Chapter9 Summary,ConclusionsandPerspectives
201
Chapter9 Summary,conclusionsandperspectives. The drug discovery and development process is a complex and time consuming trajectorywithmanysubdivisionsofsciencesinvolved.Analyticalchemistryisone ofthekeyscientificdisciplinesthatisandwillalwaysremaininvolvedthroughout thewholeprocess.Inthisthesis,thedevelopmentandapplicationofinnovative analyticaltechnologiesindrugdiscoveryanddevelopmentisdescribed.InpartI, thedevelopmentandapplicationoftechniquesinthefieldofdrugmetabolismfor chemical analysis is described. With the publication of the Metabolites in Safety Testing (MIST) guidelines by the US Food and Drug Administration, the developmentandimplementationofnewanalyticaltechnologiesforthispurpose has increased significantly. The main questions to be answered in drug metabolism studies are: what is the structure of the metabolites and in which quantity are they made? Although very simple questions, the answers to these questions require stateoftheart analytic and synthetic approaches. There are many challenges such as metabolite quantification without reference standards, full structural identification of low abundant metabolites, and the biological activityassessmentofthemetabolitesformed.Intheworkdescribedinthisthesis severalofthesechallengeswereaddressedandevaluated. Formation Themetabolitesandotherpharmaceuticallyrelevantmoleculesdescribedinthis thesisweregeneratedinseveralways.Thisincludedtheformationofmetabolites by conventional in vitro incubations with rat and human liver microsomes (RLM andHLM)aswellaswithasetofdrugmetabolizingmutantsofcytochromeP450 BM3. Chapters 25 describe the use of these enzymatic systems for different purposes.InChapters24,theywereusedforthegenerationofhumanrelevant metabolites of kinase inhibitors, steroids and the antibacterial agent trimethoprim. In Chapter 5, the additional use of these biosynthetic enzymes enabled the formation of focused screening libraries for the estrogen receptors hERandhER.InChapters2and7,electrochemicaloxidationandreductionwas applied for the formation of drug related molecules. Although electrochemistry hasbeenappliedextensivelyintheformationofmetabolitestandardstofacilitate the metabolite identification process, a direct comparison with human relevant metaboliteswasnotperformedinthisthesissincethiswasnotwithinthescope of the present use of electrochemical methods. The comparison of 202
Summary,conclusionsandperspectives electrochemical oxidation products in with e.g. microsomal incubations should always be done with great caution since electrochemistry cannot replace the stereoselective and catalytic effects of enzymes. Another approach for the formationofpharmaceuticallyrelevantmoleculesisdescribedinChapter8.Inan onepotreaction,acomplexmixtureof6regioisomersofNalkylatedderivatives of the antibiotic neomycin was made, structurally characterized, and used to assesstheirantibacterialeffectinanatlinemicrofractionationapproach. Identificationandquantificationstrategies For the identification of products, the most important technique used in this thesis is hyphenated electrospray ionization highresolution multistage mass spectrometry(ESIHRMSn).MetaboliteidentificationwasperformedinChapters 25andincludeddifferentstrategies.InChapter2,quantificationofmetabolites without the use of synthetic standards was achieved by hyphenating high temperature liquid chromatography (HTLC) to electrospray mass spectrometry (ESIMS) and/or inductive coupled plasmamass spectrometry (ICPMS). The use ofICPMSallowsthequantificationbasedonseveralmarkeratomsthatshouldbe presentindrugmoleculesandmetabolites.Nexttotheplatinumcontaininganti cancer drugs, drugs and metabolites can be quantified if they contain sulfur, iodine, chlorine and/or bromine. The hyphenation of a separation method with anykindofdetectorcanhaveaneffectonthedetectorresponse,especiallywhen gradientLC methodsare applied.InthecaseofICPMS,ELSD,ESIMSandmany otherdetectionmethods,thedetectorsignalissignificantlyinfluencedbychanges in the mobile phase composition and can therefore lead to under or over estimation of analyte quantities. In this thesis, this issue was addressed by developinganisocraticHTLCseparationcombinedwithtemperaturegradientsup to 200 C to enable the use of ICPMS detection. The elemental specificity and large linear range of the ICPMS showed to be valuable features to be used complementary to, e.g., ESIMS. Recent developments in ICPMS hardware include the implementation of high resolution MS analyzers which increases the applicationareaofthisvaluabletechniqueinthedrugdiscoveryarena. Chapters 3 and 4 describe typical metabolite identification studies. Based on in silicopredictiontools,highresolutionmassspectrometryandtheuseofmultiple enzymesystemsfortheformationofmetabolites,acomprehensivedatasetwas obtained on the metabolism of trimethoprim. In both chapters, interspecies 203
Chapter9 differenceswereobservedbetweenratandhumanlivermicrosomalincubations. Moreover, the drug metabolizing mutant of P450 BM3 showed to be applicable for the generation of human relevant (reactive) metabolites. Challenges in this particular field are the detection of low abundant metabolites and the characterizationofallreactivemetabolitesformed.Recentdevelopmentsofnew strategies such as Brlabeled glutathione to enable high resolution isotope filtering significantly contribute to increase the coverage of all metabolites formed. The use of specific labeling of glutathione could also enhance its detection limits for ICPMS and provide absolute quantification opportunities as wellasadditionalprofilingtools. Thelimitationsofmassspectrometryinthestructureidentificationofmetabolites were encountered in Chapter 5. Steroidal structures were metabolized by different enzymatic systems and subsequently profiled by LCESIHRMS. Fast polarity switching of the ESIMS was used to obtain both positive and negative ESIMSdataonthemetabolites.Thisshowedtobeessentialforthedetectionof these steroidal structures because modification of the parent compound significantlyalteredtheionizationpropertiesofthemoleculesaswellastheUV absorption characteristics. Although HRMS data was obtained on the metabolites, the exact position of modification could not be determined in an effectiveway.Therefore,NMRstudieswereperformedtoelucidatethestructures ofnorethisteronemetabolitesgeneratedbyP450BM3mutants.Thisresultednot only in the identificationofthemodificationsite, butalsointhe information on the regioselectivity of the metabolism reaction. Norethisterone was mainly hydroxylated at C15 and C16 positions in a orientation. Interestingly, the 16 OH metabolite showed to have selectivity towards the hER over hER. The secondordermetabolismofthisdruginvolvedaromatizationofthesteroidAring to 16OH ethinylestradiol, which had a major positive effect on the binding affinitytowardsthereceptor.Thismetabolitewasnotpublishedbeforeandwas foundtobepresentintheHLMinvitroexperimentsaswell. In Chapter 8, ESIHRMSn experiments allowed the identification of 6 regio isomersofNalkylatedneomycinderivatives.AfterLCseparationofthiscomplex mixture,HRMSnexperimentswereperformed.WhereastheMSandMS2spectra wereidenticalforallsixregioisomers,differenceswereobservedinMS3andMS4 experiments.Basedonthefragmentationpatternsoftheglycosidebondsinthe 204
Summary,conclusionsandperspectives core structure of the derivatives, the site of alkylation in rings 1 and 4 could be identified.Determinationofthespecificsiteofmodificationinring2ofneomycin wasnotpossiblesinceitproducedsymmetricalMS2fragments. Screeningforbiologicalactivity Part II of this thesis covered the implementation of biological interactions in an analytical chemical environment. The multidimensional screening approaches described in Chapters 58 truly add valuable information to the more conventional chemical analysis methods. In a fast and efficient way, data was generated on both structure and biological activity of the metabolites, synthesis products,electrochemicalconversionproducts,oranyothercategoryofanalytes. An important aspect of the concept is the integration of separation techniques andbioaffinityassessment.Thisallowsthescreeningofcomplexmixturessuchas metabolicincubations,crudesynthesismixturesornaturalextracts.Inthisthesis, twodistincttypesofassayswereusedforthreedifferenttargetproteins.Chapter 5discussedtheuseofnuclearreceptors,i.e.,thehumanestrogenreceptorand subtypes, in an online binding assay. Binding was monitored through the detection of the fluorescence enhancement of a tracerreceptor complex. The sameapproachwasalsopresentedforthemitogenactivatedproteinkinasep38 inChapter6,wherethedevelopmentofanewassaywasdescribedincludingthe optimizationofsignaltonoiseratios.Theadvantageofabindingassayforonline screeningpurposesisthattheinteractionbetweenthetargetproteinandligandis relatively fast and the readout for this reaction can be performed in the same timescale as the chromatographic separation and MS based detection of the ligands.InChapter7,thisassaywasappliedinanonlineformation,identification and biological characterization strategy of kinase inbititors. The alternative for a binding assay would be online activity assays where product formation by the active enzyme has to be monitored. Although already performed for several enzymes,itsignificantlyincreasesthecomplexityoftheassayandinfluencesthe robustness of the total system. On a totally different timescale, the antibiotic action of several neomycin derivatives was assessed in an atline approach in Chapter 8. After separation of the derivatives and addition of all reagents necessary for the biological assay, microfractionation into a 384 well plate was performed. In this way, the online format was adapted to facilitate the use of conventionalplatereaderassaysandallowingalsorelativelongincubationtimes 205
Chapter9 neededfor,e.g.,observationofantibacterialeffects(upto18hrs).Thisapproach significantly broadenstheapplication areaofhyphenatedscreeningassayssince the main limitation until now was the limitation of incubation times. Next steps definitely should include the development of functional assays against complicated targets such as membrane bound receptors (GProtein coupled receptors,GPCRs)andionchannels. The development of the tools described in the individual chapters of this thesis contributes to the overall toolbox available to researchers in the drug discovery process.Figure1givesanoverviewofthetoolsdevelopedinthisthesis,earlierby others,orthatmightbedevelopedinnearfuture. Compound formation
Biosynthesis hCYPs CYPBM3mutants …
Chemical Electrochemistry UV H2O2 …
Chemicalanalysis
Structure ID HRMSn NMR …
Quantification (ICP)MS NMR ELSD CAD …
Bioaffinityprofiling
Online Binding Activity …
Atline Binding Activity Functional …
Figure1:Modularapproachfortheintegrationofcompoundformation,chemical analysisandbioaffinityprofilingfordrugdiscovery. Ideally,thisconceptleadstoamodularapproachwherethedifferenttoolscanbe hyphenatedtoeachother.Twolinesweredrawntohighlightsomepossibilities. Severalofthesehyphenationshavebeendescribedinthisthesis,butoneofthe important next steps would be to establish quantification of the bioaffinity assessment.Thiswillleadtoquantitativeaffinityassessmentof,e.g.,metabolites withoutreferencestandards.ThefirststepsinthisprocessweretakeninChapter 2, where metabolites of kinase inhibitors were quantified without reference 206
Summary,conclusionsandperspectives standards.Theintegrationof,e.g.,thekinaseaffinityassaydevelopedinChapter 6 with ICPMS based quantification should provide quantitative affinity data on newlyformedcompoundssuchasmetabolitesorcrudesynthesismixtures. The impact and innovation of new analytical technologies facilitating drug discovery largely depends on the interaction of the different sciences involved. Thisrequirestrulymultidisciplinaryresearchprojectswhereinputisdeliveredon thechallengesencounteredineachindividualsubdiscipline.Itisinthesekindof projects where the analytical strategies can significantly contribute to the efficiencyandqualityofthedrugdiscoveryanddevelopmentprocess.
207
Chapter9
208
Chapter9NL Samenvatting,ConclusiesenPerspectieven
209
Samenvatting,conclusiesenperspectieven Samenvatting,conclusiesenperspectieven. Hetonderzoekendeontwikkelingvannieuwegeneesmiddeleniseencomplexen tijdrovend proces waarbij meerdere (sub)disciplines van wetenschap betrokken zijn.Analytischechemieis,enzalaltijdalséénvandebelangrijkstevakgebieden betrokken zijn gedurende het hele proces. In dit proefschrift wordt de ontwikkelingentoepassingbeschrevenvaninnovatieveanalytischetechnologieën vooronderzoekenontwikkelingvannieuwegeneesmiddelen.DeelIbeschrijftde ontwikkeling en toepassing van analytisch chemische technieken voor de studie naargeneesmiddelmetabolisme.Doordepublicatievande“MetabolitesinSafety Testing (MIST)” richtlijnen van de US Food and Drug Administration is de ontwikkeling en implementatie van nieuwe analytische technologieën in dit gebied significant toegenomen. De belangrijkste vragen die beantwoord moeten worden in studies naar geneesmiddelmetabolisme zijn: Wat is de chemische structuur van de metabolieten en in welke hoeveelheid worden deze gemaakt? Hoewel dit relatief makkelijke vragen lijken, vereist het beantwoorden van deze vragen stateoftheart analytischchemisch en synthetischchemische benaderingen. Er zijn behoorlijk wat uitdagingen in dit vakgebied, zoals de kwantificering van geneesmiddelmetabolieten zonder referentie standaarden, volledige structuuropheldering van lage concentraties van metabolieten en de biologische activiteitsbepaling van de gevormde metabolieten. Het werk beschreven in dit proefschrift behandelt en evalueert verscheidene van deze uitdagingen. Vormingvanfarmaceutischrelevantemoleculen Deinditproefschriftbeschrevenmetabolietenenanderefarmaceutischrelevante moleculenzijnopverschillendewijzengevormd.Hetgebruikvanconventionelein vitroincubatiesystemenmetbehulpvanratenhumanelevermicrosomen(RLM en HLM) alsook het gebruik van een set van geneesmiddel metaboliserende mutanten van cytochroom P450 BM3 is beschreven. Hoofdstukken 25 beschrijvenhetgebruikvandezeenzymsystemenvoorverschillendedoeleinden. In de Hoofdstukken 24 werden deze gebruikt voor de productie van humaan relevante metabolieten van kinase remmers, steroïden en de antibacteriële stof trimethoprim. Het additionele gebruik van deze biosynthetische enzymsystemen inHoofdstuk5zorgdevoordeformatievaneengerichtestoffenbibliotheekvoor hetbepalenvandeinteractiemetdeestrogenereceptorenhERenhER.Inde 210
Chapter9NL Hoofdstukken 2 en 7 is elektrochemische oxidatie en reductie beschreven voor het vormen van geneesmiddelgerelateerde stoffen. Hoewel elektrochemie vaak toegepastwordtvoorhetmakenvanreferentiestoffenommetabolietidentificatie te vergemakkelijken, is een directe vergelijking met humaan relevante metabolieten niet uitgevoerd in dit proefschrift, mede omdat een dergelijk gebruikvanelektrochemiebuitendedoelstellingenvaltvanhethuidigewerk.Het vergelijken van elektrochemische oxidatieproducten met bijvoorbeeld microsomale incubaties moet altijd zeer zorgvuldig worden gedaan. Elektrochemie kan namelijk nooit de stereoselectiviteit en de katalytische eigenschappenvanenzymenvervangen. Eenanderebenaderingvoorhetvormenvanfarmaceutischrelevantemoleculen isbeschreveninHoofdstuk8.Ineenzogenaamdeéénpotsreactieiseencomplex mengsel gemaakt van 6 regioisomeren van het Ngealkyleerde antibioticum neomycine.Vervolgenszijnvandezeregioisomerendestructurenbepaaldenzijn zegebruiktomdeantibacteriëleeffectenhiervandebepalenineenatlinemicro fractioneringsbenadering. Strategieënvooridentificatieenkwantificering De belangrijkste techniek die gebruikt is in dit proefschrift voor de identificatie van producten is electrosprayionisatie hoge resolutie massaspectrometrie (ESI HRMSn),vaakgekoppeldaanvloeistofchromatografie.Metabolietidentificatieis uitgevoerdopverschillendemanierenindeHoofdstukken25.InHoofdstuk2is de kwantificering van metabolieten zonder het gebruik van gesynthetiseerde standaarden bereikt door hoge temperatuur vloeistofchromatografie (HTLC) te koppelen aan inductive coupled plasmamassaspectrometrie (ICPMS). Het gebruik van ICPMS maakt het mogelijk om metabolieten en geneesmiddelen te kwantificeren op basis van enkele zogenoemde markeratomen. Behalve de platinumbevattendeoncolyticakunnengeneesmiddelenenmetabolietenhiervan ook gekwantificeerd worden op basis van zwavel, jood, chloor en/of broom. De koppeling met een scheidingsmethode kan effect hebben op de detector response, in het bijzonder wanneer er koppeling plaatsvindt met gradient LC methoden.BijICPMS,ELSD,ESIMSenveelanderedetectietechniekenkanhet detectorsignaal sterk beïnvloed worden door veranderingen in de vloeistofsamenstellingvandemobielefase.Ditkanbijvoorbeeldleidentotover ofonderschattingvandeconcentratievandeanalytenaanweziginhetmengsel. 211
Samenvatting,conclusiesenperspectieven In dit proefschrift is dit onderwerp behandeld door een isocratische HTLC methode te ontwikkelen welke gecombineerd is met temperatuurgradiënten tot 200ComzoICPMSdetectiemogelijktemaken.Despecificiteitvoorbepaalde elementen en het grote lineaire bereik van de ICPMS bleken waardevolle eigenschappen te zijn die complementair te gebruiken zijn aan bijvoorbeeld ESI MS. Recente ontwikkelingen in ICPMS technologie bevatten o.a. de implementatievanhogeresolutieMSanalysatoren.Ditkanhettoepassingsgebied vandezewaardevolletechnologiebinnenhetgeneesmiddelonderzoekvergroten. Hoofdstukken3en4beschrijvenvoorbeeldenvanmetabolietidentificatiestudies. Met behulp van in silico metabolietvoorspelling, hoge resolutie massaspectrometrie en het gebruik van meerdere enzymatische systemen voor deproductievanmetabolieteniseenveelomvattendedatasetverkregenoverhet metabolisme van trimethoprim. In beide hoofdstukken werden verschillen waargenomentussenincubatiesmethumaneenratlevermicrosomen.Bovendien bleek de geneesmiddelmetaboliserende mutant van P450 BM3 bruikbaar te zijn omhumaanrelevante(reactieve)metabolietenteproduceren.Uitdagingeninhet metabolietenonderzoekzijnbijvoorbeelddedetectievanlageconcentratiesvan metabolietenendekarakteriseringvanallegevormdereactievemetabolieten.De recente ontwikkelingen van nieuwe strategieën, zoals Brgelabelde glutathione om hoge resolutie isotoop filtering mogelijk te maken, dragen significant bij aan de volledige karakterisering van alle gevormde metabolieten. Het gebruik van specifiek gelabeld glutathion zou ook de detectielimieten voor ICPMS kunnen verlagen en daarmee zowel nieuwe manieren voor kwantificering èn profilering kunnenbrengen. Debeperkingenvanmassaspectrometrieophetgebiedvanstructuuropheldering van metabolieten werden ondervonden in Hoofdstuk 5. Steroïde structuren werden gemetaboliseerd door verschillende enzymatische systemen en vervolgens geanalyseerd met LCESIHRMS. De ESIMS polariteit werd snel gealterneerd om zowel positieve als negatieve ESIMS data te verkrijgen van de metabolieten. Dit was essentieel voor de detectie van deze steroïde structuren omdatdemodificatievandebasisstructuurzoweldeionisatieeigenschappenals het UVabsorptieprofiel significant beïnvloedde. Hoewel HRMS data van alle metabolieten verkregen werd, kon de exacte positie van de modificatie niet bepaaldwordenopeeneffectievemanier.NMRstudieswerdenuitgevoerdomde 212
Chapter9NL metabolietstructurenoptehelderen.Ditresulteerdenietalleenindeidentificatie vandemodificatie,maarleverdeookinformatieoverderegioselectiviteitvande metabolereacties.NorethisteronewerdhoofdzakelijkgehydroxyleerdopdeC15 en C16 positie in een oriëntatie. Interessant genoeg, vertoonde de 16 OH metaboliet selectieve bindingseigenschappen naar hER ten opzichte van hER. Het tweedeorde metabolisme van deze stof was o.a. de aromatisering van de steroideAringnaar16OHethinylestradiolenhadeenzeerpositiefeffectopde bindingsaffiniteit voor de receptor. Deze metaboliet was niet eerder beschreven enisindezestudiegeïdentificeerdinincubatiesmetzoweldeBM3mutantenals humanelevermicrosomen. InHoofdstuk8maakteESIHRMSndeidentificatievan6regioisomerenmogelijk van Ngealkyleerde neomycinederivaten. Nadat LCscheiding van dit complexe mengselwasuitgevoerdwerdenHRMSnexperimentengedaan.HoeweldeMSen MS2 spectra identiek waren voor alle zes regioisomeren, werden er verschillen waargenomen in de MS3 en MS4 spectra. De fragmentatiepatronen van de glycosidebindingen in de basisstructuur van de derivaten maakten het mogelijk omdeplaatsvanmodificatieaanteduideninringen1en4.Deexacteplaatsvan modificatie in ring 2 van neomycine was niet mogelijk omdat deze fragmentatiereactiesymmetrischefragmentenproduceerde. Zoekennaarbiologischeactiviteit DeelIIvanditproefschriftbehandeltdeimplementatievanbiologischeinteracties in een analytischchemische omgeving. De multidimensionale screeningsmethoden zoals beschreven in de Hoofdstukken 58 voegen daadwerkelijkwaardevolleinformatietoeaandemeerconventionelechemische analysemethoden.Ineensnelleenefficiëntemanierwerderdataverkregenover zowel de structuur als de biologische activiteit van de metabolieten, syntheseproducten, elektrochemische oxidatieproducten. Een belangrijk aspect vanditconceptisdeintegratievanscheidingsmethodenenbioaffiniteitsbepaling. Ditmaakthetmogelijkomrelatiefcomplexemengselstescreenenzoalsmetabole incubaties, ongezuiverde syntheseproducten of bijvoorbeeld natuurextracten. In dit proefschrift zijn twee verschillende typen assays gebruikt voor drie verschillende targeteiwitten. Hoofdstuk 5 beschrijft het gebruik van nucleaire receptoren,inhetbijzonderdehumaneestrogeenreceptorensubtypesineen online bindingsassay. De binding werd bepaald door het detecteren van de 213
Samenvatting,conclusiesenperspectieven fluorescentietoename van een tracerreceptor complex. Dezelfde benadering is ook beschreven voor de mitogenactivated proteinkinase p38 in Hoofdstuk 6, waarin de ontwikkeling van een nieuwe assay is beschreven waarbij aandacht besteedisaandeverbeteringvansignaalruisverhoudingen.Hetvoordeelvanhet gebruikvanonlinebindingsassaysisdatdeinteractietussenhettargeteiwiten hetligandrelatiefsnelis.Hierdoorkandedetectievandezeinteractieindezelfde tijdschaal worden uitgevoerd als die van de scheidingsmethode en MSdetectie vandeliganden.Inhoofdstuk7isdebeschrevenassaytoegepastineenstrategie voor online productie, identificatie en biologische karakterisering van kinaseremmers. Het alternatief voor een bindingsassay zou een online activiteitsassayzijnwaarbijproductvormingdoorhetactieveenzymgedetecteerd moet worden. Hoewel dit soort assays beschreven zijn voor verschillende enzymen,vergroothetdecomplexiteitvandezeassaysbehoorlijk.Ookheefthet invloedopderobuustheidvanhettotalesysteemgebruiktvoorditsoortassays. In hoofdstuk 8 is met behulp van een atline benadering op een totaal andere tijdschaal de antibacteriële activiteit bepaald van verschillende neomycinederivaten. Na scheiding van de derivaten en de toevoeging van alle benodigdereagentiavoordebiologischeassaywerdermicrofractioneringineen 384microtiterplaatuitgevoerd.Opdezewijzewerddeonlineaanpakaangepast om het gebruik van conventionele platereader assays mogelijk te maken. Hierdoor kunnen ook relatief lange incubatie tijden gebruikt worden die bijvoorbeeld nodig zijn om antibacteriële effecten te observeren. Deze aanpak vergroot het toepassingsgebied van hyphenated screeningassays omdat de belangrijkste limitatie tot nu toe vooral de incubatie tijd was. De volgende innovatiesinditgebiedzoudeninelkgevaldeontwikkelingvanfunctioneleassays tegencomplexeretargeteiwittenzoalsmembraangebondenreceptoren(GPCRs) enionkanalenmoetenbevatten. De ontwikkeling van de in elk hoofdstuk afzonderlijk beschreven hulpmiddelen draagtbijaaneencompletesetmetmodulesdieonderzoekerskunnentoepassen inhetgeneesmiddelonderzoek.Figuur1geefteenoverzichtvandetechnologieën ontwikkeldinditproefschrift,eerderdooranderenontwikkeld,oftechnologieën diemogelijkerwijsindenabijetoekomstontwikkeldworden. 214
Chapter9NL Compound generatie
Chemischeanalyse
Bioaffiniteitsbepaling
Biosynthese
StructuurID
Online
hCYPs CYPBM3mutanten …
Chemisch Elektrochemie UV H2O2 …
HRMSn NMR …
Kwantificering (ICP)MS NMR ELSD CAD …
Binding Activiteit …
Atline Binding Activiteit Functioneel …
Figuur 1: Modulaire benaderingen voor de integratie van productie, chemische analyse en bioaffiniteitsbepaling van nieuwe stoffen voor geneesmiddel onderzoek. Idealiterleidtditconcepttoteenmodulairebenaderingwaarbijdeverschillende technologieën aan elkaar gekoppeld kunnen worden. De twee lijnen zijn als voorbeeld in het figuur getekend. Verscheidene van deze koppelingen zijn beschreven in dit proefschrift. Toch blijft één van de belangrijkste toekomstige innovaties de kwantificering van de bioaffiniteit in bovenstaande assays. Dit zal uiteindelijk leiden tot de kwantitatieve affiniteitsbepalingen van bijvoorbeeld metabolieteninmengselszonderdebeschikbaarheidvanreferentiemetabolieten. De eerste stappen in dit proces zijn al ondernomen in Hoofdstuk 2 waarin de metabolieten van kinaseremmers werden gekwantificeerd zonder referentiestandaarden. De integratie van bijvoorbeeld de kinaseaffiniteitsassays zoals ontwikkeld in hoofdstuk 6, met de ICPMS gebaseerde kwantificering zou uiteindelijk kwantitatieve data moeten kunnen leveren van nieuw gevormde stoffenzoalsmetabolietenofruwesyntheseproducten. De impact en innovatie van nieuwe analytische technologieën voor het geneesmiddelonderzoekhangtineenbelangrijkemateafvandeinteractietussen 215
Samenvatting,conclusiesenperspectieven de verschillende betrokken wetenschappelijke disciplines. Multidisciplinaire onderzoeksprojecten vereisen daadwerkelijk input van de verschillende subdisciplines over de specifieke uitdagingen in dat vakgebied. Het is juist in dit soort projecten waar analytische strategieën een significante bijdrage kunnen leveren aan de efficiëntie en aan de kwaliteit van zowel het geneesmiddelonderzoekalsdeuiteindelijkeontwikkelingvanhetgeneesmiddel.
216
ListofPublications
217
Includedinthisthesis High temperature liquid chromatography hyphenated with ESIMS and ICPMS detection for the structural characterization and quantification of halogen containingdrugmetabolites. J.S.B.deVlieger,M.J.N.Giezen,D.Falck,C.Tump,F.vanHeuveln,M.Giera,J.Kool,H.Lingeman, J.Wieling,M.Honing,H.Irth,W.M.A.Niessen AnalyticaChimicaActa,2011,6986976.
Trimethoprim:novelreactiveintermediatesandbioactivationpathways bycytochromep450s. M.C.Damsten,J.S.B.deVlieger,W.M.A.Niessen,H.Irth,N.P.E.Vermeulen, J.N.M.Commandeur ChemResToxicol.2008Nov;21(11):21817.
Determinationandidentificationofestrogeniccompoundsgenerated withbiosyntheticenzymesusinghyphenatedscreeningassays,high resolutionmassspectrometryandofflineNMR. J.S.B.deVlieger,A.J.Kolkman,K.A.M.Ampt,J.N.M.Commandeur,N.P.E.Vermeulen, J.Kool,S.S.Wijmenga,W.M.A.Niessen,H.Irth,M.Honing JChromatogrBAnalytTechnolBiomedLifeSci.2010Mar1;878(78):66774.
Development of an online p38 mitogenactivated protein kinase binding assay andintegrationofLCHRMS. D.FalckD,J.S.B.deVlieger,W.M.A.Niessen,J.Kool,M.Honing,M.Giera,H.Irth Analyticalandbioanalyticalchemistry,2010Oct;398(4):177180.
Online electrochemical modification hyphenated to HRLCMS and bioaffinity screening. Generation and characterization of p38 kinase inhibitors. J.S.B.deVlieger#,D.Falck#,M.Giera,M.Honing,H.Irth,J.Kool,W.M.A.Niessen. Submittedforpublication
StructuralelucidationofbiologicallyactiveneomycinNoctylderivativesina regioisomericmixturebymeansofliquidchromatography/iontraptimeofflight massspectrometry. M.GieraM,J.S.B.deVlieger,H.Lingeman,H.Irth,W.M.A.Niessen RapidCommunMassSpectrom.2010May30;24(10):143946. #Bothauthorsequallycontributedtothiswork
218
Notincludedinthisthesis Onlinefluorescenceenhancementassayfortheacetylcholinebindingproteinwith parallelmassspectrometricidentification. J.Kool,G.E.deKloe,B.Bruyneel,J.S.B.deVlieger,K.Retra,M.Wijtmans,R.vanElk,A.B.Smit, R.Leurs,H.Lingeman,I.J.deEsch,H.Irth JMedChem.2010Jun24;53(12):472030.
Identificationofthebiotransformationproductsof2Ethylhexyl4(N,N Dimethylamino)benzoate. Z.León,J.S.B.deVlieger,A.Chisvert,A.Salvador,H.Lingeman,H.Irth,M.Giera Chromatographia.2010Jan;71(12):5563
ApplicationofdrugmetabolisingmutantsofcytochromeP450BM3 (CYP102A1)asbiocatalystsforthegenerationofreactivemetabolites. M.C.Damsten,B.M.vanVugtLussenburg,T.Zeldenthuis,J.S.B.deVlieger, J.N.M.Commandeur,N.P.E.Vermeulen ChemBiolInteract.2008Jan10;171(1):96107.
Automateddetectionofcovalentadductstohumanserumalbuminby immunoaffinitychromatography,onlinesolutionphasedigestionand liquidchromatographymassspectrometry. J.S.Hoos,M.C.Damsten,J.S.B.deVlieger,J.N.M.Commandeur,N.P.E.Vermeulen, W.M.A.Niessen,H.Lingeman,H.Irth JChromatogrBAnalytTechnolBiomedLifeSci.2007Nov15;859(2):14756.
Selectivequantitativebioanalysisofproteinsinbiologicalfluidsbyonline immunoaffinitychromatographyproteindigestionliquid chromatographymassspectrometry. J.S.Hoos,H.Sudergat,J.P.Hoelck,M.Stahl,J.S.B.deVlieger,W.M.A.Niessen, H.Lingeman,H.Irth JChromatogrBAnalytTechnolBiomedLifeSci.2006Jan18;830(2):2629.
219
220
