"Niet uitsluiten, maar gericht combineren" Het gebruik van combinatiepakketten en (genomische) fokwaarden
dr. Drs. Frank Coopman, Mvfi, Msc
The genetics of the dog This comprehensive reference book contains the latest research and information on dog genetics. Its coverage of all aspects makes it an essential tool for those working and researching in this subject area, including professional dog breeding.
!!Interesting book; new edition already!!
Waarom het geen goed idee is om dieren op basis van één slechte uitslag te gaan beperken of uitsluiten; Trouwens; Is die slechte/goede uitslag wel te vertrouwen
Radiografische prevalenties!!; klinische problemen vaak veel lager!
Combined prevalence of CHD-CED
Dogs
Free %
Affected %
1-0
0-1
1-1
For all breeds
1273
68.2
31.8
13.5
13.1
5.2
German shepherd
124
76.6
23.4
11.3
10.5
1.6
Golden Retriever
122
63.1
36.9
10.7
19.7
6.6
Labrador Retriever
205
71.2
28.8
7.3
15.6
5.8
Bernese mountain dog
257
66.1
23.9
14.4
12.1
7.4
Rottweiler
81
61.8
38.2
28.2
4.6
5.3
Border Collie
16
75.0
25.0
25.0
0.0
0.0
Greater Swiss mountain dog
32
71.8
28.2
15.6
9.4
3.1
Chinese Shar Pei
46
65.2
34.8
26.1
2.2
6.5
Newfoundland
88
61.3
38.7
18.2
14.7
5.7
Table 1: 1 is affected, 0 free; 5.2 % of all the dogs are affected for both CHD and CED (1-1), while 13 % is either positive for CHD (1-0) or CED (0-1)
Wat wel verontrustend is dat deze prevalentie cijfers eigenlijk te laag zijn, ze durven tot 20% hoger zijn
Dogs
Free %
Affected %
1-0-0
0-1-0
0-0-1
1-1-0
1-0-1
0-1-1
1-1-1
250
52.8
47.2
22.4
10.4
2.0
8.4
German shepherd
12
25.0
75.0
50.0
16.7
8.3
1.2 0.0
0.4 0.0
Golden retriever
24
50.0
50.0
16.7
12.5
0.0 0.0
2.4 0.0
12.5
4.2
0.0
4.2
Labrador retriever
31
48.0
52.0
19.4
9.7
6.5
16.1
0.0
0.0
0.0
Bernese mountain dog
24
58.3
41.7
25.0
8.3
0.0
8.3
0.0
0.0
0.0
Rottweiler
17
41.0
59.0
5.8
0.0
0.0
0.0
14
71.4
28.6
21.4
0.0
17.6 0.0
0.0
Border collie
35.3 0.0
7.1
0.0
0.0
Greater Swiss mountain dog
29
72.0
28.0
3.5
10
3.5
3.5
3.5
4.0
0.0
Combined prevalence of CHD-CED-HHOC For all breeds
Table 2: 1 is affected, 0 free; 0.4 % of all the dogs are affected for the three disorders, while e.g. 8.4 % has both CHD and CED and 2.4 % has both CHD and HHOC. Of 22.4 %, only signs for CHD were found.
Global health index GHI of 100 (%) 30.0 25.0 20.0 15.0
GHI of 100 (%)
10.0 5.0 0.0 AST BMD
BC
BX
GS
GR
CV
LR
SW
!!!Van de dieren die beoordeeld zijn voor 18 kenmerken is er geen één die 100% haalt
!Conclusie is duidelijk; in één generatie tijd heb je voldoende redenen om alle fokdieren uit te sluiten!
Global health index GHI 100 80 60 40 20 0 AST BC BMD BX CV GR GS LR SW Ras
GHI is what the future will be… Gewogen som van alle genotypes, (fenotypes) en (genomische) fokwaarden
Als we dieren 1. onbeperkt toelaten, 2. beperken in gebruik of 3. zelfs uitsluiten op basis van een fenotype, dan moeten we wel zeker zijn dat dit fenotype 100% correct is en ook wel een weergave is van de genetische achtergrond van het fokdier?
Laten we eens open discussiëren over de manier waarop we HD “fenotypisch” gaan scoren
Penhip foto’s!
Waarom het beter is om ook de distractie index te laten bepalen ook!!
FCI/OFA VERSUS OR TOGETHER WITH THE PENNHIP-DI
Distractie
Compressie
Gestrekte opname
A1 cases
422
Volgnummer 422
Ras Standard Poodle
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 393 0,49 109,11 0 a1
504
Volgnummer 504
Ras Labrador Retriever
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI V 202 0,65 109,25 0 a1
B1 cases
306
Volgnummer Ras Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI 306 Labrador Retriever V 210 0,75 101,35 0 b1
612
Volgnummer 612
Ras Golden Retriever
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 597 0,78 101,65 0 b1
C1 cases
614
Volgnummer 614
Ras Dobermann
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 827 0,33 94,21 0 c1
583
Volgnummer 583
Ras Berger de Picardie
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI V 630 0,38 93,90 0 c1
C2 cases
293
Volgnummer 293
Ras Blue Picardy Spaniel
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 3152 0,50 105,20 0 c2
E - cases
547
Volgnummer 547
Ras Epagneul Breton
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 4169 0,22 95,59 1 e
538
Volgnummer 538
Ras Border Collie
Geslacht Leeftijd rx slechtste DI slechtste NA dyspl of niet FCI M 2204 0,42 69,00 1 e
Als we dieren 1. onbeperkt toelaten, 2. beperken in gebruik of 3. zelfs uitsluiten op basis van een fenotype, dan moeten we wel zeker zijn dat dit fenotype 100% correct is en ook wel een weergave is van de genetische achtergrond van het fokdier?
h² voor FCI: 0.2-0.3?? h² voor DI: 0.4 tot 0.7?? ???Waar zijn we in ‘s hemelsnaam mee bezig???
Conclusion: better phenotyping by: - PennHIP (DI) from the age of 16 weeks already - PennHIP (DI) on the age of 12 or even 18 months; FCI-score on hip extended radiograph - New extended or frog leg view on the age of 2 years; sedative – scoring OA - New extended or frog leg view on the age of 5 years; sedative – scoring OA All results inserted in the Retriever-database (BLIND) All results used for Breeding Value Estimation (EBV) or calculation of a Global Healt Index (GHI)or a genomic index (geEBV)(BLIND)
AND
advising of “acceptable combinations “ Mate Select/RAP Based on all ((phenotypes,)) genotypes and estimated values (EBV; GHI; geEBV);
that improve the general population health of the hip joint
Verschillende overervingsvormen
Eénvoudig versus complexe overerving
Dwerggroei; PRA;…
Eenvoudige overerving
29
NH3 + CO2
ASS-gen (argininosuccinaat synthetase)
= Ammoniak = giftig
Aspartaat ASS Enz.
Citrulline
carbamylfosfaat
Biochemische cyclus om giftig ammoniak uit te drijven
Argininosuccinaat Enz.
Enz.
Ornithine
Arginine Enz.
Ureum; verwijderen via urine 30
ASS-gen (argininosuccinaat synthetase)
DNA = 3*85 triplet – CGA – triplet *x = wild allel DNA = 3*85 triplet – TGA – triplet *x = mutant allel
TGA = stopcodon; ASS wordt niet goed aangemaakt
31
NH3 + CO2
Ammoniakvergiftiging = Ammoniak = giftig
†††
Aspartaat ASS Enz.
Argininosuccinaat
Citrulline
carbamylfosfaat
Citrulinaemie Biochemische cyclus om giftig ammoniak uit te drijven
ASS-gen (argininosuccinaat synthetase)
Enz.
Enz.
Ornithine
Arginine Enz.
Ureum; verwijderen via urine 32
Dit is een mooi voorbeeld van één enkel foutje (SNP) met verstrekkende gevolgen; De homozygote kalveren sterven binnen de drie tot vijf dagen Dragers vormen nog net voldoende ASS om het ammoniak te verwijderen ASS – puntmutatie is recessief (op het klinische niveau) Op niveau van de ASS – gehalten is het een co-dominant OF onvolledig dominant kenmerk
Op te sporen in het gen via genetische test
33
Autosomaal dominant The family represented by Pedigree 1 is a good example of how autosomal dominant diseases appear in a pedigree. Each of the four hallmarks of autosomal dominant inheritance are fulfilled. Each affected individual has an affected parent; there is no skipping of generations. Males and females are equally likely to be affected. About 1/2 of the offspring of an affected individual are affected (the recurrence risk is 1/2). Normal siblings (II-3) of affected individuals have all normal offspring. Low density lipoprotein receptors are structural proteins or polypeptides, not enzymes. If III-1, an affected female, were to produce a child that child would have a 1/2 chance of being normal and a 1/2 chance of being affected. If her normal brother, III2, were to produce a child that child would have a nearly 0 chance of being affected
Autosomaal recessief
X-linked dominant
X-linked recessief
Voor de kenmerken en ziekten die eenvoudig overerven is het mogelijk om de mutatie in kaart te brengen m.b.v. een éénvoudige genetische test
Introduction to genetic(s) (testing)
Instructions of proteins are coded in DNA= instructieboekje!
Tgv mutaties in DNA foute instructies Breuken-veranderingen of nt-functionele eiwitten Where’s my pistol??
IGF1 werkt anders
Myostatine werkt niet meer
TCC /GAG/TAT/CAG/TCC/CAG Ser Glu Tyr Gln Ser Gln
T.CG/AGT/ATC/AGT/CCC/AG Ser Ser Ile Ser Pro …..
Lost by accident; totally different protein is formed Changed E versus e; at en B/b
Other color or bigger or smarter or better looking or diseased
Veel groter; stereochemische hinder??
glycine
serine
GG…- mRNA
AG…- mRNA G naar A-mutatie
NORMAL!
MUTATED?
- Once? = carrier - Twice? = affected
!TESTED IN GENETIC LABORATORY!
In one gene; different mutations can be present! Genetic testing should control normality on “ALL” spots
Normal = GGGTTACCTAAGGCTAAACGTATAGCCCTTTAAGGGTGTGTGTGTGGATGATGAT
C tot A
A to G
G to T
Mutation = GGGTTAACTAAGGCTAAACGTATGGCCCTTTAAGGGTGTTTGTGTGGATGATGAT Mutation on three places! One needs three genetic tests! Result = N,M1/N,M2/N,M3/M1,M1/M1,M2/…../M3,M3
carrier
affected
Er zijn tot 190 genetische testen voor ongeveer 140 gemuteerde genen beschreven; betekent niet automatisch dat ze allemaal uitvoerbaar zijn!
Complex inheritance
47
Een auto bestaat uit veel (multi-/ poly) onderdelen in metaal; plastick..
Elk auto-onderdeel heeft een grondplan in de sturende computersoftware
Vele kleine foutjes in het grondplan??? Enkel te vinden door gedegen onderzoek
Elk gewricht is opgebouwd uit VEEL (poly-/multi) verschillende onderdelen van overwegend eiwitstructuur (spier/pees/bot/kraakbeen)
De structuur van elk eiwit apart en de manier waarop te assembleren is beschreven in het DNA (= grondplan)
Een fout gewricht door “vele” kleine foutjes in de verschillende onderdelen Enkel te vinden door gedegen onderzoek
Elk eiwit heeft zijn gen
Een gewricht is de “assemblage” van de verschillende eiwitten
It is almost impossible to identify the different genes involved in complex traits and disorders HD; spiergenen, bindweefselgenen, zenuwprikkelgenen, kraakbeengenen, genen verantwoordelijk voor opname van Ca++, GH-gene, obesitasgenen, ontwikkelingsgenen; genen die temperament regelen…… To have a clue on the presence of desirable genes in a breeding animal
Estimated Breeding Value’s!
Marker-analysis//phenotypic data
Genomic indices
Introduction to breeding value estimation (EBV) with focus on the “importance of a central database”
Taak voor een overkoepelende retriever associatie?? ?Retriever International Database?
Breeding values are presented as indices
and reflect the genetic liability of an animal for the considered trait
Animals do not receive the phenotype of their parents, they only receive the genes Phenotype is the result of both genes and the environment the animals lives in
P=G+M
EBV estimation is de “analyse” van de genetische achtergrond van de verschillende onderdelen of ingredienten van het eindproduct (bvb. gewricht)
Breeding values and breeding indices are well known in cattle and pig breeding april 2013 Stiernaam Bull name
Bt kgM Rel kgM
%V %F
%E %P
kgV kgE INET kgF kgP INET
€
Productie Lowlands Redman 87 T opspeed Kodak 96 Delta Fidelity 99 Hjr W indstar 88 Molenkamp Farfan 95 Lowlands Franklin 89 Capnation Absolute 86 Stouwdamshof Akron 85 Cherokee Van De Peul 85 Starkenborg Vidar 89 Horst Aquila 85 Jotan Red 96 Delta Kronos 97 T alentino 96 Malvoy 94 Heihoeve Arnold 99 Barendonk Vip 80 Dch Everlight 97 Chicago 99 Carmano 96 Lowlands Klimmer 97 J & G Lego 98 Valiant Vd Bommelboschhoeve 90 Altatimon Red 91 Aggravation Lawn Boy P-Red 98 Eshof Kodiak 97 Maniac Van De Peul 96 Velder Jens 92
+1252 +645 +841 +784 +1684 +831 +460 +640 +184 +1077 +163 +242 +586 +759 +1618 +72 +1158 +36 +456 +355 +317 +671 +213 +850 +1047 +2173 +422 -390
-0,01 +0,06 +0,05 -0,30 -0,81 +0,08 +0,39 -0,13 -0,04 -0,47 +0,60 +0,08 -0,04 -0,23 -0,72 +0,11 -0,21 +0,33 -0,21 -0,23 +0,34 +0,15 +0,07 -0,18 -0,71 -0,91 -0,10 +0,36
+0,09 +0,04 +0,19 +0,05 -0,12 +0,02 +0,16 +0,04 +0,19 -0,02 +0,35 +0,08 -0,07 +0,17 -0,19 +0,07 -0,22 +0,10 +0,02 -0,21 +0,15 +0,08 +0,08 -0,14 -0,16 -0,34 -0,10 +0,16
+56 +34 +42 +10 +1 +44 +52 +18 +5 +8 +54 +17 +23 +15 +7 +12 +34 +27 +4 -2 +41 +43 +15 +23 -14 +10 +11 +8
+52 +26 +46 +32 +48 +31 +29 +26 +21 +36 +33 +15 +15 +41 +40 +8 +22 +9 +18 -4 +23 +30 +14 +18 +23 +43 +7 -2
+346 +185 +297 +158 +192 +227 +246 +150 +110 +165 +279 +105 +108 +215 +167 +64 +150 +103 +85 -35 +196 +224 +97 +115 +53 +172 +47 +19
+/- Bt Lvd Ugh Vru Gin Geb KA MS Kgh Bt F +/- Rel Lon Udh Fer Cal DCE Temp MS CLW Rel F
Functioneel +62 +4 -10 +16 +38 +44 +144 +111 -12 -59 +51 -11 +5 +32 +4 -7 -21 -3 +5 +5 +6 +8 -40 +7 -3 +10 -6 -38
59 76 85 60 70 58 56 57 57 61 59 60 72 73 68 88 41 79 85 70 77 78 65 56 84 75 71 63
+499 +598 +144 +531 +550 +342 +515 +501 +499 +473 +436 +488 +486 +487 +667 +632 +397 +314 +678 +700 +578 +527 +425 +309 +733 +714 +425 +409
103 106 100 105 102 103 101 102 105 104 101 97 104 104 100 102 109 106 100 104 103 104 105 102 103 105 106 102
98 99 92 101 91 101 95 100 98 97 99 99 105 92 100 105 96 101 103 105 97 96 103 96 99 98 93 103
101 105 99 105 106 99 100 101 102 102 102 99 107 94 99 104 103 104 96 93 100 105 104 95 104 101 94 97
108 111 101 104 107 103 91 97 106 98 108 104 102 103 98 103 102 106 98 100 101 103 105 98 107 112 101 110
R R
U B U F&L
Ext T
Exterieur 102 103 106 94 104 99 100 104 100 98 100 101 101 101 98 101 100 103 96 98 101 103 98 99 104 96 98 99
94 101 104 98 96 96 99 98 100 87 94 106 101 105 94 101 97 93 98 98 97 104 91 100 99 94 95 100
102 106 104 104 101 103 94 98 101 98 98 109 100 102 105 103 98 97 104 96 112 105 102 104 107 101 109 97
85 87 99 87 91 86 84 77 82 88 80 90 90 93 92 99 65 92 98 91 89 91 90 81 97 88 89 90
102 99 103 106 110 109 110 107 103 104 104 112 105 108 105 96 104 96 107 105 102 101 103 106 99 98 99 104
104 102 106 109 111 107 107 103 102 106 104 108 103 108
108 106 109 102 112 106 110 109 108 109 105 114 104 110 103 98 105 101 106 100 108 107 105 101 109 106 104 100 104 103 101 107 115 103 112 95 104 102 110 107 112
102 106 116 109 108 106 105 106 108 106 104 110 104 108 109 106 105 105 109 108 106 103 108 108 101 101 113 107
106 105 112 107 114 109 111 110 108 109 106 116 105 112 107 104 106 105 109 109 106 103 105 114 107 101 110 111
Breeding values and breeding indices are well known in cattle and pig breeding -0.59 Fokwaarde voor aantal geboren biggen / worp t.o.v. het eigen rasgemiddelde 0.16 Fokwaarde aantal gespeende biggen/worp t.o.v. het eigen rasgemiddelde -2.88 Fokwaarde voor tussenworptijd (in dagen) uitgedrukt t.o.v. het eigen rasgemiddelde 109.4 Gecombineerde vruchtbaarheids-index (100= gemiddeld) 0.873 Berekende nauwkeurigheid van de vruchtbaarheids-index (max.0.999) DE VRUCHTBAARHEIDSINDEX VAN ZEUGENLIJNRASSEN: BEREKENINGEN EERSTE TRIMESTER 2012 (2012.1) =================================================================================== BEER
STAMB-NR. RAS BLT
T
GEBDAT
NB
NG
TWT
IFI
BETR. MOEDER
1,77 1,56 0,74 0,84 -0,8
-4,97 -0,77 -7,71 3,51 -14,5
169,2 153,8 139,7 121,4 102,4
0,659 0,851 0,565 0,765 0,858
0,892 02332020 0,935 03483EK 0,82 0643582Q
Prod. MOEDER EIGENAAR
IFI top van de actieve LARGE WHITE beren: RAF RIK V'T VOGELTJE VOLVO STANLEY ULLE
061P57E 063M0054 101PU19 071PL54 093900877
L L L L L
Y
14 15 16 14 14
27/okt/06 2,31 16/sep/06 1,46 29/jan/10 1,44 19/sep/07 0,71 26/mei/09 -2,48
021PN44 033L4366 071PR56 051P21U 200705610
12/2,46-27,62 VAN GORP BART LV
INGELS LUC 7/2,26-23,84 BAX LUC 7/2,41-25,8 COMAV CV-KI BEVEL n.b. COOPMAN GUIDO 6/2,25-26,95
IFI top 10 van de actieve LANDRAS beren: GINO VAN 'T LINDENERF GORAN INO VAN 'T KROMVELD
07332100 X X+74E04Z X X+943530V X
F F X
15 17 15
27/jun/07 13/jan/07 18/feb/09
1,95 0,95 2,34 1,03 0,84 2,81 0,2 0,39 -4,07
127,4 122,9 121,1
ISIDOOR
091901725 R
F
17
13/mei/09 -0,14 0,33 -5,05
121
IVAN FILM HUTO HELMUT
091PT48 067KH08 081P39D 081P74E
I I I I
Y F Y
15 15 14 15
1/mei/09 7/okt/06 22/nov/08 19/dec/08
IDEE VAN WEELDE
091L509
D
X
14
FER
063EK016
C
F
16
1,55 -3,01 0,71 -3,53 0,67 2,51 0,35 -1,42
157,8 130,9 117,7 114,5
0,566 0,873 0,409 0,677
29/jun/09 -0,25 0,64 -1,64
124,7 119,8
16/jul/06
1,63 0,42 0,3 0,24
0,615 200603452
0,97 0,54
-0,9
061P43B 037KX77 051PM69 041P91D
12/2,32-24,38 INGELS LUC 10/2,49-24,15 COMAV CV-KI BEVEL 8/2,46-25,54 VERSTRAETEN KAREL n.b.
COMAV CV-KI BEVEL
9/2,44-30,64 7/2,34-24,11 11/2,39-22,62 12/2,44-23,76
VAN GORP BART LV COMAV CV-KI BEVEL K.I. CENTRUM OUDENBURG COMAV CV-KI BEVEL
0,538 071L314
7/2,29-24,55
BAX LUC
0,864 023SB203E
9/2,54-26,29
COMAV CV-KI BEVEL
Bron: Vlaams Varkensstamboek vzw, Van Thorenburghlaan 20, 9860 Scheldewindeke (09/362 12 85 of www.varkensstamboek.be) Berekeningen: Onderzoeksgroep Huisdierengenetica, Departement Biosystemen, K.U.Leuven
Will estimate EBV’s for Boerboels as well
Fokwaardeschattingen in de paardenfokkerij
Breeding values jumping: top 500 mares with offspring in jumping sport rank name SPR.I. reliab.% # offspr 1 HARMONIE elite/pref/prest/sport-(spr) 176 70 6 2 SANTA CATERINA keur/pref 171 67 1 3 HERARDA elite/pref/prest/sport-(spr) 166 66 7 4 ODETTE W sport-(spr) 166 56 1 5 VIVONA elite 165 66 1 5 TINSDAY VDL keur/sport-(spr) 165 66 1 7 UNIQUE P keur 164 65 1 8 MANET elite/pref/sport-(spr) 163 61 1 9 ULENA ster/prok/sport-(spr) 163 56 1 10 LA BELLE-S keur/sport-(spr) 162 62 1
Sire dam (dam's sire x great dam sire) breeder CALVADOS ELECTRA (VOLTAIRE x LE MEXICO) M. LIEFHEBBER, HOORNAAR HEARTBREAKER KASSINI (CASSINI I x CASANOVA) J.G. VENDERBOSCH, VARSSEVELD NIMMERDOR VIOLA (LUCKY BOY x UPPERCUT) A. DEN HARTOG, AMSTERDAM LIBERO H CARTA (G.RAMIRO Z x MILLEROLE) B.J.M. WEZENBERG, IJSSELMUIDEN NUMERO UNO PASSIVONA (VOLTAIRE x JASPER) J. STURKENBOOM, SCHALKWIJK AHORN LINSDAY (CANTUS x LORD) VDL STUD, BEARS FR HEARTBREAKER PROMIS P (GRATIANUS x VOLTAIRE) C.C J. PEELEN, RENKUM COLINO HARMONIE (CALVADOS x VOLTAIRE) M. LIEFHEBBER, HOORNAAR BALOUBET DU ROUET OLENA (INDOCTRO x FARN) J. VELTMANS, MEIJEL NIMMERDOR HURRICANE (BURGGRAAF x LE MEXICO) F. VAN STRAATEN-WOLTERS , DEN HAM OV
Hieronder een overzicht van de 90 OO Seven-merries met een fokwaarde van 120 of meer.
http://www.ooseven.nl/nieuws20081ehalfjaar.htm Naam merrie
Predikaat
Sport
Moedersvader
Fokwaarde
Up Seven STV Kristy's Utah V Zhara Maria M Vamora Wendy Virginia Ula Unique Zaralenda Zuzette Vuriska Zoe R Veni vidi vici Uniseven Ulricka E Vienna Winona Valita Zsa Zsa Ueva Vurona Zarina Ziggy Zassafras EPD Warmante II Warina-Utopia Watch me Vieta Vastrade Utah-O Vanity Zinja Urabel Utosha Valencia Whisky Ziezo Verona Ulysse Utopia Verrocchio Wannadoo Umora Udal N Zeta Jones Voila Unodaza Uruguay Wenda Whizy Vifonda Varlet Wheyla Lady Zilverster V Ulanda Unique Zevenotti Veni vidi vici Vinette Wodette Zivone Uraya delin Umora Unique N Viola Unique Vicky Umber L Varia Zazou Unlimited Roundthorn Verena Jewel Vouch For The Future Ufarnaa Vilena Ufana K Vionel Valencia M Utamarette Waikiki Ulrike Vigieny S Viante Valiante U.Meria Pb Unique Urzalin S Wainomy Quantum Leap Zanthe Ullrike Winnipeg KDS
ster keur sport keur sport ster prok keur ster prok xx keur keur ster prok keur ster prok elite elite ster xx xx ster prok ster ster ster ster xx xx prok xx elite elite ster ster ster prok elite elite xx ster xx prok xx xx ster ster keur ster xx xx xx xx xx ster keur ster xx xx xx xx ster xx xx xx xx xx xx ster ster ster prok ster xx ster xx ster ster xx ster ster prok ster xx ster xx xx xx xx xx xx xx xx xx xx xx ster ster prok
Z1 ZZ-Licht IBOP 8 IBOP 8 EPTM 8 L1 Z2 L1 / EPTM 8,5 EPTM 7,5 xx M1 / IBOP 8 xx EPTM 8 Z1 xx xx xx xx xx Z1 L1 xx xx EPTM 7,5 xx xx IBOP 8 EPTM 8 xx xx xx L1 M1 / EPTM 7,5 xx L2 M1 xx M1 xx xx xx IBOP 7,5 xx xx xx xx xx L1 M1 IBOP 7,5 L2 xx IBOP 7,5 L2 xx xx L1 / IBOP 8 L1 xx B M1 xx xx xx L2 / IBOP 7,5 xx xx xx L1 xx L1 / IBOP 7 xx xx IBOP 7,5 xx xx xx xx L2 L1 L2 L1 xx xx L1 L1 xx xx xx M1 / IBOP 8
Jazz Jazz Metall Saluut Jazz Donnerhall Sultano Indoctro Ferro Jazz Argus Lancet Ferro Uniform Contango Donnerhall Vincent Indoctro Jazz Ferro Saros Ubis Havidoff Cabochon Ferro Ferro Ramiro Krack C Damiro Jazz Ferro Bentley Ferro Sultan Cabochon Uniform Donnerhall Gribaldi Ferro Haarlem Welt Hit Wisconsin Gabor Elcaro Rex Magna Wellington Chronos Flemmingh Wolfgang Tolbert Ferro Wolfgang Belisar Glendale Ulft Livingstone Bustron gribaldi Ferro Metall Flemmingh Rechter Farrington Grand cru Havidoff Gregor Stuyvesant Zeoliet Welt hit Samber Actueel Elcaro Ufarno Flemmingh Jeraldo Urban Samber Jetset Dukaat Gregor Falko Climax Chronos Cocktail Grafiet Concorde Indoctro Zeoliet Gabor Kingston
168 164 163 162 162 162 160 158 158 153 152 152 151 160 149 149 149 146 146 144 144 143 143 142 142 142 141 141 141 141 141 141 140 140 139 139 139 138 138 138 138 137 136 135 135 134 134 134 133 133 133 133 133 132 132 132 131 131 131 131 130 130 130 129 128 128 128 128 128 128 127 127 127 126 126 126 126 125 125 125 124 124 123 121 121 120 120 120 120 120
Plaats ranking
153 225 261 283 285 295 354 423 452 738 762 812 856 906 1043 1046 1050 1356 1381 1587 1498 1694 1732 1831 1847 1858 1943 1951 1999 2010 2012 2025 2079 2140 2279 2314 2325 2418 2503 2506 2507 2600 2893 3076 3098 3282 3305 3308 3434 3446 3463 3537 3539 3786 3818 3839 3895 3926 4020 4022 4170 4216 4238 4558 4658 4768 4793 4796 4801 4816 4929 5047 5138 5402 5448 5453 5454 5680 5683 5709 6024 6152 6470 7203 7257 7470 7605 7606 7641 7652
Zuchtwerte für das Huftgelenk
Zorro zijn GENETISCH profiel
= His EBV-values or indices
Passieve laxiteit Functionele laxiteit Congruentie gewrichtsspleet Arthrosegevoeligheid Norberghoek Acetabulumdiepte Lengte gewrichtspleet
Genetic consulting (= part of RI – database = central database) can help breeders to use these figures
!!This is what breeders need to make proper breeding decisions on complex traits!!
HD Zuchtwert - Breed Value Assessment Number The best tool for breeders in the fight against canine hip dysplasia (CHD), to come along in years, is the SV's HD Zuchtwert, or Breed value assessment number (HD ZW). The HD ZW number is an estimation of the probability that a dog will produce progeny with CHD. Name
Zwinger
SZ-Nummer
Zuchtwert
ondor-Jessie
'T Kerkpad
9132114
100
Noeska Arnaka
'T Kerkpad
9108994
85
Whinney Christa
'T Laakhuus
9134232
91
Arpad
'T Liro
1907056
88
Aica
(ohne)
9128409
89
Aik
(ohne)
9153360
84
Aika
(ohne)
9155094
97
Aiko
(ohne)
9165834
86
Aine
(ohne)
9124557
97
Ajaylo
(ohne)
9149507
76
Ajsa
(ohne)
9116205
96
Akim
(ohne)
9129943
89
Akito
(ohne)
9137767
98
Aksa
(ohne)
9154672
90
Alan
(ohne)
9147273
90
Alba
(ohne)
9131435
93
Alex
(ohne)
9127550
94
Alexander
(ohne)
9132911
104
Alida
(ohne)
9164164
89
Alina
(ohne)
9135058
99
Descendants have lower prevalence of canine hip dysplasia
Descendants have higher prevalence of canine hip dysplasia
How does one “estimate” these breeding values/ indices??
Moet een fokker het fijne hiervan weten? In feite,
“NIET”, Het is evenwel belangrijk dat hij wel weet 1. Hoe hij kan helpen om fokwaardeberekeningen mogelijk te maken 2. Hoe hij de fokwaarden/indexen kan gaan toepassen
Geneticists need information on 1. the “correct” performances of individual animals 2. The “correct” pedigree of the animals that have known performances
Performances can be fertility figures, the withers height, complex disorders, points obtained in obediance contest and many more……. That’s why a DNA – profile is extremely important!!! That’s why hip-evaluation on sedated dogs is preferred and that’s why one likes DI’s beside FCI/OFA/BVA-KC scores!!! e.g. CT – scan of elbows allows to decrease the amount of dogs that are considered negative but are in fact affected!!!! 18/10/2013
Sel&fok gezelschapsdieren
65
Breed organisations have to organise collection of 1. Pedigree data (and have a control system such as DNA – profiling) 2. Performance testing of individual animals
Examples are the Boerboel International data base, the international Cavalier King Charles project and the HD-zuchtwert in Germany
All data are listed in e.g. excell work sheets (see next slides). Of any dog, one can find all performance and family members The data are used for statistical analyses
Aantal agressie momenten
18/10/2013
Sel&fok gezelschapsdieren
68
Some results poping up during the analysis; influence of sire on performance of offspring … = GENETIC CONTRIBUTION
Some results poping up during the analysis; influence of dam on performance of offspring …
34 32 30 28 26 24 22 1
2 3 moeder
4
Some results poping up during the analysis; influence of breeder on performance of his puppies …
= ENVIRONMENTAL CONTRIBUTION
34 32 30 28 26 24 22 20 18 1
2
3 4 fokker
5
6
Some results poping up during the analysis; influence of owner on performance of his dog … = ENVIRONMENTAL CONTRIBUTION
Some results poping up during the analysis; influence of nutrition on performance of his dog … = ENVIRONMENTAL CONTRIBUTION
Results of the statistical analysis (= Black box) that can be poored out of collected data 1. The performance of the dog itself (of less importance!!) PLUS zijn positie binnen de populatie This is P = G + M, with M not transferred to his offspring!!
2. The breeding value of the sire/dam (extremely important) This is the “genetic instruction” for the traits we are interested in!! = transmitted to his offspring!!!
Waar genetische testen, fokwaarden en genomische indexen elkaar uiteindelijk gaan vinden
The combined use of genetic testing results and breeding values/indexes in breeding practices, taking in account acceptable inbreeding Reu-adviesprogramma/ Mate Select Duurzame en verantwoorde fokkerij// predikaat/ certificaat responsable breeder
Let’s consider an example Name Sire
obedience
hemofilie (X-gebonden)
C-SCID
color
height
agression
darco
120
N
N,N
a,a
110
130
marco
80
N
N,a
N,N
105
108
barco
89
N
N,N
N,a
80
142
farco
112
a
N,N
N,N
125
100
harco
130
N
N,a
N,N
114
85
narco
106
N
N,N
N,a
78
60
Zarco
72
N
N,N
N,N
139
95
85
N, a
N, N
N, a 95
63
Dam Leandr a
Sire = Narco – eliminated (
) because of too huge resemblance
Is color a reason for elimination?? If so, no darco, barco, en narco (= hemofilie as well!) Marco and Harco might spread mutation for C-SCID; eliminate?? Only Zarco seems to fit?: will lower level of obedience (negative); will increase height (positive) and increase of level of aggession (still positive if 100 is the better!!)
Homozygous affected Reu 1
Reu 2
Reu 3
Reu 4
Reu 5
Heterozygous carrier Homozygous free
HD1 HD2 HD3 HD4 HD5 teef 1
teef 2
teef 3
teef 4
teef 5
HD1 HD2 HD3 HD4 HD5 Mate select? = Future? Combinations are not straightforward !!!
- No individual phenotypes are visible in the web-application = recommendation
- Breeding restriction not on an individual level but at the level of combinations - Selecting a male by itself with suggestion for better mate if necessary - Providing an alfabetical list of suitable males - Suggestions consider level of inbreeding, prevalence of disorders, wishes of the breeder and focuses on improving slowly on many generations - For some traits; average EBV is the best! - Sometimes one has to take risk of affected pups Can be treated properly?? Used in breeding? Maybe YES!! BUT, breeding based on genotyping and no longer on phenotyping anymore!!
Presenting a new idea: combibreed genetic testing Combining different individual testing is logistically easy to organise
As a consequence, combination testing is as costly (or is it as affordable/ as cheap) as individual testing
Akela De betekenis van de naam is
nobel`.
`
Het is één van de wolven die Mowgli heeft opgevoed
Overeenkomst met Akela op niveau van 1. De eigenaar van de hond 2. de overkoepelende rasvereniging
Overeenkomst tussen rasvereniging en Akela Het Akela project zal zich focussen op het verzamelen en het beheer van medische (normaliteit/abnormaliteit) en niet klinische gegevens, stamboominformatie en mondswabs. De rasorganisatie, hierbij vertegenwoordigd door de ondertekenaar, blijft eigenaar van alle verzamelde gegevens en stalen. Om gegronde redenen kan de rasvereniging aan Akela vragen om alle of een deel van de stalen terug te bezorgen of door te geven aan derden. Akela behoudt de eigendomsrechten op de afgeleide resultaten. De aanleverende hondeneigenaar behoudt het recht op informatie. Akela verplicht er zich toe om de eigenaar via zijn rasorganisatie van elk resultaat op de hoogte te brengen en indien dat relevant is, een medisch of fokadvies ter beschikking te stellen. Akela wijst er op dat mogelijks niet alle stalen worden gebruikt en dat er dus ook niet voor alle stalen een resultaat beschikbaar zal zijn.
Akela Companion Animal Health Crowd Funding Eerste ontwerptekst; ter discussie Teneinde de kans te versterken dat de verzamelde gegevens en stalen tot resultaten leiden die bruikbaar zijn voor de fokkers van gezelschapsdieren, start Akela ook een fondsenwerving (“Crowd Funding”) op. De fondsen die door Akela worden verworven kunnen enkel en alleen gebruikt worden om onderzoeksanalyses te betalen die worden uitgevoerd op Akela materiaal en gegevens. Fondsen kunnen “NOOIT” gebruikt worden om lonen mee te betalen. Alle resultaten die voortvloeien uit Akela fondsen, materiaal en gegevens MOETEN openbaar worden gemaakt, liefst in peer-reviewed artikelen en indien dit niet mogelijk is, via vakbladen. Geen enkel resultaat kan de basis zijn voor een patent of ander mechanisme dat commerciële personen of instanties in staat stelt om zich op een ongepaste manier te verrijken met resultaten verkregen via de ondersteuning van Akela. Er is de mogelijkheid om de (financiële) werking van Akela van dichtbij te volgen door een vertegenwoordiging van de gezelschapsdierensector, in samenwerking met liefst zoveel mogelijk onafhankelijke vakspecialisten. Deze opvolging wordt onbezoldigd uitgevoerd. De bevindingen van dit controle-orgaan worden openbaar gemaakt.
Future? Ontwikkelen van microchip met alle bekende testen binnen een bepaald ras aan een betaalbare prijs is de uitdaging Resultaat is een tabel zoals op de voorgaande dia; Over elkaar leggen van de tabellen geeft je inzicht in de beste kruising op dat moment
GHI en geEBV -Met kleinste kans op tonen van de ziekte! -Met kleinste kans op dragen van ongewenste kenmerken -Met grootste kans om op lange termijn de aanwezigheid van het ongewenste allel/gen uit de populatie weg te selecteren Importance of central database and collection of DNA-swabs!
TAKE HOME MESSAGE THE CREATION OF A CENTRAL DATABASE WITH CORRECT PEDIGREES AND CORRECT PHENOTYPES (AND ALL OF THEM – NEGATIVES AS WELL!!) IS EXTREMELY IMPORTANT IN SUSTAINABLE DOG BREEDING Up to all of you to fill it up
Up to us to provide you with the tools you need for sustainable breeding
TAKE HOME MESSAGE
Reu-adviesprogramma/ Mate Select Duurzame en verantwoorde fokkerij// predikaat/ certificaat responsable breeder Frank Coopman Responsible Breeder
Op je naamkaartje
- Grote stempel op stamboom van pup die resultaat is van verantwoorde RAP-combinatie - Certificaat uit te printen en mee te geven aan de puppie koper
Deze pup is het resultaat van een combinatie welke werd aangeraden door het RAP programma dat er naar streeft om de algemene gezondheid van honden te verbeteren
IN GOD AND THE GENETICIST WE TRUST…
