Genetikai laboratóriumok minőségmenedzsmentje, genetikai tesztek külső minőségbiztosításának kérdései
Balogh István Debreceni Egyetem Klinikai Központ Laboratóriumi Medicina Intézet
beteg szervezetek klinikai genetikai szolgáltatás (diagnózis, tanácsadás, stb)
felsőbb szintű ellátás
[genetikai nővér] érintett beteg (család)
laboratóriumi genetikai szolgáltatás
alapellátás
Kingston 2002 alapján
Genetikaileg determinált betegségek gyakorisága és típusai Betegségtípus Monogénes összesen
Előfordulás (/1000) 5 ‐ 17 AR 2 ‐ 7 AD 2 ‐ 8 X 1 ‐ 2 Kromoszóma aberrációk 5 ‐ 7 Multifaktoriális betegségek 70 ‐ 90 Genomikai betegségek 5 ‐ 10 Szomatikus mutációk 200 ‐ 500 Mitokondriális betegségek 2 ‐ 5 Passarge 2012 alapján
haemophilia
Down AMI Sotos Smith‐Magenis, mikrodel. tumor Leigh
Diagnosztikai, prenatális, preimplantációs, hordozó genetikai tesztek Diagnosztikai/megerősítő. A tünetekkel rendelkező beteg mintáján elvégzett genetikai analízis a genetikai betegség diagnózisának megerősítésére. Prenatális esetben a magzai minta vizsgálata valamilyen genetikai kórképre.
M olecular genetic testing for Cystic Fibrosis
CF EQA Scheme 2011 - Datasheet - EQA ID: 20110094. Name: Alice Young Gender: Female Date of birth: 10 July 2010 Location: London, UK Reason for referral: suspected of having CF Sample received: 14-09-2011 Sample type: DNA Sample ID: CF11-2 (CF EQA), 42886 (laboratory ID). RESULT: Heterozygous F508del/G551D (HGV S: c. [1521_1523delCTT] + [1652G>A]).
Prenatális diagnózis. A magzat érintettségére vonatkozó, terhesség során elvégzett genetikai vizsgálat. Preimplantációs diagnózis. IVF eljáráshoz kapcsolt vizsgálat, ahol egy sejt analízise történik meg. Célja a genetikai kórképek valószínűségének csökkentése a beültetés előtt. Hordozó. Aszimptomatikus egyén tesztelése valamely betegség‐okozó genetikai eltérésre (autoszomális recesszív vagy X kromoszómához kötött betegség esetén).
METHODS: For the analysis of the sample, Elucigene CF29v.2 together with a specific PCR assay for the detection of CFTRdele2,3(21kb) and DNA sequencing were used. Mutation list: 1078delT (c.948delT); 1717-1G>A (c.1585-1G>A); 1898+1G>A (c.1766+1G>A); 2183AA>G (c.2051_2052delAAinsG); 2184delA (c.2052delA); 2789+5G>A (c.2657+5G>A); 3120+1G>A (c.2988+1G>A); 3659delC (c.3528delC); 3849+10kbC>T (c.3717+12191C>T); 394delTT (c.262_263delTT); 621+1G>T (c489+1G>T); 711+1G>T (c.579+1G>T); A455E (c.1364C>A); D1152H (c.3454G>C); E60X (c.178G>T); F508del (c.1521_1523delCTT); G542X (c.1624G>T); G551D (c.1652G>A); G85E (c.254G>A); I507del (c.1519_1521delATC); N1303K (c.3909C>G); R1162X (c.3484C>T); R117H (c.350G>A); R334W (c.1000C>T); R347P (c.1040G>C); R553X (c.1657C>T); R560T (c.1679G>C); S1251N (c.3752G>A); W1282X (c.3846G>A), CFTRdele2,3(21kb) (c.54-5940_273+10250del21kb).
Using the CF29v.2 assay, two mutations were detected: F508del in heterozygous form and G551D. As this test cannot discriminate between homo - and heterozygosity for the G551D mutation, exon 12 of the CFTR gene was amplified and sequence d. DNA sequencing proved that G551D mutation was present in heterozygous form in the sample. INTERPRETATION: Our results confirm the clinical diagnosis of CF in Alice Young. She is highly likely to be a compound heterozygous for the F508del and G551D cyst ic fibrosis mutations. Such confirmation can be obtained by testing the parents for the presence of these two mutations; this would, in any case be essential in the event of offering future prenatal diagnosis. RECOMMENDATIONS: 1. To visit a genetic couns eling service. 2. Molecular genetic testing is recommended for Alice' s parents for the F508del and G551D mutations for the future consideration of prenatal testing. 3. It is recommended to perform cascade screening for the detected mutations for Alice' s family members. 25-11-2010, Debrecen, Hungary
Istvan Balogh PhD associate professor, Head of the Molecular Genetic Diagnostic Unit University of Debrecen, Medical and Health Science Center Department of Laboratory Medicine 1 of 1
Diagnosztikai genetikai teszt Diagnosztikai/megerősítő. A tünetekkel rendelkező beteg mintáján elvégzett genetikai analízis a genetikai betegség diagnózisának megerősítésére. Prenatális esetben a magzai minta vizsgálata valamilyen genetikai kórképre.
Prenatális/preimplantációs genetikai teszt Prenatális diagnózis. A magzat érintettségére vonatkozó, terhesség során elvégzett genetikai vizsgálat. Preimplantációs diagnózis. IVF eljáráshoz kapcsolt vizsgálat, ahol egy sejt analízise történik meg. Célja a genetikai kórképek valószínűségének csökkentése a beültetés előtt.
Hordozó genetikai tesztelés Hordozó. Aszimptomatikus egyén tesztelése valamely betegség‐okozó genetikai eltérésre (autoszomális recesszív vagy X kromoszómához kötött betegség esetén).
?
Prediktív genetikai teszt Az emlőtumor 70 éves korukra a nők 7%‐át érinti.
Prediktív. Aszimptomatikus egyéneknek ajánlott teszt, akik esetében családi halmozódás megfigyelhető, így nagyobb esély van a betegség kialakulására.. ≈40% familiáris 10% esetében definiálható genetikai eltérés 8,5% BRCA1 vagy BRCA2 mutáció
Pozitív BRCA1/2 eredmény: klinikailag általában hasznos. Negatív BRCA1/2 eredmény: kis hasznosság, csak akkor értelmezhető, ha a családban van ismert mutációval rendelkező érintett családtag.
Preszimptomatikus genetikai teszt Huntington kór
Autoszomális domináns. Idegsejt pusztulással jár, elsősorban az agy mentális képességekért és mozgáskoordinációért felelős területeit érinti. Kóros mozgások és magatartásbeli változások alakulnak ki, a személyiség megváltozik. A beteg képességei (járás, gondolkodás, beszéd) lassan elromlanak. Tünetek jelentkezése: 30‐50 éves korban. Életkilátások: 20 év. Prevalencia: 1:20,000.
Preszimptomatikus genetikai teszt Huntington kór
Tünetek jelentkezése: 30‐50 éves korban. Azaz a reproduktív periódust követően.
Preszimptomatikus. Aszimptomatikus egyén vizsgálata, ahol a tesztelés jövőbeni diagnózishoz vezet. A negatív eredmény kizárja a betegséget.
Genetikai tanácsadás: multidiszciplináris (genetikus, a pszichológus, szociális munkás, ápolónő genetikai specializációval), a teszt elvégzése előtt és után. "Persons at risk for HD are faced with a Shakespearian question: To know or not to know?" Európa: a magas kockázatú egyének < 20%‐a kéri a tesztelést. Depresszió a (még) aszimptomaikus hordozók, illetve a mutációt nem hordozók között: 58% és 24%.
based on Gargiulo et al 2009
Prognosztikai teszt A betegség klinikai lefolyásának vagy kimenetelének megjósolására szolgáló analízis. Emlőtumor. Vannak olyan betegek, akik esetében a korai diagnózis ellenére kialakulnak metasztázisok. A betegek egy részénél nem kell kemoterápia. A hagyományos klinikopatológiai prognosztikai tényezők (kor, tumor méret, nyirokcsomó státusz) nem jók a prognózis megítélésére. MammaPrint teszt. 70 gén analízise, mely a gének aktivitását vizsgálja. Szerepük: invázió, metasztázis, stroma integritás és angiogenezis.
van de Vijver et al 2002
A lehetséges kontroll mechanizmusok Módszertan szintjein. Analitikai. DNS izolálás nemzetközi minőségi kontrollja.
A lehetséges kontroll mechanizmusok Módszertan szintjein. Komplex. Genetikai eltérések nemzetközi minőségi kontrollja.
Külső QC. DGKL. 373 visszaküldő, 32 ország. 2 programban. 1. program. Évente 2 kör. Liofilizált minta. Közlendő adatok: - genotípus - amplifikációs módszer - termék analízis módszer - genotípus meghatározás Genotipizált minták: FV Leiden FI I 20210A FXI I I Val34Leu M THFR C677T HFE C282Y Apo E ApoB100
UGT VKORC1
2 program: DNS izolálás. 46 résztvevő. DNS izolálás. Genotipizálás: FV Leiden FII 20210 MTHFR C677T HFE C282Y
Eltérésünk nem volt (genotipizálási hiba% : 0 - 1,85).
Eltérésünk nem volt.
ACE TPM T
A lehetséges kontroll mechanizmusok Vizsgálatok interpretálása szintjén. Feltételezi: ‐ a vizsgált betegség alapos, naprakész ismeretét ‐ a megfelelően kiválasztott és alkalmazott módszertant ‐ a megfelelő nevezéktant ‐ a megfelelő szakmai javaslattevés szabályait ‐ a kockázatbecslés ismeretét
Cystás Fibrosis QC
Genotipizálás: 2,00/2,00 Interpretáció: 1,67/2,00 Klinikai/lelet pontossági pont: 2,00/2,00
Mit várt el ezért: ‐ a klinikai diagnózis megerősítése ‐ a genotípus pontos meghatározása ‐ javaslat prenatális/preimplantációs genetikai tesztelésre következő terhesség esetén ‐ javaslat családtagok célzott vizsgálatára ‐ javaslat genetikai tanácsadásra ‐ kockázatbecslés (Bayes számításon alapuló) ‐ pontos fogalmazást ‐ pontos nómenklatúrát
ISO 15189
