Fotogerjesztett biofizikai rendszerek
Barócsi Attila
1
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Tartalom • • • •
Sugárzás kölcsönhatása atomi/molekuláris rendszerekkel Fényelnyelés biológiai makromolekulákban Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Fotoszintézis – növények – Halobacterium • Retinál • ChR2 – csatorna-rodopszin • Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás
2
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Sugárzás kölcsönhatása atomi/molekuláris rendszerekkel Sugárzások biológiai hatásának alapja – élő rendszer atomjainak / molekuláinak gerjesztése v. ionizálása – energiaátadás Elektromágneses sugárzás emissziója / abszorpciója – olyan állapotváltozáskor, amikor a rendszer elektromos dipólus-momentuma megváltozik (elektronátmenet, rezgési/forgási állapotváltozás) Elektromágneses spektrum – • Fényérzetet a ~400-760 nm (VIS) tartomány ad, tágabban fény az IR-UV, ún. optikai tartomány:
100-280 nm 280-315 nm 315-400 nm 400-760 nm 760-1400 nm 1,4-3,0 m 3-1000 m
UV-C (távoli) UV-B* (középső) UV-A (közeli) (látható, VIS) IR-A (közeli) IR-B (középső) IR-C (távoli) 3
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Sugárzás kölcsönhatása atomi/molekuláris rendszerekkel Elektromágneses spektrum – • Atommagon kívüli folyamatokban (elektronok, atomok, molekulák állapotváltozásaikor): fény- és röntgensugárzás duális jelleg • Rövidebb felé: magfolyamatokból -sugárzás részecskejelleg dominál • Hosszabb felé: mikrohullámok hullám leírás Radiometria – Fotometria – optikai sugárzás mint energiát szállító fényérzet keltő fény – átlagos nappali folyamat (fizikai mennyiségekkel) emberi látására jellemző színképi függvénnyel korrigálva. • Színmérés: színészleléshez objektíven mérhető mennyiségeket rendel Sugárzott teljesítmény, e = P
W
Fényáram, v
lm
Sugárerősség, Ie = P
W sr–1
Fényerősség, Iv
cd
Ki- (adó) / besugárzott (vevő) intenzitás, I = PA
W m–2
Felületi fényáram (adó) / megvilágítás (vevő), Ev
lx
Sugársűrűség, Le = PA,
W m–2sr–1
Fénysűrűség, Lv
cd m–2
4
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Sugárzás kölcsönhatása atomi/molekuláris rendszerekkel Emisszió: Rendszer gerjesztett állapotú. Gerjesztések: – termikus – lángfestés fémsókkal – elektromos – kisülési csövek – optikai – zöld növények fotoszintézisében • Spontán: E2E1 átmenet foton kibocsátással; külső hatás nélkül bekövetkező, statisztikus eloszlású, inkoherens: I n i • Indukált: belépő E energiájú foton kölcsönhat a már E2 állapotú atom elektronjával, amely visszatér E1-be két foton kibocsátásával frekvenciájuk, polarizációjuk és fázisuk is azonos monokromatikus és koherens sugárzás:
E2
h
E1 E2
h
E1
h h
A n a I n 2 a 2 n 2i 5
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Sugárzás kölcsönhatása atomi/molekuláris rendszerekkel Abszorpció – optikai gerjesztéskor elnyelődő foton 3 módon adhat át energiát: • Perturbálja egy elektron állapotát (időtartama ~ foton be rezgésideje, ~10–15 s), majd beesőével azonos foton emittálódik: koherens (klasszikus v. Rayleigh-szórás). Eltérő foton kis valószínűséggel: Raman-szórás. Fényszórást bármilyen foton kiválthat. • Gerjeszti a rendszert bizonyos-tartományok esetén sokkal nagyobb időállandóval (megengedett optikai be –8 –3 átmenet:10 s, metastabil állapot: 10 s). Gerjesztési energia emissziója: fotonként (lumineszcencia); kémiai folyamatban (fotokémiai reakció); fononként (hővé alakul: szűkebben vett fényabszorpció) áthaladó fényintenzitás csökken, mely-szerinti eloszlása jellemző az abszorbens rendszerre. be • fényelektromos hatást vált ki. Röntgen- és -sugárzás esetén jelentős lehet a Compton-szórás és párkeltés.
ki
ki
6
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fényelnyelés biológiai makromolekulákban Abszorpció és pigmentméret:
7
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fényelnyelés biológiai makromolekulákban Abszorpció és pigmentméret:
e
2L n
pe2 nh n2 h 2 pe Ee e 2 L 2 m e 8 m e L2 h
Ee
2 2 (nLUMO nHOMO )h2
8 m e L2
8
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fényelnyelés biológiai makromolekulákban Abszorpció és pigmentméret:
e
2π R n
9
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Jablonski-diagram – molekuláris átmenetek energiahelyes ábrázolására: E • Kasha-szabály: vibrációs kaszkád (hő)
• Szinglet / triplet állapotok: S, S = 0
belső konverzió (hő) szinglet triplet átalakulás (nem sugárzó)
A gerjesztett molekula energiája
S2S1 mindig hő, sugárzás S1 legalsó vibrációs (LUMO) szintjéről • T1S0: spinváltás (kis valószínűség élettartam nő)
S2
2 1
r
r0
S1
T1
10–9 s
10–15 s E2
10–3 s 10–15 s
ET
E1
T, S = 1
Fluoreszcencia
S0
Foszforeszcencia
10
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Sugárzásmentes átmenetek:
Lumineszcencia: nem fonontér rovására, hanem egyéb gerjesztésre >100 ps-nál hosszabb idő után bekövetkező fénykibocsátás. Lumineszcencia centrumok nem egy időben emittálnak lumineszcencia élettartam (~s … néhány nap). • Ilum(T) > Iterm(T) hidegfény • fluoreszcencia – késleltetett: metastabil állapot esetén – kioltás: reabszorpciós / transzfer folyamatoknál • foszforeszcencia – gyorsabb transzfer-reakciók miatt ritka a természetes folyamatokban 11
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Lumineszcencia – fotolumineszcencia: – gerjesztett állapot g foton hatására g f • Fluoreszcens foton energiája g nem lehet nagyobb, mint a gerjesztő fotoné: f g • Köztes nemsugárzó átmenetek is lehetségesek • Két / több foton egymást követő elnyelésekor a kilépő foton csapda h 2 energiája lehet nagyobb frekvencia felkonvertálás hc ( 1 2) h 1 (f < {g1, g2}) feltétele: csapda, mely az g elektront tárolja a következő foton elnyeléséig g • Két / több foton egyidejű elnyelése: virtuális köztes állapoton keresztül (f < g)
f
f 12
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Energia- és töltéstranszfer:
• Energiatranszfer reakciók:
gerjesztett elektron–lyuk pár exciton transzfer (nettó töltés = 0) 13
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése FRET – Förster (fluoreszcens) rezonáns energiatranszfer: • monopólus indukálta dipólus–dipólus kölcsönhatás ~ (r–3)2: 2 I D ( )k r DA 1 1 kE ~ , , DA E k r k nr k E kE n4r 6 kE i átmenet száma E k E E , ki [ ] k r k nr k E s
E
1 1 1 0,5 k E k r k nr ~ 6 k k nr D R0 1 r kE
I D ( ) ~ D k r D DA k r DA ~ I DA ( ) 1 r6 E , E ~ 6 6 1 (r / R0 ) R0 I DA ( ) DA 1 E I D ( ) D
14
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Foto-gerjesztett molekulák viselkedése Fluoreszcencia kioltás: • Fluoreszcencia csökken olyan molekulák / ionok jelenlétében melyek elektronszerkezete megfelelő ahhoz, hogy a gerjesztett állapotú fluorofór gerjesztési energiáját átvegyék és disszipálják (pl. hő, fotokémiai munka). DQ
kr kr kr DQ ~ I DQ I D ~ kr D kr knr kQ kr knr
• Statikus kioltás: Nem fluoreszkáló (sötét) komplex kialakulása alapállapotú fluorofórral – gerjesztett molekulák száma csökken – fluorofór élettartam nem változik – diffúziónak nincs szerepe • Dinamikus kioltás: Ütközés a gerjesztett fluorofórral – gerjesztett állapot relaxál – fluorofór élettartam csökken – diffúzió kontrollált: I DQ / I D 1 K[Q]
15
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis Autotróf élőlények (növények, bizonyos baktériumok és más egysejtűek) a fény energiáját kémiai energiává alakítva szervetlen anyagból (legtöbbször CO2 + H2O) szerves anyagot (pl. glükózt) állítanak elő O2 képződés mellett.
• Növények: “alkalmazkodtak” (???) a fény látható tartományához különböző pigmentek (konjugált kettős kötések). Hatékony abszorpció kétféle fotorendszer (PSI–II), reakcióközpontjukban egy-egy (chl-a) molekula-dimer áll. 16
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények • Fotoszintézis akkor hatékonyan, ha (a többi biokémiai folyamathoz hasonlóan) térben elkülönül a sejt más részétől színtest
17
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények h 2 NADPH 2 H 3 ATP O2 ) Fényszakasz: 6 ( 2H2O 2NADP 3 ADP 3Pi 1. Tilakoidba ágyazott fehérjealapú PSI–II a szerkezetének megfelelő fény energiáját elnyeli, és továbbítja a reakcióközpont felé. A többletenergiától a chl-a elektront ad le (oxidálódik), amely szállítómolekulákra (antenna) kerül. • Mindkét PS energiacsapdaként (LHC) működik, de: • PSI – gyenge oxidáló- / erős redukálószert termel (NADP+-t redukálja)
18
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények Fényszakasz: • PSII – erős oxidáló- / gyenge redukálószert termel (+1,1 V: természetes biológiai rendszerekben legnagyobb: víz-oxidáció feltétele) • Gerjesztett állapot élettartama ~10–9 s a reakcióközpont feladata ezalatt eljuttatni az elektront a szállítórendszerhez (P680* Pheo feofitin: elsődleges e–-akceptor QA QB kinon e–-akceptorok)
19
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények 2. PSINADP+, és PSIII között működik elektronszállító rendszer. • Nem ciklikus elektronáram: PSII PSI NADP+ • Ciklikus elektronáram: Fd ferredoxin a NADPH mennyiségétől függően elektronokat csatol vissza PSI-ből a PQ plasztokinon protonpumpa működtetésére.
20
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények Fotogerjesztés és lehetséges relaxációs útvonalai:
21
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények Klorofill fluoreszcencia:
22
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények Klorofill fluoreszcencia kioltás: • F0: minimális fluoreszcencia, PSII nyitott (sötétadaptált) • F'0: fényadaptált (PSI gerjesztett) • Fm: maximális fluoreszcencia, PSII zárt (sötétadaptált) • F'm: fényadaptált • Fv/Fm: max. PSII kvantumhatásfok • PQ: fotokémiai kioltás (nyitott/ összes centrum)
23
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – növények Klorofill fluoreszcencia kioltás:
• • • • •
F0: minimális fluoreszcencia, PSII nyitott (sötétadaptált) F'0: minimális fluoreszcencia (fényadaptált, PSI gerjesztett) Fm: maximális fluoreszcencia, PSII zárt (sötétadaptált) F'm: maximális fluoreszcencia (fényadaptált) Fs: állandósult fluoreszcencia (fényadaptált)
24
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – Halobacterium • O2 jelenlétében ATP termelés oxidatív foszforilációval. • Kevés O2: átkapcsol fotoszintetézisre. Fényenergiával hajtott protonpumpa által felépített gradiens hajtja az ATP-ázt az ATP szintézishez (Mitchell kemiozmozis). • Ha nincs BR, nincs fényválasz O2 nélkül nem áll vissza az ATP szint.
» Danon, Stoeckenius, “Photophosphorylation in Halobacterium halobium”, PNAS Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 71, 1234-38 (1974)
25
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fotoszintézis – Halobacterium • Respirációs/foszforilációs elektrontraszport-lánc gátlása nem befolyásolja a fényválaszt. • Membrán proton-permeabilitás növelése mind a fény-, mind az O2 választ gátolja. • A bíbormembrán egyetlen fehérjealkotója a BR, mely sűrű pakolással épül be (csak 25% lipid), szabályos 2D hexagonális rácsba (6 nm-enkénti rácspontok körül 3 BR). • Termelt ATP mennyisége ~ bíbormembrán frakció (és nem a teljes sejt) abszorpciójával.
26
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Retinál Bakteriorodopszin (BR): • 248 aminosav + transz-retinál (440 nm abszorpció) • C=N kovalens kötés opszinhoz (560 nm abszorpció) Protonpumpa (Halobacterium): • Fényadaptált BR: transz-retinál h 13-cisz-retinál fotociklus proton szállítás extracelluláris térbe ATP-szintézis.
27
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Retinál
» Mak-Jurkauskas et al, “Energy transformations early in the bacterio-rhodopsin photocycle revealed by DNP-enhanced solid-state NMR”, PNAS, 105 883-8 (2008)
BR fotociklus • VIS fényimpulzussal megvilágítva a bíbormembrán abszorpciója 410 nm-re tolódik, majd visszatér a hosszú állapotába ciklikus protonfelvétel / -leadással. • Folyamatos megvilágításra a BR oszcillál a 2 állapot között. Membránba ágyazva a proton transzlokáció irányítottá válik (kifelé). • Fotokémiai elágazás: OP Q, mely stabil, de legerjeszthető (memória) retinál fehérjéről leválik, de a kötőhelynél marad
28
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Retinál Látás: • 11-cisz-retinál h transz-retinál disszociál opszin enzimatikus aktiválódása. • transzducin-GDP transzducin-GTP cGMP 5’-GMP hidrolízis. • cGMP-függő Na+ csatornák bezáródása hiperpolarizáció gátlás csökken akciós potenciál. 29
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek ChR2 – csatorna-rodopszin A membránpotenciál optikai változtatása: • ChR2: nem-szelektív kationpumpa • HR: halorodopszin kloridpumpa
» Pastrana, “Optogenetics: controlling cell function with light”, Nature Methods,8 , (2011)
30
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia-detektálás és alkalmazása • Fluoreszcencia jelenségéből analitikai eszköz – oka: egy-foton detektálási érzékenység • Jelentősége a biológiai tudományokban a legnagyobb – fluoreszcenciát a fiziológiai folyamatokra közvetlenül jellemző idő- és méretskálák befolyásolják (pl. fehérjék, látás, fotoszintézis, DNS, sejtek és membránok vizsgálata) • Aromás molekulák fluoreszcenciája = {, kvantumhatásfok, I, td, polarizáció, pozíció} • Fluoreszcencia alkalmazások 4 csoportja: – spektroszkópia – lecsengési idő (élettartam) mérés – mikroszkópia – szenzorok
» Birch, “Fluorescence detections and directions”, Meas. Sci. Technol., 22, 052002, (2011)
31
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Spektroszkópia – fluorimetria: • „Szoftver forradalom” – automatikus vezérlés és gyors online adatelemzés • Hardver oldal keveset változott: gázkisüléses lámpa + monokromátor (MC) + mintatartó + kimenő MC + PMT
32
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Lecsengési idő – fluorometria: • Másik 3 alkalmazási csoportban látványos fejlődés molekuláris területen – közvetve / közvetlenül a lecsengési idő mérésén keresztül • Korai fluorofór mérések: kvantumhatásfok és lecsengési idő alapján felállított mérlegegyenletekkel – abszolút kvantumhatásfok (emittált/elnyelt fotonszám meghatározás nehéz) – relatív kvantumhatásfok (spektrális korrekciók szükségesek) f
nemittált nemittált kr nabsz N gerj kr knr
• Jelen irány: pontosan mérhető abszolút lecsengési időből meghatározni mindent, amit lehet (lecsengés nem feltétlenül multi-exponenciális: ps-ns komponensek) – idő-korrelált fluoreszcens spektroszkópia N (k r k nr )t N (t ) N 0,gerj e ( kr knr)t
gerj 1 1 gerj , r 0 f k r k nr kr 0
33
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Lecsengési idő – fluorometria: • Kapuzásos (direkt) időmérés: – nagy fotonszám esetén (analóg mintavétel) – periodikus gerjesztés léptetéssel – gyors – t: időfelbontás / integrálási idő (érzékenység) kompromisszum • Fázisfluorometria: f (t ) e j 2 π F ( )
– több időállandós lecsengés több gerjesztési frekvenciával mérni 34
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás
» Wahl, “Tech Note TCSPC 1.2”, PicoQuant GmbH, (2000)
TCSPC – Time-Correlated Single Photon Counting: • Feladat: időfüggő intenzitásprofil felvétele. Egyetlen gerjesztési ciklus alatt a lecsengés rögzítése problémás: 1. Lecsengési idő rövid (~100 ps … ~100 ns). Pl. 500 ps élettartamot elfogadható 10 pontos rögzítéséhez 50 ps időfelbontás kell. 2. Intenzitás túl kicsi analóg mintavételezéshez (néhány foton / emisszió diszkrét jel). 3. Gerjesztési intenzitás növelése fakuláshoz vezethet. • TCSPC: periodikus gerjesztés adatgyűjtés több cikluson át egyciklusú profil rekonstrukció egy-fotonos eseményekből.
35
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás TCSPC – Time-Correlated Single Photon Counting: • Start/stop számlálás alapelve
CFD = Constant Fraction Discriminator TAC = Time-to-Amplitude Converter
36
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás TCSPC – Time-Correlated Single Photon Counting: • Blokkvázlat
• Fordított Start/stop (ne legyen várakozás, ha nincs foton) 37
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia: • (Hagyományos fluoreszcens) • Konfokális • 2-fotonos • Időfelbontásos – FLIM – fluorescent lifetime imaging
38
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia: • Hagyományos: – párhuzamos képalkotás – egyidejűleg nagy látótér és felbontás – Abbé-elv: xlat ~ / NA • Pásztázó: – pontdetektorral képsík letapogatása – pontforrással tárgy letapogatása – egyetlen tárgypontot kell leképezni – kép elektronikus formában • Konfokális: – szimmetrikus: mindkét oldalon leképző lencse – szinkron pásztázás – mélységi felbontás: z ~ / NA 39
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia – konfokális: – reflexiós elrendezés (szinkron pásztázás automatikusan) NA n sin
» Radiance2100™ Confocal Imaging Systems, Bio-Rad, (2005)
40
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia – konfokális:
» Puskár Z., SOTE Anatómiai Intézet 41
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia – 2-fotonos: • If ~ Ig2 – nagy (lokalizált) fotonsűrűség szükséges (térbeli fókusz) – egy időben (időbeli fókusz) • f < g • Miért IR? Nincs rövid pulzus rövidebb esetén.
42
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia – 2-fotonos:
» Radiance2100™ MP Multi-photon Imaging Systems, Bio-Rad, (2005)
43
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Mikroszkópia – 2-fotonos (kontra konfokális): • Nagyobb : – behatolási mélység nagyobb: max. 1000 m (konfokális ~40 m) – optikai károsodás (fakulás) kisebb – UV fluorofórok / élő szövet vizsgálata UV károsodás nélkül – auto-fluoreszcencia vizsgálat (gerjesztés / emisszió nem fed át) – 2 v. több fluorofór egyidejű detektálása (pl. kék / zöld emisszió) (konfokális: több gerjesztés + utólagos képösszerakás korrekcióval) • 3D diffrakció-limitált gerjesztés: – detektor pásztázás (tűlyuk) nem kell direkt detektor sejtjelölő indikátorokból származó szóródó fotonok is detektálhatók – gerjesztett térfogaton kívüli háttér kisebb (~nincs) – FRET analízis • „Időfókusz”: – 4D vizsgálatok (pl. FCS / FLIM) • 3-fotonos gerjesztéssel több fluorofór, pl. 930 nm 465 (2P) / 310 nm (3P) 44
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Fluoreszcencia detektálás és alkalmazás Időfelbontásos mikroszkópia: • FLIM – fluorescent lifetime imaging
» Suhling et al, “Time-resolved fluorescence microscopy”, Photochem. Photobiol. Sci., 4, 13-22 (2005)
45
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Optikai csipesz • Optikai csapda: – geometriai optikai leírás (d > ) – Fresnel-formulák – elektromágneses leírás (d < ) • Biológiai mintához: –
46
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Optikai csipesz • Optikai csipesz alkalmazások: – mikromanipulátor – erőmérő – deformáció vizsgálat • Molekuláris motorok teljesítményviszonyai: – normál fiziológia: GC –20 kBT = 83 pN nm /s – ATP-szintetáz aktivitás: r 20 ATP/s PC 400 kBT/s – motor sebesség: 800 nm/s Fstop 2 pN
47
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek Optikai csipesz • DVD-pickup mint optikai manipulátor:
» Kasukurti et al, “Single-cell isolation using a DVD optical pickup”, Optics Express, 19, 10377-86 (2011)
48
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek BME Atomfizika Tanszék • IFS – Intelligens FluoroSzenzor:
» Barócsi: SPICY – Smart tools for Predicting of Crop Yield, KBBE211347, 2008-2012
49
Fotogerjesztett biofizikai rendszerek BME Atomfizika Tanszék • 2-fotonos mikroszkóp idegsejtek fiziológiás vizsgálatára: Ti:sapphyre laser
Material dispersion precompensation Beam expander X drift compensation
Drift compens. unit
Y drift compensation Angular dispersion precompensation Y scanner
AO scanner unit
X scanner
50% ΔF/F
Angular dispersion compensation
Aspheric surface
500ms
PMT
20µm
Sample
» Maák P., BME & Femtonics Ltd., Hungary
50