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124

Lampiran 1 Lokasi pengambilan sampel sapi Darussalam untuk analisis fenotipik

No. 1

Kabupaten/kota Aceh Besar

Kecamatan Montasiek Sukamakmur Ingin Jaya Darul Imarah Indrapuri

2

Banda Aceh

Banda Raya Lueng Bata Ulee Kareeng Syiah Kuala

3

Pidie

Padang Tidji Glumpang Baro Ulee Glee

4

Aceh Utara

Baktiya Barat

Lhok Seukon Muara Batu Cót Girek

Aceh

di

Nanggroe

Desa Bak Dilieb Lambarih Bakme Sibreh Kumude Lam Teungoh Kandang Cót Indrapuri Lam Ara Mibo Lhong Raya Lam Dom Ceurih Darussalam Skem Brok Beurabo Gogo Geunteng Kuta Krueng Matang Sijuek Timu Cót Ceureumen Lhok Iboih Meunasah Trieng Meunasah Nga Ulee Madeun Cót Girek Bukit Payung Kampung Tiga

Aceh

125

Lampiran 2 Lokasi pengambilan sampel darah sapi Aceh, Bali, Madura, PO dan Pesisir untuk analisis daerah D-loop DNA mitokondria

No. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Sapi Aceh 1 Aceh 2 Aceh 3 Aceh 4 Aceh 5 Aceh 6 Aceh 7 Aceh 8 Bali 1 Bali 2 Madura1 Madura2 PO Pesisir1 Pesisir 2

Nomor sapi A.016-038 A.037-068 A.117-028 A.125-041 A.206-017 A.235-096 A.310-018 A.329-075 Bali 3 Bali 8 Madura 1 Madura 2 PO 1 Pesisir 1 Pesisir 2

Jenis kelamin B B B J B B J J J J B B B B B

Lokasi Aceh Besar/Jantho/DI Aceh Besar/Jantho/BPT Banda Aceh/LB Banda Aceh/UK Pidie/Sigli/PT Pidie/Sigli/GB Aceh Utara/Lhok.smw/BB Aceh Utara/Lhok.smw/CG P3Bali P3Bali Sumenep/Saronggi/KT Sumenep/Saronggi/KT Jawa Barat/Fapet-IPB Sumbar/Pesisir Selatan Sumbar/Pesisir Selatan

Keterangan: B, M, PO, PS = sapi Bali, Madura, PO dan Pesisir; J/B = jantan, betina, DI = Darul Imarah, BPT = Balai Pembibitan Ternak, LB = Lueng Bata, UK = Ulee Kareeng, PT = Padang Tidji, GB = Glumpang Baro, BB = Baktiya Barat, CG = Cót Girek, KT = Kambingan Timur

126

Lampiran 3 Lokasi pengambilan sampel darah dan nomor sapi di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam untuk analisis DNA mikrosatelit

Nomor sampel

Jenis Nomor Jenis Lokasi Lokasi kelamin Sampel kelamin 001-023 J AB/SM 021-046 B AB/DI 002-024 B AB/SM 022-047 B AB/DI 003-025 J AB/SM 023-048 B AB/DI 004-026 J AB/SM 024-049 B AB/I/BPT 005-027 J AB/SM 025-050 B AB/I/BPT 006-028 J AB/SM 026-051 B AB/I/BPT 007-029 J AB/IJ 027-053 B AB/I/BPT 008-030 J AB/IJ 028-056 B AB/I/BPT 009-031 B AB/IJ 029-057 J AB/I/BPT 010-032 B AB/DI 030-058 B AB/I/BPT 011-033 B AB/DI 031-059 B AB/I/BPT 012-034 B AB/DI 032-060 B AB/I/BPT 013-035 B AB/DI 033-061 J AB/I/BPT 014-036 B AB/DI 034-062 B AB/I/BPT 015-037 B AB/DI 035-063 B AB/I/BPT 016-038 B AB/DI 036-064 B AB/I/BPT 017-039 B AB/DI 037-068 B AB/I/BPT 018-041 B AB/DI 038-069 J AB/I/BPT 019-042 B AB/DI 039-072 B AB/I/BPT 020-043 B AB/DI 040-091 B AB/I/BPT Keterangan: J-B = jantan/betina, AB = Kabupaten Aceh Besar, SM/IJ/DI = Kecamatan Suka Makmur, Ingin Jaya dan Darul Imarah, BPT = Balai Pembibitan Ternak di Kecamatan Indrapuri Aceh Besar

Lampiran 3 Lanjutan Nomor Jenis Nomor Jenis Lokasi Sampel kelamin Sampel kelamin 101-001 B BA/BR 121-039 B 102-002 B BA/BR 122-041 J 103-003 B BA/BR 123--043 B 104-004 B BA/BR 124-016 B 105-005 B BA/BR 125-041 J 106-006 B BA/BR 126-043 B 107-008 B BA/BR 127-048 B 108-009 J BA/BR 128-054 B 109-013 B BA/BR 129-056 J 110-015 B BA/LB 130-066 B 111-016 B BA/LB 131-073 B 112-020 J BA/LB 132-082 B 113-021 J BA/LB 133-083 J 114-023 B BA/LB 134-084 J 115-024 B BA/LB 135-079 B 116-027 B BA/LB 136-080 B 117-028 B BA/LB 137-086 B 118-030 B BA/LB 138-094 J 119-034 B BA/LB 139-098 J 120-035 B BA/LB 140-099 J Keterangan: J-B = jantan/betina, BA = Kota Banda Aceh, BR/LB/UK/SK = Banda Raya, Lueng Bata, Ulee Kareeng, dan Syiah Kuala

Lokasi BA/LB BA/LB BA/LB BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/UK BA/SK BA/SK BA/SK BA/SK BA/SK BA/SK Kecamatan

127

Lampiran 3 Lanjutan Nomor Jenis Nomor Jenis Lokasi Lokasi Sampel kelamin Sampel kelamin 201-001 B P/PT 221-070 B P/GB 202-005 B P/PT 222-071 J P/GB 203-007 J P/PT 223-072 J P/GB 204-009 B P/PT 224-075 J P/GB 205-012 B P/PT 225-080 B P/GB 206-017 B P/PT 226-081 B P/GB 207-021 B P/PT 227-082 B P/GB 208-022 J P/PT 228-083 B P/GB 209-023 J P/PT 229-087 B P/GB 210-024 J P/PT 230-088 J P/GB 211-036 J P/PT 231-090 B P/GB 212-040 B P/PT 232-091 J P/GB 213-048 J P/GB 233-092 B P/GB 214-055 B P/GB 234-095 J P/GB 215-057 J P/PT 235-096 B P/GB 216-058 B P/PT 236-097 J P/UG 217-059 B P/PT 237-101 B P/UG 218-063 B P/PT 238-102 B P/UG 219-064 B P/PT 239-103 B P/UG 220-065 J P/PT 240-104 B P/UG Keterangan: J-B = jantan/betina, P = Kabupaten Pidie, PT/GB/UG = Kecamatan Padang Tidji, Glumpang Baro dan Ulee Glee

Lampiran 3 Lanjutan

Nomor Jenis Nomor Jenis Lokasi Lokasi Sampel kelamin Sampel kelamin 301-001 J AU/BB 321-043 B AU/LS 302-002 B AU/BB 322-044 B AU/LS 303-003 J AU/BB 323-063 J AU/LS 304-008 B AU/BB 324-064 J AU/LS 305-009 B AU/BB 325-070 J AU/CG 306-011 B AU/BB 326-072 J AU/CG 307-012 B AU/BB 327-073 J AU/CG 308-013 B AU/BB 328-074 J AU/CG 309-017 J AU/BB 329-075 J AU/CG 310-018 J AU/BB 330-076 J AU/CG 311-019 J AU/BB 331-077 J AU/CG 312-021 B AU/MB 332-084 J AU/CG 313-022 B AU/MB 333-082 B AU/CG 314-023 B AU/MB 334-083 J AU/CG 315-026 J AU/BB 335-085 B AU/CG 316-034 J AU/BB 336-086 B AU/CG 317-035 J AU/BB 337-088 B AU/CG 318-036 B AU/BB 338-089 B AU/CG 319-040 J AU/LS 339-091 J AU/CG 320-042 J AU/LS 340-092 B AU/CG Keterangan: J-B = jantan/betina, AU = Kabupaten Aceh Utara, BB/MB/LS/CG = Kecamatan Baktiya Barat, Muara Batu, Lhok Seukon dan Cót Girek

128

Lampiran 4 Lokasi pengambilan sampel darah sapi pembanding untuk analisis DNA mikrosatelit

No. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

Sapi Bali 1 Bali 2 Bali 3 Bali 4 Bali 5 Bali 6 Bali 7 Bali 8 Bali 9 Bali 10 PO 1 PO 2 Madura 1 Madura 2 Pesisir 1 Pesisir 2

Jenis kelamin Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Jantan Betina Betina Betina Betina Jantan Betina

Lokasi P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali P3Bali, Pulau Bali Jawa Barat/Fapet-IPB Jawa Barat/Fapet-IPB Sumenep/Saronggi/Kambingan Timur Sumenep/Saronggi/Kambingan Timur Sumbar/Pesisir Selatan/Sungai Liku Sumbar/Pesisir Selatan/Sungai Liku

129

Lampiran 5 Komposisi bahan pereaksi yang digunakan untuk isolasi DNA dari sampel darah

No 1

Nama pelarut Lysis buffer

Nama bahan Sukrosa Triton X-100 MgCl2 Tris-HCl

Satuan bahan 0,32 M 1% w/v 5 mM pH 7,4

2

Digestion buffer

NaCl Tris-HCl pH 9,0 EDTA pH 8,0 SDS Proteinase K RNAse

200 mM 50 mM 100 mM 1% mg/ml 0,5 mg/ml 0,1 mg/ml

3

Rinse buffer

NaCl EDTA

75 mM 50 mM

4

Larutan fenol

Fenol kristal dipanaskan Hydroxyquinoline phenol Tris pH 8,0 Tris pH 8,0 Tris-HCl

1% dari berat fenol 0,5 M 0,1 M 0,1 M + 0,2% betamecaptoethanol

5

Larutan CIAA

Kloroform (CHCl3) Iso Amyl Alcohol

24 bagian 1 bagian

6

TE 1x buffer

EDTA pH 8,0 RNAse Tris-HCl pH 8,0

1 mM 20 µg/ml 10 mM

TBE 10 x buffer Untuk 1000 ml

Tris-base Boric acid EDTA pH 8,0

108 g 55 g 40 µl

6

Alkohol absolut Alkohol 70%

130

Lampiran 6 Konsentrasi sampel DNA total hasil pemeriksaan dengan mesin NanoDrop Spectrophotometer

No.

ng/ul

A260

A280

260/280

No.

ng/ul

A260

001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 015 016 017 018 019 020 021 022 023 024 025 026 027 028 029 030 031 032 033 034 035 036 037 038 039 040 101 102 103 104 105 106 107

64,13 279,96 862,39 1245,77 142,45 187,06 174,23 263,31 117,93 215,45 50,22 172,73 40,36 451,43 186,39 51,09 31,42 1166,28 24,48 140,41 195,38 54,1 248,91 110,97 127,86 862,02 309,19 76,12 164,08 2841,5 66,52 65,36 102,21 120,9 50,31 112,74 107,22 61 62,2 30,07 35,94 62,57 195,56 130,2 42,17 26,11 30,63

1,283 5,599 17,248 24,915 2,849 3,741 3,485 5,266 2,359 4,309 1,004 3,455 0,807 9,029 3,728 1,022 0,628 23,326 0,49 2,808 3,908 1,082 4,978 2,219 2,557 17,24 6,184 1,522 3,282 56,83 1,33 1,307 2,044 2,418 1,006 2,255 2,144 1,22 1,244 0,601 0,719 1,251 3,911 2,604 0,843 0,522 0,613

0,733 3,163 9,475 13,486 1,602 2,063 1,863 2,854 1,323 2,424 0,57 1,829 0,481 5,37 1,953 0,551 0,348 12,561 0,31 1,489 2,079 0,574 2,752 1,21 1,438 10,1 3,534 0,846 1,779 30,84 0,751 0,731 1,197 1,327 0,623 1,26 1,154 0,686 0,708 0,39 0,483 0,746 2,114 1,429 0,483 0,295 0,369

1,75 1,77 1,82 1,85 1,78 1,81 1,87 1,85 1,78 1,78 1,76 1,89 1,68 1,68 1,91 1,86 1,81 1,86 1,58 1,89 1,88 1,88 1,81 1,83 1,78 1,71 1,75 1,8 1,84 1,84 1,77 1,79 1,71 1,82 1,62 1,79 1,86 1,78 1,76 1,54 1,49 1,68 1,85 1,82 1,75 1,77 1,66

108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214

44,3 199,79 23,26 57,56 106,25 121,46 112,04 48,46 100,4 58,56 55,45 307,13 36,7 27,93 59,82 392,91 146,45 54,69 461,97 134,75 20,75 174,72 23,13 27,57 26,03 16,59 62,35 48,46 59,99 104,32 18,83 19,3 18,54 818,46 129,27 139,66 120,99 36,77 144,33 75,58 62,98 67,32 52,59 166,37 173,37 551,15 30,66

0,886 3,996 0,465 1,151 2,125 2,429 2,241 0,969 2,008 1,171 1,109 6,143 0,734 0,559 1,196 7,858 2,929 1,094 9,239 2,695 0,415 3,494 0,463 0,551 0,521 0,332 1,247 0,969 1,2 2,086 0,377 0,386 0,371 16,369 2,585 2,793 2,42 0,735 2,887 1,512 1,26 1,346 1,052 3,327 3,467 11,023 0,613

A280 0,495 2,715 0,278 0,645 1,241 1,356 1,241 0,648 1,265 0,733 0,632 3,962 0,451 0,326 0,668 4,389 1,628 0,605 5,04 1,461 0,268 1,946 0,267 0,318 0,349 0,203 0,752 0,629 0,694 1,283 0,247 0,275 0,232 8,969 1,493 1,508 1,339 0,435 1,536 0,817 0,749 0,849 0,584 1,815 1,945 6,066 0,38

260/280 1,79 1,47 1,68 1,78 1,71 1,79 1,80 1,49 1,59 1,60 1,75 1,55 1,63 1,71 1,79 1,79 1,80 1,81 1,83 1,84 1,55 1,80 1,73 1,73 1,49 1,64 1,66 1,54 1,73 1,63 1,52 1,40 1,60 1,83 1,73 1,85 1,81 1,69 1,88 1,85 1,68 1,58 1,80 1,83 1,78 1,82 1,61

131

Lampiran 6 Lanjutan

No.

ng/ul

A260

A280

215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321

234,67 402 164,45 146,41 17,01 68,11 129,05 236,72 257,76 146,66 90,01 87,99 312,52 201,08 198,91 19,45 341,9 177,54 65,26 190,94 186,88 233,55 30,84 12,27 27,44 53,03 107,68 115,81 29,48 357,58 249,42 209,34 28,59 248,23 1230,87 413,51 101,69 342,53 226,98 113,41 161,55 153,99 433,58 247,4 141,46 541,42 131,5

4,693 8,04 3,289 2,928 0,34 1,362 2,581 4,734 5,155 2,933 1,8 1,76 6,25 4,022 3,978 0,389 6,838 3,551 1,305 3,819 3,738 4,671 0,617 0,245 0,549 1,061 2,154 2,316 0,59 7,152 4,988 4,187 0,572 4,965 24,617 8,27 2,034 6,851 4,54 2,268 3,231 3,08 8,672 4,948 2,829 10,828 2,63

2,531 4,348 1,78 1,575 0,181 0,767 1,442 2,572 2,829 1,591 0,99 0,986 3,367 2,186 2,145 0,212 3,696 1,972 0,739 2,046 2,029 2,497 0,34 0,126 0,395 0,585 1,209 1,256 0,401 3,82 2,661 2,257 0,356 2,679 13,134 4,463 1,123 3,869 2,446 1,274 1,785 1,699 4,812 2,647 1,541 6,15 1,449

260/280

No.

ng/ul

A260

A280

260/280

1,85 1,85 1,85 1,86 1,87 1,78 1,79 1,84 1,82 1,84 1,82 1,79 1,86 1,84 1,85 1,84 1,85 1,80 1,77 1,87 1,84 1,87 1,81 1,95 1,39 1,81 1,78 1,84 1,47 1,87 1,87 1,86 1,61 1,85 1,87 1,85 1,81 1,77 1,86 1,78 1,81 1,81 1,80 1,87 1,84 1,76 1,81

322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 Md.1 Md.2 PO.1 PO.2 PS.1 PS.2 Bali 1 Bali 2 Bali 3 Bali 4 Bali 5 Bali 6 Bali 7 Bali 8 Bali 9 Bali 10

153,83 109,7 471,09 245,41 929,29 119,67 158,04 359,55 29,09 1056,4 117,9 151,64 219,48 24,15 83,69 181,09 184,45 151,84 139,67 17,44 94,07 67,9 97,41 178,55 45,05 78,37 33,99 98,95 89,67 125,5 85,31 137,5 105,62 86,77 130,21

3,077 2,194 9,422 4,908 18,586 2,393 3,161 7,191 0,582 21,128 2,358 3,033 4,39 0,483 1,674 3,622 3,689 3,037 2,793 0,349 1,881 1,358 1,948 3,571 0,901 1,567 0,68 1,979 1,793 2,51 1,706 2,75 2,112 1,735 2,604

1,657 1,199 5,127 2,623 10,365 1,305 1,697 3,849 0,381 11,333 1,272 1,623 2,309 0,305 0,914 1,928 1,937 1,621 1,516 0,219 1,113 0,734 1,084 2,157 0,488 0,83 0,349 1,073 0,955 1,334 0,891 1,44 1,125 0,942 1,39

1,86 1,83 1,84 1,87 1,79 1,83 1,86 1,87 1,53 1,86 1,85 1,87 1,90 1,58 1,83 1,88 1,90 1,87 1,84 1,59 1,69 1,85 1,80 1,66 1,85 1,89 1,95 1,84 1,88 1,88 1,91 1,91 1,88 1,84 1,87

Keterangan: Md = sapi Madura, PO = sapi Peranakan Ongole, PS = sapi Pesisir

132

Lampiran 7 Lokasi penempelan primer BIDL-F dan BIDL-R pada sekuens basa nukleotida daerah D-loop sapi Bos indicus

Sekuens tRNAPro lengkap (15729..15794) Sekuens D-loop lengkap (15795..16341,1..366) Sekuens tRNAPhe lengkap (367..433)

… … … BIDLF

15721 15781 15841 15901 15961 16021 16081 16141 16201 16261 16321 1 61 121 181 241 301 361

cctaagactc taaactattc taaatttatc aacaccacta gaggtaatgt atatacccca tattaattgt cccttccact agaggatccc taccaggcat ttaaataaga actaatgact ttattttggg attgtagctg gtcaatggtc ttaaatattc actttcaata ccccccgttg

aaggaagaaa cctgaacact aaaaatccca gctaacataa acataacatt tgcatataag acatagtaca agatcacgag tcttctcgct ctggttcttt catctcgatg aatcagccca ggatgcttgg gacttaactg acaggacata accaccactt ctcaatttag atgtagctta gtgc

ctgtagtctc attaatatag ataactcaac cacgcccata aatgtaataa caagtacatg ttatatcaaa cttaattacc ccgggcccat cttcagggcc g tgctcacaca actcagctat catcttgagc aattacatta ttaacagact cactccaaac acccaaagca cttgctttgg

acc accgtcaacc ttccataaat acagaatttg cacagaccac agacatgata atctctataa tccatcctca atgccgcgtg agaccgtggg atctcatcta

cccaaagctg cccaaagctg gcaaagagcc caccctaacc agaatgaatt tgtatatagt tagtacataa acaacatatc aaaccagcaa ggtcgctatt aagtggtcca

aagttct aagttctatt ttatcagtat aaatattaca acccaggcaa acattaaatt tacatacaat tactatatac cccgctaagc taatgaattt ttctttcctc

taactgtgct ggccgtcaaa accagcataa tatatccccc tttccctaga aaagtcaata aggcactgaa gttaag

gtcatacatt ggccccgacc tgataggcat ccttcataaa tacttattta tataaacgca aatgcctaga

tggtattttt cggagcatct gggcattaca aacctccccc aattttccac ggcccccccc tgagtctccc

BIDLR 421 aactccataa aca

Keterangan: Primer BIDLF menempel pada posisi basa ke-30 sampai dengan 49 gen tRNAPro (15758-15777) dan primer BIDLR menempel pada posisi basa ke-11 sampai dengan 30 gen tRNAPhe (377-396). Hasil yang dianalisis mulai basa ke-8 sampai dengan 486 bp daerah D-loop (15802-16280) (kode akses AY126697; Miretti et al. 2002). Fragmen teramplifikasi berukuran 980 bp terdiri atas 37 bp fragmen gen tRNApro (posisi basa 30-66, 15758-15794), 913 bp fragmen D-loop (posisi basa 1-913, 15795-16341, 1-366) dan 30 bp fragmen tRNAPhe (posisi basa 1-30, 367-396).

133

Lampiran 8 Pensejajaran berganda nukleotida dari daerah D-loop parsial sapi Aceh, Bali, Madura, PO, Pesisir dan bangsa ternak dari GenBank 10 #Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8 #Bali_1 #Bali_2 #Madura_1 #Madura_2 #PO_1 #Pesisir_1 #Pesisir_2 #Tharparkar_(GB) #Sahiwal_(GB) #Ongole_(GB) #Heinan_(GB) #Brahman_(GB) #Charolais_(GB) #Angus_(GB) #Red_Angus_(GB) #Simmental_(GB) #Bubalus_bubalis_(GB)

TT-AA- TATA ..-.--.... ..-.--.... ..-.--.-.. ..-.--.... ..-.--.... ..-..- .... ..-.--.... ..-.--.... ..-..- .... ..-..- .... ..-.--.... ..-..- .... ..C.GC...G .A-.--.... ..-.--.... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- .... ..-..- ....

20 G---TTCCAT .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---....-. .---...... .GGG.A..-.---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... C---C....C

30 AAATGCAAAG .......... ........-. ........-. .......... ........-. ........-. ........-. .......... ...C...... ...C...... ...C...G.. ...C...... -----.CC-.......... ..-.....-. .......... .......... .......... .......... ....A..... ....A..... ....A..... ....A..... ....A..... ..........

40 AGCCTTATCA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......GC.. ......GC.. ......GC.. ......GC.. --....T..C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......C...

50 GTATTAAATT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

60 TATCAAAAA..........................................................................C........C........C........C....... -..GGGG....................................................................................................C. -.T....C

70

80

TCCCAATAAC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .TT...C.G. .TT...C.G. .TT...C.G. .TT...C.G. .....T.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .TG...C...

TCAACACAG A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C.G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T.....T..

90 ATTTGCACCC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .....T.... .....T.... .....T.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C...A...T.

[ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [ [

90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90]

134

Lampiran 8 Lanjutan #Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8 #Bali_1 #Bali_2 #Madura_1 #Madura_2 #PO_1 #Pesisir_1 #Pesisir_2 #Tharparkar_(GB) #Sahiwal_(GB) #Ongole_(GB) #Heinan_(GB) #Brahman_(GB) #Charolais_(GB) #Angus_(GB) #Red_Angus_(GB) #Simmental_(GB) #Bubalus_bubalis_(GB)

100 TAACCAAATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T..C.

TTAC---AAA ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... .C..---... .C..---... .C..CAC... .C..---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ...G---...

110 120 CACCACTAGC TAAC-AT-AA .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ...---.-.. .......... ...---.-.. .......... ...---.-.. .......... ...---.-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. T.--...-.. -...C..C..

130 CAC--GCCC...--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......AC....C ...AC....C ...AC....C ...AC....C ...--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--A..T-

--A-TACA---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....-CC.C....-CC.C....-C-.C....-C-.C....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.--..CTC

140 -CA-G-AC--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..-GA.T.C..-GA.T.C..-GA.T.C..-GA.T.C..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..-G..T.T..GG

C--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.CTCCAAGTG .CTCCAAGTG .CTCCAAGTG .CTCCAAGTG .--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.---------

--------A--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.GGATAAGT.GGATAAGT.GGATAAGT.GGATAAGT.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.T

[180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180]

135


150 -CAGA---AT -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -..T.- AT.. -..T.- AT.. -..T.- AT.. -..T.- AT.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. A..-.CAT..

GAA-T -TACC ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... T..-.G..AT..-.G..AT..-.G..AT..-.G..A...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... .GTC. -....

160 CAGG--C--A ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. T.A.TA.--. T.A.TA.--. T.A.TA.--. T.A.TA.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. T.C.--.--. T.C.--.--. T.C.--.--. T.C.--.--. T.C.--.--. -.CT--.CG.

-------A-G -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. TAATATT.-TAATATT.-TAATATT.-TAATATT.--------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.T.

170 AGGTAAT--G .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .T.....AA. .T.....AA. .T.....AA. .T.....AA. G......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. G......--. G......--. G......--. G......--. G....G.--. G..A..C--.

180 TACATAACAT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. .......T.. .......T.. .......T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

190 TAATGT-AAT ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......T... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-..C

200 AAAGACATGA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. ........A. ........A. ........A. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. ........A. ........A. ........A. ........A. ..G.....A.

210 TATGTATATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270]

136


220 GTACAT TAAA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ........C. ........C. ........C. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C.

230 TTATATACCC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ...C...... ...C...... ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......G... ......G... ......G... .......... ......G... ......G...

240 CATGCATATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G....

250 AGCAAGTACA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........T .........T .........T .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

260 TG-AT-C-T..-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-.AA.-...-.AA.-...-.A-.-...-.A-.-...G..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-T-...-..-.-...-.C-.-...-.C-.-...-.C-.-...-.C-T-...-.C-.-..A -.A-.A.G

CTATA-A-TA .....-.A.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .C...A.-C. .C...A.-C. .C...G.-C. .C...G.-C. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-G-C. .....-G-C. .C...-G-C. .....-.-C. .....-G-C. .-..G-.-..

270 GTACATAATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. .......G.. .......G.. .......G.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..G....... .......G..

280 CATACAAT-........-........-........-........-........-........-........-........-...-T...CC ...-T...CC ...-T...CC ...-T...CC ........-........-........-........-........-....T...-........-....T...-....T...-....T...-....T...-....T...-....T...--

390 --T-ATTAAT --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... CC.-.---.. CC.-.---.. CC.-.---.. CC.-.---.. --.T.....C --.-...... --.-...... --.-...... --.-.....C --.-...... --.-...... --.-...G.C --.-...G.C --.-...G.C --.-...G.C --.-...G.C --.-...G..

[360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360]

137


300 TGTACATAG........................................................................C........C........C........C........C....C...G ..G........G...............C..........................C............................................C........-

310 TACATT-ATA ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-.C. ......-.C. ......-.C. ......-.C. ......T... ......-... ......-... .....C-... ......-... ......-... ......-... ......-..G ......-..G ......-..G ......-..G ......-..G C.....--..

---TCAAATC ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....-.. ---....-.. --A..C.... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---......T ---......T ---......T ---......T ---......T AG-.......

320 CAT --CCTCA ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --T.... T.C --...TG T.C--...TG T.C--.T.-G T.C--...-G .C.TC..C.. ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --T..TG ... --T..TG ... --T..TG ... --...TG ... --T..TG ... --T....

330 ACAACATATC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....G-G .A.....G-G .......G-. .A.....G-. .A.......T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T.GT..... .T.GT..... ...GT..... .T.GT..... .T..T..... T......G-.

320 T-ACTA-TAT .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... -----.-... -----.-... -----.-... -----.-... .T....A... .-....-... .-....-... .-....-... .-.T..-... .-....-... .-....-... .-.T..-... .-.T..-... .-.T..-... .-.T..-... .-.T..-..C G---..-.--

350 ACCCCTT-CC .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. --.....-.. --.....-.. --.....-.. --.....-.. .....CC-.. .......-.. .......-.. .......-.. .....C.-.. .....C.-.. .......-.. .TT....A.. .TT....A.. .TT....A.. .TT....A.. .TT....A.. --.....-..

360 AC---TAGA- TCACGAG- CT C.---..A.- ..C....- .. C.---..A.- ..C....- .. C.---..A.- .......- .. C.---..A.- .......- .. -.---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- .. C.---..A.- ..C...---C.---..A.- ..C...---C.---....- ..C...---C.---..A.- ..C...---C.CCT..A.A ..C....G.. -.---..A.- ..C....- .. -.---..A.- ..C....- .. ..---....- .......- .. ..---....- .......- .. ..---....- .......- .. ..---....- .......- .. .T---....- .......- .. .T---....- .......- .. .T---....- .......- .. .T---....- .......- .. .T---....- .......- .. .T---....- .......- ..

[450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450]

138

Lampiran 8 Lanjutan

#Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8 #Bali_1 #Bali_2 #Madura_1 #Madura_2 #PO_1 #Pesisir_1 #Pesisir_2 #Tharparkar_(GB) #Sahiwal_(GB) #Ongole_(GB) #Heinan_(GB) #Brahman_(GB) #Charolais_(GB) #Angus_(GB) #Red_Angus_(GB) #Simmental_(GB) #Bubalus_bubalis_(GB)

370 T-AATTA--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....----.....ACC --.....ACC --.....ACC --.....ACC .T.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-G..C.---

380 CCATG--CCG ..-..--... ..-..--... ..-..--... .....--... .....--... ..-..--... .....--... .....--... ..C..-G....C..-G....C..--....C..--....C..GG... ..-..--G...-..--G......--... .....--... .....--... .....--... .....--... .....--... .....--... .....--... .....--... .....--...

390 CGTG- AAACC ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.- ..-.. ..G.G..... ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.G..... ..G.G..... G.G.G..... .CG.G..... G.G.G..... ..G.G..... ..G.G..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ..... ....- ...T.

--AGCAACCC --....-... ---....... --........ --C....... --........ --........ --........ --........ --. -...... --. -...... --........ --........ CC........ --. -...... --........ --........ --........ --........ --........ --........ --........ --........ --........ --........ --........

400 -G C--TAAGC -..--..... -..--..... -..--..... -..--..-.. -..--..... -..--..... -..--..... C..--..... -C.-T...-A -C.-T...-A -. --T..G-. -. --T...-. -C.CC...AA -C.--..... -C.--..... -..--..... -..--..... -..--..... -..--..... -..--..G.. -..--..G.. -..--..G.. -..--..G.. -..--..G.. TT.---.G..

410 AGA-G-GAT.A.-.-..-.A.-.-..A.A.-.-....A.-.-....A.-.-....A.-.-....A.-.-..A.A.-.-....A.A.-..-.A.A.-..-.A.-.-A.-.A.-.-A.-.A.-AA..AA .A.-.-..-.A.-.-..A...-.-......-.-......-.-......-.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-...-

420 -CCCTCTTCT -.......T. -.......T. -......... -..-...... -.......T. -..-...... -......... -......... -...C...-. -...C...-. -...C...-. -...C...-. A...C...T. -.......T. -.......T. -......... -......... -......... -......... -......... -......... -......... -......... -......... -.........

430 --CGC-TCCG GG--CCCATA --.C.-.... ..--....-. --...-.... ..--....-. --...-.... ..--...... --.C.-.... .----..... --...-.... ..--G..... --...-.... ..---..... --...-.... ..---..... --...-.... ..--G..... TC.C.-.... ..--....G. TC.C.-.... ..--....G. --.C.-.... ..--...TG. --.C.-.... ..--....G. TC.C.-.... ..GG....A. --.-.-.... ..---...A. --.-.C.... ..--G...A. --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--...... --...-.... ..--.....-

[540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540]

139

Lampiran 8 Lanjutan

#Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8 #Bali_1 #Bali_2 #Madura_1 #Madura_2 #PO_1 #Pesisir_1 #Pesisir_2 #Tharparkar_(GB) #Sahiwal_(GB) #Ongole_(GB) #Heinan_(GB) #Brahman_(GB) #Charolais_(GB) #Angus_(GB) #Red_Angus_(GB) #Simmental_(GB) #Bubalus_bubalis_(GB)

440 GACC-GTGGG A...-.G... A...-.G... A...-.G... A...-.G... A..--.G... A..--.G... A..--.G... A..--.G... -.TT-.G... -.TT-.G... -.TT-.G... -.TT-.G... A.AA-.G... A...-.G... A...-.G... ....-..... ...T-..... ....-..... ....-..... A...-..... A...-..... A...-..... A...-..... A...-..... .T.AT.....

GGT------..G------..G------..G------..-------..G------G ..G------..G------..G------G ..G------..G------..G------G ..G------C ..GGGGGGC..-------..G------C ...------...------...------...------...------...------...------...------...------...-------

450 CGCTATTT-A .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...T. .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...T. .C..- ...T. .C..- ...T. .C..- ...-. .C..- ...-. .C..T...T. .C..- ...T. .C..- ...T. ........-. ........-. ........-. ........-. ......CC-. ......CC-. ......CC-. ......CC-. ......CC-. A....C..-.

460 A-T GAATTTT .-G..-.... .-G..-.... .-G....... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-.... .-G....... .-G....... .-G..-.... .-G..-.... .AG....... .-G..-.... .-G..-.... .-........ .-........ .-........ .-........ .-........ .-........ .-........ .-....C... .-........ .-....C...

470 --ACCAGGC--...-..G--...-..G--...-..G--...-..G--...-..G--C..-..G--...-..G--...-..GTA.AA.---TA.AA.---TC.AA.---TC.AA.---TT...C..GG --...-..G--...C..G--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.A...A.-

480 - ATCT--GGT TCTTT - ..-.-G... .T... - G.-.TG... .T... - ..-.TG... .T... - ..----... .T... - G.-.TG... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.TG... .T... - ..-.TG... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.-G... .T... G..-.GG... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.GG... .T... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... ..... - ....--... .....

[605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605]

Keterangan: Ruas ini setara dengan posisi 15802 sampai dengan 16280 dari runutan lengkap mtDNA sapi Bos indicus dari GenBank (kode akses AY126697), daerah D-loop Bos indicus utuh dari GenBank sepanjang 913 bp, yang dapat dianalisis 479 bp.

140

Lampiran 9 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida daerah D-loop parsial sapi Aceh 10

20

70

80

AGCCTTATCA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

GTATTAAATT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

TATCAAAAA........................................................................-

TCCCAATAAC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

TCAACACAG A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

ATTTGCACCC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[ [ [ [ [ [ [ [ [

TTAC---AAA ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---... ....---...

110 120 CACCACTAGC TAAC-AT-AA .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-.. .......... ....-..-..

130 CAC--GCCC...--.......--.......--.......--.......--.......--.......--.......--....-

--A-TACA---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....---.-....--

140 -CA-G-AC--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--..-.-..--

C--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.---------

--------A--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.--------.-

[180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180] [180]

GAA-T -TACC ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -.... ...-. -....

160 CAGG--C--A ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--. ....--.--.

170 AGGTAAT--G .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--. .......--.

180 TACATAACAT .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

190 TAATGT-AAT ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-...

200 AAAGACATGA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

210 TATGTATATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

[270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270] [270]

#Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8

TT-AA- TATA ..-.--.... ..-.--.... ..-.--.-.. ..-.--.... ..-.--.... ..-..- .... ..-.--.... ..-.--....

G---TTCCAT .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---...... .---......


100 TAACCAAATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........


150 -CAGA---AT -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---.. -....---..

30 AAATGCAAAG .......... ........-. ........-. .......... ........-. ........-. ........-. ..........

40

-------A-G -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-. -------.-.

50

60

90 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90] 90]

141

Lampiran 9 Lanjutan #Bos_indicus_(GB) #Aceh_1 #Aceh_2 #Aceh_3 #Aceh_4 #Aceh_5 #Aceh_6 #Aceh_7 #Aceh_8

220 GTACAT TAAA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

230 TTATATACCC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

240 CATGCATATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

250 AGCAAGTACA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

260 TG-AT-C-T..-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-...-..-.-.-

CTATA-A-TA .....-.A.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-.. .....-.-..

270 GTACATAATA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

280 CATACAAT-........-........-........-........-........-........-........-........--

290 --T-ATTAAT --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-...... --.-......

[360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360] [360]


300 TGTACATAG........................................................................-

310 TACATT-ATA ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-... ......-...

---TCAAATC ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---....... ---.......

320 CAT --CCTCA ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --..... ... --T....

330 ACAACATATC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

320 T-ACTA-TAT .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-... .-....-...

350 ACCCCTT-CC .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-.. .......-..

360 AC---TAGA- TCACGAG- CT C.---..A.- ..C....- .. C.---..A.- ..C....- .. C.---..A.- .......- .. C.---..A.- .......- .. -.---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- .. ..---..A.- .......- ..

[450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450] [450]


370 T-AATTA--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....--.-.....---

380 CCATG--CCG ..-..--... ..-..--... ..-..--... .....--... .....--... ..-..--... .....--... .....--...

390 CGTG- AAACC ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.- ..-.. ..G.G..... ..G.G..-.. ..G.G..-.. ..G.G..-..

--AGCAACCC --....-... ---....... --........ --C....... --........ --........ --........ --........

400 -G C--TAAGC -..--..... -..--..... -..--..... -..--..-.. -..--..... -..--..... -..--..... C..--.....

410 AGA-G-GAT.A.-.-..-.A.-.-..A.A.-.-....A.-.-....A.-.-....A.-.-....A.-.-..A.A.-.-...-

420 -CCCTCTTCT -.......T. -.......T. -......... -..-...... -.......T. -..-...... -......... -.........

430 --CGC-TCCG GG--CCCATA --.C.-.... ..--....-. --...-.... ..--....-. --...-.... ..--...... --.C.-.... .----..... --...-.... ..--G..... --...-.... ..---..... --...-.... ..---..... --...-.... ..--G.....

[540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540] [540]

142

Lampiran 9 Lanjutan


440 GACC-GTGGG A...-.G... A...-.G... A...-.G... A...-.G... A..--.G... A..--.G... A..--.G... A..--.G...

GGT------..G------..G------..G------..-------..G------G ..G------..G------..G------G

450 CGCTATTT-A .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...T. .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...-. .C..- ...T. .C..- ...T.

460 A-T GAATTTT .-G..-.... .-G..-.... .-G....... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-.... .-G..-....

470 --ACCAGGC--...-..G--...-..G--...-..G--...-..G--...-..G--C..-..G--...-..G--...-..G-

480 - ATCT--GGT TCTTT - ..-.-G... .T... - G.-.TG... .T... - ..-.TG... .T... - ..----... .T... - G.-.TG... .T... - ..-.-G... .T... - ..-.TG... .T... - ..-.TG... .T...

[605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605] [605]


143

Lampiran 9 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida daerah D-loop parsial sapi Bali 10

20

30

40

50

60

70

80

90

#Bos_indicus_(GB) #Bali_1 #Bali_1

TT-AA- TATA G---TTCCAT AAATGCAAAG AGCCTTATCA GTATTAAATT TATCAAAAA- TCCCAATAAC TCAACACAG A ATTTGCACCC ..-..- .... .---...... ...C...... ......GC.. .......... ..C......- .TT...C.G. .......... .....T.... ..-..- .... .---...... ...C...... ......GC.. .......... ..C......- .TT...C.G. .......... .....T....

[ 90] [ 90] [ 90]


100 110 120 130 140 TAACCAAATA TTAC---AAA CACCACTAGC TAAC-AT-AA CAC--GCCC- --A-TACA-- -CA-G-AC-- C--------- --------A.......... .C..---... .......... ...---.-.. ...AC....C CC.C....-- GA.T.C..-- .CTCCAAGTG GGATAAGT........... .C..---... .......... ...---.-.. ...AC....C CC.C....-- GA.T.C..-- .CTCCAAGTG GGATAAGT.-

[180] [180] [180]


150 160 170 180 190 200 210 -CAGA---AT GAA-T -TACC CAGG--C--A -------A-G AGGTAAT--G TACATAACAT TAATGT-AAT AAAGACATGA TATGTATATA -..T.- AT.. T..-.G..A- T.A.TA.--. TAATATT.-- .T.....AA. .......T.. ......-... ........A. .......... -..T.- AT.. T..-.G..A- T.A.TA.--. TAATATT.-- .T.....AA. .......T.. ......-... ........A. ..........

[270] [270] [270]


220 230 240 250 260 270 GTACAT TAAA TTATATACCC CATGCATATA AGCAAGTACA TG-AT-C-T- CTATA-A-TA GTACATAATA ........C. ...C...... .......... .........T ..-.AA.-.- .C...A.-C. .......G.. ........C. ...C...... .......... .........T ..-.AA.-.- .C...A.-C. .......G..

280 290 CATACAAT-- --T-ATTAAT ...-T...CC CC.-.---.. ...-T...CC CC.-.---..

[360] [360] [360]


300 310 320 330 320 350 360 TGTACATAG- TACATT-ATA ---TCAAATC CAT --CCTCA ACAACATATC T-ACTA-TAT ACCCCTT-CC AC---TAGA- TCACGAG- CT C........- ......-.C. ---....... T.C --...TG .A.....G-G -----.-... --.....-.. C.---..A.- ..C...---C........- ......-.C. ---....... T.C --...TG .A.....G-G -----.-... --.....-.. C.---..A.- ..C...----

[450] [450] [450]


370 380 390 400 410 420 430 T-AATTA--- CCATG--CCG CGTG- AAACC --AGCAACCC -G C--TAAGC AGA-G-GAT- -CCCTCTTCT --CGC-TCCG GG--CCCATA --.....ACC ..C..-G..- ..G.G..... --. -...... -C.-T...-A .A.A.-..-- -...C...-. TC.C.-.... ..--....G. --.....ACC ..C..-G..- ..G.G..... --. -...... -C.-T...-A .A.A.-..-- -...C...-. TC.C.-.... ..--....G.

[540] [540] [540]


440 450 460 470 480 GACC-GTGGG GGT------- CGCTATTT-A A-T GAATTTT --ACCAGGC- - ATCT--GGT TCTTT [605] -.TT-.G... ..G------- .C..- ...T. .-G....... TA.AA.---- - ..-.-G... .T... [605] -.TT-.G... ..G------- .C..- ...T. .-G....... TA.AA.---- - ..-.-G... .T... [605]


144

Lampiran 9 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida daerah D-loop parsial sapi Madura 10

20

30

40

50

60

70

80

90

#Bos_indicus_(GB) #Madura_1 #Madura_2

TT-AA- TATA G---TTCCAT AAATGCAAAG AGCCTTATCA GTATTAAATT TATCAAAAA- TCCCAATAAC TCAACACAG A ATTTGCACCC ..-.--.... .---....-. ...C...G.. ......GC.. .......... ..C......- .TT...C.G. .......... .....T.... ..-..- .... .---...... ...C...... ......GC.. .......... ..C......- .TT...C.G. .......... .....T....

[ 90] [ 90] [ 90]


100 110 120 130 140 TAACCAAATA TTAC---AAA CACCACTAGC TAAC-AT-AA CAC--GCCC- --A-TACA-- -CA-G-AC-- C--------- --------A.......... .C..CAC... .......... ... ---.-.. ...AC....C C-.C....-- GA.T.C..-- .CTCCAAGTG GGATAAGT........... .C..---... .......... ...---.-.. ...AC....C C-.C....-- GA.T.C..-- .CTCCAAGTG GGATAAGT.-

[180] [180] [180]


150 160 170 180 190 200 210 -CAGA---AT GAA-T -TACC CAGG--C--A -------A-G AGGTAAT--G TACATAACAT TAATGT-AAT AAAGACATGA TATGTATATA -..T.- AT.. T..-.G..A- T.A.TA.--. TAATATT.-- .T.....AA. .......T.. ......T... ........A. .......... -..T.- AT.. T..-.G..A- T.A.TA.--. TAATATT.-- .T.....AA. .......T.. ......-... ........A. ..........

[270] [270] [270]


220 230 240 250 260 270 GTACAT TAAA TTATATACCC CATGCATATA AGCAAGTACA TG-AT-C-T- CTATA-A-TA GTACATAATA ........C. ...C...... .......... .........T ..-.A-.-.- .C...G.-C. .......G.. ........C. ...C...... .......... .........T ..-.A-.-.- .C...G.-C. .......G..

280 290 CATACAAT-- --T-ATTAAT ...-T...CC CC.-.---.. ...-T...CC CC.-.---..

[360] [360] [360]


300 310 320 330 320 350 360 TGTACATAG- TACATT-ATA ---TCAAATC CAT --CCTCA ACAACATATC T-ACTA-TAT ACCCCTT-CC AC---TAGA- TCACGAG- CT C........- ......-.C. ---....-.. T.C--.T.-G .......G-. -----.-... --.....-.. C.---....- ..C...---C........- ......-.C. ---....-.. T.C--...-G .A.....G-. -----.-... --.....-.. C.---..A.- ..C...----

[450] [450] [450]


370 380 390 400 410 420 430 T-AATTA--- CCATG --CCG CGTG- AAACC --AGCAACCC -G C--TAAGC AGA-G-GAT- -CCCTCTTCT --CGC-TCCG GG--CCCATA --.....ACC ..C..--..- G.G.G..... --........ -. --T..G-. .A.-.-A.-- -...C...-. --.C.-.... ..--...TG. --.....ACC ..C.. --..- .CG.G..... --........ -. --T...-. .A.-.-A.-- -...C...-. --.C.-.... ..--....G.

[540] [540] [540]


440 450 460 470 480 GACC-GTGGG GGT------- CGCTATTT-A A-T GAATTTT --ACCAGGC- - ATCT--GGT TCTTT [605] -.TT-.G... ..G------G .C..- ...-. .-G..-.... TC.AA.---- - ..-.-G... .T... [605] -.TT-.G... ..G------C .C..- ...-. .-G..-.... TC.AA.---- - ..-.-G... .T... [605]


145

Lampiran 9 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida daerah D-loop parsial sapi PO 10

20

30

40

50

60

70

80

90

#Bos_indicus_(GB) #PO_1

TT-AA- TATA G---TTCCAT AAATGCAAAG AGCCTTATCA GTATTAAATT TATCAAAAA- TCCCAATAAC TCAACACAG A ATTTGCACCC ..C.GC...G .GGG.A..-- -----.CC-- --....T..C C......T.. . -..GGGG.- .....T.... ...C.G.... ..........

[ 90] [ 90]


100 110 120 130 140 TAACCAAATA TTAC---AAA CACCACTAGC TAAC-AT-AA CAC--GCCC- --A-TACA-- -CA-G-AC-- C--------- --------A.......... ....---... .......... ....-..-.. ...--....- --.-....-- -..-.-..-- .--------- --------.-

[180] [180]


150 160 170 180 190 200 210 -CAGA---AT GAA-T -TACC CAGG--C--A -------A-G AGGTAAT--G TACATAACAT TAATGT-AAT AAAGACATGA TATGTATATA -....---.. ...-. -.... ....--.--. -------.-. G......--. .......... ......-... .......... ..........

[270] [270]


220 230 240 250 260 270 280 290 GTACAT TAAA TTATATACCC CATGCATATA AGCAAGTACA TG-AT-C-T- CTATA-A-TA GTACATAATA CATACAAT-- --T-ATTAAT .......... .......... .......... .......... ..G..-.-.- .....-.-.. .......... ........-- --.T.....C

[360] [360]


300 310 320 330 320 350 360 TGTACATAG- TACATT-ATA ---TCAAATC CAT --CCTCA ACAACATATC T-ACTA-TAT ACCCCTT-CC AC---TAGA- TCACGAG- CT C....C...G ......T... --A..C.... .C.TC..C.. .A.......T .T....A... .....CC-.. C.CCT..A.A ..C....G..

[450] [450]


370 380 390 400 410 420 430 T-AATTA--- CCATG--CCG CGTG- AAACC --AGCAACCC -G C--TAAGC AGA-G-GAT- -CCCTCTTCT --CGC-TCCG GG--CCCATA .T.....--- ..C..GG... G.G.G..... CC........ -C.CC...AA .A.-AA..AA A...C...T. TC.C.-.... ..GG....A.

[540] [540]


440 450 460 470 480 GACC-GTGGG GGT------- CGCTATTT-A A-T GAATTTT --ACCAGGC- - ATCT--GGT TCTTT [605] A.AA-.G... ..GGGGGGC- .C..T...T. .AG....... TT...C..GG G..-.GG... .T... [605]


146

Lampiran 9 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida daerah D-loop parsial sapi Pesisir 10

20

30

40

50

60

70

80

90

#Bos_indicus_(GB) #Pesisir_1 #Pesisir_2

TT-AA- TATA G---TTCCAT AAATGCAAAG AGCCTTATCA GTATTAAATT TATCAAAAA- TCCCAATAAC TCAACACAG A ATTTGCACCC .A-.--.... .---...... .......... .......... .......... .........- .......... .......... .......... ..-.--.... .---...... ..-.....-. .......... .......... .........- .......... .......... ..........

[ 90] [ 90] [ 90]


100 110 120 130 140 TAACCAAATA TTAC---AAA CACCACTAGC TAAC-AT-AA CAC--GCCC- --A-TACA-- -CA-G-AC-- C--------- --------A.......... ....---... .......... ....-..-.. ...--....- --.-....-- -..-.-..-- .--------- --------........... ....---... .......... ....-..-.. ...--....- --.-....-- -..-.-..-- .--------- --------.-

[180] [180] [180]


150 160 170 180 190 200 210 -CAGA---AT GAA-T -TACC CAGG--C--A -------A-G AGGTAAT--G TACATAACAT TAATGT-AAT AAAGACATGA TATGTATATA -....---.. ...-. -.... ....--.--. -------.-. .......--. .......... ......-... .......... .......... -....---.. ...-. -.... ....--.--. -------.-. .......--. .......... ......-... .......... ..........

[270] [270] [270]


220 230 240 250 260 270 GTACAT TAAA TTATATACCC CATGCATATA AGCAAGTACA TG-AT-C-T- CTATA-A-TA GTACATAATA .......... .......... .......... .......... ..-..-.-.- .....-.-.. .......... .......... .......... .......... .......... ..-..-.-.- .....-.-.. ..........

280 290 CATACAAT-- --T-ATTAAT ........-- --.-...... ........-- --.-......

[360] [360] [360]


300 310 320 330 320 350 360 TGTACATAG- TACATT-ATA ---TCAAATC CAT --CCTCA ACAACATATC T-ACTA-TAT ACCCCTT-CC AC---TAGA- TCACGAG- CT ..G......- ......-... ---....... ... --..... .......... .-....-... .......-.. -.---..A.- ..C....- .. ..G......- ......-... ---....... ... --..... .......... .-....-... .......-.. -.---..A.- ..C....- ..

[450] [450] [450]


370 380 390 400 410 420 430 T-AATTA--- CCATG--CCG CGTG- AAACC --AGCAACCC -G C--TAAGC AGA-G-GAT- -CCCTCTTCT --CGC-TCCG GG--CCCATA .-.....--- ..-..--G.- ..G.G..... --. -...... -C.--..... .A.-.-..-- -.......T. --.-.-.... ..---...A. .-.....--- ..-..--G.- ..G.G..... --........ -C.--..... .A.-.-..A- -.......T. --.-.C.... ..--G...A.

[540] [540] [540]


440 450 460 470 480 GACC-GTGGG GGT------- CGCTATTT-A A-T GAATTTT --ACCAGGC- - ATCT--GGT TCTTT [605] A...-.G... ..-------- .C..- ...T. .-G ..-.... --...-..G- - ..-.-G... .T... [605] A...-.G... ..G------C .C..- ...T. .-G..-.... --...C..G- - ..-.GG... .T... [605]


147

Lampiran 10 Jumlah Nukleotida sapi Aceh, Bali, Madura, PO, dan Pesisir setelah disejajarkan dengan nukleotida Bos indicus (GenBank)

Bangsa sapi Bos indicus (Nellore) (GB) Aceh 1 Aceh 2 Aceh 3 Aceh 4 Aceh 5 Aceh 6 Aceh 7 Aceh 8 Bali 1 Bali 2 Madura 1 Madura 2 PO Pesisir 1 Pesisir 2 Tharparkar (GB) Sahiwal (GB) Ongole (GB) Heinan (GB) Brahman (GB) Charolais (GB) Angus (GB) Red Angus (GB) Simmental (GB) Bubalus bubalis (GB)

Jumlah nukleotida 479 472 473 475 467 476 471 474 478 508 508 501 499 514 469 475 479 479 479 479 479 479 479 479 479 484

148

Lampiran 11 Komposisi Nukleotida sapi Aceh dan sapi pembanding Sapi

T

C

A G A+T sapi Aceh (n = 8) Aceh 1 26,5 23,9 36,4 13,1 62,9 Aceh 2 26,8 23,7 35,9 13,5 62,7 Aceh 3 26,9 23,6 36,2 13,3 63,1 Aceh 4 26,8 24,0 36,8 12,4 63,6 Aceh 5 27,1 22,7 36,3 13,9 63,4 Aceh 6 26,8 23,1 36,7 13,4 63,5 Aceh 7 26,8 23,0 36,9 13,3 63,7 Aceh 8 27,0 22,8 36,6 13,6 63,6 Rataan 26,84 23,35 36,48 13,31 63,31 sapi Bali (n = 2) Bali 1 26,2 24,0 37,4 12,4 63,6 Bali 2 26,2 24,0 37,4 12,4 63,6 Rataan 26,20 24,00 37,40 12,40 63,60 sapi Madura (n = 2) Madura1 26,5 24,4 35,5 13,6 62,0 Madura2 26,1 24,6 36,9 12,4 63,0 Rataan 26,30 24,50 36,20 13,00 62,50 sapi PO (n = 1) PO 25,50 26,30 32,30 16,00 57,80 sapi Pesisir (n = 2) Pesisir 1 26,4 23,5 37,3 12,8 63,7 Pesisir 2 26,3 23,8 36,4 13,5 62,7 Rataan 26,35 23,65 36,85 13,15 63,2 Bos indicus (GenBank) (n = 5) Bos indicus (Nellore) 26,9 23,6 37,0 12,5 63,9 Tharparkar 26,7 23,8 37,0 12,5 63,7 Sahiwal 26,7 23,8 37,0 12,5 63,7 Ongole 27,1 23,4 37,0 12,5 64,1 Heinan 26,9 23,6 37,0 12,5 63,9 Rataan 26,86 23,64 37,00 12,50 63,86 Bos taurus (GenBank) (n = 5) Brahman 28,0 22,8 35,9 13,4 63,9 Charolais 28,2 22,5 35,7 13,6 63,9 Angus 27,8 23,0 35,9 13,4 63,7 Red Angus 28,0 22,8 36,3 12,9 64,3 Simmental 28,0 22,8 35,7 13,6 63,7 Rataan 28,0 22,78 35,90 13,38 63,90 Keterangan: n = jumlah sampel, sapi PO satu sampel

C+G

37 37,2 36,9 36,4 36,6 36,5 36,3 36,4 36,66

36,4 36,4 36,40

38,0 37,0 37,50

42,30

36,3 37,3 36,80

36,1 36,3 36,3 35,9 36,1 36,14

36,2 36,1 36,4 35,7 36,4 36,16

149

Lampiran 12 Jarak genetik menggunakan metode 2 parameter Kimura pada sapi Aceh dengan sapi Bali, Madura, PO, Pesisir dan bangsa-bangsa sapi Bos indicus, Bos taurus dari GenBank [ 1] Bos indicus (GB) [ 2] Aceh 1; [3] Aceh 2; [4] Aceh 3; [5] Aceh 4; [6] Aceh 5; [7] Aceh 6; [8] Aceh 7; [9] Aceh 8 [10] Bali 1; [11] Bali 2 [12] Madura 1; [13] Madura 2 [14] PO [15] Pesisir 1; [16] Pesisir 2 [17] Tharparkar (GB); [18] Sahiwal (GB); [19] Ongole (GB); [20] Heinan (GB) [21] Brahman (GB); [22] Charolais (GB); [23] Angus (GB); [24] Red Angus (GB); [25] Simmental (GB) [26] Bubalus bubalis (GB)

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

1 0,0000 0,0202 0,0228 0,0177 0,0177 0,0202 0,0202 0,0177 0,0202 0,1194 0,1194 0,1197 0,1167 0,1072 0,0305 0,0279 0,0025 0,0075 0,0075 0,0000 0,0552 0,0552 0,0497 0,0497 0,0552 0,1470

2 0,0000 0 ,0025 0 ,0025 0 ,0025 0 ,0050 0 ,0050 0 ,0025 0 ,0050 0 ,0963 0 ,0963 0 ,1025 0 ,0937 0 ,0845 0 ,0101 0 ,0075 0 ,0228 0 ,0280 0 ,0280 0 ,0202 0 ,0770 0 ,0770 0 ,0713 0 ,0713 0 ,0770 0 ,1718

3

0,0000 0,0050 0,0050 0,0025 0,0075 0,0050 0,0075 0,0993 0,0993 0,1055 0,0966 0,0873 0,0126 0,0100 0,0254 0,0306 0,0306 0,0228 0,0799 0,0799 0,0742 0,0742 0,0799 0,1751

4

0,0000 0 ,0000 0 ,0025 0 ,0025 0 ,0000 0 ,0025 0 ,0991 0 ,0991 0 ,1053 0 ,0965 0 ,0873 0 ,0126 0 ,0101 0 ,0202 0 ,0254 0 ,0254 0 ,0177 0 ,0743 0 ,0743 0 ,0686 0 ,0686 0 ,0743 0 ,1687

Keterangan : GB = GenBank

5

6

7

0,0000 0,0025 0,0025 0,0000 0,0025 0,0991 0,0991 0,1053 0,0965 0,0873 0,0126 0,0101 0,0202 0,0254 0,0254 0,0177 0,0743 0,0743 0,0686 0,0686 0,0743 0,1687

0,0000 0 ,0050 0 ,0025 0 ,0050 0 ,1021 0 ,1021 0 ,1083 0 ,0994 0 ,0901 0 ,0151 0 ,0126 0 ,0228 0 ,0280 0 ,0280 0 ,0202 0 ,0772 0 ,0772 0 ,0715 0 ,0715 0 ,0772 0 ,1720

0,0000 0 ,0025 0 ,0050 0 ,1019 0 ,1019 0 ,1082 0 ,0993 0 ,0901 0 ,0151 0 ,0126 0 ,0228 0 ,0280 0 ,0280 0 ,0202 0 ,0770 0 ,0770 0 ,0713 0 ,0713 0 ,0770 0 ,1718

8

9

10

0,0000 0,0025 0,0000 0,0991 0,1021 0,0000 0,0991 0,1021 0,0000 0,1053 0,1083 0,0254 0,0965 0,0994 0,0126 0,0873 0,0901 0,1526 0,0126 0,0151 0,1019 0,0101 0,0126 0,0991 0,0202 0,0228 0,1225 0,0254 0,0280 0,1225 0,0254 0,0280 0,1225 0,0177 0,0202 0,1194 0,0743 0,0715 0,1440 0,0743 0,0715 0,1504 0,0686 0,0658 0,1472 0,0686 0,0715 0,1440 0,0743 0,0715 0,1504 0,1687 0,1654 0,2113

11

12

0,0000 0 ,0254 0 ,0126 0 ,1526 0 ,1019 0 ,0991 0 ,1225 0 ,1225 0 ,1225 0 ,1194 0 ,1440 0 ,1504 0 ,1472 0 ,1440 0 ,1504 0 ,2113

0,0000 0 ,0177 0 ,1715 0 ,1139 0 ,1110 0 ,1228 0 ,1228 0 ,1228 0 ,1197 0 ,1476 0 ,1541 0 ,1476 0 ,1476 0 ,1541 0 ,2148

13

14

0,0000 0,1650 0,0000 0,1049 0,0901 0,1021 0,0873 0,1197 0,1101 0,1197 0,0985 0,1197 0,1101 0,1167 0,1072 0,1413 0,1496 0,1476 0,1559 0,1444 0,1527 0,1413 0,1496 0,1476 0,1559 0,2113 0,2559

15

0,0000 0,0025 0,0331 0,0384 0,0384 0,0305 0,0880 0,0880 0,0822 0,0822 0,0880 0,1812

16

0,0000 0,0305 0,0358 0,0358 0,0279 0,0852 0,0852 0,0795 0,0795 0,0852 0,1781

17

0,0000 0,0101 0,0101 0,0025 0,0580 0,0580 0,0524 0,0524 0,0580 0,1501

18

0,0000 0 ,0101 0 ,0075 0 ,0524 0 ,0580 0 ,0524 0 ,0524 0 ,0580 0 ,1501

19

0,0000 0,0075 0,0580 0,0580 0,0524 0,0469 0,0580 0,1501

20

0,0000 0,0552 0,0552 0,0497 0,0497 0,0552 0,1470

21

0,0000 0 ,0050 0 ,0050 0 ,0152 0 ,0101 0 ,1601

22

0,0000 0,0050 0,0152 0,0050 0,1667

23

0,0000 0,0152 0,0101 0,1601

24

0,0000 0,0204 0,1667

25

26

0,0000 0,1667 0,0000

150

Lampiran 13 Hasil blast sekuens sapi Aceh (479 nt) pada situs NCBI

151

Lampiran 14 Nomor akses sekuens daerah D-loop utuh Bos indicus, Bos taurus, dan Bubalus bubalis dari GenBank pada situs NCBI yang digunakan untuk membentuk pohon filogeni

No. Spesies Kode akses mtDNA 1 Nellore (Bos indicus) AY126697 D-loop 2 Tharparkar (Bos indicus) AY378137 D-loop 3 Sahiwal (Bos indicus) L27732 D-loop 4 Ongole (Bos indicus) AY378135 D-loop 5 Heinan (Bos indicus) DQ166132 D-loop 6 Brahman (Bos taurus) AF409058 D-loop 7 Charolais (Bos taurus) AY676858 D-loop 8 Angus (Bos taurus) AY676871 D-loop 9 Red Angus (Bos taurus) DQ520591 D-loop 10 Simmental (Bos taurus) AY521119 D-loop 11 Murrah (Bubalus bubalis) AF475218 D-loop 12 Banteng (Bos javanicus) AB077315 Cyt.b 13 Bali (Bos javanicus) AB077314 Cyt.b 14 Indonesia Native (Bos indicus) AB077313 Cyt.b 15 Nellore (Bos indicus) AY126697 Cyt.b 16 Simmental (Bos taurus) AY521055 Cyt.b Keterangan: alamat http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/index.html

152

Lampiran 15 Sekuens nukleotida primer mikrosatelit yang digunakan untuk penelitian

CSSM66

Ukuran (bp) 180-200

Kromosom 14

ACACAAATCCTTTCTGCCAGCTGA AATTTAATGCACTGAGGAGCTTGG

Annealing oC 55/ 52-64

CSRM60

182-202

10

AAGATGTGATCCAAGAGAGAGGCA AGGACCAGATCGTGAAAGGCATAG

55/ 52-64

VIC

ILSTS006

281-299

7

TGTCTGTATTTCTGCTGTGG ACACGGAAGCGATCTAAACG

55/ 52-64

FAM

ILSTS005

181-185

10

GGAAGCAATGAAATCTATAGCC TGTTCTGTGAGTTTGTAAGC

52-64

FAM

BM2113

123-143

2

55

VIC

BM1824

180-192

1

GCTGCCTTCTACCAAATACCC CTTCCTGAGAGAAGCAACACC GAGCAAGGTGTTTTTCCAATC CATTCTCCAACTGCTTCCTTG

58

PET

BM1818

258-272

23

AGCTGGGAATATAACCAAAGG AGTGCTTTCAAGGTCCATGC

55/ 52-64

PET

INRA63

190-209

18

55

PET

INRA35

102–114

16

ATTTGCACAAGCTAAATCTAACC AAACCACAGAAATGCTTGGAAG ATCCTTTGCAGCCTCCACATTG TTGTGCTTTATGACACTATCCG

55-65/ 52-64

NED

INRA005

240-246

12

CAATCTGCATGAAGTATAAATAT CTTCAGGCATACCCTACACC

55-65

FAM

ETH255

141-159

9

GATCACCTTGCCACTATTTCCT ACATGACAGCCAGCTGCTACT

57

NED

ETH10

212-224

5

GTTCAGGACTGGCCCTGCTAACA CCTCCAGCCCACTTTCTCTTCTC

55/ 52-64

NED

HEL13

177-197

11

55

FAM

HEL9

143-167

8

TAAGGACTTGAGATAAGGAG CCATCTACCTCCATCTTAAC CCCATTCAGTCTTCAGAGGT CACATCCATGTTCTCACCAC

55/ 52-64

PET

HEL5

149-165

21

GCAGGATCACTTGTTAGGGA AGACGTTAGTGTACATTAAC

55

VIC

HEL1

100-114

15

CAACAGCTATTTAACAAGGA AGGCTACAGTCCATGGGATT

55

FAM

Marker

Sekuens primer (F dan R)

Warna NED

Literatur Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Bishop et al. (1994), Sodhi et al., 2006 Armstrong et al. (2006) Bishop et al. (1994); Radko et al. (2005) Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Armstrong et al. (2006) Vaiman et al. (1994); Sodhi et al., 2006 Bishop et al. (1994); Pandey et al. (2006) Bishop et al. (1994); Pandey et al. (2006) Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Armstrong et al. (2006) Armstrong et al. (2006); Sodhi et al., 2006 Bishop et al. (1994); Pandey et al.(2006) Bishop et al. (1994); Pandey et al. (2006)

Keterangan: PET = warna merah, VIC = warna hijau, FAM = warna biru, NED = warna kuning

153

Lampiran 16 Indeks Garza-Williamson hasil uji heterozigositas hitung (observed) dan heterozigositas harapan (expected) pada sapi Aceh, Bali, Madura, PO dan Pesisir

Lokus BM1818 INRA005 CSRM60 BM2113 HEL5 HEL9 HEL13 INRA63 INRA35 HEL1 ETH225 ETH10 CSSM66 BM1824 ILSTS006 ILSTS005 Rataan SD

Aceh 0,42308 0,54545 0,40000 0,42105 0,47619 0,48148 0,42105 0,53846 0,27027 0,13725 0,48000 0,12308 0,43478 0,30435 0,41379 0,41176 0,39263 0,12067

Bali 0,33333 0,66667 0,55556 0,33333 0,30769 0,40000 0,42857 0,30769 0,11765 0,66667 0,44444 0,44444 0,31579 0,29412 0,38462 0,33333 0,39587 0,13683

Madura 0,18182 1,00000 1,00000 0,15385 0,00000 0,23077 1,00000 0,66667 1,00000 1,00000 0,08696 0,66667 0,09524 0,16667 0,18182 0,13333 0,25638 0,20900

PO 0,26667 0,44444 0,40000 0,23077 1,00000 0,26667 0,40000 0,33333 0,15789 0,40000 0,28571 0,66667 0,15789 0,23077 0,40000 0,33333 0,33161 0,12515

Pesisir 0,28571 0,44444 0,22222 0,57143 1,00000 0,36364 0,40000 0,28571 0,15385 0,66667 0,28571 0,60000 0,19048 0,66667 0,28571 0,27273 0,37966 0,16598

Rataan 0,29812 0,62020 0,51556 0,34209 0,55678 0,34851 0,52992 0,42637 0,33993 0,57412 0,31657 0,50017 0,23884 0,33251 0,33319 0,29690 0,35123 0,15153

SD 0,08877 0,23118 0,29540 0,16335 0,43916 0,10139 0,26309 0,16795 0,37340 0,32391 0,15628 0,22952 0,13586 0,19480 0,09845 0,10391 0,05894 0,03666

DAFTAR PUSTAKA. Andersson S et al Sequence and the organization of the human mitochondrial genome. Nature. 290:

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