ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN PADA AMPHIBIA JOHANSON SIMARMATA

ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN PADA AMPHIBIA

JOHANSON SIMARMATA

DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Agustus 2014 Johanson Simarmata NIM G34070030

ABSTRAK JOHANSON SIMARMATA. Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia. Dibimbing oleh ACHMAD FARAJALLAH dan R.R. DYAH PERWITASARI. Aktivitas transkripsi gen sebagian besar terjadi pada utas H, terdiri dari 2 gen penyandi rRNA, 14 gen penyandi tRNA dan 12 gen penyandi protein yang memiliki laju mutasi yang berbeda-beda. Evolusi dan laju mutasi yang berbedabeda dapat menyebabkan penyimpangan pengelompokan taksa. Penelitian ini bertujuan menganalisis runutan nukleotida gen penyandi protein yang ditranskripsi dari utas H pada genom mitokondria Amphibia. Data runutan nukleotida diunduh dari portal data NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Data diolah menggunakan piranti lunak Textpad dan dianalisis menggunakan MEGA 5. Hasil analisis menggunakan metode Neighbor-Joining dan Net Between Group Mean Distances dengan model Kimura 2-parameter dan Number of Differences menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan Ordo Anura-Caudata lebih jauh dibanding Anura-Gymnophiona maupun Caudata-Gymnophiona. Nilai rasio transisi-transversi lebih dari 1 menunjukkan bahwa laju mutasi transisi lebih tinggi dari laju transversi. Kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia terdiri dari ATA, ATC, ATG, ATT, GTG dan TTG. Kodon akhir yang digunakan antara lain AGA, AGG, TAA, TAG, TA- dan T--. ATG, GTG, TAA dan T-- merupakan kodon awal dan kodon akhir yang lebih dominan digunakan. Kata kunci: Amphibia, DNA, gen penyandi protein, mitokondria, mutasi

ABSTRACT JOHANSON SIMARMATA. Analysis of Mitochondrial Protein-coding Genes on Amphibian. Supervised by ACHMAD FARAJALLAH and R.R. DYAH PERWITASARI. Activity of gene transcription occurs largely in the H-strand, consisting of two genes coding for rRNA, 14 tRNA-coding and 12 protein-coding that have the difference of mutation rates. Evolution and difference of mutation rates can lead to deviations of taxa’s grouping. This study aimed to analyze the nucleotide sequences of protein-coding genes transcribed from the genome mitochondrial Amphibians H-strand. Nucleotide sequences were downloaded from NCBI database. Data were processed using Textpad and analyzed using MEGA 5 software. Results of the analysis using Neighbor-Joining and Net Between Group Mean Distances method with Kimura 2-parameter and Number of Differences models indicated that relationship of Order Anura-Caudata was distantly separated Gymnophiona-Anura and Caudata-Gymnophiona. Number of transitiontransversion ratio more than 1 (>1) revealed that transition rate are higher than transversion. Start codons used in 12 protein-coding genes consist of ATA, ATC, ATG, ATT, GTG and TTG. Stop codons are used among others AGA, AGG, TAA, TAG, TA-and T--. ATG, GTG, TAA and T-- are start codons and stop codons are used more dominant. Key words: Amphibia, DNA, protein-coding genes, mitochrondrial, mutation

ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN PADA AMPHIBIA

JOHANSON SIMARMATA

Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

Judul Skripsi : Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia Nama : Johanson Simarmata NIM : G34070030

Disetujui oleh

Dr Ir Achmad Farajallah, MSi Pembimbing I

Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari, MSc Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir Iman Rusmana, MSi Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan dalam memenuhi salah satu syarat mendapatkan gelar Sarjana Sains di Departemen Biologi FMIPA IPB. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Oktober 2013 ini adalah analisis DNA mitokondria, dengan judul Analisis Gen Mitokondria Penyandi Protein pada Amphibia. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Achmad Farajallah, MSi dan Ibu Dr Ir R.R. Dyah Perwitasari, MSc selaku pembimbing yang senantiasa bersabar dalam membimbing dan memberi arahan. Terima kasih kepada Bapak Prof Dr Ir Alex Hartana, MSc sebagai penguji karya ilmiah. Terima kasih kepada seluruh staf Departemen Biologi IPB atas bimbingannya selama penulis menjalani studi di Departemen Biologi IPB. Terima kasih penulis sampaikan kepada Bunda beserta seluruh keluarga, yang senantiasa memberi dukungan, doa dan kasih sayang, terutama kepada Juspen Simarmata, Januardi Simarmata, Onanto Silalahi, Eva Netty, Marissa Kristina dan Pahotan Simarmata yang tiada hentinya memberikan semangat dan dukungan materi. Penulis juga sampaikan terima kasih kepada Bapak Dame RG, Ariston Simarmata, Dewi Putri Basani dan Ika Indah Sari yang selalu memberikan semangat, dan terlebih kepada teman-teman angkatan 44 yang telah banyak membantu selama masa studi di IPB. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Agustus 2014 Johanson Simarmata

DAFTAR ISI DAFTAR TABEL

vii

DAFTAR GAMBAR

vii

PENDAHULUAN Tujuan Penelitian

1 1

METODE

2

Bahan

2

Analisis Data

2

HASIL DAN PEMBAHASAN

3

Pengunduhan data

3

Analisis laju substitusi

4

Analisis jarak genetik

6

Analisis Neighbor-Joining (NJ)

7

SIMPULAN

10

DAFTAR PUSTAKA

10

LAMPIRAN

12

RIWAYAT HIDUP

22

DAFTAR TABEL 1 Hasil seleksi data yang digunakan dalam analisis gen-gen penyandi protein pada genom mtDNA Amphibia 2 Jenis-jenis kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia 3 Jenis-jenis kodon akhir yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia 4 Kode genetik mitokondria vertebrata 5 Hasil analisis laju substitusi pada basa pertama, kedua, dan ketiga genom penyandi protein pada mtDNA Amphibia menggunakan Nucleotide Pair Frequencies 6 Analisis jarak genetik antar kelompok ordo Amphibia berdasarkan basa pertama dan kedua pada 12 gen-gen penyandi protein mtDNA Amphibia menggunakan model NoD dan K2P

3 4 4 5

6

7

DAFTAR GAMBAR 1 Pohon filogeni hasil analisis Neighbor-joining kelompok ordo Anura, Caudata dan Gymnophiona menggunakan basa pertama dan kedua setiap kodon dengan model evolusi K2P dan NoD 2 Pohon filogeni hasil analisis NJ tingkat famili yang tergolong dalam Kelas Amphibia menggunakan metode K2P dan NoD

8 9

DAFTAR LAMPIRAN 1 Contoh data runutan nukleotida mtDNA yang diunduh dari portal data NCBI

13

PENDAHULUAN Amphibia merupakan hewan vertebrata yang pada saat fase berudu menetap di dalam air, dan pindah ke daratan pada saat fase dewasa. Amphibia dikelompokkan ke dalam tiga Ordo, yaitu Anura, Caudata dan Gymnophiona (Pough et al. 2005). Hubungan filogenetik antar ketiga Ordo tersebut relatif stabil berdasarkan berbagai jenis data, mulai dari data morfologi, gen-gen fungsional yang ada di inti sel, sampai data DNA mitokondria (Frost et al. 2006). DNA mitokondria (mtDNA) merupakan DNA yang hanya diturunkan dari induk betina tanpa mengalami rekombinasi (Brown 1983). Perbedaan mtDNA antar individu disebabkan oleh mutasi gen (Nei dan Kumar 2000). DNA mitokondria memiliki sifat khusus dibandingkan dengan DNA inti, yaitu: jumlah kopi yang tinggi, ukurannya relatif kecil (14-39 kb), dan memiliki laju kecepatan evolusi yang tinggi (Kocher et al. 1989). Keunikan lainnya dari mtDNA dibandingkan dengan DNA inti adalah perbedaan penyandian kode genetik. Kodon UGA tidak dibaca sebagai kodon akhir melainkan sebagai triptofan, kodon AGA dan AGG tidak dibaca sebagai arginin melainkan sebagai kodon akhir, dan AUA dibaca sebagai methionin (Nei dann Kumar 2000). DNA mitokondria sudah dibuktikan dan diyakini oleh banyak peneliti dapat digunakan sebagai penanda molekuler dalam mempelajari keragaman genetik, baik pada tingkat individu, populasi, maupun pada level taksonomi yang lebih tinggi pada hewan (Avise dan Lansman 1983; Brown 1983). DNA mitokondria merupakan DNA utas ganda yang terdiri dari utas heavy (H) dan utas light (L). Utas H memiliki berat molekul yang lebih besar dibanding utas L karena utas H memiliki lebih banyak kandungan basa purin (Anderson et al. 1981). Menurut Brown (1983), mtDNA memiliki 13 gen penyandi protein, 2 gen penyandi rRNA dan 22 gen penyandi tRNA. Sebagian besar gen-gen tersebut ditranskripsi dari untai H, yaitu 2 gen penyandi rRNA, 14 gen penyandi tRNA, dan 12 gen penyandi protein. Setiap gen dari genom mitokondria memiliki laju evolusi yang berbeda-beda. Perbedaan laju evolusi bagian gen tersebut dapat digunakan untuk mempelajari proses evolusi, hubungan kekerabatan antar individu atau kelompok taksa. Bagian-bagian gen yang memiliki laju mutasi tinggi biasanya digunakan untuk menganalisis hubungan intraspesies, misalnya menguji paternitas dan mempelajari pola penyebaran. Ruas gen-gen yang memiliki laju mutasi rendah digunakan untuk menganalisis hubungan interspesifik , misalnya hubungan kekerabatan antar taksa. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan menganalisis runutan nukleotida gen penyandi protein yang ditranskripsi dari utas H pada genom mitokondria Amphibia.

2

METODE Bahan Bahan yang digunakan adalah data sekunder berupa runutan nukleotida DNA mitokondria taksa Amphibia yang diunduh dari portal data nukleotida National Centre for Biotechnology Information (NCBI). Portal data NCBI menyatukan data runutan nukleotida dari DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dan European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Data yang diunduh memuat informasi tentang kode akses, definisi data, referensi, hirarki taksonomi organisme, runutan nukleotida, beserta posisi gen-gen penyandi protein, tRNA dan rRNA, dan beberapa “features” lainnya. (Lampiran 1). Analisis Data Data runutan nukleotida mtDNA taksa Amphibia diunduh dari portal data NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) pada Oktober 2013. Kata kunci pencarian yang digunakan pada opsi pencarian nukleotida adalah “amphibia mitochondri* cytochrome Val Glu”. Penggunaan wildcard “*” bertujuan untuk menentukan pilihan kata yang diawali oleh “mitochondri”, seperti mitochondria, mitochondrion dan mitochondrial. Sedangkan “cytochrome Val Glu” untuk mencakup whole genome mitochondria. Hasil pencarian disimpan dalam bentuk format “GenBank (full)”. Data diseleksi berdasarkan kode akses data. Data yang akan digunakan adalah data dengan kode akses NC. Kode akses NC menunjukkan bahwa data tersebut telah diverifikasi oleh kurator NCBI. Jika ada lebih dari satu data runutan lengkap genom mitokondria yang di-upload oleh lebih dari satu penulis atau lembaga, maka kurator NCBI akan memilih satu data yang dianggap sebagai referensi data untuk spesies tersebut. Ruas-ruas gen penyandi protein dipisahkan menggunakan piranti lunak Textpad v7 berdasarkan informasi batas gen-gen yang tercantum dalam “features” data. Runutan nukleotida tiap jenis gen disejajarkan (alignment) menggunakan MUSCLE yang tertanam dalam MEGA5 dengan kode genetik “vertebrate mitochondrial” (Tamura et al. 2011). Pemeriksaan hasil pensejajaran dilakukan secara manual dibantu oleh hasil deduksi asam aminonya. Jumlah kodon awal diperoleh dari hasil pensejajaran yang diedit sedemikian rupa dan dihitung menggunakan piranti lunak Microsoft Office Excel 2007. Hasil pensejajaran diubah ke dalam format MEGA (.meg) dan selanjutnya dilakukan analisis keragaman nukleotida, antara lain analisis laju mutasi menggunakan Nucleotide Pair Frequencies, jarak genetik dengan metode Net Between Group Mean Distances dan Neighbor-Joining (NJ) dengan menggunakan model substitusi Number of Differences (NoD) dan Kimura 2-parameter (K2P), dengan pengujian topografi pohon filogeni berdasarkan bootstrap 1000 kali pengulangan (Tamura et al. 2011). Model substitusi Number of Differences memberikan bobot yang sama (α) antara laju mutasi transisi dan transversi, sedangkan model mutasi Kimura 2Parameter memberikan bobot yang berbeda (α atau ß) antara mutasi transisi dan transversi (Nei dan Kumar 2000).

3

HASIL DAN PEMBAHASAN Pengunduhan data Jumlah data mitochondrial whole genome taksa Amphibia dari hasil pencarian data yang tersedia di basis data hingga Oktober 2013 berjumlah 447 entri. Data hasil seleksi yang dianalisis lebih lanjut sebanyak 145 entri (Tabel 1). Dari hasil seleksi data pengelompokan gen penyandi protein, runutan nukleotida penyandi gen ND5 pada organisme Hoplobatrachus rugulosus (NC_019615) mengalami duplikasi. Duplikasi gen merupakan kejadian bergandanya suatu daerah bagian DNA yang berfungsi sebagai gen. Kopi kedua dari gen sering kali terbebas dari tekanan seleksi dan tidak memiliki efek negatif terhadap inang. Runutan nukleotida gen ND5 yang digunakan dari data NC_019615 dipilih salah satu. Spesies Polipedates megachepalus (NC_006408) tidak memiliki runutan nukleotida penyandi gen ND5 dan ATP8 di dalam data. Oleh karena itu, data NC_006408 tidak digunakan lebih lanjut. Tabel 1 Hasil seleksi data yang digunakan dalam analisis gen-gen penyandi protein pada genom mtDNA Amphibia Pemilihan Data Data yang diunduh dari basis data nukleotida Seleksi data dengan kode akses NC Seleksi data setelah diseragamkan untuk masing-masing gen

Jumlah Entri 447 146 145

Penggunaan kodon awal pada runutan nukleotida gen penyandi protein mtDNA Amphibia bervariasi (Tabel 2), antara lain ATA, ATC, ATG, ATT, GTG dan TTG. Pada umumnya kodon awal yang paling banyak digunakan adalah ATG (85,11%), sedangkan kodon awal yang paling sedikit digunakan adalah ATC (0,35%). Penggunaan kodon awal pada gen Sitokrom C oksidase subunit 1 (CO1) didominasi oleh kodon GTG (106 kodon), lalu diikuti oleh ATA dan ATG dengan jumlah masing-masing 28 dan 11 kodon. Penggunaan kodon akhir secara keseluruhan (Tabel 3) didominasi oleh TAA dan kodon akhir tidak lengkap T--, dengan jumlah kodon masing-masing 694 dan 711. Kodon akhir TAA dominan digunakan pada gen ATP6, ATP8, CO1, ND4L dan ND5 sedangkan T-- dominan digunakan pada gen CO2, CO3, CytB, ND1, ND2, ND3 dan ND4. Adapun kodon lain yang digunakan sebagai kodon akhir antara lain TA-, TAG, AGA dan AGG dengan jumlah masing masing 123, 114, 55 dan 43 kodon. Sebagian besar kodon awal pada 13 gen penyandi protein mtDNA Amphibia menggunakan kodon awal ATG (Roe et al. 1985), namun penggunaan kodon awal ATG tidak dominan pada gen CO1. Gen CO1 pada Chordata (kecuali Mamalia) dominan menggunakan GTG sebagai kodon awal (Zardoya dan Meyer 2000)

4 Tabel 2 Jenis-jenis kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia Gen ATP6 ATP8 ND1 ND2 ND3 ND4 ND4L ND5 CO1 CO2 CO3 CytB

Total Persentase (%)

ATA

ATC

3 1 6 8 14 2 2 5 28 1 0 1 71 4,08

0 0 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 6 0,35

Kodon awal ATG ATT 136 142 113 113 118 142 139 134 11 114 145 144 1481 85,11

0 0 6 19 4 0 0 1 0 0 0 0 30 1,72

GTG

TTG

5 2 10 2 9 1 4 3 106 0 0 0 142 8,16

1 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0,58

Tabel 3 Jenis-jenis kodon akhir yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia Gen

AGA

AGG

0 1 13 2 0 5 1 5 0 6 1 21 55 3,16

0 0 35 0 0 0 0 3 0 1 0 4 43 2,47

ATP6 ATP8 CO1 CO2 CO3 CytB ND1 ND2 ND3 ND4 ND4L ND5 Total Persentase (%)

Kodon akhir TAA TAG 102 137 66 11 2 29 13 50 48 18 138 80 694 39,89

2 7 22 1 1 6 20 18 17 2 4 14 114 6,55

TA-1

T--1

13 0 2 7 24 21 43 3 3 0 2 5 123 7,07

28 0 7 124 118 84 68 66 77 118 0 21 711 40,86

1

Incomplete stop codon

Analisis laju substitusi Mutasi yang terjadi pada basa pertama dan kedua dari setiap kodon akan menyebabkan peluang perubahan jenis asam amino yang ditranslasi menjadi lebih besar. Namun jika mutasi terjadi pada basa ketiga setiap kodon, seringkali kodon yang baru tetap menyandikan protein yang sama dengan kodon awal sebelum mutasi. Hal tersebut disebabkan oleh adanya kesamaan asam amino yang dibawa oleh tRNA meskipun basa ketiga berbeda (Tabel 4). Kodon-kodon yang

5 menghasilkan jenis asam amino yang sama dinamakan kodon sinonim (Nei dan Kumar 2000). Perubahan asam amino disebabkan oleh perubahan urutan basa nukleotida, akan tetapi perubahan sebuah basa nukleotida pada DNA tidak selamanya mengubah asam amino karena satu asam amino dapat disandikan lebih dari satu jenis kodon. Mutasi gen terjadi karena perubahan susunan asam amino akibat terjadinya penambahan (insersi) atau kehilangan (delesi) pasangan basa, atau pergantian pasangan basa (substitusi) yang satu dengan jenis basa yang lain. Insersi dan delesi menghasilkan dampak yang signifikan terhadap produksi polipeptida. Kehilangan atau penambahan nukleotida pada suatu titik akan mengubah kerangka baca (frameshift) seluruh kodon yang berada di belakang titik tersebut. Dengan demikian, polipeptida yang dihasilkan akan menyimpang dari polipeptida yang seharusnya disintesis (Griffiths et al. 2000). Mutasi akibat pergantian pasangan basa dibedakan menjadi 2 jenis, yakni transisi dan transversi. Transisi merupakan mutasi yang terjadi akibat substitusi basa purin (Adenin, Guanin) dengan purin lainnya, atau basa pirimidin (Sitosin, Timin) dengan pirimidin lainnya. Sedangkan transversi merupakan mutasi akibat substitusi purin dengan pirimidin atau sebaliknya (Nei dan Kumar 2000). Tabel 4 Kode genetik mitokondria vertebrata1

1

Kodon

Hasil

Kodon Hasil

Kodon Hasil

Kodon Hasil

UUU UUC UUA UUG

Phe Phe Leu Leu

UCU UCC UCA UCG

Ser Ser Ser Ser

UAU UAC UAA UAG

Tyr Tyr Ter Ter

UGU UGC UGA UGG

Cys Cys Trp (Ter2) Trp

CUU CUC CUA CUG

Leu Leu Leu Leu

CCU CCC CCA CCG

Pro Pro Pro Pro

CAU CAC CAA CAG

His His Gln Gln

CGU CGC CGA CGG

Arg Arg Arg Arg

AUU AUC AUA AUG

Ile Ile Met (Ile2) Met

ACU ACC ACA ACG

Thr Thr Thr Thr

AAU AAC AAA AAG

Asn Asn Lys Lys

AGU AGC AGA AGG

Ser Ser Ter (Arg2) Ter (Arg2)

GUU GUC GUA GUG

Val Val Val Val

GCU GCC GCA GCG

Ala Ala Ala Ala

GAU GAC GAA GAG

Asp Asp Glu Glu

GGU GGC GGA GGG

Gly Gly Gly Gly

Tabel kode genetik mitokondria Vertebrata Nei dan Kumar (2000); 2 Hasil asam amino pada DNA inti

6 Tabel 5 Hasil analisis laju substitusi pada basa pertama, kedua dan ketiga setiap kodon genom penyandi protein pada mtDNA Amphibia menggunakan Nucleotide Pair Frequencies Gen CO1

Basa ke-

Si

Sv

Rasio(R)

1 40,0 16,0 2 7,0 7,0 3 136,0 134,0 total 183,0 158,0 CO2 1 24,0 16,0 2 9,0 6,0 3 55,0 55,0 total 89,0 77,0 CO3 1 24,0 16,0 2 10,0 5,0 3 61,0 69,0 total 95,0 90,0 CytB 1 38,0 39,0 2 17,0 11,0 3 95,0 107,0 total 150,0 156,0 ND1 1 40,0 37,0 2 17,0 12,0 3 67,0 97,0 total 124,0 146,0 ND2 1 45,0 74,0 2 37,0 25,0 3 66,0 122,0 total 147,0 221,0 Si: Lajutransisi; Sv: Laju transversi; R: Si/Sv

2,5 0,9 1,0 1,2 1,5 1,5 1,0 1,1 1,5 1,9 0,9 1,1 1,0 1,6 0,9 1,0 1,1 1,4 0,7 0,9 0,6 1,5 0,5 0,7

Gen ND3

ND4L

ND4

ND5

ATP6

ATP8

Basa ke1 2 3 total 1 2 3 total 1 2 3 total 1 2 3 total 1 2 3 total 1 2 3 total

Si

Sv

Rasio(R)

16,0 9,0 25,0 50,0 16,0 8,0 20,0 44,0 68,0 45,0 98,0 211,0 75,0 54,0 136,0 265,0 35,0 18,0 48,0 100,0 8,0 6,0 9,0 24,0

17,0 5,0 37,0 59,0 18,0 7,0 32,0 57,0 89,0 38,0 158,0 285,0 112,0 55,0 196,0 363,0 31,0 9,0 78,0 117,0 12,0 9,0 18,0 39,0

0,9 1,8 0,7 0,8 0,9 1,2 0,6 0,8 0,8 1,2 0,6 0,7 0,7 1,0 0,7 0,7 1,1 2,1 0,6 0,9 0,7 0,7 0,5 0,6

Analisis laju substitusi (Tabel 5) berdasarkan basa nukleotida pertama, kedua dan ketiga dari setiap kodon menunjukkan bahwa rentang nilai rasio (R) antara laju transisi (Si) dengan laju transversi (Sv) berkisar antara 0,5-2,5. Aktifitas mutasi transisi maupun transversi paling sedikit terjadi pada basa kedua. Hal tersebut dapat dilihat dari nilai Si dan Sv basa kedua yang lebih kecil dari nilai Si dan Sv pada basa pertama maupun ketiga. Nilai R rata-rata pada basa pertama adalah 1,108; pada basa kedua R rata-rata 1,401 dan pada basa ketiga nilai R rata-rata 0,725. Hasil nilai rata-rata R setiap kodon menandakan bahwa laju transisi lebih tinggi dibanding laju transversi pada basa pertama dan kedua, sedangkan pada basa ketiga laju transversi lebih tinggi dibanding laju transisi. Nilai rata-rata rasio laju transisi dengan transversi sebesar 1,053. Hal tersebut menandakan bahwa laju transisi lebih dominan dibanding laju translasi (Nei dan Kumar 2000). Dengan demikian, pada umumnya mutasi transisi lebih sering terjadi pada runutan nukleotida penyandi protein mtDNA Amphibia.

Analisis jarak genetik Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar Ordo. Tabel 6 merupakan hasil analisis jarak genetik antara Ordo Anura, Caudata

7 dan Gymnophiona menggunakan metode Net Between Group Mean Distances, model Kimura 2-Parameter dan Number of Differences dengan bootstrap 1000 kali pengulangan. Analisis melibatkan 145 runutan nukleotida. Posisi basa yang digunakan adalah basa pertama dan kedua setiap kodon. Semua posisi yang mengandung kesenjangan dan data yang hilang telah dieliminasi. Total posisi basa dalam data akhir berjumlah 6700. Perkiraan standard error ditunjukkan oleh angka di belakang tanda ±. Analisis jarak genetik dilakukan menggunakan MEGA5. Tabel 6 Hasil analisis jarak genetik antar kelompok ordo Amphibia menggunakan Net Between Mean Group Distances berdasarkan basa pertama dan kedua setiap kodon pada 12 gen-gen penyandi protein mtDNA Amphibia menggunakan model K2P dan NoD Anura Caudata Gymnophiona

Anura 0,056±0,002 0,052±0,002

Caudata 293,276±9,010 0,053±0,002

Gymnophiona 266,094±9,471 283,065±11,745 -

Angka di atas diagonal: Hasil analisis jarak genetik menggunakan model NoD Angka di bawah diagonal: Hasil analisis jarak genetik menggunakan model K2P

Hasil perhitungan Analisis jarak genetik berdasarkan basa pertama dan kedua dari setiap kodon (Tabel 6) menggunakan model K2P menunjukkan bahwa jarak genetik antar kelompok Ordo berkisar antara 0,052 hingga 0,056. Jarak genetik antara Ordo Anura dengan Caudata adalah 0,056 dengan simpangan baku sebesar 0,002; Anura-Gymnophiona dan Caudata-Gymnophiona berturut-turut adalah 0,052 dan 0,053 dengan masing-masing simpangan baku 0,002. Analisis jarak genetik menggunakan model NoD juga menunjukkan perbandingan nilai jarak genetik yang sama dengan perhitungan menggunakan model K2P. Nilai jarak genetik terbesar terdapat pada Ordo Anura-Caudata, yaitu sebesar 0,056 dengan model K2P dan 293,276 dengan model NoD. Nilai tersebut lebih tinggi dibanding nilai jarak genetik Anura-Gymnophiona dan CaudataGymnophiona. Semakin besar nilai jarak genetik, maka semakin besar jumlah perbedaan basa nukleotidanya. Semakin besar jumlah perbedaan basa nukleotida, maka hubungan kekerabatan semakin jauh. Sebaliknya, semakin kecil nilai jarak genetik maka semakin sedikit perbedaan basa nukleotidanya sehingga hubungan kekerabatannya semakin dekat (Febriana 2011). Dengan demikian, Ordo Caudata dan Gymnophiona memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dibanding Anura-Caudata maupun Anura-Gymnophiona.

Analisis Neighbor-Joining (NJ) Analisis Neighbor-Joining digunakan untuk mengelompokkan individuindividu berdasarkan kemiripan genetik. Berdasarkan pohon filogeni hasil analisis NJ (Gambar 1), diperoleh bahwa 67 spesies kelompok Ordo Caudata berada dalam satu kelompok dengan 20 spesies kelompok Ordo Gymnophiona. Dengan demikian, kelompok Ordo Caudata memiliki kekerabatan lebih dekat dengan Gymnophiona.

8 Ordo Anura terbagi ke dalam dua kelompok cabang. Sebagian besar (36 spesies) membentuk kelompok tersendiri yang terpisah dari kelompok Caudata dan Gymnophiona, sedangkan 22 spesies berada dalam satu kelompok cabang dengan kelompok ordo Caudata dan Gymnophiona. Topografi pohon filogeni analisis NJ dengan model mutasi K2P dan NoD yang lebih rinci mengelompokan organisme dalam tingkat famili beserta jumlah individu dapat dilihat dalam gambar 2. Angka yang terdapat dalam tanda [ ] merupakan jumlah spesies dari masing-masing famili.

Gambar 1 Pohon filogeni Neighbor-joining kelompok ordo Anura, Caudata dan Gymnophiona menggunakan basa pertama dan kedua setiap kodon dengan model mutasi K2P dan NoD Analisis NJ dengan model mutasi K2P dan NoD menghasilkan struktur pohon filogeni yang sama (Gambar 1 dan 2). Masing-masing famili (Gambar 2) menempati posisi yang sama pada pohon filogeni baik pada Analisis NJ menggunakan model K2P maupun NoD. Perbedaan hasil analisis dari kedua model tersebut hanya terdapat pada nilai persentase keakuratan pengelompokan individu. Nilai persentase keakuratan pengelompokan tersebut ditunjukkan oleh angka yang terdapat di setiap percabangan.

9

Gambar 2 Pohon filogeni hasil analisis NJ tingkat famili yang tergolong ke dalam Kelas Amphibia menggunakan model mutasi K2P dan NoD

Jika dibandingkan dengan informasi taksa masing-masing individu yang tercantum pada bagian “ORGANISM” dari data yang diunduh, topografi pohon filogeni NJ tersebut mengalami penyimpangan. Penyimpangan tersebut disebabkan oleh ketidaksesuaian hubungan kekerabatan ketiga Ordo berdasarkan topografi pohon filogeni NJ dan hubungan kekerabatan berdasarkan kelompok taksa. Pengelompokan Ordo Anura dan Caudata seharusnya memiliki hubungan

10 kekerabatan yang lebih dekat karena berada dalam satu kelompok Superordo, yakni Batrachia. Menurut Zardoya dan Meyer (1996), gen mitokondria berpotensi menyesatkan hasil pengelompokan taksa karena tidak semua gen-gen dalam genom mitokondria dapat merepresentasikan seluruh genom mitokondria. Oleh karena itu, kualitas representasi gen tunggal terhadap total genom mitokondria dikelompokkan menjadi tiga kelompok (Zardoya dan Meyer 1996), yaitu: 1. Baik (ND2, ND4, ND5, CytB dan COI) 2. Menengah (CO2, CO3, ND1 dan ND6) 3. Buruk (ND3, ND4L, ATP6 dan ATP8).

SIMPULAN Analisis yang dilakukan terhadap runutan nukleotida gen penyandi protein pada mtDNA Amphibia menunjukkan bahwa Ordo Caudata memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan Gymnophiona dibanding Ordo Anura. Nilai rasio transisi-transversi lebih besar dari 1 (R>1) yang terdapat pada basa pertama dan kedua setiap kodon menunjukkan bahwa laju mutasi transisi lebih tinggi dari laju transversi. Pada basa ketiga laju mutasi transisi lebih rendah dari laju transversi (R<1). GTG merupakan kodon awal yang dominan pada gen CO1, sedangkan pada runutan nukleotida gen penyandi protein lainnya kodon awal yang dominan adalah ATG. Kodon akhir yang dominan digunakan oleh genom mitokondria Amphibia adalah T-- dan TAA.

DAFTAR PUSTAKA Anderson S et al. 1981. Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature 290:457-465. Avise JC, Lansman RA. 1983. Polymorphism of mitochondrial DNA in populations of higher animals. Sinaeuer Associates Inc Publ 8: 147-164. Brown WM. 1983. Evolution of animal mitochondrial DNA. Sinaeuer Associates Inc Publ 8: 62-88. Febriana A. 2011. Filogeni berdasarkan sekuens DNA mitokondria gen cytochrome oxidase I (gen COI) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM. 2000. An Introduction to Genetic Analysis. 7th Edition. New York: W.H. Freeman. Frost DR et al. 2006. Amphibia tree of life. Bul Am Mus Nat Hist 297:1-370. Kocher TD, Thomas WK, Meyer A, Edwards SV, Paabo S, Villablanca FX, Wilson AC. 1989. Dynamics of mtDNA evolution in animals: amplification and sequencing with conserved primers. Proc Natl Acad Sci USA 86: 61966200. Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York: Oxford University Press.

11 Pough FH, Janis CM, Heiser JB. 2005. Vertebrate Life. 6th Edition. New Jersey: Pearson Education Inc. Roe BA, Ma D, Wilson RK, Wong JF. 1985. The complete nucleotide sequence of the Xenopus laevis mitochondrial genome. J Biol Chem 260: 9759-9774. Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28: 2731-2739. Zardoya R, Meyer A. 1996. Phylogenetic performance of mitochondrial proteincoding genes in resolving relationships among vertebrates. Mol Biol Evol 13(7):933-942. Zardoya R, Meyer A. 2000. Mitochondrial evidence on the phylogenetic position of Caecilians (Amphibia: Gymnophiona). Gen Soc Am 155: 765–775.

12

LAMPIRAN

13 Lampiran 1 Contoh data runutan nukleotida mtDNA yang diunduh dari portal data NCBI LOCUS NC_021850 14972 bp DNA linear VRT 06-SEP-2013 DEFINITION Sooglossus thomasseti mitochondrion, partial genome. ACCESSION NC_021850 VERSION NC_021850.1 GI:526118395 DBLINK BioProject: PRJNA212996 KEYWORDS RefSeq. SOURCE mitochondrion Sooglossus thomasseti (Thomasset's Seychelles frog) ORGANISM Sooglossus thomasseti Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Amphibia; Batrachia; Anura; Neobatrachia; Sooglossoidea; Sooglossidae; Sooglossus. REFERENCE 1 (bases 1 to 14972) AUTHORS Zhang,P., Liang,D., Mao,R.L., Hillis,D.M., Wake,D.B. and Cannatella,D.C. TITLE Efficient Sequencing of Anuran mtDNAs and a Mitogenomic Exploration of the Phylogeny and Evolution of Frogs JOURNAL Mol. Biol. Evol. 30 (8), 1899-1915 (2013) PUBMED 23666244 REFERENCE 2 (bases 1 to 14972) CONSRTM NCBI Genome Project TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (22-JUL-2013) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA REFERENCE 3 (bases 1 to 14972) AUTHORS Zhang,P., Liang,D., Mao,R.-L., Hillis,D.M., Wake,D.B. and Cannatella,D. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (29-AUG-2012) School of Life Sciences, Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510006, China COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final NCBI review. The reference sequence is identical to JX564895. ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## COMPLETENESS: full length. FEATURES Location/Qualifiers source 1..14972 /organism="Sooglossus thomasseti" /organelle="mitochondrion" /mol_type="genomic DNA" /specimen_voucher="RAN 25162" /db_xref="taxon:8425" rRNA 1..924 /product="12S ribosomal RNA" tRNA 925..997 /product="tRNA-Val" rRNA 998..2617 /product="16S ribosomal RNA" tRNA 2618..2692 /product="tRNA-Leu" /codon_recognized="UUR" gene 2695..3655 /gene="ND1" /db_xref="GeneID:16793038" CDS 2695..3655 /gene="ND1" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:3655,aa:TERM) /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 1" /protein_id="YP_008318028.1" /db_xref="GI:526118396" /db_xref="GeneID:16793038" /translation="MHTMPTILTLLYILPVLLAVAFLTLIERKMLGYMQHRKGPNIVG PLGLLQPISDGIKLFIKEPIRPVSSSQALFLFSPALAFVLAMMIWSPLPMPFNLIDLN LTILFILAISSLNVYSILGAGWASNSKYALIGALRAVAQTISYEVTLALIILCAILTS

14 Lampiran 1 (lanjutan)

tRNA tRNA tRNA gene CDS

tRNA tRNA tRNA rep_origin tRNA tRNA gene CDS

tRNA tRNA

GGFTLSNFLVTQQHTWLIIPLWPLTIMWFTSTLAETNRTPFDLVEGESELVSGFNVEY AGGPFALFFLAEYSNILMMNTLSTIMFLGPLTISIGISPTIILMLKASLMSLIFLWIR ASYPRYRYDQLMHLVWKNFLPITLAFTIWHISTPTSLLLTPPTH" 3656..3726 /product="tRNA-Ile" complement(3727..3795) /product="tRNA-Gln" 3796..3864 /product="tRNA-Met" 3865..4903 /gene="ND2" /db_xref="GeneID:16793036" 3865..4903 /gene="ND2" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:4903,aa:TERM) /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 2" /protein_id="YP_008318029.1" /db_xref="GI:526118397" /db_xref="GeneID:16793036" /translation="MNPTALSMLLASLALGTIITTTSYHWLFAWIGLEINTLAIMPLI SKTPHPRAIEAATKYFLTQAAASMLILFSTTLNAWVTGQWAINLQLLPLPTTLLTISL LMKLGLAPLHFWLPEVLQGSNLITGLILSTWQKIAPMALLLQIHQFINLNLMLLIGII SALIGGWGGINQTQLRKLLAFSSIAHFGWMTMILKFSPQLSMLNFTLYIIMSSSIFLT LTNLSSTTMLSMSNAWPKAPTLIVLTMMSLLSLGGLPPLSGFTPKWLIINELINQETT ALASIMMMSALLSLFFYIRLSYSTTLTLFPNPSFSSNSWSYKQNPTSLIPPLIILSSL LLPMSTTLLHLL" 4904..4972 /product="tRNA-Trp" complement(4973..5041) /product="tRNA-Ala" complement(5043..5115) /product="tRNA-Asn" complement(5116..5144) /note="L-strand origin" complement(5142..5205) /product="tRNA-Cys" complement(5207..5277) /product="tRNA-Tyr" 5279..6821 /gene="COX1" /db_xref="GeneID:16793029" 5279..6821 /gene="COX1" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:6821,aa:TERM) /transl_table=2 /product="cytochrome c oxidase subunit I" /protein_id="YP_008318030.1" /db_xref="GI:526118398" /db_xref="GeneID:16793029" /translation="MMITRWVLSTNHKDIGTLYLIFGAWAGMIGTALSLLIRAELSQP GTLLGDDQVYNVVVTAHAFVMIFFMVMPVMIGGFGNWLIPLMIGAPDMAFPRMNNMSF WLLPPSFLLLLSSSTIEAGAGTGWTVYPPLASNLAHAGPSVDLAIFSLHLAGVSSILG AINFITTTLNMKPPLMTQYQTPLFIWSVLITAILLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTT FFDPGGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVAFYSNKKEPFGYMGMVWA MLSIGLLGFIVWAHHMFTTDLNVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATMHGSIIKW DAAMLWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMAG FIHWFPLFTGFTLHNSWTKIHFTMMFIGVNLTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTFW NTVSSIGSAISLIAVILMMFIIWEAFVMKRSLHASELTSSNVEWALGSPPPHHTFEEA TFSQMS" complement(6825..6893) /product="tRNA-Ser" /codon_recognized="UCN" 6896..6964 /product="tRNA-Asp"

15 Lampiran 1 (lanjutan) gene CDS

tRNA gene CDS

gene CDS

gene CDS

tRNA

6965..7652 /gene="COX2" /db_xref="GeneID:16793040" 6965..7652 /gene="COX2" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:7652,aa:TERM) /transl_table=2 /product="cytochrome c oxidase subunit II" /protein_id="YP_008318031.1" /db_xref="GI:526118399" /db_xref="GeneID:16793040" /translation="MAQPTQMGFQDAITPVMEELLHFHDHALMAVFLISTLVLYILST LVTTKLSNTITIDAQEIEMVWTMMPAVTLIVIALPSLRILYLMDEINDPGLTIKAIGH QWYWSYEYSDFMNLGFDSYMVPTKDLLPGQLRLLEVDNRVLTPIGTTIRTLVTAEDVL HSWAIPSLGVKTDAIPGRLSQTSFMISQPGIYYGQCSEICGANHSFMPIVIESLPMNK FFNWSMTMKDS" 7653..7721 /product="tRNA-Lys" 7722..7886 /gene="ATP8" /db_xref="GeneID:16793037" 7722..7886 /gene="ATP8" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="ATP synthase F0 subunit 8" /protein_id="YP_008318032.1" /db_xref="GI:526118400" /db_xref="GeneID:16793037" /translation="MPQLTLSPWFLIFMWTWMIMLLMLPLKITNSAHPNKLQIRYHKL TKTNWPWPWL" 7877..8560 /gene="ATP6" /db_xref="GeneID:16793039" 7877..8560 /gene="ATP6" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="ATP synthase F0 subunit 6" /protein_id="YP_008318033.1" /db_xref="GI:526118401" /db_xref="GeneID:16793039" /translation="MTLSLFNQFASPTLLGLPLIIIAIITPWLLIKSPNSQWLTNRPT SFQMWFYKLYTKQIFTPLNTKAYNWAALLTALATFLLSMNLLGLLPYTFTPTTQLSLN MGLAVPLWLATVAIGLRNQPTTSIGHLLPEGTPDLLIPILVVIETISLLIRPLALGVR LTANLTAGHLLIQLISMTTLYLTATQPILSLASFTMLTLLTMLEIAVAMIQAYVFTLL LSLYLQENT" 8560..9343 /gene="COX3" /db_xref="GeneID:16793041" 8560..9343 /gene="COX3" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:9343,aa:TERM) /transl_table=2 /product="cytochrome c oxidase subunit III" /protein_id="YP_008318034.1" /db_xref="GI:526118402" /db_xref="GeneID:16793041" /translation="MAHQMHPFHMVNPSPWPITGATAALLLTTGLAMWFHFNSTTTLF MGLTLMILTMIQWWRDVIREGTLQGHHTPPVQKGLRYGMILFITSEIFFFLGFFWAFY NASLAPTPEIGECWPPTGITPLSPFEVPLLNTAVLLASGVSVTWAHHSIMQSNRKEAI QALTLTITLGLYFTTLQAMEYYEAPFTIADSIYGTTFFVATGFHGLHVIIGSLFLLTC LLRQTLYHFTSEHHFGFEAAAWYWHFVDVVWLFLYISIYWWGS" 9344..9412 /product="tRNA-Gly"

16 Lampiran 1 (lanjutan) gene CDS

tRNA gene CDS

gene CDS

tRNA tRNA gene CDS

9413..9752 /gene="ND3" /db_xref="GeneID:16793031" 9413..9752 /gene="ND3" /note="TAA stop codon is completed by the addition of 3' A residues to the mRNA" /codon_start=1 /transl_except=(pos:9752,aa:TERM) /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 3" /protein_id="YP_008318035.1" /db_xref="GI:526118403" /db_xref="GeneID:16793031" /translation="MIIYTYITVLLTTMLALISFWLPTINPTGEKLSPYECGFDPLGS ARLPFSMRFFLVAILFLLFDLEIALLLPTPWAIQLLSPTQTSTLASIILIFLTLGFIY EWMQGGLEWAE" 9753..9821 /product="tRNA-Arg" 9823..10113 /gene="ND4L" /db_xref="GeneID:16793035" 9823..10113 /gene="ND4L" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 4L" /protein_id="YP_008318036.1" /db_xref="GI:526118404" /db_xref="GeneID:16793035" /translation="MAPLTLYGPLPLAMIGFTIYRTHLLSALLCLESMMLSLFIMLTT WSQFTNSTLQIMTPIMLLTFSACETGLGLSLMIATARTHGNDHLNTLNLLQW" 10107..11474 /gene="ND4" /db_xref="GeneID:16793032" 10107..11474 /gene="ND4" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 4" /protein_id="YP_008318037.1" /db_xref="GI:526118405" /db_xref="GeneID:16793032" /translation="MMTLPLLMTATLAITWTLPQTRLWSTTTTLSFLTALIMTPLFYL KDPTTAHNELIIMDQLSTPLILLTLWLLPLTILASQDTIFYEPLKRQQTYISTLIVLQ LTTALTFMASNLILLFVMFETTLIPILFIITRWGSRHQRLLAGSYFVFYTLFFSAPLL ISLIYLNTTTQSLNLMMLTMLPNHLTKTSSLTIWWLTCHCAFLAKLPMYGLHLWLPKA HVEAPAAGSMLLAGTLLKLGGYGLIRISTIFPESPKMALPAILIWTLIGMVMASMICL RQTDIKAMIAYSSVSHMGLVITACLIQTPWSHTGAIVLMISHGLTSSALFYLATTAYQ RMNSYTLLMINGMQIFFPLATAWWLMINLMNMALPPSLNFTAEMTIMTTLFHWSNMSI ILTGLTMIITTAYTLYLFWKTQRGPNSPHWMKIPFSLTREHLLLTFHLTPAILLILNP NNIFY" 11487..11557 /product="tRNA-His" 11558..11625 /product="tRNA-Ser" /codon_recognized="AGY" 11640..13454 /gene="ND5" /db_xref="GeneID:16793034" 11640..13454 /gene="ND5" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 5" /protein_id="YP_008318038.1" /db_xref="GI:526118406" /db_xref="GeneID:16793034" /translation="MINEHMNQHLVMPTCLILTLITMTLPLTNTHSNNFCAHTKMAVK TSFFISLIPLSHLINQGPYCLTISWKWMNINSSAIDLTLQFDQYSTMFTPIALFVTWS ILEFSLWYMNQDHHMQLFFKYLLLFLMAMIILISAGDLFTMFIGWEGVGIMSFLLIGW

17 Lampiran 1 (lanjutan) YFARCNTEAAALQAVLYNRIGDIGFMLSLCWLFINTNSVNIQHLLSTPPPLPILFALI TAAASKSAQFSLHPWLASAMEGPTPVSALLHSSTMVVAGIFLLIRIHPIITTSTTALS ACLCLGAISTAFAATCALTQNDVKKIIAYSTSSQLGLMMVAIGLNFPQLAFFHICTHA FFKAMLFLCSGSIIHNLNNEQDIRKMGGLQNTLPITTTCTSIGSLTLMGTPFLAGFFS KDMIIETLMTSHINAWALILTLIATTFTAVYSLRIVFFSSMKQPRFTPLPTINENNIL IINPIKRLAYGSIAAGLTIHQLILPNNPMTLTMPLTVKMMALIITVLGLLAALDLAKL SWTTSPSKFNNTKLLDTSFLPATMHRLIPLTALSFSLKTSTQLMNTIWLEKMGPSSMT NLHLPPIKTLQKTQQGFIKTYLCIFILTILLTTISQLA" complement(13438..13932) /gene="ND6" /db_xref="GeneID:16793030" complement(13438..13932) /gene="ND6" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="NADH dehydrogenase subunit 6" /protein_id="YP_008318039.1" /db_xref="GI:526118407" /db_xref="GeneID:16793030" /translation="MSMLYEFSLVVGVFIVSSNPSPYYAALGLVVVAGVGCLGVMGCG FVYLSLVLFLVYLGGMMVVFGYSAALTAEPYPGVRGDKTVVVYLVLYLMWVFVGLAGE LFYERVGEGGGVYCVMGDWWGVSSLYSEGGLALMVCGWALLLTLFVVLEVVRGHYSGV LRAV" complement(13933..14001) /product="tRNA-Glu" 14004..>14972 /gene="CYTB" /db_xref="GeneID:16793033" 14004..>14972 /gene="CYTB" /codon_start=1 /transl_table=2 /product="cytochrome b" /protein_id="YP_008318040.1" /db_xref="GI:526118408" /db_xref="GeneID:16793033" /translation="MAPVMRKTHPLFKIMNHSLIDLPTPSNISLWWNFGSLLGMCLIT QIATGLFLTMHYSPDTSLAFSSITHICRDVNNGWLLRNLHANGASIFFICIYLHLGRG LYYGSYLFKETWNVGVMLLFIIMITAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAFPYIGTN LVQWVWGGFSVDNATLTRFFTFHFLLPFIATGMTMIHLLFLHQTGSSNPTGLNSNMDK VPFHTYYTYKDATGFITLLTILTLMATFSPNILGDPDNFTLANPMTTPPHIKPEWYFL FAYAILRSIPNKLGGVVALLCSIMILLIPPLTHTSNMRSHIFRPPTK"

gene CDS

tRNA gene CDS

ORIGIN 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 721 781 841 901 961 1021 1081 1141 1201 1261 1321 1381 1441 1501 1561 1621

aagttagtcc cccgtgaaaa ccgcctaaaa ccatgagcga ccgcggttag cccccccccc cacaagcacg ggattagata aaaagcttga ataaccgaca gtcgtcagct ggtcaaggtg aacaaaagac gtgttctttt cataactacc gcataccgga caccgaataa attttcaaaa aaacactctt accaagcata taattaagca gccttcaggg caaacctacc aacacaacac cttgcctgaa gtaggcccaa aatccctcca actattatgc

tagctttact cgccctttaa cacctagtcc cagctcgact accggttaga cccctggaat aaagtcattc ccctactatg aacctaaagg ccacccgata tatcactcaa cagcatatgt ctagagaaac taactcggcc aatatataag agatgtgcct atatctatta cacgtccacc tggagctata aaacagcaga aaacgactta ctaactcatc gaatttagtg aacacaacta aaaggataca aagcagccac acactacaga taaaactagt

atcaattatt cccacaacgg tgccactccc cagttagaaa cccaaattga caaacctaca caccaaaaac cttagccata acttgacggt aacctcacca gtgaatttta cgtgggcaga caaagtcaaa ctgggacacg atcaaccccc ggaacaacaa aacccagatc aaacactaaa tagctagtac gactaaaact cagtttaacc cctgttgcaa atagctggtt agtacccaaa acctaccaac cttccaagac accctaacac aataagggca

tttcaactta aataaggagc acaagggtta atacagggcc caacaaacgg cccaagcagt ttaaacccac aacctttacc gccccaaacc ccactagcca ataagccaaa aatgggctac aggcggattt tacagaccgc cccaagaaga aatgtagctt attttgagcc acattctaac cgcaagggaa cgtacctttt tcccgaaact aagggtgaaa gcttaagaaa aactttaaga aagggtaacg agcgtcacag accattaagc tcagcccctc

cacatgcaag tggtatcagg tcagcagtga ggcaaatcct tgtaaagtgc aatacgctga gatagctaag cacacctggg cacctagagg tacccagccc tggtccccac actccctcac agtagtaaaa ccgtcaccct gataagtcgt aaaccaaagc taacccctag cactatagta agatgaaata gcatcatgat aaatgagcta agaccttata agaacctaaa gccattcaag tcccagcact ctcaccttca aatcctattt tttaatgcaa

tctccacacc cacaaccaac ttaacattgc gtgccagccg cataagttta catcaagaaa aaacaaacta aactacgagc agcctgttct gtatacctcc caatacgtca aaccaggaaa agaaaacaga ctccgcccca aacaaggtag acctcgctta cccaacccta gaggcgatca acaatgaaaa ttagccagtc ctctaaggca gtagaggcga ttcaacctta caaggtacag caacacataa aaaccaaaaa tctcatatga acatacatca

18 Lampiran 1 (lanjutan) 1681 1741 1801 1861 1921 1981 2041 2101 2161 2221 2281 2341 2401 2461 2521 2581 2641 2701 2761 2821 2881 2941 3001 3061 3121 3181 3241 3301 3361 3421 3481 3541 3601 3661 3721 3781 3841 3901 3961 4021 4081 4141 4201 4261 4321 4381 4441 4501 4561 4621 4681 4741 4801 4861 4921 4981 5041 5101 5161 5221 5281 5341 5401 5461 5521 5581 5641 5701 5761 5821 5881

gcacggacaa agaaaattta ggaaaagaag cctaaacata cgtgcaaagg aaggctgcgc ataaacctat attaacatat acgacaaaca acgattgatc atatcaacaa ctactaaagg caatccaggt catggcccat aacctaacaa aaatttggca atgcaaaaga actataccaa ctcacactca gttgggcccc ccaatccgcc gtgctggcca ctaaccattt ggctgagctt atctcatatg ttcaccctct cccctcacca ctcgtcgagg ttcgcattat attatgttcc ctcaaagcct cgatatgacc actatttgac agtgcctgaa cttccctaga aatatactac ttggttaatc ctagcccttg ctagaaatca atcgaagctg tctactaccc ctccccacaa ttttgactcc tgacaaaaaa ctgatacttc acacaacttc attttaaaat tcctctattt gcctgaccta ggactcccac caagaaacaa tacatccgac aactcctgat tcccttctcc agaccaaaga gcaagacact tcctagaaag gcgagcttca cctacttctc atcaaacctt gataatcacc cttcggggcc aagccaacca tgctttcgta acttatccca cttctgactc cgcaggtaca ctcagtcgac aattaacttc cccgctattt gctagccgcc

accaccgata cctaaaccaa gaactcggca ggaggtcctg tagcacaatc tgtctccttt aagacgaaaa ctacatatcc agcctaaata aacgaaccaa atgggtttac ttcgtttgtt cagtttctat gtcccagata actaatccta gataatagtt cctaagctct caatcttaac ttgaacgcaa ttgggctcct cagtatcatc taataatttg tatttatcct caaactcaaa aagtcaccct caaacttcct ttatatggtt gagaatcaga tcttcctggc tcggcccgct ctctaatatc aactcatgca acatctctac agataaggat aaaatgggga ttcctagtaa cccctccttt gaacaatcat acaccctggc caactaaata taaacgcctg ctcttttaac cagaagtcct ttgcaccaat taatcggaat gcaaactact tttcacccca tcctcacact aagccccgac ctctatcggg cagccctagc tctcctactc cctacaaaca ttccaatatc ccttcaaagc acctcacatc acgggcctcg ttctacttct atggcttgca tgtgctcggg cgttgagtgc tgggcaggaa ggcacccttc ataatcttct ttaataatcg ctccccccat ggatggaccg ctggcaattt atcaccacta atttgatcag ggcattacaa

cttaacaccc acgttaacct aatttcagcc cctgcccagt actcgttctt cccacatcaa gaccctatgg atcttcggtt cacaacttaa gttaccctag gacctcgatg caacgattaa ctataaatga agccatataa gaaaaggaat acccaataaa tctatttatg cctcctctac aatattgggc ccaacccatc ctcccaggcc atcccccctc agctatctcc atacgcacta ggccctaatt agtcacacag tacctcaaca attagtctca agaatactca aacaatttct tttaatcttt cctagtatga cccgacctcc ttccttgata tcgaacccac agtcagctaa actaattaac cactacaact gattataccc cttcctaaca agtaaccgga tatctctcta ccaaggctcc agccctcctc tatctctgcc agctttctcc actatccata aacaaacctc actaattgtc gttcacccct aagtatcata caccactctc aaaccccaca cacaacccta ctttagtaga tcttgaatgc atcccataat cccgtcttaa accaggcgtg actacaaacc tttcaactaa taatcgggac tgggcgacga tcatagtcat gagccccgga ctttcttact tctacccgcc tttccctcca cactaaacat tgttaatcac tgctcctcac

gctaatcccg aacacaagcg tcgcctgttt gatccaattc taaataagga tgaacctgat agcttcagat ggggtgacca agcatcaaca ggataacagc ttggatcagg aaccctacgt gcgctcttca cttattaatg aaactattaa atctcctgct ggttcaaatc attctccccg tatatacaac tctgacggaa ctattcctat cctatgccat agcctaaatg atcggagccc attctatgcg caacatacat ttagcagaaa ggcttcaatg aacatcttaa atcggaattt ctatgaatcc aaaaacttcc ctcctcctca gggaaacaaa atctggaaga ataagctttt ccaaccgccc agttaccact ctaatctcaa caagccgcag caatgggcaa ctaataaaac aacctcatca cttcaaattc ctaatcggcg tccatcgccc cttaacttta tcatctacaa ttaaccataa aaatgactca ataatatccg acactgttcc tcactcatcc ctccacctac agttaaaacc aaatcaagaa attttagtta taaaacggga taacaccccg gccgcctact ccataaagac agctctaagc tcaagtttat acccgtaata catggcgttc attactttcc tcttgcaagc tcttgccgga gaagcccccc tgccattctc cgaccgaaat

cagctacaac cattacaaga accaaaaaca aacggccgcg ctagtatgaa ttccccgtga gaaatattat cggagaaaaa atttatcact gcaatccatt gtatcctagt gatctgagtt gtacgaaagg aacacaactc gcaaacacac atgaaagcaa ctatcattaa tacttctagc atcgcaaggg tcaaactatt tttcccccgc tcaatcttat tctattctat tccgggcagt ccatcctaac gactaatcat ccaaccggac tagagtatgc taatgaacac caccaacaat gcgcctccta tcccaattac ccccaccaac taggggttca tcaaaacccc gggcccatac tatccatact gattatttgc aaacacctca cctcaatact tcaacctaca taggacttgc cagggcttat accaattcat gatgaggggg actttggctg ccctctatat caatactctc tatccctcct ttattaacga ccctattaag caaacccctc cacccctcat tatagaaact ttctagtttc ctttaattaa acagctaaac gaagtcccgg ggactgtggt ctctcggcca atcggcaccc ctactaatcc aatgtagtcg atcggcggat cctcgcataa tcctcaacta aacctcgccc gtctcatcca ctaataaccc ctacttcttt ctcaacacaa

aaaacacaca aagattgcaa tcgcctcctg gtattttaac cggcccaacg agaagcgagg atgccccaaa caaaccctcc tgacccaatt tcaagagccc ggtgcaaccg cagaccggag accaagaatg aattaataac ttaatattat aaacctggca ctcaatgcac agttgccttc gcccaacatt tatcaaagaa actagccttc tgacttaaac tctgggcgct ggcccagaca atctggcgga cccactctga ccctttcgac tggaggcccc cttatcaact tattctcata cccacgatac cctcgctttc acactggaag aaccccctca ccgtatttcc cccaaaaatg cctagcaagc ctgaatcgga cccacgagcc tatcctattt acttctaccc cccactccat tctatccaca taatctcaac aattaaccaa aataactata cattatatcc catatccaat atccctaggt actaatcaac cctattcttt cttctcctca catcctttcc taggataatc tataagacct gctaaagcct actctatcca taggaatcac aagaaaagga tcttacctgt tgtatttaat gagcagagtt taaccgctca tcggcaactg acaacatgag tcgaagcagg acgctggccc ttcttggggc aatatcaaac ccttgcctgt ctttctttga


ccccgggggc agaagtctac ctcaaacaaa cctcttgggc tcgagcctac tagctggcta cctaggattt atccctagac atccataggc aggcttcacc aaacttaacc agactaccca tttaatcgca cctacatgcc tcaccacacc gaacccccat attagttaat ctttatggcc attattacac gtacatccta agaaatcgaa atccctacga catcggacac ctcctacatg caatcgcgta attacactcc aagccaaacc ttgtggggcc cttcaattga ttttaagctg gcccatgatt aaatcactaa ctaactgacc aggactcccc ctcacaatga aaaacaaatc actagcgacc tacaacccaa tatcggactc cgacctttta agcactagga ctcaataaca catactaacc cacccttctg ttccacatag accactgggc accttaataa caaggacacc acctcagaaa ccaaccccag gaagtcccac catcatagta acacttggcc atcgctgata gtaatcattg acatccgaac gtgtgactat agtatagatg ctacacctac caccattaac atcagcacga tgatcttgaa acaaacctca atgaatgcaa tttcgactta tatggccccc gcactactat caatttacaa tgtgaaacag cacctaaaca tagcaattac

gggggtgatc atcctcattt aaagaaccgt tttatcgtat tttacctcag gcaacaatac atcttcctat attgtcttac gcagtctttg cttcataact ttcttcccac gatgcatata gtgattctaa tctgaactaa tttgaagaag acactggttt acataacgct caaccaaccc tttcatgatc tcgaccctag atagtatgaa attctttatc caatgatact gtcccgacca ctcaccccaa tgagccatcc tcctttataa aaccacagct tccatgacca cagataggtg cctaatcttt ctcagcccac ctgaccatga ctcatcatta ctaactaacc ttcaccccac ttccttctaa ctatctctaa cgaaaccaac atcccaattt gtgcgattga accctctacc ctcttaacaa ttaagcctct taaaccccag tagccatgtg ttcttaccat acaccccgcc tctttttctt aaattggaga ttctcaacac ttatacaaag tttacttcac gcatctatgg gatccctatt atcacttcgg tcctatatat acttccaatc attaccgtac ccaaccggag ctccctttct atcgccttac accctagcct ggaggactag acagattttg tccccctagc gtcttgagag actccacact gacttggctt ccctcaacct ttgaaccctc

ctatcctata taccaggctt ttggttacat gggctcacca ctactataat atggcagcat tcacagtcgg acgacacata ccattatggc cttgaacaaa aacacttcct cattctgaaa taatattcat cctcatcaaa ctacattctc caaaccaagc tctttgtcaa aaatgggatt atgctcttat taaccaccaa ctataatacc taatagatga gaagctacga aagacctcct ttggcacaac cctctttagg tctcacagcc ttatgccaat taaaagactc gcctccaacc atgtgaactt cctaataaac ctctaagcct ttgctattat gccctacctc tcaacactaa gcataaatct atataggtct cgaccacctc tagttgttat cagctaatct tcactgccac tactagaaat acttacaaga cccatgacca attccacttc aattcaatgg agttcaaaaa tctaggattc atgttgaccc agccgtccta taaccgaaaa aaccctccaa tacaacattt tctcctaact atttgaagcc ctcaatctac acctggcccc tattaacaac aaaaactctc caatacgatt ttctcccaac caattatcct aatgagccga gtttaatccc aataattggc cataatactc acaaatcata atccctcata actacaatga ccgcaaaccc

tcaacacctc cggaataatc gggaatggtg catattcaca tatcgctatc tattaaatga cgggctaacc ctacgtagta tggatttatt aatccacttc tgggctatca tactgtctcg tatttgagaa cgtagagtga tcagatatcc gcataaccac agaaaaataa ccaagacgca ggcagtattt actctccaac cgccgtcacc aattaacgac atactctgat tccaggacaa aattcgaacc tgtaaaaaca tggcatctac tgttatcgaa ctcactaaga acccttagtg gaataatcat tccaaattcg atttaaccaa taccccatga ctttcaaata agcttacaac actcggattg ggctgtcccc tattgggcac cgaaacaatt aactgcaggt tcaacccatt tgctgtagca aaatacctaa attacaggcg aactccacga tgacgcgacg ggcctccgct ttttgagctt ccaacaggaa ttggcatccg gaggccatcc gccatagaat tttgtggcaa tgcctccttc gcagcctgat tgatgaggct agttaaaccc gatactagcc accctacgaa ttttctagtg cccctgagca aatcttcctg atgggggatt ttgatccccc ttcacaattt tcactattta accccaatta attgccacag taacactccc gcctttgatc

ttttgatttt tctcacattg tgagcgatac acagacctaa ccaactggcg gatgccgcca ggaattgttc gctcacttcc cactgattcc acaataatat gggatgccac tcaattggct gcattcgtaa gccctcgggt ttacgagaaa tctgccactt aaggttaaat attaccccag cttattagca accattacca ctaattgtta ccgggcctta tttataaatt cttcgcctac ctggtcacag gatgccatcc tacggccaat tccctcccca agctattgga aatgcctcaa gctcttaata ctatcacaag tttgcatcac ctacttatca tgattttaca tgggcagcac ttaccataca ctttgactag cttttgccag agtttgctca catttattaa ttatctttag ataatccaag tggcccacca caactgccgc caactctatt taatccgaga atggaataat tctacaacgc tcacacccct gggtgtctgt aggccttaac actacgaagc caggatttca gacaaactct actgacactt catattttct tgggggaaaa ctaatcagct tgtggctttg gcaatcttgt attcaacttc acactaggat agtctaaaaa tcatggcccc atcgcaccca ttatactaac tattacttac cccgcaccca acttctaatg aaccaccacc

ttgggcaccc tagcttttta tctctattgg atgtagacac ttaaagtctt tactttgggc tagccaactc actacgtctt cactatttac ttattggtgt gtcgctactc ctgcaatctc taaaacgaag caccaccacc ggaaggaatc tctttaagat cccattatat ttatagaaga ccctagtctt tcgatgccca ttgccctccc caattaaagc tgggcttcga tagaagttga ctgaagacgt caggccgctt gctcagaaat tgaacaaatt agcaacagcc ctaaccctta ctgcccctga ctaacaaaaa caaccctact aatctccaaa aactatacac ttctaactgc catttacccc ctactgtggc aaggcacccc tccgaccgct ttcaacttat cctcattcac cctatgtctt aatgcacccc cctactgcta tataggcctc aggaacactt cctcttcatc gagcctagcc aagcccattc aacttgggcc cctaacaatc cccattcacc cggactacat ataccacttc cgttgatgta tagtataact taatgattat tctgattgcc accctctagg ttctcctctt tatcaccaac ttatctatga aaacagttaa cctaaccctt ccttctctct cacatgatct cttttcagca tggaaacgac acagctaccc actctatcat


ttttgacagc atgaactaat taccactcac aaacctatat gcaacctcat tcacacgatg ccctattctt cccttaacct ctatctgatg atttatgact gcacactcct gccccaaaat gcatgatctg acataggact ttgtactaat cataccaacg ccctggctac taaattttac tcattcttac aaacccaacg aacacctact atattttcta ctctaaaaac actgctaatt taattaatga ttacaataac tagcagtaaa gcccatactg taacacttca gaagtattct tcaaatatct tcaccatatt actttgcgcg gggatatcgg tccaacacct ccgccagcaa caacccctgt taattcgcat ttggtgcaat aaatcattgc acttccccca ttttatgctc ggggcttaca tcataggaac taacctccca ctgtctacag ttccaaccat gcagcattgc tcaccatgcc ctgccctaga aactcttaga tttccttcag gaccaagctc aaggctttat cacagctcgc caacaacaaa aaccccccat aaacaactcc aacagtctta aaaaactacc cccacaacct ataatacgga caacatactc ttgtaattca aaattataaa acttcggatc cgatacacta acgtaaacaa tttgtattta catgaaatgt tcctaccatg

cctcatcata tattatggac catccttgcc ctcaacccta cctactcttc aggaagccga ttccgcccca cataatacta actcacatgc accaaaagcc aaaactaggc agccctcccc cctacgtcaa tgttatcaca aatctcacac gataaactcc cgcatgatga tgcagaaata aggactaaca aggcccaaat gctaacattt ctaacacttc aggaaattcc tctcagcccc gcacatgaac ccttccactt aacctcattc ccttacaatc atttgaccaa agaattctcc cttactcttt tatcggctga ctgcaacaca ctttatactt cctttcaacc atcagcccaa ttcagcccta ccaccccatc ctcaactgct ctactcaact actagcattc aggctccatt aaacactcta cccattttta catcaatgcc cctccgaatt taacgaaaac tgccggcctt cctaactgta cttagctaaa cacctcattt cctaaaaacc aataactaat caaaacctac aagaccccac gcccaaccac caatcgccca ccagccaaac tcccctcgaa attatccccc atcaccccca gaagggttcg attattctta actataaaaa ccactcactt cctcctaggc ctccccagac tggctgactt cctccaccta cggtgtcata aggccaaata

accccacttt caactatcaa agccaggaca attgtcctac gttatatttg caccaacgac ctactaatta accatactcc cactgtgcct catgtagaag ggctatggct gctattctca acagatatta gcctgcctta ggactcactt tacacactac ctcataatca accatcataa atgattatta tccccccact cacctaaccc caccaagtga cctccccctt gaggttcaac caacacctgg acaaacaccc tttatttctc tcctgaaagt tactccacaa ctatgataca ttaatagcaa gagggcgtag gaagcagcag tcactctgct ccaccacccc tttagccttc ctccactcca atcactacaa ttcgccgcaa tctagccaac ttccatattt atccacaacc cccatcacta gccggatttt tgagccctta gtcttctttt aacatcttaa acaattcacc aaaataatag ctctcctgaa ctccccgcaa tcaacccaac ctgcatctgc ctctgcatct tataatggcc aaaccatcaa ttacacagta ctacaaaaac ccccaggata ctaaatacac aacatccaac aagaaacaat tcagggcttt ctaatggccc attgacctcc atatgtttaa acatccctag cttcgaaatc ggacgaggct ctccttttta tctttttggg

tttacctcaa cacccctaat ccatctttta aactgactac aaaccaccct tactcgccgg gcctcattta ccaaccacct tcctggccaa ccccagcagc taatccgaat tttgaacact aggccataat tccaaacacc cttctgccct taataattaa atttaataaa ccactctttt caaccgccta gaataaaaat cagctatcct atatagttta attcaccgac tccacggcca ttataccaac actctaacaa tcatccccct gaataaatat tatttacccc taaaccaaga taattatcct gaattatatc ccctccaagc gactttttat tccccatcct acccctgact gcacgatagt gcacaacagc cctgtgccct tgggccttat gcacccacgc taaacaacga ctacatgcac tctccaagga tcttaacact cgtcaataaa ttatcaaccc aactcatcct ccctaatcat ccacttcacc ccatgcaccg taataaacac ccccaattaa ttatcctaac ccgaacaacc tgccaaaccc cacgccaccc tcacattaag aggctcagca taaaaataaa tccagccaca aaagacccca aacctaaacc cagtaatacg caaccccatc tcacccaaat ccttctcctc tacatgctaa tatattacgg tcatcataat gcgccactgt

agacccaaca cttacttact cgagcccctc agctctaaca aatcccgatc atcatatttt cctaaacacc aaccaaaact actcccaata tggatcaata ctccactatc aattggtata cgcatattct ctgaagtcac tttttattta cggaatacaa catagcccta ccactgatct cacactttat tccattttca actcatctta ataaaaacct ttggttagga tctcagccgt atgcctaatt cttctgtgct atcccacctt caactcgtct cattgccctc ccaccacata aatttcagct tttcttactc cgtcctatac taacacaaac cttcgccctt agcttctgcc cgttgctgga actatctgcc gacacaaaac aatagtagcc cttctttaaa acaagacatc ttctatcgga cataattatc gatcgccact acaaccacga cattaaacgt acccaataac cacagtctta ctcaaaattt actgatcccc aatctgacta aacactccaa tatcttactc tctaacacca ccctcagaat ccctcaccaa tataacacaa gtcaacgctg actaaagaca actaccaacc accactaaac aacaacatga caaaacccac caatatttca cgccaccggc aatcacacac cggagcatcc ctcatacctc taccgctttt tatcaccaac

accgcccata ctatggctac aagcgccaac tttatagcaa ctatttatca gtcttctaca acaactcaat tctagcctaa tacggcctcc ctccttgcag ttcccagaaa gtgatagcaa tccgtcagcc acaggagcaa gcaaccacag atctttttcc cccccgtcac aacatatcta ctattctgaa ctcacacgag aacccaaata tagattgtga aagactgaaa actaaaataa ttaactctta cacactaaaa atcaaccaag gctattgacc ttcgtaacat caactatttt ggagatcttt atcggctgat aatcgcatcg tcagttaata attactgcag atagaaggcc atcttcctat tgtctatgcc gatgtaaaaa atcggactca gccatattat cgaaaaatgg agcctcactc gaaaccctta actttcaccg ttcaccccac ttagcctacg ccaataaccc ggcctacttg aataatacta ttaacagccc gaaaaaatag aaaactcaac acaactatct caaataaagt ataaacttga cacgctcata gatacactac ccgaataacc aataaacaaa ctaaagcagc taaactcata aaaactgccg ccgctcttta ctatgatgaa ctattcttaa atctgccgag attttcttta tttaaagaaa gtaggctatg ctactttcag

21 Lampiran 1 (lanjutan) 14461 14521 14581 14641 14701 14761 14821 14881 14941 //

ccttcccata acgccaccct taactataat actcaaacat ttattacact acccagacaa gatacttctt tagccttact tacggagcca

tattggcaca cacacgattc ccacctcctt agacaaagta actcaccatt tttcaccctc atttgcatat atgttcaatc tatcttccga

aaccttgtcc ttcaccttcc tttctacatc ccctttcata ctcaccctta gccaatccca gctatcttac ataatcctac ccccccacaa

aatgggtctg actttctcct aaacaggctc cctattacac tagcaacttt taacaacccc gatctatccc tcatcccccc aa

aggtggattc cccatttatc ctcaaaccca ctacaaagac ctcgccaaac cccacacatt caacaaactc actaacacac

tctgtggata gccaccggta accggattaa gccaccgggt atcctaggtg aaaccagaat ggcggcgttg acctctaaca

22

RIWAYAT HIDUP Penulis lahir pada tanggal 25 Mei 1989 di desa Simarmata, kecamatan Simanindo, kabupaten Samosir Sumatera Utara, dan merupakan anak kelima dari pasangan Mangihut Simarmata dan Rusmani Sipayung. Penulis mulai masuk bangku pendidikan sekolah dasar di SDN 173803 Simanindo pada tahun 1995. Setelah selesai menempuh pendidikan tingkat dasar pada tahun 2001, penulis melanjutkan pendidikan tingkat menengah di SMPN 2 Simanindo. Pendidikan tingkat menengah diselesaikan oleh penulis pada tahun 2004. Pada tahun 2004 hingga tahun 2007, penulis masuk pendidikan tingkat akhir di SMAN 2 di kabupaten Samosir Sumatera Utara. Pada tahun 2007, penulis diterima di Program Studi Biologi Institut Pertanian Bogor melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Selama masa studi di IPB, penulis aktif dalam organisasi Koperasi Mahasiswa (KOPMA), Komisi Pelayanan Anak (KPA) PMK, Organisasi Mahasiswa Daerah Samosir dan sebagai editor di Majalah Cephalos. Penulis pernah mengikuti Studi Lapang di Wana Wisata Cangkuang, Sukabumi Jawa Barat dengan judul laporan “Tumbuhan Antidiabetes yang Terdapat di Lokasi Wana Wisata Cangkuang”. Pada bulan Juli-September 2010 penulis melakukan kegiatan Praktik Lapang di Taman Bunga Keong Emas, Taman Mini Indonesia Indah dengan dengan Judul “Pemeliharaan Taman Bunga Keong Emas, Taman Mini Indonesia Indah”.

ANALISIS GEN MITOKONDRIA PENYANDI PROTEIN PADA AMPHIBIA JOHANSON SIMARMATA

Recommend Documents