Instructie keuzecursus “Luchtwegaandoeningen: wat doet de huisarts ermee?” Bèta Biomedisch Team
Heidelberglaan 100 UMC / HP G 01.503 Mei 2012
INLEIDING In dit practicum leer je hoe je een zoekvraag in PubMed kunt uitwerken. Hierbij heb je kennis nodig van de verschillende manieren van zoeken in PubMed, de aanwezige functionaliteiten, de tips en trucs in PubMed en de wijze waarop je een zoekstrategie moet uitvoeren. Als je relevante literatuur hebt gevonden, is het ook belangrijk volledige artikelen te lezen. Hoe volledige artikelen te verkrijgen, komt ook in dit practicum aan de orde. Verder ga je ook in de medisch bron Cochrane Library (Evidence-based Medicine bron) zoeken.
Bovengenoemde bestanden vind je onder ‘Bronnen’ op de vakgebiedspagina Geneeskunde: www.uu.nl/bibliotheek > Zoeken op Vakgebied > Geneeskunde
1. PUBMED PubMed is de gratis en openbare zoekmachine van de database MEDLINE en geeft toegang tot meer dan 21 miljoen referenties (literatuurverwijzingen) uit ongeveer 5200 biomedische tijdschriften. De dekking is vanaf 1948. Klik PubMed aan.
1.1 Manieren van zoeken Er zijn verschillende manieren van zoeken in PubMed. In dit practicum worden twee belangrijke manieren van zoeken uitgelegd. Als je deze twee zoekmanieren gebruikt, kun je goed en compleet zoeken in PubMed. •
Je spoort relevante artikelen op via de ‘MeSH Database’, het trefwoordensysteem van PubMed.
•
Je spoort recente artikelen op die nog geen ‘MeSH’ (trefwoorden) hebben door met vrije tekst termen te zoeken in de algemene zoekbalk van PubMed of de ‘Builder’ in het veld ‘TIAB’ (‘titleabstract’).
1
Relevante artikelen met trefwoorden opsporen via de ‘MeSH Database’ Op basis van inhoud kennen indexeerders trefwoorden toe aan de artikelen in PubMed, zgn. ‘MeSH’ (‘Medical Subject Headings’). In de MeSH Database zoek je allereerst naar geschikte trefwoorden om je zoekvraag mee uit te voeren. Hiermee kun je vervolgens op twee manieren zoeken: - met het trefwoord zelf of iets specifieker - met een aspect (’Subheading’) van het trefwoord.
De MeSH Database is echter ook een hulpmiddel om belangrijke informatie over een trefwoord te vinden.
Opdracht 1: MeSH Database Klik op de startpagina van PubMed ‘MeSH’ aan in het pull-down menu
of ‘MeSH Database’ onder ‘More Resources’ en zoek naar artikelen over ‘COPD’ (geen aanhalingstekens gebruiken). Tik deze zoekterm in de zoekbalk van de ‘MeSH Database’. Je krijgt gelijk het trefwoord te zien en omdat PubMed voor deze zoekactie één trefwoord vindt, kom je gelijk op de pagina met belangrijke informatie over het trefwoord.
Vaak krijg je eerst een lijst met trefwoorden te zien waaruit je moet kiezen welk trefwoord het meest geschikt voor het onderwerp dat je zoekt (de term die je zoekt), bijv.:
2
Als je dan op één van bovenstaande trefwoorden klikt, kom je op een soortgelijke pagina zoals bij ‘COPD’.
NB: vanaf bovenstaand scherm zou je al met het trefwoord kunnen zoeken (trefwoord aanvinken en rechts kiezen voor ‘Add to search builder’ en ‘Search PubMed’) maar dan mis je dus belangrijke informatie over het trefwoord.
Terug naar de informatie die je vindt onder het trefwoord ‘COPD’. Je ziet o.a. wat het trefwoord inhoudt, de aspecten (‘Subheadings’) waarmee je in combinatie met het trefwoord kunt zoeken. Bij het trefwoord ‘COPD’ zie je bijv. de aspecten die komen kijken bij de behandeling van dit ziektebeeld o.a. diagnose, epidemiologie, pathologie en verschillende vormen van therapie. Deze ‘Subheadings’ kun je gebruiken om het trefwoord in te perken (wees echter altijd voorzichtig met te snel inperken). Verder zie je de ‘Entry Terms’. Als je met één van deze ‘Entry Terms’ zoekt in PubMed, zoek je automatisch ook met de betreffende MeSH-term.
3
De ‘Entry terms’ zijn heel belangrijk omdat recente artikelen die nog geen MeSH-termen hebben gekregen van de makers van PubMed met allerlei synoniemen en termvarianten in de vrije tekst opgespoord moeten worden. Deze synoniemen en termvarianten hoef je dan niet zelf te zoeken/bedenken, ze staan hier!
Hoe je met vrije tekst termen naar recente artikelen moet zoeken, komt later in deze tutorial aan de orde.
Onder de ‘Entry terms’ zie je ‘Previous Indexing’. Soms hebben trefwoorden vroeger een andere benaming gehad. Op deze vroegere trefwoorden moet je ook zoeken, afhankelijk van je literatuuronderzoek.
Onderin zie je in een boomstructuur (‘MeSH Tree’) de nauwere en bredere termen van het trefwoord. Hiermee kun je bepalen/controleren of je inhoudelijk op de ‘juiste’ term zoekt en je zoekactie eventueel aanpassen. Je zoekt automatisch met alle onderliggende termen van het trefwoord. Met bijv. het trefwoord ‘Chronic Obstructive Pulmonary Disease’ zoek je automatisch ook op ‘Chronic bronchitis’.
Als je dit niet wilt, moet je een vinkje zetten voor onderstaande regel maar het is in het algemeen beter met onderliggende termen te zoeken omdat je anders te snel inperkt.
Voordeel van zoeken met ‘MeSH’: alle gevonden titels zijn relevant. Met
4
name de ‘Entry Terms’ zijn om eerder genoemde reden belangrijk: de synoniemen en termvarianten die je hier vindt, kun je gebruiken om op zoek te gaan naar recente artikelen zonder ‘MeSH’ via andere zoekmanieren. Nadeel: recente artikelen die nog geen MeSH hebben, worden niet gevonden.
Opdracht 2: Zoeken met ‘MeSH’ Je hebt het trefwoord ‘COPD’ gezocht via ‘MeSH’ en belangrijke informatie over het trefwoord te zien gekregen. Zoek nu met het trefwoord ‘COPD’ door op ‘Add to search builder’ en vervolgens op ‘Search PubMed’ te klikken. Gebruik de operator ‘AND’ (gebruik van ‘AND’ hier is niet logisch, moet je gewoon weten).
Hoeveel artikelen vind je die inhoudelijk over dit onderwerp gaan?
Opdracht 3: Toegekende trefwoorden De trefwoorden (vaak meer dan één) die aan een artikel zijn toegekend, zie je door op de titel van een artikel (referentie) te klikken. Onderaan het ‘Abstract’ zie je de link staan ‘Publication Types, MeSH Terms, ..’ (NB: niet alle artikelen bevatten een ‘Abstract’, klik dan op deze link onder de titel van het artikel). Onder ‘MeSH Terms’ zie je de toegekende trefwoorden.
5
Het achterhalen van deze trefwoorden kan belangrijk zijn wanneer je een heel relevant artikel hebt gevonden. Om meer relevante artikelen te vinden over hetzelfde onderwerp, zoek je namelijk met dezelfde trefwoorden! Bekijk de trefwoorden van de eerste twee artikelen uit opdracht 2.
Artikelen die al voorzien zijn van MeSH herken je aan voorlaatste regel van de referentie: [PubMed - indexed for MEDLINE]
Recente referenties (nog) zonder MeSH bevatten de regel: [PubMed - as supplied by publisher] of [PubMed - in process]
NB: via ‘Display Settings’ (boven de gevonden artikelen) kun je met het formaat ‘MEDLINE’ ook de toegekende trefwoorden zien achter ‘ MH’ (‘MeSH Headings’).
Opdracht 4: MeSH Database ‘Subheading’ Zoals eerder aangehaald, kun je via de ‘MeSH Database’ ook zoeken met het trefwoord in combinatie met een aspect, de zgn. ‘Subheading’. Je zoekt dan ook met de ‘Subheading’ als trefwoord (en niet als vrije tekst term) d.w.z. de artikelen gaan daadwerkelijk (inhoudelijk) over de ‘Subheading’. De ‘Subheading’ ‘Diagnosis’ als vrije tekst term levert bijv. veel meer artikelen op maar ook minder relevante treffers. Zoek artikelen die handelen over ‘diagnose bij COPD’. Dit doe je door i.p.v. het trefwoord de ‘Subheading’ aan te vinken en via de gebruikelijke manier te zoeken in de ‘MeSH Database’ (‘Add to search builder’, ‘Search
6
PubMed’).
Hoeveel artikelen vind je nu?
Opdracht 5: MeSH Database ‘MeSH Tree’ Klik het trefwoord ‘COPD’ opnieuw aan en zoek via de ‘MeSH Tree’ van dit trefwoord met de nauwere term ‘Bronchitis, chronic’. Scroll hiervoor naar beneden. Zoek op de gebruikelijke wijze met dit trefwoord (zorg dat het veld onder ‘PubMed search builder’ leeg is). Je kunt dus ook vanuit de ‘MeSH Tree’ met MeSH-termen zoeken.
Recente artikelen met vrije tekst termen opsporen in het veld ‘TIAB’ Het kan even duren voordat aan artikelen ‘MeSH’ wordt toegekend. De recente artikelen over je onderwerp moet je toch zoveel mogelijk proberen te vinden. Deze artikelen zoek je met vrije tekst termen en je gebruikt hiervoor o.a. de synoniemen en varianten van een term die je vindt onder ‘Entry Terms’. De vrije tekst termen zoek je niet in de hele beschrijving van het artikel maar in het veld dat het meest relevant is voor ‘onderwerp’ (inhoud): ‘tiab’ (title/abstract, titel/samenvatting). Je zou bijv. ook in de velden van ‘auteur’ of ‘tijdschrifttitel’ kunnen zoeken maar dit levert minder relevante treffers op (je vindt dan bijv. artikelen van dokter ‘Heart’ maar niet over het onderwerp ‘hart’).
NB: als je een term invoert in de algemene zoekbalk van PubMed zonder een veld aan te geven, wordt deze term in alle velden gezocht en wordt
7
deze term automatisch ‘vertaald’ naar ‘MeSH’ indien een trefwoord voor deze term in PubMed aanwezig is (dit proces heet ‘Automatic term mapping’).
Je kunt op twee manieren met een term in het veld ‘tiab’ zoeken: •
Via de algemene zoekbalk van PubMed: je tikt een term in de zoekbalk en typt daarachter tussen vierkante haken de veldcode ‘tiab’, bijv.: copd [tiab]
•
Via de ‘Builder’ (‘PubMed Advanced Search Builder’) onder ‘Advanced’: je tikt een term in de zoekbalk en je selecteert het veld ‘title-abstract’ waarin je gaat zoeken.
Specifiek zoeken met een veldcode Voor dit practicum is ‘tiab’ belangrijk maar veelgebruikte veldcodes zijn o.a. [au], voor ‘auteur’), [ti], voor ‘titel’, [ta] voor ‘tijdschrifttitel’ etc. De veldcodes die je kunt gebruiken, zijn te vinden onder ‘Help’> ‘Search Field Descriptions and Tags’. Voordeel: je zoekt heel gericht; actuele (recente) artikelen worden gevonden. Nadeel: om zoveel mogelijk artikelen te vinden, moet je allerlei varianten van een term invoeren. Je kunt niet volstaan met deze manier van zoeken, om geen relevante artikelen te missen, moet je ook zoeken via de MeSH Database.
Opdracht 6: Zoeken in een specifiek veld met een veldcode Zoek in de algemene zoekbalk van PubMed met de veldcode ‘tiab’ naar artikelen over ‘COPD’. a) Hoeveel treffers vind je? Vergelijk dit resultaat met het antwoord uit opdracht 2. Wat is je conclusie? b) Via ‘Search details’ (rechts van de gevonden titels), kun je zien hoe PubMed heeft gezocht. Kijk of PubMed heeft gezocht zoals je hebt verwacht.
8
c) Via ‘Display Settings’ (boven de gevonden titels) kun je de presentatie van de gevonden artikelen aanpassen wat betreft formaat, aantal artikelen dat per pagina wordt getoond en sortering.
Gebruik ‘Display Settings’ om naar artikel 100 te gaan, verander het formaat in ‘MEDLINE’. Via dit formaat zie je heel duidelijk in welke velden je allemaal kunt zoeken in PubMmed, bijv. ‘AB’ (= abstract), ‘AU’ (= auteur), ‘TI’ (= title), MH (=MeSH, als aan het artikel al trefwoorden zijn toegekend. Ga terug naar het vorige scherm met de back-toets.
Opdracht 7: Zoeken met synoniemen van een term Je hebt nu alleen met de afkorting ‘COPD’ als vrije tekst in ‘tiab’ gezocht. COPD heeft natuurlijk meer synoniemen. Zoek met twee andere synoniemen van ‘COPD’ in ‘tiab’ in de algemene zoekbalk van PubMed en plaats tussen de termen in de operator ‘OR’ (deze operatoren komen straks aan de orde). Maak gebruik van de ‘Entry Terms’ om synoniemen en termvarianten op te sporen. Klik op ‘Search’.
NB: Als je een zoekterm (begrip) wilt zoeken die (dat) uit meer dan één woord bestaat (bijv. ‘shortness of breath’) dan kun je de woorden tussen dubbele aanhalingstekens zetten (“shortness of breath”). PubMed zoekt dan die woorden naast elkaar (levert minder maar relevantere treffers
9
op). Je voorkomt hiermee dat de woorden ook los van elkaar worden gezocht (levert meer titels op maar minder relevant).
Specifiek zoeken met de ‘Builder’ via ‘Advanced’ (onder de algemene zoekbalk van PubMed) Via de ‘Builder’ selecteer je de velden in het pull-down menu waarin je gaat zoeken (= op het pijltje klikken onder ‘Builder’). Je bouwt letterlijk je zoekactie hiermee op. Bij deze manier van zoeken kun je ook gebruik maken van de Booleaanse Operatoren: AND, OR, NOT.
Voordeel: via deze manier zoek je ook heel gericht en kennis van de veldcodes is niet nodig. Nadeel: ook hier moet je om compleet te zoeken een aparte zoekactie met ‘MeSH’ uitvoeren.
Opdracht 8: Zoeken met de ‘Builder’ Zoek artikelen over ‘COPD’ in ‘title/abstract’, verschenen in het tijdschrift ‘Respiration’ van de auteur ‘van Gestel AJ’. Gebruik de operator AND om zoektermen met elkaar te combineren. Selecteer in het pull-down menu onder de ‘Builder’ het veld waarin je wilt gaan zoeken, tik de term in zoekbalk hiernaast, gebruik de juiste operator. Deze zoekactie wordt in de bovenste zoekbalk zichtbaar. Bouw je zoekactie verder op door in de twee andere velden (‘tijdschrift’ en ‘auteur’) te zoeken. Hoeveel artikelen vind je van A.J. van Gestel?
10
1.2 Zoekstrategie Nu de twee belangrijke manieren van zoeken in PubMed bekend zijn, kun je over een vraagstelling literatuur gaan verzamelen. Een vraagstelling bestaat meestal uit meerdere onderdelen (aspecten). Bij het uitwerken van de vraagstelling, maak je gebruik van een zoekstrategie om zoveel mogelijk relevante literatuur te vinden. Bij een goede zoekstrategie horen de volgende stappen (deze worden in de volgende paragraaf verder uitgewerkt/uitgelegd): •
Formuleer een goede vraagstelling
•
Splits je vraagstelling in (belangrijke) onderdelen. Een bekende methode hiervoor is PICO. Bij de PICO-methode splits je de vraagstelling in de onderdelen: Patient (= Patiëntenpopulatie), Intervention (= Interventie), Comparison (= vergelijking met standaard, geen behandeling of placebo), Outcome (= Uitkomst m.b.t. de interventie).
•
Doe nu voor elk onderdeel van je vraagstelling een aparte zoekactie, waarbij je zoveel mogelijk synoniemen/termvarianten per onderdeel van je vraagstelling combineert met OR (voor PubMed betekent dit: zoeken via de MeSH Database en met vrije tekst termen per onderdeel van je vraagstelling en deze resultaten combineren met OR).
•
Combineer de (sets van de) zoekresultaten van de onderdelen van je vraagstelling met elkaar met AND
1.2.1 Zoekstrategie - Vraagstelling uitwerken Stel je hebt de volgende vraagstelling: Vermindert stoppen met roken kortademigheid bij COPD patiënten? De vraagstelling gesplitst in onderdelen volgens de PICO-methode ziet er dan zo uit:
11
Tabel 1 Patient
Intervention
Comparison
COPD
Stoppen met roken
Outcome Kortademigheid
Opdracht 9: Engelstalige termen zoeken Probeer bovenstaande termen om te zetten in het Engels. Raadpleeg een digitaal woordenboek bijv. ‘Van Dale onlinewoordenboeken’ (‘Vakgebiedpagina geneeskunde’> ‘Bronnen’> ‘Overige digitale bestanden’ > ‘Alle bestanden alfabetisch’), ‘Vertalen nu’ of ‘Google translate’ via internet of de ‘MeSH Database’) en vul de gevonden Engelstalige termen in onderstaand tabel in. Zoek hiermee nog niet.
Tabel 2 Patient
Intervention
Comparison
COPD
Stoppen met roken
Outcome Kortademigheid
Opdracht 10: Geschikte MeSH-termen zoeken Ga nu in PubMed op zoek naar geschikte trefwoorden in de MeSH Database (zoek hiermee nog niet, dit kan op pag.15). Ga per onderdeel van je vraagstelling na of de term die je hierboven (tabel 2) hebt ingevuld ook een MeSH-term is. Met deze termen ga je dus straks op zoek naar relevante artikelen. Om het overzichtelijk te houden, vul in onderstaand tabel de MeSHtermen in waarmee je straks gaat zoeken (die je dus net hebt gevonden).
Tabel 3 Patient
Intervention
COPD
Stoppen met roken
12
Comparison
Outcome Kortademigheid
Opdracht 11: Vrije tekst termen zoeken Bedenk ook met welke vrije tekst termen je op zoek gaat naar recente artikelen zonder ‘MeSH’. Gebruik hiervoor de ‘Entry Terms’ die je bij de gevonden trefwoorden hebt gevonden. Natuurlijk kun je ook termen die je kent vanuit de opleiding gebruiken. Ook het gevonden trefwoord zelf (de benaming hiervan) moet je gebruiken als vrije tekst term.
Om het overzichtelijk te houden, vul in onderstaand tabel ook de vrije tekst termen in waarmee je straks gaat zoeken (pag. 16).
Tabel 4 Patient
Intervention
COPD
Stoppen met roken
Comparison
Outcome Kortademigheid
1.2.2 Belangrijke functionaliteiten – Booleaanse operatoren en Trunkeren Om een antwoord op je vraagstelling te krijgen, moeten de termen voor de verschillende onderdelen van je vraagstelling met elkaar gecombineerd worden. Met de Booleaanse operatoren AND, OR, NOT kun je zoektermen en sets van zoekresultaten met elkaar combineren. De Booleanse operatoren betekenen het volgende: AND= zowel de ene term als de andere term (set) moet in het zoekresultaat voorkomen (verkleining van je zoekresultaat). OR= de ene term of de andere term (set) moet in het zoekresultaat voorkomen. (vergroting van je zoekresultaat). NOT= een bepaalde term mag niet in je zoekresultaat voorkomen.
13
AND-operator OR-operator NOT-operator
Deze operatoren zijn dus in de algemene zoekbalk van PubMed te gebruiken, bijv.: asthma [tiab] OR bronchitis [tiab]
Je kunt ze ook selecteren via de ‘Builder’:
Sets van zoekresultaten kun je met deze operatoren met elkaar combineren via ‘History’ (‘Advanced’), bijv.:
Setnummers van zoekacties (set 4,5):
De sets combineer je in de bovenste zoekbalk onder ‘PubMed Advanced Search Builder’). Om dit te doen: klik op ‘Add’ om een setnummer toe te voegen aan ‘Advanced Search Builder’ (bijv. #4). Klik vervolgens het setnummer aan (bijv. #5) waarmee je dit setnummer wilt combineren en
14
selecteer de juiste operator. Een andere mogelijkheid: klik op ‘Edit’ om zelf de setnummers en de operator (OR, AND, NOT) in te typen in de zoekbalk onder ‘PubMed Advanced Search Builder’.
Trunceren Bij trunkeren laat je bij een woord dat je zoekt letters weg en vervang je ze door een asterisk (*), meestal de letters waarmee een woord eindigt. Je zoekt bijv. alleen op de woordstam met daarachter een asterisk. De computer toont dan alle woorden die beginnen met het afgebroken woord. Het is een manier om je zoekresultaat te vergroten en bijv. de meervoudsvorm, spellingvariant of een andere vervoeging van een woord te vinden.
NB: Gebruik truncatie en aanhalingstekens nooit in combinatie – dit geeft onverwachte resultaten (dus bijv. niet “chronic obstructive lung disease*” [tiab] maar “chronic obstructive lung disease” [tiab] OR “chronic obstructive lung diseases” [tiab].
1.2.3 Vervolg zoekstrategie - Zoeken met de (ingevulde) MeSH- en vrije tekst termen Je hebt in de tabellen ‘MeSH’ en vrije tekst termen ingevuld waarmee je gaat zoeken.
Opdracht 12: Met de MeSH-temen zoeken Zoek met de ‘MeSH term’ (tabel 3, pag. 12) die je hebt gevonden voor het eerste onderdeel van je vraagstelling (‘Patient’). (‘MeSH Database’, trefwoord aanklikken, ‘Add to search builder’, ‘Search PubMed’).
15
Hoeveel artikelen vind je?
Opdracht 13: Met vrije tekst termen zoeken Ga voor het eerste onderdeel van je vraagstelling op zoek naar recente artikelen zonder ‘MeSH’. Combineer voor het eerste onderdeel van je vraagstelling de vrije tekst termen met elkaar (tabel 4, pag.13) in de algemene zoekbalk van PubMed of via de ‘Builder’. Zoek deze termen in ‘tiab’ (bijv.: copd [tiab] OR “chronic obstructive disease” [tiab] OR “chronic obstructive diseases” [tiab] etc. Gebruik nooit verschillende operatoren in één zoekactie, dit geeft onverwachte resultaten.
Opdracht 14: Zoekacties MeSH en vrije tekst termen met OR combineren Om tot een zoekresultaat voor het eerste onderdeel van je vraagstelling te komen: combineer via ‘History’ (‘Advanced’) de resultaten (de sets) van de twee zoekacties (MeSH en vrije tekst termen) die over hetzelfde onderdeel gaan met elkaar met ‘OR’. Dit doe je door in de bovenste zoekbalk ‘PubMed Advanced Search Builder’) de setnummers van deze twee zoekacties te combineren met ‘OR’ (#9 OR #10). ‘History’ ziet er dan zo uit:
16
Wat is het (totale) zoekresultaat voor het eerste onderdeel van je vraagstelling?
Opdracht 15: Zoekresultaten twee andere onderdelen Ga ook voor de twee andere onderdelen van je vraagstelling op dezelfde manier te werk om tot een totaal zoekresultaat voor ieder onderdeel te komen. Gebruik hiervoor de ingevulde tabellen: zoek per onderdeel met MeSH en vrije tekst termen. Combineer de twee zoekacties over hetzelfde onderdeel met OR via ‘History’. Wat is het totale zoekresultaat voor het tweede en derde onderdeel?
Opdracht 16: Antwoord vraagstelling – onderdelen met AND combineren Om uiteindelijk een antwoord te krijgen op je vraagstelling, combineer via ‘History’ alle drie onderdelen van je vraagstelling (de totale zoekresultaten hiervan) met elkaar met AND, bijv.: #8 AND #9 AND #.. In het voorbeeld op de volgende pagina zijn twee onderdelen met elkaar met AND gecombineerd (je kunt met meer vrije tekst termen per onderdeel zoeken!). Tip: ‘dyspnea’ heeft meer spellingsvarianten (om ze te vinden denk aan de optie ‘trunceren’).
17
Hoeveel artikelen vind je nu?
Bekijk globaal de artikelen die je hebt gevonden. Lijken de gevonden artikelen relevant? Heb je teveel of te weinig titels gevonden? Heb je te weinig titels, laat een onderdeel van je vraagstelling weg (teveel: voeg een onderdeel toe). Zijn de titels niet relevant genoeg? Ga na of je wel met het juiste trefwoord hebt gezocht (misschien moet je met meer trefwoorden zoeken). Heb je met zoveel mogelijk synoniemen van een term gezocht?
1.3 Artikelen full-text verkrijgen Ook thuis heb je toegang tot het digitale materiaal aanwezig bij de Universiteitsbibliotheek Utrecht, dus ook de digitale tijdschriften. Als je thuis naar onze vakgebiedspagina gaat (www.uu.nl/bibliotheek > Zoeken op vakgebied > Geneeskunde) en je klikt een digitale bron aan, dan verschijnt automatisch een inlogscherm waar je je SolisId en wachtwoord kunt invullen. Je kunt dan de digitale bronnen gebruiken. Er zijn twee manieren om te achterhalen of de Universiteitsbibliotheek de full-text van een artikel heeft: •
via een digitaal bestand, bijv. PubMed, op onze vakgebiedspagina met behulp van de
18
•
via de link ‘Omega’ op onze vakgebiedspagina
Stel je hebt de volgende referentie: Long-term effectiveness and cost-effectiveness of smoking cessation: interventions in patients with COPD Hoogendoorn, M., Feenstra, T.L., Hoogenveen, R.T., Rutten-van Möken, M.P. Thorax 2010, 65 (8), 711-718 (NB: 65 = volume; (8) issuenummer)
Opdracht 17: Artikel full-text verkrijgen via de UBU-link Zoek bovenstaand artikel met de ‘Builder’ via ‘Advanced’. Heb je het artikel gevonden, klik op de titel van het artikel en daarna rechts op UBU-link. Je krijgt dan informatie hoe het volledige artikel te verkrijgen is (digitaal, gedrukt etc.). De UBU-link maakt een directe verbinding naar de collectie van de Universiteitsbibliotheek. Heeft de Universiteits-bibliotheek een abonnement op het digitale tijdschrift waarin het artikel is verschenen dan kun je het artikel vanuit het bestand (bijv. PubMed) full-text openen. Open het artikel full-text (‘PDF’) op het scherm door op de link ‘Full text available via Highwire Press …’ te klikken, zoek daarna het woord ‘PDF’ op het scherm.
Opdracht 18: Artikel full-text verkrijgen via de link ‘Omega’ Zoek het artikel ‘Long-term effectiveness and cost-effectiveness …’ van M. Hoogendoorn ook via de link ‘Omega’. Klik hiervoor op onze vakgebiedspagina de link ‘Omega’ aan onder de ‘Waar vindt u de collectie?’ of ‘Overige digitale bestanden’ (onder ‘Bronnen’) en kies onder
19
‘Snel naar’ of ‘Alle bestanden alfabetisch’ voor ‘Omega’. Zoek in ‘Omega’ het tijdschrift waarin dit tijdschrift is verschenen ‘Alfabetisch’ op (aanklikken: ‘Tijdschriften’, ‘Alfabetisch’). Je vindt dan gegevens over het tijdschrift o.a. vanaf welk jaar de Universiteitsbibliotheek een abonnement heeft op dit tijdschrift. Om het artikel fulltext te openen: klik op de ‘uitgever’ achter ‘Digitaal bezit’ (dit tijdschrift wordt door twee uitgevers aangeboden: ‘Highwire’ en ‘PubMed Central’, klik bijv. op ‘Highwire’). Je komt op de pagina van de uitgever, zoek aan de hand van ‘het archief’ (soms: ‘archive’, ‘all issues’ etc.) het volume en aflevering van het artikel. Klik bij de juiste pagina’s op ‘PDF’.
1.4 Tips en trucs PubMed
‘Single Citation Matcher’ (startpagina PubMed: onder ‘PubMed Tools’) Een referentie kun je snel opsporen door een paar referentiegegevens in het sjabloon van de ‘Single Citation Matcher’ in te vullen.
Opdracht 19: ‘Single Citation Matcher’ Zoek de referentie op pag. 19 (M. Hoogendoorn) via de ‘Single Citation Matcher’.
‘Related citations’: om meer artikelen te vinden over hetzelfde onderwerp, klik op ‘Related Citations’, te vinden bij elke referentie. De meest relevante titels worden als eerste getoond. De ‘Related citations’ vindt PubMed door via een gewogen algoritme (beslisboom) te zoeken op woorden uit de titel, het abstract en de MeSHtermen van het oorspronkelijke artikel
Opdracht 20: ‘Related Citations’ Hoeveel ‘Related Citations’ heeft de referentie van M. Hoogendoorn?
‘Limits’: je zoekresultaat kun je inperken door links van de gevonden
20
referenties limieten aan te klikken o.a. publicatiejaren/-type, leeftijdscategorie, taal etc.
Let op: ‘Systematic Reviews’ wordt bij de limieten als publicatietype gepresenteerd maar heeft in PubMed een andere, ruimere betekenis dan gebruikelijk met ‘Systematic reviews’ wordt bedoeld (niet alleen ‘Systematic reviews’ in de gewone zin). Er wordt bijv. ook gezocht met de woorden ‘Evidence based’ in de titel en als ‘MeSH’ in combinatie met categorieën ziektebeelden.
In de gewone zin van het woord zijn ‘systematic reviews’ onderzoeken die metadata bevatten over de ‘kennis tot dan toe’ over een onderwerp. Als het gaat om het zoeken naar het beste bewijs voor klinisch handelen in wetenschappelijk onderzoek, hebben deze onderzoeken de hoogste ‘level of evidence’ (en dan nog beter ‘Systematic reviews’ van RCT’s, Randomized Controlled Trials). Aan ‘systematic reviews’ worden hoge eisen gesteld, de werkwijze moet transparant en reproduceerbaar zijn (o.a. opzet van onderzoek en zoekstrategie).
Opdracht 21: ‘Limits’ Perk het zoekresultaat in van je eerdere zoekvraag (‘Vermindert stoppen met roken kortademigheid bij COPD patiënten?) op Engelstalige artikelen in ‘Core Clinical Journals’ (gebruik hiervoor “Choose additional filters’), gepubliceerd de afgelopen 5 jaar. Ga hiervoor naar ‘History’ en klik dit eerdere zoekresultaat aan (rechts, onder ‘Items found’). Gebruik de limieten links van de gevonden referenties. NB: denk eraan de limieten weer uit te zetten met ‘Clearall’).
Let op: Veel limieten in PubMed zijn gebaseerd op ‘MeSH’. De inperking ‘review’ (publicatietype) is bijv. opgenomen als MeSH-term bij een artikel. Recente artikelen (die nog geen MeSH hebben) kun je hierdoor uit het
21
zoekresultaat verwijderen. Alleen de de limieten ‘Publicatiejaren’ en ‘Taal’ zijn niet gebaseerd op ‘MeSH’.
‘MyNCBI’: via MyNCBI kun je de resultaten van je zoekacties bewaren. Om dit te doen moet je je eerst registreren (gratis). Je kunt je laten attenderen via ‘MyNCBI’ op de nieuwste artikelen over het onderwerp dat je belangstelling heeft.
‘Send to’ (rechtsboven de gevonden artikelen, onder de grijze balk) Hiermee kun je o.a. referenties opslaan (‘File’) of ze naar jezelf mailen (‘E-mail’).
2. COCHRANE LIBRARY De Cochrane Library is een zeer belangrijke verzameling databases op het gebied van Evidence-based-medicine. Onder ‘All Cochrane Library Databases’ (onder ‘Browse other databases’) zie je in welke databases allemaal wordt gezocht. Alleen de Cochrane Database of Systematic Reviews (CDSR) is opgenomen in PubMed! In de Cochrane Library vind je ‘systematic reviews’ in de werkelijke betekenis van het woord. De Cochrane Library is te vinden op de vakgebiedspagina Geneeskunde onder ‘Bronnen’.
Opdracht 22: Cochrane Library Zoek ook in Cochrane Library naar artikelen over je eerdere vraagstelling (‘Vermindert stoppen met roken kortademigheid bij COPD patiënten?’). In Cochrane kun je ook met trefwoorden zoeken (‘MeSH search’ via ‘Advanced Search’). Probeer weer voor elk onderdeel van je zoekvraag met een trefwoord te zoeken. Klik hiervoor: ‘MeSH Search’ aan (via ‘Advanced Search’)’, tik een term in de zoekbalk en klik op ‘Thesaurus’. Je vindt een lijst met trefwoorden, kies het meest geschikte trefwoord. Klik vervolgens op ‘View Results’. NB: Cochrane en PubMed gebruiken dezelfde MeSH-termen.
22
Zoek ook naar recente artikelen voor de verschillende onderdelen van je zoekvraag. Zoek de termen in ‘Title, Abstract en Keyword’ (gebruik hiervoor ‘Advanced Search’).
De zoekresultaten vind je terug via ‘Search History’ (via ‘Advanced Search’). Combineer de sets met zoekresultaten met elkaar met de juiste operator onder ‘Search For’ (tik hier dus de setnummers met AND, OR of NOT). Hoeveel ‘Cochrane Reviews’ en ‘Clinical Trials’ vind je over dit onderwerp?
Facultatief ‘Clinical Queries’ in PubMed Via ‘Clinical Queries’ (startpagina PubMed: onder ‘PubMed Tools’) kun je met zoekfilters in PubMed zoeken. Je vindt hiermee o.a. de ‘Systematic Reviews’ en de ‘Clinical Study Categories’ (klinische studies) over je onderwerp. Als je deze zoekfilters gebruikt, wees je ervan bewust dat deze filters het denkwerk zijn van iemand anders. Bij ‘Clinical Study Categories’ kun je aangeven in welk domein je wilt zoeken: ‘etiology’, ‘therapy’, ‘prognosis’, ‘clinical prediction guides’. Ook kun je aangeven of de zoekactie ‘broad’ (breed, sensitief) of ‘narrow’ (specifiek) moet zijn. In het eerste geval krijg je dus veel maar minder relevante treffers; in het tweede geval minder maar relevantere treffers.
Opdracht 23: ‘Clinical Quieries’. a) Klik ‘Clinical Queries’ aan en bekijk onder ‘Systematic reviews’ de ‘Filter information’. Je ziet dan de zoekstrategie achter de verzameling ‘Systematic Reviews’ in PubMed. c) ) Zoek met de uitkomst van je eerdere vraagstelling via ‘Clinical Queries’ naar ‘Systematic Reviews’ in PubMed. Je kunt dit doen doen door met het setnummer van de uitkomst (laatste setnummer) in de zoekbalk van ‘Clincal Queries’ te zoeken (bijv. #20). In ‘Clinical Queries’ kun je ook
23
zelf zoektermen invoeren. Hoeveel ‘Systematic Reviews’ vind je in PubMed? d) Zoek afhankelijk van het domein van je eerdere vraagstelling (‘Vermindert stoppen met roken …’) naar klinische studies. Probeer zowel de ‘specifieke’ als de ‘sensitieve’ zoekoptie ut. Hoeveel klinische studies vind je per zoekoptie?
Dit onderdeel komt in je verdere opleiding nog uitgebreid aan de orde.
MEER INFORMATIE: Bij vragen kun je contact opnemen met de Universiteitsbibliotheek: Elda de Cuba, aanwezig: maandag, dinsdag tel. 088-7556980,
[email protected] Paulien Wiersma (vakspecialist Medische Bibliotheek), 088-7558088,
[email protected] Bianca Kramer (informatiespecialist), tel. 088-7556982,
[email protected]
24
