Lestari et al., Variasi Alel pada RSUS3 42

PROSIDING SEMINAR NASIONAL III TAHUN 2017 “Biologi, Pembelajaran, dan Lingkungan Hidup Perspektif Interdisipliner” Diselenggarakan oleh Prodi Pendidikan Biologi-FKIP bekerjasama dengan Pusat Studi Lingkungan dan Kependudukan (PSLK) Universitas Muhammadiyah Malang, tanggal 29 April 2017

VARIASI ALEL PADA SUCROSE SYNTHASE 3 (RSUS3) DALAM LIMA VARIETAS PADI JAPONICA (Oryza sativa L.) Allelic Variation of Sucrose Synthase 3 (RSUS3) on Five Japonica Rice Varieties (Oryza sativa L.) 1,2,3

Puji Lestari1, Sustiprijatno2, I Made Tasma3 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Jalan Tentara Pelajar No.3A Bogor 16111, Telp.0251-8337975 e-mail korespondensi: [email protected] ABSTRAK

Sucrose synthase 3 di padi (RSUS3) berperan penting dalam respon terhadap cekaman abiotik dan pengisian biji, karena itu variasinya perlu diobservasi pada varietas japonica. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variasi alel pada RSUS3 dalam lima varietas padi japonica dengan pembanding varietas rujukan, Nipponbare. Single nucleotide polymorphism (SNP), dan insersi/delesi (indel) berhasil diidentifikasi di daerah upstream, intron dan ekson, dan downstream gen RSUS3. Jumlah varian tertinggi ditunjukkan oleh varietas Ilpum dengan 13 SNP dan terendah pada Hwacheong dengan 10 SNP. Transisi mendominasi dan diikuti oleh transversi, dan indel minimal 1 bp diidentifikasi dalam total 6.286 bp gen RSUS3. Delesi 3 bp (CTC) ditemukan di Hwacheong dan Hwaseong pada posisi konsensus yang sama (1.255-1.257 bp). Beberapa SNP dan indel lain ditemukan di posisi yang sama pada beberapa varietas padi yang menunjukkan kedekatan genetiknya. Berdasarkan total sekuen RSUS3, diketahui bahwa Hwacheong dekat dengan Hwaseong, demikian juga antara Ilpum dan Samkwang. SNP dan indel hasil penelitian ini bermanfaat untuk merancang primer berbasis PCR, khususnya varian di ekson yang penting sebagai marka fungsional. Analisis lebih lanjut variasi nukleotida pada gen RSUS3 perlu dilakukan untuk mengembangkan marka molekuler yang bermanfaat dalam membantu evaluasi plasma nutfah dan pemuliaan padi japonica. Kata kunci: variasi nukleotida, sucrose synthase 3, padi japonica, SNP, indel

ABSTRACT Sucrose synthase 3 in rice (RSUS3) has an important role in response to abiotic stress and filling grain, thus, its variation needs to be observed in several japonica varieties. The objective of this study was to identify allelic variation of RSUS3 gene in five japonica rice varieties against reference variety, Nipponbare. Single nucleotide polymorphism (SNP), and insertion and deletion (indel) were observed in the upstream region and within the intron and exon, and downstream of the RSUS3 gene. The highest number of variant was demonstrated by variety ‘Ilpum’ with 13 SNPs and the lowest one was shown by ‘Hwacheong’ with 10 SNPs. On this RSUS3, transition was dominated and followed by transversion. Deletion of at least 1 bp was found in the total of 6.286 bp consensus sequence of RSUS3 gene. Deletion of 3 bp (CTC) was observed at the same positions as those shown by ‘Hwacheong’ dan ‘Hwaseong’ at 1.255-1.257 bp. Some SNPs and Indels were found at the same locations in several rice varieties indicating their close genetic relatedness. Based on the RSUS3 sequence, Hwacheong was close to Hwaseong, which was similarly to Ilpum and Samkwang. SNP and indel identified in this study will be useful to design PCR-based primers, especially variants found in exon as functional markers. Further analysis on the nucleotide variation of the RSUS3 needs to be done to develop molecular markers to be used in assisting germplasm evaluation and breeding for abiotic stress tolerance in japonica rice. Key words: nucleotide variation, sucrose synthase 3, japonica rice, SNP, indel

Sucrose synthase (SUS) memiliki peran penting terhadap pertumbuhan tanaman, metabolisme gula, dan respon terhadap lingkungan terutama cekaman abiotik. Isoform sucrose synthase dikodekan oleh beberapa gen baik dalam tanaman dikotil maupun monokotil termasuk padi (Hirose et al., 2008; Wang et al., 2015). Khusus untuk sucrose synthase 3 (SUS3) biasanya diekspresikan di akar, terutama di akar lateral pada tanaman yang mengalami stres perendaman (Wang et al., 2014). Sampai saat ini paling sedikit ada enam gen SUS yang telah diidentifikasi di padi (RSUS). Sucrose synthase 3 (RSUS3) merupakan gen RSUS ketiga yang telah diisolasi dan proteinnya telah dikarakterisasi di padi (Wang et al., 1999; Hirose et al., 2008). Dari sudut

pandang evolusi, RSUS2 dan RSUS3 mungkin berasal dari nenek moyang yang sama dan mengalami divergensi dari RSUS1.RSUS3 memiliki peran yang saling melengkapi dan menyeimbangkan dengan anggota gen RSUS lainnya selama perkembangan biji padi (Wang et al., 1999). RSUS3 terletak di endosperm dan lapisan aleuron, yang ekspresinya diinduksi selama sintesis pati, (Huang et al., 1996) dan diekspresikan dalam sel-sel yang mengandung pati. RSUS3 terlibat dalam periode pengisian pati pada milky stage dan translokasi karbon ke dalam biji selama periode pengisian biji padi (Wang et al., 1999). Beberapa studi melaporkan informasi penting tentang RSUS3, seperti sekuen gen (Huang et al., 1996; Lestari et al., 2011), elusidasi sekuen di daerah

Lestari et al., Variasi Alel pada RSUS3 available at http://research-report.umm.ac.id/index.php/

42


koding/ekson dan non-koding/intron (Huang et al., 1996), informasi genetik gen (Kishimoto et al., 2001), dan profil ekspresinya di padi (Hirose et al., 2008). Daerah promoter RSUS3 juga telah diidentifikasi terkait ekspresinya (Rasmussen & Donaldson, 2006) dengan eksistensi titik translokasi yang terletak di daerah intron di upstream dari gen tersebut (Simpson & Filipowics, 1996; Huang et al., 1996). Identifikasi variasi nukleotida dari gen-gen penting di padi menjadi lebih mudah dengan perkembangan metode sekuensing. Teknik kloning molekuler yang mendukung metode sekuensing membuat sekuensing target gen seperti RSUS3 menjadi lebih mudah dan lebih tepat. Variasi nukleotida khususnya single nucleotide polymorphism (SNP) di RSUS3 menjadi lebih menarik karena variasi DNA tersebut dapat digunakan sebagai marka genetik (Ching et al., 2002). Varian berbasis gen dan transkriptom dapat menyediakan sejumlah besar marka fungsional maupun universal untuk dapat digunakan dalam pemetaan sifat penting dan studi asosiasi alel dari gen-gen tertentu (Syvanen, 2001). Marka SNP juga sering digunakan dalam pemetaan genetik dan fisik pada wilayah DNA tertentu. Perbandingan variasi nukleotida dari RSUS3 inter dan intra spesies dimaksudkan untuk memahami evolusi molekuler. Informasi mengenai keragaman genetik padi berdasarkan RSUS3 akan bermafaat dalam mengetahui perubahan genetik yang terjadi dalam proses seleksi dan dalam evaluasi plasma nutfah yang mendukung program pemuliaan. Karena itu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variasi alel RSUS3 dalam lima varietas padi japonica yag dibandingkan dengan sekuen varietas padi rujukan, Nipponbare. METODE Sebanyak lima varietas padi japonica berasal dari Korea Selatan digunakan dalam penelitian ini. Benih ditanam dalam bak di rumah kaca sampai umur 4 minggu. Daun muda yang sehat dipanen dan digunakan untuk isolasi DNA. Daun digerus sampai menjadi bubuk halus menggunakan mortar dan pastle dengan bantuan nitrogen cair. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan CTAB (cetyl trimethylamonium bromide) mengikuti protokol dari Murray & Thompson (1980). DNA yang dihasilkan selanjutnya dilarutkan dalam bufer TE. DNA utuh ini dielektroforesis pada 0,8% gel agarosa, diwarnai dengan etidium bromida, kemudian difoto menggunakan transilluminator chemidoc. Kuantitas dan kualitas DNA diukur dengan menggunakan spektrofotometer Nano® Drop2000 pada panjang gelombang 260/280 dan 260/230. Sekuen utuh sucrose synthase 3 (RSUS3) yang tersedia di domain publik diunduh dari database genom padi (www.gramene.org), yaitu SUS 3_ORYSJ (LOC_Os07g42490). Reaksi standar PCR dilakukan menggunakan 10 pasang primer yang dirancang untuk menghasilkan satu pita DNA (Lestari et al., 2011). Reaksi

PCR sebanyak 50 µl digunakan untuk mengamplifikasi DNA dalam mesin PTC200 Peltier Thermal Cycler (MJ Research Watertown, Mass., USA). Program PCR yang digunakan adalah sebagai berikut: denaturasi awal pada 95 ˚C selama 1 menit, diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari denaturasi DNA pada 95˚C selama 30 detik, annealing primer pada 55˚C selama 30 detik dan ekstensi pada 72˚C selama 1 menit. PCR ditutup dengan ekstensi akhir pada 72˚C selama 7 menit. Produk PCR kemudian diendapkan dengan etanol, dikloning dalam vektor pGEM-T Easy, dan ditransformasi ke dalam sel kompeten Escherichia coli DH5- dengan mengikuti protokol kloning standar (Sambrook & Russell, 2001). Plasmid kemudian diisolasi menggunakan DNA-spinTM plasmid DNA Purification Kit (Intron Bioteknologi, Korea). Plasmid yang mengandung gen RSUS3 kemudian disekuen menggunakan ABI 3700 DNA Sequencer (Applied Biosystems, Inc) dengan dua arah (forward dan reverse) untuk sekuen kedua untai. Sekuen DNA yang dihasilkan diedit dan disejajarkan menggunakan Bioedit (http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html) untuk mengidentifikasi situs polimorfisme pada lima varietas padi, terutama SNP dan insersi/delesi (indel). Jenis mutasi seperti inversi dan transversi berdasarkan empat kombinasi basa (A, T, G dan C) diidentifikasi. Pohon filogeni total varietas berdasarkan sekuen RSUS 3 dibuat menggunakan Mega 4 (Tamura et al., 2007). HASIL DAN PEMBAHASAN Sekuen RSUS3 lima varietas padi japonica disejajarkan dengan sekuen varietas rujukan, Nipponbare untuk mengidentifikasi variasi nukleotidanya. Dari total sekuen RSUS3 (7.733 bp) termasuk promotor (Lestari et al., 2011), 6.286 bp dianalisis. Secara umum sekuen RSUS3 dari total varietas japonica yang dianalisis lebih pendek daripada sekuen Nipponbare, kecuali Samkwang (6.286 bp) (Tabel 1). Sekuen RSUS3 terpendek ditemukan pada Hwacheong dan Hwaseong (6.282 bp). Nipponbare sebagai varietas rujukan yag juga digunakan dalam studi ini, telah sering dilaporkan dengan mempertimbangkan bahwa genom padi pertama yang disekuen adalah Nipponbare dan lengkap informasinya (Toda & Toriyama, 2013). Karena pentingnya RSUS3 di padi, identifikasi variasi nukleotida atau alel dalam varietas japonica seperti yang ditunjukkan dalam penelitian ini adalah pertimbangan yang tepat dengan memanfaatkan sekuen varietas rujukan. Alel RSUS3 di Nipponbare digunakan sebagai rujukan dan perubahan alel yang diamati di antara varietas dapat dikategorikan sebagai alel alternatif. Informasi alel unik atau utama RSUS3 di padi akan berguna terkait toleransinya terhadap cekaman lingkungan dan mutu rasa beras (Lestari et al., 2011; Wang et al., 2014).


43

PROSIDING SEMINAR NASIONAL III TAHUN 2017 “Biologi, Pembelajaran, dan Lingkungan Hidup Perspektif Interdisipliner” Diselenggarakan oleh Prodi Pendidikan Biologi-FKIP bekerjasama dengan Pusat Studi Lingkungan dan Kependudukan (PSLK) Universitas Muhammadiyah Malang, tanggal 29 April 2017 Tabel 1. Varias alel yang diidentifikasi pada RSUS3 yang diamati diantara 5 varietas padi japonica mengacu pada sekuen genom rujukan, Nipponbare Posisi (bp)

Ekson 635 2233 2777 2797 3137 3327 3315 3399 3869 4348 4612 4615 4947 5005 5888 6068 Intron 56 219 360 469 553 832 870 1094 1146 1179 1255-1257 1454 1822 2026 2058 2153 3186 3527 3769 3994 5526 6229

Samkwang (6286bp)

Ilpum (6284 bp)

C/T (transisi)

C/T (transisi) C/T (transisi) T/C (transisi)

SNP/indel (Tipe perubahan basa) Hwaseong Hwacheong (6282 bp) (6282 bp) C/T (transisi)

Samnam (6285 bp)

C/T (transisi)

C/T (transisi) A/G (transisi)

T/C (transisi) C/A (transversi) T/C (transisi) A/G (transisi) T/C (transisi) T/C (transisi) T/C (transisi) T/C (transisi) C/A (transversi) A/G (transisi) C/T (transisi) A/G (transisi) T/C (transisi) T/- (delesi)

T/C (transisi)

G/A (transisi)

G/A (transisi)

T/C (transisi)

T/- (delesi) A/G (transisi) T/C (transisi) T/C (transisi) A/G (transisi) T/C (transisi) T/C (transisi) CTC/--- (delesi) T/G (transversi)

CTC/--- (delesi) T/G (transversi) T/C (transisi)

A/G (transisi) A/- (delesi) T/C (transisi) A/G (transisi) A/G (transisi) A/T (transversi) A/G (transisi) T/A (transversi)

A/G (transisi)

T/G (transversi)

Tabel 2. Distribusi SNP dalam gen RSUS3 yang dibagi dalam selang segmen yang diamati pada 5 varietas japonica Selang segmen bp) 1-500 501-1000 1001-1500 1501-2000 2001-2500 2501-3000 3001-3500 3501-4000 4001-4500 4501-5000 5001-5500 5501-6000 6001-6500 Total

Samkwang 2 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 1 6

Ilpum 1 3 1 0 2 1 3 2 0 0 0 0 0 13

SNPs/indel Hwaseong 1 1 2 0 2 0 1 1 0 0 1 1 2 11

Total Hwacheong 1 1 2 0 2 0 0 1 0 1 0 0 1 8


Samnam 1 0 2 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0 10

6 5 7 1 8 2 5 4 1 3 2 2 2 48

44


Gambar 1. Pohon filogeni lima varietas padi japonica berdasarkan variasi nukleotida RSUS3 yang diestimasi dengan analisis bootstrap menggunakan 1000 permutasi

Total variasi nukleotida yang diidentifikasi menyebar dari hulu (upstream) ke daerah ekson dan intron. Jika total sekuen tersegmentasi per 500 bp dan diasumsikan basa pertama di upstream sebagai titik awal, variasi tertinggi terjadi pada posisi 2.001-2.500 bp, 1.0011.500 bp dengan 7 SNP/indel, dan 1-500 bp dengan 6 SNP/indel. Posisi segmental pada 1.501-2.000 dan 4.0014.500 bp memiliki variasi terendah. Jumlah variasi nukleotida per 500 segmen bp dari RSUS3 ditunjukkan pada Tabel 2. SNP/indel lebih tinggi di daerah yang ditranskripsikan dan berisi ekson dan intron daripada di daerah lain. Berdasarkan perubahan dari kombinasi empat basa (A, T, G dan C), lima varietas tersebut yang diketahui memiliki kandungan amilosa sedang dan variasi mutu rasa, menunjukkan adanya perubahan bi-alel di RSUS3. Ilpum memiliki mutu rasa tinggi tetapi rentan terhadap penyakit, ternyata memiliki situs mutasi tertinggi (13 SNP/indel). Sedangkan Samnam dengan mutu rasa rendah, menghasilkan 10 SNPs/indel. Jumlah terendah SNP/indel (enam) terdeteksi pada Samkwang yang memiliki mutu rasa sedang. Hasil ini sesuai dengan laporan sebelumnya yang menyatakan bahwa SNP jauh lebih tinggi dalam genom tanaman dibandingkan variasi lain seperti simple sequence repeat (SSR) dan bervariasi antara varietas. Indel minimal 1 bp hingga puluhan kb juga diidentifikasi dalam genom padi (Yonemaru et al., 2014). Berdasarkan latar belakang genetik yang berbeda antara japonica dan indica, variasi alel RSUS3 antara dua kelompok varietas diharapkan lebih tinggi. Dari 48 SNP/indel, mayoritas varian (85,4%) adalah SNP, tujuh varian merupakan delesi 1 bp dan 3 bp. Delesi T ditemukan di lokasi yang sama pada sekuen konsensus RSUS3 (di 219 bp) di intron dari tiga varietas padi japonica yaitu Samnam, Hwaseong, dan Hwacheong. Ilpum menunjukkan delesi T di wilayah upstream dari gen (pada posisi 260 bp) dan delesi A ditemukan di intron pada 2.058 bp. Sementara delesi CTC ditunjukkan oleh Hwaseong dan Hwacheong di intron pada posisi 1.255-1.257 bp.

Jumlah variasi SNP/indel menunjukkan perbedaan dalam ekson dan intron. Sebanyak 27 dan 20 SNP/indel diamati masing-masing dalam intron dan ekson. Beberapa SNP terdeteksi dalam varietas tertentu, sementara yang lain ada pada situs yang sama dari varietas yang berbeda. Alel C yang terletak di 2.233 bp dari ekson Nipponbare RSUS3 telah berubah ke T alel pada dua varietas, Hwaseong dan Hwacheong. Dalam intron, alel T dan alel, masing-masing terletak pada posisi 1.454 dan 3.994 bp dari sekuen konsensus RSUS3 di Nipponbare ternyata telah berubah ke G di Hwaseong dan Hwacheong. Sejumlah SNP yang ditemukan dalam studi ini merupakan sumber berharga sebagai marka molekuler. Marka fungsional berbasis SNP dapat dikembangkan dari SNP berasal dari ekson gen RSUS3 berdasarkan analisis asosiasi alel SNP dengan fenotip yang yang diinginkan, dan dapat sebagi marker-assisted selection (MAS) dalam program pemuliaan padi. Marka molekuler berdasarkan variasi DNA dalam intron juga penting untuk membantu pemetaan genetik dan fisik, studi evolusi, analisis keragaman genetik, dan studi genetik lainnya (Lestari & Koh, 2013; Badoni, et al., 2016). Berdasarkan tipe mutasi, SNP dapat dibedakan berdasarkan pola perubahan basa yang diklasifikasikan ke dalam transisi dan transversi. Transisi SNP didefinisikan sebagai perubahan dari SNP alel A/T dan T/C dan sebaliknya. Transversi SNP adalah perubahan dari SNP alel A/T, G/C, A/C dan G/T, dan sebaliknya. Mayoritas jenis SNP yang diamati pada RSUS3 diantara lima varietas japonica adalah transisi (83%) dan sisanya 17% adalah transversi, dengan rasio 4,88:1. Transversi yang biasanya ditemukan dalam lima varietas padi japonica dalam penelitian ini adalah T/G, C/A, A/T dan T/A. Sementara transisi menunjukkan perubahan yang lebih variabel bi-alel, yaitu T/C dan sebaliknya, A/G dan sebaliknya, A/T, dan sebaliknya, dan T/G. Perubahan T/C, paling banyak ditemukan di RSUS3. Hasil sekuensing menunjukkan rasio tinggi transisi dan transversi yang merefleksikan tingkat mutasi gen RSUS3 (Van et al., 2013; Yang et al., 2003).


45


Variasi nukleotida dari RSUS3 antara lima varietas japonica menunjukkan adanya pola polimorfisme yang sama di beberapa varietas, dan karenanya, haplotipenya dapat diidentifikasi. Kesamaan pola polimorfisme SNP/indel di situs yang sama di beberapa varietas menunjukkan bahwa Samkwang secara genetik dekat dengan Ilpum, sementara Hwaseong terdekat dengan Hwacheong. Namun, Samnam tampaknya berbeda dari empat varietas lain (Gambar 1). Jadi varian di RSUS3 dapat memberikan informasi penting tentang kekerabatan genetik antara varietas padi japonica. SNP/indel diidentifikasi di RSUS3 dari penelitian ini juga dapat digunakan sebagai kandidat dalam mengembangkan penanda molekuler penting bagi berbagai penelitian genetik dan aplikasinya dalam program pemuliaan padi. KESIMPULAN Sekuen konsensus RSUS3 dari Samkwang memiliki panjang yang sama dengan sekuen rujukan Nipponbare (6.286 bp), diikuti oleh Samnam (6.285 bp) dan Ilpum ( 6.284 bp), sedangkan sekuen RSUS3 Hwacheong dan Hwaseong sama panjangnya (6282 bp). Jumlah varian tertinggi ditemukan di Ilpum (13 situs), dan terendah di Samkwang (6 situs). Dari total 48 SNP/indel yang ditemukan, mayoritas adalah SNP (85,4%). Sebagian besar variasi terjadi pada intron, dengan rasio transisi dan transversi adalah 4.88 dan 1. Kedekatan genetik lima varietas padi japonica dapat diketahui berdasarkan sekuen total RSUS3. UCAPAN TERIMA KASIH Penulis mengucapkan terima kasih kepada Prof. HeeJong Koh yang telah melakukan supervisi dan memfasilitasi kegiatan ini di Laboratorium Crops Molecular Breeding Laboratory, Seoul National University, South Korea. DAFTAR RUJUKAN Badoni, S., Das, S., Sayal, Y.K., Gopalakrishnan, S., Singh, A.K., Rao, A.R., Agarwal, P., Parida, S.K., & Tyadi, A.K. (2016). Genome-wide generation and use of informative intron-spanning and intronlength polymorphism markers for high-throughput genetic analysis in rice. Scientific Report, 6, 23765.

Huang, J.W., Chen, J.T., Yu, W.P., Shyur, L.F., Wang, A.Y., Sung, H.Y., Lee, P.D., & Su, K.C. (1996). Complete structure of three rice sucrose synthase isogenes and differential regulation of their expression. Biosci. Biotechnol. Biochem., 60, 233– 239. Kishimoto, N., Akagi, H., Satozawa, T., Sakamoto, M., Fujimura, T., Higo, K., & Shimada, H. (2001). Loci of rice sucrose synthase. Rice Genetics Newsletter, Vol.18. http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/rgn/vol18/c16.ht ml. Lestari, P., Lee, G.A., Ham, T.H., Reflinur, Woo, M.O., Piao, R.H., Jiang, W.Z., Chu, S.H., Lee, J.H, & Koh. H.J. (2011). Single nucleotide polymorphism and haplotype diversity in rice sucrose synthase 3. Journal of Heredity, 102, 735–746. Murray, M.G., & Thompson, W.F. (1980). Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nucleic Acids Res., 8, 4321–4325. Rasmussen, T.B., & Donaldson, I.A. (2006). Investigation of the endosperm-specific sucrse synthase promoter from rice using transient expression of reporter genes in guar seed tissue. Plant Cell Rep., 25 (10), 1035–1042. Sambrook, J., &.Russell, D.W. 2001. Molecular cloning: a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Simpson, G. G., & Filipowics, W. (1996). Splicing of precursors to mRNA in higher plants: mechanism, regulation, and sub-nuclear organization of the spliceosomal machinery. Plant Mol. Biol., 32, 1– 41. Syvanen, A.C. (2001). Accessing genetic variation: genotyping single nucleotide polymorphism. Nat. Rev. Genet., 2, 930–942. Tamura, K., Dudley, J., Nei, M. & Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol., 24, 1596–1599. Toda, T., & Toriyama, K. (2013). Re-sequencing of mitochondrial genes in a standard rice cultivar Nipponbare. Rice, 6, 2.

Ching, A., Caldwell, K.S., Jung, M., Dolan, M., Smith, O.S., Tingey, S., Morgante, M., & Rafalski, A. (2003). SNP frequency, haplotype structure and linkage disequilibrium in elite maize inbred lines. BMC Genetics, 3, 19.

Wang, H., Sui, X., Guo, J., Wang, Z., Cheng, J., Ma, S., Li, X., & Zhang, Z. (2014). Antisense suppression of cucumber (Cucumis sativus L.) sucrose synthase 3 (CsSUS3) reduces hypoxic stress tolerance. Plant Cell Environ., 37, 795–810.

Hirose, T., Scofield, G.N. & Terao, T. (2008) An expression analysis profile for the entire sucrose synthase gene family in rice. Plant Science, 174, 534–543.

Wang, A.Y., Kao, M.H.,.Yang, W.H., Sayion, Y., Liu, L.F., Lee P.D., & Su. J.C. (1999). Differentially and developmentally regulated expression of three rice sucrose synthase genes. Plant Cell Phyisol., 40, 800–807.


46


Wang Z., Wei, P., Wu, M., Xu, Y., Li, F., Luo, Z., Zhang, J., Chen, A., Xie, X., Cao, P., Lim, F., & Yang, J. (2015). Analysis of the sucrose synthase gene family in tobacco: structure, phylogeny, and expression patterns. Planta, 242(10), 153–166. Yonemaru, J.I., Ebana, K., &Yano, M. (2014). Haprice, an SNP haplotype database and a web tools for rice. Plant Cell Physiol., 55, e9.

Lestari, P. & Koh, H.J. (2013). Development of new CAPS/dCAPS and SNAP markers for rice eating quality. Hayati J. Biosci., 20(1),15–23. Yang, Z., Ro, S., & Rannala, B. (2003). Likelihood models of somatic mutation and codon substitution in cancer genes. Genetics, 165(2), 695–705. Van, K., Kang, K.J., Han, K.S., Lee, Y.H., Gwag, J.G., Moon, J.K., & Lee, S.H. (2013). Genome-wide SNP discovery in mungbean by Illumina HiSeq. Theor. Appl. Genet., 126(8), 2017–2027


47

Lestari et al., Variasi Alel pada RSUS3 42

Recommend Documents