Školitelé Vývojová a buněčná biologie

Školitelé Vývojová a buněčná biologie http://pdsb.avcr.cz/oboroverady.php MVDr. Martin Anger, CSc. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i. Rumburská 89 277 21 Liběchov Tel: +420 315 639 591 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Molekulární mechnismy odpovědné za řízení meiozy u savců - spindle checkpoint - aktivace APC - kohezínový complex - aneuploidie způsobená strnutím buněk - live imaging, FRET, FRAP, in vivo kinázové eseje Publikace vztahující se k tématu: Tam OH, Aravin AA, Stein P, Girard A, Murchison EP, Cheloufi S, Hodges E, Anger M, Sachidanandam R, Schultz RM, Hannon GJ. Pseudogene-derived small interfering RNAs regulate gene expression in mouse oocytes. Nature. 2008 Apr 10 Romanova LG, Anger M, Zatsepina OV, Schultz RM. Implication of nucleolar protein SURF6 in ribosome biogenesis and preimplantation mouse development. Biol Reprod. 2006 Nov;75(5):690-6. Biol Reprod.2006; 75: 690-696. Kudo NR, Wassmann K, Anger M, Schuh M, Wirth KG, Xu H, Helmhart W, Kudo H, McKay M, Maro B, Ellenberg J, de Boer P, Nasmyth K. Resolution of chiasmata in oocytes requires separase-mediated proteolysis. Cell. 2006 Jul 14;126(1):135-46. Anger M, Stein P, Schultz RM. CDC6 Requirement for Spindle Formation During Maturation of Mouse Oocytes. Biol Reprod. 2005 Jan;72(1):188-94. Anger M, Klima J, Kubelka M, Prochazka R, Motlik , Schultz RM. Timing of Plk1 and MPF activation during porcine oocyte maturation. Mol Reprod Dev. 2004 Sep;69(1):11-6. Svoboda P, Stein P, Anger M, Bernstein E, Hannon GJ, Schultz RM. RNAi and expression of retrotransposons MuERV-L and IAP in preimplantation mouse embryos. Dev Biol. 2004 May 1;269(1):276-85. Anger M, Kues WA, Klima J, Mielenz M, Kubelka M, Motlik J, Esner M, Dvorak P, Carnwath JW, Niemann H. Cell cycle dependent expression of Plk1 in synchronized porcine fetal fibroblasts. Mol Reprod Dev. 2003 Jul;65(3):245-53. Anger M, Bryja V, Jirmanova L, Hampl A, Carrington M, Motlik J, Dvorak P, Kubelka M. The appearance of truncated cyclin A2 correlates with differentiation of mouse embryonic stem cells. Biochem Biophys Res Commun. 2003 Mar 21;302(4):825-30.

Doc. RNDr. Pavla Binarová, CSc. Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 142 20 Praha 4-Krč tel.: 241 062 130 e-mail: [email protected] http://www.biomed.cas.cz/mbu/lfc/index.php Tématické zaměření: Buněčná a molekulární biologie cytoskeletu - nukleace a organizace mikrotubulů v acentrosomálních buňkách,dynamika mikrotubulů a gamma-tubulinové komplexy, Nukleace a organizace mikrotubulů na stávajících mikrotubulech a v asociaci s membránami v acentrosomálních buńkách. Proteiny gamma-tubulinových komplexů v acentrosomálních buńkách. Regulace acentrosomální nukleace mikrotubulů v průběhu buněčného cyklu a během diferenciace buněk. Publikace vztahující se k tématu: Binarová, P., Cenklová, V., Hause, V., Kubátová, E., Lysák, M., Doležel, J., Bogre, L., and Dráber, P. (2 000). Nuclear .-tubulin during acentriolar plant mitosis. Plant Cell, 12, 433-442. Weingartner, M., Binarova, P., Drykova, D., Schweighofer, A., David, J., Heberle-Bors, E., Doonan, J., and Bögre, L. (2001). Dynamic Recruitment of Cdc2 to Specific Microtubule Structures during Mitosis. Plant Cell, 13, 1929-1943. Drykova, D., Cenklova, V., Sulimenko, V., Volc, J., Draber, P., Binarova, P. (2003). Plant .tubulin interacts with ..ß tubulin dimmers and forms membrane-associated complexes.Plant Cell, 15,465 - 480. Binarová, P., Cenklová, V., Procházková, J., Doskočilová, A., Volc, J., Vrlík, M., Bogre, L. (2006). gamma-Tubulin is essential for acentrosomal microtubule nucleation and coordination of late mitotic events in Arabidopsis. Plant Cell, 18, 1199-1212 Mgr. Robert Černý, Ph.D. Katedra zoologie PřF UK 128 44 Praha 2, Viničná 7 Tel. 221951851 e-mail [email protected] http://www.natur.cuni.cz/zoologie/vertebrata/staff/Cerny Tématické zaměření: Morfogeneze hlavových tkání obratlovců v komparativním a evolučním kontextu; biologie buněk neurální lišty a plakod. Publikace vztahující se k tématu: Soukup, V., Epperlein, H.-H., Horacek, I. & Cerny, R. (2008): Dual epidermal origin of vertebrate oral teeth. Nature 455(7214): 795-798. Epperlein, H.-H., Selleck, M.A., Meulemans, D., Mchedlischvili, L., Cerny, R., Sobkow, L., & Bronner-Fraser, M. (2007): Migratory patterns and developmental potential of trunk neural crest cells in the axolotl embryo. Developmental Dynamics 236: 389-403. Cerny, R., Horacek, I. & Olsson, L. (2006): The Trabecula cranii: development and homology of an enigmatic vertebrate head structure. Animal Biology 56(4): 503-518.

Olsson, L., Ericsson, R. and Cerny, R. (2005): Vertebrate head development: Segmentation, novelties and homology. Theory in Biosciences 124: 145-163. Cerny, R., Lwigale, P., Ericsson, R., Meulemans, D., Epperlein, H.-H. and Bronner-Fraser, M. (2004): Developmental origins and evolution of jaws: new interpretation of “maxillary” and “mandibular”. Developmental Biology 276: 225-236. Ericsson, R., Cerny, R., Falck, P. and Olsson, L. (2004): The role of cranial neural crest cells in visceral arch muscle positioning and patterning in the Mexican axolotl, Ambystoma mexicanum. Developmental Dynamics 231: 237-247. Cerny, R., Meulemans, D., Berger, J., Wilsch-Brauninger, M., Kurth, T., Bronner-Fraser, M. and Epperlein, H.-H. (2004): Cranial neural crest migration and pharyngeal arch morphogenesis in axolotl. Developmental Biology 266: 252-269.

Doc.RNDr. Pavel Dráber, CSc. Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 140 20 Praha 4 tel.: 241 062 632 fax: 241 063 758 e-mail: [email protected] http://www.img.cas.cz/dbc/ Tématické zaměření: Struktura a funkce mikrotubularních proteinů. Regulační mechanismy nukleace mikrotubulů. Heterogenita tubulinu a proteinů asociovaných s mikrotubuly. Funkce gama-tubulinu a jeho interakce s dalšimi komponentami organizačních center mikrotubulů Identifikace a charakterizace nových proteinů organizačních center mikrotubulů Studium funkcí gama-tubulinových forem Význam mikrotubulárních proteinů při buněčném signálování Publikace vztahující se k tématu: Dryková D., Sulimenko V., Cenklová V., Volc J., Dráber P., Binarová P.: Plant -tubulin interacts with -tubulin dimers and forms membrane-associated complexes. Plant Cell 15: 465-480, 2003. Libusová L., Sulimenko T., Sulimenko V., Hozák P., Dráber P. Gamma-tubulin in Leishmania: cell-cycle dependent changes in subcellular localization and heterogeneity of its isoforms. Exp. Cell Res. 295: 375-386, 2004. Kukharskyy V., Sulimenko V., Macůrek L., Sulimenko T., Dráberová E., Dráber P.: Complexes of -tubulin with non-receptor protein tyrosin kinases Src and Fyn in differentiating P19 embryonal carcinoma cells. Exp. Cell Res. 298: 218-228, 2004. Katsetos C.D., Reddy G., Dráberová E., Šmejkalová B., Del Valle L., Ashraf Q., Tadevosyan A., Yelin K., Maraziotis T., Mishra O.P., Mörk S., Legido A., Nissanov J., Baas P.W., de Chadarévian J.P., Dráber P.: Altered cellular distribution and subcellular sorting of γ-tubulin in diffuse astrocytic gliomas and human glioblastoma cell lines suggest centrosome protein amplification. J. Neuropathol. Exp. Neurol. 65: 465-477, 2006.

Sulimenko V., Dráberová E., Sulimenko T., Macůrek L., Richterová V., Dráber Pe., Dráber P.: Regulation of microtubule formation in activated mast cells by complexes of γ-tubulin with Fyn and Syk kinases. J. Immunol. 176: 7243-7253, 2006. Dráberová E., Del Valle L., Gordon J., Marková V., Šmejkalová B., Bertrand L., de Chadarévian J.P., Agamanolis, D.P., Legido A., Khalili K., Dráber P., Katsetos C.D.: Class III β-tubulin is constitutively co-expressed with GFAP and nestin in midgestational human fetal astrocytes in primary culture: comparative observations in the fetal brain and implications in phenotypic identity. J. Neuropathol. Exp. Neurol. 67: 341-354, 2008. Macůrek L., Dráberová E., Richterová V., Sulimenko V., Sulimenko T., Dráberová L., Marková V., Dráber P. Regulation of microtubule nucleation in differentiating embryonal carcinoma cells by complexes of membrane-bound γ-tubulin with Fyn kinase and phosphoinositide 3-kinase. Biochem J. 416: 421-430, 2008. RNDr. Petr Dráber, DrSc. Oddělení signální transdukce Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4 tel.: 241 062 758 fax: 241 063 445 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Analýza struktury a funkce membránových glykoproteinů savčích buněk s využitím genetických a imunochemických metod. Objasňování přenosu signálu z buněčných receptorů do nitra buňky a jádra na modelu antigenní stimulace žírných buněk. Identifikace a charakterizace nových molekul buněčného povrchu žírných buněk. Význam doménové struktury buněčných povrchů při buněčném signalizování . Význam filamentózního aktinu při buněčné aktivaci Publikace vztahující se k tématu: Heneberg, P., Lebduška, P., Dráberová, L., Korb, J., Dráber, P.: Topography of plasma membrane microdomains and its consequences for mast cell signaling. Eur. J. Immunol., 36: 000-000, 2006. Dráber, P., Dráberová, L.: Lifting the fog in store-operated Ca2+ entry. Trends in Immunol., 26: 621-624, 2005. Volná, P., Lebduška, P., Dráberová, L., Šimová, S., Heneberg, P., Boubelik, M., Bugajev, V., Malissen, B., Wilson, B.S., Hořejší, V., Malissen, M., Dráber, P.: Negative regulation of mast cell signaling and function by the non-T cell activation linker (NTAL/LAB). J. Exp. Med. 200:1001-1013, 2004. Tolar, P., Dráberová L., Tolarová, H., Dráber P.: Positive and negative regulation of Fc receptor I-mediated signaling events by Lyn kinase C-terminal tyrosine phosphorylation. Eur. J. Immunol. 34: 1136-1145, 2004. Dráberová, L., Dudková, L., Boubelík, M., Tolarová, H., Šmíd, F., Dráber, P.: Exogenous administration of gangliosides inhibits Fc RI-mediated mast cell degranulation by decreasing the activity of phospholipase C . J. Immunol. 171:3585-3593, 2003. Brdička, T., Imrich, M., Angelisová, P., Brdičková, N., Horvath, O., Špička, J., Hilgert, I.,

Lusková, P. Dráber, P., Novák, P., Engels, N., Wienands, J., Simeoni, L., Osterreicher, J., Aguado, E., Malissen, M., Schraven, B., Hořejší, V.: Non-T cell activation linker (NTAL): a transmembrane adaptor protein involved in immunoreceptor signaling. J. Exp. Med. 196:1617-1626, 2002. Kovářová, M., Tolar, P., Arudchandran, R., Dráberová, L., Rivera, J., Dráber, P.: Structurefunction analysis of Lyn kinase association with lipid rafts and initiation of early signaling events after Fc receptor I aggregation. Mol. Cell. Biol. 21:8318-8328, 2001 Doc. Ing. Petr Dvořák, CSc. Oddělení molekulární embryologie Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. a Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně tel.:545133298; fax:545133357 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Embryonální indukce a signálování růstovými faktory. Signální transdukce receptory pro fibroblastové růstové faktory. Proliferace a diferenciace lidských embryonálních kmenových Cílená diferenciace lidských embryonálních kmenových buněk, Mechanismy řídící „self renewal“ embryonálních kmenových buněk Publikace vztahující se k tématu: Preclíková, H., Bryja, V., Pacherník, J., Dvořák, P., Hampl, A. (2002) Early cyclingindependent changes to p27, cyclin D2, and cyclin D3 in differentiating mouse embryonal carcinoma cells. Cell Growth & Differentiation, 13:421-430. Pacherník J., Ešner, M., Bryja, V., Dvořák, P., Hampl, A. (2002) Neural differentiation of mouse embryonic stem cells grown in monolayer. Reprod. Nutr. Dev., 42:317-326. Horák, D., Dvořák, P., Hampl, A., Šlouf, M. (2003) Poly(2-hydroxyethyl methacrylatecoethylene dimethacrylate) as a mouse embryonic stem cell support. J. Applied Polymer Sci., 87:425-432. Krejčí, P., Faitová, J., Laurell, H., Hampl, A., Dvořák, P. (2003) FGF-2 expression and its action in human leukemia and lymphoma cell lines. Leukemia, 17:818-820. Anger, M., Bryja, V., Jirmanová, L., Hampl, A., Carrington, M., Motlík, J., Dvořák, P., Kubelka, M. (2003) The appearance of truncated cyclin A2 correlates with differentiation of mouse embryonic stem cells. Biophys. Biochem. Res. Com., 302:825-830. Anger, M., Kues, W.A., Klíma, J., Mielenz, M., Kubelka, M., Motlík, J., Ešner, M., Dvořák, P., Carnwath, J.W., Niemann, H. (2003) Cell cycle dependent expression of Plk 1 in synchronized porcine fetal fibroblasts. Mol. Reprod. Dev., 65:245-253. Dvořák, P., Dvořáková, D., Doubek, M., Faitová, J., Pacholíková, J., Hampl, A., Mayer, J. (2003) Increased expression of fibroblast growth factor receptor 3 in CD34+ BCR-ABL+

cells from patients with chronic myeloid leukemia. Leukemia, 17:2418-2425. Bryja, V., Pacherník, J., Kubala, L., Hampl, A., Dvořák, P. (2003) The reverse tetracyclinecontrolled transactivator rtTA2 S –S2 is toxic in mouse embryonic stem cells. Reprod. Nutr. Dev., 43:477-486. Kohoutek, J., Dvořák, P., Hampl, A. (2004) Temporal distribution of CDK4, CDK6, D-type cyclins, and p27 in developing mouse oocytes. Biol. Reprod., 70:139-145. Horák, D., Kroupová, J., Šlouf, M., Dvořák, P. (2004) Poly(2-hydroxyethyl methacrylate)based slabs as a mouse embryonic stem cell support. Biomaterials, 25:5249-5260. Bryja, V., Pacherník, J., Souček, K., Horvath, V., Dvořák, P., Hampl, A. (2004) Increased apoptosis in differentiating p27-deficient mouse embryonic stem cells. Cell. Mol. Life Sci., 61:1384-1400. Bryja, V., Pacherník, J., Faldíková, L., Krejčí, P., Pogue, R., Nevřivá, I., Dvořák, P., Hampl, A. (2004) The role of p27 Kip1 in maintaining the levels of D-type cyclins in vivo. Biochim. Biophys. Acta, 1691:105-116.

Doc. RNDr. Petr Folk, CSc. Katedra fyziologie živočichů a vývojové biologie UK PřF Viničná 7, 128 00 Praha 2 tel.: 22195-1765, -1785 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Transkripční koregulátory a jejich funkce při regulaci transkripce, maturace pre-mRNA a průchodu buněčným cyklem. Koaktivátory a korepresory transkripčních faktorů ovlivňují fungování signálních drah, řídících expresi genů. Projekty jsou zaměřeny na funkční charakterizaci nového typu koregulátoru SNW/SKIP, jehož mechanismus působení dosud není znám. Současné výsledky včetně vlastních, naznačují roli při spřahování transkripce a sestřihu a při ovlivňování kompartmentalizace signálních komponent v jádře buňky. SNW/SKIP funguje v rámci drah klíčových pro ontogenezi i patogenezi, jmenovitě pRb, steroidních receptorů, TGF-beta, Notch,či virových HPV a EBV regulátorů. Jsou uplatňovány postupy buněčné biologie, molekulární genetiky a biochemie. Publikace vztahující se k tématu: Ambrozková, M., Půta, F., Fuková, I., Hamplová, L., Skružný, M., Folk, P. (2001) The fission yeast ortholog of coregulator SKIP interacts with the small subunit of U2AF. Biochem. Biophys. Res. Commun. 284(5), 1148-54. Skružný, M., Ambrozková, A., Fuková, I., Martínková, K., Blahůšková, A., Půta, F., Folk, P.(2001) Cyclophilins of a novel subfamily interact with SNW/SKIP coregulator in D.discoideum and S. pombe. Biochim. Biophys. Acta 1521, 146-151. Brábek, J., Mojžita, D., Novotný, M., Půta, F., Folk, P. (2002) The SH3 domain of Src candownregulate its kinase activity in the absence of the SH2 domain-pY527 interaction. Biochem. Biophys Research Commun. 296(3), 664-670.

Martínková, K., Lebduška, P., Skružný, M., Folk, P., Půta, F. (2002) Functional mapping of Saccharomyces cerevisiae Prp45 identifies the SNW domain as essential for viability. J.Biochem. 132(4), 557-563. Folk, P., Půta, F., Skružný, M. (2004) Transcriptional coregulator SNW/SKIP: the concealed tie of dissimilar pathways. Cell Mol Life Sci. 2004 Mar; 61(6):629-40.

Ing. Josef Fulka jr., CSc. Výzkumný ústav živočišné výroby Přátelství 815, 104 01 Praha 10 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Klonování savců na modelu prasete a myši, studium buněčného cyklu, zdokonalování techniky přenosu jader, úloha při reprogramování stupně diferenciace jádra. . Úloha dárcovského jádra a jeho vývojových schopností. Význam a použití embryonálních kmenových buněk pro transplantační programy. Fulka J.jr., Kalab P., First N.L., Moor R.M. (1997) Damaged chromatin does not prevent the exit from metaphase I in fused mouse oocytes Fulka J.jr., First N.L., Pasqualino L., Moor R. (1998) Cloning by somatic cell nuclear transfer BioEssays 20: 847-851 Fulka J.jr., First N.L., Moor R.M. (1998) Nuclear and cytoplasmic determinants involved in the regulation of mammalian oocyte maturation. Molecular Human Reproduction Vol. 4,No.1, 41-49

Prof. MUDr. M. Grim, DrSc. Anatomický ústav 1.LF UK U nemocnice 3, 128 00 Praha 2 tel.: 224 965 769 e-mail: [email protected] http://anat.lf1.cuni.cz/osoby/grim.html Tématické zaměření: Experimentální embryologie, molekulární vývojová biologie, anatomie, klinická anatomie. Téma: migrace a diferenciace buněk v časných stadiích vývoje (endotel, buňky neurální lišty); kmenové buňky neurální lišty. Publikace vztahující se k tématu: Szeder V, Grim M, Halata Z, Sieber-Blum M: Neural crest origin of mammalian Merkel cells. Dev Biol 253: 258-263, 2003 Halata Z, Grim M, Bauman K: Friedrich Sigmund Merkel and his „Merkel cell“, morphology, development, and physiology: review and new results. Anat Rec 271A: 225-39, 2003 Szeder V, Grim M, Kucera J, Sieber-Blum M: Neurotrophin-3 signaling in mammalian Merkem cell development. Dev Dyn 228: 623-629, 2003 M. Sieber-Blum, M. Grim, Y.F. Hu, and V. Szeder: Pluripotent Neural Crest Stem Cells in the Adult Hair Follicle. Dev. Dynamics 231: 258–269, 2004 SieberBlum M , G rim M . : The adult hair follicle: Cradle for pluripotent neural crest stem cells. Birth Defects Res Part C Embryo Today 72: 162 – 172, 2004

Šedý J, Szeder V, Walro JM, Ren ZG, Naňka O, Tessarollo L, Sieber-Blum M, Grim M, Kucera J: Pacinian cprpuscle development involves multiple signaling pathways. Dev Dyn 231: 551-563, 200 Valasek P, Evans DJR, Maina F, Grim M, Patel K: A dual fate of the hindlimb muscle mass: cloacal/perineal musculature develops from leg muscle cells. Development 132: 447- 458, 2005 Halata Z, Kucera J, Kucera T, Grim M: Apoptosis of Merkel cells in neurotrophin-3 null mice Anat Embryol (Berl) 209: 335 - 340, 2005 Karafiat V, Dvorakova M, Krejci E, Kralova J Pajer P, Snajdr P, Mandikova S, Bartunek P, Grim M, Dvorak M: c-Myb, a key hematopoietic factor, is involved in the regulation of epithelial-mesenchymal transition in avian neural crest. Cell Mol Life Sci 62: 2516 – 2525, 2005 Nanka O, Valášek P, Dvořáková M, Grim M: Experimental hypoxia and embryonic angiogenesis. Dev Dyn 235:723-733, 2006) Šedý J, Tseng S, Walro JM, Grim M, Kucera J: ETS Transcription factor ER81 is required for the Pacinian Corpuscle Development. Dev Dyn 235: 1081-1089, 2006 Sieber- Blum M, Schnell L, Grim M, Schneider R, Schwab ME: Characterization of epidermal neural crest stem cell (EPI-NCSC) grafts in the lesioned spinal cord. Mol Cell Neurosci 32: 67 - 81, 2006 32: 67 - 81, 2006 Ing. Jiří Hašek, CSc. Laboratoř reprodukce buňky Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 142 20 Praha 4 - Krč Tel.: +420-241062503 Fax: +420-241062501 Mobil: +420-602763684 Email: [email protected] http://www.biomed.cas.cz/mbu/122.html Tématické zaměření: Analýza funkce cytoskeletalních interakcí regulačních proteinů kvasinky S.cerevisiae s využitím moderních metod buněčné i molekulární biologie. Současná témata: Dynamika a funkce stresových granulí S. cerevisiae Zapojeni proteinů endocytotického aparátu v kontrole genové exprese S. cerevisiae Publikace vztahující se k tématu: Zhang F., Gaur N.A., Hasek J., Kim S-J., Qiu H., Swanson M.J., Hinnebusch A.G. (2008) Disrupting Vesicular Trafficking at the Endosome Attenuates Transcriptional Activation by Gcn4. Mol Cell Biol. 28, 6796-6818. Dhonukshe P., Grigoriev I., Fischer R., Tominaga M., Robinson D.G., Hašek J. , Paciorek T., Petrášek J., Seifertová D., Zažímalová E., Gadella Jr T.W.J., Stierhof Y-D., Ueda T., Oiwa K., Akhmanova A., Brock R., Spang A., Friml J. (2008) Auxin transport inhibitors impair vesicle motility and actin cytoskeleton dynamics in diverse eukaryotes. PNAS 105, 4489-4494 Frýdlová I., Basler M., Vašicová P., Malcová I., Hašek J. (2007) Special type of pheromoneinduced invasive growth in Saccharomyces cerevisiae. Current Genetics 54, 87-96

Malcová-Janatová I., Koubek Z., Malínská K., Raková R., Hašek J. (2006) The fission yeast ortholog of eIF3a subunit is not functional in Saccharomyces cerevisiae. Folia Microbiologica 51, 555-564 Hašek, J. (2005) Yeast fluorescence microscopy. p85-96, In: Methods in Molecular Biology, Vol. 313 :Yeast Protocols (W.Xiao ed.) Totowa, NJ: Humana Press Inc. Nguyen P.H., J. Hasek, S. D. Kohlwein, C. Romero, J. H. Choi, A. Vancura (2005): Interaction of Pik1p and Sjl1 proteins in membrane trafficking. FEMS Yeast Research 5, 363371 Trachtulcova P, Frydlova I, Janatova I, Hasek J (2004) The absence of the Isw2p-Itc1p chromatin-remodelling complex induces mating type-specific and Flo11-independent invasive growth of Saccharomyces cerevisiae. Yeast 21: 389-401 Valášek, L., J. Hašek, K.H.Nielsen, A.G.Hinnebusch (2001): Dual function of eIF3j/Hcr1p in processing 20S Pre-rRNA and translation initiation. Journal of Biological Chemistry 276, 43351-43360 Paleček, J., J. Hašek, H. Ruis (2001): Rpg1p/Tif32p, a subunit of translation initiation factor 3, interacts with actin-associated protein Sla2. Biochem. Biophys. Res. Comm. 282, 12441250 Prof. RNDr. Pavel Hozák, DrSc. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4 tel./fax 241 062 219 e-mail: [email protected] http://nucleus.biomed.cas.cz Tématické zaměření: Využíváme kombinaci molekulární biologie a pokročilých zobrazovacích metod konfokální a elektronové mikroskopie včetně pozorování živých buněk při studiu buněčného jádra. Hlavní oblasti studia jsou: - molekulární anatomie struktur, řídících funkční kompartmentalizaci buněčného jádra (nukleoskelet, laminy) - kompartmentalizace a funkce jaderné DNA helikázy II - charakrerizace jaderného aktinu a nově objeveného jaderného myosinu I - epigenetická regulace genové exprese – úloha jaderných struktur - remodelace jádra embryonálních buněk - úloha jaderných PML tělísek v buněčném stárnutí a signalizaci Publikace vztahující se k tématu: Hozák P., Hassan A.B., Jackson D.A. and Cook P.R. (1993) Visualisation of replication factories attached to a nucleoskeleton. Cell, 73, 361-374 Hozák P., Sasseville A. M.-J., Raymond Y. and Cook P.R. (1995) Lamin proteins form an internal nucleoskeleton as well as a peripheral lamina in human cells. J. Cell Sci., 108, 635644 Weipoltshammer K., Schöfer Ch., Almeder M., Philimonenko V.V., Wachtler F. and HozákP. (1999) Intranuclear anchoring of repetitive DNA sequences: centromeres, telomeres, and ribosomal DNA. J. Cell Biol., 147, 1409-1418 Pestic-Dragovich L., Stojiljkovic L.,. Philimonenko A.A, Nowak G., Yunbo Ke, Settlage R.E., Shabanowitz J., Hunt D. F. , Hozák P. and de Lanerolle P. (2000) A myosin I isoform in the nucleus. Science, 290, 337-341.

Philimonenko V.V., Flechon J.-E. and Hozák P. (2001) The nucleoskeleton: a permanent structure of cell nuclei regardless of their transcriptional activity. Exp. Cell. Res., 264, 201210 Iben S., Tschochner H., Bier M., Hozák P., Egly J.-M. and Grummt I. (2002) TFIIH plays a role in RNA polymerase I transcription. Cell, 109, 297-306 Fuchsova B., Novak P., Kafkova J. and Hozak P. (2002) Nuclear DNA helicase II is recruited to IFN- Í activated transcription sites at PML nuclear bodies. J. Cell Biol., 58, 463-473 Fuchsova B. and Hozak P. (2002) The localization of nuclear DNA helicase II in diferent nuclear compartment is linked to transcription. Exp. Cell Res., 279, 260-70 Philimonenko A.A., Jackson D.A., Hodny Z., Jana.ek J.,, Cook P.R. and Hozak P. (2004) Dynamics of DNA replication: an ultrastructural study. J. Struct. Biol., in press. Hofmann W.A., Stojiljkovic L., Fuchsova B., Vargas G.M., Mavrommatis E., Philimonenko V., Kysela K., Goodrich J.A., Lessard J.L., Hope T.J., Hozak P. and de Lanerolle P. (2004) Actin is part of pre-initiation complexes and is necessary for transcription by RNA polymerase II. Nature Cell Biol., in press Prof. RNDr. Pavel Hozák, DrSc. Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4 tel./fax 241 062 219 e-mail: [email protected] http://www.img.cas.cz/vyzkum/pavel-hozak/ Tématické zaměření: Využíváme kombinaci molekulární biologie a pokročilých zobrazovacích metod světelné a elektronové mikroskopie včetně superrezoluční mikroskopie a pozorování živých buněk při studiu buněčného jádra. Hlavní oblasti studia jsou: - molekulární anatomie struktur, řídících funkční kompartmentalizaci buněčného jádra (nukleoskelet, laminy) - nové funkce fosofoinositidů v buněčném jádře - úloha v transkripci a vytváření jaderné struktury - fosfoinositidy a proteiny podílející se na struktuře a modifikací chromatinu - charakrerizace jaderného aktinu a jaderného myosinu I - funkce aktin-vazebného proteinu vinkulinu/DEB-1 a asociovaných proteinů v průběhu meiózy - vývoj nových mikroskopických metod - role jaderné periférie v organizaci chromatinu Publikace vztahující se k tématu: Kalendova, A., I. Kalasova, S. Yamazaki, L. Ulicna, M. Harata, and P. Hozak. 2014. Nuclear actin filaments recruit cofilin and actin-related protein 3, and their formation is connected with a mitotic block. Histochemistry and cell biology. 142:139-152. Philimonenko, V.V., J. Zhao, S. Iben, H. Dingova, K. Kysela, M. Kahle, H. Zentgraf, W.A. Hofmann, P. de Lanerolle, P. Hozak, and I. Grummt. 2004. Nuclear actin and myosin I are required for RNA polymerase I transcription. Nature cell biology. 6:1165-1172. Yildirim, S., E. Castano, M. Sobol, V.V. Philimonenko, R. Dzijak, T. Venit, and P. Hozak. 2013. Involvement of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate in RNA polymerase I transcription. Journal of cell science. 126:27302739.

Sobol, M., S. Yildirim, V.V. Philimonenko, P. Marasek, E. Castano, and P. Hozak. 2013. UBF complexes with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate in nucleolar organizer regions regardless of ongoing RNA polymerase I activity. Nucleus. 4:478-486. Dingova, H., J. Fukalova, M. Maninova, V.V. Philimonenko, and P. Hozak. 2009. Ultrastructural localization of actin and actin-binding proteins in the nucleus. Histochemistry and cell biology. 131:425-434. Hofmann, W.A., L. Stojiljkovic, B. Fuchsova, G.M. Vargas, E. Mavrommatis, V. Philimonenko, K. Kysela, J.A. Goodrich, J.L. Lessard, T.J. Hope, P. Hozak, and P. de Lanerolle. 2004. Actin is part of pre-initiation complexes and is necessary for transcription by RNA polymerase II. Nature cell biology. 6:1094-1101. Kysela, K., A.A. Philimonenko, V.V. Philimonenko, J. Janacek, M. Kahle, and P. Hozak. 2005. Nuclear distribution of actin and myosin I depends on transcriptional activity of the cell. Histochemistry and cell biology. 124:347358. Philimonenko, V.V., J. Janacek, M. Harata, and P. Hozak. 2010. Transcription-dependent rearrangements of actin and nuclear myosin I in the nucleolus. Histochemistry and cell biology. 134:243-249. Dzijak, R., S. Yildirim, M. Kahle, P. Novak, J. Hnilicova, T. Venit, and P. Hozak. 2012. Specific nuclear localizing sequence directs two myosin isoforms to the cell nucleus in calmodulin-sensitive manner. PloS one. 7:e30529. Venit, T., R. Dzijak, A. Kalendova, M. Kahle, J. Rohozkova, V. Schmidt, T. Rulicke, B. Rathkolb, W. Hans, A. Bohla, O. Eickelberg, T. Stoeger, E. Wolf, A.O. Yildirim, V. Gailus-Durner, H. Fuchs, M.H. de Angelis, and P. Hozak. 2013. Mouse nuclear myosin I knock-out shows interchangeability and redundancy of myosin isoforms in the cell nucleus. PloS one. 8:e61406.

Pestic-Dragovich L., Stojiljkovic L.,. Philimonenko A.A, Nowak G., Yunbo Ke, Settlage R.E., Shabanowitz J., Hunt D. F. , Hozák P. and de Lanerolle P. (2000) A myosin I isoform in the nucleus. Science, 290, 337-341. Philimonenko V.V., Flechon J.-E. and Hozák P. (2001) The nucleoskeleton: a permanent structure of cell nuclei regardless of their transcriptional activity. Exp. Cell. Res., 264, 201210 Philimonenko, A.A., J. Janacek, L. Snyers, M. Almeder, W. Berger, W. Schmidt, C. Schofer, P. Hozak, and K. Weipoltshammer. 2011. Chromosomal dynamics of cell cycle regulator gene p21 during transcriptional activation. Journal of structural biology. 173:382-390. Schofer, C., J. Janacek, K. Weipoltshammer, J. Pourani, and P. Hozak. 2004. Mapping of cellular compartments based on ultrastructural immunogold labeling. Journal of structural biology. 147:128-135. Sobol, M.A., V.V. Philimonenko, A.A. Philimonenko, and P. Hozak. 2012. Quantitative evaluation of freezesubstitution effects on preservation of nuclear antigens during preparation of biological samples for immunoelectron microscopy. Histochemistry and cell biology. 138:167-177. Philimonenko, V.V., A.A. Philimonenko, I. Sloufova, M. Hruby, F. Novotny, Z. Halbhuber, M. Krivjanska, J. Nebesarova, M. Slouf, and P. Hozak. 2014. Simultaneous detection of multiple targets for ultrastructural immunocytochemistry. Histochemistry and cell biology. 141:229-239.

RNDr. Markéta Janatová, Ph.D. Ústav biochemie a exp. onkologie, 1.LF UK U Nemocnice 5, 128 53 Praha 2 tel.: +420 224965739 e-mail: [email protected] Výzkumné zaměření: Analýza dědičných mutací predispozičních genů u vysoce rizikových pacientů s karcinomu prsu, ovaria a pankreatu. Analýza somatických mutací, výpadků alel a dalších způsobů genové inaktivace na

úrovni epigenetických změn u sporadických nádorů. Studium funkčního významu identifikovaných variant a jejich vliv na reparační kapacitu poruch v genomové DNA na modelových liniích karcinomu prsu.

Vybrané publikace: Janatova M, Kleibl Z, Stribrna J, Panczak A, Vesela K, Zimovjanova M, Kleiblova P, Dundr P, Soukupova J, Pohlreich P. The PALB2 gene is a strong candidate for clinical testing in BRCA1 and BRCA2 negative hereditary breast cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. (in press) IF = 4.559 Sevcik J, Falk M, Macurek L, Kleiblova P, Lhota F, Hojny J, Stefancikova L, Janatova M, Bartek J, Stribrna J, Hodny Z, Jezkova L, Pohlreich P, Kleibl Z. Expression of human BRCA1Δ17-19 alternative splicing variant with a truncated BRCT domain in MCF-7 cells results in impaired assembly of DNA repair complexes and aberrant DNA damage response. Cell Signal. 2013 Feb 14;25(5):1186-1193. IF = 4.085 Pohlreich P, Kleibl Z, Kleiblová P, Janatová M, Soukupová J, Macháčková E, Házová J, Vašíčková P, Sťahlová Hrabincová E, Navrátilová M, Svoboda M, Foretová L. The clinical importance of a genetic analysis of moderate-risk cancer susceptibility genes in breast and other cancer patients from the Czech Republic. Klin Onkol. 2012;25 Suppl:S59-66. Review. Sevcik J, Falk M, Kleiblova P, Lhota F, Stefancikova L, Janatova M, Weiterova L, Lukasova E, Kozubek S, Pohlreich P, Kleibl Z. The BRCA1 alternative splicing variant Δ14-15 with an in-frame deletion of part of the regulatory serine-containing domain (SCD) impairs the DNA repair capacity in MCF-7 cells. Cell Signal. 2012 May;24(5):1023-30. IF = 4.085 Pohlreich P, Zikan M, Stribrna J, Kleibl Z, Janatova M, Kotlas J, Zidovska J, Novotny J, Petruzelka L, Szabo C, Matous B. High proportion of recurrent germline mutations in the BRCA1 gene in breast and ovarian cancer patients from the Prague area. Breast Cancer Res. 2005;7(5):R728-36. IF = 5.872 Janatova M, Pohlreich P. Microsatellite markers in breast cancer studies. Prague Med Rep. 2004;105(2):111-8. Janatova M, Zikan M, Dundr P, Matous B, Pohlreich P. Novel somatic mutations in the BRCA1 gene in sporadic breast tumors. Hum Mutat. 2005 Mar;25(3):319. IF = 5.213

RNDr. Jiří Kaňka, DrSc. Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i. 277 21 Liběchov tel.: 315 639 511 fax: 315 697 186 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Aktivace genomu v asnem embryonalnim vyvoji savc., zm.ny v aktivaci genomu po klónování embrya, mRNA differential display, subtraktivní hybridizace v časném embryonálním vývoji

Publikace vztahující se k tématu: Kaňka, J., Smith, S. D., Soloy, E., Holm, P. and Callesen, H. (1999) Nucleolar ultrastructure in bovine nuclear transfer embryos. Mol. Reprod. Dev., 52(3), 253-263. Pavlok, A., Kaňka, J., Motlík, J., Vodička, P., (2000). Culture of bovine oocytes from small antral follicles in meiosis-inhibiting medium with butyrolactone I: RNA synthesis,nucleolar morphology and meiotic competence. Anim.Reprod.Sci., 64: 1-11 Lonergan P., Rizos D., Kanka J., Nemcova L., Mbaye A.M, Kingston M., Wade M., Duffy P. and Boland M.P. (2003) Temporal sensitivity of bovine embryos to culture environment after fertilization and the implications for blastocyst quality. eproduction, 126, 337-346 Kanka J, Bryova A, Duranthon V, Oudin JF, Peynot N and Renard JP (2003) Identification of differentially expressed mRNAs in bovine preimplantation embryos. Zygote,11(1):43-52. Kanka J. (2003) Gene expression and chromatin structure in the pre-implantation embryo. Theriogenology.1;59(1):3-19. Prof. RNDr. Jan Kovář, DrSc. Oddělení buněčné a molekulární biologie CBO 3.LF UK Ruská 87, 100 00 Praha 10 tel.: 267 102 658 fax: 267 102 650 e-mail: [email protected] Tématické okruhy: Molekulární mechanismy indukce apoptózy (u nádorových buněk a u pankreatických buněk). Metabolismus a transport železa (molekulární mechanismy transportu netransferinového železa). Mechanismy regulace buněčné proliferace (u nádorových buněk). In vitro kultivace živočišných buněk v chemicky definovaných mediích. Publikace vztahující se k tématu: Kovar J., Neubauerova J., Cimburova M., Truksa J., Balusikova K., Horak J.: Stimulation ofm non-transferin iron uptake by iron deprivation in K562 cells. Blood Cells Mol. Dis., in press, 2006. Koc M., Nadova Z., Truksa J., Ehrlichova M., Kovar J.: Iron deprivation induces apoptosis via mitochondrial changes related to Bax translocation. Apoptosis 10: 381-393, 2005. Ehrlichova M., Koc M., Truksa J., Nadova Z., Vaclavikova R., Kovar J.: Cell death induced by taxanes in breast cancer cells: Cytochrome c is released in resistant but not in sensitive cells. Anticancer Res. 25: 4215-4224, 2005. Ehrlichova M., Vaclavikova R., Ojima I., Wu X., Kuznetsova L.V., Chen J., Truksa J., Kovar J.,Gut I.: Transport and cytotoxicity of paclitaxel, docetaxel and novel taxanes. N-S Arch. Pharmacol. 372: 95-105, 2005. Kovar J., Stybrova H., Novak P., Ehrlichova M., Truksa J., Koc M., Kriegerbeckova K., Scheiber-Majdehkar B., Goldenberg H.: Heat shock protein 90 recognized as an iron-binding protein associated with the plasma membrane of HeLa cells. Cell. Physiol. Biochem. 14: 4146,2004. Truksa J., Kovar J., Valenta T., Ehrlichova M., Polak J., Naumann P.W.: Iron deprivation induces apoptosis independently of p53 in human and murine tumor cells. Cell Prolif. 36: 199- 213, 2003.

Musilkova J., Kovar J.: Additive stimulatory effect of extracellular calcium and potassium on non-transferrin ferric iron uptake by HeLa and K562 cells. Biochim. Biophys. Acta 1514: 117126, 2001. Kovar J., Valenta T., Stybrova H.: Differing sensitivity of tumor cells to apoptosis induced by iron deprivation in vitro. In Vitro Cell. Dev. Biol. 37: 450-458, 2001. Kovar J., Kemp J.D.: Unexpected effect of albumin on apoptosis induction by deferoxamine in vitro. In Vitro Cell. Dev. Biol. 36: 151-152, 2000. Brunner-Döpper L., Kriegerbeckova K., Kovar J., Goldenberg H.: Pitfalls in assessing specificity and affinity of non-transferrin-bound iron uptake. Anal. Biochem. 261: 128-130, 1998. MUDr. Marta Kostrouchová, CSc. 1.Lékařská fakulta UK, Praha Ke Karlovu 2, 12053 Praha 2 tel.: 224 967 088 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Regulace vývoje intracelulárními receptory a jejich kofaktory. Interakce vývojových regulačních kaskád. Komplexní biologie modelového organismu C. elegans. Publikace vztahující se k tématu: Pohludka, M., Simeckova, K., Vohanka, J., Yilma, P., Krause, M.W., Kostrouchova, M., Kostrouch, Z. (2008). Proteomic analysis uncovers a metabolic phenotype in C. elegans after nhr-40 reduction of function. Biochem Biophys Res Commun 374, 49-54 Liby, P., Pohludka, M., Vohanka, J., Kostrouchova, M., Kostrouch, D., Rall, J. E., and Kostrouch, Z. (2006). BIR-1, the homologue of human Survivin, regulates expression of developmentally active collagen genes in C. elegans. Folia Biol (Praha) 52, 101-8. Brozova, E., Simeckova, K., Kostrouch, Z., Rall, J. E., and Kostrouchova, M. (2006). NHR40, a Caenorhabditis elegans supplementary nuclear receptor, regulates embryonic and early larval development. Mech Dev 123, 689-701. Hujova, J., Sikora, J., Dobrovolny, R., Poupetova, H., Ledvinova, J., Kostrouchova, M., and Hrebicek, M. (2005). Characterization of gana-1, a Caenorhabditis elegans gene encoding a single ortholog of vertebrate alpha-galactosidase and alpha-Nacetylgalactosaminidase. BMC Cell Biol 6, 5. Kostrouchova, M., Housa, D., Kostrouch, Z., Saudek, V., and Rall, J. E. (2002). SKIP is an indispensable factor for Caenorhabditis elegans development. Proc Natl Acad Sci U S A 99, 9254-9. Kostrouchova, M., Kostrouch, Z., Saudek, V., Piatigorsky, J., and Rall, J. E. (2003). BIR-1, a Caenorhabditis elegans homologue of Survivin, regulates transcription and development. Proc Natl Acad Sci U S A 100, 5240-5. Kostrouchova, M., Krause, M., Kostrouch, Z., and Rall, J. E. (2001). Nuclear hormone receptor CHR3 is a critical regulator of all four larval molts of the nematode Caenorhabditis elegans. Proc Natl Acad Sci U S A 98, 7360-5.

RNDr. Ing. Vladimír Krylov, PhD Katedra buněčné biologie PřF UK 128 00 Praha 2, Viničná 7 Tel. 221 951 773-4 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Genetika a cytogenetika Xenopus laevis a tropicalis. Vazebné a syntenní studie in silico a pomocí Zoo-FISH. Lokalizace vývojově významných genů do chromozómů pomocí fluorescenční in situ hybridizace spojené s tyramidovou amplifikací signálu (FISHTSA). Konstrukce fyzické mapy u Xenopus tropicalis. Identifikace genu(ů) vázaných na pohlaví u Xenopus tropicalis. Transgeneze s využitím spermie jako vektoru (SMGT sperm mediated gene transfer) u Xenopus laevis a tropicalis. Ve spolupráci s Výzkumným ústavem živočišné výroby studium zrání prasečích oocytů z pohledu vývojové kompetence po umělém oplození (IVF) a intracytoplasmatické injekci spermie (ICSI). Transgeneze prasečích embryí pomocí spermiového přenosu (SMGT). Publikace vztahující se k tématu: Krylov V., Tlapakova T., Macha J., Curlej J., Ryban L., Chrenek P. Localization of human coagulation factor VIII (hFVIII) in transgenic rabbit by FISH–TSA: identification of transgene copy number and transmission to the next generation. Folia Biol. (Praha) 2008; 54(4): 121-4. Krylov V., Tlapakova T., Macha J. Localization of Mdh2 single copy gene on Xenopus tropicalis chromosomes by FISH-TSA technique. Cytogenet. Genome Res. 2007; 116:110-112. Vackova I., Kren R., Loi P., Krylov V., Fulka J. The absence of a DNA replication checkpoint in porcine zygotes. Zygote. 2006; 14(1):33-73. Okada K., Krylov V., Kren R., Fulka J. Development of Pig Embryos after Electroactivation and In Vitro Fertilization in PZM-3 or PZM Supplemented with Fetal Bovine Serum. J. Reprod. Dev. 2005; 52(1):91-98. Tlapakova T., Krylov V., Macha J. Localization, structure and polymorphism of two paralogous Xenopus laevis mitochondrial malate dehydrogenase genes. Chromosome res. 2005; 13(7):699-706. Krylov V., Kren R., Okada K., Vackova I., Tlapakova T., Fulka J. Effect of protein supplement source on porcine oocyte maturation and subsequent embryonic development after parthenogenetic activation. Folia Biol. (Praha). 2005;51:29-33. Macha J., Tlapakova T., Krylov V., Kopsky V. Xstir polymorphism and absence of sex linkage in Xenopus laevis ME2 gene. Folia Biol. (Praha). 2003;49:115-117. Krylov V., Macha J., Tlapakova T., Takac M., Jonak J. The c-SRC1 gene visualized by in situ hybridization on Xenopus laevis chromosomes. Cytogenet. Genome Res. 2003;103(1-2):169-172. RNDr. Lucie Kubínová, CSc. Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 142 20 Praha 4 – Krč tel.: 296 442 314 e-mail: [email protected]

Tématické zaměření: Zpracování a měření trojrozměrných obrazových dat se zaměřením na vývoj nových metod a počítačových implementací a aplikací v buněčné a vývojové biologii, zejména - analýza a zpracování dvoj- a trojrozměrných obrazových dat včetně vývoje nových algoritmů pro předzpracování, segmentaci a měření - stereologické metody 1. a 2. řádu: studium rozptylu metod, vývoj nových metod a jejich softwarových implementací segmentace trojrozměrných obrazových dat - trojrozměrné rekonstrukce s využitím automatické, poloautomatické a manuální - aplikace metod zpracování a vyhodnocení obrazových dat při studiu buněčných komponent, např. jaderných struktur a endoplazmatického retikula Zdrojem našich obrazových dat jsou obrazy získané konfokální, dvoufotonovou a elektronovou mikroskopií. Témata: Metody pro hodnocení prostorového uspořádání buněčných struktur. Vývoj stereologických metod, metod prostorové statistiky a metod analýzy obrazu pro měření geometrických charakteristik druhého řádu, texturálních charakteristik a míry kolokalizace různých buněčných a jaderných struktur na základě dvojrozměrných a trojrozměrných mikroskopických obrazů nasnímaných konfokálním mikroskopem. Metody pro hodnocení vláknitých struktur. Měření charakteristik vláknitých buněčných (endoplazmatické retikulum, cytoskelet) a tkáňových (kapilární síť) struktur včetně jejich délky, délkové hustoty, charakteristik anizotropie, prostorových a texturálních charakteristik, s využitím stereologických me tod, metod prostorové statistiky a metod analýzy obrazu, aplikovaných na obrazy nasnímané konfokální a dvoufotonovou mikroskopií. Publikace vztahující se k tématu: Kubínová, L., Janáček, J.: Estimating surface area by the isotropic fakir method from thick slices cut in an arbitrary direction. J. Microsc. 191: 201-211, 1998. Kubínová, L., Janáček, J., Guilak, F., Opatrný, Z.: Comparison of several digital and stereological methods for estimating surface area and volume of cells studied by confocal microscopy. Cytometry 36: 85-95, 1999. Kubínová, L., Janáček, J.: Confocal microscopy and stereology: Estimating volume, number,surface area and length by virtual test probes applied to three-dimensional images. Microsc. Res. Techn. 53: 425-435, 2001. Kubínová, L., Janáček, J., Ribarič, S., Čebašek, V., Eržen, I.: Three-dimensional study of the capillary supply of skeletal muscle fibres using confocal microscopy. J. Musc. Res. Cell Motil. 22: 217-227, 2001. Kubínová, L., Janáček, J., Krekule, I.: Stereological methods for estimating geometrical parameters of microscopical structure studied by three-dimensional microscopical techniques. In: A.Diaspro (Ed.): Confocal and Two-photon Microscopy: 299-332, Wiley-Liss, New York, 2002. Jirkovská, M., Kubínová, L., Janáček, J., Moravcová, M., Krejčí, V., Karen, P.: Topological properties and spatial organization of villous capillaries in normal and diabetic placentas. J. Vasc. Res. 39: 268-278, 2002. Kubínová, L., Mao, X.W., Janáček, J., Archambeau, J.O.: Stereology techniques in radiation biology. Radiat. Res. 160: 110-119, 2003. Karen, P., Jirkovská, M., Tomori, Z., Demjénová, E., Janáček, J., Kubínová, L.: Threedimensional computer reconstruction of large tissue volumes based on composing series of high-resolution confocal images by GlueMRC and LinkMRC software. Microsc. Res. Techn.62: 415-422, 2003. Sajko, Š., Kubínová, L., Cvetko, E., Kreft, M., Wernig, A., Eržen, I.: Frequency of MCadherinstained satellite cells declines in human muscles during aging. J. Histochem. Cytochem. 52: 179-185, 2004.

Čebašek, V., Kubínová, L., Ribarič, S., Eržen, I.: A novel staining method for quantification and 3D visualisation of capillaries and muscle fibres. Eur. J. Histochem. 48: 151-158, 2004. RNDr. Jaroslav Mácha Katedra fyziologie živočichů a vývojové biologie PřF UK Viničná 7, 128 20 Praha 2 tel.: 221 951773 fax: 221 951773 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Transgeneze a cytogenetika u modelových organismů Xenopus laevis a X. tropicalis. Gen src během ontogeneze Publikace vztahující se k tématu: Krylov V, Macha J, Tlapakova T, Takac M, Jonak J. The c-SRC1 gene visualized by in situ hybridization on Xenopus laevis chromosomes. Cytogenet Genome Res. 2003;103(1-2):16972. Macha J, Tlapakova T, Krylov V, Kopsky V. Xstir polymorphism and absence of sex linkage in Xenopus laevis ME2 gene.Folia Biol (Praha). 2003;49(3):115-7. Fucik V, Beran J, Cerny Z, Macha J, Jonak J. Genomic organization of the mouse src gene. Sequencing of src introns revealed a new chromosome 2 microsatellite marker. Folia Biol (Praha). 2002;48(1):34-9. Takač M., Habrová V., Mácha J., Češková N., Jonák J.: Development of transgenic Xenopus laevis with a high C-src gene expression. Mol.Reprod. Dev. 1998 Aug: 50 (4): 410-419 Mácha J., Stursová D., Takáč M., Habrová V., Jonák J.: Uptake of plasmid RSV DNA by frog and mouse spermatozoa. Folia Biol (Praha) 1997, 43(3): 123-127 Habrová V., Takáč M., Navrátil J., Mácha J., Češková N., Jonák J.: Association of rous sarcoma virus DNA with Xenopus laevis spermatozoa and its transfer to ova through fertilization. Mol. Reprod. Dev. 1996 Jul: 44(3): 332-342

Doc. RNDr. Stanislav Pavelka, CSc. Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 140 00 Praha 4 tel.: 241 062 415; fax: 244 472 277 e-mail: [email protected] a Ústav biochemie PřF MU v Brně tel.: 549 496 419 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: 1) Hormonální regulace exprese genů pro mikrosomální enzymy jodothyronin dejodasy – v buněčných kulturách. Souvislosti s normálním a patologickým vývojem tkání a orgánů u lidských novorozenců. 2) Metabolismus stopových prvků bromu a jodu a jejich interakce při vývoji mláďat savců.

Publikace vztahující se k tématu: 1. Pavelka S. (2009) Iodine transfer through mother’s milk: The influence of bromide. (Chapter 20). In the book: Comprehensive Handbook of Iodine (Preedy V.R., Burrow G.N., Watson R.R., eds.). Elsevier, San Diego 2. Pavelka S. (2009) Bromide interference with iodine metabolism: Goitrogenic and wholebody effects of excessive inorganic bromide in the rat. (Chapter 61). In the book: Comprehensive Handbook of Iodine (Preedy V.R., Burrow G.N., Watson R.R., eds.). Elsevier, San Diego 3. Pavelka S., Vobecký M., Babický A. (2008) Halogen speciation in the rat thyroid: Simultaneous determination of bromine and iodine by short-term INAA. J. Radioanal. Nucl. Chem., 278, 575-579 4. Pavelka S., Babický A., Vobecký M. (2008) Simultaneous use of 82Br and 24Na radionuclides in the whole-body counting of animals by high-resolution gamma-ray spectrometry. J. Radioanal. Nucl. Chem., 278, 571-574 5. Pavelka S. (2008) Impairment of iodine and thyroid hormone metabolism in very premature infants. Cell Biol. Toxicol., 24, S46-S47 6. Pavelka S. (2008) Bromide interference with iodine metabolism in the rat. Cell Biol. Toxicol., 24, S97-S98 7. Pavelka S. (2004) Metabolism of bromide and its interference with the metabolism of iodine. Physiol. Res. 53 (Suppl. 1), S81-S90. 8. Pavelka S. (2004) Bromine. (Chapter 9.3). In the book: Elements and Their Compounds in the Environment. Occurence, Analysis and Biological Relevance, 2nd Ed. (Merian E., Anke M., Ihnat M., Stoeppler M., eds.). Wiley-VCH Verlag, Weinheim, pp.1445-1455. 9. Pavelka S. et al. (1997) Tissue metabolism and plasma levels of thyroid hormones in critically ill very premature infants. Pediatr. Res. 42, 812-818. 10. Esfandiari A., Gageline C., Gavaret J.M., Pavelka S., Lennon A.M., Pierre M., Courtin F. (1994) Induction of type III-deiodinase activity in astroglial cells by retinoids. Glia 11, 255261

Prof. RNDr. Jan Svoboda, DrSc. Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4 tel.: 241 063 289 e-mail: [email protected] Tématické zaměření: Určení skupin nebo jednotlivých buněčných genů, které jsou odpovědny za získání vnímavosti cizodruhové (savčí ) buňky k ptačím onkogenním retrovirům. Rozpracování mechanismu vstupu retroviru do buňky jednak za využití specifického buněčného receptoru (jeden z nich byl definován v naší laboratoři), ale i přímým přenosem z buňky produkující virus do buňky necitlivé (nepermisivní). Metodika: V práci využíváme jak buněčného klonování, tak i molekulárního klonování včetně řízené mutageneze, všech dalších technik molekulárně biologických jako je transfekce, určování sestřihových faktorů a dále. Nechybí mezi nimi samozřejmě i PCR i qPCR a všechny ostatní molekulární metodiky. Tematické zaměření počítá v využitím různých metodických přístupů od přístupů buněčně genetických k přístupům molekulárně genetickým. Laboratoř představuje první a jedinečné pracoviště buněčné a virové genetiky u nás. Publikace vztahující se k tématu:

Svoboda, J., Hejnar, J., Plachý, J., Machoň, O., Elleder, D., Geryk, J.: LTR and v-src down regulation by methylation and prevention of this process by LTR reconstruction. EACR XVI-2000 meeting, Halkidiki, Greece, 30 May – 3 June 2000. Abstract p. 64. Jurajda, V., Kulíková, L., Halouzka, R., Geryk, J., Svoboda, J.: Avian leukosis virus type J (ALV-J) IN THE Czech Republic, Acta Vet, Brno 69:143-145, 2000. Svoboda, J., Geryk, J., Hejnar, J., Vernerová, Z.: Wasting disease and immunodeficiency produced by ALV in heterologous avina host. 2nd International Conference of the Mór Kaposi Foundation, Confergence of AIDS And Cancer Research, Budapest, Hungary, August 31- September 1, 2000. Abstract No. 26. Hejnar, J., Machoň, O., Hájková, P., Elleder, D., Geryk, J., Plachý, J., Svoboda, J.: Non-permissiveness of the mammalian host cells to the avian retrovirus: Transcriptional control of integrated Rous sarcoma virus. 2000 International Conference on Bacterial and Viral Factors, Smolenice, Slovakia, 24-28 September 2000. Abstract. Svoboda, J.: Dedication to Professor Jan Bubeník, M.D., D.Sc. Folia biol. (Praha) 46:205, 2000. Svoboda, J.: Cancer: Is there involved a bunch of culprits, one culprit or something in between? Review. Folia biol (Praha) 46:219-225, 2000. Svoboda, J., Hejnar, J., Geryk, J., Elleder, D., Vernerová, Z.: Retroviruses in foreign species and the problem of provirus silencing. Gene 261:181-188, 2000. Svoboda, J., Plachý, J., Hejnar, J., Trtková, K., Hála, K.: DNA vaccination protects Congenic chickens against v-src oncogene-induced tumors. 2001 International Meeting of the Institute of Human Virology, Sept. 9-13, 2001 Baltimore, MD, USA. Meeting Abstracts, J. Hum. Virol. 4: 142, 2001. Hejnar, J., Hájková, P., Plachý, J., Elleder, D., Stepanets, V., Svoboda, J.: CpG island protects Rous sarcoma virus-derived vectors integrated into nonpermissive cells from DNA methylation and transcriptional suppression. PNAS 98:565-569, 2001. Stepanets, V., Vernerová, Y.,Vilhelmová, M., Geryk, J., Hejnar, J., Svoboda, J.: Amyloid A amyloidosis in non-infected and avian leukosis virus-C persistently infected inbred ducks. Avian Pathol. 30:33-42, 2001. Plachý, J., Hejnar, J., Trtková, K., Trejbalová, K., Svoboda, J., Hála, K.: DNA vaccination against v-src oncogene-induced tumours in congenic chickens. Vaccine 19:4526-4535, 2001. Gut, M.O., Parkkila, S., Vernerova, Y., Rohde, E., Zavada, J., Hocker, M., Patorek, J., Karttunen, T., Gibadulinova, A., Zavadova, Z., Knobeloch, K.P., Wiedenmann, B., Svoboda, J., Horak, I., Patorekova, S.: Gastric hyperplasia in mice with targeted disruption of the carbonic anhydrase gene Car9. Gastroenterology 123:1889-1903, 2002. Trejbalova, K., Plachy, J., Dezelee, P., Geryk, J., Svoboda, J., Calothy, G., Hejnar, J.:The 3´untranslated region of the chicken-csrc protooncogene modulates gene expression. Folia Biologica (Praha) 49:51-62, 2003. Stepanets, V., Vernerova, Z., Vilhelmova, A., Geryk, J., Plachy, J., Hejnar,. J., Weichold, F.F., Svoboda, J.: Intraembryonic avian leukosis virus subgroup C (ALV-C) inoculation producing wasting disease in ducks soon after hatching. Folia Biologica 49,:100-109, 2003. Svoboda, J., Geryk, J., Elleder, D.: Heterogenous pathogenicity of retroviruses:

Lessons from birds, primates and rodents. Adv. Canc. Res. 87: 59-126, 2003. Svoboda, J.: Postulation of and evidence for provirus existence in RSVtransformed cells and for an oncogenic activity associated with only part of the RSV genome. Gene 317: 209-213, 2003. Hejnar, J., Elleder, D., Hájková, P., Walter, J., Blažková, J., Svoboda, J.: Demethylation of host-cell DNA at the site of avian retrovirus integration. BBRC 311: 641-648, 2003. Elleder, D., Plachý, J., Hejnar, J., Geryk, J., Svoboda, J.: Close linkage of genes encoding receptors for subgroups A and C of avian sarcina/leucosis virus on chicken chromosome 28. Animal Gen. 35: 1365-2052, 2004. Elleder, D., Melder, D.C., Trejbalova, K., Svoboda, J., Federspiel, M.: Two different molecular defects in the Tva receptor gene explain the resistance of two tvar lines of chickens to infection by subgroup A avian sarcoma and leukosis viruses. J. Virol. 78: 13489-13500, 2004. Elleder, D., Stepanets, V., Melder, D.C., Šenigl F., Geryk, J., Pajer, P., Plachý, J., Hejnar, J., Svoboda, J., Federspiel, M.J.: The receptor for the subgroup C avian sarcoma and leukosis viruses, Tvc, is related to mammalian butyrophilins, members of the immunoglobulin superfamily. J. Virol. 79: 1040810419, 2005. Prukova, D., Vernerova, Z., Pilcik, T., Stepanets, V., Indrova, M., Geryk, J., Plachy, J., Hejnar, J. Svoboda, J.: Differences in pathogenicity among strains of the same or different avian leukosis virus subgroups. Avian Pathol. 36: 15-27, 2007. Reinisova, M., Senigl, F., Yin, X.Q., Plachy, J., Geryk, J., Elleder, D., Svoboda,J., Federspiel, MJ., Hejnar, J.: A single-amino-acid substitution in the Tvb(S1) receptor results in decreased susceptibility to infection by avian sarcoma and leukosis virus subgroups B and D and resistance to infection by subgroup E in vitro and in vivo. J. Virol. 82: 2097-2105, 2008. Svoboda, J.: Foundations in cancer research – The turns of life and science. Adv. Canc. Res. 99: 1-32, 2008.