High through put automatisering in de Genetica
Ermanno Bosgoed
[email protected] 19 11 2014
Inleiding Wie?
Wat? Hoe?
Automatisering / Robotisering Toekomst plannen
Human Genetics Nijmegen
Medewerkers Afdeling Genetica
Human Genetics Nijmegen
Wie? Afdeling Genetica Thema Oncogenetica Thema M&M
Thema MENS Genoom Diagnostiek Thema F&Z Genetica
Genoom Research
Klinische Genetica
Human Genetics Nijmegen
Thema CGAL (Faciliteiten) Thema Bioinformatica
Medewerkers CGAL
Human Genetics Nijmegen
Services Faciliteiten Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Faciliteiten Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
ION Torrent
Robot
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
Exome sequencing
DNA extracties
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Bio banking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Services Sanger sequencing
Robot
ION Torrent
DNA extracties
Exome sequencing
Biobanking
Human Genetics Nijmegen
Fragment lengte analyse
Hoe? Volledig geautomatiseerde generieke workflow
Human Genetics Nijmegen
Historie Robotisering 1998 MWG Robots
Human Genetics Nijmegen
2014
Start DNA Sequentie faciliteit 1998
377
1999
2014
2000
3700
Anthropogenetica
3100
Human Genetics Nijmegen
SQL*LIMS 1998
2001 SQL*LIMS en BioLIMS
Human Genetics Nijmegen
2014
Helix 1998
2004 Helix
2014
Test: PCR_BRCA1_02 (seq) SEQ_BRCA1_02 F SEQ_BRCA1_02R Werklijsten manueel en automatisch
Human Genetics Nijmegen
Helix 1998
2004 Helix
Human Genetics Nijmegen
2014
Isolatie 1998
2004 Isolatie robot
•Chemagen – Tecan combinatie •Magnetische beads
Human Genetics Nijmegen
2009 Isolatie robot (2)
2014
Isolatie 1998
2004 Isolatie robot
•Chemagen – Hamilton combinatie •Magnetische beads
Human Genetics Nijmegen
2009 Isolatie robot (2)
2014
Normalisatie 1998
2005 Normalistie robot (1)
•Doormeten van DNA fracties •Normaliseren van DNA fracties •Uitvullen van DNA naar o.a.REMP
Human Genetics Nijmegen
2011 Normalistie robot (2)
2014
Standarisatie PCR 1998
2006
Standarisatie PCR 1 mix 1 pcr programma
Human Genetics Nijmegen
2014
Pre Robot 1998
2008 Pre robot (1)
•DNA •Primer / Ready to use •Mix •Water / Blanco controle •Generiek •Automatisch genereren werklijsten
Human Genetics Nijmegen
2011 2012 Pre robot (2 en 3)
2014
Storage Database 1998
2008 Storage Database
•Storage tabel •Stock tabel •Post Robot tabel •Sequence Facility tabel
Human Genetics Nijmegen
2014
SQL*LIMS 1998
2009
Human Genetics Nijmegen
2014
Sequence Pilot (JSI) 1998
2009
Human Genetics Nijmegen
Sequence Pilot
2014
Post PCR Robot 1998
2010 Post robot (1)
•Zuiveren van PCR producten •PCR product meten m.b.v. Picogreen •Normaliseren PCR product •Uitvullen t.b.v. Sanger Sequencing reactie •Cycle sequence mix toevoegen
Human Genetics Nijmegen
2012 Post robot (2)
2014
Replicator 1998
2014 2010 2011 2012 Replicator (1) Replicator (2) Replicator (3 ,4)
•Zuiveren van PCR en Sequence producten •Library prep ION Torrent •Backup (Postrobot)
Human Genetics Nijmegen
Exoom sequencing (5500 XL) 1998
2011 5500 xl
Human Genetics Nijmegen
2014
Flow 1998
2011 Flow
Helix (Patienten database)
Storage (Robot database)
Human Genetics Nijmegen
SQL*LIMS (Sequencefacility database)
2014
Flow 1998
2011 Flow
Helix (Patienten database)
FLOW Storage (Robot database)
Human Genetics Nijmegen
SQL*LIMS (Sequencefacility database)
2014
Flow 1998
2011 Flow
Human Genetics Nijmegen
2014
Flow 1998
2011 Flow
Human Genetics Nijmegen
2014
Doorlooptijden 2012
1998
•Theoretische doorlooptijd •Slecht presterende fragmenten in duplo inzetten. •Bezettingsgraad 96 wells plaat.
•Doorlooptijd verbeteren door wachttijd te verkleinen en bij storing van robot deze direct signaleren en oplossen. Human Genetics Nijmegen
2014
Doorlooptijden 2012
1998
Human Genetics Nijmegen
2014
Doorlooptijden 2012
1998
Human Genetics Nijmegen
2014
ION-Torrent 1998
2013 2014
PCR
Sanger sequencing
IonTorrent sequencing Pooled PCR plates Unique Library A
Unique Library B
BC B
BC A BC C
Human Genetics Nijmegen
Unique Library C
Robotisering 1998
2014 Chemagicstar
•Isoleren maximaal 4 ml (Bloed, Plasma, Oragene) •24 monsters per run •2 runs
Human Genetics Nijmegen
Biobank (Ministore) 1998
2000
2001
Human Genetics Nijmegen
2001
2014
NIPT (NextSeq 500) 1998
2014
Human Genetics Nijmegen
Toekomstplannen •Huidige pre robot omzetten als Generieke library prep robot •NIPT Library •Exome Library •sMIPS (sMIPS (Single molecular Inversion Probes) •Implementatie Labvantage
•Technische validatie sequentie data centraliseren / automatiseren •In productie name van Ministore t.b.v. Biobanking
•Uitfaseren van Storage database
Human Genetics Nijmegen
www.genomediagnosticsnijmegen.nl
[email protected] +31 (0) 24 361 37 99 Human Genetics Nijmegen
