Pøipojení na vzdálený poèítaè
1/16 pch00
Pou¾itý software MACSIMUS (a mnoho dal¹ích) funguje pod systémem linux na þklastruÿ. Pro pøipojení ze ¹kolních Windows k serveru klastru musíte mít:
Terminál s pøíkazovým øádkem (PuTTY)
Windows Start → hledat → putty a program spus»te. Host name → 403-a324-01 Connection → SSH [→ Tunneling] → X11 → x Enable X11 forwarding zpìt Session → Open Login as: guest máte-li, pou¾ijte vlastní úèet Password: znáte (pokud ne, sdìlím)
X server pro zobrazení gra ky (Xming)
Windows Start → hledat → xming a spus»te V¹echny dotazy potvrdit. Ve stavovém øádku se musí objevit ikona Pro pøístup z domova (Windows) si vý¹e uvedené program musíte nainstalovat a dále se do ¹koly musíte pøipojit pomocí VPN
2/16 pch00
Test pøipojení
Základním zpùsobem práce pod Unixem/Linuxem je pøíkazový øádek, co¾ je vstup interpretu pøíkazù (shellu): napí¹ete pøíkaz a stisknete Enter . Zaèátek øádku (napø. guest@a325-1:~$ ) se nazývá prompt. Celé okno s promptem a výstupem se nazývá terminál. Pokud chcete pøedchozí pøíkaz opravit a spustit znova, pou¾ijte kurzorovou ¹ipku nahoru a opravte. Jako test, ¾e pøipojení je v poøádku, zkuste: guest@a325-1:~$ xclock
Zobrazí se hodiny. Hodiny zru¹te buï my¹í terminálu.
×,
nebo stiskem Ctrl-c v oknì
Nevidíte hodiny???
Nejsou ikonizované? Hledejte dole na li¹tì. Za¹krtli jste X11 forwarding pøi startu PuTTY? Vidíte ikonu ve stavovém øádku? Restartujte PuTTY a/nebo Xming. Restartujte Windows. . .
Pøesun souborù mezi va¹ím poèítaèem a klastrem
3/16 pch00
Doporuèuji \WinSCP", který ale ve ¹kole bohu¾el není instalovaný. Hledejte v Googlu, nebo https://winscp.net/eng/download.php, zvolte \Portable executables", které nevy¾adují instalaci. Mo¾ná budete dále zpracovávat soubory následujících typù: .g = radiální distribuèní funkce .cpa = ASCII image konvergenèního pro lu .z = hustotní pro l (ve smìru z) V¹echny tyto soubory jsou textové s tím, ¾e konce øádkù jsou ukonèeny LF, zatímco pod Windows se ukonèují dvojicí CR LF. Nìkteré Windousí aplikace pak nedìlí soubor na øádky. (Správnì funguje napø. WordPad, nefunguje NotePad.) Pro konverzi do Windows pou¾ijte pøíkaz: guest@a325-1:~/VY$ unix2dos JMENO SOUBORU
4/16 pch00
Midnight Commander
Je nadstavba shellu podobná aplikaci Total Commander (Windows Commander) vhodná pro u¾ivatele zvyklé na Windows. nastartujte Midnight Commander pøíkazem guest@a325-1:~$ mc
Z dùvodu ostatních u¾ivatelù mù¾e být obrazovka v nestandardní pozici. Pomocí Tab pøejdìte na panel, který má nahoøe vlnovku (~)1. zobrazit výpisy na obrazovku/commander (pøepínaè) spravit rozbitou obrazovku (po výstupu) prohlí¾ení souboru (mù¾e být pøede nováno) editace textového souboru nový textový soubor + editace menu start asociované aplikace, zmìna slo¾ky ukonèit Midnight Commander
Ctrl-o Ctrl-l F3 F4 Shift-F4 F9 Enter, doubleclick F10
Simulaèní soubory jsou asociovány s aplikacemi (viz pøílohy na konci) 1
Vlnovka znaèí domovskou slo¾ku u¾ivatele, zde ~ = /home/guest.
Problémy. . .
5/16 pch00
V Midnight Commanderu nefunguje posuvník. Jste-li v Midnight Commanderu a na obrazovce je smetí, stisknìte Ctrl-l Nevíte-li, kde jste, pak Ctrl-o Ctrl-o Pokud jste omylem stiskli Ctrl-s (stop výstupu na terminál), napravíte to pomocí Ctrl-q Nìkdy pomù¾e Ctrl-c { pøeru¹ení V nouzi Ctrl-z , pøíkaz jobs a pak kill %1 atd. podle poètu jobù Pokud simulace (cook*) zhavaruje, mù¾e se tak stát dvojím zpùsobem: Úplnì spadne, pak zùstane ve slo¾ce soubor SIMNAME.loc. (SIMNAME je poslední argument cook ... SIMNAME). Sma¾te ho, ale jen pokud jste si jisti, ¾e simulace skuteènì nebì¾í! Dvojí start simulace se stejným SIMNAME = havárie obou simulací. Ohlásí chybu, tu najdete jednak na konci SIMNAME.prt, jednak v souboru JMENO JOBU.o123456, kde 123456 je èíslo jobu. Pøeru¹ení bì¾ící simulace (soubory se uzavøou): guest@a325-1:~/VY$ touch SIMNAME.stp { mù¾e chvíli trvat.
Textové soubory
6/16 pch00
Textové soubory jsou slo¾ené z písmen a øídících znakù jako je CR a LF. V MACSIMUSu jsou to .def, .get (øídící soubor simulace), .cpi, .che, .ble, .prt (výstupní protokol). Ve Windows se editují zpravidla aplikací Notepad (Poznámkový blok) a mají koncovku .txt, která èasto není vidìt. Pod linuxem je nutno v¾dy psát koncovku souboru! Úpravy textových souborù { Midnight Commander: úpravy stiskem F4 nový soubor Shift-F4 Úpravy textových souborù { pøíkazový øádek, napø.: guest@a325-1:~/VY$ mcedit SOUBOR
(stejný editor jako v Midnight commanderu) guest@a325-1:~/VY$ nano SOUBOR
Clipboard se ovládá Ctrl-Shift-C a Ctrl-Shift-V . Ve vìt¹inì editorù (kromì mcedit) funguje (jiný) clipboard pomocí prostøedního nebo pravého tlaèítka my¹i (podle nastavení), z okna do okna lze pak snadno kopírovat oznaèený text bez doteku klávesnice.
7/16
Návod k programu blend (asi nebudete potøebovat) pch00 my¹ posun (drag): levá = toèit, prostøední (tj. koleèko) = posun, pravá = toèit/velikost my¹ click: levá = oznaèit, prostøední = celá molekula po vazbách, pravá = odznaèit my¹ koleèko: vìt¹í/men¹í
panel/tlaèítko Display mode/ Projection/ Ball size Minimization/Minimize
klávesnice = Home End r R , ; Minimization/Random : Edit/Move marked m I Minimization/Go . Esc
Funkce møí¾ka (po 1 A) zmìna perspektivy zmìna velikosti atomù minimalizace energie (100×c.g.) minimalizace (komb. metoda) náhodný posun + minimalizace pohyb výbìr ↔ v¹echno oznaèené ↔ neoznaèené Zde: Ulo¾ a skonèi nepou¾ívej (pøíkazový øádek blendu)
Prohlí¾ení trajektorie { program show
8/16 pch00
Ovládání my¹í je podobné jako pro blend. Vybrané funkce: panel/tlaèítko klávesnice Funkce Display mode g G zpùsob zobrazení atomù a vazeb Playback/ | > i pøehraj od zaèátku , zaèátek Playback/ | << , konec Playback/ >> | Misc/Projections = perspektiva ↔ rovnobì¾né promítání Misc/StdRot Tab zobrazí rovnobì¾nì s osami Edit/Move marked m pøepínaè pohyb celé kon gurace/výbìru Edit/Unmark Ctrl-u zru¹í výbìr (znaèení) Edit/Invert M prohodí výbìr/nevybráno mìní citlivost kliknutí pro oznaèení Edit/Click range M Save Ctrl-s ulo¾í zmìnìnou kon guraci (nové jméno) Oznaèovat mo¾no pouze v þdrátovýchÿ re¾imech (poslední dva)!
Obrázky molekul
9/16 pch00
Z show získáte \printscreen" (kromì prostøedkù Windows) stiskem P + o (lze získat i série pro pøípadnou výrobu videa). Výsledek je ve formátu \portable pixel map" (raw .ppm, verze P6). Tento soubor lze naèíst z Windows napø. známým programem IrfanView, nebo pøímo na místì pøevést pomocí pnmtopng, pnmtojpg. Pìkné obrázky získáte pomocí techniky \ray tracing", implementován je ray, Mark VandeWettering \reasonably intelligent raytracer". Z show získáte popis scény ve formátu nff stiskem N + o { pouze v nedrátových re¾imech (prvních 5). rendruje se z mc nebo pøíkazem (napø.) guest@a325-1:~/VY$ ray -n mojevoda.0000
se vytvoøí obrázek opìt ve formátu .ppm.
Zadání jobu dávkovì
10/16 pch00
Doporuèuji skript jsub Spus»te simulaci prikazem guest@a325-1:~/VY$ jsub -n VASEJMENO cook nacl NPT jsub = skript nastavující prostøedí a po¾adující spu¹tìní na uzlu klastru -n VASEJMENO jméno úlohy (zobrazuje se max. 10 znakù) cook simulaèní program nacl první parametr pro cook: pou¾ije se nacl.ble a nacl.def NPT druhý parametr pro cook: jméno simulace (vstupní data = NPT.get)
Kontrola jobu guest@a325-1:~/VY$ jstat
Zru¹ení jobu guest@a325-1:~/VY$ qdel CISLOJOBU
Pøeru¹ení správnì bì¾ícího výpoètu cook: Midnight Commander: doubleclick NPT.loc guest@a325-1:~/VY$ touch NPT.stp
Zobrazení grafù { gnuplot
Viz Google
→ \gnuplot manual", guest@a325-1:~/VY$ gnuplot
gnuplot> gnuplot> gnuplot> gnuplot>
napø.:
plot ’drop.cpa’ using 0:1 set terminal jpeg set output "pic.jpg" replot
So stikovaný a slo¾itý, dobrý manuál. Umí i vzorce, 3D, . . .
11/16 pch00
12/16 pch00
Zobrazení grafù { plot
Souèást MACSIMUSu { jednoduchý, bez manuálu. Pøíklad: guest@a325-1:~/VY$ plot drop.cpa:0:1
levá my¹ = zoom in, u = zpìt zoom, k = celý @ + M = printscreen (opaèné barvy, ve formátu ppm) Výstup ve formátu EPS: zalo¾te soubor ps.def podle pøíkladu: m s w w x r y l l t f
e # EPS 12 # velikost fontu v pt 600 600 # velikost grafu (bez os) v pt -10 -10 # velikost grafu (bez os) v cm 60 5 POPIS-OSY-X (recky=\ index/exponent = _^) 90 # rotace 60 5 POPIS-OSY-Y # 60 5=levy/pravy okraj v pt X Y TEXT X +DY $2-POPIS-CARY2 1 1 # tloustky car/ramecku v pt 2 2 5 # hustota popisu os, pacicky v pt
Z okna plot se vytvori
plot.eps
stiskem
#
Verze
13/16 pch00
K dispozici jsou následující verze MD programu, není-li øeèeno jinak, v¹echny obsahují Lennard-Jonesùv potenciál cookewslc { verze s elektrostatickými interakcemi poèítanými tzv. Ewaldovou sumací, tj. sèítáním pøes þv¹echnyÿ periodické obrazy do nekoneèna (matematickým trikem). Pou¾ita je \domain decomposition" simulaèní buòky na malé kvádøíky, metoda je vhodná pro støednì velké a¾ velké systémy. Pøidán je kód pro tvorbu \slab geometry" vè. povrchového napìtí, hustotních pro lù aj. Toto¾né s cook ze cvièení þzonální tavbaÿ. cookewslcP1 { jako vý¹e, paralelní verze, lze spustit na nìkolika (2{4) procesorech, pro va¹e úlohy asi max. 2 cookceslc { jako cookewslc ale elektrostatika je o¹izená { useknutá (a vyhlazená). Mnohem rychlej¹í, ale pro nìkteré úlohy nevhodné. cookceslcP1 { jako vý¹e, paralelní verze cookfree { verze s vakuovými (volnými) okrajovými podmínkami cookstars { verze s WCALJ potenciálem, vakuovými okrajovými podmínkami a gravitací místo elektrostatiky (stejné náboje se pøitahují)
Vlastní instalace
14/16 pch00
Máte-li vlastní poèítaè s linuxem: Najdìte MACSIMUS (Google nebo http://old.vscht.cz/fch/software/macsimus/index.html) a postupujte podle instrukcí. Vlastní verzi programu cook získáte skriptem configure.sh takto: guest@a325-1:~/VY$ cd macsimus/cook guest@a325-1:~/VY$ ./configure.sh
a odpovìdí na dotazy. Máte-li vlastní úèet na klastru Zalo¾te si slo¾ku. . . mkdir vase slozka cd vase slozka
Pak musíte nastavit prostøedí: Pokud pou¾íváte bash: source /home/guest/env.sh Pokud pou¾íváte tcsh: source /home/guest/env.csh Pokud nevíte, jaký shell máte: ps x
Dodatek: Linux command prompt survival kit
odhlá¹ení pøehled nedávno zadaných pøíkazù zmìna slo¾ky (adresáøe) | zpìt výpis souborù ve slo¾ce | nìkterých podrobnì výpis obsahu (krátkého ASCII) souboru smazání souboru kopírování souboru (KAM=soubor n. slo¾ka) pøesun èi pøejmenování souboru editace (nového nebo starého) souboru pøeru¹ení bì¾ícího programu
15/16 pch00
exit history cd SLO®KA cd . . ls ls -l a*.g cat SOUBOR rm SOUBOR cp SOUBOR KAM mv SOUBOR KAM mcedit SOUBOR Ctrl-c
Nevidíte-li prompt, proto¾e ho pøekryl text, stisknìte Enter . Ctrl-c v terminálu není þCopyÿ, ale pøeru¹uje bì¾ící program! Copy-Paste je Ctrl-Shift-c , Ctrl-Shift-v Text v terminálu se po oznaèení kopíruje pravým tlaèítkem my¹i.
Dodatek: typy souborù
16/16 pch00
Nìkteré typy MACSIMUS souborù a asociované aplikace. Asociovaná aplikace se spustí z mc dvojklikem nebo Enter. Dal¹í asociovaná aplikace (jiná funkce) pak F3 Z pøíkazového øádku pøíkazem start, dal¹í pak starts typ obsah .che chem. vzorec
aplikace blend
akce editace, minimalizace od zaè. F3 = viz vý¹e + normální vibraèní módy .mol mol. topologie blend editace, minimalizace .plb trajektorie show prohlí¾eè trajektorie .cp konvergenèní pro l showcp,plot zobrazí konvergenèní pro ly .cfg kon gurace showcfg,plot zobrazí kon guraci .sta namìøená data staprt statistická analýza výsledkù (F3=podrobnì) .rdf párový histogram rdfg,plot zobrazí radiální distribuèní funkce F3 = kumulativní f. (koordinaèní èíslo) .g RDF plot zobrazí radiální distribuèní funkci .cn kumulativní RDF plot zobrazí (kumulativní) distribuèní funkci .def parametry simulace go provede pøíkaz v 1. øádku .get øízení simulace go provede pøíkaz v 1. øádku .n data scény ray renderuje a zobrazí scénu
