Evropská databáze typizačních znaků biologických agens Libor Píša Ústřední vojenský zdravotní ústav Praha
Obsah prezentace 2
Cíle projektu Evropské obranné agentury (EDA) Řešitelé projektu Studované bakteriální druhy Použité typizační metody Tvorba databáze BioNumerics Výsledky projektu Navazující EDA projekt Závěr
Establishment and Management of a Common Database of B-agents - A European Biodefence Laboratory Network 3
Cíle projektu shromáždění identifikačních a typizačních dat vybraných vysoce rizikových či rizikových biologických agens do formy „použitelné“ databáze navázání spolupráce mezi laboratořemi a vytvoření sítě biolaboratoří zkvalitnění reakce relevantních složek (civilních i vojenských) na biologické hrozby
Projekt obranného výzkumu MO Biodefence Označení EDA projektu: B-0060-ESM4-GC (2009-2011)
European Biodefence Laboratory Network 4
Členský stát Belgie Česká republika Finsko Francie Itálie Německo Nizozemí Norsko Polsko Rakousko Španělsko Švédsko
Organizace
Zástupce
Univ. Catholique de Louvain à Louvain-La-Neuve FVZ UO Hradec Králové, ÚVZÚ Praha, SÚJCHBO Kamenná Centre for Military Medicine, Helsinki Ministère de la Défense, DGA_MNRBC, Vert le Petit/DGA_MRIS, Bagneux, Army Medical Research Center, Roma Bundeswehr Institute of Microbiology, München TNO – Defence, Security and Safety, Delft Norwegian Defence Research Establishment Military Institute of Hygiene and Epidemiology, Pulawy BMLV/ARWT/ABCUT, Mödling La Maranosa Technological Center, Ministry of Defence, Madrid Swedish Defence Research Agency, FOI, Umeå,
Jean-Luc GALA Aleš MACELA Simo NIKKARI Gilles VERGNAUD Florigio LISTA Wolf SPLETTSTÖESSER Hugo-Jan JANSEN Jaran OLSEN Marcin NIEMCEWICZ Adelheid OBWALLER Ricela SELEK CANO Mats FORSMAN
Studované bakteriální taxony 5
Bacillus anthracis (IT) Bacillus cereus group (NO) Brucella species (FR & IT) Burkholderia species (GE) Francisella tularensis (SE) Yersinia pestis (FR) Yersinia pseudotuberculosis (FI) Coxiella burnetii (GE) Clostridium botulinum (NO) Legionella pneumophila (AT) Vibrio cholerae (PL)
V závorce – koordinátorská země
Použité identifikační metody 6
Genotypické 16S
rRNA 23S rRNA MLVA SNPs MLST celogenomové sekvenování
Fenotypické Kultivace Biochemické API Vitek Biolog
MS
(MALDI –TOF, SRM)
Postup tvorby databáze 7
VRC – verified reference collection ověřená
referenční sbírka
RCU – reference collection upgrade nástavba
referenční sbírka
8
Databáze BioNumerics
9
Srovnání rozlišovací schopnosti metod 10
16S rRNA
MLST
23S rRNA
MLVA
Biolog
MALDI-TOF
Evropská databáze typizačních znaků biologických agens – výsledky projektu 11
shromáždění identifikačních a typizačních dat vybraných biologických agens vytvoření databáze: výběr vhodné identifikační metody pro daný druh a validace nových identifikačních kitů/metod na přesně definovaném panelu referenčních kmenů nástroj k určení neznámého agens a určení původu identifikovaného agens (zdroj, přirozený výskyt vs. bioterorismus …) fylogenetické studie (určení příbuznosti, evoluční vzdálenosti)
vytvoření sítě biolaboratoří
Navazující EDA projekt – EBLN II 12
předložen a schválen návrh projektu zahrnuje pokračování
v budování databáze rozšíření o viry především postaven na celogenomovém sekvenování
stejné konsorcium – účast ČR?
Význam projektu pro ČR 13
spolupráce vojenských a civilních laboratoří biologické ochrany v rámci ČR projekt umožnil komunikaci se zahraničními pracovišti projekt umožnil přístup ČR k unikátní databázi vznikající v rámci projektu EDA rozvoj nových technik a metodik typizace (MLST, SRM, imunologie)
Oficiální závěr EDA projektu (Executive summary of the EDA project „Database B“) 14
The most important achievement in this project is the design and construction of a shared database with reference typing data and definition of reference strain panels that can be used for validation of diagnostic tests, identification methods and biodefence instruments or technologies. In addition, the project has led to increased integration of EU biodefence laboratories, increased reach-back capability and support to the BIOEDEP program, improved tools for B-DIM and epidemiological investigation, improved microbiological forensic capability, increased understanding on possibilities and limitations with different microbiological analysis methods and many publications in peer reviewed scientific journals.
Poděkování
Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany, Hradec Králové, CZ:
ÚVZÚ, Praha, CZ: Jiří Dresler, Věra Neubauerová, Veronika Formánková
Martin Hubálek Aleš Macela Lenka Hernychová Klára Kubelková
MIHE, PL: Marcin Niemczevicz,
SÚJCHBO, Kamenna,CZ: Michal Dřevínek, Hanka Placáková, Jitka Kalíková
Prezentace zpracována s podporou POV Spektrometrie OVUVZU2010001
FOI, Umea, SE: Mats Forsman Per Wikstrom TNO, Rijswijk, NL: Armand Pauw 15
DĚKUJI ZA POZORNOST
Applied Math, Sin-MartinsLatem, BE: Koen Jansen, Bruno Pot Bundeswehr Institute of Microbiology, Munich, GE: Wolf Spletstoesser, Eric Seibold, Julia Riehm, Holger Scholz
