpově dnost ? • Jaké výsledky sdě lovat pacientů m ?

[email protected]



Indikač ní podklady pro molekulárně mikrobiologická vyšetření Co by mě l dokument obsahovat? • V jaké klinické situaci indikovat MM vyšetření? Kdy ?

Jaké ?

• Jaký materiál je pro vyšetření vhodný? Co ? • Jak vyšetření interpretovat?

[email protected]


Problematika molekulárněmikrobiologické diagnostiky

Recommend Documents