Thesisonderwerpen 2013 LFVB en FTC - onderwerpen hebben een wetenschappelijke en praktische component en kunnen altijd bijgestuurd worden (interesse, competentie) - major versus motivatie (LB-GP, C&G, LMT, L&B) - samenwerkingen - pcfruit - Universiteit Stellenbosch - andere labo’s faculteit
- begeleiding, meestal via lopende projecten
[email protected] [email protected] [email protected]
[email protected] [email protected] [email protected]
• 6 Wannes Keulemans • 6 Mark Davey-Wannes Keulemans
• 4 Dany Bylemans
1. Polystress: rol van polyploïdisatie in de (a)biotische stressresistentie in appel
• Context: – nood aan ontwikkeling duurzame stressresistente cultivars – polyploïden = planten met meerdere hom(e)ologe chromosomen – artificieel geïnduceerde polyploïdie resulteert potentieel in verhoogde tolerantie tegen abiotische stress: • droogtestress • zoutstress • pathogenen?
Diploïde vs. tetraploïde Spathiphyllum onder droogtestress
• Doelstelling: – karakterisering impact van polyploïdisatie van appel op de (a)biotische stresstolerantie en morfologische kenmerken
• Werkplan: – Vergelijkende studie van diploïd vs. tetraploïd appelgenotype: 2x
4x
2x
4x
• Biochemische en moleculaire karakterisatie van droogte-respons: • plantmorfologie (afmetingen, oppervlak, stomatale grootte en densiteit, bladdikte) • Invloed tetraploïde onderstam op droogte-tolerantie van de ent
• Technieken: – – – –
Biochemisch: spectrofotometrie en HPLC Moleculair: genexpressie via qPCR morfologisch: macroscopische evaluatie, lichtmicroscopie, … Fysiologisch: bladwaterstatus, stomatale geleidbaarheid, relatieve groeisnelheid,…
2. Genetische diversiteit en pathogeniciteit typering van de schimmel Venturia pirina, veroorzaker van schurft bij de Europese peer (Pyrus communis)
Studie naar verschillen in virulantie en cultivargevoeligheid Correlatie met genetische diversiteit (ook orgaanspecificiteit?)
• • •
Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Mark Davey Begeleiding: promotoren, Yasemin Yilmazdemir (labo)
Werkplan en technieken Werkwijze • Pathogeniciteit: –
–
•
infectietesten met verschillende schimmelherkomsten op verschillende perencultivars symptoomevaluatie
Genetische diversiteit: – – –
Verzamelen en opkweek isolaten (ook deze van infectietesten) Bepalen diversiteit aan hand van SSR en AFLP merkers Bepalen van genetische verwantschappen
Technieken: – – – – – –
Opkweek schimmels (in vitro) en planten (serre) Infectietesten (serre) DNA isolatie Primerontwikkeling (genoom gedeeltelijk gesequenst) PCR (AFLP, SSR) Genetische analyse (software ter beschikking)
3. De latente aanwezigheid van de schurftschimmel bij peer gedetecteerd via real-time PCR en bepaling van inoculumdrukvermindering na bestrijding via bladbehandelingmethodes.
Bewaring
• Latente aanwezigheid op blad en vrucht Tijdige detectie voor beslissingen
• In geval (zichtbare of latente) van inoculumdruk - drukvermindering via bladbehandelingen (pcfruit) - effectieve alternatieve milieuvriendelijke behandelingen . Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Wendy Van Hemelrijck (pcfruit) Begeleiding: Wendy Van Hemelrijck, Yasemin Yilmazdemir (labo)
ng schimmel DNA/ 10ng plant DNA
Werkplan en technieken Twijg 2
Werkplan
0,0005
• 0 0
5 na10 15 uitstoot 20 Dagen ascospoor
25
•
•
•
Ontwikkeling Venturia specifieke primers Studie latente aanwezigheid op verschillende afstanden van de potentiële infectiebron (vruchten, bladeren) Kwantificatie van infectiedruk via sporenvallen Vermindering infectiedruk via bladbehandelingen
Technieken -
Primerontwikkeling DNA isolatie qPCR Uivoeren van bladbehandelingen en opvolging van ascosporenuitstoot
4. Moleculair genetische analyse van de bloemknopvorming en de verschillen in bloemknopkwaliteit en vruchtkwaliteit bij Conference peer • Conference heeft een te kleine vruchtmaat: beperkte verbetering > 20 miljoen euro/jaar
• Oorzaak: slechte bloemknopkwaliteit? • Kan de genetische controle van het bloemknopvormingsproces in kaart gebracht worden? • Kunnen verschillen in bloemknopkwaliteit moleculairgenetisch gekwantificeerd worden? Promotor: Prof. Wannes Keulemans Co-Promotor: Mark Davey Begeleiding: promotoren, Yasemin Yilmazdemir (labo)
Werkwijze en technieken Werkwijze • Staalnames vanaf inductie (mei-juni) tot bloei voor RNA-isolatie • Bloemknoppen in slechte en goede positie • RNASeq (NGS) door GCF Gasthuisberg • Differentiële expressie tussen goed en slecht • qPCR voor differentiële RNAs Technieken: - RNA isolatie - Genassemblage, blasten en functiebepaling - Primerontwikkeling voor qPCR - Kwantificatie van genexpressie via qPCR
5. Kunnen bij de perencultivar Conference dikkere vruchten van een betere kwaliteit geteeld worden door verbetering van de bloemknopkwaliteit?
• Conference heeft een te kleine vruchtmaat: beperkte verbetering > 20 miljoen euro/jaar
• Oorzaak: slechte bloemknopkwaliteit? • Wat bepaalt de verschillen in bloemknopkwaliteit? Promotor: Prof. Wannes Keulemans Begeleiding: promotor en Tom Deckers (pcfruit)
Werkplan en technieken
Werkplan • Verschillen in bloemknopkwaliteit volgens plantsysteem en positie bloemknop • Zijn er verschillen in vruchtgrootte en zijn deze gerelateerd met bloemknopkwaliteitsverschillen Technieken
50 40 30 20 10 0
1u30 3u 5u 6u30* Tijd vanaf begin
– Microscopie bloemknoppen – Visuele waarnemingen en metingen bloemknopstructuren – Stuifmeelkiemingstesten – Vruchtmetingen en gaschromatografie
6. Analyse van de overexpressie van druivenlijnen, getransformeerd met die genen die betrokken zijn bij plantdefensie
Voorstel van Michelle Hermans
