University of Groningen
Matters of the heart: genetic and molecular characterisation of cardiomyopathies Posafalvi, Anna
IMPORTANT NOTE: You are advised to consult the publisher's version (publisher's PDF) if you wish to cite from it. Please check the document version below. Document Version Publisher's PDF, also known as Version of record
Publication date: 2015 Link to publication in University of Groningen/UMCG research database
Citation for published version (APA): Posafalvi, A. (2015). Matters of the heart: genetic and molecular characterisation of cardiomyopathies [Groningen]: University of Groningen
Copyright Other than for strictly personal use, it is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s), unless the work is under an open content license (like Creative Commons). Take-down policy If you believe that this document breaches copyright please contact us providing details, and we will remove access to the work immediately and investigate your claim. Downloaded from the University of Groningen/UMCG research database (Pure): http://www.rug.nl/research/portal. For technical reasons the number of authors shown on this cover page is limited to 10 maximum.
Download date: 24-12-2017
SUMMARY SAMENVATTING MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
SUMMARY
SUMMARY
SUMMARY
In my doctoral thesis several aspects of the genetic background of cardiomyopathy, an insidious, complex group of hereditary heart diseases, were examined. This disorder usually develops in adulthood and manifests with diverse symptoms. While some patients have shortness of breath, chest pain or oedema, others may suffer from arrhythmia, embolism, and other severe symptoms. A relatively rare but extreme sign of the disease is sudden cardiac death, which most often occurs in athletes and football players. Although there are many environmental factors and/or other diseases (including muscular abnormalities, hormonal changes, some types of chemotherapeutic drugs, pregnancy-related cardiovascular challenges, alcoholism and drug abuse) known to cause or trigger cardiomyopathy, certain genetic factors also increase susceptibility to the disorder. Presently, we know of about 75 genes which, when mutated, play a role in the molecular pathomechanism and onset of cardiomyopathy. However, a significant subset of these genes have only been studied in limited numbers of patients and mostly in a research setting. The pathogenicity of the respective mutations is often based on in silico predictions but not yet supported by functional proof. Despite the known heterogeneity of disease, some genes were only studied within the context of specific cardiomyopathy subtypes, and there are still a considerable number of patients or families whose phenotypes cannot be explained by having mutations in these genes. Therefore, the studies in this thesis aimed to (1) provide a better understanding of the genetic background and the molecular pathomechanism of familial cardiomyopathies, (2) identify novel disease genes in unsolved families, and (3) improve existing methods of molecular diagnostic testing. The preface provides an easy-to-understand general introduction to cardiomyopathies and the challenges of the related genetic research. Chapter 1 provides a more detailed, scientific introduction to the field of cardiogenetics. It reviews congenital and late-onset inherited heart diseases, categorizes the genes involved in different types of heritable heart diseases, and thoroughly describes those research methods with a great potential for future diagnostic application in cardiovascular diseases. In the studies reported in chapter 2, the classical candidate gene screening approach via the traditional method of Sanger sequencing was applied to study the involvement of candidate genes in disease development of two cardiomyopathy subtypes: dilated cardiomyopathy (DCM) and arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC).
253
In chapter 2.1, we report on our studies of the role of the DCM-related gene RNA-binding motif protein 20 (RBM20) in Dutch patients. We identified five known mutations of the arginine-serine(RS)-rich domain, and 18 novel missense variants. In total, 10 variants were classified as likely pathogenic or pathogenic. We then performed a functional follow-up of ten ‘interesting’ variants by using an in-house-developed splicing assay to study the transcripts produced by one of the recently identified heart-specific RBM20 targets, LDB3. Unfortunately, our results could not confirm differential splicing of LDB3 in HEK293 cells transfected with either wild type or mutant RBM20 encoding plasmids, neither could these studies support evaluation of the potential pathogenicity of variants identified outside of the RS-rich domain. Interestingly, two of our RBM20 mutation-carrying families manifest DCM in combination with peripartum cardiomyopathy (PPCM). This novel observation is not completely unexpected, since RBM20 is known to control splicing of the titin gene (TTN), and, in another study reported in this thesis, we have shown that mutations in this gene are the frequent underlying cause of familial PPCM/DCM (see details in chapter 4.2). Our findings suggests that abnormal titin isoform composition could be an essential mutual pathway leading to PPCM in both TTN and RBM20 mutation carriers. In chapter 2.2, the screening of the plectin gene (PLEC) as a novel desmosome-related candidate gene for ARVC is reported. Though plectin was formerly shown to be an essential component of the desmosomes and hemidesmosomes in skin, muscle and heart, and was known for a decade to carry homozygous truncating/frameshift mutations in blistering skin diseases with muscular involvement, we were the first to investigate its potential disease-causing role in cardiomyopathy. We identified numerous missense variants in patients, and compared the patient-related variation with the general variation in PLEC in the Genome of the Netherlands control cohort. We identified one region of PLEC rich in mostly novel variants with high predicted pathogenicity level in ARVC patients in both the Dutch and British patient cohort that shows a “variant desert” in controls. This region is localized in the homo-dimerizing ROD domain, underscoring the particular importance of the mechanical resistance of this cytolinker protein and suggesting a role for mutations in this domain in disease progression. In conclusion, missense variants (in particular the ones located in this region) might play a risk-factor-role in the oligogenic background of the disease, contributing to the various genetic and non-genetic factors that can then exceed the threshold needed for the manifestation of ARVC.
254
SUMMARY
SUMMARY
SUMMARY
In chapter 3, we describe our studies utilizing the novel exome sequencing (ES) technique in order to identify novel cardiomyopathy genes (mostly private mutations of unsolved families, who were formerly screened for known disease genes). We performed ES in 12 families suffering from autosomal dominant cardiomyopathy and report on the results in chapter 3.1. We identified the potentially causal genetic variations in 6/12 families in the TTN (in two families), FHL2, FLNC, COBL, and STARD13 genes. Importantly, earlier functional studies of the encoded proteins support their putative involvement in heart disease (though to different extents). Additionally, by evaluating the potential coexpression of these genes using a large expression array database, we found that all these genes are interconnected by a complex network of co-expressed genes. This network of 166 proteins contains 28 genes that are already known to be associated with cardiomyopathy. Furthermore, 100 of them are listed in the Cardiovascular Gene Ontology Annotation database, suggesting a potential cardiac function and providing an excellent basis for genetic and functional follow-up studies. It is interesting to note that many of these proteins are involved in the sarcomeric pathway that is known to be the most prominent one involved in the molecular pathomechanism of several subtypes of cardiomyopathy. We have investigated a consanguineous family with a child who passed away due to severe DCM a few days after birth and show the results in chapter 3.2. The nature and severity of the symptoms suggested a mitochondrial disease. Applying ES in combination with homozygosity mapping, we identified a homozygous missense mutation affecting the Mn-binding pocket of a mitochondrial protein encoded by the autosomal superoxide-dismutase gene SOD2, which is located in the longest autosomal homozygous region on chromosome 6. The absence of the gene was previously shown to lead to DCM in knock-out mice, but had not yet been found to underlie the disease in humans. Here, we confirmed the accumulation of oxygen radical substrates via functional experiments performed on fibroblast samples of the deceased patient, while excluding dysfunction of the mitochondrial respiratory chain complexes. Excitingly, the same pathway of SOD2-dependent accumulation of oxygen radicals has been known for about 20 years to be involved in the pathomechanism of cardiomyopathy that arises as a complication of anthracycline chemotherapy in cancer patients. We present a short report on the unusual case of a distantly consanguineous family with several patients affected by two distinct cardiomyopathy
255
subtypes (late-onset DCM and neonatal DCM) and having three different genes (MYL2, SOD2, and JUP) underlying their diseases in chapter 3.3. The case presented is an excellent example of how essential genealogical linking and pedigree construction are for the proper interpretation of genetic findings, subsequent counselling and individual genetic follow-up studies in families affected by different forms of cardiomyopathies. In chapter 4, we demonstrate the application of next generation sequencing in routine diagnostic screenings. In order to do so, we applied a different technical approach when compared to that described in chapter 3. Instead of capturing and enriching for the whole exome, we performed targeted enrichment for a set of already known, previously published cardiomyopathy disease genes during the sample preparation. This minimized both the costs of the NGS experiments and the time needed for the interpretation of the results, while the coverage is highly optimized for standardized screening. An additional advantage of this targeted enrichment method is that the longest gene of the entire human genome, TTN, which has been known for a decade or two to be involved in DCM but which was, in the past, too large to be routinely screened for using Sanger sequencing, could now also be included in the enrichment kit. In chapter 4.1, we report on the quantitative advantages of this method complemented with a rigorous variant classification system over the ‘oldfashioned’ Sanger-sequencing in diagnostics: we have managed to solve 107/206 (52%) index cases of different types of cardiomyopathies with the help of this ‘cardiomyopathy panel’-based approach, and the yield was especially high for patients with DCM and DCM-like phenotypes. In our sample 30/206 (15%) patients had multiple mutations detected, pinpointing the importance of broadening the spectrum of inherited cardiomyopathies from a classical Mendelian inherited disease towards a more oligogenic disorder. Finally, in at least half of the cases the mutations were identified in genes that would not have been selected for candidate screening in the earlier era when such decisions were based on the phenotype of the patient and the low or unknown frequencies of mutations in those genes. In chapter 4.2, we report on solving the genetic cause of 10/18 PPCM families via identifying (likely) pathogenic variants in one or more of the 48 sequenced known (mostly dilated) cardiomyopathy genes. Our results support the former, phenotype-based hypothesis that PPCM is not an independent subtype of cardiomyopathy, but rather a pregnancy-related
256
SUMMARY
manifestation of DCM, since these two ‘types’ of the disease also exhibit considerable overlap in their genetic background. Interestingly, seven of the ten families in which a (likely) pathogenic variant was identified carry the mutation in the TTN gene. Drastically decreased passive force development in single cardiomyocytes, as well as the switch in titin isoform composition measured in explanted heart tissue of one of these patients, support upgrading of the classification of (at least) the p.K15664Vfs*13 truncating variant to the pathogenic mutation category. Taken together, our results suggest a prominent role for TTN mutations in the development of PPCM. In chapter 5 the tremendous technical advances influencing cardiogenetics during the past few years are discussed, the current workflow of routine diagnostics and research of cardiomyopathies in our department is illustrated, and many unsolved questions and potential future directions in this field of research are addressed.
LAY SUMMARY
LAY SUMMARY
LAY SUMMARY
Cardiomyopathy is an insidious disease of the heart that can cause mild symptoms like dizziness and chest pain, but might result in irregular heart rhythm, and sometimes even heart failure or sudden cardiac death without any previous warning sign. This disease is largely influenced by heritable factors, and our aim was to gain more insight into the genetic causes of the disease. We applied various DNA sequencing methods (determining the genetic code of certain genes or regions) to identify novel mutations in known genes as well as novel disease genes in currently unexplained families with a repeated history of the disease. We have shown that the production of incorrect forms of an important building block of the heart muscle machinery leads to pregnancy-related cardiomyopathy, while variants in the rod domain of a novel gene may increase the fragility of the protein complex that “glues” together neighbouring cardiac muscle cells, leading to arrhythmogenic cardiomyopathy. Moreover, in a newborn patient we identified increased oxygen radical levels due to a mutation to be the likely cause of the disease. From a diagnostic point of view, our panel of 55 known disease genes can be easily and reliably sequenced using our targeted sequencing method, which results in much improved diagnostic yield, facilitating the screening of healthy looking family members of patients to identify those who have a risk to develop the disease too.
257
NEDERLANDSE SAMENVATTING In dit proefschrift heb ik verschillende aspecten van de genetische achtergrond van cardiomyopathie onderzocht, een groep van erfelijke hartafwijkingen. Cardiomyopathie ontwikkelt zich meestal op volwassen leeftijd, en kan zich uiten met verschillende symptomen. Sommige patiënten hebben kortademigheid, pijn op de borst of oedeem, anderen hebben last van hartritmestoornissen, embolieën, of andere ernstige symptomen. Een zeldzame maar extreme uiting is plotse hartdood, wat meestal voorkomt bij atleten of voetballers. Verschillende factoren kunnen cardiomyopathie veroorzaken. Naast omgevingsfactoren en andere ziektes (spierafwijkingen, hormonale veranderingen, chemotherapie, zwangerschapsgerelateerde hart- en vaatproblemen, alcoholisme en drugsgebruik) die de ziekte kunnen veroorzaken, spelen genetische (erfelijke) factoren hierbij ook een belangrijke rol. Op dit moment zijn er ’ongeveer 75 genen bekend waarvan duidelijk is dat mutaties (foutjes) in deze genen een rol kunnen spelen bij het ontstaan en ziektemechanisme van cardiomyopathie. Het effect van veel van deze genen is vaak enkel bestudeerd bij een kleine groep patiënten, en meestal alleen binnen wetenschappelijke onderzoeksprojecten. Hoe schadelijk de mutaties zijn voor de functie van de genen is vaak slechts gebaseerd op voorspellingen met de computer, maar nog niet ondersteund door bewijs uit functionele studies. Ondanks dat bekend is dat de ziekte genetisch sterk heterogeen is (een groot aantal genen kunnen potentieel bij de ziekte betrokken zijn), is de rol van sommige genen alleen nog maar bestudeerd in de context van één type cardiomyopathie. Bovendien, zijn er nog veel patiënten en families bij wie de ziekte niet verklaard wordt door mutaties in de nu bekende cardiomyopathie genen. Het onderzoek in dit proefschrift had daarom tot doel om: (1) ons inzicht te vergoten in de genetische achtergrond en de oorzaken van erfelijke cardiomyopathieën, (2) nieuwe genen te ontdekken in families waarvan nog niet bekend was welke mutaties hun ziekte veroorzaken en (3) de bestaande methodes van moleculaire diagnostiek (het stellen/bevestigen van de juiste diagnose op basis van DNA-onderzoek) te verbeteren. De “preface” is een algemene introductie over cardiomyopathieën en de uitdagingen van het genetische onderzoek naar deze ziektes. Hoofdstuk 1 is een meer gedetailleerde, wetenschappelijke introductie van het veld van de cardiogenetica. Hierin wordt een overzicht gegeven van aangeboren en verworven erfelijke hartafwijkingen en worden de genen die betrokken zijn bij verschillende soorten erfelijke hartziektes gegroepeerd. Ook wordt
258
SAMENVAT TING
SAMENVAT TING
SAMENVATTING
een uitgebreide beschrijving gegeven van recent beschikbaar gekomen en veelbelovende onderzoeksmethoden die gebruikt kunnen worden voor (toekomstige) diagnostiek bij erfelijke hartaandoeningen. In hoofdstuk 2 zijn studies beschreven waarbij kandidaatgenen (genen waarvan vermoed wordt dat zij een rol spelen bij cardiomyopathieën) op mogelijke mutaties onderzocht zijn op de “klassieke” manier: via een techniek die Sanger Sequencing heet. Hierbij werd de rol van deze kandidaatgenen bij twee types cardiomyopathie onderzocht: Dilaterende Cardiomyopathie (DCM) en Aritmogene Rechter Ventrikel Cardiomyopathie (ARVC). In hoofdstuk 2.1 is de rol van het RNA-binding motif protein 20 (RBM20) gen, waarvan betrokkenheid bij DCM eerder beschreven was , bij Nederlandse DCM patiënten bestudeerd. Hierbij hebben we vijf al eerder beschreven mutaties in het Arginine-Serine (RS)-rijke domein gevonden en 18 nog niet eerder gerapporteerde missense mutaties, zowel in als buiten dit RS-rijke domein. Van deze 23 mutaties, werden in totaal 10 als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen (schadelijk) beoordeeld. Vervolgens hebben we 10 variaties/mutaties verder bestudeerd met behulp van een zelf ontwikkelde methode (een splicing assay genoemd). Hierbij hebben we gekeken of deze variaties/mutaties invloed hebben op de samenstelling van transcripten afkomstig van het LDB3 gen, dat één van de genen is waarvan de variërende RNA splicing door RBM20 gereguleerd wordt. Helaas waren we niet in staat om middels deze methode verschillen in aanwezigheid van wild type of gemuteerd RBM20 aan te tonen. Hierdoor was het ook niet mogelijk om bewijs te vinden voor een mogelijke rol van nieuwe, buiten het RS-rijke domein gevonden variaties. In twee families met mutaties in het RMB20 gen werd DCM in combinatie met peripartum cardiomyopathie (PPCM) aangetoond. Omdat bekend is dat RMB20 ook bij de variërende splicing van het gen titine (TTN) betrokken is, en we weten dat mutaties in TTN vaak de onderliggende oorzaak zijn van familiaire PPCM/DCM (zie hoofdstuk 4.2) is dit niet onverwachts. Onze bevindingen suggereren dat een afwijkende samenstelling van titine isovormen de onderliggende oorzaak is van de ontwikkeling van PPCM bij dragers van mutaties in zowel TTN als RBM20. In hoofdstuk 2.2 beschrijven we ons onderzoek naar het plectine gen (PLEC), als mogelijk nieuw kandidaatgen voor ARVC. Hoewel eerder aangetoond is dat plectine een essentiële rol speelt in desmosomen en hemidesmosomen in de huid, spier en het hart en het al langere tijd bekend is dat homozygote en “compound” heterozygote, truncerende mutaties in dit gen blaarziektes met spierproblemen veroorzaakten, waren wij de eersten die een mogelijke
259
ziekteveroorzakende rol van dit gen bij cardiomyopathie onderzochten. We hebben in Nederlandse en Britse patiënten een groot aantal missense variaties in dit gen gevonden, en hebben de variatie in patiënten vergeleken met de variatie die voorkomt bij gezonde mensen uit het “Genoom van Nederland” cohort. Hierbij bleek er sprake te zijn van de verrijking van variaties, die als waarschijnlijk pathogeen geclassificeerd worden op basis van “in silico” voorspellingen, in één gebied van het PLEC gen, in vergelijking tot de variaties in dit gebied bij de gezonde controles. Bij de laatste is er in dit gebied vrijwel geen variatie aanwezig. Dit gebied bevindt zich in het zogenaamde ROD domein dat belangrijk is voor homodimerisatie van het PLEC eiwit. We denken dat mutaties in dit domein een rol kunnen spelen in de ziekte ARVC en de mechanische resistentie van het eiwit aantast. Samenvattend, suggereren onze resultaten dat mutaties in PLEC een risicofactor kunnen zijn die een rol spelen bij de oligogene basis van ARVC, en kunnen bijdragen aan de verschillende genetische en niet-genetische factoren die ervoor zorgen dat iemand de ziekte ontwikkelt. In hoofdstuk 3 beschrijven we het gebruik van de nieuwe techniek exome sequencing (ES) om nieuwe genen, betrokken bij cardiomyopathie, te identificeren – waarbij voornamelijk mutaties gevonden werden die uniek zijn voor de onderzochte families, die eerder zonder resultaat gescreend waren voor bekende ziektegenen. We hebben deze techniek toegepast bij 12 families waarbij een erfelijke vorm van cardiomyopathie voorkwam en de resultaten hiervan staan beschreven in hoofdstuk 3.1. In 6 van deze 12 families hebben we genetische variaties gevonden die waarschijnlijk de ziekte veroorzaken, te weten in de genen TTN (in 2 families), FHL2, FLNC, COBL en STARD13). Eerder functioneel onderzoek maakte al duidelijk dat deze genen betrokken zouden kunnen zijn bij erfelijke hartziektes. Daarnaast hebben we de gegevens van een grote gen expressie database gebruikt om aan te tonen dat deze genen onderdeel zijn van een complex netwerk van genen die gezamenlijk tot expressie komen. Dit suggereert dat ze een gezamenlijke functie kunnen hebben. Het netwerk, bestaande uit 166 genen, bevat 28 genen waarvan al bekend is dat ze betrokken zijn bij cardiomyopathieën. Ook zijn 100 van deze genen beschreven in de Cardiovascular Gene Ontology Annotation database. Dit wijst er dus op dat de genen in dit netwerk een potentiële rol spelen bij een normale hartfunctie. Dit netwerk van genen vormt dan ook een mooie basis voor verdere genetische en functionele vervolg studies. Bovendien, viel het ons op dat een aanzienlijk deel van deze genen betrokken zijn bij het functioneren van het sarcomeer,
260
SAMENVAT TING
SAMENVAT TING
SAMENVATTING
de structuur waarin mutaties een prominente rol spelen bij het moleculaire ziektemechanisme bij verschillende cardiomyopathie subtypes. Ook werd een familie bestudeerd waarin een kind met consanguine ouders een paar dagen na de geboorte overleed aan een ernstige vorm van DCM. De resultaten van deze studie staan beschreven in hoofdstuk 3.2. De ernst van en het type symptomen suggereerden dat het om een mitochondriële ziekte zou gaan. Door exome sequencing in combinatie met “homozygosity mapping” te gebruiken, hebben we een homozygote missense mutatie geïdentificeerd, gelegen in het langste, autosomale homozygote gebied in het DNA van de patiënt en gelocaliseerd op chromosoom 6. Deze mutatie beïnvloedt het Mnbindende domein van het mitochondriële eiwit gecodeerd door het superoxide dismutase gen SOD2. Het was al bekend dat het ontbreken van dit gen in knockout muizen leidt tot DCM; dat dit gen ook de humane ziekte kon veroorzaken was nog niet bekend. Wij hebben, door cellen van de overleden patiënt te bestuderen op accumulatie van zuurstof radicalen en het correct functioneren van de mitochondriële ademhalingsketen, bevestigd dat de functie van het gen inderdaad verstoord was bij deze patiënt. Dit is ook een interessante waarneming met het oog op de rol van SOD2-afhankelijke accumulatie van zuurstofradicalen die al jaren geleden beschreven is bij het ontstaan van cardiomyopathie als bijwerking van anthracycline-gebaseerde chemotherapie bij kanker patiënten. In hoofdstuk 3.3 beschrijven we het ongebruikelijke geval van een consanguine familie met meerdere patiënten met twee verschillende vormen van cardiomyopathie (volwassen DCM en neonatale DCM). We laten zien dat er drie verschillende genen bij hun ziekte betrokken zijn (MYL2, SOD2 en JUP). Deze casus is een goed voorbeeld van hoe genealogische koppeling en stamboom reconstructie gebruikt kunnen worden voor de juiste interpretatie van genetisch resultaten, en hoe deze kennis kan helpen bij goede voorlichting van en genetische vervolgstudies bij families waarin verschillende vormen van cardiomyopathie voorkomen. In hoofdstuk 4 demonstreren we hoe de next generation sequencing (NGS) techniek gebruikt kan worden in de routine diagnostiek. Hiervoor hebben we een andere aanpak gebruikt dan beschreven in hoofdstuk 3. In plaats van het verrijken en bestuderen van álle genen hebben we de gerichte verrijking gebruikt van een set genen, waarvan bekend was dat ze betrokken zijn bij cardiomyopathie. Hierdoor werden de kosten behoorlijk lager, en konden de resultaten sneller geïnterpreteerd worden; terwijl dankzij de hoge horizontale en goede verticale dekking resultaten van hoge kwaliteit verkregen
261
konden worden. Een additioneel voordeel van de inzet van NGS was dat de inclusie van het TTN gen, het langste gen in het hele humane genoom en te groot om routine-matig te screenen met Sanger sequencing, mogelijk werd. Hierdoor kan ook dit gen, waarvan bekend is dat het betrokken is bij DCM, meegenomen worden bij de routine diagnostiek. De voordelen van deze methode ten opzichte van de ‘ouderwetse’ techniek (Sanger sequencing) worden beschreven in hoofdstuk 4.1. Met deze “gen panel”gebaseerde aanpak is het ons gelukt om 107/206 (52%) index patiënten met cardiomyopathie op te lossen (d.w.z.: het bijbehorende gen te vinden). De diagnostische opbrengst was voornamelijk hoog bij patiënten met klinisch bewezen DCM of patiënten die verdacht zijn voor DCM. Bovendien werd bij 30/206 (15%) patiënten meer dan één (waarschijnlijk) ziekteverwekkende mutatie gedetecteerd. Deze observatie ondersteunt de eerdere suggesties van het bestaan van een spectrum van klassiek Mendeliaanse tot oligogeen overervende cardiomyopathieën. In ten minste de helft van de patiënten werden mutaties gevonden in genen die in het verleden niet onderzocht zouden zijn met Sanger sequencing, toen beslissingen voor genetische screening gebaseerd werden op de symptomen van de patiënt en de gerapporteerde frequentie van mutaties in genen. In hoofdstuk 4.2 beschrijven we hoe we de genetische oorzaak van de ziekte bij 10/18 PPCM-families vinden door het zoeken naar schadelijke varianten in één of meer van de 48 bekende genen die betrokken zijn bij (met name dilaterende) cardiomyopatie. Onze resultaten bevestigen het idee dat PPCM geen subtype van cardiomyopathie is, maar een zwangerschap-gerelateerde vorm van DCM, aangezien deze twee ‘types’ van de ziekte ook een significante overlap vertonen in hun genetische achtergrond. Daarnaast werden in zeven van de tien families waarin een schadelijke variant geïdentificeerd is, een mutatie in het TTN gen gevonden. In hartweefsel van één van deze patiënten werd inderdaad een andere samenstelling van de verschillende isovormen van titine gevonden en bleek het functioneren van dit eiwit verstoord. Onze resultaten suggereren dat mutaties in TTN een belangrijke rol spelen bij de ontwikkeling van PPCM. In hoofdstuk 5 wordt een overzicht van de enorme technische vooruitgang van de aflopen jaren gegeven, en de invloed daarvan op de cardiogenetica beschreven. Ook illustreren we het gebruik van NGS methodes binnen onze afdeling in de routine-diagnostiek en bij het wetenschappelijk onderzoek naar de genetische achtergrond van cardiomyopathieën, en worden vele onbeantwoorde vragen en mogelijke toekomstige onderzoekslijnen besproken. (Translated by Dr Eva Teuling)
262
SAMENVAT TING
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
Doktori disszertációmban az örökletes cardiomyopathiák genetikai hátterét vizsgáltam. Ez a betegség (ami szó szerint átfogóan csupán annyit jelent: szívizomrendellenesség) leggyakrabban felnőtt korban jelentkezik változatos és eltérő súlyosságú tünetekkel - egyeseknél szédülés, nehézlégzés, ödéma és mellkasi fájdalom jelzi, míg mások súlyos szívritmuszavaroktól és thromboembolizációtól is szenvedhetnek. A betegség ritka és szélsőséges megnyilvánulási formája a futball- és jégkorongjátékosok réme, a hirtelen szívhalál. Ugyan számos környezeti tényező és egyéb betegség (mint például izombetegségek és hormonális változások, egyfajta kemoterápiás kezelés, terhesség során felmerülő keringési nehézség, alkoholizmus és egyes drogok használata) is kiválthatja vagy gyorsíthatja a betegség progresszióját, genetikai tényezők is hajlamosíthatnak cardiomyopathiára. Pillanatnyilag mintegy 75 olyan gént ismerünk, amelynek bizonyos módosulatai szerepet játszanak a betegség molekuláris mechanizmusában és kialakulásában. Sajnos ezen gének jelentős hányadát eddig kis esetszámban tanulmányozták a kutatók. A felfedezett mutációk valódi betegségkiváltó hatását gyakran nem erősítik meg funkcionális kísérletek, azt pusztán számítógépes predikciók alapján feltételezhetjük. A betegség rendkívüli összetettsége és sokszínűsége ellenére egyes gének szerepét eddig csak bizonyos cardiomyopathia típusok eseteiben vizsgálták, továbbá a betegek és családok jelentős hányadában a fenotípus kialakulását nem magyarázza az eddig ismert gének egyikének potenciális eltérése sem. Éppen ezért kutatásom célja volt (1) alaposabban feltárni a betegség örökletes formájának genetikai és molekuláris hátterét, (2) a megoldatlan, családi halmozódást mutató esetekben eddig nem ismert gének mutációinak azonosítása, illetve (3) a jelenleg használatos molekuláris genetikai, diagnosztikai módszerek továbbfejlesztése, hatásfokának javítása. A betegséget nagyvonalakban bemutató előszót követően az első fejezetben részletes irodalmi áttekintést adunk a kardiogenetikáról, csoportosítjuk a géneket aszerint, hogy a betegség mely típusában ismert mutációjuk, és részletesen leírjuk azokat a kutatási módszereket, amelyeket a szív- és érrendszeri betegségek diagnosztikájában akár a közeljövőben is lehetne sikeresen használni. A második fejezetben a hagyományos Sanger szekvenálási módszerrel vizsgáltuk nagy betegcsoportokban, hogy egyes – korábbi ismereteink alapján potenciálisan érdekesnek tűnő – gének szerepet játszhatnak-e a cardiomyopathia kialakulásában.
263
A 2.1 cikkben egy néhány éve felfedezett dilatatív cardiomyopathia (DCM) gént, az RBM20-at (egy RNS-kötő fehérjét kódoló gént) szekvenáltuk holland betegekben, és számos olyan génváltozatot találtunk, amely egészséges kontrollokban nem megfigyelhető: 5 ismert mutációt az arginin-szerin (RS) gazdag doménben, valamint további 18 korábban ismeretlen missense (egy darab aminosavat másik aminosavra cserélő) variánst. Összesen 10 variánst találtunk pathogénnek (betegséget kiváltónak) vagy lehetségesen pathogénnek. Ezt követően nyomon követtük 10 „ígéretes” variáns hatását egy saját tervezésű splicing assay segítségével, mely módszer az egyik nemrég azonosított szívspecifikus RBM20-célpont, az LDB3 különböző hosszúságú transzkriptjeinek jelenlétén és arányán alapul transzfektált HEK293 sejtekben. Sajnos nem találtunk egyértelmű különbséget a vad típusú és mutáns RBM20plazmidokat hordozó sejtek között, és nem sikerült igazolnunk az RS-gazdag doménen kívül elhelyezkedő variánsok esetleges pathogén mivoltát sem. Érdekes viszont, hogy az RBM20 mutációt hordozó családok közül kettőben is a DCM terhességi cardiomyopathiával (TCM) kombinálva jelenik meg. Ez a megfigyelés nem volt teljesen váratlan, hiszen az RBM20 által kódolt fehérje az RNS-molekulák megkötésében és átszabásában (splicing) játszik szerepet, és fő molekuláris célpontja a titin (TTN), amelynek mutációit a 4.2 fejezetben gyakran kulcsfontosságúnak találtuk örökletes TCM/DCM kialakulásában. Így valószínű, hogy a TTN izoformák arányának megbomlása a közös molekuláris út, amely TCM-hez vezethet mind TTN, mind RBM20 mutációt hordozó betegekben. A 2.2 fejezetben a plektin (PLEC) gént szekvenáltuk meg arrythmogén cardiomyopathiátiól (ACM) szenvedő betegek vérből kivont DNS-mintájában. Habár a plektin bőrben, izmokban és szívben játszott, szomszédos sejteket egymással összekapcsoló funkciója évtizedek óta ismert, a bőr felhólyagosodásával és a vázizmok elsorvadásával járó súlyos betegségben – az epidermolysis bullosában – ismertek frameshift (“kereteltolásos”) és nonsense (“csonkoló”) mutációi, mi voltunk az elsők, akik megkísérelték szívbetegséghez is kötni a PLEC genetikai változatait. Rengeteg missense típusú variánst találtunk a génben ACM-es betegekben, majd összevetettük ezen variánsok elhelyezkedését a gén általános variánsaival, amelyeket egészséges emberekben azonosítottak be a Genome of the Netherlands kohortban. Találtunk egy olyan PLEC szakaszt, amelyben több, korábban ismeretlen, vélhetően pathogén variáns halmozódott fel mind a brit, mind a holland beteg kohortban, ám „variáns sivatagnak” bizonyult kontrollokban.
264
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
Valószínűsíthető tehát, hogy a szakasz genetikai módosulatai a betegségben szerepet játszhatnak. Ez a szakasz a homodimerizációban szerepet játszó rod doménben helyezkedik el, és e kapocsként működő protein mechanikai ellenállásban betöltött különleges funkcióját sugallja. Összegezve, a PLEC gén missense variánsai (főként az említett régióban találhatók) hajlamosíthatnak az ACM-re, hozzájárulva a számos örökletes és környezeti tényezőhöz, amelyek összeadódva és egymást felerősítve a betegség oligogénes kialakulásához vezethetnek. A harmadik fejezetben exom szekvenálás modern technikáját alkalmaztuk. Exomnak nevezzük az összes gén exonjainak összességét, vagyis a (jelen esetben emberi) genom szétszórtan elhelyezkedő, fehérjekódoló DNS-darabkáinak összességét. A rendkívül ígéretes új módszer használatával célunk volt új cardiomyopathia gének felfedezése, elsősorban olyan családok szekvenálása révén, amelyeket korábban az már ismert génekre szűrve nem sikerült mutációt azonosítani. Először is (3.1) autoszomális domináns cardiomyopathiás családokban kutattunk a betegségben eddig nem ismert gének mutációi után. A valószínűleg pathogén genetikai módosulatot a vizsgált 12-ből 6 családban megtaláltuk a TTN (2x), FHL2, FLNC, COBL és STARD13 génekben. Ezekről korábbi tanulmányok alapján eltérő mennyiségű információ állt rendelkezésünkre, amely potenciálisan magyarázhatja az adott gének által kódolt fehérjék normál szívfunkcióban játszott szerepét (és mutációiknak betegségkiváltó hatását). Ezt követően koexpressziós hálózatot építettünk egy microarray adatbázis segítségével, vagyis hozzákapcsoltuk az 5 fent nevezett génhez azokat, amelyekkel egyidőben szokták egyes sejtekben, szövetekben fehérje termékeiket kifejezni. A hálózatban található 166 gén közül már 28 korábban is ismert volt cardiomyopathiákban, míg összesen 100 megtalálható egy génontológiai adatbázisban mint potenciális kardiovaszkuláris betegségért felelős gén. Ez a nagy arányú szívspecifitás, és a citoszkeletális molekuláris útvonal erős reprezentáltsága alátámasztja az 5 gén variánsainak cardiomyopathiával való vélhető összefüggését. Egy feltehetően 8 generációra visszamenőleg vérrokon házaspár születés után pár nappal, nagyon súlyos DCM-ben elhunyt gyermekének betegségét vizsgáltuk a 3.2 fejezetben. A tünetek típusa és súlyossága alapján elképzelhető volt, hogy a gyermek mitokondriális betegségben szenvedett. Exom szekvenálással találtunk egy homozigóta missense mutációt a SOD2 génben, amely egy mitokondriális funkciójú, oxigén szabadgyököket semlegesítő
265
enzimet kódol. A gén a családban talált leghosszabb autoszomális homozigóta régióban, a 6. kromoszómán van kódolva, és a mutáció a génről átírt enzim fontos szerepű “mangán-kötő zsebének” szerkezetét torzíthatja el. A SOD2 gént már korábban egy egér modellen azonosították a DCM kiváltójaként (a SOD2 gén “kiütésével” létrehozott állatok cardiomyopathia tüneteit mutatták), de korábban még nem találták jelentősnek humán betegségekben. A betegtől vett, petri csészében kitenyésztett fibroblaszt sejtekben az oxigén szabadgyökök felhalmozódásával és a SOD2 enzimaktivitásának közvetett mérésével igazolódott, hogy az enzim nem funkcionál normálisan a mintában, míg egyéb mitokondriális enzimkomplexek funkcióképtelenségét kizártuk. Érdekes módon, a SOD2 hibájával összefüggő reaktív oxigéngyök felhalmozódás egy évtizedek óta ismert molekuláris pathológiai útvonal az antraciklin kemoterápiával kezelt betegeknél hosszútávú szövődményként jelentkező cardiomyopathiában. Egy rövid esetismertetés következik a 3.3 fejezetben: egy családot mutatunk be, amelyben a cardiomyopathia két elkülöníthető formája (a későn kezdődő és az újszülöttkori DCM) is jelen van, és három gént (MYL2, SOD2 és RYR2) találtunk, amelyek szerepet játszanak a betegség kialakulásában. Ez az eset annak jó példája, hogyan segítheti a genetikai információk helyes értelmezését és a személyre szabott tanácsadást a családfakészítés cardiomyopathiában szenvedő családok esetében. A negyedik fejezetben bemutatjuk az újgenerációs szekvenálás lehetséges rutindiagnosztikai használatát. Ehhez egy technikai módosítás szükséges: a teljes genom vagy teljes exom DNS-darabkáinak feldúsítása és szekvenálása helyett célzottan egy (ismert, szívbetegségekben szerepet játszó génekből álló) génkészletre koncentrálunk a mintaelőkészítés során. Ilyen módon a szekvenálás költségei éppúgy, mint a bonyolult elemzéshez szükséges idő is nagymértékben csökkenthető, miközben a szekvenált területek lefedettsége bőségesen megfelel a standardizált mérésekhez. Egy további előnye a célzott szekvenálási módszernek, hogy a humán genom leghosszabb génje, a titin (TTN), mely már évtizedek óta ismert a cardiomyopathia különböző típusaiban, de hossza miatt nagyon nehéz volt a korábbi módszerekkel megszekvenálni, szintén bekerülhetett a kiválasztott gének körébe. A 4.1 fejezetben ezen módszer, és a hozzá kapcsolódó szigorú variáns osztályozó rendszer előnyeit tárgyaljuk és hasonlítjuk a hagyományos Sanger szekvenáláshoz: 206 beteg genetikai szűrése során 107 esetben (52%) találtuk meg a cardiomyopathia genetikai okát a vizsgált 55 gén valamelyikében, és ez
266
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
az arány kiemelkedően magas volt a DCM és DCM-szerű fenotípusok esetében. 30/206 páciens (15%) esetében két vagy több mutációt is azonosítottunk, mely alátámasztja, hogy az örökletes cardiomyopathiák spektrumát a klasszikus mendeli helyett egyre inkább az oligogénes betegségek irányába lehet kitolni. Végezetül, a betegek legalább felében a mutációt olyan génben találtuk meg, amely a korábbi módszerek használatának korszakában „nem jött volna számításba”, amikor az ilyen jellegű döntéseket pusztán a beteg tüneteire és az adott gén alacsony vagy ismeretlen mutáció frekvenciájára alapozták. Ezzel szemben a 4.2-ben 10/18 terhességi cardiomyopathiában (TCM) szenvedő beteg esetét sikerült megoldanunk 48, főként DCM-ben ismert gén vizsgálatával. Ezen eredményeink megerősítik azt a korábbi hipotézist, mely szerint a rendkívül ritka TCM nem egy önálló altípusa a betegségnek, hanem a terhesség során fellépő hemodinamikai (keringési) változások mint előnytelen környezeti tényezők hatására örökletesen hajlamos egyéneknél már a szokásosnál korábbi életkorban megmutatkozó DCM-ről van szó. A szívbetegség ezen két formája, a TCM és a DCM tüneteiben is nagy hasonlóságot mutat, nemcsak átfedő genetikai hátterében. Érdekesség, hogy a 10-ből 7 sikeresen elemzett családban a TTN gén mutációja felelős a betegség kialakulásáért. Egy szívátültetésen átesett beteg szövetmintáján végzett TTN izoforma arányt és ezzel összefüggésben a szívizomsejt passzív erőkifejtését vizsgáló funkcionális kísérlet alátámasztja a kereteltolásos p.K15664Vfs*13 variáns pathogén osztályzását. Az ötödik, egyben utolsó fejezetben összegezve áttekintem e könyv tartalmát, egy folyamatábrán keresztül bemutatom a jelenleg tanszékünkön használt kardiogenetikai diagnosztika és kutatás lépéseit, az elmúlt néhány év technikai fejlődésének, ezen belül is főként az újgenerációs DNS szekvenálás hatását a terület fejlődésére, és említést teszek különböző további lehetséges kutatási irányvonalakról. (Proof-read by Edit Posta and Dr Péter Mészáros)
MAGYAR NYELVŰ ÖSSZEFOGLALÓ
267
APPENDIX 2 List of authors and affiliations: UNIVERSITY OF GRONINGEN, UNIVERSITY MEDICAL CENTER GRONINGEN, GRONINGEN, THE NETHERLANDS Department of Genetics Ludolf G Boven Nicole Corsten-Janssen Jos Dijkhuis Johanna C Herkert Yvonne Hoedemaekers Robert MW Hofstra Jan DH Jongbloed Wilhelmina S Kerstjens-Frederikse Irene M van Langen Gerard J te Meerman Rowida Al Momani Renee C Niessen Anna Posafalvi Birgit Sikkema-Raddatz Richard J Sinke Karin Y van Spaendonck-Zwarts J Peter van Tintelen Cindy Weidijk Paul A van der Zwaag Department of Cardiology Rudolf A de Boer Peter van der Meer Maarten P van den Berg Dirk J van Veldhuisen Department of Dermatology Marieke C Bolling Marcel F Jonkman UNIVERSITY MEDICAL CENTER UTRECHT, UTRECHT, THE NETHERLANDS Department of Medical Genetics Jan G Post Jasper J van der Smagt Department of Pathology Peter GJ Nikkels Division of Heart and Lungs, Department of Cardiology Folkert W Asselbergs Judith A Groeneweg Richard NW Hauer DURRER CENTER FOR CARDIOGENETIC RESEARCH, UTRECHT, THE NETHERLANDS J Peter van Tintelen RADBOUD UNIVERSITY MEDICAL CENTRE, NIJMEGEN, THE NETHERLANDS Department of Cardiology Bert Baars
268
APPENDIX 2
Department of Human Genetics Carlo L Marcelis NIJMEGEN CENTRE FOR MITOCHONDRIAL DISORDERS Department of Biochemistry Peter Willems Department of Paediatrics Richard J Rodenburg LEIDEN UNIVERSITY MEDICAL CENTER, LEIDEN, THE NETHERLANDS Department of Cardiology Sebastiaan RD Piers Katja Zeppenfeld Department of Clinical Genetics Daniela QCM Barge-Schaapveld ANTONIUS HOSPITAL, SNEEK, THE NETHERLANDS Department of Cardiology Paul L van Haelst ACADEMIC MEDICAL CENTER, UNIVERSITY OF AMSTERDAM, AMSTERDAM, THE NETHERLANDS Heart Center, Department of Cardiology Arthur AM Wilde Department of Genetics Mariëlle Alders Imke Christiaans Karin Y van Spaendonck-Zwarts VU UNIVERSITY MEDICAL CENTER, AMSTERDAM, THE NETHERLANDS Department of Physiology Ilse AE Bollen Jolanda van der Velden UNIVERSITY COLLEGE LONDON, LONDON, UNITED KINGDOM Institute of Cardiovascular Science William McKenna Petros Syrris Department of Genetics Vincent Plagnol MEDICAL SCHOOL HANNOVER, HANNOVER, GERMANY Department of Cardiology and Angiology Denise Hilfiker-Kleiner UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK, ODENSE, DENMARK Department of Cardiology Jens Mogensen UNIVERSITY OF CAPE TOWN, SOUTH AFRICA Hatter Institute for Cardiovascular Research in Africa, Department of Medicine & IIDMM Karen Sliwa
LIST OF AUTHORS AND AFFILIATIONS
269
ABOUT THE AUTHOR Anna Pósafalvi graduated as a Doctor of Pharmacy (PharmD) from the University of Debrecen Medical and Health Science Centre, Hungary, in 2009 with praise. Subsequently, she started her PhD in cardiogenetics at the Department of Genetics, University Medical Centre Groningen, the Netherlands, where she has learned the ins & outs of Sanger, exome, and genepanel-based next generation sequencing. She applied these methods in the research and diagnostics of the complex disease group of cardiomyopathies, and performed functional follow-up experiments on some of the genetic findings. She is currently working in the group of Professor David Kelsell at the Blizard Institute, Queen Mary University of London, where she is investigating desmosomal biology in the context of skin and heart diseases. Besides her immediate field, she also has a broad scientific interest in personalised/stratified medicine and pharmacogenetics, clinical pharmacy, herbal medicine, and the history of pharmacy. In her undergraduate years, Anna was active in organizing various student activities and events (e.g. The World Diabetes and AIDS Days), while during her PhD period, she has also given trainings and workshops to pharmacy students on topics such as creativity, emotional intelligence, cultural awareness, or academic life. In her free time, Anna plays the piano, and likes reading, dancing and hiking. She is also a passionate photographer.
270
ABOUT THE AUTHOR
PUBLICATIONS Jongbloed JDH, Pósafalvi A, Kerstjens-Frederikse WS, Sinke RJ, van Tintelen JP: New clinical molecular diagnostic methods for congenital and inherited heart disease. Expert Opin Med Diagn. (2011) 5(1):9-24 review Posafalvi A*, Herkert JC*, Sinke RJ, van den Berg MP, Mogensen J, Jongbloed JDH, van Tintelen JP: Clinical utility gene card for: dilated cardiomyopathy (CMD) Eur J Hum Genet. (2012 Dec 19.) doi: 10.1038/ejhg.2012.276. # van Spaendonck-Zwarts KY, Posafalvi A, van den Berg MP, Hilfiker-Kleiner D, Sliwa K, Alders M, Almomani R, van Langen IM, van der Meer P, Sinke RJ, van der Velden J, van Veldhuisen DJ, van Tintelen JP§, Jongbloed JDH§: Titin gene mutations are common in families with both peripartum cardiomyopathy and dilated cardiomyopathy Eur Heart J. (2014) 35:2165-73 Posafalvi A*, Jongbloed JDH*, Niessen RC, van der Zwaag PA, Hoedemaekers Y, Sikkema-Raddatz B, Dijkhuis J, Piers SRD, Zeppenfeld K, de Boer RA, van Haelst PL, Barge-Schaapveld DQCM, Asselbergs FW, van der Smagt JJ, van den Berg MP, van Tintelen JP§, Sinke RJ§: Gene-panel based Next Generation Sequencing (NGS) substantially improves clinical genetic diagnostics in inherited cardiomyopathies. Manuscript submitted * the first two authors contributed equally, §
the last two authors contributed equally,
#
not included in this thesis
PUBLICATIONS
271
ACKNOWLEDGEMENTS “...ekkor a megtapasztalások hihetetlen lavinája temette maga alá” (... and then she was buried under the incredible avalanche of experiences) The science of genetics has completed a long journey from crossing garden pea plants to sequencing personal genomes… and yet, the most demanding part, the proper and ethical interpretation of genomic information, is still ahead of us. Even though my contributions are tiny and insignificant, it feels like I have been on a long and crazy adventure, and I would like to thank all the people who guided me on the way. First and most, Jan and Richard, thank you for providing me with the great environment and opportunities to achieve all the things which I can present today in this book. Jan, I can only imagine what a tough job it must have been to supervise me, not something people would like to pick up as a new hobby... Thanks for all your efforts keeping me on track and not letting my brain fly around too much. And looking back after so many years, perhaps the results of our work together look just great like this, even if we had our different ways of doing things sometimes. Richard, thank you for the great brainstorming sessions, and for cheering me up with a new “dog-sitter” story or picture whenever I looked like I really needed one (actually, I might have looked like that every day?). Robert, during the first half of this 4-year marathon, you were, with the greatest respect, my “professor next door”. It was wonderful to meet such an inspiring person. Funnily enough, even though you left a few years ago, there is always a place called the “Oude Kamer van Robert” somewhere in the department. Ludolf, thank you for all your experimental help, the support in my fight against the evil labgoblin®. And of course, you also got some help from the students, especially Bastiaan and Elisabetta. Thank you guys for a great job! Cindy, you were the only student I supervised during my PhD, but you would anyway be my absolute favourite and dearest… it was amazing to work with you. :) Thank you for all your valuable contributions! Working in biological sciences always means teamwork, and this is certainly true if one is working with Next Generation Sequencing. Members of the
272
ACKNOWLEDGEMENTS
Genome Analysis Facility who performed the exome sequencing; the genome diagnostic teams responsible for the targeted sequencing (Renee, Birgit, Eddy, Lennart, Krista and others); and colleagues of the Genomics Coordination Centre involved in my data analysis: thank you all for your wonderful work in setting up and running the method! Rowida, my “partner in crime”, eating carrots during every coffee break of the American Heart Scientific Sessions in LA, thank you for the collaboration on the exome sequenced families. Kristin and Pieter Neerincx, thanks for the pleasant and helpful conversations. I would like to acknowledge all the medical doctors, cardiologists and clinical geneticists in Groningen who were sedulously collecting the blood samples and medical information of cardiomyopathy patients for the cardio group research projects: Maarten, Peter, Paul, Yvonne, Anne, Nicole, Ellen, and everyone else responsible for counselling these families; as well as the doctors from Utrecht, Leiden, Nijmegen, Amsterdam, Sneek, and further afield, from Hannover and Cape Town. Peter, thank you for your feedback on the contents of my thesis. I would also like to express my gratitude to all our external collaborators: William McKenna and Petros Syrris (the Heart Hospital and University College London, UK) for collaborating on ARVC; the Nijmegen group for the mitochondrial measurements; and Marieke Bolling and Marcel Jonkman (Department of Dermatology, UMCG) for their valuable insights for the plectin manuscript. I need to mention many more colleagues who were not working with me directly, but who have all been head over heels (yes, this must be some kind of love) involved in what it took to create the Department of Genetics: Cisca, Gerard, Lude, Sebo, Klaas, Ellen, Irene, Connie, Rolf, Morris, Dineke, Sasha, Cleo, and Jingyuan, for influencing my view on scientific questions and professional matters; Jackie and Kate for correcting my sometimes rather crooked English; Bote, Mentje, Hayo, Marina, Héléne, and Joke for all their support. I enjoyed nice chats, coffee breaks, crazy and cosy moments around the department with so many: Mats the Chess master, Supertrynka, Agata, Jihane, Yunia (I miss you singing and humming around the lab and in the corridors), Bahram, Mahdi, Maria, Kaushal, Asia (the godmother of Glamorous Thursdays, my occasional Túró Rudi provider, happy family of the skateboarding lovebirds), Rodrigo, Javier, Juha (I so admire your special talent of ordering a glass of wine in fluent Hungarian, let alone your gene network magic), Isis, Harm-Jan, the always very kind and smiling Omid, Rajendra (thanks for the amazing curry! I made frozen aliquots of it and used them for cooking :) ),
ACKNOWLEDGEMENTS
273
Marijke, Suzanne, Ania, Vinod; Michiel and Rutger who ensured the neverboring atmosphere in the lab, Jan, Mathieu, Astrid, and everyone else. My dear roomies, many of you were my Dutch teachers, and I remember our few fun pub quiz tours: Helga, Peter, Annemieke, Karin; Gerben and Anna, proud residents of the M&M’s Addicts’ Desk; Ettje and her amazing cakes; Jun, the expert on linguistics, Monica (lunch?), Itty and Gineke. Thanks to my mentor for her advice, to the Graduate School of Medical Sciences office for the range of courses and their general helpfulness, and to my Dutch teachers, Jenny and Joke. Becoming a pharmacist is one of the best things that has happened in my life, and no matter how I look at it, I still carry with me some of those strange personality traits and the way of thinking... A warm thanks to all those people who have shaped me into a concerned health care professional from the University of Debrecen. One of the most memorable events from my undergrad studies is my first visit to a congress of the European Pharmaceutical Students’ Association, where I got completely infected by what the insiders simply call the EPSA Spirit. I met countless amazing people (Louise, João, Uros, Nikos, Dave and Giulia, to name just a few) and got my annual dose of inspiration from those sleepless conferences and alumni weekends between 2007 and 2014. I am particularly glad for the opportunity of growing from my experiences as a member of the Trainer Team, as well as for witnessing the Science Day and Project unfold throughout the years – so, all in all, for having seeing all an EPSA dinosaur could hope to have seen. But life is luckily not all about science and studying, and I have met many wonderful people outside work, such as the organic chemistry-related, culturally interested, temporary inhabitants of Groningen: Miri my dear, no reindeers can hide from you... and you hosted the best VAl NTiNe’S party ever :), Julia and Felix, Mathieu, Céline, Nop and Tizi; people from “the Cell Biology table” of the restaurant; Indian people at and not at GISA events: Harsh, Shiva, Ashoka, Bhushan and Prachi, Milind (we had great conversations at the final countdown), Harshad, Lalitha (who draped me in a Beautifully Blue Real Sari <3), Tushar, Ankita, Rama, Bala, Suresh van der V, Gaurav (my favourite Bollywood dance instructor), Vineet, Milon, and of course the most special of them all: Harshal, Sena and Sanket. It was fun to be a member of the Genetics Activity Committee 2010, and meet the participants and organizers of GRASP/ GOPHER and Foreign Guest Club/WIRE events.
274
ACKNOWLEDGEMENTS
My dance teachers (with Roy Tweeboom in the starring role), and people from my salsa courses and parties (Gimon, Ivan and his Anne and Sanne, Faris, Victor, Peter, Susan, Andrius, Maurizio, and many others, who were pretty good at “one-and-a-half-enchufla” and “shoulder check”): you all helped me survive the difficult times. After all, I strongly believe that dancing is a wonder drug; at least as effective and universal as paracetamol seems to be in the Dutch huisartsenpraktijk (general practice). And if salsa made me feel like I was not a zombie, thanks to the amazing Maybelline concealers, I did not look like one either at times. Dear painter guy in the city centre, though you might actually never read these lines: it was always refreshing to visit your peaceful little universe of lively coloured canvases, thanks for your hospitality. Since it is not that easy to meet other Hungarians around Groningen, I really appreciated every moment I could spend with people who speak the same exotic language, and happen to know that the real gulyás is a soup, not a stew (that is called pörkölt!). Köszönet Mikinek a jazzkoncertért és Juditnak a kreatívkodásért. Pisti, ígérem, meglátogatom az Irodalmi Múzeumot! :) Péter és Erika: hálás köszönet az elmúlt évek során minden segítségért és a kellemes társaságért, és sok boldogságot kívánok a kis Emmához. Réka és Peter, thanks for those lovely weekends we spent together, here, there, and somewhere halfway. Dear Justyna and Tonia, be it an Eastern European Easter Breakfast or the playful Andrzejki names days, discovering the funny pedestrian crossings painted as piano keys on the streets of Warsaw or our inner princesses in charming Bavaria, it was a pleasure to have both of you around, as the poem says: drinking and fighting together. We seem to have done both. :) Tonia, I am very glad that on one cold winter evening, we met up to drink a few polar bears and penguins. Justyna, see you again at some random airport I presume...? Dear Peng, you were such a wonderful neighbour. Thanks for the dinners together and the dimsum for breakfast, for all your help when I was moving out, and especially for co-inventing the game “what do you think this Chinese character I have drawn might mean?”; it was fun. Just as much as giving a hand to Vanesa for the Goldfish Manoeuver, or babysitting the little darlings. Ladies from the Department of Dermatology: I am very glad for all the good times we spent together! My sweetest Laura, I can’t wait to visit you, Masaro, and your “little bean” one day soon, and I’m so gonna bring a big hug and some mandarijnen for you. Angelique, I remember those evenings, practising Beethoven while only some lonely ghosts (or PhD students?)
ACKNOWLEDGEMENTS
275
passed by in the dark and empty building... until one of them discovered us! It was a wonderful experience to play together with you and Ming-San. Maybe we should give it a go and perform the world premiere of our trio on Youtube. Ena, my favourite out-for-some-salsa-or-a-slightly-less-chic-mudwalking company in town, such an honour that you are my paranymph in your super busy 4th year! I honestly hope we are going to find the opportunity to work together on something in the future, but even if not... I will make sure to bring my dancing shoes with me to dermatology congresses, just in case. :) Barbara, I always smile thinking of those caring moments when I could enter the office in the morning only to find another postcard of Krteček, or a giant piece of ”makova cake” awaiting on my desk. Not to mention the secret kaleidoscope… I miss you so much! Beste Eva, they say the best thing that may ever happen to an expat in “the strange land” is the friendship of a true native person. Thanks for all your help over the years and for being my paranymph, for the amazing number of movies, events, and science- and art festivals we went to. I am very happy to see you finding your way in the world of science communication; your strength, creativity, and willingness to jump in is truly inspiring. I wish you many, many wonderful years ahead with Mark and your little pianist. Dear Adi, I think there is no other part of my entire thesis (including chapter 3.3) which has been as dramatically re-written as many times, as these few sentences. I am very grateful for the nice moments we had, for all your support and advice during the past few years, and I can’t tell you how proud I am of you for having made friends with the redwoods in the end. Wish you a lot of success finishing your postdoc at Berkeley, and all the best for your future. Dearhsd, I have been wondering a million times what would have happened to me if we hadn’t met on day minus 4, and, after we bought Dutch sim cards together but forgot to ask for each other’s number, if we hadn’t come across each other again on day 15 by pure chance. Most probably my PhD years (gosh, some 1,500 days) would have been lethally boring without those philosophical brunches, lunches, not coffees, and of course, a pinch of salt. Of misschien niet? Hope all izz well with you. They say home is where the heart is… I rather think home is somewhat like a batyu full of hamuban sült pogácsa: it is whoever and whatever we carry around the world in our hearts, where ever the Yellow (oranje?) Brick Road may take us. I am deeply indebted to all of those who have supported me throughout this crazy adventure from afar-yet-always-close, and who warmly
276
ACKNOWLEDGEMENTS
welcomed me back to home sweet home. Apa, Anya, Tücsök és Tapicsek; drága nagymamáim, Robibá’, Árpiék és Petiék: köszönöm, hogy mindig hazavártatok, és még olyankor is hittetek benne, hogy sikerülhet, amikor én magam már feladtam volna. Köszönöm Erikának, Editnek, Nucynak és Trajánusznak, hogy támogattak, amikor életem eddigi legnehezebb döntését kellett meghoznom; Zsuzsinak a csuhébabákat és a veszprémi kirándulást. Vali, most mi lesz a beteg fókákkal? :) Finally, I would like to say a warm thank you to the Netherlands... because there are so many things I would have never been able to learn without leaving my beloved, soft and cosy comfort zone in Debrecen behind for a while. Although when I arrived in Groningen, the reasons might have not been completely clear to me either, during these years I have grown so much: I have become sufficiently waterproof and wind resistant; have admired the tulip fields of the Keukenhof and the sunflowers of Van Gogh; felt like I so wanna be a bad child to be taken to Spain for some gratis holidays each December; got addicted to stroopwafel, karnemelk and delicious Indonesian food, and discovered that kruidnoten taste the best when dipped into milk (well, sorry). Luckily, meanwhile, I also found a bit of time: (1) to become an expert on failing hearts, broken hearts, and “having no hearts” (a devastating, but not always hopeless condition I herewith suggest naming tinman syndrome®), (2) to discover that, just like familial cardiomyopathies, cheek dimples are classically considered to be inherited in an autosomal dominant fashion, yet there is some room for environmental influences as well (unpublished observation), and (3) to gather a rich personal collection of the cutest Dutch words, which I would like to share with you below in the secret appendix. Writing these final thoughts while sitting at a sun-soaked desk, surrounded by a few Western blot images and sipping hot chocolate from a mug decorated with the pictures of five tiny islands and lighthouses, it is hard to believe that this Never-Ending Story of mine is finally rushing toward a not-muchexpected happy end on the next page. Amazing things have happened since I arrived in the Blizard of Oz, and I am very glad for getting so much support in the most critical weeks, while the last missing LEGO bricks just snapped into place – but this is perhaps a story to keep for another, happier book. Yours, Anna Whitechapel, February 2015
ACKNOWLEDGEMENTS
277
SECRET APPENDIX – LIST OF MY FAVOURITE DUTCH WORDS: (a strictly personal, linguistic and artistic collection of the 30 weirdest and cutest Dutch words to be spoken and tasted, not necessarily translated) blikvanger boemboe* eeneeiige tweelingen flessenschepjesmuseum gepocheerde heekfilet hoogtevrees kakkerlakken kapitein lieveheersbeestje meerkoet molenaar moltrein** monstertjes nietmachine opzuiveringsvloeistof paashaaskaas pijnboompitten pimpelmees pompoensoep puntjeschrijper sneeuwklokje suikerklontje terpdorp Tingtangstraatje tjonge jonge tuinkabouter verrekijker welterusten wetenschap wondertje * Indonesian origin ** Afrikaans origin
278
SECRET APPENDIX
