Instructie Reference Manager 12

W WA AL LA AE EU US S B BIIB BL LIIO OT TH HE EE EK K

Instructie Reference Manager 12 In deze instructie komen aan de orde: 1. Aanmaken van een nieuwe database 2. Uitvoeren van een zoekactie in PubMed 3. Importeren van de PubMed-resultaten in Reference Manager 4. Zoeken van referenties in Web of Science via Reference Manager 5. Controleren van de database op dubbele referenties 6. Verwijderen van dubbele referenties uit de database 7. Uitvoeren van een zoekactie in de database 8. Opslaan van een zoekstrategie in Reference Manager 9. Maken van een literatuurlijst voor het tijdschrift Chest 10. Veranderen van de weergave van velden in de List of References 11. Anders sorteren van de List of References 12. Invoegen van citaties tijdens het schrijven van een tekst in Word (CWYW) 13. Bewerken van een referentielijst in eindopmaak 14. Een Output Style op maat maken (Extra1: handmatig referenties invoeren in Reference Manager) (Extra2: PDF-bestand koppelen aan referentie in Reference Manager-database) 15. Verwijderen van een database

1. Aanmaken van een nieuwe database In Reference Manager kunnen naar eigen voorkeur verschillende databases worden opgezet. Elke database heeft in principe een unieke databasedefinitie die bepaalt welke referentietypen en referentievelden in de database gebruikt worden.  Open het programma Reference Manager 12. Klik Start > Programs > Reference Manager 12 > Reference Manager 12 Afhankelijk van voorgaand gebruik van Reference Manager verschijnt de Reference List van een eerder geraadpleegde database òf een leeg scherm: 1. 2. 3.

Het scherm in Reference Manager toont bovenin drie balken: 1. titelbalk met o.a. de aanduiding van het actieve scherm in de geopende database 2. menubalk met de commando's die gegeven kunnen worden 3. werkbalk met de mogelijke bewerkingen en commando's per scherm De functietoets F1 activeert op een willekeurige plek in de database de helpfunctie. Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2011

 Kies File > New database In het scherm New Reference Manager Database moeten de plaats en de naam van de nieuwe database worden aangegeven:  Geef de nieuwe database de naam Longontsteking  Geef de plaats aan waar de database moet worden opgeslagen, in dit geval op de Desktop van de computer. Kies hiervoor een andere plaats dan de programmamap van Reference Manager (C:\Program Files\Reference Manager 12), het is namelijk niet toegestaan in deze map bestanden op te slaan.  Klik op New NB: Bij het aanmaken van een database worden automatisch 2 bestanden gegenereerd die in combinatie noodzakelijk zijn voor het functioneren van het programma. Het betreft het .rmd en .rmx bestand, respectievelijk RefMan Data File en Index File. Op de desktop staan er nu inderdaad twee Longontsteking icoontjes, RMD en RMX. Als de nieuwe (lege) database is aangemaakt, verschijnt het onderstaande scherm:

Reference display tabblad van de geopende database

List of References

Aantal referenties in database

We sluiten de database tijdelijk, maar niet het programma Reference Manager:  Kies File > Close Database  Minimaliseer het scherm van het programma Reference Manager met de knop in de titelbalk.

2. Uitvoeren van een zoekactie in PubMed  Start Internet Explorer, indien nodig  Ga naar PubMed, bijvoorbeeld via Homepage van de Walaeus http://www.lumc.nl/walaeus > Ga snel naar > PubMed Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

2

We zoeken in PubMed naar artikelen over patiënten met een vorm van centrale verlamming en longontsteking.  Type op de zoekbalk spinal cord injury AND pneumonia > Search  Klik op Limits  Klik op het uitklapmenu naast Published in the Last > Specify date range

 Vul in het eerste veld 2004 in en klik op Search (er wordt nu gezocht op artikelen van 2004 tot heden)  Klik op het pijltje bij > Choose destination > File  Kies als download formaat MEDLINE (dit formaat is noodzakelijk voor goede overbrenging naar Reference Manager)  Klik op Create File, een dialoogscherm verschijnt; kies Save  Bewaar het bestand op de Desktop van de computer en geef het als naam de datum van vandaag ddmmyyyy.txt (bijv. 03092010.txt)  Klik op Save en als de mededeling Download Complete verschijnt, op Close NB: Bovenstaande zoekactie in PubMed is slechts bedoeld om snel een demonstratieset van referenties te verkrijgen. Het is beslist niet de aanbevolen manier om een onderwerpsvraag in PubMed te formuleren.

3. Importeren van de PubMed-resultaten in Reference Manager  Activeer het programma Reference Manager  Kies File > Open Database  Zoek de eerder gemaakte database op de Desktop, namelijk Longontsteking en open deze  Kies File > Import Text File Vul de velden van het Importscherm in:  Database: Longontsteking  Filter: PubMed(.cap). Gebruik zonodig de browse-knop . Selecteer dit filter door dubbelklik of klik op Open Het import filter of capture file (aangeduid met de extensie .cap) zet de referenties van het format van de herkomstdatabase om naar de juiste Reference Manager velden.  Text File: het zojuist gemaakte bestand ddmmyyyy.txt op de Desktop, dit kan gezocht worden met de browse-knop Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

3

 Selecteer dit tekstbestand door dubbelklik of Klik op Open  Kies als Reference range All  Vul bij Additional Keywords in: PUBMED Tip : Bij Additional Keywords kan een term worden ingevuld die vervolgens als extra trefwoord in het veld Keywords verschijnt bij alle referenties uit een importeersessie. Toevoegen van extra trefwoorden is helemaal afhankelijk van uw eigen voorkeur; het is bijvoorbeeld mogelijk om de datum van importeren als trefwoord meegeven of de naam van de database waaruit de referenties afkomstig zijn.  Start het importeren door te klikken op Import  Klik op OK bij de mededeling Import successfully completed  Klik vervolgens op Close in het Import Text File scherm Er is een extra tabblad verschenen dat Imported heet; de ingelezen referenties zijn ook aanwezig in de database Longontsteking. Bij het sluiten van de database verdwijnt het tijdelijke extra tabblad, maar de referenties blijven aanwezig in de database.

4. Zoeken van referenties in Web of Science Voor een tweede importeersessie zoeken we referenties in Web of Science. We vragen opnieuw naar artikelen over verlamming en (voorkomen van) longontsteking, maar nu vanaf 2006. Het zal blijken dat de resultaten uit PubMed en Web of Knowledge elkaar gedeeltelijk overlappen; dubbele referenties zullen we later dan ook verwijderen (zie punt 5). Let op: Web of Science is geen gratis databank. De databank is toegankelijk binnen het domein van de Leidse Universiteit en het LUMC. Buiten dit domein is de databank alleen toegankelijk indien u bent ingelogd op het netwerk van het LUMC via Aselect of indien u over een ULCN-account beschikt.  Ga opnieuw naar de website van de Walaeus Bibliotheek  Open de databank Web of Science o Binnen het LUMC of als u bent ingelogd via Aselect: via het Ga snel naar -menu op de website van de Walaeus Bibliotheek o Vanaf een plek buiten het LUMC: via het Databanken en Catalogi –menu. Kies de link Web of Science voor Thuistoegang en log in met uw ULCN account.

Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

4

   

Typ in de zoekbalk vóór Topic Spinal Cord AND Pneumonia Kies bij Current Limits voor From 2006 to 2011 Klik op Search Scroll naar beneden in de resultatenlijst om de resultaten te exporteren

 Kies voor records 1-89 (range zelf invullen)  Kies voor Full Record  Klik op EndNote (ook voor Reference Manager)


5

               Na even wachten verschijnt een keuzescherm Choose Destination; kies nu voor Reference Manager  Kies voor de database Longontsteking  Klik zo nodig op Export als het exporteren niet automatisch start  Ga nu weer naar de database Longontsteking

      Kies voor Append  Na het importeren staan de geïmporteerde referenties op het tabblad Imported en zijn ze toegevoegd aan de database Longontsteking

NB: Bovenstaande zoekactie in Web of Science is slechts bedoeld om een demonstratieset met referenties te verkrijgen. Zie de Zelfstudieopdracht of de handleiding voor Web of Science op de website van de Walaeus Bibliotheek voor informatie over zoeken in Web of Science.

5. Controleren van de database op dubbele referenties Wanneer er referenties over eenzelfde onderwerp uit verschillende bibliografische bestanden zijn geïmporteerd, is het aannemelijk dat er dubbele referenties in de database voorkomen. De controle hierop kan plaatsvinden tijdens of na het importeren. De keuze voor het één of het ander hangt samen met het gebruik van een database: - Controle op duplicaten tíjdens het importeren vertraagt het importeerproces, maar verdient wellicht de voorkeur wanneer grote aantallen dubbele referenties te verwachten zijn. Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

6

Controle op duplicaten ná het importeren kan bij een netwerkversie van Reference Manager alleen met Read-Write Exclusive rechten; andere gebruikers van dezelfde database kunnen deze dan niet raadplegen. Ook wanneer er gecontroleerd is op duplicaten tíjdens het importeren, kan het soms zinvol zijn om eveneens een controle achteraf uit te voeren vanwege verschillende formaten van auteursnamen en tijdschrifttitels. -

In de instructie gaan we ervan uit dat er géén controle op duplicaten heeft plaatsgevonden tíjdens het importeren van referenties. (Terzijde: de automatische controlefunctie kan aan of uit gezet worden door via Tools > Options > Import de mogelijkheid Do not import of Import aan te vinken) In de eerder opgebouwde database Longontsteking sporen we dubbele referenties op:    

Ga naar het tabblad Longontsteking Kies Tools > Batch Operations > Duplicate Search Kies als Reference List to Compare Longontsteking Kies als Reference Range de begin- en eindnummers in de database (deze staan al ingevuld)  Klik op Options om op het tabblad Duplicate Search aan te geven welke velden van de referenties vergeleken moeten worden  Vink alleen de volgende velden aan: Title, primary Date, primary Start page

Tip : Dubbele referenties uit verschillende bibliografische bestanden verschillen met name in hun weergave van de tijdschrifttitel, die nu eens volledig dan weer in afgekorte vorm wordt gepresenteerd. Hetzelfde geldt voor auteursnamen: de auteursnaam van eenzelfde referentie kan in verschillende bibliografische bestanden verschillend weergegeven zijn, b.v. De Vries/DeVries. Om te voorkomen dat dubbele referenties niet gevonden worden vanwege uiteenlopende presentaties van de tijdschrifttitel en/of auteursnaam, schakelen we de velden Periodical en Author uit bij de vergelijking van referenties.  Klik aan In Selected Database; dit is de database waarin de controle op duplicaten uitgevoerd wordt  Klik op OK op het tabblad Duplicate Search  Klik op Search in het scherm Batch Duplicate Search De gevonden dubbele referenties worden als subset weergegeven op een apart tabblad Duplicates.

6. Verwijderen van dubbele referenties uit de database Het is eenvoudig om dubbele referenties uit een database te verwijderen, maar het is wel verstandig om te bepalen wélke dubbele referentie moet verdwijnen. Daarvoor moeten de referenties vergeleken worden zodat gekozen kan worden voor de referentie met de meeste en beste gegevens. De oorspronkelijke bibliografische bron bepaalt hoe de velden zijn ingevuld, bijvoorbeeld welke trefwoorden aan een referentie zijn meegegeven. Zo zijn in PubMed de trefwoorden gecontroleerde MeSH termen, terwijl de trefwoorden in Web of Science niet gebonden zijn aan een standaard. Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

7

Verder hebben zowel PubMed referenties als Web of Science referenties een Web/URLs-veld van waaruit direct een link gelegd kan worden met het oorspronkelijke PubMed of Web of Science record, dat in veel gevallen toegang geeft tot de fulltext versie van het artikel. We kiezen er nu voor om - in geval van dubbele referenties - het Web of Science record te verwijderen, maar die keuze hangt dus af van persoonlijke voorkeur. Tip : De Web of Science referenties werden aan de database toegevoegd ná de PubMed referenties en hebben daarom de hoogste Ref ID's. De herkomst van elke referentie is ook te zien aan het veld Web/URL in de Reference Display: PM…. is een PubMed referentie, ISI…is afkomstig uit ISI Web of Science. Op het tabblad Duplicates zijn automatisch die dubbele referenties aangevinkt, waarvan Reference Manager vindt dat ze verwijderd kunnen worden. Dit zijn de referenties die uit Web of Science afkomstig zijn. Controleer altijd of je het eens bent met de keuze van Reference Manager en of je deze referenties inderdaad wil verwijderen! Controle gaat het makkelijkste als de auteurs op alfabet bijelkaar worden gezet.  Klik in de grijze balk op Authors; de namen worden alfabetisch geordend  Controleer of de aangevinkte referenties degene zijn die je wilt verwijderen  Kies References > Delete  Klik aan Marked References  Klik op OK  Klik op Yes to All De ongewenste dubbele referenties zijn nu verwijderd van het Duplicates tabblad en dus óók uit de database. De overige varianten d.w.z. de versies van deze duplicaten die je wilt behouden, blijven staan in het tijdelijke Duplicates tabje en worden gehandhaafd in de Longontsteking database.

7. Uitvoeren van een zoekactie in de RMdatabase Soms is een database zo groot dat je daarbinnen wilt zoeken op een specifiek onderwerp. We gaan een zoekactie uitvoeren in de database Longontsteking op de termen Management of Prevention and Control in titel- of trefwoordveld.  Kies References > Search References  Selecteer in de kolom Field met het uitrolmenu Title, primary en type als Parameter Management  Kies in de 1e kolom onder Connector OR (zie illustratie hieronder)


8

 Kies als tweede Field Keywords en als Parameter prevention & control Tip : Er is een lijst met Keywords beschikbaar, die tevoorschijn komt na het typen van de eerste letter in het Parameter vakje. Dit is de Automatic Popup Browser; het beoogde trefwoord wordt vervolgens geselecteerd met <Enter> of dubbelklik op het trefwoord. De Automatic Popup Browser kan aan- of uitgezet worden via Tools > Options > General.  Klik op het icoontje met de verrekijker zoekactie te starten

(of gebruik de functietoets F12) om de

Het aantal treffers van de zoekactie is zichtbaar in de vierde kolom onder Results.  Klik in de kolom Results op het onderste aantal om de gevonden referenties te bekijken. Deze worden getoond in een nieuw tijdelijk tabblad Retrieved.

8. Opslaan van een zoekstrategie in Reference Manager We keren nu terug naar het Search scherm om de zoekstrategie op te slaan, zodat deze een volgende keer hergebruikt kan worden.  Klik op het icoontje Search (of gebruik de functietoets F4) De zoekstrategie met betrekking tot Management/preventie staat nog op het scherm.  Klik op het icoontje Strategy Files  Klik op Save  Geef de strategie een naam  Klik op OK Tip : De zoekstrategie is bewaard en kan een volgende keer geactiveerd worden door in het Search scherm te klikken op het icoontje Strategy Files . Met de knop Load wordt de strategie ingevuld op het scherm; het zoeken wordt vervolgens gestart door te klikken op Start search ofwel F12.

9. Maken van een literatuurlijst voor het tijdschrift Chest We gaan nu een literatuurlijst maken op basis van de zoekresultaten van punt 7. De opmaak van de literatuurlijst wordt bepaald door een zogenaamde Output Style. Een Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

9

Output Style zorgt ervoor dat de juiste opmaak van verwijzingen (volgens de Instructions for Authors van een tijdschrift) wordt toegepast. Veel Output Styles zijn te vinden in de met Reference Manager meegeleverde Styles-lijst.  Ga naar de totaallijst van de database Longontsteking, bijvoorbeeld door te of door de functietoets F2 te gebruiken klikken op het icoontje Reference List  Klik op het tabblad Retrieved  Selecteer een paar referenties van het tabblad Retrieved door ze aan te vinken  Ga naar Tools > Bibliography > Generate from Reference list  Breng de volgende instellingen aan op het tabblad General:  Kies Marked reference(s) in list  Kies als Output Style Chest.os met behulp van de browse-knop  Klik op Open  Kies lettertype en lettergrootte naar eigen voorkeur  Klik Print Preview aan  Zorg dat alle Optional Fields "uit" staan door verwijdering van de vinkjes  Klik op OK Op het scherm verschijnt een referentielijst die qua opmaak voldoet aan de voorschriften van het tijdschrift Chest. De opmaak van de referenties is eenvoudig te wijzigen door te kiezen voor een andere Output Style. Tijdens de instructie bekijken we alleen een lijst op het scherm (klik zo nodig op Zoom In), het is echter ook mogelijk om deze lijst te printen of te bewaren.  Klik in het Print Preview scherm op Close De Reference List van de database Longontsteking verschijnt opnieuw met onder andere het tabblad Retrieved, waarop nog steeds een aantal referenties gemarkeerd zijn. Om de markering ongedaan te maken doen we het volgende:  Klik met de rechtermuisknop in de List of References  Kies in het snelmenu Clear All Marks

10. Veranderen van de weergave van velden in de List of References De weergave van kolommen/velden van de List of References op het scherm kan aangepast worden. Bijvoorbeeld, wanneer men een referentielijst wil sorteren op een veld dat niet zichtbaar is in de standaardpresentatie van de List of References, dan moet dit veld in een extra kolom toegevoegd worden. In de instructie gaan we uit van een List of References met een oorspronkelijke schermopbouw in drie kolommen, waarbij de velden Ref ID, Authors, primary en Title , primary op het scherm zichtbaar zijn. Als vierde kolom/veld voegen we het veld Periodical, ofwel de titel van het tijdschrift, toe.  Klik op het tabblad Longontsteking  Kies Tools > Reference List Display  Selecteer de kolom Title, primary door te klikken in het grijze vakje met kolomnummer 3  Klik op Insert Col


10

Er wordt een kolom toegevoegd vóór de kolom met Title, primary. De nieuwe kolom heeft standaard het veldtype RefID. Deze hebben we al in kolom 1. Het veldtype (wit) moet dus veranderd worden in Periodical. De Header (grijs) kan, indien gewenst, veranderd worden in een kolomnaam naar eigen voorkeur.  Klik in het witte vak Field Type van de nieuwe kolom; een uitrolmenu verschijnt  Selecteer Periodical  Verander daarboven in de grijze balk de naam van de kolom in Journal Name

 Klik op OK  Klik No in het volgende dialoogscherm zodat dit format alleen op deze lijst wordt toegepast In de List of References is nu een vierde kolom zichtbaar met de tijdschrifttitels.

11. Anders sorteren van de List of References Het is nu mogelijk om de List of References te sorteren op tijdschrifttitel.  Klik in de grijze balk op Journal Name Klikken op Journal Name sorteert de referenties alfabetisch van A-Z op tijdschrifttitel; nogmaals klikken op Journal Name sorteert de referenties (omgekeerd) alfabetisch van Z-A. De volgende oefening is facultatief:  Voeg ook nog het veld Date, primary (= publicatiejaar) toe aan de List of References. Ook op dit veld kan gesorteerd worden.


11

sorteert op RefID sorteert op auteur sorteert op tijdschrifttitel sorteert op titel

Hiermee besluiten we het navigeren in Reference Manager.  Minimaliseer Reference Manager met

12. Invoegen van citaties tijdens het schrijven van een tekst in Word (Cite While You Write, CWYW) Voor verschillende tekstverwerkingsprogramma's biedt Reference Manager de mogelijkheid "Cite while you write" (CWYW). Dat houdt in dat men tijdens het schrijven van een tekst automatisch citaties kan invoegen vanuit een Reference Manager database, zonder het tekstverwerkingsprogramma te verlaten. Vervolgens kan men een referentielijst in een opmaak naar keuze (volgens de regels van een tijdschrift) laten genereren. We gaan CWYW toepassen in een tekstje in Word. We maken gebruik van de zojuist gemaakte database Longontsteking. In de database Longontsteking bevinden zich referenties die ingevoegd moeten worden in een tekst in Word.  Ga naar Word en open of maak een klein tekstbestandje om de volgende oefeningen uit te voeren.  Ga naar View > Toolbars > Reference manager 12 De werkbalk van Reference Manager wordt geactiveerd en is zichtbaar in hetzelfde scherm.


12

De menu-opties zijn:

Tijdens het schrijven van een tekst in Word dienen de menu-opties in de werkbalk voor het invoegen van citaties en voor de koppeling van citaties aan een Reference Manager database. Zowel de vorm van de citaties in de tekst als de weergave van de referentielijst aan het einde van de tekst worden door instellingen in Reference Manager bepaald. Tijdens de instructie zetten we een aantal automatische functies van CWYW uit. Veel gebruikers zetten bijvoorbeeld Instant Formatting uit, omdat ze liever later de opmaak van de ingevoegde citaties en de bijbehorende referentielijst bepalen.  Klik op het icoontje Cite While You Write Preferences Op het tabblad General staan de functies opgesomd: Zet de volgende functies uit:  Open Reference Manager when starting Word  Close Reference Manager when leaving Word  Enable Instant Formatting on new Word documents Instant Formatting kan de koppeling tussen Reference Manager en Word verstoren, zorg dus dat deze functie altijd uitgevinkt staat.  Klik op OK (negeer de foutmelding "Word cannot write to file" wanneer die verschijnt)  Klik in de Reference Manager werkbalk op Instant Formatting  Zet deze functie uit (negeer de melding "Word cannot write to file" wanneer die verschijnt)  Klik OK  Plaats de cursor in de tekst, op de plaats waar je een referentie wil invoegen We gaan er voor het gemak van uit dat we bekend zijn met de referenties in de database en dat we weten dat er op deze plek in de tekst naar de referentie van auteur Carver verwezen moet worden.  Klik op het icoontje Insert Citation

in de Reference Manager werkbalk


13

 Type in het vakje Find de auteursnaam Carver  Klik op Search

We hadden ook kunnen zoeken naar Myotonic dystrophy, wanneer we weten dat dit woorden zijn in de titel van het artikel. Het gaat erom dat we gegevens gebruiken waarmee in Reference Manager de gewenste referentie gelokaliseerd kan worden.  Klik op Insert In de tekst verschijnt de temporary citation die er ongeveer uitziet als {Carver, 2004 65 /id}. Deze ongeformatteerde referentie wordt omgezet naar een "formatted citation", een citatie in eindopmaak, wanneer we de referentielijst bij het tekstdocument gaan maken. We voegen nog meer citaties in:  Plaats de cursor op een andere plaats in de tekst  Klik op het icoontje Insert Citation  Type in het vakje Find paraplegia  Klik op Search

in de Reference Manager werkbalk

Er zijn verschillende referenties in de database die aan het opgegeven zoekcriterium voldoen. In dat geval verschijnt een scherm waarin een keuze gemaakt kan worden voor één of meer referenties door ze te selecteren met een muisklik. Meer dan één referentie selecteren gaat als volgt: - houd de Ctrl-toets ingedrukt en klik op een tweede referentie om twee nietopeenvolgende referenties te selecteren - houd de Shift-toets ingedrukt en klik op een tweede referentie om alle tussenliggende referenties te selecteren


14

 Selecteer een paar referenties  Klik op Insert In de tekst verschijnen de temporary citations van de geselecteerde referenties, bijvoorbeeld {Cardenas, 2004 53 /id;McKinley, 2004 52 /id} Het is ook mogelijk om referenties in Reference Manager vooraf te markeren en die vervolgens in de tekst te laten opnemen.  Ga in Reference Manager naar de database Longontsteking  Vink een aantal referenties aan  Ga terug naar het document in Word en plaats de cursor ergens in het document  Klik op het icoontje Insert Marked Reference(s) De gemarkeerde referenties zijn toegevoegd aan het document. Vervolgens genereren we de literatuurlijst bij het document, waarbij de temporary citations worden omgezet naar formatted citations:  Klik op het icoontje Generate Bibliography

We maken ons artikel op volgens de Instructions van het tijdschrift British Journal of Neurosurgery  Klik op het tabblad Bibliography  Kies als Output Style British Journal of Neurosurgery (gebruik indien nodig de browse-knop ) Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

15

 Kies eventueel een lettertype en lettergrootte naar eigen voorkeur  Klik op het tabblad Fields

 Zorg dat alle Optional Fields "uit" staan  Klik op OK

Het artikel is nu voorzien van citaties in eindopmaak en de daarbij behorende referentielijst. Tip : Citaties kunnen in een lang artikel soms moeilijk terug te vinden zijn, omdat ze niet opvallen in de tekst. Om zoeken te vergemakkelijken, kan het handig zijn om de citaties uit de tekst te laten springen door ze grijs te arceren. Activeer hiervoor de optie Field Shading in Word; (un)formatted citations worden dan grijs gearceerd in de tekst, identifying text niet. Kies hiervoor in Word: Tools > Options > View en selecteer in het uitrolmenu onder Field Shading: Always.

13. Bewerken van een referentielijst in eindopmaak Voor het bewerken van een referentielijst (gebaseerd op referenties uit een Reference Manager database) in Word is het soms noodzakelijk om de formatted citations terug te brengen tot identifying text. Bijvoorbeeld als de zojuist gemaakte referentielijst een referentie bevat die we willen verwijderen. Om de citatie uit de tekst te kunnen verwijderen en de referentie uit de referentielijst doen we het volgende:  Plaats de cursor in het document boven in het tekstdocument  Klik in de Reference Manager menubalk op

Revert to Original Text

In het tekstdocument zijn nu alle "formatted citations" vervangen door identifying text en de referentielijst is verdwenen.  Verwijder de identifying text van de ongewenste referentie (inclusief de ;) Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

16

 Klik op Generate Bibliography  Klik op OK

om een nieuwe referentielijst te genereren

In het tekstdocument en in de referentielijst zijn de citaties hernummerd. Tip : Verwijderen van referenties is ook mogelijk via de optie Edit Citation(s) Het is nu mogelijk om citaties en referentielijst in een andere opmaak om te zetten, bijvoorbeeld als het manuscript naar een ander tijdschrift wordt ingezonden. De Output Style van dat tijdschrift dient dan toegepast te worden.  Plaats de cursor boven in het tekstdocument  Klik op het icoontje Generate Bibliography  Activeer het tabblad Bibliography  Kies als Output Style Journal of Neurology, gebruik indien nodig de browseknop  Kies eventueel een lettertype en lettergrootte naar eigen voorkeur  Klik op OK Het artikel is nu voorzien van citaties in de eindopmaak en de referentielijst in de stijl van J Neurol.  Sluit het document in Word zonder het te bewaren. (Op uw eigen PC moet u uw Word-documenten natuurlijk wél bewaren!) Tip: Bij het uitwisselen van een document waarbij de meelezer passages wijzigt of verplaatst, bestaat het risico dat de referentiecodes met links naar Reference Manager worden verminkt. Gebruik daarom een kopie van het document in platte tekst door de veldcodes te verwijderen met . In het eigen document met actieve links kunnen dan de voorgestelde wijzigingen in de referenties worden doorgevoerd.

14. Een Output Style op maat maken Veel Output Styles worden met het programma meegeleverd. Output Styles zijn herkenbaar aan de extensie “.os”. Wanneer een gewenste stijl ontbreekt of verouderd is, kan die op maat gemaakt worden. Van het tijdschrift X moeten de citaties in de tekst in superscript staan, dus als referentie1 in plaats van referentie(1). Ook moeten opeenvolgende reeksen voluit geschreven worden, dus 1, 2, 3, 5, 6, 7 in plaats van 1-3, 5-7. In de bibliografie moet de tijdschrifttitel vet gedrukt staan. Indien er meer dan 2 auteurs zijn, moeten alleen de eerste 2 genoemd worden, gevolgd door et al. NB: Een referentie in WORD bestaat uit twee componenten: de representatie in de tekst (In-Text Citation) en de weergave in de bijbehorende literatuurlijst (Bibliography). Deze worden apart gedefinieerd in een Output Style. Tijdschrift X staat niet op de keuzelijst van Output Styles. We gaan daarom de standaardstijl Uniform als uitgangspunt nemen om die aan te passen.  Klik Tools > Bibliography > Open Output Style > Uniform Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

17

Allereerst passen we de weergave van de In-text citation aan.  Highlight in het Definition veld het  Klik in de werkbalk op het symbool x2 In het Sample onderaan zie je de gewijzigde weergave. De haken moeten nog verwijderd worden.  Klik op de knop In-text Citation Settings  Verwijder de haken die als Delimiters gedefinieerd staan.  Wijzig de Separator in een gewone komma + spatie  Verwijder het vinkje bij Use Number Ranges  Klik OK In het Sample onderaan zie je de toegepaste wijzigingen. De gewijzigde Output Style dient onder een nieuwe naam op een andere plaats opgeslagen te worden.  Klik op File > Save as….  Kies bij Save In > Desktop  Vul in bij File Name > Tijdschrift X  Klik op Save om de Output Style op te slaan. Dan moet de Bibliografie definitie nog op twee punten aangepast worden.  Klik op het tabje Bibliography  Onder Reference Type: klik op Journal* Rechts verschijnt de Definition for Journal en onderaan zie je een Sample om dit veld the  In het Definition scherm: klik eenmaal op highlighten  Klik in de werkbalk op . De tijdschrifttitel wordt nu vet (bold) weergegeven. Dit is ook in het Sample te zien  In het Definition scherm: dubbelklik op Een dialoogscherm verschijnt met de tab Author List  Wijzig de definitie in: If 3 or more authors, list the first 2. Het Sample wordt overeenkomstig aangepast.  Klik op om de wijziging op te slaan Om de Output Style toe te passen:  Voorzie een tekst van referenties zoals hierboven beschreven bij punt 13.  Klik op Generate Bibliography  Het scherm Reference Manager12 Format Bibliography verschijnt  Selecteer als Output Style met de browse knop Tijdschrift X op de desktop  Klik OK Citaties en bibliografie zijn nu opgemaakt volgens de instructies van Tijdschrift X.  Sluit het document zonder het te bewaren  Verwijder Tijdschrift X.os van de desktop Een handleiding over dit onderwerp staat ook op de website van de Walaeus Bibliotheek: www.lumc.nl/walaeus > Veelgestelde vragen > Reference Manager.


18

Tip: Soms blijkt in de Bibliography de weergave van tijdschrifttitels niet uniform, dus afwisselend voluit en afgekort. Dit wordt veroorzaakt door het feit dat de synoniemenlijst niet compleet is. Dit kan aangepast worden via de Term Manager. Zie op de Walaeus website Veelgestelde Vragen > Reference Manager > Output Styles EXTRA1: Handmatig referenties invoeren in Reference Manager Referenties afkomstig uit een database zoals PubMed betreffen tijdschriftartikelen en krijgen automatisch het Reference Type Journal. Het is ook mogelijk om andere documenttypes in Reference Manager op te nemen, zoals een boekhoofdstuk of een website. Dit dient handmatig te gebeuren.  Kies References > New Een leeg invulscherm met een nieuw RefID nummer verschijnt. Standaard staat het Reference Type op Generic  Klik op Generic; een uitklapmenu verschijnt met een keuze uit 35 Ref Types.

Afhankelijk van het gekozen Reference Type worden bijpassende invulvelden getoond, bijv. bij Book Chapter: Chapter Title, Chapter Number, Book Title etc. Gebruik bij de auteursnamen het juiste format, bijv. Dorup,J.G. of Dorup,John G. Meerdere auteurs worden gescheiden door ; Plaats geen punten; deze worden in een Output Style gedefinieerd. Klik op om de nieuwe referentie op te slaan.

EXTRA2: PDF-bestand koppelen aan referentie in Reference Manager-database Het is mogelijk om aan een referentie in een Reference Manager-database een document te koppelen, zoals een plaatje, een Word-document, een spreadsheet of een PDF-bestand. Zo kun je eenvoudig de artikelen aan je database toevoegen, zodat je niet alleen een beschijving van het artikel bewaart, maar ook het artikel zelf. Om een PDF aan een referentie te kunnen koppelen, geef je eerst de locatie aan waar de PDF bewaard moet worden:  Maak in de Windows Explorer een map aan waarin je de attachments wil bewaren.  Klik vervolgens in Reference Manager op Tools > Options > Attachments  Zet een vinkje voor Copy new file… en kies met behulp van de browseknop de zojuist aangemaakte map voor je PDF-bestanden (in dit voorbeeld I:\RefMan\Attachments) en klik op OK. Instructie Reference Manager 12 © Walaeus Bibliotheek december 2010

19

 Zoek het artikel dat je wilt bewaren en sla de PDF ervan op in de daarvoor gecreëerde map  Klik in Reference Manager eenmaal op de referentie waaraan je de PDF wil toevoegen.  Kies References > File Attachments > Attach File…

 Selecteer het PDF-bestand dat je zojuist hebt opgeslagen  Zet onderaan in het scherm een vinkje voor Copy this file to the default file attachment folder en klik op Attach Het document is gekopieerd naar de aangemaakte map en in Reference Manager in het veld File Attachments toegevoegd aan de geselecteerde referentie.  Klik op Save om de actie vast te leggen


20

Tip : Het is ook mogelijk om in plaats van een relatieve link naar het PDF-document (zoals hierboven beschreven), een absolute link naar het document aan te geven. Het verschil is dat de attachments niet naar een aparte map worden gekopieerd, maar dat je per document aangeeft waar het zich bevindt. Deze werkwijze verdient echter niet de voorkeur, aangezien er eenvoudig problemen kunnen ontstaan, bijvoorbeeld wanneer een document van locatie wijzigt.

15. Verwijderen van een database Er zijn verschillende mogelijkheden om een Reference Manager database te verwijderen; hierbij is het belangrijk om te weten dat elke database bestaat uit een .rmd en een .rmx bestand, respectievelijk Data File en Index File. Deze zijn automatisch gevormd bij het aanmaken van een database. Wanneer men de database in Reference Manager verwijdert met het commando Delete Database, verdwijnen zowel het .rmd als het rmx bestand. Om een Reference Manager database via bijvoorbeeld Windows Explorer te verwijderen, moet men dus twee bestanden weggooien.  Indien nodig: sluit de database Longontsteking maar niet het programma Reference Manager  Kies File > Delete Database  Kies de database Longontsteking op Desktop\Longontsteking.rmd  Klik op Delete  Antwoord met Yes op Delete "Desktop\Longontsteking" database. Are you sure? Tot slot : LET OP bij het maken van een back-up van een database in bijv. Windows Explorer: kopieer zowel het .rmd als het .rmx bestand naar een nieuwe folder of schijf !

Nuttige URL's Ondersteuning van de Walaeus Bibliotheek op de website http://www.lumc.nl/walaeus > Veelgestelde Vragen > Reference Manager De afdeling Support and Services van de producent van Reference Manager: http://www.refman.com/support/rmsupport.asp Het Bibliographic Software Board van de Nederlandse leverancier van Reference Manager: http://www.researchsoftware.nl/


21

Instructie Reference Manager 12

Recommend Documents