cobas Cdiff Test Pro účely diagnostiky in vitro pro použití na systému cobas 4800 cobas 4800 System Sample Preparation Kit

cobas® Cdiff Test pro použití na systému cobas® 4800

Pro účely diagnostiky in vitro

cobas® 4800 System Sample Preparation Kit

240 Tests 960 Tests

P/N: 05235782190 P/N: 05235804190

cobas® 4800 System Lysis Kit 1

240 Tests 960 Tests

P/N: 06768253190 P/N: 06768270190

cobas® 4800 System Wash Buffer Kit

240 Tests 960 Tests

P/N: 05235863190 P/N: 05235871190

cobas® 4800 System Internal Control Kit 1

20 Runs

P/N: 06768318190

cobas® 4800 Cdiff Amplification/Detection Kit

80 Tests 240 Tests

P/N: 06768237190 P/N: 06768261190

cobas® 4800 Cdiff Controls and Cofactor Kit

10 Runs

P/N: 06768300190

cobas® Cdiff Test

OBSAH Účel použití .......................................................................................................................................... 4 Souhrn a výklad testu / Principy postupu Základní informace: Skríning C. difficile............................................................................................... 4 Princip testu ......................................................................................................................................... 5 Principy postupu................................................................................................................................... 5 Příprava vzorků ........................................................................................................................... 5 ®

PCR amplifikace a detekce pomocí TaqMan ............................................................................ 5 Selektivní amplifikace ................................................................................................................. 6 Materiály, činidla a vzorky Materiály a činidla, která jsou součástí dodávky.................................................................................. 7 Skladování a manipulace s činidly ..................................................................................................... 12 Další potřebný materiál ...................................................................................................................... 12 Volitelné materiály .............................................................................................................................. 13 Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky ............................................................ 13 Bezpečnostní opatření a požadavky na manipulaci Upozornění a bezpečnostní pokyny................................................................................................... 13 Správná laboratorní praxe ................................................................................................................. 14 Kontaminace ...................................................................................................................................... 14 Integrita .............................................................................................................................................. 14 Likvidace ............................................................................................................................................ 15 Rozlití a čištění ................................................................................................................................... 15 Odběr, přeprava a skladování vzorků ................................................................................................ 15 Odběr vzorků ............................................................................................................................ 15 Přeprava, skladování a stabilita vzorků .................................................................................... 15 Postup testu Spuštění testu .................................................................................................................................... 16 Pracovní postup ........................................................................................................................ 16 Návod k použití ......................................................................................................................... 16 Výsledky Kontrola kvality a platnosti výsledků .................................................................................................. 20 Pozitivní kontrola ....................................................................................................................... 20 Negativní kontrola ..................................................................................................................... 20 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

2

cobas® Cdiff Test

Vnitřní kontrola .......................................................................................................................... 20 Interpretace výsledků ......................................................................................................................... 20 PROCEDURÁLNÍ OMEZENÍ ............................................................................................................. 21 Hodnocení neklinických funkčních parametrů ................................................................................... 22 Analytická citlivost ..................................................................................................................... 22 Detekce genotypů C. difficile .................................................................................................... 23 Přesnost .................................................................................................................................... 24 Analytická specificita ................................................................................................................. 25 Interference ............................................................................................................................... 27 Korelace .................................................................................................................................... 29 Doplňující informace .......................................................................................................................... 31 Hlavní parametry testu .............................................................................................................. 31 Symboly .................................................................................................................................... 32 Výrobce a distributoři ................................................................................................................ 33 Obchodní značky a patenty ...................................................................................................... 33 Autorská práva (Copyright) ....................................................................................................... 33 Literatura ................................................................................................................................... 34 Revize dokumentu .................................................................................................................... 36

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

3

cobas® Cdiff Test

Účel použití Test cobas® Cdiff na systému cobas® 4800 je automatizovaný, kvalitativní diagnostický test in vitro, který využívá polymerázovou řetězovou reakci (PCR) v reálném čase pro přímou detekci genu toxinu B (tcdB) toxikogenního Clostridium difficile (C. difficile) v kašovitých (tekutých nebo měkkých) vzorcích stolice od pacientů s podezřením na infekci C. difficile (CDI). Test cobas® Cdiff je určen k použití jako pomůcka při diagnostice CDI u pacientů ve spojení s klinickými a epidemiologickými faktory.

Souhrn a výklad testu / Principy postupu Základní informace: Skríning C. difficile C. difficile je grampozitivní, anaerobní bakterie vytvářející spory, která byla rozpoznaná jako etiologický původce pseudomembranózní kolitidy spojené s léčbou antibiotiky v druhé polovině 70. let minulého století.1,2 Předpokládá se, že je příčinou 15-20 % průjmů spojených s léčbou antibiotiky a téměř všech případů pseudomembranózních kolitid spojených s léčbou antibiotiky.3 V průběhu posledních 10 let počet případů spojených s infekcí C. difficile (CDI) progresivně vzrostl a infekce se nyní stává závažným klinickým problémem v rozvinutých zemích. V minulosti se v nemocnicích s akutní péčí v USA vyskytovalo 30-40 případů na 100 000 obyvatel; v roce 2005 vzrostl počet případů na 80 na 100 000 obyvatel.4 Již dříve byla popsána propuknutí CDI.5 Přímý náklad spojený s léčbou CDI dosahoval v USA 6 326 USD na jeden případ.6 Nárůst případů je částečně připisován vzniku údajně vysoce virulentního kmene klasifikovaného jako ribotyp 027/severoamerický pulsotyp 1 (NAP1) a toxinotyp III. Toxikogenní kmeny C. difficile typicky vytvářejí dva toxiny: toxin A (enterotoxin) a toxin B (cytotoxin).7 Toxin B vytváří pouze malé procento kmenů.8 V poslední době byla popsána virulence u kmenů, které produkují jiný toxin zvaný binární toxin a mají deleci v negativním regulačním tcdC genu.9,10 U těchto kmenů byla zjištěna vyšší virulentnost in vitro a zdá se, že u lidí způsobují vyšší nemocnost a úmrtnost.11,12 Jedinec se po kolonizaci toxikogenním C. difficile může stát asymptomatickým nosičem nebo se u něho může rozvinout střevní onemocnění. Klinické projevy CDI sahají od mírného průjmu po život ohrožující pseudomembranózní kolitidu doprovázenou bolestí břicha, silným průjmem a systémovými příznaky jako jsou horečka, anorexie, nevolnost a malátnost. Diagnóza CDI se většinou provádí průkazem na přítomnost toxinu A a/nebo B ve vzorcích stolice. Za „zlatý standard“ mnozí považují cytopatický účinek toxinu B na buněčnou linii.13, 14 Průkazu cytopatického účinku lze dosáhnout přímou inkubací supernatantu stolice; alternativně je možné izoláty C. difficile kultivovat v bujonové kultuře a získaný supernatant použít pro další inkubaci na buněčné linii (toxikogenní kultura).15 U obou technik je dostupnost konečného výsledku minimálně po 48 až 72 hodinách. Nejvíce se pro průkaz toxinu A a toxinu B používá enzymová imunoanalýza, protože poskytne pozitivní výsledky do 4 hodin; nicméně citlivost je mnohem nižší než u tkáňové kultury.16 Při srovnání s klinickými kritérii podporujícími CDI byly u PCR zjištěny citlivost 93,3 %, specificita 97,4 %, pozitivní prediktivní hodnota 75,5 % a negativní prediktivní hodnota 99,4 % s dobou získání výsledku <4 hodiny.15 PCR se považuje za optimální rychlý jednoduchý test průkazu přítomnosti toxinu C. difficile.17-20 I přes dramatický nárůst incidence a závažnosti CDI zůstávají léčbou volby u akutních epizod a rekurentních infekcí metronidazol nebo vankomycin.21 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

4

cobas® Cdiff Test

Mezi opatření zamezení infekce patří uvážlivé používání bakteriostatik, prevence zkřížené infekce a aktivní sledování případů.22 Opakované „otestování léčby“ se nedoporučuje, protože toxiny mohou být dlouho přítomné i bez klinických příznaků. Proto vzniká velká potřeba vysoce citlivého a rychlého automatizovaného průkazu C. difficile. Molekulární metody nabízí potenciál značně zkrácené doby detekce a následně časně zahájené antimikrobiální léčby a časné implementace opatření pro kontrolu infekce.17-20

Princip testu Test cobas® Cdiff zahrnuje dva hlavní postupy: (1) automatizovaná příprava vzorků pro extrakci nukleových kyselin z kašovitých vzorků stolice; (2) PCR amplifikace cílových sekvencí DNA pomocí primerů specifických pro C. difficile a detekce rozštěpených fluorescenčních C. difficile specifických oligonukleotidových detekčních sond v reálném čase. Interní kontrola obsahující nesouvisející randomizovanou sekvenci DNA se přidává do všech vzorků před automatizovanou přípravou vzorků a je amplifikována a detekována současně s každým vzorkem a monitoruje tak celý proces.

Principy postupu Příprava vzorků Příprava vzorku testu cobas® Cdiff je automatizována díky použití zařízení cobas x 480. Organizmy jsou rozštěpeny chaotropním činidlem, proteinázou K a činidly SDS. Uvolněné nukleové kyseliny spolu s přidanou DNA interní kontroly jsou navázány na magnetické skleněné částice. Tyto jsou promyty a poté eluovány v malém množství pufru. Zařízení poté vezme alikvotní část eluovaného materiálu a připraví PCR reakci pomocí aktivovaného činidla Master Mix. PCR amplifikace a detekce pomocí TaqMan® Kroky cyklu PCR a detekce cílového signálu probíhají na analyzátoru cobas z 480. Činidlo Master Mix obsahuje páry primerů a sond, které jsou specifické pro dva cíle: jak pro toxin B, tak i pro vnitřní kontrolu. Pokud jsou přítomny cílové sekvence nukleové kyseliny, dojde k amplifikaci odpovídajícími primery termostabilní polymerázou DNA, čímž se vytvoří produkty PCR (amplikon). Tyto produkty jsou detekovány specifickými sondami TaqMan obsahujícími fluorescenční barvivo a tlumicí barvivo. Za normálních okolností tlumicí barvivo potlačí fluorescenci barviva. Pokud je však přítomen produkt PCR, sonda se hybridizuje na produkt a rozštěpí se 5' až 3' nukleázovou aktivitou polymerázy. Tato reakce umožňuje fluorescenci barviva a tento signál je zaznamenán v reálném čase každého cyklu PCR analyzátorem cobas z 480. Signál je interpretován softwarem systému cobas® 4800 a hlášen jako konečné výsledky.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

5

cobas® Cdiff Test

Selektivní amplifikace Selektivní amplifikace cílové nukleové kyseliny ze vzorku se dosahuje v testu cobas® Cdiff použitím enzymu AmpErase (uracil-N-glykosylázy) a deoxyuridin-trifosfátu (dUTP). Enzym AmpErase rozpoznává a katalyzuje destrukci vláken DNA obsahujících deoxyuridin23, ale vynechává DNA obsahující deoxythymidin. Deoxyuridin se v přirozené DNA nevyskytuje, je však vždy přítomen v amplikonu díky tomu, že se jako jeden z dNTP v činidle Master Mix místo thymidintrifosfátu používá deoxyuridintrifosfát; proto je deoxyuridin obsažen pouze v amplikonu. V důsledku přítomnosti deoxyuridinu je kontaminující amplikon citlivý vůči destrukci enzymem AmpErase před amplifikací cílové DNA. Enzym AmpErase, který je obsažen ve směsi činidla Master Mix, katalyzuje štěpení DNA obsahující deoxyuridin v místě deoxyuridinového zbytku rozevřením deoxyribozového řetězce v pozici C1. Když je řetězec amplikonové DNA v prvním tepelně cyklizačním kroku při alkalickém pH směsi činidla Master Mix zahříván, štěpí se v poloze deoxyuridinu, čímž se DNA stává neamplifikovatelnou. Enzym AmpErase je při teplotách nad 55 °C, tj. během fází tepelného cyklu, neaktivní, a proto cílový amplikon nerozkládá. Bylo prokázáno, že test cobas® Cdiff inaktivuje nejméně 1000 kopií amplikonů C. difficile obsahujících deoxyuridin na PCR.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

6

cobas® Cdiff Test

Materiály, činidla a vzorky Materiály a činidla, která jsou součástí dodávky Soupravy/Kazety

Množství na test

Součásti a složky činidel

Bezpečnostní symboly a varování Xi 93 % (hm.) Isopropanol

MGP ®

cobas 4800 System Sample Preparation Kit Souprava pro přípravu vzorků pro systém ® cobas 4800 240 testů (P/N: 05235782190)

(Magnetické skleněné částice pro ® systém cobas 4800) Magnetické skleněné částice

Dráždivý 10 x 4,5 ml

F 93 % (hm.) Isopropanol

93 % Isopropanol Vysoce hořlavý R:11-36-67, S:7-16-24/25-26 N/A

EB ®

(Eluční pufr pro systém cobas 4800) Pufr Tris-HCl

10 x 18 ml

0,09 % azid sodný Xi 93 % (hm.) Isopropanol MGP ®

cobas 4800 System Sample Preparation Kit Souprava pro přípravu vzorků pro systém ® cobas 4800 960 testů (P/N: 05235804190)

(Magnetické skleněné částice pro ® systém cobas 4800) Magnetické skleněné částice

Dráždivý 10 x 13,5 ml F 93 % (hm.) Isopropanol

93 % Isopropanol Vysoce hořlavý R:11-36-67, S:7-16-24/25-26 N/A

EB ®

(Eluční pufr pro systém cobas 4800) Pufr Tris-HCl

10 x 18 ml

0,09 % azid sodný

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

7

cobas® Cdiff Test

Soupravy/Kazety


Množství na test

LYS-1 ® (Lytický pufr 1 pro systém cobas 4800) Citrát sodný 10 x 24 testů 5 % Polydokanol 42,6 % guanidin thiokyanát Dithiothreitol

®

cobas 4800 System Lysis Kit 1 Souprava 1 s lytickým pufrem pro systém ® cobas 4800

PK ® (Proteináza K pro systém cobas 4800) Tris pufr EDTA Chlorid vápenatý 10 x 0,9 ml Octan vápenatý < 2,0 % proteináza K Glycerin

240 testů (P/N: 06768253190)

SDS ® (SDS činidlo pro systém cobas 4800) Pufr Tris-HCl Dodecyl sulfát sodný 0,09 % azid sodný

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

10 x 3 ml

Bezpečnostní symboly a varování

Nebezpečí H302 Zdraví škodlivý při požití. H317 Může vyvolat alergickou kožní reakci. H318 Způsobuje vážné poškození očí. H334 Při vdechování může vyvolat příznaky alergie nebo astmatu nebo dýchací potíže. H412 Škodlivý pro vodní organismy, s dlouhodobými účinky. EUH032 Uvolňuje vysoce toxický plyn při styku s kyselinami. P261 Zamezte vdechování prachu/ dýmu/plynu/mlhy/par/aerosolů. P264 Po manipulaci důkladně omyjte. P270 Při používání tohoto výrobku nejezte, nepijte ani nekuřte. P272 Kontaminovaný pracovní oděv neodnášejte z pracoviště. P273 Zabraňte uvolnění do životního prostředí. P280 Používejte ochranné rukavice/ ochranný oděv/ochranné brýle/ obličejový štít. P285 V případě nedostatečného větrání používejte vybavení pro ochranu dýchacích cest. P301 + P312 PŘI POŽITÍ: Necítíte-li se dobře, volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P302 + P352 PŘI STYKU S KŮŽÍ: Omyjte velkým množstvím vody a mýdla. P304 + P341 PŘI VDECHNUTÍ: Při obtížném dýchání přeneste postiženého na čerstvý vzduch a ponechte jej v klidu v poloze usnadňující dýchání. P305 + P351 + P338 PŘI ZASAŽENÍ OČÍ: Několik minut opatrně vyplachujte vodou. Vyjměte kontaktní čočky, jsou-li nasazeny a pokud je lze vyjmout snadno. Pokračujte ve vyplachování. P310 Okamžitě volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P330 Vypláchněte ústa. P333 + P313 Při podráždění kůže nebo vyrážce: Vyhledejte lékařskou pomoc/ošetření. P363 Kontaminovaný oděv před opětovným použitím vyperte. 8

cobas® Cdiff Test

Soupravy/Kazety

Množství na test


LYS-1 ®

(Lytický pufr 1 pro systém cobas 4800) Citrát sodný

10 x 96 testů

5 % Polydokanol 42,6 % guanidin thiokyanát Dithiothreitol

PK ®

(Proteináza K pro systém cobas 4800) ®

cobas 4800 System Lysis Kit 1 Souprava 1 s lytickým pufrem pro systém ® cobas 4800

Tris pufr

960 testů (P/N: 06768270190)

< 2,0 % proteináza K

EDTA Chlorid vápenatý

10 x 1,2 ml

Octan vápenatý Glycerin

SDS ®

(SDS činidlo pro systém cobas 4800) Pufr Tris-HCl Dodecyl sulfát sodný 0,09 % azid sodný

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

10 x 9 ml


Nebezpečí H302 Zdraví škodlivý při požití. H317 Může vyvolat alergickou kožní reakci. H318 Způsobuje vážné poškození očí. H334 Při vdechování může vyvolat příznaky alergie nebo astmatu nebo dýchací potíže. H412 Škodlivý pro vodní organismy, s dlouhodobými účinky. EUH032 Uvolňuje vysoce toxický plyn při styku s kyselinami. P261 Zamezte vdechování prachu/ dýmu/plynu/mlhy/par/aerosolů. P264 Po manipulaci důkladně omyjte. P270 Při používání tohoto výrobku nejezte, nepijte ani nekuřte. P272 Kontaminovaný pracovní oděv neodnášejte z pracoviště. P273 Zabraňte uvolnění do životního prostředí. P280 Používejte ochranné rukavice/ ochranný oděv/ochranné brýle/ obličejový štít. P285 V případě nedostatečného větrání používejte vybavení pro ochranu dýchacích cest. P301 + P312 PŘI POŽITÍ: Necítíte-li se dobře, volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P302 + P352 PŘI STYKU S KŮŽÍ: Omyjte velkým množstvím vody a mýdla. P304 + P341 PŘI VDECHNUTÍ: Při obtížném dýchání přeneste postiženého na čerstvý vzduch a ponechte jej v klidu v poloze usnadňující dýchání. P305 + P351 + P338 PŘI ZASAŽENÍ OČÍ: Několik minut opatrně vyplachujte vodou. Vyjměte kontaktní čočky, jsou-li nasazeny a pokud je lze vyjmout snadno. Pokračujte ve vyplachování. P310 Okamžitě volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P330 Vypláchněte ústa. P333 + P313 Při podráždění kůže nebo vyrážce: Vyhledejte lékařskou pomoc/ošetření. P363 Kontaminovaný oděv před opětovným použitím vyperte. 9

cobas® Cdiff Test

Soupravy/Kazety

Množství na test


®

cobas 4800 System Wash Buffer Kit Souprava promývacího ® pufru pro systém cobas 4800 240 testů (P/N: 05235863190)

N/A WB ®

(Promývací pufr pro systém cobas 4800)

10 x 55 ml

Dihydrát citrátu sodného 0,05 % N-metylizotiazolon HCl

®

cobas 4800 System Wash Buffer Kit Souprava promývacího ® pufru pro systém cobas 4800 960 testů (P/N: 05235871190)

N/A WB ®

(Promývací pufr pro systém cobas 4800)

10 x 200 ml

Dihydrát citrátu sodného 0,05 % N-metylizotiazolon HCl N/A

IC-1 ®

cobas 4800 System Internal Control Kit 1 Souprava 1 vnitřní ® kontroly systému cobas 4800 20 cyklů (P/N: 06768318190)


®

(cobas 4800 IC-1) Tris pufr EDTA < 0,01 % Poly rA RNA (syntetická)

20 cyklů

0,05 % azid sodný < 0,01 % neinfekční, syntetická DNA vnitřní kontroly zapouzdřená v bílkovině s bakteriofágním obalem Lambda Cdiff MMX

N/A ®

(Cdiff Master Mix pro cobas ) Tricinový pufr EDTA DMSO ®

cobas 4800 Cdiff Amplification/Detection Kit Souprava pro amplifikaci/detekci Cdiff ® pro systém cobas 4800 80 testů (P/N: 06768237190)

Octan draselný Hydroxid draselný Tween 20 < 0,19 % dATP, dCTP, dGTP, dUTP < 0,01 % upstream a downstream primery C. difficile a vnitřní kontroly

10 x 8 testů

< 0,01 % fluorescenčně značené sondy C. difficile a vnitřní kontroly < 0,01 % oligonukleotidový aptamer < 0,01 % Z05 DNA polymeráza (mikrobiální) < 0,02 % enzym AmpErase (uracil-Nglykosyláza) (mikrobiální) 0,09 % azid sodný

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

10

cobas® Cdiff Test

Soupravy/Kazety

Množství na test

Součásti a složky činidel Cdiff MMX

Bezpečnostní symboly a varování N/A

®

(Cdiff Master Mix pro cobas ) Tricinový pufr EDTA DMSO ®

cobas 4800 Cdiff Amplification/Detection Kit Souprava pro amplifikaci/detekci Cdiff ® pro systém cobas 4800 240 testů (P/N: 06768261190)

Octan draselný Hydroxid draselný Tween 20 < 0,19 % dATP, dCTP, dGTP, dUTP 10 x 24 testů

< 0,01 % upstream a downstream primery C. difficile a vnitřní kontroly < 0,01 % fluorescenčně značené sondy C. difficile a vnitřní kontroly < 0,01 % oligonukleotidový aptamer < 0,01 % Z05 DNA polymeráza (mikrobiální) < 0,02 % enzym AmpErase (uracil-Nglykosyláza) (mikrobiální) 0,09 % azid sodný

N/A

Cdiff (+) C ®

(Pozitivní kontrola Cdiff cobas ) Tris pufr EDTA 10 sad

< 0,01 % Poly rA RNA (syntetická) 0,05 % azid sodný

®

cobas 4800 Cdiff Controls and Cofactor Kit Souprava kontrol a kofaktorů Cdiff pro ® zařízení cobas 4800 10 cyklů (P/N: 06768300190)

< 0,01 % neinfekční plazmid DNA (mikrobiální) obsahující sekvenci C. difficile N/A

(–) C ®

(Negativní kontrola pro systém cobas 4800) Tris pufr

10 sad

EDTA 0,05 % azid sodný < 0,01 % Poly rA RNA (syntetická) N/A

Cofactor-3 ®

(Kofaktor-3 cobas 4800) Octan manganatý Octan hořečnatý

10 cyklů

Albumin bovinního séra z bovinní plazmy z USA 0,09 % azid sodný 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

11

cobas® Cdiff Test

Skladování a manipulace s činidly Skladovací teplota

Činidlo

Doba skladování

®

cobas 4800 System Sample Preparation Kit ® Souprava pro přípravu vzorků pro systém cobas 4800

2-8 °C

Stabilní do uvedeného data použitelnosti

2-8 °C


2-8 °C


2-8 °C


2-8 °C


15-25 °C


®

cobas 4800 System Lysis Kit 1 ® Souprava 1 s lytickým pufrem pro systém cobas 4800 ®

cobas 4800 System Internal Control Kit 1 ® Souprava 1 vnitřní kontroly systému cobas 4800 ®

cobas 4800 Cdiff Amplification/Detection Kit ® Souprava pro amplifikaci/detekci Cdiff pro systém cobas 4800 ®

cobas 4800 Cdiff Controls and Cofactor Kit ® Souprava kontrol a kofaktorů Cdiff pro zařízení cobas 4800 ®

cobas 4800 System Wash Buffer Kit ® Souprava promývacího pufru pro systém cobas 4800 Poznámka: Činidla nezmrazujte.

Datum použitelnosti činidla je vytvořeno na základě koordinovaného univerzálního času (UTC). Místní čas data použitelnosti činidla může být upraven až o plus nebo mínus 12 hodin, podle místního časového pásma vůči UTC.

Další potřebný materiál Materiál

P/N

Špičky CORE, 1000 µl, stojan s 96 ks

04639642001

Zásobník na činidla 50 ml

05232732001

Zásobník na činidla 200 ml

05232759001 ®

Extrakční destička pro systém cobas 4800 (s hlubokými jamkami)

05232716001

Mikrotitrační destička a zalepovací fólie pro systém ® cobas 4800, destička 0,3 ml a zalepovací fólie

05232724001

Aplikátor zalepovací fólie

04900383001

Nosič s 24 pozicemi

04639502001

Pytel na pevný odpad

05530873001 (malý) nebo 04691989001 (velký)

Plastová skluzavka na odpad Hamilton STAR ®

04639669001

Souprava s médiem cobas PCR a vzorky s výtěry

07051891190

Rukavice na jedno použití bez pudru

Jakékoliv rukavice na jedno použití bez pudru.

Vortex mixer (pro jednu zkumavku)

Jakýkoliv vířivý mixér.

Centrifuga s kyvnou nádobou rotoru s min. otáčkami 1500

Jakákoliv vhodná centrifuga.

Více informací ohledně samostatně prodávaných materiálů získáte u svého místního zástupce společnosti Roche.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

12

cobas® Cdiff Test

Volitelné materiály Materiál

P/N

Zalepovací fólie nebo kryt destičky s hlubokými jamkami

Roche 04789288001 nebo Hamilton 6474-01

Uzávěry, neutrální barva (pro opětovné uzavření vzorků po zpracování)

Sarstedt 65.176.026

Více informací ohledně volitelných materiálů získáte u svého místního zástupce společnosti Roche.

Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky ®

Systém cobas 4800 Zařízení cobas x 480 Analyzátor cobas z 480 Řídicí jednotka ®

®

Software cobas Cdiff AP pro systém cobas 4800 verze 1.0.1 nebo vyšší ®

Aplikační software (hlavní) pro systém cobas 4800 verze 2.1.0 nebo vyšší Více informací ohledně samostatně prodávaných materiálů získáte u svého místního zástupce společnosti Roche.

Bezpečnostní opatření a požadavky na manipulaci Upozornění a bezpečnostní pokyny Jak je tomu při každém testovacím postupu, je pro správné fungování tohoto testu zásadním požadavkem dodržovat principy správné laboratorní praxe. Vzhledem k vysoké analytické citlivosti testu je třeba dbát opatrnosti, aby mezi činidly, vzorky a amplifikačními směsmi nedošlo ke kontaminaci. · · · ·

·

· ·

Pouze pro účely diagnostiky in vitro. Zamezte mikrobiální a DNA kontaminaci činidel a vzorků. Bezpečnostní listy (SDS) zašle na vyžádání Vaše místní pobočka společnosti Roche. Činidlo LYS-1 obsahuje guanidinthiokyanát. Nesmí dojít k přímému kontaktu guanidinthiokyanátu a chlornanu sodného (bělicí prostředek) nebo jiných vysoce reaktivních činidel jako jsou kyseliny nebo zásady. Z těchto směsí by se mohl uvolňovat škodlivý plyn. MGP obsahuje isopropanol a je vysoce hořlavý. Uchovávejte mimo otevřený oheň a prostředí, ve kterém se mohou vytvářet jiskry. Zamezte expozici MGP vůči zdrojům magnetického pole. EB, Cdiff MMX, SDS, Cofactor-3, (–)C, Cdiff (+)C a IC-1 obsahují azid sodný.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

13

cobas® Cdiff Test

Další varování, upozornění a postupy pro snížení nebezpečí kontaminace zařízení cobas x 480 nebo analyzátoru cobas z 480 najdete v příslušné příručce systému pro systém cobas® 4800. Pokud existuje podezření na kontaminaci, proveďte čištění a týdenní údržbu dle popisu v příslušné příručce systému pro systém cobas® 4800. Pozn.: Konkrétní pokyny viz „Odběr, přeprava a skladování vzorků“. ·

Správná laboratorní praxe · · · ·

·

Nepipetujte ústy. V pracovních laboratorních prostorách nejezte, nepijte a nekuřte. Po práci se vzorky a činidly si důkladně umyjte ruce. Při práci s jakýmikoliv činidly používejte rukavice na jedno použití, pracovní oděv a ochranné brýle. Dbejte na to, aby se tyto materiály nedostaly do styku s pokožkou, očima nebo sliznicemi. Pokud ke styku dojde, okamžitě postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody. Pokud by byla tato opatření zanedbána, může dojít k popáleninám. Pokud dojde k rozlití, zřeďte je před vytřením dosucha vodou. Všechny pracovní plochy důkladně očistěte a vydezinfikujte čerstvě připraveným 0,5% roztokem chlornanu sodného v destilované nebo deionizované vodě (zředěný bělicí prostředek pro domácnosti 1:10). Dále povrch otřete 70% etanolem.

Kontaminace ·

· ·

·

Je nutné nosit rukavice. Aby nedošlo ke kontaminaci, musí se rukavice vyměnit mezi manipulací se vzorky a manipulací s činidly cobas® Cdiff. Zabraňte kontaminaci rukavic při manipulaci se vzorky a kontrolami. Při práci se vzorky a soupravami činidel používejte laboratorní rukavice, laboratorní pláště a ochranné brýle. Zamezte mikrobiální a ribonukleázové kontaminaci činidel. Pokud se během zacházení se vzorkem nezabrání kontaminaci vzorků, mohou být získány falešně pozitivní výsledky. Manipulace se vzorky se musí řídit pravidly pro zacházení s infekčním materiálem. Musí být používány bezpečné laboratorní postupy, např. postupy uvedené v publikaci Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories24 a v dokumentu CLSI M29-A4.25

Integrita · · · · ·

Nepoužívejte soupravy po uplynutí data použitelnosti. Činidla nemíchejte. Položky k jednorázovému použití nepoužívejte po uplynutí doby použitelnosti. Všechny položky k jednorázovému použití použijte jen jednou. Pufr znovu nepoužívejte. Veškeré vybavení je nutné řádně udržovat podle pokynů výrobce.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

14

cobas® Cdiff Test

Likvidace Činidla pro systém cobas® 4800 a činidla specifická pro test cobas® Cdiff obsahují azid sodný (viz „Upozornění a bezpečnostní pokyny“). Ten může reagovat s olověným nebo měděným potrubím a vytvářet vysoce explozivní kovové azidy. Při likvidaci roztoků obsahujících azid sodný do laboratorního umyvadla propláchněte odtok velkým množstvím studené vody, abyste tak zabránili vytváření azidů. · Nespotřebovaná činidla a odpad likvidujte v souladu s celostátními a místními předpisy. Pozn.: Likvidace kapalného odpadu viz příslušná příručka systému pro systém cobas® 4800. ·

Rozlití a čištění ·

·

·

Činidlo LYS-1 obsahuje guanidinthiokyanát. Pokud se kapalina obsahující guanidinthiokyanát rozlije, postižené místo vyčistěte vodou s vhodným laboratorním detergentem. Jestliže rozlitá kapalina obsahuje potenciálně infekční látky, vyčistěte místo NEJPRVE vodou s vhodným laboratorním detergentem a potom 0,5% chlornanem sodným. Pokud dojde k rozlití kapaliny na zařízení cobas® 4800, řiďte se při čištění pokyny v příslušné příručce systému pro systém cobas® 4800. K čištění zařízení cobas x 480 nebo analyzátoru cobas z 480 nepoužívejte roztok chlornanu sodného (bělidlo). Dojde-li k rozlití na zařízení cobas x 480 nebo na analyzátor cobas z 480, postupujte podle pokynů v příslušné příručce systému pro systém cobas® 4800.

Odběr, přeprava a skladování vzorků Pozn.: Se všemi vzorky je třeba zacházet jako s infekčními. Odběr vzorků Odeberte kašovitý vzorek stolice do sterilní nádobky. Vzorky by měly být odebrány v souladu se standardními postupy vaší instituce. Přeprava, skladování a stabilita vzorků Kašovité vzorky stolice jsou stabilní při teplotě 2–30 °C po dobu 2 dní nebo 2–8 °C po dobu 7 dní a při teplotě –20 °C po dobu 60 dní před testováním na systému cobas® 4800 (bylo prokázáno testováním vzorků po skladování při teplotě 30±1 °C po dobu 2 dní, následně při teplotě 2–8 °C po dobu 5 dní a následně při teplotě –20 °C po dobu 60 dní). Vzorek stolice smíchaný s médiem cobas® PCR je stabilní 60 dní při teplotě 2–8 °C nebo 7 dní při teplotě 30 °C před testováním na systému cobas® 4800. Při přepravě vzorků C. difficile je třeba dodržovat celostátní i místní předpisy pro přepravu infekčních biologických materiálů.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

15

cobas® Cdiff Test

Postup testu Spuštění testu Pracovní postup Obrázek 1:

®

Pracovní postup testu cobas Cdiff

1

Spusťte systém.

2

Proveďte údržbu systému.

3

Vyjměte vzorky a činidla z místa skladování.

4

Spusťte cyklus: · Do nosičů naplňte vzorky.

5

S LIS: potvrďte objednávku. Bez LIS: vytvořte objednávku.

6

Zaveďte spotřební materiál (destičku s hlubokými jamkami, mikrotitrační destičku, stojany na špičky) a činidla

7

Spusťte cyklus přípravy vzorku

8

Vyjměte a zalepte mikrotitrační destičku

9

Vyjměte vzorky, použitá činidla a destičku s hlubokými jamkami.

10

Zaveďte mikrotitrační destičku do analyzátoru

11

Zkontrolujte výsledky

12

S LIS: odešlete výsledky do LIS

13

Vyprázdněte analyzátor

Návod k použití Všechna činidla kromě Cdiff MMX a Cofactor-3 musí mít před vložením do zařízení cobas x 480 okolní teplotu laboratoře. Činidla Cdiff MMX a Cofactor-3 je možné vzít přímo z místa skladování o teplotě 2–8 °C, protože se budou vyrovnávat na okolní teplotu laboratoře v zařízení cobas x 480 do doby, než se použijí v procesu. Pozn.: Podrobné provozní pokyny pro test cobas® Cdiff naleznete v příslušné uživatelské příručce pro systém cobas® 4800. Velikost cyklu

Systém cobas® 4800 je navržen tak, aby podporoval cykly se smíšenými dávkami mezi testy cobas® MRSA/SA, cobas® Cdiff a cobas® HSV 1 a 2. Generická souprava pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800 (Sample Preparation Kit), generická souprava cobas® 4800 1 s lytickým pufrem pro systém (System Lysis Kit) a generická souprava promývacího pufru pro systém cobas® 4800 (Wash Buffer Kit) jsou k dispozici ve dvou velikostech souprav, každá obsahuje množství činidel dostatečné pro 10 cyklů po 24 nebo 96 vzorcích, které zahrnují kontroly a vzorky pro všechny potřebné testy. 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

16

cobas® Cdiff Test

Souprava pro amplifikaci/detekci cobas® 4800 Cdiff je dostupná ve dvou velikostech, každá obsahuje množství činidel dostatečné pro 80 nebo 240 vzorků, které zahrnují kontroly Cdiff a vzorky pro zpracování. V jednom cyklu je možné použít několik lahviček činidla cobas® 4800 Cdiff Master Mix, pokud jsou soupravy stejné velikosti. Generická souprava 1 interní kontroly pro systém cobas® 4800 (Internal Control Kit) a souprava kontrol a kofaktoru cobas® 4800 Cdiff (Controls and Cofactor Kit) jsou k dispozici v jedné velikosti soupravy a je vhodná pro všechny konfigurace cyklu. Pro každý cyklus obsahující vzorky C. difficile musí být použita jedna pozitivní kontrola cobas® 4800 Cdiff a jedna negativní kontrola pro systém cobas® 4800 (viz „Kontrola kvality“). Pro jeden cyklus testu je povolen maximální počet 94 vzorků a 2 kontroly. Pozn.: Pro cyklus s 1–22 vzorky lze použít i generické činidlo pro 96 testů, i když činidla nebudou v takovém případě optimálně využita. Různé velikosti soupravy promývacího pufru pro systém cobas® 4800 (WB), soupravy pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800 a soupravu 1 s lytickým činidlem pro systém cobas® 4800 však nelze míchat. Pokud je například na začátku cyklu nasnímána láhev s činidlem WB pro 96 testů, musí být použita také činidla z dalších dvou souprav pro 96 testů. Pozn.: Pro cyklus s 1–6 vzorky C. difficile lze použít i činidlo pro 24 testů cobas® 4800 Cdiff MMX, i když činidla nebudou v takovém případě optimálně využita. Podrobnosti o změně velikosti soupravy viz příslušná uživatelská příručka pro systém cobas® 4800, pro test cobas® Cdiff a část „Plnění činidel“. Pracovní postup

Test cobas® Cdiff se provádí s použitím úplného pracovního postupu v softwaru cobas® 4800. Skládá se z přípravy vzorku na zařízení cobas x 480 a poté následuje amplifikace a detekce na analyzátoru cobas z 480. Lze použít pouze cyklus pro test Cdiff, nebo testy se smíšenými dávkami s testy cobas® MRSA/SA a/nebo cobas® HSV 1 a 2. Podrobnosti viz část „Provedení úplného pracovního postupu“ a příslušná uživatelská příručka pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff. ®

Přenos vzorků do zkumavky s médiem cobas PCR

1. K přenosu stolice do zkumavky s médiem cobas® PCR používejte jeden polyesterový smotek – druhý smotek dodávaný v balení zlikvidujte. Špičku smotku zcela zasuňte do vzorku stolice až po konec rozšířené části bez toho, abyste se dotkli stěny nádobky na stolici, poté smotek rychle vyjměte a naočkovaný ho vložte do zkumavky s médiem cobas® PCR. Vzorek netestujte, pokud nádobka neobsahuje dostatek stolice pro plné ponoření špičky smotku. 2. Tlakem na stranu zkumavky zlomte tyčinku smotku v místě šedé značky. Zkumavku uzavřete a minimálně 5sekundovým vířením promíchejte. Otevřete zkumavku a vložte ji do nosiče zkumavek pro 24 vzorků pro zpracování. Zlikvidujte víčka. Pozn.: Test cobas® Cdiff byl validován pro použití se soupravou s médiem cobas® PCR a vzorky s výtěry. Nepoužívejte jiná zařízení nebo typy médií. Pozn.: K přenosu stolice používejte jen jeden polyesterový smotek. Nadměrné množství stolice přenesené do zkumavky s médiem cobas® PCR může mít za následek ucpání a/nebo neplatné výsledky.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

17

cobas® Cdiff Test

Pozn.: Pro zpracování v zařízení cobas x 480 musí být vzorky se stolicí přeneseny do zkumavek s médiem cobas® PCR, které jsou označeny příslušným čárovým kódem. Prostudujte si příslušnou příručku systému pro systém cobas® 4800, kde najdete příslušné postupy správného označování pomocí čárového kódu a seznam přípustných čárových kódů pro systém cobas® 4800. Pozn.: Aby nedošlo ke křížové kontaminaci suspenzí vzorků se stolicí v nádobce s médiem cobas® PCR, je nutné po zpracování vzorků použít pro uzavření nádobky se vzorkem s médiem cobas® PCR další uzávěry jiné barvy (neutrální, viz „Volitelné materiály“). Pozn.: Médium cobas® PCR obsahuje dostatečné množství pro několikanásobné testování suspenze stolice v systému cobas® 4800. Minimální objem suspenze stolice ve zkumavce s médiem cobas® PCR nutný k provedení cyklu cobas® Cdiff je 3 ml. ®

Provedení testu cobas Cdiff

Pozn.: Je možné provést cykly se smíšenými dávkami testů cobas® MRSA/SA a cobas® Cdiff a/nebo cobas® HSV 1 a 2. Další informace pro test cobas® Cdiff naleznete v příslušné uživatelské příručce pro systém cobas® 4800. 1. Podle pokynů v příslušné příručce systému pro systém cobas® 4800 v části „Údržba systému“ zapněte systém a proveďte údržbu. 2. Nachystejte si všechna činidla a potřebný spotřební materiál. Činidla musí mít ve chvíli, kdy je spuštěn cyklus, pokojovou teplotu, s výjimkou činidel cobas® Cdiff MMX a Cofactor-3. Pozn.: Veškerá činidla a zásobníky na činidla jsou označená čárovým kódem a jsou určena pro jedno použití. Software zařízení cobas® 4800 sleduje použití činidel a zásobníků na činidla a vyřazuje již dříve použitá činidla nebo zásobníky na činidla. 3. Spusťte nový cyklus a definujte objednávku pro cyklus. Existují tři způsoby, jak vytvářet objednávku: Pomocí editoru vzorků před zavedením stojanu na vzorky do zařízení cobas x 480 (tlačítko „Editor“ se nachází na pravé straně hlavní nabídky). Objednávky je možné v případě potřeby uložit, upravit a znovu nahrát. · Pomocí softwarového průvodce pro nový cyklus a zavedení (naplnění) vzorků do zařízení cobas x 480, jakmile je k tomu uživatel vyzván. Čárové kódy budou automaticky nasnímány a musí být definovány požadované výsledky pro každý vzorek. · Pomocí systému LIS vašeho zdravotnického zařízení. Další informace viz příslušná uživatelská příručka pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff. Při výběru požadovaných výsledků zatrhněte „Cdiff“. ·

4. Zaveďte vzorky a definujte/zvolte objednávku nebo použijte LIS dle potřeby. Možnost „Unload sample carriers after transferring to deep well plate“ je zvolena jako výchozí. To umožňuje obsluze získat zbývající vzorky suspenze stolice, jakmile je to možné poté, co byly rozděleny na alikvotní části pomocí zařízení cobas x 480. Pokud je nutné vzorky uskladnit, musí být nádobky se vzorky suspenze stolice opět uzavřeny pomocí nového uzávěru (viz „Volitelné materiály“). 5. Při vkládání spotřebního materiálu postupujte podle softwarového průvodce. Nedoplňujte jednotlivé špičky do částečně použitého stojanu na špičky, ani je nevytahujte, protože software sleduje počet zbývajících špiček. Pokud zde není dostatek špiček pro uskutečnění cyklu, software vydá varování pro uživatele. 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

18

cobas® Cdiff Test

6. Vložte činidla pro přípravu vzorků do zásobníků na činidla označených čárovým kódem. Zásobníky na činidla jsou k dispozici ve dvou velikostech: 200 ml a 50 ml. Při výběru správné velikosti zásobníku na činidla postupujte podle softwarového průvodce. Čárové kódy zásobníků na činidla musí směřovat na pravou stranu nosiče. Pro činidla pro přípravu vzorků použijte metodu „naskenovat-naskenovat-nalít-umístit“: Naskenujte čárový kód lahvičky s činidlem. · Naskenujte čárový kód zásobníku na činidla. · Nalijte činidlo do zásobníku na činidla. · Vložte naplněný zásobník na činidla na určenou pozici do nosiče činidel. Pozn.: Systém cobas® 4800 je vybaven vnitřními hodinami, které monitorují čas, po který jsou činidla umístěná v přístroji. Jakmile je WB naskenováno, je k dispozici 1 hodina na provedení vkládání a kliknutí na tlačítko Start. Na záložce „Workplace“ se zobrazí ubíhající čas. Jestliže vyprší čas, po který mohou být činidla umístěná v přístroji, systém nedovolí spuštění cyklu. ·

Pozn.: Aby přenos MGP proběhl správně, bezprostředně před dávkováním do zásobníku na činidla lahvičku s MGP protřepejte na třepačce nebo s ní silně zatřepejte. 7. Umístěte činidla pro amplifikaci/detekci (Cdiff MMX a Cofactor-3), proteinázu K (PK) a kontroly [Cdiff (+) C, IC a (–) C] přímo do nosičů činidel. Aby se zabránilo kontaminaci, musí si obsluha po manipulaci s pozitivními kontrolami vyměnit rukavice. Pozn.: Softwarový průvodce vypočítá optimální množství a velikost činidla cobas® Cdiff MMX. Tyto údaje budou uvedeny ve sloupci „Kit size“ na obrazovce plnění MMX a Kofaktoru. Chcete-li použít jinou velikost činidla cobas® Cdiff MMX, klikněte na tlačítko „Change kit size“. 8. Po úspěšném cyklu přípravy vzorků budou k dispozici tlačítka „Sample Preparation results“ a tlačítko „Unload“. Pokud si přejete, zvolte tlačítko „Sample Preparation results“, abyste mohli zkontrolovat výsledky a poté zvolte tlačítko „Unload“, abyste mohli vyjmout nosič destiček. Můžete také zvolit tlačítko „Unload“ pro vyjmutí nosiče destiček bez prohlížení výsledků. Viz příslušná uživatelská příručka pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff. 9. Postupujte podle pokynů v příslušné uživatelské příručce pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff a zalepte mikrotitrační destičku, přeneste destičku do analyzátoru cobas z 480 a spusťte cyklus amplifikace a detekce. Pozn.: Systém cobas® 4800 má vnitřní hodiny, které monitorují čas po přidání připravených vzorků do aktivního Master mixu. Amplifikaci a detekci je nutné spustit co nejdříve, ale ne později než 90 minut po dokončení cyklu zařízení cobas x 480. Na záložce „Workplace“ se zobrazí ubíhající čas. Jestliže vyprší čas, systém ukončí cyklus. 10. Po dokončení cyklu amplifikace a detekce vyjměte mikrotitrační destičku z analyzátoru cobas z 480. 11. Chcete-li prohlédnout a přijmout výsledky, řiďte se pokyny v příslušné uživatelské příručce pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

19

cobas® Cdiff Test

Výsledky Kontrola kvality a platnosti výsledků Jedna sada pozitivních a negativních kontrol testu cobas® Cdiff je zařazena do každého cyklu. U každého cyklu musí mít jak pozitivní, tak i negativní kontrola platný výsledek v softwaru cobas® 4800, aby bylo možné zobrazit výsledky testu cobas® Cdiff z daného cyklu. Pozitivní kontrola Kontrola Cdiff (+) obsahuje neinfekční DNA plazmidy C. difficile. Kontrola Cdiff (+) monitoruje kroky extrakce nukleové kyseliny, amplifikace a detekce v daném cyklu testu. Výsledek kontroly Cdiff (+) musí být „Valid“. Pokud jsou výsledky testu kontroly Cdiff (+) soustavně neplatné, spojte se s místním zastoupením firmy Roche a vyžádejte si technickou pomoc. Negativní kontrola Výsledek kontroly (–) musí být „Valid“. Pokud jsou výsledky testu kontroly (–) soustavně neplatné, spojte se s místním zastoupením firmy Roche a vyžádejte si technickou pomoc. Vnitřní kontrola Vnitřní kontrola je rekombinantní bakteriofág lambda, která obsahuje randomizované sekvence a cíle pro primery a sondu specifické pro vnitřní kontrolu. Vnitřní kontrola se přidává ke všem vzorkům a pozitivním a negativním kontrolám během přípravy vzorku na zařízení cobas x 480. Vnitřní kontrola monitoruje kroky extrakce nukleové kyseliny, amplifikace a detekce u daného vzorku. Vnitřní kontrola je také nutná pro validaci kontrol cyklu.

Interpretace výsledků Pozn.: Veškerou validaci testů a cyklů provádí software cobas® 4800. Pozn.: Platný cyklus může zahrnovat jak platné tak i neplatné výsledky vzorků. Jestliže je cyklus platný, lze výsledky vzorků interpretovat dle uvedeného způsobu (viz Tabulka 1).

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

20

cobas® Cdiff Test

Tabulka 1

®

Vyhodnocení výsledků testu cobas Cdiff ®

Test cobas Cdiff POS Cdiff

NEG Cdiff

Výsledkový protokol a interpretace Cdiff pozitivní Vzorek je pozitivní na přítomnost DNA C. difficile. Cdiff negativní* Pokud se ve vzorku nachází DNA C. difficile, nebylo možné ji detekovat. Neplatné

Neplatné

Výsledek je neplatný. Pro získání platného výsledku je nutné původní vzorek testovat znovu. Na zkumavku se suspenzí stolice s neplatným výsledkem vložte nové víčko ® a viřte alespoň 5 sekund. Do zkumavky s médiem cobas PCR přidejte 0,5 ml vířené suspenze stolice. Zředěnou zkumavku uzavřete a minimálně 5sekundovým vířením promíchejte. Otevřete zkumavku se zředěným vzorkem a vložte ji do nosiče zkumavek pro 24 vzorků pro zpracování. Pro vzorek není žádný výsledek

Failed

Chcete-li prohlédnout příznaky cyklu a doporučené kroky, podívejte se do příslušné ® ® uživatelské příručky pro systém cobas 4800 pro test cobas Cdiff. Ve výjimečných případech, když dojde k chybě při pipetování (např. k ucpání nebo jinému zablokování), je nutné původní zkumavku se suspenzí vzorku stolice uzavřít novým víčkem a vložit do centrifugy. Zrychlujte až na otáčky 1800 RCF (nebo 1800 x g) a poté zastavte. Dbejte na to, abyste lahvičkou po víření již netřepali ani nemíchali. Otevřete zkumavku a vložte ji do nosiče zkumavek pro 24 vzorků pro zpracování.

* Negativní výsledek nevylučuje přítomnost DNA C. difficile, protože výsledky závisí na adekvátním odběru vzorku, absenci inhibitorů a dostatečném množství DNA k detekci. Pokud vzorek obsahuje nadměrné množství stolice nebo inhibiční látky, které brání extrakci nebo amplifikaci a detekci cílové nukleové kyseliny, mohou být získány neplatné výsledky. Známé interferující látky viz „Procedurální omezení“. ®

Pozn.: Minimální objem suspenze stolice pro test cobas Cdiff je 3 ml.

PROCEDURÁLNÍ OMEZENÍ 1. Test cobas® Cdiff byl validován pouze pro použití s kašovitými vzorky stolice, které byly přeneseny do média cobas® PCR podle tohoto návodu k použití. 2. K získání spolehlivých výsledků je třeba dodržovat příslušné postupy odběru, transportu, skladování a zpracování vzorků. Řiďte se pokyny v tomto návodu k použití (také je zmiňován jako příbalový leták) a příslušné uživatelské příručce pro systém cobas® 4800 pro test cobas® Cdiff. 3. Detekce DNA C. difficile závisí na počtu organizmů přítomných ve vzorku a může být ovlivněna metodou odběru/zpracování vzorku, hospitalizací, léčbou pomocí antibiotik a kmeny C. difficile. 4. Falešné negativní nebo neplatné výsledky se mohou objevit v důsledku interference způsobené různými látkami. V testu cobas® Cdiff je zahrnuta interní kontrola, která napomáhá identifikovat vzorky obsahující látky, které mohou interferovat s izolací nukleové kyseliny a PCR amplifikací. Mezi známé interference patří kromě jiných následující: ·

Vzorky obsahující více než 25 % (hm./obj.) mucinu na smotek mohou vytvářet falešně negativní výsledky.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

21

cobas® Cdiff Test

5. Pozitivní výsledek svědčí o přítomnosti DNA C. difficile a nemusí být nutně důkazem přítomnosti životaschopných organismů. Pozitivní výsledek tedy nemusí nutně svědčit o neúspěšné eradikační léčbě. 6. Mutace nebo polymorfizmy ve vazebných oblastech primeru nebo sondy mohou ovlivnit detekci nových nebo neznámých variant, což vede k falešně negativnímu výsledku testu cobas® Cdiff. 7. Prediktivní hodnota testu závisí na prevalenci onemocnění v určité populaci. 8. Přidání enzymu AmpErase k činidlu cobas® 4800 Cdiff Master Mix umožňuje selektivní amplifikaci cílové DNA. Aby se však předešlo kontaminaci činidel a amplifikačních směsí, je třeba uplatňovat zásady správné laboratorní praxe a důsledně dodržovat postupy uvedené v tomto návodu k použití. 9. Tento produkt smí používat pouze personál vyškolený v technikách PCR a v používání systému cobas® 4800. 10. Pouze zařízení cobas x 480 a analyzátor cobas z 480 byla validována pro použití s tímto produktem. S tímto produktem se nesmí používat žádné jiné zařízení na přípravu vzorků nebo jiný systém PCR. 11. Vzhledem k rozdílům mezi technologiemi se doporučuje, aby uživatelé před přechodem od jedné technologie k druhé provedli ve své laboratoři studie pro stanovení rozdílů mezi těmito technologiemi a verifikovali nový postup. 12. Křížová kontaminace může způsobit falešně pozitivní výsledky. Systém cobas® 4800 je automatizovaný přístroj pro PCR v reálném čase navržený k minimalizaci rizika křížové kontaminace během zpracování vzorků, extrakce nukleové kyseliny, amplifikace a detekce. K vyzkoušení odolnosti systému byla simulována neklinická šachovnicová studie na panelu střídavě vysoce pozitivních a negativních upravených vzorků za účelem vyhodnocení teoretické míry křížové kontaminace systému. Vysoce pozitivní vzorky měly hodnoty Ct dříve než by bylo pozorováno u 95 % infikovaných pacientů v populaci pro daný účel použití. Míra křížové kontaminace v této šachovnicové studii byla stanovena na 0,24 % (1/423). Míry křížové kontaminace v klinickém prostředí závisí na podílu vysoce pozitivních vzorků a prevalence onemocnění. Očekává se, že míry křížové kontaminace v běžném klinickém prostředí budou dramaticky nižší, než v této studii a je nutné je posoudit v prostředí uživatele.

Hodnocení neklinických funkčních parametrů Analytická citlivost Analytická citlivost (mez detekce neboli LOD) testu cobas® Cdiff byla stanovena analýzou kvantifikovaných kultur C. difficile naředěných do několika hladin koncentrace na negativním pozadí suspenze stolice v médiu cobas® PCR. Všechny hladiny byly analyzovány pomocí úplného pracovního postupu testu cobas® Cdiff ve třech jedinečných šaržích činidel pro test cobas® Cdiff. V každé hladině bylo testováno alespoň 21 replikátů na šarži činidel. Mez detekce (LOD) tohoto testu je definovaná jako cílová koncentrace, jež může být detekována jako pozitivní ve ≥ 95 % testovaných replikátů na základě výsledků dosažených se šarží činidel s nejhoršími parametry. Sedm kmenů C. difficile testovaných ve studii analytické citlivosti uvádí Tabulka 2.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

22

cobas® Cdiff Test

®

Tabulka 2

LOD (mez detekce) testu cobas Cdiff LOD (CFU/smotek) ID kmenu

Toxinotyp

Typ REA*

Typ † PFG

Ribotyp

Fenotyp

Podle poměru pozitivních

Podle analýzy Probit

ATCC 43255 (VPI 10463)

0

N/A

N/A

087

A+B+CDT-

113

90

ATCC BAA-1382 (630)

0

R 23

N/A

012

A+B+CDT-

81

83

CDC 204118

III

BI 8

NAP1

027

A+B+CDT+

54

42

R12087 (CD196)

III

BI

NAP1

027

A+B+CDT+

54

54

2748-06

V

N/A

N/A

078

N/A

54

45

ATCC 43598 (1470)

VIII

N/A

N/A

017

A-B+

225

130

XII

N/A

N/A

N/A

N/A

54

59

F15 †

*Analýza restrikční endonukleázy; Pulzní gelová elektroforéza

Detekce genotypů C. difficile Mez detekce (LOD) testu cobas® Cdiff s 28 toxikogenními kmeny reprezentujícími další toxinotypy byla verifikována testováním 40 replikátů v každé hladině koncentrace při různých koncentracích. Ředění a testování vzorků bylo připraveno stejným způsobem jako studie meze detekce popsána výše. Nejnižší hladiny, které měly alespoň 95% pozorovanou míru úspěšnosti, viz Tabulka 3. Všech 28 toxikogenních kmenů (Tabulka 3) bylo detekováno jako pozitivní ve ≥ 95 % replikátů testovaných v koncentracích od 77,9 CFU/smotek až 460 CFU/smotek. Tabulka 3

Shrnutí verifikačních výsledků toxikogenní C. difficile

Kmen

Toxinotyp

Ribotyp

Konc. (CFU/smotek)

Poměr pozitivních

EX 623

S

102

77,9

95,0 %

AC 008

II

103

77,9

95,0 %

SE 844

IIIa

080

234

100,0 %

55767

IV

023

77,9

100,0 %

SE 881

V

045

234

100,0 %

51377

VI

N/A

234

100,0 %

57267

VII

063

77,9

97,5 %

51680

IX

019

77,9

100,0 %

8864

X

036

77,9

97,5 %

R 9367

XIII

070

77,9

97,5 %

R 10870

XIV

111

234

100,0 %

R 9385

XV

122

234

100,0 %

SUC36

XVI

078

234

100,0 %

J9965

XVII

N/A

460

97,5 %

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

23

cobas® Cdiff Test

Tabulka 3

Shrnutí verifikačních výsledků toxikogenní C. difficile (pokračování)

Kmen

Toxinotyp

Ribotyp

Konc. (CFU/smotek)

Poměr pozitivních

K095

XVIII

014

234

95,0 %

TR13

XIX

N/A

234

97,5 %

TR14

XX

N/A

77,9

100,0 %

CH6223

XXI

N/A

234

100,0 %

CD07-468

XXII

N/A

234

100,0 %

8785

XXIII

N/A

234

95,0 %

597B

XXIV

131

234

97,5 %

7325

XXV

027

234

100,0 %

7459

XXVI

N/A

234

95,0 %

KK2443-2006

XXVII

N/A

234

100,0 %

CD08-070

XXVIII

126

234

97,5 %

CD07-140

XXIX

056

234

97,5 %

ES 130

XXX

N/A

234

100,0 %

WA 151

XXXI

N/A

460

100,0 %

Přesnost Vlastní přesnost na místě byla stanovena s použitím panelu složeného z kultur C. difficile zředěných v negativní suspenzi stolice v médiu cobas® PCR na hladiny koncentrace pod mezí detekce (LOD), blízko LOD a nad LOD testu cobas® Cdiff. Testována byla také negativní hladina zahrnující pouze suspenzi stolice v médiu cobas® PCR. Studie využívala tři unikátní šarže činidel testu cobas® Cdiff a tři zařízení při celkem 36 cyklech v průběhu 12 dní. Popis panelů přesnosti a shrnutí studie viz Tabulka 4. Analýza složek odchylek hodnot (Tabulka 5) ukázala, že většina odchylek cílových hodnot Ct je připisována faktorům v rámci cyklu (náhodný) a šarže (60,0 % a 25,3 %) pro hladinu koncentrace rovnající se LOD nebo v její blízkosti. Pro hladinu koncentrace vyšší než LOD je většina odchylek hodnot Ct připisována faktorům v rámci cyklu (náhodný) a mezi přístroji (72,5 % a 24,7 %). Výsledky (Tabulka 6) ukazují, že cílové hodnoty Ct měly celkový variační koeficient (CV) (%) 1,5 % při hladině koncentrace na úrovni LOD a 1,1 % při hladině koncentrace vyšší než LOD. Tabulka 4

Vlastní analýza na místě poměru pozitivních výsledků studie přesnosti

Člen panelu

Počet testů

Počet pozitivních

Poměr pozitivních

Negativní

72

0

< 1 x LOD

72

~ 1 x LOD ~ 3 x LOD

95% CL Dolní

Horní

0,0 %

0,0 %

5,0 %

21

29,2 %

19,0 %

41,1 %

72

72

100,0 %

95,0 %

100,0 %

72

72

100,0 %

95,0 %

100,0 %

LOD = mez detekce

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

24

cobas® Cdiff Test

Tabulka 5

Analýza složek odchylek hodnot pro členy panelu přesnosti Složky variace/procentuální příspěvek

Hladina

Průměr

~ 1 x LOD

38,5

~ 3 x LOD

37,5

Celkem

Šarže

Zařízení

Velikost soupravy

Den

Náhodně

0,0789

0,0189

0,0001

0,0270

0,1875

0,3123

25,25 %

6,04 %

0,03 %

8,65 %

60,03 %

100,00 %

0,0047

0,0404

0,0000

0,0000

0,1188

0,1638

2,84 %

24,65 %

0,00 %

0,00 %

72,51 %

100,00 %

LOD = mez detekce Tabulka 6

Směrodatné odchylky a variační koeficienty (%) analýzy pro členy panelu přesnosti Složky SD/procento CV

Hladina

Průměr

~ 1 x LOD

38,5

~ 3 x LOD

37,5

Celkem

Šarže

Zařízení

Velikost soupravy

Den

Náhodně

0,28

0,14

0,01

0,16

0,43

0,56

0,73 %

0,36 %

0,03 %

0,43 %

1,12 %

1,45 %

0,07

0,20

0,00

0,00

0,34

0,40

0,18 %

0,54 %

0,00 %

0,00 %

0,92 %

1,08 %

LOD = mez detekce

Analytická specificita Pro vyhodnocení analytické specificity testu cobas® Cdiff byly testovány následující panely organizmů: 1) 103 bakterií, plísní a virů, které lze najít ve vzorcích lidské stolice a jedna lidská buňka (Tabulka 7); 2) 28 organizmů rodu Clostridium, včetně netoxikogenních C. difficile (* pro účely testování byl přidán Cytomegalovirus (HHV5) v koncentraci 2,0 x 103 PFU/ml, lidský adenovirus typu 40 v koncentraci 2,2 x 103 PFU/ml a lidský rotavirus v koncentraci 9,8 x 103 PFU/ml; Tabulka 8). Všechny bakterie a lidské buňky byly přidány v koncentraci 1 x 106 jednotek*/ml a všechny viry byly přidány 1 x 105 jednotek*/ml, kromě cytomegaloviru (HHV5), lidského adenoviru typu 40 a lidského rotaviru, které byly přidány v nižších koncentracích v důsledku omezení zásobních koncentrací. Testování bylo provedeno se samotnými organizmy nebo se dvěma izoláty C. difficile přítomnými jednotlivě při 3 x LOD (mez detekce) testu cobas® Cdiff. Výsledky ukazují, že žádný z těchto organizmů neinterferoval s detekcí určených Cdiff cílů. Žádný nevykázal falešně pozitivní výsledky v případě, že nebyl přítomen žádný určený cíl C. difficile. Analytická specificita Clostridium botulinum byla potvrzena pomocí programu BLAST proti databázi nukleotidových sekvencí za účelem napodobení kroku vytvoření amplikonů PCR. *Bakterie byly kvantifikovány jako kolonie tvořící jednotky (CFU)/ml, lidská buňka byla kvantifikována jako buňky/ml a viry byly kvantifikovány jako plaky tvořící jednotky (PFU)/ml, kromě následujících mikroorganizmů. Chlamydia trachomatis byla kvantifikována jako elementární tělísko (EB)/ml. Cytomegalovirus, lidský echovirus a lidský enterovirus byly kvantifikovány jako IU/ml. 06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

25

cobas® Cdiff Test

Tabulka 7

Mikroorganizmy a lidské buňky Abiotrophia defectiva

Acinetobacter baumannii

Acinetobacter lwoffii

Aeromonas hydrophila

Alcaligenes faecalis subsp. faecalis

Anaerococcus tetradius

Bacillus cereus ATCC 11778

Bacillus cereus ATCC 13472

Bacteroides caccae

Bacteroides merdae

Bacteroides stercoris

Bifidobacterium adolescentis

Bifidobacterium longum

Campylobacter coli

Campylobacter jejuni

Candida albicans

Candida catenulata

Cedecea davisae

Chlamydia trachomatis, sérovar L2

Citrobacter amalonaticus

Citrobacter freundii

Citrobacter koseri

Citrobacter sedlakii

Collinsella aerofaciens

Corynebacterium genitalium

Desulfovibrio piger

Edwardsiella tarda

Eggerthella lenta

Enterobacter aerogenes

Enterobacter cloacae

Enterococcus casseliflavus

Enterococcus cecorum

Enterococcus dispar

Enterococcus faecalis

Enterococcus faecium vanA

Enterococcus gallinarum vanC

Enterococcus hirae

Enterococcus raffinosus

Escherichia coli ATCC 11775

Escherichia coli ATCC 25922

Escherichia fergusonii

Escherichia hermannii

Fusobacterium varium

Gardnerella vaginalis

Gemella morbillorum

Hafnia alvei

Lidské buňky HCT-15

Helicobacter fennelliae

Helicobacter pylori

Klebsiella oxytoca

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae

Lactobacillus acidophilus

Lactobacillus reuteri

Lactococcus lactis

Leminorella grimontii

Listeria grayi

Listeria innocua

Listeria monocytogenes

Mitsuokella multacida

Mobiluncus curtisii

Moellerella wisconsensis

Morganella morganii

Neisseria gonorrhoeae

Peptoniphilus asaccharolyticus

Peptostreptococcus anaerobius

Plesiomonas shigelloides

Porphyromonas asaccharolytica

Prevotella melaninogenica

Proteus mirabilis

Proteus penneri

Providencia alcalifaciens

Providencia rettgeri

Providencia stuartii

Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas putida

Ruminococcus bromii

Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis

Salmonella enterica subsp. arizonae (dříve známa jako Salmonella choleraesuis subsp. arizonae)

Salmonella enterica subsp. enterica, sérovar Choleraesuis

Serratia liquefaciens

Serratia marcescens

Shigella boydii

Shigella dysenteriae

Shigella sonnei

Staphylococcus aureus

Staphylococcus epidermidis

Stenotrophomonas maltophilia

Streptococcus agalactiae

Streptococcus dysgalactiae

Streptococcus intermedius

Streptococcus uberis

Trabulsiella guamensis

Veillonella parvula

Vibrio cholerae

Vibrio parahaemolyticus

Yersinia bercovieri

Yersinia rohdei

Cytomegalovirus (HHV5)*

Lidský adenovirus typu 40*

Lidský Coxsackie virus A10

Lidský enterovirus 11

Lidský enterovirus 71

Lidský rotavirus*

Norovirus GII

3

* Cytomegalovirus (HHV5) byl pro testování přidán v koncentraci 2,0 x 10 PFU/ml, lidský adenovirus typu 40 v koncentraci 3 3 2,2 x 10 PFU/ml a lidský rotavirus v koncentraci 9,8 x 10 PFU/ml.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

26

cobas® Cdiff Test

Tabulka 8

Organizmy rodu Clostridium, včetně netoxikogenní bakterie C. difficile

Clostridium beijerinckii

Clostridium bifermentans

Clostridium bolteae

Clostridium botulinum*

Clostridium butyricum

Clostridium chauvoei

Clostridium difficile, séroskupina B (netoxikogenní)

Clostridium difficile, séroskupina I (netoxikogenní)

Clostridium fallax

Clostridium haemolyticum

Clostridium histolyticum

Clostridium innocuum

Clostridium methylpentosum

Clostridium nexile

Clostridium novyi

Clostridium orbiscindens (přejmenován na Flavonifractor plautii)

Clostridium paraputrificum

Clostridium perfringens

Clostridium ramosum

Clostridium scindens

Clostridium septicum

Clostridium sordellii

Clostridium sphenoides

Clostridium spiroforme

Clostridium sporogenes

Clostridium symbiosum

Clostridium tertium

Clostridium tetani

-

-

* Na základě programu BLAST.

Interference Na potenciální interferenci s testem cobas® Cdiff bylo testováno dvacet šest běžně užívaných léků a rovněž i fekální tuk, plná krev a mucin. Všechny látky byly testovány v koncentracích vyšších, než které by se daly očekávat při odběru vzorku stolice smotkem. Množství interferující látky je vyjádřeno jako koncentrace v primárním vzorku stolice. Dva izoláty C. difficile byly přidány do 3 x LOD (mez detekce) testu cobas® Cdiff použity jako cíle. U exogenních látek nebyla pozorována žádná interference. U fekálního tuku nebyla pozorována interference do 28 %, u plné krve nebyla pozorována interference do 50 % a u mucinu nebyla pozorována interference do 25 %. Shrnutí těchto výsledků viz Tabulka 9.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

27

cobas® Cdiff Test

Tabulka 9

Výsledky testování interference látek Látka

Koncentrace

Výsledky

Fekální tuk

4 ~ 28 % (hm./obj.)

Žádná interference

Plná krev

25, 50 % (obj.)


Mucin

25, 50 % (hm./obj.)

Žádná interference do 25 % (hm./obj.)

Tums

10 % (hm./obj.)


Vancomycin

1 % (hm./obj.)


Metronidazol

10 % (hm./obj.)


®

Imodium AD

10 % (hm./obj.)


Přípravek na změkčení stolice

10 % (hm./obj.)


Pepto-Bismol (Procter & Gamble)

10 % (obj.)


Mast Nystatin USP

10 % (hm./obj.)


Přípravek H s krémem Bio-Dyne (Wyeth)

10 % (hm./obj.)


GYNOL II

10 % (hm./obj.)


10 % (hm./obj.)


Anusol Plus

10 % (hm./obj.)


Opalovací krém

1 % (hm./obj.)


10 % (hm./obj.)


10 % (hm./obj.)


Čípky SAB-Dimenhydrinate (SABEX )

10 % (hm./obj.)


Minerální olej

10 % (obj.)


Shodné přírodní zeleninové laxativum

10 % (hm./obj.)


Dulcolax

10 % (hm./obj.)


Fleet (CB Fleet Company)

10 % (hm./obj.)


K-Y Jelly/Gelée (McNeil-PPC)

1 % (hm./obj.)


Nosní sprej Afrin Original

10 % (obj.)


Jeřáb obecný

Tekutina z 1 výtěru/smotku


Barytová běloba o vysoké hustotě E-Z-HD™ pro suspenzi (E-Z-EM Kanada)

20 % (hm./obj.)


Kyselina palmitová

10 % (hm./obj.)


Kyselina stearová

10 % (hm./obj.)


Aleve

10 % (hm./obj.)


®

®

®

®

Krém proti svědění Vagisil ®

®

Monistat 7 Vaseline™ ®

®

®

®

®

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

28

cobas® Cdiff Test

Korelace Výsledek testu cobas® Cdiff byl referenčně porovnán s nejmodernějším komparačním NAT testem schváleným FDA a označeným CE pomocí testu cytotoxicity tkáňové kultury na izolátech C. difficile z přímé kultury. Vzorky stolice odebrané ve 3 nemocnicích/lékařských pracovištích byly testovány pomocí testu cobas® Cdiff a komparačním testem NAT a odeslány do referenční laboratoře na test cytotoxicity tkáňové kultury. Test cobas® Cdiff a nejmodernější komparačním test NAT byly provedeny dle pokynů výrobce. Test cytotoxicity tkáňové kultury byl proveden pomocí přímé detekce kultury. Každý vzorek stolice byl naočkován na dopředu redukovaný agar cykloserin-cefoxitin-fruktóza (CCFA-HT). Podezřelé kolonie byly identifikovány jako C. difficile morfologickým vyšetřením, aero intolerancí a testem Pro-Disk a naočkovány do anaerobního nasekaného masového bujónu. Supernatanty získané z anaerobního nasekaného masového bujónu budou poté zpracovány na přítomnost toxinu B C. difficile pomocí testu cytotoxicity tkáňové kultury (test C. DIFFICILE TOX-B, Techlab). Bylo zapojeno celkem 1434 pacientů z pěti pracovišť. Kvůli nekompletním výsledkům bylo vyřazeno 156 pacientů. Přímou detekcí kultury bylo zjištěno 152 pozitivních vzorků na C. difficile (prevalence: 11,9 %). Srovnání testů cobas® Cdiff komparačního testu NAT proti přímé detekci kultury viz Tabulka 10 a Tabulka 11. Tabulka 10

®

Test cobas Cdiff proti přímé detekci kultury Přímá detekce kultury

Test cobas Cdiff

®

Pozitivní

Negativní

Celkem

Pozitivní

147

30

177

Negativní

5

1 096

1 101

Celkem

152

1 126

1 278

Citlivost a specificita

Citlivost a specificita testu cobas® Cdiff v přímé detekci kultury je 96,7 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 92,5-98,6 %) a 97,3 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 96,2-98,1 %), v tomto pořadí. Pozitivní a negativní prediktivní hodnota

Pozitivní a negativní prediktivní hodnoty testu cobas® Cdiff studovaných vzorků je 83,1 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 76,7-88,3 %) a 99,5 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 98,9-99,9 %), v tomto pořadí. Tabulka 11

Test nukleové kyseliny (NAT) ve srovnání s přímou detekcí kultury Přímá detekce kultury

Komparační test NAT

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

Pozitivní

Negativní

Celkem

Pozitivní

147

29

176

Negativní

5

1 097

1 102

Celkem

152

1 126

1 278

29

cobas® Cdiff Test

Citlivost a specificita

Citlivost a specificita testu komparačního testu NAT v přímé detekci kultury je 96,7 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 92,5-98,6 %) a 97,4 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 96,3-98,2 %), v tomto pořadí. Korelace vůči komparačnímu testu NAT

Test cobas® Cdiff v přímém srovnání s nejmodernějším komparačním testem NAT schváleným FDA a označeným CE viz Tabulka 12. Tabulka 12

®

Test cobas Cdiff a komparační test nukleové kyseliny (NAT) Komparační test NAT

Test cobas Cdiff

®

Pozitivní

Negativní

Celkem

Pozitivní

167

10

177

Negativní

9

1 092

1 101

Celkem

176

1 102

1 278

Procento pozitivních a negativních shod

Procento pozitivních a negativních shod testu cobas® Cdiff vůči komparačnímu testu NAT je 94,9 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 90,6-97,3 %) a 99,1 % (95% dvoustranný interval spolehlivosti: 98,3-99,5 %), v tomto pořadí.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

30

cobas® Cdiff Test

Doplňující informace Hlavní parametry testu Typ vzorku

Kašovité vzorky stolice

Požadované množství vzorku

4,3 ml média cobas PCR v primární zkumavce, minimálně 3 ml je zapotřebí pro test ® cobas Cdiff.

Délka testu

Výsledky jsou k dispozici do 2,5 hodin po vložení vzorků do systému (1–22 vzorků).

Analytická citlivost

54 až 460 CFU/smotek v závislosti na izolátu.

Specificita

Nebyla zjištěna žádná křížová reaktivita se 125 blízce souvisejícími organizmy nebo organizmy, které se typicky nachází ve vzorcích stolice.

Inkluzivita

Všechny známé C. difficile (toxinotypt 0 ~ XXXI, mimo netoxikogenních toxinotypů XI) včetně BI/ NAP1/027 hypervirulentních epidemických kmenů.

®

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

31

cobas® Cdiff Test

Symboly V označování diagnostických produktů společnosti Roche PCR se používají následující symboly. Tabulka 13

Symboly použité při označování diagnostických produktů PCR společnosti Roche

Pomocný software

Diagnostický zdravotnický prostředek in vitro

Zplnomocněný zástupce pro evropské společenství

Dolní mez přiřazeného rozmezí

Datový list s čárovými kódy

Výrobce

Číslo šarže

Uchovávejte v temnu

Biologická rizika

Obsah vystačí pro testů

Katalogové číslo

Omezení teploty

Čtěte návod k použití

Definiční soubor testu

Obsah soupravy

Horní mez přiřazeného rozmezí

Distribuce

Použitelné do

Pouze pro vyhodnocení účinnosti IVD

Globální číslo obchodní položky

Tento výrobek odpovídá požadavkům Evropské směrnice 98/79/ES o diagnostických zdravotnických prostředcích in vitro.

Technická podpora pro zákazníky v USA 1-800-526-1247

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

32

cobas® Cdiff Test

Výrobce a distributoři Tabulka 14

Výrobce a distributoři Roche Molecular Systems, Inc. 1080 US Highway 202 South Branchburg, NJ 08876 USA Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Str. 116 68305 Mannheim Germany

Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 6343 Rotkreuz, Switzerland Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Straße 116 68305 Mannheim, Germany Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, 171-173 E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil

Roche Diagnostics 201, boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877 273-3433) Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors 38240 Meylan, France Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi 110 20052 Monza, Milano, Italy Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal

Obchodní značky a patenty Viz http://www.roche-diagnostics.us/patents Autorská práva (Copyright) ©2014 Roche Molecular Systems, Inc.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

33

cobas® Cdiff Test

Literatura 1. Bartlett JG, Chang TW, Moon N, Onderdonk AB. Antibiotic-induced lethal enterocolitis in hamsters: studies with eleven agents and evidence to support the pathogenic role of toxinproducing Clostridia. Am J Vet Res. 1978;39(9):1525-1530. 2. Larson HE, Price AB, Honour P, Borrielo SP. Clostridium difficile and the aetiology of pseudomembranous colitis. Lancet. 1978;1(8073):1063-1066. 3. Bartlett JG. Clinical practice. Antibiotic-associated diarrhea. N Engl J Med. 2002;346(5):334-339. 4. McDonald LC, Owings M, Jernigan DB. Clostridium difficile infection in patients discharged from US short-stay hospitals, 1996-2003. Emerg Infect Dis. 2006;12(3):409-415. 5. Loo VG, Poirier L, Miller MA, et al. A predominantly clonal multi-institutional outbreak of Clostridium difficile-associated diarrhea with high morbidity and mortality. N Engl J Med. 2005;353(23):2442-2449. 6. Song X, Bartlett JG, Speck K, Naegeli A, Carroll K, Perl TM. Rising economic impact of clostridium difficile-associated disease in adult hospitalized patient population. Infect Control Hosp Epidemiol. 2008;29(9):823-828. 7. Wolfhagen MJ, Torensma R, Fluit AC, Verhoef J. Toxins A and B of Clostridium difficile. FEMS Microbiol Rev. 1994;13(1):59-64. 8. Johnson S, Sambol SP, Brazier JS, et al. International typing study of toxin A-negative, toxin Bpositive Clostridium difficile variants. J Clin Microbiol. 2003;41(4):1543-1547. 9. Barbut F, Decré D, Lalande V, et al. Clinical features of Clostridium difficile-associated diarrhoea due to binary toxin (actin-specific ADP-ribosyltransferase)-producing strains. J Med Microbiol. 2005;54(Pt 2):181-185. 10. Geric B, Rupnik M, Gerding DN, Grabnar M, Johnson S. Distribution of Clostridium difficile variant toxinotypes and strains with binary toxin genes among clinical isolates in an American hospital. J Med Microbiol. 2004;53(Pt 9):887-894. 11. Pépin J, Valiquette L, Alary ME, et al. Clostridium difficile-associated diarrhea in a region of Quebec from 1991 to 2003: a changing pattern of disease severity. CMAJ. 2004;171(5):466-472. 12. Warny M, Pepin J, Fang A, et al. Toxin production by an emerging strain of Clostridium difficile associated with outbreaks of severe disease in North America and Europe. Lancet. 2005;366(9491):1079-1084. 13. Bartlett JG. Narrative review: the new epidemic of Clostridium difficile-associated enteric disease. Ann Intern Med. 2006;145(10):758-764. 14. Fekety R. Guidelines for the diagnosis and management of Clostridium difficile-associated diarrhea and colitis. American College of Gastroenterology, Practice Parameters Committee. Am J Gastroenterol. 1997;92(5):739-750. 15. Peterson LR, Manson RU, Paule SM, et al. Detection of toxigenic Clostridium difficile in stool samples by real-time polymerase chain reaction for the diagnosis of C. difficile-associated diarrhea. Clin Infect Dis. 2007;45(9):1152-1160.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

34

cobas® Cdiff Test

16. Sloan LM, Duresko BJ, Gustafson DR, Rosenblatt JE. Comparison of real-time PCR for detection of the tcdC gene with four toxin immunoassays and culture in diagnosis of Clostridium difficile infection. J Clin Microbiol. 2008;46(6):1996-2001. 17. Deshpande A, Pasupuleti V, Rolston DD, et al. Diagnostic accuracy of real-time polymerase chain reaction in detection of Clostridium difficile in the stool samples of patients with suspected Clostridium difficile infection: a meta-analysis. Clin Infect Dis. 2011;53(7):e81-90. Epub 2011/09/06. 18. Kufelnicka AM, Kirn TJ. Effective utilization of evolving methods for the laboratory diagnosis of Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis. 2011;52(12):1451-1457. Epub 2011/06/02. 19. Tenover FC, Baron EJ, Peterson LR, Pershing DH. Laboratory diagnosis of Clostridium difficile infection can molecular amplification methods move us out of uncertainty? J Mol Diagn. 2011;13(6):573-582. Epub 2011/08/23. 20. Peterson LR, Mehta MS, Patel PA, Hacek DM, Harazin M, Nagwekar PP, et al. Laboratory testing for Clostridium difficile infection: light at the end of the tunnel. Am J Clin Pathol. 2011;136(3):372380. 21. Kelly CP, LaMont JT. Clostridium difficile--more difficult than ever. N Engl J Med. 2008;359(18):1932-1940. 22. Monaghan T, Boswell T, Mahida YR. Recent advances in Clostridium difficile-associated disease. Gut. 2008;57(6):850-860. 23. Hardy K, Price C, Szczepura A, et al. Reduction in the rate of methicillin-resistant Staphylococcus aureus acquisition in surgical wards by rapid screening for colonization: a prospective, cross-over study. Clin Microbiol Infect. 2010;16(4):333-339. Epub 2009/07/23. 24. U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, Centers for Disease Control and Prevention, National Institutes of Health. HHS Publication No. (CDC) 21-1112. Biosafety in microbiological and biomedical laboratories. 5th edition. Revised December 2009. 25. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of laboratory workers from occupationally acquired infections. Approved Guideline-Fourth Edition. CLSI Document M29A4:Wayne, PA;CLSI, 2014.

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

35

cobas® Cdiff Test

Revize dokumentu Informace k revizi dokumentu Doc. Rev. 1.0 11/2013

První vydání.

Doc. Rev. 2.0 02/2014

Aktualizace oddílu Upozornění a bezpečnostní pokyny, která zahrnuje varování ohledně MGP. Aktualizace hodnoty zkřížené kontaminace v oddílu Procedurální omezení. Aktualizace verze softwaru AP v oddílu Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky. Aktualizace výsledků verifikace v tabulce 3 pro kmen SE 881. V případě jakýchkoliv dotazů prosím kontaktujte místního zástupce společnosti Roche.

Doc. Rev. 3.0 11/2014

06979394001-02CS Doc. Rev. 3.0

Bylo aktualizováno více částí o nové údaje, vysvětlení a typografické opravy. Byla odstraněna zmínka o konkrétní verzi softwaru a bylo zahrnuto znění „příslušný“. Na stránku s harmonizovanými symboly byl přidán symbol GTIN a popis. Máte-li jakékoli dotazy, kontaktujte zástupce společnosti Roche.

36

cobas Cdiff Test Pro účely diagnostiky in vitro pro použití na systému cobas 4800 cobas 4800 System Sample Preparation Kit

Recommend Documents