DISERTASI ANALISIS POLIMORFISME ALPHA-HELIX COILED COIL ROD HOMOLOGUE GENE EXON 2 PADA PENDERITA PSORIASIS RAS MELAYU DI PALEMBANG

ADLN - Perpustakaan Universitas Airlangga

DISERTASI

ANALISIS POLIMORFISME ALPHA-HELIX COILED COIL ROD HOMOLOGUE GENE EXON 2 PADA PENDERITA PSORIASIS RAS MELAYU DI PALEMBANG

RUSMAWARDIANA

PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2011

Disertasi

ANALISIS POLIMORFISME ALPHA-HELIX COILED....

RUSMAWARDIANA


Lembar Penetapan Panitia Penguji Disertasi

Disertasi ini telah diuji pada Pada tanggal 25 Agustus 2011

PANITIA PENGUJI DISERTASI Ketua :

Prof. Dr. Indropo Agusni,dr.,SpKK(K)

Anggota :

1. Prof.Jusuf Barakbah,dr.,SpKK 2. Prof.Soetjipto,dr.,MS.,Ph.D 3. Dr.F.M.Judajana,dr.,SpKK(K) 4. Prof.Mohammad Cholis,dr.,SpKK(K) 5. Prof. Hari Sukanto,dr.,SpKK 6. Dr.Cita Rosita Sigit P,dr.,SpKK 7.Prof.H.Kuntoro,dr.,MPH.Dr.PH

Ditetapkan dengan Surat Keputusan Rektor Universitas Airlangga Nomor : 2032/H3/KR/2011 Tanggal : 12 September 2011

Disertasi


RUSMAWARDIANA



DISERTASI Untuk memperoleh Gelar Doktor Dalam Program Studi Ilmu Kedokteran Pada Program Pascasarjana Universitas Airlangga Dan Dipertahankan dihadapan Panitia Ujian Doktor Terbuka Pada hari : Rabu Tanggal : 28 September 2011 Pukul : 1000 - 1200 WIB

RUSMAWARDIANA NIM : 090315291.D

PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2011

Disertasi


RUSMAWARDIANA


Lembar Pengesahan

DISERTASI INI TELAH DISETUJUI PADA TANGGAL 28 DESEMBER 2011

Oleh Promotor

Prof. H. Jusuf Barakbah, dr., SpKK(K) 194009071965041001

Ko Promotor I

Prof. H. Soetjipto,dr., M.S., Ph D NIP. 195002171978031002 Ko Promotor II

Dr. F.M. Judajana, dr., SpPK(K) NIP. 194903051978021001

Disertasi


RUSMAWARDIANA


UCAPAN TERIMA KASIH

Bismillahirrahmanirrahim, Assalamu’alaikum warahmatullahii wabarakatuh, Alhamdulillahilladzi f addhholana ‘ ala ka tsirim min ibadihil mukm inin, s egala puj i dan syukur s aya p anjatkan kehadirat A llah Yang M aha P engasih lagi M aha Penyayang, yang telah m emberikan kelebihan ke pada ha mbanya da ri s ebagian mukminin yang lain. Hanya dengan ridhoNya saya sebagai hambaNya yang lemah ini dapat m enyelesaikan pe ndidikan Doktor pa da Program P ascasarjana Universitas Airlangga. Terima ka sih tak terhingga s erta pe nghargaan yang s etinggi-tingginya s aya sampaikan kepada : Prof. H. Jusuf Barakbah, dr., SpKK(K) yang sejak awal pe ndidikan telah membimbing s aya s ebagai pe nasehat akademik da n s elanjutnya s ebagai P romotor tetap membimbing dan membangkitkan semangat saya untuk meneruskan pendidikan ini. Beliau telah membimbing saya tidak semata-mata hanya sebagai Promotor, tetapi juga s ebagai s enior, sebagai bapak yang ba nyak memberikan nasihat be rmanfaat kepada saya. Prof. Soetjipto, dr., MS, PhD sebagai Ko Promotor I yang telah meluangkan banyak w aktu, d engan p enuh pe rhatian d an ke sabaran t elah m emberikan dor ongan, bimbingan, semangat dan saran-saran kepada saya.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


Dr. F.M. Judayana, dr., SpPK(K) sebagai K o Promotor II yang t elah meluangkan ba nyak w aktu da n de ngan pe nuh kesabaran, t elah m embimbing s aya dalam pe nelitian. Beliau j uga t idak bos an-bosannya m emberikan dor ongan bimbingan da n s aran s erta m emberi semangat ke pada s aya unt uk menyelesaikan pendidikan Doktor ini dengan sebaik-baiknya. Prof. Dr. H. Fasichul Lisan, Apt., Rektor Universitas Airlangga dan Prof. Dr. Med. Puruhito, dr., SpB, SpBTKV(K), mantan Rektor Universitas Airlangga, atas kesempatan yang diberikan kepada saya dan kolega lainnya dari Fakultas Kedokteran Universitas S riwijaya unt uk m engikuti pe ndidikan P ascasarjana U niversitas Airlangga. Direktur Program Pascasarjana Universitas Airlangga, Prof. Dr. Hj. Sri Hajati, SH, MS dan mantan Direktur dan Wakil Direktur Program Pascasarjana Universitas Airlangga, Prof. Dr. H. Muhammad Amin, dr, SpP(K), Prof. Dr. Laba Mahaputra, drh, MSc dan Dr. Sunarjo, dr, MS, MSc, yang t elah memberikan kesempatan kepada s aya m enjadi m ahasiswa Program P ascasarjana Universitas Airlangga s erta m enggunakan f asilitas unt uk m enyelesaikan s tudi P rogram D oktor, serta membantu kami dalam memberikan masukan, kelancaran administrasi dan sikap mengayomi sebagai guru yang sangat terpuji. Ketua P rogram S tudi Ilmu Kedokteran P rogram P ascasarjana U niversitas Airlangga, Prof. Dr. Teddy Ontoseno, dr, SpA(K), SpJP, AKK dan mantan Ketua Program S tudi Ilmu Kedokteran Program P ascasarjana U niversitas A irlangga, Prof. Dr. Harjanto JM, dr, AIFM; Prof. Dr. Mandojo Rukmo, drg, MSc, SpKG(K),

Disertasi


RUSMAWARDIANA


atas pe rhatian, arahan, dorongan, serta ke mudahan dalam pe nyelesaian administrasi sehingga memperlancar studi saya. Rektor U niversitas S riwijaya Prof. Badia Parizade, SE, MBA, PhD, mantan Rektor U niversitas S riwijaya Prof. Dr. Zainal Ridho Djafar, Ir Dekan F akultas Kedokteran U niversitas S riwijaya Dr. M. Zulkarnain, dr., M. Med, Sc, PKK, mantan D ekan F akultas K edokteran U niversitas S riwijaya Prof. Zarkasih Anwar, dr., SpA(K), Ketua U PF Ilmu Kesehatan Kulit da n Kelamin Fakultas K edokteran Universitas Sriwijaya, Prof. Dr. H. M Athuf Thaha, dr., SpKK(K), mantan Ketua UPF Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sriwijaya, Prof. H. Suroso Adi Nugroho, dr., SpKK(K) dan m antan K etua U PF Ilmu Kesehatan Kulit da n Kelamin Fakultas K edokteran Universitas S riwijaya, Prof. Robert S Siregar, dr., SpKK(K), DTMH atas ba ntuan da n i zin m engikuti pendidikan Doktor Program Pascasarjana Universitas Airlangga. Ucapan terima kasih saya khusus untuk Prof. Retno Handajani, dr., MS., Ph.D yang t elah membimbing s aya de ngan pe nuh ke sabaran d an t idak ke nal l elah da lam membantu saya m enyelesaikan penelitian saya di L embaga P enyakit T ropis ( LPT) Unair, juga kepada Dr.Yuwono, dr. M. Biomed s ebagai konsultan di Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi FK Unsri/RSMH Palembang. Pengajar pa da P rogram P ascasarjana U niversitas A irlangga, Dr. Sustini, dr., MS; Prof. Dr. Lasiyo; Siti Pariani, dr., MS, MSc, PhD; Prof. Dr. Rika S, dr., SKM; Prof. Dr. M. Zainuddin, Apt; Dr. Yuwono Suroso, dr., SpPD; Prof. Purnomo Suryohudoyo, dr; Prof. Dr. Juliati Hood A, dr., MS, SpPA(K), FIAC; Prof. H. Kuntoro, dr., MPH, DrPH; Dr. Sunarjo, dr., MS, MSc; Dr. I Ketut

Disertasi


RUSMAWARDIANA


Sudiana MS yang t elah menambah dan meningkatkan wawasan keilmuan saya selama s aya m enempuh pe ndidikan pa da P rogram P ascasarjana U niversitas Airlangga. Ucapan terimakasih yang s ebesar-besarnya da n pe nghargaan yang s etinggitingginya saya sampaikan kepada dosen penguji usulan penelitian disertasi, Prof. H. Jusuf Barakbah, dr., SpKK(K); Prof. Soetjipto, dr., MS, PhD; Dr. F.M. Judayana, dr., SpPK(K); Prof. H. Kuntoro, dr., MPH, DrPH; Prof. Dr. Indropo Agusni, dr., SpKK(K); Dr. Sunarjo, dr., MS, MSc; Prof. Dr. Irma D Roesyanto, dr., SpKK(K) atas segala koreksi dan asupan perbaikan sehingga penelitian disertasi ini dapat dilanjutkan. Dosen pe nguji ke layakan di sertasi, Prof. H. Jusuf Barakbah, dr.,SpKK(K); Prof. Soetjipto, dr., MS, PhD; Dr. F.M. Judayana, dr., SpPK(K); Prof. H. Kuntoro, dr., MPH, DrPH; Prof. Dr. Indropo Agusni, dr., SpKK(K); Prof. Retno Handajani, dr., MS., Ph.D; Dr. Cita Rosita Sigit P, dr.,SpKK, atas segala koreksi dan asupan yang sangat berharga, yang telah memperkaya wawasan keilmuan saya sehingga penulisan disertasi ini dapat menjadi lebih baik lagi. Ucapan t erima ka sih yang s ebesar-besarnya saya s ampaikan kepada dosen penguji disertasi tahap I (tertutup), Prof. H. Jusuf Barakbah, dr., SpKK(K); Prof. Soetjipto, dr., MS, PhD; Dr. F.M. Judayana, dr., SpPK(K); Prof. Mohammad Cholis,dr.,SpKK(K); Prof. Hari Sukanto,dr.,SpKK; Prof. H. Kuntoro, dr., MPH, DrPH; Prof. Dr. Indropo Agusni, dr., SpKK(K); Dr. Cita Rosita Sigit P, dr.,SpKK.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


Direktur U tama R SUP M H usin P alembang, Yanuar Hamid, dr., SpPD, mantan Direktur U tama RSUP M H usin Palembang, Basir Palu, dr., SpA, m antan Direktur U tama R SUP M. H usin Palembang, H.M.Bayu Wahyudi, dr., SpOG, MPHM, yang telah memberikan izin dan membantu saya dalam pengambilan sampel pasien psoriasis yang berobat jalan di Bagian Kulit rumah sakit tersebut. Ketua Lembaga P enyakit T ropis ( LPT) Unair Prof. Dr. Nasronudin, dr., SpPD, K-PTI, yang telah mengizinkan saya untuk menggunakan fasilitas LPT untuk pemeriksaan l aboratorium pe nelitian saya, da n tidak lupa j uga s aya u capkan terima kasih ke pada S dr Mochamad Amin, SSi yang telah meluangkan waktu da n tidak kenal lelah bekerja sama dan membantu saya dalam pemerisaan laboratorium di LPT. Semua s ejawat di B agian Ilmu Kesehatan Kulit da n Kelamin Fakultas Kedokteran U niversitas S riwijaya/RSUP M H usin P alembang, Prof. Theresia L. Toruan, dr., SpKK(K); Prof. H. Soenarto, dr., SpKK(K); H. Tantawi Djauhari, dr., SpKK(K); Dr. Yulia Farida Yahya, dr., SpKK; Yuli Kurniati, dr., SpKK; H. M Izazi, dr., SpKK; Fitriani, dr., SpKK; Sarah Diba, dr., SpKK; Mutia Devi, dr., SpKK yang t elah banyak membantu kelancaran penelitian saya. Terima ka sih tidak lupa saya sampaikan kepada semua Residen dan semua karyawan Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sriwijaya yang turut memberi semangat dan membantu kelancaran penelitian saya di poliklinik IKKK. Semua t eman Fakultas Kedokteran U niversitas S riwijaya pe serta pendidikan Doktor Program Pascasarjana U niversitas A irlangga at as ke rjasama da n saling memberi dor ongan s erta m otivasi da lam m enyelesaikan pe ndidikan Doktor i ni. Terima kasih tidak lupa saya sampaikan kepada Venny Patricia, S.Pd., M.Kes yang

Disertasi


RUSMAWARDIANA


telah m embantu s aya di

Laboratorium M ikrobiologi da n Bioteknologi F K

Unsri/RSMH Palembang dan Ibu Marlia Dewi S. Kom Bagian Administrasi S3 FK UNSRI – FK UNAIR, yang banyak membantu saya dalam bidang. administrasi. Ucapan t erima ka sih saya k epada s enior s aya Prof. Dr. H RM Suryadi Tjekyan, dr., MPH, DTMH yang t elah ba nyak m embantu da n memberikan dorongan semangat kepada saya. Kepada para peserta penelitian, saya ucapkan terimakasih yang sebesar-besarnya atas ba ntuan da n ke relaannya unt uk m engikuti pe nelitian i ni, ka rena t anpa bantuannya maka penelitian ini tidak mungkin dapat diselesaikan. Kedua orang tua saya, ayahanda H.M. Hanafiah Kamal (alm), ibunda tercinta Salamah, s embah s ujud da n do’ a ke pada A llah SWT, a tas segala ka sih sayangnya dalam m engasuh, m embesarkan da n m endidik saya, s erta m ertua s aya, bapak H.M. Rasyid dan i bu Siti Ayusah, s audara k andung s aya

Fatmah Said, dra, Fuad

Rusydi Suardi, Ir., MS, Hijriah. Bsc, Djadil Suardi, Musyrif Suardi, drs, MM, Hasanah, dra dan Sani Hanario, SE. atas segala do’a dan dukungannya. Kepada s uamiku tercinta, Asrillazi, Ir, t iada ka ta yang l ebih i ndah yang bi sa saya s ampaikan selain t erima ka sih sebesar-besarnya atas pe ngorbanan yang diberikan, kesabaran, pengertian, dukungan dan doa yang tulus selama saya menjalani masa pendidikan. Terima kasih juga Mama sampaikan kepada buah hati tercinta yaitu Hizy Zauko, Minnaty Syahiya, M. Asmar Maheri, M. Taftazani dan Hoppy Suraya, a tas s egala pe ngertian da n ka sih s ayang pe ngorbanan yang t ulus y ang menjadi pe macu semangat b elajar M ama unt uk menyelesaikan pendidikan dan.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


semoga s emua yang t elah kalian berikan mendapat ha sil yang ba ik dan bermanfaat untuk kita semua, negara, bangsa, dan agama. Akhirnya d ari l ubuk h ati yang pa ling da lam, s aya mohon kepada A llah Y ang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang membalas segala budi baik semua pihak yang telah diberikan kepada saya dan selalu memberikan lindungan dan rahmatnya kepada kita semua, Amin Ya Robbal Alamin. Wassalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


RINGKASAN


Psoriasis m enjadi be ban yang d apat m enurunkan kua litas hi dup pe nderita. Penderita mengalami depresi te rutama jika penyakit secara kl inis menjadi berat. Prevalensi psoriasis pa da be rbagai ne gara be rvariasi, da ri pr evalensi yang t inggi sampai yang rendah, bahkan di Amerika Selatan dari 26.000 penduduk tidak terdapat satu psoriasis pun. Di Palembang prevalensi psoriasis cukup tinggi (2,03%), dimana penderita psoriasis berasal dari beragam area geografi mulai yang berasal dari Jawa , Sumatera S elatan, Padang, Sumatera U tara. Hal ini me nunjukkan s ecara geografis psoriasis tersebar di Indonesia. Psoriasis

adalah penyakit multifaktorial y ang pa togenesisnya merupakan

proses i nteraksi genetic susceptibility dengan b erbagai faktor l ingkungan. Secara genetik beberapa peneliti telah mengidentifikasi suatu lokus yang terdiri dari delapan gen yang memiliki hubungan dengan timbulnya psoriasis yaitu Psoriasis sussceptible locus 1 (PSORS 1). Psoriasis sussceptible locus 1 terletak sekitar 150 kb pa da bagian centromeric regio MHC class 1 kromosom 6p21.3. Psoriasis sussceptible locus 1

berperanan 30-50% s ebagai faktor ge netik yang mendasari ke rentanan

individu untuk timbulnya dan memprediksi prognosis psoriasis tersebut, terutama psoriasis yang timbul nya di bawah usia 40 t ahun ( tipe 1 ), n amun belum j elas gen

Disertasi


RUSMAWARDIANA


manakah pa da l okus P SORS 1 yang merupakan faktor genetik yang mendasari kerentanan. Beberapa s tudi yang meneliti lokus P SORS 1 pa da beberapa studi populasi mendapatkan hasil yang bervariasi. Dari beberapa penelitian sebelumnya gen HLA-C (Human Leucocyte AntigenC) dianggap sangat b erasosiasi de ngan ps oriasis t erutama tipe I . G en HLA-C ini terdapat pada populasi dengan type HLA yang berbeda untuk setiap gambaran klinis psoriasis. Pada penelitian terdahulu hanya 10% individu dengan HLA-C positif yang berkembang m enjadi ps oriasis. Demikian juga gen Corneodesmosin (CDSN) pada lokus yang be rdekatan hanya be rasosiasi ke cil dengan t imbulnya ps oriasis ka rena adanya Linkage Disequilibrium. Pada satu penelitian sebelumnya di F inlandia didapatkan a danya Gen rentan lain yang baru pada psoriasis yaitu alpha – helix coiled coil rod homologue gene (gen HCR) yang j uga t erdapat pa da P SORS 1 , memiliki a sosiasi bermakna untuk timbulnya psoriasis. P olimorfisme g en H CR i ni m enyebabkan pe rubahan s truktur sekunder pr otein H CR da n e kspresi p rotein H CR be rbeda a ntara kul it ps oriasis da n kulit normal. Gen HCR adalah gen yang baru diidentifikasi sehingga sampai sekarang fungsi pr otein H CR be lum di ketahui pa sti. P ada ka nker epitel da n kul it ps oriasis ekspresi pr otein H CR i ni t idak di jumpai pa da area di mana a ntigen K i-67 pos itif, seperti diketahui antigen Ki-67 ini adalah protein yang dikode oleh gen Mki-67 yang dibutuhkan unt uk pr oliferasi s el. P ada s atu pe nelitian de ngan s timulasi i nterferon-γ terjadi downregulation ekspresi mRNA HCR, sehingga dengan data diatas diketahui bahwa pr otein H CR be rfungsi sebagai a nti pr oliferatif p ada kui lit normal. N amun karena terjadi polimorfisme pada gen HCR maka protein HCR yang dihasilkan tidak

Disertasi


RUSMAWARDIANA


berfungsi s ebagaimana me stinya dan ha l i ni yang m empengaruhi patogenesis psoriasis. Pada penelitian gen HCR di Finlandia didapatkan adanya lima mutasi titik atau single nucleotide polymorphisms (SNPs) yang terdapat p aling banyak pada ekson 2, S NPs ini

menyebabkan pe rubahan asam a mino yaitu basa G249A

(Arginin/R menjadi Glycine/Q), basa C251T (Triptopan/W menjadi Arginin/R), basa C269T (Triptopan/W m enjadi Arginin/R), t etapi pada basa C 421T, perubahan basa ini tidak merubah asam amino Asparagin/AAC→AAT dan basa C436G (Arginin/R menjadi Serine/S). Polimorfisme ini menyebabkan tidak berfungsinya p rotein HCR sebagai anti proliferatif pada penyakit psoriasis, tetapi ini masih belum jelas. Dengan m empertimbangkan be rbagai ha sil p enelitian tersebut di atas maka penelitian ini bertujuan menganalisis frekuensi SNPs e kson 2 g en H CR pa da 24 penderita psoriasis guttata dan psoriasis vulgaris dan 31 kontrol sehat Ras Melayu di Palembang,yang diperoleh dari darah. Rancangan penelitian ini a dalah observasional a nalitik l aboratorik dengan pembanding, menggunakan rancangan cross sectional. Isolasi D NA da ri wholeblood, kemudian dilakukan deteksi pol imorfism g en HCR ekson 2 menggunakan tehnik polymerase chain reaction (PCR) dengan primer spesifik, Amplikon hasil P CR

yang diharapkan sepanjang 304 bp, dilanjutkan

dengan pur fikasi D NA hasil P CR da n s ekuensing k emudian dilakukan analisis sequence DNA. Dari penelitian ini didapatkan penderita psoriasis vulgaris sebanyak 84% dan psoriasis guttata 16% . Selain i tu j uga di peroleh 16 ( 66,6 % ) a dalah pe nderita

Disertasi


RUSMAWARDIANA


psoriasis dengan tipe I (berusia 11-39 tahun), sedangkan sisanya 8 (33,4%) penderita psoriasis tipe 2, tipe 1 dan 2 tidak didapatkan perbedaan yang bermakna. Dari h asil s ekuensing gen H CR e kson 2 , pa da lima polymorphic site yaitu nukleotida 249 , 251, 269, 421, 436, didapat polimorfisme pada nukleotida C251T, C269T dan G 436C hanya pada 2 ps oriasis ( 8,3%), s edangkan pa da k ontrol t idak didapat 3 pol imorfisme. Selain i tu t erdapat pol imorfisme pa da nukl eotida C421T dan G436C pada s atu ps oriasis ( 4,1%), sedangkan p ada kont rol 2 ( 6,5%). Polimorfisme nukl eotida G 436C t erjadi pa da 9 ( 37,5%) ps oriasis da n 1 5 ( 48,4&) pada kontrol, frekuensi polimorfisme pada kedua kelompok tidak berbeda bermakna (p>0.05). Dari penelitian ini dijumpai empat pol imorfisme pada psoriasis de ngan PASI skor dibawah 10 ( psoriasis ringan), namun perlu penelitian lebih lanjut karena penelitian ini be rasal da ri pe nderita psoriasis yang s udah m endapat p engobatan, sehingga t ampilan kl inis P ASI s kor sudah be rubah, da n ke parahan p soriasis dihubungkan dengan polimorfisme belum dapat disimpulkan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah kemungkinan gen HCR ekson 2 bukan m erupakan sussceptible gene untuk timbulnya psoriasis Ras M elayu di Palembang bila dilihat pada lima polymorphic site. Hal ini karena area geografi yang berbeda akan memberikan perbedaan frekuensi polymorphic site yang berbeda pula.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


SUMMARY

POLYMORPHISM ANALYSIS OF ALPHA-HELIX COILED COIL ROD HOMOLOGUE GENE EXON 2 TO PATIENTS WITH PSORIASIS IN PALEMBANG MALAY RACE Psoriasis become burden and greatly reduce quality of life of the patient. The patient usually very depression especially when becomes severe clinically The pr evalence o f ps oriasis va ries. Some c ountries ha ve sufficiently high prevalence but some ot her l ower. For ex ample, in S outh America no one among 26.000 r esidents suffered from psoriasis, mean while t he s tudy found that the psoriasis Malay r ace in P alembang s till i n hi gh a mount ( 2.03%). In t his s tudy geography diversity s tarts from pure J ava, South S umatra, Padang and North Sumatra. This indicates that geographical psoriasis spread out in Indonesia. Psoriasis is a multifactorial di sease tha t c aused by th e int eraction of genetic susceptibility to various e nvironmental f actors. The r esearchers can identify a l ocus consisting of eight genes t hat ha ve s ignificant a ssociations i n ps oriasis P SORS1 (Psoriasis s ussceptible l ocus 1) on t he s hort a rm of c hromosome 6p 21.3. PSORS1 have a r ole 30 -50% as genetic f actors und erlying s usceptibility and p rognostic to psoriasis, it turns out there is a strong relationship between PSORS 1 with particularly first onset of psoriasis. But until now it is still unclear which genes in PSORS1 locus constitute the genetic f actor unde rlying the s usceptibility d ue to

Disertasi

high pol ymorphism. Several


RUSMAWARDIANA


studies on

PSORS 1 locus i n

different pop ulations obt ained va rying results.

Previously the ge ne H LA-C ( Human Leucocyte A ntigen-C), C DSN g ene (Corneodesmosin) considered hi ghly associated w ith f irst ons et ps oriasis. HLA-C gene found in the general population and different HLA types for each of the clinical description of ps oriasis. In t he previous s tudy on ly 10 % of i ndividuals with HLA-C positive that develop into psoriasis. CDSN genes that found on adjacent locus only in small associated, this explains the existence of linkage disequilibrium as a basis for examining ot her s usceptible ge nes i n ps oriasis i s a lpha-helix c oiled coil rod homologue gene (HCR gene). The HCR gene has a significant association with occurrence of psoriasis. The polymorphism of H CR g ene pos sibly affect the antigenic of HCR pr otein. The existence of poi nt m utations or s ingle nu cleotide pol ymorphisms ( SNPs) i n e xon 2 HCR gene w as l argely found a t t he pr evious r esearch i n w hich l ots nucleotide polymorphism a nd c aused the change of amino a cid on G249A ( Arginine/R) to become (glycine/Q), C251T (Triptopan/W) to be (arginine/R), C269T (riptopan/W) to become ( arginine/R). However, t he nuc leotde C 421T does not a lter t he a mino acid asparagin and C 436G (Arginine/R) be comes ( Serine/S). This caus es malfunction of HCR protein as anti proliferatif in psoriasis. The aims of this research is to reveal the frequency of SNPs exon 2 HCR gene on blood 24 ps oriasis patients and 31 h ealthy controls. Performed D NA is olation from w holeblood, de tection pol imorfism H CR gene e xon 2 us ing pol ymerase chain reaction (PCR) technique with s pecific pr imers, f orming th e 304 bp a mplicon,

Disertasi


RUSMAWARDIANA


followed b y D NA pur ification a nd then sequencing obtaining results o f P CR and DNA sequence analysis. This r esearch obtained (66.6%) early ons et of psoriasis of 11-39 ye ars of age. the remaining (33.4%) patients with advanced onset of psoriasis This study also found t hat 84% of ps oriasis vul garis a nd 16 % of ps oriasis guttata. In 16 % o f psoriasis g uttata, 12% o ccur i n women w ith e arly onset. Polymorphism i n ons et of psoriasis showed no significant difference. From t he r esults of H CR g ene s equencing e xon 2, i n f ive pol ymorphic nucleotide s ites 249, 25 1, 269, 421, 436, t here i s pol ymorphism in C 251T, C 269T and G 436C w ith 2 ps oriasis ( 8.3%), w hile i n c ontrol c ase t here i s not 3 polymorphisms. In a ddition t here i s a pol ymorphism a t C 421T a nd G 436C i n one psoriasis (4.1%), whereas the two controls (6.5%). Nucleotide polymorphism G436C occurred in 9 ( 37.5%) p soriasis a nd 15 ( 48.4 & ) on t he c ontrol, t he frequency o f polymorphisms in both groups was not significant (p> 0.05). Other r esults obt ained f rom t he f requency of f ive pol ymorphic s ite (nucleotides 249,251,26 9,421 a nd 436) c ontained i n ps oriasis w ith a P ASI s core below ( 10) m eans t hat oc cur i n m ild ps oriasis, but t his s till ne eds f urther r esearch because this patient have received treatment, so the clinical appearance of PASI score still un clear. Finally, This research concluded that the polymorphism of exon 2 HCR gene is not susceptible gene for psoriasis in Palembang Malay Race due to the fact that the different geographical areas give different frequency of polymorphic sites.

Disertasi


RUSMAWARDIANA


ABSTRACT

POLYMORPHISM ANALYSIS OF ALPHA-HELIX COILED COIL ROD HOMOLOGUE GENE EXON 2 TO PATIENTS WITH PSORIASIS IN PALEMBANG MALAY RACE Psoriasis is a multifactorial disease that is caused by the interaction of genetic susceptibility t o va rious e nvironmental f actors t hat unt il now t he e xact of g enetic susceptibility ha s not b een unclear. HCR g ene i s r elated as t he g enetic f actors underlying individual or population susceptibility to psoriasis. The aims of this research is to know the relationships of Polymorphism Exon 2 Gene Alpha-Helix Coiled Coil Rod Homologue as genetic susceptibility factors to Psoriasis. Results: T he r esults research P CR A mplicon f ormed 304 bp, us ing v ersion 7.0.9 bi owin t o m ake m ultiple a lignment of D NA s equences. From t he r esults of HCR g ene s equencing e xon 2, i n f ive pol ymorphic nuc leotide s ites 249, 251, 269, 421, 436, t here i s pol ymorphism i n C 251T, C 269T a nd G 436C w ith 2 ps oriasis (8.3%), w hile i n c ontrol c ase t here i s not 3 pol ymorphisms. In addition t here i s a polymorphism at C421T and G436C in one psoriasis patient (4.1%), whereas the two controls ( 6.5%). Nucleotide pol ymorphism G 436C oc curred i n 9 ( 37.5%) ps oriasis patients and 15 ( 48.4 % ) on t he c ontrol, t he f requency o f polymorphisms in both groups was not significant (p> 0.05). The conclusion of this study is the polymorphism exon 2 Alpha-Helix Coiled Coil R od H omologue gene ar e not susceptible g ene for ps oriasis Malay R ace in Palembang, t his i s be cause of t he di fferent geographic areas w ill give a di fference frequency of polymorphic sites. Key words :Polymorphism, Exon 2 HCR gene, Psoriasis

Disertasi


RUSMAWARDIANA

DISERTASI ANALISIS POLIMORFISME ALPHA-HELIX COILED COIL ROD HOMOLOGUE GENE EXON 2 PADA PENDERITA PSORIASIS RAS MELAYU DI PALEMBANG

Recommend Documents