TESIS
DETEKSI ANTIBODI IMUNOGLOBULIN M SALMONELLA TYPHI UNTUK DIAGNOSIS DEMAM TYPHOID MENGGUNAKAN ASSAY POLYMERASE CHAIN REACTION GEN FLAGELIN SEBAGAI BAKU EMAS DI RSUP SANGLAH DENPASAR
BASKORO TRI LAKSONO NIM 1014048108
PROGRAM MAGISTER PROGRAM STUDI ILMU BIOMEDIK PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2016 i
DETEKSI ANTIBODI IMUNOGLOBULIN M SALMONELLA TYPHI UNTUK DIAGNOSIS DEMAM TYPHOID MENGGUNAKAN ASSAY POLYMERASE CHAIN REACTION GEN FLAGELIN SEBAGAI BAKU EMAS DI RSUP SANGLAH DENPASAR
Tesis untuk Memperoleh Gelar Magister pada Program Magister, Program Studi Ilmu Biomedik, Program Pascasarjana Universitas Udayana
BASKORO TRI LAKSONO NIM 1014048108
PROGRAM MAGISTER PROGRAM STUDI ILMU BIOMEDIK PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR 2016 ii
Lembar Pengesahan
TESIS INI TELAH DISETUJUI PADA TANGGAL 20 OKTOBER 2016
Pembimbing I
Pembimbing II
Prof.Dr.dr. K. Tuti Parwati Merati, SpPD-KPTI NIP. 194812281979032001
Prof. Dr.dr. I Gde Raka Widiana, SpPD-KGH NIP. 196310201988121002
Mengetahui
Ketua Program Studi Magister Ilmu Biomedik Program Pascasarjana Universitas Udayana,
Direktur Program Pascasarjana Universitas Udayana.
Dr. dr. Gde Ngurah Indraguna Pinatih, M.Sc, SpGK
Prof. Dr. dr. A.A. Raka Sudewi, SpS(K) NIP.1959 0215 198510 2 001
NIP.1958 0521 198503 1 002
iii
Tesis Ini Telah Diuji pada Tanggal 29 September 2016
Panitia Penguji Tesis Berdasarkan SK Rektor Universitas Udayana, No : 4731/UNI.4/HK/2016 Tanggal 20 September 2016
Ketua
: Prof.Dr.dr. K. Tuti Parwati Merati, SpPD-KPTI
Anggota
:
1. Prof. Dr.dr. I Gde Raka Widiana, SpPD-KGH 2. Dr. dr. Wayan Sudhana SpPD-KGH 3. dr. IGP Suka Aryana SpPD-KGer 4. Dr. dr. Ida Sri Iswari SpMK MKes
iv
SURAT PERNYATAAN BEBAS PLAGIAT
v
UCAPAN TERIMAKASIH
Pertama-tama perkenankanlah penulis memanjatkan puji syukur ke hadirat Allah SWT, karena hanya atas berkat dan rahmat-Nya tesis ini dapat diselesaikan. Tesis ini merupakan tugas akhir yang dibuat sebagai salah satu syarat untuk menyelesaikan Program Pendidikan Dokter Spesialis 1 (PPDS-1) Combined Degree Ilmu Penyakit Dalam pada Program Pascasarjana Universitas Udayana. Pada kesempatan ini perkenankanlah penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Prof. Dr. dr. K. Tuti Parwati Merati, Sp.PD-KPTI, pembimbing pertama yang dengan penuh perhatian dan kesabaran telah memberikan dorongan, semangat, bimbingan, dan saran selama penulis mengikuti pendidikan, khususnya dalam penyelesaian tesis ini. Terima kasih yang sebesarbesarnya pula penulis sampaikan kepada Prof. Dr. dr. I Gde Raka Widiana, Sp.PD-KGH, pembimbing kedua yang dengan penuh perhatian telah memberikan bimbingan dan saran kepada penulis. Ucapan yang sama juga ditujukan kepada Rektor Universitas Udayana Prof. Dr. dr. Ketut Suastika, Sp.PD-KEMD atas kesempatan dan fasillitas yang diberikan kepada penulis untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan PPDS-1 Combine Degree di Universitas Udayana. Ucapan terimakasih ini juga ditujukan kepada Direktur Program Pascasarjana Universitas Udayana yang dijabat oleh Prof. Dr. dr. A.A. Raka Sudewi, Sp.S (K) dan kepada Ketua Program Studi Magister Ilmu Biomedik Program Pascasarjana Universitas Udayana yang dijabat oleh Dr. dr. Gde Ngurah Indraguna Pinatih, M.Sc, SpGK atas kesempatan yang diberikan kepada penulis untuk menjadi mahasiswa PPDS I Combined Degree pada Program Pascasarjana Universitas Udayana. Tidak lupa pula penulis ucapkan terima kasih kepada Prof. Dr. dr. I Putu Astawa, Sp.OT(K), M.Kes selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana, yang telah memberikan kesempatan kepada penulis untuk mengikuti PPDS-1 Ilmu Penyakit Dalam di Fakultas Kedokteran
Universitas
Udayana.
Pada
kesempatan
ini
penulis
juga
menyampaikan rasa terima kasih kepada Dr. dr. I Ketut Suega, Sp.PD-KHOM, selaku Kepala Bagian/SMF Ilmu Penyakit Dalam FK UNUD/RSUP Sanglah atas
vi
kesempatan, dorongan, petunjuk, dan kemudahan yang diberikan selama penulis menjalani pendidikan. Ungkapan terimakasih penulis sampaikan pula kepada Prof. Dr. dr. I Dewa Nyoman Wibawa, Sp.PD-KGEH, selaku Kepala Program Studi Penyakit Dalam FK Unud/RSUP Sanglah atas kesempatan, dorongan, petunjuk, arahan, masukan, suri tauladan, dan bagaikan seorang ayah kepada penulis. Ungkapan terima kasih penulis sampaikan pula kepada para penguji tesis, yaitu Dr. dr. Wayan Sudhana, Sp.PD-KGH, dr. IGP Suka Aryana, Sp.PD-KGer, Dr. dr. Ida Sri Iswari, SpMK yang telah memberikan masukan, saran, sanggahan, dan koreksi sehingga tesis ini dapat disempurnakan. Penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada seluruh staf Divisi Tropik dan Penyakit Infeksi SMF Ilmu Penyakit Dalam FK UNUD/RSUP Sanglah, dr. I Made Susila Utama, Sp.PD-KPTI, dr. I Ketut Agus Somia, Sp.PD-KPTI, dr. Made Dewi Dian Sukmawati Sp.PD, dr. Anak Agung Ayu Yuli Gayatri, Sp.PD yang telah memberikan masukan, dorongan, dan bimbingan kepada penulis. Semua Kepala Divisi dan Staf SMF Ilmu Penyakit Dalam FK UNUD/RSUP Sanglah, atas segala bimbingan dan dorongan yang diberikan dalam menjalani program pendidikan sehari-hari, pelaksanaan dan penyusunan penelitian ini. Ucapan terimkasih juga penulis ucapkan kepada Drg. Triputro Nugroho, M.Kes, selaku Direktur SDM dan Pendidikan RSUP Sanglah, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti PPDS-1 Ilmu Penyakit dalam di Fakultas Kedokteran Universitas Udayana. Ucapan terima kasih tidak lupa juga penulis ucapkan kepada Prof. Dr. dr. Putu Astawa, Sp.OT(K), M.Kes, selaku Ketua Komisi Etik Penelitian FK Unud/RSUP Sanglah, yang telah memberikan masukan tentang kelaikan etik penelitian dan ijin untuk melangsungkan penelitian ini. Pada kesempatan ini penulis menyampaikan ucapan terimakasih yang tulus disertai penghargaan kepada seluruh guru-guru yang telah membimbing penulis, mulai dari sekolah dasar sampai perguruan tinggi. Juga penulis ucapkan terima kasih kepada Ayahanda almarhum Prof. Dr. dr. Soewignjo Soemohardjo, SpPDKGEH dan Ibunda tercinta Prof. Dr. Dwi Soelistya Dyah Jekti, M.Kes yang telah membesarkan, mendidik dan memberikan dorongan dan doa yang tiada henti
vii
sehingga penulis mencapai semua ini, serta kakak-kakak Dr. Bambang Fajar Suryadi, M.Si dan Wulan Dwi Virianty, ST, atas dorongan dan doa yang selalu diberikan. Juga tidak lupa ipar-ipar saya Niken Sekaryani, S.P, Rony Soya Lesmana, ST yang selalu memberikan dorongan kepada penulis. Pada kesempatan ini juga penulis menyampaikan ucapan terima kasih dan cinta yang sedalam-dalamnya kepada istri dr. Fransisca Ika Mahardhika, Sp.Rad yang selalu memberikan doa dan dorongan semangat kepada penulis, “jangan cintai aku apa adanya”. Kepada anak saya Kevin Aditya Ramadhan yang selalu menjadi pemacu semangat buat penulis, “tunggu papa pulang ya nak”. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan pada rekan “satu meja”, dr. Ni Luh Putri Primasari, dr. I Putu Denny Mahendra, dr. Sang Bagus Ketut Dwiadnyana, dr. Ni Ketut Donna Prisilia Arinton, dr. I Komang Wisuda Dwija Putra, dr. I Gusti Made Aswara, dr. Gede Perdana Putra, dr. Prayuda, dr. Ketut Gede Wiradharma, dr. Made Budi Wirawan, terima kasih kepada kalian dan meja ruang residen yang menjadi saksi perjuangan kita. Semoga Allah SWT melimpahkan rahmat-Nya kepada semua pihak yang telah membantu penyelesaian tesis ini.
viii
ABSTRAK
DETEKSI ANTIBODI IgM SALMONELLA TYPHI UNTUK DIAGNOSIS DEMAM TYPHOID MENGGUNAKAN ASSAY POLYMERASE CHAIN REACTION GEN FLAGELIN SEBAGAI BAKU EMAS Demam tifoid adalah suatu penyakit sistemik dan akut yang disebabkan oleh S. typhi yang ditularkan melalui saluran pencernaan. Selama ini pemeriksaan penunjang yang sering dilakukan adalah pemeriksaan dengan menggunakan Widal yang memperhatikan adanya kenaikan titer setelah 10-14 hari sehingga tidak bisa digunakan sebagai pemeriksaan dini. Pemeriksaan dengan deteksi antibodi IgM Salmonella typhi dengan Tubex-TF diharapkan dapat digunakan untuk diagnosis dini demam typhoid. Penelitian uji diagnostik ini dilaksanakan mulai bulan Agustus 2015 sampai Maret 2016 di RSUP Sanglah, Denpasar. Penelitian ini melibatkan 55 subjek penelitian yaitu pasien dengan suspek demam typhoid yang dirawat di RSUP Sanglah, dimana subjek dipilih secara acak konsekutif. Pemeriksaan antibodi IgM Salmonella typhi menggunakan Tubex-TF dilakukan di Laboratorium RSUP Sanglah Denpasar dan pemeriksaan PCR gen flagelin sebagai baku emas dilakukan di Unit Riset Biomedik RSUP Mataram. Hasil pemeriksaan IgM Salmonella typhi dan hasil PCR Salmonella typhi kemudian dilakukan suatu uji diagnostik dengan menggunakan Tabel silang 2x2 untuk mengetahui nilai sensitivitas, spesivisitas, NDP dan NDN dari IgM Salmonella typhi untuk menegakkan diagnosa demam tifoid. 34 orang (61,8%) dari 55 sampel adalah laki-laki dan sisanya perempuan. Pemeriksaan IgM Salmonella typhi untuk mendiagnosis demam tifoid yang disebabkan oleh Salmonella typhi pada pasien dengan dugaan demam tifoid dengan nilai cut off mempunyai nilai sensitivitas 85,37%, spesifisitas 57,14%, nilai duga positif 85,37%, nilai duga negatif 57,14%. Nilai cut off IgM Salmonella typhi yang dianggap terbaik untuk alat bantu diagnosis demam tifoid adalah nilai . Pemeriksaan IgM Salmonella typhi Tubex-TF paling baik digunakan untuk pemeriksaan penapis.
Kata Kunci: Demam typhoid, Tubex-TF, Salmonella typhi
ix
ABSTRACT THE DETECTION OF SALMONELLA TYPHI’S IgM ANTIBODY FOR THE DIAGNOSIS OF TYPHOID FEVER USING FLAGELIN GENE POLYMERASE CHAIN REACTION ASSAY AS A GOLDEN STANDARD
Typhoid fever is a acute systemic illness and caused by Salmonella typhi which is transmitted through the digestive tract. Usually investigation is often done by using Widal examination that takes into account the increase in titer after 10-14 days so could not be used as an early inspection. Examination with IgM antibody detection of Salmonella typhi using Tubex-TF expected to be used for early diagnosis of typhoid fever. This diagnostic test research was conducted from August 2015 through March 2016 in Sanglah General Hospital, Denpasar. The study involved 55 subject research with suspected typhoid fever, subject were selected randomly consecutively. Salmonella typhi IgM antibody Tubex-TF test conducted at the laboratory of Sanglah Hospital and the PCR of flagellin gene as a gold standard were done in Biomedical Research Unit of Mataram General Hospital. Then we used 2x2 cross table to determine the sensitivity, specificity, negative prediction value, positive predictive value of Salmonella typhi IgM for diagnosis of typhoid fever. 34 (61.8%) of 55 samples were male and the rest female. Salmonella typhi IgM examination to diagnose typhoid fever in patients with suspected typhoid fever with a cut-off value of 4 has a value sensitivity of 85.37%, a specificity of 57.14%, 85.37% positive predictive value, negative predictive value 57.14%. Cutoff values of 4 is considered best for the diagnosis of typhoid fever. Examination of Salmonella typhi IgM antibody Tubex-TF best used for screening purpose. Keywords: Typhoid fever, Tubex-TF, Salmonella typhi.
x
DAFTAR ISI Halaman SAMPUL DEPAN ........................................................................................... i PRASYARAT GELAR .................................................................................... ii LEMBAR PERSETUJUAN ............................................................................ iii PENETAPAN PANITIA PENGUJI ................................................................ iv SURAT PERNYATAAN BEBAS PLAGIAT................................................. v UCAPAN TERIMAKASIH ............................................................................. vi ABSTRAK ....................................................................................................... ix ABSTRACT ....................................................................................................... x DAFTAR ISI .................................................................................................... xi DAFTAR TABEL ............................................................................................ xiii DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xiv DAFTAR SINGKATAN ................................................................................. xv DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... xvii
BAB I PENDAHULUAN ............................................................................... 1 1.1
Latar Belakang ..................................................................................... 1
1.2
Rumusan Masalah ................................................................................ 6
1.3
Tujuan Penelitian ................................................................................. 6 1.3.1 Tujuan Umum ............................................................................ 6 1.3.2 Tujuan Khusus ........................................................................... 6
1.4
Manfaat Penelitian ............................................................................... 6
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................... 8 2.1
Demam Tifoid ...................................................................................... 8
2.2
Diagnosa laboratoris ............................................................................. 11 2.2.1 Pemeriksaan serologis ................................................................. 11 2.2.2 Kultur darah ................................................................................. 15 2.2.3 Deteksi genom ............................................................................. 17
xi
2.3
Definisi kasus ........................................................................................ 18
BAB III KERANGKA BERPIKIR DAN KONSEP ................................................... 19
3.1
Kerangka Berpikir ................................................................................. 19
3.2
Konsep .................................................................................................. 21
BAB IV METODE PENELITIAN ................................................................. 22 4.1
Rancangan Penelitian ........................................................................... 22
4.2
Tempat dan Waktu Penelitian .............................................................. 22
4.3
Ruang lingkup penelitian ..................................................................... 22
4.4
Populasi dan Sampel ............................................................................ 22
4.5
Variabel Penelitian ................................................................................ 24
4.6
Bahan dan Instrumen Penelitian ........................................................... 25
4.7
Prosedur Penelitian................................................................................ 26
4.8
Alur Penelitian ...................................................................................... 30
4.9
Analisis Data ......................................................................................... 32
BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................... 33 BAB VI SIMPULAN DAN SARAN............................................................... 43 DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 44 LAMPIRAN ..................................................................................................... 49
xii
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 2.1
Antigen Salmonella.......................................................................... 13
Tabel 2.2
Antigen Spesifik .............................................................................. 14
Tabel 5.1
Gambaran Karakteristik Subjek Penelitian ...................................... 34
Tabel 5.2
Sensitivitas, Spesifisitas, NDP, NDN ............................................. 36
Tabel 5.3
Sensitivitas dan Spesifisitas Pada Beberapa Cut Off Point IgM Salmonella typhi Tubex ................................................................... 41
xiii
DAFTAR GAMBAR Halaman
Gambar 2.1 Plak Peyer ........................................................................................
9
Gambar 2.2 Dinding sel Salmonella .................................................................... 12 Gambar 2.3 Respon antibodi Salmonella Typhi .................................................. 14 Gambar 3.1 Kerangka berpikir ............................................................................ 20 Gambar 3.2 Konsep ............................................................................................. 21 Gambar 4.1 Pemeriksaan Tubex-TF .................................................................... 27 Gambar 4.2 Amplifikasi gen Flagelin ST1 dan ST2 ........................................... 29 Gambar 4.3 Amplifikasi gen Flagelin ST3 dan ST4 ........................................... 29 Gambar 4.4 Alur penelitian .................................................................................. 30 Gambar 5.1 Kurva ROC IgM Salmonella Typhi Tubex...................................... 35
xiv
DAFTAR SINGKATAN
AUC
: Area Under the Curve
CDC
: Centers for Disease Control and Prevention
DKK
: Dan kawan-kawan
DL
: Darah lengkap
DNA
: Deoxyribo Nucleic Acid
EDTA
: Ethylene Diamine Tetra Acetic
IC
: Immunochromatography
IgM
: Immunoglobulin M
NDN
: Nilai Duga Negatif
NDP
: Nilai Duga Positif
LPS
: Lipopolisakarida
Ml
: Mililiter
PCR
: Polymerase Chain Reaction
PF
: Pemeriksaan Fisik
PPV
: Positive Predictive Value
RES
: Reticulo Endotelial System
RKN
: Rasio Kemungkinan Negatif
ROC
: Receiver Operating Characteristic
RSUP
: Rumah Sakit Umum Pusat
SDM
: Sumber Daya Manusia
SGOT
: Serum Glutamic Oxaloacetic Transaminase xv
SGPT
: Serum Glutamic Pyruvic Transaminase
SS
: Salmonella Shigella
TF
: Typhoid Fever
WHO
: World Health Organization
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman Lampiran 1 Surat ijin ........................................................................................... 49 Lampiran 2 Keterangan kelaikan etik ................................................................. 50 Lampiran 3 Amandemen judul tesis .................................................................... 51 Lampiran 4 Informasi yang diberikan kepada subjek penelitian ........................ 52 Lampiran 5 Lembar Persetujuan Tindakan ......................................................... 53 Lampiran 6 Status subjek .................................................................................... 54 Lampiran 7 Prosedur pemeriksaan IgM S. typhi dan PCR ................................. 55 Lampiran 8 Hasil penelitian ................................................................................ 57
xvii
