Dasar-dasar Dasar dasar Diagnostik Mikrobiologi
Dr.Sofyan Lubis Departemen Mikrobiologi FK USU Medan
SPESIMEN KLINIK
DIRECT TESTING
CULTURE/ISOLATION
MACROSCOPIC :
TESTS ON ISOLATES :
.Deteksi Antigen
.Biochemical testing
G Gene Probes P b
Serotyping
MICROSCOPIC :
Uji kepekaan
Gram stain
Gene probes
Acid-fast stain
Phage typing
FAT
Percobaan hewan
Gene probes
Diagnosis g Lab. Penyakit y Infeksi 1. Bacteriologic Approach 1 2. Immunologic ( serologic ) Approach
Bacteriologic g approach pp : 1. Memilih spesimen p klinik yyang g sesuai,, untuk ini perlu memahami patogenesis dari infeksinya 2 Pengambilan 2. P bil spesimen i d dengan b benar untuk k menghindari terkontaminasi dengan flora normal 3. Pengiriman spesimen secepatnya ke Lab atau di simpan di lemari es. 4. Informasi klinis yang diperlukan,untuk memilih metode /prosedur yang tepat.
• U Umumnya b bacteriologic t i l i llaboratory b t work k dibagi dalam 3 tahap , yaitu : • Ob Observasii sediaan di yang di diwarnaii secara mikroskopis( direct microscopic exam. ) • Memperoleh biakan murni (pure culture) dari mikroorganisme dengan membiakkan spesimen klinik di media • Identifikasi Id tifik i iisolat, l t antara t lain l i d dengan : » » » » »
Uji biokimia Pertumbuhan di media selektif Aglutinasi ,co-aglutinasi, latex aglutinasi Immunofluorescence DNA probes
Pemeriksaan awal : • Direct microscopic examination : • Pemeriksaan sediaan basah (wet mount) • Pemeriksaan sediaan yang di fiksasi dan diwarnai: – Pewarnaan Gram – Pewarnaan tahan asam – Fluorescent antibody test
Tahap-tahap p p diagnosis g Lab. 1. Pengambilan spesimen klinis 2 Pemeriksaan 2. P ik sediaan di yang di diwarnaii dengan Gram, Z-N, dll 3. Pembiakan spesimen klinis di media tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony ) 4. Identifikasi isolat 5. Antibiotic susceptibility tests
Tahap-tahap p p diagnosis g Lab. 1. Pengambilan spesimen klinis 2 Pemeriksaan 2. P ik sediaan di yang di diwarnaii dengan Gram, Z-N, dll 3. Pembiakan spesimen klinis di media tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony ) 4. Identifikasi isolat 5. Antibiotic susceptibility tests
Bakteri yang sukar diwarnai dengan pewarnaan Gram G Mikroorganisme .M.tuberculosis .M.pneumoniae .L.pneumophila .Chlamydia sp. .Rickettsiae sp. .T.pallidum
Alasan .Lipid di dinding sel,sehingga zat warna sukar lewat .Sangat keci;,dinding sel (-) .Pengikatan counterstain jelek .Sangat kecil,intraselular .Sangat kecil, intraselular .Terlalu T l l tipis i i ((thin hi )
Media yang lazim dipakai : Medium •Agar Agar Darah •Agar Bodet-Gengou •Buffered B ff d charcoal h l yeast extract ( BCYE) •Agar Chocolate •Egg Yolk agar •EMB & Mac Conkey •Loeffler serum •TSI
Bakteri yang diisolasi •Bermacam Bermacam bakteri •B.pertussis •L.pneumophila L hil •N.meningitidis, N.gonorrh •Cl.perfringens •Batang gram negatif •C.diphtheriae •Batang gram negatif
Bacteriologic Methods 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8.
Biakan darah Biakan usap tenggorok p Biakan sputum Biakan cairan spinal Biakan tinja ( feses) Biakan air kemih Biakan sekret tractus genitalis Biakan luka dan abses
Bacteriologic Methods •
A GUIDE TO “ FIVE 1. 1 2. 3 3. 4. 5.
INOCULA INCUBA ISOLA INSPEC IDENTIFICA
TION TION TION TION TION
I … TION TION”
Isolasi & Inspeksi p • Karakteristik pembiakan : • Deskripsi koloni di media padat : » » » » » »
Diameter koloni Pi Pinggir i kkoloni l i ( outline) tli ) Elevasi Clear, opaque, translucent Warna koloni ( terutama fermentasi laktosa) Hemolisis : alpha, beta
• Kondisi yyang g mendorong/menghambat g g : » Atmosfir pertumbuhan » Inhibitor di dalam medium
Atmosfir pertumbuhan Growth Atm.
Deskripsi dan Contoh
•Strict(obligate) aerobe
•Memerlukan O2 atm. •Pseudomonas aeruginosa
•Strict St i t (obligate) ( bli t ) anaerobe
•Tidak Tid k ttolerant l t thd O2 atm t •Bacteroides fragilis
•Facultative anaerobe
•Tumbuh baik dlm suasana aerobik,tapi p dpt p juga tumbuh dalam suasana anaerobik •Staphylococcus, E.coli
•Aerotolerant Aerotolerant anaerobe
•Anaerobic Anaerobic, tapi tolerant thd O2 •Cl.perfringens
•Microaerophilic orgs.
•Lebih suka kadar O2 rendah •Campylobacter, Helicobacter
•Capnophilic org.
•Lebih suka kadar CO2 tinggi •Neisseria spp.
Antigen g detection tests: • Uji deteksi Ag. ini dapat dilakukan pada : • Spesimen yang berasal dari pasien ( direct antigen test ): urine, CSF, serum, throat swab • Biakan murni ( isolat ).
• Metode yang dipakai: • Fluorescent antibody test • Co-agglutination • Latex agglutination
Identifikasi m.o. dgn antiserum yang diketahui dik h i 1. 1 2. 3 3. 4. 5. 6 6.
Capsular swelling test ( Quellung ) Slide agglutinasi test L t aglutination Latex l ti ti ttestt Counter-Immuneelectrophoresis Test ELISA ( Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) FAT ( Fluorescent-Antibody Test)
Quellung g Test • Dengan quellung test ini m m.o. o dalam spespe simen klinis dapat langsung diidentifikasi • Prinsip dari test ini ialah kapsul bakteri akan mengembang ( swell) jika kontak dengan antiserum homolog homolog, contoh : • S.pneumoniae • H.influenzae H influenzae tipe tipe-b b • N.meningitidis group A dan C
Slide agglutination gg test • Koloni-koloni Koloni koloni yang dicurigai sebagai Salmonella dan Shigella dapat di identifikasi jika terjadi aglutinasi (clumping) sewaktu di tambahkan antisera spesifik. • Antisera terhadap antigen O ( cell wall ) • Antisera terhadap antigen H (flagellar) p antigen g Vi Salmonella ((kapsul) p ) • Antisera terhadap
Latex agglutination gg test • Latex beads yang di konjugasikan (coated) dengan Ab spesifik akan menggumpalkan m m.o o tertentu • Tes ini dipakai untuk menentukan adanya capsular antigen dari bakteri : • • • •
H.influenzae N meningitidis N.meningitidis Beberapa species dari streptococci C.neoformans
CIEP • Tes ini dipakai untuk mendeteksi terter dapatnya kapsular antigen di cairan spinal dari : • • • •
H.influenzae tipe-b N.meningitidis S,pneumoniae Strep. Beta-hemoliticus grup-B
Bagaimana kalau kultur negatif ? 1. Antibody detection tests 2 Antigen 2. A i d detection i tests 3. Deteksi nucleic acids dalam spesimen 1. PCR 2. DNA probes
Antibody y detection tests: • Deteksi IgM antibodi merupakan indikasi dari current infection • Terdapatnya rising titre ( 4 x atau lebih) antara acute serum sample daan convalescent sample • Titer IgG antibody tunggal sukar ditafsirk apakah kan k h currentt iinfection f ti atau t previous infection
Serologic g ((antibody-based) y ) Tests • Uji serologis ini untuk : • Diagnosis penyakit infeksi • Diagnosis penyakit autoimmune • Penentuan P t blood bl d ttype d dan HLA ttype
Ujij Serologis g p pada p penyakit y infeksi : 1. Organisme penyebabnya belum dapat di kultur :T.pallidum, Hepatitis A,B,C 2. Organisme penyebabnya sangat berbahaya jika dibiakkan:Rickettsiae 3. Teknik pembiakan belum tersedia: HIV,EBV 4. Masa inkubasi untuk tumbuhnya koloni memerlukan waktu yang sangat lama:Mycoplasma
