molekulární biologie pohledem PhD. studenta seniora

Ideální praktický kurz genetiky/ molekulární biologie pohledem PhD. studenta seniora

Jiří Pergner Katedra genetiky a mikrobiologie PřF UK Ústav molekulární genetiky AV ČR EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

1

Oddělení Transkripční regulace •  Vývoj a evoluce oka – zejména role transkripčních faktorů rodiny Pax

•  Evoluce tělního plánu živočichů

EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

2

Bakalářské studium 2005-‐2008 Ročník

Semestr

Předmět

1.

Zimní

Genetika – přednáška + praktická cvičení

1.

Letní

Základy molekulární biologie – přednáška + praktická cvičení

PCR (nevyšlo) a gelová elektroforéza

2.

Zimní

Praktikum z biochemie

Western blot, enzymová kinetika

3.

Zimní

Praktikum z genetiky

Barvení Barrova tělíska; Určení pohlaví Abraxas vs. Drosophila

3.

Zimní

Praktikum z virologie

Zopakování metod, používaných běžně v „domovské“ laboratoři

3.

Zimní

Imunologie – praktická cvičení

Western blot, ELISA


Výstup

26.5.2016

3

Magisterské studium 2008-‐2010 Ročník

Semestr

Předmět

Výstup

1.

Letní

Genomické a diagnostické techniky – přednáška + cvičení

Bioinformatické vyhledávání sekvence genu


26.5.2016

4

Praktikum???

A. Zopakování a ověření správnosti teoretických znalostí B.  Získání dovedností, které se dají použít v další laboratorní praxi


26.5.2016

5

Ad. A. Zopakování ... •  Vhodné zejména pro bakalářské studenty •  Magisterští studenti – přidat i seznámení se

specializovanými pokročilými laboratorními metodami (sekvenování), které se na přednáškách neprobírají

•  Ukázat, že „Rozdíl mezi teorií a praxí sice není teoreticky žádný, ale v praxi je tomu jinak.“


26.5.2016

6

Ad. B. Získání dovedností... Osobní zkušenost:

•  potřebné laboratorní dovednosti získané až v

průběhu práce v laboratoři (Laboratoř virologie, vedoucí doc. RNDr. Jitka Forstová, školitelka RNDr. Hana Španielová, PhD.)

•  Práce s DNA (PCR, preparace plazmidů, qPCR); práce s proteiny; práce s buněčnými kulturami

•  Při nástupu do nové laboratoře – přeučení na nové protokoly


26.5.2016

7

Ad. B. Získání dovedností... Zkušenosti z vedení studentů na Oddělení Transkripční regulace:

•  vysvětlit a projít se studentem experiment jednou je nedostačující – i podle „lety prověřeného“ protokolu není student schopen experimenty zopakovat sám

•  studenti si při provádění experimentů nevěří, slepě důvěřují autoritám

•  studenti nepoužívají svůj zdravý rozum •  při experimentech někdy postupují zbytečně zbrkle EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

8

Ad. B. Získání dovedností... Zkušenosti z vedení studentů na Oddělení Transkripční regulace: Dobrovolné workshopy a kurzy:

•  motivují studenty (zvídavost, práce navíc) •  nechodí si je „jen odsedět“ •  o výstupech nadšeně referují na laboratorních schůzích


26.5.2016

9

Postup studentů při volbě praktika

1.  Obsah praktika 2.  Kreditové ohodnocení a časová náročnost 3.  Vstupní/Výstupní požadavky 4.  Reference studentů z vyšších ročníků (např. velikost skupin, ve kterých praktikum probíhá)


26.5.2016

10

Ideální praktikum 1.  Seznámení se zaběhlými stejně jako s „up-‐to-‐date“ laboratorními technikami

2.  Kreditové ohodocení by mělo být motivační a mělo by odpovídat časové a obsahové náročnosti

3.  Praktikum by mělo studenty naučit skutečně samostatné práci a myšlení

4.  Pro magistry – co nejvíce podobné laboratorní praxi 5.  Písemné potvrzení absolvování (specializovaných) praktických kurzů EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

11

Ideální praktikum -‐ forma •  Turnusové -‐ soustředění jen na jedno vs. hodně informací v krátkém čase

•  Rozdělené do dvou termínů – na začátku semestru práce pod dohledem, na konci semestru práce samostatná (zároveň výstup pro splnění zápočtu) vs. náročnost pro vyučující

•  Možnost volitelných úloh vs. časová a ﬁnanční náročnost + zájem o některé vybrané úlohy bude větší

•  Práce ve skupinách i samostatně vs. náklady na studenta rostou

•  Příprava návrhů projektů v malých skupinách využívajících získané dovednosti vs. časová náročnost pro vyučující EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

12

Návrhy úloh -‐ Genetika •  Zaměřit se i na příklady křížení u obvyklých modelových

organizmů (myš – Cre/LoxP systém; C. elegans – samci a heterozygoti; Drosophila – balancérové chromozomy)

•  Četnost crossing-‐overu při křížení myší – např. gen Tcf3 a ROSA locus vzdálené 40 Mbp; geny Klk5 a Klk7 vzdálenost 30 kbp (nutnost použít pro deleci designované nukleázy)


26.5.2016

13

Návrhy úloh – Mol. biologie •  Designovaných nukleázy CRISPR a TALEN: •  vyhledání sekvence genu v databázích •  návrh vhodných cílových míst •  ověření mutací (zrušení restrikčního místa, T7 endonukleázová assay, posun na gelu, sekvenace)

•  ověření funkčnosti nukleázy v tkáňových kulturách (změna morfologie buněk – cytoskeletární gen a/nebo plazmidy s reportérovým genem určené k ověření efektivity štěpení)

•  Design degenerovaných primerů •  Interpretace dat z microarray EduWorkshop 2016 -‐ Brno

26.5.2016

14

Teacher Training course

Děkuji za pozornost


26.5.2016

15


26.5.2016

16


26.5.2016

17

molekulární biologie pohledem PhD. studenta seniora

Recommend Documents