RespiFinder® RG Panel Werkingseigenschappen RespiFinder RG Panel, versie 1,
4692163
Controleer voordat u een test uitvoert of er nieuwe elektronische herzieningen van de labeling beschikbaar zijn op www.qiagen.com/p/RespiFinder-RGPanel-CE. De huidige status van de herzieningen wordt aangegeven door de publicatiedatum (indeling: maand/jaar).
Detectielimiet (LOD, limit of detection) De detectielimiet (LOD) omwille van de opzuivering (gevoeligheidslimiet) werd vastgesteld voor het RespiFinder RG Panel, met gebruik van het hele virus en bacteriemonsters in UTM (Universal Transport Medium), in combinatie met extractie met de QIAamp® MinElute® Virus Spin-kit. De detectielimiet omwille van de opzuivering van het RespiFinder RG Panel werd bepaald met gebruik van een verdunningsreeks van virus- en bacteriestammen (ATCC®, Zeptometrix®, Viral Culture) in UTM. Deze werden onderworpen aan RNA-/DNA-extractie met de QIAamp MinElute Virus Spin-kit (extractievolume: 200 µl, elutievolume: 60 µl). Van alle 5 verdunningen werden 11 replica's geanalyseerd met het RespiFinder RG Panel. De resultaten werden vastgesteld aan de hand van het hitpercentage (een hitpercentage ≥ 95% was gedefinieerd als de analytische detectielimiet voor het desbetreffende pathogeen). Een overzicht van de detectielimieten van alle geteste pathogenen wordt weergegeven in tabel 1. Tabel 1. De detectielimiet omwille van de opzuivering (QIAamp MinElute Virus Spin-kit) van het RespiFinder RG Panel Subtype/ Pathogeen
Hitpercentage
stam
Bron
LOD-titer
(%)
Virussen Adenovirus
B3
Bocavirus
n.v.t.†
Coronavirus
229E
ATCC* Recombinant plasmide ATCC
* American Type Culture Collection, VS. †
10 (0,40) TCID50/0,2 ml
95
4 x 10–3 fg/µl
100
10 (–3,95) TCID50/0,2 ml
100
Vervolg tabel op de volgende bladzijde
n.v.t.: niet van toepassing.
November 2013 Sample & Assay Technologies
Tabel 1. Vervolg Subtype/ Pathogeen
Hitpercentage
stam
Bron
LOD-titer
(%)
Virussen (vervolg) Coronavirus
OC43
ATCC*
10 (–2,25) TCID50/0,2 ml
100
Coronavirus
NL63
Zeptometrix
n.v.t.†
100
Coxsackievirus
A9
ATCC
10 (–0,60) TCID50/0,2 ml
hMPV
B3
Zeptometrix
n.v.t.
100
ATCC
10 (–1,50) TCID50/0,2 ml
100
ATCC
10 (0,10) TCID50/0,2 ml
100
Influenza A
Influenza A
H3N2 Victoria H1N1 Virginia
95
Influenza B
Maryland
ATCC
10 (–1,17) TCID50/0,2 ml
100
Para-influenza
1
ATCC
10 (–3,25) TCID50/0,2 ml
95
Para-influenza
2
ATCC
10 (–1,25) TCID50/0,2 ml
100
Para-influenza
3
ATCC
10 (–0,25) TCID50/0,2 ml
100
Para-influenza
4a
ATCC
10 (–0,75) TCID50/0,2 ml
100
Rinovirus
16
ATCC
10 (1,50) TCID50/0,2 ml
100
RSV-A
2
ATCC
10 (–2,25) TCID50/0,2 ml
95
RSV-B
18537
ATCC
10 (–1,75) TCID50/0,2 ml
100
B. pertussis
n.v.t.
ATCC
8 x 10–4
100
L. pneumophila
n.v.t.
ATCC
10 (–1,70) bact/0,2 ml
100
M. pneumoniae
n.v.t.
ATCC
10–2
100
Bacteriën
* American Type Culture Collection, VS. †
n.v.t.: niet van toepassing.
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
blz. 2 van 8
Specificiteit De specificiteit van het RespiFinder RG Panel is eerst en vooral verzekerd door de selectie van de primers en probes, en ook door de selectie van stringente reactieomstandigheden. De primers en probes zijn gecontroleerd op eventuele homologieën met alle sequenties die in genenbanken zijn gepubliceerd, door vergelijkende analyse van sequenties. De detecteerbaarheid van alle relevante genotypen is zo verzekerd door runs met het RespiFinder RG Panel op een Rotor-Gene® Q MDxapparaat, met de volgende genotypen (zie tabel 2). Tabel 2. Testen van de specificiteit van relevante stammen Interne controle FAM™/ROX™
FAM/Cy 5
(FAM/BHQ®))
ATCC*
+
–
+
Adenovirus B11
ATCC
+
–
+
Adenovirus B14
ATCC
+
–
+
Adenovirus C1
ATCC
+
–
+
Adenovirus C5
ATCC
+
–
+
Adenovirus C6
ATCC
+
–
+
Adenovirus E4
ATCC
+
–
+
Coxsackievirus A10
ATCC
–
+
+
Coxsackievirus A24
ATCC
–
+
+
Coxsackievirus B1
ATCC
–
+
+
Coxsackievirus B2
ATCC
–
+
+
Coxsackievirus B3
ATCC
–
+
+
Coxsackievirus B5
ATCC
–
+
+
Echovirus 4
ATCC
–
+
+
Echovirus 11
ATCC
–
+
+
Echovirus 30
ATCC
–
+
+
Pathogeen
Bron
Adenovirus B7
* American Type Culture Collection, VS.
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
®
Vervolg tabel op de volgende bladzijde
blz. 3 van 8
Tabel 2. Vervolg Interne controle Pathogeen
Bron
FAM/ROX
FAM/Cy5
(FAM/BHQ)
ATCC
+
–
+
Para-influenza 4b
ATCC*
+
–
+
Rinovirus 1A
ATCC
–
+
+
Rinovirus 1B
ATCC
–
+
+
Rinovirus 2
ATCC
–
+
+
Rinovirus 30
ATCC
–
+
+
Rinovirus 39
ATCC
–
+
+
Rinovirus 60
ATCC
–
+
+
RSV-A Long
ATCC
+
–
+
RSV-B WV
ATCC
+
–
+
Influenza A H1N1 New Jersey
* American Type Culture Collection, VS. Een potentiële kruisreactiviteit van het RespiFinder RG Panel werd getest met gebruik van de controlegroep die staat vermeld in tabel 3. Geen van de geteste pathogenen was reactief. Tabel 3. Testen van de specificiteit van de kit met potentieel kruisreactieve pathogenen Interne controle Pathogeen
FAM/ROX
FAM/Cy5
(FAM/BHQ)
Cytomegalovirus
–
–
+
Epstein-barrvirus
–
–
+
Herpessimplexvirus
–
–
+
Varicellazostervirus
–
–
+
Virussen
Vervolg tabel op de volgende bladzijde
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
blz. 4 van 8
Tabel 3. Vervolg Interne controle Pathogeen
FAM/ROX
FAM/Cy5
(FAM/BHQ)
A. baumannii
–
–
+
A. fumigatus
–
–
+
C. albicans
–
–
+
C. krusei
–
–
+
C. lusitaniae
–
–
+
E. cloacae
–
–
+
E. coli
–
–
+
H. influenzae
–
–
+
K. pneumoniae
–
–
+
K. oxytoca
–
–
+
M. catarrhalis
–
–
+
M. tuberculosis
–
–
+
P. aeruginosa
–
–
+
S. aureus
–
–
+
S. marcescens
–
–
+
S. pneumoniae
–
–
+
Bacteriën (vervolg)
Co-infecties Het RespiFinder RG Panel is gevalideerd voor meervoudige infecties, om detectie van relevante coinfecties te bevestigen. Zoals wordt weergegeven in tabel 4, werden co-infecties met influenza A, influenza B, RSV-A of RSV-B met adenovirus of rinovirus getest bij verschillende concentraties van beide pathogenen. Alle co-infecties werden gedetecteerd.
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
blz. 5 van 8
Tabel 4. Testen van de specificiteit van de kit met meervoudige infecties Interne controle Pathogeen 1
Pathogeen 2 Adenovirus B3 — 10 x LOD Adenovirus B3
Influenza A H3N2 Victoria — 10 x LOD
— 100 x LOD Rinovirus 16 — 10 x LOD Rinovirus 16 — 100 x LOD Adenovirus B3 — 10 x LOD Adenovirus B3
Influenza B Maryland — 10 x LOD
— 100 x LOD Rinovirus 16 — 10 x LOD Rinovirus 16 — 100 x LOD Adenovirus B3 — 10 x LOD Adenovirus B3 — 100 x LOD
FAM/ROX
FAM/Cy5
(FAM/BHQ)
+
–
+
+
–
+
+
+
+
+
+
+
+
–
+
+
–
+
+
+
+
+
+
+
+
–
+
+
–
+
+
+
+
+
+
+
RSV-A 2 — 10 x LOD Rinovirus 16 — 10 x LOD Rinovirus 16 — 100 x LOD
Vervolg tabel op de volgende bladzijde
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
blz. 6 van 8
Tabel 4. Vervolg Interne controle Pathogeen 1
Pathogeen 2
FAM/ROX
FAM/Cy5
(FAM/BHQ)
+
–
+
+
–
+
+
+
+
+
+
+
Adenovirus B3 — 10 x LOD Adenovirus B3 RSV-B 18537 — 10 x LOD
— 100 x LOD Rinovirus 16 — 10 x LOD Rinovirus 16 — 100 x LOD
Robuustheid Door verificatie van de robuustheid is het mogelijk om het totale faalpercentage van de interne controle van het RespiFinder RG Panel te bepalen. Om de robuustheid te verifiëren werden 30 negatieve monsters van nasofaryngeale swabs in UTM (Universal Transport Medium) met het RespiFinder RG Panel getest. Na extractie met de QIAamp MinElute Virus Spin-kit (extractievolume: 200 µl, elutievolume: 60 µl) werden deze monsters geanalyseerd met het RespiFinder RG Panel. In alle monsters werd de interne controle gedetecteerd en was hij geldig. De robuustheid van het RespiFinder RG Panel is daarom ≥ 99%.
Storende stoffen Het RespiFinder RG Panel is getest op verstoring door neusspray (Otrivin®, Novartis®) en humaan genomisch DNA. Alle in tabel 1 (blz. 1–2) vermelde pathogenen werden getest bij een concentratie van 3 x LOD in aanwezigheid van 50 ng humaan DNA. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest in aanwezigheid van humaan DNA. De juiste pathogenen werden in alle monsters die extra humaan DNA bevatten gedetecteerd, en de interne controle werd in de monsters met negatieve controle gedetecteerd, waarbij humaan DNA geen storende invloed vertoonde op de werking van het RespiFinder RG Panel. Tien representatieve pathogenen uit tabel 1 (adenovirus B3, coronavirus OC43, hMPV B3, influenza A H1N1 Virginia,
influenza B Maryland,
para-influenza 1,
rinovirus 16,
RSV-A 2,
L. pneumophila en M. pneumoniae) werden getest bij een concentratie van 3 x LOD in aanwezigheid van 10% (v/v) neusspray. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest
Werkingseigenschappen: RespiFinder RG Panel
blz. 7 van 8
aanwezigheid van 10% (v/v) neusspray. Daarnaast werden monsters met negatieve controle getest in aanwezigheid van 10% neusspray. De juiste pathogenen werden in alle monsters die neusspray bevatten gedetecteerd, en de interne controle werd in de monsters met negatieve controle gedetecteerd, waarbij neusspray (10% van het monster: swab in UTM) geen storende invloed vertoonde op de werking van het RespiFinder RG Panel.
Raadpleeg voor bijgewerkte licentie-informatie en productspecifieke disclaimers het desbetreffende handboek van de QIAGEN-kit of de gebruikershandleiding. Handboeken van QIAGEN-kits en gebruikershandleidingen zijn beschikbaar op www.qiagen.com of kunnen worden opgevraagd bij de afdeling QIAGEN Technical Services of uw lokale QIAGEN-vestiging.
Handelsmerken: QIAGEN®, QIAamp®, MinElute®, Rotor-Gene® (QIAGEN Group); ATCC® (American Type Culture Collection); BHQ® (Biosearch Technologies, Inc.); Cy® (GE Healthcare); FAM™, ROX™ (Life Technologies); Novartis®, Otrivin® (Novartis); RespiFinder® (PathoFinder BV); Zeptometrix® (Zeptometrix Corp.).
13 nov © 2013 QIAGEN, alle rechten voorbehouden.
www.qiagen.com
Denmark 80-885945
Italy 800-787980
Singapore 1800-742-4368
Australia 1-800-243-800
Finland 0800-914416
Japan 03-6890-7300
Spain 91-630-7050
Austria 0800-281011
France 01-60-920-930
Korea (South) 080-000-7145
Sweden 020-790282
Belgium 0800-79612
Germany 02103-29-12000
Luxembourg 8002 2076
Switzerland 055-254-22-11
Brazil 0800-557779
Hong Kong 800 933 965
Mexico 01-800-7742-436
Taiwan 0800-665-957
Canada 800-572-9613
India 1-800-102-4114
The Netherlands 0800 0229592
UK 0808-234-3665
China 800-988-0325
Ireland 1800 555 049
Norway 800-18859
USA 800-426-8157
Sample & Assay Technologies
