UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Přírodovědecká fakulta Katedra genetiky a mikrobiologie
Význam aberací MLL genu u nemocných s akutní myeloidní leukemií Iveta Šárová
Praha, 2008
Diplomová práce byla vypracována v cytogenetické laboratoři Ústavu hematologie a krevní transfúze pod vedením RNDr. Jany Březinové, Ph.D.
Prohlašuji, že tuto práci jsem vypracovala samostatně, jen s použitím citované literatury a pod vedením mé školitelky RNDr. Jany Březinové, Ph.D.
V Praze dne ………………
……..………………………… Iveta Šárová
2
Ráda bych vyjádřila své poděkování RNDr. Janě Březinové, Ph.D za odborné vedení práce a poskytnutí řady konzultací ke zvolené problematice. Dále děkuji Prof. Ing. K. Michalové za umožnění vypracovat si tuto práci na velice dobře vybaveném pracovišti a za mnoho užitečných rad. Poděkovat musím i celému zbylému kolektivu Cytogenetické laboratoře ÚHKT, především Daně Konvalinkové a Veronice Ticháčkové za pomoc a trpělivost při získávání zkušeností s karyotypováním, a kolegyním Lucii Voráčkové a Mgr. Jele Melicharčíkové za zasvěcení do molekulárně - cytogenetických metod jako jsou FISH a mFISH. A také celému Centru nádorové cytogenetiky ÚKBLD VFN a 1.LF UK a klinickým lékařům ÚHKT. V neposlední řadě musím poděkovat i své rodině za vytvoření příznivých studijních podmínek.
Diplomová práce byla vypracována v průběhu let 2006 až 2008 v cytogenetické laboratoři Ústavu hematologie a krevní transfúze a byla podpořena výzkumným záměrem MZO 00023736. Práce je vypracována v souladu s Novým akademickým slovníkem cizích slov (Kolektiv autorů pod vedením Jiřího Krause, 1. vydání, Academia, Praha, 2005). 3
ABSTRACT
Significance of MLL gene aberrations in patients with acute myeloid leukemia In acute myeloid leukemia (AML), predominantly in AML M5a, the most frequent recurrent aberration of chromosome 11 involves region 11q23. Molecular breakpoint studies of several translocations involving chromosomal band 11q23 led to the detection of a gene that was named MLL (myeloid/lymphoid leukemia). Since that time, more than 70 different
translocation partners of the MLL gene have been
described. This gene is important for the proper HOX gene expression during ontogenesis and hematopoiesis. Chromosomal aberrations affecting the MLL gene occur in 5 - 10 % of AML cases and are very variable. Aberrations of the MLL gene are associated with an aggresive type of the disease and its detection is needed for the treatment decision. Therefore, we investigated the occurrence of MLL abnormalities in bone marrow cells of the 66 newly diagnosed AML patients, using conventional cytogenetic and fluorescence in situ hybridization (FISH) analyses with a commercially available MLL Break Apart Rearrangement probe (Abbott VYSIS). Out of the 66 patients, we proved MLL abnormalities in 9 (13,6%): 5 (7,6%) showed translocation of MLL gene, in 3 (4,5%) we detected MLL gene amplification without any evidence of rearrangement and in 1 (1,5%) pacient only an extra copy of the MLL gene. The FISH results were verified by multicolor FISH (mFISH) and multicolor banding (mBAND). In this study, we firstly described new MLL gene fusion partner - gene TEL (translocation ets leukemia, 12p13).
Key words: acute myeloid leukemia, MLL, translocation, amplification, complex rearrangement of the karyotype, FISH, TEL.
Klíčová slova: akutní myeloidní leukemie, MLL, translokace, amplifikace, komplexní přestavby karyotypu, FISH, TEL.
4
SEZNAM ZKRATEK AF…
ALL1 fused gene from chromosome …
AML
akutní myeloidní leukemie
amp
amplifikace
APL
akutní promyelocytární leukemie
BCR
breakpoint cluster region
CEP
označení pro centromerickou sondu
del
delece
der
derivovaný chromozom
FAB
French-American-British
FISH
fluorescenční in situ hybridizace
ins
inzerce
inv
inverze
ISCN
The
International
System
for
Human
Cytogenetic Nomenclature LSI
označení pro lokus specifickou sondu
mBAND
mnohobarevné pruhování
MDS
myelodysplastický syndrom
mFISH
mnohobarevná fluorescenční in situ hybridizace
MLL
myeloid/lymphoid leukemia
p
označení pro krátké rameno chromozomu
p53
protein 53 kDa
PCR
polymerázová řetězcová reakce
PT
pokojová teplota
PTD
parciální tandémová duplikace
q
označení pro dlouhé rameno chromozomu
RT-PCR
reverzně transkripční polymerázová řetězcová reakce
t
translokace
TEL
translocation ets leukemia
ToTel
označení pro subtelomerickou sondu
WHO
World Health Organization
5
OBSAH 1. ÚVOD ....................................................................................................................... 9 2. PŘEHLED LITERATURY .................................................................................. 11 2.1. Chromozomové změny u hematologických malignit ........................................ 11 2.1.1. Molekulární podstata maligní transformace ....................................................... 11 2.1.2. Chromozomové aberace u leukemií .....................................................................12 2.1.3. Metody detekce chromozomových změn ............................................................13 2.2.3.1. Metody klasické cytogenetiky ..........................................................................13 2.2.3.2. Molekulární cytogenetika .................................................................................13 2.2.3.2.1. Fluorescenční hybridizace in situ ...............................................................14 2.2.3.2.2. Modifikace FISH ........................................................................................15 2.2. Aberace MLL genu u akutní myeloidní leukemie ............................................ 16 2.2.1. Akutní myeloidní leukemie (AML)..................................................................... 16 2.2.1.1. Charakteristika akutní myeloidní leukemie ..................................................... 16 2.2.1.2. Chromozomové aberace u AML a jejich prognostický význam ..................... 20 2.2.1.3. Léčba ................................................................................................................ 22 2.2.2. Aberace MLL genu u AML ................................................................................ 22 2.2.2.1. Molekulární charakteristika MLL genu ........................................................... 23 2.2.2.2. Funkce MLL genu ............................................................................................ 24 2.2.2.3. MLL gen jako příčina leukemogeneze ............................................................ 25 2.2.2.4. Aberace MLL genu .......................................................................................... 28 2.2.2.4.1. Translokace ............................................................................................... 28 2.2.2.4.2. Amplifikace a nadpočetná kopie MLL genu ............................................ 34 2.2.2.4.3. Delece ....................................................................................................... 35 2.2.2.4.4. Inzerce a inverze ....................................................................................... 35 2.2.2.5. Detekce aberací MLL genu .............................................................................. 36 3. MATERIÁL A METODY .................................................................................... 38 3.1. Materiál ................................................................................................................ 38 3.1.1. Soubor pacientů .................................................................................................. 38 3.1.2. Laboratorní technika pro klasickou a FISH analýzu .......................................... 38 3.1.3. Chemikálie a roztoky .......................................................................................... 39 3.1.3.1. Chemikálie a roztoky pro klasickou cytogenetickou analýzu ......................... 39
3.1.3.2. Chemikálie a roztoky pro FISH analýzu ......................................................... 40 3.2. Metodika ............................................................................................................... 41 3.2.1. Klasická cytogenetická analýza .......................................................................... 41 3.2.1.1. Kultivace a zpracování buněk kostní dřeně ..................................................... 42 3.2.1.2. Příprava preparátů ........................................................................................... 42 3.2.1.3. Barvení ............................................................................................................. 43 3.2.1.4. Mikroskopické vyhodnocení ........................................................................... 43 3.2.2. Molekulární cytogenetická analýza .................................................................. 44 3.2.2.1. Metoda FISH ....................................................................................................44 3.2.2.1.1. Příprava a ošetření chromozomových preparátů (pretreatment) ............... 47 3.2.2.1.2. Denaturace a hybridizace ........................................................................... 47 3.2.2.1.3. Odmytí, detekce a barvení ......................................................................... 47 3.2.2.1.4. Mikroskopické vyhodnocení ..................................................................... 47 3.2.2.2. Metody mFISH, mBAND ............................................................................... 48 3.2.2.2.1. Ošetření chromozomových preparátů (pretreatment) ................................ 48 3.2.2.2.2. Příprava preparátů a sond .......................................................................... 49 3.2.2.2.3. Hybridizace ............................................................................................... 49 3.2.2.2.4. Odmytí, detekce a barvení ......................................................................... 49 3.2.2.2.5. Mikroskopické vyhodnocení a počítačová analýza obrazu ...................... 50 4. VÝSLEDKY ......................................................................................................... 51 4.1. Klinická data ....................................................................................................... 51 4.2. Cytogenetická analýza ....................................................................................... 52 4.2.1. Klasická cytogenetická analýza ........................................................................ 52 4.2.2. Molekulárně – cytogenetická analýza .............................................................. 52 4.2.2.1. Aberace MLL genu ........................................................................................ 57 4.2.2.1.1. Přestavby MLL genu ................................................................................ 57 4.2.2.1.1.1. Pacient č.3 ............................................................................................58 4.2.2.1.1.2. Pacient č.1 ............................................................................................58 4.2.2.1.1.3. Pacient č.45 ..........................................................................................58 4.2.2.1.1.4. Pacient č.6 ............................................................................................59 4.2.2.1.1.5. Pacient č.28...........................................................................................60 4.2.2.1.2. Zvýšení počtu kopií MLL genu .................................................................. 61 4.2.2.1.2.1. Pacient č.13 .......................................................................................... 62 4.2.2.1.2.2. Pacient č.15 .......................................................................................... 63 7
4.2.2.1.2.3. Pacient č.20 .......................................................................................... 63 4.2.2.1.2.4. Pacient č.50 .......................................................................................... 64 4.3. Klinický obraz pacientů ....................................................................................... 66 5. DISKUZE ............................................................................................................... 67 6. SOUHRN ................................................................................................................ 76 7. SEZNAM CITOVANÉ LITERATURY ............................................................. 78 8.
SEZNAM PŘÍLOH .............................................................................................. 95
8
1. ÚVOD První teorie vysvětlující vznik nádoru jako poruchy chromozomové výbavy buňky byla formulována v roce 1914. Boveri tehdy předpověděl, že nádorová buňka vzniká z buňky normální, u které vlivem abnormálního obsahu chromatinu došlo k změně původních vlastností. Nádor by tak měl být založen jedinou defektní buňkou. Další studie získaných chromozomových odchylek u malignit pak tuto hypotézu plně potvrdily. Toto poznání vytvořilo základ pro vznik nového směru cytogenetického oboru nádorové cytogenetiky. Předmětem jejího studia jsou získané chromozomové odchylky v buňkách nádorů. Jednou z nejvýznamnějších onkocytogenetických událostí byl objev Filadelfského chromozomu u chronické myeloidní leukemie (CML) (NOWELL a HUNGERFORD, 1960). Později identifikovala Rowley tento chromozom jako produkt reciproké translokace t(9;22) (ROWLEY, 1973). Jelikož byla změna přítomna u většiny nemocných s CML, stal se Filadelfský chromozom jedním z jejích charakteristických znaků. Postupně pak bylo odhaleno množství dalších specifických chromozomových aberací, a to i u ostatních typů leukemií a hemoblastóz. V současné době jsou změny karyotypu detekovány u více než 80% nemocných s leukemiemi. Cytogenetická analýza buněk kostní dřeně se u těchto pacientů stala nedílnou součástí jejich vyšetření. Přispívá k upřesnění diagnózy, určení stádia nemoci, sledování jejího průběhu a stanovení prognózy. Umožňuje také zjistit minimální reziduální chorobu či sledovat úspěšnost léčby. V neposlední řadě přináší i řadu důležitých informací pro studium onkogeneze. Pozornost řady cytogenetiků, ale i molekulárních genetiků, zabývajících se hematologickými malignitami, se zaměřuje k chromozomu 11. Aberace tohoto chromozomu se řadí mezi nejčastější nálezy u akutní leukemie myeloidní i lymfatické řady. V mnohých případech je součástí komplexních změn karyotypu. Agresivní typ onemocnění
je
spojován
s aberacemi
oblasti
11q23
a
zde
lokalizovaným
protoonkogenem MLL. Na chromozomu 11 se zlomové místo nachází nejčastěji právě v tomto genu. Dosud bylo popsáno více než 80 různých aberací MLL genu a jejich počet stále stoupá (MEYER et al. 2006). Množství partnerských genů, kódujících proteiny nejrůznější funkce, svědčí o tom, že hlavní úlohu při vzniku leukemie má
9
právě MLL gen. Také již samotná přestavba genu je asociována se špatnou prognózou, a to bez ohledu na fúzní partnerský gen. Ve své diplomové práci jsem se zaměřila na detekci aberací MLL genu v buňkách kostní dřeně nemocných s akutní myeloidní leukemií. Cílem studie bylo: •
porovnat frekvenci aberací MLL genu uváděnou v literatuře s frekvencí v našem souboru pacientů.
•
zaznamenané změny tohoto genu charakterizovat na molekulárně cytogenetické úrovni.
•
zjištěné patologické nálezy porovnat s již popsanými aberacemi.
K detekci aberací jsem využila jak klasické cytogenetické analýzy, tak i metody molekulární cytogenetiky, kterou je fluorescenční in situ hybridizace (FISH) s lokus specifickou sondou pro MLL gen. V mnoha případech totiž nejsou aberace MLL genu možné klasickou analýzou sledovat. K charakterizaci aberací jsem volila metody mnohobarevné FISH (mFISH) a mnohobarevného pruhování (mBAND). U všech nemocných jsme též sledovali přítomnost nejčastěji se vyskytujících aberací, a to delece dlouhých ramen chromozomů 5 a 7, a trizomie chromozomu 8.
10
2. PŘEHLED LITERATURY
2.1. Chromozomové změny u hematologických malignit Studie kancerogeneze prokázaly, že vznik nádorového onemocnění je procesem vícestupňovým. K malignímu zvratu buňky je nutná kumulace několika na sobě nezávislých změn v genomu jedné somatické buňky. U mnoha transformovaných buněk lze tyto změny sledovat již na úrovni chromozomů, a to přítomností náhodných nebo nenáhodných numerických nebo/a strukturních aberací.
2.1.1. Molekulární podstata maligní transformace Nádorová buňka vzniká původně z normální buňky, která nabyla schopnost se nekontrolovatelně dělit. Příčinou změny vedoucí k maligní transformaci buňky jsou změny na molekulární úrovni. Cílem těchto mutací bývají protoonkogeny, nádorové supresorové geny, anebo geny, účastnící se reparace DNA čili mutátorové geny. Výsledkem je ztráta kontrolních mechanizmů, které regulují buněčný růst, diferenciaci a mortalitu buňky. U hematologických maligních onemocnění se nejčastěji uplatňují mutace protoonkogenů a nádorových supresorových genů. Protookogeny jsou geny, jejichž produkty pozitivně regulují buněčný cyklus a diferenciaci. Mechanizmy zodpovědné za změnu protoonkogenu v onkogen bývají nejčastěji bodové mutace, amplifikace, změny uspořádání genetického materiálu nebo ovlivnění virovým promotorem. Mutace protoonkogenů mohou vyvolat 2 zásadní typy změn: změnu regulace transkripce (zvýšená exprese onkogenu) nebo změnu ve struktuře genu (syntéza změněného produktu s odlišnou funkcí). Nádorové supresorové geny mají důležitou úlohu v regulaci buněčné proliferace, neboť jejich produkty inhibují buněčný cyklus. Mutace nebo delece těchto genů vede k ztrátě jejich inhibiční funkce a následnému malignímu zvratu buňky. V poslední době se studium vzniku nádorů upírá také na mikroRNA jako na důležitého zprostředkovatele iniciace a progrese nádoru u lidí. Jejich cílem mohou být právě protoonkogeny nebo nádorové supresorové geny. Deregulace mikroRNA je asociována s genetickými a epigenetickými změnami zahrnujícími delece, amplifikace, bodové mutace a DNA metylace (CHO 2007). Nové objevy v tomto oboru by mohly
11
najít své uplatnění v molekulární diagnostice nádorových onemocnění a stát se i možným prognostickým ukazatelem.
2.1.2. Chromozomové aberace u leukemií Od
doby
vzniku
nádorové
cytogenetiky
dodnes
byla
popsána
řada
chromozomových aberací nalézajících se u hematologických malignit. Jejich přehled lze najít v internetových databázích např. Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer (http://cgap.nci.nih.gov./Chromosomes/Mitelman) nebo Atlas of Genetics
and
Cytogenetics
in
Oncology
and
Hematology
(http://atlasgeneticsoncology.org). Většina chromozomových změn, které se u leukemií nachází, má klonální charakter. Podle mezinárodně uznávané definice je za klon označován nález nejméně dvou mitóz se stejnou chromozomovou přestavbou (translokace, delece, inverze a pod.) nebo se stejným nadpočetným chromozomem, anebo výskyt tří mitóz se stejným chybějícím chromozomem (HEIM a MITELMAN, 1995). Obecně lze u nádorů rozlišit dva druhy získaných chromozomových změn: primární a sekundární. Primární změny představují samostatné cytogenetické aberace, obvykle úzce spjaté se specifickým typem nádoru. Předpokládá se, že mají zásadní význam při vzniku neoplazií a podílejí se na genetických změnách, provázejících časná stádia vzniku malignity. Sekundární změny jsou znakem klonálního vývoje nemoci, nádorové progrese. Dále je možné chromozomové aberace dělit na náhodné a nenáhodné. Důležitou roli hrají především nenáhodné chromozomové změny, které se specificky vyskytují u konkrétního typu neoplazie a mohou mít značný význam při stanovení diagnózy. U řady z nich je v současné době již také znám jejich prognostický a terapeutický význam. Příkladem jsou aberace dlouhého ramene chromozomu 11, spojené se špatnou prognózou a těžším průběhem onemocnění. Dle Gilberta (1983) patří mezi klasické chromozomové změny u nádorů, a tedy i leukemií, ztráty genetického materiálu, jeho zmnožení a chromozomové aberace bez ztráty. Mezi chromozomové aberace se ztrátou genetického materiálu patří delece a monozomie. Ztráty genetického materiálu postihují především nádorové supresorové nebo mutátorové geny.
12
Součástí mechanizmů vedoucích k zmnožení genetického materiálu jsou amplifikace, duplikace, trizomie a polyploidie. Patologický efekt těchto změn spočívá ve zvýšené genové dávce, která působí nepoměr mezi genovými produkty, a to již při několika nadpočetných kopiích genu. Kopie amplifikovaného genu se v buňce mohou nacházet ve formě velkého množství acentrických fragmentů tzv. double minutes (DMs) nebo je lze pozorovat na chromozomu jako homogenně se barvící oblast (HSRs). Amplifikace je obvykle charakteristická pro pokročilejší stádia nemoci. Mezi chromozomové aberace bez ztráty genetického materiálu patří reciproké translokace, inverze a inzerce.
2.1.3. Metody detekce chromozomových změn 2.1.3.1. Metody klasické cytogenetiky Základem klasického cytogenetického vyšetření je sestavení karyotypu dělících se buněk podle závazné mezinárodní nomenklatury ISCN (2005). Buňky získané při odběru se nejprve kultivují, poté zpracovávají a barví vhodnou pruhovací technikou. Na základě vzniklých pruhů lze rozlišit jednotlivé chromozomy a pomocí mikroskopu a počítačové analýzy obrazu tak sestavit karyotyp vyšetřovaných buněk. Výsledky klasického cytogenetického vyšetření bývají u leukemíi často limitované např. nízkým mitotickým indexem, horší kvalitou hodnocených mitóz a sníženou in vitro proliferací patologických klonů (ZEMANOVÁ et al. 2001). Standardní cytogenetická analýza se využívá k detekci numerických i strukturních chromozomových aberací jako jsou delece, duplikace, inverze a translokace. V přestavbě musí být ovšem zahrnuto nejméně 5 až 10 milionů párů bází. Změny menší velikosti obvykle nelze touto metodou zaznamenat. V těchto případech je proto dále indukováno vyšetření molekulárně - cytogenetické.
2.1.3.2. Molekulární cytogenetika Většina molekulárně - cytogenetických metod je založena na principu fluorescenční hybridizace in situ (FISH). Technika je založena na schopnosti fluorescenčně značené jednořetězcové DNA sondy vázat se s komplementárními úseky cílové DNA, fixované na mikroskopickém preparátu. Pomocí sond hybridizujících k již
13
známé specifické sekvenci tak lze zjistit přítomnost, množství a lokalizaci dané oblasti chromozomu.
2.1.3.2.1. Fluorescenční hybridizace in situ Dle místa hybridizace lze sondy pro FISH analýzu dělit na: satelitní, lokus – specifické a malovací. Satelitní sondy hybridizují s repetitivními satelitními sekvencemi, které se nachází především v oblasti centromer a telomer. Využívají se k vyšetření aneuploidií či detekci chromozomů neznámého původu. Lze jimi detekovat centromery, telomery nebo také heterochromatinovou oblast na Y chromozomu. Lokus – specifické sondy se váží na jedinečné sekvence DNA. Slouží k lokalizaci jednotlivých genů. Jsou proto vhodné k vyšetření mikrodelecí, amplifikací nebo specifických translokací. Jde zpravidla o genomické klony, které se liší velikostí v závislosti na klonovacím vektoru. Tím může být plazmid (500 bp - 5 kb), kosmid (20 - 50 kb), bakteriofág lambda (8 - 15 kb) nebo umělé kvasinkové chromozomy YAC (Yeast arteficial chromosomes) (50 - 1000 kb). Malovací sondy obsahují množství chromozomových sekvencí a označují tedy celý chromozom. Jsou obvykle připraveny ze specifických DNA knihoven a můžeme jimi označit jak celý chromozom tak třeba jen jeho dlouhá či krátká ramena. Slouží k detekci strukturních odchylek a k identifikaci marker chromozomů. Oproti předchozím dvoum typům sond je však nelze použít k analýze interfázních jader. Pro vizualizaci se sondy značí buď radioaktivně nebo neradioaktivně. V současné době se nejčastěji používají sondy přímo značené pomocí fluorescenčních barviv fluorochromů. Při nepřímém značení se do DNA inkorporují biotinem nebo digoxygeninem značené nukleotidy. Nepřímá detekce pak probíhá na základě imunofluorescenčních protilátek. Sondy lze připravovat nejrůznějšími způsoby v laboratoři. Nejjednodušším a dnes nejrozšířenějším způsobem je však využít komerčně dostupné kity, které již obsahují značenou sondu i s detekčním systémem. Senzitivita FISH se pohybuje v řádech stovek kilobází. Frekvence falešně pozitivního výsledku se udává 3 až 4% (MANCINI et al. 1995). Metoda má velmi významnou roli při molekulární cytogenetické analýze hematologických malignit. Její výhodou je především možnost rychlého vyšetření velkého počtu buněk. Lze ji použít nejen k studiu chromozomového vybavení buněk v metafázi a interfázi, ale i k
14
lokalizaci a přesnému mapování genů na chromozomech, k určování početních a strukturních chromozomových změn, k přesnému zjištění umístění zlomů při translokacích, delecích a inverzích chromozomů, k detekci minimální zbytkové choroby, k detekci klonální evoluce, případně benigní proliferace a k sledování úspěšnosti léčby u nádorových onemocnění (MICHALOVÁ et al. 1996). Nevýhodou metody jsou zvýšené nároky na vybavení mikroskopu a drahé fluorescenčně značené sondy.
2.1.3.2.2 Modifikace FISH Metoda FISH sice dovoluje analyzovat současně i více cílových sekvencí najednou, ale množství použitých sond zůstává omezené. Proto se zájem soustředil především na vyvinutí metod, které by umožňovaly analyzovat celý genom současně. Jak již bylo uvedeno, řadě těchto metod dala základ právě fluorescenční in situ hybridizace. Většina nových technik je tak její modifikací. Příkladem jsou mnohobarevná fluorescenční in situ hybridizace (mFISH) a mnohobarevné pruhování (mBAND). Metoda mFISH umožňuje rozlišit všech 22 párů autozomů i pohlavní chromozomy X a Y v jednom hybridizačním pokusu. Je založena na skutečnosti, že kombinatorním smícháním n počtu fluorochromů získáme 2n-1 různých barevných kombinací (SPEICHER et al. 1996). Pro odlišné obarvení jednotlivých párů chromozomů tak stačí kombinace 5 fluorochromů. Citlivost metody závisí na lokalizaci a despiralizaci chromozomů. Pohybuje se v rozmezí od 1 do 2,5 Mb (LICHTER, 1997). Metoda se uplatňuje při výzkumu mnohočetných změn chromozomů, složitých chromozomových translokací zahrnujících větší počet chromozomů a inzercí. Mnohobarevné pruhování s vysokou rozlišovací schopností neboli mBAND popsala Chudoba et al. v roce 1999. Tato metoda je podobně jako mFISH založena na kombinatorním značení 5 fluorochromy, značeny jsou ale pouze jednotlivé úseky jednoho chromozomu. Po hybridizaci je pak speciální počítačový program schopen na základě analýzy intenzity fluorescenčních signálů přiřadit k jednotlivým oblastem chromozomu různé pseudobarvy. Metoda mBAND se využívá k detekci delecí, inverzí nebo i k zpřesnění lokalizace zlomových míst aberantního chromozomu, ke kterým dochází při strukturních přestavbách typu translokace nebo inzerce.
15
2.2. Aberace MLL genu u akutní myeloidní leukemie
2.2.1. Akutní myeloidní leukemie (AML) Leukemie
je
definována
jako
nekontrolovatelná
klonální
proliferace
hematopoetických buněk, které ztratily schopnost se diferencovat do normálních zralých buněk. Teorie vzniku neoplazie předpokládá, že leukemická populace buněk vzniká mitotickým dělením jediné maligně transformované hematopoetické kmenové buňky (VONKA et al. 1992). Pro buňky akutní leukemie je typická zástava diferenciace na úrovni blastu.
2.2.1.1. Charakteristika akutní myeloidní leukemie Myeloidní leukemie patří mezi nádorová onemocnění krvetvorné tkáně, které postihují buňky myeloidní řady. Akutní formy této nemoci jsou charakterizovány akumulací nezralých krevních elementů v kostní dřeni. Abnormální buňky patologického klonu mají omezenou schopnost diferenciace a vykazují různé funkční poruchy. Zdravá krvetvorba bývá potlačena. Zpočátku se AML projevuje nespecificky. U nemocných se objevuje únava a krvácivé nebo infekční komplikace. Mezi zobecněné symptomy patří i horečka, ztráta hmotnosti, nechutenství, chudokrevnost nebo bolesti kostí. Nemoc bývá ročně diagnostikována u cca 3 : 100 000 obyvatel a tato incidence se v posledních letech nemění. Převažuje u dospělých, kde tvoří 80 až 85% všech akutních leukemií u osob starších 20 let. Častěji postihuje obyvatele větších průmyslových měst a její incidence stoupá se vzrůstajícím věkem. Medián vzniku tohoto onemocnění se pohybuje mezi 63 až 65 lety (MAYER a STARÝ 2002). V dětské populaci se objevuje relativně vzácně. Představuje asi jen 17 % dětských akutních leukemií. Jde především o děti velmi nízkého věku tj. mladších 1 rok (HALL 2001). Charakteristickým znakem AML je v krvi zjistitelná normocytární anémie, trombocytopenie a leukocytóza, zpravidla s
vyplavením blastických elementů.
Obvyklá bývá i infiltrace jednotlivých orgánů jako jsou játra, slezina, kůže nebo centrální nervový systém, což vede k poruše jejich funkce. Vzácně může dojít k vzniku granulocytárního sarkomu. Akutní myeloidní leukemii také relativně často provází trombo - hemoragické komplikace.
16
AML může vzniknout de novo nebo vlivem předešlé léčby, obzvláště antitopoizomerázními léky jako jsou etoposidy nebo teniposidy (HARS et al. 2006, SUNG et al. 2006). K vzniku leukemie také dochází po vystavení organizmu některým chemickým látkám jako je benzen nebo vlivem přítomnosti některých virů. Leukemie tohoto typu se nazývají sekundární. Rizikovými faktory pro vznik akutní myeloidní leukemie je kromě ionizujícího záření a chemoterapeutické cytostatické léčby také předchozí myeloproliferativní onemocnění nebo myelodysplastický syndrom, který se vyskytuje poměrně vzácně především u starších lidí a v AML přechází u 25 až 30% nemocných. Zvýšené riziko vzniku AML mohou mít i některá vrozená genetická onemocnění jako je například Downův syndrom nebo syndromy chromozomové nestability. V současné době se k diagnostice AML využívá cytomorfologie, konvenční cytogenetika, interfázní a metafázní fluorescenční in situ hybridizace (FISH), polymerázová řetězcová reakce (PCR) a imunofenotypizace. Klasifikovat AML je možno na základě 2 systémů: staršího FAB (FrenchAmerican-British), který rozeznává 8 subtypů AML (M0 až M7) na základě morfologie a vyzrávání buněk (tab.č.1), a novějšího WHO (World Health Organization), který zohledňuje nejen morfologické hodnocení, ale i cytogenetické výsledky vyšetření kostní dřeně a dalších doplňujících vyšetření (tab.č.2).
17
Tabulka č.1 FAB klasifikace AML FAB subtyp
Název
Výskyt
M0
Nediferenciovaná AML
3%
M1
AML bez vyzrávání
15%
M2
AML s vyzráváním
25%
M3
Akutní promyelocytární leukemie
5%
Akutní myelomonocytární leukemie Akutní myelomonocytární leukemie s eozinofilií
25%
Akutní monocytární leukemie
6%
M4 M4eo M5 M6 M7
Akutní erytroblastická leukemie Akutní megakaryocytární leukemie
3% 3%
Charakteristika Velké blasty s hojnou cytoplazmou a nápadnými jadérky, cytochemicky negativní Blasty s kulatým jádrem a menším množstvím cytoplazmy s ojedinělými azurofilními granuly a Auerovými tyčemi, MPO a Sudanová čerň pozitivní Blasty obsahují četná azurofilní granula a Auerovy tyče, MPO a Sudanová čerň pozitivní, věk kolem 30, častá t(8;21) Blasty s kulatým jádrem a jadérky, hojné Auerovy tyče a granula, MPO a Sudanová čerň silně pozitivní, věk 30-40 let, častá t(15;17) Blasty se světle šedou, granulovanou cytoplazmou a zprohýbanými jádry, pozitivní nespecifické esterázy Blasty vzhledu myelomonocytární leukemie, eozinofily tvoří 5-10% buněk dřeně, časté abnormity 16q22 Blasty se zprohýbanými jádry a hojnou, lehce granulovanou cytoplazmou s Auerovými tyčemi, častěji <50 let, abnormity 11q23 Bizardní erytroblasty, často mnohojaderné Mikromegakaryocyty jedno kyselá fosfatáza pozitivní, častá inv(3)
či
dvoujaderné,
MPO ... myeloperoxidáza
18
Tabulka č. 2 WHO klasifikace AML 1. AML s charakteristickými cytogenetickými abnormalitami AML s t(8;21)(q22;q22) APL s t(15;17)(q22;q21) AML s abnormálními eozinofily v kostní dřeni: t(16;16)(p13;q22) inv(16)(p13;q22)
AML s abnormalitami 11q23 2. AML s multilineární dysplazií
A
Po předchozím MDS
M
Bez předcházejícího MDS, ale s dysplazií nejméně 50% buněk ve 2 nebo
Lvíce myeloidních linií 3. Sekundární AML a MDS sTyp vyvolaný alkylačními látkami/radioterapií Typ vyvolaný inhibitory topoizomerázy II cOstatní 4. Akutní h bifenotypická leukemie Nediferencovaná akutní leukemie (blasty bez znaků vyzrávání) Bilineární akutní leukemie (>1 buněčná linie jevící leukemickou transformaci) Bifenotypická akutní leukemie (jediná populace leukemických blastů
mající souběžnou expresi markerů odlišné hematopoetické buněčné linie)
5. AML blíže nespecifikované AML s minimálně diferencovaná (AML M0) AML bez vyzrávání (AML M1) AML s vyzráváním (AML M2) Akutní myelomonocytární leukemie (AML M4) Akutní monoblastická/monocytární leukemie (AML M5a/b) Akutní erytroblastická leukemie (AML M6) Akutní megakaryocytární leukemie (AML M7)
Akutní bazofilní leukemie
Akutní panmyelóza s myelofibrózou Myeloidní (granulocytický) sarkom
19
2.2.1.2. Chromozomové aberace u AML a jejich prognostický význam Akutní myeloidní leukemie je nejen fenotypicky, ale i geneticky velmi heterogenní onemocnění. Mitelman ve své databázi uvádí více než 200 různých strukturních
a
numerických
chromozomových
aberací
popsaných
u
AML
(http://cgap.nci.nih.gov./Chromosomes/Mitelman k datu 12.3.2008). Až 45% případů AML má však normální karyotypový nález. Naopak komplexní změny karyotypu se vyskytují u 10 až 15% případů (MRÓZEK et al. 2001, SCHOCH et al. 2001). Podle mezinárodně uznávané definice označujeme za komplexní přestavby karyotypu numerické nebo strukturní změny, které zahrnují tři a více chromozomů a/nebo aberace vzniklé na základě přítomnosti tří a více zlomů. U AML bývají jejich součástí především chromozomy 5, 7, 8, 10, 11, 12, 17 a 21. Aberace chromozomů 5, 7 a 11 jsou z nich nejčastější (BABICKÁ et al. 2007). Tennant et al. (2007) ve své studii uvádí, že obzvláště abnormality chromozomu 5 se vyskytují samostatně jen vzácně. Hyperdiploidie u AML nebývá příliš častá. Obvykle zahrnuje chromozomy 4, 8, 10, 11, 13, 14, 19 a 21, přičemž trizomie chromozomu 8 následovaná trizomií chromozomu 21 patří mezi nejčastější (LUQUET et al. 2007). Nejfrekventovanějšími aberacemi u AML vůbec jsou abnormality chromozomu 11, změny chromozomů 5 a 7 (delece dlouhých ramen nebo monozomie) a trizomie chromozomu 8. Aberace těchto chromozomů bývají typickým nálezem především pro sekundární formu AML (PEDERSEN-BJERGAARD et al. 1998, ESCOBAR et al. 2007). Zatímco abnormality 11. chromozomu, zvláště oblasti q23 a zde lokalizovaného genu MLL, jsou spojovány s inhibitory topoizomerázy II, u nemocných léčených pomocí alkylačních látek nebo po expozici benzenu se objevují delece dlouhých ramen chromozomů 5 a 7 nebo monozomie chromozomu 7 (ESCOBAR et al. 2007, TENNANT et al. 2007). Různé chromozomové aberace jsou popisovány i u jednotlivých morfologických FAB subtypů. Tyto přestavby mohou mít diagnostický a prognostický význam a lze je využít k monitorování průběhu onemocnění a k detekci minimální zbytkové choroby (tab.č.3) (MAURITZSON et al. 1999, MICHALOVÁ et al. 2001, HAFERLACH et al. 2003, MARCUCCI et al. 2004).
20
Tabulka č.3 Nejčastější aberace u jednotlivých subtypů AML Chromozomová aberace
FAB subtyp
Výskyt v subtypu
Prognóza
t(9;22)(q34;q11)
M1,M2
4%
střední
t(8;21)(q22;q22)
M2
13%
dobrá
t(15;17)(q22;q21)
M3
95%
dobrá
inv(16)(p13q22)
M4
10%
dobrá
aberace 11q23
M4,M5
5 - 10%
špatná
t(9;11)(p22;q23)
M5
20%
špatná
inv(3)(q21q26)
M2, M4, M7
3 - 5%
střední
Dle cytogenetického nálezu lze AML rozdělit do 3 odlišných prognostických skupin. První skupinu představují pacienti s normálním karyotypem. Jde o 40 až 45% všech případů AML. Prognóza bývá dobrá až středně příznivá (MRÓZEK et al. 2001, SCHOCH et al. 2003). Druhou skupinu tvoří pacienti s balancovanými translokacemi. Objevují se u 20 až 25%
nemocných
s
AML.
Tyto
reciproké
translokace
t(15;17)(q22;q21),
t(8;21)(q22;q22) a t(16;16)(p13;q22) nebo pericentrická inverze inv(16)(p13q22) bývají asociovány s dobrou odpovědí na chemoterapii a dlouhou dobou přežití. Výjimku tvoří přestavby 11. chromozomu týkající se změn v oblasti 11q23 a MLL genu, které Grimwade et al. (1998) ještě řadí k prognóze středně příznivé, ale mnoho pozdějších studií je spojuje s prognózou velmi špatnou (SCHOCH et al. 2003, BACHER et al. 2005). Třetí skupina je charakteristická nebalancovanými přestavbami zahrnujícími ztráty nebo nadbytek velké části genomu. Zahrnuje 35 až 40% pacientů s AML (GRIMWADE et al. 1998, SCHOCH et al. 2001, BACHER et al. 2005). Komplexní změny karyotypu mohou být detekovány až u 50% nemocných této skupiny. Prognóza je v těchto případech velmi nepříznivá (GRIMWADE et al. 1998, SCHOCH et al. 2005).
21
2.2.1.3. Léčba Snahou léčby leukemie je dosáhnout kompletní remise, což je stav, kdy pacient nepociťuje žádné příznaky nemoci a nemoc není diagnostikovatelná rutinními hematologickými metodami. To znamená, že nález leukemických buněk v kostní dřeni nepřesahuje 5%. Jelikož v krvi zůstává stále malé množství leukemických buněk, nazývané minimální zbytková choroba (MRD), i při kompletní remisi, je vysoká pravděpodobnost, že bez další léčby nastane relaps. Detekovat MDR je možno pomocí imunofenotypizace, cytogenetiky či molekulární biologie. Pro pacienty s dobrou prognózou představuje léčba obvykle několik dávek intenzivní chemoterapie, u pacientů se špatnou prognózou se doporučuje transplantace kostní dřeně, stejně jako u pacientů s relapsem AML. U pacientů se středně příznivou prognózou se rozhoduje na základě konkrétní situace.
2.2.2. Aberace MLL genu u AML Nejčastější aberace chromozomu 11 u leukemií souvisí s oblastí 11q23, která zahrnuje 10 až 15 Mb (KOBAYASHI et al. 1993). Místa zlomu byla poprvé studována u translokace t(4;11), vyskytující se u akutní lymfatické leukemie, a translokací typických pro akutní myeloidní leukemii: t(6;11), t(9;11) a t(11;19). Molekulární analýzou těchto přestaveb identifikoval Ziemin-van der Poel et al. (1991) gen MLL (myeloid/lymphoid or mixed lineage leukemia). Gen dále charakterizovala jako místo nejčastějších zlomů i další pracoviště, která mu udělila jeho další názvy jako ALL1 (CIMINO et al. 1991) nebo HRX (TKACHUK et al. 1992) a Htrx1 (DJABALI et al. 1993), vzhledem k jeho homologii ke genu Trithorax, který je součástí genomu Drosophila melanogaster. Označení MLL je pak obecně akceptováno komisí pro nomenklaturu týkající se lidského genomu (MC ALPINE et al. 1995). Aberace MLL genu se objevují u nejméně 10% všech akutních hematologických malignit zahrnujících myeloidní, lymfatické, bifenotypické, sekundární a dětské leukemie. MLL aberace se vyskytují u přibližně 65% dětí s AML mladších 1 rok (CHOWDHURY a BRADY 2008). Přestavby MLL genu jsou popisovány u 25% pacientů se sekundární AML (PEDERSEN-BJERGAARD et al. 1998). Také vystavení těhotné ženy určitým chemickým látkám může způsobit vznik leukemie asociované s MLL aberacemi u ještě nenarozeného dítěte (EMERENCIANO et al. 2007).
22
Jedinečnost a důležitost přítomnosti patologického nálezu MLL genu spočívá především ve velkém počtu možností způsobu vzniku aberace a jejím prognostickém významu. Přestavba genu je asociována se špatnou prognózou a velmi agresivním typem leukemie. Významné je také velké množství fúzních partnerských genů, kódujících proteiny nejrůznější funkce. Dosud bylo popsáno více než 70 různých translokací MLL genu a jejich počet stále stoupá. Sledovány byly ale i amplifikace a delece genu (http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/Genes/MLL.html k datu 12.2.2008). Charakteristickým rysem MLL leukemií je také jejich rozmanitý fenotyp. Mezi další dosud popsané geny lokalizované v oblasti 11q23 a asociované s leukemogenezí vedoucí k AML patří i gen LARG (leukemia associated Rho guanine nukleotide exchange factor) a gen PLZF (promyelocytic leukemia zinc finger), který kóduje jaderný transkripční faktor ovlivňující diferenciaci myeloidní řady buněk. LARG se nachází telomericky k MLL a PLZF centromericky (KOURLAS et al. 2000, AYTON a CLEARY 2001).
2.2.2.1. Molekulární charakteristika MLL genu Protoonkogen MLL obsahuje 37 exonů a velikostně přesahuje 100 kb. Kódující sekvence má 11,9 kb (HESS 2004). Transkripce probíhá ve směru od centromery. Gen kóduje protein obsahující 3 969 aminokyselin, což odpovídá 431 kDa. Posttranslačně je sestřižen specifickou taspázou (treoninendopeptidázou) do většího 320 kDa N-koncového a menšího 180 kDa C-koncového fragmentu. Obě části zůstávají nadále nekovalentně vázány ve formě dimeru. Ten se nachází v jádře, kde působí jako regulační transkripční faktor. Od N-konce se MLL gen skládá z tří AT-vazebných motivů, jaderného lokalizačního signálu, transkripční represní domény, dvou motivů zinkových prstů a bromodomény, serin a treonin bohaté oblasti, a SET domény (obr.č.1). AT-vazebné motivy se váží do oblasti bohaté na adenin a tymin v malém žlábku DNA, čímž ji ohýbají a umožňují tak interakci dalších proteinů. Transkripční represní doména zahrnuje cystein bohatý region homologní k savčí DNA - metyltransferáze. Motivy zinkových prstů a bromodoména hrají důležitou roli v protein - protein interakcích. Serin a treonin bohatá oblast funguje jako transaktivační doména, která váže CREB vazebný protein. CREB (cAMP response element binding protein) je důležitý transkripční faktor regulující buněčnou proliferaci. Též má tato doména
23
schopnost acetylovat histony H3 a H4 v oblasti homeoboxových genů (HOX). SET doména slouží nejen k homodimerizaci, ale má také metyltransferázovou aktivitu, metyluje histony H3 v regionu HOX genů (POPOVIC a ZELEZNIK-LE 2005). Tato doména pak často u MLL fúzních proteinů chybí (MILNE et al. 2002).
Obr.č.1 Schématické znázornění MLL proteinu: AT hooks (AT-vazebné motivy), SNL (sekvence nukleární lokalizace), RD (represní doména), PHD+bromo (motivy zinkových prstů a bromodoména), FYRN/FYRC (N- a C-koncová část proteinu), TAD (transaktivační doména), SET (SET doména), MBR (hlavní zlomový region), HDAC (histondeacetyláza), CBP (CREB vazebný protein). Převzato z http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/Genes/MLL.html k datu 12.2.2008.
2.2.2.2. Funkce MLL genu MLL protein je hlavní regulátor hematopoézy a embryonálního vývoje. Je součástí obrovského komplexu tvořeného nejméně 30 proteiny, jehož role spočívá v remodelaci, acetylaci, deacetylaci a metylaci nukleozomů a histonů. Ovlivňuje tak buněčnou diferenciaci, apoptózu, proliferaci a regulaci buněčného cyklu. Gen se vysoce exprimuje během embryonálního vývoje (SLANY 2005). V dospělosti jedince je pak transkribován v různých tkáních zahrnujících slezinu, játra, mozek a T- i B-buněčné linie ale už jen v malém množství (BERNARD a BERGER 1995). Funkce MLL genu v embryogenezi spočívá v regulaci transkripce některých genů homeoboxu. Neiniciuje sice jejich expresi, ale udržuje ji po čas raného skeletárního, kraniofaciálního, neurálního a hematopoetického vývoje. V dospělosti je protein vyžadován především pro diferenciaci myeloidních buněk. Ovlivňuje jejich proliferaci a přežití či nepřežití multipotentních progenitorů. Jak se ukázalo, MLL protein reguluje expresi HOX genů, jejichž aktivita je esenciální pro
24
normální hematopoézu, přímou vazbou na jejich promotorové sekvence (GUENTHER et al. 2005). MLL protein se po vazbě promotorových sekvencí HOX genů posouvá po celém genovém lokuse a vkládá metylační marker na histon H3. Označením chromatinu dochází k odpojení DNA od histonových proteinů a DNA se stává přístupnou pro vazbu bazálního transkripčního aparátu, který je fyzicky asociovaný s MLL proteinem. MLL protein udržuje chromatin v aktivním stavu a tím umožňuje elongaci transkripce – kontinuální expresi po dobu vývoje krvetvorné buňky dokud nedojde k odpojení MLL proteinu ze sekvencí HOX genů. Potlačením jejich exprese se pak buňka začíná diferencovat do zralé krevní buňky (MILNE et al. 2005, SLANY 2005). Transkripční regulace zprostředkovaná MLL genem se zatím stále jeví jako velice složitý fenomén. K plnému porozumění role MLL genu v diferenciaci hematopoetických buněk proto bude třeba ještě mnoho dalších experimentálních pokusů.
2.2.2.3. MLL gen jako příčina leukemogeneze Ukazuje se, že samotná mutace MLL genu k vzniku leukemie nestačí. Sekundární leukemie s aberací MLL genu nevzniká hned po léčbě, ale objevuje se 3 až 5 let po jejím ukončení, kdy došlo nejspíše k dalším změnám v genetickém materiálu. I v tomto případě se tak potvrzuje, že maligní transformace je založena na kumulaci více různých mutací. Až u 30% případů AML s translokací t(9;11) se též prokázala přítomnost mutace genu FLT3 (FMS-like tyrosine kinase 3) pro receptorovou tyrozinkinázu. Jejich kooperací tak dochází k transformaci buňky (STUBBS et al. 2007). Heterozygotní stav ztráty funkce MLL genu u myší vede ke skeletárním transformacím. Exprese HOX genů se sice normálně aktivuje u myších embryí i s úplnou deficiencí MLL, ale není udržovaná po celý vývoj, což má letální efekt v časném stádiu embryogeneze. Výsledek potvrdil, že klíčovými cílovými geny MLL jsou geny homeoboxu, kódující transkripční faktory s důležitou úlohou v regulaci embryonálního vývinu, buněčného dělení a diferenciace buněk. Kritický fenotypický projev heterozygotních myší pak svědčí o důležitosti obou alel, k vzniku leukemie u myší však heterozygotní ztráta MLL genu nestačí (YU et al. 1995). Předpokládá se, že hlavním mechanizmem leukemické transformace iniciované MLL chimérickým onkogenem je deregulace exprese specifických HOX genů. Teorii
25
potvrzuje vyšší exprese genů HOXA7, HOXA9 a homeoboxového kofaktoru MEIS1 (Meis homeobox 1) u leukemií s MLL aberacemi (ARMSTRONG et al. 2002, FERRANDO et al. 2003, SLANY 2005). Za normálních okolností se HOX geny vysoce exprimují jen v hematopoetických kmenových buňkách a během diferenciace jejich exprese postupně klesá. Pozměněný MLL protein ale udržuje jejich expresi na konstitutivní úrovni. Při translokacích MLL genu totiž obvykle dochází k ztrátě domén ležících na C-konci, které jsou zodpovědné za transaktivaci cílových genů a které umožňují modifikovat chromatin. Uvádí se, že zkrácená N-koncová část MLL nemá sama o sobě leukemogenní vlastnosti, ale pomocí spojení tohoto konce s částí partnerského genu, jako je tomu při translokacích, intresticiálních delecích nebo inverzích a inzercích, nabývá transformačního potenciálu in vitro a u myší způsobuje leukemii (CORRAL et al. 1996, FORSTER et al. 2003, HESS 2004 ). MLL fúzní gen se pak projevuje jako dominantní alela (AYTON a CLEARY 2001). Studiem fúze genů MLL-ENL (eleven nineteen leukemia gene) se potvrdilo, že vzniklý transkripční faktor konvertuje přechodně aktivované promotory klíčových HOX genů na konstitučně aktivované pomocí abnormálních změn v epigenetickém kódu. To je první onkogenní událostí, která způsobí zastavení diferenciace. Rychle se dělící preleukemické buňky s vysokou pravděpodobností akumulují další genetické a epigenetické změny, které ve funkční kooperaci vedou k zvratu v akutní leukemii. Dosud není známo kolik dalších po sobě následujících zásahů je potřebných pro úplnou leukemickou transformaci (TAKÁČOVÁ et al. 2007). Jiné studie odhalily i další funkce MLL chimérických proteinů. Inhibují například transkripční aktivitu nádorového supresorového proteinu p53 (protein 53 kDa) a potlačují tak ochranou odpověď buňky na poškození DNA, indukované ionizujícím zářením (WIEDERSCHAIN et al. 2005). Je také potvrzeno, že AT-vazebný region MLL genu interaguje mimo jiné též s proapoptickým proteinem GADD34 (Growth arrest and DNA damage inducible gene 34). MLL fúzní protein může narozdíl od normální formy inhibovat GADD34 indukovanou apoptózu (ADLER et al. 1999). Inhibice programované buněčné smrti je obecně dalším důležitým bodem v maligním procesu. V současné době se do souvislosti se vznikem leukemie uvádí též interakce Nkonce genu MLL s nádorovým supresorem zvaným menin, jehož mutace se objevují u endokrinních nádorů. Interakce je důležitá pro expresi HOXA9 genu. Blokací této
26
vazby lze zamezit buněčné proliferaci, proto se zdá být vhodná jako cíl léčebné strategie pro leukemie asociované s MLL aberacemi (CASLINI et al. 2007). Studiem tří translokací: t(9;11)(p22;q23), t(4;11)(q21;q23) a t(11;19)(q23;p13), se zjistilo, že zlomové místo genu je lokalizováno uvnitř 8,3 kb regionu, označovaného BCR (breakpoint cluster region), mezi 5. a 11. exonem (GU et al. 1992, MC CABE et al. 1992, THIRMAN et al. 1993). Umístění zlomových míst na DNA v této oblasti a jejich frekvenci ovlivňuje ve velké míře chromatinová struktura, přítomnost repetitivních sekvencí a místa pro vazbu topoizomerázy II (GU et al. 1994, STRISSEL et al. 1998). Výzkum MLL přestaveb ukázal, že přibližně polovina z nich souvisí s intronem 6, kde je nejvyšší incidence Alu repetitivních sekvencí (proximální část BCR, obr.č.2). Je tedy možné, že právě tyto regiony mohou mít vliv v určení místa zlomu u de novo leukemií. Podobné repetitivní sekvence však v okolí zlomových míst partnerských chromozomů nalezeny nebyly (BERNARD a BERGER 1995, ZHANG a ROWLEY 2006). Uvnitř 3´koncové části BCR byl též identifikován SAR region (scaffold attachment region), místo pro vazbu DNA k jaderným matrixovým proteinům. Účastní se v udržování chromozomové struktury, regulaci transkripce, DNA replikace a rekombinace (BROEKER et al. 1996). centromera
telomera
Alu sekvence
Vazebné místo pro topoizomerázu II
Obr.č.2 Schéma zlomového místa MLL genu (Dle Braekeleer 2005).
U sekundární formy leukemie se zlom obvykle nachází v distální části BCR, kde je lokalizováno vazebné místo pro topoizomerázu II. Vysvětlovalo by to vznik leukemií způsobených léčbou inhibitory topoizomerázy II. Ty inhibují ligázovou funkci enzymu, který poté zanechává volné konce DNA, což může vést k nehomologní rekombinaci mezi MLL genem a partnerským genem (BROEKER et al. 1996, BRAEKELEER 2005, APLAN 2006, ZHANG a ROWLEY 2006). Podobné místo zlomu bylo objeveno
27
i u AF9 (ALL1 fused gene from chromosome 9) genu, který je nejčastějším translokačním partnerem MLL genu u AML (STRISSEL et al. 2000).
2.2.2.4. Aberace MLL genu Dle FAB kritéria odpovídají morfologicky AML případy s aberací MLL genu kategorii akutní myelomonocytární leukemie (AML-M4) a akutní myeloblastické leukemie (AML-M5a). Podobně jako pacienti s akutní lymfatickou leukemií vykazují i oni vysoký podíl leukemických blastů. Aberace MLL genu jsou asociovány se špatnou prognózou (AYTON a CLEARY 2001). Změnami MLL genu mohou být translokace, amplifikace, duplikace a delece. Zřídka se objevují inverze nebo inzerce. Translokace a amplifikace se pak vyskytují nejčastěji. Většina těchto aberací vede k vzniku fúzního genu tj. genu vzniklého splynutím části MLL genu s partnerským genem. Tento děj, jak se ukázalo, je důležitým bodem v procesu leukemogeneze (ROWLEY et al. 1992, DASER a RABBITTS 2004). V poslední době byl odhalen nový mechanizmus, který vytváří funkční chimérický transkript avšak až na úrovni RNA. Jde o tzv. ´´sestřihové´´ MLL fúze. Popsán byl až u 50% translokací t(11;19)(q23;p13.3) a dále u partnerských genů ELL (eleven nineteen lysin rich leukemia gene, 19p13.1), EPS15 (EGFR Pathway Substrate 15, 1p32), AF9 (9p22) a SEPT5 (septin 5, 22q11.2), kde se ovšem jeví jako spíše vzácná událost (MEYER et al. 2007). Dosud bylo popsáno asi 87 různých přestaveb MLL genu (MEYER et al. 2006).
2.2.2.4.1. Translokace Obvykle mají MLL translokace reciprokou, balancovanou povahu. Na nukleotidové úrovni je však součástí mechanizmu i vznik krátkých delecí, inverzí, inzercí čí amplifikací v zlomové oblasti (REICHEL et al. 2001, APLAN 2006). Při translokacích MLL genu obvykle dochází k vzniku fúzního genu. Nejčastěji do translokací s MLL vstupují geny AF4 (ALL1 fused gene from chromosome 4, 4q21), AF9 (9p22), AF10 (ALL1 fused gene from chromosome 10, 10p12), ELL (19p13.1) a ENL (eleven nineteen leukemia gene, 19p13.3). Dle databáze Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Hematology bylo do roku 2007 popsáno 73 různých chromozomových partnerských oblastí, z nichž 54 bylo již charakterizováno na
28
molekulární úrovni, zbylé byly identifikovány jen cytogeneticky a na objasnění své molekulární
podstaty
teprve
čekají
(obr.č.3)
(http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/Genes/MLL.html k datu 12.2.2008). Množství MLL partnerů kódujících proteiny různých funkcí svědčí o tom, že je jejich funkce v leukemogenezi jen minoritní (BERNARD a BERGER 1995).
Obr.č.3 MLL gen a jeho fúzní partnerské geny. Převzato z http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/Genes/MLL.html k datu 12.2.2008.
Výsledkem translokace MLL genu je obvykle derivovaný 11. chromozom a fúzní gen s 5´koncem MLL genu a 3´koncem partnerského genu, kódující chimérický protein s novými onkogenními vlastnostmi (obr.č.4). K expresi proteinu s N-koncem produktu partnerského genu a C-koncem MLL proteinu, vzniklého na derivovaném partnerském chromozomu, dochází zpravidla jen velmi zřídka (BRAEKELEER 2005).
29
MLL gen
AT vazebná doména
Metyltransferázová doména
Aktivační doména
SET doména
Obr.č.4 Schéma vzniku fúzního genu (Dle Braekeleer 2005).
V mnoha případech dochází při translokaci k spojení MLL genu s partnerským genem, jehož transkripce probíhá ve stejné orientaci tj. od centromery k telomeře. Pokud proběhne fúze 5´části MLL genu s 3´částí partnerského genu ještě ve stejném čtecím rámci, vzniká funkční chimérický protein. Pokud však fúze není ve stejném čtecím rámci nebo je partnerský gen v opačné transkripční orientaci anebo je MLL gen spojen s nekódující oblastí, chimérický protein nevzniká. Patologie těchto nálezů může pak spočívat v porušení funkčnosti alely partnerského genu, tedy v haploinsuficienci (MEYER et al. 2007). Překvapivé výsledky odhalily studie, které sledovaly přítomnost chimérického proteinu u translokace t(10;11)(p12;q23), vedoucí k fúzi genů MLL-AF10. Gen AF10 leží totiž v opačné transkripční orientaci než gen MLL. Je přepisován ve směru od telomery k centromeře. Jednoduchá fúze by tedy vedla na chromozomu 11 k vzniku fúzního genu složeného z 5´částí obou genů. Je jisté, že se při těchto dějích uplatňuje mnohem složitější mechanizmus než je jednoduchá balancovaná translokace. V případech fúze MLL-AF10 byly jako přídatný děj sledovány především inverze a inzerce genetického materiálu. Podobné translokace byly pozorovány i u solidních nádorů nebo i dalších typů leukemií jako je například chronická myeloidní leukemie a fúze genů TEL (translocation ets leukemia, 12p13) a ABL1 (Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1, 9q34) (KLAUS et al. 2003). Obecně lze fúzní partnery MLL genu rozdělit do 2 skupin. První kódují jaderné proteiny s transkripční aktivitou, do druhé patří proteiny cytoplazmatické. Mezi jaderné partnerské proteiny patří například AF4, AF9, AF10, ENL nebo ELL. Významnými cytoplazmatickými proteiny jsou například AF6, SEPT6 a další. Skutečnost, že MLL protein je častěji fúzovaný s jadernými proteiny, poukazuje na to, že chimérické onkoproteiny se vyznačují vysokým transformačním potenciálem 30
v porovnání s cytoplazmatickými partnery, a méně vyžadují kooperaci dalších onkogenů v leukemické transformaci krvetvorných buněk. Nezávisle na fenotypu leukemie, výskyt MLL mutace u pacientů vždy zhoršuje přežití a je spojený s velmi špatnou prognózou (TAKÁČOVÁ et al. 2007). Existuje několik hypotéz o funkci chimérického proteinu. Může například neutralizovat normální funkci MLL proteinu kompeticí o cílová vazebná místa nebo vytvořit nový transkripční faktor fúzí DNA vazebného motivu s transaktivační doménou svého partnera. Dalším možným mechanizmem leukemogeneze je oligomerizace MLL genu, způsobená přítomností dimerizační domény partnerského proteinu. Mezi takové proteiny patří i řada členů septinové rodiny (SEPT2, SEPT4, SEPT6, SEPT9, SEPT11) (DASER a RABBITS 2004, SO a CLEARY 2004, DOU a HESS 2008). Studie z posledních let ukazují, že pravděpodobným základem pro vznik všech typů leukemií způsobených MLL fúzí může být i fakt, že je tento chimérický protein oproti normálnímu MLL proteinu, který bývá odstraněn během S-fáze a M-fáze buněčného cyklu, odolný vůči degradaci (LIU et al. 2007). Současný pohled na vznik a vývin MLL asociovaných leukemií pak podporuje hlavně mechanizmus nabytí nových onkogenních vlastností vlivem fúze s různými partnerskými geny, což je v souladu se známým faktem, že heterozygotní ztráta MLL genu nevede k vzniku leukemie u myší (YU et al. 1995, TAKÁČOVÁ et al. 2007). Translokace MLL genu se vyskytují u 5 až 6% AML a 10% akutní lymfatické leukemie.
U
AML
jsou
nejfrekventovanější
translokace:
t(6;11)(q27;q23),
t(9;11)(p21;q23), t(10;11)(p12;q23) a t(11;19)(q23;p13) (GUÉ et al. 2006).
Nejčastější translokace u AML: • t(6;11)(q27;q23) Tato translokace se vyskytuje u AML typu M4 a M5, akutní lymfatické leukemie a sekundárních leukemií. Nalezena byla hlavně u dětí a mladých lidí, dominantně u mužů. Prognóza je velmi špatná, zřídka dochází k remisi a doba přežití je krátká. Partnerským genem se zde stává gen AF6 (ALL1 fused gene from chromosome 6). Jeho protein obsahuje 1 612 aminokyselin a působí v cytoplasmě v transportním systému a v signální transdukci. Zlomové místo bývá za 35. aminokyselinou.
31
Chimérický protein je složen z 1 400 aminokyselin. N-konec tvoří MLL, C-konec AF6 (BERNARD a BERGER 1995, MARTINEAU et al. 1998). • t(9;11)(p22;q23) Translokace byla popsána u AML typu M4, M5 a sekundárních leukemií. Velmi špatná prognóza se očekává právě u sekundárního typu onemocnění, naopak pro de novo vzniklou leukemii je prognóza lepší (GRIMWADE et al. 1998). Partnerský gen AF9 (ALL1 fused gene from chromosome 9). kóduje jaderný transkripční faktor o 568 aminokyselinách a 63 kDa. Výsledný fúzní gen 5′MLL 3′AF9 vzniká variabilním zlomem. Obvykle se fúzní místo u AF9 nachází za 376. aminokyselinou. Produkt o 180 kDa má 1 444 aminokyselin z proteinu MLL a 192 aminokyselin z proteinu AF9 (BERNARD a BERGER 1995, SWANSBURY et al. 1998). Jako přídatná aberace se někdy vyskytuje trizomie chromozomů 8 a 19. • t(10;11)(p12;q23) Přestavba je typická pro AML typu M4 a M5. Zahrnuje 35 až 50% dětských případů AML (ARNAUD et al. 2005). Pacienti s tímto nálezem mají obvykle špatnou prognózu a značně vyšší riziko relapsu ve srovnání s jinými aberacemi 11q23 (CASILLAS et al. 2003). Translokace je charakteristická vysokou diverzitou zlomových míst na chromozomu 10. Nalézají se v oblasti 10p11 až 10p15. Partnerský gen AF10 (ALL1 fused gene from chromosome 10). z oblasti 10p12 vytváří jaderný transkripční faktor o 109 kDa. Gen je transkripčně aktivní ve směru od telomery k centromeře, tedy opačně než MLL gen (obr.č.5). K vzniku funkčního chimérického proteinu s N-koncem MLL a C-koncem AF10 je proto třeba mnohem komplexnějšího mechanizmu (BERNARD a BERGER 1995, LILLINGTON et al. 1998, LIMBERGEN et al. 2002).
5´
AF10
3´
5´ MLL 3´
Obr.č.5 Schéma transkripční orientace genů AF10 a MLL.
32
• t(11;19)(q23;p13.1) Přestavba byla zachycena u AML typu M4 a M5, a sekundárních akutních leukemií. Častěji postihuje dospělé. Prognóza je opět velmi špatná, medián přežití se pohybuje jen okolo 6 měsíců. Partnerský gen ELL (eleven nineteen lysin rich leukemia gene) vytváří 68 kDa jaderný protein sloužící jako transkripční elongační faktor (BERNARD a BERGER 1995, MOORMAN et al. 1998). Translokace může být provázena trizomií chromozomů X, 6 a 8.
• t(11;19)(q23;p13.3) Translokace reprezentuje jen 6% případů ze všech MLL translokací (GUÉ et al. 2006). Kromě AML typu M4 a M5 byla tato přestavba také pozorována u akutní lymfatické leukemie a bifenotypických a sekundárních leukemií. Vyskytuje se především u dětí mladších 1 rok. Prognóza je opět velmi špatná, medián přežití nepřesahuje 1 rok. Jako partnerský gen se uvádí ENL (eleven nineteen leukemia gene), gen pro jaderný transkripční faktor. Vzniklý fúzní gen je typu 5′MLL - 3′ENL (BERNARD a BERGER 1995, MOORMAN et al. 1998). Obvykle dochází u genu ENL k zlomům v exonech 2 a 7, Fu et al. (2007) ale zaznamenali i nová zlomová místa a to v exonech 4 a 6.
Do dnešní doby bylo popsáno více než 70 různých translokací a jejich počet stále stoupá. Mezi nověji objevené patří translokace t(1;11)(p32;q23) s fúzním genem MLLEPS15 (EGFR Pathway Substrate 15) (SAGAWA et al. 2006) nebo t(2;11)(q37;q23) zaznamenaná u sekundární AML (CERVEIRA et al. 2006). Translokace spojuje 7. exon MLL genu s 3. exonem genu SEPT2 (septin 2). Nejvíce různých zlomových míst, která vstupují do translokace s MLL genem, bylo zaznamenáno na 17. chromozomu. Mnoho z nich však nebylo dosud identifikováno na molekulární úrovni a partnerský gen tak není zatím znám. Nejčastější z nich jsou reciproké translokace t(11;17)(q23;q25), vedoucí k fúzi MLL-SEPT9 (septin 9), a t(11;17)(q23;q12-q21), které mohou vést k vzniku různých fúzních genů, jmenovitě MLL-AF17 (ALL1 fused gene from chromosome 17), MLL-LASP1 (LIM and SH3 protein) a MLL-ACACA (acetyl-Coenzyme A carboxylase alpha) (STREHL et al. 2006). 33
2.2.2.4.2. Amplifikace a nadpočetná kopie MLL genu Odlišnou aberací MLL genu je jeho amplifikace nebo nadpočetná kopie, vedoucí k produkci velkého množství proteinu MLL. Amplifikace MLL genu se mohou vyskytovat ve formě parciální tandémové duplikace, homogenně se barvícího regionu nebo double minutes, kruhového či derivovaného chromozomu nebo nedefinovaného marker chromozomu (ARIYAMA et al. 1998, AVET-LOISEAU et al. 1999, MICHAUX et al. 2000, STREUBEL et al. 2000, ANDERSEN et al. 2001). Nadpočetnou kopii MLL genu můžeme pozorovat jako početní změnu při polyzomii (trizomie, tetrazomie) nebo jako izochromozom 11q (ARNAUD et al. 2005). Deregulace genů HOXA7 a HOXA9 při amplifikaci MLL genu svědčí o podobném mechanizmu leukemogeneze, který byl sledován u jeho přestaveb (POPPE et al. 2004). Někdy amplifikace zahrnuje jen některé exony MLL genu. Jde o tzv. parciální tandemovou duplikaci (PTD). Nejčastěji dochází k zduplikování exonů 5 až 11 (12) nebo exonů 2 až 6 (WHITMAN et al. 2005). V proteinu se PTD projeví duplikací Nkonce zahrnujícího DNA vazebnou a represní doménu. Výsledkem je prodloužený protein. Parciální tandemová duplikace MLL genu dominuje především u starších lidí s de novo AML s normálním karyotypem nebo trizomií 11. chromozomu. Tvoří přibližně 5 až 9% případů AML (DOHNER et al. 2002, MRÓZEK et al. 2007). PTD však není detekovatelná cytogenetickými metodami, proto se k jejímu studiu používá například Southern analýza, PCR nebo RT-PCR (CALIGIURI et al. 1998, SHIH et al. 2006). Amplifikace MLL genu je u myeloidních onemocnění často asociována se sekundárním typem onemocnění a s komplexními změnami karyotypu, zahrnujícími obvykle del(5)(q) (PAPENHAUSEN et al. 2005). Byly pozorovány i případy komplexních změn karyotypu s mnohonásobnou amplifikací MLL genu dle FISH, u nichž byla pomocí RT-PCR zjištěna současně parciální tandemová duplikace genu (PAJUELO-GÁMEZ et al. 2007). Při výzkumu amplifikace 11q23 se zjistilo, že spolu s MLL genem se poměrně vysoce exprimují i některé další geny. Takovýmto příkladem je gen DDX6 (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 6) z oblasti 11q23.3, který patří do rodiny RNAhelikázových genů a uplatňuje se při vývojových procesech, a gen GAB2 (GRB2associated binding protein 2), jehož koamplifikace se objevuje u 70% pacientů s MLL
34
amplifikací (ZATKOVA et al. 2006). Popsána byla též amplifikace genu ETS1 (erythroblastosis virus E26 oncogene homolog 1) na 11q23.3, která ovšem nastává s mnohem nižší frekvencí (POPPE et al. 2004).
2.2.2.4.3. Delece Většina pacientů mající akutní leukemii s delecí (11)(q23) mívá i deleci v MLL genu (HARBOTT et al. 1998). Ztráty mohou postihnout celý MLL gen nebo častěji jen jeho část. Delece MLL genu byla sledována u 20 až 25% případů akutní leukemie a myelodysplastického syndromu (KOBAYASHI et al. 1993, ROWLEY 1993). Velikost delece se pohybuje od 20 kb do více než 1 Mb (BERGH et al. 2000). Nejčastěji postihuje v MLL genu exon 8, který kóduje cysteinové zbytky v doméně zinkových prstů (SCHICHMAN et al. 1994). Někdy může delece 3´konce MLL genu doprovázet některé translokace, například t(4;11) nebo t(9;11). Zaznamenán byl i případ inzerce 5´části MLL do oblasti 10p12, vedoucí k vzniku fúze MLL-AF10, se současnou delecí jeho 3´koncové části (MATSUDA et al. 2006). Delecemi oblasti 11q23 se také zabývali Kobayashi et al. (1993). Výsledky jejich studie vedou k předpokladu, že distální ztráty dlouhého ramene chromozomu 11 od 3´konce MLL genu jsou spojeny s jeho kryptickými translokacemi. U proximálně orientovaných delecí jako jsou například del(11)(q13q23), del(11)(q21q23) a del(11)(q13q24), tyto malé translokace prokázány nebyly. Jelikož mohou být delece 11q23 spojeny s kryptickou přestavbou MLL genu, je vhodné při vyšetření pacientů s tímto nálezem použití FISH nebo jiných molekulárních metod.
2.2.2.4.4. Inzerce a inverze Inzerce a inverze MLL genu se mohou vyskytovat jako samostatné aberace i jako součást komplexních mechanizmů, umožňujících vznik funkčního chimérického proteinu při translokaci dvou transkripčně opačně orientovaných genů. U chromozomu 11 dochází při inzerci obvykle k integraci megabázového regionu zahrnujícího 5´konec MLL genu na jiný chromozom. Je to další možný mechanizmus k vytvoření nových fúzních genů. Kryptické inzerce MLL genu byly sledovány například v oblastech 10p, 6q a 9p (DYSON et al. 2003).
35
Inverze
inv(11)(q14q23)
byla
popsána
u
dětské
AML.
Přeskupení
chromozomového materiálu vedlo k spojení 7. exonu MLL genu se 7. exonem genu PICALM (phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein). Výsledný protein byl tradičně složen z N-konce MLL a C-konce PICALM (WECHSLER et al. 2003). Jinou inverzi inv(11)(q21q23) detekovali Nemoto et al. (2007) u sekundárního typu AML. Výsledkem přestavby bylo spojení 7. exonu MLL genu s exonem 2 genu MAML2 (mastermind-like 2). Stejně jako v předchozím případě byl výsledný protein typu N-konce MLL a C-konce MAML2.
2.2.2.5. Detekce aberací MLL genu Detekovat aberaci MLL genu je u AML zvláště důležité, protože její přítomnost patří mezi prognosticky nepříznivé faktory (MRÓZEK et al. 1997). Klasickou analýzou karyotypu lze detekovat asi jen 2/3 translokací zahrnujících MLL gen (MARTINEZ-CLIMENT et al. 1995). Velkou nevýhodou této metody je tedy vysoká incidence falešně negativních výsledků. Proto se k detekci aberací MLL genu využívá spíše molekulárně - cytogenetických metod anebo molekulárních biologických. Vhodnou molekulárně - cytogenetickou metodou analýzy přestaveb MLL genu je fluorescenční in situ hybridizace. Její významnost vzrostla především díky využití dvoubarevné lokus – specifické sondy pro tento gen, kdy je proximální a distální část genu značena odlišným fluorochromem. Umožňuje tak zachytit i případnou deleci 3´konce MLL genu. Při zlomu v MLL genu pak dojde k rozdělení jednoho fúzního signálu. Metoda umožňuje detekovat přestavbu MLL genu bez ohledu na různorodost partnerských genů. K jejich charakterizaci je pak nutno použít některé další modifikace fluorescenční in situ hybridizace. Z molekulárně - biologických metod lze zvolit Southern analýzu (CIMINO et al. 1993). Nevýhodou této metody je však nutnost velkého množství vstupního materiálu a časová náročnost. Dnes se nejvíce využívá RT-PCR (PCR pomocí reverzní transkriptázy), která dokáže detekovat chimérický transkript vzniklý z různých translokací (BIONDI et al. 1993). Výsledky této metody jsou ale značně ovlivněny kvalitou vyšetřovaných RNA vzorků. Značné omezení této techniky spočívá také v možnosti detekce translokací s již známými fúzními partnery, charakterizovanými na molekulární úrovni. Proto Megonigal et al. (2000) navrhli cDNA PCR reakci, zvanou ´´panhandle PCR´´, kdy je možno amplifikovat translokační zlomy MLL genu bez
36
nutnosti primerů z partnerských genů. Techniku se však zatím nepodařilo optimalizovat ke klinickému použití (MEYER et al. 2005). V poslední době také roste atraktivita čipové analýzy. MLL FusionChip je membrána pokrytá oligonukleotidovými sekvencemi specifickými pro zlomová místa uvnitř MLL genu a jeho dosud známých partnerských genů. Metoda je založena na amplifikaci a detekci fúzního transkriptu MLL genu pomocí reverzní transkripce celkové RNA pacienta a následné PCR reakci a hybridizaci (HARRISON et al. 2007).
37
3. MATERIÁL A METODY 3.1 Materiál 3.1.1. Soubor pacientů V průběhu let 2006 až 2007 bylo v cytogenetické laboratoři ÚHKT vyšetřeno 66 dospělých pacientů s nově diagnostikovanou akutní myeloidní leukemií. Aberace MLL genu byly detekovány v buňkách kostní dřeně nemocných. U všech bylo provedeno vyšetření nejprve klasickou cytogenetickou analýzou a následně metodou FISH s lokus specifickou sondou pro MLL gen a dále se sondami pro deleci dlouhých ramen chromozomů 5 a 7 a trizomii chromozomu 8. Komplexní přestavby karyotypu byly analyzovány metodou mnohobarevné FISH a k přesné lokalizaci zlomových míst byla použita metoda mnohobarevného pruhování.
3.1.2. Laboratorní technika pro klasickou cytogenetickou analýzu a FISH Biohazard třída II., EQU/04-EBC-2A (ESCO, Singapour) Biologický termostat 37°C, BT 120 (LAB system, Česká Republika) Digestoř s ventilátorem, CK250C (Multivac Pardubice, Česká Republika) Histologická plotýnka, MEDAX 12801 (Nagel GmbH, Německo) Hybridizační blok, HYBrite (Vysis, USA), TermoBrite (Vysis, USA) Magnetická míchačka, Variomag Mono (H+P Laboratortechnik, Něměcko) Metafer/Metacyte, AXIOPLAN 2 Imaging (Carl Zeiss, Německo) Mikroskop fluorescenční s příslušenstvím, AXIOPLAN 2 Imaging (Carl Zeiss, Německo) pH metr, (inoLAB, Německo) Pikofuga, DW-41 (Qualitron, Korea) Počítačová analýza obrazu, software pro karyotypování, ISIS (MetaSystemsTM, Německo) Počítačová analýza obrazu, software pro FISH a mFISH, ISIS (MetaSystemsTM, Německo) Stolní laboratorní váhy, AND GX-200-EC (AD Instruments, Japonsko) Světelný mikroskop, Axioskop (OPTON, Německo) Vodní lázeň, 30-80°C, (Techne, Velká Británie) Vortex (Biotech International, Německo) 38
3.1.3. Chemikálie a roztoky 3.1.3.1. Chemikálie a roztoky pro klasickou cytogenetickou analýzu
Chemikálie: 2x SSC (lékárna VFN)
L-glutamin (Lékárna VFN)
Kolcemid (CIBA)
Metanol (Penta)
Fetální telecí sérum (Sigma)
Na2HPO4 . 2 H2O (Fluka)
Giemsa solution (Merck)
Olej imerzní (Zeiss)
0,2M HCl (lékárna VFN)
PBS (Lékárna VFN)
0,075M KCl (Lachema)
Penicilin G Biotika Drasel. Sul
Heparin (Léčiva)
(Lékárna VFN)
KH2PO4 (Lachema)
Fytohemaglutinin (Murex)
Kultivační
médium
RPMI-1640
Redestilovaná voda
(Sigma)
Referenční pufry pH 4, 7, 10 (Fluka)
Ledová kyselina octová (Penta)
Wrightovo barvivo (Merck)
Roztoky: Odběrové médium:
Kultivační médium:
400 ml PBS
500 ml média RPMI
4,8 ml heparinu
60 ml fetálního séra 5
ml glutaminu
Fixace:
5
ml penicilinu + streptomycinu
Kyselina octová + metanol
5
ml NaCl
(v poměru 1:3) Barvící roztok A: Hypotonický roztok:
5,34 g Na2HPO4 . 2 H2O
2,796 g 0,075M KCl
500 ml redestilované H2O
500
ml redestilované H2O Barvící roztok B: 4,05 g KH2PO4 500
ml
redestilované
H2O
39
Sırensenův pufr:
Wrightovo barvivo:
49 ml roztoku A
2,5 g Wrightova barviva (v prášku)
51 ml roztoku B
1 000 ml metanolu
3.1.3.2. Chemikálie a roztoky pro FISH analýzu
Chemikálie: NP 40 (Sigma)
20x SSC (Lékárna VFN) Antifade (Vector) Blocking reagent (MetaSystems
PBS (Lékárna VFN) TM
CEP® Hybridization Buffer
)
Pepsin (Sigma) Detekční protilátky ´´Detection 1+3´´
(Abbott VYSISTM)
´´Detection 2´´
DAPI (Sigma)
(MetaSystemsTM)
Etanol 96% (Penta)
Redestilovaná voda
Etanol 99,9% (Penta)
Rubber cement (Marabu)
Formaldehyd 37% (Sigma)
Tween 20 (Sigma)
Formamid (Fluka)
24Xcyte Probe kit (MetaSystems™)
0,2N HCl (Lékárna VFN)
XCyte* Probe kit (MetaSystems™;
LSI/WCP® Hyridization Buffer (Abbott VYSISTM) MgCl2 (Lachema)
* - číslo příslušného chromozomu) Značené DNA sondy (Abbott VYSISTM , MetaSystems™)
NaOH (Penta)
Roztoky: Alkoholová řada: 30% alkohol: 30 ml 96% etanolu 65 ml redest. H2O 50% alkohol: 50 ml 96% etanolu 45 ml redest. H2O
70% alkohol: 58 ml 96% etanolu 22 ml redest. H2O 85% alkohol: 70,5 ml 96% etanolu 9,5 ml redest. H2O
Barvící roztok DAPI/2xSSC:
0,1xSSC:
45 µl DAPI (0,2mg/ml)
2,5
45 ml 2xSSC
497,5 ml redestilované H2O
2x SSC:
Zásobní roztok Pepsinu:
50 ml 20xSSC
1 g Pepsinu (Sigma, P7012)
450 ml redestilované H2O
50 ml redestilované vody
ml 20xSSC
(rozplněno na alikvoty) 0,4x SSC/0,3%NP40: 950 ml redestilované H2O
4x SSCT:
20 ml 20xSSC
250 µl 0,05% Tween 20
3
100 ml 20xSSC
ml NP40
400 ml redestilované H2O 2x SSC/0,1% NP40: 50,0 ml 20xSSC
NaOH 0,07mol/l:
449,5 ml redestilované H2O
1,4 g NaOH
0,5
500 ml redestilované H2O
ml NP40
PBS/50mM MgCl2:
0,01N HCl:
4,066 g MgCl2
25 ml 0,2 N HCl
400 ml PBS
475 ml redestilované H2O
3.2. Metodika 3.2.1. Klasická cytogenetická analýza Základem klasického cytogenetického vyšetření je sestavení karyotypu dělících se maligních buněk podle závazné mezinárodní nomenklatury ISCN (2005). Buňky získané při odběru se nejprve kultivují, poté zpracovávají a barví vhodnou pruhovací technikou.
41
3.2.1.1. Kultivace a zpracování buněk kostní dřeně o Vzorek kostní dřeně byl sterilně odebrán do zkumavek s odběrovým médiem připraveným v naší laboratoři (odběrové zkumavky jsou připravovány předem a uchovávány v lednici při 4°C maximálně po dobu 1 měsíce). o Přibližně 0,1 - 0,5 ml odebrané kostní dřeně jsme centrifugovali 5 min při 2 000 otáčkách/min. o Vrstvu buněk s lymfocyty (asi 1 ml) jsme v sterilním boxu odsáli a převedli do připraveného kultivačního média a kultivovali v termostatu 24 h při 37°C.
3.2.1.2. Příprava preparátů o Po 24 hodinách kultivace jsme k buněčné kultuře přidali 0,1 ml kolcemidu (0,276µl/ml média), z důvodu porušení funkce dělícího vřeténka a zastavení dělení buněk v metafázi, a inkubovali 1 h při 37ºC. o Buněčnou směs jsme centrifugovali 5 min při 2 000 otáčkách/min a pokojové teplotě (PT). o Supernatant jsme odsáli a sediment resuspendovali v hypotonickém roztoku (0,075 M KCl, asi 5 - 10 ml). Objem buněk se tak zvětší, membrány naruší a chromozomy se uvolní a oddálí od sebe. Směs jsme inkubovali v termostatu 20 min při 37ºC. o Vzniklou suspenzi jsme opět centrifugovali 5 min při 2 000 otáčkách/min, PT. o Po odsání supernatantu jsme k sedimentu za stálého třepání přidávali po kapkách čerstvě připravený fixační roztok (metanol a ledová kyselina octová v poměru 3:1). o Resuspendovaný sediment jsme centrifugovali 5 min při 2 000 otáčkách/min, PT. o Přidání fixačního roztoku s následnou centrifugací jsme opakovali 5krát. Po poslední fixaci jsme buněčnou suspenzi ve fixačním roztoku uložili v lednici při 4-7 ºC do druhého dne. o Druhý den jsme po centrifugaci suspenze 5 min při 2 000 otáčkách/min a PT odsáli supernatant, sediment resuspendovali ve fixačním roztoku (množství fixačního roztoku závisí na hustotě buněčné suspenze), nakapali 1-3 kapky buněčné suspenze z výšky na připravené podložní sklo a nechali na vzduchu zaschnout.
42
o Kvalitu a hustotu jader na preparátu jsme zhodnotili ve světelném mikroskopu, a případně jsme ředění upravili. o Zpracované preparáty jsme vložili do krabic na mikroskopická skla a uchovávali při PT. Zbývající buněčná suspenze se pro případ další potřeby uchovává v mrazničce při -18 až -20 ºC.
3.2.1.3. Barvení V cytogenetické laboratoři ÚHKT používáme modifikaci Wrightova barvení, které odpovídá G-pruhům a je šetrné pro zachování morfologie chromozomů. K barvení jsme použili týden staré zpracované preparáty.
o Preparáty jsme inkubovali v roztoku 0,2 N HCl 5 min při PT a v roztoku 2xSSC 20 min při 60°C. o Připravili jsme barvící roztok (3 ml Sırensenova pufru, 1 ml Wrightova barviva). o Preparáty jsme v horizontální poloze přelili připraveným roztokem a nechali působit 3 až 5 min (délka barvení je závislá na stáří preparátů a Wrightově barvivu, proto je nutné zvolit dobu pro každou sérii preparátů individuálně). o Preparáty jsme opláchli pod tekoucí vodou a nechali usušit na vzduchu. o Kvalitu barvení chromozomů jsme zkontrolovali ve světelném mikroskopu (bylo-li barvení nedostatečné pokračovali jsme přidáním nové směsi pufru a Wrightova barviva, byl-li preparát naopak přebarvený, odbarvili jsme jej v metanolu a po usušení celé barvení opakovali s kratším časem).
3.2.1.4. Mikroskopické vyhodnocení Obarvené preparáty jsme analyzovali ve světelném mikroskopu (Axioskop). Vyhledávali jsme vhodné mitózy a při 100násobném zvětšení vyhodnocovali početní a strukturní odchylky chromozomů. Výsledný nález jsme zapsali podle závazné mezinárodní nomenklatury ISCN (2005). Pokud to obsah preparátu umožňoval, zhodnotili jsme a takto zapsali u každého pacienta 22 mitóz. Poté jsme vhodně zvolili nejméně 4 mitózy, u kterých jsme pomocí počítačové analýzy obrazu (Ikaros) sestavili karyotyp.
43
3.2.2. Molekulární cytogenetická analýza 3.2.2.1. Metoda FISH Při FISH analýze jsme používali komerčně dodávané lokus - specifické, centromerické a subtelomerické sondy od firmy Abbott VYSISTM. Postupovali jsme podle protokolů doporučených jejich výrobci. Sondy byly uchovávány v mrazáku při -20°C. U všech pacientů s nově diagnostikovanou AML jsme provedli FISH vyšetření se sondami pro: MLL gen (sonda LSI MLL), oblast 7q31 (sonda LSI 7q31/CEP 7), 5q31 (sonda LSI 5q31/5p15.2) a centromerickou oblast 8. a 9. chromozomu (sonda CEP 8/CEP 9). K potvrzení patologického nálezu klasické analýzy byly použity další sondy.
Použité sondy: LSI MLL: Dvoubarevná sonda je určena k detekci zlomu v MLL genu. Jedna její část pokrývá 350 kb dlouhý úsek části MLL genu proximálně od zlomového regionu genu a je značena SpectrumGreen. Druhá její část značená SpectrumOrange hybridizuje se 190 kb částí MLL genu distálně od zlomového místa (obr.č.6). Nedošlo-li k přestavbám v těchto oblastech pozorujeme ve fluorescenčním mikroskopu fúzní signál obou sond. Sondu jsme použili k detekci aberací MLL genu.
Obr.č.6 Schéma LSI MLL sondy, BCR (breakpoint cluster region) . Převzato z http://www.vysis.com; stav k 12.3.2008
44
LSI 5q31/5p15.2: Sonda je složená z dvou barevně odlišných sond. Jedna pokrývá oblast o velikosti přibližně 200 kb v chromozomovém pruhu 5q31 (EGR1) a je značena SpectrumOrange. Druhá hybridizuje s přibližně 450 kb oblastí v pruhu 5p15.2 (D5S23) a je značena SpectrumGreen. Sondu jsme použili k detekci delece 5q nebo monozomie chromozomu 5.
LSI 7q31/CEP 7: Dvoubarevná sonda je směsí dvou odlišně značených sond. Jedna pokrývá oblast o velikosti přibližně 200 kb v chromozomovém pruhu 7q31 (D7S486) a je značena SpectrumOrange. Druhá hybridizuje s centromerickou oblastí chromozomu 7 (D7Z1) a je značena SpectrumGreen. Sondu jsme použili k detekci delece 7q nebo monozomie chromozomu 7.
CEP 8/CEP 9: Sonda je kombinací dvou centromerických sond. SpectrumOrange je značena
sonda
pokrývající
centromerickou
oblast
chromozomu
8
(D8Z2).
SpectrumGreen značená sonda hybridizuje s centromerickou oblastí chromozomu 9 (NA). Sondu jsme použili k detekci trizomie chromozomu 8, centromerická sonda pro chromozom 9 sloužila jako kontrolní.
LSI p53/CEP 17: Sonda je kombinací lokus specifické sondy hybridizující s asi 145 kb úsekem genu p53, značené SpectrumOrange, a centromerické sondy pro chromozom 17 (D17Z1), značené SpectrumGreen. Sondu jsme použili k detekci delece genu p53, centromerická sonda sloužila jako kontrolní.
CEP X/CEP Y: Sonda je kombinací dvou centromerických sond: SpectrumOrange značené sondy pro centromerickou oblast chromozomu X (DXZ1) a SpectrumGreen značené centromerické sondy chromozomu Y (DYZ3). Sondu jsme použili k detekci monozomie chromozomu Y.
LSI CBFB: Dvoubarevná sonda je směsí dvou odlišně značených sond. Jedna hybridizuje s asi 150 kb úsekem 5'konce genu CBFB a je značená SpectrumRed. Druhá pokrývá přibližně 170 kb sekvenci 3'konce genu CBFB a je značena SpectrumGreen. Sondu jsme použili k detekci inv(16) a t(16;16).
45
LSI ETV6 (TEL): Dvoubarevná sonda je směsí dvou odlišně značených sond. Jedna hybridizuje s 630 kb úsekem lokalizovaným asi 6 kb proximálně od genu TEL a je značená SpectrumGreen. Druhá pokrývá přibližně 490 kb sekvenci zahrnující 5´konec genu TEL a je značena SpectrumOrange. Sondu jsme použili k detekci zlomu v genu TEL.
LSI IgH/CCND1: Součástí této sondy jsou dvě odlišně značené lokus specifické sondy pro gen IgH (14q32), značené SpectrumGreen, a gen CCND1 (11q13), značené SpectrumOrange. Sondu jsme použili k detekci zlomových míst translokace t(11;14).
CEP 12/ToTel 9p: Sonda je kombinací centromerické sondy pro chromozom 12 (D12Z3), značené SpectrumOrange, a sondy hybridizující se 115 kb úsekem subtelomerické oblasti 9p, značené SpectrumGreen. Sondu jsme použili k ověření translokace 9p na chromozom 12.
ToTel 11p/11q: Sonda je kombinací dvou subtelomerických sond: pro 110 kb region na 11p, značený SpectrumGreen, a pro 150 kb oblast na 11q, značené SpectrumOrange. Sondu jsme použili k potvrzení translokace 11q na jiný chromozom.
CEP 11/ToTel 12p: Sonda je kombinací centromerické sondy pro chromozom 11 (D11Z1), značené SpectrumOrange, a sondy hybridizující se 100 kb úsekem subtelomerické oblasti 12p, značené SpectrumGreen. Sondu jsme použili k ověření translokace 12p na chromozom 11.
LSI MLL/ToTel 10q: Sonda je kombinací sondy LSI MLL a sondy hybridizující se 75 kb úsekem subtelomerické oblasti 10q, značené SpectrumOrange. Sondu jsme použili k potvrzení inzerce amplifikovaného 5´konce MLL genu do chromozomu 10.
3.2.2.1.1. Příprava a ošetření chromozomových preparátů (pretreatment) Příprava cytogenetických preparátů pro FISH analýzu se až do bodu nakapání buněčné kultury na podložní sklo shoduje se způsobem přípravy preparátu pro klasickou cytogenetickou analýzu. K FISH analýze se používá fixovaných buněčných suspenzí. Preparáty jsou obvykle kapány den před hybridizací.
46
o Preparáty jsme inkubovali v roztoku 2xSSC 20 min při 37°C. o Připravili jsme hybridizační směs se sondou. o Provedli jsme dehydrataci v 70%, 85% a 96% etanolu po 2 min. Skla jsme usušili na vzduchu.
3.2.2.1.2. Denaturace a hybridizace o Na krycí skla (22 x 22 mm) jsme nanesli příslušnou sondu v připravené hybridizační směsi (10 µl) a překryli je podložními skly s nakapanou buněčnou suspenzí. o Preparáty jsme oblepili rubber cementem, abychom zabránili vyschnutí sondy během hybridizace a vložili je do hybridizačního bloku HYBrite nebo TermoBrite (Abbott VYSISTM), kde proběhla denaturace (2 min při 73°C) a hybridizace při 42°C do druhého dne.
3.2.2.1.3. Odmytí, detekce a barvení o Druhý den jsme z preparátů odstranili rubber cement a krycí sklo a inkubovali je v roztoku 0,4xSSC/0,3% NP40 2 min při 73°C. o Skla jsme inkubovali v roztoku 2xSSC/0,1% NP40 1 min při PT. o Provedli jsme dehydrataci alkoholovou řadou po 2 min v: 70%, 85%, 96% etanolu. o Usušená skla jsme barvili v roztoku DAPI/2xSSC 3 min při PT. o Preparáty jsme opláchli v roztoku 2xSSC asi 2 s a pod tekoucí vodou (asi 1 až 2 min) a nechali usušit ve tmě. o Pro zachování fluorescenčních signálů jsme na preparáty nanesli 30 µl Antifadu a překryli je krycím sklem 24 x 60 mm. Preparáty jsme uchovávali v mrazáku a ve tmě.
3.2.2.1.4. Mikroskopické vyhodnocení K vyhodnocení zhotovených preparátů jsme používali fluorescenční mikroskop AXIOPLAN 2 Imaging, vybavený specifickými optickými filtry pro detekci použitých fluorochromů. Za použití 100x zvětšujícího imerzního objektivu jsme u každého preparátu pozorovali fluorescenční signály alespoň ve 20 mitózách (pokud jich tolik preparát obsahoval) a ve 200 interfázních jádrech. Vyhodnocovali jsme především
47
počet a charakter fluorescenčních signálů, v mitózách pak navíc ještě jejich lokalizaci na příslušném chromozomu. Nález jsme popsali podle mezinárodní ISCN nomenklatury (2005). Patologický klon jsme z fluorescenčního mikroskopu zdokumentovali CCD kamerou a zpracovali pomocí softwaru pro FISH (ISIS).
3.2.2.2. Metody mFISH, mBAND Metodu mFISH jsme použili při analýze mnohočetných změn chromozomů, složitých chromozomových translokací zahrnujících větší počet chromozomů a k detekci chromozomového partnera při translokacích 11. chromozomu. Při analýze pomocí mFISH jsme používali celochromozomové sondy od firmy MetaSystemsTM, kombinatoriálně značené fluorochromy: FITC, Spectrum OrangeTM, TexasRed®, DEAC a CyTM5. Metodu mBAND jsme zvolili k
detekci delecí a k zpřesnění lokalizace
zlomových míst aberantního chromozomu, ke kterým dochází při strukturních přestavbách typu translokace nebo inzerce. Při mBAND analýze jsme opět používali DNA sondy a detekční kity od firmy MetaSystemsTM. U obou metod jsme postupovali podle stejného protokolu a striktně dle doporučení výrobce.
3.2.2.2.1. Ošetření chromozomových preparátů (pretreatment) Příprava cytogenetických preparátů pro mFISH a mBAND analýzu je stejná jako příprava preparátu pro FISH analýzu. Proto lze též použít fixovaných buněčných suspenzí získaných během klasického zpracování. Preparáty jsme nakapali nejlépe den před hybridizací.
o V předehřátém roztoku 0,01N HCl na 37°C, do kterého jsme přidali 375 µl zásobního roztoku pepsinu, jsme inkubovali preparáty 10 min. o Skla jsme omyli v roztoku 1x PBS 5 minut, při PT. o Na preparáty jsme nanesli 100 µl postfixačního roztoku (2,7 µl 37% formaldehydu v 97,3 µl 1xPBS /50 mM MgCl2 ), překryli je krycími skly (24 x 60 mm) a inkubovali 10 min ve vlhkých hybridizačních komůrkách při PT. o Preparáty jsme omyli v roztoku 1x PBS 5 min při PT.
48
3.2.2.2.2. Příprava preparátů a sond Příprava preparátů: o Preparáty jsme inkubovali v roztoku 2xSSC 30 min při 70°C. o Po 30 min jsme kyvetu vyndali z lázně a nechali ji při PT (asi 30 min) ochladit. o Ochlazené preparáty jsme na 1 min vložili do roztoku 0,1x SSC při PT. o Poté jsme je denaturovali 1 min v 0,07N NaOH při PT. o Preparáty jsme inkubovali v roztocích 0,1xSSC a 2xSSC po 1 min v lednici. o Provedli jsme dehydrataci alkoholovou řadou po 1 min v 30%, 50%, 70% a 100% etanolu, a nechali skla usušit na vzduchu.
Příprava sond: o 8 µl sondy jsme denaturovali 5 min na plováčku ve vodní lázni při 75°C a poté denaturaci zastavili přenesením sond na led na 1 až 2 min. o Sondy jsme inkubovali 30 min v termostatu při 37°C.
3.2.2.2.3. Hybridizace o Na malá krycí skla (22 x 22 mm) jsme nakapali protřepané a stočené sondy. o Krycí skla se sondou jsme překlopili preparátem, vytlačili bubliny a lepidlem (rubber cement) polepili okraje krycího skla proti vysychání sondy. o Preparáty jsme vložili do vlhkých hybridizačních komůrek a nechali je hybridizovat 2 - 4 dny v termostatu při 42°C.
3.2.2.2.4. Odmytí, detekce a barvení o Z preparátů jsme odstranili rubber cement a krycí sklo a inkubovali je ve vyhřátém roztoku 1xSSC 5 min při 75°C. o Preparáty jsme přendali do roztoku 2xSSC na 5 min při PT a následně inkubovali v roztoku 4xSSCT. o Na ručně odkapaná skla jsme napipetovali 50 µl Blocking Reagent, překryli je krycím sklem (22 x 60 mm) a inkubovali po dobu 15 min ve vlhkých hybridizačních komůrkách při 37°C. o Po 15 min jsme z preparátů odstranili krycí skla a inkubovali v roztoku 4xSSCT.
49
o Na preparáty jsme napipetovali 51 µl z připravené směsi s 50 µl Blocking Reagent a 1 µl protilátek Detection 1+3, překryli je krycím sklem (24 x 60 mm), vložili do hybridizačních komůrek a 30 min inkubovali při 37°C. o Preparáty jsme omyli 2krát po 3 min v roztoku 4xSSCT za stálého třepání na třepačce. o Detekci jsme analogicky opakovali se směsí protilátek Detection 2 a Detection 1+3. o Po posledním omytí v 4xSSCT jsme preparáty ještě inkubovali 3 min v roztoku PBS za stálého třepání, při PT. o Na preparáty jsme nanesli 30 µl DAPI/antifade a překryli je krycím sklem (22 x 60 mm). Preparáty jsme uchovávali v mrazáku a ve tmě.
3.2.2.2.5. Mikroskopické vyhodnocení a počítačová analýza obrazu Zhotovené preparáty jsme hodnotili pomocí fluorescenčního mikroskopu (AXIOPLAN 2 Imaging) a softwaru pro mFISH (ISIS). Pomocí Metaferu (AXIOPLAN 2 Imaging) jsme vyhledali a nasnímali vhodné mitózy. Zaznamenaný mnohobarevný snímek jsme dále zpracovali za použití softwaru ISIS. Tento systém vyhodnocuje fluorescenční signály, podle nichž přiřazuje každému homolognímu páru chromozomů klasifikační tzv. pseudobarvu. Podle ISCN nomenklatury (2005) jsme sestavili karyotyp s takto barevně rozlišenými chromozomy. U každého preparátu, pokud to jeho obsah umožňoval, jsme tímto způsobem analyzovali alespoň 10 mitóz.
50
4. VÝSLEDKY 4.1. Klinická data Od ledna roku 2006 do prosince 2007 jsme v cytogenetické laboratoři ÚHKT vyšetřili 66 dospělých nemocných s nově diagnostikovanou akutní myeloidní leukemií. Jednalo se o 30 mužů a 36 žen. Průměrný věk pacientů v době diagnózy byl 54,8 let, s rozsahem od 22 do 84 let. Základní klinické údaje a výsledky cytogenetické analýzy nemocných jsou uvedeny v příloze č.1. Primární typ AML byl diagnostikován u 55 nemocných, v 11 případech šlo o sekundárně vzniklou leukemii, převážně transformovanou z myelodysplastického syndromu. Nejčastěji byly u primární AML zjištěny subtypy: M2 (19x), M1 (10x), M4 (10x), M5a (6x), M0 (4x), M3 (2x), M5b (2x) a M6 (1x). U sekundární AML byly nejfrekventovanější: M4 (3x), M2 (2x), M1 (1x) a M6 (1x). U jednoho pacienta s primární AML a čtyř se sekundární formou onemocnění nebyl FAB subtyp blíže určen. Celkové zastoupení jednotlivých subtypů je uvedeno v grafu č.1.
Graf č.1 Výskyt FAB subtypů u pacientů s AML
Výskyt jednotlivých FAB subtypů u pacientů s AML (2006-07) 25
Počet záchytů
20 15 10 5 0 M0
M1
M2
M3
M4
M5
M6
Nespecif.
FAB subtyp
51
4.2. Cytogenetická analýza Klasická cytogenetická analýza byla provedena u všech 66 pacientů. U 4 nemocných jsme pro nedostatečný počet mitóz či jejich nízkou kvalitu nemohli karyotyp zhodnotit. Kromě klasické analýzy byli také všichni nemocní vyšetřeni molekulárně cytogeneticky. Základem tohoto vyšetření byla detekce přestavby MLL genu jako velmi nepříznivého prognostického markeru. Jelikož je FISH analýza oproti klasické mnohem méně časově náročná a je možné dodat její výsledky vyšetřujícímu lékaři v kratší době, zaměřili jsme se dále i na detekci nejčastěji se vyskytujících aberací u AML se známým prognostickým významem: deleci dlouhých ramen chromozomů 5 a 7 a trizomii chromozomu 8. Další molekulárně - cytogenetická vyšetření byla volena na základě klasické analýzy, abychom potvrdili nebo upřesnili její výsledek.
4.2.1. Klasická cytogenetická analýza Klasickým cytogenetickým vyšetřením jsme prokázali u 35 pacientů normální nález, samostatnou aberaci u 11 nemocných, přítomnost dvou aberací u 2 nemocných a rozsáhlé změny karyotypu (3 a více aberací) u 14 pacientů. U 4 nemocných nebyly nalezeny hodnotitelné mitózy. U 4 pacientů jsme prokázali přestavby spojené s dobrou prognózou: translokaci t(8;21)(q22;q22) u 2 nemocných, translokaci t(16;16)(p13;q22) u 1 nemocného a inverzi inv(16)(p13q22) rovněž u 1 nemocného. Aberaci MLL genu jsme klasickou cytogenetickou analýzou prokázali u 5 nemocných.
4.2.2. Molekulárně - cytogenetická analýza Základem molekulárně - cytogenetické analýzy byla detekce aberací MLL genu pomocí lokus specifické sondy pro tento gen. Dále jsme se zaměřili na přítomnost delecí dlouhých ramen chromozomů 5 a 7 s využitím lokus specifických sond LSI 5q31/5p15.2 a LSI 7q31/CEP 7, a na detekci trizomie chromozomu 8 pomocí centromerické sondy CEP 8. K ní byla jako kontrolní použita centromerická sonda pro chromozom 9. FISH výsledky pacientů s patologickým nálezem jsou uvedeny v tabulce č.4. U devíti pacientů jsme prokázali aberaci MLL genu. Skupině nemocných s tímto nálezem je věnována podkapitola 4.2.2.1.2.
52
Aberaci chromozomu 5 (deleci nebo monozomii) jsme prokázali u 9 pacientů (13,6%). Jednalo se o 6 mužů a 3 ženy, medián věku byl 57,3 let. Nemocní byli diagnostikováni jako AML-M2 (5x), M1 (1x), M4 (1x), M6 (1x), u jednoho pacienta nebyl FAB subtyp blíže specifikován. U 7 nemocných byla AML primárním onemocněním, u 2 nemocných sekundárním. Deleci chromozomové oblasti 5q31 jsme prokázali u 8 nemocných, u 1 jako samostatnou aberaci a u 7 spojenou s rozsáhlými přestavbami karyotypu. U 1 nemocného jsme detekovali monozomii chromozomu 5, rovněž ve spojení s komplexními přestavbami karyotypu. Aberaci chromozomu 7 (deleci nebo monozomii) jsme detekovali u 10 pacientů (15,2%), 6 mužů a 4 žen, s mediánem věku 57,1 let. Nemocní byli diagnostikováni jako AML-M2 (5x), M1 (1x), M4 (1x) a M6(1x). U dvou nemocných nebyl FAB subtyp určen. Primární onemocnění bylo prokázáno u 7 nemocných, sekundární u 3 nemocných. U 4 pacientů jsme detekovali deleci del(7)(q31), u dalších 4 ztrátu celého chromozomu 7 a u 2 se vyskytla delece del(7)(q31) společně s monozomií chromozomu 7. U 8 pacientů byl nález asociován s komplexními přestavbami karyotypu. Trizomii chromozomu 8 jsme prokázali u 8 nemocných (12,1%), 4 mužů a 4 žen, medián věku 59,4 let. Nemocní byli diagnostikováni jako AML-M5a (2x), M2 (2x), M1, M4 a M6. U jednoho pacienta nebyl FAB subtyp blíže určen. U 5 nemocných se jednalo o primární AML, u 3 o sekundární typ onemocnění. U 2 nemocných byla trizomie chromozomu 8 prokázána jako samostatná aberace, u 6 byla spojena s dalšími změnami. U jednoho pacienta se nám vzhledem k nízkému procentu patologických klonů nepodařilo prokázat trizomii klasickou cytogenetickou analýzou. Komplexní přestavby karyotypu jsme prokázali metodou mFISH u 15 pacientů, 7 mužů a 8 žen, s mediánem věku 53,5 let. Nejčastěji byli diagnostikováni jako AML-M2 (7x), M5a (3x), M4 (2x), M1 (1x), M6 (1x). U jednoho pacienta nebyl FAB subtyp specifikován. U 4 nemocných se jednalo o sekundárně vzniklou leukemii, transformovanou z myelodysplastického syndromu. Do komplexních přestaveb nejčastěji vstupovaly chromozomy: 7, 5, 11, 1, 12, 16, 3, 8, 17. Aberaci MLL genu spojenou s rozsáhlými změnami karyotypu jsme detekovali u 5 nemocných.
53
Tabulka č.4 FISH výsledky pacientů s patologickým nálezem Číslo pacienta
Sonda LSI MLL
1
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
2
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL
3
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
4
5
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL
6
10
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
13 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9
Výsledek FISH nuc ish(MLLx2)(5´MLL sep 3´MLLx1)[156] nuc ish(MLLx2)[44] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[148] nuc ish(D8Z2x2,NA)x2[52] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[110] nuc ish(EGR1x2,D5S23)x2[90] nuc ish(D7S486,D7Z1)x1[49] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[151] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[181] nuc ish(D8Z2,NA)x2[19] nuc ish(MLLx2)(5´MLL sep 3´MLLx1)[166] nuc ish(MLLx2)[34] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x3)[153] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[47] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[19] nuc ish(D8Z2,NA)x2[181] nuc ish(MLLx2)(5´MLL sep 3´MLLx1)[156] nuc ish(MLLx2)[44] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[182] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[18] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish amp(MLL)[178] nuc ish(MLLx2)[22] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[182] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[18] nuc ish(D7S486x2),(D7Z1x1)[182] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200][18] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200]
54
Číslo pacienta
Sonda LSI MLL
15
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL
20
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL
28
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
32
LSI 7q31/CEP 7
CEP 8/CEP 9
41
LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9
LSI MLL 45
LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
49
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9
Výsledek FISH nuc ish(5´MLL,3´MLL,5´MLL con 3´MLLx2)amp(5´MLL)[98] nuc ish(MLLx2)[102] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx3)[14] nuc ish(MLLx2)[186] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2) (5´MLL sep 3´MLLx1)[100] nuc ish(MLLx2)[100] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[152] nuc ish(EGR1,D5S23)x[48] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[108] nuc ish(D7S486,D7Z1)x1[16] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[76] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[10] nuc ish(D8Z2,NA)x2[190] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2x3),(NAx3)[127] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[25] nuc ish(D8Z2x2),(NAx3)[7] nuc ish(D8Z2,NA)x2[41] nuc ish(MLLx2)(5´MLL sep 3´MLLx1)[130] nuc ish(MLLx2)[70] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z1x3),(D9Z1x2)[152] nuc ish(D8Z1,D9Z1)x2[48] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x1[138] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[62] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[136] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[64] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200]
55
Číslo pacienta
Sonda LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
50 LSI 7q31/CEP 7
53
57
CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7
CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
58
60
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2 LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
64
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9 LSI MLL LSI 5q31/5p15.2
65
LSI 7q31/CEP 7 CEP 8/CEP 9
Výsledek FISH nuc ish(MLLx 6~10)[168] nuc ish(MLLx2)[32] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[176] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[24] nuc ish(D7S486,D7Z1)x1[16] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[184] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[110] nuc ish(D7S486,D7Z1)x1[20] nuc ish(D7S486,D7Z1)x[70] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[80] nuc ish(D8Z2,NA)x2[120] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[120] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[80] nuc ish(D7S486,D7Z1)x1[116] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200][84] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[200] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[55] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[145] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[179] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[21] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[200] nuc ish(D8Z2x3),(NAx2)[177] nuc ish(D8Z2,NA)x2[23] nuc ish(MLLx2)[200] nuc ish(EGR1x1),(D5S23x2)[182] nuc ish(EGR1,D5S23)x2[18] nuc ish(D7S486x1),(D7Z1x2)[167] nuc ish(D7S486,D7Z1)x2[33] nuc ish(D8Z2,NA)x2[200]
56
4.2.2.1. Aberace MLL genu Aberaci MLL genu jsme prokázali u 9 nemocných z 66, tj. u 13,6%. Jednalo se o 3 muže a 6 žen, medián věku 52,3 let, rozsah 22 až 77 let. Nemocní byli diagnostikováni jako AML-M5a (6x), M2 (1x) a M0 (1x). U jednoho pacienta nebyl FAB subtyp specifikován. Přehled karyotypů těchto pacientů je uveden v tabulce č.5. Po provedení FISH s LSI MLL sondou jsme k detekci partnerského chromozomu zahrnutého v přestavbě použili mnohobarevnou FISH. K bližšímu určení zlomových míst či specifikaci amplifikace jsme využili metody mBAND pro chromozom 11. U 5 pacientů jsme prokázali přestavbu MLL genu, u 3 amplifikaci a u 1 nadpočetnou kopii genu. Tabulka č.5 Přehled výsledků klasické cytogenetické analýzy pacientů s aberací MLL genu Číslo pacienta
Pohlaví/Věk
FAB subtyp
1
Ž/62
M5a
47,XX,+8[16] 46,XX[1]
Přestavba
3
Ž/63
M5a
46,XX[3]
Přestavba
6
Ž/36
M5a
46,XX,rozsáhlé změny karyotypu[8]
Přestavba
28
Ž/22
M5a
46,XX[22]
Přestavba
45
Ž/61
M5a
46,XX,t(9;11)(p22;q23)[2] 47,XX,+8[1] 46,XX[19]
Přestavba
13
M/77
?
44,XY,rozsáhlé změny karyotypu[10] 46,XY[1]
Amplifikace
50
M/28
M2
46,XY,rozsáhlé změny karyotypu[22]
15
Ž/53
M5a
46,XX,der(10)t(8;10)(?;q22)[14]
20
M/69
M0
47,XY,+13,der(17)t(11;17)(?;p11)[5] 47,XY,+13[2] 46,XY[15]
Klasická cytogenetická analýza
Typ aberace MLL genu
Amplifikace Amplifikace 5´konce, inzerce + MLL
4.2.2.1.1 Přestavby MLL genu Přestavbu MLL genu jsme detekovali u 5 nemocných (pacienti č. 1, 3, 6, 28 a 45). U všech byla AML diagnostikována jako subtyp M5a. Klasickou cytogenetickou analýzou jsme aberaci chromozomu 11 prokázali pouze u pacientek č. 6 a 45. U ostatních jsme přestavbu detekovali až pomocí FISH s LSI MLL sondou. U čtyř nemocných jsme identifikovali místo zlomu a partnerský chromozom. U dvou nemocných jsme prokázali translokaci t(9;11) se zlomem v oblasti 9p22, u dalších dvou jsme identifikovali komplexní přestavbu zahrnující tři chromozomy. V tabulce č.6 jsou uvedeny podrobné výsledky cytogenetické analýzy těchto pacientů. 57
Tabulka č.6 Výsledky mFISH analýzy pacientů s přestavbou MLL genu Číslo pacienta
Zlomová místa mFISH
chromozom 11
partnerský chromozom
3
11q23
?
1
11q23
9p22
45
11q23
9p22
6
11q23
10p12 7q22
46,XX,t(7;11;10)(q22;q23;p12)[3]
28
11q23
9p22 12p13
46,XX,t(9;12;11)(p22;p13;q23)[8] 46,XX[6]
NE 47,XX,+8,t(9;11)(p22;q23)[14] 46,XX[2] 46,XX,t(9;11)(p22;q23)[1] 46,XX[8]
4.2.2.1.1.1. Pacient č.3. Pacientce č.3 bylo při stanovení diagnózy 63 let. Při klasické analýze jsme detekovali pouze 3 mitózy s normálním karyotypem. FISH s MLL sondou však prokázala přestavbu tohoto genu v 83% interfázních jader. Metodu mFISH jsme z důvodu nízkého počtu dělících se buněk dále nepoužili. Vzhledem k tomu, že pacientka zemřela velmi brzy po stanovení diagnózy, nemohli jsme aberaci ověřit ani v dalším odběru. Přestavbu MLL genu se nám tak nepodařilo blíže charakterizovat.
4.2.2.1.1.2. Pacient č.1 Pacientem č.1 byla 62letá žena. Klasickou analýzou jsme prokázali v 16 mitózách nález trizomie chromozomu 8 a jednu mitózu s normálním nálezem. Pomocí FISH s LSI MLL a CEP 8 sondou jsme detekovali v 78% interfázních jader přestavbu MLL genu a v 74% trizomii chromozomu 8. K zjištění partnerského chromozomu zahrnutého v přestavbě jsme provedli vyšetření
metodou
mFISH.
Výsledkem
bylo
14
mitóz
karyotypu
47,XX,+8,t(9;11)(p22;q23) a 2 mitózy s normálním nálezem. Prokázali jsme tak reciprokou translokaci mezi chromozomy 9 a 11, se zlomovými místy v oblastech 9p22 a 11q23 (obr.č.7).
4.2.2.1.1.3. Pacient č.45 U 61leté pacientky jsme klasickou analýzou G-pruhovaných chromozomů vyhodnotili 19 mitóz s normálním karyotypem, 2 mitózy se suspektní translokací mezi
58
chromozomy 9 a 11 a v jedné mitóze trizomii chromozomu 8. FISH potvrdila přestavbu MLL genu v 65% interfázních jader a trizomii chromozomu 8 v 76% interfázních jader. Mnohobarevnou hybridizací jsme ověřili reciprokou translokaci t(9;11). Zlomová místa jsme identifikovali v oblastech 9p22 a 11q23 (obr.č.7).
Obr.č.7 Schéma translokace t(9;11)(p21;q23).
4.2.2.1.1.4. Pacient č.6 U 36leté pacientky jsme klasickou cytogenetickou analýzou prokázali nález rozsáhlých změn karyotypu v 8 mitózách. Přestavbu MLL genu jsme pak molekulárně cytogenetickou analýzou detekovali v 95% interfázních jader. K specifikaci této přestavby jsme provedli mnohobarevnou FISH, pomocí níž jsme prokázali komplexní přestavbu zahrnující chromozomy 7, 10 a 11. Oblast 7q22→7qter byla translokována na chromozom 11 v oblasti q23, oblast 11q23→11qter na chromozom 10 v oblasti p12 a 10p12→10pter na chromozom 7 v oblasti q22. Schéma translokace je znázorněno na obrázku č.8. Prokázali jsme fúzi 5´konce MLL genu s chromozomovou oblastí 7q22.
59
Obr.č.8 Schéma translokace t(7;11;10)(q22;q23;p12).
4.2.2.1.1.5. Pacient č.28 U 22leté pacientky jsme klasickou analýzou ve všech vyšetřovaných mitózách detekovali normální nález. FISH se sondou pro MLL gen však prokázala jeho přestavbu v 50% interfázních jader. Mnohobarevnou hybridizací jsme zjistili suspektní komplexní translokaci mezi chromozomy 9, 11 a 12. Oblast 11q23→11qter se translokovala na 9p22 a 9p22→9pter na 12p13. Nález jsme prokázali v 6 mitózách, v dalších 6 byl nález normální. Výsledky metody mFISH však nebyly zcela jednoznačné, neboť jednotlivé translokované části chromozomů byly velice malé. Nález jsme dále specifikovali použitím kombinace centromerických a subtelomerických sond pro chromozomy 9, 11 a 12, a metodou mnohobarevného pruhování pro chromozomy 11 a 12. Kombinace sond CEP 12/ToTel 9p potvrdila přítomnost subtelomerické oblasti 9p na krátkých ramenech derivovaného chromozomu 12 a kombinací sond CEP 11/ToTel 12p jsme detekovali translokaci subtelomerické oblasti 12p na dlouhá ramena chromozomu 11. Metodou mBAND pro chromozomy 11 a 12
jsme potvrdili zlomová místa
v oblastech 11q23 a 12p13. Prokázali jsme translokaci 11q23→11qter na krátká ramena chromozomu 9 a 12p13→12pter na dlouhá ramena chromozomu 11. Pomocí všech provedených analýz jsme prokázali komplexní translokaci t(9;12;11)(p22;p13;q23), schématicky znázorněnou na obr.č.9.
60
Obr.č.9 Schéma translokace t(9;12;11)(p22;p13;q23).
Vzhledem k tomu, že je v oblasti 12p13 lokalizován onkogen TEL, zaměřili jsme se při identifikaci možného fúzního partnera 5´konce MLL genu právě na tento onkogen. Při hybridizaci s dvoubarevně značenou LSI ETV6 (TEL) sondou v kombinaci se sondou CEP 11 jsme prokázali zlom v tomto genu. Proximální část sondy značená SpectrumGreen hybridizovala se sekvencemi na chromozomu 12, distální část značená SpectrumOrange s translokovanými sekvencemi na chromozomu 11 (viz příloha č. 4).
4.2.2.1.2. Zvýšení počtu kopií MLL genu Amplifikaci nebo nadpočetnou kopii MLL genu jsme detekovali u 4 nemocných (pacienti č. 13, 15, 20, 50), subtypově AML-M5a, M2 a M0. U tří pacientů byla amplifikace/nadpočetná kopie MLL genu spojena s rozsáhlými změnami karyotypu. V tabulce č.7 jsou uvedeny výsledky mFISH analýzy těchto pacientů. U dvou nemocných jsme prokázali mnohonásobnou amplifikaci celého genu MLL (pacient č. 13 a 50), u jednoho parciální trizomii chromozomu 11 (pacient č. 20) a též u jednoho nemocného amplifikaci 5´konce MLL genu a jeho inzerci do chromozomu 10 (pacient č. 15).
61
Tabulka č.7 Výsledky mFISH analýzy pacientů s amplifikací/nadpočetnou kopií MLL genu Číslo pacienta 13
mFISH 44,X,-Y,der(5)t(5;16)(q21;?),-7,der(11)hsr(q22q23.3),+der(15)t(7;15)(q11;q13),-16[4] 33~45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33), der(11)amp(11)(p15.5p15.1)x6 (p11.1p13)x3 (q22.1q23.3)x6,-12,der(17) t(1;17)(q12;p13),-18,+21[8] 43,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33),-7,-12,
50
der(17)t(1;17)(q12;p13),-18[2] 45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33), ins(9;11)(p22;q22.1q23.3),r(11),-12,der(17)t(1;17)(q12;p13),-18,+21[2] 31,X,-Y,der(1)t(1;12)(q12;q13),-3,-5,-7,-10,-11,der(11)hsr(p15.5q23.3) t(7;11)(p11.1;q23.3)t(7;11)(q11.1;q23.3),-12,-13,-15,-16,der(17)t(1;17)(q12;p13), -18,-19,-19,-20,-21,ins(22;11)(q12;q22.1q23.3)[3] 46,XX,der(10)t(8;10)(?;p12)ins(10;11)(p12;q23q23)[11]
15
48,XX,del(9)(p?),+del(9)(p?),der(10)t(9;10)(p?;p12),ins(10;11)(p12;q23q23), +19[4] 46,XX[1] 47,XY,+13,der(17)t(11;17)(q13;p11)[6]
20
47,XY,+13[2] 46,XY[5]
4.2.2.1.2.1. Pacient č.13 FAB subtyp 77letého muže nebyl blíže specifikován, protože zemřel velmi brzy po stanovení diagnózy a další k tomu potřebná vyšetření tak nemohla být dále provedena. Klasickou cytogenetickou analýzou jsme prokázali 10 mitóz s rozsáhlými změnami karyotypu, jejichž součástí byl i abnormální chromozom 11, a jednu mitózu s normálním nálezem. Použitím FISH se sondou pro MLL gen jsme v 89% interfázních jader detekovali amplifikaci genu. Metodou FISH s lokus specifickými sondami pro 5q31, 7q31 a centromerickou sondou pro pohlavní chromozom Y jsme prokázali deleci oblasti (5)(q31) v 91% interfázních jader, parciální monozomii chromozomu 7 v 90% interfázních jader a ztrátu Y chromozomu v 92,5% interfázních jader. Metodou mnohobarevné FISH jsme potvrdili ztrátu pohlavního chromozomu Y a monozomii chromozomů 7 a 16, derivovaný chromozom 5, vzniklý translokací t(5;16)(q21;?), duplikaci dlouhých ramen chromozomu 11 a derivovaný chromozom 15, vzniklý translokací t(7;15)(?;q13). Použitím metody mnohobarevného pruhování pro chromozom 7 jsme identifikovali místa zlomu v oblasti 7q11.
62
Derivovaný chromozom 11 byl v tomto případě tvořen pouze genetickým materiálem 11. chromozomu s amplifikací MLL genu v oblasti q23 (obr.č.10, příloha č. 2).
Obr.č.10 Derivovaný chromozom 11 u pacienta č.13.
4.2.2.1.2.2. Pacient č.15 U 53leté ženy s diagnózou AML - M5a jsme klasickou cytogenetickou analýzou prokázali patologický nález derivovaného 10. chromozomu ve 14 mitózách. Po hybridizaci s lokus specifickou sondou pro MLL gen jsme kromě 2 normálních kopií MLL genu detekovali v 49% interfázních jader amplifikovaný zelený signál 5´ konce genu. Na základě klasické cytogenetické analýzy jsme předpokládali lokalizaci nadpočetné kopie části MLL genu na derivovaném chromozomu 10. Metodou mFISH jsme prokázali dva patologické klony s derivovaným chromozomem 10. V prvním klonu vznikl translokací části genetického materiálu z chromozomu 8 na krátká ramena chromozomu 10 v oblasti p12. V druhém klonu byla na krátká ramena chromozomu 10 v stejném místě zlomu translokována krátká ramena chromozomu 9. Ani u jednoho klonu jsme však neprokázali derivovaný chromozom 10 jako místo inzerce nadpočetné kopie 5´ konce MLL genu, aberace byla pod rozlišovací schopností metody mFISH. K další FISH analýze jsme proto použili kombinaci sondy pro MLL gen a sondy pro subtelomerickou oblast krátkých a dlouhých ramen chromozomu 10 (viz příloha č. 3). Potvrdili jsme inzerci amplifikovaného 5´konce MLL genu do oblasti p12 derivovaného 10. chromozomu.
4.2.2.1.2.3. Pacient č.20 Pacientem č.20 byl 69letý muž s diagnózou AML - M0. Klasickou G-pruhovací technikou jsme prokázali 15 mitóz s normálním nálezem, 2 mitózy s trizomií chromozomu 13 a 5 mitóz s trizomií chromozomu 13 a derivovaným chromozomem 17.
63
Použitím FISH s LSI MLL sondou jsme detekovali ve 20% vyšetřených mitózách a v 7% interfázních jader nadpočetnou kopii MLL genu. Metodou mFISH jsme prokázali v 5 mitózách normální nález, ve 2 mitózách trizomii chromozomu 13 a v 6 mitózách klon s trizomií chromozomu 13 a derivovaným chromozomem 17, vzniklým translokací genetického materiálu 11q13→11qter
na
krátká ramena chromozomu 17, suspektně v oblasti p11 (obr.č.11). Vzhledem k přítomnosti
2
normálních
chromozomů
11
a
derivovaného
chromozomu
der(17)t(11;17) se jednalo o parciální trizomii dlouhých ramen chromozomu 11. K ověření zlomového místa na krátkých ramenech chromozomu 17 jsme provedli FISH se sondou pro nádorový supresorový gen p53, lokalizovaný v pruhu 17p13. V mitózách jsme pak pozorovali derivovaný 17. chromozom s delecí tohoto genu a potvrdili tak předpokládané místo zlomu 17p11.
Obr.č.11 Schéma translokace t(11;17)(q13;p11).
4.2.2.1.2.4. Pacient č.50 Pacientem č.50 byl 28letý muž s AML typu M2. V klasické cytogenetické analýze jsme prokázali rozsáhlé změny karyotypu, hypodiploidii (počet chromozomů se pohyboval od 31 do 45) a přítomnost velkého marker chromozomu. Pomocí FISH se sondou pro MLL gen jsme detekovali amplifikaci MLL genu v 84% interfázních jader. V mitózách byl amplifikovaný signál pro tento gen lokalizován rovnoměrně po celé délce obou ramen marker chromozomu. Předpokládali jsme proto, že se jedná o izochromozom dlouhých ramen chromozomu 11 s amplifikací MLL genu. Ve dvou mitózách byl přítomen marker chromozom s amplifikací MLL genu ve formě kruhového chromozomu.
64
Metodou FISH jsme rovněž prokázali deleci dlouhých ramen chromozomu 5 v 88% interfázních jader a monozomii chromozomu 7 v 8% jader. Výsledky mFISH potvrdily existenci čtyř patologických klonů, tři z nich s aberací 11. chromozomu vždy spojenou s komplexními změnami karyotypu (viz příloha č. 5). V 8 mitózách jsme detekovali marker chromozom tvořený pouze amplifikovaným materiálem chromozomu 11. Ve dvou mitózách jsme prokázali kruhový chromozom 11 a derivovaný chromozom 9, vzniklý inzercí amplifikované oblasti 11q22.1-23.3 do pruhu 9p22. V jedné mitóze byl přítomný pouze jeden derivovaný chromozom 11 s amplifikací oblastí 11p15.5-q23.3, vzniklý translokací genetického materiálu z chromozomu 7 na obě jeho ramena. Amplifikovaná oblast 11q22.1-23.3 byla v této mitóze rovněž inzertována do dlouhých ramen chromozomu 22 oblasti q12. Amplifikaci chromozomu 11 jsme u tohoto nemocného blíže specifikovali metodou mnohobarevného pruhování. Oblast krátkých ramen p15.5p15.1 byla amplifikována 6krát, oblast p11.1p13 3krát a oblast dlouhých ramen q22.1q23.3 opět 6krát. Náš předpoklad izochromozomu 11q se tak nepotvrdil, neboť chromozom obsahoval amplifikované oblasti dlouhých i krátkých ramen (obr.č.12).
Obr.č.12 Schématické znázornění výsledku klasické analýzy a metody mBAND: der(11)amp(11)(p15.5p15.1)x6 (p11.1p13)x3 (q22.1q23.3)x6.
65
4.3. Klinický obraz pacientů Ze souboru 66 vyšetřených pacientů přežívá k únoru 2008 44 nemocných. Z 9 pacientů, u nichž byla prokázána aberace MLL genu, 7 pacientů zemřelo, dodnes přežívají pouze 2. Jeden je po úspěšné transplantaci kostní dřeně, u druhého se podařilo remisi dosud udržet pouze chemoterapeutickou léčbou. U obou nemocných jsme detekovali komplexní přestavbu zahrnující 3 chromozomy.
66
5. DISKUZE Akutní myeloidní leukemie je heterogenní onemocnění, a to z hlediska fenotypového i genetického. Diagnostikována bývá především u dospělých, starších 20ti let. Průměrný věk těchto nemocných se pohybuje mezi 63 a 65 lety (MAYER a STARÝ 2002). V našem souboru byl průměrný věk pacientů v době stanovení diagnózy 54,8 let, s rozsahem od 22 do 84 let. Nejvíce nemocných bylo ve věkové skupině 51 až 60 let, velmi těsně následované věkovou skupinou 61 až 70 let. V námi vyšetřeném souboru bylo více pacientů mladšího věku než uvádí literatura. Důvodem tohoto rozporu může být výběr nemocných do léčebného programu ÚHKT, kdy bývají přijati především pacienti mladšího věku, u kterých je méně rizikové provedení transplantace kostní dřeně. Ke klasifikaci AML se dnes využívá 2 systémů: FAB, který je založen na morfologii a stupni vyzrávání buněk, a WHO zohledňující i další výsledky nejrůznějších vyšetření. V naší studii jsme vycházeli z FAB klasifikace onemocnění. Uvádí se, že nejčastějším subtypem u AML jsou M2 a M4, vyskytující se přibližně u 25 až
30%
případů,
a
M1,
diagnostikovaná
u
15
až
20%
nemocných
(http://atlasgeneticsoncology.org k datu 12.3.2008). I v našem souboru patřily právě tyto diagnózy mezi nejčastější s výskytem: M2 u 31,8% nemocných, M4 u 19,7% a M1 u 16,7%. Promyelocytární leukemie byla diagnostikována pouze u dvou pacientů (3%). AML M0, M6 a M7 patří mezi vzácné subtypy a i v našem souboru byl jejich výskyt nejnižší, AML M7 se v souboru nevyskytovala vůbec. K diagnostice AML se využívá cytomorfologie, imunofenotypizace, cytogenetika a molekulární genetika. Zvláštní důraz se v současné době klade především na cytogenetický nález, protože mnoho chromozomových aberací je dnes již spojeno i s určitým prognostickým významem (BLOOMFIELD et al. 1998, MRÓZEK et al. 2001). Studie zabývající se chromozomovými aberacemi buněk kostní dřeně u AML uvádí, že přes 50% pacientů má abnormální karyotyp (MRÓZEK et al. 2001, SCHOCH et al. 2003, MARCUCCI et al. 2004). V naší studii jsme na základě kombinace klasické a molekulárně - cytogenetické analýzy prokázali normální karyotyp u 54,5% nemocných. Patologický klon se může vyskytovat jen v malém procentu buněk, a proto nemusel být klasickou technikou detekován. Nejednalo-li se o změnu chromozomů 5, 7, 8 nebo 11, které byly pomocí FISH vyšetřovány rutině u všech pacientů s AML, mohla zůstat patologie nezachycena. Odlišné zastoupení normálních a patologických
67
klonů při použití klasické cytogenetické analýzy a metody FISH je dáno vyšší citlivostí molekulárních cytogenetických metod, kterými je možné detekovat aberaci i v interfázních jádrech a morfologicky degradovaných mitózách. Balancované přestavby s dobrou prognózou (t(8;21)(q22;q22), inv(16)(p13q22), t(16;16)(p13;q22)) jsme prokázali u 6,1% nemocných, rozsáhlé změny karyotypu u 22,7% a ostatní chromozomové aberace u 16,7%. Výskyt komplexních přestaveb karyotypu se v literatuře uvádí kolem 10 až 15% (MRÓZEK et al. 2001, BABICKÁ et al. 2007). Tyto studie se zakládají na mnohem větších souborech pacientů, což může vysvětlovat o něco vyšší frekvenci těchto změn v našem souboru. Dle Babické et al. (2007) vstupují nejčastěji do komplexních přestaveb karyotypu chromozomy 5, 7 a 11. Podobnou asociaci prokázali i Limberg et al. (2002) a můžeme ji potvrdit i v našem souboru. Nejvíce frekventovaná ztráta byla monozomie chromozomu 7, z trizomií převládal nadpočetný chromozom 8. Osm pacientů jevilo progresi onemocnění tj. klonální vývoj s více než jedním patologickým klonem. Z 9 nemocných, u nichž jsme detekovali aberaci MLL genu, jsme u 5 (55,6%) prokázali komplexní přestavby karyotypu. K nebalancovaným změnám patřily především aberace 11q23,
del(7q)/-7,
del(5q)/-5 a +8. Aberace 11q23 jsme detekovali u 13,6% nemocných, del(7q)/-7 u 15,2%, del(5q)/-5 u 13,6% a +8 u 12,1%. I literatura udává tyto nálezy jako nejčastější chromozomové aberace u de novo AML bez ohledu na FAB subtyp. S ještě vyšší frekvencí se pak tyto změny vyskytují u sekundární formy leukemie (HOFMANN et al. 2004). V našem souboru jsme tyto nálezy prokázali jen u 6 (27,3%) pacientů s diagnózou sekundární AML. Aberace MLL genu jsou popisovány u 5 až 10% nemocných s de novo AML a 25% pacientů se sekundárním typem onemocnění (PEDERSEN-BJERGAARD et al. 1998, ROWLEY et al. 1999). V našem souboru jsme změnu MLL genu detekovali u 9 (13,6%) nemocných s de novo AML, u pacientů se sekundární formou leukemie jsme tuto aberaci neprokázali. Průměrný věk pacientů v době stanovení diagnózy byl 52,3 let, s rozsahem od 22 do 77 let. Schoch et al. (2003) ve své studii zahrnující 54 nemocných s přestavbou MLL genu uvádí značně vyšší incidenci MLL aberací u pacientů mladších 60ti let, v našem souboru byli mladší 60ti let 4 z 9 pacientů s aberací MLL genu. Většina publikovaných případů AML s aberací MLL genu byla diagnostikována jako akutní myelomonocytární leukemie (AML M4) nebo akutní myeloblastická
68
leukemie (AML M5a) (SORENSEN et al. 1994, CIMINO et al. 1995, SCHOCH et al. 2003). Také v našem souboru se přestavby MLL genu vyskytovaly pouze u nemocných s diagnózou AML M5a, u nemocných s podtypem M4 jsme aberaci MLL genu neprokázali. Poirel et al. (1996) udává spojitost MLL přestaveb i se subtypem M1. U nemocných s amplifikací nebo nadpočetnou kopií MLL genu popisují Schnittger et al. (2000) a Arnaud et al. (2005) dominanci FAB subtypu M2. V našem souboru jsme zaznamenali amplifikaci MLL genu u subtypů M2, M0 a M5a. Aberace MLL genu jsme klasifikovali u 5 nemocných jako přestavby (7,6%), u 3 nemocných jako amplifikace (4,5%) a u 1 nemocného jako nadpočetnou kopii genu (1,5%). Translokace 11q23 jsou udávány jako nejčastější aberace MLL genu, dodnes jich bylo popsáno více než 70 a přes 50 chromozomových lokusů již bylo charakterizováno i na molekulární úrovni (http://atlasgeneticsoncology.org k datu 12.3.2008). Naopak delece nebo amplifikace náleží k nejméně frekventovaným změnám,
pravděpodobně
vzhledem
k jejich
častému
kryptickému
charakteru
(BŘEZINOVÁ et al. 2002). Nízký výskyt delecí potvrzují i výsledky naší studie, ztrátu MLL genu jsme neprokázali. Také Arnaud et al. (2005) ve své studii zabývající se aberacemi MLL genu u 239 pacientů s AML detekovali pouze přestavby MLL genu (4,2%) nebo amplifikace a nadpočetné kopie genu (8,4%). Většina translokací MLL genu je balancovaná a dává vznik dvěma leukemogenním
chimérickým
genům,
lokalizovaných
na
dvou
derivovaných
chromozomech (MITELMAN et al. 1997). Experimenty s transgenními zvířaty prokázaly, že je kritický a dostačující k vzniku leukemie už jen jeden z těchto dvou fúzních genů kódující nový transkript (HEISTERKAMP et al. 1990, HE et al. 1997). Při přestavbách MLL genu se zdá být kritickým genem s leukemogenním potenciálem právě chimérický gen z derivovaného chromozomu 11, vzniklý fúzí 5´konce MLL genu s 3´koncem partnerského genu z jiného chromozomu. Ayton a Cleary (2001) potvrdili, že exprese proteinu dle fúzního genu vzniklého na derivovaném chromozomu 11, je dostačující k indukci leukemie u myší. Chimérický protein nabývá odlišných vlastností od proteinu normálního a přispívá k procesu onkogeneze (ROWLEY et al. 1992, BERNARD a BERGER 1995, RUBNITZ et al. 1996, JOHANSSON et al. 1998, DASER a RABBITTS 2004). Vzhledem k tomu, že se přestavby MLL genu vyskytují u hematologických malignit myeloidní i lymfatické řady buněk, uplatňují se partnerské fúzní geny nejspíše v určení fenotypu leukemie (COLLINS a RABBITTS 2002).
69
V našem souboru jsme prokázali reciprokou translokaci t(9;11)(p22;q23) u dvou nemocných. Jedná se o nejčastěji popisovanou translokaci MLL genu u AML, při které dochází k fúzi 5´konce MLL genu s 3´koncem genu AF9 (SCHOCH et al. 2003, BRAEKELEER et al. 2005). Uvádí se, že je tato přestavba v 70% případů nalézána jako samostatná aberace a u 20% případů se pak vyskytuje spolu s trizomií chromozomu 8 (MRÓZEK et al. 1997, http://atlasgeneticsoncology.org k datu 12.3.2008). Tuto spojitost jsme potvrdili u obou nemocných. Trizomie chromozomu 8 obvykle provází progresi leukemie (MICHALOVÁ 1999). Schoch et al. (2003) detekovali přídatné chromozomové aberace u 41% nemocných s přestavbou MLL genu. Prokázali také, že tyto přídatné změny nemají vliv na prognózu, která je vždy špatná. U 2 nemocných jsme zjistili reciprokou komplexní přestavbu zahrnující tři chromozomy. První (pacient č.6) jsme specifikovali jako t(7;11;10)(q21;q23;p12). Na derivovaném chromozomu 11 došlo k fúzi 5´koncové části MLL genu s oblastí 7q22. Vzhledem k tomu, že chromozomový pruh 7q22 patří mezi často deletované regiony na chromozomu 7 u hematologických malignit, předpokládá se, že je zde lokalizována řada nádorových supresorových genů, jejichž inaktivace má význam v patogenezi myeloidních onemocnění (KRATZ et al. 2001, CURTISS et al. 2005, BŘEZINOVÁ et al. 2007). Fischer et al. (1997) identifikovali v této oblasti společný deletovaný segment o velikosti 2 až 3 Mb a prokázali deleci genu CUTL1 (cut-like homeobox 1), který kóduje protein s důležitou regulační úlohou v terminální diferenciaci myeloidních buněk. Curtiss et al. (2005) pak v oblasti 7q22 charakterizovali i další geny jako možné kandidátní nádorové supresorové geny se vztahem k myeloidním malignitám. Popsané translokace se zlomovým místem v této oblasti mohou svědčit o přítomnosti protoonkogenu, jehož fúze s dalším genem obvykle vedou k produkci chimérického proteinu s onkogenním potenciálem. Maligní zvrat způsobený translokací může být rovněž vysvětlen submikroskopickou delecí nádorových supresorových genů, které mohou tyto translokace provázet (FISCHER et al. 1997). Podobnou komplexní translokaci zahrnující chromozomy 4, 10 a 11, konkrétně t(10;11;4)(p12;q23;q26), popsali Berger et al. (1996), fúzním partnerem 5´konce MLL genu byl však chromozom 10 - oblast 10p12. U nemocné č.28 jsme prokázali translokaci t(9;12;11)(p22;p13;q23), k detekci jsme využili kromě metody mFISH i kombinace centromerických a subtelomerických sond a metodu mBAND. Potvrdili jsme translokaci 3´konce MLL genu do
70
frekventované zlomové oblasti 9p22 a fúzi 5´konce MLL genu s oblastí 12p13 na derivovaném chromozomu 11. Jednoduchou translokaci t(11;12)(q23;p13) popsali i Jani Sait et al. (1993). Neidentifikovali však konkrétní partnerský fúzní gen z této oblasti. Jelikož je v pruhu 12p13 lokalizován onkogen TEL, jehož aberace byly popsány u řady nemocných s leukemií, provedli jsme hybridizaci se sondou pro TEL gen. Prokázali jsme zlom v tomto genu a identifikovali tak TEL gen jako nový fúzní partner MLL genu. Gen TEL (translocation ets leukemia) je důležitým transkripčním regulátorem s významnou rolí v hematopoéze. Podobně jako gen MLL má i on mnoho partnerských genů. Jeho mutace se vyskytují nejen u leukemií a myelodysplastických onemocnění, ale i u sarkomů. Gen TEL se tak stal atraktivním kandidátním genem pro detekci delecí a translokací asociovaných s 12p (VIERA et al. 2005). Gen TEL a MLL se nachází v opačné transkripční orientaci (obr.č.13), u obou však byly fúze s takto orientovanými geny již popsány. Příkladem je fúze MLL-AF10 (BEVERLOO et al. 1995) či TEL-ABL (ANDREASSON et al. 1997). K vzniku funkčního transkriptu vyžaduje tento typ fúze nejméně 3 chromozomové zlomy, obvykle dochází k inverzně orientované inzerci jednoho z těchto genů do druhého (ANDREASSON et al. 1997, LILLINGTON et al. 1998, LIMBERGEN et al. 2002). Stejný mechanizmus předpokládáme i v případě fúzního genu MLL-TEL.
5´ 3´
5´ 3´
TEL
MLL
Obr.č.13 Schéma transkripční orientace genů MLL a TEL.
Meyer et al. (2007) ve své studii rozděluje komplexní přestavby karyotypu zahrnující translokaci MLL genu do dvou skupin. První zahrnuje inverze a inzerce nutné k vzniku funkčního chimérického proteinu při neshodném směru transkripce fúzních genů vzhledem k jejich orientaci na chromozomu. Druhou skupinu tvoří reciproké translokace mezi 3 chromozomy, při nichž dochází k fúzi 5´konce MLL genu s jedním z mnoha frekventovaných partnerských genů a fúzi 3´konce genu s novým
71
genem. V mnoha případech byl ale 3´konec vložen do chromozomové oblasti nekódující žádný gen. Dle databáze Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Hematology do těchto komplexních translokací nejvíce vstupuje kromě chromozomu 11 také chromozom 9 (http://atlasgeneticsoncology.org k datu 12.3.2008). Třetí chromozom bývá variabilní. Předpokládá se, že kritickým bodem pro vznik leukemie je právě přítomnost derivovaného chromozomu 11, vzniklého translokací 9p22→pter do 11q23. Příklad takové přestavby popsali Vieira et al. (2006) u dětského pacienta s AML a translokací t(9;11;19)(p22;q23;p13.3). Na derivovaném chromozom 11 došlo k fúzi 5'konec MLL genu s AF9 genem, 3'konec MLL genu byl translokován na chromozom 19. Místo zlomu na derivovaném 19. chromozomu pak odhalilo nově popsaný gen označený jako FLJ10374, jehož funkce spočívá v negativní regulaci buněčného cyklu. Popsáno bylo ale i mnoho dalších komplexní translokací zahrnující chromozomy 9 a 11 (MIURA et al. 1993, TAKAHASHI et al. 1996, MATHEW et al. 1999). Bližší objasnění leukemogeneze asociované s přestavbami MLL genu znesnadňuje především přítomnost mnoha fúzních partnerských genů. Mnoho z nich je totiž nově popsaných a není u nich zatím známa jejich funkce. Je proto třeba ještě mnoha dalších molekulárních studií k porozumění funkce MLL genu a jeho fúzních partnerských genů v patogenezi akutních leukemií. Amplifikace MLL genu se mohou vyskytovat ve formě parciální tandemové duplikace, double minutes nebo homogenně se barvícího regionu, nedefinovaného marker chromozomu, kruhového či derivovaného chromozomu anebo také polyzomie chromozomu 11 či izochromozomu 11q (AVET-LOISEAU et al. 1999, ARNAUD et al. 2005). Papenhausen et al. (2005) uvádí, že nadpočetné kopie MLL genu jsou u myeloidních malignit často asociovány se sekundárním typem onemocnění, s komplexními přestavbami karyotypu, hypodiploidií a agresivním typem onemocnění s velmi špatnou odezvou na léčbu a krátkou dobou přežití. V našem souboru jsme amplifikaci celého MLL genu prokázali u 2 nemocných, amplifikaci 5´konce genu u 1 nemocného a nadpočetnou kopii genu rovněž u 1 nemocného. U tří z těchto nemocných byl nález spojen s komplexními přestavbami karyotypu, u 2 byla prokázána hypodiploidie. U obou pacientů s mnohonásobnou kopií celého genu jsme současně prokázali rozsáhlé změny karyotypu, jejichž součástí byla i delece del(5q). Podobnou souvislost těchto dvou nálezů popsali i další autoři (ANDERSEN et al. 2001, BŘEZINOVÁ et al.
72
2002, HERRY et al. 2006). Zatímco u pacienta č.13 jsme prokázali pouze jeden patologický klon s mnohonásobnou amplifikací oblasti 11q22-23.3 v dlouhém rameni 11. chromozomu, u pacienta č.50 jsme potvrdili přítomnost čtyř patologických klonů, předpokládající značnou progresi onemocnění. Tři z těchto klonů měly jako součást komplexních přestaveb karyotypu i amplifikovaný genetický materiál chromozomu 11, a to ve formě kruhového chromozomu 11, derivovaného marker chromozomu 11 s vícečetnou amplifikací tří odlišných oblastí a inzerce amplifikovaného MLL genu do chromozomů 9 a 22. U pacientky č. 15 jsme prokázali dva patologické klony s amplifikací 5´konce MLL genu. K určení místa inzerce části MLL genu jsme použili kombinaci odlišně značených sond pro subtelomerickou oblast dlouhých ramen chromozomu 10 a pro MLL gen. Prokázali jsme inzerci amplifikovaného 5´konce MLL genu do oblasti 10p12 a dvě normální kopie MLL genu. Stejný případ derivovaného chromozomu 10, vzniklého duplikací 5´konce MLL genu a jeho následnou inzerci do oblasti 10p12, při zachování obou alel MLL genu na chromozomech 11 popsala i Jarošová et al. (2005). Vzhledem k tomu, že je MLL gen transkripčně aktivní ve směru od centromery k telomeře a partnerský gen AF10 ve směru opačném, je třeba pro vznik funkčního chimérického proteinu s N-koncem MLL a C-koncem AF10 mnohem komplexnějšího mechanizmu (BERNARD a BERGER 1995, LILLINGTON et al. 1998, LIMBERGEN et al. 2002). Proto jsou fúze genů MLL a AF10 často doprovázeny mnohými dalšími aberacemi jako jsou translokace, inzerce, delece a komplexní přestavby (CHAPLIN et al. 2001, LIMBERGEN et al. 2002, MATSUDA et al. 2006). Celkem bylo popsáno 6 různých mechanizmů vedoucích k MLL-AF10 fúznímu transkriptu. Translokaci může předcházet paracentrická inverze části dlouhého ramene chromozomu 11, obvykle 11q13/21-23, nebo naopak (mikro)inverze části AF10 genu, přesunuté na derivovaný 11. chromozom. Popsány byly i inzerce 11q do 10p a 10p do 11q nebo kryptické přestavby v MLL genu (KLAUS et al. 2003). Další možný mechanizmus vzniku fúzního genu MLL-AF10, inzerci amplifikovaného 5´konce MLL genu bez jakéhokoliv přeskupení či ztráty MLL genu, popsala Jarošová et al. (2005) a předpokládáme jej i u naší pacientky. Výsledný chimérický protein MLL-AF10 je tvořen AT-vazebnou a DNA metyltransferázovou doménou proteinu MLL a doménou leucinového zipu proteinu AF10. Protein nabývá nových onkogenních vlastností, které umožňují přežití myeloidním progenitorovým buňkám a přispívá tak k vzniku leukemie (STASEVICH et al. 2006). Popsány byly i další kryptické inzerce 5´konce MLL genu
73
do jiných chromozomů, například do chromozomu X (DOUET-GUILBERT et al. 2005). U pacienta č.20 jsme prokázali derivovaný chromozom 17, vzniklý translokací t(11;17)(q13;p11), nesoucí nadpočetnou kopii MLL genu. Jednalo se o parciální trizomii dlouhých ramen chromozomu 11 s místy zlomu v chromozomových oblastech 17p11 a 11q13. Podobné dva případy parciální trizomie chromozomu 11 s nadpočetnou kopií MLL genu popsali u AML M1 a M4 Aventín et al. (2003). Jednalo se o derivovaný chromozom 18, vzniklý translokací t(11;18)(q22;p11.2), a derivovaný chromozom 16, vzniklý translokací t(11;16)(q23;p13). U obou případů byla zároveň detekována interní duplikace sekvencí v MLL genu. V důsledku ztráty části krátkých ramen derivovaného chromozomu 17 jsme metodou FISH prokázali deleci genu p53. Tento gen patří k nejznámějším nádorovým supresorovým genům a jeho delece jsou spojeny s agresivním typem onemocnění (FENAUX et al. 1992, WATTEL et al. 1994). Amplifikace a duplikace zahrnují nejčastěji oblasti, v nichž je umístěn protoonkogen. Při amplifikaci dochází k vzniku mnohonásobných kopií genu a následné nadprodukci onkoproteinu. Předpokládá se, že amplifikace onkogenů mají důležitou roli v nádorové progresi a bývají typickým znakem metastazujících buněk (HESKETH 1997). U hematologických malignit se však jevily jako vzácný nález. Tanaka et al. (1993) detekovali genové amplifikace jen u přibližně 1% případů AML. Pozdější i naše studie však poukazují na možné vyšší procento nálezu této aberace metodami molekulární cytogenetiky (STREUBEL et al. 2000, MICHAUX et al. 2000, PAPENHAUSEN et al. 2005). Dolan et al. (2002) prokázali též souvislost MLL amplifikace s vyšším věkem nemocných. Průměrný věk pacientů s MLL amplifikací/nadpočetnou kopií v našem souboru byl 56,8 let, v porovnání s nemocnými s přestavbou MLL genu byl o 8 let vyšší. Výsledky mnoha studií svědčí o tom, že AML s nálezem MLL přestavby tvoří biologicky i klinicky homogenní celek, a to navzdory velké variabilitě partnerských fúzních genů. Nález aberace MLL genu je významným prognostickým ukazatelem, neboť je vždy spojen s agresivním typem leukemie a velmi špatnou prognózou. Odpověď na léčbu bývá špatná a dochází velmi často k relapsu onemocnění a úmrtí pacienta (SCHOCH et al. 2003, BACHER et al. 2005). Nezbytnou součástí léčby pro pacienty s touto aberací se tak stává alogenní transplantace kostní dřeně. Předpokladu
74
velmi špatné prognózy spojené s vysokým rizikem relapsu a úmrtností odpovídají i klinické výsledky pacientů s MLL aberací v našem souboru, k únoru 2008 přežívají pouze dva nemocní - pacientka č.6 po úspěšné transplantaci kostní dřeně a pacientka č.28, která se po intenzivní chemoterapii nachází v 1. remisi. Výsledky naší studie potvrzují, že MLL gen se může uplatňovat v leukemogenezi jak vlivem přestaveb, tak i v důsledku jeho početních změn. Mnoho aberací MLL genu však není klasickou cytogenetickou analýzou detekovatelných ať už z důvodu nízkého zastoupení patologického klonu nebo snížené kvality vyšetřovaných mitóz. Vzhledem k velmi špatné prognóze nemocných s MLL přestavbami je proto nutná systematická identifikace těchto aberací molekulárně - cytogenetickými metodami, a to i u nemocných s normálním nálezem z klasické cytogenetické analýzy. V našem souboru nemocných jsme metodou FISH prokázali aberaci MLL genu u 9 nemocných, klasickou analýzou pouze u 5. Kim et al. (2002) provedli porovnání klasické cytogenetické analýzy a FISH při detekci MLL aberací u 289 nemocných s akutní leukemií. Zatímco metoda FISH prokázala přestavbu MLL genu u 7,6% nemocných, klasická cytogenetická analýza jen u 4,5%. Na nezbytnost FISH vyšetření při detekci této aberace upozorňují i další autoři (MATHEW et al. 1999, SCHOCH et al. 2003, ARNAUD et al. 2005). Molekulární studie aberací MLL genu jsou nezbytné nejen k objasnění vzniku nádorové
transformace,
ale
také
k porozumění
základním
mechanizmům
chromozomových přestaveb a jejich úloze a uplatnění v onkogenezi. Výsledky studií jsou v neposlední řadě předpokladem pro potencionální vývin specifických inhibitorů pro cílenou terapii leukemií, asociovaných s přestavbami MLL genu.
75
6. SOUHRN Studium a identifikace chromozomových změn u hematologických maligních onemocnění jsou nezbytné pro zpřesnění diagnózy, určení stádia a prognózy nemoci a rovněž přispívají k rozpoznání vzniku nádorové transformace. Mezi nejčastější cytogenetické nálezy u akutních leukemií myeloidní i lymfatické řady patří přestavby chromozomu 11. Nezbytnou součástí cytogenetické analýzy je především detekce změn v oblasti 11q23, kde je lokalizován gen MLL. Aberace tohoto genu se vyskytují u 5 až 10% nemocných s AML a jsou vždy spojeny s agresivním typem onemocnění a špatnou prognózou. Ve své diplomové práci, zabývající se významem přestaveb chromozomu 11 u nemocných s AML, jsem se zaměřila především na detekci aberací genu MLL. V průběhu let 2006 až 2007 jsme v cytogenetické laboratoři ÚHKT vyšetřili 66 nemocných s nově diagnostikovanou AML. Klasickou cytogenetickou analýzou jsme aberaci MLL genu prokázali u 5 (7,6%) nemocných, FISH se sondou pro MLL gen detekovala změnu MLL genu u 9 (13,6%) nemocných. Prokázali jsme tak nezbytnost molekulárně - cytogenetického vyšetření, a to i u pacientů, kde je výsledek klasické cytogenetické analýzy normální. Aberaci MLL genu jsme detekovali u 9
nemocných, u 5 byl nález spojený
s komplexními přestavbami karyotypu. •
Přestavbu MLL genu jsme identifikovali u 5 (7,6%) nemocných: - u 2 nemocných jsme prokázali jednoduchou reciprokou translokaci mezi chromozomy 9 a 11 se zlomovými místy v oblasti 9p22 a 11q23. - u 2 nemocných jsme potvrdili komplexní reciprokou translokaci, které se účastnily 3 chromozomy. U první nemocné se jednalo o chromozomy 7, 10 a 11, fúzním partnerem 5´konce MLL genu byla oblast 7q22. U druhé nemocné vstoupily do komplexní translokace chromozomy 9, 11 a 12, jako fúzního partnera 5´konce MLL genu jsme pomocí metody FISH identifikovali gen TEL. - u 1 nemocné jsme přestavbu detekovali pouze v interfázních jádrech a fúzního partnera jsme proto neidentifikovali.
76
•
Amplifikaci MLL genu jsme prokázali u 3 (4,5%) nemocných: - u 2 nemocných jsme potvrdili mnohonásobnou amplifikaci ve formě homogenně se barvící oblasti, kruhového chromozomu a marker chromozomu. - u 1 nemocného jsme prokázali amplifikaci pouze 5´konce MLL genu a jeho následnou inzerci do krátkých ramen chromozomu 10.
•
u 1 (1,5%) nemocného jsme prokázali nadpočetnou kopii MLL genu jako důsledek parciální trizomie dlouhých ramen chromozomu 11.
Aberace MLL genu jsou považovány za velmi důležitý diagnostický a prognostický marker. Vzhledem k velké variabilitě jeho změn a vysokému počtu fúzních partnerských genů jsou k objasnění mechanizmů vzniku MLL iniciovaných leukemií nezbytné další molekulární studie. Výsledky těchto analýz pak mohou zásadním způsobem přispět k cílenější, individualizované terapii.
77
7. SEZNAM CITOVANÉ LITERATURY 1. Adler HT, Chinery R, Wu DY, Kussick SJ, Payne JM, Fornace AJ Jr, Tkachuk DC (1999): Leukemic HRX fusion proteins inhibit GADD34-induced apoptosis and associate with the GADD34 and hSNF5/INI1 proteins. Mol Cell Biol, 19(10):70507060. 2. Andersen MK, Christiansen DH, Kirchhoff M, Pedersen-Bjergaard J (2001): Duplication or amplification of chromosome band 11q23, including the unrearranged MLL gene, is recurrent abnormality in therapy-related MDS and AML, and is closely related to mutation of the TP53 gene and to previous therapy with alkylating agents. Genes, chromosomes & cancer, 31:33-41. 3. Andreasson P, Johansson B, Carlsson M, Jarlsfelt I, Fioretos T, Mitelman F, Höglund M (1997): BCR/ABL-negative chronic myeloid leukemia with ETV6/ABL fusion. Genes, chromosomes & cancer, 20(3):299-304. 4. Aplan PD (2006): Chromosomal translocations involving the MLL gene: molecular mechanisms. DNA Repair, 5(9-10):1265-1272. 5. Armstrong SA, Staunton JE, Silverman LB, Pieters R, den Boer ML, Minden MD, Sallan SE, Lander ES, Golub TR, Korsmeyer SJ (2002): MLL translocations specify a distinct gene expression profile that distinguishes a unique leukemia. Nat Genet, 30(1):41-47. 6. Arnaud B, Douet-Guilbert N, Morel F, Le Bris MJ, Herry A, Banzakour S, Bourquard P, Morice P, Calvez G, Marion V, Abgrall J, Berthou Ch, Braekeleer M (2005): Screening by fluorescence in situ hybridization for MLL status at diagnosis in 239 unselected patients with acute myeloblastic leukemia. Cancer Genetics and Cytogenetics, 161:110-115. 7. Ariyama Y, Fukuda Y, Okuno Y, Seto M, Date K, Abe T, Nakamura Y, Inazawa J (1998): Amplification on double-minute chromosomes and partial-tandem duplication of the MLL gene in leukemic cells of a patient with acute myelogenous leukemia. Genes, chromosomes & cancer, 23:267-272. 8. Aventín A, La Starza R, Casas S, Nomdedéu J, Queipo de Llano MP, Cimino G, Lo Coco F, Sierra J, Mecucci C (2003): MLL tandem duplication in two cases of acute myelocytic leukemia with unbalanced translocations: der(16)t(11;16)(q23;p13) and der(18)t(11;18)(q22;p11.2). Cancer Genetics and Cytogenetics,142(1):8-12.
78
9. Avet-Loiseau H, Godon C, Li JY, Daviet A, Mellerin MP, Talmant P, Harousseau JL, Bataille R (1999):
Amplification of the 11q23 region in acute myeloid
leukemia. Genes, chromosomes & cancer, 26:166-170. 10. Ayton P, Cleary M (2001): Molecular mechanisms of leukemogenesis mediated by MLL fusion proteins. Oncogene, 20:5695-5707. 11. Babicka L, Ransdorfova S, Brezinova J, Zemanova Z, Sindelarova L, Siskova M, Maaloufova J, Cermak J, Michalova K (2007): Analysis of complex chromosomal rearrangements in adult patients with MDS and AML by multicolor FISH. Leukemia Research, 31(1):39-47. 12. Bacher U, Kern W, Schnittger S, Hiddemann W, Schoch C, Haferlach T (2005): Further correlations of morphology according to FAB and WHO classification to cytogenetics in de novo acute myeloid leukemia: a study on 2,235 patients. Ann Hematol, 84(12):785-791. 13. Berger R, Le Coniat M, Flexor MA, Leblanc T (1996): Translocation t(10;11) involving the MLL gene in acute myeloid leukemia. Importance of fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. Ann Genet, 39(3):147-151. 14. Bergh A, Emanuel B, Zelderen-Bhola S, Smetsers T, Soest R, Stul M, Vranekx H, Schuuring E, Hagemeierr A, Klun P (2000): A DNA probe combination for improved detection of MLL/11q23 breakpoints by double-color interphase FISH in acute leukemias. Genes, chromosomes & cancer, 28: 14-22. 15. Bernard OA, Berger R (1995): Molecular basis of 11q23 rearrangements in hematopoietic malignant proliferations. Genes, chromosomes & cancer, 13:75-85. 16. Beverloo HB, Le Coniat M, Wijsman J, Lillington DM, Bernard O, de Klein A, van Wering E, Welborn J, Young BD, Hagemeijer A (1995): Breakpoint heterogeneity in t(10;11) translocation in AML-M4/M5 resulting in fusion of AF10 and MLL is resolved by fluorescent in situ hybridization analysis. Cancer Res, 55(19):42204224. 17. Biondi A, Rambaldi A, Rossi V, Elia L, Caslini C, Basso G, Battista R, Barbui T, Mandelli F, Masera G (1993): Detection of ALL-1/AF4 fusion transcript by reverse transcription-polymerase chain reaction for diagnosis and monitoring of acute leukemias with the t(4;11) translocation. Blood, 82(10):2943-2947. 18. Bloomfield CD, Lawrence D, Byrd JC, Carroll A, Pettenati MJ, Tantravahi R, Patil SR, Davey FR, Berg DT, Schiffer CA, Arthur DC, Mayer RJ (1998): Frequency of
79
prolonged remission duration after high-dose cytarabine intensification in acute myeloid leukemia varies by cytogenetic subtype. Cancer Res, 58(18):4173-4179. 19. Braekeleer M, Morel F, Bris M-J, Herry A, Douget-guilbert N (2005): The MLL gene and translocations involving chromosomal band 11q23 in acute leukemia. Anticancer research, 25:1931-1944. 20. Brezinová J, Zemanová Z, Cermák J, Kurková S, Sindelárová L, Schwarz J, Michalová K (2002): Variations in MLL amplification in a patient with acute myeloid leukemia. Leuk Lymphoma, 43(10):2031-2035. 21. Brezinová J, Zemanová Z, Ransdorfová S, Pavlistová L, Babická L, Housková L, Melichercíková J, Sisková M, Cermák J, Michalová K (2007): Structural aberrations of chromosome 7 revealed by a combination of molecular cytogenetic techniques in myeloid malignancies. Cancer Genetics and Cytogenetics, 173(1):1016. 22. Broeker PL, Super HG, Thirman MJ, Pomykala H, Yonebayashi Y, Tanabe S, Zeleznik-Le N, Rowley JD (1996): Distribution of 11q23 breakpoints within the MLL breakpoint cluster region in de novo acute leukemia and in treatment-related acute myeloid leukemia: correlation with scaffold attachment regions and topoisomerase II consensus binding sites. Blood, 87(5):1912-1922. 23. Caligiuri MA, Strout MP, Lawrence D, Arthur DC, Baer MR, Yu F, Knuutila S, Mrózek K, Oberkircher AR, Marcucci G, de la Chapelle A, Elonen E, Block AW, Rao PN, Herzig GP, Powell BL, Ruutu T, Schiffer CA, Bloomfield CD (1998): Rearrangement of ALL1 (MLL) in acute myeloid leukemia with normal cytogenetics. Cancer Res, 58(1):55-9. 24. Casillas JN, Woods WG, Hunger SP, McGavran L, Alonzo TA, Feig SA; Children's Cancer Group (2003): Prognostic implications of t(10;11) translocations in childhood acute myelogenous leukemia: a report from the Children's Cancer Group. J Pediatr Hematol Oncol, 25(8):594-600. 25. Caslini C, Yang Z, El-Osta M, Milne TA, Slany RK, Hess JL (2007): Intreraction of MLL amino terminal sequences with menin is required for transformation. Cancer Res, 67(15):7275-7283. 26. Cerveira N, Correia C, Bizarro S, Pinto C, Lisboa S, Mariz JM, Marques M, Teixeira MR (2006): SEPT2 is a new fusion partner of MLL in acute myeloid leukemia with t(2;11)(q37;q23). Oncogene, 25(45):6147-6152.
80
27. Cimino G, Lo Coco F, Biondi A, Elia L, Luciano A, Croce CM, Masera G, Mandelli F, Canaani E (1993): ALL-1 gene at chromosome 11q23 is consistently altered in acute leukemia of early infancy. Blood, 82(2):544-546. 28. Cimino G, Moir DT, Canaani O, Williams K, Crist WM, Katzav S, Cannizzaro L, Lange B, Nowell PC, Croce CM (1991): Cloning of ALL-1, the locus involved in leukemias with the t(4;11)(q21;q23), t(9;11)(p22;q23), and t(11;19)(q23;p13) chromosome translocations. Cancer Res, 51(24):6712-6714. 29. Cimino G, Rapanotti MC, Elia L, Biondi A, Fizzotti M, Testi AM, Tosti S, Croce CM, Canaani E, Mandelli F (1995): ALL-1 gene rearrangements in acute myeloid leukemia: association with M4-M5 French-American-British classification subtypes and young age. Cancer Res, 55(8):1625-1628. 30. Collins EC, Rabbitts TH (2002): The promiscuous MLL gene links chromosomal translocations to cellular differentiation and tumour tropism. Trends Mol Med, 8(9):436-442. 31. Corral J, Lavenir I, Impey H, Warren AJ, Forster A, Larson TA, Bell S, McKenzie AN, King G, Rabbitts TH (1996): An Mll-AF9 fusion gene made by homologous recombination causes acute leukemia in chimeric mice: a method to create fusion oncogenes. Cell, 85(6):853-861. 32. Curtiss NP, Bonifas JM, Lauchle JO, Balkman JD, Kratz CP, Emerling BM, Green ED, Le Beau MM, Shannon KM (2005): Isolation and analysis of candidate myeloid tumor suppressor genes from a commonly deleted segment of 7q22. Genomics, 85(5):600-607. 33. Daser A, Rabbitts TH (2004): Extending the repertoire of the mixed-lineage leukemia gene MLL in leukemogenesis. Genes Dev, 18 (9): 965-974. 34. Djabali M, Selleri L, Parry P, Bower M, Young B, Evans GA (1993): A trithoraxlike gene is interrupted by chromosome 11q23 translocations in acute leukaemias. Nat Genet, 4(4):431. 35. Döhner K, Tobis K, Ulrich R, Fröhling S, Benner A, Schlenk RF, Döhner H (2002): Prognostic significance of partial tandem duplications of the MLL gene in adult patients 16 to 60 years old with acute myeloid leukemia and normal cytogenetics: a study of the Acute Myeloid Leukemia Study Group Ulm. J Clin Oncol, 20(15):3254-3261.
81
36. Dolan M, McGlennen RC, Hirsch B (2002): MLL amplification in myeloid malignancies: clinical, molecular, and cytogenetic findings. Cancer Genetics and Cytogenetics, 134(2):93-101. 37. Dou Y, Hess JL (2008): Mechanisms of transcriptional regulation by MLL and its disruption in acute leukemia. Int J Hematol, 87(1):10-18. 38. Douet-Guilbert N, Arnaud B, Morel F, Le Bris MJ, De Braekeleer M (2005): Cryptic 5' MLL gene insertion in an X-chromosome in acute myeloblastic leukemia. Cancer Genetics and Cytogenetics, 157(2):178-180. 39. Dyson MJ, Talley PJ, Reilly JT, Stevenson D, Parsons E, Tighe J (2003): Detection of cryptic MLL insertions using a commercial dual-color fluorescence in situ hybridization probe. Cancer Genetics and Cytogenetics, 147(1):81-83. 40. Emerenciano M, Koifman S, Pombo-de-Oliveira MS (2007): Acute leukemia in early childhood. Braz J Med Biol Res, 40(6):749-760. 41. Escobar PA, Smith MT, Vasishta A, Hubbard AE, Zhang L (2007): Leukaemiaspecific chromosome damage detected by comet with fluorescence in situ hybridization (comet-FISH). Mutagenesis, 22(5):321-327. 42. Fenaux P, Preudhomme C, Quiquandon I, Jonveaux P, Laï JL, Vanrumbeke M, Loucheux-Lefebvre MH, Bauters F, Berger R, Kerckaert JP (1992): Mutations of the P53 gene in acute myeloid leukaemia. Br J Haematol, 80(2):178-83. 43. Ferrando AA, Armstrong SA, Neuberg DS, Sallan SE, Silverman LB, Korsmeyer SJ, Look AT (2003): Gene expression signatures in MLL-rearranged T-lineage and B-precursor acute leukemias: dominance of HOX dysregulation. Blood, 102(1):262268. 44. Fischer K, Fröhling S, Scherer SW, McAllister Brown J, Scholl C, Stilgenbauer S, Tsui LC, Lichter P, Döhner H (1997): Molecular cytogenetic delineation of deletions and translocations involving chromosome band 7q22 in myeloid leukemias. Blood, 89(6):2036-2041. 45. Forster A, Pannell R, Drynan LF, McCormack M, Collins EC, Daser A, Rabbitts TH (2003): Engineering de novo reciprocal chromosomal translocations associated with Mll to replicate primary events of human cancer. Cancer Cell, 3(5):449-458. 46. Fu JF, Liang DC, Shih LY (2007): Analysis of acute leukemias with MLL/ENL fusion transcripts: identification of two novel breakpoints in ENL. Am J Clin Pathol, 127(1):24-30.
82
47. Gilbert F (1983): Chromosomes, genes and cancer: A classification of chromosome abnormalities in cancer. JNCI, 71:1107-1114. 48. Grimwade D, Walker H, Oliver F, Wheatley K, Harrison C, Harrison G, Rees J, Hann I, Stevens R, Burnett A, Goldstone A (1998): The importance of diagnostic cytogenetics on outcome in AML: analysis of 1,612 patients entered into the MRC AML 10 trial. The Medical Research Council Adult and Children's Leukaemia Working Parties. Blood, 92(7):2322-2333. 49. Gu Y, Alder H, Nakamura T, Schichman SA, Prasad R, Canaani O, Saito H, Croce CM, Canaani E (1994): Sequence analysis of the breakpoint cluster region in the ALL-1 gene involved in acute leukemia. Cancer Res, 54(9):2327-2330. 50. Gu Y, Nakamura T, Alder H, Prasad R, Canaani O, Cimino G, Croce CM, Canaani E (1992): The t(4;11) chromosome translocation of human acute leukemias fuse the ALL-1 gene, related to Drosophila Thithorax, to the AF-4 gene. Cell, 71:701-708. 51. Gué M, Sun J-S, Boudier T (2006): Simultaneous localization of MLL, AF4 and ENL genes in interphase nuclei by 3D-FISH: MLL translocation revisited. BMC Cancer, 6:20. 52. Guenther MG, Jenner RG, Chevalier B, Nakamura T, Croce CM, Canaani E, Young RA (2005): Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase. Proc Natl Acad Sci U S A, 102(24):8603-8608. 53. Haferlach T, Schoch C, Löffler H, Gassmann W, Kern W, Schnittger S, Fonatsch C, Ludwig WD, Wuchter C, Schlegelberger B, Staib P, Reichle A, Kubica U, Eimermacher H, Balleisen L, Grüneisen A, Haase D, Aul C, Karow J, Lengfelder E, Wörmann B, Heinecke A, Sauerland MC, Büchner T, Hiddemann W (2003): Morphologic dysplasia in de novo acute myeloid leukemia (AML) is related to unfavorable cytogenetics but has no independent prognostic relevance under the conditions of intensive induction therapy: results of a multiparameter analysis from the German AML Cooperative Group studies. J Clin Oncol, 21(2):256-265. 54. Hall GW (2001): Childhood myeloid leukaemias. Best Pract Res Clin Haematol, 14(3):573-591. 55. Harbott J, Mancini M, Verellen-Dumoulin C, Moorman AV, Secker-Walker LM (1998): Hematological malignancies with a deletion of 11q23: cytogenetic and clinical aspects. European 11q23 Workshop participants. Leukemia, 12(5):823-827. 56. Harrison CJ, Griffiths M, Moorman F, Schnittger S, Cayuela JM, Shurtleff S, Gottardi E, Mitterbauer G, Colomer D, Delabesse E, Castéras V, Maroc N (2007):
83
A multicenter evaluation of comprehensive analysis of MLL translocations and fusion gene partners in acute leukemia using the MLL FusionChip device. Cancer Genetics and Cytogenetics, 173(1):17-22. 57. Hars ES, Lyu YL, Lin CP, Liu LF (2006): Role of apoptotic nuclease caspaseactivated DNase in etoposide-induced treatment-related acute myelogenous leukemia. Cancer Res, 66(18):8975-8979. 58. He LZ, Tribioli C, Rivi R, Peruzzi D, Pelicci PG, Soares V, Cattoretti G, Pandolfi PP (1997): Acute leukemia with promyelocytic features in PML/RARalpha transgenic mice. Proc Natl Acad Sci U S A, 94(10):5302-5307. 59. Heim S, Mitelman F (1995): Chronic myeloid leukemia. In: Cancer cytogenetics: chromosomal and molecular genetics aberrations of tumor cells. 2nd edition. New York: Wiley-Liss, 33-68. 60. Heisterkamp N, Jenster G, ten Hoeve J, Zovich D, Pattengale PK, Groffen J (1990): Acute leukaemia in bcr/abl transgenic mice. Nature, 344(6263):251-253. 61. Herry A, Douet-Guilbert N, Gueganic N, Morel F, Le Bris MJ, Berthou C, De Braekeleer M (2006): Del(5q) and MLL amplification in homogeneously staining region in acute myeloblastic leukemia: a recurrent cytogenetic association. Ann Hematol, 85(4):244-249. 62. Hesketh R (1997): The Oncogene and Tumour Suppressor Gene, 2nd Ed. Academic Press, London, UK. 63. Hess JL (2004): MLL: a histone methyltransferase disrupted in leukemia. Trends Mol Med, 10(10):500-507. 64. Hofmann WK, Lübbert M, Hoelzer D, Phillip Koeffler H (2004): Myelodysplastic syndromes. Hematol J, 5(1):1-8. 65. Chaplin T, Jones L, Debernardi S, Hill AS, Lillington DM, Young BD (2001): Molecular analysis of the genomic inversion and insertion of AF10 into MLL suggests a single-step event. Genes, chromosomes & cancer, 30(2):175-180. 66. Cho WC (2007): OncomiRs: the discovery and progress of microRNAs in cancers. Mol Cancer, 6:60. 67. Chowdhury T, Brady HJ (2008): Insights from clinical studies into the role of the MLL gene in infant and childhood leukemia. Blood Cells Mol Dis, 40(2):192-199. 68. Chudoba I, Plesch A, Lörch T, Lemke J, Claussen U, Senger G (1999): High resolution multicolor-banding: a new technique for refined FISH analysis of human chromosomes. Cytogenet Cell Genet, 84(3-4):156-160.
84
69. ISCN. In: Shaffer LG, Tommerup N, editors. An international system for human cytogenetic nomenclature. Basel: S. Karger; 2005. 70. Jani Sait SN, Raimondi SC, Look AT, Gill H, Thirman M, Diaz MO, Shows TB (1993): A t(11;12) 11q23 leukemic breakpoint that disrupts the MLL gene. Genes, chromosomes & cancer, 7(1):28-31. 71. Jarosova M, Takacova S, Holzerova M, Priwitzerova M, Divoka M, Lakoma I, Mihal V, Indrak K, Divoky V (2005): Cryptic MLL-AF10 fusion cause by insertion of duplicated 5′ part of MLL into 10p12 in acute leukemia: a case report. Cancer Genetics and Cytogenetics, 162:179-182. 72. Johansson B, Moorman AV, Secker-Walker LM (1998): Derivative chromosomes of 11q23-translocations in hematologic malignancies. European 11q23 Workshop participants. Leukemia, 12(5):828-833. 73. Kim HJ, Cho HI, Kim EC, Ko EK, See CJ, Park SY, Lee DS (2002): A study on 289 consecutive Korean patients with acute leukaemias revealed fluorescence in situ hybridization detects the MLL translocation without cytogenetic evidence both initially and during follow-up. Br J Haematol, 119(4):930-939. 74. Klaus M, Schnittger S, Haferlach T, Dreyling M, Hiddemann W, Schoch C (2003): Cytogenetics, fluorescence in situ hybridization, and reverse transcriptase polymerase chain reaction are necessary to clarify the various mechanisms leading to an MLL-AF10 fusion in acute myelocytic leukemia with 10;11 rearrangement. Cancer Genetics and Cytogenetics, 144(1):36-43. 75. Kobayashi H, Espinosa R 3rd, Fernald AA, Begy C, Diaz MO, Le Beau MM, Rowley JD (1993): Analysis of deletions of the long arm of chromosome 11 in hematologic malignancies with fluorescence in situ hybridization. Genes, chromosomes & cancer, 8(4):246-252. 76. Kourlas PJ, Strout MP, Becknell B, Veronese ML, Croce CM, Theil KS, Krahe R, Ruutu T, Knuutila S, Bloomfield CD, Caligiuri MA (2000): Identification of a gene at 11q23 encoding a guanine nucleotide exchange factor: evidence for its fusion with MLL in acute myeloid leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A, 97(5):2145-2150. 77. Kratz CP, Emerling BM, Donovan S, Laig-Webster M, Taylor BR, Thompson P, Jensen S, Banerjee A, Bonifas J, Makalowski W, Green ED, Le Beau MM, Shannon KM (2001): Candidate gene isolation and comparative analysis of a commonly deleted segment of 7q22 implicated in myeloid malignancies. Genomics, 77(3):171-180.
85
78. Lichter P (1997): Multicolor fishing: what´s the catch. TIG, 13:475-479. 79. Lillington DM, Young BD, Berger R, Martineau M, Moorman AV, Secker-Walker LM (1998): The t(10;11)(p12;q23) translocation in acute leukaemia: a cytogenetic and clinical study of 20 patients. European 11q23 Workshop participants. Leukemia, 12(5):801-804. 80. Limbergen VH, Poppe B, Michaux L, Herens C, Brown J, Noens L, Berneman Z, De Bock R, De Paepe A, Speleman F (2002): Identification of cytogenetic subclasses and recurring chromosomal aberrations in AML and MDS with complex karyotypes using M-FISH. Genes, chromosomes & cancer, 33(1):60-72. 81. Liu H, Cheng EH, Hsieh JJ (2007): Bimodal degradation of MLL by SCFSkp2 and APCCdc20 assures cell cycle execution: a critical regulatory circuit lost in leukemogenic MLL fusions. Genes Dev, 21(19):2385-2398. 82. Luquet I, Laï JL, Barin C, Baranger L, Bilhou-Nabera C, Lippert E, Gervais C, Talmant P, Cornillet-Lefebvre P, Perot C, Nadal N, Mozziconacci MJ, LafagePochitaloff M, Eclache V, Mugneret F, Lefebvre C, Herens C, Speleman F, Poirel H, Tigaud I, Cabrol C, Rousselot P, Daliphard S, Imbert M, Garand R, Geneviève F, Berger R, Terre C (2007): Hyperdiploid karyotypes in acute myeloid leukemia define a novel entity: a study of 38 patients from the Groupe Francophone de Cytogenetique Hematologique (GFCH). Leukemia, 11:1–6. 83. Mancini M, Nanni M, Cedrone M, Diverio D, Avvisati G, Riccioni R, De Cuia MR, Fenu S, Alimena G (1995): Combined cytogenetic, FISH and molecular analysis in acute promyelocytic leukaemia at diagnosis and in complete remission. Br J Haematol, 91(4):878-884. 84. Marcucci G, Mrózek K, Ruppert AS, Archer KJ, Pettenati MJ, Heerema NA, Carroll AJ, Koduru PR, Kolitz JE, Sterling LJ, Edwards CG, Anastasi J, Larson RA, Bloomfield CD (2004): Abnormal cytogenetics at date of morphologic complete remission predicts short overall and disease-free survival, and higher relapse rate in adult acute myeloid leukemia: results from cancer and leukemia group B study 8461. J Clin Oncol, 22(12):2410-2418. 85. Martineau M, Berger R, Lillington DM, Moorman AV, Secker-Walker LM (1998): The t(6;11)(q27;q23) translocation in acute leukemia: a laboratory and clinical study of 30 cases. EU Concerted Action 11q23 Workshop participants. Leukemia, 12(5):788-791.
86
86. Martinez-Climent JA, Thirman MJ, Espinosa R 3rd, Le Beau MM, Rowley JD (1995): Detection of 11q23/MLL rearrangements in infant leukemias with fluorescence in situ hybridization and molecular analysis. Leukemia, 9(8):12991304. 87. Matsuda K, Hidaka E, Ishida F, Yamauchi K, Makishima H, Ito T, Suzuki T, Imagawa E, Sano K, Katsuyama T, Ota H (2006): A case of acute myelogenous leukemia with MLL-AF10 fusion caused by insertion of 5' MLL into 10p12, with concurrent 3' MLL deletion. Cancer Genetics and Cytogenetics, 171(1):24-30. 88. Mathew S, Behm F, Dalton J, Raimondi S (1999): Comparison of cytogenetics, Southern blotting, and fluorescence in situ hybridization as methods for detecting MLL gene rearrangements in children with acute leukemia and with 11q23 abnormalities. Leukemia, 13(11):1713-1720. 89. Mauritzson N, Johansson B, Albin M, Billström R, Ahlgren T, Mikoczy Z, Nilsson PG, Hagmar L, Mitelman F (1999): A single-center population-based consecutive series of 1500 cytogenetically investigated adult hematological malignancies: karyotypic features in relation to morphology, age and gender. Eur J Haematol, 62(2):95-102. 90. Mayer J, Starý J (2002): Leukemie. 1.vydání, Grada Publishing, Praha. 91. McAlpine P (1995): Genetic nomenclature guide. Human. Trends Genet, 39-42. 92. McCabe NR, Burnett RC, Gill HJ, Thirman MJ, Mbanngkollo D, Kipiniak M, van Melle E, Ziemin-van der Poel S, Rowley JD, Diaz MO (1992): Clonning of c DNAs of the MLL gene that detect DNA rearrangements and altered RNA transcripts in human leukemic cells with 11q23 translocations. Proc Natl Acad Sci USA, 89: 11794-11798. 93. Megonigal MD, Rappaport EF, Wilson RB, Jones DH, Whitlock JA, Ortega JA, Slater DJ, Nowell PC, Felix CA (2000): Panhandle PCR for cDNA: a rapid method for isolation of MLL fusion transcripts involving unknown partner genes. Proc Natl Acad Sci U S A, 97(17):9597-9602. 94. Meyer C, Schneider B, Reichel M, Angermueller S, Strehl S, Schnittger S, Schoch C, Jansen MW, van Dongen JJ, Pieters R, Haas OA, Dingermann T, Klingebiel T, Marschalek R (2005): Diagnostic tool for the identification of MLL rearrangements including unknown partner genes. Proc Natl Acad Sci USA, 102(2):449-454. 95. Meyer C, Schneider B, Jakob S, Strehl S, Attarbaschi A, Schnittger S, Schoch C, Jansen MW, van Dongen JJ, den Boer ML, Pieters R, Ennas MG, Angelucci E,
87
Koehl U, Greil J, Griesinger F, Zur Stadt U, Eckert C, Szczepanski T, Niggli FK, Schafer BW, Kempski H, Brady HJ, Zuna J, Trka J, Nigro LL, Biondi A, Delabesse E, Macintyre E, Stanulla M, Schrappe M, Haas OA, Burmeister T, Dingermann T, Klingebiel T, Marschalek R (2006): The MLL recombinome of acute leukemias. Leukemia, 20:777-784. 96. Meyer C, Burmeister T, Strehl S, Schneider B, Hubert D, Zach O, Haas O, Klingebiel T, Dingermann T, Marschalek R (2007): Spliced MLL fusions: a novel mechanism to generate functional chimeric MLL-MLLT1 transcripts in t(11;19)(q23;p13.3) leukemia. Leukemia, 21(3):588-590. 97. Michalová K (1999): Úvod do lidské cytogenetiky. Institut pro další vzdělávání pracovníků ve zdravotnictví, Brno. 98. Michalová K, Zemanová Z, Březinová J (1996): Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) v diagnostice hematologických malignit. Scripta medica 70, Brno, 4:281283. 99. Michalová K, Zemanová Z, Březinová J (2001): Mnohobarevná fluorescenční in situ hybridizace (mFISH). Časopis lékařů českých, 140:99-103. 100. Michaux L, Wlodarska I, Stul M, Dierlamm J, Mugneret F, Herens C, Beverloo B, Verhest A, Verellen-Dumoulin C, Verhoef G, Selleslag D, Madoe V, Lecomte M, Deprijck B, Ferrant a, Delannoy A, Marichal S, Duhem C, Dicato M, Hagemeijer A (2000): MLL amplification in myeloid leukemias: a study of 14 cases with multiple copies of 11q23. Genes, chromosomes & cancer 29:40-47. 101. Milne TA, Briggs SD, Brock HW, Martin ME, Gibbs D, Allis CD, Hess JL (2002): MLL targets SET domain methyltransferase activity to Hox gene promoters. Mol Cell, 10(5):1107-1117. 102. Milne TA, Martin ME, Brock HW, Slany RK, Hess JL (2005): Leukemogenic MLL fusion proteins bind across a broad region of the Hox a9 locus, promoting transcription and multiple histone modifications. Cancer Res, 65(24):11367-11374. 103. Mitelman F, Mertens F, Johansson B (1997): A breakpoint map of recurrent chromosomal rearrangements in human neoplasia. Nat Genet, 15 Spec No:417-474. 104. Miura I, Yamaguchi A, Takatsu H, Miura AB (1993): New variant t(9;11;14)(p22;q23;q24) suggests a translocation of 9p to 11q as the critical genetic event. Cancer Genetics and Cytogenetics, 71(2):176-177. 105. Moorman AV, Hagemeijer A, Charrin C, Rieder H, Secker-Walker LM (1998): The translocations, t(11;19)(q23;p13.1) and t(11;19)(q23;p13.3): a cytogenetic and
88
clinical profile of 53 patients. European 11q23 Workshop participants. Leukemia, 12(5):805-810. 106. Mrózek K, Heinonen K, Lawrence D, Carroll AJ, Koduru PR, Rao KW, Strout MP, Hutchison RE, Moore JO, Mayer RJ, Schiffer CA, Bloomfield CD (1997): Adult patients with de novo acute myeloid leukemia and t(9; 11)(p22; q23) have a superior outcome to patients with other translocations involving band 11q23: a cancer and leukemia group B study. Blood, 90(11):4532-4538. 107. Mrózek K, Heinonen K, Bloomfield CD (2001): Clinical importance of cytogenetics in acute myeloid leukaemia. Best Pract Res Clin Haematol, 14(1):1947. 108. Mrózek K, Marcucci G, Paschka P, Whitman SP, Bloomfield CD. (2007): Clinical relevance of mutations and gene-expression changes in adult acute myeloid leukemia with normal cytogenetics: are we ready for a prognostically prioritized molecular classification? Blood, 109(2):431-448. 109. Nemoto N, Suzukawa K, Shimizu S, Shinagawa A, Takei N, Taki T, Hayashi Y, Kojima H, Kawakami Y, Nagasawa T (2007): Identification of a novel fusion gene MLL-MAML2 in secondary acute myelogenous leukemia and myelodysplastic syndrome with inv(11)(q21q23). Genes, chromosomes & cancer, 46(9):813-819. 110. Nowell PC a Hungerford DA (1960): A minute chromosome in human granulocytic leukemia. Science, 132:1497-1499. 111. Pajuelo-Gámez JC, Cervera J, García-Casado Z, Mena-Durán AV, Valencia A, Barragán E, Such E, Bolufer P, Sanz MA (.2007): MLL amplification in acute myeloid leukemia. Cancer Genetics and Cytogenetics, 174(2):127-131. 112. Papenhausen PR, Griffin S, Tepperberg J (2005): Oncogene amplification in transforming myelodysplasia. Experimental and Molecular pathology, 79:168-175. 113. Pedersen-Bjergaard J, Andersen MK, Johansson B (1998): Balanced chromosome aberrations in leukemias following chemotherapy with DNAtopoisomerase II inhibitors. J Clin Oncol, 16(5):1897-1898. 114. Poirel H, Rack K, Delabesse E, Radford-Weiss I, Troussard X, Debert C, Leboeuf D, Bastard C, Picard F, Veil-Buzyn A, Flandrin G, Bernard O, Macintyre E (1996): Incidence and characterization of MLL gene (11q23) rearrangements in acute myeloid leukemia M1 and M5. Blood, 87(6):2496-2505. 115. Popovic R, Zeleznik-Le NJ (2005): MLL: how complex does it get? J Cell Biochem, 95(2):234-242.
89
116. Poppe B, Vandesompele J, Schoch C, Lindvall Ch, Mrózek K, Bloomfield CD, Beverloo HB, Michaux L, Dastugue N, Heren Ch, Živit N, Paepe A, Hagemeijer A, Speleman F (2004): Expression analyse identify MLL as prominent target of 11q23 amplification and support an etologic role for MLL gain of function in myeloid malignancies. Blood, (1)103:229-235. 117. Reichel M, Gillert E, Angermüller S, Hensel JP, Heidel F, Lode M, Leis T, Biondi A, Haas OA, Strehl S, Panzer-Grümayer ER, Griesinger F, Beck JD, Greil J, Fey GH, Uckun FM, Marschalek R (2001): Biased distribution of chromosomal breakpoints involving the MLL gene in infants versus children and adults with t(4;11) ALL. Oncogene, 20(23):2900-2907. 118. Rowley JD (1973): Letter: A new consistent chromosomal abnormality in chronic myelogenous leukemia identified by quinacrine fluorescence and Giemsa staining. Nature, 243(5405):290-293. 119. Rowley JD (1992): The der(11) chromosome contains the critical breakpoint junction in the 4;11, 9;11, and 11;19 translocations in acute leukemia. Genes, chromosomes & cancer, 5(3):264-266. 120. Rowley JD (1993): Rearrangements involving chromosome band 11q23 in acute leukemia. Cancer biology, 4:377-385. 121. Rowley JD (1999): The role of chromosome translocations in leukemogenesis. Semin Hematol, 36(4 Suppl 7):59-72. 122. Rubnitz JE, Behm FG, Downing JR (1996): 11q23 rearrangements in acute leukemia. Leukemia, 10(1):74-82. 123. Sagawa M, Shimizu T, Shimizu T, Awaya N, Mitsuhashi T, Ikeda Y, Okamoto S, Kizaki M (2006): Establishment of a new human acute monocytic leukemia cell line TZ-1 with t(1;11)(p32;q23) and fusion gene MLL-EPS15. Leukemia, 20(9):15661571. 124. Shih LY, Liang DC, Fu JF, Wu JH, Wang PN, Lin TL, Dunn P, Kuo MC, Tang TC, Lin TH, Lai CL (2006): Characterization of fusion partner genes in 114 patients with de novo acute myeloid leukemia and MLL rearrangement. Leukemia, 20(2):218-223. 125. Schichman SA, Caligiuri MA, Strout MP, Carter SL, Gu Y, Canaani E, Bloomfield CD, Croce CM (1994): ALL-1 tandem duplication in acute myeloid leukemia with a normal karyotype involves homologous recombination between Alu elements. Cancer Res, 54(16):4277-4280.
90
126. Schnittger S, Kinkelin U, Schoch C, Heinecke A, Haase D, Haferlach T, Büchner T, Wörmann B, Hiddemann W, Griesinger F (2000): Screening for MLL tandem duplication in 387 unselected patients with AML identify a prognostically unfavorable subset of AML. Leukemia, 14(5):796-804. 127. Schoch C, Haferlach T, Haase D, Fonatsch C, Loffer H, Schlegelberger B, Staib P, Sauerland MC, Heinecke A, Buchner T, Hiddemann W, German AML Study Group (2001): Patients with de novo acute myeloid leukaemia and complex karyotype aberrations show a poor prognosis despite intensive treatment: a study of 90 patients. Br J Haematol, 112:118-126. 128. Schoch C, Kern W, Kohlmann A, Hiddemann W, Schnittger S, Haferlach T (2005): Acute myeloid leukemia with a complex aberrant karyotype is a distinct biological entity characterized by genomic imbalances and a specific gene expression profile. Genes, chromosomes & cancer, 43(3):227-238. 129. Schoch C, Schnittger S, Klaus M, Kern W, Hiddemann W, Haferlach T (2003): AML with 11q23/MLL abnormalities as defined by the WHO classification: incidence, partner chromosomes, FAB subtype, age distribution, and prognostic impact in an unselected series of 1897 cytogenetically analyzed AML cases. Blood, 102(7):2395-2402. 130. Slany RK (2005): When epigenetics kills: MLL fusion proteins in leukemia. Hematological Oncology, 23:1-9. 131. So CW, Cleary ML (2004): Dimerization: A versatile switch for oncogenesis. Blood, 104:919-922. 132. Sorensen PH, Chen CS, Smith FO, Arthur DC, Domer PH, Bernstein ID, Korsmeyer SJ, Hammond GD, Kersey JH (1994): Molecular rearrangements of the MLL gene are present in most cases of infant acute myeloid leukemia and are strongly correlated with monocytic or myelomonocytic phenotypes. J Clin Invest, 93(1):429-437. 133. Speicher M, Ballard SG, Ward DS (1996): Karyotyping human chromosomes by combinatorial multi-fluor FISH. Nat Genet, 12:368-375. 134. Stasevich I, Utskevich R, Kustanovich A, Litvinko N, Savitskaya T, Chernyavskaya
S,
Saharova
O,
Aleinikova
O
(2006):
Translocation
(10;11)(p12;q23) in childhood acute myeloid leukemia: incidence and complex mechanism. Cancer Genetics and Cytogenetics, 169(2):114-120.
91
135. Strehl S, Konig M, Meyer C, Schneider B, Harbott J, Jager U, von Bergh AR, Loncarevic IF, Jarosova M, Schmidt HH, Moore SD, Marschalek R, Haas OA (2006): Molecular dissection of t(11;17) in acute myeloid leukemia reveals a variety of gene fusions with heterogeneous fusion transcripts and multiple splice variants. Genes, chromosomes & cancer, 45(11):1041- 1049. 136. Streubel B, Valent P, Jager U, Edelhauser M, Wandt H, Wagner T, Buchner T, Lechner K, Fonatsch C (2000): Amplification of the MLL gene on doble minutes, a homogenously staining region, and ring chromosomes in five patients with acute myeloid leukemia or myelodysplastic syndrome. Genes, chromosomes & cancer, 27: 380-386. 137. Strissel PL, Strick R, Rowley JD, Zeleznik-Le NJ (1998): An in vivo topoisomerase II cleavage site and a DNase I hypersensitive site colocalize near exon 9 in the MLL breakpoint cluster region. Blood, 92(10):3793-3803. 138. Strissel PL, Strick R, Tomek RJ, Roe BA, Rowley JD, Zeleznik-Le NJ (2000): DNA structural properties of AF9 are similar to MLL and could act as recombination hot spots resulting in MLL/AF9 translocations and leukemogenesis. Hum. Mol. Genet, 9;1671–1679. 139. Stubbs MC, Kim YM, Krivtsov AV, Wright RD, Feng Z, Agarwal J, Kung AL, Armstrong SA (2007): MLL-AF9 and FLT3 cooperation in acute myelogenous leukemia: development of a model for rapid therapeutic assessment. Leukemia, 13; 1-12. 140. Sung PA, Libura J, Richardson C (2006): Etoposide and illegitimate DNA double-strand break repair in the generation of MLL translocations: New insights and new questions. DNA Repair, 5(9-10):1109-1118. 141. Swansbury GJ, Slater R, Bain BJ, Moorman AV, Secker-Walker LM (1998): Hematological malignancies with t(9;11)(p21-22;q23): a laboratory and clinical study of 125 cases. Leukemia, 12:792-800. 142. Takáčová S, Jarošová M, Divoký V (2007): Porucha v regulácii chromatínu ako molekulárny mechanizmus MLL-ENL leukemogenézy. Trans.Hemat.dnes, 13:1622. 143. Takahashi N, Miura I, Ohshima A, Nimura T, Hashimoto K, Hatano Y, Utsumi S, Kume M, Saito K, Kobayashi Y, Saito M, Seto M, Ueda R, Miura AB (1996): Translocation (9;11;22)(p22;q23;q11). A new type of complex variant translocation
92
of t(9;11)(p22;q23) with MLL rearrangement. Cancer Genetics and Cytogenetics, 88(1):26-29. 144. Tanaka K, Takechi M, Nishimura S, Oguma N, Kamada N (1993): Amplification of c-MYC oncogene and point mutation of N-RAS oncogene point mutation in acute myelocytic leukemias with double minute chromosomes. Leukemia, 7(3):469471. 145. Tennant TR, Huo D, Davis EM, Larson RA, Le Bau MM (2007): Genomic Rearrangements Associated with -5/del(5q) and -7/del(7q) in Myeloid Leukemias. Journal of the american society of hematology, 110(11):537a. 146. Thirman MJ, Gill JH, Burnett RC, Mbangkollo D, McCabe NR, Kobayashi H (1993): Rearrangement of the MLL gene in acute lymphoblastic and acute myeloid leukemias with 11q23 chromosomal translocations. N Engl J Med, 329:909-914. 147. Tkachuk DC, Kohler S, Cleary ML (1992): Involvement of a homolog of Drosophila trithorax by 11q23 chromosomal translocations in acute leukemias. Cell, 71(4):691-700. 148. Vieira L, Marques B, Cavaleiro C, Ambrósio AP, Jorge M, Neto A, Costa JM, Júnior EC, Boavida MG (2005): Molecular cytogenetic characterization of rearrangements involving 12p in leukemia. Cancer Genetics and Cytogenetics, 157(2):134-139. 149. Vieira L, Sousa AC, Matos P, Marques B, Alaiz H, Ribeiro MJ, Braga P, da Silva MG, Jordan P (2006): Three-way translocation involves MLL, MLLT3, and a novel cell cycle control gene, FLJ10374, in the pathogenesis of acute myeloid leukemia with t(9;11;19)(p22;q23;p13.3). Genes, chromosomes & cancer, 45(5):455-469. 150. Vonka V, Brdička R, Elleder M, Hradec J, Hynie S, Krčmář K, Mareš V, Musil J, Neuwirt J, Šterzl J (1992): Kapitoly z molekulové biologie. H&H, Praha. 151. Wattel E, Preudhomme C, Hecquet B, Vanrumbeke M, Quesnel B, Dervite I, Morel P, Fenaux P (1994): p53 mutations are associated with resistance to chemotherapy and short survival in hematologic malignancies. Blood, 84(9):31483157. 152. Wechsler DS, Engstrom LD, Alexander BM, Motto DG, Roulston D (2003): A novel chromosomal inversion at 11q23 in infant acute myeloid leukemia fuses MLL to CALM, a gene that encodes a clathrin assembly protein. Genes, chromosomes & cancer, 36(1):26-36.
93
153. Whitman SP, Liu S, Vukosavljevic T, Rush LJ, Yu L, Liu Ch, Klisovic MI, Maharry K, Guimond M, Strout MP, Becknell B, Dorrance A, Klisovic RB, Plass Ch, Bloomfield CD, Marcucci G, Caliguiri MA (2005): The MLL tandem duplication: evidence for recessive gain-of-function in acute myeloid leukemia identifies a novel patient subgroup for molecular-targeted therapy. Blood, 1:345352. 154. Wiederschain D, Kawai H, Shilatifard A, Yuan ZM (2005): Multiple mixed lineage leukemia (MLL) fusion proteins suppress p53-mediated response to DNA damage. J Biol Chem, 280(26):24315-24321. 155. Yu BD, Hess JL, Horning SE, Brown GA, Korsmeyer SJ (1995): Altered Hox expression and segmental identity in Mll-mutant mice. Nature, 378(6556):505-508. 156. Zatkova A, Schoch C, Speleman F, Poppe B, Mannhalter Ch, Fonatsch Ch, Wimmer K (2006): GAB2 is a novel target of 11q amplification in AML/MDS. Genes, chromosomes & cancer, 45:798-807. 157. Zemanová Z., Michalová K., Březinová J., Šindelářová L., Kurková Š., Smíšek P., Zuna J., Trka J., Starý J. (2001): Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) v diagnostice dětských akutních lymfatických leukemií (ALL). Čas. Lék. čes, 140:519-524. 158. Zhang Y, Rowley JD (2006): Chromatin structural elements and chromosomal translocations in leukemia. DNA Repair, 5(9-10):1282-1297. 159. Ziemin-van der Poel S, McCabe NR, Gill HJ, Espinosa III R, Pattel YD, Harden AM, Le Beau MM, Smith SB, Rowley JD, Diaz MO (1991): Identification of a gene (MLL) which spans the breakpoint in 11q23 translocations associated with human leukemias. Proc Natl Acad Sci USA, 88:10735-10739.
94
8. SEZNAM PŘÍLOH PŘÍLOHA Č. 1 Výsledky cytogenetické analýzy pacientů s nově diagnostikovanou AML na ÚHKT (2006-07) PŘÍLOHA Č. 2 Cytogenetická analýza pacienta č. 13 PŘÍLOHA Č. 3 Cytogenetická analýza pacienta č. 15 PŘÍLOHA Č. 4 Cytogenetická analýza pacienta č. 28 PŘÍLOHA Č. 5 Cytogenetická analýza pacienta č. 50
95
Datum odběru
Klasická cytogenetická analýza
mFISH
1
Ž/62
M5a
4.1.2006
47,XX,+8[16] 46,XX[1]
47,XX,+8,t(9;11)(p22;q23)[14] 46,XX[2]
2
M/64
sM6*
11.1.2006
46,XY,rozsáhlé změny karyotypu[22]
46,XY,der(1)t(1;5)(5pter→5p11::1p21→1qter),der(3)t(1;3) (1pter→1p21::3p25→3qter),del(3)(3pter→3p24.2::3p11.1→3qter), der(5)del(5)(p11)del(5)(q11.2)[3] 46,XY,der(1)t(1;5)(5pter→5p11::1p21→1qter),der(3)t(1;3) (1pter→1p21::3p25→3qter),del(3)(3pter→3p24.2::3p11.1→3qter), der(5)del(5)(p11)del(5)(q11.2),+8,-12,-21[2] 45,XY,der(1)t(1;5)(5pter→5p11::1p21→1qter),der(3)t(1;3) (1pter→1p21::3p25→3qter),del(3)(3pter→3p24.2::3p11.1→3qter), der(5)del(5)(p11)del(5)(q11.2),-7, susp.del(12)(p11.2p12.1)[3] 46,XY[2]
3
Ž/63
M5a
13.1.2006
46,XX[3]
4
Ž/59
sM4*
1.3.2006
45,XX,der(3)t(3;8)(q24;?), der(5)t(5;17)(q11;q22)[21] 46,XX[1]
5
M/40
sAML*
6.3.2006
48,XY,+mar,+mar[1] 46,XY[21]
6
Ž/36
M5a
22.3.2006
7
Ž/56
M1
27.3.2006
46,XX,rozsáhlé změny karyotypu[8] 46,XX[22]
8
Ž/34
M2
6.4.2006
46,XX[22]
NE
9
M/52
M1
10.4.2006
46,XY[14]
NE
10
Ž/74
sM4*
20.4.2006
43~46,XX, rozsáhlé změny karyotypu [5]
NE 45,XX,der(3)t(3;8)(q26;?),der(5)t(5;17)(q11;q22),der(8)t(8;15)(p21;?), +del(10)(p),der(15)t(15;15)(p10;?),-17,der(18)t(3;8;18) (18qter→p11.2::3q26→3q29::8?),-21[6] 44,XX,der(3)t(3;8)(q26;?),der(8)t(8;15)(p21;?),+del(10)(p),der(15) t(15;15)(p10;?),-17, der(18)t(3;8;18) (18qter→p11.2::3q26→3q29::8?),-21[1] 46,XX[1]
NE 46,XX,t(7;11;10)(q22;q23;p12)[3] NE
38~43,XX,der(7)t(1;7)(q10;q10),der(15)t(15;22)(p11;q12),del(22)(q12)[3]
PŘÍLOHA Č. 1 Výsledky cytogenetické analýzy pacientů s nově
Typ AML
diagnostikovanou AML na ÚHKT (2006-07)
Pohlaví /Věk
s ... sekundární *s
96
Číslo pacienta
Pohlaví /Věk
Typ AML
Datum odběru
Klasická cytogenetická analýza
mFISH
11
M/65
M1
3.5.2006
46,XY[22]
12
Ž/73
M5b
16.6.2006
46,XX,t(11;14)[1]
46,XX,t(11;14)(q12;q31)[4]
13
M/77
?
7.7.2006
44,XY,rozsáhlé změny karyotypu[10] 46,XY[1]
44,X,-Y,der(5)t(5;16)(q21;?),-7,der(11)hsr(q22q23.3), +der(15)t(7;15)(q?;q13),-16[4]
14
M/61
M2
12.7.2006
46,XY,t(8;21)(q22;q22)[4]
15
Ž/53
M5a
20.7.2006
46,XX,der(10)t(8;10)(?;q22)[14]
16
Ž/57
M1
14.8.2006
46,XX[8]
NE
17
Ž/62
M1
23.8.2006
46,XX[22]
NE
18
Ž/26
M0
6.9.2006
46,XX[4]
NE
19
Ž/62
M2
11.9.2006
46,XX[21]
46,XX[20]
20
M/69
M0
22.9.2006
47,XY,+13,der(17)t(11;17)(?;p11)[5] 47,XY,+13[2] 46,XY[15]
47,XY,+13,der(17)t(11;17)(q13;p11)[6] 47,XY,+13[2] 46,XY[5]
21
Ž/33
M1
29.9.2006
0 mitóz
NE
22
Ž/58
M4
10.11.2006
46,XX[21]
NE
23
Ž/50
M5b
15.11.2006
0 mitóz
NE
24
Ž/66
sAML*
16.11.2006
46,XX[22]
NE
25
M/59
M0
16.11.2006
46,XY,rozsáhlé změny karyotypu[3] 46,XY[19]
26
Ž/74
M1
21.11.2006
46,XX[22]
NE
NE 46,XX,der(10)t(8;10)(?;p12)[11] 48,XX,del(9)(p?),+del(9)(p?),der(10)t(9;10)(p?;p12),+19[4] 46,XX[1]
45,XY,der(15)t(15;18)(p10;q10)[4] 46,XY[12] NE
*s ... sekundární
97
Číslo pacienta
Pohlaví /Věk
Typ AML
Datum odběru
Klasická cytogenetická analýza
mFISH
27
M/59
M6
22.11.2006
46,XY[22]
NE
28
Ž/22
M5a
6.12.2006
46,XX[22]
46,XX,t(9;12;11)(p22;p13;q23)[8] 46,XX[6]
29
M/28
M1
7.12.2006
46,XY[22]
NE
30
Ž/40
M2
19.12.2006
0 mitóz
NE
31
M/46
M2
9.1.2007
46~50,XY,rozsáhlé změny karyotypu[22]
50,XY,+X,t(2;3)(p23;?),+10,+20,+22[11] 46,XY,t(2;3)(p23;?)[3]
32
Ž/69
M2
11.1.2007
44~47,XX,rozsáhlé změny karyotypu[21] 46,XX[1]
44,XX,der(4)del(4)(p12),t(4;6)(q31;?),del(5)(q13.1q33),-6, der(7)t(7;15)(q11.2;q11.2), der(12)del(12)(p11.2)del(12)(q13), -15, der(16)ins(16;6)(q12;?)[3] 45,XX,del(5)(q13.1q33),-7,+8,der(12)t(12;16)(p11.2;?),-16[2] 44,XX,der(4)del(4)(p12),t(4;6)(q31;?),del(5)(q13.1q33),-6, -7,der(12)del(12)(p11.2)del(12)(q13),der(16)ins(16;6)(q12;?)[1]
33
Ž/44
M2
15.1.2007
45~46,XX,t(8;21)(q22;q22)[11]
NE
34
Ž/59
sM2*
17.1.2007
46,XX[18]
NE
35
M/47
M2
9.1.2007
46,XY[12]
NE
36
M/61
sAML*
15.2.2007
46,XY[22]
NE
37
M/68
M4
16.2.2007
46,XY[6]
NE
38
M/37
M4
20.2.2007
46,XY[14]
NE
39
Ž/52
M2
7.3.2007
46,XX,der(17)[5]
NE
40
Ž/84
M4
7.3.2007
46,XX[22]
NE
41
Ž/42
sM1*
13.3.2007
50,XX,+6,+8,+9,+13[21] 46,XX[1]
50,XX,+6,+8,+9,+13[4] 46,XX[1]
*s ... sekundární
98
Číslo pacienta
Pohlaví /Věk
Typ AML
Datum odběru
Klasická cytogenetická analýza
mFISH
42
M/59
M2
16.3.2007
46,XY[22]
NE
43
M/69
sM4*
23.3.2007
46,XY[22]
NE
44
Ž/65
M2
4.6.2007
46,XX[11]
NE
45
Ž/61
M5a
8.6.2007
46,XX,t(9;11)(p22;q23)[2] 47,XX+8[1] 46,XX[19]
46
M/73
M4
21.6.2007
46,XY[13]
NE
47
Ž/58
M4
29.6.2007
46,XX[22]
NE
48
M/61
M3
4.7.2007
46,XY[14]
NE
49
M/57
M2
12.7.2007
39~43,XY, rozsáhlé změny karyotypu[19] 46,XY[3]
41~43,XY,-2,der(3)ins(3;2)(q12;?),t(3;16)(?;?),-4,der(7),t(7;12)(p12;p13), t(7;13)(q21;q13),der(10)t(4;10)(q?;q21),del(12)(p13),del(13)(q13), der(16)del(16)(p12),del(16)(q12),-16,-17,-18,der(20)t(17;20)(?;q12)[8] 46,XY[2]
50
M/28
M2
12.7.2007
46,XY,rozsáhlé změny karyotypu [22]
33~45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33), der(11)amp(11)(p15.5p15.1)x6 (p11.1p13)x3 (q22.1q23.3)x6,-12,der(17) t(1;17)(q12;p13),-18,+21[8] 43,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11), del(5)(q12q33),-7, -12,der(17)t(1;17)(q12;p13),-18[2] 45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33), ins(9;11)(p22;q22.1q23.3),r(11),-12,der(17)t(1;17)(q12;p13),-18,+21[2] 31,X,-Y,der(1)t(1;12)(q12;q13),-3,-5,-7,-10,-11,der(11)hsr(p15.5q23.3) t(7;11)(p11.1;q23.3),t(7;11)(q11.1;q23.3),-12,-13,-15,-16,der(17)t(1;17) (q12;p13),-18,-19,-19,-20,-21,ins(22;11)(q12;q22.1q23.3)[3]
51
M/38
M4
25.7.2007
46,XY,t(16;16)(p13;q27)[22]
NE
52
M/51
M4
26.7.2007
46,XY[22]
NE
53
Ž/77
sAML*
16.8.2007
46,XX[11]
NE
46,XX[8] 46,XX,t(9;11)(p22;q23)[1]
*s ... sekundární
99
Číslo pacienta
100
Číslo pacienta
Pohlaví /Věk
Typ AML
Datum odběru
Klasická cytogenetická analýza
mFISH
54
M/61
M2
13.9.2007
46,XY[22]
NE
55
M/67
M2
14.9.2007
46,XY[22]
NE
56
Ž/43
M3
14.9.2007
0 mitóz
NE
57
M/64
M4
18.9.2007
47,XY,+8[13] 46,XY[9]
NE
58
Ž/22
M1
21.9.2007
46,XX[12]
NE
59
Ž/25
M2
4.10.2007
46,XX,t(4;5)(q25;p15.3)[16] 46,XX,t(4;5)(q25;p15.3),t(8;21)(q22;p22)[6] 47,XX,t(4;5)(q25;p15.3),t(8;21)(q22;p22),+mar[1]
60
M/36
M2
15.10.2007
46,XY,t(8;21)(q22;q22)[21] 46,XY,del(7)(q31),t(8;21)(q22;q22)[1]
NE
61
Ž/37
M4e
16.10.2007
46,XX,inv(16)(p13;q22)[7] 46,XX[15]
NE
62
M/60
M0
17.10.2007
46,XY[14]
NE
63
Ž/57
M0
19.10.2007
46,XX[22]
NE
64
M/73
M2
12.11.2007
44,XY,rozsáhlé změny karyotypu[15]
44,X,-Y,der(1)t(1;5)(q12;?),-5,der(7)ins(7;5)(q11.2;?) t(1;7)(q12;q22),+8,der(11),t(11;16)(p14;?),der(12)t(5;12) (?;p13),-16,der(18)t(Y;18)(q11;q11)[16] 45,X,-Y,der(1)t(1;5)(q12;?),del(5)(q11),der(7)ins(7;5) (q11.2;?)t(1;7)(q12;q22),+8,der(11),t(11;16)(p14;?), der(12)t(5;12)(?;p13),-16,der(18)t(Y;18)(q11;q11), susp.del(20)[3]
65
M/67
M2
20.11.2007
44~45,XY,rozsáhlé změny karyotypu[22]
44,XY,der(5)t(5;17)(q12;q?),del(7)(q21),du(8)(q),-14,-17, der(21)t(14;21)[3]
66
Ž/65
M2
3.12.2007
46,XX[22]
46,XX,t(4;5)(q25;p15.3)[13] 46,XX,t(4;5)(q25;p15.3),t(8;21)(q22;p22)[4]
NE
PŘÍLOHA Č. 2 Cytogenetická analýza (pacient č.13) Klasická cytogenetická analýza: 44,XY,rozsáhlé změny karyotypu[10]
FISH LSI MLL: Amplifikace MLL genu. (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange) 11 der(11)
mFISH: 44,X,-Y,der(5)t(5;16)(q21;?),-7,der(11)hsr(q22q23.3),+der(15)t(7;15)(q?;q13),-16[4]
101
PŘÍLOHA Č. 3 Cytogenetická analýza (pacient č.15) Klasická cytogenetická analýza: 46,XX,der(10)t(8;10)(?;p12)[14]
FISH s LSI MLL: Amplifikace 5´konce MLL genu. (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange)
11
11
amp(5´MLL)
mFISH: Klon 1. 46,XX,der(10)t(8;10)(?;p12)[11]
102
Klon 2. 48,XX,del(9)(p?),+del(9)(p?),der(10)t(9;10)(p?;p12),+19[5]
FISH s LSI MLL/ToTel 10p/10q: 46,XX,der(10)t(?;10)(?;p12)ins(10;11)(p12;q23q23) (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange, ToTel 10p sonda značena SpectrumGreen, ToTel 10q sonda SpectrumOrange)
ToTel 10p 5´MLL
5´MLL 3´MLL ToTel 10q
5´MLL 3´MLL
ToTel 10q
der(10)
ZÁVĚR: 46,XX,der(10)t(8;10)(?;p12)ins(10;11)(p12;q23q23)[11] 48,XX,del(9)(p?),+del(9)(p?),der(10)t(9;10)(p?;p12)ins(10;11)(p12;q23q23),+19[4]
103
PŘÍLOHA Č. 4 Cytogenetická analýza (pacient č.28) Klasická cytogenetická analýza: 46,XX[22]
FISH s LSI MLL: Přestavba MLL genu. (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange)
3´MLL
5´MLL 3´MLL 5´MLL
mFISH: 43,XX,susp.t(9;12;11)(p22;p13;q23),-18,-19,-22[8]
104
FISH s CEP 11/ToTel 12p: Translokace subtelomerické oblasti 12p na dlouhá ramena chromozomu 11. (CEP 11 sonda značena SpectrumOrange, ToTel 12p sonda značena SpectrumGreen) ToTel 12p
11
CEP 11
CEP 11
12 der(12)
ToTel 12p
der(11) der(12)
mBAND 12: Identifikace zlomového místa p13 na chromozomu 12 a translokace 12p13→pter na dlouhá ramena chromozomu 11.
9p22→pter
12p13→pter
FISH s CEP 11/LSI TEL: Translokace proximální části genu TEL na chromozom 11. (CEP 11 sonda značena SpectrumGreen, distální část LSI TEL sondy značena SpectrumOrange, proximální část SpectrumGreen)
LSI TEL CEP 11
LSI TEL
CEP 11
LSI TEL
der(11) der(12)
105
PŘÍLOHA Č. 5 Cytogenetická analýza (pacient č.50) KLON 1. Klasická cytogenetická analýza: Derivovaný chromozom 11.
FISH s LSI MLL: Amplifikace MLL genu. (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange)
der(11)
11
mFISH: 33~45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11), del(5)(q12q33),der(11)amp(11),-12,der(17)t(1;17) (q12;p13),-18,+21[8]
mBAND:
der(11)amp(11)(p15.5p15.1)x6 (p11.1p13)x3 (q22.1q23.3)x6
106
KLON 2.
FISH s LSI MLL: Amplifikace MLL genu, kruhový chromozom 11. (5´konec MLL značen SpectrumGreen, 3´konec MLL SpectrumOrange)
r(11)
mFISH : 45,XY,der(1)t(1;12)(q12;q13),der(3)t(3;18)(p12;q11),del(5)(q12q33), ins(9;11)(p22;q22.1q23.3),r(11),-12,der(17)t(1;17)(q12;p13), -18,+21[2]
107
KLON 3.
FISH s LSI 7q31/CEP 7: Derivovaný chromozom 11, vzniklý translokací genetického materiálu z chromozomu 7. (CEP 7 sonda značena SpectrumGreen, LSI 7q31 sonda SpectrumOrange)
der(11) 7
mFISH: 31,X,-Y,der(1)t(1;12)(q12;q13), -3,-5,-7,-10,-11,der(11)hsr(p15.5q23.3) t(7;11)(p11.1;q23.3)t(7;11)(q11.1;q23.3),-12,-13,-15,-16,der(17) t(1;17)(q12;p13), -18,-19,-19,-20,-21,ins(22;11)(q12;q22.1q23.3)[3]
108
