BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang Ikan mas merupakan salah satu ikan dengan penyebaran dan domestikasi terbesar di seluruh dunia. Nenek moyang ikan mas diduga berasal dari Laut Kaspia dan dari lokai tersebut ikan mas menyebar kewilayah Eropa dan Asia. Indonesia memiliki berbagai jenis ikan mas yang berasal dari lokasi geografis yang berbeda. Ikan mas dari Asia Selatan mulai diintroduksi ke Indonesia sejak abad ke-19, ikan mas dari Eropa masuk ke Indonesia antara tahun 1930 dan 1937 (Schuster, 1950), dan dari Taiwan serta Jepang sekitar tahun 1990. Sejak awal diintroduksi hingga saat ini, setidaknya Indonesia telah memiliki lebih dari 20 ikan mas hasil persilangan antar induk (Sudarto, 2004). Persilangan ikan mas baik yang dilakukan secara alami atau pun dilakukan oleh petani ikan, telah terjadi sejak awal ikan ini masuk ke Indonesia, namun intensitasnya meningkat dan lebih terkontrol sejak awal tahun 1980. Pemerintah Indonesia berperan dalam usaha peningkatan produksi ikan mas pada saat itu dengan mengeluarkan kebijakan peningkatan produksi ikan mas hingga sejuta bibit per hektar kolam per tahun. Hal ini memicu upaya persilangan antar jenis ikan mas untuk mendapatkan bibit ikan unggul sejalan dengan tujuan budidaya massal ikan mas di Indonesia (Suwartono, 1983). Hingga kini, usaha persilangan untuk
1
2
mendapatkan benih unggul masih terus dilakukan di balai-balai benih ikan ataupun oleh petani ikan. Di satu sisi, hal ini menimbulkan permasalahan karakterisasi pada ikan mas. Identifikasi sub spesies ikan mas diperlukan untuk membedakan jenis masing-masing persilangan dengan indukannya dengan tujuan akhir untuk mempermudah pemilahan jenis ikan yang unggul. Beberapa metode yang dapat digunakan untuk melakukan karakterisasi dan mengetahui variasi karakter pada ikan diantaranya dengan menggunakan parameter anatomi dan molekuler. Morfometri adalah salah satu metode anatomi yang dapat digunakan untuk melakukan karakterisasi dan mengetahui variasi serta perubahan dalam struktur tubuh suatu organisme yang mencakup ukuran dan bentuk luarnya. Parameter morfometri meliputi pengukuran panjang dan analisis struktur luar tubuh. Studi morfometri berdampingan dengan studi meristik yang mencakup parameter kualitatif dari struktur luar organisme yang bersangkutan (Turan, 1999). Pada ikan, studi meristik meliputi pengamatan makroskopik luar seperti tipe mulut, bentuk tubuh, bentuk dan jumlah jari-jari sirip sementara, studi morfometri didasarkan pada sekumpulan data pengukuran kuantitatif yang mewakili variasi bentuk dan ukuran ikan (Turan, 1999). Dalam biologi perikanan, analisis morfometri dipakai untuk mengukur ciri-ciri khusus dan variasi antar suatu stok polulasi yang hasilya kemudian akan diinterpretasikan pada suatu hubungan taksonomi (Misra dan Eston, 1999). Variasi morfometri suatu populasi pada kondisi geografi yang berbeda dapat disebabkan oleh perbedaan struktur genetik dan kondisi lingkungan (Tzeng et al.,
3
2000). Oleh karena itu sebaran dan variasi morfometri yang muncul merupakan respon terhadap lingkungan fisik tempat hidup spesies tersebut. Karakterisasi pada ikan juga dapat dilakukan dengan metode molekuler. Salah satu metode yang umum digunakan dalam karakterisasi ikan secara molekuler adalah Polymerase chain reaction (PCR). Teknik PCR dapat digunakan untuk tujuan amplifikasi dan sekuensing DNA, yang dapat membantu studi filogeni antar organisme. Teknik ini diterapkan untuk pemeriksaan, karakterisasi, dan evaluasi keragaman genetik berbagai spesies selain metode pemeriksaan dan karakterisasi anatomi yang telah umum digunakan (Chistiakov dan Voronova, 2009). Penggunaan penanda genetik memungkinkan pemisahan yang tepat dari struktur populasi, yang tidak bisa diraih dengan penggunaan penanda anatomi saja. Pengetahuan tentang variasi genetik dan struktur populasi benar-benar diperlukan untuk setiap manajemen ikan yang efisien dan program konservasi. Pada penelitian ini, variasi anatomi yang diteliti meliputi karakter meristik, morfometri, warna, serta histologi organ insang dan hati bersamaan dengan penggunaan metode molekuler untuk mengetahui variasi genetik berupa teknik sekuensing DNA dengan penanda molekuler pada gen 18S rRNA. Hal ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan dan keragaman genetik dari genom beberapa jenis ikan mas yang dibudidayakan di Yogyakarta baik sebagai ikan konsumsi atau pun ikan hias yaitu ikan mas merah (IMMe), ikan mas majalaya (IMMa) dan ikan mas koi (IMK). Hasil penelitian ini diharapan dapat membantu peningkatan kualitas manajemen budidaya ikan mas di Yogyakarta.
4
B. Rumusan Masalah 1. Apakah ada variasi anatomi pada ikan mas majalaya, mas merah, dan mas koi? 2. Apakah keragaman genetik gen 18S rRNA pada mas majalaya, mas merah dan mas koi menjadikan adanya keragaman morfologi dan anatomi pada ikan mas merah, mas majalaya dan mas koi? 3. Apakah gen 18S rRNA dapat mengungkap afiliasi ikan mas dengan ikan karper lain? C. Keaslian Penelitian Penelitian tentang variasi anatomi, dan genetik serta hubungan kekerabatan ikan mas majalaya, mas merah dan mas koi berdasarkan sekuens gen 18s rRNA belum pernah dilakukan. Kajian variasi morfologi
beberapa jenis ikan mas di
Indonesia sebelumnya dilakukan dengan analisis statistik karakter morfologi (Sumantadinata dan Taniguchi, 1990) namun belum mencakup pada jenis ikan mas merah dan mas koi. Penelitian kekerabatan dan evolusi genetik pada ikan mas sebelumnya pernah dilakukan berdasarkan alloenzyme dan marker DNA mikrosatelit (Valenta et al., 1977, Danzmann dan Down, 1982, Zhou et al., 2004, David et al., 2007, Li et al., 2007), amplified fragment length polymorphisms (AFLP) (David et.al 2001, David et.al., 2007), restricted fragment length polymorphisms (RFLP) (Kohlman et al., 2003, Zhou et al., 2003), random amplification of polymorphic DNA (RAPD) (Ludannyi et al., 2006) dan variasi DNA mitokondria (mtDNA) (Thai et al.,2006, Mabuchi et al., 2008).
5
D. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mencari hubungan kekerabatan ikan mas majalaya, mas merah dan mas koi berdasarkan perbedaan karakteristik anatomi, morfometri, variasi histologi insang dan hati serta variasi genotipenya pada gen 18s rRNA.
E. Manfaat Penelitian Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi tentang variasi spesies di antara beberapa jenis ikan mas (Cyprinus carpio) untuk meningkatkan kualitas manajemen budidayanya di Indonesia.
