BAB 6 PENGENALAN ISIS/DRAW 2.3 A. Apa itu Isis/Draw 2.3 ISIS/Draw adalah software untuk pembuatan struktur kimia yang sangat sederhana. Merupakan software yang dapat di down load secara gratis dari internet. Jika program ini diaktifkan maka tampilannya dapat dilihat pada gambar berikut. Baris Judul
Baris Menu
Toolbar template
Toolbar edit struktur Toolbar horisontal
Toolbar vertikal
Gambar 33 Tampilan jendela ISIS/Draw B. Menu bar isis draw Seperti yang terlihat pada gambar 31, menubar keadaan default isis draw terdiri dari : File, Edit, Option, Object, Text, Templates, Chemistry, Windows dan Help. Cara mengaktifkan menubar : Gerakan mouse pada menu Klik mouse sebelah kiri, sub menu akan muncul Pilih sub menu Atau Tekan tombol Alt dan diikuti huruf yang digarisbawahi pada daftar menu Gerakkan pilihan menggunakan panah untuk memilih sub menu File Menu file terdiri dari beberapa sub menu yang secara lengkap dapa dilihat pada Tabel berikut :
Komputasi Kimia
38
Sub Menu File
Keterangan New : Membuat file baru Open : Membuka file yang telah ada Insert : Memasukkan file yang telah ada ke dalam file yang sedang terbuka Close : menutup jendela/file Save : Menyimpan file (ekstensi *.skc) Save as : Menyimpan file dengan nama lain Import : Mengimport data dari data sebelumnya. Ada tiga jenis file, molfile, sequnce file, Tgfile dan rxnfile Export : Kebalikan import file Print Setup : Mengatur set up printer Print : Melaksanakan proses print Print Preview : Tampilan sebelum print File-file yang sebelumnya telah terbuka, untuk mengaktifkan tinggal diklik kanan pada mouse Exit : Keluar dari Isis draw
Edit Sub Menu Edit
Keterangan Undo : Membatalkan perintah sebelumnya Cut : Menghapus fragmen yang telah diblok Copy : Fragmen yang diblok dipindahkan ke clipboard Paste : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada di clipboard Paste link : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada diclipboard dan masih link dengan file asal fragmen tersebut Clear : Menghapus Links : Membuat link Insert Object : Memasukkan objek ke dalam jendela edit. Object : Object yang telah diinsert dapat diedit dengan memilih object. Select All : Memilih seluruh objek/struktur yang ada di dalam jendela Select Chem Group : Memilih gugus fungsi Duplicate : Menggandakan objek yang diblok Set Sprout Atom : Menset atom
Option Sub Menu Option
Keterangan Zoom : Mengatur zoom Show/Sanap Grid, Ruler Perintah yang dapat memperihatkan alat bantu menentukan posisi vertikal dan horisontal dengan mengkombinasikan keempat submenu. Show Atom Maps : Memperlihatkan atau menyembunyikan peta atom Reacting Centers :menandai pusat reaksi, ada 4 pilihan, dengan warna, dengan tanda +, # atau ++
Komputasi Kimia
39
Setting : Menset beberapa hal yang berkaitan dengan format struktur, antara lain : Chemical drawing, Line/Fill/Arrow, Font, 3D, General, Ruler/Grid, Chem Inspector, sequence, brqcket. Lihat gambar berikut Read Jurnal : Tersedia beberapa setting struktur berdasarkan format jurnal ilmiah, misalnya format J. of American Chemical Society
Kotak dialog Settings dapat dilihat pada Gambar berikut:
Gambar 34 Kotak Dialog Settings Object Sub Menu Object
Komputasi Kimia
Keterangan Edit Object untuk melakukan edit objek misalnya edit kotak , lingkaran atau suatu struktur Bring To Front objek bedara di lapisan teratas Send To Back objek berada pada lapisan terbawah Clean Molecule mengembalikan format molekul ke format default Flip, melakukan pembalikan terhapar objek, balik horisontal atau vertikal Rotate memutar objek melalui ikatan secara horisontal dan vertikal Scale, mengatur skala tampilan Group mengelompokkan objek dalam satu grup Ungroup mengembalikan objek ke kadaan tanpa kelompok
40
Text Sub Menu Text
Keterangan Sama seperti MS Word pada ISIS/Draw juga terdapat pilihan Font, jenis huruf. Juga terdapat format huruf apakah tebal, reguler atau yang biasa, italic, garis bawah, superscript atau subscript.
Templates Sub Menu Templates
Keterangan Customize Menu and Tools Set Primary Template Folder, menset folder utama tempat templete Set SecondaryTemplate Folder, menset folder kedua tempat templete Open membuka template Alpha-D-Sugar, Amino Acids dll adalah nama-nama template yang tersedia. Template: Rumus atau struktur kimia yang telah dibuat tinggal diambil dan dimasukkan dan jendela edit
Chemistry Sub Menu Chemistry
Keterangan Reaction, merupakan menu untuk memeriksa persamaan reaksi Create Chiral Flag, tool untuk memunculkan bendera sebagai tanda bahwa suatu atom merupakan atom yang kiral
C. Toolbar edit struktur Toolbar untuk mengedit struktur molekul terdiri dari tombol-tombol yang tersusun vertikal berada di sebelah kiri jendela isis draw. Tombol ini ada yang hanya memunyai satu fungsi saja atau dapat berupa kelompok fungsi di mana display icon menunjukkan tombol yang sedang aktif. Perbedaan tampilan keduanya dapat ditandai oleh tanda kepala panah yang berada di sudut kanan bawah tombol untuk tombol yang merupakan kelompok fungsi, sedangkan tombol dengan satu fungsi tidak ada tanda seperti itu. 1. Tombol untuk menyeleksi, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu seleksi ada tiga macam :
Komputasi Kimia
41
Tombol dan Teknik Operasi nama Tekan-tarik Lasso tool
Select tool
Molecule Select tool
Klik pada objek Jika klik objek+Ctrl Tekan-tarik pada objek Tekan-tarik pada bagian sudut Klik ganda pada objek Tekan-tarik Klik pada objek Jika klik objek+Ctrl Tekan-tarik pada objek Tekan-tarik pada bagian sudut Klik ganda pada objek Tekan-tarik Klik pada molekul atau objek Kliktarik pada objek Tekan-tarik pada bagian sudut Klik ganda pada objek
Tujuan Menyeleksi objek dalam lasso Menyeleksi objek Menyeleksi seluruh molekul Memindahkan objek Merubah ukuran objek Mengedit properti objek Menyeleksi objek dalam Frame Menyeleksi objek Menyeleksi seluruh molekul Memindahkan objek Merubah ukuran objek Mengedit properti objek Menyeleksi molekul atau objek dalam Frame Menyeleksi Molekul/objek Memindahkan Molekul/objek Merubah ukuran Molekul/objek Mengedit properti Molekul/objek
2. Tombol untuk memutar, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu tombol putar ada dua macam : Tombol dan nama
Teknik Operasi
Tujuan
Tekan-tarik poros
Memindahkan pusat putaran
2D Rotate tool
Klik Sekitar objek Tekan-tarik objek yang telah diseleksi Ctrl-Klik molekul Tekan-tarik Sekitar molekul
Menyeleksi objek di dalam lasso Memutar objek melalui poros
3D Rotate tool
Tekan-tarik molekul yang terseleksi Memutar molekul secara 3 dimensi Jika disertai tombol Shift Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu X dan Y saja Jika disertai tombol Ctrl Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu Y
Menyeleksi sebuah molekul Menyeleksi molekul dalam frame
3. Tombol untuk menghapus Tombol dan nama
Eraser tool
Teknik Operasi
Tujuan
Klik pada sebuah objek Disertai tombol Ctrl Tekan-tarik
Menghapus objek Menghapus struktur Menghapus objek dalam frame
Komputasi Kimia
42
4. Tombol untuk Atom Tombol Teknik Operasi Tujuan dan nama Catatan : Gunakan keyboard untuk menuliskan simbol, muatan, isotop, radikal, hidrogen dan sifat-sifat atom Klik sebuah atom dan ketik Mengedit atom Atom tool Klik dan ketik Kreasi sebuah atom Tekan-tarik sebuah atom
Kreasi sebuah atom pada ujung ikatan
Ctrl+klik sebuah atom
Mengulang simbol atom sebelumnya
5. Tombol untuk jenis ikatan Tombol dan Teknik Operasi nama Klik Single bond tool
Doble bond tool
Triple bond tool
Tujuan Membuat ikatan tunggal
Tekan-tarik
Menggambar sebuah ikatan tunggal
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi ikatan tunggal
Mengulang klik Klik
Pergantian antar ikatan tunggal, rangkap dua dan tiga Membuat ikatan rangkap dua
Tekan-tarik
Menggambar sebuah ikatan rangkap dua
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi ikatan rangkap dua
Mengulang klik
Merubah posisi sisi ikatan rangkap
Klik
Membuat ikatan rangkap tiga
Tekan-tarik
Menggambar sebuah ikatan rangkap tiga
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi ikatan rangkap tiga
6. Kelompok tombol untuk baji ikatan (ikatan tiga dimensi) Tombol dan Teknik Operasi Tujuan nama Klik Membuat sebuah ikatan baji ke atas bidang Up wedge tool
Tekan-tarik
Menggambar ikatan baji ke atas bidang
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi baji ke atas bidang
Mengulang klik
Membalik arah ikatan
Klik
Membuat sebuah ikatan baji ke bawah bidang
Down wedge tool Tekan-tarik Klik sebuah ikatan
Komputasi Kimia
Menggambar ikatan baji ke bawah bidang Merubah menjadi baji ke bawah bidang
Mengulang klik
Membalik arah ikatan
Klik
Membuat sebuah ikatan tak terarah
43
Up Bond tool
Down Bond tool
Tekan-tarik
Menggambar ikatan baji ke bawah
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi baji ke bawah
Mengulang klik
Membalik arah ikatan
Klik
Membuat sebuah ikatan baji ke atas
Tekan-tarik
Menggambar ikatan baji ke atas
Klik sebuah ikatan
Merubah menjadi baji ke atas
Klik
Membuat sebuah ikatan baji ke bawah
Tekan-tarik
Menggambar ikatan baji ke bawah
Klik sebuah ikatan 7. Kelompok tombol untuk ikatan rantai Tombol dan Teknik Operasi nama Tekan-tarik Dengan Ctrl Chain tool Dengan Shift Tekan-tarik Multi-bond tool
Dengan Ctrl Dengan Shift
8. Tombol plus Tombol dan nama
Merubah menjadi baji ke bawah Tujuan Menggambar sebuah rantai Menggambar rantai berbagai sudut Merubah panjang ikatan Menggambar rangkaian rantai mengikuti arah mouse Menggambar iktan pertama dengan mengatur arah atau sudut ikatan Menset panjang ikatan pertama dari rantai
Teknik Operasi
Tujuan
Klik
Memasukkan tanda plus dalam reaksi
Plus tool 9. Kelompok tombol panah reaksi Tombol dan nama Teknik Operasi Klik Tekan-tarik Dengan Ctrl Mengulang klik
Tujuan Menempatkan sebuah panah Menggambar panah Dapat mengatur sudut panah Mengganti arah kiri, kanan, bolak balik
Arrow Tool 10. Peta atom Tombol dan nama
Komputasi Kimia
Teknik Operasi
Tujuan
Klik Dua atom
Peta pasangan atom
44
tool
Klik sebuah atom dan tarik ke Peta pasangan atom sebuah atom lainnya Klik sebuah ikatan Menandai tipe pusat reaksi Klik sebuah atom
Menghapus peta atom
Klik sebuah ikatan Delete Atom-atom Tekan-tarik map tool
Menghapus pusat reaksi Menghapus peta atom-atom yang ada di dalam frame
11. Tombol untuk membuat sequen asam amino dalam protein, DNA atau RNA Tombol dan Teknik Operasi Tujuan nama Klik dan ketik Memulai sequn Sequence tool
Sequence shape tool
Klik sebuah sequen
Mengedit sequen teks
Klik terminal kemudian tarik dari satu ujung ke ujung yang lain sambil membuat bentuk sesuai yang diinginkan. Bentuk akan disesuaikan dengan arah lintas mouse.
SH NH
2
SH
A R N D Q G M G E L M N D C V L K M S T V K H S W C Q
E
L M
G NH
2
H
N
SH
M
A
G R Q N D
K V
D C V L
K
S
W
SH
C Q
COOH
T S M
12. Tombol untuk membuat garis dan busur Tombol dan nama
Straight line tool
Teknik Operasi
Tujuan
Tekan-tarik Dengan Shift Klik dan geser mouse
Menggamber garis sesuai arah yang diinginkan Membuat garis dengan arah tertentu. Kenaikan sudut sebesar 15° Mendefenisikan segmen
Dobel klik
Mengakhiri segmen
Klik- tarik
Menggambar sebua busur
Klik tarik
Menggambar sebua busur
Continus line tool
Circular arc tool
Elliptical arc tool
Komputasi Kimia
45
COOH
13. Tombol bracket dan text tool Tombol dan Teknik Operasi nama Klik Ikatan Bracket tool
Text tool
Tujuan
Menempatkan bracket tunggal pada sebuah ikatan Tekan-tarik Menggambar pasangan bracket Tekan tarik+shift key Menggambar bracker melewati 2 ikatan Klik bracket Edit properties bracket Shift +Klik pragman Include atau exclude fragment Klik dan ketik Memasukkan text Klik teks Mengedit teks atau data Klik bracket atom dan ikatan Menumpangkan data pada bracket, atom atau ikatan Klik-tarik disekitar atom dan Menumpangkan data kepada objek yang ikatan diseleksi
14. Tombol untuk menggambar bentuk-bentuk geometri dasar Tombol dan Teknik Operasi Tujuan nama Klik dan tarik Menggambar persegi panjang Dengan tombol Ctrl Menggambar bujur sangkar Rectangle Tool Klik dan tarik Menggambar persegi panjang sudut lengkung Menggambar bujur sangkar sudut Rounded Dengan tombol Ctrl lengkung rectangle tool Klik dan geser mouse Mendefinisikan panjang sisi Polygon tool
Dobel klik
Mengakhiri sisi terakhir dan menutup poligon
D Membuat struktur dan rumus kimia dan menggabungkan dengan MS Word Aktifkan ISIS/Draw dengan mengklik Start, Program, ISIS/Draw Buatlah struktur toluena Aktifkan pemilih shortcut molekul Seleksi struktur toluena yang telah dibuat kemuadia Klik Edit dan pilih Copy. Selanjutnya buka jendela MS Word. Klik menu Edit dan pilih Paste. Pastikan bahwa anda berhasil mengkopy struktur toluena dari ISIS/Draw ke MS Word.
Komputasi Kimia
46
