Bab II Tinjauan Pustaka
A. Lamun Lamun (sea grass) adalah satu-satunya kelompok tumbuh-tumbuhan lingkungan
berbunga
yang
laut. Tumbuh-tumbuhan
terdapat
di
ini hidup di
habitat perairan pantai yang dangkal. Seperti halnya rumput didarat, mereka mempunyai tunas berdaun yang tegak dan tangkai-tangkai yang merayap yang efektif
untuk
berkembang
tumbuh-tumbuhan berbuah,
dan
mempunyai
laut
biak.
lainnya,
menghasilkan
akar
dan
Berbeda lamun
biji.
sistem
dengan
berbunga,
Lamun
internal
juga untuk
mengangkat gas dan zat-zat hara (Romimohtarto, 1999). Lamun (sea grass) adalah tumbuhan berbunga (angiospermae)
yang
berbiji
satu
(monokotil)
dan
mempunyai akar rimpang, daun, bunga dan buah. Jadi sangat berbeda dengan rumput laut (algae). Lamun dapat ditemukan di seluruh dunia kecuali di daerah kutub.
Lebih
dari
52
jenis
lamun
yang
telah
ditemukan. Di Indonesia hanya terdapat 7 genus dan sekitar 15 jenis yang termasuk
ke dalam 2 famili
yaitu : Hydrocharitacea (9 marga, 35 jenis) dan Potamogetonaceae (3 marga, 15 jenis). Jenis yang 7
membentuk komunitas padang lamun tunggal, antara lain : Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Halophila ovalis, Cymodoceae serulata, dan Thallasiadendron ciliatum. Dari beberpa jenis lamun, Thalasiadendron ciliatum mempunyai sebaran yang terbatas, sedangkan Halophila spinulosa tercatat di daerah Riau, Anyer, Baluran (Bengen, 2001). B.
Enhalus acoroides Struktur tanaman Enhalus acoroides terdiri dari
daun-daun yang panjang, bercabang dua, dan selalu berpasangan
serta
agak pipih
kaku
seperti kulit
(leathary linear) atau seperti ikat pinggang yang kasar (coarse strap shape), berwarna hijau dalam pelepah bonggol (leaf sheat). Jenis ini mempunyai rambut yang kasar dan memiliki benang- benang hitam. Batangnya mempunyai
serabut-serabut
hitam
yang
kaku.
Tumbuhan perdu bawah air ini memiliki akar serabut yang kuat yang tumbuh mendatar di dalam substrat yang berupa pasir atau lumpur yang halus. Tumbuhan ini terdapat di bawah air surut rata-rata pada pasut purnama pada dasar pasir lumpuran. Mereka tumbuh subur di bawah tempat terlindung di pinggir bawah mintakat pasut dan
atas mintakat bawah litoral
(Larkum. 1989 ).
8
Gambar 1. Lamun Enhalus acoroides C.
Karotenoid Karotenoid merupakan pigmen yang berwarna
kuning, orange hingga merah (Gross, 1991). Pigmen tersebut
banyak
buahbuahan
(Zeb
ditemukan dan
dalam
Mehmood,
sayuran 2004),
dan serta
ditemukan juga dalam jamur, bakteri, hewan dan manusia (Gross, 1991).
Gambar 2. Struktur karotenoid (β-karoten)
9
Di dalam jaringan tumbuhan, karotenoid mempunyai 2 fungsi utama, yaitu sebagai pigmen asesori yang berperan membantu klorofil dalam berfotosintesis dan sebagai agen fotoprotektor. Sebagai pigmen asesori, karotenoid berfungsi menangkap energi cahaya pada panjang gelombang yang tidak dapat ditangkap klorofil untuk ditransfer ke klorofil, kemudian digunakan dalam
proses
fotosintesis.
Fungsi
lainnya
adalah
sebagai fotoprotektor, karotenoid lebih berperan untuk memadamkan singlet oksigen yang terbentuk karena fotosensitasi
dari
klorofil.
Singlet
oksigen
sangat
berbahaya, karena mempunyai energi yang besar. Energi tersebut akan ditangkap karotenoid dan diubah menjadi panas, membentuk oksigen triplet yang stabil (Krinsky, 1989). Berdasarkan kedua fungsi tersebut maka dapat dikatakan karotenoid mempunyai peran penting
dalam
kelangsungan
hidup
tanaman/tumbuhan. Selain karotenoid
berperan
juga
penting
berperan
penting
bagi bagi
tumbuhan, kesehatan
manusia, ada yang berfungsi sebagai prekursor vitamin A atau provitamin A dan ada yang non provitamin A. Karotenoid provitamin A akan diubah oleh enzim 15, 15’ dioksigenase menjadi vitamin A, karotenoid juga berfungsi sebagai antikanker, antioksidan, mengatasi penyakit mata (rabun malam, penurunan makula, 10
katarak),
xeroftalmia
(defisiensi
vit
A),
terapi
yang
dapat
eritropoietik protoporfiria (Limantara, 2008). D. Antioksidan Antioksidan
adalah
senyawa
menghambat oksidasi radikal bebas, sehingga senyawa tersebut dapat berperan dalam mencegah timbulnya penyakit kanker, mencegah proses penuaan dini, dan mengurangi terjadinya penyakit degeneratif lainnya. Salah satu penyebab timbulnya penyakit kanker adalah terjadinya mutasi sel yang diduga disebabkan oleh adanya radikal bebas.
Karotenoid dapat bertindak
sebagai antioksidan sehingga dapat melindungi sel-sel dan organisme dari kerusakan 1989).
oksidatif (Krinsky,
Penghambatan radikal bebas oleh karotenoid
terutama dilakukan oleh β - karoten (Packer et al., 1981). Kemampuan β - karoten dalam mendeaktivasi radikal bebas diawali dengan proses peroksidasi lemak, karena
ß-karoten
antioksidan
lemak.
merupakan
salah
Secara
spesifik,
satu
tipe
ß-karoten
menghambat kinerja radikal bebas hanya pada tekanan rendah, yaitu sekitar 3.10 atm (oksigen 2%), sebab pada tekanan oksigenyang lebih tinggi, β - karoten akan kehilangan aktivitas antioksidannya dan dapat menunjukkan
pengaruh
prooksidan
secara
autokatalitik. Proses ini juga menjabarkan keefektifan 11
β-karoten
dalam
menghambat
peroksidasi
lemak
(Krinsky, 1989). Sifat antioksidan dari β-karoten adalah bertindak sebagai pemadam singlet oksigen dan berinteraksi dengan radikal bebas. β-karoten dapat memadamkan singlet oksigen yang terbentuk karena adanya sensitizer dari
molekul
lain
seperti:
klorofil,
porpirin
dan
ribloflavin yang terdapat dalam sistem biologis. Apabila singlet oksigen tidak dinonaktifkan oleh karotenoid, maka
akan
menyerang
sel
yang
menyebabkan
terjadinya kelainan sel, kerusakan DNA dan peroksidasi lipid. Selain ß-karoten, karotenoid jenis lain yang juga efektif dalam meniadakan singlet oksigen diantaranya karotenoid golongan karoten dan xantofil terutama likopen (Di Mascio et al., 1989). E.
Identifikasi Bakteri Secara Molekuler Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain
Reaction)
adalah
suatu
metode
enzimatis
untuk
melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro (Yuwono, 2006). Dewasa ini jelas bahwa beberapa makromolekul sel
dapat
menjadi
acuan
organisme
tersebut
dengan
hubungan organisme
kekerabatan lain.
Dari
penelusuran urutan monomer pada molekul informasi tertentu,
didapatkan
bahwa 12
perbedaan
jarak
kekerabatan antara 2 organisme dapat diukur dengan melihat perbedaan nukleotida dan urutan asam amino pada makromolekul yang homogen. Hal ini dapat dilakukan karena jumlah perbedaan sekuen pada sebuah molekul adalah proporsional terhadap jumlah perubahan
mutasi
pada
organisme
tersebut.
pengkodean
Banyak
molekul
DNA yang
dua telah
diusulkan untuk dijadikan acuan, dan ribosomal RNA adalah pilihan yang sesuai. Ribosomal RNA merupakan molekul yang sempurna karena fungsinya yang konstan pada tiap organisme, tersebar secara universal dan urutan sekuennya terkonservasi dengan baik diantara filogenetik yang luas (Madigan et al., 2000). Ribosom merupakan komponen sel yang utama dengan jumlah sekitar 20.000 ribosom per sel. Ribosom mengandung kira-kira 10% dari seluruh total protein dan sekitar 80% dari keseluruhan massa sel. Menurut Madigan et al., (2000) sel bakteri mempunyai ribosom 70S
yang
terdiri
dari
unit
ribosomal
kecil
30S
mengandung 21 protein dan satu molekul 16S RNA yang panjangnya 1541 basa. Serta unit ribosomal besar yang mengandung 36 protein, satu molekul 5S rRNA yang panjangnya 120 basa. Sekuen ribosom yang digunakan sebagai acuan adalah 16S RNA karena panjangnya paling sesuai dan mudah ditangani, tidak terlalu panjang bila dibandingkan 23S, dan tidak terlalu pendek jika dibandingkan dengan 5S. 13
Suatu teknik yang dianggap paling baik untuk melihat
keanekaragaman
organism
dengan
hayati
analisis
suatu
sekuen.
kelompok
Teknik
ini
berkembang setelah orang menciptakan mesin DNA sequencer. Pada prinsipnya polimorfisme dilihat dari urutan atau sequen DNA dari fragmen tertentu dari suatu genom organisme. Salah satu cara untuk melihat keanekaragaman jenis dapat dilakukan dengan analisi sekuen gen 16S rRNA bagi organisme prokaryota atau 18S rRNA bagi organisme eukaryota. Primer yang digunakan
untuk
PCR
16S
rDNA
adalah
primer
universal 27F (5'-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3') dan primer
spesifik
eubacteria
1492R
TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3'). sekuen
rRNA
merupakan
alat
(5'-
Perbandingan yang
baik
untuk
mendeduksi hubungan filogeni dan evolusi diantara organisme
bacteria,
archaebacteria
dan
eukaryot
(Junaidi, 2006). Gen gen penghasil enzim tertentu misalnya dapat juga dibandingkan berdasarkan sekuen mereka.
14
