Database Plasma Nutfah dan Networking 1) Hakim Kurniawan 2), Ida Hanarida S. 2) , dan Gunawan Ramli
3)
Dokumentasi adalah kegiatan untuk merekam dan menyimpan berbagai data penting yang dihasilkan dari suatu kegiatan. Dokumentasi merupakan kegiatan yang tidak terpisahkan dengan kegiatan pengelolaan plasma nutfah secara keseluruhan. Hal tersebut dikarenakan dokumentasi berlangsung sebagai akibat tuntutan dari pengelolaan data yang dihasilkan dalam kegiatan eksplorasi, konservasi, rejuvenasi, karakterisasi, serta evaluasi. Dengan demikian haruslah ditumbuhkan pengertian dan pemahaman bahwa data merupakan aset berharga yang juga harus dikonservasi (dilestarikan) sebagaimana materi plasma nutfah yang bersangkutan. Perkembangan peningkatan kuantitas data yang dikelola dari waktu ke waktu di sisi yang lain akan menuntut tersedianya data dan informasi yang dapat diakses setiap saat secara cepat, mudah dan akurat, sehingga diperlukan adanya sistem dokumentasi dalam bentuk database yang memadai. Database diharapkan tidak hanya digunakan untuk kebutuhan akses informasi (information retrieval), akan tetapi juga sebagai media untuk penyimpanan data (data storage) secara aman, pemeliharaan data (data updating), pengolahan data (data processing) serta pertukaran data (data sharing). Oleh karena itu, adanya sistem dokumentasi yang baik akan sangat membantu dalam kegiatan perencanaan, operasional serta monitoring pengelolaan plasma nutfah (Painting et al., 1993). Kegiatan dokumentasi data sangat penting dilakukan untuk tujuan: 1. Mengamankan data dan informasi penting 2. Mempermudah dalam pelaksanaan pemasukan data (data entry) 3. Mempermudah dalam pelaksanaan akses data (data retrieval) 4. Membantu dalam perancangan dan pelaksanaan aktivitas pengelolaan plasma nutfah secara keseluruhan 5. Mempermudah dalam melakukan monitoring status pengelolaan plasma nutfah. Beberapa sarana yang diperlukan untuk dapat menyelenggarakan kegiatan database meliputi: sarana dokumentasi, sumberdaya manusia, dan sistem database pengelola. Sarana dokumentasi dapat berupa buku catatan, lembaran form, ataupun komputer beserta
1
Disajikan pada forum Konggres I Komisi Daerah (Komda) Plasma Nutfah tanggal 31 Juli -2 Agustus 2006 di Balikpapan, Kalimantan Timur.
2
Staf peneliti Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Bogor Staf Balai Penelitian Veteriner, Bogor
3
1
aksesoriesnya, termasuk sistem database pengelola yang relevan jika kegiatan database akan dilaksanakan menggunakan komputer. Sementara itu ketersediaan sumberdaya manusia merupakan komponen yang sangat penting dalam kaitannya dengan kegiatan inventarisasi, verifikasi, entry data dan pemrograman. Berdasarkan caranya, dokumentasi data dapat dilakukan secara manual (database manual) dan secara komputerisasi (database komputer). Dalam database manual, data dan informasi dicatat dalam bentuk lembaran form atau buku catatan (agenda), sedangkan dalam database komputer data dan informasi direkam dan disimpan dalam bentuk file. Dalam hal ini file dikelola dan diorganisir secara sistematik menggunakan suatu software RDBMS (relational database management system). Pesatnya perkembangan teknologi saat ini mengakibatkan kegiatan dokumentasi menggunakan komputer telah menjadi metode standar yang umum digunakan. Dibandingkan dengan database manual, database komputer memiliki kelebihan dalam banyak hal, yaitu: membutuhkan ruang yang lebih ringkas (dengan kapasitas simpan data yang sangat besar), mempermudah dan mempercepat dalam entry data secara akurat, mempermudah dan mempercepat dalam validasi data, meminimalkan kesalahan operator (human error) pada saat entry data, mempermudah dan mempercepat dalam akses data, serta mempermudah dan mempercepat dalam pertukaran data. Karakteristik Data Plasma Nutfah Berbeda dengan data yang lainnya, data plasma nutfah memiliki karakteristik khusus. Seperti diketahui bahwa pengelolaan plasma nutfah melibatkan berbagai kegiatan mulai dari eksplorasi, konservasi, rejuvenasi, karakterisasi, hingga evaluasi. Dalam hal ini macam dan tipe data yang dihasilkan akan sangat ditentukan dari mana data tersebut berasal. Menurut Sapra (1991), di dalam kaitannya dengan pengelolaan plasma nutfah tanaman, pada umumnya data dapat dikelompokkan menjadi beberapa tipe yaitu: 1. Data paspor, yaitu data yang berisi kumpulan informasi umum yang berhubungan dengan asal dari mana plasma nutfah tersebut dikoleksi. Data paspor memuat berbagai informasi yang berasal dari kegiatan eksplorasi. Dikarenakan data tersebut diinventarisir pada saat dilakukan eksplorasi (koleksi) di lapang, maka data paspor umumnya hanya berisi mengenai informasi-informasi yang bersifat umum. Namun demikian, informasi tersebut sangat bermanfaat untuk memberikan gambaran historis mengenai plasma nutfah yang dikoleksi.
2
Meskipun terkadang terdapat beberapa item yang bersifat spesifik komoditas, akan tetapi secara umum format untuk pengisian data paspor tersebut telah disusun dalam bentuk blanko isian baku, sebagaimana ditunjukkan pada Gambar 1. No. koleksi Tanggal koleksi
: __________________________ : ________ _________ _______ Hari Bulan Tahun
Nomor foto Lokasi
: __________________________ Lembar peta : Lintang: ____o LU ____o LS; Bujur: ____o BT ____o BB
: _______________________ Tinggi tempat (m): ________
Desa Kecamatan
: __________________________ : __________________________
: _______________________ : _______________________
Sumber benih / bibit Topografi Tekstur tanah Irigasi Metode sampling Status contoh Tipe contoh
Nama petani Nama varietas Arti nama Spesies Contoh varietas Distribusi Tanggal Kegunaan Sifat-sifat penting
Areal penyebaran Peranan kultivar
Catatan ringkas iklim
□ □ □ □ □ □ □ □ □ □
Lapang Pasar komersial Rawa Pegunungan Pasir Jelek Acak Varietas lokal Biji Herbarium
□ □ □ □ □ □ □ □ □
Kolektor Ekspedisi / organisasi
Kabupaten Provinsi
Petani Institut Datar Lereng Lempung Sedang Tanpa acak Liar Tanaman
□ □ □ □ □ □
: _______________________ : _______________________
Lumbung Jenis liar Bergelombang Datar Liat Baik
□ Organ vegetatif
□ Pasar desa □ Tanaman pinggiran □ Bukit □ Humus □ Sangat baik □ Organ generatif
: ________________________________________________________________________ : ________________________________ Bahasa : ________________________ : ________________________________________________________________________ : ________________________________________________________________________ □ Murni □ Campuran □ Sangat banyak □ Banyak □ Agak jarang □ Jarang : Tanam _____________ Panen ________________ Umur masak ________ hari : ________________________________________________________________________ : ________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ : ________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ : ________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ : ________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________ _______________________________________________________________________
Gambar 1. Blanko umum isian baku untuk data paspor
Secara lengkap dan detail, EURISCO (sistem database plasma nutfah Eropa) mengeluarkan panduan teknis mengenai daftar deskriptor untuk data paspor yang berlaku bagi banyak komoditas yang dikenal sebagai multi-crop passport descriptors (MCPD). Daftar deskriptor data paspor tersebut dikembangkan bersama IPGRI dan FAO dan telah dipublikasikan sejak Desember 2001 sebagai standar internasional bagi daftar deskriptor data paspor untuk multi-tanaman. Rincian mengenai isi daftar deskriptor data paspor tersebut dapat dilihat pada Lampiran 1. Hal penting yang harus diperhatikan pada saat dilakukan eksplorasi adalah diupayakan untuk mengumpulkan data paspor semaksimal mungkin. Semakin banyak
3
data dan informasi yang terkumpul maka akan lebih memudahkan nantinya dalam pengelolaan serta dapat membantu pemanfaatan terhadap materi plasma nutfah yang bersangkutan (Greene, 2003). Setelah kegiatan eksplorasi selesai, maka dianjurkan untuk segera melakukan verifikasi, editing dan entry data ke dalam format sistem dokumentasi yang telah disiapkan. Hal tersebut dilakukan untuk menghindari terjadinya ketidaklengkapan informasi, atau tertukarnya data dan informasi antara materi plasma nutfah yang satu dengan yang lainnya. 2. Data karakterisasi, yaitu kumpulan data yang diperoleh dari hasil kegiatan karakterisasi. Dengan demikian data karakterisasi akan berupa sifat-sifat dari karakter morfologis (warna bunga, bentuk daun, dan sebagainya), agronomis (umur panen, tinggi tanaman, dan sebagainya), biokimia (hasil skoring secara biner terhadap marka isoenzim), atau molekular (hasil skoring secara biner terhadap marka molekular) tergantung metode yang digunakan dalam kegiatan karakterisasi tersebut. Dalam hal ini, dikenal dua macam data yaitu data kualitatif dan data kuantitatif. Data kualitatif adalah data yang bersifat diskontinyu dan merupakan hasil observasi terhadap karakter yang bersifat kualitatif, seperti tipe bunga, warna daun, bentuk daun, warna tangkai bunga, dan sebagainya. Oleh karena itu pada kelompok data kualitatif dikenal adanya kategori-kategori sifat dari suatu deskriptor. Sementara data kuantitatif adalah data yang merupakan hasil pengukuran (measurement) secara kuantitatif, seperti tinggi tanaman, panjang daun, umur panen, diameter bunga, dan sebagainya. Hasil pengamatan terhadap data karakterisasi akan didokumentasi dalam bentuk tabel lembar kerja (worksheet) sebagaimana dicontohkan pada Gambar 2.
4
Gambar 2. Contoh tampilan tabel hasil pengamatan terhadap data hasil karakterisasi secara morfologis
3. Data evaluasi, yaitu kumpulan data yang diperoleh dari hasil kegiatan evaluasi, seperti kandungan gizi (kandungan amilosa biji, kandungan protein biji, dan sebagainya), reaksi terhadap cekaman faktor biotik (hama dan penyakit) dan abiotik (kekeringan, keracunan alumunium, keracunan besi, kadar garam tinggi dan sebagainya). Banyak dan macam deskriptor pada data karakterisasi dan evaluasi bersifat spesifik untuk komoditas tertentu, karena berkaitan erat dengan karakter-karakter spesifik yang dimiliki oleh tanaman komoditas yang bersangkutan. Oleh karena itu, untuk tiap-tiap komoditas tanaman telah tersedia rujukan daftar deskriptor (descriptor list) standar yang disusun oleh lembaga penelitian internasional. Misalnya, untuk kelompok komoditas yute dan kenaf merujuk pada daftar deskriptor standar dari International Jute Organization (IJO), beberapa komoditas tanaman tropis merujuk pada daftar deskriptor standar dari International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), dan sebagainya. Pada kenyataannya, secara operasional macam deskriptor tersebut bersifat relatif dan sangat dipengaruhi oleh kondisi kemampuan pelaksana dalam melakukan kegiatan karakterisasi dan evaluasi baik dari segi teknis, ketersediaan sarana, maupun ketersediaan pendanaan. 4. Data pengelolaan materi, yaitu data yang berkaitan dengan kegiatan pengelolaan internal terhadap plasma nutfah yang bersangkutan untuk tujuan perencanaan serta monitoring. Termasuk dalam kelompok data ini adalah data tata letak koleksi plasma
5
nutfah dalam ruang penyimpanan (apabila disimpan dalam bentuk koleksi benih), data lokasi kebun koleksi beserta tata letak tanaman (apabila berupa tanaman tahunan yang dikonservasi dalam kebun koleksi), data hasil kegiatan rejuvenasi (viabilitas benih, tanggal rejuvenasi dan panen, stok benih), data mengenai lalu lintas keluar masuk koleksi plasma nutfah, serta data pengguna plasma nutfah. Macam kegiatan dalam pengelolaan materi ini belum tentu sama untuk institusi bank gen yang berbeda pula, tergantung kepentingan serta efisiensi dalam pengelolaannya (Hamilton et al., 2002). Tahapan dalam Dokumentasi Data Sebelum melakukan kegiatan dokumentasi, maka ada beberapa hal yang perlu diperhatikan agar kegiatan dokumentasi dapat berlangsung efektif dan efisien, yaitu: 1. Memutuskan tujuan kegiatan dokumentasi. Dalam hal ini dianalisis apakah untuk inventarisasi data saja, untuk monitoring status data secara berkala, untuk melayani kegiatan pengelolaan internal plasma nutfah yang bersangkutan, untuk melayani pesanan data bagi pengguna intern, untuk melayani pesanan data bagi pengguna ekstern, ataukah mencakup kesemuanya ? 2. Menetapkan skala prioritas kegiatan yang perlu didokumentasikan. Perlu ditentukan pada pos kegiatan mana saja diperlukan kegiatan dokumentasi dan pada pos kegiatan yang mana pula belum perlu untuk dilakukan kegiatan dokumentasi. Demikian pula pada pos kegiatan mana saja diperlukan komputerisasi data, dan pada pos kegiatan mana pula cukup dilakukan dokumentasi secara manual. Hal tersebut harus disesuaikan dengan kondisi, kemampuan dan ketersediaan sumberdaya. 3. Pengelompokan data sesuai dengan macam dan tipenya. Dengan mengelompokkan data sesuai dengan macam dan tipenya, maka data akan terorganisir secara sistematis serta akan memudahkan dalam memelihara integritas data. 4. Merencanakan format sistem dokumentasi yang akan digunakan. 5. Jika mengunakan sistem dokumentasi secara komputerisasi, maka pada tahap ini mulai ditetapkan perangkat lunak apa yang akan digunakan, direncanakan pula bagaimana tampilan form yang diinginkan, berapa banyak menu yang ada di tiap form, apa saja macam menu yang ada, dan sebagainya. Perancangan tentunya tetap mengacu pada prinsip efisiensi, yaitu penggunaan format seringkas mungkin, namun tidak mengurangi kinerja yang diharapkan.
6
Beberapa tahapan operasional dalam kegiatan dokumentasi data meliputi: 1. Inventarisasi data, yaitu pengumpulan data yang berasal dari hasil suatu kegiatan baik eksplorasi, konservasi, rejuvenasi, karakterisasi maupun evaluasi. 2. Transkripsi data, yaitu kegiatan penentuan dan penyeragaman format data ke dalam bentuk format yang sesuai dengan yang diinginkan. Dalam database komputer, pada kegiatan ini perlu memperhatikan apakah data berupa teks (text), angka (numeric), atau yang lainnya. Perlu diperhatikan pula berapa panjang digit data (field) yang telah ditentukan dalam format sistem dokumentasi. Selain bertujuan untuk mempermudah nantinya dalam kegiatan validasi data, transkripsi data dilakukan dilakukan pula untuk mengelompokkan data ke dalam bentuk pengelolaan yang sistematis. 3. Entri data, yaitu pemasukan atau perekaman data ke dalam media penyimpan yang dikelola dalam bentuk sistem basis data (database). Pemasukan data dapat dilakukan secara manual (ke dalam buku catatan) atau komputerisasi (data disimpan berupa file). Dalam database komputer, perancangan sistem harus mengacu pada prinsip efisiensi, yaitu penggunaan format seringkas mungkin, namun tidak mengurangi kinerja yang diharapkan. 4. Verifikasi dan validasi data, yaitu pengecekan apakah data yang dimasukkan telah memenuhi kriteria yang diinginkan, yaitu logis dan benar (valid). Dalam database komputer, kegiatan ini dapat dilakukan secara otomatis. 5. Pemeliharaan, yaitu pengupayaan agar data yang disimpan akan selalu mengalami peningkatan volume dan bersifat up to date (terkini). 6. Pengembangan sistem dokumentasi, yaitu upaya peningkatan kinerja dari sistem dokumentasi agar senantiasa dapat digunakan sesuai dengan yang dinginkan. Beberapa sistem dokumentasi plasma nutfah tanaman yang telah dikembangkan antara lain program aplikasi GMS (Genebank Management System) oleh IPGRI. Program aplikasi tersebut belum banyak digunakan di Indonesia karena pengoperasiannya agak rumit dan kurang mampu menampung aspirasi kurator. CGIAR (Consultative Group on International Agricultural Research) juga mengembangkan program aplikasi yang dikenal dengan SINGER (CGIAR System-wide Information Network for Genetic Resources). Sistem
informasi
ini
dapat
diakses
melalui
alamat
situs
http://www.ipgri.cgiar.org/programmes/sgrp/homesinger.htm, dan lebih diperuntukkan untuk pertukaran data plasma nutfah tanaman secara online dalam jejaring kerja. Sistem database serupa yang dikenal dengan European Central Crop Database (ECCDBs) juga telah dikembangkan oleh sejumlah institusi dan kelompok kerja European Cooperative 7
Programme for Crop Genetic Resources Network (ECP/GR) di Eropa. Sistem database yang mengelola sentralisasi data plasma nutfah tanaman dari berbagai institusi di Eropa ini dapat
diakses
melalui
alamat
situs
http://www.ipgri.cgiar.org/system/page.asp?frame=germplasm/dbases.htm. Komisi Nasional Plasma Nutfah pada tahun 2004 mengembangkan sistem dokumentasi plasma nutfah berupa program aplikasi berbasis Microsoft Access yang dikenal dengan nama SIPNP (Sistem Informasi Plasma Nutfah Pertanian) versi 1.0. Sistem database ini mengakomodasi pengelolaan data plasma nutfah dari sebanyak 79 komoditas tanaman pangan, tanaman rempah dan obat, tanaman tembakau dan serat, tanaman kelapa, tanaman hias, tanaman sayur, tanaman buah, mikroba veteriner, serta sejumlah tanaman perkebunan (karet, teh, kina, kopi dan kakao). Program aplikasi tersebut selanjutnya disempurnakan pada tahun 2005 sebagai SIPNP versi 1.5, dengan keseluruhan komoditas yang ditampung sebanyak 82 komoditas.
Gambar 3. Tampilan cover depan SIPNP v1.5
Sejak awal pengembangannya, Sistem Informasi Plasma Nutfah Pertanian disusun untuk mengakomodasi pengelolaan data plasma nutfah pertanian di balai-balai komoditas serta beberapa institusi lainnya yang mengelola plasma nutfah. Program aplikasi database ini telah dikemas menjadi 15 paket program yang diperuntukkan untuk: Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian - Bogor, Pusat Penelitian Teh dan Kina – Gambung, Pusat Penelitian Kopi dan Kakao – Jember, Pusat Penelitian Penelitian Karet – Medan, Balai Penelitian Tanaman Rempah & Obat – Bogor, Balai Penelitian Tembakau dan Serat – Karangploso, Balai Penelitian Padi – Sukamandi, Balai Penelitian Jagung dan Serealia Lain – Maros, Balai Penelitian Kacangkacangan & Umbi-umbian – Malang, Balai Penelitian Tanaman Buah – Solok, Balai Penelitian Tanaman Sayur – Lembang, Balai Penelitian Tanaman Hias – Segunung, Balai
8
Penelitian Kelapa dan Palma Lain – Manado, Balai Penelitian Ternak – Ciawi, dan Balai Penelitian Veteriner – Bogor. Sejak tahun 2006, penggunaan Sistem Informasi Plasma Nutfah Pertanian selanjutnya diperluas ke BPTP-BPTP. Untuk keperluan ini, telah dikemas pula program aplikasi yang di dalamnya memuat sebanyak 60 komoditas plasma nutfah pertanian. Jejaring Kerja (Networking) Dalam kaitannya dengan fungsi pelayanan terhadap pengguna (user) database memiliki dua fungsi layanan, yaitu layanan kedalam (internal) dan layanan keluar (eksternal). Secara internal database berperan dalam memfasilitasi kegiatan pemasukan, validasi, dan akses data untuk menunjang kegiatan pengelolaan plasma nutfah. Dengan adanya database pula maka kegiatan monitoring mengenai status kegiatan tertentu dapat dilakukan secara lebih mudah. Sementara itu secara eksternal database memiliki peran untuk memberikan layanan akses data kepada kalangan pengguna yang lebih luas. Pihak yang berkepentingan (stakeholder) dalam hal ini dapat berupa: pendidik, peneliti, pemulia, mahasiswa, pengusaha, masyarakat maupun penentu kebijakan. Untuk tujuan ini, perlu diperhatikan beberapa hal sebagai berikut: •
Perlu dipilahkan antara data yang berisifat umum dan khusus.
•
Data umum merupakan data yang bersifat public domain dan dapat diakses secara bebas oleh pengguna dari berbagai kalangan.
•
Data khusus hanya diperuntukkan bagi pengguna tertentu, diperlukan adanya kesepakatan pengaturan dalam tata cara pertukaran data (data sharing).
Agar dapat memberikan layanan kepada pengguna yang lebih luas, maka diperlukan adanya media sebagai sarana untuk melakukan pertukaran data. Penentuan macam media yang akan digunakan tentunya sangat tergantung seberapa target cakupan pengguna yang akan dilayani. Macam atau tipe media tersebut dapat berupa: Local Area Network (LAN), Wide Area Network (WAN) dan internet. Local Area Network digunakan dalam suatu jaringan internal yang cakupannya terbatas, biasanya dalam lingkup intra-perkantoran. Komputer satu dengan yang lainnya (server dengan workstation, atau workstation dengan workstation) dihubungkan menggunakan kabel. Untuk suatu lingkup perkantoran yang luas, perlu digabungkan dengan teknologi wireless mengingat adanya keterbatasan dalam kemampuan pengiriman data menggunakan kabel. Sistem jaringan dengan cakupan yang lebih luas, dikenal dengan istilah Wide Area Network. Sistem jaringan ini mampu menghubungkan jaringan antar9
perkantoran dan melibatkan adanya satu server sentral yang mengelola beberapa server lokal yang berada di masing-masing unit. Server lokal di masing-masing unit mengelola komputer-komputer workstation yang ada di unit yang bersangkutan. Perkembangan teknologi informasi yang semakin pesat akhir-akhir ini telah memungkinkan untuk melakukan pertukaran data dan informasi dalam lingkup global melalui jaringan internet (world wide web). Pertukaran data dan informasi dapat dilakukan di mana saja, asalkan ada koneksi ke jaringan internet. Teknologi inilah yang sekarang ini banyak dimanfaatkan untuk melakukan pertukaran data, baik data yang bersifat umum maupun khusus (spesifik). Untuk tujuan pertukaran data yang bersifat khusus, penyedia data maupun pengguna kebanyakan membentuk suatu komunitas jejaring kerja (network). Desakan kebutuhan untuk melakukan pertukaran data spesifik oleh kelompok penyedia atau pengguna data tertentu biasanya merupakan faktor utama yang mendasari terbentuknya komunitas jejaring kerja. Dalam perkembangan selanjutnya, istilah jejaring kerja tidak hanya berkaitan dengan pertukaran data dan informasi namun juga koordinasi program dan aktivitas penelitian. Di era globalisasi sekarang ini, pertukaran data dan informasi memiliki arti yang sangat penting dalam rangka: peningkatan pengetahuan dan kepedulian masyarakat, pemacuan terhadap penelitian lanjutan, pengembangan teknologi ke arah komersialisasi, dan sebagai data dukung bagi penentu kebijakan. Komisi Nasional Plasma Nutfah sejak tahun 2002 telah secara intensif melakukan kegiatan koordinasi dalam pengelolaan data plasma nutfah pertanian. Dalam kegiatan tersebut, telah dilakukan upaya standarisasi dalam tata cara dokumentasi dan penyusunan database plasma nutfah pertanian. Seiring dengan program kegiatan tersebut, telah diupayakan pula untuk merintis terbentuknya jejaring kerja pengelolaan data plasma nutfah pertanian lingkup Badan Litbang Pertanian. Hingga tahun 2005, sebanyak 15 institusi telah terhimpun ke dalam jejaring tersebut. Sebagai media informasi dan komunikasi bagi jejaring kerja plasma nutfah pertanian, telah dibangun website yang dapat diakses pada alamat http://www.indoplasma.or.id (Hanarida et al., 2005). Diharapkan bahwa nantinya website tersebut juga sekaligus dapat dimanfaatkan sebagai sarana untuk kegiatan monitoring dan evaluasi kegiatan pengelolaan data plasma nutfah pertanian pada institusi-institusi anggota jejaring, baik anggota jejaring yang ada saat ini maupun anggota-anggota jejaring yang baru di masa mendatang. Website tersebut juga diharapkan dapat dimanfaatkan sebagai sumber informasi oleh masyarakat luas yang menaruh minat terhadap topik plasma nutfah pertanian. 10
DAFTAR PUSTAKA Greene, S. L. 2003. Improving the Quality of Passport Data to Enhance Germplasm Use and Management. PGR Newsletter: FAO-IPGRI Issue No. 125 p. 1-8 Hanarida, I., Sigit E. Pratignyo, Subandriyo, Maharani Hasanah, T. S. Silitonga, Agus Nurhadi, Hakim Kurniawan, Ida N. Orbani dan Gunawan Ramli, 2005. Koordinasi Pengelolaan Database Plasma Nutfah Pertanian. Laporan Akhir Kegiatan Penelitian Tahun 2004. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian. IPGRI, 2005. Germplasm Database. http://www.ipgri.cgiar.org/system/page.asp?frame=germplasm/ dbases.htm Diakses tanggal 15 September 2005. N.R. S. Hamilton, J. M. M. Engels, Th.J.L. van Hintum, B. Koo and M. Smale. 2002. Accession Management. Combining or splitting accessions as a tool to improve germplasm management efficiency. IPGRI Technical Bulletin No. 5. International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy. Painting, K. A., M. C. Perry, R. A. Denning, and W. G. Ayad. 1993. Guidebook for Genetic Resources Documentation. A self-teaching approach to the understanding, analysis and development of genetic resources documentation. International Board for Plant Genetic Resources, Rome, Italy. Sapra, R. L. 1991. Documentation of Plant Genetic Resources. In: Paroda, R. S. and R. K. Arora (Eds.) Plant Genetic Resources Conservation and Management, Concepts and Approach. International Board for Plant Genetic Resources. Regional Office for South and Southeast Asia, New Delhi.
11
Lampiran 1. Daftar deskriptor data paspor standar EURISCO ESTABLISHMENT OF AN EUROPEAN PLANT GENETIC RESOURCES INFORMATION INFRA-STRUCTURE
EURISCO Descriptors for uploading information from National Inventories to EURISCO
Introduction This descriptor list is used for uploading information from the National Inventories to EURISCO, and thus purely a format of data exchange. The list is an extension of the FAO/IPGRI multi-crop passport descriptors (MCPD) which were published December 2001, developed jointly by IPGRI and FAO, with input from many documentation specialists worldwide, to provide international standards to facilitate germplasm passport information exchange. All MCPD are included, without change and with the same format rules, in the current list. Six descriptors were added for the specific purposes of EURISCO: the first descriptor, identifying the National Inventory and the final five allowing the incorporation of information relevant to EURISCO, which otherwise would not fit in the MCPD. General format rules Following format rules, as copied from the MCPD-list, apply to all fields: • If a field allows multiple values, these values should be separated by a semicolon (;) without space(s). (i.e. Accession name: “Rheinische Vorgebirgstrauben;Emma;Avlon”) • A field for which no value is available should be left empty (i.e. Elevation). If data are exchanged in ASCII format for a field with a missing numeric value, it should be left empty. If data are exchanged in a database format, missing numeric values should be represented by generic NULL values. • Dates are recorded as YYYYMMDD. If the month and/or day are missing this should be indicated with hyphens. Leading zeros are required (i.e. 197506--, or 1975----). • Latitude and longitude are recorded in an alphanumeric format. If the minutes or seconds are missing, this should be indicated with hyphens. Leading zeros are required. • For coding countries three-letter ISO 3166-1 codes are used (including the codes that are no longer in use in the ISO 3166-1, such as DDR). 4 • For coding institutes the FAO Institute Codes should be used as maintained by the FAO. The codes consist of the 3-letter ISO 3166 country code of the country where the institute is located plus a three-digit number. 5 • The preferred language for free text fields is English (i.e. Location of collecting site and Remarks).
Descriptors
4
The ISO 3166-1 Code List can be found at: http://www.un.org/Depts/unsd/methods/m49alpha.htm. Country or area numerical codes added or changed are not available on line, but can be obtained from IPGRI [
[email protected]]. 5 These codes are available from http://apps3.fao.org/wiews/ for registered WIEWS users. From the Main Menu select: ‘PGR’ and ‘Download’. If new Institute Codes are required, they can be generated online by national WIEWS correspondents, or by the FAO WIEWS administrator [
[email protected]].
12
The descriptors are numbered according to the FAO/IPGRI multi-crop passport descriptors (MCPD); the first descriptor (numbered 0) and the last five (numbered 29-33) are additional, and specific to this EURISCO Descriptor List. Only the four fields identifying the accession are mandatory, all other fields are highly recommended. The mandatory fields are NICODE (0), INSTCODE (1), ACCENUMB (2) and GENUS (5). The combination of these fields has to be unique. EURISCO DESCRIPTORS 0. National Inventory code (NICODE) Code identifying the National Inventory; the code of the country preparing the National Inventory. Exceptions are possible, if agreed with EURISCO such as NGB. Example: NLD
1. Institute code (INSTCODE) FAO Institute Code of the institute where the accession is maintained. Example: NLD037
2. Accession number (ACCENUMB) This number serves as a unique identifier for accessions within a genebank collection, and is assigned when a sample is entered into the genebank collection. Example: CGN00254
3. Collecting number (COLLNUMB) Original number assigned by the collector(s) of the sample, normally composed of the name or initials of the collector(s) followed by a number. This number is essential for identifying duplicates held in different collections. Example: FA90-110
4. Collecting institute code (COLLCODE) Code of the Institute collecting the sample. If the holding institute has collected the material, the collecting institute code (COLLCODE) should be the same as the holding institute code (INSTCODE). Example: NLD037
5. Genus (GENUS) Genus name for taxon, in latin. Initial uppercase letter required. Example: Allium
6. Species (SPECIES) Specific epithet portion of the scientific name, in latin, in lowercase letters. Following abbreviation is allowed: ‘sp.’ Example: paniculatum
7. Species authority (SPAUTHOR) The authority for the species name. Example: L.
8. Subtaxa (SUBTAXA) Subtaxa can be used to store any additional taxonomic identifier, in latin. Following abbreviations are allowed: ‘subsp.’ (for subspecies); ‘convar.’ (for convariety); ‘var.’ (for variety); ‘f.’ (for form). Example: subsp. fuscum
9. Subtaxa authority (SUBTAUTHOR) The subtaxa authority at the most detailed taxonomic level. Example: (Waldst. et Kit.) Arc.
10. Common crop name (CROPNAME) Name of the crop in colloquial language, preferably English. Example: malting barley Example: cauliflower
11. Accession name (ACCENAME) Either a registered or other formal designation given to the accession. First letter uppercase. Multiple names separated with semicolon without space. Example: Rheinische Vorgebirgstrauben;Emma;Avlon
13
12. Acquisition date (ACQDATE) Date on which the accession entered the collection as YYYYMMDD. Missing data (MM or DD) should be indicated with hyphens. Leading zeros are required. Example: 1968---Example: 20020620
13. Country of origin (ORIGCTY) Code of the country in which the sample was originally collected. Example: NLD
14. Location of collecting site (COLLSITE) Location information below the country level that describes where the accession was collected. This might include the distance in kilometres and direction from the nearest town, village or map grid reference point Example: 7 km south of Curitiba in the state of Parana
15. Latitude of collecting site (LATITUDE) Degree (2 digits) minutes (2 digits), and seconds (2 digits) followed by N (North) or S (South). Every missing digit (minutes or seconds) should be indicated with a hyphen. Leading zeros are required Example: 10----S Example: 011530N Example: 4531--S
16. Longitude of collecting site (LONGITUDE) Degree (3 digits), minutes (2 digits), and seconds (2 digits) followed by E (East) or W (West). Every missing digit (minutes or seconds) should be indicated with a hyphen. Leading zeros are required. Example: 0762510W Example: 076----W
17. Elevation of collecting site (ELEVATION) Elevation of collecting site expressed in meters above sea level. Negative values are allowed. Example: 763
18. Collecting date of sample (COLLDATE) Collecting date of the sample as YYYYMMDD. Missing data (MM or DD) should be indicated with hyphens. Leading zeros are required. Example: 1968---Example: 20020620
19. Breeding institute code (BREDCODE) FAO Institute Code of the institute that has bred the material.
20. Biological status of accession (SAMPSTAT) The coding scheme proposed can be used at 3 different levels of detail: either by using the general codes (in boldface) such as 100, 200, 300, 400 or by using the more specific codes such as 110, 120 etc. 100) Wild 110) Natural 120) Semi-natural/wild 200) Weedy 300) Traditional cultivar/landrace 400) Breeding/research material 410) Breeder's line 411) Synthetic population 412) Hybrid 413) Founder stock/base population 414) Inbred line (parent of hybrid cultivar) 415) Segregating population 420) Mutant/genetic stock 500) Advanced/improved cultivar 999) Other (Elaborate in REMARKS field)
21. Ancestral data (ANCEST) Information about either pedigree or other description of ancestral information (i.e. parent variety in case of mutant or selection). Example: Hanna/7*Atlas//Turk/8*Atlas Example: mutation found in Hanna Example: selection from Irene
14
Example: cross involving amongst others Hanna and Irene
22. Collecting/acquisition source (COLLSRC) The coding scheme proposed can be used at 2 different levels of detail: either by using the general codes (in boldface) such as 10, 20, 30, 40 or by using the more specific codes such as 11, 12 etc. 10) Wild habitat 11) Forest/woodland 12) Shrubland 13) Grassland 14) Desert/tundra 15) Aquatic habitat 20) Farm or cultivated habitat 21) Field 22) Orchard 23) Backyard, kitchen or home garden (urban, peri-urban or rural) 24) Fallow land 25) Pasture 26) Farm store 27) Threshing floor 28) Park 30) Market or shop 40) Institute, Experimental station, Research organization, Genebank 50) Seed company 60) Weedy, disturbed or ruderal habitat 61) Roadside 62) Field margin 99) Other (Elaborate in REMARKS field)
23. Donor institute code (DONORCODE) FAO Institute Code for the donor institute.
24. Donor accession number (DONORNUMB) Number assigned to an accession by the donor. Example: NGB1912
25. Other identification (numbers) associated with the accession (OTHERNUMB) Any other identification (numbers) known to exist in other collections for this accession. Use the following system: INSTCODE:ACCENUMB;INSTCODE:ACCENUMB;… INSTCODE and ACCENUMB follow the standard described above and are separated by a colon. Pairs of INSTCODE and ACCENUMB are separated by a semicolon without space. When the institute is not known, the number should be preceded by a colon. Example: NLD037:CGN00254 Example: SWE002:NGB1912;:Bra2343
26. Location of safety duplicates (DUPLSITE) FAO Institute Code of the institute where a safety duplicate of the accession is maintained. The codes consist of the 3-letter ISO 3166 country code of the country where the institute is located plus a number.
27. Type of germplasm storage (STORAGE) If germplasm is maintained under different types of storage, multiple choices are allowed (separated by a semicolon). (Refer to FAO/IPGRI Genebank Standards 1994 for details on storage type.) 10) Seed collection 11) Short term 12) Medium term 13) Long term 20) Field collection 30) In vitro collection (Slow growth) 40) Cryopreserved collection 99) Other (elaborate in REMARKS field)
28. Remarks (REMARKS) The remarks field is used to add notes or to elaborate on descriptors with value 99 or 999 (=Other). Prefix remarks with the field name they refer to and a colon. Separate remarks referring to different fields are separated by semicolons without space. Example: COLLSRC:roadside
29. Decoded collecting institute (COLLDESCR) Brief name and location of the collecting institute. Only to be used if COLLCODE can not be used since the
15
FAO Institution Code for this institute is not (yet) available. Example: Tuinartikelen Jan van Zomeren, Arnhem, The Netherlands
30. Decoded breeding institute (BREDDESCR) Brief name and location of the breeding institute. Only to be used if BREDCODE can not be used since the FAO Institution Code for this institute is not (yet) available. Example: CFFR from Chile
31. Decoded donor institute (DONORDESCR) Brief name and location of the donor institute. Only to be used if DONORCODE can not be used since the FAO Institution Code for this institute is not (yet) available. Example: Nelly Goudwaard, Groningen, The Netherlands
32. Decoded safety duplication location (DUPLDESCR) Brief name and location of the institute maintaining the safety duplicate. Only to be used if DUPLSITE can not be used since the FAO Institution Code for this institute is not (yet) available. Example: Pakhoed Freezers inc., Paramaribo, Surinam
33. Accession URL (ACCEURL) URL linking to additional data about the accession either in the holding genebank or from another source. Example: www.cgn.wageningen-ur.nl/pgr/collections/passdeta.asp?accenumb=CGN04848
16
APPENDIX Differences between EURISCO, MCPDv2 and MCPDv1 descriptors General changes from MCPDv1 to MCPDv2 FAO Institution codes
Fields containing FAO institution codes should now use the codes with the format CCCNNN in which CCC is the country and NNN is the sequential number (in MCPDv1 acronyms and preliminary codes were acceptable).
Multiple values
Values in fields, which can contain multiple values, are separated by a semicolon without a space (;) (in MCPDv1 a semicolon with a space was used).
Changes per EURISCO descriptor EURISCO Descriptor
Remark concerning change
0
NICODE
Field specific for EURISCO, identifying the National Inventory. Use the country codes as specified by the ISO 3166-1 standard. Exceptions are possible, if agreed with EURISCO (such as NGB).
1
INSTCODE
See remark on FAO Institution codes.
2
ACCENUMB
Same as in MCPDv1.
3
COLLNUMB
Same as in MCPDv1.
4
COLLCODE
New descriptor in MCPDv2.
5
GENUS
Same as in MCPDv1.
6
SPECIES
Original MCPDv1 field split into two separate fields: SPECIES and SPAUTHOR.
7
SPAUTHOR
New descriptor in MCPDv2.
8
SUBTAXA
Original MCPDv1 field split into two separate fields: SUBTAXA and SUBTAUTHOR.
9
SUBTAUTHOR
New descriptor in MCPDv2.
10
CROPNAME
New descriptor in MCPDv2.
11
ACCENAME
Field name has changed (was ACCNAME). See remark on multiple values.
12
ACQDATE
New descriptor in MCPDv2.
13
ORIGCTY
Same as in MCPDv1.
14
COLLSITE
Same as in MCPDv1.
15
LATITUDE
Format changed. Now seconds are also required (or hyphens if missing), so all values will be exactly two positions longer.
16
LONGITUDE
Format changed. Now seconds are also required (or hyphens if missing), so all values will be exactly two positions longer.
17
ELEVATION
Same as in MCPDv1.
18
COLLDATE
Same as in MCPDv1.
19
BREDCODE
New descriptor in MCPDv2. See remark on FAO Institution codes.
20
SAMPSTAT
Coding system changed, all codes are now three digits long. Following list first gives the old MCPDv1 code, followed by the new MCPDv2 two digit code: 1►100, 2►200, 3►300, 4►410, 5►500, 99►999, 0►null.
21
ANCEST
New descriptor in MCPDv2.
17
22
COLLSRC
Coding system changed, all codes are now two digits long. Following list first gives the old code, followed by the new two digit code: 1►10, 1.1►11, 1.2►12, 1.3►13, 1.4►14, 2►20, 2.1►21, 2.2►22, 2.3►23, 2.4►24, 2.5►26, 3►30, 3.1►30, 3.2►30, 3.3►30, 3.4►30, 4►40, 99►99, 0►null.
23
DONORCODE
See remark on FAO Institution codes.
24
DONORNUMB
Same as in MCPDv1.
25
OTHERNUMB
Format changed. Now following format is used: INSTCODE:ACCENUMB. When the institute or its code is not known, the number should be preceded by a colon only. See also remark on FAO Institution codes and on multiple values.
26
DUPLSITE
See remark on FAO Institution codes.
27
STORAGE
Coding system changed, all codes are now two digits long. Following list first gives the old code, followed by the new two digit code: 1►11, 2►12, 3►13, 4►30, 5►20, 6►40, 99►99. See also remark on multiple values.
28
REMARKS
See remark on multiple values.
29
COLLDESCR
Field specific for EURISCO, free text field for solving institution code problems. Only to be used if the corresponding field COLLCODE can not be used since the FAO Institution Code for this institute is not (yet) available. The fields can contain a brief name and location of the institute, but can also contain for example the locally used acronym if this code doesn’t have any corresponding additional information.
30
BREDDESCR
Field specific for EURISCO, free text, only to be used if the corresponding field BREDCODE can not be used. (see remarks COLLDESCR)
31
DONORDESCR
Field specific for EURISCO, free text, only to be used if the corresponding field DONORCODE can not be used. (see remarks COLLDESCR)
32
DUPLDESCR
Field specific for EURISCO, free text, only to be used if the corresponding field DUPLSITE can not be used. (see remarks COLLDESCR)
33
ACCEURL
Field specific for EURISCO, providing a link to additional information about the accession maintained elsewhere. Should contain a valid URL pointing to details about the accession either in the holding genebank or from another source.
18
