RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007)

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007)

RIJKSWATERSTAAT RIKZ


Inhoud Inhoud ............................................................................................................................................. 2 1. Inleiding ....................................................................................................................................... 3 2. Informatie voor gebruikers .......................................................................................................... 3 2.1 Samenvoeging van de rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ........................................... 3 2.2 Mogelijkheid van dubbele precisie rekenen.......................................................................... 4 2.3 Verwijderen van oudere en/of niet-gebruikte functionaliteiten.............................................. 5 2.4 Verbeteringen t.b.v. parallel rekenen op het Windows platform ........................................... 6 2.5 Verbeteringen m.b.t. overlaten ............................................................................................. 6 2.6 Waqview en Getdata: diverse verbeteringen en uitbreidingen ............................................. 6 2.7 Automatische Simona Installatie........................................................................................... 7 2.8 Meerdere kleine wijzigingen ................................................................................................. 7 3. Informatie voor programmeurs.................................................................................................... 8 3.1 Aanpassing voor uniformering WAQUA/TRIWAQ................................................................ 8 3.2 Nieuw make-systeem voor Linux en Windows ..................................................................... 9 4. Compatibiliteit.............................................................................................................................. 9 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur ..................................................... 9 4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit................................................................... 11 5. Bekende problemen / restricties................................................................................................ 12 5.1 Algemene restricties ........................................................................................................... 12 5.2 Restricties voor het Linux-platform ..................................................................................... 12 5.3 Restricties voor het Windows XP-platform ......................................................................... 12 5.4 Restricties voor het HP-platform......................................................................................... 13 6. Configuratie ............................................................................................................................... 13 6.1 Platforms............................................................................................................................. 13 6.2 Producten............................................................................................................................ 13 6.3 Bestanden........................................................................................................................... 13 7. Versienummers ......................................................................................................................... 14


1. Inleiding Deze Release notes horen bij de SIMONA update release Simona0709 van september 2007. In dit document worden in het kort de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de major release (Simona2007-01) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen: • De samenvoeging van de rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ; • Mogelijkheid van dubbele precisie rekenen in WAQUA/TRIWAQ; • Verwijdering van oude, niet-gebruikte functionaliteiten; • Verbeteringen voor parallel rekenen op het Windows platform; • Verbeteringen met betrekking tot overlaten; • Diverse kleine aanpassingen en verbeteringen aan Waqview; • Verschillende uitbreidingen en bug-fixes naar aanleiding van service-calls. Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen doorgevoerd.

2. Informatie voor gebruikers In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's, sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld.

2.1 Samenvoeging van de rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ Na meerdere voorbereidende stappen die al in eerdere releases in de moederversie zijn geïntroduceerd, zijn nu de echte rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ met elkaar samengevoegd. In juli 2006 zijn we begonnen met het project "Uniformering van WAQUA en TRIWAQ". Allereerst is er een stappenplan en globaal ontwerp voor het project gemaakt. Vervolgens zijn enkele grotere uitbreidingen aan TRIWAQ in de moederversie opgenomen: het niet-hydrostatisch rekenen en het horizontaal k-epsilon turbulentiemodel. Tenslotte is de echte uniformering van WAQUA en TRIWAQ gestart. Bij de uniformering zijn eerst de interne data-structuren van WAQUA en TRIWAQ gelijk gemaakt. Alle arrays die in TRIWAQ nodig zijn worden ook in WAQUA aangemaakt en andersom. In enkele gevallen zijn berekeningen herschreven opdat van dezelfde arrays gebruik kan worden gemaakt. Door deze wijzigingen is de hoeveelheid geheugen voor WAQUA toegenomen. Om dat toch zo veel mogelijk te beperken zijn in WAQUA "aliassen" gedefinieerd: voor bepaalde dieptegemiddelde informatie wordt dezelfde geheugenruimte gebruikt als voor informatie die in TRIWAQ per laag beschikbaar is. Vervolgens zijn de routines rondom het echte rekenhart aangepakt. Eenvoudige functies die voorheen alleen in WAQUA of alleen in TRIWAQ beschikbaar waren zijn nu in beide modellen mogelijk gemaakt. Dit betreft bijvoorbeeld de Lagrangiaanse tijdsintegratie in WAQUA, of debietranden met automatische verdeling in 3D TRIWAQ berekeningen. Deze wijzigingen waren reeds in de update-release simona0702 geïntroduceerd. In de periode van januari tot april zijn de echte rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ met elkaar samengevoegd. Hierbij zijn de specifieke eigenschappen van de rekenroutines van WAQUA die behouden moesten blijven in de rekenroutines van TRIWAQ geintegreerd. Dit betreft met name de advectieschema's voor flow en transport en de implementatie van barriers. Daarnaast worden er in WAQUA aparte solvers

3

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) voor de impuls- en transportvergelijkingen gebruikt. Vervolgens zijn de routines van WAQUA verwijderd uit de programmatuur. Bij de uniformering zijn een aantal wijzigingen aan de rekenschema's gemaakt. Zo zijn de viscositeitskruistermen definitief verwijderd uit de programmatuur, en zijn de stopcriteria van WAQUA en TRIWAQ op elkaar afgestemd. De Tatcher-Harleman randvoorwaarde voor het transportgedeelte is verfijnd, en er zijn enkele problemen in de oude implementatie gevonden en verholpen. Tenslotte zijn er bij de uniformering keuzes gemaakt in gevallen waar WAQUA en TRIWAQ op een niet-wezenlijke manier van elkaar verschilden. Kleine verschillen in de afhandeling van viscositeit en advectie bij open randen zijn opgeheven. In sommige gevallen wordt hierbij in de uiteindelijke programmatuur de aanpak van WAQUA, in andere die van TRIWAQ gevolgd. Deze uniformering zorgt ervoor dat de hoeveelheid complexe rekenroutines verminderd is. Verder is ervoor gezorgd dat er geen onnodige verschillen meer zijn in rekenresultaten en performance tussen WAQUA-berekeningen en TRIWAQ-berekeningen met 1 laag. Tenslotte zorgt de uniformering ervoor dat nieuwe functionaliteit en methoden voortaan tegelijkertijd voor WAQUA en TRIWAQ worden geïmplementeerd. Dit geldt bijvoorbeeld voor het temperatuurmodel en voor de nieuwe algoritmes voor domein decompositie. Voorheen moesten dit soort dingen steeds apart in WAQUA en TRIWAQ worden geïmplementeerd en apart worden getest. De uniformering van de rekenkernen heeft geen grote consequenties voor de performance gehad. Voor vijf verschillende WAQUA-schematisaties is de rekentijd tussen 0 en 16% toegenomen. Voor drie TRIWAQ-berekeningen is de rekentijd juist met zo'n 15% bekort. De benodigde hoeveelheid geheugen is in deze fase van het uniformeringsproject (samenvoegen rekenkernen) min of meer gelijk gebleven. De wijzigingen van de rekenschema's leiden tot flink wat verschillen in de rekenresultaten voor bestaande schematisaties en scenario's. In een aantal gevallen (met name stopcriteria) kunnen deze worden beïnvloed via instellingen in de simulatie-invoerfile. In andere gevallen zijn de verschillen een logisch gevolg van de subtiele wijzigingen die aan de discretisaties zijn gemaakt. Voor de SIMONA testbank zijn de verschillen uitvoerig onderzocht om te waarborgen dat ze door de aanpassingen van de discretisaties en niet door programmeerfouten zijn ontstaan. De verschillen in rekenresultaten betreffen vooral inconsistenties tussen WAQUA en TRIWAQ die zijn geüniformeerd. Ofwel de oude aanpak van WAQUA ofwel die van TRIWAQ wordt in de nieuwe code gehanteerd. Het opheffen van deze inconsistenties leidt nu tot verschillen, maar zorgt ervoor dat WAQUA en TRIWAQ in het vervolg beter vergelijkbaar en uitwisselbaar zijn.

2.2 Mogelijkheid van dubbele precisie rekenen In SIMONA worden de meeste berekeningen in enkele precisie, met circa zeven significante cijfers uitgevoerd. In WAQUA/TRIWAQ is nu ook de mogelijkheid om te rekenen met dubbele precisie ingebracht. Deze mogelijkheid wordt via de optie "-precision double" van de perlprocedure waqpro.pl geactiveerd. In berekeningen met dubbele precisie worden veel kleinere afrondfouten gemaakt. Dit zorgt ervoor dat de gevolgen van kleine wijzigingen aan de programmatuur minder sterk doorwerken en dat de gevoeligheid van simulaties voor kleine verstoringen minder wordt. Dat is met name van belang voor het beheer en onderhoud, omdat sneller kan worden bepaald of verschillen in simulatieresultaten door afronding of door programmeerfouten worden veroorzaakt. Daarnaast zal het kunnen beschikken over hogere nauwkeurigheid in bepaalde gevallen ook voor gebruikers en ontwikkelaars van alternatieve numerieke methoden nuttig zijn. Alleen het rekengedeelte van WAQUA/TRIWAQ is aangepast. De opslag van data op de SDSfile is ongewijzigd en wordt (op enkele uitzonderingen na) in enkele precisie gedaan. Deze keuze zorgt ervoor dat veruit de meeste afrondfouten worden aangepakt, zonder dat de SDS-file groter

4

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) wordt en zonder dat de pre- en post-processing programmatuur hoeft te worden aangepast. De twee versies worden via een compiler-optie uit dezelfde broncode gegenereerd. Dit zorgt ervoor dat er zo min mogelijk extra onderhoud nodig is en de kans op fouten wordt geminimaliseerd. Het gebruik van dubbele precisie kost ruwweg 1.5 keer meer rekentijd. De benodigde buffergrootte voor de berekening is praktisch twee keer zo groot. De simulatieresultaten verschillen van die van een single-precision berekening. Daarbij zijn de resultaten van de dubbele-precisie versie in principe beter, en geven de verschillen aan wat de gevoeligheid c.q. betrouwbaarheid van de enkele-precisie versie is. Het rekenen in dubbele precisie wordt voor praktisch alle onderdelen van WAQUA/TRIWAQ ondersteund. Alleen in domein decompositie-berekeningen waarin ook Kalman-filtering wordt gebruikt is het gebruik van dubbele precisie nog niet toegestaan.

2.3 Verwijderen van oudere en/of niet-gebruikte functionaliteiten Er zijn meerdere pakketten/functionaliteiten binnen Simona die verouderd zijn en/of niet meer gebruikt worden. In het kader van de uniformering van WAQUA en TRIWAQ is hier aandacht aan besteed, en gaandeweg is er een lijst van mogelijke verbeteringen ontstaan. Deze is besproken in de begeleidingsgroep Simona en met andere betrokkenen. In de huidige release zijn Waqriv, de CCO-file, de oude droogval-keywords, oude iteratiekeywords, de Cdcon-optie en de optie USE_ZEROS verwijderd uit de programmatuur. CCO-files zijn binaire files met de coordinaten van kromlijnige roosters erin. Deze zijn al lang geleden opgevolgd door de RGF-file in ASCII-formaat, en oude CCO-files konden met Waqriv naar RGF-files worden omgezet. Waqriv werd echter ook niet meer gebruikt en is verwijderd uit de programmatuur. Als er toch nog oude CCO-files zijn dan kunnen die met een oude versie van Waqriv naar RGF-files worden omgezet. In het droogvalproject van 2004 zijn nieuwe keywords voor het beschrijven van de bathymetrie en droogvallen toegevoegd. De oude keywords IDRYFLAG en DUPWND zijn daarbij obsolete verklaard maar werden nog wel ondersteund. Vanaf de huidige release zijn deze keywords niet meer toegestaan. DUPWND moet worden vervangen door UPWIND_ZETA = 'yes' / 'no'. Voor IDRYFLAG zijn meerdere aanpassingen nodig die van de gebruikte waarde afhankelijk zijn. Welke nieuwe keywords met de gebruikte waarde overeenkomen wordt afgedrukt in de foutmelding van Waqpre. Bij de parallellisatie van WAQUA en TRIWAQ zijn er aparte toleranties voor de iteratieve procedures voor waterstanden en stroomsnelheden gemaakt. De regels voor deze toleranties en voor het gebruik van keyword ITERACCURACY waren vrij complex. Dit is verbeterd door ITERACCURACY af te schaffen. In plaats daarvan mogen alleen ITERACCURVEL en ITERACCURWL worden gebruikt. De optie CDCON betrof extra dispersie in transportberekeningen afhankelijk van de bodemwrijvingsterm. Deze extra dispersie bleek geen verbetering van de simulatieresultaten te geven en werd niet gebruikt. Ze is voortaan niet meer beschikbaar in de programmatuur. Iets dergelijks geldt voor de optie USE_ZEROS voor het RRSQRT Kalman-filter. Deze optie is altijd een verbetering ten opzichte van geen USE_ZEROS. Ze wordt voortaan altijd gebruikt en kan niet meer via de invoerfile worden uitgezet.

5


2.4 Verbeteringen t.b.v. parallel rekenen op het Windows platform Het gebruik van parallel rekenen op Windows XP op basis van MPI heeft bij verschillende gebruikers problemen gegeven. Dit lag enerzijds aan de complexe installatie, anderzijds aan het gebruikte pakket MPICH2. Er is een onderzoek uitgevoerd om het parallel rekenen op het Windows platform te verbeteren. Daarbij zijn verbeteringen aan de lastige drivemap-optie en aan de installatie-handleiding gemaakt. Verder is het uit de SDS-file lezen van de experimentnaam aangepast, omdat dit in perl onder Windows ook regelmatig problemen gaf. Tenslotte is er ook een probleem met parallel rekenen voor niet-hydrostatische runs op Windows opgelost. In het onderzoek is ook onderzocht of MPICH2 op Windows zou kunnen worden vervangen door een alternatieve MPI-implementatie, met name DeinoMPI. Dat bleek op dit moment nog geen verbetering te zijn. Nog niet alle problemen met parallel rekenen op Windows kunnen daarom op dit moment al worden opgelost.

2.5 Verbeteringen m.b.t. overlaten Binnen SIMONA worden er meerdere acties uitgevoerd om te komen tot betere formuleringen voor barriers en overlaten. Met name is er in 2005 een prijsvraag geweest waarin Svasek, VORtech en WL|Delft Hydraulics hun visie op een aantal vraagstukken hebben gegeven, welke in een workshop in november 2005 bij RIKZ zijn gepresenteerd. In het verlengde daarvan hebben WL|Delft Hydraulics en VORtech samen een aantal wijzigingen met betrekking tot overlaten uitgewerkt en/of geïmplementeerd. Parallel daaraan heeft Svasek verbeteringen aan de modellering van barriers ontwikkeld en uitgeprobeerd. In de huidige release is een aantal verbeteringen van WL en VORtech met betrekking tot overlaten geïmplementeerd: 1. een tweetal kleine inconsistenties m.b.t. overlaten is verholpen, te weten een verschil in het upwind-schema in de overlaatroutines en in het rekenhart, en een verschil in de startsnelheid bij onderlopen. 2. de drempelwaarde (sill) voor overlaten is optioneel gemaakt. Wanneer -99.00 wordt opgegeven dan wordt de drempel uit de bodemhoogte en kruinhoogte bepaald. 3. de interne data-structuren voor overlaten zijn aangepast. Met name is er een splitsing gemaakt tussen u-overlaten en v-overlaten. Hiermee kunnen diverse situaties met betrekking tot een u- en een v-overlaat in hetzelfde roosterpunt beter worden geadministreerd. Dit is met name van belang voor vervolgwerkzaamheden aan de formuleringen voor overlaten. 4. inactieve overlaten worden gefilterd uit de data-structuren. Hierdoor is er minder geheugen en opslagruimte nodig voor overlaten-arrays.

2.6 Waqview en Getdata: diverse verbeteringen en uitbreidingen In WAQVIEW zijn enkele veranderingen en verbeteringen doorgevoerd. Dit betreft: • • •

transformatie Gauss-Kruger naar rijksdriehoek-coordinaten de tijden worden in dubbele precisie verwerkt bugfixes zijn doorgevoerd voor de volgende onderdelen: - schaling x-as tijdseries, - templatefile in combinatie met verschilplot, - zoomfunctie in histories en mapvelden,

6

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) -

vergelijken van twee files met overlaten, isolijnen, locatie velocity-stations in de map

In GETDATA worden de uitgevoerde waterstanden voor de maximale en minimale waarden (SEPMAX en SEPMIN) gefilterd met drooggevallen cellen. Hierdoor is nu het waterstandsveld gelijk aan het waterstandsveld zoals die in Waqview te zien is.

2.7 Automatische Simona Installatie De Simona cd bevat nu een echte installer met autostart functionaliteit. Deze Simona installer installeert Simona, externe pakketten, configureert en kan de Sidonia installer starten. Hier volgt een complete lijst van de mogelijke functionaliteiten van de installer op het Windows platform: •

•

• •

Het installeren van Simona. Hierin kan onder andere gekozen worden om o Linux/hpux files niet mee te kopiëren, dit bespaart veel schijfruimte. o icoontjes aan te maken voor Waqipw, Settings.inc en alle Simona documentatie. o de Simona-locatie toe te voegen aan %PATH% Het installeren van de volgende externe pakketten o Active Perl o Microsoft .NET framework o MPICH2 o Java Virtual Machine Na de installatie van Simona kan automatisch de installatie van Sidonia worden gestart. Settings.inc wordt naar het Windows-formaat omgezet. Hierdoor kan Settings.inc ook bekeken worden met de meest eenvoudige tekstverwerkers zoals notepad

Het Linux / HPUX platform bevat ook een installer variant. Deze detecteert (het ontbreken van) externe pakketten. De installatie van de externe pakketten blijft nog een taak van de gebruiker.

2.8 Meerdere kleine wijzigingen •

In IPW zijn diverse kleine verbeteringen gemaakt: - mogelijkheid om zonder siminp op te starten (tegemoetkoming Cygwin gebruikers), - wijziging formaat uitvoer overlaten, - de obsolete Dupwnd-parameter wordt nu als commentaar weggeschreven, - wegschrijven diffusie, - aanpassingen documentatie.

•

In Waqwnd is de optie -angle verplicht gemaakt in geval van SVWP-invoer. In de afhandeling van de grid parameter is een fout gerepareerd. De documentatie is verbeterd m.b.t. de optie -windidfile.

•

In meerdere programma's wordt toegestaan dat de gebruikte SDS-file read-only is gemaakt. Verder wordt het INPUT-array, waarin een invoerfile wordt ingelezen, opgeruimd nadat de invoer is verwerkt.

•

Er zijn extra controles toegevoegd in Waqpre met betrekking tot inconsistente opgave van openingen en randvoorwaarden, 3D randvoorwaarden i.c.m. automatische debietverdeling, en restart-berekeningen met dynamische barriersturing.

•

In WAQUA/TRIWAQ is een nieuw (lineair) wrijvingsmodel toegevoegd. Dit model komt overeen met de manier waarop bodemwrijving wordt gemodelleerd in het programma Kalman. Hiermee wordt het mogelijk om met Waqpro dezelfde Kalman-filters te genereren als met het programma Kalman werd gedaan.

7

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) •

In simulatieinvoerfiles voor DDVERT-berekeningen zijn de keywords %KMAX%, %DOM% en %DECOMP% hoofdletterongevoelig gemaakt. Verder is het restarten van DDVERT-sommen met overlaten gerepareerd.

•

In parallelle berekeningen worden reeds bestaande deel SDS-files opgeruimd voordat de nieuwe SDS-file wordt gepartitioneerd. Een probleempje met een foutief opgegeven runid is gerepareerd. Als het aantal subdomeinen (-npart) niet is opgegeven in de aanroep van waqpro.pl dan wordt hierom gevraagd.

•

In bepaalde gevallen waarin coordinaten van randpunten nodig zijn worden deze bepaald via extrapolatie van de coordinaten van het binnengebied van het rooster.

•

Bepaalde tijdstippen zoals 4000.1 kunnen in de computer niet goed worden weergegeven. Om problemen met resolutie te verhelpen zijn alle variabelen in dirsys die tijdstippen weergeven omgezet naar dubbele precisie.

•

In Waqpan is een correctie gemaakt voor de SIMONA box header. Ook is een fout voor TRIWAQ SDS-files met barriers gerepareerd.

•

In Obs2sds wordt het date-format "YYYYMMDDhhmm" ondersteund. In Cmpser zijn lekpercentages instelbaar gemaakt. Aan Basisanalyse is een optie voor de buffergrootte toegevoegd.

•

Van Getdata is de documentatie verbeterd. De Sidonia documentatie de toegevoegd. Er zijn enkele dubbele entries uit het gegevenswoordenboek verwijderd (m.b.t. FLOW en TRANS) en nieuwe entries toegevoegd.

•

Er zijn meerdere verbeteringen aan de documentatie gemaakt. Er is een snelstartgids voor programmeurs toegevoegd, alhoewel deze nog niet volledig is afgerond. Het cursusmateriaal van bepaalde SIMONA cursussen is aan de documentatie toegevoegd. Ook zijn ontbrekende formules en figuren in de WAQUA-documentatie hersteld.

•

Er zijn kleine bugs gerepareerd in Visipart (inlezen rgf-file), Modnst (genest model zonder constituents), het interpolatietool (identieke grids), Sds2mat (dubbele bestandsnamen), KalGUI (filenamen met spaties), Simarc (tijdsafhankelijke velden) en Matlnk (dubbele uitvoerstations).

3. Informatie voor programmeurs In de afgelopen periode zijn er enkele aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle SIMONA programmeurs.

3.1 Aanpassing voor uniformering WAQUA/TRIWAQ Bij de samenvoeging van de rekenroutines van WAQUA en TRIWAQ zijn de rekenroutines die voorheen voor WAQUA werden gebruikt verwijderd uit de programmatuur. Een wijziging die hierbij ook is doorgevoerd betreft de opzet met betrekking tot koproutines. De algemene strategie is nu om een enkele koproutine te gebruiken voor zowel de berekening in de x-richting als in de y-richting. Binnen de routine wordt dan afhankelijk van de fase van de berekening de ene call naar een rekenroutine of de andere call gedaan. Er is voor deze opzet gekozen omdat er heel veel dubbele code in de koproutines zat, en daarmee dubbel werk in het programmeren van uitbreidingen.

8


3.2 Nieuw make-systeem voor Linux en Windows Het compileren van alle onderdelen van SIMONA gebeurde voorheen verschillend onder Linux en onder Windows. Onder Linux werd een uitgebreide Makefile gebruikt, en werden allerlei hulpbestanden (foutmeldingen, referentiearrays, documentatie) door deze Makefile op de goede plek geïnstalleerd. Onder Windows werden projectbestanden gebruikt die alleen het compileren van de executables verzorgden. Deze verschillende benaderingen van Linux en Windows resulteerden in meerdere moeilijkheden voor het beheer en onderhoud. Bijvoorbeeld moest er voor het genereren van een Windows-versie ook een keer op Linux worden gegenereerd, en moesten verschillende handmatige kopieerslagen worden uitgevoerd. Daarnaast was het ook lastig om de project-bestanden voor het Windows platform bij iedere wijziging te updaten. Bij de huidige release is er een nieuw make-systeem geïntroduceerd. Hierin worden alle acties die voorheen door de Makefile geregeld werden nu door perl-scripts gedaan. Deze scripts werken zowel onder Linux als onder Windows, zodat er voor beide platformen gemakkelijk een nieuwe versie kan worden gegenereerd. Het gebruik van het nieuwe make-systeem zal binnenkort in het rapport over de beheeromgeving en werkwijzen worden toegevoegd. Tot die tijd kan er voor meer informatie over het makesysteem een "request for information" (servicecall) worden ingediend.

4. Compatibiliteit 4.1 Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur. •

Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar? Nee. Het programma Waqriv is verwijderd, net als de ondersteuning voor CCO-files, de oude droogval-keywords, oude iteratie-keywords, de Cdcon-optie en de optie om zonder USE_ZEROS te rekenen in het RRSQRT Kalman-filter.

•

Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken? Het keyword ITERACCURACY moet worden vervangen door ITERACCURVEL en ITERACCURWL Het keyword IDRYFLAG moet worden vervangen door een combinatie van METH_DPS en CHECK_WL. De overeenkomstige instellingen worden weergegeven in de foutmelding van Waqpre. Het keyword DUPWND moet worden vervangen door UPWIND_ZETA = 'yes' of 'no'. De keywords CDCON, USE_ZEROS en het gebruik van CCO-files moet worden verwijderd uit de simulatie-invoerfile. De benodigde hoeveelheid geheugen voor het programma Waqpro is iets toegenomen ten opzichte van de major release simona2007-01, en was in release 2007-01 flink toegenomen ten opzichte van eerdere releases. De gebruikte buffersize moet daarom in een aantal gevallen worden vergroot.

9


•

Moet je aanpassingen doen aan je modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? Om in dubbele precisie te rekenen moet optie "-precision double" worden meegegeven aan waqpro.pl. Voor het lineaire wrijvingsmodel moet bij FLOW - PROBLEM - FRICTION - GLOBAL FORMULA de waarde 'linear' worden ingesteld. Om drempelhoogtes van overlaten te laten berekenen uit de bodemhoogte moet de waarde van -99.00 voor de drempel worden ingevuld. Bij de configuratie van een Windows rekencluster voor parallel rekenen kunnen in het bestand Settings.inc naast DRIVEMAP nu ook SIMONAMAP en DATAMAP worden gebruikt. De benodigde hoeveelheid geheugen voor een berekening in dubbele precisie is bijna twee keer zo groot als voor een single-precisie run. De gebruikte buffersize moet daarom in een aantal gevallen worden vergroot.

•

Moet je nieuwe filters aanmaken om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) ? Nee

•

Moet je nieuwe filters aanmaken om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend) ? Dit is alleen nodig voor het maken van steady state filters met het programma Waqpro in plaats van het programma Kalman. Hiervoor moet bij FRICTION - GLOBAL - FORMULA de waarde 'linear' worden ingesteld.

•

Is de nieuwe functionaliteit voor alle onderdelen beschikbaar? Het lineaire wrijvingsmodel is alleen toegestaan in 2D berekeningen (kmax=1) en kan niet samen met andere wrijvingsmodellen (FRICCOMBINATION) worden gebruikt. Het rekenen in dubbele precisie is nog niet beschikbaar voor domein decompositie in combinatie met Kalman filtering

•

Zijn er nieuwe Keywords? Nee

•

Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? Bij het keyword FRICTION - GLOBAL - FORMULA kan nu ook 'linear' worden opgegeven

•

Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's? Ja

•

Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Nee

10

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) •

Zijn de resultaten veranderd? De samenvoeging van de rekenroutines van WAQUA en TRIWAQ brengt in veel berekeningen verschillen met zich mee. Deze komen door diverse subtiele wijzigingen aan de rekenschema's. Voor de modellen van de SIMONA testbank zijn de verschillen uitvoerig onderzocht en verklaard aan de hand van de wijzigingen aan de programmatuur. De randvoorwaarde voor het transportgedeelte (constituent return-time) is verfijnd en levert daardoor wat verschillen op in modellen met stoftransport. De presentatie van gedetailleerde uitvoergrootheden voor overlaten is verbeterd, met name ten aanzien van u- en v-overlaten in hetzelfde punt. De uitvoer van Getdata voor minimale en maximale waarden van de waterstanden is gefilterd met droogval.

•

Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? Overlaten die buiten de enclosure vallen of die samenvallen met permanente schotjes worden niet meer weergegeven op de SDS-file. De opslagstructuur voor overlaten op de SDS-file is gewijzigd. De oude arrays m.b.t. ligging en afmetingen van overlaten zijn vooralsnog gehandhaafd, maar zullen op termijn worden verwijderd van de SDS-file. In restart-sommen kunnen zowel nieuwe als oude SDS-files worden gebruikt.

4.2 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit Om het complete SIMONA-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: •

Programma Waqpan Het programma Waqpan wordt al geruime tijd niet meer ondersteund en ook niet bijgewerkt ten aanzien van aanpassingen elders in het systeem. In plaats daarvan kunnen Sidonia en Getdata worden gebruikt. Er zal een gebruikerstest worden uitgevoerd om te bepalen of Getdata als alternatief volstaat. Indien deze succesvol is zal Waqpan worden verwijderd uit het systeem.

•

Blocked time-histories Ten behoeve van de performance van Simview is vroeger het converteren van de arrays van time-histories naar zogenoemde "blocked" varianten geïntroduceerd. Hiervoor is het programma Waqbhd geïntroduceerd. Het programma Waqbhd en de extra arrays zijn lastig voor het beheer en onderhoud. Bovendien nemen ze extra ruimte in op de SDSfile. Er wordt overwogen om de blocked time-histories te verwijderen van de SDS-file. Hiervoor zullen performance-testen met Waqview worden uitgevoerd. Het verwijderen van de blocked arrays zou vervolgens in de loop van 2007 kunnen worden geïmplementeerd.

•

Programma's Cmpbnd en Adobs

11

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) Het programma Cmpbnd is opgevolgd door het generieker programma Cmpser, het programma Adobs is opgevolgd door het krachtigere Obs2sds. Zodra de Nautboom-3 (operationeel voorspelsysteem voor hydro-meteo centra) volledig operationeel is zullen de programma's Cmpbnd en Adobs worden verwijderd uit het systeem.

5. Bekende problemen / restricties In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de restricties die voor alle platformen gelden, daarna de restricties per platform.

5.1 Algemene restricties -

Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR configuratiefile op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. De Matlab programmatuur werkt niet voor Matlab versies 7.0 en hoger.

5.2 Restricties voor het Linux-platform - IPW wordt niet ondersteund op LINUX.

5.3 Restricties voor het Windows XP-platform - User-routines kunnen niet gebruikt worden. Op het Windows platform is het niet mogelijk om op runtime niveau een vertaal- en linkslag uit te voeren. Hierdoor is het niet mogelijk om een applicatie met user-routines te linken. - Interactieve programma's zoals rsds.pl en sidsview.pl sluiten niet helemaal netjes af. Er moet nog een extra keer op <enter> worden gedrukt nadat het programma eigenlijk beëindigd had moeten worden. - Het redirecten van invoer naar sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed - Uitvoer 'sluizen' onder WINDOWS. Op het WINDOWS-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken. Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van perl voor WINDOWS. - Optie –back werkt niet Op het Windows XP platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via 'start waqpro.pl -runid ....'. Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Unix/Linux - Het gebruik van slashes in GETDATA Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes gebruikt worden zoals dit onder UNIX gebeurt. - Parallel rekenen in WAQAD De optie -nproc van parallel WAQAD (tegelijkertijd op aparte computers berekenen van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt genegeerd.

12


- Installatie onder Program Files In het verleden zijn er problemen geweest bij installaties in directories met een spatie. In de huidige versie zijn een aantal verbeteringen doorgevoerd, onder andere door het gebruik van perl-scripts, maar mogelijk is dat sommige programma’s nog steeds niet tegen spaties kunnen. - Het GRIB formaat voor Waqwnd wordt niet ondersteund op het Windows platform.

5.4 Restricties voor het HP-platform -

Voor de update (september) worden de HP-binaire bestanden alleen op verzoek geleverd.

-

IPW

-

In WAQVIEW kan geen gebruik worden gemaakt van de devices jpg, wmf, bmp en png.

-

Parallel rekenen en domein decompositie worden niet ondersteund op HP.

wordt niet ondersteund op HP.

6. Configuratie 6.1 Platforms Door SIMONA B&O worden drie platforms ondersteund: • • •

HP9000/700

onder HP-UX 11.xx

LINUX

PC onder WINDOWS 2000 en WINDOWS XP

Precieze vereisten aan de configuratie worden beschreven in de "Installatie-gids SIMONA".

6.2 Producten De standaard SIMONA levering bestaat uit de volgende onderdelen: • SIMONA productieversie (binaire uitlevering voor Linux, Windows en HP), inclusief documentatie in pdf en de IPW productieversie; • SIDONIA productieversie (installer voor Linux en Windows), • SIMONA installer voor Linux en Windows; • geschikte versies van bepaalde externe systemen; • Release notes (huidig document)

6.3 Bestanden Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de SIMONAomgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie-directory van SIMONA op het lokale systeem bedoeld.

13


- $SIMONADIR/README - $SIMONADIR/INSTALL.simona - $SIMONADIR/INSTALL.par-xp - $SIMONADIR/etc - $SIMONADIR/etc/linux/Settings.inc - $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - $SIMONADIR/bin - $SIMONADIR/doc/index.html

- bestand met informatie over de release - bestand met informatie over de installatie van de release - Aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het WINDOWS XP platform - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - instellingenbestand voor het LINUX -platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 worden ingesteld - instellingenbestand voor het WINDOWS -platform. Hierin moet met name de lokatie van MPICH2 worden ingesteld - directory met executeerbare programma's, met name perl run-procedures - Html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdfformaat).

7. Versienummers Na de update release Simona0709 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message-files, die bij de verschillende programma's behoren): ADCUM ADGLGR ADO2MD ADOBS ADPRKA ADPRO ADRPAR ADRSAV AGETWL CALIBRIV CLRSDS CMPBND CMPSER CNVOBS COEXEC COPPOS COPPRE DIFTOSDS DIRTST GETDATA GETSER HDFSDS IPW KALMAN MODNST OBS2SDS RSDS SDS2MAT SDSDIF SDSEXP SDSHDF SDSTOINC SICORRUPT SIDSVIEW SIERWR SIMPAR

1.16.02 1.16.02 1.13.07 2.07.02 1.16.02 2.08.02 1.17.02 1.17.02 1.14.06 1.01.07 1.16.02 1.13.10 1.14.04 1.15.02 1.22.00 1.14.00 1.26.00 1.10.04 1.15.02 1.15.02 1.18.02 1.16.02 4.09.00 2.05.02 1.17.00 2.07.02 2.08.01 2.09.01 1.15.02 1.16.01 1.15.02 1.09.04 1.14.04 3.13.04 3.06.07 1.16.04

14

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007) SIRECOVR SIREFT SLIB3D WAQBHD WAQCLV WAQPAN WAQPRE WAQPRO WAQVIEW WAQWND

3.07.07 3.09.07 1.13.05 1.15.05 1.05.05 8.41.06 10.06.00 11.02.00 3.89.00 9.10.02

15

RELEASE NOTES UPDATE RELEASE SIMONA0709 (september 2007)

Recommend Documents