KAJIAN KERAGAMAN GENETIK DAN BIOLOGI REPRODUKSI IKAN LAIS DI SUNGAI KAMPAR RIAU
ROZA ELVYRA
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009
PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN SUMBER INFORMASI Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi Kajian Keragaman Genetik dan Biologi Reproduksi Ikan Lais di Sungai Kampar Riau adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada Perguruan Tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini.
Bogor, Agustus 2009
Roza Elvyra NRP G361040071
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2009 Hak Cipta dilindungi Undang-undang 1. Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumber a. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik atau tinjauan suatu masalah b. Pengutipan tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB 2. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis dalam bentuk apapun tanpa izin IPB
ABSTRACT ROZA ELVYRA. The Study on Genetic Diversity and Reproduction Biology of Lais Fish in Kampar River, Riau. Under direction of DEDY DURYADI SOLIHIN, RIDWAN AFFANDI, and ZAIRIN JUNIOR Lais fish of Ompok spp. and Kryptopterus spp. are highly economical fish in Kampar River. The population of lais fish now is decreasing. Therefore, the conservation and domestication efforts must be done. This effort needs the study on genetic diversity and reproduction biology of lais fish. The aims of this research are (1) to analyze genetic diversity based on cytochrome b gene of mitochondrial DNA for barcoding and phylogeny of lais fishes; and (2) to analyze reproduction biology that are size of mature fish, spawning season, spawning location, spawning pattern and relation of waters condition for reproduction aspect. This study was conducted from September 2006 to September 2008. The results of genetic diversity aspect based on partial cytochrome b gene show that there are 124 specific nucleotide sites and 7 specific amino acid sites on Ompok spp., and there are 68 specific nucleotide sites and 6 specific amino acid sites on Kryptopterus spp. as the genetic marker (barcoding); intraspecies phylogeny of Ompok spp. and Kryptopterus spp. from Kampar River of each form one cluster at high bootstrap value. The results of O. hypophthalmus reproduction biology aspect show that the average size of mature female are 24,9±1,57 cm and 74,26±12,40 g, and the size of mature male are 25,9±1,88 cm and 79,80±20,49 g; the spawning season on September to November; O. hypophthalmus is more appropriate spawning location to oxbow lake that is close relation with tributary; the spawning pattern indicated total spawner fish; the values of water physico chemical parameter are fluctuating in accordance with season (rainfall and rainy days) and it strongly influenced the spawning season, spawning location and spawning pattern of O. hypophthalmus. Keywords: cytochrome b gene, Kampar River, lais fish, reproduction
RINGKASAN ROZA ELVYRA. Kajian Keragaman Genetik dan Biologi Reproduksi Ikan Lais di Sungai Kampar Riau. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN, RIDWAN AFFANDI, dan ZAIRIN JUNIOR Ikan lais merupakan ikan air tawar yang dikonsumsi masyarakat dan mempunyai nilai ekonomis tinggi. Produksi ikan lais di provinsi Riau belakangan ini mengalami penurunan (Diskanlut Provinsi Riau 2007). Usaha konservasi maupun domestikasi sangat perlu dilakukan dalam upaya pengelolaan sumber daya perikanan. Usaha tersebut akan lebih terarah dan berhasil apabila informasi fundamental mengenai keragaman genetik dan biologi reproduksi ikan lais digali lebih dalam dan rinci. Tujuan penelitian ini adalah untuk (1) mengkaji keragaman genetik ikan lais berdasarkan gen sitokrom b DNA mitokondria yang akan dijadikan penanda genetik dan hubungan kekerabatan, (2) mengkaji aspek biologi reproduksi ikan lais yang meliputi ukuran ikan matang gonad, musim pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi. Penelitian dilakukan dari bulan September 2006 sampai September 2008. Amplifikasi gen sitokrom b parsial dilakukan dengan mesin PCR menggunakan primer CBKR1 dan CBKR2 (1104 bp). Kondisi PCR yang digunakan adalah pra PCR selama 5 menit dengan suhu 94ºC, selanjutnya diikuti dengan PCR yaitu denaturasi pada suhu 94ºC selama 30 detik, penempelan (annealing) pada suhu 51ºC selama 45 detik, pemanjangan pada suhu 72ºC selama 60 detik (sebanyak 35 siklus), kemudian diakhiri dengan post PCR selama 5 menit pada suhu 72ºC. Produk PCR yang sudah dipurifikasi digunakan sebagai cetakan untuk perunutan DNA. Sisi homolog dari runutan basa nukleotida gen sitokrom b Kryptopterus dan Ompok dari S. Kampar, disejajarkan (multiple allignment) dengan runutan nukleotida gen sitokrom b Kryptopterus dan Ompok dari data GenBank baik yang utuh maupun parsial. Penentuan penanda genetik dan hubungan kekerabatan ikan lais dianalisis dengan menggunakan program MEGA versi 4,0. Perkembangan gonad diteliti berdasarkan tingkat kematangan gonad (TKG) secara morfologis dan histologis. Ukuran ikan matang gonad ditentukan berdasarkan data TKG dikaitkan dengan data ukuran ikan lais. Indeks kematangan gonad (IKG) ditentukan berdasarkan nilai persentase dari perbandingan berat gonad dengan berat tubuh ikan termasuk gonad. Musim pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data TKG dan IKG, dikaitkan dengan bulan pengambilan sampel selama setahun. Lokasi pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data TKG dikaitkan dengan lokasi pengambilan sampel di Sungai Kampar. Pola pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data TKG, IKG, dan diameter telur ikan lais betina yang matang gonad. Ukuran diameter telur dibandingkan antara ovari bagian anterior, tengah maupun posterior dengan uji Mann-Whitney menggunakan program Minitab versi 14. Potensi reproduksi dianalisis berdasarkan data fekunditas (jumlah telur) dan diameter telur ikan lais betina yang matang gonad. Data parameter fisika kimia air yaitu suhu, kekeruhan, kedalaman, kecepatan arus, pH, alkalinitas, dan oksigen terlarut dari masing-masing stasiun penelitian dianalisis keterkaitannya terhadap reproduksi ikan lais.
1
Ikan lais Ompok spp dari S. Kampar mempunyai 124 situs nukleotida spesifik dan 7 situs asam amino spesifik; Kryptopterus spp. dari S. Kampar mempunyai 68 situs nukleotida spesifik dan 6 situs asam amino spesifik sebagai penanda genetik (barcoding). Hubungan kekerabatan intra spesies O. hypophthalmus, O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K apogon dari S. Kampar berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino, masing-masing membentuk 1 kelompok yang didukung dengan nilai bootstrap yang tinggi. Rata-rata ikan lais O. hypophthalmus betina matang gonad pada ukuran 24,9±1,57 cm dan 74,26±12,40 g, sedangkan ikan lais jantan pada ukuran 25,9±1,88 cm dan 79,80±20,49 g. Musim pemijahan ikan lais O. hypophthalmus terjadi pada bulan September hingga November. Lokasi pemijahan yang disukai ikan lais O. hypophthalmus adalah danau banjiran yang berhubungan dengan anak sungai. Pola pemijahan ikan lais O. hypophthalmus adalah total spawner. Nilai parameter fisika kimia perairan berfluktuasi mengikuti musim (curah hujan dan lama hari hujan), dan sangat berpengaruh terhadap pola, lokasi dan musim pemijahan ikan lais O. hypophthalmus di S. Kampar. Kata kunci: gen sitokrom b, ikan lais, reproduksi, Sungai Kampar
KAJIAN KERAGAMAN GENETIK DAN BIOLOGI REPRODUKSI IKAN LAIS DI SUNGAI KAMPAR RIAU
ROZA ELVYRA
Disertasi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Doktor pada Program Studi Biologi
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009
Penguji pada Ujian Tertutup : Prof. Dr. Ir. Komar Sumantadinata Staf Pengajar Departemen Budidaya Perikanan, FPIK, IPB Dr. Ir. M.F. Rahardjo, DEA. Staf Pengajar Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, FPIK, IPB
Penguji pada Ujian Terbuka : Dr. Ir. H. Dede Irving Hartoto, APU. Ahli Peneliti Utama pada Puslit Limnologi, LIPI Dr. Ir. Odang Carman, M.Sc. Staf Pengajar Departemen Budidaya Perikanan, FPIK, IPB
Judul Disertasi Nama NRP
: Kajian Keragaman Genetik dan Biologi Reproduksi Ikan Lais di Sungai Kampar Riau : Roza Elvyra : G361040071
Disetujui Komisi Pembimbing
Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Ketua
Dr. Ir. H. Ridwan Affandi, DEA. Anggota
Prof. Dr. Ir. M. Zairin Junior, M.Sc. Anggota
Diketahui Ketua Program Studi Biologi
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA.
Prof. Dr. Ir. Khairil A. Notodiputro, M.S.
Tanggal Ujian: 10 Agustus 2009
Tanggal Lulus: 27 Agustus 2009
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah Yang Maha Sempurna, atas limpahan rahmat dan karunia-Nya sehingga karya ilmiah dalam bentuk disertasi ini berhasil diselesaikan. Disertasi ini berjudul “Kajian Keragaman Genetik dan Biologi Reproduksi Ikan Lais di Sungai Kampar Riau”. Pada kesempatan ini penulis menyampaikan terima kasih dan penghargaan yang tinggi kepada Bapak Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA., Bapak Dr. Ir. H. Ridwan Affandi, DEA., dan Bapak Prof. Dr. Ir. M. Zairin Junior, M.Sc. selaku pembimbing yang telah banyak memberikan saran, bimbingan dan arahan demi terwujudnya disertasi ini. Terimakasih disampaikan kepada Rektor Universitas Riau, Dekan FMIPA UNRI dan seluruh jajarannya atas bantuan dan kesempatan yang telah diberikan kepada penulis selama melaksanakan studi S3, kepada TPSDP-UNRI-DIKTI yang telah memberikan bantuan beasiswa selama 3 tahun, kepada DP2M-DIKTI yang telah memberikan bantuan biaya penelitian melalui Hibah Penelitian Fundamental anggaran tahun 2007 dan biaya percepatan penyelesaian disertasi melalui Hibah Penelitian bagi Mahasiswa Program Doktor-Sekolah Pascasarjana IPB anggaran tahun 2009, kepada PEMDA Provinsi Riau dan Yayasan Damandiri P2SDM- LPPM-IPB atas bantuan yang telah diberikan. Ucapan terimakasih juga disampaikan kepada Bapak Umar dan keluarga di Langgam-Pelalawan Riau atas bantuan selama di lapangan dan kepada Bapak Heri Jumhair di laboratorium Biologi Molekuler PPSHB-LPPM IPB. Secara khusus terimakasih disampaikan kepada papa Drs. M. Syafei Siregar, mama Syoftina Citrawaty BA. (alm.), mama Meilena Sari, mami Erny Muchtar, uni Elisabeth, adik-adik Riza Aryanti, S.T., M.T., Alex Kurniawandy S.T., M.T., Rahma Triani AMD., Rahmat Tiko, dan seluruh keluarga atas do’a dan curahan kasih sayang kepada penulis. Terimakasih yang besar kepada suami tercinta Drs. Feri Antoni, anak-anak tersayang Fernando Pratama dan Ferdinand Dwiko Mahmud atas do’a dan dorongan semangat demi kesuksesan penulis. Semoga disertasi ini bermanfaat bagi perkembangan ilmu genetika, biologi reproduksi, usaha konservasi maupun domestikasi terhadap ikan lais khususnya dan sumber daya perikanan air tawar umumnya.
Bogor, Agustus 2009 Roza Elvyra
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Padang pada tanggal 5 Maret 1970 dari pasangan Bapak Drs. M. Syafei Siregar dan Ibu Syoftina Citrawaty BA. (alm.). Penulis merupakan anak pertama dari lima bersaudara. Pendidikan sarjana ditempuh di Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Andalas, lulus pada tahun 1995. Pada tahun 2000 penulis memperoleh gelar Magister Sains di Program Studi Biologi, Program Pascasarjana, Universitas Andalas. Pada tahun 2004 penulis mendapat kesempatan melanjutkan studi S3 di Program Studi Biologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor dengan beasiswa dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Republik Indonesia melalui TPSDP-Universitas Riau. Penulis bertugas menjadi staf pengajar di Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Riau sejak tahun 1997 sampai sekarang. Mata kuliah yang diampu adalah Ekologi Hewan, Biologi Perairan dan Taksonomi Hewan. Penulis menikah pada tanggal 24 Oktober 1997 dengan Drs. Feri Antoni dan telah dikaruniai dua orang putra yaitu Fernando Pratama dan Ferdinand Dwiko Mahmud. Karya ilmiah berjudul Kajian Penanda Genetik Gen Sitokrom b DNA mitokondria Ikan Lais dari Sungai Kampar Riau telah diterbitkan pada Jurnal Natur Indonesia Volume 10, Nomor 1, Oktober 2007 (Akreditasi). Karya ilmiah berjudul Keanekaragaman Genetika dan Hubungan Kekerabatan Kryptopterus limpok dan Kryptopterus apogon dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri Riau Berdasarkan Gen Sitokrom b dalam proses penerbitan di Jurnal Ilmu-ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia dan karya ilmiah berjudul Kajian Aspek Reproduksi Ikan Lais Ompok hypophthalmus di Sungai Kampar Riau dalam proses penerbitan di Jurnal Natur Indonesia (Akreditasi). Karya-karya ilmiah tersebut merupakan bagian dari program S3 penulis.
x
DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL ................................................................................
xii
DAFTAR GAMBAR ............................................................................
xiv
DAFTAR LAMPIRAN .........................................................................
xvi
PENDAHULUAN ................................................................................ Latar Belakang ......................................................................... Kerangka Pemikiran ................................................................. Hipotesis .................................................................................. Tujuan Penelitian ..................................................................... Manfaat Penelitian ...................................................................
1 1 3 4 4 4
TINJAUAN PUSTAKA ........................................................................ Ikan Lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. ........................... Keragaman Genetik .................................................................. Reproduksi .............................................................................. Ekosistem Sungai Rawa Banjiran .............................................
6 6 8 11 13
BAHAN DAN METODE ..................................................................... Waktu dan Tempat Penelitian ................................................... Prosedur Penelitian .................................................................. Penelitian Keragaman genetik ................................................... Penelitian Biologi Reproduksi ..................................................
17 17 17 20 23
HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................. Keragaman Genetik Ikan Lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Berdasarkan Gen Sitokrom b ................................................... Amplifikasi dan Perunutan Gen Sitokrom b .............................. Keragaman Runutan Asam Amino ............................................ Hubungan Kekerabatan Berdasarkan Jarak Genetik dari Runutan Asam Amino pada Gen Sitokrom b Parsial Ompok spp. dan Kryptopterus spp. .................................................................... Keragaman Komposisi Empat Basa Nukleotida ........................ Keragaman Runutan Nukleotida ............................................... Hubungan Kekerabatan Berdasarkan Jarak Genetik dari Runutan Basa Nukleotida Gen Sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Biologi Reproduksi Ikan Lais Ompok hypophthalmus .............. Nisbah Kelamin ........................................................................ Perkembangan Gonad .............................................................. Ukuran Ikan Lais Matang Gonad ............................................. Tingkat Kematangan Gonad Berdasarkan Waktu dan Stasiun Penelitian .................................................................................. Indeks Kematangan Gonad ......................................................
28 28 28 29
37 39 40 43 46 46 47 53 54 56
xi
Fekunditas dan Diameter Telur ................................................. Kondisi Lingkungan .................................................................
58 62
PEMBAHASAN UMUM .....................................................................
66
SIMPULAN DAN SARAN ..................................................................
72
DAFTAR PUSTAKA ...........................................................................
73
LAMPIRAN .........................................................................................
78
xii
DAFTAR TABEL Halaman 1 Ciri-ciri morfologis ikan lais Ompok dan Kryptopterus .......................
6
2 Daftar jenis, lokasi, jumlah dan bulan pengambilan sampel yang digunakan pada penelitian .................................................................
19
3 Parameter fisika kimia air yang berperan dalam reproduksi ikan lais Ompok hypophthalmus .....................................................................
25
4 Rasio antara asam amino total, asam amino kekal, asam amino sinonimous dan asam amino non sinonimous pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. ...........................
30
5 Situs asam amino sebagai penanda genetik yang membedakan Kryptopterus spp. dan Ompok spp. (dari 53 asam amino non sinonimous) pada gen sitokrom b parsial (309 aa) ..................................................
31
6 Situs asam amino sebagai penanda genetik spesifik (dari 53 situs asam amino non sinonimous) pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Kryptopterus spp. Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ...........................................................................................
32
7 Situs asam amino sebagai penanda genetik spesifik pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ................................................................
34
8 Matrik perbedaan jumlah asam amino dari 309 asam amino pada gen sitokrom b parsial Kryptopterus spp. .................................................
36
9 Matrik perbedaan jumlah asam amino dari 309 asam amino pada gen sitokrom b parsial Ompok spp. ..........................................................
37
10 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) yang membedakan Kryptopterus spp. dan Ompok spp.
41
11 Matrik perbedaan jumlah nukleotida pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Kryptopterus spp. ..............................................................
42
12 Matrik perbedaan jumlah nukleotida pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. .......................................................................
43
13 Kriteria penilaian tingkat kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus betina secara morfologis dan histologis ...................
47
xiii
14 Kriteria penilaian tingkat kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus jantan secara morfologis dan histologis ...................
51
15 Ukuran panjang total dan berat tubuh ikan lais Ompok hypophthalmus
53
16 Nilai indeks kematangan gonad dan berat gonad ikan lais Ompok hypophthalmus betina dan jantan berdasarkan tingkat kematangan gonad ..............................................................................................
57
17 Fekunditas dan diameter telur ikan lais Ompok hypophthalmus ........
59
18 Nilai parameter fisika kimia air di lingkungan Sungai Kampar selama penelitian (bulan Januari 2007 sampai dengan Januari 2008) .
63
xiv
DAFTAR GAMBAR Halaman 1 Alur kerja penelitian dalam upaya pengelolaan sumber daya perikanan 5 2 Beberapa jenis ikan lais .....................................................................
7
3 Skema molekul sirkuler pada genom mitokondria vertebrata yang kekal .................................................................................................
9
4 Susunan gen dari organisasi genom mitokondria Ictalurus punctatus
10
5 Ciri-ciri geomorfologi utama sungai rawa banjiran tropis ....................
14
6 Peta lokasi pengambilan sampel ikan lais dan data lingkungan di Sungai Kampar Riau .....................................................................................
18
7 Profil DNA Ompok dan Kryptopterus hasil amplifikasi menggunakan pasangan primer CBKR1 dan CBKR2 ...............................................
28
8 Skema posisi penempelan primer CBKR1 dan CBKR2, fragmen gen sitokrom b DNA mitokondria ikan lais yang teramplifikasi (1104 pb) dan runutan hasil penjajaran berganda (927 nt) dengan acuan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (1141 pb) ...........................
29
9 Filogram menggunakan metode bootstrapped Neighbor Joining 1000 kali pengulangan berdasarkan 309 asam amino dari gen sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. ..................................
38
10 Filogram menggunakan metode bootstrapped Neighbor Joining 1000 kali pengulangan berdasarkan 927 nukleotida gen sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. ..................................................
44
11 Fluktuasi nisbah kelamin ikan lais Ompok hypophthalmus di Lingkungan Sungai Kampar ............................................................
46
12 Posisi gonad betina dan jantan dalam rongga perut ikan lais Ompok hypophthalmus ...............................................................................
49
13 Struktur morfologis dan histologis gonad betina Ompok hypophthalmus
50
14 Struktur morfologis dan histologis gonad jantan Ompok hypophthalmus
52
15 Persentase Tingkat Kematangan Gonad ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan waktu penelitian di lingkungan Sungai Kampar ............
54
xv
16 Persentase TKG IV ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan stasiun penelitian di lingkungan Sungai Kampar ...............................
55
17 Grafik rata-rata nilai indeks kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus, curah hujan dan hari hujan berdasarkan waktu pengamatan (bulan Januari 2007 sampai dengan Januari 2008) .........
58
18 Hubungan antara fekunditas dengan panjang total ikan lais Ompok hypophthalmus ...............................................................................
59
19 Hubungan antara fekunditas dengan berat total ikan lais Ompok hypophthalmus ...............................................................................
60
20 Grafik fekunditas ikan lais Ompok hypophthalmus menurut kelompok panjang tubuh .................................................................................
60
21 Grafik fekunditas ikan lais Ompok hypophthalmus menurut kelompok berat tubuh ......................................................................................
61
22 Pola sebaran diameter telur dari ikan lais Ompok hypophthalmus yang matang gonad di Sungai Kampar .....................................................
62
23 Fluktuasi nilai parameter fisika kimia air pada setiap stasiun selama penelitian ........................................................................................
64
24 Skema hubungan sungai/anak sungai dengan danau banjiran pada musim kemarau dan musim penghujan .............................................
69
25 Saluran sungai utama dengan dataran banjirannya pada ekosistem sungai rawa banjiran ........................................................................
70
xvi
DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1 Matrik ciri-ciri morfologis beberapa ikan lais Kryptopterus spp. dan Ompok spp. .......................................................................................
78
2 Lokasi stasiun penelitian dan alat tangkap ikan di Sungai Kampar ......
80
3 Sket stasiun penelitian di Sungai Kampar ...........................................
81
4 Komposisi larutan yang digunakan dalam penelitian keragaman genetik ikan lais .............................................................................................
82
5 Jenis-jenis ikan lais dari Sungai Kampar .............................................
83
6 Letak penempelan primer CBKR1 dan CBKR2 pada runutan basa nukleotida gen sitokrom b utuh Kryptopterus minor 1141 pb ...........
84
7 Penjajaran berganda nukleotida (927 nt) pada gen sitokrom b parsial ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ....................................................
85
8 Penjajaran berganda asam amino (309 aa) pada gen sitokrom b parsial ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembandng data GenBank .....................................................
101
9 Matrik jarak genetik (p-distance) berdasarkan asam amino pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ...................
107
10 Komposisi empat basa nukleotida gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. ..................................................
108
11 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ..............................................................
109
12 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ..............................................................
111
13 Matrik jarak genetik (p-distance) berdasarkan basa nukleotida pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ...........
114
14 Data Kryptopterus spp. dan Ompok spp. (GenBank) yang digunakan dalam analisis keragaman genetik ....................................................
115
xvii
15 Kode genetik DNA mitokondria pada Vertebrata ............................
116
16 Nisbah kelamin ikan lais Ompok hypophthalmus di Sungai Kampar dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008 ....................................
117
17 Panjang total, berat total, berat gonad dan indeks kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan stasiun penelitian ........
118
18 Panjang total, berat total, berat gonad dan indeks kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan waktu penelitian .........
120
19 Curah hujan dan jumlah hari hujan setiap bulan mulai dari Januari 2007 hingga Januari 2008 di Sungai Kampar Kabupaten Pelalawan Provinsi Riau ................................................................................................
121
20 Uji Mann-Whitney terhadap diameter telur pada ovari ikan lais Ompok hypophthalmus bagian anterior, tengah dan posterior ..........
122
21 Parameter físika kimia air di Sungai Kampar ....................................
123
22 Uji Mann-Whitney terhadap faktor fisika kimia air antar stasiun .......
125
23 Skor kondisi kualitas perairan pada masing-masing stasiun penelitian di Sungai Kampar ...........................................................................
126
PENDAHULUAN Latar Belakang Provinsi Riau mempunyai potensi ekosistem sungai rawa banjiran atau floodplain river dengan keragaman jenis ikan yang tinggi. Salah satu ekosistem sungai rawa banjiran di Provinsi Riau adalah Sungai Kampar. Kawasan ini telah ditetapkan sebagai pusat produksi perikanan air tawar di Provinsi Riau dengan SK Gubernur No. 99/II/2000. Potensi ekonominya sangat besar karena memiliki panjang sungai sekitar 189 km yang melewati dua kabupaten yaitu Kampar dan Pelalawan dengan rata-rata produksi perikanan 216,19 ton/bulan (Diskanlut Provinsi Riau 2007). Ekosistem sungai rawa banjiran merupakan ekosistem yang kompleks terdiri dari sungai, anak sungai dan danau banjiran yang masing-masing mempunyai fungsi tertentu untuk kelangsungan hidup ikan di habitat tersebut. Lubuk pada dasar sungai digunakan ikan sebagai tempat berlindung, anak sungai terutama pada bagian pinggirnya digunakan ikan sebagai tempat berlindung dan mencari makan, sedangkan danau banjiran dengan vegetasi riparian yang terendam digunakan oleh ikan sebagai tempat memijah sekaligus juga tempat mencari makan dan berlindung (Hartoto et al. 1998). Ekosistem sungai rawa banjiran sangat dipengaruhi oleh fluktuasi curah hujan. Selama musim hujan air terdistribusi hingga ke rawa-rawa dan danau banjiran, tetapi selama musim kemarau hanya saluran sungai utama dan bagian perairan yang rendah yang tetap tergenang. Kondisi ini merupakan karakteristik pada ekosistem sungai rawa banjiran (Welcomme 1979). Ikan yang hidup pada ekosistem sungai rawa banjiran di S. Kampar Riau didominasi oleh kelompok ikan baung, gabus, patin dan lais (Diskanlut 2007). Di Provinsi Riau, umumnya yang dikenal sebagai kelompok ikan lais adalah jenis-jenis ikan dari genus Ompok dan genus Kryptopterus yang termasuk famili Siluridae. Ikan lais termasuk ikan air tawar yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Ikan lais dikonsumsi oleh masyarakat Riau dan dapat dibeli dalam keadaan segar atau awetan dalam bentuk ikan salai. Ikan lais salai merupakan makanan yang populer di
2
Riau dan sering dijadikan oleh-oleh untuk tamu yang berkunjung. Dalam perdagangannya di Riau, ikan lais digolongkan sebagai ikan air tawar kelas satu (Pulungan et al. 1985). Produksi ikan lais di provinsi Riau belakangan ini mengalami penurunan yaitu dari 1.107,3 ton pada tahun 2005 (Diskanlut Provinsi Riau 2006); menjadi 948,8 ton pada tahun 2006 (Diskanlut Provinsi Riau 2007). Berdasarkan survei di lapangan, penurunan produksi ikan ini di perairan diduga karena ikan-ikan dewasa yang melakukan ruaya pemijahan ke danau dan rawa banjiran sewaktu naiknya permukaan perairan pada saat masuknya musim hujan dieksploitasi dengan memakai perangkap ikan (sempirai). Selain itu 62% hutan di daerah aliran S. Kampar telah rusak akibat alih fungsi menjadi perkebunan besar kelapa sawit, hutan tanaman industri, pertanian tanaman pangan dan pembalakan liar (Fordas Provinsi Riau 2008). Kondisi ini akan mengakibatkan erosi sehingga terjadi penyempitan lahan yang ditengarai sebagai tempat pemijahan, dan terjadinya pelumpuran yang akan menghambat proses pemijahan dan penetasan telur ikan. Usaha konservasi maupun domestikasi sangat perlu dilakukan dalam upaya pengelolaan sumber daya perikanan. Usaha tersebut akan lebih terarah dan berhasil apabila informasi fundamental mengenai ikan lais digali lebih dalam dan rinci. Informasi yang sangat diperlukan adalah keragaman genetik dan biologi reproduksi ikan lais yang berkaitan dengan kemampuannya dalam beradaptasi terhadap lingkungan tempat hidupnya. Penelitian mengenai keragaman genetik ikan lais di Indonesia khususnya di provinsi Riau berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino gen sitokrom b selama ini belum ada, kecuali hasil dari penelitian Elvyra dan Duryadi (2007). Data runutan nukleotida dan asam amino dari hasil penelitian lain di luar Indonesia baru dilakukan terhadap K. minor, K. bicirrhis, K. limpok, K. schilbeides, K. cryptopterus, K. macrocephalus, O. miostoma dan O. bimaculatus (Hardman 2005; Wilcox et al. 2004). Sementara itu, data untuk ikan lais jenis lainnya seperti K. apogon, O. eugeneiatus dan O hypophthalmus belum ditemukan hingga saat ini (GenBank 2009).
3
Informasi keragaman genetik dapat diperoleh dengan melakukan analisis terhadap gen penyandi protein dari DNA mitokondria. Di antara gen penyandi protein yang sering digunakan untuk mempelajari keragaman genetik adalah gen sitokrom b. Gen sitokrom b dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk mempelajari keragaman jenis dan hubungan kekerabatan di antara kelompoknya (intraspesies) maupun kelompok lainnya (interspesies), karena kodonnya berdasarkan posisi, mempunyai region yang lebih kekal (conserve) dan region yang lebih beragam (Farias et al, 2001). Selain informasi keragaman genetik, informasi biologi reproduksi juga sangat diperlukan untuk usaha konservasi maupun domestikasi. Informasi tersebut akan memberikan gambaran kemampuan suatu spesies dalam melangsungkan kehidupan dan perkembangannya dari waktu ke waktu. Gambaran reproduksi yang dimaksud adalah mengenai perkembangan gonad, ukuran ikan matang gonad, musim pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi ikan lais. Penelitian mengenai biologi reproduksi ikan lais yang sudah pernah dilakukan belum melihat besarnya pengaruh lingkungan terhadap keragaan reproduksi secara keseluruhan dalam setahun, dan data yang ada hanya bersifat penelitian yang terpotong-potong dalam waktu yang pendek (Elvyra 2000; Simanjuntak 2007). Biologi reproduksi ikan lais perlu diteliti fluktuasinya dalam setahun karena ekosistem sungai rawa banjiran sebagai habitat hidupnya sangat dipengaruhi oleh fluktuasi curah hujan. Oleh karena itu kajian keragaman genetik dan biologi reproduksi, akan dijadikan landasan untuk pengelolaan sumber daya perikanan melalui usaha konservasi dan domestikasi ikan lais di S. Kampar Riau.
Kerangka Pemikiran Ikan lais sampai saat ini masih berstatus liar, biasa hidup di ekosistem sungai rawa banjiran, bernilai ekonomis tinggi, namun belum dikembangbiakkan dalam skala budidaya. Produksi ikan lais di provinsi Riau belakangan ini mengalami penurunan. Untuk mengatasi kondisi tersebut, perlu diupayakan strategi pengelolaan sumber daya perikanan dengan memperhatikan kelestarian ikan lais,
4
yaitu dengan melakukan usaha konservasi maupun domestikasi. Strategi yang perlu dikedepankan adalah melakukan pengaturan ukuran ikan yang boleh ditangkap, pengaturan musim penangkapan dan pengaturan lokasi penangkapan yang dibutuhkan untuk usaha konservasi, serta menentukan potensi reproduksi dan kualitas perairan yang dibutuhkan untuk usaha domestikasi. Upaya ini sangat memerlukan dukungan informasi fundamental mengenai keragaman jenis ikan lais secara genetik dan informasi biologi reproduksi.
Hipotesis Apabila informasi keragaman genetik dan biologi reproduksi ikan lais tersedia dengan lebih baik maka usaha konservasi dan domestikasi ikan lais dapat dilakukan dengan lebih baik, sehingga kelestarian ikan lais di alam lebih terjamin.
Tujuan Penelitian Tujuan penelitian ini adalah : 1) Mengkaji keragaman genetik ikan lais berdasarkan gen sitokrom b DNA mitokondria yang akan dijadikan penanda genetik dan hubungan kekerabatan. 2) Mengkaji aspek biologi reproduksi ikan lais yang meliputi perkembangan gonad, ukuran ikan matang gonad, musim pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi.
Manfaat Penelitian
Penelitian ini diharapkan dapat menjadi landasan untuk usaha konservasi dan domestikasi dalam upaya pengelolaan sumber daya perikanan pada ekosistem sungai rawa banjiran, khususnya terhadap ikan lais di S. Kampar Riau.
Pengelolaan sumber daya perikanan
Pengaturan ukuran ikan yang boleh ditangkap
Pengaturan musim penangkapan
Pengaturan lokasi penangkapan
Pengaturan penangkapan
Pengelolaan habitat
Ukuran rata-rata ikan matang gonad
Musim pemijahan
Lokasi pemijahan
Potensi reproduksi dan pola pemijahan
Kondisi habitat
Hubungan antara TKG dengan ukuran ikan
Hubungan antara TKG dengan waktu pengambilan sampel
Hubungan antara TKG dengan lokasi pengambilan sampel
Pengukuran ikan pada berbagai TKG
Pengambilan sampel ikan pada berbagai waktu pengamatan
Pengambilan sampel ikan pada berbagai lokasi pengamatan
Fekunditas
Penghitungan jumlah telur
Sebaran ukuran diameter telur ikan
Pengukuran diameter telur
Dinamika kondisi lingkungan
Pengukuran kualitas perairan
Biologi reproduksi ikan lais Penentuan jenis melalui penanda genetik dan hubungan kekerabatan Keragaman sumber daya genetik ikan lais
Gambar 1 Alur kerja penelitian dalam upaya pengelolaan sumber daya perikanan 5
TINJAUAN PUSTAKA Ikan Lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Ikan lais yang termasuk kelompok catfish ini, tergolong dalam kelas Osteichthyes, subkelas Actinopterygii, ordo Siluriformes, famili Siluridae, genus Ompok dan Kryptopterus (Nelson 1984; Kottelat et al. 1993). Genus Ompok terdiri dari 22 jenis yang tersebar di Laos, Malaysia, Thailand, Brunei, Pakistan, China, Srilanka, Vietnam, Afghanistan, Bangladesh, India, Nepal, Kambodja, Myanmar dan Indonesia. Genus Kryptopterus terdiri dari 23 jenis, tersebar di Laos, Malaysia, Thailand, Brunei, dan Indonesia (Fishbase 2008). Genus Ompok di Indonesia terdiri dari 7 jenis yaitu O. bimaculatus, O. borneensis, O. eugeneiatus, O. hypophthalmus, O. leiacanthus, O. sabanus dan O. Weberi. Sementara itu, Kryptopterus di Indonesia terdiri dari 14 jenis yaitu K. apogon, K. bicirrhis, K. cryptopterus, K. hexapterus, K. lais, K. limpok, K. lumholtzi, K. macrocephalus, K. micronema, K. minor, K. mononema, K. palembangensis, K. parvanalis dan K. schilbeides (Kottelat et al. 1993). Ciri-ciri morfologi Ompok spp. dan Kryptopterus spp. disajikan pada Tabel 1 dan Gambar 2, sedangkan ciri-ciri masing-masing jenisnya yang ditemukan di S. Kampar disajikan pada Lampiran 1. Tabel 1 Ciri-ciri morfologis ikan lais Ompok dan Kryptopterus (disarikan dari : Weber dan Beaufort 1913, dan Kottelat et al. 1993) No. 1.
Parameter morfologis Bentuk tubuh
2.
Mulut
3.
Rahang
4.
Sungut
Ompok Pipih tegak (compressed), memanjang, tidak bersisik
Kryptopterus Sangat pipih tegak (strongly compressed), memanjang, tidak bersisik Berbentuk lonjong ke Berbentuk lonjong ke samping (oblique) samping Rahang atas dan Rahang bawah lebih bawah seimbang menonjol daripada rahang atas Mempunyai sepasang Mempunyai sepasang sungut rahang atas dan sungut rahang atas, dan sepasang sungut sepasang sungut rahang bawah yang rahang bawah umumnya pendek atau rudimenter
7
5.
Sirip punggung
6. 7. 8.
Sirip dada Sirip lemak (adipose) Sirip perut
9.
Sirip dubur
10.
Sirip ekor
Tanpa duri (spina), terdiri dari 3-4 jari-jari
Tanpa duri, terdiri dari 2 jari-jari atau tidak ada Punya duri Punya duri Tidak ada Tidak ada Terdiri dari 7-8 jari- Terdiri dari 5-10 jarijari jari Panjang, Panjang, bersambungan/tidak bersambungan/tidak bersambungan dengan bersambungan dengan dengan sirip ekor sirip ekor Bentuknya bercabang Bentuknya bercabang (forked) dalam (deeply forked)
(a)
(b)
(c)
(d) (e) Gambar 2 Beberapa jenis ikan lais (Sumber : Kottelat et al. 1993) (a) Ompok hypophthalmus (panjang standar = 205 mm), (b) Ompok eugeneiatus (panjang standar = 52 mm), (c) Kryptopterus limpok (panjang standar 120 mm), (d) Kryptopterus schilbeides (panjang standar 76 mm), (e) Kryptopterus apogon (panjang standar 240 mm)
Ikan lais Ompok mempunyai nama sinonim Callichrous atau Silurodes, sedangkan Kryptopterus mempunyai nama sinonim Cryptopterus (Weber dan Beaufort 1913). Ikan lais di Indonesia dikenal dengan beberapa nama yaitu lais danau (O. hypophthalmus, Pulungan et al. 1985); lais bemban (K. limpok, Utomo et al. 1990); lais timah (K. apogon), lais kerak (K. limpok), dan lais kuning (K. schilbeides) (FishBase 2008). Di S. Kampar Provinsi Riau, ikan lais dikenal dengan beberapa nama lokal yaitu lais kaporeh (O. eugeneiatus), lais danau (O. hypophthalmus), lais janggut (K. limpok), lais panjang lampung (K. apogon) dan lais godang mato (K. schilbeides).
Keragaman Genetik Seiring berkembangnya metode perunutan DNA dan banyaknya penelitian mengenai hal tersebut dalam dua dekade terakhir pada berbagai organisme termasuk pada ikan, urutan gen-gen dari molekul DNA mitokondria mulai terungkap. Sejumlah besar penelitian filogenetik dengan menggunakan runutan gen mitokondria telah dilakukan (Pereira 2000). DNA mitokondria (mtDNA) banyak digunakan untuk mengidentifikasi keragaman genetik dan dinamika populasi karena mempunyai beberapa kelebihan. Pertama, karena mtDNA memiliki ukuran yang kompak dan relatif kecil (16.000-20.000 pasang basa), tidak sekompleks DNA inti sehingga dapat dipelajari sebagai satu kesatuan yang utuh. Kedua, mtDNA berevolusi lebih cepat
dibandingkan dengan DNA inti sehingga dapat
memperlihatkan
jelas
dengan
perbedaan antara populasi dan hubungan
kekerabatannya. Ketiga, hanya sel telur yang menyumbangkan material mitokondria sehingga mtDNA hanya diturunkan dari induk betina. Keempat, bagian-bagian dari genom mitokondria berevolusi dengan laju yang berbeda sehingga dapat berguna untuk studi sistematika dan penelusuran kesamaan asal muasal (Iguchi et al. 1999). Genom mitokondria mempunyai suatu daerah kontrol bukan penyandi protein (non coding), 13 gen penyandi protein, 2 RNAs ribosomal (rRNA) dan 22 RNAs transfer (tRNA) yang tersebar sepanjang molekul DNA sirkuler (Gambar 3). Untai H atau untai berat mtDNA mengandung 2 RNAs ribosomal (12S rRNA dan
9
16S rRNA); 12 gen penyandi protein masing-masing NADH dehidrogenase (ND1, ND2, ND3, ND4, ND5, ND4L), sitokrom c oksidase (COX1, COX2, COX3), sitokrom b (Cyt b), ATPase (ATP6, ATP8); dan 14 tRNA masing-masing tRNA fenil alanin (tRNAPhe), valin (tRNAVal), leusin (tRNALeu), isoleusin (tRNAIle), metionin (tRNAMet), triptofan (tRNATrp), asam aspartat (tRNAAsp), lisin (tRNALys), glisin (tRNAGly), arginin (tRNAArg), histidin (tRNAHis), serin (tRNASer), leusin (tRNALeu) dan treonin (tRNAThr). Sementara itu, untai L atau untai ringan mtDNA mengandung sisanya yaitu 1 gen penyandi protein NADH dehidrogenase 6 (ND6); dan 8 tRNA yaitu tRNA asam glutamat (tRNAGlu), prolin (tRNAPro), serin (tRNASer), tirosin (tRNATyr), sistein (tRNACys), asparagin (tRNAAsn), alanin (tRNAAla) dan glutamin (tRNAGln) (Pereira 2000; Broughton et al. 2001).
Gambar 3 Skema molekul sirkuler pada genom mitokondria vertebrata yang kekal. Gen-gen di bagian luar lingkaran menunjukkan untai H (heavy strand) dan bagian dalam lingkaran menunjukkan untai L (light strand) (Pereira 2000) Urutan gen pada genom mitokondria disebut kekal (conserve), jika dari urutan genome mitokondria lengkap tersebut tidak mempunyai variasi posisi gen di sepanjang molekulnya. Urutan gen yang kekal paling banyak ditemukan pada plasenta mamalia, kura-kura, ikan, dan Xenopus dari kelompok amfibi (Pereira 2000). Organisasi genom mitokondria dari kelompok ikan lele (catfish) yang telah
10
diketahui runutan nukleotidanya berdasarkan data GenBank (2009) yaitu Ictalurus punctatus (kode akses NC003489), Pseudobagrus tokiensis (kode akses NC004697) dan Pangasianodon gigas (kode akses NC006381) masing-masing memiliki susunan gen yang sama. Susunan gen dari organisasi genom mitokondria Ictalurus punctatus disajikan pada Gambar 4.
Gambar 4 Susunan gen dari organisasi genom mitokondria Ictalurus punctatus (kode akses NC003489) Berdasarkan GenBank (2009), data genom dari DNA mitokondria Kryptopterus dan Ompok belum tersedia. Data genom DNA mitokondria lengkap (complete genome) ikan Ictalurus punctatus, Pseudobagrus tokiensis dan Pangasianodon gigas yang termasuk satu ordo dengan Kryptopterus dan Ompok telah dilaporkan. Walaupun demikian, data gen sitokrom b yang merupakan bagian genom DNA mitokondria pada Kryptopterus minor sudah dilaporkan secara utuh (Wilcox et al. 2004). Gen sitokrom b terletak diantara tRNAGlu dan tRNAThr berukuran 1141 bp atau 380 asam amino. Di antara gen penyandi protein pada DNA mitokondria, gen sitokrom b adalah penanda genetik yang sering digunakan untuk mengkaji
11
hubungan filogenetik (Peng et al. 2004). Beberapa variasi dapat dikaji dengan menggunakan gen sitokrom b yaitu posisi kodon, tipe substitusi basa (transisi dan transversi), dan domain fungsional protein (McClellan dan McCracken 2001). Gen sitokrom b pada ikan-ikan famili Sisoridae yang juga termasuk ordo Siluriformes, mempunyai variasi komposisi nukleotida pada setiap posisi kodonnya. Komposisi nukleotida pada posisi kodon ketiga gen sitokrom b memperlihatkan keragaman atau heterogenitas yang tinggi dibandingkan dengan posisi kodon pertama dan kedua (Peng et al. 2004). Keragaman yang terjadi seringkali disebabkan oleh adanya substitusi nukleotida yang terdiri dari substitusi transisi dan transversi. Substitusi transisi yaitu perubahan antara basa purin (A dengan G) atau antara basa pirimidin (C dengan T), sedangkan transversi yaitu perubahan dari basa purin menjadi basa pirimidin atau sebaliknya. Pada gen penyandi protein, substitusi nukleotida dapat menghasilkan ”kodon sinonimous” yang disebut juga substitusi silent atau substitusi yang tidak merubah asam amino dan sebaliknya substitusi nukleotida dapat menghasilkan ”kodon non sinonimous” atau substitusi yang merubah asam amino (Nei dan Kumar 2000).
Reproduksi Kajian
reproduksi
ikan
membutuhkan
pengetahuan
mengenai
perkembangan gonad pada individu ikan. Metode yang biasa digunakan adalah berdasarkan tampilan morfologi gonad secara visual. Metode ini memang lebih cepat tetapi terbukti kurang akurat. Metode histologi dapat digunakan untuk mendapatkan analisis yang lebih rinci mengenai pola perkembangan oosit dan spermatosit yang akan menyokong definisi perkembangan gonad (Gomes dan Araujo 2004). Siklus perkembangan gonad dapat ditentukan dari perubahan berat gonad yang dinyatakan dengan indeks kematangan gonad. Siklus perkembangan gonad secara temporal dapat ditentukan dari distribusi tingkat kematangan gonadnya (Gomes dan Araujo 2004). Variasi nilai indeks kematangan gonad dapat digunakan untuk mengetahui waktu pemijahan. Indeks kematangan gonad dan diameter telur
12
ikan Silurus glanis mengalami peningkatan dan mencapai maksimum pada saat ikan akan melakukan pemijahan (Alp et al. 2004). Berdasarkan dinamika pengorganisasian ovari, Wallace dan Selman (1981) mengemukakan tiga tipe berikut : 1) Sinkronous yaitu seluruh oosit berkembang dan diovulasikan pada waktu yang sama. Ovari seperti ini dapat ditemukan pada ikan Teleostei yang pemijahannya hanya sekali dan kemudian mati. 2) Sinkronous berkelompok. Sekurang-kurangnya ada dua populasi oosit yaitu populasi sinkronous yang oositnya lebih besar dan populasi oosit yang lebih kecil, dari populasi oosit heterogen yang didapatkan. Oosit yang besar dipijahkan selama musim pemijahan, sementara oosit yang kecil dipijahkan pada musim biak selanjutnya. 3) Asinkronous. Pada tipe ini, tidak ada populasi oosit yang dominan pada seluruh tahap perkembangan oosit. Pada saat hidrasi terjadi pemisahan diameter stok oosit. Lowe-McConnell (1987) mengemukakan empat pola pemijahan berikut : 1) Tipe big bang spawner, yaitu ikan yang memijah hanya sekali seumur hidupnya dan kemudian mati. Contohnya pada Anguilla dan Salmon 2) Tipe total spawner, yaitu ikan yang memijahkan telurnya sekaligus pada satu kali musim pemijahan. Contohnya pada kebanyakan Characoidae, Cyprinidae dan beberapa Siluridae. 3) Tipe partial spawner, yaitu ikan yang memijahkan telur tidak sekaligus dalam satu musim pemijahan. Contohnya pada beberapa Cyprinidae, Characoidae, Siluridae dan Anabantoidae. 4) Tipe small brood spawner, ikan yang mempunyai fekunditas kecil dan telur dipijahkan sekaligus pada satu musim pemijahan. Contohnya pada kebanyakan Cichlidae dan beberapa Poecilidae. Fekunditas adalah jumlah telur yang matang dalam ovari ikan sebelum dipijahkan (Yalcin et al. 2001). Hunter et al. (1992) menyatakan bahwa jumlah telur yang terdapat di dalam ovari yang akan dikeluarkan pada waktu memijah disebut fekunditas total. Fekunditas relatif adalah jumlah telur per satuan panjang
13
atau bobot ikan. Alp et al. (2004) melakukan penelitian terhadap ikan Silurus glanis dan mendapatkan bentuk hubungan linear antara fekunditas dengan berat dan panjang tubuhnya. Yalcin et al. (2001) mengemukakan bahwa hubungan antara fekunditas dan panjang tubuh ikan Clarias gariepinus berkorelasi lebih lemah dibandingkan hubungan antara fekunditas dengan berat tubuh. Untuk keberhasilan proses reproduksi, ikan mempunyai strategi reproduksi sebagai adaptasi terhadap kondisi perairan yang berfluktuasi. Strategi reproduksi tersebut meliputi mekanisme pemijahan, tempat dan waktu pemijahan yang tepat. Umumnya strategi reproduksi ditujukan untuk terjaminnya keamanan area tempat meletakkan telur, mencari waktu yang tepat untuk ketersediaan makanan yang maksimum untuk anak-anak ikan-ikan nantinya dan menghindari pemangsaan oleh predator terhadap anak-anak ikan (Welcomme 1979).
Ekosistem Sungai Rawa Banjiran Ekosistem sungai rawa banjiran selalu mengalami perubahan karena turun naiknya permukaan perairan oleh curah hujan. Selama musim hujan air terdistribusi hingga ke seluruh dataran banjir (plain), tetapi selama musim kemarau hanya saluran sungai utama dan bagian perairan yang rendah yang tetap tergenang. Kondisi ini memberikan karakteristik pada ekosistem sungai rawa banjiran. Ciri-ciri ekosistem sungai rawa banjiran meliputi saluran sungai, danau banjiran, batas penghalang, aliran sungai yang berkelok membentuk lengkungan cembung atau scroll, rawa, tanggul alami dan rawa yang terbendung atau backswamp (Welcomme 1979). Ciri-ciri geomorfologi utama ekosistem tersebut disajikan pada Gambar 5. Pada ruas sungai utama dan anak sungai utama dapat ditemukan adanya lubuk. Karakter hidrologis lubuk yang umumnya lebih dalam daripada bagian sungai yang lain, menjadikan dedaunan yang gugur ke permukaan sungai akan terkumpul di dasar lubuk. Apalagi bila cukup banyak batu-batuan di lubuk tersebut maka akan menciptakan ruang bagi ikan untuk bersembunyi, sehingga lubuk ini dapat digunakan oleh ikan sebagai tempat berlindung.
14
2 1
3
4
6 5 7
Keterangan : (1) saluran sungai, (2) danau banjiran, (3) batas penghalang, (4) scroll, (5) rawa, (6) tanggul alami, (7) backswamp.
Gambar 5 Ciri-ciri geomorfologi utama sungai rawa banjiran tropis (Welcomme 1979) Genangan akibat limpahan air banjir dari sungai utama atau anak sungai utama di musim hujan yang telah mengalami proses geologis lebih lanjut akan membentuk danau banjiran. Ikan-ikan pada ekosistem sungai rawa banjiran memijah, juga mencari makan dan berlindung pada bagian danau banjiran. Ikan memanfaatkan riparian danau banjiran berupa tegakan rumput terendam dan tegakan hutan rawang, jika tinggi air meningkat dan melimpah dari tebing. Danau banjiran pada umumnya dihubungkan dengan anak sungai utama oleh satu atau dua buah alur penghubung. Tetapi ada juga tipe danau banjiran yang berhubungan dengan ruas sungai utama. Alur penghubung danau banjiran dengan ruas sungai utama seringkali lebih kecil dan mendapat air dari daerah aliran sungai yang
15
posisinya lebih tinggi daripada danau. Danau tipe ini lebih cepat mengalami pendangkalan karena hasil proses erosi yang terbawa aliran sungai utama. Kondisi tersebut menyebabkan danau lebih cepat terputus hubungannya dengan ruas sungai utama di musim kemarau dan paling lambat bersambung lagi dengan sungai utama di musim hujan (Hartoto et al. 1998). Ikan-ikan pada ekosistem sungai rawa banjiran dapat dibagi ke dalam dua kelompok sebagai respon terhadap lingkungan hidupnya yang khas. Kelompok pertama adalah ikan yang menghindari kondisi yang berat di dataran banjir (floodplain) yang merupakan perairan air hitam, dengan bermigrasi jauh ke saluran sungai utama, diistilahkan dengan ikan air putih atau whitefish. Kelompok Cyprinidae, Characoidei, Mormyridae dan beberapa Siluridae melakukan tingkah laku migrasi ini. Kelompok kedua adalah ikan air hitam atau blackfish yang lebih tahan terhadap kondisi perairan yang kurang oksigen dan ruang pergerakannya lebih terbatas dibandingkan dengan ikan air putih. Ikan-ikan ini sering berada di perairan air hitam selama musim kemarau. Jika berpindah ke sungai, ikan-ikan ini tinggal di pinggiran sungai yang bervegetasi atau lubuk di dasar sungai pada musim kemarau. Kelompok Channidae, Anabantidae, Osteoglossidae, Polypteridae dan kebanyakan Siluridae termasuk kelompok ikan air hitam (Welcomme 1979). Sebagian waktu hidup Siluridae dihabiskan di perairan air hitam. Danau banjiran dan rawa gambut termasuk perairan air hitam, dicirikan oleh warna perairan coklat tua sampai kehitaman yang disebabkan oleh adanya asam humat, pH relatif lebih rendah, tetapi tidak keruh atau transparansinya tinggi (Hartoto et al. 1998). Ikan-ikan pada ekosistem sungai rawa banjiran baik whitefish maupun blackfish biasanya memijah pada substrat di areal terbuka, tidak bersifat parental care atau tanpa penjagaan terhadap telur yang sudah dipijahkan. Telur dapat menempel pada substrat tanaman dan subtrat lainnya (fito-litofil), atau menempel pada substrat tanaman yang terendam saja (fitofil). Sebagian besar ikan-ikan siluridae bersifat fitofil. Pola pemijahan ikan ini bersifat total spawner yaitu telurtelur matang secara serentak dan dipijahkan dalam waktu yang pendek. Telur-telur biasanya berukuran kecil dan dipijahkan dalam jumlah yang banyak untuk mengimbangi terbuangnya telur akibat terbawa oleh aliran arus. Pemijahan ikan
16
pada ekosistem sungai rawa banjiran biasanya dilakukan pada saat masuknya musim hujan atau pada fase permulaan flood. Kondisi ini berhubungan dengan proses inundasi area pemijahan (Welcomme 1979). Ekosistem sungai rawa banjiran mempunyai kekayaan maupun variabilitas organisme makanan dan subtratnya. Sumber makanan di ekosistem ini berasal dari dalam sistem akuatik (sumber makanan autohtonous), atau dari luar sistem akuatik (sumber makanan allohtononous). Sumber autohtonous berupa fitoplankton, zooplankton, bentos, perifiton (aufwuchs) dan ikan. Sedangkan sumber allohtonous berupa serangga, daun-daunan, akar, dan biji-bijian dari tumbuhan yang tumbuh di sekitar perairan yang memberikan kontribusi terhadap perairan (Welcomme 1979). Bahan masukan dari luar perairan masuk ke dalam perairan terbawa oleh aliran air pada musim hujan atau oleh angin (Hartoto et al. 1993). Hartoto et al. (1999) mengemukakan bahwa ikan lais K. apogon termasuk ikan karnivora dengan makanan utamanya berupa juvenil ikan. Elvyra (2000) juga mengemukakan bahwa ikan lais K. limpok termasuk ikan karnivora. Utomo et al. (1990) mengemukakan bahwa ikan lais K. micronema termasuk ikan karnivora. Selanjutnya Utomo et al. (1990) juga menjelaskan bahwa saat musim penghujan pada saluran pencernaan ikan lais lebih banyak jenis makanan berupa serangga daripada ikan, sedangkan pada musim kemarau sebaliknya. Hal ini terjadi karena ikan lais pada saat air besar akan menyebar sampai ke daerah lebak yang banyak terdapat serangga.
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan dari bulan September 2006 sampai September 2008 dengan lokasi pengambilan sampel di S. Kampar Provinsi Riau. Penelitian secara keseluruhan terdiri dari : 1)
Penelitian keragaman genetik ikan lais berdasarkan gen sitokrom b DNA mitokondria. Analisisnya dilakukan di laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Studi Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PSHB-LPPM), Institut Pertanian Bogor.
2)
Penelitian biologi reproduksi ikan lais. Analisisnya dilakukan di laboratorium Ekologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Riau.
Prosedur Penelitian a. Lokasi dan Jumlah Sampel Pengambilan sampel ikan lais dan parameter lingkungan dilakukan di S. Kampar Propinsi Riau (Gambar 6 dan Lampiran 2). Sungai Kampar terdiri dari S. Kampar Kanan dan S. Kampar Kiri yang memberikan aliran masuk ke Sungai Kampar. Lokasi penelitian biologi reproduksi dibagi atas 3 stasiun yaitu; Stasiun I : Sungai utama yaitu Langgam (koordinat 00º16’7,17” LU, 101º41’22,72” BT). Stasiun ini merupakan pertemuan S. Kampar Kiri dan S. Kampar Kanan. Lebar S. Langgam ± 125 meter. Lokasi yang dipilih adalah yang berhubungan dengan Danau Sarang Janggut (± lebar 30 meter). Aliran yang menghubungkan sungai dengan Danau Sarang Janggut pada musim kemarau tidak terputus, tetapi dangkal (± 1 meter). Stasiun II : Anak sungai yaitu Segati (koordinat 00º14’30,10” LU, 101º41’12,26” BT). Lebar A. S. Segati ± 70 meter. Lokasi yang dipilih adalah yang berhubungan dengan Danau Sarang Penyangek (± lebar 20 meter). Pada musim kemarau, aliran yang menghubungkan Anak Sungai Segati dengan danau ini terputus.
18
Stasiun III : Danau Kejuit (koordinat 00º15’56,26” LU, 101º42’33,59” BT). Stasiun ini merupakan danau besar (lebar ± 100 meter). Aliran S. Kampar dengan Danau Kejuit pada musim kemarau tidak terputus (kedalaman ± 3 meter). Sket stasiun penelitian disajikan pada Lampiran 3.
U
S. Kampar Kanan S. Langgam
D. Kejuit
I III
S. Kampar Kiri
S. Kampar
A. S. Segati
II Skala 1 : 50.000
Gambar 6 Peta lokasi pengambilan sampel ikan lais dan data lingkungan di Sungai Kampar Riau (Sumber : Bakosurtanal 1984) Ikan lais ditangkap dengan menggunakan jaring insang eksperimental dengan ukuran mata jaring 0,75; 1; 1,25; 1,5; 1,75; 2 inci dan alat tangkap sempirai (perangkap), pada setiap lokasi pengambilan sampel. Jaring insang dipasang di perairan pada jam 18.00 WIB sore dan diangkat kembali pada jam 6.00 WIB pagi hari berikutnya, sedangkan sempirai dipasang di perairan selama dua hari dua malam. Pengidentifikasian ikan lais menggunakan kunci identifikasi berdasarkan Kottelat et al. (1993); Ng (2001); Ng (2003); Ng dan Tan (2004) dan FishBase (2008). Untuk tahap penelitian keragaman genetik, sampel otot ikan lais diawetkan dengan alkohol absolut, selanjutnya sampel tersebut dibawa ke laboratorium untuk dilakukan isolasi dan purifikasi DNA totalnya.
19
Tabel 2 Daftar jenis, lokasi, jumlah dan bulan pengambilan sampel yang digunakan pada penelitian Tahap Keragama n genetik
Jenis K. limpok
K. schilbeides
K apogon
O. eugeneiatus
O. hypophthalmus
Biologi reproduksi
O. hypophthalmus
Lokasi 1. Buluh Cina (Kampar Kanan), 2. Mentulik (Kampar Kiri), 3. Langgam (Kampar) 1. Buluh Cina (Kampar Kanan), 2. Mentulik (Kampar Kiri), 3. Langgam (Kampar) 1. Buluh Cina (Kampar Kanan), 2. Mentulik (Kampar Kiri), 3. Langgam (Kampar) 1. Buluh Cina (Kampar Kanan), 2. Mentulik (Kampar Kiri), 3. Langgam (Kampar) 1. Buluh Cina (Kampar Kanan), 2. Mentulik (Kampar Kiri), 3. Langgam (Kampar), 4. Segati (Kampar), 5. Kejuit (Kampar) 3 stasiun di S. Kampar : 1. Langgam (sungai), 2. Segati (anak sungai), 3. Kejuit (danau)
Jumlah 3 individu
Keterangan Pengambilan sampel : Januari 2007
3 individu
Pengambilan sampel : Mei 2007
3 individu
Pengambilan sampel : Mei 2007
3 individu
Pengambilan sampel : April 2007
5 individu
Pengambilan sampel : Januari 2007
Jumlah individu tertangkap/stasiu n /bulan, jika>100 diambil 30 individu/stasiun /bulan
Pengambilan sampel : 1 x sebulan selama 13 bulan (Januari 2007-Januari 2008)
Ikan lais yang dipilih untuk penelitian biologi reproduksi hanya satu jenis saja yaitu O. hypophthalmus. Pemilihan ini berdasarkan jenis yang mempunyai tipe ukuran tubuh besar (berdaging tebal) dan jenis yang selalu bisa didapatkan setiap bulannya di S. Kampar, dibandingkan jenis-jenis ikan lais lainnya. Pengambilan sampel ikan lais untuk tahap penelitian biologi reproduksi dilakukan sekali setiap bulan selama satu tahun. Sampel ikan lais diambil pada setiap lokasi penelitian. Apabila yang tertangkap lebih dari 100 ekor, diambil 30 ekor ikan lais yang terdiri
20
dari kelompok ukuran kecil, sedang dan besar masing-masing 10 ekor. Apabila yang tertangkap kurang dari 100 ekor, maka diambil semua dari jumlah yang tertangkap. Pengukuran parameter lingkungan juga dilakukan sekali setiap bulan selama satu tahun (dilakukan setelah pengambilan sampel ikan lais) di setiap lokasi pengambilan sampel ikan lais. Aspek biologi reproduksi yang diteliti pada ikan lais jantan dan betina meliputi perkembangan gonad, ukuran ikan matang gonad, musim pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan, potensi reproduksi dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi ikan lais. Khusus untuk pemeriksaan diameter telur dan fekunditas dilakukan terhadap ikan lais betina yang matang gonad.
b. Penelitian Keragaman Genetik Penelitian keragaman genetik ikan lais dilakukan berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino dari gen sitokrom b DNA mitokondria. Tujuan penelitian adalah untuk mengkaji keragaman genetik ikan lais di S. Kampar berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino dari gen sitokrom b DNA mitokondria yang meliputi penanda genetik dan hubungan kekerabatan. Analisis keragaman genetik dilakukan terhadap O. hypophthalmus dari S. Kampar Kanan (Buluh Cina), S. Kampar Kiri (Mentulik), S. Kampar (Langgam, Segati, Kejuit). Analisis keragaman genetik juga dilakukan terhadap ikan lais lainnya yaitu O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K. apogon yang berasal dari S. Kampar Kanan, S. Kampar Kiri dan S. Kampar (Tabel 2).
b.1 Isolasi DNA Total Otot ikan lais diambil dalam bentuk potongan kecil dan dicacah halus. Sampel otot tersebut dimasukkan ke dalam tabung polietilen, kemudian ditambahkan dengan larutan digestion buffer sebanyak 500 l (komposisi larutan disajikan pada Lampiran 4), selanjutnya sampel dihancurkan sampai halus dengan pengaduk gelas di dalam tabung polietilen. Setelah sampel cukup halus, ditambahkan lagi larutan digestion buffer 250 l, digoyang sebentar, dan diinkubasi pada inkubator dengan suhu 55ºC selama semalam, setelah itu disentrifugasi
21
dengan kecepatan 6500 rpm selama beberapa detik, kemudian supernatannya dipindahkan ke tabung polietilen baru (Duryadi 1993).
b.2 Purifikasi DNA Total Sampel yang sudah diinkubasi ditambah fenol sebanyak 500 l, digoyang sampai tercampur rata, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 3 menit. Supernatan dipindahkan ke tabung polietilen baru, kemudian ditambahkan kloroform iso amil alkohol sebanyak 500
l, digoyang sampai
tercampur rata dan disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 3 menit. Supernatan (cairan bagian atas) dipindahkan ke tabung polietilen baru dan ditambahkan etanol absolut dingin sebanyak 2 kali volume sampel, digoyang sebentar, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 5 menit. Selanjutnya etanol absolut dalam tabung polietilen tersebut dibuang, endapan (pelet) yang tinggal dalam tabung polietilen ditambahkan dengan etanol 70% sebanyak 500 l, digoyang sebentar dan disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama 5 menit, kemudian DNA yang diperoleh dikeringkan di udara terbuka. Setelah itu DNA ditambahkan dengan larutan TE (Tris HCl - EDTA) sebanyak 100 l (komposisi larutan disajikan pada Lampiran 4), digoyang sebentar, selanjutnya diinkubasi pada inkubator dengan suhu 37ºC selama 15 menit. Sampel DNA disimpan pada suhu 4ºC (Duryadi 1993).
b.3 Elektroforesis Hasil Purifikasi DNA Total Hasil purifikasi dimigrasikan pada gel agarose 1,2% dalam larutan 1xTBE (Tris base - Boric acid - EDTA, komposisi larutan disajikan pada Lampiran 4) dengan menggunakan piranti Submarine Electrophoresis (Hoefer, USA). DNA total divisualisasikan dengan bantuan UV transluminator (
= 300 nm),
menggunakan gel yang diwarnai dengan etidium bromida (0,5 g/ml).
b.4 Penyeleksian Primer Primer didisain berdasarkan data runutan gen sitokrom b DNA utuh Kryptopterus minor dari data GenBank (kode akses AY458895) (Lampiran 6).
22
Penyeleksian primer dilakukan dengan menggunakan program primer 3 output (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www_results.cgi). Urutan dari primer forward CBKR1 adalah 5’ cccgaaaaactcacccctta 3’, sedangkan urutan primer reverse CBKR2 adalah 5’ atagcccggttagagggttt 3’, yang menghasilkan produk gen sitokrom b sepanjang 1104 pb.
b.5 Amplifikasi Gen Sitokrom b DNA Mitokondria DNA total hasil purifikasi digunakan sebagai DNA cetakan untuk proses amplifikasi. Amplifikasi gen sitokrom b DNA mitokondria menggunakan mesin GeneAmpRPCR system 2400 (Perkin Elmer). Strategi amplifikasi dan komposisi campuran larutan menggunakan metode Duryadi (1993). Kondisi PCR yang digunakan adalah pra PCR dengan suhu 94ºC selama 5 menit; PCR: denaturasi dengan suhu 94ºC selama 30 detik, penempelan dengan suhu 51ºC selama 45 detik, pemanjangan dengan suhu 72ºC selama 60 detik (sebanyak 35 siklus); dan post PCR dengan suhu 72ºC selama 5 menit.
b.6 Elektroforesis Hasil Amplifikasi PCR Hasil amplifikasi dimigrasikan pada gel agarose 1,2% dalam larutan 1xTBE dengan menggunakan piranti Submarine Electrophoresis (Hoefer, USA). Hasil PCR ini divisualisasi dengan bantuan UV transluminator (
= 300 nm)
menggunakan gel yang diwarnai dengan etidium bromida (0,5 g/ml).
b.7 Perunutan DNA a) DNA produk PCR dipurifikasi dengan kit purifikasi, kemudian digunakan sebagai cetakan untuk perunutan. b) Amplifikasi untuk perunutan dengan kondisi PCR yaitu pra PCR (denaturasi) dengan suhu 94ºC selama 5 menit; PCR: denaturasi dengan suhu 94ºC selama 30 detik, penempelan dengan suhu 51ºC selama 45 detik, pemanjangan dengan suhu 60ºC selama 60 detik (sebanyak 35 siklus); dan post PCR dengan suhu 60ºC selama 5 menit.
23
c) Perunutan sampel DNA dengan kit perunutan DNA, menggunakan mesin perunut DNA automatis Bio Trace model 3100 (USA).
b.8 Analisis Data Keragaman Genetik a) Sisi homolog dari runutan-runutan basa nukleotida maupun runutan asam amino gen sitokrom b DNA mitokondria ikan lais yang diperoleh, kemudian disejajarkan (multiple allignment) yang dibandingkan dengan runutan-runutan gen sitokrom b Kryptopterus dan Ompok dari data GenBank baik yang utuh maupun parsial (Lampiran 14). Runutan asam amino diterjemahkan mengikuti kode genetik DNA mitokondria untuk vertebrata (Lampiran 15). b) Analisis keragaman genetik yang meliputi penanda genetik dan hubungan kekerabatan ikan lais berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino, dilakukan menggunakan program MEGA versi 4,0 (Tamura et al. 2007) dengan metode bootstrapped Neighbor Joining dengan 1000 kali pengulangan.
c. Penelitian Biologi Reproduksi Penelitian aspek biologi reproduksi dilakukan terhadap ikan lais O. hypophthalmus. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji aspek biologi reproduksi ikan lais yang meliputi perkembangan gonad secara morfologis dan histologis, ukuran ikan matang gonad, musim pemijahan, lokasi pemijahan, pola pemijahan dan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi. Khusus untuk pemeriksaan diameter telur dan fekunditas dilakukan terhadap ikan lais betina yang matang gonad.
c.1 Perkembangan Gonad Perkembangan gonad diteliti berdasarkan tingkat kematangan gonad (TKG) secara morfologis dan histologis. Tingkat kematangan gonad secara morfologis untuk ikan lais betina dan jantan dianalisis berdasarkan modifikasi Cassie (Effendie 1992). Tingkat kematangan gonad secara histologis untuk ikan lais betina dan jantan dianalisis berdasarkan Chinabut et al. (1991).
c.2 Indeks Kematangan Gonad Indeks kematangan gonad (IKG) individu ikan lais dihitung dengan menggunakan persamaan : Bg IKG =
x 100 Bt
Keterangan : IKG = Indeks kematangan gonad (%) Bg
= Berat gonad (g)
Bt
= Berat tubuh (g)
c.3 Nisbah Kelamin Nisbah kelamin atau perbandingan antara jumlah ikan lais betina dan jantan pada setiap lokasi dan bulan pengambilan sampel, dapat dihitung dengan menggunakan rumus : X = B:J Keterangan : X = Nisbah kelamin B = Jumlah ikan betina (ekor) J = Jumlah ikan jantan (ekor)
c.4 Fekunditas Masing-masing ovari ikan lais yang matang gonad dibagi menjadi tiga bagian subsampel (bagian anterior, tengah dan posterior), kemudian jumlah telurnya dihitung satu persatu. Fekunditas total dihitung dengan menggunakan persamaan : G x f FT = g Keterangan : FT = Fekunditas total G
= Berat gonad (g)
f
= Jumlah telur dalam subsampel gonad (butir)
g
= Berat subsampel gonad (g)
25
c.5 Diameter Telur Telur-telur yang diukur diameternya, diambil dari masing-masing ovari yang dibagi menjadi tiga bagian subsampel (bagian anterior, tengah dan posterior, yaitu masing-masing 50 butir). Diameter telur diukur dengan menggunakan mikrometer okuler pada mikroskop.
c.6 Kondisi Lingkungan Untuk menentukan keterkaitan kondisi lingkungan terhadap reproduksi ikan lais, dapat dilakukan pengukuran terhadap beberapa parameter fisika kimia air (Tabel 3). Pengukuran parameter fisika kimia air dilakukan di stasiun S. Langgam, A.S. Segati dan pangkal D. Kejuit pada jam 8.00-10.00 WIB pagi, setelah pengambilan sampel ikan lais. Pengukuran suhu, kekeruhan, kecepatan arus, pH, alkalinitas dan oksigen terlarut dilakukan pada bagian permukaan sampai kedalaman 25 cm dari permukaan perairan. Tabel 3
Parameter fisika kimia air yang berperan dalam reproduksi ikan lais Ompok hypophthalmus
Parameter Fisika Suhu Kekeruhan Kedalaman Kecepatan arus Curah hujan Kimia PH Alkalinitas Oksigen terlarut
Alat dan Metode
Satuan
Lokasi
Termometer Turbiditimeter Tongkat berskala Pelampung dan tali Data sekunder
C NTU M M/dt mm/bulan
Insitu Insitu Insitu Insitu -
pH meter Titrasi DO meter
mg/L CaCO3 mg/L
Insitu Insitu Insitu
Kualitas lingkungan perairan di setiap stasiun pengamatan ditentukan dengan cara skoring. Hasil pengukuran beberapa parameter fisika-kimia air yang diperoleh, dibandingkan dengan penelitian-penelitian pada ekosistem sungai rawa banjiran yang telah dilakukan oleh Awalina dan Hartoto (2000); Elvyra (2000); Hartoto (2000a); Hartoto (2000b); Simanjuntak (2007) dan Utomo et al. (2008);
26
sedangkan parameter alkalinitas dibandingkan dengan standar soft waters menurut Boyd (1990). Tahapan untuk menentukan kualitas lingkungan perairan dengan cara skoring adalah sebagai berikut : 1) Dari data hasil pengukuran parameter di seluruh stasiun pengamatan dtentukan nilai rataan minimum dan maksimum yang tercatat selama penelitian. Selanjutnya dibandingkan dengan hasil penelitian-penelitian yang ada di ekosistem sungai rawa banjiran dan ditentukan nilai jangkauannya, kemudian nilai jangkauan ini dibagi menjadi 5 interval yang sama. 2) Setiap interval diberi skor yaitu 1-5. Nilai optimum diberi skor 5. Semakin jauh dengan nilai optimum, semakin berkurang skornya. Lebih jelasnya dapat dilihat cara pemberian skor di bawah ini: nilai optimum
1
2
3
4
5
4
3
2
1
Keterangan : angka dalam kotak adalah skor yang diberikan
3) Selanjutnya nilai rata-rata parameter yang diukur di setiap stasiun pengamatan dikaji termasuk ke dalam interval yang mana, dengan skor yang sudah ditetapkan di atas. 4) Jumlah skor setiap parameter yang dinilai di setiap stasiun pengamatan dihitung dan ditentukan status kualitas perairannya dengan cara membandingkan terhadap nilai rata-rata kualitas perairan dari 3 stasiun pengamatan. 5) Jika nilai jumlah skor < dari nilai rata-rata kualitas perairan 3 stasiun pengamatan, maka termasuk kategori kualitas perairan rendah. Jika jumlah skor > dari nilai rata-rata kualitas perairan 3 stasiun pengamatan, maka termasuk kategori tinggi.
c.7 Analisis Data Biologi Reproduksi 1) Perkembangan gonad secara morfologis dan histologis serta nisbah kelamin dianalisis karakteristiknya.
27
2) Ukuran ikan matang gonad dianalisis berdasarkan data tingkat kematangan gonad dikaitkan dengan data ukuran ikan lais betina dan jantan. 3) Musim pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data tingkat kematangan gonad dan indeks kematangan gonad, dikaitkan dengan bulan pengambilan sampel selama satu tahun. 4) Lokasi pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data tingkat kematangan gonad dan indeks kematangan gonad, dikaitkan dengan lokasi pengambilan sampel di Sungai Kampar. 5) Pola pemijahan ikan lais dianalisis berdasarkan data ciri tingkat kematangan gonad, indeks kematangan gonad, dan diameter telur ikan lais betina yang matang gonad. 6) Ukuran diameter telur dibandingkan antara ovari bagian anterior, tengah maupun posterior dengan uji Mann-Whitney menggunakan program Minitab versi 14. 7) Hubungan antara fekunditas dengan panjang total dan berat tubuh ikan lais dianalisis dengan hubungan regresi-korelasi menggunakan program Minitab versi 14. 8) Data fisika kimia air dari masing-masing stasiun penelitian dibandingkan dengan uji Mann-Whitney menggunakan program Minitab versi 14 dan dianalisis keterkaitannya terhadap reproduksi ikan lais, kemudian dilakukan skoring untuk menentukan kualitas lingkungan perairan.
HASIL DAN PEMBAHASAN Keragaman Genetik Ikan Lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Berdasarkan Gen Sitokrom b
Amplifikasi dan Perunutan Gen Sitokrom b Jenis ikan lais yang diperoleh dari S. Kampar Riau terdiri dari O. hypophthalmus, O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K. apogon (Lampiran 5). DNA total telah diisolasi dari cuplikan otot semua jenis ikan lais tersebut. Hasil isolasi DNA total ikan lais digunakan sebagai cetakan untuk amplifikasi gen sitokrom b DNA mitokondria dengan teknik PCR. Amplifikasi gen sitokrom b menggunakan primer forward CBKR1 dan primer reverse CBKR2. Amplifikasi menghasilkan fragmen gen sitokrom b berukuran 1104 pb pada semua jenis ikan lais. Profil DNA hasil amplifikasi disajikan pada Gambar 7.
1104 pb 1000 pb
1
2 3 4 5 6 7 8
9
Gambar 7 Profil DNA Ompok dan Kryptopterus hasil amplifikasi menggunakan pasangan primer CBKR1 dan CBKR2 Keterangan: (1 dan 9) DNA penanda 1 kb; (2-4) O. hypophthalmus; (5) O. eugeneiatus; (6) K. apogon; (7) K. schilbeides; (8) K. limpok Posisi penempelan primer yang mengamplifikasi fragmen gen sitokrom b ikan lais (1104 pb) disajikan pada Gambar 8 dan Lampiran 6. Berdasarkan runutan gen sitokrom b utuh (1141 pb) K. minor (GenBank 2009 kode akses AY458895;
29
Wilcox et al., 2004) yang digunakan sebagai pembanding, fragmen ini terletak di dalam gen sitokrom b yaitu pada basa ke-8 sampai dengan basa ke-1111 dari ujung 3’ gen sitokrom b. Fragmen ini diapit oleh primer CBKR1 dan CBKR2. Skema posisi penempelan primer CBKR1 dan CBKR2 pada gen sitokrom b disajikan pada Gambar 8. Sitokrom b (1141 pb) 1104 pb
7 pb CBKR1
86 nt
Gambar 8
30 pb CBKR2
927 nt
91 nt
Skema posisi penempelan primer CBKR1 dan CBKR2, fragmen gen sitokrom b DNA mitokondria ikan lais yang teramplifikasi (1104 pb) dan runutan hasil penjajaran berganda (927 nt), dengan acuan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (1141 pb)
Runutan DNA diperoleh dari hasil penjajaran berganda yaitu sepanjang 927 nukleotida (Lampiran 7), pada posisi ke-94 sampai dengan posisi ke-1020 berdasarkan acuan gen sitokrom b utuh K. minor sepanjang 1141 nukleotida (GenBank). Bagian runutan fragmen yang tidak terbaca yaitu 86 nukleotida dari ujung 3’ primer CBKR1 dan 91 nukleotida dari ujung 5’ primer CBKR2 (Gambar 8). Dari 927 nukleotida tersebut mentranslasikan 309 asam amino (Lampiran 8), yang terletak pada posisi ke-32 sampai dengan asam amino ke-340 dari ujung 3’, berdasarkan acuan asam amino utuh sepanjang 380 asam amino hasil translasi gen sitokrom b K. minor (data GenBank dengan kode akses AY458895).
Keragaman Runutan Asam Amino Dari 309 asam amino hasil translasi 927 nukleotida pada gen sitokrom b parsial Ompok spp. dan Kryptopterus spp. (Lampiran 7 dan 8), terdiri dari 32 situs asam amino bersifat kekal, 224 situs asam amino bersifat sinonimous dan 53 situs asam amino bersifat non sinonimous. Perubahan asam amino yang terjadi sebagian
30
besar adalah bersifat asam amino sinonimous (substitusi silent). Rasio antara situs asam amino kekal, asam amino sinonimus dan asam amino non sinonimus disajikan pada Tabel 4. Tabel 4 Rasio antara situs asam amino total, asam amino kekal, asam amino sinonimous dan asam amino non sinonimous pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Situs Asam Amino
Rasio
Persentase
Kekal / Total Sinonimous / Total Non sinonimous / Total
32 / 309 224 / 309 53 / 309
10,3% 72,5% 17,2%
Total
100%
Keterangan: Situs kekal = nukleotida dan asam amino tidak berubah; sinonimous = nukleotida berubah tetapi asam aminonya tetap; non sinonimous = nukleotida berubah menyebabkan asam amino berubah
Dari 53 situs asam amino non sinonimous (Lampiran 8), situs asam amino ke-124 dapat dijadikan sebagai penanda genetik untuk membedakan Ompok spp. dan Kryptopterus spp. (Tabel 5). Asam amino yang dapat membedakan Ompok spp. dan Kryptopterus spp. pada situs ke-124 yaitu Ompok spp. ditandai oleh asam amino M (metionin) dan I (isoleusin), sedangkan Kryptopterus spp. sebagian besar ditandai oleh asam amino V (valin). Situs asam amino yang dapat membedakan jenis-jenis dalam genus Ompok dan Kryptopterus dari S. Kampar disajikan pada Tabel 6 dan Tabel 7. Ada 6 situs asam amino dari 53 asam amino non sinonimous yang memiliki pola spesifik penanda jenis dalam genus Kryptopterus dari S. Kampar dan 7 situs asam amino memiliki pola spesifik dalam genus Ompok dari S. Kampar. Dari 6 situs asam amino yang memiliki pola spesifik dalam genus Kryptopterus tersebut, dua situs asam amino yaitu situs ke-50 dan ke-162 baik yang berasal dari S. Kampar maupun data GenBank, mencirikan penanda populasi K. schilbeides dan K. limpok.
31
Tabel 5 Situs asam amino sebagai penanda genetik yang membedakan Kryptopterus spp. dan Ompok spp. (dari 53 asam amino non sinonimous) pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Asam amino ke124 (155) M*
Jenis K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. O. O. O. O. O. O. O. O. O. O.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB) eugeneiatus (Kampar 1) eugeneiatus (Kampar 2) eugeneiatus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 1) hypophthalmus (Kampar 2) hypophthalmus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 4) hypophthalmus (Kampar 5) bimaculatus (GB) miostoma (GB)
V V V V V V V V V V V M* V V M M M M M M M M I** I**
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB); * = asam amino tidak sama dengan Kryptopterus lainnya; ** = asam amino tidak sama dengan Ompok lainnya
Asam amino pada situs ke-50 yaitu I (isoleusin) merupakan penanda genetik populasi K. schilbeides baik yang berasal dari S. Kampar (dengan triplet kodon ATC) (Tabel 6) maupun dari data GenBank (dengan triplet kodon ATT), pada jenis Kryptopterus lainnya sebagian besar menyandikan L (leusin) dengan triplet kodon (CTC, CTG, CTA, CTT). Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transversi dari C (sitosin) menjadi A (adenin) pada posisi kodon pertama dari triplet kodon (nukleotida ke-148). Asam amino pada situs ke-162 yaitu V (valin) dengan triplet kodon GTA merupakan penanda genetik populasi K. limpok baik yang berasal dari S. Kampar maupun dari data GenBank, pada jenis
32
Kryptopterus lainnya sebagian besar menyandikan A (alanin) dengan triplet kodon GCC atau GCA. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari C (sitosin) menjadi T (timin) pada posisi basa kedua dari triplet kodon (nukleotida ke-485). Tabel 6 Situs asam amino sebagai penanda genetik spesifik (dari 53 situs asam amino non sinonimous) pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Kryptopterus spp. S. Kampar Riau dengan pembanding data GenBank
Jenis
K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB) Jenis
Basa nukleotida ke↓111 333 444 555 555 445 889 888 233 566 890 890 456 901 901
666 111 678
Triplet kodon ke50 130 162 177 187 206 (81)(161)(193)(208)(218)(237) CTC CAA GCC ACA TCT GCT CTG CAA GTA ACC TCC GCC CTA GAA GTA ACC TCC ACC CTA GAA GTA ACC TCC ACC CTA GAA GTA ACC TCC ACC ATT CAA GCA ACA ACC GCC ATC CAA GCA GCA CCA GCC ATC CAA GCA GCA CCA GCC ATC CAA GCA GCA CCA GCC CTA CAA GCA ATC TCC GCC CTA CAA GCA ATC TCC GCC CTA CAA GCA ATC TCC GCC CTC CAA GCC ACA TCT GCT CTT CAA ACA ACC TCA GCC TTC CAA GCA ACC TCC GCC 50
Asam amino ke130 162 177 187
206
(81) (161) (193) (208) (218)(237)
K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB)
L L L L L I I I I L L L L L F
Q Q* E E E Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q
A V V V V A A A A A A A A T A
T T T T T T** A A A I I I T T T
S S S S S T** P P P S S S S S S
A A* T T T A A A A A A A A A A
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan situs berdasarkan sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB); * = asam amino K. limpok (GB) tidak sama dengan K. limpok (Kampar); ** = asam amino K. schilbeides (GB) tidak sama dengan K. schilbeides (Kampar)
33
Penanda interspesies pada genus Kryptopterus dari S. Kampar dapat dicirikan dari situs asam amino spesifik. Ada 2 situs asam amino yang mencirikan penanda genetik spesifik yang hanya dipunyai oleh jenis K. limpok dari S. Kampar saja yaitu pada situs ke-130 dan situs ke-206. Asam amino ke-130 yaitu E (glutamic acid) hanya dipunyai oleh K. limpok S. Kampar dengan triplet kodon GAA, pada jenis Kryptopterus lainnya di situs ini menyandikan Q (glutamin) dengan triplet kodon CAA. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transversi dari C (sitosin) menjadi G (guanin) pada kodon posisi pertama dari triplet kodonnya (nukleotida ke-388). Asam amino ke-206 yaitu T (treonin) hanya dipunyai oleh K. limpok S. Kampar dengan triplet kodon ACC, pada jenis Kryptopterus lainnya di situs ini menyandikan A (alanin) dengan triplet kodon GCT dan GCC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari G (guanin) menjadi A (adenin) pada kodon posisi pertama dari triplet kodonnya (nukleotida ke-616). Sementara itu, 2 situs asam amino mencirikan penanda genetik spesifik yang hanya dipunyai oleh jenis K. schilbeides dari S. Kampar, penandanya pada situs asam amino ke-177 dan situs ke-187. Asam amino ke-177 yaitu A (alanin) hanya dipunyai oleh K. schilbeides S. Kampar dengan triplet kodon GCA, sedangkan pada jenis Kryptopterus lainnya sebagian besar menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACA atau ACC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari A (adenin) menjadi G (guanin) pada kodon posisi pertama dari triplet kodonnya (nukleotida ke-529). Asam amino ke-187 yaitu P (prolin) hanya dipunyai oleh K.schilbeides S. Kampar dengan triplet kodon CCA, pada jenis Kryptopterus lainnya di situs ini sebagian besar menyandikan S (serin) dengan triplet kodon TCT, TCC dan TCA. Dengan demikian berarti sebagian besar telah terjadi substitusi transisi dari T (timin) menjadi C (sitosin) pada kodon posisi pertama dari triplet kodonnya (nukleotida ke-559). Pada jenis K. apogon, tidak didapatkan runutan standarnya dari GenBank, oleh karena itu data yang didapatkan murni dari hasil penelitian. Ada 1 situs asam amino pada jenis K. apogon yang memiliki pola spesifik yaitu Isoleusin (I) pada situs ke-177. Asam amino ke-177 yaitu I (isoleusin) hanya dipunyai oleh K. apogon
34
S. Kampar dengan triplet kodon ATC, sedangkan pada jenis Kryptopterus lainnya sebagian besar menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACA atau ACC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari C (sitosin) menjadi T (timin) pada kodon posisi kedua dari triplet kodonnya (nukleotida ke-530). Tabel 7 Situs asam amino sebagai penanda genetik spesifik pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dari S. Kampar Riau dengan pembanding data GenBank
Jenis
O. O. O. O. O. O. O. O. O. O.
eugeneiatus (Kampar 1) eugeneiatus (Kampar 2) eugeneiatus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 1) hypophthalmus (Kampar 2) hypophthalmus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 4) hypophthalmus (Kampar 5) bimaculatus (GB) miostoma (GB) Jenis
Basa nukleotida ke↓333 555 666 666 666 888 888 777 233 111 222 222 666 888 678 901 678 234 567 567 345 Situs triplet kodon ke126 177 206 208 209 289 295 (157)(208)(237)(239)(240)(320)(326) GAC ATC ACC ACA GCT TCC GCC GAC ATC ACC ACA GCT TCC GCC GAC ATC ACC ACA GCT TCC GCC AAC ACA GCC GCA ACC GCC ACC AAC ACA GCC GCA ACC GCC ACC AAC ACA GCC GCA ACC GCC ACC AAC ACA GCC GCA ACC GCC ACC AAC ACA GCC GCA ACC GCC ACC GAT ACA GCC ACA ACC GCC ACA GAT ACC GCC ACA ATC GCC ACA Situs asam amino ke126 177 206 208 209 289 295 (157)(208)(237)(239)(240)(320)(326) D I T T A S A . D I T T A S A . D I T T A S A . N T A A T A T N T A A T A T N T A A T A T N T A A T A T N T A A T A T D T A T T A T D T A T I A T
O. eugeneiatus (Kampar 1) O. eugeneiatus (Kampar 2) O. eugeneiatus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 1) O. hypophthalmus (Kampar 2) O. hypophthalmus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 4) O. hypophthalmus (Kampar 5) O. bimaculatus (GB) O. miostoma (GB) Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan situs berdasarkan sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
Pada jenis O. hypophthalmus dan O. eugeneiatus tidak didapatkan runutan standarnya dari data GenBank, kecuali untuk O. bimaculatus dan O. miostoma, oleh karena itu data yang didapatkan murni dari hasil penelitian ini. Penanda interspesies pada genus Ompok dari S. Kampar dapat dicirikan dari situs asam amino spesifik. Ada 7 situs asam amino yang dapat dijadikan sebagai penanda
35
genetik spesifik jenis-jenis dalam genus Ompok dari S. Kampar (Tabel 7). Dari 7 situs asam amino tersebut, 2 situs asam amino memiliki pola spesifik pada jenis O. hypophthalmus yaitu situs ke-126 dan situs ke-208 yang berbeda dengan jenis lainnya. Asam amino ke-126 yaitu N (asparagin) hanya dipunyai oleh O. hypophthalmus S. Kampar dengan triplet kodon AAC, pada jenis Ompok lainnya menyandikan D (aspartic acid) dengan triplet kodon GAC dan GAT. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari G (guanin) menjadi A (adenin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (nukleotida ke-376). Asam amino ke208 yaitu A (alanin) hanya dipunyai oleh O. hypophthalmus S. Kampar dengan triplet kodon GCA, pada jenis lainnya menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACA. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari A (adenin) menjadi G (guanin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (nukleotida ke-622). Sementara itu, O. eugeneiatus berbeda dengan jenis lainnya pada situs asam amino ke-177, 206, 209, 289 dan 295. Asam amino ke-177 yaitu I (isoleusin) hanya dipunyai oleh O. eugeneiatus S. Kampar dengan triplet kodon ATC, pada jenis Ompok lainnya menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACA dan ACC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari C (sitosin) menjadi T (timin) pada posisi kodon 2 dari triplet kodonnya (nukleotida ke-530). Asam amino ke-206 yaitu T (treonin) hanya dipunyai oleh O. eugeneiatus S. Kampar dengan triplet kodon ACC, pada jenis Ompok lainnya menyandikan A (alanin) dengan triplet kodon GCC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari G (guanin) menjadi A (adenin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (nukleotida ke-616). Asam amino ke-209 yaitu A (alanin) hanya dipunyai oleh O. eugeneiatus S. Kampar dengan triplet kodon GCT, pada Ompok jenis lainnya sebagian besar menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari A (adenin) menjadi G (guanin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (nukleotida ke-625). Asam amino ke289 yaitu S (serin) hanya dipunyai oleh O. eugeneiatus S. Kampar dengan triplet kodon TCC, pada jenis Ompok lainnya menyandikan A (alanin) dengan triplet kodon GCC. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transversi dari G
36
(guanin) menjadi T (timin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (basa ke865). Asam amino ke-295 yaitu A (alanin) hanya dipunyai oleh O. eugeneiatus S. Kampar dengan triplet kodon GCC, pada jenis Ompok lainnya menyandikan T (treonin) dengan triplet kodon ACC dan ACA. Dengan demikian berarti telah terjadi substitusi transisi dari A (adenin) menjadi G (guanin) pada posisi kodon 1 dari triplet kodonnya (basa ke-883). Situs-situs spesifik tesebut dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk mengidentifikasi kemurnian genetik ikan lais dari S. Kampar apabila akan dilakukan usaha konservasi sumber daya genetiknya. Perbedaan asam amino pada gen sitokrom b ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. disajikan pada Tabel 8 dan 9. Tabel 8 Matrik perbedaan jumlah asam amino dari 309 asam amino pada gen sitokrom b parsial Kryptopterus spp. Jenis
[1]
[2] [3] [4] [5]
[6] [7]
[8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15]
[ 1] K. min(GB) [ 2] K. limp(GB) [ 3] K. limp(Kampar 1) [ 4] K. limp(Kampar 2) [ 5] K. limp(Kampar 3) [ 6] K. schi(GB) [ 7] K. schi(Kampar 1) [ 8] K. schi(Kampar 2) [ 9] K. schi(Kampar 3) [10] K. apo(Kampar 1) [11] K. apo(Kampar 2) [12] K. apo(Kampar 3) [13] K. bici(GB) [14] K. cryp(GB) [15] K. macro(GB)
10 8 10 9 13 12 12 12 12 11 11 1 23 13
6 8 7 16 13 13 13 13 12 12 11 24 14
10 10 10 16 15 15 14 27 14
- . 0 11 10 10 13 27 9
- . 2 1 14 11 11 11 13 12 12 9 24 14
- . 1 16 13 13 13 15 14 14 11 26 16
- . 15 12 12 12 14 13 13 10 25 15
- . 0 0 11 10 10 13 27 9
- . 11 10 10 13 27 9
- . 3 3 13 24 12
- . 2 - . 12 12 23 23 24 11 11 14
27
-
Keterangan: K. min = K. minor; K. limp = K. limpok; K. schi = K. schilbeides; K. apo = K. apogon; K. bici = K. bicirrhis; K. cryp = K. cryptopterus; K. macro = K. macrocephalus
Perbedaan asam amino pada gen sitokrom b ikan lais secara intraspesies antara K. limpok dari S. Kampar dengan K. limpok data GenBank berbeda sebanyak 6-8 asam amino (1,9%-2,6%) dari 309 asam amino, sedangkan perbedaan asam amino di antara K. limpok S. Kampar adalah 1-2 asam amino (0,3%-0,6%). Perbedaan asam amino antara K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank berbeda sebanyak 10 asam amino (3,2%), sedangkan di
37
antara K. schilbeides S. Kampar tidak terjadi perbedaan asam amino. Perbedaan asam amino di antara K. apogon S. Kampar adalah 2-3 asam amino (0,6%-1%). Secara keseluruhan di antara jenis-jenis dalam genus Kryptopterus spp., perbedaan asam amino paling banyak terjadi antara K. cryptopterus (GenBank) dengan K. schilbeides dan antara K. macrocephalus (GenBank) dengan K. cryptopterus (GenBank) yaitu sebanyak 27 asam amino (8,7%). Tabel 9 Matrik perbedaan jumlah asam amino dari 309 asam amino pada gen sitokrom b parsial Ompok spp. Jenis
[ 1] O. eugeneiatus (Kampar 1) [ 2] O. eugeneiatus (Kampar 2) [ 3] O. eugeneiatus (Kampar 3) [ 4] O. hypophthalmus (Kampar 1) [ 5] O. hypophthalmus (Kampar 2) [ 6] O. hypophthalmus (Kampar 3) [ 7] O. hypophthalmus (Kampar 4) [ 8] O. hypophthalmus (Kampar 5) [ 9] O. bimaculatus (GB) [10] O. miostoma (GB)
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]
[8]
- . 0 - . 0 0 - . 7 7 7 - . 8 8 8 1 - . 7 7 7 0 1 - . 7 7 7 0 1 0 - . 11 11 11 4 5 4 4 - . 12 12 12 9 9 9 9 13 12 12 12 10 10 10 10 14
[9] [10]
3
-
Perbedaan asam amino tidak terjadi antara O. eugeneaitus S. Kampar (intraspesies). Sementara itu, perbedaan asam amino antara O. hypophthalmus S. Kampar (intraspesies) adalah sebanyak 0-5 asam amino (0%-1,6%) dari 309 asam amino. Secara keseluruhan di antara jenis-jenis dalam genus Ompok spp., perbedaan asam amino paling banyak terjadi antara O. miostoma (GenBank) dengan O. hypophthalmus (Kampar 5) yaitu sebanyak 14 asam amino (4,5%). Hubungan Kekerabatan Berdasarkan Jarak Genetik dari Runutan Asam Amino pada Gen Sitokrom b Parsial Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Matrik jarak genetik dari runutan asam amino Ompok spp dan Kryptopterus spp. disajikan pada Lampiran 9. Jarak genetik berdasarkan runutan asam amino antara K. limpok dari S. Kampar dengan K. limpok data GenBank adalah 0,0190,026; sedangkan jarak genetik di antara K. limpok S. Kampar adalah 0,003-0,006. Jarak genetik berdasarkan asam amino antara K. schilbeides S. Kampar dengan K.
38
schilbeides data GenBank adalah 0,032, sedangkan jarak genetik di antara K. schilbeides S. Kampar adalah 0. Jarak genetik di antara K. apogon S. Kampar berdasarkan runutan asam amino adalah 0,006-0,010. Ompok hypophthalmus (Kampar 3) 54 50
Ompok hypophthalmus (Kampar 4) Ompok hypophthalmus (Kampar 1)
85
Ompok hypophthalmus (Kampar 5)
28
Ompok hypophthalmus (Kampar 2) Ompok bimaculatus (GB)
10
Kryptopterus apogon (Kampar 2)
96 76
Kryptopterus apogon (Kampar 1) Kryptopterus apogon (Kampar 3)
39
Ompok eugeneiatus (Kampar 2) 100
Ompok eugeneiatus (Kampar 3) Ompok eugeneiatus (Kampar 1)
10 33
Kryptopterus schilbeides (GB) 54
Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) 99
Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) Kryptopterus schilbeides (Kampar 2)
Kryptopterus minor (GB) Kryptopterus limpok (GB) 87 98
Kryptopterus limpok (Kampar 1) 76
Kryptopterus limpok (Kampar 2) Kryptopterus limpok (Kampar 3) Kryptopterus cryptopterus (GB)
0.01
Gambar 9 Filogram menggunakan metode bootstrapped Neighbor Joining 1000 kali pengulangan berdasarkan 309 asam amino dari gen sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Jarak genetik berdasarkan runutan asam amino di antara O. eugeneiatus dari S. Kampar adalah 0. Sementara itu, jarak genetik di antara O. hypophthalmus S. Kampar adalah 0,000-0,016. Secara intraspesies di dalam genus Ompok dan
39
Kryptopterus dari S. Kampar, jarak genetik yang paling besar berdasarkan runutan asam amino adalah antara O. hypophthalmus (Kampar 5 yaitu dari stasiun D. Kejuit) dengan O. hypophthalmus lainnya yaitu 0,013-0,016. Tetapi, jarak genetik di antara Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari S. Kampar berdasarkan runutan asam amino tersebut nilainya lebih kecil daripada rata-rata jarak genetik Ompok spp. dan Kryptopterus spp. secara keseluruhan setelah dibandingkan dengan data GenBank yaitu 0,036. Rekonstruksi hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik dari runutan asam amino Ompok dan Kryptopterus tersebut disajikan pada Gambar 9. Hasil filogram berdasarkan asam amino gen sitokrom b memperlihatkan bahwa intraspesies O. eugeneiatus S. Kampar membentuk satu kelompok hubungan kekerabatan yang didukung dengan nilai bootstrap 100%. Filogram berdasarkan asam amino pada intraspesies K. schilbeides, K. limpok, K. apogon dan O. hypophthalmus S. Kampar, masing-masing secara garis besar juga membentuk satu kelompok kekerabatan yang didukung dengan nilai bootstrap yang tinggi yaitu masing-masing 99%, 98%, 96% dan 85%. Ikan lais K. limpok S. Kampar dengan K. limpok data GenBank membentuk satu kelompok dengan nilai bootstrap 87%. Ikan lais K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank membentuk hubungan kekerabatan dengan nilai bootstrap 54%. Keragaman Komposisi Empat Basa Nukleotida Komposisi empat basa nukleotida dari 927 nukleotida gen sitokrom b parsial yang mentranslasikan 309 asam amino Ompok dan Kryptopterus disajikan pada Lampiran 10. Secara keseluruhan, rata-rata nukleotida C adalah yang paling banyak ditemukan (31,3%), sedangkan rata-rata yang paling sedikit ditemukan adalah G (14,2 %). Nilai G yang rendah, umum ditemukan pada DNA mitokondria ikan (Doadrio et al. 2002; Peng et al. 2004). Rata-rata komposisi basa nukleotida A+T secara keseluruhan pada Ompok dan Kryptopterus adalah lebih banyak (54,5%) daripada rata-rata G+C (45,5%). Komposisi basa nukleotida A+T yang lebih banyak daripada G+C juga ditemukan oleh Ketmaier et al. (2004). Basa nukleotida A+T terbanyak diantara ikan lais dari
40
Sungai Kampar Riau ditemukan pada K. limpok yaitu 53,9%; dan paling sedikit ditemukan pada K. schilbeides yaitu 51,5%. Berdasarkan posisi kodon, komposisi basa nukleotida pada posisi pertama dari triplet kodon, frekwensi yang paling banyak ditemukan adalah nukleotida C (26,4%), sedangkan nukleotida A mempunyai frekwensi yang paling sedikit yaitu 23,0%. Komposisi pada posisi kedua dari triplet kodon, frekwensi yang paling banyak ditemukan adalah nukleotida T (41,5 %), sedangkan yang paling sedikit ditemukan adalah nukleotida G (13,3%). Komposisi pada posisi ketiga dari triplet kodon, frekwensi yang paling banyak ditemukan adalah nukleotida C (42.1%), sedangkan yang paling sedikit ditemukan adalah nukleotida G (3,5%). Nilai G yang lebih rendah pada posisi kedua dan ketiga dari triplet kodon juga ditemukan oleh Peng et al. (2004). Berdasarkan keragaman komposisi basa nukleotida, keragaman terbesar dari keseluruhan triplet kodon gen sitokrom b ikan lais, terletak pada kodon posisi ketiga. Farias et al. (2001); Ketmaier et al. (2004); Peng et al. (2004); Doadrio dan Perdices (2005) juga mendapatkan keragaman terbesar pada kodon posisi ketiga dari keseluruhan triplet kodon gen sitokrom b. Komposisi basa nukleotida pada kodon posisi kedua adalah yang paling tidak beragam. Keragaman Runutan Nukleotida Dari 927 nukleotida gen sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari S. Kampar Riau yang dibandingkan dengan data GenBank, beberapa basa nukleotida dapat dijadikan sebagai penanda genetik untuk membedakan Ompok spp. dan Kryptopterus spp. (Tabel 10). Basa nukleotida yang dapat membedakan Ompok spp. dan Kryptopterus spp. yaitu pada basa nukleotida ke-39 (Ompok spp. dicirikan oleh nukleotida C, sedangkan Kryptopterus spp. sebagian besar dicirikan oleh nukleotida T); pada basa nukleotida ke-370 (Ompok spp. dicirikan oleh nukleotida A, sedangkan Kryptopterus spp. sebagian besar dicirikan oleh nukleotida G); pada basa nukleotida ke-684 (Ompok spp. sebagian besar dicirikan oleh nukleotida T, sedangkan Kryptopterus spp. dicirikan oleh nukleotida C).
41
Tabel 10 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) yang membedakan Kryptopterus spp. dan Ompok spp.
Jenis K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. O. O. O. O. O. O. O. O. O. O.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB) eugeneiatus (Kampar 1) eugeneiatus (Kampar 2) eugeneiatus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 1) hypophthalmus (Kampar 2) hypophthalmus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 4) hypophthalmus (Kampar 5) bimaculatus (GB) miostoma (GB)
Basa nukleotida ke39 370 684 (132) (463) (777) T A* C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T G C T A* C T G C C* G C C C C C C C C C C C
A A A A A A A A A A
T T T T T T T T T C**
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB); * = nukleotida tidak sama dengan Kryptopterus lainnya; ** = nukleotida tidak sama dengan Ompok lainnya
Basa nukleotida yang dapat membedakan jenis-jenis dalam genus Kryptopterus dan Ompok dari S. Kampar disajikan pada Lampiran 11 dan 12. Dari 927 nukleotida, ada 68 nukleotida yang dapat dijadikan sebagai penanda jenis dalam genus Kryptopterus dari S. Kampar. Penanda yang mencirikan populasi baik yang berasal dari S. Kampar maupun dari data GenBank, terdiri dari 7 nukleotida penanda yang mencirikan populasi K. limpok, dan 5 nukleotida penanda yang mencirikan populasi K. schilbeides. Penanda yang mencirikan K. limpok dari S. Kampar saja terdiri dari 8 nukleotida, penanda K. schilbeides Kampar terdiri dari 29 nukleotida, dan penanda K. apogon Kampar terdiri dari 19 nukleotida.
42
Sementara itu, penanda jenis-jenis dalam genus Ompok yang berasal dari S. Kampar berdasarkan basa nukleotida terdiri dari 124 nukleotida yaitu 69 nukleotida sebagai penanda O. eugeneiatus dan 55 nukleotida sebagai penanda O. hypophthalmus. Perbedaan nukleotida pada gen sitokrom b ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. disajikan pada Tabel 11 dan 12. Perbedaan nukleotida pada gen sitokrom b ikan lais secara intraspesies antara K. limpok dari S. Kampar dengan K. limpok data GenBank yang berasal dari Amerika (Hardman 2005) berbeda sebanyak 25-29 nukleotida (2,7%-3,1%) dari 927 nukleotida. Sementara itu, perbedaan nukleotida di antara K. limpok S. Kampar (intraspesies) adalah sebanyak 2-6 nukleotida (0,2%-0,6%). Tabel 11 Matrik perbedaan jumlah nukleotida pada gen sitokrom b parsial nt) Kryptopterus spp. Jenis
[1]
[ 1] K. min(GB) [ 2] K. limp(GB) [ 3] K. limp(Kampar 1) [ 4] K. limp(Kampar 2) [ 5] K. limp(Kampar 3) [ 6] K. schi(GB) [ 7] K. schi(Kampar 1) [ 8] K. schi(Kampar 2) [ 9] K. schi(Kampar 3) [10] K. apo(Kampar 1) [11] K. apo(Kampar 2) [12] K. apo(Kampar 3) [13] K. bici(GB) [14] K. cryp(GB) [15] K. macro(GB)
144 139 142 141 149 149 150 149 146 146 145 11 167 146
[2] [3] [4] [5]
25 29 27 131 119 120 120 108 106 105 144 144 129
- . 6 2 137 123 124 124 109 107 106 138 139 130
[6]
- . 4 - . 140 139 125 125 144 126 126 145 126 126 145 111 111 142 109 109 142 106 106 144 141 140 147 141 141 169 132 132 143
[7] [8]
- . 1 1 134 134 136 147 165 134
- . 2 135 135 137 148 166 135
(927
[9] [10] [11] [12] [13] [14] [15]
- . 134 - . 134 4 136 6 147 146 165 147 134 124
- . 4 146 147 122
- . 145 147 166 122 145 176
Keterangan: K. min = K. minor; K. limp = K. limpok; K. schi = K. schilbeides; K. apo = K. apogon; K. bici = K. bicirrhis; K. cryp = K. cryptopterus; K. macro = K. macrocephalus
Nukleotida pada gen sitokrom b ikan lais secara intraspesies antara K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank yang juga berasal dari Amerika (Hardman 2005) berbeda sebanyak 144-145 nukleotida (15,5%-15,6%), sedangkan perbedaan nukleotida di antara K. schilbeides S. Kampar (intraspesies)
-
43
adalah sebanyak 1-2 nukleotida (0,1%–0,2%). Perbedaan nukleotida di antara K. apogon S. Kampar (intraspesies) adalah sebanyak 4-6 nukleotida (0,4%-0,6%). Secara keseluruhan di antara jenis-jenis dalam genus Kryptopterus spp., perbedaan nukleotida paling banyak terjadi pada jenis Kryptopterus lainnya yaitu antara K. macrocephalus (GenBank) dengan K. cryptopterus (GenBank) sebanyak 176 nukleotida (19%). Tabel 12 Matrik perbedaan jumlah nukleotida pada gen sitokrom b parsial nt) Ompok spp. Jenis
[ 1] O. eugeneiatus (Kampar 1) [ 2] O. eugeneiatus (Kampar 2) [ 3] O. eugeneiatus (Kampar 3) [ 4] O. hypophthalmus (Kampar 1) [ 5] O. hypophthalmus (Kampar 2) [ 6] O. hypophthalmus (Kampar 3) [ 7] O. hypophthalmus (Kampar 4) [ 8] O. hypophthalmus (Kampar 5) [ 9] O. bimaculatus (GB) [10] O. miostoma (GB)
[1]
[2]
- . 4 2 113 114 113 113 119 155 145
- . 2 113 114 113 113 119 155 147
[3]
[4]
- . 112 - . 113 1 112 0 112 0 118 6 154 136 146 134
[5]
[6]
[7]
[8]
[9]
- . 1 - . 1 0 - . 7 6 6 - . 137 136 136 141 135 134 134 139 36
(927
[10]
-
Perbedaan nukleotida di antara O. eugeneaitus S. Kampar (intraspesies) adalah sebanyak 2-4 nukleotida (0,2%-0,4%) dari 927 nukleotida; sedangkan perbedaan nukleotida di antara O. hypophthalmus S. Kampar (intraspesies) adalah sebanyak 0-7 nukleotida (0%-0,8%). Secara keseluruhan di antara jenis-jenis dalam genus Ompok spp., perbedaan nukleotida paling banyak terjadi antara O. bimaculatus (GenBank) dengan O. eugeneiatus (Kampar 1, 2 dan 3) yaitu sebanyak 154-155 nukleotida (16,6%-16,7%).
Hubungan Kekerabatan Berdasarkan Jarak Genetik dari Runutan Basa Nukleotida Gen Sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp. Matrik jarak genetik dari runutan basa nukleotida Ompok spp dan Kryptopterus spp. terdapat pada Lampiran 13. Jarak genetik berdasarkan runutan basa nukleotida antara K. limpok dari S. Kampar dengan K. limpok data GenBank
44
adalah 0,027-0,031, sedangkan jarak genetik di antara K. limpok S. Kampar adalah 0,002-0,006. Jarak genetik berdasarkan runutan basa nukleotida antara K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank adalah 0,156, sedangkan jarak genetik di antara K. schilbeides S. Kampar adalah 0,001-0,002. Jarak genetik di antara K. apogon S. Kampar berdasarkan runutan basa nukleotida adalah 0,004-0,006.
Kryptopterus minor (GB)
70 35
Ompok bimaculatus (GB) Kryptopterus schilbeides (GB)
19
Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) 100 73 Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) Kryptopterus schilbeides (Kampar 2)
22
Ompok hypophthalmus (Kampar 5) 100 Ompok hypophthalmus (Kampar 2) 88 Ompok hypophthalmus (Kampar 3) Ompok hypophthalmus (Kampar 1) Ompok hypophthalmus (Kampar 4) Kryptopterus cryptopterus (GB) 67 Kryptopterus apogon (Kampar 1) 100 Kryptopterus apogon (Kampar 2) Kryptopterus apogon (Kampar 3) 50 Ompok eugeneiatus (Kampar 1) 100 Ompok eugeneiatus (Kampar 3)
47
Ompok eugeneiatus (Kampar 2)
32
Kryptopterus limpok (GB) 100
Kryptopterus limpok (Kampar 1) 100 54 Kryptopterus limpok (Kampar 2) Kryptopterus limpok (Kampar 3)
0.02 Gambar 10 Filogram menggunakan metode bootstrapped Neighbor Joining 1000 kali pengulangan berdasarkan 927 nukleotida gen sitokrom b Ompok spp. dan Kryptopterus spp.
45
Jarak genetik berdasarkan runutan basa nukleotida di antara O. eugeneiatus S. Kampar adalah 0,002-0,004. Sementara itu, jarak genetik di antara O. hypophthalmus S. Kampar adalah 0,000-0,008. Secara intraspesies di dalam genus Ompok dan Kryptopterus dari S. Kampar, jarak genetik yang paling besar berdasarkan runutan basa nukleotida adalah antara O. hypophthalmus (Kampar 5 yaitu dari stasiun D. Kejuit) dengan O. hypophthalmus lainnya yaitu 0,006-0,008. Namun, jarak genetik di antara Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari S. Kampar berdasarkan runutan nukleotida tersebut nilainya lebih kecil daripada rata-rata jarak genetik Ompok spp. dan Kryptopterus spp. secara keseluruhan setelah dibandingkan dengan data GenBank yaitu 0,123. Rekonstruksi hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik dari runutan basa nukleotida Ompok dan Kryptopterus tersebut disajikan pada Gambar 10. Hasil filogram berdasarkan runutan nukleotida gen sitokrom b memperlihatkan bahwa intraspesies K. limpok, K. apogon, K. schilbeides, O. eugeneiatus dan O. hypophthalmus dari S. Kampar masing-masing secara garis besar membentuk satu kelompok hubungan kekerabatan yang didukung dengan nilai bootstrap 100%. Ikan lais K. limpok S. Kampar dengan K. limpok data GenBank membentuk satu kelompok dengan nilai bootstrap 100%. Filogram hubungan antara K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank berdasarkan runutan asam amino lebih dekat kekerabatannya, dibandingkan dengan yang berdasarkan runutan nukleotida. Hal ini terjadi karena adanya substitusi nukleotida yang dapat menyebabkan perubahan asam amino dan ada pula yang tidak menyebabkan perubahan asam amino hasil translasinya (Nei dan Kumar 2000).
46
Biologi Reproduksi Ikan Lais Ompok hypophthalmus Nisbah Kelamin Ikan lais O. hypophthalmus yang diperoleh di S. Kampar dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008, berjumlah 1049 ekor yang terdiri dari 685 ekor ikan betina (65,3%) dan 364 ekor ikan jantan (34,7%). Ikan lais dari stasiun Langgam berjumlah 338 ekor terdiri dari 212 betina dan 126 jantan, dari stasiun Segati berjumlah 373 ekor terdiri dari 254 betina dan 119 jantan, dan dari stasiun Kejuit berjumlah 338 ekor terdiri dari 219 betina dan 119 jantan. Fluktuasi nilai nisbah kelamin ikan lais (betina/jantan) di S. Kampar disajikan pada Gambar 11 dan Lampiran 16. Nilai nisbah kelamin ikan lais betina/jantan (B/J) di S. Kampar berfluktuasi yaitu di stasiun Langgam berkisar 1,18-2,4; di stasiun Segati berkisar 1,7-2,9; dan di stasiun Kejuit berkisar 1,31-2,86. Jika dilihat nilai nisbah kelamin total betina/total jantan (TB/TJ) dari semua stasiun dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008 berkisar 1,68-2,26. Nilai nisbah total (TB/TJ) tertinggi terjadi pada bulan November.
Nisbah Kelamin (B/J)
3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0 J
F
M
A
M
J
J
A
S
O
N
D
J
Bulan S. Langgam D. Kejuit
Gambar 11
A.S. Segati TB / TJ semua stasiun
Fluktuasi nisbah kelamin ikan lais Ompok hypophthalmus di lingkungan Sungai Kampar
47
Selama penelitian pada semua stasiun, setiap bulannya jumlah ikan lais betina yang diperoleh selalu lebih banyak daripada ikan lais jantan (Lampiran 16). Secara keseluruhan, nisbah jenis kelamin ikan lais betina : jantan di S. Kampar adalah 685 : 364 atau 1,9 : 1. Hasil penelitian Simanjuntak (2007) juga mendapatkan jumlah ikan lais betina yang lebih banyak daripada ikan lais jantan di S. Kampar Kiri.
Perkembangan Gonad Berdasarkan pengamatan tingkat kematangan gonad ikan lais O. hypophthalmus, perkembangan gonadnya digolongkan dalam lima tahap yaitu TKG I (belum berkembang), II (perkembangan awal), III (sedang berkembang), IV (matang) dan V (pasca pemijahan) baik pada ikan betina maupun jantan yang mengacu kepada modifikasi Cassie (Effendi 1992) dan Chinabut et al. (1991). Tingkat perkembangan gonad ikan lais O. hypophthalmus betina dan jantan secara morfologis dan histologis disajikan pada Tabel 13-14 dan Gambar 12-14.
Tabel 13 Kriteria penilaian tingkat kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus betina secara morfologis dan histologis
TKG
Morfologis
Histologis
I (belum berkembang)
Ovarium berbentuk dua kantung kecil, mengisi 1/9 rongga perut (Gambar 12a). Permukaan ovarium licin dan berwarna merah muda (Gambar 13a).
Ovarium belum matang, didominasi oleh oogonium berdiameter 20-100 µm, diselingi oleh beberapa oosit primer berdiameter 80-140 µm. Sitoplasma lebih tebal, berwarna ungu dan inti sel berbentuk bulat atau oval (Gambar 13 b).
II (perkembangan awal)
Ukuran ovarium lebih besar dari TKG I dan mengisi sekitar 1/6 rongga perut (Gambar 12a).
Ovarium didominasi oleh oosit sekunder yang berdiameter 110-190 µm.
48
TKG
Morfologis
Histologis
Sambungan (perkembangan awal)
Ovarium berwarna merah gelap. Telur belum terlihat jelas dengan mata (Gambar 13a).
Sitoplasma terlihat lebih jelas, berwarna ungu. Inti sel besar, berwarna lebih terang, berada di tengah sel (Gambar 13b).
III (sedang berkembang)
Ovarium berwarna merah kecoklatan, mengisi 1/3-1/2 rongga perut (Gambar 12a). Butir telur mulai terlihat dengan mata, tersusun berangkai, tetapi tidak mudah dipisahkan (Gambar 13a).
Ovarium didominasi oleh oosit sekunder yang telah berkembang menjadi ootid dengan diameter 350-730 µm. Kuning telur mulai terlihat pada sitoplasma. Inti sel berwarna merah muda berada di tengah sel (Gambar 13b).
IV (matang)
Ovarium berwana kuning, mengisi 2/3 rongga perut (Gambar 12a). Telur berwarna kuning, tersusun rapat, butir telur mudah dipisahkan (Gambar 13a).
Pada tahap ini ditandai dengan kuning telur yang sudah menutupi seluruh sitoplasma. Tahap ini didominasi oleh oosit stadia IV (ovum) berdiameter 550-900 µm. Inti sel berwarna merah muda dan sitoplasma berwarna merah terang. Ovum siap diovulasikan, ditandai dengan migrasi inti mendekati tepi (Gambar 13b).
V (pasca pemijahan)
Ovarium mengisi sekitar 1/4 rongga perut (Gambar 13a). Ovarium agak berkerut, berwarna merah pucat, butir telur sisa tersusun jarang-jarang (Gambar 13a).
Oosit berukuran 530-750 µm. Pada tahap ini ditandai oleh dinding oosit yang berkerut, ketebalan dinding tidak seragam, sebagian daerah ovarium yang kosong, dan adanya atresia oosit yang diperlihatkan dengan bentuk ovari yang tidak beraturan (Gambar 13b).
49
(a)
II
II
III
III
IV
IV
(b)
Gambar 12 Posisi gonad betina (a) dan jantan (b) dalam rongga perut ikan lais Ompok hypophthalmus
50
Og Osp
10x10
II
II
N Oss
10x10
III
III
Ot N
10x4
IV
IV Ov N Yk 10x4
At Ov(-) (a)
Gambar 13
10x4 (b)
Struktur morfologis (a) dan histologis (b) gonad betina Ompok hypophthalmus
Keterangan: Og = oogonium; Osp = oosit primer; Oss = oosit sekunder; Ot = ootid; Ov = ovum; N = inti; Yk = butir kuning telur; At = atresia oosit; Ov(-) = oosit sudah dikeluarkan; sayatan 3-5 mikron; pewarnaan Haematoxylin-Eosin
51
Tabel 14 Kriteria penilaian tingkat kematangan gonad ikan lais jantan Ompok hypophthalmus jantan secara morfologis dan histologis
TKG
Morfologis
Histologis
I (belum berkembang)
Testis berbentuk dua untai benang bergerigi pendek, mengisi 1/18 rongga perut. Testis berwarna putih susu, kemerahan.
Testis didominasi oleh jaringan ikat, dan spermatogonium mulai terlihat.
II (perkembangan awal)
Ukuran testis lebih besar dan bentuk gerigi lebih jelas daripada TKG I, mengisi 1/12 rongga perut. Testis berwarna putih susu, kemerahan.
Testis telah berkembang, dan jaringan ikat terlihat semakin sedikit. Kantong-kantong tubulus seminifer berisi spermatosit primer dan sekunder.
III (sedang berkembang)
Gerigi testis tampak lebih jelas daripada TKG II. Warna testis makin putih, ukuran makin besar, mengisi 1/8 rongga perut.
Testis didominasi oleh spermatosit sekunder yang telah berkembang menjadi spermatid.
IV (matang)
Testis mengisi sekitar 1/4 rongga perut. Gerigi pada testis lebih lebar dan tebal. Testis semakin pejal.
Spermatid yang telah berkembang menjadi spermatozoa terlihat jelas mengisi kantong-kantong tubulus seminifer
V (pasca pemijahan)
Testis berkerut, berwarna merah pucat, mengisi 1/61/4 rongga perut.
Pada tahap ini, terlihat sisasisa spermatozoa yang belum dikeluarkan pada saat pemijahan. Bagian tertentu dari testis terlihat kosong, karena isinya telah dikeluarkan.
52
Spg
10x10
II
II Spp
Sps
10x10
III
III Spt
10x10
IV
IV Spz
10x10
Spz(-)
(a)
Gambar 14
10x10 (b)
Struktur morfologis (a) dan histologis (b) gonad jantan Ompok hypophthalmus
Keterangan: Sg = spermatogonium; Spp = spermatosit primer; Sps = spermatosit sekunder; Spt = spermatid; Spz = spermatozoa; Spz(-) = isi spermatozoa sudah dikeluarkan; sayatan 3-5 mikron; pewarnaan Haematoxylin-Eosin
53
Ukuran Ikan Lais Matang Gonad Ikan lais O. hypophthalmus yang diperoleh di S. Kampar dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008, berjumlah 1049 ekor yang terdiri dari 685 ekor ikan lais betina dan 364 ekor ikan lais jantan. Kisaran ukuran panjang dan berat tubuh ikan lais betina 12,7-28,0 cm dan 9,33-106,84 g, sedangkan ukuran ikan lais jantan berkisar 13,9-28,6 cm dan 10,25-116,82 g (Tabel 15). Tabel 15 Ukuran panjang total dan berat tubuh ikan lais Ompok hypophthalmus Kelamin
Betina
Jantan
TKG
N
Panjang total tubuh (cm)
Berat tubuh (g)
Kisaran
Ratarata
Std. Dev.
Kisaran
Ratarata
Std. Dev.
I
512
12,7-25,6
17,9
2,15
9,33-81,10
26,77
11,48
II
124
16,7-27,2
21,2
2,55
23,25-106,84
48,12
20,59
III
26
19,3-26,2
22,4
1,86
32,73-94,42
51,74
14,00
IV
13
22,9-28,0
24,9
1,57
53,66-94,03
74,26
12,40
V
10
20,7-23,7
22,15
1,08
38,46-60,94
51,38
8,47
I
248
13,9-24,2
17,6
2,03
10,25-69,22
24,92
10,42
II
62
17,4-27,6
21,6
2,16
30,16-103,03
47,91
16,70
III
29
18,9-25,8
22,0
1,69
29,52-83,37
49,00
11,80
IV
15
22,6-28,6
25,9
1,88
48,04-116,82
79,80
20,49
V
9
21,0-25,8
22,7
1,98
39,18-91,91
56,80
19,20
Berdasarkan pengamatan tingkat kematangan gonad terhadap 1049 ekor ikan lais tersebut, rata-rata panjang dan berat tubuh ikan lais betina matang gonad (TKG IV) adalah 24,9±1,57 cm dan 74,26±12,40 g. Sementara itu, rata-rata ikan lais jantan matang gonad adalah pada ukuran panjang 25,9±1,88 cm dan berat 79,80±20,49 g. Hasil ini menunjukkan bahwa pada ukuran yang sama, rata-rata ikan lais betina cenderung lebih cepat matang gonad dibandingkan ikan jantan. Hasil penelitian ini juga menunjukkan bahwa ikan-ikan yang berukuran 12,7-22,9 cm pada ikan lais betina dan 13,9-22,6 cm pada ikan lais jantan yang tertangkap merupakan ikan-ikan yang belum sempat bereproduksi. Jika dibandingkan antar stasiun, rata-rata ukuran ikan lais betina dan jantan matang gonad yang terkecil didapatkan di stasiun D. Kejuit (Lampiran 17).
54
Tingkat Kematangan Gonad Berdasarkan Waktu dan Stasiun Penelitian Persentase tingkat kematangan gonad (TKG) ikan lais O. hypophthalmus betina dan jantan berdasarkan waktu penelitian mulai dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008 disajikan pada Gambar 15. Betina (N = 685) 100% 90% 80%
Frekuensi
70%
TKG V TKG IV TKG III TKG II TKG I
60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% J
F
M
A
M
J
J
A
S
O
N
D
J
Jantan (N = 364) 100% 90% 80%
Frekuensi
70%
TKG TKG TKG TKG TKG
60% 50% 40% 30%
V IV III II I
20% 10% 0% J
F
M
A
M
J
J
A
S
O
N
D
J
Bulan
Gambar 15 Persentase tingkat kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan waktu penelitian di lingkungan Sungai Kampar Ikan lais betina yang mempunyai TKG IV dijumpai pada bulan September dan Oktober. Ikan lais betina dengan persentase TKG IV tertinggi dijumpai pada
55
bulan Oktober dan persentase terendah pada bulan September. Sementara itu pada ikan lais jantan, TKG IV dijumpai pada bulan September, Oktober dan November. Ikan lais jantan yang mempunyai persentase TKG IV tertinggi dijumpai pada bulan Oktober dan persentase terendah pada bulan November. Berdasarkan diagram distribusi TKG IV ikan lais betina dan jantan terlihat bahwa ikan lais mempunyai satu kali musim pemijahan dalam setahun. Musim pemijahan mulai terjadi pada saat mulai masuknya musim hujan yaitu bulan September, berlanjut hingga bulan Oktober dan November. Persentase TKG IV ikan lais betina dan jantan yang tertinggi terjadi pada bulan Oktober. 60.00%
Betina Jantan
53.85%
Persentase TKG IV
50.00% 40%
40.00% 33.33% 30.77%
30.00%
26.67%
20.00%
15.38%
10.00% 0.00% S. Langgam
A.S. Segati
D. Kejuit
Stasiun
Gambar 16
Persentase TKG IV ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan stasiun penelitian di lingkungan Sungai Kampar
Tingkat kematangan gonad (TKG) IV adalah puncak kematangan gonad ikan karena ikan dalam kondisi siap memijah. Gambar 16 memperlihatkan persentase dari jumlah keseluruhan ikan lais betina dan jantan yang matang gonad (TKG IV) pada masing-masing stasiun. Persentase ikan lais yang mempunyai TKG IV pada stasiun Segati relatif lebih tinggi baik pada ikan betina maupun ikan jantan dibandingkan stasiun lainnya. Stasiun Segati adalah anak sungai yang berhubungan dengan danau banjiran yaitu D. Sarang Penyangek. Pada musim kemarau, aliran yang menghubungkan anak sungai Segati dengan danau ini terputus, sedangkan
56
pada musim banjir alirannya dapat bersambung kembali. Hal ini menunjukkan adanya hubungan yang kuat antara perilaku pemijahan dengan keberadaan danau banjiran dan kondisi curah hujan. Pada saat ketinggian air mulai meningkat seiring naiknya curah hujan, para nelayan di S. Kampar memasang alat tangkap berupa sempirai (perangkap) pada jalur aliran sungai ke danau banjiran yang mulai bersambungan kembali. Sempirai selalu digunakan oleh nelayan di S. Kampar, jika keadaan air sungai dari keadaan sangat surut berlanjut hingga ketinggian air berangsur-angsur naik seiring masuknya musim hujan. Pada saat permukaan perairan mulai naik, nelayan memasang sempirai sehingga ikan-ikan yang menuju danau banjiran akan banyak tertangkap. Pada saat tersebut, ikan-ikan yang akan memijah (TKG IV) akan tertangkap. Pada saat permukaan perairan naik pada musim penghujan, ketersediaan makanan di danau dan rawa banjiran akan melimpah sehingga akan merangsang ikan-ikan untuk mempercepat pematangan gonad. Proses pematangan gonad sangat erat kaitannya dengan sinyal-sinyal lingkungan seperti ketersediaan makanan untuk anak-anak ikan nantinya. Selain itu, adanya substansi petrichor ketika permukaan perairan naik (flood) yang membasahi dataran yang kering setelah musim kemarau merupakan trigger untuk proses pemijahan (Van der Wall 2006). Indeks Kematangan Gonad Indeks kematangan gonad (IKG) ikan lais O. hypophthalmus pada setiap tingkat kematangan gonad disajikan pada Tabel 16. Indeks kematangan gonad ikan lais betina dari TKG I sampai dengan TKG V berkisar antara 0,02-8,55%, sedangkan IKG ikan lais jantan berkisar antara 0,02-0,73%. Berat ovari dan testis ikan lais betina dan jantan cenderung meningkat seiring semakin tingginya TKG, kecuali pada TKG V terjadi penurunan bobot ovari dan testis karena isinya telah dikeluarkan pada watu pemijahan. Indeks kematangan gonad ikan lais mencapai maksimal pada TKG IV. Pada TKG yang sama nilai rata-rata IKG ikan lais betina lebih besar daripada ikan lais jantan, hal ini disebabkan pertambahan berat ovari lebih besar daripada pertambahan berat testis.
57
Tabel 16 Nilai indeks kematangan gonad dan berat gonad ikan lais Ompok hypophthalmus betina dan jantan berdasarkan tingkat kematangan gonad
Kelamin
TKG
IKG (%)
N Kisaran
Betina
Jantan
Berat gonad (g)
Rata-
Std.
rata
Dev.
Kisaran
Rata-
Std.
rata
Dev.
I
512
0,02-0,23
0,08
0,04
0,01-0,06
0,02
0,01
II
124
0,11-1,88
0,29
0,27
0,05-0,70
0,14
0,15
III
26
1,02-2,91
2,15
0,47
0,71-1,58
1,08
0,29
IV
13
3,90-8,55
6,04
1,34
2,79-6,41
4,44
1,06
V
10
0,29-0,36
0,32
0,03
0,14-0,19
0,16
0,02
I
248
0,02-0,13
0,06
0,02
0,01-0,05
0,02
0,01
II
62
0,07-0,21
0,14
0,04
0,05-0,09
0,06
0,01
III
29
0,14-0,44
0,25
0,06
0,10-0,13
0,11
0,01
IV
15
0,25-0,73
0,48
0,12
0,16-0,51
0,37
0,10
V
9
0,10-0,19
0,15
0,04
0,07-0,10
0,08
0,01
Pertambahan nilai IKG ikan lais betina dari TKG I ke TKG II sebesar 0,21%, dari TKG II ke TKG III sebesar 1,86% dan dari TKG III ke TKG IV sebesar 3,89%. Pertambahan nilai IKG ikan lais jantan dari TKG I ke TKG II sebesar 0,08%, dari TKG II ke TKG III sebesar 0,11% dan dari TKG III ke TKG IV sebesar 0,23%. Pertambahan nilai IKG berhubungan dengan proses vitelogenesis pada ikan lais betina dan spermatogenesis pada ikan lais jantan (Cerda et al. 1996). Rata-rata nilai IKG ikan lais betina dan jantan dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008 disajikan pada Gambar 17 dan Lampiran 18.
Nilai IKG ikan
lais betina dan jantan terlihat jelas meningkat dari bulan September hingga Oktober 2007 dan menurun pada bulan November 2007 (Gambar 17). Peningkatan nilai IKG tersebut seiring dengan mulai masuknya musim hujan pada bulan September dan Oktober, dan mulai meningkatnya curah hujan maupun lamanya hari hujan dalam sebulan. Curah hujan bulan September yaitu 73,5 mm dengan lama hujan 16 hari dan pada bulan Oktober curah hujan 328,5 mm dengan lama hujan 21 hari (Lampiran 19).
58
Adanya puncak kurva IKG pada bulan Oktober menunjukkan bahwa ikan lais di S. Kampar dalam penelitian ini mempunyai satu musim pemijahan dalam satu tahun yang bergantung kepada masuknya musim hujan. Ikan yang mempunyai satu musim
pemijahan
dalam
setahun
jika
dihubungkan
dengan
dinamika
pengorganisasian ovari menurut Wallace dan Selman (1981), tipe perkembangan ovarinya termasuk tipe sinkronous berkelompok. Sedangkan pola pemijahannya bila dihubungkan dengan pendapat Lowe-McConnell (1987), termasuk pola total spawner. 1.6 1.4 1.2
N Betina = 685 N Jantan = 364
Nilai
1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 J
F
M
A
M
J
J
A
S
O
N
D
J
Bulan Rata-rata IKG Betina (%) Curah hujan (x 1000 mm)
Gambar 17
Rata-rata IKG Jantan (%) Lama hujan (x 100 hari)
Grafik rata-rata nilai indeks kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus, curah hujan dan hari hujan berdasarkan waktu pengamatan (bulan Januari 2007 sampai dengan Januari 2008)
Fekunditas dan Diameter Telur Rata-rata fekunditas yang diamati pada pada ikan lais O. hypophthalmus selama penelitian yaitu 6635±2431 butir, dengan rata-rata diameter telur yaitu 0,77±0,10 mm (Tabel 17). Rata-rata fekunditas dan diameter telur paling tinggi terdapat pada ikan lais yang hidup di stasiun Segati yaitu 6960±2245 butir, dengan rata-rata diameter telur 0,78±0,25 mm.
59
Tabel 17 Fekunditas dan diameter telur ikan lais Ompok hypophthalmus
Stasiun
N
I II III I-III
4 7 2 13
Fekunditas (butir) Rata- Std. Dev. rata 3111-11164 6641 3408 3379-9738 6960 2245 4834-6591 5488 1561 3111-11164 6635 2431 Kisaran
Diameter Telur (mm) Kisaran RataStd. rata Dev. 0,41-0,99 0,74 0,25 0,45-1,13 0,78 0,25 0,50-0,97 0,76 0,24 0,41-1,13 0,77 0,10
Keterangan: I = S. Langgam; II = A.S. Segati; III = D. Kejuit
Hubungan antara fekunditas dengan panjang total dan berat tubuh ikan lais ditentukan dengan persamaan :
F = - 5097 + 472.1 PT (r = 0,304) dan F =
1740 + 65.91 BT (r = 0,337). Hubungan antara fekunditas dengan panjang total dan berat tubuh ikan lais tersebut disajikan pada Gambar 18 dan 19. Fekunditas (Butir) = - 5097 + 472.1 Panjang T otal (cm ) 12000
S R- S q R-S q(adj)
Fekunditas (Butir)
11000 10000
2418.13 9.3% 1.0%
9000 8000 7000 6000 5000 4000 3000 23
24
25 26 27 Panjang Total (cm)
28
Gambar 18 Hubungan antara fekunditas dengan panjang total ikan lais Ompok hypophthalmus Nilai korelasi persamaan garis antara fekunditas ikan lais dengan panjang total tubuh adalah 0,304, sedangkan nilai korelasi antara fekunditas dengan berat total tubuh adalah 0,337. Nilai korelasi antara fekunditas dengan berat total tubuh ikan lais cenderung lebih tinggi dibandingkan dengan korelasi antara fekunditas dengan panjang total tubuh. Namun secara keseluruhan, nilai korelasi antara fekunditas ikan lais dengan panjang dan berat total tubuh termasuk nilai yang kecil.
60
Fe kunditas (Butir) = 1740 + 65.91 Berat T otal (g) 12000
S R-S q R-S q(adj)
Fekunditas (Butir)
11000 10000
2390.51 11.3% 3.3%
9000 8000 7000 6000 5000 4000 3000 50
Gambar 19
60
70 80 Ber at Total (g)
90
100
Hubungan antara fekunditas dengan berat total ikan lais Ompok hypophthalmus
Fekunditas ikan lais O. hypophthalmus tidak meningkat dengan bertambahnya ukuran ikan (Gambar 20 dan 21). Nilai korelasi yang kecil antara fekunditas dengan ukuran tubuh ikan lais dapat disebabkan oleh kisaran jarak dari rata-rata ukuran ikan matang gonad
(24,9 cm) hingga ukuran tubuh ikan
maksimum (28,0 cm) mempunyai nilai kisaran yang kecil. Kondisi ini menyebabkan pertambahan ukuran tubuh ikan tidak terlalu berpengaruh terhadap nilai fekunditas. N = 13 Fekunditas Total (Butir)
12000 10000 8000 6000 4000 2000 0 21.5-23.4
23.5-25.4
25.5-27.4
27.5-29.4
Kelompok Panjang Tubuh Ikan TKG IV (cm)
Gambar 20 Grafik fekunditas ikan lais Ompok hypophthalmus menurut kelompok panjang tubuh
61
Simanjuntak (2007) juga mendapatkan nilai korelasi yang kecil antara fekunditas dengan ukuran panjang dan berat tubuh ikan lais O. hypophthalmus di S. Kampar Kiri. Ali (1993) menjelaskan bahwa fekunditas cenderung menurun pada ukuran ikan yang lebih tua (besar) karena sudah melewati batas maksimum potensi biotiknya. 12000
Fekunditas Total (Butir)
N = 13 10000 8000 6000 4000 2000 0 53.66-63.75
63.76-73.85
73.86-83.95
83.96-94.05
Kelompok Berat Tubuh Ikan TKG IV (g)
Gambar 21 Grafik fekunditas ikan lais Ompok hypophthalmus menurut kelompok berat tubuh Pola sebaran diameter telur dari 1950 butir telur yaitu dari 13 individu ikan lais matang gonad masing-masingnya 150 butir (bagian anterior 50 butir, tengah 50 butir dan posterior 50 butir) disajikan pada Gambar 22. Berdasarkan uji MannWhitney didapatkan sebaran ukuran diameter telur pada ovari bagian anterior, tengah maupun posterior adalah tidak berbeda nyata ( > 0,05) (Lampiran 20). Ukuran telur yang relatif seragam antara bagian anterior, tengah dan posterior menunjukkan bahwa telur ikan lais matangnya serentak. Berdasarkan Gambar 22 terlihat bahwa kurva sebaran diameter telur ikan lais cenderung memiliki satu puncak kurva. Berdasarkan sebaran diameter telur dan nilai uji Mann-Whitney, memperkuat bukti bahwa ikan lais mengeluarkan telur matangnya secara serentak dalam satu kali periode pemijahan (total spawner) dan periode pemijahan tersebut tidak sepanjang tahun, tetapi pada saat masuknya musim hujan.
62
30.00%
N = 13
Frekuensi
25.00% 20.00% 15.00% 10.00% 5.00%
54 0. 55 -0 .6 1 0. 62 -0 .6 8 0. 69 -0 .7 5 0. 76 -0 .8 2 0. 83 -0 .8 9 0. 90 -0 .9 6 0. 97 -1 .0 3 1. 04 -1 .1 0 1. 11 -1 .1 7
-0 .
0. 48
0. 41
-0 .
47
0.00%
Kelompok diameter telur (mm) Gambar 22 Pola sebaran diameter telur dari ikan lais Ompok hypophthalmus yang matang gonad di Sungai Kampar Kondisi Lingkungan Setelah dilakukan pengukuran parameter fisika kimia air S. Kampar pada masing-masing stasiun penelitian dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008, maka didapatkan kisaran hasil pengukuran seperti pada Tabel 18 dan Lampiran 21. Hasil pengukuran rata-rata nilai suhu di S. Kampar selama penelitian yaitu 27,1528,12ºC. Nilai ini masih berada dalam kisaran suhu yang didapatkan Elvyra (2000) di S. Kampar Kiri yaitu 27,0-29,5ºC dan Simanjuntak (2007) yaitu 24,0-30,0ºC. Suhu antar stasiun berfluktuasi dalam kisaran yang relatif sempit. Perbedaan kisaran suhu pada masing-masing stasiun adalah 1,5-2ºC. Ambang baku mutu kualitas air untuk parameter suhu tidak boleh berfluktuasi lebih dari 3ºC (Anonim 2001). Berdasarkan baku mutu tersebut, suhu perairan S. Kampar masih dalam ambang toleransi yang baik untuk kehidupan ikan lais. Kekeruhan perairan S. Kampar selama penelitian secara keseluruhan berfluktuasi dengan rata-rata 13,69-34,77 NTU. Nilai kekeruhan yang diperoleh di S. Kampar tidak begitu tinggi, jika dibandingkan dengan rata-rata kekeruhan ekosistem sungai rawa banjiran di D. Rengas dan S. Rungan Kalimantan Tengah yaitu berkisar 35,10-154,70 NTU dan 33,80-101,00 NTU (Awalina dan Hartoto 2000). Warna perairan coklat tua sampai kehitaman pada ekosistem sungai rawa banjiran disebabkan oleh adanya asam humat, tetapi perairan tidak keruh atau transparansinya tinggi (Hartoto et al. 1998).
63
Tabel 18 Nilai parameter fisika kimia air di lingkungan Sungai Kampar selama penelitian (bulan Januari 2007 sampai dengan Januari 2008)
Faktor Fisika Suhu Kedalaman Kecepatan arus Kekeruhan Kimia pH Alkalinitas Oksigen Terlarut
Satuan
S. Langgam Kisaran Ratarata
Stasiun Penelitian A.S. Segati Kisaran Ratarata
Kisaran
D. Kejuit Ratarata
ºC M M/dtk
27,0-29,0 4,00-5,95 0,100-0,140
28,12 4,61 0,115
26,5-28,5 4,90-6,84 0,048-0,058
27,15 5,47 0,053
27,5-29,0 3,14-5,00 0,037-0,044
28,12 3,89 0,040
NTU
22,85-47,90
34,77
5,61-23,75
13,69
11,55-31,50
19,33
5,5-6,0 8,0-29,0
5,78 17,50
4,8-6,0 6,0-17,0
5,56 13,08
5,5-5,9 10,0-25,0
5,76 16,23
4,10-7,00
5,50
3,00-5,00
4,11
3,80-6,00
4,92
mg/L CaCO3 mg/L
Kedalaman perairan dan kecepatan arus sangat terkait dengan curah hujan dan siklus hidrologis perairan. Kedalaman perairan semakin tinggi, kecepatan arus semakin cepat dan suhu cenderung semakin rendah seiring naiknya curah hujan dari bulan September ke bulan Oktober dan November (Gambar 23). Hasil uji Mann-Whitney terhadap parameter fisika perairan menunjukkan bahwa kedalaman perairan, kecepatan arus dan kekeruhan berbeda nyata antara masing-masing stasiun (Lampiran 22). Jika dibandingkan faktor fisika kimia antar stasiun, stasiun Langgam dan Kejuit mempunyai kondisi lingkungan yang relatif lebih banyak persamaannya yaitu pada faktor suhu, pH, alkalinitas dan oksigen terlarut dibandingkan antara stasiun Langgam dan Segati maupun antara stasiun Segati dan Kejuit. Hasil pengukuran rata-rata nilai pH selama penelitian berkisar 5,56-5,78 (Tabel 18). Kisaran nilai pH antar stasiun tidak berbeda nyata berdasarkan uji Mann-Whitney (Lampiran 22). Nilai pH S. Kampar cenderung bersifat asam. Jika dilihat fluktuasi pH secara temporal (Gambar 23), pH cenderung turun pada saat masuknya musim hujan yaitu dari bulan September ke bulan Oktober. Naiknya permukaan perairan akan menggenangi riparian yang akan melepaskan material dari dekomposisi bahan organik (Hartoto 2000a). Hutan-hutan rawa pada
64
ekosistem sungai rawa banjiran memproduksi banyak serasah yang terdekomposisi menjadi substansi asam humat dan menjadikan karakter pH yang bersifat asam
29.5 29 28.5 28 27.5 27 26.5 26 25.5 25
7 6 5 pH
1 0 F
M
A
M
Sungai Langgam
J
J A Bulan
S
O
Anak Sungai Segati
N
D
J
J
M
A
M
J
J A Bulan
S
O
Anak Sungai Segati
N
D
J
Danau Kejuit
35
8 7 6 5 4 3 2 1 0
30 25 20 15 10 5 0
J
F
M
A
M
J
J A Bulan
S
O
Anak Sungai Segati
N
D
J
J
Danau Kejuit
60 50 40 30 20 10 0 J
F
M
A
M
Sungai Langgam
J
J A Bulan
S
Anak Sungai Segati
O
N
D
J
0.16 0.14 0.12
mm
0.06 0.04 0.02 0 J
F
M A M
Sungai Langgam
Gambar 23
J
J A S O N D J Bulan Anak Sungai Segati Danau Kejuit
A
F
M
A
Sungai Langgam
Danau Kejuit
0.1
M
M
J
J A Bulan
S
O
Anak Sungai Segati
N
D
J
Danau Kejuit
8 7 6 5 4 3 2 1 0
J
0.08
F
Sungai Langgam
Oksigen terlarut (mg/L)
Sungai Langgam
Kecepatan Arus (M/dtk)
F
Sungai Langgam
Danau Kejuit
Alkalinitas (mg/L)
Kedalaman (M)
3 2
J
Kekeruhan (NTU)
4
M
J
J A Bulan
S
Anak Sungai Segati
O
N
D
J
Danau Kejuit
25
500 450 400 350 300 250 200 150 100 50 0
20 15 10 5 0 J
F M A M J
J A S O N D Bulan
Curah hujan (mm/bulan)
J
Hari hujan/bulan
Fluktuasi nilai parameter fisika kimia air pada setiap stasiun selama penelitian
Hari
Suhu ( C)
pada perairan (Hartoto 2000b).
65
Kecendrungan nilai pH yang menurun seiring naiknya curah hujan, berbanding terbalik dengan alkalinitas. Alkalinitas cenderung meningkat seiring naiknya curah hujan dari bulan September ke bulan Oktober. Kondisi ini terjadi karena fungsi alkalinitas sebagai buffer yaitu bersifat sebagai pertahanan air terhadap pengasaman (Alaerts dan Santika 1987). Rata-rata oksigen terlarut di S. Kampar berkisar 4,11-5,50 mg/L. Kisaran ini lebih tinggi dari rata-rata oksigen terlarut di D. Rengas dan S. Rungan Kalimantan Tengah yaitu berkisar 1,91-2,47 mg/L dan 3,29-3,33 mg/L (Awalina dan Hartoto 2000). Nilai oksigen terlarut terlihat lebih tinggi pada bulan September dan Oktober seiring masuknya musim hujan. Tingginya nilai oksigen terlarut pada saat masuknya musim hujan dapat disebabkan oleh gerakan angin dan pengadukan air oleh turbulensi (Welcomme 1979). Oksigen terlarut cenderung menurun pada bulan November dan terus menurun pada bulan Desember. Turunnya nilai oksigen terlarut ini dapat disebabkan oleh tingginya laju pemakaian oksigen untuk proses dekomposisi bahan organik (debris allochtonous alami) yang berasal dari hutan riparian sekitarnya yang masuk ke perairan pada musim hujan (Hartoto 2000b; Utomo et al. 2008). Kualitas lingkungan masing-masing stasiun pengamatan ditentukan dengan metode skoring terhadap parameter suhu, oksigen terlarut, alkalinitas dan pH (Lampiran 23). Nilai skor rata-rata dari ketiga stasiun pengamatan adalah 17,33. Hasil skoring yang lebih tinggi diperoleh di stasiun Segati dengan nilai skor 18, sedangkan di stasiun Langgam dan Kejuit mempunyai nilai skor yang lebih rendah yaitu 17. Namun, nilai skor kualitas perairan antara ketiga stasiun secara umum tidak terlalu mencolok perbedaannya. Kondisi ini disebabkan adanya pengaruh flood yaitu pada saat penggenangan yang tinggi akan cenderung menghomogenkan parameter fisika kimia perairan antara stasiun sungai, anak sungai dan danau (Agostinho et al. 2000). Tetapi jika ditinjau dari parameter kedalaman, kecepatan arus dan kekeruhan, terlihat stasiun Langgam, Segati dan Kejuit tetap memperlihatkan kekhasannya masing-masing yaitu antara sungai, anak sungai dan danau (Lampiran 22).
PEMBAHASAN UMUM
Jenis ikan lais yang diperoleh dari S. Kampar Riau selama penelitian terdiri dari O. hypophthalmus, O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K. apogon. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa, 927 nukleotida gen sitokrom b parsial Ompok spp. dan Kryptopterus spp. mentranslasikan 309 asam amino yang terdiri dari 32 situs asam amino bersifat kekal (10,3%), 224 situs asam amino bersifat sinonimous (72,5%) dan 53 situs asam amino bersifat non sinonimous (17,2%). Perubahan asam amino yang terjadi sebagian besar adalah bersifat asam amino sinonimous (substitusi silent). Substitusi sinonimous yang lebih banyak terjadi daripada substitusi yang bersifat non sinonimous, juga ditemukan pada gen sitokrom b ikan-ikan kelompok cave-catfish (Wilcox et al. 2004). Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa, dari 927 nukleotida gen sitokrom b parsial ikan lais tersebut, 68 nukleotida diantaranya dapat dijadikan sebagai penanda jenis dalam genus Kryptopterus S. Kampar dan 124 nukleotida dapat dijadikan sebagai penanda jenis dalam genus Ompok S. Kampar. Tetapi hanya 6 situs yang triplet kodonnya menyandikan asam amino non sinonimous yang dapat dijadikan sebagai penanda genetik spesifik jenis-jenis ikan lais Kryptopterus spp. dari S. Kampar dan 7 situs yang menyandikan asam amino non sinonimous yang dapat dijadikan sebagai penanda genetik spesifik jenis-jenis ikan lais Ompok spp. yang berasal dari S. Kampar. Enam situs asam amino yang dapat dijadikan sebagai penanda genetik jenisjenis ikan lais Kryptopterus spp. terdiri dari 2 penanda genetik yang mencirikan jenis yaitu situs ke-50 (I) dan 162 (V), dan 4 penanda genetik spesifik yang mencirikan keaslian daerah asal ikan lais dari S. Kampar yaitu situs ke 130 (E), 177 (A dan I), 187 (P) dan 206 (T). Sedangkan 7 situs asam amino yang dapat dijadikan sebagai penanda genetik spesifik jenis-jenis ikan lais Ompok spp. dari S. Kampar yaitu situs ke-126 (N), 177 (I), 206 (T), 208 (A), 209 (A), 289 (S) dan 295 (A). Situs-situs spesifik tesebut hanya dipunyai oleh ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari S. Kampar, sehingga dapat digunakan sebagai penanda
67
genetik untuk mengidentifikasi keaslian genetik jenis ikan lais yang berasal dari S. Kampar apabila akan dilakukan usaha konservasi sumber daya genetiknya. Hasil filogram berdasarkan jarak genetik dari runutan asam amino dan nukleotida gen sitokrom b secara garis besar memperlihatkan bahwa intraspesies O. hypophthalmus, O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K. apogon S. Kampar masing-masing membentuk satu kelompok hubungan kekerabatan yang didukung dengan nilai bootstrap yang tinggi. Walaupun secara intraspesies terlihat adanya fragmentasi yang jelas antara O. hypophthalmus (Kampar 5 yaitu dari stasiun D. Kejuit) dengan O. hypophthalmus lainnya. Berdasarkan jarak genetik dari runutan asam amino dan nukleotida, ikan lais K. limpok S. Kampar dengan K. limpok data GenBank membentuk satu kelompok hubungan kekerabatan dengan nilai bootstrap yang tinggi. Sementara itu, filogram antara K. schilbeides S. Kampar dengan K. schilbeides data GenBank berdasarkan jarak genetik dari runutan asam amino lebih dekat kekerabatannya dibandingkan dengan yang berdasarkan runutan nukleotida. Kondisi ini menurut Nei dan Kumar (2000) karena adanya substitusi nukleotida yang dapat menyebabkan perubahan asam amino atau bersifat non sinonimous, namun ada pula yang tidak menyebabkan perubahan asam amino di dalam hasil translasinya atau bersifat sinonimous. Oleh karena substitusi yang bersifat sinonimous lebih banyak terjadi daripada substitusi non sinonimous, atau dengan kata lain tidak semua substitusi nukleotida akan menyebabkan perubahan asam amino, maka lebih baik menggunakan penanda genetik dan menganalisis hubungan kekerabatan berdasarkan runutan asam amino. Gen sitokrom b berdasarkan posisi kodon, mempunyai region yang kekal (conserve) dan region yang beragam (Farias et al, 2001). Region yang conserve dapat dijadikan sebagai penanda genetik (barcoding) untuk mengidentifikasi keaslian genetik suatu jenis secara akurat dan juga sebagai barcoding untuk mengetahui daerah asal suatu spesies; sedangkan region yang beragam dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan. Penelitian keragaman genetik dengan menggunakan gen sitokrom b dapat memperjelas pengelompokan jenisjenis ikan lais apabila akan dilakukan usaha konservasi jenis ataupun usaha domestikasi.
68
Usaha domestikasi sebagai landasan usaha pembudidayaan dapat dilakukan untuk mengurangi penurunan kepadatan populasi yang apabila dibiarkan secara terus menerus tentu akan mengakibatkan kepunahan. Kajian ekobiologi terutama biologi reproduksi dari hasil penelitian ini sangat diperlukan untuk usaha domestikasi maupun pembudidayaan. Seringkali usaha pembudidayaan dilakukan tanpa kajian biologi reproduksi di alam, sehingga akan mengakibatkan usaha tersebut gagal atau kurang berhasil secara maksimal. Usaha konservasi mempunyai fungsi utama yaitu sebagai fungsi ekologis dalam menunjang peningkatan populasi alami melalui pemulihan populasi, dan sebagai fungsi sosio ekonomi maupun sosio budaya dalam memenuhi aspek pemanfaatannya bagi kesejahteraaan manusia (Hartoto et al. 1998). Pengelolaan sumberdaya perikanan di suatu perairan dapat dilakukan sebagai upaya untuk memperoleh produksi perikanan maksimum yang berkelanjutan, keuntungan ekonomi maksimum yang berkesinambungan bagi para pihak pengguna sumberdaya perikanan dan meningkatkan kesejahteraan para pihak yang terkait dengan pemanfaatan sumberdaya perikanan terutama nelayan (King 1997). Strategi pengelolaan perikanan terkait dengan pengaturan ukuran ikan yang boleh ditangkap, pengaturan jenis alat, waktu dan lokasi penangkapan (Gulland 1977). Penentuan ukuran ikan yang boleh ditangkap didasarkan atas pertimbangan ikan yang telah mampu melakukan reproduksi untuk regenerasi atau kelangsungan keturunannya. Rata-rata ukuran ikan lais betina matang gonad yang ditemukan di S. Kampar selama penelitian adalah 24,9±1,57 cm, sedangkan pada ikan lais jantan adalah 25,9±1,88 cm. Berdasarkan ukuran ikan matang gonad yang ditemukan di S. Kampar tersebut, penentuan ukuran ikan lais betina yang boleh ditangkap adalah > 24,9 cm dan ikan lais jantan > 25,9 cm. Dari hasil penelitian, terlihat bahwa ikan lais mempunyai satu kali musim pemijahan dalam setahun yaitu pada saat naiknya curah hujan yaitu bulan September, berlanjut hingga bulan Oktober dan November. Lokasi pemijahan yang paling disukai adalah danau banjiran yang berhubungan dengan anak sungai Segati. Hal ini menunjukkan adanya hubungan yang kuat antara perilaku pemijahan dengan keberadaan danau banjiran dan kondisi curah hujan. Hubungan antara sungai/anak sungai dengan danau banjiran disajikan pada Gambar 24.
69
(a)
Danau banjiran
Sungai /anak sungai
(b) Danau banjiran
Sungai /anak sungai
Gambar 24
Skema hubungan sungai/anak sungai dengan danau banjiran pada (a) musim kemarau, (b) musim penghujan
Pada musim kemarau, aliran yang menghubungkan sungai/anak sungai dengan danau banjiran dapat terputus, sedangkan pada musim banjir alirannya dapat bersambung kembali. Kondisi ini dimanfaatkan oleh para nelayan untuk memasang alat tangkap berupa sempirai (perangkap) pada aliran sementara (temporary channel (Gambar 25)) antara sungai/anak sungai dengan danau banjiran yang mulai bersambungan kembali, sehingga ikan-ikan yang menuju danau banjiran akan banyak tertangkap. Pada saat tersebut, ikan-ikan yang akan memijah (TKG IV) akan tertangkap. Reproduksi ikan umumnya tergantung kepada kondisi lingkungan yang disesuaikan dengan fluktuasi kelimpahan makanan, perlindungan dari predator terutama terhadap anak-anak ikan dan kondisi abiotik lingkungan (Wootton 1990). Ikan yang hidup pada ekosistem sungai rawa banjiran sebagian besar memijah tepat pada awal flooding atau selama flooding ke bagian floodplain, yang disesuaikan
70
dengan kondisi yang menguntungkan dengan melimpahnya sumber makanan dan perlindungan dari predator (Welcomme 1985).
Rawa
Aliran sementara
Danau banjiran
Saluran utama
Danau berbentuk lengkungan (scroll) Dataran banjiran
Danau berbentuk tapal kuda (oxbow)
Dataran tinggi
Gambar 25 Saluran sungai utama dengan dataran banjirannya pada ekosistem sungai rawa banjiran (Welcomme 2001) Adanya satu puncak kurva IKG dan satu puncak kurva sebaran diameter telur dari hasil penelitian menunjukkan bahwa ikan lais di S. Kampar dalam penelitian ini mempunyai satu musim pemijahan dalam satu tahun yang bergantung kepada masuknya musim hujan. Fluktuasi curah hujan dan faktor fisika kimia air lainnya yaitu suhu, kekeruhan, kedalaman, kecepatan arus, pH, alkalinitas, oksigen terlarut sangat berpengaruh terhadap pola pemijahan, lokasi pemijahan dan musim pemijahan ikan lais di S. Kampar. Pengaturan penutupan lokasi pemijahan selama musim pemijahan dapat dilakukan untuk mengurangi penurunan kepadatan populasi ikan. Hal ini dapat dilakukan dengan melibatkan nelayan untuk berpartisipasi menjaga kelestarian ikan. Di S. Kampar khususnya di Kecamatan Langgam Kabupaten Pelalawan, masyarakat mempunyai cara tersendiri untuk pengaturan penangkapan ikan dengan sistim lelang danau yaitu danau-danau yang produktif dapat disewa per tahun oleh kelompok nelayan tertentu dan hanya kelompok nelayan tersebut yang boleh
71
menangkap ikan di danau-danau tersebut. Tetapi usaha tersebut diperkirakan kurang maksimal, kalau tanpa dibarengi usaha pengaturan penutupan terhadap lokasi pemijahan dan aliran yang mengubungkan anak sungai/sungai dengan lokasi pemijahan selama musim pemijahan. Pemakaian alat tangkap ikan berupa sempirai (perangkap) tidak boleh dilakukan pada jalur sungai/anak sungai ke danau banjiran, terutama pada musim pemijahan. Hal ini dimaksudkan agar induk ikan tidak terganggu melangsungkan proses reproduksi untuk kelangsungan keturunannya.
SIMPULAN DAN SARAN Simpulan 1) Ikan lais Ompok spp dari S. Kampar mempunyai 124 situs nukleotida spesifik dan 7 situs asam amino spesifik; Kryptopterus spp. dari S. Kampar mempunyai 68 situs nukleotida spesifik dan 6 situs asam amino spesifik sebagai penanda genetik (barcoding). 2) Hubungan kekerabatan intra spesies O. hypophthalmus, O. eugeneiatus, K. limpok, K. schilbeides dan K apogon dari S. Kampar berdasarkan runutan nukleotida dan asam amino, masing-masing membentuk 1 kelompok yang didukung dengan nilai bootstrap yang tinggi. 3) Rata-rata ikan lais O. hypophthalmus betina matang gonad pada ukuran 24,9±1,57 cm dan 74,26±12,40 g, sedangkan ikan lais jantan pada ukuran 25,9±1,88 cm dan berat 79,80±20,49 g. 4) Musim pemijahan ikan lais O. hypophthalmus terjadi pada bulan September hingga November. 5) Lokasi pemijahan yang disukai ikan lais O. hypophthalmus adalah danau banjiran yang berhubungan dengan anak sungai yang alirannya terputus pada musim kemarau dan bersambung kembali pada musim hujan. 6) Pola pemijahan ikan lais O. hypophthalmus adalah total spawner. 7) Nilai parameter fisika kimia perairan berfluktuasi mengikuti musim (curah hujan dan jumlah hari hujan), dan sangat berpengaruh terhadap pola, lokasi dan musim pemijahan ikan lais O. hypophthalmus di S. Kampar. Saran 1) Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut terhadap penanda genetik selain gen sitokrom b untuk lebih memantapkan hubungan kekerabatan ikan lais. 2) Untuk mengurangi penurunan kepadatan populasi ikan lais O. hypophthalmus, penentuan ukuran yang boleh ditangkap berdasarkan ukuran ikan yang telah melakukan reproduksi untuk kelangsungan keturunannya. 3) Sebaiknya tidak dilakukan pemakaian perangkap ikan pada jalur sungai/anak sungai ke danau banjiran pada musim pemijahan.
DAFTAR PUSTAKA Agostinho AA, Thomaz SM, Mintevera CV, Winemiller KO. 2000. Biodiversity in the high Parana rivers floodplain. pp 89-118. in: Gopal B, Junk WJ, Davis JA (Eds). Biodiversity in Wetland assessment, function and conservation. Vol. I. Leiden: Backhuys Publishers. Alaerts G, Santika SS. 1987. Metoda penelitian air. Surabaya: Usaha Nasional. Ali AB. 1993. Aspects of the fecundity of the feral catfish Clarias macrocephalus (Gunther), population obtained from the rice fields used for rice-fish farming in Malaysia. Hydrobiologia 254: 81-89. Alp A, Kara C, Buyukcapar HM. 2004. Reproductive biology in a native European catfish Silurus glanis L. 1758 population in Menzelet Reservoir. Turk J Vet Anim Sci 28:613-622. [Anonim]. 2001. Peraturan Pemerintah Repulik Indonesia Nomor 82 Tahun 2001 Tentang Pengelolaaan Kualitas Air dan Pengendalian Pencemaran Air. Awalina, Hartoto DI. 2000. Limnological Characteristics of Lake Rengas Fishery Reserve in Central Kalimantan. pp 387-395. In: Proceedings of The International Symposium on Tropical Peatlands. Bogor, 22-23 November 1999. Hokkaido University and The Indonesian Institute of Sciences. Boyd CE. 1990. Water quality in ponds for aquaculture. Alabama Agricultural Experiment Station. Alabama USA: Auburn University. Broughton RE, Milam JE, Roe BA. 2001. The complete sequence of the zebrafish (Danio rerio) mitochondrial genome and evolutionary patterns in vertebrate mitochondrial DNA. Genome Res 11:1958-1967. Cerda L, Calman BG, Lafleur Jr GJ, Limesand S. 1996. Pattern of vitellogenesis and ovarian folicular cycle of Fundulus heteroclitus. Gen Comp Endocrinol 103: 24-35. Chinabut S, Limsuwan C, Kitsawat P. 1991. Histology of the walking catfish Clarias batrachus. Canada: International Development Research. [Diskanlut] Dinas Perikanan dan Kelautan. 2006. Statistik perikanan tangkap Provinsi Riau. Pekanbaru: Diskanlut Provinsi Riau. [Diskanlut] Dinas Perikanan dan Kelautan. 2007. Statistik perikanan tangkap Provinsi Riau. Pekanbaru: Diskanlut Provinsi Riau.
74
Doadrio I, Carmona JA, Machordom A. 2002. Haplotype diversity and phylogenetic relationships among the Iberian Barbels (Barbus, Cyprinidae) Reveal Two Evolutionary Lineages. J Hered 93:140-147. Doadrio I, Perdices A. 2005. Phylogenetic Relationships Among The Ibero-African Cobitids (Cobitis, Cobitidae) Based on Cytochrome-b Sequence Data. Mol Phylogenet Evol 37 : 484-493. Duryadi D. 1993. Role possible du comportement dans l’evolution de Deux Souris Mus macedonicus et Mus spicilequs en Europe Centrale [thesis doctorat]. France: Montpellier II, Sciences et Techniques du Languedoc. Effendie MI. 1992. Metoda biologi perikanan. Bogor: Yayasan Agromedia. Elvyra R. 2000. Beberapa aspek ekologi ikan lais Kryptopterus limpok (Blkr.) di Sungai Kampar Kiri Riau [tesis]. Padang: Program Pasca Sarjana, Universitas Andalas. Elvyra R, Duryadi D. 2007. Kajian penanda genetik gen sitokrom b DNA mitokondria ikan lais dari Sungai Kampar Riau. J Natur Ind 10:6 -12. Farias IP, Orti G, Sampaio I, Schneider H, Meyer A. 2001. The Cytochrome b gene as a phylogenetic marker: the limits of resolution for analyzing relationships among Cichlid fishes. J Mol Evol 53:89-103. FishBase. 2008. A global information system on fishes. http://www.fishbase.org/ [16 Januari 2008]. [Fordas] Forum Koordinasi Daerah Aliran Sungai. 2008. Kerusakan hutan dinilai sebabkan banjir. Pekanbaru: Fordas Provinsi Riau. GenBank. 2009. Genomes. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ [13 Februari 2009]. Gomes ID, Araujo FG. 2004. Reproductive biology of two marine catfishes (Siluriformes, Ariidae) in the Sepetiba Bay Brazil. Rev Biol Trop 52:143156. Gulland JA. 1977. Fish population dynamics. The implications of management. Ed ke-2. Jhon Willey and Sons. Hardman M. 2005. The phylogenetic relationships among non-diplomystid catfishes as inferred from mitochondrial cytochrome b sequences; the search for the Ictalurid sister taxon (Otophysi: Siluriformes). Mol Phylogenet Evol 37: 700-720.
75
Hartoto DI, Sjafei DS, Sumantadinata K. 1993. Pengembangan baku mutu sifat limno-engineering pusat distribusi biodiversitas perikanan perairan umum tropika studi kasus di propinsi Jambi. pp 119-137. dalam: Prosiding Proyek Penelitian dan Pengembangan Sumber Daya Perairan Tawar 1993/1994. Bogor: Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia. Hartoto DI et al. 1998. Kriteria evaluasi suaka perikanan perairan darat. Pusat Penelitian dan Pengembangan Limnologi. Bogor: Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia. Hartoto DI, Sjafei DS, Kamal MM. 1999. Catatan kebiasaan pakan ikan air tawar di Danau Takapan Kalimantan Tengah. Limnotek 6: 23-32. Hartoto DI. 2000a. An overview of some limnological parameters and management status of fishery reserves in Central Kalimantan. Rep Suwa Hydrobiol 12:49-74. Hartoto DI. 2000b. Relationship of water level to water quality in an oxbow lake of Central Kalimantan. pp 375-386. In: Proceedings of The International Symposium on Tropical Peatlands. Bogor, 22-23 November 1999. Hokkaido University and The Indonesian Institute of Sciences. Hunter JR, Macewicz BJ, Chyanhuilo N, Kimbrill CA. 1992. Fecundity, spawning and maturity of female Dover Sole Microstomus pacificus with and evaluation of assumption and precisions. Fish Bull 90:101-128. Iguchi K, Tanimura Y, Takeshima H, Nishida M. 1999. Genetic variation and geographic population structure of amphidromous Ayu Plecoglossus altivelis as examined by mitochondrial DNA sequencing. Fish Sci 65: 6367. Ketmaier et al. 2004. Molecular Phylogeny of Two Lineages of Leuciscinae Cyprinids (Telestes and Scardinius) from The Peri-Mediterranean Area Based on Cytochrome-b Data. Mol Phylogenet Evol 32 : 1061-1071. King M. 1997. Fisheries biology, assessment and management. Fishing News Books. London: A division of Blackwell Science Ltd. Kottelat M, Whitten AJ, Kartikasari SN, Wirdjoatmodjo S. 1993. Freshwater fishes of western Indonesia and Sulawesi. Jakarta: Periplus edition (HK) in collaboration with the environment Rep. of Indonesia. Lowe-McConnell RH. 1987. Ecological studies in tropical fish communities. Australia: Cambridge University Press.
76
McLellan DA, McCracken KG. 2001. Estimating the influence of selection on the variable amino acid sites of the Cytochrome b protein functional domains. Mol Biol Evol 18:917-925. Nei M, Kumar S. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. New York: Oxford University Press. Nelson JS. 1984. Fishes of the world. Canada: Jhon Willey and Sons. Ng HH. 2001. Kryptopterus dissitus a new silurid catfish from Indochina (Teleostei, Siluridae). Folia Zool 50:197-200. Ng HH. 2003. A review of the Ompok hypophthalmus group of Silurid catfishes with the description of a new species from South East Asia. J Fish Biol 62:1296-1311. Ng HH, Tan HH. 2004. Ompok platyrhynchus a new Silurid catfish (Teleostei: Siluridae) from Borneo. Zootaxa 580:1-11. Peng Z, He S, Zhang Y. 2004. Phylogenetic relationships of Glyptosternoid fishes (Siluriformes: Sisoridae) inferred from mitochondrial Cytochrome b gene sequences. Mol Phylogenet Evol 31:979-987. Pereira
SL. 2000. Mitochondrial genome phylogenetics. Gen Mol Biol 23:745-752.
organization
and
vertebrate
Pulungan CP, Ahmad M, Siregar YI, Ma’amoen A, Alawi H. 1985. Morfometrik ikan selais Siluroidea dari perairan Kecamatan Kampar Kiri Kabupaten Kampar Riau. Pekanbaru: Pusat Penelitian Universitas Riau. Simanjuntak CPH. 2007. Reproduksi ikan lais Ompok hypophthalmus (Blkr.) berkaitan dengan perubahan hidromorfologi perairan di rawa banjiran Sungai Kampar Kiri [tesis]. Bogor: Institut Pertanian Bogor. Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2007. MEGA 4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 10.1093/molbev/msm092. Utomo AD, Adjie S, Asyari. 1990. Aspek biologi ikan lais di perairan Lubuk Lampam Sumatera Selatan. Bull Penel Perik Darat 2:105-111. Utomo AD, Kaban S, Hartoto DI. 2008. Correlation of water level fluctuation to physico-chemical features of Lubuk Lampam floodplain. Fish Ecol Man Lubuk Lampam Floodplain: 8-15.
77
Van der Wall BCW. 2006. Observations on the breeding habits of Clarias gariepinus (Burchell). J Fish Biol 6:23-27. Wallace R, Selman K. 1981. Cellular and dynamic aspects of oocyte growth in Teleost. Am Zool 21:325-343. Weber M, De Beaufort LF. 1913. The Fish of the Indo-Australian archipelago. Vol. II. Malacopterygii, Myctophoidea, Ostariophysi : I. Siluroidea. Leiden: E.J. Brill Ltd. Welcomme RL. 1979. Fisheries ecology of floodplain rivers. New York: Longman. Welcomme RL. 1985. River fisheries. FAO Fisheries Technical Paper No. 262. Rome: FAO. Welcomme RL. 2001. Inland fisheries, ecology and management. Iowa USA: Blackwell Science Company. Wilcox TP, Garcia de Leon FJ, Hendrickson DA, Hillis DM. 2004. Convergence among cave catfishes: long-branch attraction and a Bayesian relative rates test. Mol Phylogenet Evol 31:1101-1113. Wootton RJ. 1990. Ecology of Teleost fishes. Ed ke-1. London: Chapman and Hall. Yalcin S, Solak K, Akyurt I. 2001. Certain reproductive characteristics of the catfish (Clarias gariepinus Burchell 1822) living in the River Asi Turkey. Turk J Zool 25:453-460.
Lampiran 1 Matrik ciri-ciri morfologis beberapa ikan lais Kryptopterus spp. dan Ompok spp. berdasarkan Kottelat et al. (1993); Ng (2001); Ng dan Tan (2004); FishBase (2008) Jenis
1 Kryptopterus limpok
Ukuran maks. Panjang standar = 26 cm
Sirip punggung Jari-jari = 2 (*)
Sirip dubur Jari-jari = 7688
Referensi utama Kottelat et al. (1993)
2 Kryptopterus apogon
Referensi utama Rainboth (1996)
Sungut rahang atas panjangnya sampai melewati bagian ¼ akhir sirip dubur.
Gigi vomer
Gigi vomer membentuk pita yang bersambung (**)
Sungut rahang bawah panjangnya hampir mencapai sirip dada (*) Panjang standar = 130 cm
Jari-jari = 0
Jari-jari = 75-91
Referensi utama Roberts (1989)
3 Kryptopterus schilbeides
Ciri-ciri morfologis Sungut rahang atas dan bawah
Sungut-sungut sama panjang atau lebih pendek daripada diameter mata.
Gigi vomer membentuk pita yang bersegi (angular).
Sungut rahang bawah lebih pendek dari diameter mata atau tidak ada.
Panjang total = 12 cm
Jari-jari = 0
Jari-jari = 65-71 (*)
Rahang bawah meruncing melampaui rahang atas ketika mulut tertutup(*) Sungut rahang atas panjangnya 2 kali panjang kepala. Sungut rahang bawah rudimenter atau tidak ada.
Gigi vomer membentuk dua kelompok terpisah (masingmasing kelompok berada pada baris pertengahan).
Ciri-ciri tambahan Panjang moncong = 36,1-42,1% panjang Standar (**) Profil punggung mencembung seperti profil tengkuknya (*) Panjang standar = 5,7-7,0 kali tinggi tubuh; atau = 4,6-5,3 kali panjang kepala (*)
Pertengahan garis lateral tipis, berwarna merah jambu.
78
Lampiran 1 lanjutan Jenis
4 Ompok eugeneiatus Referensi utama Kottelat et al. (1993) 5 Ompok hypophthalmus Referensi utama Kottelat et al. (1993)
Ukuran maks. Panjang total = 16,5 cm
Sirip punggung Jari-jari = 4
Sirip dubur Jari-jari = 58-62
Ciri-ciri morfologis Sungut rahang atas dan bawah Sungut rahang atas panjangnya 4 kali panjang kepala.
Gigi vomer
Ciri-ciri tambahan
Gigi vomer membentuk dua kelompok terpisah.
Bintik-bintik dihubung-kan oleh garis di sepan-jang sisi badan (*)
Gigi vomer dihubungkan pada bagian pertengahan oleh barisan gigi-gigi kecil.
Lebar kepala = 10-10,7% panjang standar.
Sungut rahang bawah panjangnya melampaui ekor (*) Panjang standar = 30 cm
Jari-jari = 4
Jari-jari = 74-84
Sungut rahang atas panjangnya melampaui pertengahan sirip dubur. Sungut rahang bawah lebih pendek daripada kepala.
Tinggi batang ekor = 4,3-5,1% panjang standar. Tinggi tubuh = 18,9-21,9% panjang standar (***) Panjang moncong = 42,1-44,7% panjang kepala (***) Bintik kecil yang jelas pada pangkal sirip ekor. Bintik-bintik atau garis gelap pada sisi badan (*)
Keterangan : (*) = data dari Kottelat et al. (1993); (**) = data dari Ng (2001); (***) = data dari Ng dan Tan (2004) 79
80
Lampiran 2 Lokasi stasiun penelitian dan alat tangkap ikan di Sungai Kampar
Stasiun Sungai Langgam
Stasiun anak sungai Segati
Stasiun Danau Kejuit
Nelayan menggunakan jaring insang
Belek bambu dan sempirai
Jaring dan sempirai
80
81
Lampiran 3 Sket stasiun penelitian di Sungai Kampar
p1
p1 I
I
DB1
S
DB1
S
(a)
(b)
p2
p2 II
II AS
DB2
DB2 AS
(a)
(b)
p3 S
DP
(a)
p3
III S
III DP
(b)
Keterangan: (a) = musim kemarau; (b) = musim hujan; I = stasiun S. Langgam (kedalaman 4-5,95 M, lebar 125 M), DB1 = danau banjiran (D. Sarang Janggut : kedalaman 3-5 M, lebar 30 M, panjang 200 M), p1 = panjang aliran penghubung stasiun I dengan D. Sarang Janggut (50 M); II = stasiun A.S. Segati (kedalaman 4,90-6,84 M, lebar 70 M), DB2 = danau banjiran (D. Sarang Penyangek, kedalaman 3-5 M, lebar 20 M, panjang 300 M), p2 = panjang aliran penghubung stasiun II dengan D. Sarang Penyangek (200 M); III = stasiun D. Kejuit (kedalaman 3,14-5 M, lebar 100 M, panjang 1700 M), DP = danau permanen, p3 = panjang aliran penghubung S. Kampar dengan D. Kejuit (50 M)
81
82
Lampiran 4 Komposisi larutan yang digunakan dalam penelitian keragaman genetik ikan lais No. 1
Larutan Digestion buffer
Komposisi -1% (w/v) SDS (Sodium Dodesil Sulfat) -50 mM Tris-HCl pH 9,0 -0,1 M EDTA pH 8,0 -0,2 M NaCl -0,5 mg/ml Proteinase K
2
TE (Tris HCl - EDTA)
-10 mM Tris-HCl -1 mM EDTA pH 8,0
3
TBE (Tris base - Boric acid EDTA)
-89 mM Tris -89 mM asam borat -2 mM EDTA pH 8,0
82
83
Lampiran 5 Jenis-jenis ikan lais dari Sungai Kampar
Ompok hypophthalmus (Bleeker 1846)
Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893)
Kryptopterus limpok (Bleeker 1852)
Kryptopterus schilbeides (Bleeker 1858)
Kryptopterus apogon (Bleeker 1851)
Keterangan: ikan-ikan dalam foto adalah ikan yang telah dewasa
83
84
Lampiran 6
Letak penempelan primer CKBR1 dan CBKR2 pada runutan basa nukleotida gen sitokrom b utuh Kryptopterus minor 1141 pb (GenBank kode akses AY458895; Wilcox et al. 2004)
1 atggtaaccc gaaaaactca ccccttattt aaaattgcta acgacgcatt aattgaccta ccc gaaaaactca cccctta 3
(CBKR1)
61 ccagctccct ctaatatctc tgcatgatga aattttggct ccctcctact cttatgcctt 121 attgtacaaa ttctaaccgg gctattttta gccatacact atacctcaga catctcaaca 181 gccttttcct ctgttgccca catctgccga gacgtaaatt acgggtggct tatccgaaac 241 ctccatgcca acggtgcatc cttcttcttc atctgtatct acttacacat cggacgaggc 301 ctctactatg gctcctactt atataaagaa acctgaaata ttggggtagt cctactactc 361 ctagtaatga taacagcctt tgtaggatat gtcttaccat gaggccaaat gtcattctga 421 ggcgccacag taatcacaaa tctcctatcc gccgtcccct atataggaga tgccctagta 481 caatgaatct gaggtgggtt ttccgtagat aatgcaactc tcacacgctt cttcgcattc 541 cacttcctac tcccattcac aattattgcc gccacagcca tccatgcact atttttgcat 601 gaaactggct caaacaaccc aacaggcctc aactcagacg cagataaaat ctctttccat 661 ccttacttct catataaaga cttactaggt ttcattattt tactcactgc tcttacaacc 721 ctggcattat tttctccaaa cctattaggg gacccagaaa acttcacacc agccaacccc 781 ctagtcacac ctccacatat taaacctgaa tgatacttcc tatttgccta tgccattcta 841 cgatcaatcc ctaacaaact aggaggggtt ctagccttat tattctccat ccttgtacta 901 atagttgttc ccctactaca cacctctaaa caacaaggcc tcactttccg cccaatcgcc 961 caattcctat tctgagccct ggtagcagat gtaataattc taacctgaat tggaggaata 1021 ccagtagaag atccctacgt catcatcgga caaattgcct cagtactata cttttcccta 1081 ttcctaattt taaaccctct aaccgggcta ttagaaaaca aagccctaaa actcaactgc aaaccctct aaccgggcta t 5
(CBKR2)
1141 c
84
Lampiran 7 Penjajaran berganda nukleotida (927 nt) pada gen sitokrom b parsial ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓ 111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TTT GGC TCC CTC CTA CTC TTA TGC CTT ATT GTA CAA ATT CTA ACC GGG CTA TTT TTA GCC Kryptopterus limpok (GB) ..C ... ... ..A T.. ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... C.G ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ..C ... ... ..A T.. ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... C.G ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ..C ... ... ..A T.. ... C.. ... ... ... ..G ... ... ... ... ..A ... ... C.G ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ..C ... ... ..A T.. ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... C.G ... Kryptopterus schilbeides (GB) ... ..T ... ... ..T ... C.C ... ... ... A.. ... ... T.. ... ..A ... ..C C.. ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..G ... ... ... ... C.. ..T ..C ..C A.. ... ... ... ..A ..A ... ..C C.. ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..G ... ... ... ... C.. ..T ..C ..C A.. ... ... ... ..A ..A ... ..C C.. ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..G ... ... ... ... C.. ..T ..C ..C A.. ... ... ... ..A ..A ... ..C C.. ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..C ..A ... ..A ... ... C.. ... ..C ... A.. ... ... ... ... ..A ... ... C.. ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..C C.A ... ..A ... ... C.. ... ..C ... A.. ... ... ... ... ..A ... ... C.. ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..C ..A ... ..A ... ... C.. ... ..C ... A.. ... ... ... ... ..A ... ... C.. ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... .?. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ... ... ..A ... ..A C.. ... A.C GC. ... ... ... ... ... ..A ..T ..C C.G ..A Kryptopterus macrocephalus (GB) ..C ... ..A ... ..G ..T ... ... ..C ... A.. ... ..C ... ..T ... ... ... C.. ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ..C ..C A.. ... ..C T.. ..T ..T ..C ... C.G ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ..C ..C A.. ... ..C T.. ..T ..T ..C ... C.G ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ..C ..C A.. ... ..C T.. ..T ..T ..C ... C.G ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ... ..C A.. ... ..C ... ... ..A ... ..C C.. ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ... ..C A.. ... ..C ... ... ..A ... ..C C.. ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ... ..C A.. ... ..C ... ... ..A ... ..C C.. ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ..C ... ... ..A ... ..A C.. ... ... ..C A.. ... ..C ... ... ..A ... ..C C.. ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ..C C.. ... ..A .G. AAA C.. ... ... ..C A.. ... ..C ..T C.. ..A ... ..C C.. ... Ompok bimaculatus (GB) ... ... ... ..A ... T.A C.. ... ..C ..C A.. ... ..C ... ... ... ... ... ..G ... Ompok miostoma (GB) ... ... ... ..A ... T.A C.. ... ..C ..C A.. ... ..C ... ... ... ... ... ..G ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
85
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓ 111 111 111 111 111 111 111] [ 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 999 999 999 000 000 000 011 111 111 112] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) ATA CAC TAT ACC TCA GAC ATC TCA ACA GCC TTT TCC TCT GTT GCC CAC ATC TGC CGA GAC Kryptopterus limpok (GB) ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... .TA ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... .TA ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (GB) ..G ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ..T ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ..G ... ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..A ..C ..C ... ... ... ..T ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ..G ... ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..A ..C ..C ..A ... ... ..T ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ..G ... ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..A ..C ..C ... ... ... ..T ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ... ..C ... ... ... ... ... ..T ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ... ..C ... ... ... ... ... ..T ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ... ..C ... ... ... ... ... ..T ..A ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ..G ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ..A ..C ..C ... ..T ... ... ... ..T ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ..A ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ..A ... ... ... ... ... ..T Ompok bimaculatus (GB) ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..A ..A ..G ... ..T ... ... ... ... Ompok miostoma (GB) ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..A ..A ..G ... ... ... ... ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
86
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111] [ 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 677 777 777 778] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) GTA AAT TAC GGG TGG CTT ATC CGA AAC CTC CAT GCC AAC GGT GCA TCC TTC TTC TTC ATC Kryptopterus limpok (GB) ... ..C ..T ..C ..A ..A ..T ..C ... ..G ..C ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..C ..T ..C ..A ..A ..T ..C ... ..A ..C ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..C ..T ..C ..A ..A ..T ..C ... ..A ..C ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..C ..T ..C ..A ..A ..T ..C ... ..A ..C ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (GB) ... ..C ... ..T ..A ..A ..T ..T ..T A.T ..C ... ..T ..G ..T ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..C ... ..C ..A T.A ..T ... ..T A.. ..C ... ... ..C ... ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..C ... ..C ..A T.A ..T ... ..T A.. ..C ... ... ..C ... ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..C ... ..C ..A T.A ..T ... ..T A.. ..C ... ... ..C ... ... ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ..C ... ..A ..A T.A ..T ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ..C ..T ..A ..A T.A ..T ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ..C ..T ..A ..A T.A ..T ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ..T ... ... ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..C .G. ..T ..C ... ... ..A ..T ..T ... ... ... ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ..T ... ..T ..A ..A ..A ... ... ... T.. ..C ... ..T ..C ... ... ... ... ... ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..T ..C ... ..C ..A ..A ... ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ... ... ... ..T ..T Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..T ..C ... ..C ..A ..A ... ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ... ... ... ..T ..T Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..T ..C ... ..C ..A ..A ... ..C ... ..A ... ... ... ..A ..C ... ... ... ..T ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..T ... ..G ..C ... ... ..A ..T ..A ... ..T ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..T ... ..G ..C ... ... ..A ..T ..A ... ..T ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..T ... ..G ..C ... ... ..A ..T ..A ... ..T ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..T ... ..G ..C ... ... ..A ..T ..A ... ..T ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..C ... ..C ..A ..A ... ..T ... ..G ..C ... ... ..A ..T ..A ... ..T ... ... Ompok bimaculatus (GB) ... ... ... ..C ..A ... ... ..C ..T G.T ..C ... ..T ..A ..C ..A ... ... ... ... Ompok miostoma (GB) ... ... ... ..C ..A ... ... ..C ..T G.T ..C ... ..T ..A ..C ..A ... ... ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
87
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓111 111 111 111 111 111 122 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222] [ 888 888 888 999 999 999 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TGT ATC TAC TTA CAC ATC GGA CGA GGC CTC TAC TAT GGC TCC TAC TTA TAT AAA GAA ACC Kryptopterus limpok (GB) ..C ... ... C.G ... ... ... ... ... ..T ..T ..C ... ..A ..T C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ..C ... ... C.. ... ... ... ... ... ..T ..T ..C ... ..A ..T C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ..C ... ... C.. ... ... ... ... ... ..T ..T ..C ... ..A ..T C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ..C ... ... C.. ... ... ... ... ... ..T ..T ..C ... ..A ..T C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus schilbeides (GB) ..C ... ..T C.C ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..A ..A ..T C.. ... ... ... ..A Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ..C ... ... C.T ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... C.. ..C ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ..C ... ... C.T ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... C.. ..C ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ..C ... ... C.T ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... C.. ..C ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T ... ... ..A ... C.. ..C G.. ..G ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T ... ... ..A ... C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T ... ... ..A ... C.. ..C ... ..G ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ..C ... ... C.T ... ... ... ... ..T ... ... ..C ..T ... ... C.T ..C ... ... ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ..C ..T ..T C.C ... ..T ... ... ... ..A ... ..C ... ..A ..T C.T ..C ... ... ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..C ..T ... C.G ... ... ..G ... ..T ..T ..T ..C ... ..A ... ... ..C ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..C ..T ... C.G ... ... ..G ... ..T ..T ..T ..C ... ..A ... ... ..C ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..C ..T ... C.G ... ... ..G ... ..T ..T ..T ..C ... ..A ... ... ..C ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ..C ... ... C.C ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ..C ... ... C.C ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ..C ... ... C.C ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ..C ... ... C.C ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ..C ... ... C.C ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... Ompok bimaculatus (GB) ..C T.A ..T C.C ..T ..T ... ... ... ..A ... ..C ... ... ... C.. ... ... ... ... Ompok miostoma (GB) ..C T.A ..T C.C ... ..T ... ... ... ..A ... ..C ... ... ... C.. ... ... ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
88
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 223] [ 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 990] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TGA AAT ATT GGG GTA GTC CTA CTA CTC CTA GTA ATG ATA ACA GCC TTT GTA GGA TAT GTC Kryptopterus limpok (GB) ... ..C ... ..A ..C ..A ... ... ..T ... ... ..A ... ..T ... ..C ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..C ... ..A ..T ..A ... ... ..T ... ... ..A ... ..T ... ..C ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..C ... ..A ..T ..A ... ... ..T ... ... ..A ... ..T ... ..C ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..C ... ..A ..T ..A ... ... ..T ... ... ..A ... ..T ... ..C ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (GB) ... ... ... ..T ... ..T ... T.. ..T T.. ... ... ... ..C ... ..C ... ..G ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..A ... ... ..A ... ..C ..A ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..A ... ... ..A ... ..C ..A ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..A ... ... ..A ... ..C ..A ... ... ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ..C ... ..A ..C ..G ..G T.. ... T.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ..C ... ..A ..C ..G ..G T.. ... T.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ..C ... ..A ..C ..G ..G T.. ... T.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..C ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..C ..C ..A ..G ..A ... ... ..T T.. ... ... ... ..T ... ..C ... ... ..C ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ..C ... ..C ... ... ... T.. ... T.. ... ..A ... ..T ... ... ..G ..C ... ..T ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ..C ... ..A ..T ..A ... T.. ... ... ... ..A ... ..C ..T ..C ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ..C ... ..A ..T ..A ... T.. ... ... ... ..A ... ..C ..T ..C ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ..C ... ..A ..T ..A ... T.. ... ... ... ..A ... ..C ..T ..C ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ..C ... ..C ... ..T ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..C ... ..A ... .A. ... ... ..T ... ... ..A ... ..C ... ..C ... ..T ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ..C ... ..C ... ..T ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ..C ... ..C ... ..T ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..C ... ..A ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ..C ... ..C ... ..T ..C ... Ompok bimaculatus (GB) ... ..C ... ..A ... A.T ... T.C ..A ... ... ..A ..G ..C ..A ..C ..C ... ..C ..A Ompok miostoma (GB) ... ..C ... ..A ..G A.T ... T.T ..G ... ... ..A ... ..C ..A ..C ..T ... ..C ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
89
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333] [ 000 000 000 111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TTA CCA TGA GGC CAA ATG TCA TTC TGA GGC GCC ACA GTA ATC ACA AAT CTC CTA TCC GCC Kryptopterus limpok (GB) C.. ... ... ... ... ..A ..G ... ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..A T.. ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) C.G ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ... ..T Kryptopterus limpok (Kampar 2) C.G ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ... ..T Kryptopterus limpok (Kampar 3) C.G ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ... ..T Kryptopterus schilbeides (GB) C.. ... ... ..T ... ..A ..C ... ... ... ..A ... ..C ..T ... ... ..G ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) C.. ... ... ... ... ..A ..T ... ... ... ..T ... ... ... ... ..C ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) C.. ... ... ... ... ..A ..T ... ... ... ..T ... ... ... ... ..C ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) C.. ... ... ... ... ..A ..T ... ... ... ..T ... ... ... ... ..C ... ..C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) C.. ... ... ... ... ..A ..C ... ..G ..A ... ... ... ... ... ... ..A ..G ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) C.. ... ... ... ... ..A ..C ... ..G ..A ... ... ... ... ... ... ..A ..G ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) C.. ... ... ... ... ..A ..C ... ..G ..A ... ... ... ... ... ... ..A ..G ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) C.. ... ... ... ... ..A ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ... ..A Kryptopterus macrocephalus (GB) C.. ... ... ... ... ..A ..C ... ..G ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ..A ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) C.C ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ..T ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) C.C ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ..T ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) C.C ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A T.. ..T ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) C.. ..G ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) C.. ..G ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) C.. ..G ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) C.. ..G ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) C.. ..G ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..T ..A ... Ompok bimaculatus (GB) C.C ..T ... ..A ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ... ... Ompok miostoma (GB) C.C ..T ... ..G ... ..A ... ... ... ..T ... ... ... ..T ... ... ..G ... ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
90
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 444 444 444 444 444 444 444] [ 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 999 999 999 000 000 000 011 111 111 112] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) GTC CCC TAT ATA GGA GAT GCC CTA GTA CAA TGA ATC TGA GGT GGG TTT TCC GTA GAT AAT Kryptopterus limpok (GB) ... ... ..C G.. ..C A.C ... ... ... ... ... ..T ... ..G ..C ..C ... ... ... ..C Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ... ..C G.. ..C A.C ... ... ... G.. ... ..T ... ..G ..C ..C ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ... ..C G.. ..C A.C ... ... ... G.. ... ..T ... ..G ..C ..C ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ... ..C G.. ..C A.C ... ... ... G.. ... ..T ... ..G ..C ..C ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides(GB) ... ..A ... G.. ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ..G ..C ..C ..T ... ... ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ..G ... ..C G.. ... A.C ... ..T ... ... ... ... ... ..G ..C ..C ..T ..G ..C ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ..G ... ..C G.. ... A.C ... ..T ... ... ... ... ... ..G ..C ..C ..T ..G ..C ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ..G ... ..C G.. ... A.C ... ..T ... ... ... ... ... ..G ..C ..C ..T ..G ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..T ..A ... G.G ..C A.C ... ..C ... ... ... ..T ... ..G ..A ..C ..T ... ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..T ..A ... G.G ..C A.C ... ..C ... ... ... ..T ... ..G ..A ..C ..T ... ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..T ..A ... G.G ..C A.C ... ..C ... ... ... ..T ... ..G ..A ..C ..T ... ..C ..C Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..T ... G.. ... ..C ... T.. ..G ... ..G ..T ... ..A ..C ..C ... ... ..C ..C Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ..A ... G.. ..T A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ... ..T ... ..C ..C ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ... ... ..G ..C ..C ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ... ... ..G ..C ..C ... ..T ... ... ... ... ... ..C ... ... ..T ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ... ... ..G ..C ..C ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..A ..C ... ..C A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ..C ... ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..A ..C ... ..C A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ..C ... ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..A ..C ... ..C A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ..C ... ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..A ..C ... ..C A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ..C ... ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..A ..C ... ..C A.C ... ..C ... ... ... ... ... ..G ..A ..C ... ... ..C ... Ompok bimaculatus (GB) ... ... ..C ..T ... ... ..T ... ... ... ... ..T ... ..A ..C ..C ... ... ... ... Ompok miostoma (GB) ..T ..T ..C ..T ... ... ..T T.. ... ... ... ... ... ..G ..C ..C ... ... ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
91
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444 444] [ 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 677 777 777 778] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) GCA ACT CTC ACA CGC TTC TTC GCA TTC CAC TTC CTA CTC CCA TTC ACA ATT ATT GCC GCC Kryptopterus limpok (GB) ... ..C ... ..T ... ... ..T ... ... ... ..T ..T ... ..C ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..C ... ..T ... ... ..T ... ... ... ..T ..T ... ..C ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..C ... ..T ... ... ..T ... ... ... ..T ..C ... ..C ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..C ... ..T ... ... ..T ... ... ... ..T ..T ... ..C ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (GB) ... ..C ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T T.. ... ... ... ... ..C G.C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..C ..G ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..T ... ... ... ... G.. ... ..T Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..C ..G ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..T ... ... ... ... G.. ... ..T Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..C ..G ..C ... ... ..T ... ... ... ... ..C ..T ... ... ... ... G.. ... ..T Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..G ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... ..C ..T ..C ... G.C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..G ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... ..C ..T ..C ... G.C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..G ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... ..C ..T ..C ... G.C ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..C ..T ..T ..A ... ... ..G C.T ... ... A.C A.G ... ..T ... G.C .CA ..T ..T Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ..C ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..T ..C ... ... ..T .T. ... G.. ... ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ... ..C G.. ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ... ..C G.. ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ..C ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ... ..C G.. ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..C ... ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... G.C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..C ... ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... G.C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..C ... ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... G.C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..C ... ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... G.C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..C ... ..C ..T ... ..T ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... G.C ... ... Ompok bimaculatus (GB) ... ..C ... ... ..A ... ..T ... ... ... ... ..C ..T ..C ... ..C ..C G.A ..T ..A Ompok miostoma (GB) ... ..C ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ..C ..T ..C ... ..C ..C G.A ..T ..A -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
92
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓444 444 444 444 444 444 455 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555] [ 888 888 888 999 999 999 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) ACA GCC ATC CAT GCA CTA TTT TTG CAT GAA ACT GGC TCA AAC AAC CCA ACA GGC CTC AAC Kryptopterus limpok (GB) ... .TA ..A ..C ..C ..G G.C C.A ..C ... ..A ... ... ... ..T ... ..C ... T.T ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... .TA ..A ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ..T ... ..C ... T.A ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... .TA ..A ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ..T ... ..C ... T.A ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... .TA ..A ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ..T ... ..C ... T.A ... Kryptopterus schilbeides (GB) ... ..A ..A ... ..T ... ..C C.A ..C ... ..A ... ..T ... ... ... ... ..G T.A ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..A C.. ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ... ... G.. ..T ..T ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..A C.. ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ... ... G.. ..T ..T ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..A C.. ..C ..C ... ..C C.A ..C ... ..A ... ... ... ... ... G.. ..T ..T ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ..A C.A ... ..C ... ..C C.A ... ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ..A C.A ... ..C ... ..C C.A ... ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ..A C.A ... ..C ... ..C C.A ... ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... A.A ..G ... ..C ... A.. C.A ... ... ... ... ..C ... ... ..C ..C ... ..A ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ..A C.A ... ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ... ..T ... ... ..C ... A.T ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ..G C.A ..C ..C ..G ... C.A ..C ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ..G C.A ..C ..C ..G ... C.A ..C ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ..G C.A ..C ..C ..G ... C.A ..C ... ..G ... ... ... ... ... .TC ... ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..A C.A ..C ..C ..G ..C C.A ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..A C.A ..C ..C ..G ..C C.A ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..A C.A ..C ..C ..G ..C C.A ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..A C.A ..C ..C ..G ..C C.A ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..A C.A ..C ..C ..G ..C C.A ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... Ompok bimaculatus (GB) CA. ..A C.A ..C ..C ... ..C ... ..C ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T Ompok miostoma (GB) ... ..A C.A ..C ..C ... ..C ..A ..C ... ..A ... ... ... ... ... ..C ... ..A ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
93
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 555 556] [ 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 990] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TCA GAC GCA GAT AAA ATC TCT TTC CAT CCT TAC TTC TCA TAT AAA GAC TTA CTA GGT TTC Kryptopterus limpok (GB) ..G ... ... ..C ... ..T ..C ... ... ..A G.. ... ... ..C ... ... C.T ... ..C ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ..T ..C ... ... ..G ... ... ... ... ... ... C.T ... ..C ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ..T ..C ... ... ..G ... ... ... ... ... ... C.T ... ..C ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ..T ..C ... ... ..G ... ... ... ... ... ... C.T ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (GB) ..G ... ..C ..C ... ... A.C ..T TCC ..A ... ... ... ..C ... ... ... ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ..T C.A ... ..C ..C ..T ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ..T C.A ... ..C ..C ..T ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ... ... ..C ... ..T C.A ... ..C ..C ..T ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..G ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..G ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..G ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ..G ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..A A.. ..C ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. .AT ... ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ... ... ..C ... ... ..C ..T ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ... ... ... ... ... ..C ... ..C ... ..T ... ... ... ... ..T C.C ... ..C ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ... ... ... ... ... ..C ... ..C ... ..T ... ... ... ... ..T C.C ... ..C ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ... ... ... ... ... ..C ... ..C ... ..T ... ... ... ... ..T C.C ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ..A ... ... ... ..C ... ... C.C ... ..C ... Ompok bimaculatus (GB) ... ..T ... ... ... ..T C.A ... ... ..A ... ..T ... ..C ... ..T ... ... ..C ..T Ompok miostoma (GB) ... A.T ... ... ... ..T C.A ... ... ..A ... ..T ... ... ... ..T ... ... ..C ..T -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
94
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666] [ 000 000 000 111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) ATT ATT TTA CTC ACT GCT CTT ACA ACC CTG GCA TTA TTT TCT CCA AAC CTA TTA GGG GAC Kryptopterus limpok (GB) ... ... C.. ... ... ..C ..C ... G.T ..A ... C.. ..C ..C ..T ... ..C ... ..A ..T Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..C C.. ... ... A.C ..C ... G.T ..A ... C.. ..C ..C ..T ... ..C ..G ..A ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..C C.. ... ... A.C ..C ... G.T ..A ... C.. ..C ..C ..T ... ..C ..G ..A ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..C C.. ... ... A.C ..C ... G.T ..A ... C.. ..C ..C ..T ... ..C ..G ..A ... Kryptopterus schilbeides (GB) ..C ... C.. ..T ... ..C ..A G.. T.. ..A ... C.C ..C ..C ..T ... ..C C.. ..C ..T Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ..C C.A C.T ..A ..A ..C ..A G.C G.T ..A ... C.. ..C ..C ... ... ..C ... ..T ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ..C C.A C.T ..A ..A ..C ..A G.C G.T ..A ... C.. ..C ..C ... ... ..C ... ..T ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ..C C.A C.T ..A ..A ..C ..A G.C G.T ..A ... C.. ..C ..C ... ... ..C ... ..T ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..C ..C C.. A.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..C C.. ..A ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..C ..C C.. A.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..C C.. ..A ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..C ..C C.. A.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..C C.. ..A ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ..C C.C ... A.. ... ..C ..C ... ... ..C T.C C.. ..C ..C ... ... ..C C.. ..A ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ..C ..A C.. ... ..A ..C ..C G.T ..A ..A ... C.. ..C ... ..C ... ... ... ..A ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..C ... C.. ... ..G A.C ..A ... G.T ..C ... C.. ..C ..C ... ..T ..C C.. ..A ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..C ... C.. ... ..G A.C ..G ... G.T ..C ... C.. ..C ..C ... ..T ..C C.. ..A ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..C ... C.. ... ..G A.C ..G ... G.T ..C ... C.. ..C ..C ... ..T ..C C.. ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ..C ..C C.. ... ..C ..C ..C G.. ... ..A ... ... ..C ..C ... ... ..T C.. ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ..C ..C C.. ... ..C ..C ..C G.. ... ..A ... ... ..C ..C ... ... ..T C.. ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ..C ..C C.. ... ..C ..C ..C G.. ... ..A ... ... ..C ..C ... ... ..T C.. ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ..C ..C C.. ... ..C ..C ..C G.. ... ..A ... ... ..C ..C ... ... ..T C.. ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ..C ..C C.. ... ..C ..C ..C G.. ... ..A ... ... ..C ..C ... ... ..T C.. ..A ... Ompok bimaculatus (GB) ... ... C.C ... ..A ..C ..C ... ... ... ... C.. ... ..A ..T ... ..C C.. ..A ... Ompok miostoma (GB) ... ... C.C ... ..A ..C ..C ... .T. ..C ... C.. ..C ..A ..T ... ..C C.. ..A ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
95
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 666 777 777 777 777 777 777 777] [ 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 999 999 999 000 000 000 011 111 111 112] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) CCA GAA AAC TTC ACA CCA GCC AAC CCC CTA GTC ACA CCT CCA CAT ATT AAA CCT GAA TGA Kryptopterus limpok (GB) ... ... ..T ... ..C ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ... ..A ..G ..G Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ... ... ... ..C ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ... ..A ... ..G Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ... ... ... ..C ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ... ..A ... ..G Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ... ... ... ..C ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ... ..A ... ..G Kryptopterus schilbeides (GB) ... ... ... ..T ..C ..C ..T ... ... ... ..A ..C ... ... ..C ..C ... ..A ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ... ..T ... ..G ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ..C ..C ..G ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ... ..T ... ..G ..C ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ..C ..C ..G ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ... ..T ... ..G ..G ... ... ... ... ..T ... ..C ..T ..C ..C ..G ... ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ... ... ... ... ..T ... ... ..T ... ..A ..C ..G ... ..C ..C ... ..A ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ... ... ... ... ..T ... ... ..T ... ..A ..C ..G ... ..C ..C ... ..A ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ... ... ... ... ..T ... ... ..T ... ..A ..C ..G ... ..C ..C ... ..A ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ... ... ..T ..C ... ..A ... ..A T.. ... ..T ..C ... ... ..C ... ..A ... ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ... ... ... ... ..T ... ... ... T.. ..A ..G ..G ..C ..C ... ... ..A ... ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..C ... ..T ... ... ... ..T ..T ..T ... ..A ... ..G ..C ... ..C ..G ..A ... ..G Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..C ... ..T ... ... ... ..T ..T ..T ... ..A ... ..G ..C ... ..C ... ..A ... ..G Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..C ... ..T ... ... ... ..T ..T ..T ... ..A ... ..G ..C ... ..C ... ..A ... ..G Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ... ... ... ... ..C ... ..T ..A ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ..A ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ... ... ... ... ..C ... ..T ..A ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ..A ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ... ... ... ... ..C ... ..T ..A ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ..A ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ... ... ... ... ..C ... ..T ..A ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ..A ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ... ... ... ... ..C ... ..T ..A ... ... ... ..A ..C ... ..C ... ..A ... ... Ompok bimaculatus (GB) ..C ... ... ..T ... ... ... ..T ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ... ..A ... ..G Ompok miostoma (GB) ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ... ..G ..A ... ..G -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
96
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777 777] [ 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 677 777 777 778] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) TAC TTC CTA TTT GCC TAT GCC ATT CTA CGA TCA ATC CCT AAC AAA CTA GGA GGG GTT CTA Kryptopterus limpok (GB) ... ..T ... ... ..A ..C ... ..C ..C ..C ... ... ..A ..T ... ... ... ..C ..A T.. Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..T ... ... ..A ..C ... ..C ..C ..C ... ... ..A ..T ... ... ... ..C ..A T.. Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..T ... ... ..A ..C ... ..C ..C ..C ... ... ..A ..T ... ... ... ..C ..A T.. Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..T ... ... ..A ..C ... ..C ..C ..C ... ... ..A ..T ... ... ... ..C ..A T.. Kryptopterus schilbeides (GB) ... ..T ... ... ... ..C ..A ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ..A ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ..T ... T.. ... ..A ... ... ... ..C ..C ..C ... ..C ... ... ... ..T ..C ..A ..G Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ..T ... T.. ... ..A ... ... ... ..C ..C ..C ... ..C ... ... ... ..T ..C ..A ..G Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ..T ... T.. ... ..A ... ... ... ..C ..C ..C ... ..C ... ... ... ..T ..C ..A ..G Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ... ... ..C ..A ... .GT ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..A ..A ..G Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ... ... ..C ..A ... ..T ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..A ..A ..G Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ... ... ..C ..A ... ..T ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..A ..A ..G Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ..T ... ... ..A ... ... ..C T.. ... ... ... ..A ..T ... T.. ... ..A ..A ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ..T ..T ... ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ... ... ... ... ..A ..A T.. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..T ... ... ... ..A ... ... ..C ..C ..C ... ... ..C ... ... ... ... ..C ..A T.. Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..T ... ... ... ..A ... ... ..C ..C ..C ... ... ..C ... ... ... ... ..C ..A T.. Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..T ... ... ... ..A ... ... ..C ..C ..C ... ... ..C ... ... ... ... ..C ..A T.. Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ... ..T ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ... ..T ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ... ..T ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ... ..T ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ..A ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ... ..T ..C ..A ..C ... ..C ... ..C ... ... ..C ..T ... ... ... ..T ..A ... Ompok bimaculatus (GB) ..T ... ... ... ..A ... ... ... T.. ... ... ..T ..A ..T ... ... ... ..A ..A ... Ompok miostoma (GB) ..T ... ... ... ..A ..C ... ... T.. ... ... ..T ..A ..T ... ... ... ..A ..A ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
97
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓777 777 777 777 777 777 788 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888] [ 888 888 888 999 999 999 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) GCC TTA TTA TTC TCC ATC CTT GTA CTA ATA GTT GTT CCC CTA CTA CAC ACC TCT AAA CAA Kryptopterus limpok (GB) ... C.. C.. ... ..T ... ..C ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... C.C C.. ... ..T ... ..C ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ..G Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... C.C C.. ... ..T ... ..C ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... C.C C.. ... ..T ... ..C ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ..G Kryptopterus schilbeides (GB) ... C.. ... ... ..A ..T ... ..C ... ... C.. ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... C.G C.. ... ... ... ..C ... T.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... C.G C.. ... ... ... ..C ... T.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... C.G C.. ... ... ... ..C ... T.. ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... C.. C.. ..T ..A ... ..C ... ... ... ..A ..A ..A ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... C.. C.. ..T ..A ... ..C ... ... ... ..A ..A ..A ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... C.. C.. ..T ..A ... ..C ... ... ... ..A ..A ..A ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ..A C.. C.. ... ..A ... ..A ... T.. ... C.C ..C ..T ... ... ... ... ..C ... ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... C.. C.. C.. ..T ... ..C ... ..T ... ... ..C ... ... ... ..T ... ..C ... ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... C.. C.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..A ... ..G T.. ... ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... C.. C.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..A ... ..G T.. ... ... ... ... ... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... C.. C.. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ..A ... ..G T.. ... ... ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... C.. C.. ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... C.. C.. ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... C.. C.. ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... C.. C.. ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... C.. C.. ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok bimaculatus (GB) ..A ... C.. ... ... ... T.A ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ..C ... ... Ompok miostoma (GB) ..A C.. C.. ... ... ... T.A ... ... ... ..C ..A ... ... T.. ... ... ..C ... ... -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
98
Lampiran 7 lanjutan ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 888 889] [ 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 990] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300] ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) CAA GGC CTC ACT TTC CGC CCA ATC GCC CAA TTC CTA TTC TGA GCC CTG GTA GCA GAT GTA Kryptopterus limpok (GB) ... ..A ..T ..C ... ... ..C T.A ... ... ... ... ... ... .T. ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus limpok (Kampar 1) ... ..A ..T ..C ... ... ..C T.A ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus limpok (Kampar 2) ... ..A ..T ..C ... ... ..C T.A ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... .GC ..C Kryptopterus limpok (Kampar 3) ... ..A ..T ..C ... ... ..C T.A ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus schilbeides (GB) ... ... ... ... ... ..G ..C C.T A.. ... ... ..C ... ... ..A ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ... ..C C.. ... ... ... ..C ..T ... ... ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ... ..C C.. ... ... ... ..C ..T ... ... ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ... ... ..C ... ... ..C C.. ... ... ... ..C ..T ... ... ..A ... ... ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 1) ... ..T ... ..C ... ... ..C C.A ... ..G C.. ..C ... ... .T. ... ... ... ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 2) ... ..T ... ..C ... ... ..C C.A ... ..G C.. ..C ... ... .T. ... ... ... ..C ..C Kryptopterus apogon (Kampar 3) ... ..T ... ..C ... ... ..C C.A ... ..G C.. ... ... ... .T. ... ... ... ..C ..C Kryptopterus bicirrhis (GB) ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ... ... ... ..C .A. ... ..C C.A ... ..G C.. ... ..T ... A.. ..T ..C ... ..C ..C Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ... ... ..C ... ... ..C T.G ... ... ... ... ... ... A.T T.A ... ... ..C ... ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ..T ..C C.. T.. ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ..C ..C Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ..T ..C C.. T.. ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ..C ..C Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ... ... ... ..C ... ..T ..C C.. T.. ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ..C ..C Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ... ... ..C ... ... ... C.A ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ... ..C ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ... ... ..C ... ... ... C.A ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ... ..C ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ... ... ..C ... ... ... C.A ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ... ..C ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ... ... ..C ... ... ... C.A ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ... ..C ..T Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ... ... ..C ... ... ... C.A ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ... ..C ..T Ompok bimaculatus (GB) ... ..A ..T ..C ... ... ..C T.A ... ... ... ... ..T ... A.A ..A ... ... ..C ..T Ompok miostoma (GB) ... ..A ..T ..C ... ... ..C C.A ... ... ... ... ..T ... A.A ..A ... ... ..C ..T -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
99
Lampiran 7 lanjutan --------------------------------------------------------------------------[Basa nukleotida ke : ↓999 999 999 999 999 999 999 999 999] [ 000 000 000 111 111 111 122 222 222] [ 123 456 789 012 345 678 901 234 567] --------------------------------------------------------------------------[Situs triplet kodon ke : 301 302 303 304 305 306 307 308 309] --------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) ATA ATT CTA ACC TGA ATT GGA GGA ATA Kryptopterus limpok (GB) ..G ... T.. ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ..G ... T.. ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ..G ... T.. ... ... ... ... ... ... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ..G ... T.. ... ... ... ... ... ... Kryptopterus schilbeides (GB) C.. ... T.. ..T ... ..C ... ... ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ... ..C ... ... ... ..C ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ... ..C ... ... ... ..C ... ..C ... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ... ..C ... ... ... ..C ... ..C ... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ..G ... T.. ... ... ..C ... ..G ... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ..G ... T.. ... ... ..C ... ..G ... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ..G ... T.. ... ... ..A ... ..G ... Kryptopterus bicirrhis (GB) ... ... ... ... ... ... ... ... ... Kryptopterus cryptopterus (GB) ..G ..C ..G ... ... ..C ..G ..G ... Kryptopterus macrocephalus (GB) ... ... T.. ... ... ..C ... ... ... --------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ..G ... T.. ... ... ... ..G ... ..G Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ..G ... T.. ... ... ... ..G ... ..G Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ..G ... T.. ... ... ... ..G ... ..G Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... Ompok bimaculatus (GB) ... ... ... ..A ... ... ... ..C ... Ompok miostoma (GB) ... ... ... ..A ... ... ... ..C ... ---------------------------------------------------------------------------
Keterangan: Angka bergaris bawah = situs kekal (conserved); tanda titik = runutan yang sama dengan gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
100
Lampiran 8 Penjajaran berganda asam amino (309 aa) pada gen sitokrom b parsial ikan lais Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank --------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890] --------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) FGSLLLLCLI VQILTGLFLA MHYTSDISTA FSSVAHICRD VNYGWLIRNL HANGASFFFI Kryptopterus limpok (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) .......... .......... .........V .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 3) .......... .......... .........V .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (GB) .......... M......... .......... .......... .........I .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) .......... M......... .......... .......... .........I .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) .......... M......... .......... .......... .........I .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) .......... M......... .......... .......... .........I .......... Kryptopterus apogon (Kampar 1) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 2) .R........ M......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 3) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus bicirrhis (GB) ..?....... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus cryptopterus (GB) ........IA .......... .......... .......... ........S. .......... Kryptopterus macrocephalus (GB) .......... M......... .......... .......... .........F .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) .......... M......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) .R..RK.... M...P..... .......... .......... .......... .......... Ompok bimaculatus (GB) .......... M......... .......... .......... .........V .......... Ompok miostoma (GB) .......... M......... .......... .......... .........V .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
101
Lampiran 8 lanjutan --------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 1 1111111111 1111111111] [ 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 0000000001 1111111112] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890] --------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) CIYLHIGRGL YYGSYLYKET WNIGVVLLLL VMMTAFVGYV LPWGQMSFWG ATVITNLLSA Kryptopterus limpok (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 1) .......... .......E.. .......... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus bicirrhis (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus cryptopterus (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus macrocephalus (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) .......... .......... .....D.... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok bimaculatus (GB) .L........ .......... .....I.F.. .......... .......... .......... Ompok miostoma (GB) .L........ .......... .....I.F.. .......... .......... .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
102
Lampiran 8 lanjutan --------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111 1111111111] [ 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890] --------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) VPYMGDALVQ WIWGGFSVDN ATLTRFFAFH FLLPFTIIAA TAIHALFLHE TGSNNPTGLN Kryptopterus limpok (GB) ...V.N.... .......... .......... .......... .VM...V... ........F. Kryptopterus limpok (Kampar 1) ...V.N...E .......... .......... .......... .VM....... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ...V.N...E .......... .......... .......... .VM....... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ...V.N...E .......... .......... .......... .VM....... .......... Kryptopterus schilbeides (GB) ...V...... .......... .......... .......V.. ..M....... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......A... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......A... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......A... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Kryptopterus apogon (Kampar 3) ...V.N.... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Kryptopterus bicirrhis (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus cryptopterus (GB) ...V...... .......... ........L. .IM...VT.. .TM...I... .......... Kryptopterus macrocephalus (GB) ...V.N.... .......... .......... .....M.V.. ..L....... ........I. --------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) .......... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) .......... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) .......... .......... .......... .......V.. ..L....... ......I... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) .....N.... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) .....N.... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) .....N.... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) .....N.... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) .....N.... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... Ompok bimaculatus (GB) ...I...... .......... .......... .......V.. Q.L....... .......... Ompok miostoma (GB) ...I...... .......... .......... .......V.. ..L....... .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
103
Lampiran 8 lanjutan --------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 1111111111 1111111112 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222] [ 8888888889 9999999990 0000000001 1111111112 2222222223 3333333334] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890] --------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) SDADKISFHP YFSYKDLLGF IILLTALTTL ALFSPNLLGD PENFTPANPL VTPPHIKPEW Kryptopterus limpok (GB) .......... D......... ........A. .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 1) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Kryptopterus limpok (Kampar 3) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (GB) ......T.S. .......... .......AS. .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ......P... .......... .L.....AA. .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ......P... .......... .L.....AA. .......... .......... .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ......P... .......... .L.....AA. .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 1) .......... .......... ...I...... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 2) .......... .......... ...I...... .......... .......... .......... Kryptopterus apogon (Kampar 3) .......... .......... ...I...... .......... .......... .......... Kryptopterus bicirrhis (GB) .......... .......... .......... .......... .......... .......... Kryptopterus cryptopterus (GB) .ET....... .......H.. .L.I...... S......... .......... .......... Kryptopterus macrocephalus (GB) .......... .......... .M.....A.. .......... .......... .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) .......... .......... .....T..A. .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... Ompok bimaculatus (GB) ......P... .......... .......... .......... .......... .......... Ompok miostoma (GB) .N....P... .......... ........I. .......... .......... .......... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
104
Lampiran 8 lanjutan --------------------------------------------------------------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222222 2222222223] [ 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990] [ 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890] --------------------------------------------------------------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) YFLFAYAILR SIPNKLGGVL ALLFSILVLM VVPLLHTSKQ QGLTFRPIAQ FLFWALVADV Kryptopterus limpok (GB) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....V..... Kryptopterus limpok (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......L.. .......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......L.. ........G. Kryptopterus limpok (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......L.. .......... Kryptopterus schilbeides (GB) .......... .......... .......... L......... .......LT. .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......L.. .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......L.. .......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......L.. .......... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ......G... .......... .......... .......... .......L.. L...V..... Kryptopterus apogon (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......L.. L...V..... Kryptopterus apogon (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......L.. L...V..... Kryptopterus bicirrhis (GB) .......... .......... .......... .......... .S........ .......... Kryptopterus cryptopterus (GB) .......... .......... .......... L......... ....Y..L.. L...T..... Kryptopterus macrocephalus (GB) .......... .......... ...L...... .......... .......L.. ....T..... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......LS. .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......LS. .......... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......LS. .......... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok bimaculatus (GB) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... Ompok miostoma (GB) .......... .......... .......... .......... .......L.. ....T..... --------------------------------------------------------------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
105
Lampiran 8 lanjutan ------------------------------------------------[Situs asam amino ke : 333333333] [ 000000000] [ 123456789] ------------------------------------------------Kryptopterus minor (GB) MILTWIGGM Kryptopterus limpok (GB) ......... Kryptopterus limpok (Kampar 1) ......... Kryptopterus limpok (Kampar 2) ......... Kryptopterus limpok (Kampar 3) ......... Kryptopterus schilbeides (GB) L........ Kryptopterus schilbeides (Kampar 1) ......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 2) ......... Kryptopterus schilbeides (Kampar 3) ......... Kryptopterus apogon (Kampar 1) ......... Kryptopterus apogon (Kampar 2) ......... Kryptopterus apogon (Kampar 3) .....M... Kryptopterus bicirrhis (GB) ......... Kryptopterus cryptopterus (GB) ......... Kryptopterus macrocephalus (GB) ......... ------------------------------------------------Ompok eugeneiatus (Kampar 1) ......... Ompok eugeneiatus (Kampar 2) ......... Ompok eugeneiatus (Kampar 3) ......... Ompok hypophthalmus (Kampar 1) ......... Ompok hypophthalmus (Kampar 2) ......... Ompok hypophthalmus (Kampar 3) ......... Ompok hypophthalmus (Kampar 4) ......... Ompok hypophthalmus (Kampar 5) ......... Ompok bimaculatus (GB) ......... Ompok miostoma (GB) ......... ------------------------------------------------Keterangan: Tanda titik = runutan yang sama dengan asam amino utuh K. minor data GenBank (GB)
106
Lampiran 9
[ 1] [ 2] [ 3] [ 4] [ 5] [ 6] [ 7] [ 8] [ 9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21] [22]
Matrik jarak genetik (p-distance) berdasarkan asam amino pada gen sitokrom b parsial (309 aa) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]
[8]
0,032 0,026 0,032 0,029 0,042 0,039 0,039 0,039 0,039 0,036 0,036 0,074 0,026 0,026 0,026 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,039
0,019 0,026 0,023 0,052 0,042 0,042 0,042 0,042 0,039 0,039 0,078 0,042 0,042 0,042 0,036 0,039 0,036 0,036 0,049 0,055
- . 0,006 0,003 0,045 0,036 0,036 0,036 0,042 0,039 0,039 0,078 0,029 0,029 0,029 0,032 0,036 0,032 0,032 0,045 0,052
- . 0,003 0,052 0,042 0,042 0,042 0,049 0,045 0,045 0,084 0,036 0,036 0,036 0,039 0,042 0,039 0,039 0,052 0,058
- . 0,049 0,039 0,039 0,039 0,045 0,042 0,042 0,081 0,032 0,032 0,032 0,036 0,039 0,036 0,036 0,049 0,055
0,032 0,032 0,032 0,052 0,049 0,049 0,087 0,039 0,039 0,039 0,036 0,039 0,036 0,036 0,049 0,049
- . 0,000 0,000 0,036 0,032 0,032 0,087 0,029 0,029 0,029 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,039
- . 0,000 0,036 0,032 0,032 0,087 0,029 0,029 0,029 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,039
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
- . 0,036 - . 0,032 0,010 0,032 0,010 0,087 0,078 0,029 0,032 0,029 0,032 0,029 0,032 0,023 0,026 0,026 0,029 0,023 0,026 0,023 0,026 0,036 0,039 0,039 0,045
- . 0,006 0,074 0,029 0,029 0,029 0,023 0,026 0,023 0,023 0,029 0,042
- . 0,074 0,029 0,029 0,029 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,042
0,087 0,087 0,087 0,078 0,081 0,078 0,078 0,091 0,091
- . 0,000 0,000 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,039
- . 0,000 0,023 0,026 0,023 0,023 0,036 0,039
[16]
[17]
- . 0,023 - . 0,026 0,003 0,023 0,000 0,023 0,000 0,036 0,013 0,039 0,029
[18]
[19]
[20]
[21]
[22]
- . 0,003 - . 0,003 0,000 - . 0,016 0,013 0,013 - . 0,029 0,029 0,029 0,042
Keterangan: [1] K. minor (GB); [2] K. limpok (GB); [3] K. limpok (Kampar 1); [4] K. limpok (Kampar 2); [5] K. limpok (Kampar 3); [6] K. schilbeides (GB); [7] K. schilbeides (Kampar 1); [8] K. schilbeides (Kampar 2); [9] K. schilbeides (Kampar 3); [10] K. apogon (Kampar 1); [11] K. apogon (Kampar 2); [12] K. apogon (Kampar 3); [13] K. cryptopterus (GB); [14] O. eugeneiatus (Kampar 1); [15] O. eugeneiatus (Kampar 2); [16] O. eugeneiatus (Kampar 3); [17] O. hypophthalmus (Kampar 1); [18] O. hypophthalmus (Kampar 2); [19] O. hypophthalmus (Kampar 3); [20] O. hypophthalmus (Kampar 4); [21] O. hypophthalmus (Kampar 5); [22] O. bimaculatus (GB); Rata-rata = 0,036
107
-
108
Lampiran 10 Komposisi empat basa nukleotida gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dan Kryptopterus spp.
1 2 3 r 4 5 6 r 7 8 9 r 10 11 12 r 13 14 15 16 17 r 18 19 20 21 22 23 24 25 R
T(U) C 26,9 32,0 26,9 31,9 27,0 31,8 26,9 31,9 25,6 34,1 25,6 34,0 25,6 34,0 25,6 34,0 25,8 32,4 25,9 32,5 25,9 32,0 25,9 32,3 27,5 31,9 27,4 31,9 27,5 31,9 27,5 31,9 24,1 34,6 23,9 34,6 24,1 34,6 24,1 34,6 23,9 34,7 24,0 34,6 28,5 29,0 28,0 29,7 26,9 31,9 28,7 30,5 29,4 28,9 26,3 31,5 27,8 31,1 29,4 29,2 27,3 31,3
A 26,9 26,9 27,0 26,9 25,9 26,0 25,9 25,9 26,8 26,9 27,2 27,0 25,9 26,0 25,9 25,9 27,9 28,0 27,9 27,9 27,9 27,9 28,8 28,4 26,5 26,6 27,4 27,7 27,2 27,0 27,2
G 14,2 14,3 14,2 14,2 14,5 14,5 14,6 14,5 15,1 14,8 14,9 14,9 14,7 14,7 14,7 14,7 13,4 13,4 13,4 13,4 13,4 13,4 13,7 13,9 14,7 14,1 14,3 14,5 13,9 14,3 14,2
A+T 53,8 53,8 54,0 53,9 51,5 51,6 51,5 51,5 52,6 52,8 53,1 52,8 53,4 53,4 53,4 53,4 52,0 51,9 52,0 52,0 51,8 51,9 57,3 56,4 53,4 55,3 56,8 54,0 55,0 56,4 54,5
G+C 46,2 46,2 46,0 46,1 48,6 48,5 48,6 48,6 47,5 47,3 46,9 47,2 46,6 46,6 46,6 46,6 48,0 48,0 48,0 48,0 48,1 48,0 42,7 43,6 46,6 44,6 43,2 46,0 45,0 43,5 45,5
T-1 24,6 24,6 24,6 24,2 23,3 23,3 23,3 23,3 23,9 23,9 23,9 23,9 24,9 24,9 24,9 24,9 23,0 23,0 23,0 23,0 23,0 23,0 25,2 25,2 23,9 25,2 26,5 24,3 25,6 26,2 24,7
C-1 26,2 26,2 26,2 26,2 28,2 28,2 28,2 28,2 27,2 27,5 27,2 27,3 26,9 26,9 26,9 26,9 28,5 28,5 28,5 28,5 28,8 28,6 26,5 26,2 26,5 26,2 24,3 26,2 25,6 24,6 26,4
A-1 23,0 23,0 23,0 23,0 21,7 21,7 21,7 21,7 22,7 23,0 23,0 22,9 22,7 22,7 22,7 22,7 23,0 23,0 23,0 23,0 23,0 23,0 22,7 23,3 22,7 22,7 23,6 24,3 23,0 23,3 23,0
G-1 26,2 26,2 26,2 26,2 26,9 26,9 26,9 26,9 26,2 25,6 25,9 25,9 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,2 25,6 25,6 25,2 26,9 25,9 25,6 25,2 25,9 25,9 25,9
T-2 41,7 42,1 42,1 42,0 41,4 41,4 41,4 41,4 42,1 42,1 42,1 42,1 41,7 41,7 41,7 41,7 41,4 41,1 41,4 41,4 40,8 41,2 41,4 41,7 42,1 41,4 41,6 40,1 41,7 41,4 41,5
C-2 25,2 24,9 24,9 25,0 25,6 25,6 25,6 25,6 24,6 24,9 24,9 24,8 25,2 25,2 25,2 25,2 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,6 25,2 25,2 24,9 25,9 25,3 26,2 25,2 25,6 25,4
A-2 19,7 19,4 19,7 19,6 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 19,7 20,1 19,7 19,7 20,1 19,9 20,1 19,7 19,7 19,4 19,8 20,1 19,7 19,7 19,8
G-2 13,3 13,6 13,3 13,4 13,3 13,3 13,3 13,3 13,6 13,3 13,3 13,4 13,3 13,3 13,3 13,3 13,3 13,3 13,3 13,3 13,6 13,4 13,3 13,3 13,3 13,3 13,3 13,6 13,3 13,3 13,3
T-3 14,2 13,9 14,2 14,1 12,0 12,0 12,0 12,0 11,3 11,7 11,7 11,6 15,9 15,5 15,9 15,9 7,8 7,8 7,8 7,8 8,1 7,9 18,8 17,2 14,6 19,4 20,1 14,6 16,2 20,7 15,6
C-3 44,7 44,7 44,3 44,6 48,5 48,2 48,2 48,3 45,3 45,0 44,0 44,8 43,7 43,7 43,7 43,7 49,8 49,8 49,8 49,8 49,8 49,8 35,3 37,5 44,3 39,5 37,2 42,1 42,4 37,5 42,1
A-3 37,9 38,2 38,2 38,1 36,2 36,6 36,2 36,3 37,9 37,9 38,8 38,2 35,3 35,6 35,3 35,4 41,1 41,1 41,1 41,1 40,8 41,0 43,7 42,1 37,2 37,9 38,8 38,8 38,8 37,9 38,8
G-3 3,2 3,2 3,2 3,2 3,2 3,2 3,6 3,3 5,5 5,5 5,5 5,5 5,2 5,2 5,2 5,2 1,3 1,3 1,3 1,3 1,3 1,3 2,3 3,2 3,9 3,2 3,9 4,5 2,6 3,9 3,5
Keterangan: 1. K. limpok (Kampar 1); 2. K. limpok (Kampar 2); 3. K. limpok (Kampar 3); 4. K. schilbeides (Kampar 1); 5. K. schilbeides (Kampar 2); 6. K. schilbeides (Kampar 3); 7. K. apogon (Kampar 1); 8. K. apogon (Kampar 2); 9. K. apogon (Kampar 3); 10. O. eugeneiatus (Kampar 1); 11. O. eugeneiatus (Kampar 2); 12. O. eugeneiatus (Kampar 3); 13. O. hypophthalmus (Kampar 1); 14. O. hypophthalmus (Kampar 2); 15. O. hypophthalmus (Kampar 3); 16. O. hypophthalmus (Kampar 4); 17. O. hypophthalmus (Kampar 5); 18. O. bimaculatus (GenBank); 19. O. miostoma (GenBank); 20. K. limpok (GenBank); 21. K. schilbeides (GenBank); 22. K. bicirrhis (GenBank); 23. K. cryptopterus (GenBank); 24. K. macrocephalus (GenBank); 25. K. minor (GenBank); r. rata-rata tiap jenis ikan lais S. Kampar; R. rata-rata keseluruhan
108
Lampiran 11 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank Basa nukleotida ke K. minor (GB) K. limpok (GB) K. limpok (Kampar 1) K. limpok (Kampar 2) K. limpok (Kampar 3) K. schilbeides (GB) K. schilbeides (Kampar 1) K. schilbeides (Kampar 2) K. schilbeides (Kampar 3) K. apogon (Kampar 1) K. apogon (Kampar 2) K. apogon (Kampar 3) K. bicirrhis (GB) K. cryptopterus (GB) K. macrocephalus (GB) Basa nukleotida ke K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB)
6 13 24 30 45 78 87 93 114 147 148 255 258 261 267 285 (99) (106)(117)(123)(138)(171)(180)(186)(207)(240)(241)(348)(351)(354)(360)(378) C C C T C C A T C C C A C A C C C T C T C C A T C C C C* A A T C C T C T C C A T C C C T A A T C. C T C T C C A T C C C T A A T C. C T C T C C A T C C C T A A T C. T** C C** T** C** T A T** T T A A T** A T** C** G C T C A T A C T T A A C A A A . G C T C A T A C T T A A C A A A . G C T C A T A C T T A A C A A A . A C C T C C T T C C C C G G C C A C C T C C T T C C C C G G C C A C C T C C T T C C C C G G C C C C C T C C A T C C C A C A C C C C C T C C A T C C C G A A T C C C C T T C A T C C T A C A C C 303 321 330 354 360 363 372 384 388 414 423 429 432 459 468 485 (396)(414)(423)(447)(453)(456)(465)(477)(481)(507)(516)(522)(525)(552)(561)(578) A A C A C C A A C A A C A C A C A* G* C A C* C A A C* A A C T C A T . G A C A T C A A G A A C T C A T . G A C A T C A A G A A C T C A T . G A C A T C A A G A A C T C A T . A C** C A** C C** A A** C A** A C** T** C** A C A T C C C G A T C G A G C T A C A T C C C G A T C G A G C T A C A T C C C G A T C G A G C T A C A C A G C T G C C A G C T C C C A C A G C T G C C A G C T C C C A C A G C T G C C A G C T C C C A A C A C C A A C A A C A C A C A A C A A C A A C A A T T G A C A C C C A C A C C A A C T C A C
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan basa nukleotida gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB); * = nukleotida K. limpok (GB) tidak sama dengan K. limpok (Kampar); ** = nukleotida K. schilbeides (GB) tidak sama dengan K. schilbeides (Kampar)
109
Lampiran 11 Lanjutan Basa nukleotida ke K. minor (GB) K. limpok (GB) K. limpok (Kampar 1) K. limpok (Kampar 2) K. limpok (Kampar 3) K. schilbeides (GB) K. schilbeides (Kampar 1) K. schilbeides (Kampar 2) K. schilbeides (Kampar 3) K. apogon (Kampar 1) K. apogon (Kampar 2) K. apogon (Kampar 3) K. bicirrhis (GB) K. cryptopterus (GB) K. macrocephalus (GB) Basa nukleotida ke K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K.
minor (GB) limpok (GB) limpok (Kampar 1) limpok (Kampar 2) limpok (Kampar 3) schilbeides (GB) schilbeides (Kampar 1) schilbeides (Kampar 2) schilbeides (Kampar 3) apogon (Kampar 1) apogon (Kampar 2) apogon (Kampar 3) bicirrhis (GB) cryptopterus (GB) macrocephalus (GB)
513 525 529 530 534 559 570 573 591 609 612 616 621 624 654 657 (606)(618)(622)(623)(627)(652)(663)(666)(684)(702)(705)(709)(714)(717)(747)(750) T C A C C T T C A A C G T A A G A T A C C T A* C T A C G* C A A* A A T A C C T G C T A C A C A G A A T A C C T G C T A C A C A G A A T A C C T G C T A C A C A G A A C A** C G** A** A** C** A** A** T** G A A** A C** A C G C T C C T C T A G A C A T . A C G C T C C T C T A G A C A T . A C G C T C C T C T A G A C A T . G C A T C T C C C A C G C A A A G C A T C T C C C A C G C A A A G C A T C T C C C A C G C A A A T C A C C T T C A A C G T A A G T C A C C T T C A A C G C A A A C C A C C T A C C A C G C T A A 675 687 702 720 727 741 753 771 786 792 813 816 819 846 849 924 (768)(780)(795)(813)(820)(834)(846)(864)(879)(885)(906)(909)(912)(939)(942)(1017) A C A A C C A A A C T T C C C A C C A G C C A A A* C T C C A T A C C A G C C A A C C T C C A T A C C A G C C A A C C T C C A T A C C A G C C A A C C T C C A T A C** C A** A C** A** A** A** A** C T** C C C C A** G C T A T C C T G C C C C C C C . G C T A T C C T G C C C C C C C . G C T A T C C T G C C C C C C C . A T A A C T A A A T A A A T C G A T A A C T A A A T A A A T C G A T A A C T A A A T A A A T C G A C A A C C A A A C T T C C C A C A A A C C A A A C C C T C C G A C C A C C A A A C T C C C C A
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan basa nukleotida gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB); * = nukleotida K. limpok (GB) tidak sama dengan K. limpok (Kampar); ** = nukleotida K. schilbeides (GB) tidak sama dengan K. schilbeides (Kampar)
110
Lampiran 12 Situs basa nukleotida sebagai penanda genetik pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank Basa nukleotida ke
27 40 45 48 51 57 81 93 120 123 144 150 153 165 168 (120)(133)(138)(141)(144)(150)(174)(186)(213)(216)(237)(243)(246)(258)(261) C T T T C G C T C T C A T C C . O. eugeneiatus (Kampar 1) C T T T C G C T C T C A T C C . O. eugeneiatus (Kampar 2) C T T T C G C T C T C A T C C . O. eugeneiatus (Kampar 3) T C C A A A T C T A T G C T A O. hypophthalmus (Kampar 1) T C C A A A T C T A T G C T A O. hypophthalmus (Kampar 2) T C C A A A T C T A T G C T A O. hypophthalmus (Kampar 3) T C C A A A T C T A T G C T A O. hypophthalmus (Kampar 4) T C C A A A T C T A T G C T A O. hypophthalmus (Kampar 5) C C C G A G C C C A C T C C A O. bimaculatus (GB) C C C G A G C C C A C T C C A O. miostoma (GB) Basa nukleotida ke 174 177 180 186 192 201 207 210 213 231 255 258 262 267 285 (267)(270)(273)(279)(285)(294)(300)(303)(306)(324)(348)(351)(355)(360)(378) C T T T G G T T T C T A T C T . O. eugeneiatus (Kampar 1) C T T T G G T T T C T A T C T . O. eugeneiatus (Kampar 2) C T T T G G T T T C T A T C T . O. eugeneiatus (Kampar 3) T C C C C A C C C T A C C T C . O. hypophthalmus (Kampar 1) T C C C C A C C C T A C C T C . O. hypophthalmus (Kampar 2) T C C C C A C C C T A C C T C . O. hypophthalmus (Kampar 3) T C C C C A C C C T A C C T C . O. hypophthalmus (Kampar 4) T C C C C A C C C T A C C T C . O. hypophthalmus (Kampar 5) C C C A C A C A C T A T T A A O. bimaculatus (GB) C C C A C A C A C T G T T G A O. miostoma (GB) Basa nukleotida ke 294 297 303 306 352 354 357 366 369 372 376 384 405 408 411 (387)(390)(396)(399)(445)(447)(450)(459)(462)(465)(469)(477)(498)(501)(504) A T C A T A T C T G G T G T T . O. eugeneiatus (Kampar 1) A T C A T A T C T G G T G T T . O. eugeneiatus (Kampar 2) A T C A T A T C T G G T G T T . O. eugeneiatus (Kampar 3) Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan basa nukleotida gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
111
Lampiran 12 Lanjutan Basa nukleotida ke O. hypophthalmus (Kampar O. hypophthalmus (Kampar O. hypophthalmus (Kampar O. hypophthalmus (Kampar O. hypophthalmus (Kampar O. bimaculatus (GB) O. miostoma (GB) Basa nukleotida ke
1) 2) 3) 4) 5)
O. eugeneiatus (Kampar 1) O. eugeneiatus (Kampar 2) O. eugeneiatus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 1) O. hypophthalmus (Kampar 2) O. hypophthalmus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 4) O. hypophthalmus (Kampar 5) O. bimaculatus (GB) O. miostoma (GB) Basa nukleotida ke O. O. O. O. O. O. O. O. O. O.
eugeneiatus (Kampar 1) eugeneiatus (Kampar 2) eugeneiatus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 1) hypophthalmus (Kampar 2) hypophthalmus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 4) hypophthalmus (Kampar 5) bimaculatus (GB) miostoma (GB)
294 297 303 306 352 354 357 366 369 372 376 384 405 408 411 (387)(390)(396)(399)(445)(447)(450)(459)(462)(465)(469)(477)(498)(501)(504) T C A G C T A A C A A C A C C T C A G C T A A C A A C A C C T C A G C T A A C A A C A C C T C A G C T A A C A A C A C C T C A G C T A A C A A C A C C A C C T C A C C C T G A C C C A C C T C A C T C T G A C C C 417 435 456 462 465 471 474 486 501 507 513 530 552 570 573 (510)(528)(549)(555)(558)(564)(567)(579)(594)(600)(606)(623)(645)(663)(666) T C T C T C T G T C G T T T T . T C T C T C T G T C G T T T T . T C T C T C T G T C G T T T T . C T C A C T C A C T C C C A C C T C A C T C A C T C C C A C C T C A C T C A C T C C C A C C T C A C T C A C T C C C A C C T C A C T C A C T C C C A C T A C C C C A A C C A C T A C T A C C C C A A C C A C T A C 588 606 615 616 622 625 627 630 634 648 651 663 669 678 681 (681)(699)(708)(709)(715)(718)(720)(723)(727)(741)(744)(756)(762)(771)(774) T T G A A G T C C T C C T A T . T T G A A G T C C T C C T A T . T T G A A G T C C T C C T A T . C C C G G A C A T C T A C C C C C C G G A C A T C T A C C C C C C G G A C A T C T A C C C C C C G G A C A T C T A C C C C C C G G A C A T C T A C C C T T A G A A C G C C C C C A C T T A G A A C C C C C C C A C
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan basa nukleotida gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
112
Lampiran 12 Lanjutan Basa nukleotida ke O. eugeneiatus (Kampar 1) O. eugeneiatus (Kampar 2) O. eugeneiatus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 1) O. hypophthalmus (Kampar 2) O. hypophthalmus (Kampar 3) O. hypophthalmus (Kampar 4) O. hypophthalmus (Kampar 5) O. bimaculatus (GB) O. miostoma (GB) Basa nukleotida ke O. O. O. O. O. O. O. O. O. O.
eugeneiatus (Kampar 1) eugeneiatus (Kampar 2) eugeneiatus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 1) hypophthalmus (Kampar 2) hypophthalmus (Kampar 3) hypophthalmus (Kampar 4) hypophthalmus (Kampar 5) bimaculatus (GB) miostoma (GB)
687 693 699 720 723 729 732 747 762 774 778 795 804 816 822 (780)(786)(792)(813)(816)(822)(825)(840)(855)(867)(871)(888)(897)(909)(915) T A G G T A T C C C T A A A G . T A G G T A T C C C T A A A G . T A G G T A T C C C T A A A G . A C A A C T C A T T C C C C A A C A A C T C A T T C C C C A A C A A C T C A T T C C C C A A C A A C T C A T T C C C C A A C A A C T C A T T C C C C A C T C G T A T A T A C C A A A C T C G T A T A T A C C A A A 834 858 861 864 865 883 888 900 903 906 907 918 921 927 (927)(951)(954)(957)(958)(976)(981)(993)(996)(999)(1000)(1011)(1014)(1020) T T C C T G C C G T T T G G . T T C C T G C C G T T T G G . T T C C T G C C G T T T G G . C C A A G A A T A C C C A A C C A A G A A T A C C C A A C C A A G A A T A C C C A A C C A A G A A T A C C C A A C C A A G A A T A C C C A A C C C A G A A T A T C T A A C C C A G A A T A T C T A A
Keterangan: Angka dalam tanda kurung ( ) = urutan berdasarkan basa nukleotida gen sitokrom b utuh K. minor data GenBank (GB)
113
Lampiran 13
[ 1] [ 2] [ 3] [ 4] [ 5] [ 6] [ 7] [ 8] [ 9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21] [22]
Matrik jarak genetik (p-distance) berdasarkan basa nukleotida pada gen sitokrom b parsial (927 nt) Ompok spp. dan Kryptopterus spp. dari Sungai Kampar Riau dengan pembanding data GenBank
[1]
[2]
[3]
[4]
[5]
[6]
[7]
[8]
0,155 0,150 0,153 0,152 0,161 0,161 0,162 0,161 0,157 0,157 0,156 0,180 0,155 0,156 0,154 0,139 0,140 0,139 0,139 0,146 0,160
0,027 0,031 0,029 0,141 0,128 0,129 0,129 0,117 0,114 0,113 0,155 0,123 0,123 0,122 0,112 0,113 0,112 0,112 0,119 0,153
- . 0,006 0,002 0,148 0,133 0,134 0,134 0,118 0,115 0,114 0,150 0,118 0,118 0,117 0,111 0,112 0,111 0,111 0,118 0,152
- . 0,004 0,151 0,135 0,136 0,136 0,120 0,118 0,114 0,152 0,122 0,120 0,121 0,113 0,114 0,113 0,113 0,120 0,154
- . 0,150 0,135 0,136 0,136 0,120 0,118 0,114 0,152 0,120 0,118 0,119 0,113 0,114 0,113 0,113 0,120 0,154
0,155 0,156 0,156 0,153 0,153 0,155 0,182 0,178 0,179 0,178 0,142 0,143 0,142 0,142 0,149 0,180
- . 0,001 0,001 0,145 0,145 0,147 0,178 0,147 0,150 0,149 0,119 0,120 0,119 0,119 0,125 0,167
- . 0,002 0,146 0,146 0,148 0,179 0,148 0,151 0,150 0,120 0,121 0,120 0,120 0,126 0,168
[9]
[10]
[11]
[12]
[13]
[14]
[15]
- . 0,145 - . 0,145 0,004 0,147 0,006 0,178 0,159 0,147 0,129 0,150 0,129 0,149 0,128 0,120 0,113 0,121 0,114 0,120 0,113 0,120 0,113 0,126 0,120 0,167 0,178
- . 0,004 0,159 0,129 0,129 0,128 0,113 0,114 0,113 0,113 0,118 0,178
- . 0,159 0,128 0,126 0,127 0,113 0,114 0,113 0,113 0,120 0,177
0,175 0,175 0,174 0,150 0,151 0,150 0,150 0,156 0,188
- . 0,004 0,002 0,122 0,123 0,122 0,122 0,128 0,167
- . 0,002 0,122 0,123 0,122 0,122 0,128 0,167
[16]
[17]
- . 0,121 - . 0,122 0,001 0,121 0,000 0,121 0,000 0,127 0,006 0,166 0,147
[18]
[19]
[20]
[21]
- . 0,001 - . 0,001 0,000 - . 0,008 0,006 0,006 - . 0,148 0,147 0,147 0,152
[22]
-
Keterangan: [1] K. minor (GB); [2] K. limpok (GB); [3] K. limpok (Kampar 1); [4] K. limpok (Kampar 2); [5] K. limpok (Kampar 3); [6] K. schilbeides (GB); [7] K. schilbeides (Kampar 1); [8] K. schilbeides (Kampar 2); [9] K. schilbeides (Kampar 3); [10] K. apogon (Kampar 1); [11] K. apogon (Kampar 2); [12] K. apogon (Kampar 3); [13] K. cryptopterus (GB); [14] O. eugeneiatus (Kampar 1); [15] O. eugeneiatus (Kampar 2); [16] O. eugeneiatus (Kampar 3); [17] O. hypophthalmus (Kampar 1); [18] O. hypophthalmus (Kampar 2); [19] O. hypophthalmus (Kampar 3); [20] O. hypophthalmus (Kampar 4); [21] O. hypophthalmus (Kampar 5); [22] O. bimaculatus (GB); Rata-rata = 0,123
114
Lampiran 14 Data Kryptopterus spp. dan Ompok spp. (GenBank) yang digunakan dalam analisis keragaman genetik No. Akses
Spesies
Asal
Pustaka
AY 458895
Kryptopterus minor
Texas, Amerika
Wilcox et al. 2004
DQ 119431
Kryptopterus limpok
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119482
Kryptopterus schilbeides
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119480
Kryptopterus bicirrhis
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119434
Kryptopterus cryptopterus
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119483
Kryptopterus macrocephalus
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119433
Ompok bimaculatus
Illinois, Amerika
Hardman 2005
DQ 119435
Ompok miostoma
Illinois, Amerika
Hardman 2005
115
Lampiran 15 Kode Genetik DNA mitokondria pada Vertebrata (Nei dan Kumar (2000)
Kodon
aa
Kodon
aa
Kodon
aa
Kodon
aa
TTT TTC TTA TTG CTT CTC CTA CTG ATT ATC ATA ATG GTT GTC GTA GTG
Phe (F) Phe (F) Leu (L) Leu (L) Leu (L) Leu (L) Leu (L) Leu (L) Ile (I) Ile (I) Met (M) Met (M) Val (V) Val (V) Val (V) Val (V)
TCT TCC TCA TCG CCT CCC CCA CCG ACT ACC ACA ACG GCT GCC GCA GCG
Ser (S) Ser (S) Ser (S) Ser (S) Pro (P) Pro (P) Pro (P) Pro (P) Thr (T) Thr (T) Thr (T) Thr (T) Ala (A) Ala (A) Ala (A) Ala (A)
TAT TAC TAA TAG CAT CAC CAA CAG AAT AAC AAA AAG GAT GAC GAA GAG
Tyr (Y) Tyr (Y) *** *** His (H) His (H) Gln (Q) Gln (Q) Asn (N) Asn (N) Lys (K) Lys (K) Asp (D) Asp (D) Glu (E) Glu (E)
TGT TGC TGA TGG CGT CGC CGA CGG AGT AGC AGA AGG GGT GGC GGA GGG
Cys (C) Cys (C) Trp (W) Trp (W) Arg (R) Arg (R) Arg (R) Arg (R) Ser (S) Ser (S) *** *** Gly (G) Gly (G) Gly (G) Gly (G)
116
117
Lampiran 16 Nisbah Kelamin ikan lais Ompok hypophthalmus di Sungai Kampar dari bulan Januari 2007 hingga Januari 2008
Bulan Jan-07 Feb-07 Mar-07 Apr-07 Mei-07 Jun-07 Jul-07 Agus-07 Sep-07 Okt-07 Nov-07 Des-07 Jan-08 Jan-07 Feb-07 Mar-07 Apr-07 Mei-07 Jun-07 Jul-07 Agus-07 Sep-07 Okt-07 Nov-07 Des-07 Jan-08 Jan-07 Feb-07 Mar-07 Apr-07 Mei-07 Jun-07 Jul-07 Agus-07 Sep-07 Okt-07 Nov-07 Des-07 Jan-08 Total
Stasiun S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam S. Langgam A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati A.S. Segati D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit D. Kejuit
Jumlah Ikan (ekor) Betina Jantan 13 11 17 13 16 11 19 11 20 10 14 9 19 11 19 11 14 9 20 10 14 6 14 7 13 7 17 10 20 10 19 8 18 10 20 10 20 10 20 10 19 11 20 7 21 9 22 8 18 7 20 9 16 6 20 10 12 9 20 7 15 9 18 7 13 7 20 10 15 9 19 11 16 9 18 12 17 13 685 364
Nisbah Kelamin Betina Jantan 1,18 1 1,31 1 2,4 1 1,73 1 2,00 1 1,56 1 1,73 1 1,73 1 1,56 1 1,80 1 2,30 1 2,00 1 1,86 1 1,70 1 2,00 1 2,40 1 1,80 1 2,00 1 2,00 1 2,00 1 1,90 1 2,90 1 2,30 1 2,80 1 2,60 1 2,20 1 2,67 1 2,00 1 1,33 1 2,86 1 1,67 1 2,57 1 1,86 1 2,00 1 1,67 1 1,73 1 1,78 1 1,50 1 1,31 1 1,90 1
117
Lampiran 17 Panjang total, berat total, berat gonad dan indeks kematangan gonad ikan lais Ompok hypophthalmus berdasarkan stasiun penelitian Jenis kelami n Betina
Stasiun
Panjang total tubuh (cm)
Berat total tubuh (g)
Berat gonad (g)
IKG (%)
TKG S. Langgam (N = 212)
A.S. Segati (N = 254)
D. Kejuit (N = 219)
I II III IV V I II III IV V I II III IV V
Kisaran 12,7-25,6 19,0-26,2 20,8-26,2 22,9-26,4 23,2-23,7 13,2-25,0 18,9-27,2 19,3-24,8 23,4-28,0 20,7-23,2 14,0-18,8 16,7-22,2 19,9-22,4 23,4-23,5 20,8-22,4
Rata-rata 18,68 22,95 23,0 25,2 23,7 18,34 22,3 22,9 25,1 21,9 16,53 18,82 20,6 23,5 21,6
Kisaran 9,59-79,25 28,99-99,34 43,58-94,42 53,66-86,70 60,40-60,90 9,33-81,10 31,05-106,84 32,73-72,55 62,12-94,03 38,46-60,34 10,73-28,30 23,25-54,47 36,38-57,00 62,00-66,70 38,50-49,30
Rata-rata 30,54 60,35 57,37 75,85 60,70 29,41 56,42 52,61 76,19 50,78 19,97 31,26 41,70 64,35 43,90
Kisaran 0,01-0,06 0,07-0,70 0,78-1,58 2,79-6,41 0,18-0,19 0,01-0,06 0,07-0,69 0,71-1,58 3,27-5,70 0,14-0,19 0,01-0,05 0,05-0,17 0,80-1,30 3,28-4,37 0,14-0,15
Rata-rata 0,02 0,23 1,19 4,46 0,19 0,02 0,16 1,09 4,61 0,16 0,02 0,06 0,92 3,83 0,15
Kisaran 0,02-0,23 0,12-1,88 1,02-2,91 5,02-7,86 0,30-0,31 0,02-0,22 0,11-0,86 1,54-2,48 3,89-8,55 0,29-0,36 0,05-0,18 0,16-0,31 2,02-2,28 5,29-6,65 0,30-0,36
Rata-rata 0,08 0,42 2,21 5,84 0,30 0,08 0,28 2,07 6,19 0,31 0,09 0,19 2,21 5,92 0,33
118
Lampiran 17 lanjutan Jenis kelami n Jantan
Stasiun
Panjang total tubuh (cm)
Berat total tubuh (g)
Berat gonad (g)
IKG (%)
TKG S. Langgam (N = 126)
A.S. Segati (N = 119)
D. Kejuit (N = 119)
I II III IV V I II III IV V I II III IV V
Kisaran 14,2-24,2 19,7-27,6 19,9-24,5 24,0-28,6 21,1-25,8 13,9-23,0 20,1-25,0 18,9-25,8 24,2-27,8 21,0-25,1 14,2-20,3 17,4-21,8 19,4-22,8 22,6-25,7 21,5-21,8
Rata-rata 18,35 22,43 22,5 27,2 24,0 17,8 22,16 22,3 25,9 22,3 16,68 19,7 21,2 24,3 21,65
Kisaran 13,16-69,22 30,16-103,33 32,03-64,44 70,57-116,82 47,40-91,90 10,25-63,93 35,22-75,51 29,52-83,37 57,76-88,11 41,89-81,43 12,20-33,16 31,76-50,89 34,56-50,99 48,04-73,10 39,20-51,50
Rata-rata 28,05 55,94 52,92 98,88 69,50 26,49 48,69 50,23 74,94 53,10 20,54 35,58 42,70 63,24 45,30
Kisaran 0,01-0,05 0,05-0,09 0,10-0,12 0,29-0,51 0,07-0,09 0,01-0,05 0,06-0,08 0,10-0,13 0,29-0,50 0,07-0,08 0,01-0,04 0,05-0,09 0,10-0,13 0,16-0,31 0,07-0,10
Rata-rata 0,02 0,06 0,11 0,44 0,08 0,02 0,07 0,12 0,39 0,08 0,02 0,06 0,11 0,26 0,09
Kisaran 0,02-0,11 0,07-0,17 0,17-0,31 0,38-0,59 0,10-0,15 0,02-0,13 0,08-0,21 0,14-0,44 0,36-0,73 0,10-0,19 0,04-0,13 0,14-0,21 0,23-0,32 0,25-0,58 0,18-0,19
Rata-rata 0,06 0,12 0,22 0,45 0,12 0,06 0,15 0,27 0,53 0,15 0,07 0,17 0,27 0,42 0,19
119
Lampiran 18 Panjang total, berat total, berat gonad dan indeks kematangan gonad ikan lais berdasarkan waktu penelitian Jenis kelami n Betina
Jantan
Bulan pengamatan
N
Jan-07 Feb-07 Mar-07 Apr-07 Mei-07 Jun-07 Jul-07 Agus-07 Sep-07 Okt-07 Nov-07 Des-07 Jan-08 Jan-07 Feb-07 Mar-07 Apr-07 Mei-07 Jun-07 Jul-07 Agus-07 Sep-07 Okt-07 Nov-07 Des-07 Jan-08
46 57 47 57 55 52 52 58 49 60 52 50 50 27 33 28 28 29 26 28 32 25 30 23 26 29
Panjang total tubuh (cm) Kisaran 14,3-23,7 14,3-26,1 14,4-25,7 15,4-25,0 14,9-27,2 12,7-24,6 14,0-22,2 13,2-26,2 14,0-24,8 14,2-28,0 16,6-23,3 14,6-23,5 15,6-23,0 14,2-25,1 13,9-25,8 15,2-25,0 14,3-24,5 14,6-27,6 14,5-25,0 14,2-22,5 14,0-24,5 14,2-25,3 15,3-28,6 16,3-26,6 14,9-23,4 15,7-22,8
Rata-rata 17,74 19,66 19,4 19,5 19,1 17,4 17,4 18,5 18,6 19,9 19,0 19,0 19,3 17,41 19,08 19,4 19,7 18,9 17,95 18,3 18,5 19,4 21,8 20,2 18,5 19,1
Berat total tubuh (g) Kisaran 12,50-67,36 13,71-96,34 14,66-97,19 14,47-75,49 15,16-106,84 9,59-80,92 10,73-44,69 9,33-94,42 11,42-72,55 12,44-94,03 20,09-70,26 12,80-57,00 12,12-63,93 13,16-81,43 11,09-91,91 15,95-75,14 11,19-75,51 13,53-103,03 12,76-41,03 15,17-54,02 10,25-64,44 12,20-70,57 14,93-116,82 16,23-88,11 12,80-64,19 14,13-63,00
Rata-rata 29,32 41,19 39,28 36,33 35,67 25,20 24,00 29,50 30,83 38,30 31,51 31,09 33,04 27,19 36,76 36,03 39,37 34,02 24,71 28,03 27,66 34,58 49,97 39,07 30,92 31,19
Berat gonad (g) Kisaran 0,01-0,19 0,01-0,25 0,01-0,69 0,01-0,10 0,01-0,69 0,01-0,32 0,01-0,55 0,01-0,96 0,01-4,30 0,01-6,41 0,01-1,25 0,01-1,50 0,01-1,50 0,01-0,10 0,01-0,09 0,01-0,09 0,01-0,07 0,01-0,09 0,01-0,07 0,01-0,11 0,01-0,13 0,01-0,29 0,01-0,51 0,01-0,32 0,01-0,13 0,01-0,13
Rata-rata 0,04 0,05 0,07 0,03 0,07 0,03 0,04 0,12 0,33 0,99 0,10 0,10 0,12 0,02 0,02 0,03 0,03 0,03 0,02 0,03 0,04 0,07 0,18 0,06 0,04 0,04
IKG (%) Kisaran 0,05-0,36 0,02-0,35 0,02-0,86 0,02-0,23 0,02-0,65 0,03-0,84 0,03-1,48 0,03-1,90 0,03-6,43 0,04-8,55 0,02-2,69 0,03-2,75 0,02-2,46 0,02-0,19 0,02-0,10 0,02-0,19 0,02-0,17 0,03-0,18 0,04-0,19 0,03-0,20 0,04-0,33 0,03-0,45 0,05-0,73 0,03-0,36 0,03-0,28 0,04-0,29
Rata-rata 0,12 0,11 0,15 0,09 0,12 0,10 0,14 0,27 0,64 1,44 0,26 0,23 0,28 0,08 0,06 0,08 0,06 0,07 0,08 0,09 0,13 0,15 0,28 0,14 0,11 0,12
120
121
Lampiran 19 Curah hujan dan jumlah hari hujan setiap bulan mulai dari Januari 2007 hingga Januari 2008 di Sungai Kampar, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau Bulan Tahun Curah hujan (mm/bulan) Jumlah hari hujan Januari 2007 220,9 16 Februari 2007 96,5 14 Maret 2007 362,0 12 April 2007 344,5 19 Mei 2007 198,3 13 Juni 2007 164,0 14 Juli 2007 48,4 7 Agustus 2007 141,4 12 September 2007 73,5 16 Oktober 2007 358,5 21 November 2007 470,7 17 Desember 2007 303,1 19 Januari 2008 112,6 14 Keterangan: Musim hujan = jumlah curah hujan > 150 mm/bulan diikuti bulan berikutnya; musim kemarau = jumlah curah hujan < 150 mm/bulan diikuti bulan berikutnya minimal selama 3 bulan (Sumber: Badan Meteorologi dan Geofisika, Stasiun Meteorologi Pekanbaru-daerah Pangkalan Kerinci Kabupaten Pelalawan 2007)
109
122
Lampiran 20 Uji Mann-Whitney terhadap diameter telur pada ovari ikan lais Ompok hypophthalmus bagian anterior, tengah dan posterior (1) Mann-Whitney Test and CI: Diameter Telur Anterior, Diameter Telur Tengah Diameter Telur Anterior Diameter Telur Tengah
N 650 650
Median 0.76000 0.78000
Point estimate for ETA1-ETA2 is -0.01000 95.0 Percent CI for ETA1-ETA2 is (-0.02000,-0.00000) W = 410698.0 Test of ETA1 = ETA2 vs ETA1 not = ETA2 is significant at 0.0732 The test is significant at 0.0730 (adjusted for ties) Cannot reject at alpha = 0,05; Kesimpulan : Diameter telur bagian anterior = bagian tengah
(2) Mann-Whitney Test and CI: Diameter Telur Anterior, Diameter Telur Posterior Diameter Telur Anterior Diameter Telur Posterior
N 650 650
Median 0.76000 0.78000
Point estimate for ETA1-ETA2 is -0.01000 95.0 Percent CI for ETA1-ETA2 is (-0.02000,0.01000) W = 416081.5 Test of ETA1 = ETA2 vs ETA1 not = ETA2 is significant at 0.3191 The test is significant at 0.3188 (adjusted for ties) Cannot reject at alpha = 0,05; Kesimpulan : Diameter telur bagian anterior = bagian posterior
(3) Mann-Whitney Test and CI: Diameter Telur Tengah, Diameter Telur Posterior Diameter Telur Tengah Diameter Telur Posterior
N 650 650
Median 0.78000 0.78000
Point estimate for ETA1-ETA2 is -0.00000 95.0 Percent CI for ETA1-ETA2 is (-0.01000,0.01000) W = 427238.5 Test of ETA1 = ETA2 vs ETA1 not = ETA2 is significant at 0.5144 The test is significant at 0.5142 (adjusted for ties) Cannot reject at alpha = 0,05; Kesimpulan : Diameter telur bagian tengah = bagian posterior
110
Lampiran 21 Parameter fisika kimia air di Sungai Kampar Suhu (ºC) RataBulan/Stasiun I II III rata I Jan-07 27,5 26,5 27,5 27,17 4,30 Feb-07 29,0 28,5 28,5 28,67 4,00 Mar-07 28,5 27,0 28,0 27,83 4,64 Apr-07 28,0 27,0 28,0 27,67 4,60 Mei-07 29,0 27,5 29,0 28,5 4,38 Jun-07 28,5 27,5 28,5 28,17 4,27 Jul-07 28,5 27,5 28,5 28,17 4,00 Agus-07 28,0 27,0 28,0 27,67 4,11 Sep-07 28,0 27,0 28,5 27,83 4,09 Okt-07 28,0 27,0 28,0 27,67 5,90 Nov-07 28,0 27,0 28,0 27,67 5,95 Des-07 27,5 27.0 27,5 27,33 5,30 Jan-08 27,0 26,5 27,5 27,0 4,45 Rata-rata 28,1 27,15 28,12 27,8 4,62 Keterangan: I = Langgam; II = Segati; III = Kejuit
Kedalaman (M) II 5,30 4,90 5,63 5,36 5,17 5,05 4,90 5,12 5,08 6,50 6,84 6,18 5,03 5,47
III 3,70 3,40 4,10 4,30 4,09 3,88 3,14 3,40 3,30 4,62 5,00 4,39 3,31 3,90
Arus (M/dtk) Ratarata 4,43 4,10 4,79 4,75 4,55 4,40 4,01 4,21 4,16 5,67 5,93 5,29 4,26 4,66
I 0,105 0,100 0,114 0,111 0,108 0,107 0,105 0,108 0,116 0,135 0,140 0,138 0,112 0,115
II 0,053 0,050 0,054 0,053 0,053 0,051 0,048 0,052 0,053 0,057 0,058 0,054 0,052 0,053
III 0,040 0,039 0,041 0,042 0,041 0,041 0,039 0,039 0,039 0,043 0,044 0,040 0,037 0,040
Kekeruhan (NTU) Ratarata 0,066 0,063 0,070 0,069 0,067 0,066 0,064 0,066 0,069 0,078 0,081 0,077 0,067 0,069
I 22,85 42,20 27,90 35,10 27,00 39,60 33,90 29,30 38,80 31,10 39,70 47,90 36,60 34,77
II 5,61 23,75 11,71 12,18 11,51 18,96 15,92 13,52 14,02 11,21 13,76 16,14 9,69 13,69
III 11,82 24,20 16,27 22,66 11,55 23,00 16,12 15,99 20,80 20,10 23,20 31,50 14,06 19,33
Ratarata 13,43 30,05 18,63 23,31 16,70 27,19 21,98 19,60 24,54 20,80 25,55 31,85 20,10 22,60
123
Lampiran 21 lanjutan pH RataBulan/Stasiun I II III rata Jan-07 5,9 5,8 5,9 5,87 Feb-07 5,8 5,5 5,8 5,7 Mar-07 6,0 5,9 5,9 5,93 Apr-07 5,8 5,8 5,9 5,83 Mei-07 5,9 5,8 5,9 5,87 Jun-07 5,5 5,4 5,5 5,47 Jul-07 5,9 6,0 5,9 5,93 Agus-07 5,9 5,8 5,9 5,87 Sep-07 5,8 5,2 5,9 5,63 Okt-07 5,6 4,8 5,5 5,3 Nov-07 5,6 5,5 5,6 5,57 Des-07 5,8 5,6 5,7 5,7 Jan-08 5,6 5,2 5,5 5,43 Rata-rata 5,78 5,56 5,76 5,7 Keterangan: I = Langgam; II = Segati; III = Kejuit
Alkalinitas (mg/L CaCO3) RataI II III rata 12,0 14,0 19,0 15,0 18,0 17,0 20,0 18,33 13,0 12,0 12,0 12,33 20,0 15,0 19,0 18,0 14,0 12,0 10,0 12,0 18,0 14,0 16,0 16,0 8,0 6,0 10,0 8,0 12,5 10,5 13,0 12,0 25,0 13,6 21,0 19,87 29,0 15,0 25,0 23,0 22,0 13,0 18,0 17,67 16,0 11,0 13,0 13,33 20,0 17,0 15,0 17,3 17,5 13,08 16,23 15,6
Oksigen terlarut (mg/L) RataI II III rata 6,40 4,50 5,50 5,47 5,90 4,70 5,40 5,33 6,30 4,90 5,70 5,63 5,50 4,20 5,20 4,97 5,00 3,36 4,32 4,23 4,08 3,00 3,84 3,64 4,10 3,20 4,00 3,77 5,50 3,50 4,80 4,60 7,00 5,00 6,00 6,00 6,80 4,80 5,90 5,83 6,50 4,20 5,50 5,40 4,20 3,90 3,80 3,97 4,20 4,20 4,00 4,13 5,50 4,11 4,92 4,84
124
125
Lampiran 22 Uji Mann-Whitney terhadap faktor fisika kimia air antar stasiun Nilai uji Mann-Whitney ( )
Stasiun yang dibandingkan I – II
I – III
II – III
Suhu (ºC)
0,0009*
0,9795
0,0004*
Kedalaman (M)
0,0038*
0,0159*
0,0000*
Kecepatan arus (M/dtk)
0,0000*
0,0000*
0,0000*
Kekeruhan (NTU)
0,0000*
0,0001*
0,0103*
pH
0,0812
1,0000
0,0906
Alkalinitas (mg/L CaCO3)
0,0378*
0,6281
0,1119
Oksigen Terlarut (mg/L)
0,0052*
0,1062
0,0293*
Keterangan: I = S. Langgam; II = A.S. Segati; III = D. Kejuit; * = berbeda nyata ( < 0,05)
125
Lampiran 23 Skor kondisi kualitas perairan pada masing-masing stasiun penelitian di Sungai Kampar
Parameter
Nilai optimum (Skor 5)
Nilai rata-rata parameter tiap stasiun
I
Skor
II
Skor
III
Skor
Suhu (ºC)
28,1
3
27,15
5
28,12
3
Oksigen terlarut (mg/L) Alkalinitas (mg/L CaCO3)
5,50
5
4,11
5
4,92
5
PH
Jumlah total skor
17,50
4
13,08
3
16,23
4
5,78
5
5,56
5
5,76
5
17
18
1
2
3
1
2
3
1
2
3
1
2
3
4
27ºC 5
4
4 mg/L 4 4 5 20 mg/L CaCO3 (soft waters) 4 4 5 5,5 4 4 5
3
2
1
3
2
1
3
2
1
3
2
1
17
Rata-rata skor = 17,33 Keterangan: I = S. Langgam; II = A.S. Segati: III = D. Kejuit Nilai optimum suhu = 27ºC; nilai optimum oksigen terlarut = 4 mg/L; nilai optimum alkalinitas = 20 mg/L CaCO3 (soft waters); nilai optimum pH = 5,5
126
