Přednášky. Chemická informatika. ší ší šířenší

Chemická informatika

Přednášky

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e h b e ke J


Obsah 1. Úvod ..................................................................................................................................... 1 Úvod ................................................................................................................................. 1 Podmínky pro zápočet .................................................................................................. 1 Organizační informace .................................................................................................. 1 2. Tok informací ve vědě ............................................................................................................... 2 Tok informací ve vědě .......................................................................................................... 2 Výzkum v ideálním světě .............................................................................................. 2 Granty ....................................................................................................................... 2 Osobní komunikace ..................................................................................................... 2 Konference a předběžná sdělení ..................................................................................... 2 Dokončení výzkumu .................................................................................................... 2 Informační exploze a kvalita publikací ..................................................................................... 2 Informační exploze ve vědě ........................................................................................... 2 Důvěryhodnost zdroje .................................................................................................. 3 Peer review ................................................................................................................ 3 3. GEO-3 ................................................................................................................................... 4 Global Environment Outlook 3 ............................................................................................... 4 Global Environment Outlook 3 ....................................................................................... 4 Časový pokryv ............................................................................................................ 4 Tématické členění ........................................................................................................ 4 Zaměření na čtenáře ..................................................................................................... 4 4. Článek ................................................................................................................................... 5 Vědecké a odborné časopisy .................................................................................................. 5 Osnova ...................................................................................................................... 5 Získávání dat ve vědě ................................................................................................... 5 Články ...................................................................................................................... 5 Typy vědeckých a odborných článků ............................................................................... 5 Typy vědeckých a odborných článků ............................................................................... 5 Recenzní řízení (peer review) ......................................................................................... 6 Recenzní řízení (peer review) ......................................................................................... 6 Typy vědeckých a odborných časopisů ............................................................................. 6 Typy vědeckých a odborných časopisů ............................................................................. 6 Specializace časopisů ................................................................................................... 6 Cena primární literatury ................................................................................................ 6 Cvičení - články .......................................................................................................... 7 Cvičení - knihy ........................................................................................................... 7 5. Identifikátory .......................................................................................................................... 8 Identifikátory knih, časopisů, jednotlivých publikací .................................................................. 8 Identifikátory publikací ................................................................................................. 8 ISBN - základní fakta ................................................................................................... 8 ISBN kód ................................................................................................................... 8 ISSN ......................................................................................................................... 8 ISSN kód ................................................................................................................... 8 DOI .......................................................................................................................... 8 Identifikátory - cvičení ................................................................................................. 9 6. Booleova algebra .................................................................................................................... 10 Booleova algebra, textové operátory ...................................................................................... 10 Operátory používané při sestavování dotazů .................................................................... 10 Logické operátory ...................................................................................................... 10 Booleova algebra ....................................................................................................... 10 Cvičení - odstraňte závorky .......................................................................................... 10 Cvičení - vyhodnoťte výrazy ........................................................................................ 11 Proximitní operátory ................................................................................................... 11 Rozšiřování výrazů .................................................................................................... 11 Příklady: .................................................................................................................. 11

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e ii h b e ke J

Chemická informatika Další pojmy .............................................................................................................. 11 Cvičení - sestavte dotaz ............................................................................................... 11 Příklady: .................................................................................................................. 12 7. Internet ................................................................................................................................. 13 Internet - historie ............................................................................................................... 13 Vznik Internetu ......................................................................................................... 13 Vývoj internetu v grafech ............................................................................................ 13 Internet - IP adresy, domény ................................................................................................. 13 Co je IP adresa? ......................................................................................................... 13 Co je doména? .......................................................................................................... 13 8. Web of Science (Science Citation Index) ..................................................................................... 14 Citační praxe primárních publikací. Science Citation Index ....................................................... 14 Citační praxe primárních publikací ............................................................................... 14 Citační praxe primárních publikací ............................................................................... 14 Způsob citace ........................................................................................................... 14 Vzájemné citování - informační hodnota ........................................................................ 15 Science Citation Index ................................................................................................ 15 Citovanost - kritérium pro hodnocení ............................................................................ 15 Web of Science - elektronický Science Citation Index ............................................................... 15 Elektronická báze - obsah a umístění ............................................................................. 15 Základní pojmy ......................................................................................................... 15 Elektronická báze - typ hledání ..................................................................................... 16 Easy Search - výběr databáze ....................................................................................... 17 Easy Search - hledání podle předmětu ............................................................................ 18 Seznam nalezených článků .......................................................................................... 20 Plný záznam ............................................................................................................. 20 Citující články ........................................................................................................... 22 Easy Search - hledání podle autora ................................................................................ 22 Easy Search - hledání podle autora ................................................................................ 22 Easy Search - výsledek hledání podle autora ................................................................... 24 Easy Search - hledání citujících prací ............................................................................. 24 Easy Search - hledání článků o osobě ............................................................................. 25 Easy Search - výsledek článků o osobě ........................................................................... 26 Easy Search - hledání článků podle místa ....................................................................... 26 Full Search ............................................................................................................... 27 Full Search - výběr pokrytí .......................................................................................... 27 Full Search - obecné hledání ........................................................................................ 28 Full Search - výsledek obecného hledání ........................................................................ 29 Full Search - hledání podle citací .................................................................................. 30 Full Search - sestavení seznamu "odkazovaných" článků ................................................... 30 Full Search - hledání podle citací .................................................................................. 31 Full Search - výsledek hledání podle citací ...................................................................... 32 Cvičení .................................................................................................................... 33 9. Struktura sloučeniny ............................................................................................................... 34 Struktura chemické sloučeniny a její informační využití ............................................................ 34 Struktura chemické sloučeniny a její informační využití .................................................... 34 Názvosloví ............................................................................................................... 34 Lineární reprezentace struktury chemických sloučenin ...................................................... 34 Lineární reprezentace struktury chemických sloučenin ...................................................... 34 Topologický popis struktury - použití spojovacích tabulek ................................................. 34 Redundantní spojovací tabulka ..................................................................................... 35 Redundantní spojovací tabulka ..................................................................................... 35 Neredundantní spojovací tabulka .................................................................................. 35 Využití spojovacích tabulek ......................................................................................... 35 Strukturní báze dat a jejich využívání ............................................................................. 35 Strukturní báze dat a jejich využívání ............................................................................. 36 Reakční báze ............................................................................................................. 36 Hledání ve strukturních bázích ..................................................................................... 36

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e iii h b e ke J

Chemická informatika Hledání ve strukturních bázích ..................................................................................... 36 Zadávání struktury ..................................................................................................... 36 Cvičení - kreslení strukturních vzorců ............................................................................ 36 Cvičení - opakování ................................................................................................... 38 10. Historie CA ......................................................................................................................... 39 Historie Chemical Abstracts ................................................................................................. 39 Chemical abstracts .................................................................................................... 39 Chemical Abstract Service (CAS) ................................................................................ 39 Zpracovávané publikace ............................................................................................. 39 Další služby CAS ...................................................................................................... 39 Zastoupení oborů v CA ............................................................................................... 40 Jazyk ....................................................................................................................... 40 Systém zpracování informací v CAS .............................................................................. 41 “Ruční zpracování” ................................................................................................... 41 Způsob práce v CAS .................................................................................................. 41 Nová sekundární informace ......................................................................................... 42 Možnosti využití ........................................................................................................ 42 Realizace ................................................................................................................. 42 Chronologické pokrytí ............................................................................................... 42 11. CA compounds ..................................................................................................................... 43 Nomenklatura CA .............................................................................................................. 43 Nomenklatura ........................................................................................................... 43 Nomenklatura - vyjímky ............................................................................................. 43 Způsob hledání správného názvu v CA .......................................................................... 43 Zpřehlednění Substance Index ...................................................................................... 43 Příklady .................................................................................................................. 43 Categories ............................................................................................................... 43 Složitost názvosloví .................................................................................................... 44 Složitost názvosloví .................................................................................................... 44 Základní pravidla CAS nomenklatury ............................................................................ 44 Základní pravidla CAS nomenklatury ............................................................................ 44 Pořadí pod "parentem" ................................................................................................ 44 Soli ........................................................................................................................ 44 Pomoc při hledání názvu chemické sloučeniny ................................................................ 45 Registrační systém CA ........................................................................................................ 45 Registrační systém CA ................................................................................................ 45 Registrační systém CA ................................................................................................ 45 Registrační systém ..................................................................................................... 45 CA Formula Index ............................................................................................................. 45 Formula Index (vzorcový) ........................................................................................... 45 Příklady ................................................................................................................... 46 Formula Index ........................................................................................................... 46 Způsob indexování ..................................................................................................... 46 12. Chemical Abstracts ............................................................................................................... 47 Jak hledat v CA ................................................................................................................. 47 Hledání v CA - podle předmětu .................................................................................... 47 Hledání v CA - podle látky .......................................................................................... 47 Hledání v CA - podle autora ......................................................................................... 47 Jak hledat v CA - postup ............................................................................................. 47 Hledání v CA - cvičení ................................................................................................ 47 Cvičení .................................................................................................................... 48 Cvičení .................................................................................................................... 48 Detailní rozbor abstraktu ..................................................................................................... 48 CA Heading .............................................................................................................. 48 Text abstraktu ............................................................................................................ 49 Heading - sériové publikace ......................................................................................... 49 Heading - sériové publikace ......................................................................................... 50 Heading - proceedings and edited collections .................................................................. 51

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e iv h b e ke J

Chemická informatika Heading - technical reports ......................................................................................... 52 Heading - dissertation ................................................................................................ 53 Heading - books and audio-visual materials announcements .............................................. 54 Heading - patent ....................................................................................................... 55 13. Chemical Abstracts - popis tištěných verzí (starší, nekrácená verze) ................................................ 56 Chemical Abstracts ........................................................................................................... 56 Chemical abstracts ..................................................................................................... 56 Osnova ................................................................................................................... 56 CA v ÚK VŠCHT ...................................................................................................... 56 Třídění abstraktů - sekce ............................................................................................. 56 Sekce ...................................................................................................................... 56 Zkratky .................................................................................................................... 56 Tištěná forma CA ...................................................................................................... 56 Tištěná forma CA ...................................................................................................... 57 Rejstříky .................................................................................................................. 57 Rejstříky pomocné ..................................................................................................... 57 Dělení rejstříků .......................................................................................................... 57 Kumulované rejstříky ................................................................................................. 57 Rejstříky pomocné ..................................................................................................... 57 Keyword Index .......................................................................................................... 58 Author Index - Issue Indexes ........................................................................................ 58 Author Index - Issue Indexes ........................................................................................ 58 Author Index - Issue Indexes ........................................................................................ 58 Author Index - Volume and Collective Indexes ................................................................ 58 Příklady ................................................................................................................... 58 Řazení jmen .............................................................................................................. 59 Předmětové rejstříky (Subject Indexes) .......................................................................... 59 General Subject Index ................................................................................................. 59 General Subject Index ................................................................................................. 59 General Subject Index obsahuje: ................................................................................... 59 Chemical Substance Index .......................................................................................... 60 Patent Index ............................................................................................................. 60 Index Guide .............................................................................................................. 60 Index Guide .............................................................................................................. 60 Index of Ring System - Handbook of Ring Systems ......................................................... 60 Zápis kruhového systému ........................................................................................... 60 Příklad zápisu kruhového systému ................................................................................. 61 Registry Handbook .................................................................................................... 61 Chemical Abstracts Service Source Index (CASSI) .......................................................... 61 Souhrnné rejstříky (Collective Indexes) ......................................................................... 61 Dodatky k názvosloví CA (pro tištěnou verzi) ................................................................. 61 14. Beilstein .............................................................................................................................. 62 Beilstein - historie .............................................................................................................. 62 Beilsteins Handbuch der organischen Chemie .................................................................. 62 Proč hledat v Beilsteinu ............................................................................................... 62 Historie .................................................................................................................... 62 Současnost ............................................................................................................... 62 Crossfire .................................................................................................................. 62 Beilstein - cvičení .............................................................................................................. 62 15. Gmelin ............................................................................................................................... 64 Gmelin - historie ................................................................................................................ 64 Počátek .................................................................................................................... 64 Současná forma ......................................................................................................... 64 Crossfire .................................................................................................................. 64 16. Ullmann .............................................................................................................................. 65 Ullmannova encyklopedie - historie ....................................................................................... 65 Ullmann’s Encyklopedie der technischen Chemie ............................................................ 65 Ullmann’s Encyklopedie der technischen Chemie ............................................................ 65

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e v h b e ke J

Chemická informatika Ullmannova encyklopedie - elektronická verze ........................................................................ 65 Ullmann´s Encyclopedia of Industrial Chemistry ............................................................. 65 Výhody elektronické verze oproti tištěné ........................................................................ 65 Seznam článků .......................................................................................................... 66 Předmětový rejstřík .................................................................................................... 67 Seznam autorů ........................................................................................................... 69 Hledání podle CAS RN ............................................................................................... 70 Hledání - full-text ...................................................................................................... 72 Obsah článků ............................................................................................................ 73 Cvičení .................................................................................................................... 74 17. Kirk-Othmer ........................................................................................................................ 76 Ullmannova encyklopedie - historie ....................................................................................... 76 Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology ........................................................ 76 Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology ........................................................ 76 Kirk-Othmer - elektronická verze .......................................................................................... 76 Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology ........................................................ 76 18. Další sbírky dat a encyklopedie ............................................................................................... 77 Další sbírky dat a encyklopedie ............................................................................................ 77 Další encyklopedie ..................................................................................................... 77 Další encyklopedie ..................................................................................................... 77 Reakce a syntézy ....................................................................................................... 77 Sbírky dat ("Data Collections") - analytické metody ......................................................... 77 Sbírky dat ("Data Collections") - hazard ......................................................................... 78 19. Handbook of Chemistry and Physics ......................................................................................... 79 Handbook of Chemistry and Physics ...................................................................................... 79 Handbook of Chemistry and Physics .............................................................................. 79 Vyhledávání .............................................................................................................. 80 Cvičení .................................................................................................................... 82 20. NIST Webbook ..................................................................................................................... 83 NIST Webbook .................................................................................................................. 83 NIST Webbook .......................................................................................................... 83 Volba typu hledání ..................................................................................................... 84 Hledání podle sumárního vzorce ................................................................................... 84 Výsledek hledání - více sloučenin ................................................................................. 85 Detaily o sloučenině ................................................................................................... 87 Detaily - příklad I: termochemická data plynné fáze .......................................................... 89 Detaily - příklad II: data fázové přeměny ........................................................................ 89 Podle čeho lze ještě vyhledávat - obecné ........................................................................ 91 Podle čeho lze ještě vyhledávat - fyzikální vlastností ........................................................ 91 Cvičení .................................................................................................................... 91 21. MSDS ................................................................................................................................ 92 MSDS ............................................................................................................................. 92 MSDS ..................................................................................................................... 92 Možnosti zadávání dotazu ........................................................................................... 92 Hledání podle části chemického názvu ........................................................................... 92 Hledání podle přesného chemického názvu ..................................................................... 93 Hledání podle CAS RN ............................................................................................... 96 Cvičení - toxikologické informace ................................................................................. 97 22. MEDLINE .......................................................................................................................... 98 EBSCO, MEDLINE ........................................................................................................... 98 EBSCO .................................................................................................................... 98 MEDLINE ............................................................................................................... 98 Příklad vyhledávání .................................................................................................... 98 Články týkající se dioxinů ........................................................................................... 98 Časopisy týkající se toxikologie .................................................................................. 101 Složitější dotaz ........................................................................................................ 103 23. MICROMEDEX ................................................................................................................. 106 MicroMedex ................................................................................................................... 106

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e vi h b e ke J

Chemická informatika MICROMEDEX Integrated Search .............................................................................. 106 MICROMEDEX Integrated Search II ........................................................................... 106 MICROMEDEX Integrated Search III .......................................................................... 107 Podle čeho lze ještě vyhledávat: .................................................................................. 109 MICROMEDEX - ChemKnowledge ............................................................................ 110 24. Patenty .............................................................................................................................. 112 Patentové informace ......................................................................................................... 112 Patentové informace ................................................................................................. 112 Patentovat lze téměř vše ............................................................................................ 112 Popis patentu ........................................................................................................... 112 Průmyslová práva ..................................................................................................... 112 Historie .................................................................................................................. 112 Současnost u nás ...................................................................................................... 112 Patentové úřady ....................................................................................................... 112 Jazyk a působnost patentu .......................................................................................... 112 Udělování patentu .................................................................................................... 113 Přihláška patentu ...................................................................................................... 113 Udělení/neudělení patentu .......................................................................................... 113 Patentový průzkum ................................................................................................... 113 Patentové třídění ...................................................................................................... 113 Patentové třídění ...................................................................................................... 113 Sekce ..................................................................................................................... 113 Sekce ..................................................................................................................... 114 Sekce ..................................................................................................................... 114 Možnost vyhledávání patentů - patentové rešerše ............................................................ 114 Způsoby provádění patentových rešerší ........................................................................ 114 Patenty a Chemical Abstracts ..................................................................................... 114 Další patentové služby .............................................................................................. 114 Společnost DERWENT ............................................................................................. 115 Společnost DERWENT ............................................................................................. 115 Způsob vyhledávání .................................................................................................. 115 Cvičení - patenty ...................................................................................................... 115 Cvičení - ochranné známky ........................................................................................ 115 25. Publikování ........................................................................................................................ 116 Datové publikační formáty ................................................................................................. 116 PDF ....................................................................................................................... 116 HTML ................................................................................................................... 116 XML ..................................................................................................................... 116 Obrázky, grafy ......................................................................................................... 116 Cvičení .................................................................................................................. 116 Způsob a forma publikování ............................................................................................... 116 Současná forma publikování ...................................................................................... 116 Problém stažení článku ............................................................................................. 117 Preprint servery ............................................................................................................... 117 Co je preprint? ........................................................................................................ 117 Výhody preprintu .................................................................................................... 117 Problémy preprintu .................................................................................................. 117 Otázky kolem preprint serverů ................................................................................... 117 26. Informatics, bioinformatics, classical informatics ...................................................................... 118 Informatics ..................................................................................................................... 118 Informatika ............................................................................................................. 118 Bioinformatika ........................................................................................................ 118 Bioinformatika - předměty zájmu ................................................................................ 118 Bioinformatika - předměty zájmu ................................................................................ 118 Chemická Informatika ............................................................................................... 118 Významné časopisy .................................................................................................. 118 27. Normy .............................................................................................................................. 119 Normy ........................................................................................................................... 119

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e vii h b e ke J

Chemická informatika Cvičení - třídění norem .............................................................................................. 119 A. Zřízení webové stránky ......................................................................................................... 120 Webhosting ..................................................................................................................... 120 Webzdarma - registrace 1 ........................................................................................... 120 Webzdarma - registrace 2 ........................................................................................... 121 Webzdarma - registrace 3 ........................................................................................... 121 Přenos dat ............................................................................................................... 122 Quick ..................................................................................................................... 122 Volny.cz ................................................................................................................. 122 Sweb - registrace a vytvoření prezentace ....................................................................... 123 Sweb - přenos dat ..................................................................................................... 123 Slovník .................................................................................................................................. 124 Rejstřík .................................................................................................................................. 125

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e viii h b e ke J


Seznam obrázků 8.1. Základní pojmy ................................................................................................................... 16 8.2. Vstupní stránka .................................................................................................................... 17 8.3. Výběr databáze .................................................................................................................... 18 8.4. Hledání předmětu - zadání dotazu, nastavení řazení .................................................................... 19 8.5. Seznam nalezených článků ..................................................................................................... 20 8.6. Plný záznam ....................................................................................................................... 21 8.7. Citující články ..................................................................................................................... 22 8.8. ......................................................................................................................................... 26 16.1. Ullmannova encyklopedie on-line .......................................................................................... 66 16.2. Ullmann - seznam článků ..................................................................................................... 67 16.3. Ullmann - seznam hlavních kategorií ...................................................................................... 68 16.4. Ullmann - podkategorie "Gas Chromatography" ....................................................................... 69 16.5. Ullmann - seznam autorů ..................................................................................................... 70 16.6. Hledání podle CAS RN ....................................................................................................... 71 16.7. Hledání podle CAS RN - seznam článků ................................................................................. 71 16.8. Hledání podle CAS RN - ukázka článku ................................................................................. 72 16.9. Hledání - full text ............................................................................................................... 72 16.10. Hledání - full text - seznam článků ....................................................................................... 73 16.11. Hledání - full text - ukázka článku ........................................................................................ 73 16.12. Ukázka textu s hypertextovými odkazy ................................................................................. 74 16.13. Ukázka schématu .............................................................................................................. 74 19.1. Handbook of Chemistry and Physics on-line ............................................................................ 80 19.2. Vyhledávání v HBCP - volba pole .......................................................................................... 81 19.3. Vyhledávání v HBCP - zadání hodnoty ................................................................................... 81 19.4. Vyhledávání v HBCP - výsledný seznam dokumentů ................................................................. 82 20.1. Vstupní stránka .................................................................................................................. 83 20.2. Volba typu hledání .............................................................................................................. 84 20.3. Zadávání sumárního vzorce .................................................................................................. 85 20.4. Výsledek hledání - více sloučenin .......................................................................................... 86 20.5. Detaily o sloučenině ............................................................................................................ 88 20.6. Termochemická data plynné fáze ........................................................................................... 89 20.7. Data fázové přeměny .......................................................................................................... 90 20.8. Data fázové přeměny - výparná entalpie .................................................................................. 91 21.1. Hledání podle části chemického názvu .................................................................................... 92 21.2. Hledání podle části chemického názvu - seznam sloučenin ......................................................... 93 21.3. Hledání podle přesného chemického názvu .............................................................................. 94 21.4. Hledání podle přesného chemického názvu - seznam sloučenin ................................................... 94 21.5. Formát zobrazení ................................................................................................................ 95 21.6. Formát zobrazení ................................................................................................................ 95 21.7. Formát zobrazení ................................................................................................................ 96 21.8. Hledání podle CAS RN ....................................................................................................... 97 21.9. Hledání podle CAS RN - seznam sloučenin ............................................................................. 97 22.1. Vstupní stránka .................................................................................................................. 98 22.2. Hledání v sekci Keyword ..................................................................................................... 99 22.3. Hledání v sekci Keyword. Výsledek - seznam článků ............................................................... 100 22.4. Hledání v sekci Keyword. Ukázka abstraktu. .......................................................................... 101 22.5. Sekce Publications - prohlížení typu "Alphabetical" (abecední) .................................................. 102 22.6. Sekce Publications - prohlížení typu "Relevancy Ranked" (podle relevance) ................................ 103 22.7. Složitější dotaz ................................................................................................................. 104 22.8. Složitější dotaz - výsledek hledání ........................................................................................ 105 23.1. Vstupní stránka ................................................................................................................ 106 23.2. Seznam relevantních odkazů ............................................................................................... 107 23.3. Odkazy do jednotlivých databází pro zvolenou sloučeninu ........................................................ 108 23.4. Ukázka dokumentu z konkrétní databáze ............................................................................... 109 23.5. ChemKnowledge Free-Text Search - zadání dotazu ................................................................. 110

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e ix h b e ke J

Chemická informatika 23.6. Seznam relevantních abstraktů ............................................................................................ 111

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e x h b e ke J


Seznam tabulek 9.1. Ukázka redundantní spojovací tabulky ..................................................................................... 35

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e xi h b e ke J

Chemická informatika Úvod

Kapitola 1. Úvod Úvod Podmínky pro zápočet • • • •

Vypracování miniprojektu Pokyny pro vypracování [../../pozadavky_cze.html] Každý student dostane individuální projekt Ukázka zadání [../../ukoly/Output/q_001_cs.html]

Organizační informace Knihovní řád - "práva a povinnosti“ • Volný přístup k časopisům a knihám • Odkládání věcí v šatně • Zákaz jídla a pití •

Dodržovat pokyny pro práci v počítačové učebně

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 1 h b e ke J

Chemická informatika Tok informací ve vědě

Kapitola 2. Tok informací ve vědě Tok informací ve vědě Výzkum v ideálním světě 1. 2. 3. 4.

Zisk finančních prostředků - granty Rozběh výzkumu - osobní komunikace První výsledky - příspěvky na konferencích, předběžná oznámení v časopisech Výzkum dokončen - články, patenty, knihy, Nobelova přednáška

Dodatky: • The Valley Library Scientific Publication [http://osulibrary.orst.edu/staff/averyb/SciPub.htm] • The Scientific Publication Cycle [http://www.lib.washington.edu/subject/environment/imt220/pubcycle.jpg]

Granty •

grantové agentury

• •

státní organizace podniky a další instituce

Osobní komunikace • • •

dopisy, e-maily setkání na konferencích hospody, vinárny, ...

o k ja Konference a předběžná sdělení é a k r • postery c i to g • 15-30 minutové přednášky u a lo • Krátká sdělení v časopisech o m l n e h á Dokončení výzkumu as eri tec l í h at o • články v časopisech n u e • velké přednášky o m ick ř í s š í m • patenty - pokud nebyly výsledky předběžně publikoványe í n s j š l o í di h e a ž c Informační exploze oaukvalita d án u publikací t y a s l ý z l e. s á o t m Informační explozenve vědě v šk az lů zak o e k ké Pr če je • How much information? (http://www.sims.berkeley.edu/research/projects/how-much-info/) m ň l ú a roughly 1.5 billion o and magnetic u ofpprint, film, optical, v s the world's total yearly production content wouldrrequire k o Vofy250 megabytes perýperson m for each gigabytes of storage.o This is the equivalent d to man, woman, and child on d earth. u n ů 8500 časopisůji a to- 2002: 1.1 milionuorzáznamů, • Web of Science n u k í záznamů • Chemical as ob8000 časopisů a ž800it000 Te abstracts - 2002: přes l h Dodatky: iu u u d o so u p t s o ez h e b 2 k Je

•

Chemická informatika Tok informací ve vědě How Big Is the Information Explosion? [http://www.cisp.org/imp/november_2000/11_00lyman.htm]

Důvěryhodnost zdroje • • •

člověk instituce časopis

Peer review • •

Web of science leden 2003: 1713 názvů obsahující "peer review"


Chemická informatika GEO-3

Kapitola 3. GEO-3 Global Environment Outlook 3 Global Environment Outlook 3 • • •

Projekt UNEP (United Nations Environment Programme) Spolupráce 40 organizací a 1000 jednotlivců Dokumentace současného stavu a možné budoucí scénáře vývoje životního prostředí

Dodatky: • GEO homepage [http://www.unep.org/geo/] • Collaborating Centres [http://www.unep.org/geo/geo3/english/605.htm] • Contributors [http://www.unep.org/geo/geo3/english/606.htm] • Contents [http://www.unep.org/geo/geo3/english/index.htm]

Časový pokryv • • •

Minulost: shrnutí významných mezníků let 1792-2002 Současnost: popis současného stavu Budoucnost: scénáře vývoje do roku 2032

Dodatky: • Introduction [http://www.unep.org/geo/geo3/english/pdfs/prelims.pdf]

o k a • podle kontinentů j é a • podle typu životního prostředí k r c i • výhledy podle předpokládaného rozvoje ekonomikých a politických vztahů to g u a lo o Zaměření na čtenáře m l n e h • ilustrativní obrázky včetně satelitních snímků á as eri tec l • tabulky í h at o n • konkrétní graficky odlišené příklady u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 4 h b e ke J Tématické členění

Chemická informatika Článek

Kapitola 4. Článek Vědecké a odborné časopisy Osnova • • • •

Články Recenzní řízení Časopisy Citování

Získávání dat ve vědě

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n Články e h á • obsah časopisů - především jednotlivé články = "publikace“ as eri tec l í h at o • náplň článku - obvykle výsledek nějaké tvůrčí činnosti n u e o m ick ř í s š í m Typy vědeckých a odbornýchečlánků í n s j š l o • delší formy í di h e a ž • původní práce (full paper) d án u stu y c o a l ývýpočtů, teorie z • delší článek, shrnující výsledky experimentů, l e. s á o t m • kratší formy n kov é šk raz elů zak • vědecké poznámky (note) e ň ok v P úč je • dopis do redakce (Letterm to the Editor) l u a p s k • sdělení, krátká sdělení (communication, short communication) r o y m o d V ý uto d n Typy vědeckých a odborných článků ji u a rů to o n k • přehledný e referát ("review“)ob í las t T i • kompilační zpracování určitého tématu u tvůrčí činnost už uh i • nemusí obsahovat vlastní d o so u p t s o ez h e b 5 k Je

Chemická informatika Článek •

cenné pro: • rychlé uvedení do problému • obsahují téměř kompletní rešerši

Recenzní řízení (peer review) • • • • •

rukopis posoudí odborný redaktor + jeden nebo více nezávislých recenzentů (anonymní) připomínky zašlou zpět autorovi autor připomínky akceptuje nebo vysvětlí redaktor rozhodne o přijetí od zaslání práce po vytištění uplyne několik měsíců (až rok)

Recenzní řízení (peer review) • • •

u kratších forem je proces daleko rychlejší "krátká sdělení“ jsou přímo určena pro rychlé publikování zaslání ve formě "camera ready“ - urychlení

Typy vědeckých a odborných časopisů •

tisk původních prácí, případně i s kratšími formami • většina tradičních časopisů (např. Collection of Czechoslovak Chemical Communications) • některé zahrnují i review, např. Angewandte Chemie

Typy vědeckých a odborných časopisů •

některé se specializují na krátká sdělení • např. Tetrahedron Letters (org. chemie) některé tisknou pouze přehledné referáty • Chemical Review, Uspechi chimii

o k ja é a k r c i to Specializace časopisů g u a lo • tradiční časopisy - články prakticky ze všech oborů (příliš různorodé) o m l n • specializované časopisy e h á • podle oboru, např. "Journal of Organic Chemistry“, "Journal of Chromatography“ as eri tec l í h at o • podle národní příslušnosti n u e • mezinárodní ("International Journal of ...) o m ick ř í s š • národní (dnes již nebývá obvyklé) e j ní m í s š l o í di h e a Cena primární literatury už d án u yc t o a s • Cena časopisů stále stoupá: sl ý kol e. m káz t (v letech 1999-2003 zhruba o 30%!) en kov é š Praz čelů e za kzisky 33% m- ohlásillňza rok 2002 Elsevier - dominantní vydavatel pro vědecké a medicínské j tituly ú o u v a p s • Otištění vědeckého článku nebývá honorováno, naopak za tisk je požadována úhrada k o r y m o o d t ý V d Dodatky: ů in au o j r t o 128 (7): 51-56 u kAPR 15s2003 Van Orsdel L,n Born K, LIBRARY JOURNAL, e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 6 h b e ke J •

Chemická informatika Článek

Cvičení - články Nalezněte plné texty následujících článků • Drugs bust reveals athletes' secret steroid, JONATHAN KNIGHT, Nature 425, 752 (23 October 2003) • S. E. Wright, Comparison of the theoretical performance potential of fuel cells and heat engines, Renewable Energy, Volume 29, Issue 2, February 2004, Pages 179-195 • Allchin D., Issues and Trends, Sci. Ed. 87; 329-351

Cvičení - knihy Zjistěte v katalogu VŠCHT Praha: • Má ÚK knihu "Teorie a výpočty chemických reaktorů" od Octave Levenspiela • Kolik knih v ŮK napsal (nebo je spoluautorem) Bedřich Moldan? • Která kniha má ISBN: 80-200-0508-0? Pomocí Jednotné informační brány zjistěte: • Váš kamarád vám tvrdí, že v ČR jsou knihovny, které odebíraly časopis Playboy. Nechce se vám věřit vlastním uším. Ověřte tuto informaci! • Kolik vydání Komenského "Orbis Pictus" najdete v soubourném katalogu CASLIN?


Chemická informatika Identifikátory

Kapitola 5. Identifikátory Identifikátory knih, časopisů, jednotlivých publikací Identifikátory publikací • • • •

ISBN - knihy ISSN - časopisy DOI - jednotlivé publikace ISMN - hudebniny

ISBN - základní fakta • • • •

definována ISO standardem 2108:1992 použiváno 30 let 165 zemí oficiálními členy ISBN koordinátor v Čechách Národní knihovna

Dodatky: • What is an ISBN? [http://www.isbn-international.org/whatis.htm] • NK-ISBN [http://www.nkp.cz/start/knihcin/mezinarag/oma.html]

ISBN kód

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n Dodatky: e h á • GEO-3 ISBN a ISSN [http://www.unep.org/geo/geo3/english/pdfs/prelims.pdf] as eri tec l í h at o n u e ISSN o m ick ř í s š • identifikátor seriálových publikací e j ní m í s š i he • koordinátor v Čechách - Státní technická knihovna í l o a d ž d án u stu y c o a ISSN kód l ý z l e. s á o t m k • tištěná a elektronická verze časopisu rozdílný kód k en kov é š Praz čelů e za • 8-místné číslo ň ok v j • Formát: ISSN ####-#### m l ú u a p s k z předchozích • poslední číslice vypočítána správnosti r o V- kontrola y m o o d t ý • Příklady: d ů in au o j r t o k su DOI en b í T Object Identifier" o it hla • "Digital ž u i objektů - článků apod. u ou • identifikátor jednotlivých d o p zs tu s o e 8 h b e ke J • • • • •

Každé vydání knihy rozdílný kód 10-místné číslo Formát: 4 části, prvé tři o proměnlivé délce identifikuje koordinační skupinu, vzdavatele a číslo publikace poslední číslice vypočítána z předchozích - kontrola správnosti

Chemická informatika Identifikátory

Identifikátory - cvičení Najděte ISSN pro časopisy: • Chemical Engineering Science • Tetrahedron Letters Najděte ISBN pro: • 6. vydání Ullmannovy encyklopedie • Transport Phenomena, 2nd Edition by R. Byron Bird, Warren E. Stewart, Edwin N. Lightfoot 2001 • Elements of Chemical Reaction Engineering (3rd Edition) by H. Scott Fogler Najděte článek podle DOI: • 10.1016/S0920-5861(03)00295-5 • 10.1021/cr940266m Najděte knihu podle ISBN: • 80-00-01040-2 • 80-900953-0-5 • 047125424X Najděte seriálovou publikaci podle ISSN: • 1074-9098 • 0009 - 2770 Určete plný název časopisu podle zkratky: • Chem Mig • Kdo je vydavatelem Oil & Gas Journal?


Chemická informatika Booleova algebra

Kapitola 6. Booleova algebra Booleova algebra, textové operátory Operátory používané při sestavování dotazů •

•

• •

Logické operátory (priorita sestupně) • ( ) (závorky) • NOT • AND • OR Proximitní operátory Rozšiřování termínů (truncation) • divoké karty (“wildcards”): *, ?

Logické operátory •

•

NOT - negace • NOT(0) = 1 • NOT(1) = 0 AND - logický součin • 0 AND 0 = 0 • 0 AND 1 = 0 • 1 AND 0 = 0 • 1 AND 1 = 1 OR - logický součet • 0 OR 0 = 0 • 0 OR 1 = 1 • 1 OR 0 = 1 • 1 OR 1 = 1

o k • ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec Booleova algebra l í h at o n u e • asociativnost: o m ick ř í s š • (a AND b) AND c <=> a AND (b AND c) í m e í n s j š • (a OR b) OR c <=> a OR (b OR c) l o í di h e a ž • komutativnost d án u stu y c o • a AND b <=> b AND a a sl ý kol e. m káz • a OR b <=> b OR a t • distributivnost en kov é š Praz čelů e za • a AND (b OR c) <=> a AND m b ORlaňAND c ok v j ú u a p s k o závorky r y m o o Cvičení - odstraňte d t ý V d? ů in au • NOT (a AND b) ... o j r t o n b) ... ? k su • NOT (a OR e b í o • NOTT (NOT a) ... ? it hla ž u • a AND (b OR c) ... ? i u ou d o p zs tu s o e 10 h b e ke J

Chemická informatika Booleova algebra •

a OR (b AND c) ... ?

Cvičení - vyhodnoťte výrazy •

Vyhodnoťte výrazy: • (0 OR 1) AND 1 • 1 AND 1 AND 0 • NOT(1 AND 1) OR (NOT 0 OR 1) • (1 OR 0) AND (0 OR 1) • 0 OR 0 OR 0 OR 1 • 0 OR 1 AND 1 OR 0 • NOT(0 OR 1) AND NOT(NOT(0) OR 1)

Proximitní operátory •

umožňují definovat vzájemnou “polohu” dvou termínů, např.: • slova musí být vedle sebe v přesném pořadí (gas chromatography) • dva termíny se musí objevit v jedné větě, odstavci, záznamu

Rozšiřování výrazů • • •

nejčastěji zprava, někdy i zleva a uprostřed umožňuje vyhnout se problémům s koncovkami nejobvykleji pomocí tzv. divokých karet (“wildcards”): • * nahrazuje libovolný počet znaků • ? nahrazuje právě jeden znak

o k Příklady: ja é a • “polymer*” - tomuto zadání vyhovuje: k r c i • polymer, polymers, polymerization, ... to g u o • “prop?ne” - vyhovuje: a l o • propane, propene, propine m l n e h • “*styrene” - vyhovuje á as eri tec l • styrene, polystyrene, ... í h at o n u e o m ick ř Další pojmy í s š í m e í n s j š • Case sensitive - v případě, že vyhledávač je “case ísensitive”, rozlišuje i velká e a malá písmena (tedy l “A” <>o a h d ž “a”) d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz Cvičení - sestavte dotaz t n kov é š raz elů za • Vzor: e • autorem je Einstein, typ dokumentu m ljeňpatent: ok v P úč je u a p • Autor = "Einstein“ AND Doc. Type = "Patent“ s k r o y m o d V • Příklady: to ý d u n • zajímá násoabsorpce s chemickou ů reakcí, autorem hledaného i článku aje nejspíš Danckwerts nebo Sharma, j r t článekn vyšel asi v Chemical Engineering Science o k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 11 h b e ke J

Chemická informatika Booleova algebra

Příklady: • • • •

autorem je Kubíček, článek se týká matematického modelování destilačních kolon hledáme články popisující návrh reaktorů pro výrobu polystyrenu zajímá nás přestup kyslíku do roztoku v míchaném tanku nebo koloně máte zjistit něco o katalytické oxidaci propenu nebo propanu na platinových katalyzátorech


Chemická informatika Internet

Kapitola 7. Internet Internet - historie Vznik Internetu • • • • •

1969 - spuštěn ARPAnet - propojeny čtyři počítače 1971 - první e-mailovací program 1980 - nechtěný virus zablokoval kompletně celý ARPAnet 1984 - zaveden Domain Name System (DNS), přes 1000 připojených počítačů 1991 - WWW (World-Wide-Web) uvolněn organizací CERN

Více informací - obecně [http://www.isoc.org/internet/history/], Více informací - časová linie: http://www.zakon.org/robert/internet/timeline/ [http://www.zakon.org/robert/internet/timeline/]

Vývoj internetu v grafech •

Počet počítačů [http://www.zakon.org/robert/internet/timeline/Count_Host-log.gif]

• •

Počet domén [http://www.zakon.org/robert/internet/timeline/Count_Domains.gif] Počet WWW serverů [http://www.zakon.org/robert/internet/timeline/Count_WWW-log.gif]

Internet - IP adresy, domény Co je IP adresa?

o k ja é a k r c i Více na Webopedia [http://www.webopedia.com/TERM/I/IP_address.html] to g u o a l o Co je doména? n IP l cpomocí em jeiádefinována h • Skupina počítačů (zařízení) v síti, ke které je přistupováno jako k celku.sDoména a e r te adres. l -doménu vscht.cz, ní h at jen pro • Např. elektronické verze časopisů nebo "interní informace VŠCHT" jsou zpřístupněny o u e o m ick proto si je nemůžete číst z domova. ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 13 h b e ke J • • •

identifikátor pro počítač nebo jiné zařízení připojené k síti v současné době se skládá ze čtyř bytů, např. 147.33.15.10 (www.vscht.cz) volné adresy ubývají, bude se přecházet na novou generaci adres

Chemická informatika Web of Science (Science Citation Index)

Kapitola 8. Web of Science (Science Citation Index) Citační praxe primárních publikací. Science Citation Index Citační praxe primárních publikací •

(Obvyklá) struktura článku: • úvod (rozbor) • shrnutí předchozích poznatků • experimentální část • prezentace výsledků • diskuse • závěr či shrnutí •

odkazy

Citační praxe primárních publikací •

každý článek by měl důsledně odkazovat na veškeré své části, které jsou přebírány z článků jiných, ať již jako východiska pro danou publikovanou práci nebo pro podporu vlastních závěrů či naopak vyvracení závěrů jiných autorů účel • oddělit vlastní činnost od výsledků jiných • zařadit práci do kontextu výzkumu

o k ja é a k r c i Způsob citace to g u a • horní index nebo číslo [2] lo o • autor + letopočet (Matros et al., 1989) m l n e h á s ri ec • umístění odkazů a l • na každé stránce pod čarou e o -t í h t n a u • souhrnně na konci dokumentu e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 14 h b e ke J •

1


Vzájemné citování - informační hodnota • • •

podklad pro vyhledávání relevantních informací r. 1960 založen Institute for Scientific Information (ISI), hlavní produkt je "Science Citation Index“, od r. 1961 vydáván jako tištěný časopis (referátový) + nyní i elektronické formy soupis prací + odkaz na práci, která ji cituje

Science Citation Index • • •

Heslo v SCI - autor výhoda - možnost objevení nových zajímavých souvislostí způsob hledání: • vyjdeme z primární publikace • hledáme autory, kteří ji citují • získáme články (postup lze opakovat) • ve elektronických verzích lze hledat i podle předmětových hesel

Citovanost - kritérium pro hodnocení •

použití pro hodnocení aktivity a úrovně vědeckých pracovníků • problémy: • autocitace • citování přehledných referátů, apod.

Web of Science - elektronický Science Citation Index o

k a j é Elektronická báze - obsah a umístění a k r c o i Web of Science nabízí oproti tištěné verzi vyhledávání podle témat, kombinované dotazy a tnesrovnatelně vyšší g u komfort. a lo o m l n Zrcadlo (mirror) databáze je umístěn v Čechách: http://wos.cesnet.cz/ e h á as eri tec l í Základní pojmy h at o n u e o m ick ř í Je nutné pochopit základní pojmy používené ve Web of Science:s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 15 h b e ke J


Obrázek 8.1. Základní pojmy

o k ja é a k r c i to g u a lo Elektronická báze - typ hledání o m l n e h Volba typu hledání á as eri tec • Pokročilé hledání (Full Search) l í h at o n • Jednoduché hledání (Easy Search) u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 16 h b e ke J


Obrázek 8.2. Vstupní stránka

o k Easy Search - výběr databáze ja é a • Nejdříve vybereme databázi (pro technické vědy "Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED)" k r c i zaškrtnutím checkboxu. to g u • Pak zvolíme, o čem chceme hledat informace - předmět/téma (Topic), osoba (Person), a nebo místo (Place)olo m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 17 h b e ke J


Obrázek 8.3. Výběr databáze

o k Easy Search - hledání podle předmětu ja é a k r c Volba řazení i to g • Podle relevantnosti u a lo • Podle stáří (nejnovější navrch) o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 18 h b e ke J


Obrázek 8.4. Hledání předmětu - zadání dotazu, nastavení řazení



Seznam nalezených článků Obrázek 8.5. Seznam nalezených článků

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e Plný záznam a ž d án u stu y c o a Obsahuje: sl ý kol e. m káz • Bibliographické informace t • Někdy text abstraktu en kov é š Praz čelů e za k v m článkem ň("CitedoReferences") • Které články jsou citovány tímto j l ú u a p s • Které články citují tento článek ("Times Cited") r o kteréVcitují y aspoň jednu stejnou mpublikaci ok článků, ojako • "Related records"d vrátí seznamd daný záznam t ý u n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 20 k Je


Obrázek 8.6. Plný záznam



Citující články Obrázek 8.7. Citující články

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š i he l o í a d ž Easy Search - hledání podle d án u yc u autora t o a s sl ý kol e. m káz Při vyhledávání podle autorů máme tři možnosti t • Hledat články, které daný člověk napsal n kov é š raz elů za e • Hledat články, které citují práci daného autora č je k patrněvtoPnejméněúzajímavé) m(v technických ň vědách l o u • Hledat články o daném člověku a p s k r o y m o d V ý uto d Easy Search hledání podle autora n ji u a rů to o n k Hledáme články, jejichž autorem/spoluautorem je F. Liška. í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 22 k Je




Easy Search - výsledek hledání podle autora

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t v š prací Easy Search - hledání o az elů za en citujících r é k mM. Kubíčka. ň ok v P úč je l Hledáme články, které citují práce u a p s k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 24 k Je


Výsledkem bude opět seznam článků.

Easy Search - hledání článků o osobě


Chceme nyní najít články o Janu Hendriku Schonovi, který proslul díky falšování výsledků vědeckého výzkumu.


Easy Search - výsledek článků o osobě Obrázek 8.8.

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za k podle m lňčlánků ú ra j o Easy Search k -u hledání místa v p s m to o do Seznam ý Vyzkratek [http://wos.cesnet.cz/help/adabrv.html] Jména institucí i adresy jsou zkracovány. d n au ů i o j r t Pokud vydavatel onázev časopisu, neníí jistota, n časopisu také zkrátil u budou konzistentní. k že zkratky s e b t nejjednodušší T nalézt všechny článkyoz určité instituce, ježipatrně la zjistit si zkratku dané instituce podle Chceme-li h u nějakého známého článku ia doufat, že zkratka bude ustejnáoveuvětšině článků. d o p zs tu s o e 26 h b e ke J


Full Search Full Search - výběr pokrytí Nejprve specifikujeme časové období, ve kterém chceme hledat. Hledat můžeme dvěma způsoby: • Články, které jsou od daného autora, obsahují zadané klíčové slovo atp. • Články, který citují námí specifikované články.



o k ja é a k r c i to g u a lo Full Search - obecné hledání o m lkde některýhznautorů e Obecné hledání (General Search) - chceme najít všechny články obsahující slovo "catalysis", as eriá tec je z VŠCHT (Prague Institute of Chemical Technology) l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 28 h b e ke J


o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž c d án u stu hledání Full Search - výsledek lobecného o y a z l e. s á o ý t m Výsledkem je seznam článků. n kov é šk raz elů zak e Všimněte si zadaného dotazu, který mje vypsaný ň nahoře.ok v P úč je l u a p s k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 29 k Je


o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u yc u citací t Full Search - hledání podle o a s sl ý kol e. m káz t v š az lů za Hledání podle citací se sestává ze dvoun kroků. o e é Pr če j e • Vytvoření seznamu "odkazovaných" článků.k k m ň l • Nalezení článků, které je citují. ú ra u p so v k y m to o do Vseznamu ý Full Searchd- sestavení "odkazovaných" článků u n ů i o a j r t Potřebujeme n zjistit všechny články, o které citují známý článek od Danckwertse u vydaný v časopisu Chemical k doby s e b í Engineering Science roku 1953, str. 1 (článek se týkal distribuce prodlení). o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 30 h b e ke J


o k ja é a k r c i to g u Full Search - hledání podle citací a lo o m l n e Zaškrtnutím specifikujeme článek(y), které nás zajímají. h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 31 h b e ke J


o k ja é a k r c i to g u lo Full Search - výsledek hledání podle citací a o m l n e h Výsledkem je seznam článků, které jej citují. á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 32 h b e ke J


o k ja é a k r c i to g u a lo Cvičení o m AIR-TEMPERATURE n • Najděte všechny články citující: Jones et al. "NORTHERN-HEMISPHERE SURFACE l e h á VARIATIONS - 1851-1984", JOURNAL OF CLIMATE AND APPLIEDsMETEOROLOGY, c někdy v a eri tevyšel l letech 1984-87 í h t on • Najděte články, které se zabývají havárií tankeru Exxon Valdez uu Aljašky. a kv elektronické formě.íře o"odkazovaných" m c s • Najděte článek zmiňovaný v „Full Search - sestavení seznamu článků“ i š í m e "odkazovaných" í n • Najděte článek zmiňovaný v „Full Search - sestavení seznamu článků“ na regálech knihovny. s j š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 33 h b e ke J

Chemická informatika Struktura sloučeniny

Kapitola 9. Struktura sloučeniny Struktura chemické sloučeniny a její informační využití Struktura chemické sloučeniny a její informační využití Názvosloví • • •

nutnost přesné definice sloučeniny => snaha o jednoznačné názvosloví + mezinárodní standardizace problém nomenklatury

Lineární reprezentace struktury chemických sloučenin •

•

princip • rozklad struktury na logické fragmenty (substruktury), které se označí alfanum. kódy • lineárně seřazené do řetězce vyjadřují strukturu Př.: • alifatické uhlovodíky ... číslo (počet C) • benzenové jádro ... R • dvojná vazba ... U

Lineární reprezentace struktury chemických sloučenin o

k a j é • dnes už jen vyjímečně a k r c • Př.: i to g • CH OC H ... 1O2 u a lo • C H COOCH ... 3VO1 o m l n • m-nitrofenol ... WNR CQ e h á as eri tec l hspojovacích Topologický popis struktury - použití t o- tabulek ení a u o m ick • princip znám dlouho ř í s š í • praktické použití až s nástupem počítačů e jn m í s š i e l í • Princip: a no d grafuch ž uhrany d • struktura je graf, v němž atomy představujíu uzly, vazby a ázá lo ý st oly . • popis struktury s k aze lům ak • libovolné očíslování atomů t v n š o e (druhkatomu a typévazeb sePsousedními • zápis kvalit jednotlivých uzlů r čatomy) e je z k m ň • vodíkové atomy seu nezapisují, implicitně že obsadí volných valence l sseopředpokládá, ú v a p k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 34 k Je •

na tomto principu v šedesátých letech vznikla Wiswesserova lineární notace - používána hlavně v USA

3

3 7

2 5

3


Redundantní spojovací tabulka

Tabulka 9.1. Ukázka redundantní spojovací tabulky Atom

Druh

Vazba atom

na Druh vazby

1

C

2

SE

2

C

1

SE

3

O

2

DE

4

N

2

SE

5

C

4

SE

6

C

4

SE

Vazba atom

na Druh vazby Vazba atom

na Druh vazby

3

DE

4

SE

5

SE

6

SE

Redundantní spojovací tabulka

o k ja é a k r c i to • větší nároky na paměť g u a lo • snadná interpretace o m l n e h á s ri ec Neredundantní spojovací tabulka a l e o -t í • neredundantní tabulky h t n a u e • šetří paměť k o ř m c í s i • složitější zpracování š e j ní m í s š • snaha o vytvoření standardního formátu l o í di h e a ž • stereochemické informace d án u stu y c o • dohodnuté kódy a sl ý kol e. m káz • místo kvality vazby úhel a délka t n kov é š raz elů za e Využití spojovacích m tabulek ň ok v P úč je l u a p s • metoda využití tabulek k - základ všech strukturních bází dat r o y m o v CASd- základ celého • poprvé tabulky použity ý uto V registračního systému d n • v současné době ji ukódůajsou převáděny rů starší souboryklineárních to - prakticky jedináometoda, n b a jejichitvyužívání í las Strukturní Te báze odat u soubor struktur už uh • CAS r. 1967 začla budovat i d o so u p t s o ez h e b 35 k Je • • •

Při jiném číslování - jiná tabulka, ale zpětně získáme stejnou strukturu graf lze algoritmem převést na kanonickou formu tabulka je redundantní - o každé vazbě je údaj uveden dvakrát

Chemická informatika Struktura sloučeniny • •

největší báze struktur na světě - přes 12 miliónů sloučenin v grafické formě pro veřejnost - báze dat REGISTRY

•

podobně: Gmelin 15 – „Gmelin“ a Beilstein 14 – „Beilstein“

•

přesná struktura - důležité u patentů => spol. Derwent vyvinula systém fragmentačních kódů

Strukturní báze dat a jejich využívání •

=> Markushovy vzorce - popis širších skupin látek označením obecných substituentů (např. R, X)

•

dnes - převod do spojovacích tabulek a zpřístupnění • společností Derwent • CAS - speciální báze chem. patentů MARPAT

Reakční báze •

báze CAS - CASREACTS

•

na základě materiálů sovětských a východoněmeckých ústavů - báze CHEMREACTS

Hledání ve strukturních bázích •

zadáme: • textový název; fragment názvu + další údaje (sumární vzorec, RN)

•

získáme: • grafický záznam struktury, odkazy

Hledání ve strukturních bázích •

zadáme • strukturu v grafické formě získáme • zda sloučenina existuje; pak název, RN + další údaje, s nimiž je možno pak provést kompletní rešerši např. v bázi CA

o k ja é a k r c i to g u a Zadávání struktury lo o m l n • exact search e h á s ri ec • substructure search a l e o -t í • možnost zadat obecné substituenty či je naopak někde zakázat h t n a u e • specifikace struktury jako součásti jiné molekuly o m ick ř í s š í m e vzorců í n s j Cvičení - kreslení strukturních š l o í di h e a ž d án u stu y c Pomocí ISIS Draw nakreslete: o a • domeček sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d • prasátko ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 36 h b e ke J •


• • • • •

toluen kyselinu 1-naftalensulfonová esterifikaci: kyselina octová + ethanol reakci: hydrogenace benzenu na cyklohexan LSD

•

cukry

•

•

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á sloučeninu as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j steroidní sloučeninu ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 37 h b e ke J


Ve všech případech: • zkontrolujte pomocí ChemInspectora • použijte AutoNom pro zjištění správného názvu • exportujte jako MOLfile

Cvičení - opakování Najděte následující článek: J. Phys. Chem., 1995, 99, 531-537 • v digitální podobě • papírovou verzi v knihovně


Chemická informatika Historie CA

Kapitola 10. Historie CA Historie Chemical Abstracts Chemical abstracts • • •

původně referátový časopis, během času došlo k rozšíření a transformaci činnosti vydává od r. 1907 Americká chemická spol. základní úkol: zpracovávat celosvětově primární dokumenty (Ch, ChI) včetně patentů • formou abstraktů + indexace

Chemical Abstract Service (CAS) • •

vznikla z původní zpracovatelské kanceláře dnes - továrna na zpracování informací, sídlící ve městě Columbus (Ohio, USA) • asi 1200 zaměstnanců • roční rozpočet 40 miliónů dolarů • •

denně zpracovává asi 2000 dokumentů ročně přes 650 000 článků a 120 000 patentů

Zpracovávané publikace • • • • • •

časopisy patenty technické zprávy dizertace sborníky z konferencí knihy

o k ja é a k r c i to g u a lo o Další služby CAS m l n e h á s ri ec • Chemical Industry Notes - indexace komerční chemické literatury a l e o -t í • CAS Document Detective Service h t n a u e • zajišťuje kopie dokumentů indexovaných v CA nebo CIN o (asi pro minulých 20 let)k ř m c í s i • vyjímky: nepřímo odkazované dokumenty jako jsou e technické zprávy š í či dizertace í n m s j š • pokud je problém s copyrightem, půjčí originál í i he l o a d ž • CAS Registry Service d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 39 h b e ke J


Zastoupení oborů v CA

o k ja é a k r c i to Jazyk g u a lo • Původní odkazy - přes 50 jazyků o • CA - odkazy v angličtině m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 40 h b e ke J


o k ja é Systém zpracování informací v CAS a k r c i • způsob zpracování informací v CAS to g u • vyčerpávající o a l o • z celého světa m l n e • individuální (“ruční”), intelektuální h á as eri tec • publikace, patenty, disertace, přednášky ze sborníků, ... l -CAS: Chemical ní hchemikálií)at- jiný produkt • jsou opomíjeny pouze informace komerční (nové provozy, ceny o u e o m ick Industry Notes (CIN) ř í s š e j ní m í s š “Ruční zpracování” l o í di h e a ž d án u yc u(vysoká skvalifikace) t • informace zpracována školeným abstraktorem o a sl ý kol e. m káz • klíčové kroky jsou prováděny člověkem t v š az lů za • volba klíčových slov, tvorba či n úprava abstraktu o e k ké Pr če je • výpočetní technika se užívám zejména pro ň l ú ra o s thesaurem u indexových v • kontrola názvosloví, porovnání termínů p s k m to o do Vy ý d Způsob práce v CASů in au o j r t • prostřednictvím o na centrální počítač n terminálů napojených kCAS su e b í • vše ukládáno přímo v digitální formě o T it hla ž u • výroba různých produktů i u ou d o p zs tu s o e 41 h b e ke J

Chemická informatika Historie CA •

největší databanka chemických informací na světě

Nová sekundární informace • • •

•

Bibliografická citace Text abstraktu • převzat s případnou úpravou či zpracován abstraktorem, vyznačena klíčová slova Soubor rejstříkových hesel • ze slov v názvu práce a abstraktu • z termínů z thesauru Soubor všech chemických sloučenin • sumární + strukturní vzorce, synonyma, registrační číslo (buď nalezeno nebo nově přiděleno)

Možnosti využití • •

zdroj průběžného informování o aktuálním výzkumu, objevech, ... databanka kumulovaných informací, bez časového omezení - pro retrospektivní rešerše

Realizace • •

tištěná forma • sešity uložené v knihovně počítačová forma • přes síť • kumulované na vysokokapacitních médiích (efektivní prohlížení velkých časových souborů)

o k tištěné CA - od r. 1907 ja é a elektronické CA - až od 1967 k r c i • přestože je snaha o převedení CA 1907-1967 do elektronické podoby to g u a lo aktualizace o m l n • tištěná forma - každý týden e h á s ri ec • online verze - každý den a l e o -t í • CA on CD - po měsíci (ale včetně rejstříků!) h t n a u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 42 h b e ke J

Chronologické pokrytí • •

•

Chemická informatika CA compounds

Kapitola 11. CA compounds Nomenklatura CA Nomenklatura •

•

Příklad (normální název, název v rejstříku): • methyl ester of (1,3ß,4ß)-4-chloro-3-[2-(methylamino)ethyl]-cyclohexanecarboxylic acid • Cyclohexanecarboxylic acid, 4-chloro-3-[2-(methylamino)ethyl]-methyl ester, (1α,3ß,4ß)nomenklatura vychází z nomenklatury IUPAC, je ale ještě systematičtější

Nomenklatura - vyjímky •

Vyjímka - povoleny pouze tyto nesystematické (triviální) názvy: • acetic acid, benzoic acid, carbonic acid, formic acid, guanidine, hydrazine, phenol, urea • (nelze tedy např. hledat “toluene”, “acetone”)

Způsob hledání správného názvu v CA • • • •

úplná názvoslovná pravidla (velmi složitá) Formula Index + Substance Index (obsahuje u čísla abstraktu i textovou modifikaci) Ring System Handbook - pro nalezení základu (cykly bývají základem názvu) elektronická báze dat REGISTRY (název vyhledán nakreslením vzorce) - nutno platit

Zpřehlednění Substance Index

o k • analysis, biological studies, occurence, preparation, properties, reactions, uses and miscellaneous ja é a • categories - celkem 15 k r c o hydrazones, gi • acetals, anhydrides, anhydrosulfides, compounds, derivatives (general), esters, ethers, hydrazides, t u lactones, mercaptale, mercaptoles, oxides, oximes, polymers a lo o m l n Příklady e h á s ri ec a l e o -t í • pro obsáhlá hesla jsou qualifiers dodané jako část main subject headings h t n a u • Blood, analysis e k o ř m c í s i • sloučeniny mající deriváty, jsou děleny do podskupin podle Categoriesí (15, viz. „ Categories “) š e jn m í s • Carboxylic acids, esters š l o í di h e a ž • Sulfonic acids, uses and miscellaneous u dnesyjsouctrochu pozměněnya d án uasi do r.s1997, t o • Poznámka: zmíněné Categories jsou používány sl ý kol e. m káz t Categories en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j • pro ketony a aldehydy u ú a p s kmercaptals, r o oximes • acetals, hydrazones, y m o o d t ý V d • pro kyseliny ů in au o j t • anhydrides, anhydrousulfides,resters, lactones o n k su e b • pro alkoholy í o T it hla • ethers ž u i u ou • pro aminy d o p zs tu s o e 43 h b e ke J •

qualifiers - celkem 7

Chemická informatika CA compounds • •

oximes

věcné: compounds, derivatives, polymers

Složitost názvosloví •

Bohužel, tento systém je hodně složitý; jeden (šeredný) příklad: • dodecahedrane (C20H20) byl hledán pod tímto jménem •

systematicky přidělené jméno: gha]pentalene,hexadecahydro-

•

nyní mu bylo přiděleno místo v "fullerene family“: [5]Fullerane-C20-Ih

5,2,1,6,3,4-[2.3]Butanylidenedipentaleno

[2.1.6/cde:

2’,1’,6’-

Složitost názvosloví •

Je důležité si pamatovat, že CAS nomenklatura se časem měnila. Významné změny proběhly v r. 1972, do té doby bylo názvosloví docela stabilní. Pokud užijete starší literaturu, je dobré se ujistit o správnosti terminologie.

Základní pravidla CAS nomenklatury • • •

selekce hlavní části sloučeniny - heading parent substituenty jsou řazeny za “parent” v invertovaném pořadí příklady: • toluen ... ... Benzene, methyl•

ortho-xylen ... Benzene, 1,2-dimethyl-

•

benzylalkohol ... Benzenemethanol

Základní pravidla CAS nomenklatury

o k ja • CCl F ... ... Methane, dichlorodifluoroé a • CCl F ... ... Methane, fluorotrichlorok r c i to • polymery jsou pod monomery, ze kterých jsou tvořeny g u • teflon je Ethene, tetrafluoro-, homopolymer a lo o m l n e h Pořadí pod "parentem" á s ri ec a l • nejprve qualifiers a categories, pak substituenty (abc) e o -t í h t n a u • u substituentů ignoruji čísla (vazba na základ) a punkci e o m ick ř í s • př.: Benzen š e j ní m í s • Benzene š l o í di h e a ž • Benzene, analysis d án u stu y c • Benzene, uses and miscellaneous o a sl ý kol e. m káz • Benzene, compounds t n kov é š raz elů za • Benzene, polymers e • Benzene, azidom lň ok v P úč je u • Benzene, chloroa p s k r o y m o d V • Benzene, 1.2-dibutylý uto d n o ji u a rů Soli nt o k e í las t ob i • soli T organických kyselin, nebo anorganických kyslíkatých kys. jsou řazeny pod kyseliny jako deriváty ž h u i u u • soli anorg. bezkysl. kys. jsou samostatně d o so u p t s o ez h e b 44 k Je •

pokud je více substituentů, jsou řazeny alfabeticky a to včetně předpon • tetrachlormetan Methane, tetrachloro2 2 3

Chemická informatika CA compounds •

příklady: • KCl ... Potassium chloride •

K2SO4 ... Sulfuric acid, potassium salt (2:1)

Pomoc při hledání názvu chemické sloučeniny •

•

Index Guide • pokud znáš běžné nebo obchodní jméno • dobrý speciálně pro léky, přírodní látky, barvy, atd. Registry Number Handbook • RN => CAS systematický název pro sloučeninu • pamatuj, že existuje mnoho zdrojů pro hledání RN, které mají podobné rejstříky: Merck, HODOC, Aldrich, Kirk-Othmer

Registrační systém CA Registrační systém CA •

registrování všech chemických sloučenin

•

• vytvoření vazby mezi sloučeninou a primárním informačním zdrojem • seznam všech známých sloučenin do 60. let - evidovány pod sumárním vzorcem, ale hlavně pod názvy

•

od 60. let - přidává se strukturní vzorec (nejpřesnější)

Registrační systém CA

o k ja é a k r • c i to g u a lo o m l n • e h á as eri tec l í Registrační systém h at o n u k = pořadové í+ře o tzv.mRegistryicNumber • každá sloučenina, se kterou se CA setkává poprvé, dostává přiděleno s š kontrolní číslo, jednoznačně identifikující každou sloučeninu. Není v žádném ke skutečné struktuře. í vztahu e í n m s j š • jakákoli sebemenší změna ve struktuře (krystalová ímodifikace, istereochem.ekonfig., ...) dostavá svoje l novéo a h d ž číslo d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz CA Formula Index t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v Formula Indexu(vzorcový) j ú a p s k chemických • rejstřík sumárních vzorců sloučenin r o y m o o d t ý V • Hillův systém psaní dsumárních vzorcůů in au o • neuhlíkaté prvky psány striktněrabecedně j t o n - C, H, ostatní abecedně k su • organické e b í o T řazení it hla • kritéria ž u i 1. abecedně u ou d o p zs tu s o e 45 h b e ke J •

strukturní vzorce • nevhodné pro tvorbu rejstříků či vyhledávání • přelom až s počítačovou technologií vznikaly dva rejstříky • názvy sloučenin (složité, ne vždy použitelné) • databanka strukturních vzorců (možnost vyhledávání až pomocí počítačů) proto byl vytvořen tzv. registrační systém

Chemická informatika CA compounds 2.

počet jednotlivých atomů

Příklady • • • •

• •

chlorid sodný: ClNa kyanovodík: CHN ethan: C2H6 podle počtu atomů: • CHCl3 • CH2Cl2 teflon: (C2F4)x benzoan sodný: C7H6O2, sodium salt ........ne C7H6NaO2

Formula Index •

Formula Index odkazuje na zmínku o sloučenině někde v celé práci, nikoli v abstraktu

•

Problém - mnoho sloučenin má shodný sumární vzorec, nutno vybírat z názvů (nomenklatura CA se liší od IUPAC) pomůcka - Ring System Handbook (cyklické sloučeniny = 85% org. sloučenin)

•

Způsob indexování • • •

soli kyselin, alkoholů, aminů, heterocyklů apod. jsou zásadně indexovány pod sumárními matečných sloučenin a ne pod sumárními vzorci solí molekulové adičních sloučenin a iontových koordinačních sloučeniny - u svých složek polymery - u monomerů


Chemická informatika Chemical Abstracts

Kapitola 12. Chemical Abstracts Jak hledat v CA Hledání v CA - podle předmětu •

Podle předmětu (subject) • najdu seznam odkazů na hledané téma, např.: • specifické instrumentální techniky • nové aplikace laboratorních technik • nové fotochemické techniky • najdu články na téma, viz. výše

Hledání v CA - podle látky •

Podle látky (substance) • hledám RN (Registry Number) • cesta přes název sloučeniny: celé, nebo segmenty jména

•

• přes souhrnný vzorec • přes strukturní vzorec: přesně, nebo substruktury hledám články, patenty, atd. • vlastnosti • přípravy • reakce • toxicita • užití

o k ja é a k r c Hledání v CA - podle autora i to g u o • Podle autora a l o • hledám články na specifické téma m l n e h • nové články od známého autora á as eri tec l • kompletní bibliografii od daného autora í h at o n u e o m ick ř Jak hledat v CA - postup í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c Hledání v CA - cvičení lo a s ý kol e. m káz t V CA on CD 1997 najděte články týkající n se: kov é š raz elů za e • destilace pomocí rejstříku Word a General Subject. Jak se liší výsledky? mzadáte sloučeninu? ň ok v P úč je l • destilace ethanolu. Jak nejlépe u a p s k r o y • destilace ethanolu nebo methanolu m o d V ý utoJak a proč se přístup liší? d • destilace nebo rektifikace. Pomocí rejstříku Word a pak pomocín General Subject. ji u a rů točíslo a (CAS) názevosloučeniny: n k Určete registrační í las t ob Te • ethanol i ž uh u • kyselinu dusičnou i u d o so u p t s o ez h e b 47 k Je

Chemická informatika Chemical Abstracts • •

kyselinu uhličitou dusičnan amonný

Určete název a sumární vzorec sloučeniny podle registračního čísla: • 20729-41-3 • 151-56-4 Každou z těchto sloučenin pak nalezněte podle sumárního vzorce. Jaké má tento přístup výhody a nevýhody?

Cvičení Máte najít všechny články, které zmiňují oxidy dusíku (pozn.: pracujte s CA on CD 97). Najděte: • nejprve počty článků pro jednotlivé následující sloučeniny, • počet článků, které zmiňují jakoukoli z nich, • počet článků, které zmiňují jakoukoli z nich, ale při zadání vynechte NOx. O kolik odkazů byste přišli, pokud byste vynechali NOx? Uvažujte tyto sloučeniny: • N2O • NO • N2O3 • NO2 • N2O5 • N2O4 • NOx (jakým způsobem zadáte?)

o k ja é a k Máte najít všechny články (pozn.: pracujte s CA on CD 97), které zmiňují: r c i to • Z-but-2-en g u a • E-but-2-en lo o • jakýkoli 2-buten m l n e h á c 2i tesloučenina as Je ezaregistrována Jak bude výhodné zadat dotaz pro první dva případy, jako pro poslední? Podněty: r l í buten (tj. je jí přiřazeno CAS RN), u které není specifikována stereochemie? h at o n u kSrovnejte nalezenouíře oPraha) zm Najděte články prof. Milan Kubíčka (Ústav matematiky, VŠCHT let 1992-1996. c s i š íkde chybí? sadu s výsledkem hledání ve Web of Science. Jsou totožné?e Které články Aspoň u tří článků najděte í n m s j š původní zdroje. l o í di h e a ž d án u stu y c o a Detailní rozbor abstraktu sl ý kol e. m káz t v š az lů za n o e CA Heading k ké Pr če je m ň l • Každý CA abstrakt začínáu kombinací: ú ra o v p s k o Vy • názvem dokumentu (event. přeloženým) m to o d ý d • plnou bibliografickou citací ů in au o data j r t • další odkazová n - volný text bo k su e • Text abstraktu í o T it hla • Hlavička - konzistentní a rigidně formátovaná informace ž u i u ou d o p zs tu s o e 48 h b e ke J Cvičení


Text abstraktu • •

1. věta: základní zjištění a závěry uvedené v abstrahované práci další text zdůrazňuje • cíl práce • nové reakce, látky, materiály, techniky, postupy, aparáty, vlastnosti a teorie • nové aplikace starých znalostí • výsledky výzkumu + interpretace výsledků autory a závěry

Heading - sériové publikace



Heading - sériové publikace



Heading - proceedings and edited collections



Heading - technical reports



Heading - dissertation



Heading - books announcements

and

audio-visual

materials



Heading - patent


Chemická informatika Chemical Abstracts - popis tištěných verzí (starší, nekrácená verze)

Kapitola 13. Chemical Abstracts - popis tištěných verzí (starší, nekrácená verze) Chemical Abstracts Chemical abstracts Osnova • • • • •

Chemical Abstract Service Abstrakta Registrační systém Rejstříky (Indexes) Elektronická báze

CA v ÚK VŠCHT Třídění abstraktů - sekce •

80 sekcí (Sections) seskupených do 5 tématických celků (CA Section Groupings) • • • • •

Biochemistry Sections Macromolecular Chemistry Sections Organic Chemistry Sections Applied Chemistry and Chemical Engineering Sections Physical, Inorganic and Analytical Chemistry Sections

o k ja é a k r c i Sekce to g u • pokud by abstrakt náležel do více sekcí - použití křížových odkazů (Cross-references) a lo o • Subject Coverage Manual m l n e h • detailní definice sekcí á as eri tec l • tabulka změn během let í h at o n u e o m ick ř Zkratky í s š e j ní m í • Názvy časopisů - použití zkratek CASSI s š l o í di h e • Názvy korporací jsou silně zkráceny a ž d án u stu y c • Zkratky pro obvyklé chemické termíny o a l z l e. á • viz CAS Standard Abbreviations andsAcronymsý[http://www.cas.org/ONLINE/standards.html] o t m n kov é šk raz elů zak e Tištěná forma CA m lň ok v P úč je u • časopis vychází každý týden a p s k r o y m ooblasti střídaly • dříve se tématické po 14 dnech: Organic Chemistry lichý týden, o ostatní sudý týden d t ý V d u n • periodicitao je týden ji u a rů t o n k • Volumee(za půl roku) í las t ob Tsešitů (á 9000 abstraktů) i • 26 ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 56 k Je

Chemická informatika Chemical Abstracts - popis tištěných verzí (starší, nekrácená verze) •

za rok asi 700 000 abstraktů

Tištěná forma CA •

CA Selects - úzce zaměřené rešerše nabízené CA každých 14 dní - pro průběžnou informovanost

•

pro retrospektivní rešerše - plná verze, vázaná a uložená na regálech knihovny

Rejstříky • •

není zásadní rozdíl mezi tištěnými a počítačovými aktualizace • tištěné • částečně u každého sešitu (rychle připravitelné) • úplnější verze až po skončení ročníku, kumulují se i víceročně (systematičtější) • počítačové • bezprostředně po aktualizaci

Rejstříky pomocné •

Rejstříky pomocné •

usnadňují práci se standardními rejstříky

Dělení rejstříků •

“Issue Indexes” (u jednotlivých sešitů) • • •

Keyword Index Author Index Patent Index

o k • “Volume Indexes” (na konci ročníků) ja é a • Author Index k r c i • Formula Index to g u o • General Subject Index a l o • Chemical Substance Index m l n e h • Patent Index á as eri tec l • Index of Ring Systems í h at o n u e o m ick ř Kumulované rejstříky í s š e j ní m í • “Collective Indexes” (kumulované) s š l o í di h e • kumulovány jsou “Volume Indexes” a ž d án upětiletéy c u od r. s1957 • období - dříve desetileté (“Decennial Index”), t o a slrovnou ýdo r. 1946)kol e. m káz • vzorcový kumulován až od r. 1920 (ale t n kov é š raz elů za e Rejstříky pomocné m lň ok v P úč je u • Pomocné rejstříky a p s k r o y m • Index Guide o d V ý uto d • Index of Ring Systems n o růSource Index k ji u a • CASSI -tChemical Abstract Service o n í las • Registry t Te Handbooks ob i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 57 k Je


Keyword Index •

klíčová slova a fráze jsou vybírána z názvu práce v angličtině a z textu abstraktu

• • •

volný, nevázaný rejstřík na konci každého tištěného sešitu není na konci ročníku ani kalendářního roku kumulován

•

u počítačových verzí se klíčová slova stávají součástí Basic Index

Author Index - Issue Indexes •

•

Všichni autoři uvedeni • příjmení a iniciály • v rejstříku je jen číslo abstraktu Př.: Lipshutz B H 151869t Little R D 152780u

Author Index - Issue Indexes •

Patenty • uvedeni autor i vlastník • před číslem abstraktu je P

•

Př.: Genentech, Inc. P146735s

o k ja é Author Index - Issue Indexes a k r c i • Společnosti a vládní organizace jsou také uvedeny v autorském rejstříku to g u • Př.: a lo o m l n United States Food and Drug Administration 150996v 150997w e h á s ri ec a l e o -t Author Index - Volume and Collective Indexes í h t n a u e • prvý autor o m ick ř í s š • název práce + odkaz na číslo abstraktu í m e í n s j š • ostatní autoři l o í di h e a ž • křížové odkazy na prvního c d án u formu) u na standardní t o y • jméno autora nemusí být jako v článku (převedeno a s l vlastních . jmenm káz sl používajíkiniciály o e • řazeno abecedně, při stejném příjmenítse pro řazeníý š jsou tranksripční ov rejstříků az etabulky lů za • problém s transkripcí (ruština, činština) en - nakpočátku r é m lň ok v P úč je u a p s Příklady k r o y m o d V • první autor ý uto d n o ji u a rů Ford, PetertCambell o n k s íof... 14875a t a obof the photoreactions Quantitative Te mechanistic studies i l ž uh uautora • křížový odkaz na prvního i u d o so u p t s o ez h e b 58 k Je Leong S R P146735s

Chemická informatika Chemical Abstracts - popis tištěných verzí (starší, nekrácená verze) Lange, Frederick Fouse See Miller, Kelly T.; Sudre, Olivier ---; Lam, D.C.C.; Sudre, O.

Řazení jmen •

řazení jmen (iniciály abecedně) Ellis, A. Ellis, Arthur Baron Ellis, A. D. Ellis, Anthony Ewart Ellis, Avery K. Ellis, Andrew Michael Ellis, Albert T.

Předmětové rejstříky (Subject Indexes) • • •

General Subject Index Chemical Substance Index pouze ve Volume Indexes a v Collective Indexes

o k ja é a k r • c i to g • závazná hesla jsou doplňována tzv. textovými modifikacemi (nevázané) u a lo o m l n General Subject Index e h á • pro řadu rešerší v tištěné formě - jediným řešením as eri tec l í h at o • doporučení pro práci s ním: n u k seznam závaznýchíře • nejdříve zkontrolovat vhodnost hledaných hesel v Index Guide, případně prohlédnout o m c s i termínů na konci rejstříku Index Guide š í m ecelé hlavníjnheslo í s • pracovat pečlivě a pozorně (“prstová metoda”), projít š l o í di h e a ž d án u stu y c General Subject Index lobsahuje: o a s ý kol e. m káz • typy chemických sloučenin t • fyzikální a chemické jevy en kov é š Praz čelů e za • typy reakcí m lň ok v ú ra j u p s • chemické technologie k m to oa vybavenído Vy • průmyslové procesy ý d • vědecká jménaopro živé organismy ů in au j r t • biologickéna medicínské termíny o k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 59 h b e ke J General Subject Index •

závazný seznam předmětových indexových termínů (tzv. “General Subject Headings”) sestavený pracovníky CAS - tedy thesaurus seznam hesel uveden v Index Guide


Chemical Substance Index • • • •

abecedně řazené systematické názvy chemických sloučenin rozsahem největší => nejdůležitější nutno určit správně pojmenování sloučeniny podle pravidel CA pro abecední řazení se používá invertovaná podoba názvu: • •

nejdříve “parent” (základ) substituenty, lokanty, stereochem. označení, ...

Patent Index • • • •

soupis všech patentů abstrahovaných za dané období řazení - podle zemí a čísla odkazy na příslušný abstrakt při přihlašování patentu v různých zemích - abstrahován pouze jednou (ten, který je první doručen do CAS) “Basic Patent”. Všechny ostatní vztaženy k němu, vztah je zachycen v patentovém rejstříku

Index Guide • • •

asi nejdůležitější “pomocný rejstřík” shromažďuje všechny křížové odkazy mezi různou terminologií užívanou v primárních dokumentech a v CA (předmětová hesla, chemické názvy - hlavně triviální, ...) Odkazy na další hesla: • See = dané slovo není heslo, nelze ho hledat •

See also = je užito jako heslo, ale je doporučeno podívat se též na další hesla

o k • vydáván vždy na počátku pětiletého období ja é a • každý rok jsou vydávány doplňky (Index Guide Supplement) - kumulativně k r c i to • obsahuje g u • 1 - přehled zásad indexace a lo o • 2 - seznam závazných rejstříkových termínů “General Subject Headings” m n l e h • 3 - obvyklá (běžná) a obecná jména chemických sloučenin => systémová jm. (RN) á as eri tec l í h Ring t Systems n o Index of Ring System - Handbookuof a e o m ick ř í s • pro hledání rejstříkových názvů složitějších sloučenin š e j ní m í s • Index of Ring System - vydáván ke každému “Volume” š iindexů he l o íročníkových a d ž • Handbook of Ring Systems - kumulace všech všech d án u ykóduc u alfanumerického t • základní cyklické systémy jsou vyjádřeny formou o a s sl ý kol e. m káz t Zápis kruhového systému en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j • pouze cyklický systém bez substituentů ú u a p s k vazeb, které • rozdělení na kruhy (počet řetězec)r o je nutno yrozštěpit, abychomýdostali m o d to V • z kolika atomů sed skládají jednotlivé kruhy u n a s N a S) ji - pětičlenný • atomy v jednotlivých rů jejich symboly (C3NS to kruzích vyjádříme o n u k • všechnyesystémy uváděny v maximálně podobě í las t ob nenasycené T i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 60 k Je Index Guide


Příklad zápisu kruhového systému 3 RINGS: 5,5,6 C3NO-C4N-C4N2

o k ja é a k r c i to g u a lo Chemical Abstracts Service Source Index (CASSI) o m l n e h á • abecední soupis všech zdrojů, z kterých kdy byly připraveny abstrakty s i t ec a r l • vysvětluje význam zkratek názvů í h ate on u • řazení: podle zkratek, ne podle celých názvů k literatury íře o a velké m c s i • CODEN - šestimístný alfanumerický kód, přidělený každé peridické části neperiodické š e j ní m í s š i he l o í Indexes) a Souhrnné rejstříky (Collective d ž d án u stu y c o a z l e. • shrnutí jednoho typu rejstříku za několiks letl á o ý t m k k -aCollective • do r. 1957 za desetileté období - Decennial Indexes, v pak zašpětiletá z lIndexes a n ů o e z • počet svazků 12. kolektivního rejstříku - přes r Kč) če je kstovkuk(ccaé 3/4 miliónu P m ň l • první nabízené na CD-ROM ú ra u p so v k m verzi) o do CA to ý Vy (pro tištěnou Dodatky k d názvosloví u n rů možné jménok ji u a tokaždé sloučeniněojedinečné • Snaží se zajistit n tí las • CA má ob (ne nutněžiIUPAC) Tesvůj vlastní systém nomenklatury h iu u u d o so u p t s o ez h e b 61 k Je Registry Handbook • • •

registrační číslo - podmínka pro vstup do databází CAS, výstup jsou opět RN soupis všech RN od počátku přidělování, s uvedením názvu a sumárního vzorce vydáván postupně, poprvé pro léta 1965-1972, následovaly Registry Handbook - Number Sections Supplements

Chemická informatika Beilstein

Kapitola 14. Beilstein Beilstein - historie Beilsteins Handbuch der organischen Chemie • • • • •

věnováno organické chemii soupis prakticky všech známých sloučenin (do určité doby) + jejich vlastnosti, odkazy na výrobu, ... důraz na úplnost => značné zpoždění (asi 20 let) použití počítačových technologií - zkrácení skluzu zpracovány sloučeniny do let 1960-1980

Proč hledat v Beilsteinu • • •

Nejobsáhlejší odkaz na organické sloučeniny ne vše je v Chemical Abstracts - Beilstein začíná rokem 1779 všechny informace o sloučeninách jsou shromážděny na jednom místě

Historie • • •

zakladatel - Friedrich Konrad Beilstein, prof. chemie na Carském technickém institutu v Sankt Petěrburgu začal na díle pracovat v 70. letech 19. stol., poprvé vydáno r. 1881-83 (2 svazky) vydávání převzala Německá chemická spol., začala vydávat r. 1918 (“4. vydání”), to vychází dodnes formou doplňků

o k • r. 1951 založen “Beilstein-Institut” ve Frankfurtu nad Mohanem, asi 100 chemiků - zpracování datja • => značná cena díla, jednotlivý svazek asi 70.000 - 80.000,- Kč, ročně 1 milión Kč, celé dílo astojí asi 0,5 cké r miliónu DEM. i to g • též přístup přes počítačové sítě u a lo o m l n Crossfire e h á as eri tec l Dnes databáze Beilstein i Gmelin vlastní a prodává společnost MDL. í h at o n u e Na VŠCHT přístupné obě současně v databázi Crossfire o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e Beilstein - cvičení a ž d án u stu y c o Nakreslete a v databázi najděte (pokud existují): a sl ý kol e. m káz • domeček t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au • prasátko to j r o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 62 h b e ke J Současnost

Chemická informatika Beilstein

• • •

toluen kyselinu 1-naftalensulfonová reakci: hydrogenace benzenu na cyklohexan

Nalezněte následující data: • Bod varu 1-propanolu. K odkazu "Kamlet et al." (cca Ref. 6) dohledejte plný text a najděte udanou hodnotu v původním textu. • Tlak nasycených par HCN. K odkazu "JACS 61; 1939; 2626" (cca Ref. 12) dohledejte plný text. Najděte udanou hodnotu v původním textu • Kritickou teplotu pro C2H2. K prvnímu odkazu na "J. Chem. Eng. Data" dohledejte plný text.


Chemická informatika Gmelin

Kapitola 15. Gmelin Gmelin - historie Počátek •

•

Leopold Gmelin (1788-1853), profesor chemie na Universitě v Heidelbergu • poprvé oddělil organické sloučeniny od anorganických • poprvé použit klasifikační princip přiřazování jednotlivých anorg. slouč. k prvkům, ze kterých se skládají, podle určitých pravidel “Handbuch” - velmi úspěšný, nakonec se vydávání ujala Německá chemická společnost (od r. 1922)

Současná forma • • •

od r. 1946 vydává “Gmelin Institut für anorganische Chemie”, Frankfurt nad Mohanem, je součástí Max-PlanckGesellschaft do roku 1980 německy od roku 1980 anglicky

Crossfire Dnes databáze Beilstein i Gmelin vlastní a prodává společnost MDL. Na VŠCHT přístupné obě současně v databázi Crossfire


Chemická informatika Ullmann

Kapitola 16. Ullmann Ullmannova encyklopedie - historie Ullmann’s Encyklopedie der technischen Chemie • • •

nejucelenější encyklopedie technické chemie vyšlo několik vydání - aktualizace zpracovaná historie technické chemie

Ullmann’s Encyklopedie der technischen Chemie • • • • • •

vydavatel: Verlag Chemie, Weinheim 2. vydání, 1928-1932, 10 sv. + rejstřík 3. vydání, 1951-1970, 19 sv. + doplňky + rejstřík 4. vydání, 1972-1983, 24 sv. + rejstřík anglicky: Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry, od 1985 - pokračuje A1-A28 - abecední hesla, B1-B8 sumarizace základních poznatků

Ullmannova encyklopedie - elektronická verze Jedna z nejvýznamnějších encyklopedií věnovaných chemickým technologiím

Ullmann´s Encyclopedia of Industrial Chemistry

o k ja é a k r c Výhody elektronické verze oproti tištěné o i t g u • Vyhledávání (i kombinované): full-textové, v rejstříku autorů, klíčových slov, CAS RN, ... a lo o • křížové odkazy pomocí hyperlinků atd. m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 65 h b e ke J • •

http://www.mrw.interscience.wiley.com/ueic/index.html „Ullmannova encyklopedie - historie“


Obrázek 16.1. Ullmannova encyklopedie on-line

o k ja é a k r c i Seznam článků to g u a l(=o Je v podstatě analogický k obsahu knihy - články v encyklopedii jsou řazeny abecedně podle názvu kapitoly o m l n termínu). e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 66 h b e ke J


Obrázek 16.2. Ullmann - seznam článků

o k ja é a k r c i Předmětový rejstřík to g u a lo Je uspořádán ve stromové struktuře. o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 67 h b e ke J


Obrázek 16.3. Ullmann - seznam hlavních kategorií

o k ja é a k r c Příklad: "Analytical Techniques > Gas Chromatography". i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 68 h b e ke J


Obrázek 16.4. Ullmann - podkategorie "Gas Chromatography"

o k ja é a k r c i Seznam autorů to g u a lo Je v podstatě totožný s autorským rejstříkem knihy. o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 69 h b e ke J


Obrázek 16.5. Ullmann - seznam autorů

o k ja é a k r c i Hledání podle CAS RN to g u a lo Hledáme-li údaje o sloučenině chlor, můžeme též zadat její CAS RN, které je 7782-50-5. o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 70 h b e ke J


Obrázek 16.6. Hledání podle CAS RN

o k ja Obrázek 16.7. Hledání podle CAS RN - seznam článků é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 71 h b e ke J Výsledkem hledání je seznam článků, ve kterých je toto číslo uvedeno.


Obrázek 16.8. Hledání podle CAS RN - ukázka článku

Hledání - full-text Budeme hledat články o chloru (angl. chlorine) pomocí "full-text"-ového vyhledávání. Pro jistotu zadáme pravostranné rozšíření pomocí znaku "*" - např., kdyby se vyskytl termín "chlorine-based" apod.

Obrázek 16.9. Hledání - full text

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za k řetězec m j s výsledky pro Výsledkem hledání je seznam článků, velň kterých se tento znaků ú vyskytuje (srovnej o u v a p s vyhledávání pomocí CAS RN). k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 72 h b e ke J


Obrázek 16.10. Hledání - full text - seznam článků

Tento způsob vyhledávání vrací velké množství článků, z nichž velká část nemusí být vůbec releventní.

Obrázek 16.11. Hledání - full text - ukázka článku

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h Obsah článků á as eri tec l í h at o Články obsahují množství obrázků, schémat a tabulek. n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 73 h b e ke J


Obrázek 16.12. Ukázka textu s hypertextovými odkazy

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í Cvičení o T it hla ž • Najděte informace o výrobě azo barviv u i u ou d o p zs tu s o e 74 h b e ke J Obrázek 16.13. Ukázka schématu

Chemická informatika Ullmann • • •

Najděte o výrobě bromu Najděte informace o palivových článcích Jakými způsoby se dá vyrábět nealkoholické pivo? Které z nich jsou nejpoužívanější?


Chemická informatika Kirk-Othmer

Kapitola 17. Kirk-Othmer Ullmannova encyklopedie - historie Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology • • • •

americká encyklopedie obdobný rozsah a zaměření jako Ullmann’s začala vycházet až po válce Encyclopedia of Chemical Technology • běžné odkazováno jako “Kirk-Othmer” • rozsáhlá, spolehlivá encyklopedie • 4. vydání, (3. je stále použitelné) • důležité průmyslové chemikálie • dobrý rejstřík hesel, křížové odkazy a bibliografie

Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology • • • •

1. vydání 1947-1960 2. vydání 1962-1972 3. vydání, J. Wiley and Sons, New York 1978-1983, 24 sv. + doplňky + rejstřík 4. vydání, J. Wiley and Sons, New York 1991- pokračuje

Kirk-Othmer - elektronická verze

o k ja Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology é a k r • http://www.mrw.interscience.wiley.com/kirk/ c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 76 h b e ke J

Chemická informatika Další sbírky dat a encyklopedie

Kapitola 18. encyklopedie

Další

sbírky

dat

a

Další sbírky dat a encyklopedie Další encyklopedie • •

• • •

Encyclopedia of Polymer Science and Engineering 0-471-86519-2 Polymeric Materials Encyclopedia 0-849-32226-x 0-8493-2651-6 Encyclopedia of Industrial Chemical Analysis 0471809993 Winnacker-Küchler, Chemische Technologie, Bands 1-7 O.-A. Neumüller, Romps Chemie-Lexikon (spíše slovník)

Další encyklopedie •

“Comprehensive Chemistry” Series

•

Encyclopedia of Inorganic Chemistry 0-471-93620-0 CRC Handbook of Data on Organic Compounds (HODOC) Handbook of Physical Properties of Organic Compounds “Dictionary of Compounds” Series

• • •

o k ja é Reakce a syntézy a k r c i to g • Rodd`s Chemistry of Carbon Compounds u a lo • Theilheimer`s Synthetic Methods o 3805572662 m l n e h á s ri ec • “Houben-Weyl” Methoden der Organischen Chemie a l • Organic Reactions e o -t í h t n a u • Organic Syntheses e o m ick ř í s • Inorganic Syntheses š e j ní m í • Fieser and Fieser`s Reagents for Organic Synthesis s š l o í di h e 0-471-41537-5 a ž d án u stu y c • Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis o a sl ý kol e. m káz t Sbírky dat ("Data Collections") a az elůmetody en kov é š- analytické z r m lň ok v P úč je • Spectra Collections u a p s • Sadtler Spectra Series k r o y m o Magnetic d Resonance • Encyclopedia of Nuclear ý uto V d n oof Analytical Sciencerů • Encyclopedia ji u a t o n k • Comprehensive Analytical Chemistry í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 77 k Je

Chemická informatika Další sbírky dat a encyklopedie

Sbírky dat ("Data Collections") - hazard • • • •

Sax`s Dangerous Properties of Industrial Materials Hazardous Substances Resource Guide Hazards in the Chemical Laboratory CRC Handbook of Laboratory Safety


Chemická informatika Handbook of Chemistry and Physics

Kapitola 19. Handbook of Chemistry and Physics Handbook of Chemistry and Physics Handbook of Chemistry and Physics • • •

http://www.hbcpnetbase.com/ Vlastní tabulky jsou jen PDF verze - tj. jen "elektronický papír". Avšak obohacené o komplexní (kombinované) vyhledávání - název sloučeniny, CAS RN, fyzikální vlastnosti, ...



Obrázek 19.1. Handbook of Chemistry and Physics on-line

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a Vyhledávání sl ý kol e. m káz t v Budemeš tedy hledat zpodle názvu a Vybereme n "benzene"). ů sloučeniny. Hledáme údaje o sloučenině benzen (angl. o a l e z r é k e proto "Name of substance" jako pole, v němž budeme hledat. m lň ok v P úč je u a p s k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 80 k Je


Obrázek 19.2. Vyhledávání v HBCP - volba pole

Hodnota pole má být "benzene".

Obrázek 19.3. Vyhledávání v HBCP - zadání hodnoty

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o Výsledkem je seznam dokumentů. n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 81 h b e ke J


Obrázek 19.4. Vyhledávání v HBCP - výsledný seznam dokumentů

Cvičení • • •

Najděte kritickou teplotu pro Br2 Najděte spalné teplo pro plynný vodík Najděte meze výbušnosti pro CS2


Chemická informatika NIST Webbook

Kapitola 20. NIST Webbook NIST Webbook Elektronické tabulky dostupné na WWW zdarma, udržované NIST (National Institute of Standards and Technology)

NIST Webbook • • •

http://webbook.nist.gov/ Termochemická data asi 6000 organickým a malých anorganických sloučenin. Vstupní stránka




Volba typu hledání •

http://webbook.nist.gov/chemistry/

Obrázek 20.2. Volba typu hledání

Hledání podle sumárního vzorce • •


http://webbook.nist.gov/chemistry/form-ser.html


Obrázek 20.3. Zadávání sumárního vzorce

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k -ovíce sloučenin r y m Výsledek hledání o o d t ý V d • V případě, že o je nalezeno více sloučenin, ů jsou nabídnuty k výběru. in au j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 85 h b e ke J


Obrázek 20.4. Výsledek hledání - více sloučenin



Detaily o sloučenině •

Detailní informace o sloučenině benzen.



Obrázek 20.5. Detaily o sloučenině



Detaily - příklad I: termochemická data plynné fáze •

Obsahují např. entalpii, měrné tepelné kapacity.

Obrázek 20.6. Termochemická data plynné fáze

o k ja é a k r c i to g u a lo o Detaily - příklad II: data fázové přeměnyem l n h á • Obsahují např. kritické veličiny, entalpie fázových přeměn (jako hodnoty, i atd.tec asi jako ezávislosti) r l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 89 h b e ke J


Obrázek 20.7. Data fázové přeměny



Obrázek 20.8. Data fázové přeměny - výparná entalpie

o k ja é a Podle čeho lze ještě vyhledávat - obecné k r c i to • Vzorec g u a lo • Název o • CAS RN m l n e h á s ri ec • Autor a l • Struktura (funkční skupiny, typy vazeb) e o -t í h t n a u e k ř m c í Podle čeho lze ještě vyhledávatso - fyzikální vlastností i š e j ní m í s • Iontově-energetické vlastnosti š l o í di h e a ž • Vibrační a elektronové energie d án u stu y c o • Molekulová váha a sl ý kol e. m káz t n kov é š raz elů za Cvičení e čpři teplotěje273.15 K • Najděte měrnou tepelnou kapacitu P ethanolu k plynného m (za konstantního ň otlaku) l ú u v a p s • Najděte hmotnostní spektra pro methanol k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 91 k Je

Chemická informatika MSDS

Kapitola 21. MSDS MSDS MSDS - Material Safety Data Sheets

MSDS • •

http://lib-c.vscht.cz/cgi-bin/ohsqform.pl Slouží k získání informací o toxicitě látky, riziku, způsobech přepravy, vzhledu, vlastnostech apod.

Možnosti zadávání dotazu • • •

část chemického názvu přesný chemický název CAS RN

Hledání podle části chemického názvu Zadáme-li např. "chlor", dostaneme seznam všech chemických názvů, které v sobě obsahují "chlor".

Obrázek 21.1. Hledání podle části chemického názvu



Obrázek 21.2. Hledání podle části chemického názvu - seznam sloučenin

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e jní názvu í m s Hledání podle přesného chemického š l o í di h e a ž c na "Exact Chemical n d Name". u ya přepneme u termínst"chlorine" Hledáme-li údaje o sloučenině chlor, zadáme anglický á o a Výsledkem bude Zadáme-li např. "chlor", dostaneme názvů, které v sobě obsahují z lchemických . sl ýseznam všech á o "chlor". e t m k k en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 93 h b e ke J


Obrázek 21.3. Hledání podle přesného chemického názvu

Výsledkem hledání je v tomto případě jedna sloučenina.

Obrázek 21.4. Hledání podle přesného chemického názvu - seznam sloučenin

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o jen určitou ř Můžeme zvolit, jaké informace chceme získat - zda souhrn, vše,snebo sekci. ck m í i š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 94 h b e ke J


Obrázek 21.5. Formát zobrazení

Seznam sekcí


o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š i he Ukázka sekce č. 3: "HAZARDS IDENTIFICATION" í l o a d ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 95 h b e ke J



o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á Hledání podle CAS RN as eri tec l í h at o n Hledáme-li údaje o sloučenině chlor, můžeme též zadat její CAS RN,ukteré je 7782-50-5. e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 96 h b e ke J


Obrázek 21.8. Hledání podle CAS RN

Výsledkem hledání jsou v tomto případě dva údaje - chlor a nasycený roztok chloru a vody (protože to je dvousložkový systém, kde jedna ze složek měla odpovídající CAS RN).

Obrázek 21.9. Hledání podle CAS RN - seznam sloučenin

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a l ý z l e. s á o t m Cvičení - toxikologické informace v šk az lů zak n o e rlátka? Jaká é hořlavá • V laboratoři máte pracovat s 1,1-dichlorethanem. při potřísnění? k Je tokvysoce eje prvníjpomoc e č P m ň l • Váš laborant má pracovatu s CrCl . Jak je ohodnocena z hlediskaú toxicity? Najděte "Risk and safety o tato látka v a p s k r phrases". o y m o sodík? JakVnesmíte? ý uto • Jakým způsobem d můžete hasit d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 97 k Je 3

Chemická informatika MEDLINE

Kapitola 22. MEDLINE EBSCO, MEDLINE Elektronické databáze EBSCO. Databáze MEDLINE.

EBSCO •

http://search.epnet.com/

MEDLINE •

Na vstupní stránce zvolíme databázi MEDLINE


o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick Příklad vyhledávání ř í s š e j ní m í s Máme za úkol najít články týkající se dioxinů a toxikologie. š l o í di h e a ž d án u stu y c Články týkající se dioxinů o a sl ý kol e. m káz t Zadání dotazu en kov é š Praz čelů e za kv sekciv"Keyword".ú m pouzelňslova dioxin j Nejjednodušší způsob hledání - zadání o u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 98 h b e ke J


Obrázek 22.2. Hledání v sekci Keyword



Výsledek - seznam článků Obrázek 22.3. Hledání v sekci Keyword. Výsledek - seznam článků



Ukázka abstraktu Obrázek 22.4. Hledání v sekci Keyword. Ukázka abstraktu.

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o Časopisy týkající se toxikologie a sl ý kol e. m káz t v š az lů za Hledání podle názvu en o k ké Pr če je • Zadáme počátek názvu časopisu v sekcilň "Publications". m ú ra o známe.v upřechodpna časopis,skterý • Má smysl asi jen pro rychlý k o "Toxi"Vseydostaneme rychle naý"Toxicology", m to ale mineme např. "Aquatic ozačátku názvu • Nevýhoda: při zadání d d toxicology". o ů in au j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 101 h b e ke J


Obrázek 22.5. Sekce Publications - prohlížení typu "Alphabetical" (abecední)

Hledání podle relevantnosti •

Zadáme termín v sekci "Publications" a přepneme na "Relevancy Ranked".

•

Vrátí .....



Obrázek 22.6. Sekce Publications - prohlížení typu "Relevancy Ranked" (podle relevance)

o k ja é a k r c o i t g u Složitější dotaz a lo o m l n Máme za úkol nalézt všechny review články zmiňující dioxiny. e h á s ri ec • V sekci "Keyword" zadáme termín "dioxin". a l e o -t í • V části "Limiters" nastavíme "Publication Type" na hodnotu "Review". h t n a u e • Můžeme zaškrtnout možnost "Also search within the full text o of the articles". k ř m c í s i š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 103 h b e ke J


Obrázek 22.7. Složitější dotaz



Obrázek 22.8. Složitější dotaz - výsledek hledání


Chemická informatika MICROMEDEX

Kapitola 23. MICROMEDEX MicroMedex MICROMEDEX Integrated Search •

http://www.tomescps.com


o k ja é a k r c i to g u a lo o MICROMEDEX Integrated Search II m l n e h á as eri tec Výsledkem hledání je seznam relevantních odkazů. l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 106 h b e ke J


Obrázek 23.2. Seznam relevantních odkazů

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u IIIy c uSearch t o a s MICROMEDEX Integrated sl ý kol e. m káz t vodkazů došjednotlivých Vybráním jednoho termínu se dostaneme o azdatabází. lů za enna seznam r é k e m lň ok v P úč je u a p s k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 107 k Je


Obrázek 23.3. Odkazy do jednotlivých databází pro zvolenou sloučeninu



Obrázek 23.4. Ukázka dokumentu z konkrétní databáze

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a Podle čeho lze ještě vyhledávat: l ý z l e. s á o t m k • CAS RN k en kov é š Praz čelů e za • NA Number m lň ok v j • RCRA Number ú u a p s k o • RTECS Number r y m o o d t ý V • STCC Number d ů in au • UN Numberto j r o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 109 h b e ke J


MICROMEDEX - ChemKnowledge Umožňuje kombinované full-textové vyhledávání ve více databázích najednou (samozřejmě jen v těch předplacených ...). V následujícím příkladě vyhledáváme jen v názvu, a to řetězec "chlorine".

Obrázek 23.5. ChemKnowledge Free-Text Search - zadání dotazu

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u Výsledkem hledání je seznam i "abstraktů" s odkazy una plnéotexty. u d o p zs tu s o e 110 h b e ke J


Obrázek 23.6. Seznam relevantních abstraktů


Chemická informatika Patenty

Kapitola 24. Patenty Patentové informace Patentové informace • • •

vedle článku ve vědeckém časopise - nejdůležitější zdroj primárních informací až 70% všech informací z vědy a techniky je publikováno jen v patentech patent - především právní dokument • •

zajištění práv autorů či vlastníků na využívání předmětu patentů k podnikatelským účelům smlouva mezi státem a autorem (práva zajišťována státem)

Příklad: najděte na Espacenet patenty obsahující v názvu slovo "exhaust"

Patentovat lze téměř vše J a k s e h o u p a t n a h o u p a č c e : U S 6 , 3 6 8 , 2 2 7 [htp:/patft.uspto.gov/netacgi/nph-Parser?Sect1=PTO1&Sect2=HITOFF&d=PALL&p=1&u=/netahtml/srchnum.htm&r=1&f=G&l=50&s1=6' ,368,227.'WKU.&OS=PN/6,368,227&RS=PN/6,368,227]

Popis patentu • •

má-li být předmět patentu dobře chráněn, musí být dobře popsán je-li popis “mlhavý”, umožňuje to obcházení patentu

•

často nebývají některé postupy vůbec patentovány (např. přípravy katalyzátorů)

o k ja é a k r c i to g Historie u a lo o • Benátská republika - r. 1474 m l n e • středověká cechovní ustanovení h á c úmluva i Pařížskáteunijní asje přijimána • patent - pochází z minulého století - produkt průmyslové revoluce - r. 1883 r l í te ona ochranu průmyslového vlastnictví - z ní se odvozují další zákonyh n a u e o m ick ř í s š Současnost u nás e j ní m í s š e (nové upravené l znění)o • u nás v současné době - problematika patentovéí ochrany - izákon č. 527/1990 a h d ž [http://sbirka.vscht.cz/2001/01-003.htm], zákon č. 478/1992 Sb. o užitných vzorech (úplné znění) n d u stu y c á [http://sbirka.vscht.cz/2001/01-004.htm] lo a z l e. s(podle sovětského á o • za socialismu - pouze autorské osvědčení vzoru) ý t m n kov é šk raz elů zak e Patentové úřadym ň ok v P úč je l u • patentové úřady - výkon patentového práva a reprezentant státu vůči vynálezcům ve a věcech patentové ochrany p s k r o y m o o • u nás - Úřad průmyslového vlastnictví, hlavní část Praha Bubeneč, U hřbitova č. d V ý ut 2a d n ů o ji u a rpatentu tpůsobnost Jazyk a o n k í ...) las t • patent obstátu (japonský japonsky, Tjeepsán úředním jazykem i ž uh • ochrana práv je pouze inauteritoriu daného státu u d o so u p t s o ez h e b 112 k Je Průmyslová práva • •

upravují vztahy v oblasti nehmotného průmyslového vlastnictví patenty, “know-how”, ochranné známky, ...

• •

Chemická informatika Patenty důsledek - řada prakticky stejných dokumentů přihlášených a udělených v různých státech (viz Patent Index CA) kvůli zjednodušení - zavedení Evropských patentů (stačí jedna přihláška), podobně patenty World Intellectual Property Organization (označovány PCT International Application)

Ukázka - PCT, US, EP, JP [http://cz.espacenet.com/]

Udělování patentu •

patentová přihláška - náležitosti každé publikace - shrnutí dosavadního stavu (stav techniky), popis nového objevu, výhod, konkrétní aplikace, závěr (shrnuje do několika bodů tzv. patentové nároky). Důležitá je formální stránka!

Přihláška patentu •

přihláška podána na patentový úřad - zaznamenán přesný čas a datum - základ pro patentovou prioritu. Číslo patentové přihlášky - první důležité identifikační označení (lze podle něj hledat).

Udělení/neudělení patentu rozhodnutí patentového úřadu - zda patent udělí nebo ne. Přihláška musí odpovídat požadavkům, patent musí být nový (nepopsaný). • někdy bývá v průběhu řízení zveřejněna přihláška pro námitky • pokud námitky nejsou, dochází k udělení, tzn. že patent je zapsán do patentového rejstříku •

právní dokument pro autora, uložen v patentové knihovně

Patentový průzkum

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á s ri ec Patentové třídění a l e o -t í • systém věcné klasifikace patentů - kvůli provedení patentového průzkumu h t n a u • dříve v rámci každého státu individuálně k 2. verze) íře o m iClassification, c • dnes - Mezinárodní patentové třídění (zkratka MPT nebo s Int.Cl2 - International š e j ní m í s š l o í di h e a ž Patentové třídění c zájmů d án u průmyslových u rozložené t o • formálně podobné desetinnému - odráží však spíše y a s z l e. sl úrovních á o ý • MPT užívá dělení všech vynálezů na čtyřech t m n kov é šk raz elů zak • sekce e • podsekce m lň ok v P úč je u a p s • třídy k r o y m o d V • podtřídy ý uto d n o ji u a rů Sekce nt o k í las t ob • A lidské Tepotřeby i ž uh • B pracovní postupy iu u d o so u p t s o ez h e b 113 k Je • • •

finančně a časově nejnáročnější liší se stát od státu snaha o zrychlení a zlevnění: • různé verze zkráceného patentového průzkumu • bezprůzkumové řízení (zpravidla dřívější zvěřejnění přihlášky a ponechání k námitkám veřejnosti) • zveřejněny různé dokumenty v různém stadiu řízení

Chemická informatika Patenty • • • • • •

C chemie a hutnictví D textil a papír E stavebnictví F mechanika, osvětlování a topení G fyzika H elektronika

Sekce • •

celkem 103 tříd, 594 podtříd sekce C • podsekce: chemie, hutnictví • př. tříd podsekce chemie • C 01 Anorganická chemie • C 02 Úprava vody, čištění městských a průmyslových vod • C 03 Sklo, minerální a strusková vlna • atd. ...

Sekce •

Podtřídy • C 07 B Všeobecné metody organické chemie • C 07 C Acyklické a karbocyklické sloučeniny • C 07 D Heterocyklické sloučeniny • atd. ...

o k ja é a k r Možnost vyhledávání patentů - patentové rešerše c i to g u • je určitý postup, proces, .., chráněn patentem? a lo • zásadní význam v průmyslové praxi - právní spory, finanční postihy o m l n • patentové rešerše - velmi důležitá odborná činnost (pečlivost, zkušenost) e h á as eri tec • průzkum patentové čistoty - je možné daný produkt vyrábět a prodávat? l í h at o n u e k orešerší Způsoby provádění patentových ř m c í s i š í MPTm- vyhledat patřičné zatřídění. ePomocíjpříruček • nalezení relevantních patentů - systém patentového třídění. í n s š i je. Možno epoužít elektronické abáze.l o V patentové knihovně zapůjčit všechny dokumenty í a prohlédnout h d ž d án u stu y c o a Patenty a Chemical Abstracts l ý z l e. s á o t m k • CAS sleduje patenty udělované v 15 nejvýznamnějších jsou abstrahovány. Abstrahován zv11Patent a n objeví,kostatní šk u dalších ů ov jsouézemích, a je pouze prvý patent, který se v CAS uváděny pouze Indexu. Vzrejstřících je na l e r če třídy, patenty upozorněno: P (120:P345678). Vňelektronické verzi bázePdat CA: patentové data priority, čísla e k m j l ú o přihlášek u v a k op ys r m o o d t ý V d služby Další patentové n au ů i o j r t • kromě CAn existují další sekundární oinformační služby íorientované k nasupatenty. Největší provozovaná anglickou e b soukromou společností DERWENT. o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 114 h b e ke J •

Dělení podtříd - jemné třídění na jednotky (“skupiny”). Pro označování - dvojice čísel oddělené lomenou čarou

Chemická informatika Patenty

Společnost DERWENT • •

nejdříve patenty z oblasti farmaceutické chemie (r. 1963), pak další chemické obory, postupně pokryla celý obor techniky WPI - World Patent Index - největší patentová báze • přes 12 miliónů patentů • každý týden asi 15000 patentů • 34 států a nadnárodních organizací

Společnost DERWENT •

význam služby DERWENTu • nezávislé zpracování patentů za účelem jejich nalezení • nejdříve nový anglický název + co nejvýstižnější abstrakt • přebíráno MPT, + další třídění podle DERWENTu, + manuální kódy, kódy pro plastické hmoty, fragmentační kódy (pokud jsou chemické sloučeniny)

Způsob vyhledávání • • • •

dnes doplňovány o způsob počítačové reprezentace chem. struktur - důležité pro vyhledávání Markushových vzorců (R, X) důležitá složka - identifikace souvislostí mezi jednotlivými patenty a přihláškami, přiřazování sobě si odpovídajících dokumentů do “patentových rodin” (Patent Families) možnost rozsáhlého vyhledávání podle předmětových hesel, firem, ... společnost DERWENT nabízí velké množství různých produktů, dnes převážně elektronické po síti

Cvičení - patenty

o k ja é a k r c i to g u Dešifrujte kód MPT: a lo o • C 02 F 1/14 m l n e h á • F 28 B 1/06 as eri tec l í h at o n Cvičení - ochranné známky u e o m ick ř í s š V databázi českých ochranných známek nalezněte: e j ní m í s š e Dešifrujte je. al o • Ochrannou známku "Banka roku" (kombinovanou).íJaké jsou jejíi obrazové třídy? h d ž • Ochranné známky vážící se ke slovu "Budvar".u d án u yc t o a s l odění z l enebo • Která další piva mají obrazovou třídu 2.1.4 do folkloristických historických oděvů, kovboji)? . s(Muži á o ý t m k k en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 115 h b e ke J V databázi českých patentů nalezněte: • Patenty, jejichž původcem je Otto Wichterle • Patent, jehož číslo přihlášky je: 1999-2185. Jaké je číslo dokumentu? Jak je zařazen podle MPT?

Chemická informatika Publikování

Kapitola 25. Publikování Datové publikační formáty PDF Adobe Portable Document Format • de facto standard, otevřený formát • prohledávání není úplně snadné, k editaci jsou nutné speciální nástroje

HTML HyperText Markup Language • standard W3C (otevřený, zdarma) • textový formát • snadná editace v jakémkoli textovém editoru

XML Extensible Markup Language • standard W3C (otevřený, zdarma) • textový formát • striktnější než HTML, použití pro sdílení dat i dokumentů

o k ja • GIF, JPEG - binární bitmapové soubory é a k r • SVG (Scalable Vector Graphics) - vektorový formát budoucnosti c i to g u a lo Cvičení o m A novel n for • Najděte článek: M. R. Eden, S. B. Jørgensen, R. Gani and M. M. El-Halwagi, framework l e h á simultaneous separation process and product design, Chemical Engineering c 43, Issue i Volume asand Processing, r e l 5, May 2004, Pages 595-608. v digitální podobě. t í h ate on • Uložte na disk lokální kopii HTML verze. u e o m ick ř í s • Uložte na disk lokální kopii PDF verze. š íverzích. m e v obou í n • Pokuste se pomocí textového editoru (notepad) změnitsnadpis Srovnejte. j š l o í di h e a ž d án u stu y c Způsob a forma publikování o a sl ý kol e. m káz t Současná forma publikování en kov é š Praz čelů e za • Přechod od čistě tištěných verzí mna elektronické ň ok v j l ú u a p s • Problémy elektronických verzí: k o r y m o o • Časopisy již nejsou fyzicky v knihovně d t ý V d- např. JSTOR, "moving ů wall" in au • Jak archivovat o j r t opro vždy) í k su n(každoročně vs. jednou • Placení e b o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 116 h b e ke J Obrázky, grafy

Chemická informatika Publikování

Problém stažení článku • • •

Má editor právo stáhnout podvodný článek? Cenzura, nedotknutelnost a archivování vědeckých publikací, zabránění šíření falešných či mylných informací J.H. Schön článek s oznámením o podvodu [http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v414/n6862/full/414434a0_fs.html], stažení článku [http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v422/n6927/full/nature01462_fs.html]

Preprint servery Co je preprint? Článek zveřejněný před formálním publikováním v peer-reviewed časopisu, převážně po peer-review procesu.

Výhody preprintu • • • •

Rychlejší šíření informací širšímu publiku Lepší archivace vědeckých dat Rychlejší komunikace mezi výzkumem a průmyslem Rychlejší publikační čas

Problémy preprintu • • •

Zajištění kvality Někteří vydavatelé nedovolují preprinty (např. ACS) Problém s copyrightem a plagiátorstvím

o k ja Archivace é a k r Zajištění kontinuity c i to g Jak sledovat revize jednotlivých článků? u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 117 h b e ke J

Otázky kolem preprint serverů • • •

Chemická informatika Informatics, bioinformatics, classical informatics

Kapitola 26. Informatics, bioinformatics, classical informatics Informatics Informatika •

Neformální definice: Informatika je věda a umění přeměny dat v informace (David S. Weinberg [http://labmed.bwh.harvard.edu/pathology/Presentations/ITpresentation/sld002.htm])

Bioinformatika •

Bioinformatics is the study of the inherent structure of biological information and biological systems. It brings together the avalanche of systematic biological data (e.g. genomes) with the analytic theory and practical tools of mathematics and computer science. (UCLA Bioinformatics [http://www.bioinformatics.ucla.edu/])

Bioinformatika - předměty zájmu • • •

výzkum genomů porovnávání struktur proteinů simulace biologických procesů

Bioinformatika - předměty zájmu • • •

výzkum genomů porovnávání struktur proteinů simulace biologických procesů

o k ja é a k r Chemická Informatika c i to • Computer-assisted storage, retrieval and analysis of chemical information, from data to chemical knowledge. g u a lo (Chemical Informatics Letters [http://www.ch.cam.ac.uk/MMRG/CIL/cil_v6n2.html]) o m l n e h á Významné časopisy s ri ec a l e o -t • Journal of Chemical Information and Computer Sciences [http://pubs.acs.org/journals/jcisd8/index.html] í h t n a u • Bioinformatics [http://bioinformatics.oupjournals.org/] e o m ick ř í s š e j ní m í s š l o í di h e a ž d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 118 h b e ke J

Chemická informatika Normy

Kapitola 27. Normy Normy Cvičení - třídění norem ČSN normy • Najděte číslo ČSN normy 'Ropné výrobky a použité oleje - Stanovení PCB a podobných výrobků - část 2: Výpočet obsahu polychlorovaného bifenylu' • Jaký je její třídící znak: třída, skupina, pořadí? • Jaké další normy mají tento třídící znak? • Kolik vás bude stát zakoupení této normy - kolik bude stát jedna stránka? ISO normy - třídění • Najděte ICS kód pro 'Chemicals for the purification of water' • Jaké jsou názvy úrovní skrývajících se pod ICS kódy 71, 71.040, 71.040.40? ISO normy • Najděte ISO normu pro měření koncentrací ozónu v okolním vzduchu pomocí UV fotometrické metody. (Nápověda: pozor, není v sekci "Chemical technology") • Kolik vás bude stát zakoupení této normy - na kolik vás přijde jedna stránka?



Příloha A. Zřízení webové stránky Webhosting Webzdarma - registrace 1 Následujicí postup ukáže, jak založit webové stránky na adrese http://novakj.webzdarma.cz • Otevřete stránku http://webzdarma.cz/registrace.html • Vyberte jméno domény - v našem případě to je novakj.webzdarma.cz • • •

Zvolte odpovídající kategorii - pravděpodobně "osobní stránky" a podkategorii. Přečtěte si podmínky a (souhlasíte-li s nimi), zaškrtněte "Souhlasím s podmínkami ..." Stiskněte "Pokračovat"



Webzdarma - registrace 2 Opište autorizační kód

o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o n u e o m ick ř í s š í m e í n s j š Webzdarma - registrace 3 í i he l o a d ž cmusíte do 3 hodin potvrdit. d án u které u osregistraci, t Zadejte svůj e-mail (existující) - na něj přijde vyrozumění o y a sl ý kol e. m káz t en kov é š Praz čelů e za m lň ok v j ú u a p s k o r y m o o d t ý V d ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 121 h b e ke J


o k ja é a k r c i to g u a lo o m l n e h á as eri tec l í h at o Přenos dat n u e o m ick ř í s Přenos dat probíhá pomocí protokolu FTP, a to na účet: [email protected] š e j ní m í s š l o í di h e a ž Quick d án u stu y c o a l http://reg.quick.cz/ z l e. Registrace na Quick.cz je podrobně popsánas na: á o ý t m vpouze ze šsítěkQuick.az lů zak Pozor! FTP přístup do WWW prostoru o en je možný k ké Pr če je m ň l ú ra u p so v Volny.cz k m to o do Vy ý d http://sluzby.volny.cz/cs/tool/activation/person?from=portal ů in au o j r t o n k su e b í o T it hla ž u i u ou d o p zs tu s o e 122 h b e ke J


Sweb - registrace a vytvoření prezentace Postup vytvoření prezentace je podrobně popsán na: http://www.sweb.cz/root/index?page=login ("Pět kroků k Vašim WWW stránkám").

Sweb - přenos dat Přenos a úpravu dat na server můžete provést třemi způsoby: • FTP přístup [http://www.sweb.cz/root/index?page=help&spage=help_main#ftp] • Připojit si disk na serveru v Průzkumníku ve [http://www.sweb.cz/root/index?page=help&spage=help_main#webdav] • Přímo v browseru [http://www.sweb.cz/root/index?page=help&spage=help_main#web]

Windows



Slovník CAS

Zkratka pro společnost Chemical Abstracts Service [http://www.cas.org/]

CASSI

Chemical Abstracts Service Source Index

CAS RN

Chemical Abstracts Service [http://www.cas.org/] Registry Number registrační číslo společnosti Chemical Abstracts Service

CODEN

šestimístný alfanumerický kód, přidělený každé peridické a velké části neperiodické literatury

ČSN

Písmenné označení pro českou technickou normu

DOI

Digital Object Identifier

EHS

Environment, Health and Safety

IPC

International Patent Classification

ICS

International Classification for Standards

ISBN

International Standard Book Numbering

ISMN

International Standard Music Numbering

ISO

International Organization for Standardization

ISSN

nternational Standard Serials Numbering

o k MPT Mezinárodní patentové třídění ja é a k r NFPA National Fire Protection Association [http://www.nfpa.org/] c i to g u RCRA Resource Conservation and R e c oa very Act - l1o o2 [http://www.ehso.com/Hazwaste/RCRA.htm], m n [http://environmentalchemistry.com/yogi/chemistry/dictionary/R01.html#RCRA] e iál ch s a r -teSubstances í RTECS Registry of Toxic Effectsl of eChemical h t n [http://environmentalchemistry.com/yogi/chemistry/dictionary/R01.html#RTECS] u a ko e o ř í s í m ic SCI Science Citation Index š e í s r tiajtni o n em š l í STCC Standard T r a n s p od C o m m o d i t y C o d eo a h ž c n [http://www.silverplatter.com/newFieldGuides/hsdb/STCC__STCC_Number.htm] d u u st y á o a l ý N oa lt i o n .s z UN Number U n i s t e d N u máb e r e t m [http://environmentalchemistry.com/yogi/chemistry/dictionary/U02.html] n kov é šk raz elů zak e WIPO P úč je k Organization mWorld lIntellectual ň oProperty u v a p s k r o y m o d V ý uto d n ji u a rů to o n k í las t ob Te i ž uh u i u d o so u p t s o ez h e b 124 k Je MSDS

Material Safety Data Sheets


Rejstřík

U Ullmannova encyklopedie, 65

B Bezpečnost materiálu (Viz Material Safety Data Sheets)

C CAS RN, 45 Chemical Abstracts, 56 Citování, 14 CODEN, 50, 61 cvičení Beilstein, 62 Booleova algebra, 10–11 Chemical Abstracts, 47–48 Handbook of Chemistry and Physics, 82 identifikátory, 9 katalog, 7 MSDS, 97 NIST webbok, 91 normy, 119 strukturní vzorce, 36 Ullmannova encyklopedie, 74 Web of Science, 33 články, 7, 38, 116

E

o k ja é a k r I c i to Informatika, 118 g u International Patent Classification (Viz IPC) a lo IPC, 55 o m l n ISSN, 50 e h á s ri ec a l e o -t M í h t n a u Material Safety Data Sheets, 92 e o m ick ř MSDS (Viz Material Safety Data Sheets) í s š e j ní m í s š l o í di h e N a ž normy, 119 d án u stu y c o a sl ý kol e. m káz R t n (VizkoCASv é š raz elů za Registrační číslo Chemical Abstract Service e RN) m lň ok v P úč je u a p s k r S o y m o d V ý uto spojovací tabulky, 34d n ji u a rů to o T n k e b í las TabulkyT t o i ž uh NIST webbok, 83 u i u Toxikologie, 92 d o so u p t s o ez h e b 125 k Je Encyklopedie Kirk-Othmer on-line, 76 Ullmannova on-line, 65

Přednášky. Chemická informatika. ší ší šířenší

Recommend Documents