Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
PENGOLAHAN DATA MENGGUNAKAN PERANGKAT LUNAK GRAPHPAD PRISM GraphPad Prism adalah kombinasi efektif antara biostatistik, pengepasan kurva (regresi nonlinier) dan pembuatan grafik dalam satu program komprehensif.Panduan ini menekankan poinpoin kunci dari setiap program dan akan memandu anda sebagai latihan dasar untuk memulai pekerjaan. Gunakanlah perangkat lunak Prism ini sebagai inspirasi, bukan sebagai metode kaku.Perangkat lunak Prism telah dirancang sedemikian rupa agar lebih mudah dan menarik digunakan.Silahkan eksplorasi sendiri perangkat lunak Prism danberlatihlah. 1. MEMULAI PROYEK BARU (NEW PROJECT) a. Memilih jenis grafik baru dan memerintahkan Prism bagaimana error bars pada grafik akan dihitung. Dari pilihan anda, Prism akan membuat tabel data secara spesifik yang diformat untuk data anda. b. Jenis grafik dan tabel data. Prism menawarkan lima jenis grafik (dan tabel data), yaitu XY graphs, Column graphs, Grouped graphs, Contingency tables, and Survival plots. Setiap jenis grafik memilikiTab sendiri pada Welcome dialog. Pada layar window utama, akan terlihat gambar-gambar kecil dari berbagai jenis grafik untuk setiap kategori. Sebagai contoh, pada gambar di bawah ini, anda melihat pilihan-pilihan yang memungkinkan untuk grafik XY, dimana anda mungkin hanya ingin memplot poin angka saja, poin-poin dengan garis penghubung (connecting line), atau mungkinbentuk batang vertikal dan bukan poin. Pilih Tabjenis grafiknya dan klik pada gambar yang paling mendekati dengan tampilan grafik yang anda inginkan. Di bawah gambar grafik, pilih apakah anda telah menghitung nilai error, atau apakah anda menginginkan Prism yang menghitungkan nilai error bars data anda.
Penting untuk diingat!!! Semua grafik pada setiap kategori menggunakan tabel data yang telah diformat dengan cara yang sama, sehingga akan lebih mudah untuk mengubah tampilan grafik sesuai yang diinginkan dan akan lebih sulit mengubah dari satu jenis tabel data dan grafik ke jenis lainnya, misalnya mengubah dari grafik XY ke grafik bentuk kolom (grouped). Coba praktekkan sendiri!!: a. Buka program Prism dan dari Welcome dialog, klik pada Tab untuk membuat grafik XY Pada latihan ini, gunakan data sampel Prism dan pilih "Exponential - One phase decay."
Penggunaan Graphpad Prism
1
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
2. MEMASUKKAN ATAU MENGIMPOR DATA Berdasarkan pilihan anda pada Welcome dialog, Prism akan membuat tabel data yang telah diformat secara spesifik untuk data anda. Pada langkah sebelumnya, anda memerintahkan Prism membuat tabel untuk grafik XY dengan tiga nilai ulangan. Oleh karena itu, Prism membuat tabel data dengan satu kolom untuk nilai X dan kolom-kolom data yang masingmasing dibagi ke dalam tiga subkolom untuk nilai ulangan anda. Coba praktekkan sendiri! a. Dengan memilih data sampel pada tahap 1, tabel data anda akan terlihat seperti di bawah ini (dengan subkolom untuk data ulangan). Perlu diingat bahwa apabila ada sel yang kosong, Prism mengetahui bagaimana mengatasi poin data hilang. Anda dapat selalu mengklik tombol "Table format" pada bagian sudut kiri atas untuk mengubah jenis tabel atau jumlah subkolom.
b. Perlu diperhatikan bahwa data contoh memiliki floating note yang tertera di bagian permukaan data yang menjelaskan bagaimana data spesifik ini tersusun dan apa yang perlu dianalisis. Anda dapat meminimalkan tampilan “note” tersebut dengan cara mengklik pada bagian sudut kanan atas (Floating notes adalah fitur baru pada Prism 5. Anda dapat menambahkan catatan (notes) anda sendiri pada lembar Prism).
Floating note
c. Anda dapat juga memasukkan data secara langsung ke tabel data, atau mengimpor data dari file Excel atau file text, atau meminday (copy) dan menempelkan (paste) dari lembar kerja Excel (Excel spreadsheet). d. Untuk mengimpor data, klik tombol “import” pada Prism toolbar dan browse ke file yang anda ingin impor. Sebagai bagian dari impor atau proses copy and paste, anda dapat memfilter data, mengubah urutan (transpose) kolom menjadi baris (rows), atau menentukan baris dan kolom mana yang akan diimport dan mana yang dilewatkan. Apabila anda menggunakan Prism for Windows, anda juga dapat memilih apakah mengimpor nilai data saja, atau embed or link ke sumber data orisinil.
Penggunaan Graphpad Prism
2
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
3. PEMBUATAN GRAFIK OTOMATIS Setelah anda memasukkan data, Prism secara otomatis membuatkan grafik menggunakan jenis font bawaan software Prism, ketebalan garis, format error bar, dan skim warna sebagai rangkaian dari bagian Preferensi Prism. Coba praktekkan sendiri!!! a. Klik pada nama grafik dalam pohon Prism Navigator pada bagian kiri Prism Window untuk menuju ke grafik baru. Ingat bahwa tabel data dan grafiknya memiliki nama yang sama ("Exponential decay" apabila anda menggunakan data sampel Step 1) dan keduanya ditunjukkan dalam bentuk cetak tebal (bold) saat dipilih. Ketika anda mengubah nama tabel data, nama grafik dan nama lembar kerja (sheet) yang berkaitan dengan tabel data juga akan berubah menyesuaikan. Catatan: Dalam hal ini,error barsnya adalah error bars standard karena merupakan hasil settingan software. Untuk memplot standar deviasi atau ulangan individu, klik dua kali pada simbol untuk menuju ke Format Graph dialog.
Penggunaan Graphpad Prism
3
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
b. Gunakan perangkat “Zoom” pada bagian sudut kanan bawah untuk mengatur tampilan ukuran grafik anda untuk memudahkan bekerja pada grafik tersebut. Ingat bahwa tombol “Zoom” mengubah tampilan pada layar anda. Dia tidak menngubah ukuran sebenarnya ketika grafik tersebut diprint atau di ekspor. Untuk mengubah ukurn sebenarnya, anda dapat menggunakan tombol “Resize” untuk memperbesar atau memperkecil grafik. 4. MENGANALISIS DATA Prism memfasilitasi anda menggunakan berbagai jenis analisis dan uji statistik, pengepsan kurva, mentransformasi dan menormalkan data anda. Cobalah praktekkan sendiri!! a. Saat menampilkan tabel data atau grafik, klik tombol pada toolbar Prism b. Pilih jenis analisis sesuai kebutuhan data anda. Dalam panduan ini, kita akan memerintahkan Prism untuk mengepaskan kurva ke data kita. Setelah mengklik tombol Analyze, pilih "Nonlinear regression (curve fit)" dari daftar “XY analyses” seperti yang ditunjukkan di bawah ini, dan tekan OK.Berdasarkan settingan bawaan, Prism akan mengaplikasikan analisis tersebut terhadap semua rangkaian data pada data tabel andaseperti yang terlihat pada panelwindow sebelah kanan (dalam hal ini, Control and Treated).anda dapat mengklik “uncheck”rangkaian data apa saja tidak ingin dianalisis. c. Setelah memilih analisis, Prism memperlihatkan Parameters dialog di mana anda memilih rincian analisis tersebut. Parameters dialog untuk regresi nonlinear meliputibanyak pilihan, tetapi anda tidak perlu langsung mempelajarinya. Satu-satunya pilihan yang anda butuhkan untuk memulai pengepasan kurva adalah memilih persamaan (equation). Pada panduan ini, pilih “one-phase exponential decay model” dan tekan tombol OK.
Penggunaan Graphpad Prism
4
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Jika anda kurang yakin tentang persamaan tertentu, klik Learn more about link untuk membaca persamaan sebelum anda memilihnya. c.
Prism akan menempatkan hasil analisis anda pada tabel Analysis Results yang baru. Klik lembar “Table of Results" pada Prism Navigator untuk melihat hasil pengepasan kurva.
d. Klik “Analysis checklist”, satu-satunya tombol pada bagian Interpret di toolbar, untuk membaca tentang pengujian yang anda gunakan dan untuk mempelajari tentang interpretasi hasil analisis data anda.
e. Yang terakhir, klik nama grafik anda pada pohon Navigator untuk melihat kurva baru yang diplot pada grafik anda. Ingat, Prism berkaitan (link) dengan tabel data, grafik, dan analisis, Apabila data anda berubah, maka grafik dan analisis anda akan secara otomatis terbarukan (ter-update). Penggunaan Graphpad Prism
5
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
5. MEMFORMAT GRAFIK ANDA Prism memudahkan anda untuk memformat bagian apa saja dari grafik anda. Klik dua kali pada poin data untuk mengubah ukuran simbol, bentuk atau warna.Klik kanan untuk mengubah simbol itu saja. Gunakan “formatting tools” pada Prism toolbar untuk mengubah warna latar atau untuk mengaplikasikan skim warna. Tambahkan tanda panah, lingkaran, kotak dan teks, meliputi huruf Yunani dan persamaan..Anda bahkan dapat mengkopi teks yang terblok dari hasil analisis (analysis results) dan menempelkannya (paste) pada grafik anda. Karena Prism link kepada lembaran yang berkaitan, maka apabila data anda berubah, poin-poin data pada grafik anda dan informasi hasil analisis yang telah ditempel (di paste) akan ikut berubah menyesuaikan. Cobalah praktekkan sendiri!! a. Klik dua kali pada simbol apa saja di bagian atas rangkaian data dan ubah warna simbol menjadi warna biru. Anda dapat mengubah bentuk simbol jika anda menghendakinya. b. Mengubah warna simbol dari rangkaian data lainnya menjadi warna merah c. Klik dua kali pada setiap kurva dan ubahlah warnanya untuk menyesesuaikan
d. Klik judul grafik ("Exponential decay") dan editlah e. Gunakan tombol Insert Greek pada “Write toolbar” untuk menambahkan huruf Greek (Yunani) dan tombol subscript pada “text toolbar” untuk memformat judul grafik.
f.
Klik dua kali pada sumbu Ydi grafik anda untuk membuka “Format Axis dialog”. tanda contreng pada kotak untuk secara otomatis mengatur kisaran dan interval, dan ubah batas maksimum sumbu menjadi 12,000 dan interval nilai major menjadi 2000.
Penggunaan Graphpad Prism
6
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Klik tombol pada toolbar Change untuk mengubah latar grafik menjadi warna light blue (biru muda) Kemudian memindai (copy) bagian dari tabel hasil analisis dan tempelkan (paste) pada grafik anda. Ingat, jika data anda berubah maka tabel yang telah ditempel akan terbarukan (ter update) juga.
6. MENCETAK (PRINT) ATAU MENGIMPOR Gunakan tombol untuk mengekspor grafik atau layout dalam bentuk wmf, emf, pdf, eps, tif, jpg, png, bmp, atau pcx, untuk kebutuhan publikasi atau untuk mengimpornya ke dalam program lain. Gunakan tombol FTP.
untuk mengirim grafik atau layout melalui email atau ke server
Kirim grafik anda ke Word atau PowerPoint dengan mengklik satu kali. Gunakan tomboluntuk mencetak satu atau beberapa grafik, atau layout, atau lembar kerja apa saja pada file proyek Prism anda. Tombol bagian atas mengarahkan anda ke Print dialog, tombol bagian bawah mencetak hanya lembar kerja yang ditempati kursor saja (atau yang terlihat saja).
Penggunaan Graphpad Prism
7
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Cobalah praktekkan sendiri!! Klik tombol kirim ke power point
untuk menghasilkan slide power poin baru.
Perhatikan bahwa Prism mengubah latar slide PowerPoint untuk menyesuaikan warna latar pada Prism.
7. MENGULANG PEKERJAAN DENGAN CARA KLONING Welcome dialog juga memungkinkan anda mengkloning grafik apa saja yang telah anda buat. Anda dapat mengkloning suatu grafik dari file proyek yang sedang terbuka, atau dari file proyek yang baru saja selesai digunakan, atau grafik yang telah anda simpan (save) sebagai contoh.Kloning mengkopi semua fitur grafik tapi tetap memungkinkan anda mengganti data dan bagian lain yang ingin anda ubah. Cobalah praktekkan sendiri!! a. Untuk menambahkan tabel data baru, grafik, dan analisis ke file proyek anda sekarang, klik tombol “New” pada bagian lembar kerja dan pilih “New data table and graph”. b. Klik tombol tab untuk mengkloning grafik dari file proyek yang terbuka. Anda dapat juga mengkloning dari file proyek yang baru saja selesai digunakan, atau yang dari file yang tersimpan sebagai example.
Penggunaan Graphpad Prism
8
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
c. Pilih grafik contoh anda dan klik tombol “Clone” pada bagian sudut kanan bawah d. Kemudian anda memilih bagian mana dari grafik yang akan dimasukkan ke dalam grafik kloning. Yang telah terformat adalah nilai sumbu Y, tetapi pertahankan nilai sumbu X dan judul kolom. Pada tahapan ini, anda dapat mengubah format subkolom ketika anda memilki lebih sedikit atau lebih banyak ulangan daripada yang anda miliki pada grafik orisinil. Anda juga dapat menamakan ulang (rename) grafik baru anda. Pada panduan ini, disebut “Clone of exponential decay graph”
e. Mari kita membuat perubahan lain. Klik tab Subcolumn Format dan pilih satu saja nilai Y untuk setiap nilai X. Prism kemudian akan membuat tabel data baru dengan kolom X yang sama, tetapi dengan satu kolom saja untuk kontrol (Control) dan ulangan (Treated).
f. Masukkan nilai baru seperti di bawah ini
g. Kemudian klik nama grafik baru anda pada Prism Navigator. Prism telah membuat ulang grafik dan kurva baru dari data baru di atas. Semua pemformatan grafik (font, warna, dll) sesuai dengan yang orisinil. Bahkan tabel hasil yang telah diinsert telah dibuat ulang. Penggunaan Graphpad Prism
9
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
8. MENGUBAH GRAFIK UNTUK DISESUAIKAN DENGAN YANG LAIN Anda dapat menggunakan perangkat “Prism Magic” (Membuat grafik secara konsisten) untuk membuat satu atau beberapa grafik yang terlihat serupa dengan grafik yang lain. Cobalah praktekkan sendiri!! Pertama-tama, mari kita membuat beberapa perubahan terhadap grafik pertama yang telah anda kerjakan. a. Pilih grafik orisinil anda di pohon Navigator (Exponential decay) dan gunakan tombol skim warna untuk mengubah skim warna grafik ini. Pada panduan ini, pilih skim warna yang bernama "Stained glass".
b. Kemudian klik dua kali pada sumbu Y untuk membuka Format Axis dialog dan ubah kisaran Maksimum menjadi 10,000.
Penggunaan Graphpad Prism
10
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Prism Magic Sekarang, mari kita lihat bagaimanaMagicdapat membuat grafik lain menyesuaikan dengan yang ini. a. Pilih grafik kedua anda (Clone of exponential decay) pada pohon Navigator. Ini adalah grafik yang akan kita ubah. b. Klik tombol Magic (magic wand) pada perangkat Prism. Ini akan membuka “Magic dialog”. Klik sketsa grafik yang baru saja anda modifikasi untuk dipilih sebagai contoh grafik yang akan disesuaikan dengan grafik lain.
c. Klik tombol berikutnya dan pilih aspek mana dari garfik contoh yang anda ingin aplikasikan terhadap grafik anda yang sedang dituju. Lihat pada preview bagaimana perubahan ini akan terlihat pada panel kanan bawah.
d. Klik OK untuk mengaplikasikan perubahan . 9. MENGKOMBINASIKAN GRAFIK DALAM LAYOUT Mengumpulkan beberapa grafik dalam satu halaman dengan menggunakan Prism Layout Coba praktekkan sendiri!! Setelah membuat beberapa grafik, anda dapat menggabungkan semua grafik tersebut dalam satu halaman layout.
Penggunaan Graphpad Prism
11
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
a. Klik tombol New pada perangkat Prism dan pilih New Layout
b. Kemudian pilih jumlah dan susunan grafik yang anda inginkan. Pada panduan ini, pilih halaman dengan dua grafik, satu grafik di atas grafik lainnya.
c. Tarik dan tempatkan grafik dari bagian Graph dari Prism Navigator ke dalam layout. Atau cari (browse) klik browseuntuk menemukan grafik di file Prism lain. d. Gunakan perangkatDraw and Write untuk menambahkan teks dan panah atau gambar pada layout anda. Gunakan perangkat Arrange untuk mengatur ukuran dan posisi beberapa grafik.
Penggunaan Graphpad Prism
12
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
10. PENYAMBUNGAN DAN PEMBARUAN SECARA OTOMATIS Prism dapat melacak apapun yang telah anda kerjakan dan mengingat semua penyambungan logis antara data, tabel, lembar info, tabel hasil, grafik, dan layout. Apabila anda mengedit data, Prism secara otomatis menghitung ulang analisis yang telah tersambung (link) dan menggambar ulang grafik yang tersambung. Ketika data berubah, semua hasil analisis akan dihitung ulang. Anda dan rekan anda dapat selalu melihat secara pasti apa yang telah anda kerjakan untuk memperoleh hasil analisis anda. Jika anda mengedit info nilai konstan, Prism secara otomatis menghitung ulang analisis yang tersambung (link), dan membuat ulang grafik dan layout dimana info nilai konstan digunakan. Apabila anda mengedit grafik, Prism secara otomatis menggambar ulang halaman lauoyt yang tersambung (link). Coba anda praktekkan sendiri!! Buka lembar hasil untuk Exponential decay.Klik pada bagian sudut kiri atas untuk melihat kembali parameter dialog.Anda dapat mengecek pilihan yang telah anda buat atau perubahan yang telah anda lakukan.
11. MENAMBAHKAN CATATAN DAN PERANGKAT BERGUNA LAINNYA Prism memberikan anda beberapa perangkat berguna untuk membantu mengorganisir pekerjaan anda dan mengkolaborasikannya dengan yang lain. Prism Gallery Klik pada judul utama untuk kategori apa saja pada Navigator untuk menampilkan Gallery dari semua lembaran (sheet) pada bagian tersebut. Pilih sheet untuk mengekspor, mencetak, mengirim ke PowerPoint, memformat dengan Magic, dll.
Penggunaan Graphpad Prism
13
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Info sheets (Lembar Info) Gunakan Lembar info (Info sheets) prism untuk mempertahankan pelacakan rincian suatu proyek.Lembar info dapat disambungkan ke tabel data tertentu atau lembar info ini dapat diaplikasikan terhadap keseluruhan suatu proyek. Bagian utama dari lembar info adalah untuk informasi yang terstruktur, dengan kolom kiri untuk nama konstan dan kolom kanan untuk nilai. Nilai yang dimasukkan sebagai konstan dapat di sangkutkan dan digunakan sebagai pembatas pada regresi nonlinier atau ketika mentransformasi, dan bahkan sebagai batas nilai axis atau untuk menentukan lokasi yang dicentang
Ping Pong Gunakan tombol Ping Pong Prism (perangkat bawah) untuk bolak-balik antara dua lembar terakhir yang kerjakan.Akan lebih mudah dibandingkan menggunakan Navigator. Tombol ping pong
Floating notes (catatan di permukaan) Gubakan perangkat Floating Note untuk menambahkan catatan pada lembar apa saja. Anda dapat memiliki catatan dengan warna yang berbeda-beda dan anda bahkan dapat menyisipkan (insert) hyperlinks.Floating notestidak akan terlihat ketika anda mencetak atau mengekspor lembar kerja.
Penggunaan Graphpad Prism
14
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
Audio notes (Catatan audio) Gunakan perangkat Audio Note untuk merekam pesan suara.Ketika anda selesai merekam, anda dapat mengklik pada simbol speaker pada lembar kerja untuk membalas pesan. (Simbol speaker tidak akan muncul pada lembar yang dicetak ataupun yang diekspor).
Penyorotan Gunakan perangkat Highlight untuk menandai lembar kerja pada Navigator yang ingin anda kunjungi kembali, atau yang ingin rekan anda cermati.
Penggunaan Graphpad Prism
15
Dr. Ir. Nadiarti, M.Sc
Pengolahan Data Perikanan2015
SELAMAT MEMPELAJARI PERANGKAT LUNAK GRAPHPAD PRISM 5
Penggunaan Graphpad Prism
16