Dotazník Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR v roce 2008 a hlavní dosažené výsledky I. Textová část

Dotazník Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR v roce 2008 a hlavní dosažené výsledky I. Textová část

Název pracoviště: Mikrobiologický ústav AVČR, v.v.i. Zkratka pracoviště:

MBÚ AVČR, v.v.i.

IČ: 61388971

1. Vědecká (hlavní) činnost pracoviště a uplatnění jejích výsledků 1a)

stručná charakteristika vědecké (hlavní) činnosti pracoviště

Česky: Mikrobiologický ústav AV ČR je jednou z hlavních vědeckých institucí v České republice, která se komplexně zabývá základním výzkumem v oboru mikrobiologie. Hlavní výzkumné oblasti jsou biochemie, fyziologie, molekulární genetika bakterií, kvasinek a vláknitých hub, mikroskopických řas a témata imunologická. V rámci těchto oblastí jsou podrobně studovány otázky produkce biologicky aktivních látek, enzymů, regulační mechanizmy v řízení diferenciace růstu mikroorganizmů, mechanizmy podílející se na přenosu a modifikaci DNA, degradační aktivity mikroorganizmů, fotosyntetický systém, vývojové aspekty imunity, patologie a léčba autoimunitních onemocnění a imunologie onemocnění nádorových.

1

Anglicky: Institute of Microbiology, Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., is one of the major scientific institutions in the country that systematically pursues basic research in microbiology. The main research areas are biochemistry, physiology and molecular genetics of bacteria, yeasts, filamentous fungi and microscopic algae, and immunological disciplines. Within the framework of these areas, detailed research is conducted into the problems of production of biologically active substances, enzymes, regulatory mechanisms controlling the differentiation and growth of microorganisms, photosynthetic machinery, evolutionary aspects of immunity, pathology and treatment of autoimmune diseases and modern methods for the therapy of tumors.

1b)

výčet nejdůležitějších výsledků vědecké (hlavní) činnosti a jejich aplikací

1 Pořadové číslo

1 2 3 4 5

2 Výsledek

Charakterisace mechanismu působení kvasinkového faktoru eIF3 Návrh nového mechanismu působeníRTX cytotoxinů Charakterisace evoluce mitochondriálních peptidas ve dvou významných jednobuněčných parazitech Charakterisace proteinů translačního systému u Streptomyces aureofaciens Charakterisace role produktu genu slr2034 (ycf48) v procesu skládání a opravy fotosystému II u sinice Synechocystis PCC 6803 Navození rezistence zprostředkované CD8+ T buňkami u myší trpících BCL1 leukémií a léčených směrovaným polymerním doxorubicinem Nový kmen námele z tropů První důkaz jedinečnosti sRNA u aktinomycet Důkaz o přítomnosti aerobních anoxygeních fototrofů ve sladkých vodách

6 7 8 9 1c)

anotace vybraných výsledků z bodu 1b)

Pořadové číslo anotace: 1 Název česky: Charakterisace mechanismu působení kvasinkového faktoru eIF3

2

3 Číslo citace výstupu

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Název anglicky: Characterization of mechanism of action of the yeast factor eIF3 Popis výsledku česky: Byly detailně charakterizovány mechanismy působení kvasinkového iniciačního faktoru eIF3. Bylo zjištěno, že delece N-terminální domény (NTD) faktoru eIF3, která váže malý ribosomální protein RPS0A, zhoršuje iniciaci translace a snižuje vazbu eIF3 k nativním preiniciačním komplexům in vivo. Genetická analýza prokázala funkční interakci mezi eIF3a-NTD a sekvencí na 5´ konci uORF1 na mRNA, která je nezbytná pro reiniciaci translace. Ze získaných výsledků vyplývá, že eIF3 je zachycen na ribosomech během translace uORF1 a při terminaci interaguje s 5´ sekvencí uORF1 na mRNA, což stabilizuje asociaci mRNA s postterminačními 40S subjednotkami ribosomů a umožňuje zahájení reiniciace translace. Popis výsledku anglicky: Mechanisms of the yeast initiation factor eIF3 action has been characterized in detail. It was found that partial deletion of the N-terminal domain (NTD) of eIF3a, which binds the small ribosomal protein RPS0A, impairs translation initiation and reduces binding of eIF3 and associated eIFs to native preinitiation complexes in vivo. Genetic analysis reveals a functional interaction between the eIF3a-NTD and sequences 5' of uORF1 on mRNA that is critically required to enhance reinitiation. The results suggest that eIF3 is retained on ribosomes throughout uORF1 translation and, upon termination, interacts with its 5' enhancer at the mRNA exit channel to stabilize mRNA association with post-termination 40S subunits and enable resumption of scanning for reinitiation downstream. Citace výstupu: Szamecz B., Rutkai E., Cuchalová L., Munzarová V., Herrmannová A., Nielsen K.H., Burela L., Hinnebusch A.G., Valášek L.: eIF3a cooperates with sequences 5' of uORF1 to promote resumption of scanning by post-termination ribosomes for reinitiation on GCN4 mRNA. Genes Dev. 22:2414-2425 (2008). Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Leoš Valášek, 296442288, [email protected]

Pořadové číslo anotace:2 Název česky: Návrh nového mechanismu působení RTX cytotoxinů Název anglicky: Proposal of new mechanism of action of the RTX cytotoxines Popis výsledku česky: Bylo prokázáno, že RTX toxiny Gram-negativních bakterií (např. adenylátcyklasový toxin z bakterie Bordetella pertussis vyvolávající černý kašel) rozeznávají receptory z rodiny β2 integrinů na fagocytárních buňkách primárně prostřednictvím Nvázaných glykosidických řetězců. Tato reakce je nezbytná pro zabíjení cílových buněk působením těchto toxinů. Na základě získaných výsledků byl navržen nový model mechanismu působení RTX cytotoxinů. Popis výsledku anglicky: RTX toxins of Gram-negative bacteria (e.g. adenylate cyclase toxin from whooping cough agent Bordetella pertussis) recognize the β2 integrin receptors through N-linked oligosaccharide chains. This reaction is necessary for killing of target cells by these toxins. These results set a new paradigm for action of RTX cytotoxins. Citace výstupu: Morová J., Osička R., Mašín J., Šebo P.: RTX cytotoxins recognize β2 integrin receptors through N-linked oligosaccharides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 5355-5360 (2008).

3

Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Peter Šebo, 296442141, [email protected]

Pořadové číslo anotace:3 Název česky: Charakterizace evoluce mitochondriálních peptidas ve dvou významných jednobuněčných parazitech Název anglicky: Characterization of evolution of the mitochondrial peptidases in two important unicellular parasites. Popis výsledku česky: Mitochondriální procesující peptidasy jsou heterodimerní enzymy (α/βMPP), které hrají klíčovou roli v biogenezi mitochondrií tím, že rozpoznávají a odštěpují signální směrovací sekvence mitochondriálních proteinů kódovaných jadernými geny. Obě podjednotky jsou paralogní a vznikly pravděpodobně duplikací genu monomerní metalopeptidasy endosymbiotického předka mitochondrie. Zde jsme charakterizovali proteiny typu MPP ze dvou významných lidských parazitů, kteří obsahují velmi redukované formy mitochondrií – mitosomy z Giardia intestinalis a hydrogenosomy z Trichomonas vaginalis. Naše biochemická charakterizace rekombinantních proteinů ukázala, v rozporu s nedávnou publikací, že procesující peptidasa z T. vaginalis je funkční jako α/β heterodimer. Naopak procesující peptidasa G. intestinalis je funkční jako monomer katalytické podjednotky typu βMPP a stává se tak v současnosti unikátní mezi eukaryoty. Zdá se, že struktura a povrchové rozložení náboje procesující peptidasy G. intestinalis, předpovězené 3D strukturním proteinovým modelováním, se vyvinuly společně s mitosomálními signálními sekvencemi. Ty jsou, na rozdíl od klasických mitochondriálních signálních sekvencí, typicky kratší a obohacené o kladně nabitá rezidua. Většina hydrogenosomálních signálních sekvencí sice připomíná mitosomální signální sekvence, avšak byly nalezeny i delší, pozitivně nabité signální sekvence mitochondriálního typu, což je konzistentní s přítomností podjednotky typu αMPP u T. vaginalis. Naše výpočetní a experimentálně funkční analýzy ukázaly, že divergentní procesující peptidasy z mitosomů G. intestinalis a z hydrogenosomů T. vaginalis vznikly ze stejné původní heterodimerní α/βMPP metalopeptidasy stejně jako klasická mitochondriální procesující peptidasa. Unikátní monomerní struktura procesující peptidasy G. intestinalis a její vlastnosti společně s vlastnostmi jejích substrátů představují přesvědčivý příklad síly reduktivní evoluce v biologii parazitů. Popis výsledku anglicky: Mitochondrial processing peptidases are heterodimeric enzymes (alpha/betaMPP) that play an essential role in mitochondrial biogenesis by recognizing and cleaving the targeting presequences of nuclear-encoded mitochondrial proteins. The two subunits are paralogues that probably evolved by duplication of a gene for a monomeric metallopeptidase from the endosymbiotic ancestor of mitochondria. Here, we characterize the MPP-like proteins from two important human parasites that contain highly reduced versions of mitochondria, the mitosomes of Giardia intestinalis and the hydrogenosomes of Trichomonas vaginalis. Our biochemical characterization of recombinant proteins showed that, contrary to a recent report, the Trichomonas processing peptidase functions efficiently as an alpha/beta heterodimer. By contrast, and so far uniquely among eukaryotes, the Giardia processing peptidase functions as a monomer comprising a single betaMPP-like catalytic subunit. The structure and surface charge distribution of the Giardia processing peptidase predicted from a 3-D protein model appear to have co-evolved with the properties of Giardia mitosomal targeting sequences,

4

which, unlike classic mitochondrial targeting signals, are typically short and impoverished in positively charged residues. The majority of hydrogenosomal presequences resemble those of mitosomes, but longer, positively charged mitochondrial-type presequences were also identified, consistent with the retention of the Trichomonas alphaMPP-like subunit. Our computational and experimental/functional analyses reveal that the divergent processing peptidases of Giardia mitosomes and Trichomonas hydrogenosomes evolved from the same ancestral heterodimeric alpha/betaMPP metallopeptidase as did the classic mitochondrial enzyme. The unique monomeric structure of the Giardia enzyme, and the co-evolving properties of the Giardia enzyme and substrate, provide a compelling example of the power of reductive evolution to shape parasite biology. Citace výstupu: Smíd O, Matusková A, Harris SR, Kucera T, Novotný M, Horváthová L, Hrdý I, Kutejová E, Hirt RP, Embley TM, Janata J, Tachezy J.: Reductive evolution of the mitochondrial processing peptidases of the unicellular parasites Trichomonas vaginalis and Giardia intestinalis. PLoS Pathog. 2008 Dec;4(12):e1000243. Epub 2008 Dec 19. Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Jiří Janata, 296442370, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 4 Název česky: Charakterisace proteinů translačního systému u Streptomyces aureofaciens Název anglicky: Characterization of proteins of translational system in Streptomyces aureofaciens Popis výsledku česky: Byly charakterizovány proteiny z producenta antibiotik Streptomyces aureofaciens asociované s transfermessenger RNA (tmRNA, 10Sa RNA, ssrA). tmRNA je bakteriální RNA s vlastnostmi jak tRNA, tak mRNA, která má zásadní úlohu při recyklaci 70S ribosomů. Předpokládá se, že trans-translační systém má klíčový význam pro přežívaní bakterií za nepříznivých podmínek. Bylo identifikováno sedm proteinů (β a β´ podjednotky RNA polymerasy, polyribonukleotid nukleotidyltransferasa, ribosomální protein SS1, transportér vazebné kazety pro ATP, elongační faktor Tu a SmpB) asociovaných s tmRNA S. aureofaciens. Bylo zjištěno, že ribosomální protein SS1 je nezbytný pro translaci čtecího rámce tmRNA. Popis výsledku anglicky: Proteins of antibiotic producer Streptomyces aureofaciens associated with transfer-messenger RNA (tmRNA, 10Sa RNA, ssrA) were characterized. tmRNA is bacterial RNA having both tRNA and mRNA properties and playing an essential role in recycling of 70S ribosomes that are stalled on defective mRNA. The trans-translational system is thought to play a crucial role in bacterial survival under adverse conditions. Seven proteins (the β and β'-subunits of DNA dependent RNA polymerase, polyribonucleotide nucleotidyltransferase, ribosomal protein SS1, ATP-binding cassette transporters, elongation factor Tu, and SmpB) associated with tmRNA of S. aureofaciens were identified. It was found that ribosomal protein SS1 is required for translation of the tmRNA tag-reading frame. Citace výstupu: Mikulík K., Palečková P., Felsberg J., Bobek J., Zídková J., Halada P.: SsrA genes of streptomycetes and association of proteins to the tmRNA during development and cellular differentiation. Proteomics 8:1429-1441 (2008).

5

Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Karel Mikulík, 296442373, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 5 Název česky: Charakterisace role produktu genu slr2034 (ycf48) v procesu skládání a opravy fotosystému II u sinice Synechocystis PCC 6803 Název anglicky: Characterization of role of gene slr2034 (ycf48) products in the assembly and reapir of photosystem II in cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 Popis výsledku česky: Studovali jsem roli produktu genu the slr2034 (ycf48) v procesu skládání a opravy fotosystému II (PSII) v sinici Synechocystis PCC 6803. Ukázali jsme, že YCF48 je složka komplexů reakčního centra PSII in vivo, ale chybí ve větších komplexech jádra PSII.. Výsledky naznačily funkci YCF48 ve stabilizaci nově syntetizované molekuly pD1 a v její následné vazbě ke komplexu D2cytochrome b559. Kromě funkce ve skládání jsme rovněž zjistili nezbytnost YCF48 pro selektivní výměnu poškozeného proteinu D1 během opravy PSII. Popis výsledku anglicky: The role of the slr2034 (ycf48) gene product in the assembly and repair of photosystem II (PSII) has been studied in the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803. We showed that YCF48 is a component of cyanobacterial PSII RC-like complexes in vivo and is absent in larger PSII core complexes. The results indicated a role for YCF48 in the stabilization of newly synthesized pD1 and in its subsequent binding to a D2-cytochrome b559 pre-complex. Besides a protein assembly, we show for the first time that YCF48 also functions in the selective replacement of photodamaged D1during the PSII repair. Sinicový homolog hcf136/ycf48 je složkou časného assembly komplexu fotosystému II a je důležitý jak pro účinné skládání, tak pro opravu fotosystému II u sinice Synechocystis sp. PCC6803.. Citace výstupu: Komenda, J., Nickelsen, J., Tichý, M., Prášil, O., Eichacker, L.A., Nixon, P.J.: The cyanobacterial homologue of HCF136/YCF48 is a component of an early photosystem II assebly complex and is importatn for both the efficient assembly and repair of photosystem II in synechocystis sp. PCC6803. – Journal of Biological Chemistry 283 (33), 22390-22399, 2008. Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Josef Komenda, 384340431, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 6 Název česky: Navození rezistence zprostředkované CD8+ T buňkami u myší trpících BCL1 leukémií a léčených směrovaným polymerním doxorubicinem

6

Název anglicky: Overcoming immunoescape mechanisms of BCL1 leukemia and induction of CD8+ T cell-mediated BCL1-specific resistance in mice cured by targeted polymer-bound doxorubicin Popis výsledku česky: Léčba BALB/c myší s BCL1 leukémií pomocí polymerního konjugátu obsahujícího doxorubicin a směrovaného pomocí BCL1-specifické monoklonální protilátky může vyléčit až 100 % pokusných myší. Vyléčené myši navíc vykazují dlouhodobou rezistenci k BCL1 leukémií. Pro ustanovení této rezistence jsou nutné jak CD4+, tak i CD8+ T lymfocyty, avšak pro její udržení jen CD8+ T lymfocyty. BCL1 buňky exprimují MHC I, II a taktéž kostimulační molekuly CD80 a CD86, které jsou klíčové pro indukci T buněčné odpovědi. BCL1 buňky ovšem taktéž exprimují PD-L1, PD-L2 a IL-10. Jako dalšího mechanismu úniku před imunitním systémem používá BCL1 leukémie expanze CD4+CD25+Foxp3+ T regulačních buněk. V této studii jsme jako první podali přímý důkaz toho, že expandovaná populace T regulačních buněk skutečně může urychlit progresi nádoru, a to pomocí myší v kterých jsme selektivně T regulační lymfocyty expandovali před inokulací BCL1 buněk Popis výsledku anglicky: BALB/c mice bearing syngenic BCL1 leukemia were treated with polymer-bound doxorubicin conjugate targeted with BCL1-specific mAb. Such treatment can cure up to 100 % of mice and the cured mice show long-lasting resistance to BCL1 leukemia. We show that both CD4+ and CD8+ T cells are required for establishment of the resistance, but only CD8+ T cells are necessary for its maintenance. BCL1 cells express MHC I, II and also costimulatory molecules CD80 and CD86 which can aid eliciting of anti-tumor response. On the other hand, BCL1 cells also employ several immunoescape mechanisms, such as expression of PD-L1, PDL2 and IL-10. Moreover, BCL1 leukemia progression is accompanied by robust expansion of CD4+CD25+Foxp3+ regulatory T (Treg) cells. Although it has been shown that depletion of Treg cells in tumor bearing mice can retard tumor growth, direct evidence that expansion of Treg cells can promote tumor growth was lacking. In this study, we provide first direct evidence that expanded Treg cells can indeed promote tumor progression by using mice with selectively expanded Treg cells prior to inoculation of BCL1 leukemia Citace výstupu: Kovář, M., Tomala, J., Chmelová, H., Kovář, L., Mrkvan, T., Josková, R., Zákostelská, Z., Etrych, T., Strohalm, J., Ulbrich, K., Šírová, M., Říhová, B.: Overcoming immunoescape mechanisms of BCL1 leukemia and induction of CD8+ T cell-mediated BCL1-specific resistance in mice cured by targeted polymer-bound doxorubicin. Cancer Research, Dec 1, 2008; 68 (23), 9875-9883. Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Blanka Říhová, 296442345, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 7 Název česky: Nový kmen námele z tropů Název anglicky: New tropical ergot Popis výsledku česky: Byla popsán druhový komplex druhů tropického námele blízkých Claviceps fusiformis a jeho fylogeneze na základě sekvencí rDNA a beta-tubulinu. Komplex sestával ze dvou skupin. V prvé z nich byly druhy C. hirtella, pocházející z Australie,

7

dva nové druhy (Sphacelia eriochloae a S. texensis) nalezené v Texasu a izoláty C. fusiformis z Afriky a Indie. Klavinové alkaloidy byly produkovány pouze v kulturách druhů této skupiny. U C. fusiformis a S. eriochloae byly alkaloidy nalezeny i v raném vývojovém stadiu in planta. C. hirtella, jako ancestrální druh prvé skupiny, byla schopna produkce ergometrinu, zatímco u ostatních druhů této skupiny jsou geny konvertující klaviny na ergometrin inaktivovány. Druhá skupina obsahovala africké izoláty z nového druhu S. lovelessii, v zásadě neschopné produkce alkaloidů in vitro i in planta. Popis výsledku anglicky: Isolates of Claviceps species with lunate to fusiform macroconidia were collected from tropical panicoid grasses. Characterization was based upon morphology and partial sequences of rDNA and β-tubulin. The isolates grouped into two stronglysupported clades. The first clade contained ancestral C. hirtella, C. fusiformis and the isolates from Texas described as new species, Sphacelia texensis and S. eriochloae. Alkaloid production in vitro was found in the species from the first clade only. C. fusiformis and S. eriochloae produced alkaloids in planta at early developmental stage. In the culture, C. hirtella produced clavines and ergometrine, whereas in the other species, the conversion of clavines to ergometrine was disrupted. The African isolates grouping in the second clade were also described as a new species, S. lovelessii, basically unable of alkaloid production. Citace výstupu: Pažoutová S., Kolařík M., Odvody G.N., Frederickson D.E., Olšovská J., Man P. (2008). A new species complex including Claviceps fusiformis and Claviceps hirtella. Fungal Diversity 31, 95-110. Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Sylva Pažoutová, 296442332, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 8 Název česky: První důkaz jedinečnosti sRNA u aktinomycet Název anglicky: First evidence of the uniqueness of Actinomycetes sRNA Popis výsledku česky: Byla provedena první systematická studie malých nekódujících RNA (sRNA, ncRNA) u streptomycet. V této studii byla analyzována konzervace sekvencí v mezigenových oblastech geonomu streptomycet, lokalizace terminátorů transkripce a uspořádání genů sousedících s navrženými geny pro sRNA. U rodu Streptomyces bylo předpovězeno 32 potenciálních sRNA, z nichž 20 bylo přímo prokázáno metodami „microarrays“ a RT-PCR. U 24 navržených sRNA byla zjištěna odlišná struktura od dosud známých sRNA. Získané výsledky prokazují jedinečnost sRNA u aktinomycet. Popis výsledku anglicky: The first systematic study of small non-coding RNAs (sRNA, ncRNA) in Streptomyces was performed. This study was based on sequence conservation in intergenic regions of Streptomyces, localization of transcription termination factors, and genomic arrangement of genes flanking the predicted sRNAs. Thirty-two potential sRNAs in Streptomyces were predicted. Of these, expression of 20 was detected by microarrays and RT-PCR. Out of the 32 predicted sRNAs, 24 were found to be structurally dissimilar from known sRNAs. The sequence and structural dissimilarity of the predicted Streptomyces sRNAs demonstrated by this study serve as the first evidence of the uniqueness of Actinomycetes sRNAs.

8

Citace výstupu: J., Bobek J., Mikulík K., Basler M., Vohradský J.: Biocomputational prediction of small non-coding RNAs in Streptomyces. BMC Genomics 9: 217(2008). Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Karel Mikulík, 296442373, [email protected]

Pořadové číslo anotace: 9 Název česky: Důkaz o přítomnosti aerobních anoxygeních fototrofů ve sladkých vodách Název anglicky: Evidence on the presence of aerobic anoxygenic phototrophs in fresh waters Popis výsledku česky: Přítomnost aerobních anoxygenních fototrofů (AAP) byla nedávno prokázána v mořském prostředí, zatímco o jejich rozšíření ve sladkých vodách doposud není téměř nic známo. Proto jsme provedli průzkum množství sladkovodních ekosystémů v České republice, který prokázal že AAP bakterie tvoří významnou část mikrobiálních společenstev v některých, především oligotrofních, systémech. Pozorované AAP bakterie mají různou morfologii, odlišnou od dříve pozorovaných mořských druhů. V podmínkách střední Evropy vykazuje přítomnost AAP bakterií výrazný sezónní průběh s maximem v letních měsících. V jezerech Čertovo a Plešné tvořili AAP bakterie v letním maximu více než polovinu mikrobiální biomasy. Naše výsledky naznačují, že fotoheterotrofní bakterie představují výraznou sloužku mikrobiálních společenstev v mnohých sladkovodních ekosystémech Popis výsledku anglicky: The presence of aerobic anoxygenic phototrophs (AAPs) was recently reported from various marine environments; however, there is little information regarding their distribution in fresh waters. We surveyed a number of freshwater systems in central Europe, by infra-red fluorometry, infra-red epifluorescence microscopy, fluorescence emission spectroscopy and pigment analyses. AAPs were found to be abundant in several oligotrophic and mesotrophic lakes (50–400 ng of bacteriochlorophyll a l1, 10–80% of bacterial biomass), while in more eutrophized water bodies they represented a negligible part of the total microbial community (< 1%). The observed freshwater AAPs were morphologically diverse and different from previously observed marine species. Under temperate European climatic conditions, AAP populations undergo strong seasonal changes in terms of both abundance and species composition, with the maximum biomass in summer and the minimum in winter. In the mountain lakes Čertovo and Plešné, AAPs contributed more than one half of total bacterial biomass during their summermaximum. These results show that photoheterotrophic bacteria represent an important part of the microbial community in many freshwater systems Citace výstupu: Mašín, M., Nedoma, J., Pechar, L., Koblížek, M.: Distribution of aerobic anoxygenic phototrophs in temperate freshwater systems. – Environmental Microbiology 10 (8), 1988-1996, 2008. Kontaktní osoba (jméno, telefon, e-mail): Michal Koblížek, 384340432, [email protected]

9

1d) 1 Číslo

1 2

nejvýznamnější popularizační aktivity pracoviště 2 Název akce

3 Popis aktivity

Den otevřených dveří Přednáška, Seminář Lékařský dům Výstava, Mikrosvět výstava české vědecké fotografie

Prohlídky laboratoří, promítání videoklipu o ústavu. Přednáška: Využití DNA technik pro identifikaci a charakterizaci patogenních mikroorganismů dutiny ústní (J. Janata), Prezentace mikroskopických snímků http://press.avcr.cz/UserFiles/Mikrosvet-Weyda.pdf

4

Rozhovor

5

Přednáška

Rozhovor: Umělá krev spolu s Dr. Kobylkou-ÚHKT. Redaktorka Dr. Veronika Paroubková (Říhová, B.) Přednáška: „Vývoj protinádorového léčiva“ (Říhová, B.)

6

Rozhovor

3

Rozhovor: “Na co budeme umírat za sto let?“„ (spolu s psychiatrem Dr. Vinařem a primářkou infekčního oddělení

10

5 Pořádající instituce

MBÚ AVČR ČLS JEP, ČSSM Fotografická Galerie Nahoře v Českých Budějovicích, Hydrobiologick ý ústav Biologického centra Akademie věd ČR v Českých Budějovicích a Přírodovědeck á fakulta Jihočeské univerzity ČT 24 „Milenium“

ČT 24 "Milenium"

6 Datum a místo konání

17.11.2008 Praha 1.4. 2008, Praha

17.1.2008 od 11.30 do 12.00, Praha 21. 1. 2008, 13.30 – 15.00, Gymnázium Jana Keplera, PrahaPohořelec 4. 4. 2008 od 11.30 do 12.00, Praha

1 Číslo

2 Název akce

7

Článek v novinách

8

Diskuse

9

Diskuse

10

Rozhovor

11 12 13

Tisková konference Článek v novinách Článek v novinách

14

Rozhovor

15

Článek v časopise

16

Pravidelná činnost pro Sdružení pacientů s celiakií Rozhovor

17 18

Přednáška, 35. Národní konference

3 Popis aktivity

Nemocnice na Bulovce), redaktorka Dr. Veronika Paroulková, (Říhová B.) Článek v novinách: Naše budoucí Marie Curiové? Diskriminace ve vědě: ano, či ne?


Magazín Práva, redaktorka Jana Rovenská Co je podle mého osobního názoru dobré pro naši zemi a kam 2. Sympozium by měla směřovat?“(Říhová, B.) České prezidentky Dětské alergie a XXV. sjezd ČSAKI a XII.Kongres ČIS, (Říhová, „Studio 6 – B. spolu s prof. A. Šedivou) ČT“ Rozhovor s redaktorkou, pořad Dobré časy s Classic FM a Radio Classic společností Zentiva, (Tlaskalová-Hogenová, H.) Rozhovor (Tlaskalová-Hogenová, H.) Danone Článek Neviditelní přihrávači obezity,(Tlaskalová-Hogenová, H.) Lidové noviny, Článek: Udělejte něco pro imunitu, má svůj den, (TlaskalováLidové noviny Hogenová, H.) Budoucnost alergie, (Tlaskalová-Hogenová, H.. Špičák, V.) TV pořad ”Milenium” Článek Střevní imunitní systém a komensální bakterie, Medical (Tlaskalová-Hogenová, H.) Tribune Přednášky, pohovory s pacienty, testování sér rodinných Sdružení příslušníků, vedení panelové diskuse s pacienty při setkání, pacientů s (Tlaskalová-Hogenová, H., Tučková., L. a spol.) celiakií Střevo a imunita. (Tlaskalová-Hogenová, H.) Český rozhlas 2 Přednáška: Život pod hladinou Jaderského moře u ostrova Vis STH – změny pozorované po třech letech. Program 35. Národní 11


17. 5. 2008

České centrum Praha, 2. 10. 2009 7.20 – 7.30, 29. 10. 2008. 2.11.2008, Praha 25.9.2008, Praha 29.4.2008 29.4.2008 16.4.2008, Praha 14.4.2008 5.4.2008, Praha

27. 11. 2008, 10.30, Praha 17.-19.10.2008, Osek

1 Číslo

2 Název akce


3 Popis aktivity

19

teraristů a herpetologů Článek v časopise

20

Článek v časopise

21

Přednáška

Přednáška: Výživa a imunita. (Šíma, P.)

22

Přednáška pro veřejnost

Přednáška: Výživa a imunita. Jak skladbou stravy účinně předcházet různým chorobám, jak v průmyslově znečištěném prostředí podpořit naši imunitu i jak kompenzovat slábnutí imunity s postupujícím věkem (Šíma, P)

1e) 1 Číslo

1

konference teraristů a herpetologů (Žižka, Z.) Nutričně imunologické problémy změn potravin. Prozánětlivé složky nutrice - konečné produkty pokročilé glykace a lipoxidace. (Šíma, P., Turek, B.) Význam nukleotidů jako složky výživy pro růst, regeneraci a imunitu. (Šíma, P.)

Výživa a potraviny 3/2008 Interní medicina 10/2008 V. zlatohorský podzim pediatrů Městská knihovna v Praze


Zlaté Hory 10.10.2008 30.10.2008, Městská knihovna v Praze

domácí a zahraniční ocenění zaměstnanců pracoviště 2 Jméno oceněného

Vladimír Havlíček

3 Druh a název ocenění

Inaugurace členem Evropské akademie věd a umění (EASA),

12

4 Oceněná činnost

Přínos pro rozvoj hmotnostní spektrometrie a její aplikace v biologii a mikrobiologii

5 Ocenění udělil

dekret předávali Dr. Felix Unger, rakouský ministerský předseda Alfred Gusenbauer a kancléř země Dolní Sasko Christian Wulff

1 Číslo

2 Jméno oceněného



2

Karel Sigler

Patočkova medaile

Dlouhodobý rozvoj čs. Mikrobiologie

3

Karel Mikulík

4

Petr Baldrian

2. cena publikační soutěže firmy Beckman Mimořádně úspěšné řešení grantu (řešitel RNDr. Petr Baldrian, Ph.D)

5

Blanka Říhová

6

Helena Tlaskalová-Hogenová

Cena Arnolda Beckmana Cena předsedy Grantové agentury České republiky za rok pro projekt “Ekologický význam saprofytických hub, rozkládajících lignocelulózu v lesních půdách” Cena České imunologické společnosti „Granátový imunoglobulin“ Čestné členství ČSAKI

7

Luca Vannucci

8

Luca Vannucci

9

Lubomír Kovář

cena „Prof. Milana Pospíšila“

10

Miloslav Kverka

Cena ČIS za nejlepší

Award of the Italian Society for Microwaves Award of the World Congress on Advances in Oncology

13

5 Ocenění udělil

Československá společnost mikrobiologická Firma Beckman Coulters GA ČR

Za dlouhodobý vědecký přínos v oboru imunologie

Česká imunologická společnost

Za celoživotní výzkum v oblasti lékařské mikrobiologie a imunologie Za výzkum v oblasti využití mikrovln v onkologii Cena za úvodní přednášku

ČSAKI, Lékařská společnost J. E. Purkyně Italská společnost mikrovlnná Organisační výbor World Congress on Advances in Oncology Česká imunologická společnost

Za autorství původního článku z oblasti přirozené a protinádorové imunity Za nejlepší publikaci mladých

Česká imunologická

1 Číslo

11

2 Jméno oceněného

publikaci mladých vědců v roce 2007 The Becton Dickinson award

Miloslav Kverka

1f)



5 Ocenění udělil

vědců v roce 2007

společnost

Cena za nejlepší poster na 6th EMIG, Milano, Itálie

Organizační výbor 6th EMIG

další specifické informace o pracovišti

Za podpory programu příhraniční spolupráce INTERREG byly dokončeny nové laboratorní prostory v detašovaném pracovišti MBÚ v Třeboni (Sektor autotrofních mikroorganismů).

2. Vědecká a pedagogická spolupráce pracoviště s vysokými školami 2a)

1 Číslo

1

2

nejvýznamnější vědecké výsledky pracoviště vzniklé ve spolupráci s vysokými školami (kromě výsledků uvedených v bodě 2 b) 2 Popis výsledku včetně uplatnění

3 Forma spolupráce

4 Spolupracující VŠ

5 Číslo citace

V rámci společného grantu na studium taxonomie a populační variability symbiotických Společný grant ČZU Praha 10 askomycet u pilořitek rodu Xiphydria bylo získáno přes 700 izolátů těchto hub. Zjistili GAČR jsme, že zcela odlišně od symbiotických bazidiomycet, kde jeden druh houby je sdílen více druhy pilořitek může mít jeden druh Xiphydrie několik různých druhů symbionta. Poměr jedinců s tím či oním druhem houby se liší v závislosti na lokalitě. Byl publikován výsledek desetiletého studia symbiózy hub rodu Geosmithia s kůrovci.Společný grant PřF UK, ČZU Praha 11, 12 Výsledky nově ukazují, že tento značně rozšířený a druhově bohatý rod žije v pradávné GAČR a velmi stabilní symbióze s většinou evropských kůrovců. Dále byla publikován objev a

14

3

4

5

6

popis čtyř nových druhů hub žijících v symbióze s kůrovci v Kostarice. Objev rodu Gondwanamyces v této nice zásadně změnil pohled na evoluci a biogeografii celého rodu . V oblasti hnědouhelných výsypek v okolí Sokolova byly studovány změny v produkci Společný grant extracelulárních enzymů, složení mikrobiálního společenstva a abiotických parametrůGAČR svrchních vrstev půdy v průběhu primární sukcese. Stáří sukcese bylo nejdůležitějším faktorem, který ovlivňoval kvantitu celkové mikrobiální biomasy a biomasy bakterií, zatímco biomasa hub byla nejvíce ovlivněna sezónními parametry. Enzymatické aktivity byly nejvyšší po 25 letech sukcese. Společný grant Pšenice patří mezi šest hlavních potravinových alergenů vyvolávajících reakce přecitlivělosti zprostředkované IgE. Přestože jsou obiloviny základní složkou potravy, GAČR známe jen několik alergenů pšenice. My jsme charakterizovali pšeničné alergeny nejčastěji rozpoznávané IgE protilátkami pacientů. Bílkoviny jsme extrahovali z hojně užívaného kultivaru Sulamit, dělili elektroforézou (1a 2DE) a hmotnostní spektrometrií (MALDI-TOF, QTOF a LCQDECA nLC-MS/MS iontová past) jsme identifikovali 19 alergenů jako jsou: α-amylasové inhibitory, β-amylasa, profilin, serpin, β-D-glukan exohydrolasy a 27K protein. Novými ELISA testy jsme nalezli významně zvýšené hladiny IgE protilátek proti pšeničnému extraktu a α-amylasovým inhibitorům 1 a 3 v sérech pacientů s alergií. Rovněž jsme ukázali, že celý extrakt i inhibitory α-amylas vyvolávají aktivaci krevních basofilů pacientů s potravinovou alergií na pšenici Byla vyhodnocena rizikovost kontaminace malé částí říčního sedimentu obsahujího Společný grant PAU pomocí frakční nadkritické fluidní extrakce. Výsledky ukázaly, že přes značnou GAČR koncentraci tyto látky mají velmi nízkou rychlost desorpce a jejich uvolnění by trvalo i stovky let. Spolupráce s Medical University of Vienna and Medical Centre of Amsterdam je Společný grant zaměřena na studium refrakterní sprue, závažné onemocnění tenkého střeva, které na GAČR rozdíl od celiakální sprue nelze léčit bezlepkovou dietou. Zavedení diety vede k vymizení protilátek proti gliadinu a známým autoantigenům, ale poškození střevní sliznice přetrvá. U onemocnění jsme nalezli přetrvávající vysoké hladiny IgA protilátek proti kalretikulinu (kalcium vázající stresová molekula a molekulární chaperon). Zajímavé bylo zjištění, že specifita protilátek (stanovená metodou PEPSCAN) je pro onemocnění charakteristická. Testování hladiny IgA a IgG protilátek proti vybraným C

15

BF JčU

13

1. LF UK

14

Center for Earth Science, Vienna University

15

Medical University 16 of Vienna and Medical Centre of Amsterdam

7

8

9

10

11

koncovým peptidům, při ověření v rozsáhlé klinické studii, by se mohlo stát chybějícím sérologickým znakem onemocnění. Pracovníci laboratoře (H. Tlaskalová, L.Tučková, R. Štěpánková) se podílejí na vědecké činnosti skupiny pro Evropskou multicentrickou studii celiakálního onemocnění. Jedním z výstupů odborné aktivity této skupiny je společná souborná publikace (má 72 autorů uvedené pracovnice jsou mezi nimi. Ve zkrácené podobě se ale uvádí jen následující citace). Spolu s pracovníky Fyziologického ústavu AV ČR a oddělení pediatrie University of Dlouhodobá spolupráce, Arizona, Tucsonu jsme studovali úlohu interleukinu IL-18 a jeho receptoru na buňkách vícezdrojové střevního epitelu.Ukázali jsme, že aktivní forma IL-18 je uvolňována epitelovými financování buňkami po stimulaci prozánětlivými cytokiny TNF-a a IFN-γ. Exogenní IL-18 přestože neovlivňuje proliferaci buněk, aktivitu enzymů kartáčkového lemu ani expresi znaků pro apoptózu, výrazně zvyšuje sekreci chemokinu IL-8. Výsledky ukázaly, že epitelové buňky mohou být nejen zdrojem, ale i cílem pro působení mediátoru IL-18. V rámci spolupráce s Přírodovědeckou fakultou a Ústavem živočišné fyziologie a Dlouhodobá spolupráce, genetiky AVČR jsme testovali podmínky pro optimalizaci přípravy vzorků séra a nádorových lyzátů na studium cytokinů pomocí techniky „antibody array“ proteinovýchvícezdrojové čipů. financování Spolupráce s ČVUT a 3. LF UK v Praze. Mikrovlnami indukovaná hypertermie myšíhoSpolečný grant experimentálního melanomu vedla ke strukturálním změnám detekovatelným in vivo GAČR konfokálním mikroskopem bez barvení (mod odrazu, druha harmonická generace). Tyto změny korelovaly se zánětovou imunitní odpovědí indukovanou v nádoru hypertermií, kde zvyšovaly expresi proteinů teplotního šoku, uvolnění zánětových cytokinů, zvýšení NK, NKT buněk a aktivovaci monocytů (CD11b+CD69+). Výsledky jsou perspektivní pro využití jako kontrolu terapeutické účinnosti hypertermie u pacientů. Výsledky dosažené ve spolupráci s Neurologickou a Psychiatrickou klinikou 1.LF UK Společný a grant Revmatologickým ústavem v Praze. Zavedení mnohobarevné FACS analýzy GAČR v klinických vyšetřeních nám umožnilo analýzu minoritních subpopulací imunitních buněk z malého množství krevních vzorků. Výsledky ukázaly signifikantní změny v expresi C-lektinových receptorů (CD161, NKG2D) na NK, NKT a T lymfocytech v průběhu autoimunitních poruch (revmatoidní artritída, roztroušená skleróza), ale také u pacientů s unipolární depresí. Tyto fenotypové změny byly doprovázeny sníženou NK

16

1. LF UK

17

University of Arizona 18

PřF UK Praha

19

ČVUT a 3. LF UK 20 v Praze

21 Neurologická a Psychiatrická klinika 1.LF UK

12

13

14

15

16

buněčnou výkonnou funkcí. Výsledky dosažené ve spolupráci s PřF UK v Praze. Práce byla zaměřena na oblast Společný grant přípravy, charakterizace a vlastností rekombinantního CD69 receptoru v in vivo GAČR podmínkách. Ve spolupráci s FaF UK, Hradec Králové byl srovnáván vliv 4 kmenů bifodobakterií (2Společný grant prasečí a 2 lidské kmeny) a E.coli Nissle 1917 na expresi ZO-1 a obludinu v tenkém GAČR střevě gnotobiotických selat. E.coli Nissle 1917 zyšuje expresi obou těchto proteinů těsného spojení a zvyšuje tak integritu střevní stěny. Dále bylo zjištěno, že E.coli Nissle 1917 ve srovnání s bifidobakteiremi ochrání gnotobiotická selat před letálním účinkem patogenních střevních bakterií (E.coli O55 a Salmonella enterica serotyp Typhimurim). Ochrana je díky zvýšené integritě střevní stěny a indukci zánětových cytokinů, především IL-8. Isoflavony v řasách a sinicích (GACR 270, společný projekt s Mendelovou zemědělskou Společný grant a lesnickou universitou v Brně).Vývoj nové metody pro extrakci fenolických látek GAČR kombinující extrakci na pevné fázi (SPE) a superkritickou extrakci (SFE) a na ní navazující rychlá separace pomocí UPLC/DAD/MS. Metoda byla optimalizována pro stanovení těchto látek v rozsahu fmolů a v objemech pod jeden mikrolitr. Metoda byla ověřena na reálných vzorcích sladkovodních řas a sinic. Dlouhodobá Vztah mezi fotochemickými aktivitami a biosyntézou sekundárních karotenoidů v buňkách mikrořas, GA AVČR, IAA608170601, období 2006-2008 (řešitel J.Masojídek,spolupráce, spoluřešitel J.Kopecký, společný projekt s Ústavem fyzikální biologie JčU v Nových vícezdrojové Hradech) Cílem těchto pokusů bylo studovat kultivační podmínky a uspořádání za financování účelem korelace fotobiochemických aktivit a růstu. Kultury mikrořas byly sledovány pomocí fyziologických a biochemických metod. Strukturní dynamika komplexu fotosystému II jako nezbytná součást fyziologické Dlouhodobá odpovědi sinic na stres, GAČR 206/06/0322, období 2006-2008 (řešitel J.Komenda, spolupráce, spoluřešitel F.Vácha, společný projekt s Ústavem fyzikální biologie JčU v Nových vícezdrojové Hradech). Charakterizovali jsme úlohu malého proteinu Psb28 v komplexu fotosystému financování II u sinic. Zjistili jsme jeho vazbu na velkou světlosběrnou podjednotku CP47 během procesu skládání fotosystému II, kde zřejmě optimalizuje vazbu chlorofylu na apoprotein.

17

PřF UK

FaF UK, Hradec Králové

MZLU Brno

ÚFB JčU

ÚFB JčU

22

17

VŠCHT, Praha Konstrukce reaktoru s imobilizovanou kulturou Irpex lacteus rostoucí na Společný grant VŠCHT, Praha inertních komerčních materiálech o různé porozitě a stanovení jeho inženýrských a GAČR biodegradačních parametrů.

2b) nejvýznamnější výsledky činnosti výzkumných center a dalších společných pracovišť AV ČR s vysokými školami

Pořadové číslo: 1 Název společného pracoviště česky: Centrum molekulární biologie a fyziologie společenstev kvasinek Název společného pracoviště anglicky: Center of molecular biology and physiology of yeast colonies Kategorie společného pracoviště: výzkumné centrum Dosažený výsledek: Bylo zjištěno, že kolonie kvasinky Saccharomyces cerevisiae procházejí 3 hlavními vývojovými fázemi, 1. acidickou, alkalickou (spojenou s produkcí amoniaku jako signální molekuly) a 2. acidickou. Přechody mezi jednotlivými fázemi jsou provázeny výraznými transkripčními změnami, zatímco vývoj v rámci jednotlivých fází je řízen převážně posttranskripčně. Transkripční změny jsou odpovědné za rozsáhlé změny metabolismu důležité pro přežiti populace kolonie jako celku. Přechod do alkalické fáze je navíc provázen výraznou diversifikací buněk z různých oblastí kolonie. Mladší okrajové buňky produkují velké množství amoniaku a aktivují adaptační metabolismus, kdežto starší buňky v centru kolonie nejsou adaptace schopny a udržují vysokou hladinu enzymů stresové odpovědi. Tato prostorová diferenciace metabolismu zřejmě určuje i konečný osud buněk- na rozdíl od zdravých krajových buněk centrální buňky regulovaně odumírají. Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Váchová L., Kučerová H., Devaux F., Úlehlová M., Palková Z.: Metabolic diversification of cells during the development of yeast colonies. Environ. Microbiol. on-line: doi:10.1111/j.1462-2920.2008.

Pořadové číslo: 2 Název společného pracoviště česky: Centrum pro biokatalysu a biotransformace Název společného pracoviště anglicky: Center of Biocatalysis and Biotransformations Kategorie společného pracoviště: výzkumné centrum

18

Dosažený výsledek: Nitrilasy z mikroorganismů Fusarium solani O, Fusarium solani IMI196840 a Aspergillus niger K10 jsou nové enzymy s vysokou specifickou aktivitou k (hetero)aromatickým nitrilům, perspektivní pro využití v biokatalýze. Enzym z A. niger je první fungální nitrilasou, u něhož již byly stanoveny jak biochemické vlastnosti, tak aminokyselinová sekvence, a který byl exprimován jako funkční enzym v heterologním hostiteli (E. coli). Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Vejvoda V., Kaplan O., Bezouška K., Pompach P., Šulc M., Cantarella M., Benada O., Uhnáková B., Rinágelová A., Lutz-Wahl S., Fischer L., Křen V., Martínková L.: Purification and characterization of a nitrilase from Fusarium solani O1. J. Mol. Catal. B-Enzym. 50, 99–106 (2008). Martínková L., Vejvoda V., Křen V.: Selection and screening for enzymes of nitrile metabolism. J. Biotechnol. 133, 318-326 (2008).

Pořadové číslo: 3 Název společného pracoviště česky: Centrum pro výzkum nanomateriálů Název společného pracoviště anglicky: Center of investigation of nanomaterials Kategorie společného pracoviště: výzkumné centrum Dosažený výsledek: Optimalizace růstu a tvorby magnetosomů u kmene Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 Citace výstupu, příp. jiné uplatnění: Spolupráce byla zahájena počátkem roku 2008 a dosavadní výsledky byly prezentovány na "Workshop on magnetotactic bacteria" Balatonfüred, 2008, Hungary formou přednášky: Filipová Z., Palyzová A., Marková Z., Maršálek J., Šafářová K., Cupalová J., Zbořil J., Zbořil R.: The optimization of growth and magnetosome formation by the strain Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 in different bioreactors 2c)

spolupráce s vysokými školami na uskutečňování bakalářských, magisterských a doktorských studijních programů

1 Číslo

2 Bakalářský program


4 Přednášky

5 Cvičení

6 Vedení prací

7 Příprava textů

1 2 3 4 5 6

Mikrobiologie Imunologie Biofyzika Analytická chemie Biochemie Klinická a toxikologická analýza

UK, VŠCHT, JčU UK JčU PřF UK PřF UK PřF UK

ano ano ano ano ano ano


ano ano ano ano ano ne


19

8 Jiné

1 Číslo

1 Číslo

2 Magisterský program


4 Přednášky

5 Cvičení

6 Vedení prací

7 Učební texty

Mikrobiololgie Imunologie Analytická chemie Biochemie Mikrobiologie Biologie Biologie Biologie Biologie Botanika Imunologie Imunologie Biologie

PřF UK PřF UK PřF UK PřF UK PřF JčU Č. Budějovice PřF UJEP Ústí n/L LF UP Olomouc PřF MU Brno PřF OU Ostrava PřF UK 1. LF UK Vysoká škola v Plzni, o.p.s. ČZU Praha

ano ano ano ano ano ano ano ano ano ano ano ano ano

ano ano ano ano ano ne ne ne ne ano ne ne ne

ano ano ano ano ano ne ne ne ne ne ne ne

ano ano ne ne ano ne ne ne ne ano ne ne ne

2 Doktorský program


4 Přednášky

5 Cvičení

6 Vedení prací

7 Příprava textů

Mikrobiologie Imunologie Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Chemie Biochemie a biotechnologie Fyzika

PřF UK PřF UK PřF UK

ano ano ano

ano ano ano

ano ano ano

ano ano ano

VŠCHT VŠCHT MFF UK, JčU

ano ano ano

ano ano ano

ano ano ano

ano ano ano

20

8 Jiné

8 Jiné

2d) 1 Číslo

vzdělávání středoškolské mládeže 2 Akce

3 Pořadatel/škola

4 Činnost

Cena Učené společnosti

Učená společnost

Letní akademické kursy

Ústav fyzikální biologie JčU

Praxe v laboratoři

Střední škola obchodu, služeb a podnikání v Českých Budějovicích konzultant RNDr. Kateřina Bišová, PhD. PřF UK Praha

Studentky SŠ Zuzana Karásková (Masarykova střední škola chemická) - za práci na MBÚ získala Cenu Učené společnosti pro středoškolské studenty v r. 2008 Vedení středoškolských studentů na pracovišti MBU v Třeboni v rámci Letních akademických kursů pořádaných Ústavem fyzikální biologie JčU v Nových Hradech – celkem se akce zúčastnilo 13 studentů SŠ aVŠ z ČR a zahraničí V rámci spolupráce se probíhá praxe v laboratořích (celkem 3 studentky oboru analýza potravin).

SOČ

Letní soustředění Arachne „Zajímavá biomedicína“

Přednášky

Projekt Otevřená věda Členka poroty pro udělování cen středoškolským studentům „Česká hlavička“

Jiráskovo gymnasium Náchod Střední odborná škola obchodu a služeb Jihlava AVČR Učená společnost

21

J. Šítalová, Vliv inhibitoru mitózy, kinázy WEE1, na buněčný cyklus zelené řasy Chlamydomonas reinhardtii Spoluúčast na přednáškách pro středoškoláky v rámci týdenního teoretického a praktického kursu návštěvy gymnazistů z Jiráskova gymnázia v Náchodě na pracovišti MBÚ v Novém Hrádku. Teorie a praktické provedení metod, 30.3, 17.5. a 8.12. - www.gnotobio.cz/gym 2 přednášky pro posluchače školy

Školení studentů v laboratořích ústavu, účast na přednáškách pro středoškolské profesory v Třešti Blanka Říhová je členkou poroty pro udělování cen středoškolským studentům „Česká hlavička“

3. Spolupráce pracoviště s dalšími institucemi a s podnikatelskou sférou 3a) společné projekty výzkumu a vývoje Pořadové číslo: 1 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: MZd Partnerská organizace: IKEM Dosažený výsledek: Projekt centra NPVII MŠMT 2B06155. Ve spolupráci s gastroenterologickým oddělením IKEM byla studována exprese TLR2, TLR4 a CD14 v bioptických vzorcích získaných z různých úseků střev pacientů s Crohnovou chorobou a ulcerosní kolitidou. Pomocí imunohistochemických metod bylo zjištěno, že stupeň exprese těchto receptorů se liší jak v závislosti na stupni zánětu, tak také na přítomnosti imunologicky aktivních buněk v určitých lokalitách Uplatnění/Citace výstupu: Frolová L., Drastich P., Rossmann P., Klimešová K., Tlaskalová-Hogenová H. Expression of Toll-like Receptor 2 (TLR2), TLR4, and CD14 in biopsy samples of patients with inflammatory bowel diseases: Upregulated expression of TLR2 in terminal iIleum of patients with ulcerative colitis. J. Histochem. Cytochem.56: 267-274, 2008

Pořadové číslo: 2 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: Partnerská organizace: GC-MS. Labio a.s.Heyrovského nám. 2,162 01 Praha 6 Dosažený výsledek: Byl společně optimalizován nový typ zařízení pro pyrolýzuUplatnění/Citace výstupu: Projektová dokumentace

Pořadové číslo: 3 Název projektu /programu v češtině:

22

Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: Partnerská organizace: ? Dosažený výsledek: Byla připravena série nových derivátů kyseliny aryloctové, jejichž protizánětlivé působení bylo následně testováno v několika modelech zánětu. V článku je diskutována podstata tohoto protizánětlivého účinku Uplatnění/Citace výstupu: Junek R, Kverka M, Jandera A, Panajotová V, Satinský D, Macháček M, Kuchař M. Antileukotrienic phenethylamido derivatives of arylalkanoic acids in the treatment of ulcerative colitis. Eur. J. Med. Chem., 2008 [Epub ahead of print]

Pořadové číslo: 4 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: Partnerská organizace: Dosažený výsledek: Ve spolupráci s firmou PROTERA, Sesto Fiorentino, Florence, IT jsou testovány nové látky na in vivo nádorových modelech Uplatnění/Citace výstupu:

Pořadové číslo: 5 Název projektu /programu v češtině: Centrum cílených terapeutik Název projektu/programu v angličtině: Center of targeted therapeutic drugs Poskytovatel: Partnerská organizace: Ústav jaderného výzkumu Řež, a.s., EXBIO Praha, a.s., ÚMG AVČR v.v.i., ÚMCH AVČR, v.v.i., PřF UK Dosažený výsledek: V rámci řešení úkolů výzkumného Centra cílených terapeutik 1M0505 byla navázána spolupráce s firmou Exbio směřující k produkci vysoce stabilních rozpustných rekombinantních lymfocytárních receptorů a protilátek proti těmto molekulám Uplatnění/Citace výstupu:

23

Pořadové číslo: 6 Název projektu /programu v češtině: Preklinické zkoušky cytostatika navázaného na polymerní nosič a scale-up transfer syntézy z laboratorních podmínek / IMPULS Název projektu/programu v angličtině: Preclinical trials of polymer bound cytostatic and synthesis scale-up transfer from laboratory conditions / IMPULS Poskytovatel: MPO Partnerská organizace: Zentiva, a.s. Dosažený výsledek: Ve spolupráci s firmou Zentiva, a.s. bylo dokončeno preklinické testování doxorubicinu navázaného na polymerní nosič na bázi N-(2-hydroxypropyl)metakrylamidu s pH-senzitivní (hydrazonovou) vazbou Uplatnění/Citace výstupu: příprava patentu a publikace

Pořadové číslo: 7 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině: Poskytovatel: Partnerská organizace: ÚOCHB, PřF UK Dosažený výsledek: Byla dokončena příprava vysoce stabilních rozpustných CD69 receptorů, a to lidských, myších i potkaních. Bylo zjištěno, že nejstabilnějším proteinem je bakteriálně exprimovaný protein začínající glycinem 70. Stabilita tohoto proteinu je závislá na jeho dimerizaci. Tento protein je stabilní v širokém rozsahu pH, a odolává zahřívání až na 65 °C. Po vpravení do krevního ob ěhu myší je stabilní po dobu nějméně 24 hodin. Protein vykazuje velmi zajímavé aktivity na experimentálním modelu myšího melanoma, kdy snižuje velikost nádorů a významně prodlužuje dobu života myší oproti kontrolám (PBS a mutačně inaktivovaný CD69 protein). Uplatnění/Citace výstupu: Vaněk O, Nálezková M, Kavan D, Borovičková I, Pompach P, Novák P, Kumar V, Vannucci L, Hudeček J, Hofbauerová K, Kopecký V Jr, Brynda J, Kolenko P, Dohnálek J, Kadeřávek P, Chmelík J, Gorcík L, Zídek L, Sklenář V, Bezouška K: Soluble recombinant CD69 receptors optimized to have an exceptional physical and chemical stability display prolonged circulation and remain intact in the blood of mice. FEBS J 275(22):5589-606, 2008

Pořadové číslo: 8 Název projektu /programu v češtině: Název projektu/programu v angličtině:

24

Poskytovatel: Partnerská organizace: ÚACH Dosažený výsledek: Při studiu chlorace půdní organické hmoty v lesní půdě jsme zjistili, že zvýšená koncentrace chloridu mění složení společenstva půdních mikroorganismů a že tyto změny jsou asociovány se zvýšenou rychlostí chlorace půdní organické hmoty. Zároveň jsme pozorovali v půdě se zvýšenou koncentrací chloridu výskyt neznámého organismu, který dosud nebyl identifikován a jejž nelze na základě sekvence nukleotidů rDNA kazety spolehlivě zařadit. Může jít o člena dosud neznámé skupiny eukaryotních organismů. Naše výsledky jsou důležité pro ochranu zdrojů pitné vod Uplatnění/Citace výstupu: Gryndler M, Rohlenová J, Kopecký J, Matucha M (2008) Chloride concentration affects soil microbial community . Chemosphere 714: 1401-1408

3b)

1 Číslo

1

výsledky výzkumu a vývoje pro ekonomickou sféru (případně dosažené ve spolupráci s touto sférou) na základě hospodářských smluv 2 Zadavatel

Firma Termizo, a.s. spalovna domovního odpadu, Liberec.

3 Výsledek (anotace)

Společný mezinárodní projekt EUREKA Biofix: Využití spalinového oxidu uhličitého v produkčních kulturách řas.

Celkový počet získaných výsledků

3c) 1 Číslo

4 Uplatnění

Výsledkem 1 publikace v tisku a 7 přednášek na konferencích.

8

nové firmy, které vznikly na základě výsledků činnosti pracoviště v oblasti aplikovaného výzkumu 2 Název firmy

3 Důvod založení

4 Kategorie firmy

25

5 Činnost firmy

3d)

odborné expertizy zpracované v písemné formě pro státní orgány, instituce a podnikatelské subjekty

1 Číslo

1

2 Název

3 Příjemce/zadavatel

Mikrobiologický rozbor neznámého vzorku z podzemí

4 Popis výsledku

Dopravní podnik, a.s. Praha

Celkový počet zpracovaných expertiz

Ve vzorcích, odebraných v tunelu metra mezi stanicí Vltavská a Florenc nebyl zjištěn žádný nebezpečný mikroorganismus.

1

4. Mezinárodní vědecká spolupráce pracoviště 4a)

přehled mezinárodních projektů, které pracoviště řeší v rámci mezinárodních vědeckých programů

Číslo

3 2 Název Název zastřešující programu organizace česky/anglicky (zkratka)

1

MŠMT

KONTAKT

2

MŠMT

KONTAKT

1

4

5

Název projektu česky/anglicky

Koordinátor/řešitel česky/anglicky

Biologicky aktivní sekundární metabolity sinic / Bioactive secondary metabolites of cyanobacteria Kosmické počasí: Údálosti ve slunečním větru jako prediktory geomagnetické aktivity / Space weather: Solar Wind Events as predictors of geomagnetic

26

6 Spoluřešitel /počet

7

8

Stát(y)

Aktivita

Ing. Jiří Kopecký, CSc.

ČR

vědecká

RNDr. Martin Tichý, PhD.

ČR

vědecká

Číslo


3

MŠMT

COST

4

MŠMT

EUREKA

5

MŠMT

KONTAKT

6

MŠMT

COST

1

4

5



response Kombinovaná chemická a enzymová syntéza komplexních multivalentních glykokonjugátů – cesty k novým materiálům a glykoterapeutikům / Combined chemical and enzymatic synthesis of complex multivalent glycoconjungates - ways to new materials and glycodrugs Využití spalinového oxidu uhličitého v produkčních kulturách řas / Use of carbon dioxide from flue gas for production of microalgae Indukce antimikrobiálních peptidů při salmonellové gastroenteritidě v závislosti na typu lipopolysacharidu / Induction of antimicrobial peptides in Salmonella-caused gastroenteritis in dependence on type of lipopolysacharide Půdní houby jako zdroj enzymů pro funkcionalizaci polymerů / Soil fungi as a source of enzyme for the functionalization 27


7

8

Stát(y)

Aktivita

ČR

vědecká

ČR, GER

vědecká

Ing. Igor Šplíchal, CSc.

ČR

vědecká

RNDr. Petr Baldrian, PhD.

ČR

vědecká

Prof. Ing. Vladimír Křen, DrSc.

Ing. Petr Novák (Termizo)

RNDr. Vilém Zachleder, CSc. / 3

Číslo


7

MŠMT

KONTAKT

8

MŠMT

KONTAKT

9

MŠMT

KONTAKT

10

MŠMT

KONTAKT

11

MŠMT

COST

1

4

5



of polymers Sekundární metabolizmus a jeho regulace u Streptomyces ambofaciens / Secondary metabolism and its regulation in Streptomyces ambofaciens Ekologický význam aerobních anoxygenních fototrofů v příbřežním prostředí / Ecological importance of aerobic anoxygenic phototrophs in coastal environment Kvasinky jako modelový organismus procesu stárnutí a apoptosy / Yeast: model organism of aging and apoptosis Inovační postupy přípravy biosorbentů / Innovative methods in biososbent development Silybin a jeho deriváty jako účinné anti angiogenní a chemoprotektivní látky / Inhibitors of Angiogenesis: Design, Synthesis and

28


7

8

Stát(y)

Aktivita

MVDr. Silvia Bezoušková

ČR

vědecká

Mgr. Michal Koblížek, PhD.

ČR

vědecká

Doc. Ing. Alena Pichová, CSc.

ČR

vědecká

RNDr. Jiří Gabriel, DrSc.

ČR

vědecká

Prof.Ing. Vladimír Křen,DrSc.

ČR

vědecká

Číslo


12

MŠMT

1

4b)

COST

4

5



Biological Exploitation Enzymy saprotrofních hub, využitelné pro zpracování lignocelulózy v biorafineriích / Enzymes for lignocellulose biorefineries from saprotrophic fungi

RNDr. Petr Baldrian, PhD.


ČR

7

8

Stát(y)

Aktivita

vědecká

nejvýznamnější vědecké výsledky pracoviště dosažené v rámci mezinárodní spolupráce

Pořadové číslo: 1 Název programu: Název projektu: Koordinátor/řešitel (česky): Univerzita Aix-Marseille (Francie) Koordinátor/řešitel (anglicky): Význačný výsledek: Zjištění nové epoxid hydrolasy Uplatnění/Citace: „Environmental DNA as a source of a novel epoxide hydrolyse reacting with aliphatic terminal epoxides“, Michael Kotik, Václav Štěpánek, Helena Marešová, Pavel Kyslík, Alain Archelas (in press) J. Mol. Catal. B: Enzym. (2008) doi: 10.1016/j.molcatb.2008.05.018

Pořadové číslo: 2 Název programu: 29

Název projektu: Koordinátor/řešitel (česky): MBÚ AVČR, v.v.i. Koordinátor/řešitel (anglicky): Význačný výsledek: Byly vyklonovány tři geny oxidorductasy pyranose dehydrogenasy z Agaricus bisporus. Při jejich analyze byla zjištěna vysoká konzervovanost pokud se týká jejich struktury. Exprese všech tří genů byla analyzována pomocí real-time RT-PCR. Uplatnění/Citace: R. Kittl, C. Sygmund, P. Halada, J. Volc, C. Divne, D. Haltrich, C.K. Peterbauer. Molecular cloning of three pyranose dehydrogenase-encoding genes from Agaricus meleagris and analysis of their expression by real-time RT-PCR. Curr. Genet. 55: 117–127 (2008 2.507

Pořadové číslo: 3 Název programu: Název projektu: Koordinátor/řešitel (česky): MBÚ AVČR, v.v.i. Koordinátor/řešitel (anglicky): Význačný výsledek: Nedostatek železa způsobuje rychlý pokles množství enzymů nitrogenázy a jejich aktivity. Nemění se množství enzymů Fotosystému I a fykobilisomů. Mění se i charakteristický denní rytmus aktivity Fotosystému II a nitrogenázy. Trichodesmium při nedostatku železa omezuje aktivitu fixace dusíku, ale fotosyntetická aktivita zůstává zachována. Uplatnění/Citace: Küpper, H., Šetlík, I., Seifert, S., Prášil, O., Šetlíková, E., Strittmatter, M., Levitan, O., Lohscheider, J., Adamska, I., Berman-Brank, I.: Iron limitation in the marine cyanobacterium Trichodesmium reveals new insights into regulation of photosynthesis and nitrogen fixation. – New Phytologist 179, 784-798, 2008.

Pořadové číslo: 4 Název programu: Název projektu: Koordinátor/řešitel (česky): MBÚ AVČR, v.v.i. Koordinátor/řešitel (anglicky):

30

Význačný výsledek: Porfyrin-vázající protein Gun4 je znám jako aktivátor Mg-chelatázy - enzymu, katalizujícího jeden z kroků syntézy chlorofylu. V této práci jsme analyzovali Gun4 u sinice Synechocystis 6803. Gun4 byl ko-purifikován pomocí afinitní chromatografie spolu s H podjednotkou Mg-chelatázy, což potvrzuje asociaci Gun4 s tímto enzymem u sinic. Mutantní kmen s inaktivovaným genem pro Gun4 nebyl schopen fotoautotrofního růstu a vykazoval nízkou aktivitu Mg-chelatázy, následkem čehož měl tento kmen silně redukovanou hladinu chlorofyl-vázajících proteinů, obzvláště proteinu CP47. Uplatnění/Citace: Sobotka, R., Dühring, U., Komenda, J., Peter, E., Gardian, Z., Tichý, M., Grimm, B., Wilde, A.: Improtance of the cyanobacterial Gun4 protein for chlorophyll metabolism and assembly of photosynthetic complexes. – Journal of Biological Chemistry 283 (38), 25794-25802, 2008 5.581

Pořadové číslo: 5 Název programu: grant GAČR Název projektu: Koordinátor/řešitel (česky): MBÚ AVČR, v.v.i. Koordinátor/řešitel (anglicky): Význačný výsledek: S Bartholin Instituttet (Rigshospitalet, Copenhagen, Dánsko) sledujeme vliv pšeničného lepku na vznik a vývoj diabetu l typu. Po podání dvou bezglutenových diet byla pozorována výrazná prevence diabetu u spontánního myšího modelu diabetu 1 typu (NOD myší). Glutenem-obohacená, standardní dieta však vedla k stejně efektivní prevenci onemocnění. V práci jsou diskutovány možné mechanismy tohoto dvojího efektu glutenu u diabetu 1 typu. 17. Uplatnění/Citace: Funda DP, Kaas A, Tlaskalová-Hogenová H, Buschard K. Gluten-free but also gluten-enriched (gluten+) diet prevent diabetes in NOD mice; the gluten enigma in type 1 diabetes. Diabetes Metab. Res. Rev. 24: 59-63, 2008

31

4c) 1 Číslo

1

akce s mezinárodní účastí, které pracoviště organizovalo nebo v nich vystupovalo jako spolupořadatel 2 Název akce v češtině

3 Název akce v angličtině

4 Hlavní pořadatel akce česky/anglicky

XXXVI. Výroční konference o kvasinkách

2

RNA Club

3

7th European Workshop on Molecular Biology of Cyanobacteria, August 31 – September 4, 2008, České Budějovice,

4

“Advances in research for sustainable agriculture”

5

XXV. Sjezd českých a slovenských alergologů a klinických imunologů, XII. Kongres českých a slovenských imunologů s mezinárodní účastí

32

Československá společnost mikrobiologická, Ing. Karel Sigler, DrSc, MBÚ AVČR, v.v.i. Československá společnost mikrobiologická, Mgr. Libor Krásný, PhD. Hlavní pořadatel Laboratoř fotosyntézy MBÚ (organizační tým Komenda J., Tichý, M., Sobotka, R., Pokorná, M.). MBÚ AVČR s Výzkumným ústavem rostlinné výroby (hlavní pořadatel – Martina Eiseltová) Česká společnost alergologie a klinické imunologie

5 Počet účastníků celkem/z toho z ciziny

6 Významná prezentace

60/40

100/20

Celkem 165 účastníků, z toho 152 zahraničních

70 účastníků, z toho 20 z ciziny

počet účastníků 1700, zahraničních účastníků -15

Říhová, B., členka organizačního výboru, koordinátorka plenárního sympozia II a sekce

1 Číslo

6

2 Název akce v češtině

9


XXV. Sjezd českých a slovenských alergologů a klinických imunologů, XII. Kongres českých a slovenských imunologů s mezinárodní účastí

7

8


Česká společnost alergologie a klinické imunologie

Old Herborn University, Hohe Old Herborn University Schule, Herborn-Dill, 22nd Seminar: Biological Consequences of Host-Microbe Interactions XXV. Sjezd českých a slovenských alergologů a klinických imunologů, XII. Kongres českých a slovenských imunologů s mezinárodní účast

Česká společnost alergologie a klinické imunologie

6th International Congress on Autoimmunity, 10.-14.09.08, Porto, Portugalsko

33


počet účastníků 1700, zahraničních účastníků -15 počet účastníků - 70

počet účastníků 1700, zahraničních účastníků -15

1800


č. 20 „Protinádorová imunita“ a zvaná přednáška a vicepresidentka sjezdu Tučková L., koordinátorka sekce č. 11 „ Imunokompetentní buňky a cytokiny“ TlaskalováHogenová, H. 28.6.2008, spolu s prof. Hansonem hlavní organizátorka semináře TlaskalováHogenová, H., členka organizačního výboru a koordinátora sekce č. 22 „Slizniční imunita“ a zvaná přednáška TlaskalováHogenová, H.; členka

1 Číslo

2 Název akce v češtině

10


Mucosal Vaccines, Porto, Portugalsko

XXV. Sjezd českých a slovenských alergologů a klinických imunologů, XII. Kongres českých a slovenských imunologů s mezinárodní účast III. Symposium Společnosti pro probiotika a prebiotika

11

12

4d) 1 Číslo

1




Organizačního výboru, vedení sekce, vyzvaná přednáška TlaskalováHogenová, H., členka organizačního výboru Česká společnost počet Bilej, M., člen alergologie a klinické účastníků organizačního výboru a koordinátor imunologie 1700, zahraničních sekce č. 24 účastníků -1 „Veterinární a vývojová imunologie Společnost pro probiotika počet Tlaskalováa prebiotika účastníků 100, Hogenová, H. zahraniční členka účast – 3 organizačního výboru, vedení sekce

výčet jmen nejvýznamnějších zahraničních vědců, kteří navštívili pracoviště AV ČR 2 Jméno vědce

Prof. Dr. Jürgen Borlakmecku

3 Význačnost vědce a jeho obor

Významný světový odborník v toxikologii a

34

4 Mateřská instituce

Fraunhofer Institute of Toxicology

5 Stát

SRN

1 Číslo

2 Jméno vědce


ředitel jednoho z největších Frauenhoferových ústavů v Německu, autor ca 150 publikací Přední vědec v oboru biokatalýzy, autor více než 50 vynikajících publikací z oboru enzymové hydrolýzy nitrilů (h-index 23). Odborník v oblasti kardiovaskulárních chorob

2

Prof. Michihiko Kobayashi

3

Dr. F. Spencer

4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

Dr. Gary Kruppa Dr. Risto Kostiainen Prof. Eliana Baretto-Bergter Prof. Jerzy Silberring Dr. Alain Archelas PhD. Prof. Hannelore Koller Prof. Pavel Kovařík Prof. Diarmaid Hughes Prof. Ze´ev Barak Prof. Xavier Nassif Prof. E. Joly Dr. T. Jacobs

Vicepresident of Bruker Daltonics

16

Dr. F.Partensky

17

Prof.W.Vredenberg.

Světově uznávaný odborník v oboru fotosyntetických prokaryotních mikroorganismů, návštěva v rámci společného projektu AVČR-CNRS Průkopník v oboru studia fotosyntetických bakterií, v rámci společných experimentů

Expert na epoxidhydrolasy

35


5 Stát

and Experimental Medicine, Hannover, The University of Tsukuba

Japonsko

J. Williams School of Chemistry and Bio21 Molecular Science and Biotechnology Institute, University of Melbourne Bruker Daltonics University of Helsinki University of Rio de Janeiro Jagellonian University, Krakow Univerzita Aix-Marseille University of Salzburg Max Perutz Lab. Vídeň University of Uppsala Ben Gurion University, Beer Sheva INSERM Paris INSERM Toulouse Bernhardt Nocht Institute für Tropenmedizin, Hamburg, CNRS Roscoff

Australie

Univ.Wageningen

USA Finsko Brasilie Polsko Francie Rakousko Rakousko Švédsko Israel Francie Francie SRN Francie

Nizozemí

1 Číslo

18

2 Jméno vědce

20

Dr. Paul Davison, Daniel Carniffe, Dr. Christian Jeanthon + Oceane Dahan MSc. Dr. Sylwia Lew

21

Dr. Manuel Martinez Garcia

22 23

Prof. Lynne Boddy Prof. Martin Hofrichter

24

Dr. Alessandro D´annibale

25

Dr. Dietmar Schlosser

26 27

Prof. A. Pavko Geoffrey Daniel

28

Prof. K. Kobayashi

29 30

Prof. Ch. Galanos, Prof. M. Freudenberg Prof. J. Mestecky

31

Prof. I. Lefkovits

19


odborníci v enzymologii biosyntézy hemu a chlorofylu Odborníci na mořské anoxygenní fototrofy


Univ. Sheffield

Station Biologique de Roscoff, Roscoff, Oddělení mikrobiologie, Univerzita Olsztyn Odborník na výzkum fototrofních symbiontů Fisiologie, genetica y mořských sumek microbiologia, Universidad de Alicante President of the British Mycological Society Cardiff University Špičkový odborník v biochemii a fyziologii International Graduate School hub Zittau, Università degli Studi della Tuscia, Viterbo Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung – UFZ, Lipsko University of Ljubljana Department of Forest Products, Wood Ultrastructure Research Center, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala Harvard Medical School, Dana Farber Institute for Cancer Research, Boston Max Planck Institute Freiburg Alabama University at Birmingham, Birmingham Basel University

36

5 Stát

UK Francie Polsko Španělsko

UK SRN Italie SRN Slovinsko Švédsko

USA

SRN USA Švýcarská

1 Číslo

2 Jméno vědce

32

Prof. K. Söderhäll

33

Prof. V.J. Smith

34 35 36 37

Prof. Jorunn Jorgensen Dr. David Huffman Prof. Ron N. Apte Doc. Bozena Cukrowska M.D., Ph.D Prof. B. Dvořák, Ph.D

38

4e) 1 Číslo


President „International Society of Developmental and Comparative Immunology“ President Elect,International Society of Developmental and Comparative Immunology“


Uppsala Universty

3 Stát

37

konfederace Švédsko

University of St. Andrews, Scotland

UK

University of Tromso Western Michigan University Ben Gurion University, Beer Sheva The Children’s Memorial Health Institute, Varšava Department of Pediatrics, University of Arizona, Tucson

Norsko USA Israel Polsko

aktuální meziústavní dvoustranné dohody 2 Spolupracující instituce

5 Stát

4 Oblast (téma) spolupráce

USA

5. Seznam ilustrací Oddíl: Číslo řádku: Název česky: Název anglicky. Popis česky: Popis anglicky: Označení ilustrace:

Oddíl: Číslo řádku: Název česky: Název anglicky. Popis česky: Popis anglicky: Označení ilustrace:

Oddíl: Číslo řádku: Název česky: Název anglicky. Popis česky: Popis anglicky: Označení ilustrace:

38

6. Seznam citací k oddílu 1b), 2a) a 3b) 1. Szamecz, B. - Rutkai, E. - Cuchalová, L. - Munzarová, V. - Herrmannová, A. - Nielsen, K.H. - Burela, L. - Hinnebusch, A.G. Valášek, L.: eIF3a cooperates with sequences 5' of uORF1 to promote resumption of scanning by post-termination ribosomes for reinitiation on GCN4 mRNA. Genes and Development. Roč. 22, (2008), s. 2414-2425. 2. Morová, J. - Osička, R. - Mašín, J. - Šebo, P.: RTX cytotoxins recognize β2 integrin receptors through N-linked oligosaccharides. Proceedings of the National Academy of Science USA. Roč. 105, (2008), s. 5355-5360. 3. Šmíd, O. - Matušková, A. - Harris, S.R. - Kučera, T. - Novotný, M. - Horváthová, L. - Hrdý, I. - Kutejová, E. - Hirt, R.P. - Embley, T.M. - Janata, J. - Tachezy, J.: Reductive Evolution of the Mitochondrial Processing Peptidases of the Unicellular Parasites Trichomonas vaginalis and Giardia intestinalis. PLoS Pathogenes. Roč. 12:e1000243. Epub 2008 Dec 19. 4. Mikulík, K. - Palečková, P. - Felsberg, J. - Bobek, J. - Zídková, J. - Halada, P.: SsrA genes of streptomycetes and association of proteins to the tmRNA during development and cellular differentiation. Proteomics. Roč. 8, (2008) s.1429-1441. 5. Komenda, J. - Nickelsen, J. - Tichý, M. - Prášil, O. - Eichacker, L.A. - Nixon, P.J.: The cyanobacterial homologue of HCF136/YCF48 is a component of an early photosystem II assebly complex and is importatn for both the efficient assembly and repair of photosystem II in synechocystis sp. PCC6803. Journal of Biological Chemistry. Roč. 283, č. 33 (2008), s.22390-22399. 6. Kovář, M. -Tomala, J. - Chmelová, H. - Kovář, L. - Mrkvan, T. - Josková, R. - Zákostelská, Z. - Etrych, T. -Strohalm, J. - Ulbrich, K. Širová, M. - Říhová, B.: Overcoming immunoescape mechanisms of BCL1 leukemia and induction of CD8+ T cell-mediated BCL1specific resistance in mice cured by targeted polymer-bound doxorubicin. Cancer Research. Roč. 68 (2008) s. 9875-9883. 7. Pažoutová, S. - Kolařík, M. - Odvody, G.N. - Frederickson, D.E. - Olšovská, J. - Man, P. A new species complex including Claviceps fusiformis and Claviceps hirtella. Fungal Diversity. Roč. 31, (2008) s. 95-110. 8. Bobek, J. - Mikulík, K. - Basler, M. - Vohradský, J.: Biocomputational prediction of small non-coding RNAs in Streptomyces. BMC Genomics. Roč. 9, (2008) s. 217. 9. Mašín, M. - Nedoma, J. - Pechar, L. - Koblížek, M.: Distribution of aerobic anoxygenic phototrophs in temperate freshwater systems. Environmental Microbiology. Roč. 10 č. 8 (2008) s. 1988-1996. 10. Holuša, J. - Šrůtka, P. - Pažoutová, S.: Pilořitky rodu Xiphydria (Hymenoptera: Xiphydriidae) a jejich význam v ochraně lesa, in: Dvořák L, Roller L, Smetana V (Eds), Blanokřídlí v českých zemích a na Slovensku 4. Zborník z konferencie, Kamenný Mlyn, Plavecký Štvrtok, 12.-14.júna 2008. Ústav zoológie SAV, Bratislava, Správa NP a CHKO Šumava, Slovenská entomologická spoločnosť, Bratislava, s. 12-13. 11. Kolařík, M. - Kubátová, A. - Hulcr, J. - Pažoutová, S.: Geosmithia fungi are highly diverse and consistent bark beetle associates: evidence from their community structure in temperate Europe. Microbial Ecology. Roč. 55, (2008) s. 65-80.

39

12. Kolařík, M. - Hulcr, J. (in press). Mycobiota associated with the ambrosia beetle Scolytodes unipunctatus (Coleoptera: Curculionidae, Scolytinae. Mycol Res doi:10.1016/j.mycres.2008.08.003. 13. Baldrian, P. - Trögl, J. - Frouz, J. - Šnajdr, J. - Valášková, V. - Merhautová, V. - Cajthaml T. - Herinková, J.: Enzyme activities and microbial biomass in topsoil layer during spontaneous succession in spoil heaps after brown coal mining. Soil Biology and Biochemistry. Roč. 40 (2008) s. 2107-2115. 14. Šotkovský, P. - Hubálek, M. - Hernychová, L. - Novák, P. - Havranová, M. - Šetinová, I. - Kitanovičová, A. - Fuchs, M. - Stulík, J. Tučková, L.: Proteomic analysis of wheat proteins recognized by IgE antibodies of allergic patients. Proteomics. Roč. 8 (2008) s. 16771611. 15. Yi, Yang - Cajthaml, T. - Hofmann, T.: PAH desorption from river floodplain soils using supercritical fluid extraction Environmental Pollution. Roč. 156, (2008) s. 745-752. 16. Sánchez, D. - Palová-Jelínková, L. - Felsberg, J. - Šimšová, M. - Pekáriková, A. - Pecharová, B. - Swoboda, I. - Mulder, C. - Beneš, Z. - Tlaskalová-Hogenová, H. - Tučková, L.: Anti-calreticulin immunoglobulin A (IgA) in refractory coeliac sprue. Clinical and Experimental Immunology. Roč. 153, (2008) s.351-359. 17. Troncone, R. - Ivarsson, A. - Szajewska, H. - Marin, M.L.: Review article: future research on coeliac disease - a position report from the European multistakeholderplatform on coeliac diseases (CEDUSSA) Alimentary Pharmacological Therapy. Roč. 27 (2008) s. 10301043. 18. Kolinska, J. - Lisa, V. - Clark, J.A. - Kozakova, H. - Zakostelecka, M. - Khailova, L. - Sinkora, M. - Kitanovicova, A. - Dvorak, B. : Constitutive expression of IL-18 and IL-18R in differentiated IEC-6 cells: Effect of TNF-alpha and IFN-gamma treatment. Journal of Interferon and Cytokine Research. Roč. 28 (2008) s. 287-96. 19. Strnádel, J. - Kverka, M. - Reisnerová, H. - Hlučilová, J. - Usvald, D. - Plánská, D. - Váňa, P. - Jílek. F. - Vannucci, L. - Horák, V.: Protein chips in cytokine expression study on tumor model: Optimalization of sample preparation. Chemické listy. Roč. 102, (2008) s. 269-273. 20. Kubeš, J. - Svoboda, J. - Rosina, J. - Starec, M. - Fišerová, A.: Immunological response in the mouse melanoma model after local hyperthermia. Physiological Research. Roč. 57, (2008) s. 459-465. 21. Páv, M. - Kovářů, H. - Fišerová, A. - Havrdová, E. - Lisá, V.: Neurobiological aspects of depressive disorder and antidepressant treatment: role of glia. Physiological Research. Roč. 57. (2008) s.151-164. 22. Vanek, O. - Nálezková, M. - Kavan, D. - Borovicková, I. - Pompach, P. - Novák, P. - Kumar, V. - Vannucci, L. - Hudecek, J. Hofbauerová, K. - Kopecký, V. Jr. - Brynda, J. - Kolenko, P. - Dohnálek, J. - Kaderávek, P. - Chmelík, J. - Gorcík, L. - Zídek, L. - Sklenár, V. - Bezouska, K: Soluble recombinant CD69 receptors optimized to have an exceptional physical and chemical stability display prolonged circulation and remain intact in the blood of mice. FEBS Journal. Roč. 275, (2008) s. 5589-606.

40

7. Seznam titulů vydaných na pracovišti

Folia Microbiologica (impaktovaný mezinárodní vědecký časopis, 6 čísel ročně, ISSN 0015-5632)

Vyplnil dne: Jméno:

7.1.2009 dr. Jiří Gabriel

tel.:

296 442 231

41

e-mail: [email protected]

Dotazník Základní údaje o činnosti pracoviště AV ČR v roce 2008 a hlavní dosažené výsledky I. Textová část

Recommend Documents