RELEASE NOTES. (april 2010)

RELEASE NOTES MAJOR RELEASE SIMONA2010 (april 2010)

Deltares voert het beheer en onderhoud aan de SIMONA-software uit op basis van de Service Level Agreements (SLA) met het Ministerie van Verkeer en Waterstaat.

Inhoud 1

Inleiding .................................................................................................................... 4

2

Informatie voor gebruikers ..................................................................................... 5

2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 2.10

Horizontale viscositeit en HLES turbulentiemodel .................................................... 5 Gewijzigde formulering voor bodemruwheid in TRIWAQ.......................................... 5 Performance verbetering van coppos ten aanzien van timehistories ....................... 6 Verbeteren zwak-reflecterende randvoorwaarden .................................................... 6 Ruimtelijk variërende wind voor temperatuurmodule ................................................ 6 OpenMI-koppeling tussen WAQUA en Swan............................................................ 6 Verschil plots van overlaten (weirs) met Waqview.................................................... 7 OpenDA (Open Data-Assimilatie) voor WAQUA....................................................... 7 Simona Updater ......................................................................................................... 8 Meerdere kleine wijzigingen ...................................................................................... 8

3

Informatie voor programmeurs ............................................................................ 10

3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7

Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)...................................................... 10 Aanpassingen aan de testbank ............................................................................... 10 Ruimtelijk variërende wind....................................................................................... 10 Aanpassing aan Waqpro.pl t.b.v. Windows7........................................................... 10 Toevoeging documentatie t.b.v. het compileren van de SimonaToolbar................ 10 Dichtheidsberekening WAQPAN ............................................................................. 11 Aanpassing aan Lokale datastructuur Modnst ........................................................ 11

Compatibiliteit....................................................................................................................... 12 3.8 3.8.1 3.8.2

3.8.7 3.8.8 3.8.9 3.8.10 3.8.11 3.8.12 3.9

Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur........................................ 12 Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar?............................................... 12 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?.................................................................. 12 Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken? ............................................................................................. 12 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)? . 12 Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)?...................................................................................................... 12 Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund? .................................................................................. 12 Zijn er nieuwe Keywords?................................................................................... 12 Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? ................................................. 13 Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's?.. 13 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem?...................................... 13 Zijn de resultaten veranderd? ............................................................................. 13 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? ................................. 13 Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit ....................................................... 13

4

Bekende problemen / restricties .......................................................................... 15

3.8.3 3.8.4 3.8.5 3.8.6

4.1 4.2 4.3

Algemene restricties ................................................................................................ 15 Restricties voor het Linux-platform .......................................................................... 15 Restricties voor het Windows-platform.................................................................... 15

5

Configuratie............................................................................................................ 17

5.1 5.2 5.3

Platforms.................................................................................................................. 17 Producten................................................................................................................. 17 Bestanden ................................................................................................................ 17

6

Versienummers...................................................................................................... 18

1

Inleiding

Deze release notes horen bij de major release Simona2010 die is gebaseerd op de moederversie van Simona van begin april 2010. In dit document worden de belangrijkste wijzigingen beschreven die sinds de vorige major release (Simona2009) zijn doorgevoerd. Deze wijzigingen betreffen: 1. Horizontale viscositeit en HLES turbulentiemodel 2. Gewijzigde formulering voor bodemruwheid in TRIWAQ 3. Performance verbetering van coppos ten aanzien van timehistories 4. Verbeteren zwak-reflecterende randvoorwaarden 5. Ruimtelijk variërende wind voor temperatuurmodule 6. OpenMI-koppeling tussen WAQUA en Swan 7. Opname van OpenDA in de Simona release 8. Verschil plots van overlaten (weirs) met Waqview 9. Update tool voor het installeren van patches Daarnaast zijn er nog een aantal kleinere wijzigingen en bug-fixes, naar aanleiding van service-calls, doorgevoerd.

Release notes major release Simona2010 (april 2010)

4

2

Informatie voor gebruikers

In dit hoofdstuk worden de voor de gebruiker belangrijkste wijzigingen opgesomd. Allerlei kleine verbeteringen in de programmatuur zoals extra controles in de programma's en sommige verbeteringen in de documentatie worden niet apart vermeld.

2.1

Horizontale viscositeit en HLES turbulentiemodel

Bij het opzetten en afregelen van riviermodellen is de horizontale viscositeit een belangrijke parameter. In de Simona release is hiervoor het Horizontal Large Eddy Simulation (HLES) model in WAQUA/TRIWAQ geïmplementeerd. Met dit turbulentiemodel kan de viscositeit plaats- en tijdsafhankelijk worden uitgerekend op basis van het stromingspatroon. Dit turbulentiemodel wordt aangestuurd door middel van het keyword HLES. HLES is in WAQUA/TRIWAQ analoog geïmplementeerd aan Delft3D-FLOW. Vóór het vrijgeven van de HLES optie zijn praktijktesten met het HLES model uitgevoerd. Naar aanleiding hiervan zijn er verschillende aanpassingen aan het HLES model gemaakt. Met name is er begrenzing van de met HLES berekende viscositeit en diffusiviteit toegepast om eventuele stabiliteitsproblemen te voorkomen. Experimenten met het Maas- en het Rijntakkenmodel laten zien dat er een extra begrenzing nodig is. De begrenzing kan met het keyword LIMIT_VISC worden opgegeven in de invoerfile. Dit wijkt af van de Delft3D implementatie.

2.2

Gewijzigde formulering voor bodemruwheid in TRIWAQ

Bij TRIWAQ berekeningen met verschillende aantallen lagen is gebleken dat er verschillen optraden tussen 2D (kmax=1) en 3D berekeningen (kmax>1). Deze bleken te worden veroorzaakt door de omrekening van 2D bodemruwheid naar 3D. Er is een nieuwe formulering voor bodemruwheid in 3D modellen geïmplementeerd die leidt tot een betere correspondentie van waterstanden van een TRIWAQ berekening met meerdere lagen met de waterstanden voor een overeenkomstige TRIWAQ berekening met één laag. Waterstanden Hoek van Holland 1.500

1.000

Waqua 0.500 Triwaq 1 laag 10 lagen, compatible 0.000 4000.

4500.

5000.

10 lagen, vert_chezy=velocity

-0.500

-1.000

Bij het samenvoegen van de rekenkernen van WAQUA en TRIWAQ in 2008 is op veel punten de berekening van de waterstanden voor een WAQUA berekening al gelijkgetrokken met de waterstanden voor een TRIWAQ berekening met één laag (zie release notes Simona2008-01). De waterstanden van een TRIWAQ berekening met meerdere lagen corresponderen daardoor met de overeenkomstige WAQUA berekening. Bovenstaand


5

figuur toont vier CSM8-berekeningen. De drie lijnen voor Waqua, Triwaq-1-laag, Triwaq-10lagen-nieuw liggen nagenoeg op elkaar, de lijn voor Triwaq-10-lagen-oud wijkt duidelijk af. De nieuwe formulering voor bodemruwheid in 3D is naast de oude geïmplementeerd. Er is een verplicht keyword “VERT_CHEZY” geïntroduceerd waarmee de gewenste formulering wordt geselecteerd. De waarde moet op VELOCITY worden ingesteld om de nieuwe 3D formulering voor bodemwrijving te gebruiken. Bij de waarde van COMPATIBLE wordt de formulering van de Simona2009-release toegepast. Geadviseerd wordt om VELOCITY te gebruiken, tenzij oude 3D-resultaten gereproduceerd moeten worden.

2.3

Performance verbetering van coppos ten aanzien van timehistories

De performance van Coppos voor parallel rekenen is verbeterd ten aanzien van timehistories. Dit levert een aanzienlijke versnelling op van het samenvoegen van deel-SDS-files van parallelle of DDHOR-berekeningen waarin lange tijdreeksen worden gebruikt.

2.4

Verbeteren zwak-reflecterende randvoorwaarden

De formulering voor zwakke reflectie bij open randen is verbeterd zodanig dat stoorgolven beter door open randen worden doorgelaten, en zodanig dat golven parallel aan open randen niet langer stroming het domein in opwekken. De precieze formulering wordt uitgelegd in de technische documentatie van WAQUA/TRIWAQ. Omdat de aanpassingen verschillen in rekenresultaten geven, kan de oude formulering worden gebruikt met het keyword OLD_REFL.

2.5

Ruimtelijk variërende wind voor temperatuurmodule

Er is een uitbreiding gemaakt aan het temperatuurmodel m.b.t. ruimtelijk variërende wind. Tot nog toe kon in het temperatuurmodel alleen gerekend worden met een globale windsnelheid. In de waterbeweging was het wel mogelijk om met ruimtelijk variërende wind (SVWP) te werken. Deze ruimtelijk variërende wind kan nu ook gebruikt worden voor het temperatuurmodel. Voor meer informatie zie het hoofdstuk “HEATMODEL” in de Users Guide van Waqpre.

2.6

OpenMI-koppeling tussen WAQUA en Swan

Er zijn diverse wijzigingen doorgevoerd aan Waqomi, de OpenMI-versie van WAQUA. In de Simona2009-release is de OpenMI-versie niet meegeleverd vanwege een probleem met de compiler voor de verschillende onderdelen. De laatste release van Waqomi is dan ook de versie van update-release Simona0904. Verschillen ten opzichte daarvan zijn: Naast de bestaande “ID-based” koppeling voor specifieke punten in een model kunnen nu ook enkele grootheden gekoppeld worden op het hele rooster. Er wordt alleen gekoppeld op de actieve punten. Bij koppeling op debiet of snelheidsranden wordt het keyword POS_INWARD goed afgehandeld. De messagefile van Waqomi is aangepast en is nu identiek aan de messagefile van Waqpro. De foutafhandeling is sterk verbeterd. Alle benodigde bibliotheken worden op de CD meegeleverd, en er staan twee OpenMI voorbeelden in de examples directory. Er is documentatie over Waqomi toegevoegd. OpenMI werkt niet in combinatie met parallel rekenen of domeindecompositie. Er zijn nog steeds problemen om WAQUA en Swan on-line te koppelen.


6

2.7

Verschil plots van overlaten (weirs) met Waqview

De verschilplot is uitgebreid zodat: 1. in één plot gezien kan worden welke overlaat bij welke SDS-file hoort; 2. het verschil van statische en berekende waarden gepresenteerd kan worden (bijvoorbeeld kruinhoogte en stroomsnelheid). Plot locations: Overlaten die in beide SDS-files voorkomen blijven zwart. Overlaten die alleen in de eerste SDS-file voorkomen worden rood en die alleen in de tweede SDS-file voorkomen worden blauw. Ook krijgen de laatste twee een iets dikker lijntje. De dikte van de lijnen is een factor twee tot drie groter dan de normale dikte.

De zwarte lijnen zijn gezamenlijke locaties van overlaten

Plot coloured lines: Hierin is het verschil te zien van de grootheid die in hetzelfde menu geselecteerd kan worden. De overlaten die slechts in één SDS-file staan, worden zwart gekleurd en krijgen ook een iets dikker lijntje. Men kan daardoor direct zien dat de betreffende overlaten slechts bij één SDS-file horen.

De zwarte lijnen zijn hier de niet-gezamenlijke locaties van overlaten

2.8

OpenDA (Open Data-Assimilatie) voor WAQUA

In de Major Release Simona2009 werd reeds de OpenDA ‘model wrapper’ geïntroduceerd voor Simona. Op 10 mei 2010 is de OpenDA open source software nu ook officieel in gebruik genomen. Data-assimilatie zorgt ervoor dat de computerresultaten als het ware naar de metingen toegetrokken worden. Het computermodel blijft daardoor dichter bij de werkelijkheid en geeft dan ook betere voorspellingen. Weersvoorspellingen bijvoorbeeld zijn veel nauwkeurig omdat de computerberekeningen op grote schaal worden bijgestuurd aan de hand van weerswaarnemingen. Met de OpenDA software kan data-assimilatie nu ook veel makkelijker toegepast worden in voorspelmodellen zonder dat een grote investering nodig is. OpenDA levert een reeks van bouwstenen waarmee data-assimilatie voor een model relatief snel te ontwikkelen is. De bouwstenen kunnen weer opnieuw gebruikt worden en worden met elke toepassing weer in de praktijk getest. Daardoor zullen ze na enige tijd zeer weinig fouten meer bevatten. Bovendien zijn de bouwstenen geoptimaliseerd om snel te rekenen. Dat is belangrijk omdat data-assimilatiemethoden meestal enorm veel rekentijd vergen. Release notes major release Simona2010 (april 2010)

7

Rijkswaterstaat gebruikt de software al bij de hoogwatervoorspellingen langs de Nederlandse kust en OpenDA functionaliteit is ook beschikbaar in het Flood Early Warning System (FEWS) van Deltares.

2.9

Simona Updater

Sinds deze Major Release is de Simona Updater geïntroduceerd. Deze kan een Major Release of een Major Update Release bijwerken met nieuw uitgebrachte patches. Het downloaden en installeren verloopt na goedkeuring van de gebruiker geheel automatisch. Om een Simona installatie bij te werken is het niet nodig om een inlognaam en wachtwoord aan te vragen. Het starten van de Simona Updater kan via update.pl of eventueel via het startmenu.

2.10

Meerdere kleine wijzigingen

1. Dichtheidsberekening in diagnostische mode (stationair). Er zijn uitbreidingen gemaakt aan WAQUA/TRIWAQ waardoor dichtheidseffecten in “diagnostische mode” kunnen worden meegenomen. Dat betekent dat zout en temperatuur als (stationair) veld worden opgegeven in de invoerfile in plaats van te worden berekend in de transportmodule van Waqpro. Dit is van belang voor onderzoek naar het referentievlak voor het nieuwe DCSM model. Het toepassen van deze, op zich kleine, aanpassing op het DCSM model heeft geleid tot een aantal vervolg vragen die nog niet allemaal zijn opgelost. 2. In Waqpre is een controle toegevoegd op de horizontale diffusiecoëfficiënten voor het transportmodel. Die moeten nul of groter zijn om tijdens het rekenen instabiliteiten te voorkomen. 3. De default waarde voor het Prandtl-Schmidt getal is veranderd van 0,5 naar 0,7. Deze parameter wordt in het transportmodel gebruikt voor het berekenen van de verticale diffusiviteit en wordt verder gebruikt in het HLES turbulentiemodel. Er werden verschillende defaults gebruikt die nu zijn gelijkgetrokken. 4. Er is een kleine aanpassing gemaakt in het k-epsilon turbulentiemodel. De parameter CEPS1 voor de buoyancy-term werd niet goed verwerkt, dit is gerepareerd. 5. Er zijn een paar kleine bugs opgelost in het inlezen van het keyword FRICOMBINATION, o.a. voor TRIWAQ-berekeningen met meerdere lagen. 6. Verbetering van restart functionaliteit voor modellen met QAD-randen of met kepsilon turbulentiemodel. 7. Het opgeven van de bufsize voor Waqpre en Obs2sds is niet langer verplicht. Op basis van de lengte van de invoerfile en include-files wordt een schatting gemaakt van benodigde bufsize. Tevens zijn er enkele bugfixes (o.a. Modnst en Waqpre) uitgevoerd n.a.v. problemen bij het automatisch vergroten van de bufsize. 8. De controles ten aanzien van het wind-rooster in geval van SVWP (space-varying wind and pressure) zijn verfijnd. Situaties waarin het wind-rooster te klein is voor het gebruikte WAQUA-rooster worden daarmee beter ondervangen. Wind en pressure grids hoeven nu niet meer te bestaan boven gesloten randpunten. 9. Bij berekeningen waarin de optie CORRECT_BOUND wordt gebruikt of in DDHORberekeningen met SVWP waarin domeinen op openingen gekoppeld zijn, is de interpolatie van SVWP verbeterd. Problemen met instabiliteiten en onnauwkeurige modelresultaten zijn daarmee opgelost. Deze problemen traden namelijk met name op bij kromlijnige grids. 10. Er is een aanpassing gemaakt waardoor ook rechtlijnige roosters kunnen worden geroteerd via ANGLEGRID.


8

11. Verbeteringen voor DDHOR-modellen m.b.t. uitwisselen van diffusiecoëfficiënten op DDHOR-randen en interpolatie routines. Een instabiliteit in het Rijn-Maasmondmodel is hiermee opgelost. 12. De flexibele barriernummering (ingevoerd in Simona2009) werkt nu ook correct voor de situatie waarbij de sturing van de barrier afhankelijk is van de toestand van de barrier. 13. Bugfix in barrier-barrier structure in combinatie met parallel rekenen. 14. WAQAD is verbeterd m.b.t. controle op arrays. 15. Er zijn verbeteringen gemaakt aan Getdata betreffende: o de laag-, grid- en constituent selectie; o het toekennen van dummy waarden aan XZETA en YZETA in “noncomputational points”; o het opvragen van de meta data listing voor NEFIS-files. 16. De Excel-plugin is versneld voor het werken met grotere SDS-files (500MB). Bij het openen van een formulier om een enkele grootheid op te halen, wordt de lijst met stations onthouden en de algemene informatie die daar bij hoort. Bij de volgende keren dat het formulier geopend wordt, zal de informatie snel gepresenteerd worden. Na het sluiten van het werkboek is de informatie wel weer verdwenen. Daarnaast zijn er nog een aantal algemene performance verbeteringen aangebracht. 17. De Simona toolbar voor ArcGIS kan nu via de Simona installer worden geïnstalleerd voor ArcGIS versies 9.1, 9.2 en 9.3. Bij de installatie detecteert de Installer het versienummer van de geïnstalleerde ArcGIS. Op basis daarvan wordt de juiste Simona Toolbar voor de vigerende ArcGIS versie geïnstalleerd.


9

3

Informatie voor programmeurs

Sinds de laatste major release zijn er een aantal aanpassingen gemaakt aan de procedures en werkwijzen voor het beheer en onderhoud van de programmatuur. Deze zijn van belang voor alle Simona programmeurs.

3.1

Aanpassing aan het make-systeem (simake.pl)

Opties voor simake.pl worden afgedrukt met behulp van de optie –h. Net als de andere perl-scripts kan nu bij simake.pl met de optie –h de commandline-opties van het programma worden opgevraagd.

3.2

Aanpassingen aan de testbank

Restart optie voor test-models. Het is nu mogelijk automatisch voor alle modellen uit test-systems de som halverwege te restarten en te vergelijken met een som zonder restart. Dit heeft meerdere problemen met restart naar boven gebracht waarvan de meeste zijn opgelost. Test-systems zijn traag of blijven hangen. Problemen bij het draaien van Test-systems hebben geleid tot enkele aanpassingen in de testbank. Het vergelijken van matlab bestanden werkte niet met elke Matlab-versie. Verder is de test van restart.pl aangepast, en zijn de controles van de Waqad-testen verbeterd. Daarnaast is een kleine correctie in Diffrunids gemaakt.

3.3

Ruimtelijk variërende wind

In routine washtu wordt het array HWIND gebruikt. Dit array bevat de windsnelheden die zijn opgegeven in WIND in het hoofdstuk GENERAL. Dit array is reeds gealloceerd in elke roostercel, maar wordt nu in het temperatuurmodel gevuld met de constante waarde uit het hoofdstuk GENERAL/WIND. In routine wastru wordt het betreffende array gevuld m.b.v. routine waginv. Deze zet een constante waarde in alle entries van het array. Deze routine maakt het mogelijk om de snelheden te gebruiken die zijn opgegeven onder het hoofdstuk SPACE_VAR_WIND. De methode die in het temperatuurmodel gebruikt moet worden, is afhankelijk van het wind type dat gebruikt wordt in het waterbewegingsmodel. Als een space varying wind gebruikt wordt, dan wordt de vlag ISVWP op 1 gezet (deze vlag staat in COEFF_GENERAL_ICGENA). In geval van space varying wind moet er wel voor gezorgd worden dat in het betreffende array echte windsnelheden komen en niet bijvoorbeeld wind-stresses.

3.4

Aanpassing aan Waqpro.pl t.b.v. Windows7

Er is een aanpassing aan het perl-script van Waqpro gemaakt waardoor één van de problemen met parallel rekenen op Windows7 is verholpen. Het perl-script van Waqpro roept het perl-script van Rsds niet meer aan. Nu wordt maar één keer Perl gestart, wat ook het debuggen eenvoudiger maakt.

3.5

Toevoeging documentatie t.b.v. het compileren van de SimonaToolbar

Er is documentatie toegevoegd met een technische beschrijving voor de ontwikkelaar, waarin stap voor stap wordt uitgelegd hoe de SimonaToolbar gecompileerd moet worden voor de verschillende versies van de ArcGis SDK. Deze documentatie is te vinden bij de documentatie voor programmeurs (sysdoc.html).


10

3.6

Dichtheidsberekening WAQPAN

Na een aanpassing van de dichtheidsberekening in wagden is besloten om voor Waqpan de oude routine te blijven gebruiken, door de oude wagden te kopiëren naar wapden. Dit is ook voor twee andere routines gedaan (trdsih wansih en wagust wanust). Hierdoor is Waqpan alleen nog afhankelijk van tools. Dit vereenvoudigt het onderhoud.

3.7

Aanpassing aan Lokale datastructuur Modnst

Naar aanleiding van incident 3198 (geheugenprobleem in Modnst) is besloten om alle lokale Simona-arrays van Modnst te vervangen door Fortran-allocatable arrays.


11

Compatibiliteit In deze paragraaf besteden we aandacht aan een aantal specifieke punten die van belang zijn bij de overstap van de vorige naar de huidige versie van de programmatuur.

3.8

Compatibiliteit met vorige versie van de programmatuur

3.8.1 Ja.

Zijn alle oude functionaliteiten nog beschikbaar?

3.8.2

Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken?

Ja. In TRIWAQ berekeningen met meerdere lagen moet het keyword VERT_CHEZY worden toegevoegd met als waarde COMPATIBLE. Van het keyword DENSITIES moet nu tenminste 7 i.p.v. 6 karakters worden opgegeven.

3.8.3

Zijn er aanpassingen nodig aan de modelinvoer om nieuwe functionaliteit te kunnen gebruiken?

Ja. Voor betere overeenkomst tussen 2D en 3D TRIWAQ berekeningen moet het keyword VERT_CHEZY worden opgegeven met de waarde VELOCITY. Voor gebruik van de verbeterde formulering voor zwak-reflecterende randen moet optie NEW_REFL worden toegevoegd. Om een rechtlijnig rooster te kunnen roteren, is er het keyword ANGLEGRID. Voor diagnostisch zout moet het keyword DENSITY i.p.v. DENSITIES worden gebruikt.

3.8.4

Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om deze versie (met oude functionaliteit) te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)?

Nee.

3.8.5

Moeten er nieuwe filters worden aangemaakt om de nieuwe functionaliteit van de nieuwe release te kunnen gebruiken (evt. per Kalman-methode verschillend)?

Nee.

3.8.6

Zijn er restricties aan het gebruik van de nieuwe functionaliteit, combinaties die niet worden ondersteund?

Nee.

3.8.7 Ja.

Zijn er nieuwe Keywords? Voor de bodemwrijvingsformulering in 3D: FLOW – PROBLEM – VERT_CHEZY. Voor de zwakke reflectie: FLOW – FORCINGS – BOUND_OPTIONS – OLD_REFL en NEW_REFL. Default: OLD_REFL. Bij TURBULENCE_MODEL – HLES is er een extra keyword LIMIT_VISC toegevoegd.


12

Voor diagnostisch zout is het hoofdkeyword DENSITY gemaakt ter vervanging van het oude hoofdkeyword DENSITIES.

3.8.8 Ja.

Zijn er wijzigingen in de bestaande Keywords? De default waarde van het Prandtl-Schmidt getal is opgehoogd van 0,5 naar 0,7.

3.8.9

Zijn de wijzigingen doorgevoerd in alle voor- en nabewerkingsprogramma's?

Ja.

3.8.10 Zijn er wijzigingen in de meldingen door het systeem? Ja. De messagefile van Waqomi is uitgebreid. Op Windows werd soms de verkeerde datum afgedrukt. Enkele format-strings zijn aangepast waardoor nu getallen i.p.v. ‘***’ worden afgedrukt. 3.8.11 Zijn de resultaten veranderd? Voor 3D-berekeningen zijn de resultaten iets anders, waarbij de onderstaande punten 2) en 3) nauwelijks invloed hebben op de resultaten en punt 1) wel: 1. De grootste aanpassing komt door de invoering van een nieuwe methode voor de 3D bodemwrijving. Met het keyword VERT_CHEZY kan de berekening nog worden gedaan volgens de oude methode. 2. Er is een kleine aanpassing in het k-epsilon turbulentiemodel gemaakt. 3. De defaultwaarde voor het Prandtl-Schmidt getal is opgehoogd van 0,5 naar 0,7. Voor 2D-berekeningen zijn de resultaten nagenoeg gelijk, met uitzondering van: Kromlijnige modellen met open randen op n=1, m=1, n=nmax of m=mmax. Domeindecompositie modellen met ruimtelijk variërende wind of diffusie.

3.8.12 Is er uitvoer (zowel messagefile als SDS-file) geschrapt? Alleen enkele regels debug-uitvoer die niet bedoeld waren voor een release versie.

3.9

Aankondiging m.b.t. verouderde functionaliteit

Om het complete Simona-systeem beheersbaar te houden moet er van tijd tot tijd verouderde functionaliteit uit het systeem worden geschrapt. De volgende functies zijn hiervoor genomineerd: Programma Waqpan Het programma Waqpan wordt al geruime tijd niet meer ondersteund en ook niet bijgewerkt ten aanzien van aanpassingen elders in het systeem. In plaats daarvan kunnen Sidonia en Getdata worden gebruikt. Wat het Simona-team betreft is dit de laatste Simona-release inclusief Waqpan. Als gebruikers scripts hebben op basis van Waqpan kunnen die zich melden bij de Servicedesk via de Simona-website (www.WAQUA.nl). Programma's Cmpbnd en Adobs Het programma Cmpbnd is opgevolgd door het generieker programma Cmpser, het programma Adobs is opgevolgd door Obs2sds. Uit navraag is gebleken dat deze programma’s niet meer gebruikt worden en ze zullen bij de volgende (update-) release niet meer in Simona zitten. Release notes major release Simona2010 (april 2010)

13

Programma Waqad Met de komst van OpenDA programmatuur voor data-assimilatie voor o.a. WAQUA modellen is Waqad overbodig geworden. We zullen een geschikt moment zoeken om Waqad uit Simona te halen. Oude keywords voor droogval en displays In Waqpre staan keywords voor de oude droogval methode en voor het aansturen van oude plotprogrammatuur. Deze staan op de nominatie om verwijderd te worden. Ook is het de bedoeling dat het nieuwe keyword DENSITY het keyword DENSITIES zal vervangen.


14

4

Bekende problemen / restricties

In deze paragraaf bespreken we de beperkingen en bekende problemen van de huidige release. Eerst geven we de beperkingen die voor alle platformen gelden, daarna de beperkingen per platform.

4.1

Algemene restricties Bij gebruik van afwijkende buffersizes in DDHOR-berekeningen moet de bufsize in de DDHOR configuratiefile op dezelfde regel worden gespecificeerd als de executable. Modellen die Lagrangiaanse tijdsintegratie gebruiken kunnen niet worden gerestart. Voor het systeem WAQUA-met-OpenDA gelden de volgende beperkingen: - Steady-state Kalman filters kunnen nog niet worden gebruikt. - Alleen waterstandsmetingen kunnen worden verwerkt. - User transport kan niet worden gebruikt. - Bij parallel rekenen en domein-decompositie worden nog verkeerde resultaten verkregen door fouten in de verwerking van het ruismodel en metingen in stations waarvoor (m,n)-coördinaten zijn opgegeven. - Er is nog geen ondersteuning voor 'Kalman mode-parallellisatie'. - Er wordt meer geheugen gebruikt dan strikt noodzakelijk is. - Restarten van RRSQRT-berekeningen is nog niet mogelijk. - Metingen, predicties en Kalman-resultaten komen niet op de SDS-file terecht, maar in CSV-file die OpenDA standaard aanmaakt. Als met behulp van de Simona toolbar vectoren zijn getekend in ArcGis en vervolgens alle shapefiles die in ArcGis zijn geladen verwijderd worden, dan genereert het systeem een foutmelding.

4.2

Restricties voor het Linux-platform De OpenMI koppeling werkt niet op Linux.

4.3

Restricties voor het Windows-platform Redirecten. Het redirecten van invoer voor sidsview.pl (< invoerfile) werkt niet goed. Uitvoer 'sluizen' onder Windows. Op het Windows-platform is het mogelijk om de perl-scripts direct aan te roepen als zij in het zoekpad staan, dus zonder expliciet het commando 'perl' te gebruiken. Hierbij werkt het 'sluizen' van de uitvoer van het script naar een ander programma niet goed. Dit is een bekende beperking van Perl voor Windows. Optie –back werkt niet. Op het Windows platform kunnen rekenprocessen niet met optie '-back yes' in de achtergrond worden opgestart. Als men de volledige aanroep van een script weet, kan deze in zijn geheel in de achtergrond worden opgestart via 'start waqpro.pl -runid ....'. Het woordje "start" doet hier iets vergelijkbaars als "&" op Linux.


15

Het gebruik van slashes in Getdata. Perl gebruikt de backslash ('\') als een bijzonder ('escape'-) teken. Indien een padnaam wordt opgegeven als bestandsnaam moeten de backslashes daarom dubbel getypt worden. Als alternatief kunnen voorwaartse slashes ('/') gebruikt worden zoals dit onder Linux gebeurt. Parallel rekenen in Waqad. De optie ‘-nproc’ van parallel Waqad (tegelijkertijd op aparte computers berekenen van meerdere "finite differences") werkt niet op het Windows platform en wordt genegeerd. WAQUA-met-OpenDA m.b.t. Kalman filtering. WAQUA-met-OpenDA voor Kalman filtering werkt alleen op het Linux platform (Calibriv in OpenDA werkt zowel op Linux als op Windows). User-transport routines. User-transport routines kunnen niet gebruikt worden op het Windows platform.


16

5

Configuratie

5.1

Platforms

Door Simona B&O worden de volgende (32 bits) platforms ondersteund: Linux PC onder Windows XP of Windows 2000 De programmatuur zou ook onder Windows Vista moeten werken, hoewel dit nog niet officieel wordt ondersteund. Gebruikers worden uitgenodigd om te kijken hoe dat gaat en eventuele problemen terug te melden.

5.2

Producten

De standaard Simona levering bestaat uit de volgende onderdelen: Simona productieversie (binaire uitlevering voor Linux en Windows), inclusief documentatie in pdf; Sidonia productieversie (installer voor Linux en Windows); Simona installer voor Linux en Windows; geschikte versies van externe systemen; Release notes (huidig document).

5.3

Bestanden

Hieronder volgt een opsomming en uitleg van de belangrijkste bestanden uit de Simona omgeving. Met $SIMONADIR wordt de productie-directory van Simona op het lokale systeem bedoeld. - $SIMONADIR/README - $SIMONADIR/INSTALL.simona - $SIMONADIR/INSTALL.par-win - $SIMONADIR/etc - $SIMONADIR/etc/linux/Settings.inc - $SIMONADIR/etc/win32/Settings.inc - $SIMONADIR/bin - $SIMONADIR/examples - $SIMONADIR/doc/index.html

- bestand met informatie over de release - bestand met informatie over de installatie van de release - aanvullende instructies voor het gebruik van parallel rekenen op het Windows platform - configuratiebestanden: referentie-arrays, foutmeldingenbestand e.d. - instellingenbestand voor het Linux-platform. Hierin moet met name de locatie van MPICH2 worden ingesteld. - instellingenbestand voor het Windows platform. Hierin moet met name de locatie van MPICH2 en de drive-mapping worden ingesteld. - directory met executeerbare programma's, met name Perl run-procedures - directory met verschillende voorbeelden - html-pagina voor toegang tot de documentatie (in pdf-formaat)


17

6

Versienummers

Na de major release Simona2010 gelden de volgende versienummers (zoals te vinden in de message-files, die bij de verschillende programma's behoren): ADCUM ADGLGR ADO2MD ADOBS ADPRKA ADPRO ADRPAR ADRSAV AGETWL CALIBRIV CLRSDS CMPBND CMPSER CNVOBS COECTA COEXEC COPPOS COPPRE DIFTOSDS DIRTST GETDATA GETSER HDFSDS IPW KALMAN MODNST OBS2SDS RSDS SDS2MAT SDSDIF SDSHDF SDSTOINC SICORRUPT SIDSVIEW SIERWR SIMPAR SIRECOVR SIREFT SIVIEW SLIB3D WAQCOSTA WAQOMI WAQPAN WAQPRE WAQPRO WAQVIEW WAQWND

1.18.15 1.19.06 1.13.19 2.08.30 1.18.15 2.13.01 1.19.08 1.19.08 1.14.29 1.04.00 1.18.11 1.13.32 1.14.27 1.16.25 1.02.18 1.31.00 1.23.00 1.41.05 1.10.16 1.15.33 2.30.02 1.21.26 1.16.31 5.19.00 2.06.28 1.25.00 2.10.20 2.12.03 2.27.00 1.15.31 1.15.31 1.09.16 1.15.02 3.13.13 3.06.19 1.16.27 3.07.19 3.09.19 3.13.16 1.13.27 1.06.03 1.11.00 8.45.02 10.87.00 12.87.00 4.60.00 9.14.06


18

RELEASE NOTES. (april 2010)

Recommend Documents