Apró Melinda „Szőlővírusok kimutatási módszereinek fejlesztése és alkalmazása a szőlőültetvények vírusfertőzöttségének felmérésében” című doktori disszertáció bírálata Az értekezés témája újszerűsége, aktuálitása, tudományos és társadalmi jelentősége. Megállapíthatjuk, az értekezés témája újszerű, aktuális, tudományos és társadalmi jelentőséggel bír. Mert a szőlő növényvédelem egyik, ha talán nem a legnehezebb, legfontosabb, és legjelentősebb feladata a víruskutatás. Ugyanis a vírusos tőkék nem gyógyíthatók, hasonló képen, mint például a tőkepusztulást okozó gombák egy részével fertőzött tőkék, illetve az Agrobaktériummal megbetegedett tőkék. Sajnos a tüneteket nem mutató tőkék is lehetnek vírussal fertőzöttek. Abban az esetben, ha időben felismerjük a vírusfertőzöttséget, a betegség terjedését megakadályozhatjuk. A szakirodalom feldolgozásának színvonala. Az szakirodalom feldolgozásának színvonala megfelel a kor követelményeinek. Apró Melinda tanúbizonyságot tett arról, hogy a téma irodalmát nemcsak jól ismeri, hanem helyesen is tudja használni. Hatalmas munkát végzett több mint 230 irodalmat használt fel (233), ebből 221 idegen nyelvű, (többsége angol). Feldolgozta a magyar nyelvű, illetve a magyar szerzőjű irodalmat is (19). A szakirodalom feldolgozása egyik erőssége a Jelölt munkájának. Tartalmazza-e a feldolgozás a témával összefüggő fontosabb előzményeket? A feldolgozása tartalmazza a témával összefüggő fontosabb előzményeket. Talán azért is viszonylagosan nagy terjedelmű az irodalmi feldolgozás. A témával kapcsolatos irodalmat 18. oldalon tárgyalja. A disszertáció az Irodalom jegyzék nélkül 66 oldal. Magyar szerzők munkái közül 19-et dolgozott fel, ami az összesen 233 irodalmat figyelembe véve, nem tekinthető, soknak.
A kíváncsi
olvasó
nagyon sok
mindent
megtudhat
a témáról,
szinte
témadokumentációnak tekinthető. Köszönet illeti a Jelöltet, hogy ilyen alaposan megismerteti velünk a szőlővírusok kimutatás nem egyszerű módszereinek szakirodalmát. Elemző módon, kritikailag dolgozta-e fel a Jelölt a téma irodalmát? Elemző módon kritikailag dolgozta fel a Jelölt a téma irodalmát, otthonosan mozog a szőlővírusok témájában. Jól ismeri a szőlővírusok okozta hazai és külföldi aktuális gondokat is. A kutatási célok megfogalmazásakor támaszkodott-e a Jelölt a már ismert tudományos eredményekre?
1
A kutatási célkitűzéseinek megfogalmazásakor a Jelölt a már ismert tudományos eredményekre támaszkodott. A gazdag szakirodalmi ismeret ezt lehetővé tette, s valószínű a témavezető is erre buzdította. A kísérleti módszerek helyessége. Alkalmas-e a választott módszer a célokban megfogalmazottak vizsgálatára? A Jelölt kísérlet során alkalmazott vizsgálati módszerei kórszerűek, megbízhatók, csak kissé bonyolultak, de újak illetve újszerűek. Az össznukleinsav kivonását és tisztítását a Spectrum Plant Total RNA Kit-tel (Sigma-Aldrich Chemia GmbH, Germany) végezték A kísérleti módszerek megválasztásából látszik, hogy a Jelölt vagy a Témavezető, vagy mindketten, nemcsak könyvből tanulták a kutatást, hanem az életben nyitott szemmel jártak, és járnak. A kísérleti módszereket a dolgozat szakirodalom feldolgozásán kívül a másik legértékesebb részének tartom. A munka során alkalmazott vizsgálati módszerek kórszerűsége és megbízhatósága. A Jelölt által alkalmazott vizsgálati módszerek kórszerűek és megbízhatóak. A szekvencia meghatározáshoz a plazmidot BIO-RAD Quantum Prep Plasmid Miniprep Kittel a gyártó utasításainak megfelelően izolálták.
A nukleotid és az aminosav szekvenciák
hasonlóság-vizsgálatához,
illesztéséhez,
a
szekvenciák
valamint
a
filogenetikai
vizsgálatokhoz és az UPGMA eljárással készített filogenetikai törzsfa elkészítéséhez a CLC Sequence viewer 6.5.1. (CLC bio) szoftvercsomagot használtak. A kutatási eredmények feldolgozásának színvonala, az eredmények matematikaistatisztikai értékelése A kutatási eredmények feldolgozásának színvonala, az eredmények matematikai-statisztikai értékelése a hazai és nemzetközi elvárásnak megfelelő. A filogenetikai törzsfák megbízhatóságának becslésére a nukleotid szekvenciapozíciók véletlenszerű ismétléses mintavételét és az ezt követő törzsfaszerkesztést 1000-es ismétlésben alkalmazó bootstrapanalízist végeztek. Az eredményekből levont következtetések helytállósága A kísérleti eredményekből levont következtetések helytállóak és mértéktartók. Összeveti-e a Jelölt saját eredményeit az irodalommal (diszkusszió)? A Jelölt összeveti saját eredményeit az kapcsolatos irodalommal. A Jelöltnek az értekezéssel összefüggő publikációs tevékenysége.
2
A Jelölt az értekezéssel kapcsolatban 6 magyar nyelvű és 2 idegennyelvű cikke jelent meg. 2 magyar nyelvű és 3 idegen nyelvű előadásban foglalkozott a szőlővírusokkal. Ezen kívül 2 posztert is kiállított a témájáról. Tartalmaz-e az értekezés új tudományos eredményeket? A Jelölt mely eredményeit ismeri el a bíráló új eredményeknek? Az értekezés tartalmaz új tudományos eredményeket. A következőket ismerem el új tudományos eredménynek. 1. Magyarország 7 borrégiójának és 22 borvidékének településeiről 2012. és 2014. között gyűjtött 325 mintából 8 szőlőt fertőző vírus jelenlétét mutatta ki 77 minta esetében. Negyvenhat mintában egy vírus jelenléte volt igazolható, 31 esetben két-két vírus komplex fertőzését azonosította. 2. Vizsgálataik során megállapította, hogy a korábban jelentősnek tartott nepovírusok (GFLV, ArMV, TBRV, GCMV) egyenként és együttesen is kisebb arányban voltak jelen, mint a GVA, GLRaV-1 és GLRaV-3 szerológiai csoportok. A korábbi évek kutatási eredményei szerint a mintákban a GVA jelenléte nem volt jelentős, ezzel szemben munkájukban a levélsodródást okozó vírusokkal komplexen a legnagyobb arányt képviselte. 3. Magyarországon először vizsgálta GLRaV-3 izolátumok változó köpenyfehérjéjét. Két hazai, korábban már vizsgált kőszegi származású GLRaV-3 izolátum ORF7 változó köpenyfehérjét (CPm) kódoló régió nukleotid és aminosav sorrendjét határozták meg molekuláris módszerrel (RT-PCR). A filogenetikai analízis alapján a magyarországi izolátumok beilleszthetők a már meglévő öt csoportba. A Kőszeg1 izolátum a II. számú csoportba, míg a Kőszeg2 számú izolátum az I. számú csoportba tartozik. Az izolátumok szekvencia adatai a LN851187 és LN851188 nyilvántartási számokkal kerültek Genbanki elhelyezésre. 4. A dolgozatban szereplő izolátumok HSP70 homológ fehérjéjének a szekvenciája korábban meghatározásra került. Ezek alapján a 2.2 izolátum, esetükben Kőszeg1 izolátum mindkét munkában a II. csoportba lett besorolva. Míg korábban az 1.4 számú izolátum (vizsgálatukban Kőszeg2) a IV. csoportba került elhelyezésre a HSP70 szekvencia adatai alapján, addig az ORF7 fehérje alapján az I. csoportba került. A dolgozat szerkezeti felépítése, tagoltsága. A dolgozat felépítése, tagoltsága nagyon jó, talán a tartalomjegyzék lehetne kicsit részletesebb, azért hogy a tartalomjegyzék alapján egyes részeket könnyebben megtaláljuk. Például a vizsgálati módszer címszó alatt a felületes olvasó arra gondolhat, hogy csak egy 3
módszert használt a Jelőlt, de, ha fellapozza a megjelőlt helyet, már több módszerről olvashat. Az előzőből adódóan, a tartalomjegyzékben is talán jobb lett volna vizsgálati módszereket írni. A dolgozat táblázatai ábrái egyértelműek, világosak-e? A dolgozat táblázatai ábrái egyértelműek, világosak. 24 ábrából a többség megfelelő minőségű. Néhány kép valószínű nyomdatechnikai okok miatt nem a legjobb, ezt azért merem állítani, mert a házi védésre elektronikusan hozzám eljutatott képek kifogástalanok voltak. Az irodalmi hivatkozások szabályosak-e? Az irodalmi hivatkozások szabályosak. Csupán néhány az irodalomjegyzékben szerepelő szerzőre (12), nem találtam hivatkozást dolgozatban, (vagy én nem voltam elég alapos). Ez az irodalom feldolgozás és jegyzék méretét és szinvonalát tekintve elenyésző. 1. Agranovsky, A. A., Boyko, V. P., Karasev, A. V., Lunina, N. A., Koonin, E. V and Dolja, V. V. (1991): Nucleotide sequence of the 3'-terminal half of Beet yellows closterovirus RNA genome: unique arrangement of eight virus genes. J. Gen. Virol. 72: 15-23. Ez elenyésző hiba a gazdag irodalom feldolgozás és irodalomjegyzéket figyelembe véve. 2. Bodor, L. és Kobza, S. (1995): A szőlővírusok (fertőző leromlás, sárga mozaik és levélsodródás) hatása a termés mennyiségére és az ültetvény állapotára. 41. Növényvédelmi Tudományos Napok. Budapest 1995. 33. p. 3. Brar, H. S., Singh, Z., Swinny, E. and Cameron, I. (2008): Girdling and grapevine leafroll associated viruses affect berry weight, colour development and accumulation of anthocyanins in ‘Crimson Seedless’ grapes during maturation and ripening. Plant Science 175: 885-897. 4. Douglas-Smith, N. and Krüger, K. (2013): Grapevine leafroll-associated virus 3 (GLRaV-3) transmisson by three soft scale insect species (Hemiptera: Coccidae) with notes on their biology. African Entomology 21: 1-8. 5. Groppa, M. D. and Benavides, M. P. (2008): Polyamines and abiotic stress: Recent advances. Amino Acids, 34: 35-45. 6. Horváth J. és Gáborjányi R. (1999): Növényvírusok és virológiai vizsgálati módszerek. In: Kazinczi Gabriella (1999): Szerológiai vizsgálati módszerek. ELISAmódszerek. Mezőgazda Kiadó, Budapest 1999. 258 pp. 7. Jaragula, S., Gowda, S., Dawson, W. O. and Naidu, R. A. (2010): 3’-Coterminal subgenomic RNAs and putative cis-acting elements of Grapevine leafroll-associated
4
virus 3 reveals ’unique’ features of gene expression strategy in the genus Ampelovirus. Virol. J. 7: 180. 8. Marotta, S. and Tranfaglia, A. (1990): New and little known species of italian scale insects (Homoptera: Coccoidea). Proceedings 6th International Symposium of Scale Insects Studies (Part II), Cracow, Poland 1990. pp. 107-112. 9. Pageau, K., Reisdorf-Cren, M., Morot-Gaudry, J. F. and Masclaux-Daubresse, C. (2006): The two senescence-related markers, GS1 (cytosolic glutamine synthetase) and GDH (glutamate dehydrogenase), involved in nitrogen mobilization, are differentially regulated during pathogen attack and by stress hormones and reactive oxygen species in Nicotiana tabacum L. leaves. J. Experim. Bot. 57: 547-557. 10. Reggiani, A., Cornale, R., Maini, S. and Pellizzari, G. (2003): Note biologiche e distribuzione di Heliococcus bohemicus Sulc (Rhynchota Pseudococcidae) nei vigneti dell’Emilia-Romagna. Informatore Fitopatologico, 53: 42-45. 11. Sandanayaka, W. R. M., Blouin, A. G., Prado, E. and Cohen, D. (2012): Stylet penetration behaviour of Pseudococcus longispinus in relation to acquisition of Grapevine leafroll virus 3. Arthropod-Plant Interactions 7: 137-146. 12. Vanek, G. (1996): A szőlő növényvédelme. Mezőgazda Kiadó, Budapest 1996. 224 pp. A dolgozat stílusa. A dolgozat stílusa korszerű és közérthető. A közérthetőségét elősegíti a dolgozat elején található rövidítések magyarázata, (talán lehetett volna még részletesebb). E nélkül a témában kevésbé járatos olvasónak gondjai lettek volna a dolgozat megértésében. A dolgozat külső megjelenése. A dolgozat külső megjelenése ízléses, megnyerő. A disszertációt újból elolvastam, és köszönettel vettem, hogy a házi védésre javasolt változtatásokat elfogadta, illetve kiegészítette. Javaslom, hogy minél többen olvassák el, mert sok ismerettel gazdagodhatnak. Kérdéseim: Azt írja két helyen, hogy a szőlőatka is okozhat hasonló tüneteket, mint a vírusok. Azonban nem tudom, hogy melyik atkára gondol, a szőlőben ugyanis sok atka okoz kárt: a levélsodróatka, a szőlőlevélatka, takácsatkák, stb. Jó lenne tudni, hogy melyiket vádoljuk?
5
Érdeklődöm, hogy talált-e összefüggést a szőlőültetvény kora és a vírusfertőzés mértéke között? Kérdezem, hogy a vírus vektor fonálféreg fajok közül melyeknek van szerepe a hazánkban igazolt szőlővírusok terjedésében?
A disszertációt nagyon jónak találom, elfogadásra javaslom. Tisztelettel: Dr. Mikulás József ny. osztályvezető, CSc
6
